NA ----> NA

Intron 1 GTGAGTATGA ... GACAATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	4.35	19	0	1
A2	1.97	36	1.5	0.8
A3	9.87	18.5	0	2
A4	19.04	11	0.8	2.5
A5	4.41	12.8	0	0.8
A6	3.73	175.8	2.5	7.3
A7	5.16	134.5	3.8	8.3
A8	6.62	165.3	1.5	13
A9	7.11	188.3	8	15.5
A10	9.65	145.8	4	15.8

>TRINITY_DN44638_c0_g2_i7 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTGGTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTC
TTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGGATGGCACTCCGAGAAAA
AAAAAGCACAATTAGGTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGGTATTATGCCTTTATTCCTTCTTTACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAGACAAATA

>TRINITY_DN44638_c0_g2_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGgtgagtatgacgtgatctatttctttcctttcgtgtttgcagtttctcaaaataaacatctaattttgctaactgttagcttaaaca
tgaaatgatactatacttcgcctctctagggacactatagGATGGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGGTAAGTACTTCCGTTTCCTTTCTTTGTTTATGTTTGCGTTTTCATTATGGCCAAAATTTGGTTAAGTTTTTTTTTAATTTCTATAATATGTCCCCACGCGTTCCCTTTTCCTCTCCTGTACTGTTG
CGTTCTGATCTGTGGCTGTAACATACATTGGATGTTTGGGTTTTTGTTGTTTTCCTGTTAATATATTTTCCTTCAAATGCAAACAGAATTTGGAGGTTAATTATAGTTCGTTATGTTTATATTTGCATTATGTTATCAATTTGGTTATTTGTTTTCTTATATCTGTCTTTTTTGGAACTTTTTTTCGTCCCTACTCTGGT
TTTTTTGGCTTTTAATACTTGTCAATCATGAAAATTTGCTCATAAATTTTATGTTGCTTTTAATTCTTTCCCTACACTATTTTACCCTTTACCTTATGTCTGGCAGAGCGTATTTCTTAAAATTTGCATAGATTTTATTGAGAGTTGATTGATTCATTGTTTACTTAATCTCAATCTCGTATTACTCTGTTAGCCTACGC
TCTGTGGATTCTTGGTTTCTATTTATGTCTCCCTTTTTGCGTTACAGTTTGCTGTAACTTCTATCGTTTACGCTTCCTCTTGTTTACCTGTTTGGGATAATTCATTGTTATTTCTTCCTTGTTATAATGCTTTTTGATTTTTTGTTTTGTTCATCCGAGCATCATTTAATTTCATATTATGATATGCGAAGTGAAGGTCA
AGGGTTCATCGTACGTATCATTTAATTCAAATTACTAAGGCCATGGGTTCAATGGATTCAATTCGAGTAGACTTTGGTAGCTTAATAAAACTCTGTATCTTAGCATTATAAGGGCAGGGTTTCAATTCGAGTGGACTGTGGCAGCCGAATAAAACTCTGTATCTTACCATTATCCACCTAGTTTATAATGGATCCAGTTT
CGGATTAAACCTTTAATGATCTTGGATGTTTTGATATGCTGGTTTAGAACATGCCTTCAACAATCTGCGGATAATGATTGTAAAATAAACCTATTCTTATTGTTTTTCTTGGTTTAGAACATGCCTTTGAGCAATCTGCTTATAATTGTTATAATGCTAGCCATTCTTACAGGTTTTCTTGTTTTGGAATTGCATATCAA
ATTTATGAAATGAAATGCTCTGCATTTCGCCTGCTGGTCTTGGATTCAATTCCCTTACTGTGATGTCACACTAACTGCAATTATCATGCGCAAATTGGACTAGACTTATCTTATCCGTCTTAGCAGCTAGACTTAATTTGACTAGCCTTTACCATTTTCATATGACTGCGAAAGTCAATTCCATACAACTGCAGTGGCAA
CCATTTGGATTCGGATGCCATGGAAAAATGGCATTTACCATCTAAACATATGGATTTACGATCAAATAACCCAAAAACTAATCATAACCTAAAAGCACAATTAAATTTCGGTGAAAACCTAATCGTAACCCAACAGCACAATTTGAATTTCATTAGTAGTATCCGTTGGATGAATCTTGATCGAACCTTCATTACGAAAA
TCACCATCCTTTTGTGCGTTTGAACTTCATAAAATGCTCTTTGCTTTTGGCTACCTCAACCGCTCCTCTTGTGCTGGATCTCAATGTGCAGTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGGTATTATGCCTTTATTCCTTCTTTGTGAGTATTGTTATTTTTCTATTAGCAG
TAAATGAAAGAGTGTATATATCTTACTGTAATTTTTTCTCTTCCCCTTTTTGTATTCTGATTCAATTTCAATTAGAATTCGTCTATGAAAATTCTGCCTTCAGTCTTACTTATTTTTGTTGGCTCTTTTTTGTTCATGGCTCAGACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAAC
AGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAGACAAATA

Intron 2 GTAAGTACTT ... CAATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.14	26.5	4	7
A2	23.54	32.5	10	0
A3	21.43	22	6	0
A4	28.57	15	6	0
A5	30.43	16	7	1
A6	18.05	236	52	4
A7	22.22	199.5	57	13
A8	14.95	222	39	24
A9	21.58	254.5	70	6
A10	18.5	207	47	15

>TRINITY_DN48383_c1_g3_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTGGTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTC
TTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGGGA
CAATATAGGATGGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAGACAAATAAACCTA
CAATATCGATGTTTATAAT

>TRINITY_DN48383_c1_g3_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTGGTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTC
TTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGGGA
CAATATAGGATGGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGgtaagtacttccgtttcctttctttgtttatgtttgcgttttcattatggccaaaatttggttaagtttttttttaatttctataatatgtccccacgcgttcccttttcctctcctgtactgttgcgttctgatctgtggctgtaacatacattgga
tgtttgggtttttgttgttttcctgttaatatattttccttcaaatgcaaacagaatttggaggttaattatagttcgttatgtttatatttgcattatgttatcaatttggttatttgttttcttatatctgtcttttttggaactttttttcgtccctactctggtttttttggcttttaatacttgtcaatcatgaa
aatttgctcataaattttatgttgcttttaattctttccctacactattttaccctttaccttatgtctggcagagcgtatttcttaaaatttgcatagattttattgagtgttgattgattcattgtttacttaatctcaatctcgtattactctgttagcctacgctctgtggattcttggtttctatttatgtctcc
ctttttgcgttacagtttgctgtaacttctatcgtttacgcttcctcttgtttacctgtttgggataattcattgttatttcttccttgttataatgctttttgattttttgttttgttcatccgagcatcatttaatttcatattatgatatgcgaagtgaaggtcaagggttcatcgtacgtatcatttaattcaaat
tactaaggccatgggttcaatggattcaattcgagtagactttggtagcttaataaaactctgtatcttagcattataagggcagggtttcaattcgagtggactgtggcagccgaataaaactctgtatcttaccattatccacctagtttataatggatccagtttcggattaaacctttaatgatcttggatgtttt
gatatgctggtttagaacatgccttcaacaatctgcggataatgattgtaaaataaacctattcttattgtttttcttggtttagaacatgcctttgagcaatctgcttataattgttataatgctagccattcttacaggttttcttgttttggaattgcatatcaaatttatgaaatgaaatgctctgcatttcgcct
gctggtcttggattcaattcccttactgtgatgtcacactaactgcaattatcatgcgcaaattggactagacttatcttatccgtcttagcagctagacttaatttgactagcctttaccattttcatatgactgcgaaagtcaattccatacaactgcagtggcaaccatttggattcggatgccatggaaaaatggc
atttaccatctaaacatatggatttacgatcaaataacccaaaaactaatcataacccaacagcacaatttgaatttcattagtagtatccgttggatgaatcttgatcgaaccttcattacgaaaatcaccatccttttgtgcgtttgaacttcataaaatgctctttgcttttggctacctcaaccgctcctcttgtg
ctggatctcaatgtgcagTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGGTATTATGCCTTTATTCCTTCTTTGTGAGTATTGTTATTTTTCTATTAGCAGTAAATGAAAGAGTGTATATATCTTACTGTAATTTTTTCTCTTCCCCTTTTTGTATTCTGATTCAATTTCAATT
AGAATTCGTCTATGAAAATTCTGCCTTCAGTCTTACTTATTTTTGTTGGCTCTTTTTTGTTCATGGCTCAGACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAGACAAATAAACCTACAATATCGATGTTTATAATAACTAAAGC
AATTATGGGAGGCACTATGTTTGGCTGACCAAGTGTAAAAGTAGAACTAAAGCAATTATGGGAGG

Intron 3 GTGAGTATTG ... CATGGCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.88	19.1	2	7.2
A2	13.01	12.8	2	1.8
A3	7.23	13.2	0	2
A4	20.68	14.5	0	8.5
A5	14.13	3.6	1	0
A6	10.64	169.9	5	35.4
A7	25.23	134.4	31.5	57.7
A8	18.94	202.3	28	66.2
A9	10.29	208.8	8.8	37.9
A10	15.76	144.5	26.8	26.5

>TRINITY_DN48383_c1_g3_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTGGTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTC
TTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGTGT
GGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGGTATTATGCCTTTATTCCTTCTTTACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAGACAAATAAACCTACAATATCGATGTTTATAAT

>TRINITY_DN48383_c1_g3_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTGGTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTC
TTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGGGA
CAATATAGGATGGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGGTAAGTACTTCCGTTTCCTTTCTTTGTTTATGTTTGCGTTTTCATTATGGCCAAAATTTGGTTAAGTTTTTTTTTAATTTCTATAATATGTCCCCACGCGTTCCCTTTTCCTCTCCTGTACTGTTGCGTTCTGATCTGTGGCTGTAACATACATTGGA
TGTTTGGGTTTTTGTTGTTTTCCTGTTAATATATTTTCCTTCAAATGCAAACAGAATTTGGAGGTTAATTATAGTTCGTTATGTTTATATTTGCATTATGTTATCAATTTGGTTATTTGTTTTCTTATATCTGTCTTTTTTGGAACTTTTTTTCGTCCCTACTCTGGTTTTTTTGGCTTTTAATACTTGTCAATCATGAA
AATTTGCTCATAAATTTTATGTTGCTTTTAATTCTTTCCCTACACTATTTTACCCTTTACCTTATGTCTGGCAGAGCGTATTTCTTAAAATTTGCATAGATTTTATTGAGTGTTGATTGATTCATTGTTTACTTAATCTCAATCTCGTATTACTCTGTTAGCCTACGCTCTGTGGATTCTTGGTTTCTATTTATGTCTCC
CTTTTTGCGTTACAGTTTGCTGTAACTTCTATCGTTTACGCTTCCTCTTGTTTACCTGTTTGGGATAATTCATTGTTATTTCTTCCTTGTTATAATGCTTTTTGATTTTTTGTTTTGTTCATCCGAGCATCATTTAATTTCATATTATGATATGCGAAGTGAAGGTCAAGGGTTCATCGTACGTATCATTTAATTCAAAT
TACTAAGGCCATGGGTTCAATGGATTCAATTCGAGTAGACTTTGGTAGCTTAATAAAACTCTGTATCTTAGCATTATAAGGGCAGGGTTTCAATTCGAGTGGACTGTGGCAGCCGAATAAAACTCTGTATCTTACCATTATCCACCTAGTTTATAATGGATCCAGTTTCGGATTAAACCTTTAATGATCTTGGATGTTTT
GATATGCTGGTTTAGAACATGCCTTCAACAATCTGCGGATAATGATTGTAAAATAAACCTATTCTTATTGTTTTTCTTGGTTTAGAACATGCCTTTGAGCAATCTGCTTATAATTGTTATAATGCTAGCCATTCTTACAGGTTTTCTTGTTTTGGAATTGCATATCAAATTTATGAAATGAAATGCTCTGCATTTCGCCT
GCTGGTCTTGGATTCAATTCCCTTACTGTGATGTCACACTAACTGCAATTATCATGCGCAAATTGGACTAGACTTATCTTATCCGTCTTAGCAGCTAGACTTAATTTGACTAGCCTTTACCATTTTCATATGACTGCGAAAGTCAATTCCATACAACTGCAGTGGCAACCATTTGGATTCGGATGCCATGGAAAAATGGC
ATTTACCATCTAAACATATGGATTTACGATCAAATAACCCAAAAACTAATCATAACCCAACAGCACAATTTGAATTTCATTAGTAGTATCCGTTGGATGAATCTTGATCGAACCTTCATTACGAAAATCACCATCCTTTTGTGCGTTTGAACTTCATAAAATGCTCTTTGCTTTTGGCTACCTCAACCGCTCCTCTTGTG
CTGGATCTCAATGTGCAGTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGGTATTATGCCTTTATTCCTTCTTTgtgagtattgttatttttctattagcagtaaatgaaagagtgtatatatcttactgtaattttttctcttcccctttttgtattctgattcaatttcaatt
agaattcgtctatgaaaattctgccttcagtcttacttatttttgttggctcttttttgttcatggctcagACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAGACAAATAAACCTACAATATCGATGTTTATAATAACTAAAGC
AATTATGGGAGGCACTATGTTTGGCTGACCAAGTGTAAAAGTAGAACTAAAGCAATTATGGGAGG

Intron 4 GTAAGTACTT ... CAATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.9	19.5	2.9	7
A2	15.53	29.2	6.1	0
A3	20.39	18.4	4.9	0
A4	31.62	10.8	4.4	0
A5	21.84	13.1	4.4	1
A6	15.6	184.1	36.1	4
A7	18.11	157.2	36.9	13
A8	13.68	171.7	27.4	24
A9	18.6	198.2	46.3	6
A10	16.73	162.3	32.7	15

>TRINITY_DN48383_c1_g3_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTGGTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTC
TTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGGGA
CAATATAGGATGGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAGACAAATAAACCTA
CAATATCGATGTTTATAAT

>TRINITY_DN48383_c1_g3_i12 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTGGTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTC
TTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGGGA
CAATATAGGATGGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGgtaagtacttccgtttcctttctttgtttatgtttgcgttttcattatggccaaaatttggttaagtttttttttaatttctataatatgtccccacgcgttcccttttcctctcctgtactgttgcgttctgatctgtggctgtaacatacattgga
tgtttgggtttttgttgttttcctgttaatatattttccttcaaatgcaaacagaatttggaggttaattatagttcgttatgtttatatttgcattatgttatcaatttggttatttgttttcttatatctgtcttttttggaactttttttcgtccctactctggtttttttggcttttaatacttgtcaatcatgaa
aatttgctcataaattttatgttgcttttaattctttccctacactattttaccctttaccttatgtctggcagagcgtatttcttaaaatttgcatagattttattgagtgttgattgattcattgtttacttaatctcaatctcgtattactctgttagcctacgctctgtggattcttggtttctatttatgtctcc
ctttttgcgttacagtttgctgtaacttctatcgtttacgcttcctcttgtttacctgtttgggataattcattgttatttcttccttgttataatgctttttgattttttgttttgttcatccgagcatcatttaatttcatattatgatatgcgaagtgaaggtcaagggttcatcgtacgtatcatttaattcaaat
tactaaggccatgggttcaatggattcaattcgagtagactttggtagcttaataaaactctgtatcttagcattataagggcagggtttcaattcgagtggactgtggcagccgaataaaactctgtatcttaccattatccacctagtttataatggatccagtttcggattaaacctttaatgatcttggatgtttt
gatatgctggtttagaacatgccttcaacaatctgcggataatgattgtaaaataaacctattcttattgtttttcttggtttagaacatgcctttgagcaatctgcttataattgttataatgctagccattcttacaggttttcttgttttggaattgcatatcaaatttatgaaatgaaatgctctgcatttcgcct
gctggtcttggattcaattcccttactgtgatgtcacactaactgcaattatcatgcgcaaattggactagacttatcttatccgtcttagcagctagacttaatttgactagcctttaccattttcatatgactgcgaaagtcaattccatacaactgcagtggcaaccatttggattcggatgccatggaaaaatggc
atttaccatctaaacatatggatttacgatcaaataacccaaaaactaatcataacctaaaagcacaattaaatttcggtgaaaacctaatcgtaacccaacagcacaatttgaatttcattagtagtatccgttggatgaatcttgatcgaaccttcattacgaaaatcaccatccttttgtgcgtttgaacttcataa
aatgctctttgcttttggctacctcaaccgctcctcttgtgctggatctcaatgtgcagTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGGTATTATGCCTTTATTCCTTCTTTGTGAGTATTGTTATTTTTCTATTAGCAGTAAATGAAAGAGTGTATATATCTTACTGTAAT
TTTTTCTCTTCCCCTTTTTGTATTCTGATTCAATTTCAATTAGAATTCGTCTATGAAAATTCTGCCTTCAGTCTTACTTATTTTTGTTGGCTCTTTTTTGTTCATGGCTCAGACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAG
ACAAATAAACCTACAATATCGATGTTTATAATAACTAAAGCAATTATGGGAGGCACTATGTTTGGCTGACCAAGTGTAAAAGTAGAACTAAAGCAATTATGGGAGG

Intron 5 GTGAGTATGA ... GCCTGTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	14.3	0	0
A2	0	31.7	0	0
A3	0	14.7	0	0
A4	12.96	7	0	1
A5	0	11.7	0	0
A6	1.48	139	1	2
A7	1.94	106.7	0	2
A8	3.36	124	0	4
A9	4.52	151.7	2	7
A10	10.49	115.3	4	13

>TRINITY_DN47101_c1_g2_i7 from sample A10 / Example spliced isoform

CAATGCATTTGCGTTGTTATTTGTCTGAATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTG
GTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTCTTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCGCTTTCAAGA
AGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGGGACAATATAGGATGGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGGTAAGTACTTCCGTTTCCTTTCTTTGTTTATGTTTGCGTTTTCATTATGGCCAAAATTTGGTTAAGTTTTTTTTTAATTTCTATAATATGTCCCCACGCGTTCCCTTTTCCTCTCCTGTACTGTTGCGTT
CTGATCTGTGGCTGTAACATACATTGGATGTTTGGGTTTTTGTTGTTTTCCTGTTAATATATTTTCCTTCAAATGCAAACAGAATTTGGAGGTTAATTATAGTTCGTTATGTTTATATTTGCATTATGTTATCAATTTGGTTATTTGTTTTCTTATATCTGTCTTTTTTGGAACTTTTTTTCGTCCCTACTCTGGTTTTT
TTGGCTTTTAATACTTGTCAATCATGAAAATTTGCTCATAAATTTTATGTTGCTTTTAATTCTTTCCCTACACTATTTTACCCTTTACCTTATGTCTGGCAGAGCGTATTTCTTAAAATTTGCATAGATTTTATTGAGTGTTGATTGATTCATTGTTTACTTAATCTCAATCTCGTATTACTCTGTTAGCCTACGCTCTG
TGGATTCTTGGTTTCTATTTATGTCTCCCTTTTTGCGTTACAGTTTGCTGTAACTTCTATCGTTTACGCTTCCTCTTGTTTACCTGTTTGGGATAATTCATTGTTATTTCTTCCTTGTTATAATGCTTTTTGATTTTTTGTTTTGTTCATCCGAGCATCATTTAATTTCATATTATGATATGCGAAGTGAAGGTCAAGGG
TTCATCGTACGTATCATTTAATTCAAATTACTAAGGCCATGGGTTCAATGGATTCAATTCGAGTAGACTTTGGTAGCTTAATAAAACTCTGTATCTTAGCATTATAAGGGCAGGGTTTCAATTCGAGTGGACTGTGGCAGCCGAATAAAACTCTGTATCTTACCATTATCCACCTAGTTTATAATGGATCCAGTTTCGGA
TTAAACCTTTAATGATCTTGGATGTTTTGATATGCTGGTTTAGAACATGCCTTCAACAATCTGCGGATAATGATTGTAAAATAAACCTATTCTTATTGTTTTTCTTGGTTTAGAACATGCCTTTGAGCAATCTGCTTATAATTGTTATAATGCTAGCCATTCTTACAGGTTTTCTTGTTTTGGAATTGCATATCAAATTT
ATGAAATGAAATGCTCTGCATTTCGCCTGCTGGTCTTGGATTCAATTCCCTTACTGTGATGTCACACTAACTGCAATTATCATGCGCAAATTGGACTAGACTTATCTTATCCGTCTTAGCAGCTAGACTTAATTTGACTAGCCTTTACCATTTTCATATGACTGCGAAAGTCAATTCCATACAACTGCAGTGGCAACCAT
TTGGATTCGGATGCCATGGAAAAATGGCATTTACCATCTAAACATATGGATTTACGATCAAATAACCCAAAAACTAATCATAACCTAAAAGCACAATTAAATTTCGGTGAAAACCTAATCGTAACCCAACAGCACAATTTGAATTTCATTAGTAGTATCCGTTGGATGAATCTTGATCGAACCTTCATTACGAAAATCAC
CATCCTTTTGTGCGTTTGAACTTCATAAAATGCTCTTTGCTTTTGGCTACCTCAACCGCTCCTCTTGTGCTGGATCTCAATGTGCAGTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGGTATTATGCCTTTATTCCTTCTTTGTGAGTATTGTTATTTTTCTATTAGCAGTAAA
TGAAAGAGTGTATATATCTTACTGTAATTTTTTCTCTTCCCCTTTTTGTATTCTGATTCAATTTCAATTAGAATTCGTCTATGAAAATTCTGCCTTCAGTCTTACTTATTTTTGTTGGCTCTTTTTTGTTCATGGCTCAGACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCT
GGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAGACAAATAAACCTACAATATCGATGTTTATAATGTAATTGTTTCTCTTCTCTATTCTCTGTTTTGAAATTTGTCTGTGTAAAGTCTCCCCTTCAATTTGATTTGTTTTATTTGTTGTTTTAAACTTTATTTCAGAATAAGGTACCCATGAGTTTATGTTTTGGCCGCTCTAAT
TTACTAGAATAAATCAGTTGTAATATCTTTTCTTCCTTGCTTTCTCTGATTTGATTATTTTAGACGATGGAATCGCAAATGGAATTTCAATCCGTGTATAGATTTCTAGCTTTTGAATTCGTGGTGTTAATTTTTAATCACAGAACTAAAGCAATTATGGGAGGCACTATGTTTGGCTGACCAAGTGTAAAAGTAGAACT
AAAGCAATTATGGGAGGCACTATGTTTGGCTGACCAAGTGTAAAAGTAGAAGCGGCTGAGATATTTGACCAAGAAAATCGATAACAAGTGGATCCCCTACAGACCCAAATGCAAAAAAAAGTGAAACAGGTACCATTCCCCCTCATAGCTTCTAATGCAACAAAAACAAATAAAATACATGTGTATAATGCCGCAGGTAT
ATTAGATTGATTGCATGGTATACAAGATATTTTTTAGTATTCATCCGATTTTCTCTGTTAGTTAACTGATAGCTGTATTAATTGATGCGAAACCACCTTAGGGAG

>TRINITY_DN47101_c1_g2_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CTCCACCGATCTCTCCGATGGgtgagtatgacgtgatctatttctttcctttcgtgtttgcagtttctcaaaataaacatctaattttgctaactgttagcttaaacatgaaatgatactatacttcgcctgtctagGGACAATATAGGATGGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGGTAAGTACTTCCGTTTCC
TTTCTTTGTTTATGTTTGCGTTTTCATTATGGCCAAAATTTGGTTAAGTTTTTTTTTAATTTCTATAATATGTCCCCACGCGTTCCCTTTTCCTCTCCTGTACTGTTGCGTTCTGATCTGTGGCTGTAACATACATTGGATGTTTGGGTTTTTGTTGTTTTCCTGTTAATATATTTTCCTTCAAATGCAAACAGAATTTG
GAGGTTAATTATAGTTCGTTATGTTTATATTTGCATTATGTTATCAATTTGGTTATTTGTTTTCTTATATCTGTCTTTTTTGGAACTTTTTTTCGTCCCTACTCTGGTTTTTTTGGCTTTTAATACTTGTCAATCATGAAAATTTGCTCATAAATTTTATGTTGCTTTTAATTCTTTCCCTACACTATTTTACCCTTTAC
CTTATGTCTGGCAGAGCGTATTTCTTAAAATTTGCATAGATTTTATTGAGTGTTGATTGATTCATTGTTTACTTAATCTCAATCTCGTATTACTCTGTTAGCCTACGCTCTGTGGATTCTTGGTTTCTATTTATGTCTCCCTTTTTGCGTTACAGTTTGCTGTAACTTCTATCGTTTACGCTTCCTCTTGTTTACCTGTT
TGGGATAATTCATTGTTATTTCTTCCTTGTTATAATGCTTTTTGATTTTTTGTTTTGTTCATCCGAGCATCATTTAATTTCATATTATGATATGCGAAGTGAAGGTCAAGGGTTCATCGTACGTATCATTTAATTCAAATTACTAAGGCCATGGGTTCAATGGATTCAATTCGAGTAGACTTTGGTAGCTTAATAAAACT
CTGTATCTTAGCATTATAAGGGCAGGGTTTCAATTCGAGTGGACTGTGGCAGCCGAATAAAACTCTGTATCTTACCATTATCCACCTAGTTTATAATGGATCCAGTTTCGGATTAAACCTTTAATGATCTTGGATGTTTTGATATGCTGGTTTAGAACATGCCTTCAACAATCTGCGGATAATGATTGTAAAATAAACCT
ATTCTTATTGTTTTTCTTGGTTTAGAACATGCCTTTGAGCAATCTGCTTATAATTGTTATAATGCTAGCCATTCTTACAGGTTTTCTTGTTTTGGAATTGCATATCAAATTTATGAAATGAAATGCTCTGCATTTCGCCTGCTGGTCTTGGATTCAATTCCCTTACTGTGATGTCACACTAACTGCAATTATCATGCGCA
AATTGGACTAGACTTATCTTATCCGTCTTAGCAGCTAGACTTAATTTGACTAGCCTTTACCATTTTCATATGACTGCGAAAGTCAATTCCATACAACTGCAGTGGCAACCATTTGGATTCGGATGCCATGGAAAAATGGCATTTACCATCTAAACATATGGATTTACGATCAAATAACCCAAAAACTAATCATAACCTAA
AAGCACAATTAAATTTCGGTGAAAACCTAATCGTAACCCAACAGCACAATTTGAATTTCATTAGTAGTATCCGTTGGATGAATCTTGATCGAACCTTCATTACGAAAATCACCATCCTTTTGTGCGTTTGAACTTCATAAAATGCTCTTTGCTTTTGGCTACCTCAACCGCTCCTCTTGTGCTGGATCTCAATGTGCAGT
GTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGGTATTATGCCTTTATTCCTTCTTTGTGAGTATTGTTATTTTTCTATTAGCAGTAAATGAAAGAGTGTATATATCTTACTGTAATTTTTTCTCTTCCCCTTTTTGTATTCTGATTCAATTTCAATTAGAATTCGTCTATGAAAAT
TCTGCCTTCAGTCTTACTTATTTTTGTTGGCTCTTTTTTGTTCATGGCTCAGACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAGACAAATAAACCTACAATATCGATGTTTATAATGTAATTGTTTCTCTTCTCTATTCTCTGT
TTTGAAATTTGTCTGTGTAAAGTCTCCCCTTCAATTTGATTTGTTTTATTTGTTGTTTTAAACTTTATTTCAGAATAAGGTACCCATGAGTTTATGTTTTGGCCGCTCTAATTTACTAGAATAAATCAGTTGTAATATCTTTTCTTCCTTGCTTTCTCTGATTTGATTATTTTAGACGATGGAATCGCAAATGGAATTTC
AATCCGTGTATAGATTTCTAGCTTTTGAATTCGTGGTGTTAATTTTTAATCACAGAACTAAAGCAATTATGGGAGGCACTATGTTTGGCTGACCAAGTGTAAAAGTAGAACTAAAGCAATTATGGGAGGCACTATGTTTGGCTGACCAAGTGTAAAAGTAGAAGCGGCTGAGATATTTGACCAAGAAAATCGATAACAAG
TGGATCCCCTACAGACCCAAATGCAAAAAAAAGTGAAACAGGTACCATTCCCCCTCATAGCTTCTAATGCAACAAAAACAAATAAAATACATGTGTATAATGCCGCAGGTATATTAGATTGATTGCATGGTATACAAGATATTTTTTAGTATTCATCCGATTTTCTCTGTTAGTTAACTGATAGCTGTATTAATTGATGC
GAAACCACCTTAGGGAG

Intron 6 GTAATTGTTT ... TTAATCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.5	9.6	9	4
A2	72.53	3.9	10	11.9
A3	56.35	8.7	11	6.3
A4	53.33	14	16	6
A5	100	0	1	1
A6	70.72	49.7	120	0.9
A7	69.07	76.1	170	1.4
A8	70.57	91	217.4	10.7
A9	76.88	48.7	161.6	4.3
A10	78.64	32.1	117.4	9.7

>TRINITY_DN48383_c1_g3_i12 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTGGTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTC
TTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGGGA
CAATATAGGATGGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGGTAAGTACTTCCGTTTCCTTTCTTTGTTTATGTTTGCGTTTTCATTATGGCCAAAATTTGGTTAAGTTTTTTTTTAATTTCTATAATATGTCCCCACGCGTTCCCTTTTCCTCTCCTGTACTGTTGCGTTCTGATCTGTGGCTGTAACATACATTGGA
TGTTTGGGTTTTTGTTGTTTTCCTGTTAATATATTTTCCTTCAAATGCAAACAGAATTTGGAGGTTAATTATAGTTCGTTATGTTTATATTTGCATTATGTTATCAATTTGGTTATTTGTTTTCTTATATCTGTCTTTTTTGGAACTTTTTTTCGTCCCTACTCTGGTTTTTTTGGCTTTTAATACTTGTCAATCATGAA
AATTTGCTCATAAATTTTATGTTGCTTTTAATTCTTTCCCTACACTATTTTACCCTTTACCTTATGTCTGGCAGAGCGTATTTCTTAAAATTTGCATAGATTTTATTGAGTGTTGATTGATTCATTGTTTACTTAATCTCAATCTCGTATTACTCTGTTAGCCTACGCTCTGTGGATTCTTGGTTTCTATTTATGTCTCC
CTTTTTGCGTTACAGTTTGCTGTAACTTCTATCGTTTACGCTTCCTCTTGTTTACCTGTTTGGGATAATTCATTGTTATTTCTTCCTTGTTATAATGCTTTTTGATTTTTTGTTTTGTTCATCCGAGCATCATTTAATTTCATATTATGATATGCGAAGTGAAGGTCAAGGGTTCATCGTACGTATCATTTAATTCAAAT
TACTAAGGCCATGGGTTCAATGGATTCAATTCGAGTAGACTTTGGTAGCTTAATAAAACTCTGTATCTTAGCATTATAAGGGCAGGGTTTCAATTCGAGTGGACTGTGGCAGCCGAATAAAACTCTGTATCTTACCATTATCCACCTAGTTTATAATGGATCCAGTTTCGGATTAAACCTTTAATGATCTTGGATGTTTT
GATATGCTGGTTTAGAACATGCCTTCAACAATCTGCGGATAATGATTGTAAAATAAACCTATTCTTATTGTTTTTCTTGGTTTAGAACATGCCTTTGAGCAATCTGCTTATAATTGTTATAATGCTAGCCATTCTTACAGGTTTTCTTGTTTTGGAATTGCATATCAAATTTATGAAATGAAATGCTCTGCATTTCGCCT
GCTGGTCTTGGATTCAATTCCCTTACTGTGATGTCACACTAACTGCAATTATCATGCGCAAATTGGACTAGACTTATCTTATCCGTCTTAGCAGCTAGACTTAATTTGACTAGCCTTTACCATTTTCATATGACTGCGAAAGTCAATTCCATACAACTGCAGTGGCAACCATTTGGATTCGGATGCCATGGAAAAATGGC
ATTTACCATCTAAACATATGGATTTACGATCAAATAACCCAAAAACTAATCATAACCTAAAAGCACAATTAAATTTCGGTGAAAACCTAATCGTAACCCAACAGCACAATTTGAATTTCATTAGTAGTATCCGTTGGATGAATCTTGATCGAACCTTCATTACGAAAATCACCATCCTTTTGTGCGTTTGAACTTCATAA
AATGCTCTTTGCTTTTGGCTACCTCAACCGCTCCTCTTGTGCTGGATCTCAATGTGCAGTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGGTATTATGCCTTTATTCCTTCTTTGTGAGTATTGTTATTTTTCTATTAGCAGTAAATGAAAGAGTGTATATATCTTACTGTAAT
TTTTTCTCTTCCCCTTTTTGTATTCTGATTCAATTTCAATTAGAATTCGTCTATGAAAATTCTGCCTTCAGTCTTACTTATTTTTGTTGGCTCTTTTTTGTTCATGGCTCAGACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAG
ACAAATAAACCTACAATATCGATGTTTATAATAACTAAAGCAATTATGGGAGGCACTATGTTTGGCTGACCAAGTGTAAAAGTAGAACTAAAGCAATTATGGGAGG

>TRINITY_DN48383_c1_g3_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTGGTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTC
TTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGGGA
CAATATAGGATGGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGGTAAGTACTTCCGTTTCCTTTCTTTGTTTATGTTTGCGTTTTCATTATGGCCAAAATTTGGTTAAGTTTTTTTTTAATTTCTATAATATGTCCCCACGCGTTCCCTTTTCCTCTCCTGTACTGTTGCGTTCTGATCTGTGGCTGTAACATACATTGGA
TGTTTGGGTTTTTGTTGTTTTCCTGTTAATATATTTTCCTTCAAATGCAAACAGAATTTGGAGGTTAATTATAGTTCGTTATGTTTATATTTGCATTATGTTATCAATTTGGTTATTTGTTTTCTTATATCTGTCTTTTTTGGAACTTTTTTTCGTCCCTACTCTGGTTTTTTTGGCTTTTAATACTTGTCAATCATGAA
AATTTGCTCATAAATTTTATGTTGCTTTTAATTCTTTCCCTACACTATTTTACCCTTTACCTTATGTCTGGCAGAGCGTATTTCTTAAAATTTGCATAGATTTTATTGAGTGTTGATTGATTCATTGTTTACTTAATCTCAATCTCGTATTACTCTGTTAGCCTACGCTCTGTGGATTCTTGGTTTCTATTTATGTCTCC
CTTTTTGCGTTACAGTTTGCTGTAACTTCTATCGTTTACGCTTCCTCTTGTTTACCTGTTTGGGATAATTCATTGTTATTTCTTCCTTGTTATAATGCTTTTTGATTTTTTGTTTTGTTCATCCGAGCATCATTTAATTTCATATTATGATATGCGAAGTGAAGGTCAAGGGTTCATCGTACGTATCATTTAATTCAAAT
TACTAAGGCCATGGGTTCAATGGATTCAATTCGAGTAGACTTTGGTAGCTTAATAAAACTCTGTATCTTAGCATTATAAGGGCAGGGTTTCAATTCGAGTGGACTGTGGCAGCCGAATAAAACTCTGTATCTTACCATTATCCACCTAGTTTATAATGGATCCAGTTTCGGATTAAACCTTTAATGATCTTGGATGTTTT
GATATGCTGGTTTAGAACATGCCTTCAACAATCTGCGGATAATGATTGTAAAATAAACCTATTCTTATTGTTTTTCTTGGTTTAGAACATGCCTTTGAGCAATCTGCTTATAATTGTTATAATGCTAGCCATTCTTACAGGTTTTCTTGTTTTGGAATTGCATATCAAATTTATGAAATGAAATGCTCTGCATTTCGCCT
GCTGGTCTTGGATTCAATTCCCTTACTGTGATGTCACACTAACTGCAATTATCATGCGCAAATTGGACTAGACTTATCTTATCCGTCTTAGCAGCTAGACTTAATTTGACTAGCCTTTACCATTTTCATATGACTGCGAAAGTCAATTCCATACAACTGCAGTGGCAACCATTTGGATTCGGATGCCATGGAAAAATGGC
ATTTACCATCTAAACATATGGATTTACGATCAAATAACCCAAAAACTAATCATAACCTAAAAGCACAATTAAATTTCGGTGAAAACCTAATCGTAACCCAACAGCACAATTTGAATTTCATTAGTAGTATCCGTTGGATGAATCTTGATCGAACCTTCATTACGAAAATCACCATCCTTTTGTGCGTTTGAACTTCATAA
AATGCTCTTTGCTTTTGGCTACCTCAACCGCTCCTCTTGTGCTGGATCTCAATGTGCAGTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGGTATTATGCCTTTATTCCTTCTTTGTGAGTATTGTTATTTTTCTATTAGCAGTAAATGAAAGAGTGTATATATCTTACTGTAAT
TTTTTCTCTTCCCCTTTTTGTATTCTGATTCAATTTCAATTAGAATTCGTCTATGAAAATTCTGCCTTCAGTCTTACTTATTTTTGTTGGCTCTTTTTTGTTCATGGCTCAGACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAG
ACAAATAAACCTACAATATCGATGTTTATAATgtaattgtttctcttctctattctctgttttgaaatttgtctgtgtaaagtctccccttcaatttgatttgttttatttgttgttttaaactttatttcagaataaggtacccatgagtttatgttttggccgctctaatttactagaataaatcagttgtaatatct
tttcttccttgctttctctgatttgattattttagacgatggaatcgcaaatggaatttcaatccgtgtatagatttctagcttttgaattcgtggtgttaatttttaatcacagAACTAAAGCAATTATGGGAGGCACTATGTTTGGCTGACCAAGTGTAAAAGTAGAACTAAAGCAATTATGGGAGG

Intron 7 GTGAGTATTG ... CATGGCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.96	26.3	2	8
A2	12.25	14.3	2	2
A3	3.23	15	0	1
A4	15.81	21.3	0	8
A5	9.09	5	1	0
A6	10.73	204	5	44
A7	22.8	164.3	32	65
A8	17.71	237	28	74
A9	10.07	250	9	47
A10	16.2	165.7	27	37

>TRINITY_DN45611_c1_g1_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

ATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTGGTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTC
TTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGGAT
GGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGGTATTATGCCTTTATTCCTTCTTTACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAG
ACAAATAAACCTACAATATCGATGTTTATAATAACTAAAGCAATTATGGGAGGCACTATGTTTGGCTGACCAAGTGTAAAAGTAGAACTAAAGCAATTATGGGAGGCACTATGTTTGGCTGACCAAGTGTAAAAGTAGAAGCGGCTGAGATATTTGACCAAGAAAATCGATAACAAGTGGATCCCCTACAGACCCAAATG
CAAAAAAAAGTGAAACAGGTACCATTCCCCCTCATAGCTTCTAATGCAACAAAAACAAATAAAATACATGTGTATAATGCCGCAGGTATATTAGATTGATTGCATGGTATACAAGATATTTTTTAGTATTCATCCGATTTTCTCTGTTAGTTAACTGATAGCTGTATTAATTGATGCGAAACCACCTTAGGGAGGTCTGT
AA

>TRINITY_DN45611_c1_g1_i11 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TAATGATTGTAAAATAAACCTATTCTTATTGTTTTTCTTGGTTTAGAACATGCCTTTGAGCAATCTGCTTATAATTGTTATAATGCTAGCCATTCTTACAGGTTTTCTTGTTTTGGAATTGCATATCAAATTTATGAAATGAAATGCTCTGCATTTCGCCTGCTGGTCTTGGATTCAATTCCCTTACTGTGATGTCACAC
TAACTGCAATTATCATGCGCAAATTGGACTAGACTTATCTTATCCGTCTTAGCAGCTAGACTTAATTTGACTAGCCTTTACCATTTTCATATGACTGCGAAAGTCAATTCCATACAACTGCAGTGGCAACCATTTGGATTCGGATGCCATGGAAAAATGGCATTTACCATCTAAACATATGGATTTACGATCAAATAACC
CAAAAACTAATCATAACCTAAAAGCACAATTAAATTTCGGTGAAAACCTAATCGTAACCCAACAGCACAATTTGAATTTCATTAGTAGTATCCGTTGGATGAATCTTGATCGAACCTTCATTACGAAAATCACCATCCTTTTGTGCGTTTGAACTTCATAAAATGCTCTTTGCTTTTGGCTACCTCAACCGCTCCTCTTG
TGCTGGATCTCAATGTGCAGTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGGTATTATGCCTTTATTCCTTCTTTgtgagtattgttatttttctattagcagtaaatgaaagagtgtatatatcttactgtaattttttctcttcccctttttgtattctgattcaatttcaa
ttagaattcgtctatgaaaattctgccttcagtcttacttatttttgttggctctttttttgttcatggctcagACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAGACAAATAAACCTACAATATCGATGTTTATAATGTAATT
GTTTCTCTTCTCTATTCTCTGTTTTGAAATTTGTCTGTGTAAAGTCTCCCCTTCAATTTGATTTGTTTTATTTGTTGTTTTAAACTTTATTTCAGAATAAGGTACCCATGAGTTTATGTTTTGGCCGCTCTAATTTAC

Intron 8 GTATTATGCC ... CATGGCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.32	23.5	0	6.8
A2	10.08	16	2	1.6
A3	5.44	17.8	0	2
A4	13.79	17.8	0	6.8
A5	10.3	4.4	1	0
A6	7.24	216.6	5	30.4
A7	19.53	168.8	27.8	54.6
A8	15.81	233.4	28.4	60.4
A9	7.41	262.3	8.4	34.4
A10	11.41	192.8	26.2	24

>TRINITY_DN48383_c1_g3_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTGGTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTC
TTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGGGA
CAATATAGGATGGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAGACAAATAAACCTA
CAATATCGATGTTTATAAT

>TRINITY_DN48383_c1_g3_i12 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTTGAATCTCTGGCATCTGGAGCGCTCTTTGTTTCTGTTTGTATGTTGTGCGTGTAATGTCTCGTCTGTCTGTTCTATTTCTGTGCTCTGTTTCTCTGTGTATGTAATGTTATCTCGTATGTCTCTGTCAGTTCTGTTTGTGTGTTCTGTTTCTGTGTGTATGTAGTGTTGGTGATCTCTCATAACTGAAAGGAAATTC
TTGGAGGGAGACGTTTCTTGCGATGAACAGAGGCAGAGGCGTGGCGTGGCGTTCAACATGATCTTTATCGGCCTCTCAGACAGATATGATGACATTGCACGGAGCATAAGAGAGGATTCTTTAGGGATGAATTTTTTAGGATAAAGCAAGGCAGAGTGCCGCACTTTCAAGAAGATCTCCACCGATCTCTCCGATGGGGA
CAATATAGGATGGCACTCCGAGAAAAAAAAAGCACAATTAGGGTAAGTACTTCCGTTTCCTTTCTTTGTTTATGTTTGCGTTTTCATTATGGCCAAAATTTGGTTAAGTTTTTTTTTAATTTCTATAATATGTCCCCACGCGTTCCCTTTTCCTCTCCTGTACTGTTGCGTTCTGATCTGTGGCTGTAACATACATTGGA
TGTTTGGGTTTTTGTTGTTTTCCTGTTAATATATTTTCCTTCAAATGCAAACAGAATTTGGAGGTTAATTATAGTTCGTTATGTTTATATTTGCATTATGTTATCAATTTGGTTATTTGTTTTCTTATATCTGTCTTTTTTGGAACTTTTTTTCGTCCCTACTCTGGTTTTTTTGGCTTTTAATACTTGTCAATCATGAA
AATTTGCTCATAAATTTTATGTTGCTTTTAATTCTTTCCCTACACTATTTTACCCTTTACCTTATGTCTGGCAGAGCGTATTTCTTAAAATTTGCATAGATTTTATTGAGTGTTGATTGATTCATTGTTTACTTAATCTCAATCTCGTATTACTCTGTTAGCCTACGCTCTGTGGATTCTTGGTTTCTATTTATGTCTCC
CTTTTTGCGTTACAGTTTGCTGTAACTTCTATCGTTTACGCTTCCTCTTGTTTACCTGTTTGGGATAATTCATTGTTATTTCTTCCTTGTTATAATGCTTTTTGATTTTTTGTTTTGTTCATCCGAGCATCATTTAATTTCATATTATGATATGCGAAGTGAAGGTCAAGGGTTCATCGTACGTATCATTTAATTCAAAT
TACTAAGGCCATGGGTTCAATGGATTCAATTCGAGTAGACTTTGGTAGCTTAATAAAACTCTGTATCTTAGCATTATAAGGGCAGGGTTTCAATTCGAGTGGACTGTGGCAGCCGAATAAAACTCTGTATCTTACCATTATCCACCTAGTTTATAATGGATCCAGTTTCGGATTAAACCTTTAATGATCTTGGATGTTTT
GATATGCTGGTTTAGAACATGCCTTCAACAATCTGCGGATAATGATTGTAAAATAAACCTATTCTTATTGTTTTTCTTGGTTTAGAACATGCCTTTGAGCAATCTGCTTATAATTGTTATAATGCTAGCCATTCTTACAGGTTTTCTTGTTTTGGAATTGCATATCAAATTTATGAAATGAAATGCTCTGCATTTCGCCT
GCTGGTCTTGGATTCAATTCCCTTACTGTGATGTCACACTAACTGCAATTATCATGCGCAAATTGGACTAGACTTATCTTATCCGTCTTAGCAGCTAGACTTAATTTGACTAGCCTTTACCATTTTCATATGACTGCGAAAGTCAATTCCATACAACTGCAGTGGCAACCATTTGGATTCGGATGCCATGGAAAAATGGC
ATTTACCATCTAAACATATGGATTTACGATCAAATAACCCAAAAACTAATCATAACCTAAAAGCACAATTAAATTTCGGTGAAAACCTAATCGTAACCCAACAGCACAATTTGAATTTCATTAGTAGTATCCGTTGGATGAATCTTGATCGAACCTTCATTACGAAAATCACCATCCTTTTGTGCGTTTGAACTTCATAA
AATGCTCTTTGCTTTTGGCTACCTCAACCGCTCCTCTTGTGCTGGATCTCAATGTGCAGTGTGGCTCTGTGGGTCTTTGATCTATCAATTTTGGATCGTATATGAGAGGCGAAATGgtattatgcctttattccttctttgtgagtattgttatttttctattagcagtaaatgaaagagtgtatatatcttactgtaat
tttttctcttcccctttttgtattctgattcaatttcaattagaattcgtctatgaaaattctgccttcagtcttacttatttttgttggctcttttttgttcatggctcagACAATTGAGGGCCGAAGTAGCAGTGACTGAGATATTGGAGCGAGGAAAAAGAAAACAGCTGGGCGAAATGCATAAGAAAATGAAACAG
ACAAATAAACCTACAATATCGATGTTTATAATAACTAAAGCAATTATGGGAGGCACTATGTTTGGCTGACCAAGTGTAAAAGTAGAACTAAAGCAATTATGGGAGG