sp|Q84R21|Y1559_ARATH ----> DUF21 domain-containing protein At1g55930, chloroplastic


Intron 1 GTAAGGCTTG ... TTTGCTGCAG

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A1001100



>TRINITY_DN116207_c0_g1_i14 from sample A3 / Example spliced isoform
ATTCTGAAAAACATGCATATCTCTATTATTTAGACGGACCACAATTCAATTGGACAAATTTGAGAGAACGCCTCAAGGAAAGGCAAGATTTCATAATCGTAGAACAGTTTACCCAAATGCTATCTGTTGCTTTTCATCGAGAATATTCCCACAATTTTGAGCCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCC
CAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCTTTTATCTCTCTGTGACACTGATAGCAAAGCTTGAAGAATGTGTTGTGGGTCTGCTGAAAGTGTGGAAGGAGCACACAATCAAGGGTTCTTCTACATCGGATGAAAACTAGAT
TCTATACATCATAATGGCAGGCAGTTTATACCAGTGTCTGATACACACAAGCGTGTTTAAAAATACAGAGATTAATTCAACATTTGGACATTATCACATGAAGTCAGCATTCAATACCCCCCCTTCATTGGTGGGTACCCGAAGAGTCAGACACGGAATAAAAGACGATAGGAGGACCAAGATGAGTTGGGTTTTTCCTA
CAATGTCTTATAGAGGGCAGATTGCCTCTTGTTTTGTGGGCTTCGCCAAATTTAGCAGAGAGAAGCCTGTAAGGCCAGTCGAGGTCCGTAGAGGTTCTGATTTAATGCCTGAAATAGCATTGAGGGTCGCCAGAATTTCCAAGCGGGCACTTGCAGTCTTGGCGGCAGTATCATGTGCTTCGTTGTTGTGGAGATGCAGA
GCAGCTTATGCAGTAGAAAGCGTTCCAGCATTGGCACCTCAGCTGTCATTGAAAGTGAGGGCTCTGTGGGGGCTCCTCTCGCCTAAAATTTTACAGGTTTTCAGTGTTTTTAGAGATCAAGGATTGCTCATATCTGTTCTCTTGGCTCTTTCAGCATTCTTTTCTATGGCAGAGACATCCATCATGACACTGTGGCCCTG
GAAGGTTCAAGAATTAGCTGAAAAAGAACCAGAGGATGGTGTTTTCAGATTGCTTCGTCAGGATGTTACTCGGTTTCTTACAACCATTCTTATTGGCACAACTGTGGCAAACATTGGAGCAACAGCACTTGTGACTGAGGCAGCAACAACACTCTTCGGTGAAGCTGGAATAAGTGCAGCAACGGGAGTTATGACAGTTG
TTATTTTATTGCTTACAGAAATTACTCCAAAAAGCATAGCTGTCCATAATGCAACGGAAGTGGCACGCTTTGTGGTAAGACCAGTAGCCTGGCTTTCCGTGGTACTGTATCCAGTTGGTAGAATTGTGACTGCTTTGTCCATGGGCATGCTGAAGGTCCTGGGACTGAAGAGTAGAAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAG
GAGCTGAAGCTGATGTTGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAG
GGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGGTACCTGACCTAGATTCAATGTCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAG
GTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAATTGTGACATTGGAAGATGTTGTTGAAGAAATTGTTGGTGAAATCTTTGATGAAAGCGATTCAAAGGAAGAAATACGTAAGAAAACTGGTATAATTGTACATCGAGCTGATGGAGTATATGATGTCGATGCAAACACATCAATTGAGGACCTTGC
AGAGGCACTGGAGGTGAAATTAACAGAGAGTCCATATCATTATGAGACAGTTTCTGGTTTTGTTTGTGAGGCTTTTGGATATATTCCACGAACAGGAGAGAGTATTAGCATAGTTCTTCAAAAAGAGAATGATGAAGATAGTACAGATTTTGGAGAAGGTGCTATGGATCATCGCGAAGATCAACGAGAAAAGTTTCAGA
AGTACAAGCTTGAGATTTTAGCGGGGAATGCTAAGAAGGTTGATTCAGTTCGTTTTGAGGAGATAGACGGGGAAGAGAGCAAAGACCATACAGTTAATCGTGCCTTTCCTCGCATTGTCAAGCGAACATGGGAAGGTGCCTATGAAACATTTGATTTTAAAGAACAGTCAAATAGTGTCACTCCTATTATTCTATCCAAG
AACAGGGAAATGTGTCAGACACCACAGGCACACCCTTCAAATCGTTATGCCATTGCAGAAAATGTTGACACCGATAATGCTGAAGCTGAGACAAGCGTGGTGGAAATATCTGAATTAACTGTCATTGATCCCGAAGATTCTCATGTCAATATAGTTGAGGATGCTGATGTCCATATGGAGCAAACAGAGGATATAGATGT
CACCTCAACCTCCTCTGTAAGCACCTTGAATCAAAACTGGAAGCAACAAGAAAAGAAAGAAGAGAAAAGGAAAAAGAAGAGAAGAAAACAGCCAGTTGAAGGATCTCTTGGTTTAGATGATCAAGGCACTGTAGACTTGGGACATAGTGAGGCTGAATGATTAGTTATAATGCATGGGACAAACAAGATCATTTATTAGT
TCAATCTGATTATGATCTTCTGCCTTGTGGTTTGCATACCAAGTTTATATGTTGAAAGGGTCCTTCTGTAGAAGTGAAAATGAAGTGAAATGCTTTGCATAGAGGTATAGATTAAAATTGTTTAATTGGTGTAATATCTTTCCAAAATATAGCATAGGTCTTTATGATGAAAACCATGTTTCTGCCAATTAGGACAGGAT
GCTGATGCTATTTTTTGCATTCTCAGTATTGGCAATTTCCATTCAGCAATTTTAGGTGAGCTTTTATTTGTGAGATCCTCATGTTGAAACATGCTTGTAAATTACGGATTGTGCAAGAGTAATGGTGTAAAAAGATAAAATTGAGAAATAATTTCTCGAGGGTGTGCTTGGGACCATCAGTTATTCTATTTCTACCTTGT
TTTTGGAAGCATGGTCGAACAACAAACTTCTGTATACCTACATTATATGCGTCTCGACAAAATATACCTTGACTTGCCTCATAGAGATGATTATAA


>TRINITY_DN116207_c0_g1_i22 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GGCACGCTTTGTGgtaaggcttggttttctttgaaaatattaatattacggaaaatagtagggataacttgtaatcttttcatgatatcgtgataagatcatttgttgtatgctttgtaacactaataatgattcttggttgttggagtttatagcaatgcgagtgcacgctgcttaagctagcctcatcctttatcttt
gaaagactgattctttaatagctttcacaatggaatttccattcacaatttgctgcag
GTAAGACCAGTAGCCTGGCTTTCCGTGGTACTGTATCCAGTTGGTAGAATTGTGACTGCTTTGTCCATGGGCATGCTGAAGGTCCTGGGACTGAAGAGTAGAAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAGGAGCTGAAGCTGATGT
TGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAG
CGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGGTACCTGACCTAGATTCAATGTCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTG
TTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAATTGTGACATTGGAAGATGTTGTTGAAGAAATTGTTGGTGAAATCTTTGATGAAAGCGATTCAAAGGAAGAAATACGTAAGAAAACTGGTATAATTGTACATCGAGCTGATGGAGTATATGATGTCGATGCAAACACATCAATTGAGGACCTTGCAGAGGCACTGGAGGTG
AAATTAACAGAGAGTCCATATCATTATGAGACAGTTTCTGGTTTTGTTTGTGAGGCTTTTGGATATATTCCACGAACAGGAGAGAGTATTAGCATAGTTCTTCAAAAAGAGAATGATGAAGATAGTACAGATTTTGGAGAAGGTGCTATGGATCATCGCGAAGATCAACGAGAAAAGTTTCAGAAGTACAAGCTTGAGAT
TTTAGCGGGGAATGCTAAGAAGGTTGATTCAGTTCGTTTTGAGGAGATAGACGGGGAAGAGAGCAAAGACCATACAGTTAATCGTGCCTTTCCTCGCATTGTCAAGCGAACATGGGAAGGTGCCTATGAAACATTTGATTTTAAAGAACAGTCAAATAGTGTCACTCCTATTATTCTATCCAAGAACAGGGAAATGTGTC
AGACACCACAGGCACACCCTTCAAATCGTTATGCCATTGCAGAAAATGTTGACACCGATAATGCTGAAGCTGAGACAAGCGTGGTGGAAATATCTGAATTAACTGTCATTGATCCCGAAGATTCTCATGTCAATATAGTTGAGGATGCTGATGTCCATATGGAGCAAACAGAGGATATAGATGTCACCTCAACCTCCTCT
GTAAGCACCTTGAATCAAAACTGGAAGCAACAAGAAAAGAAAGAAGAGAAAAGGAAAAAGAAGAGAAGAAAACAGCCAGTTGAAGGATCTCTTGGTTTAGATGATCAAGGCACTGTAGACTTGGGACATAGTGAGGCTGAATGATTAGTTATAATGCATGGGACAAACAAGATCATTTATTAGTTCAATCTGATTATGAT
CTTCTGCCTTGTGGTTTGCATACCAAGTTTATATGTTGAAAGGGTCCTTCTGTAGAAGTGAAAATGAAGTGAAATGCTTTGCATAGAGGTATAGATTAAAATTGTTTAATTGGTGTAATATCTTTCCAAAATATAGCATAGGTCTTTATGATGAAAACCATGTTTCTGCCAATTAGGACAGGATGCTGATGCTATTTTTT
GCATTCTCAGTATTGGCAATTTCCATTCAGCAATTTTAGGTGAGCTTTTATTTGTGAGATCCTCATGTTGAAACATGCTTGTAAATTACGGATTGTGCAAGAGTAATGGTGTAAAAAGATAAAATTGAGAAATAATTTCTCGAGGGTGTGCTTGGGACCATCAGTTATTCTATTTCTACCTTGTTTTTGGAAGCATGGTC
GAACAACAAACTTCTGTATACCTACATTATATGCGTCTCGACAAAATATACCTTGACTTGCCTCATAGAGATGATTATAA




Intron 2 GTTAGTAGTA ... TTCTGTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN121863_c3_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoform
AGTTTCCTTACTGTAAAATATCAATTTATTGATGGAATGTTCTTGGTAGGTTTATTTTATTGGTTACAAAAATTACTCTAAAAAGCATAGTTGTCCATATTGCAACAAAAGTGGCACGCTTTGTGGTAATGCTTGATTTTCTTTGAAAATTTTAATATTATGGAAAATTGTAAGGATAACTTGTAACCTTTTCATGATAT
TGTGATAAGATCATTTGTTGTATGCTTTATAACACTAATAATGTTTCTTGGTTGTTGGAGTGTATAGCAATGCATGGAGTGCAGGCTGCTTAAGCTAGCTTCATCCTTTATCTTTGAAATATTGATTCTTTGATAGCTATCACAATGGGATTTTCATTCACAATTTGCTGCAGGTAAGACCCATAGCCTGGATTTTCTTA
GTATTGTATCTAGTTGGTAGAATTGTGTCTGTTTTTTCCATGGGCATGCTGAATATCCCGGGACTGAAGAGTAGAGAAGGTCACTTATTTTCCACCATTTGAATATCCTGGATAGAAGGGATAAATAATTTCTATATATTATCAGAAATATTTCTCAACTCACTGTTGTATTACCTAGTGCTTTCCCCATGTGATTTCTA
TCCTTATTTGGTTCATTGCAGATATAGGTATTGGTTGGATTCCCCTAGGATATACATATCCCATATATTGAGAAGATATATATCTATATTGCATATTTTTCCTCCAGTGAAAATCCTCTCTGATTTCTTATCCAACTCTGCTAGTAACTACTTTACCCTTAAACTATAAGCTTACTGAAAGACTAACCTAGACAGGGTAT
AAGTGGTGCATCATGCACTTTAAAATCAATGGACAAACCAAGATGAGAAGAAAAGGAAGCCAATTAATATGTTAATTCTCTTGGAATATTCAATGATTAGTGATCTCTCCTGCACATAGGAAAGAATATGGAAAACATTACAATTTTAAAAGTCGTTGAAGTGTCCGTGTTTGATATTGTTGATTTGATTTTCATACTTA
TATTTTGCTATTTGTTATGATTCTTTACAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAGGAGCTGAAGCTGATGTTGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTG
GAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGATTCAATG
TCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGA


>TRINITY_DN121863_c3_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GAACAGTTTACCCAAATGCTATCTGTTGCTTTTCATCGAGAATATTCCCACAATTTTGAGCCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCTTTTATCTCTCTGT
GACACTGATAGCAAAGCTTGAAGAATGTGTTGTGGGTCTGCTGAAAGTGTGGAAGGAGCACACAATCAAGGGTTCTTCTATATCGGATGAAAACTAGATTCTATACATCATAATGGCAGGCAGTTTATACCAGTGTCTGATACACACAAGCGTGTTTAAAAATACAGAGATTAATTCAACATTTGGACATTATCACATGA
AGTCAGCATTCAATACCCCCCCTTCATTGGTGGGTACCCGAAGAGTCAGACACGGAATAAAAGACGATAGGAGGACCAAGATGAGTTGGGTTTTTCCTACAATGTCTTATAGAGGGCAGATTGCCTCTTGTTTTGTGGGCTTCGCCAAATTTAGCAGAGAGAAGCCTGTAAGGCCAGTCGAGGTCCGTAGAGGTTCTGAT
TTAATGCCTGAAATAGCATTGAGGGTCGCCAGAATTTCCAAGCGGGCACTTGCAGTCTTGGCGGCAGTATCATGTGCTTCGTTGTTGTGGAGATGCAGAGCAGCTTATGCAGTAGAAAGCGTTCCAGCATTGGCACCTCAGCTGTCATTGAAAGTGAGGGCTCTGTGGGGGCTCCTCTCGCCTAAAATTTTACAGGTTTT
CAGTGTTTTTAGAGATCAAGGATTGCTCATATCTGTTCTCTTGGCTCTTTCAGCATTCTTTTCTATGGCAGAGACATCCATCATGACACTGTGGCCCTGGAAGGTTCAAGAATTAGCTGAAAAAGAACCAGAGGATGGTGTTTTCAGATTGCTTCGTCAGGATGTTACTCGGTTTCTTACAACCATTCTTATTGGCACAA
CTGTGGCAAACATTGGAGCAACAGCACTTGTGACTGAGGCAGCAACAACACTCTTCGGTGAAGCTGGAATAAGTGCAGCAACGGGAGTTATGACAGTTGTTATTTTATTGCTTACAGAAATTACTCCAAAAAGCATAGCTGTCCATAATGCAACGGAAGTGGCACGCTTTGTGGTAAGACCAGTAGCCTGGCTTTCCGTG
GTACTGTATCCAGTTGGTAGAATTGTGACTGCTTTGTCCATGGGCATGCTGAAGGTCCTGGGACTGAAGAGTAGAAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAGGAGCTGAAGCTGATGTTGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGT
AAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGgttagtagtagtacctattacc
caatagatttgggttttatcggcaagtaataaaaacttgcctggagccacgtttagttttagcttgcataaaatgtttatatattggtttgatagcttgctattttgttttaatttgtagagatctcttaatgtttttaggaatttgatcttaaattctaaatgatatttacttactctctgaacttgcctgctatatgc
agaagacaggtctgaatatgagctaacaaatagatttacctgttctgtgtag
GCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGGTACCTGACCTAGGTTATGCATTGCAGAATTGTTTTTATTATTTCCTGTTGCACCTGAGGGTATAGAAATATGGATGAGATTTTTTA
GATTCCACTTTCTATCTTTAATTTAGTTTCACGATTAACACAAAATATATCAACATATTGCCTTCTAATAGCTTGGTATTAACTTTGTTATGCATATTACTTTCATGTCTGGAATGCTTTTGCCCAATGGTTGTTTGTAAGGTGCCTTGCATCACTCATTGACTACAGATTTTTAATTTCGACATTAATGATCATACACA
TGTTCTTTTTTAGATTCAATGTCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAGTAAGTTGTTTTCAGTTCATGGTGTTCTTCCTAAGCAGTTGCTAGGATACTTGTTTGAATCTTTCCTGTGCTATTTAATCAGTCTAATAGTAGGT
ACTGAAAGACCCAGCTGCTAAAAGCAAATAGTATTCCATAGCATAAAGAGTCTTTCTGCAATTGCTCAAGAAAATATTTTGTTTATTGTTTGGTCAGGGAGTTATAATTGACTTTCATTTTTTTTCAGTTCCCACAGCTTGGATAAAT




Intron 3 GTTATGCATT ... TCTTTTTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A141.749.567.6
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A335.6714105.6
A464.676129.8
A5100041
A625.733.502.4
A730.641887.8
A833.21522.6
A916.7114.54.51.4
A1029.0115.510.52.2



>TRINITY_DN121863_c3_g1_i22 from sample A1 / Example spliced isoform
CCAAGGTTGAATCGCCCTCGATTTTTATTAATGGAAGATTCCCTGGGTTGAATCACCCTCGATTTTCATTAATGGAGGATGCCCAAGGTTGAATCGCCCCTTGATTTTCATTAATGGAGTTTTTGGGAAGGAGGGGAGCGATTTTGTCTCTATAAAATTTCCAGTAGAGGGTGTTCATTCGTTGGTTTGCACTGACCATA
TACCACTCTATTATGATGTGGCTCTTCCCACTGTGTATTGAATTCATTATTTAATAATATATAACCCTACTTGATTAACAAGTTATGCATTGATGCTAGGCGCTAAAACTATTAGTTTGTATTGTATGCATGTGTTTCAGGGGTGAAAGGCCGTTCACTAACAATTCTATTATGCTAGTAGCCTCTAGTATTAGTAAATT
GCTTGGAAGGTTTGAACTGTTGCCAATCTTGTATTTAGAAAATCAAGAATGTGTCAACTCTTGTGGAAAAATTTGAAGTTTGGCATCTAAATCTTCTGCGCATGTTGATTTCAGGAAGTTTGGCATCTAAATTTTATGTGCATGTCGATTTCTGGGAAAGCATATCATCCTTCAAGATATTTTTAGGAGTTATTTCTGTC
ATGACTGAATTTTTGACCCCAAATAGTTGTGGTCATAGAAGTTCAGAGTTCCCCCTTGGGATATAAGACGTGAAAATTTCTTGTGCTAGCTATATTCCAGATCATTAAATTGGAAAATTAGTAAAATGCAAAAGTATAATCTCAAACCAGTTTTCATAAATATTTTTATATTTGGGTGACATCTTAAATTCATTTTTCAT
GGAAATTAATGTCTGAATCTCCTCTCTTATGGATTTCTCATCACTAGATGTTGAATCGGGCCAGTTTCCTTACTGTAAAATATCAGTGTTCTGATGGAATGTTCTTGGCAGGTTGTTATTTTATTGCTTACAGAAATTACTCCAAAAAGCATAGCTGTCCATAATGCAACGGAAGTGGCACGCTTTGTGGTAAGACCAGT
AGCCTGGCTTTCCGTGGTACTGTATCCAGTTGGTAGAATTGTGACTGCTTTGTCCATGGGCATGCTGAAGGTCCTGGGACTGAAGAGTAGAAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAGGAGCTGAAGCTGATGTTGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAA
TCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAG
ATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGGTACCTGACCTAGATTCAATGTCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAGGATCAAGGCTAGGTCAACAGACTCAACACATCAACAAGA
ATCGGCTCATGAAGAGCAAACATGTCACAAAGAGGGATTTGAAACCAGGATTGGGAGGAAACAACTTTTCCTCTCAGCTACTCTAGCTACACCAAATTCACATTGATATTTCTTGAGTTGTGAAGGAATGCCCGACTACTGAGTTTGAACCCTATTATTGGTCTCTTTTTCAATTAGCGCTAGCGCCTTTTCATTAATAA
ATAATACTTGGATGAGGATTTTTTATCAAGATTAATGAACGATATGCTACTTTGCCATTTTCAGATGGAGTAAAGTTTTGCTTCTTTTCTGTTTCACGACATACAAGCAACTATCCCACTCAACTTGGTCAAAACTATTTGCTCACCCTTTTTATCAATATTAAGTTTGGAAGTGTGTAGATGCTTTCCTTAGATCCTAT
TATGTTTGAAGCACTTTTGTGTGCTGTATAGTTACTCTACATTCTTATGTGTAAACTTTAGAATCTTAGATGTTTTTCTTTTGGTAAGTAAACTAGAATATTTATTTATTTATTTTCTTCAAGAAAACCTTGTGGGATTCGCTCCTTTTCCATGGAATACCTGCACGGAAGGCAGCTCAAGTGCTAGCTGCACCTCGAGG
GACACGATCGGATTTGACCCTATGACCTTTTGCCTCCCCATTGACAACATGCCTTAGGCAGATGGTTCAACCAATTTTTCTAACCCTTGTGGCTAAGTAAAGCAAAATATTTAAATTATCAAGACGTTGGGGTTACATTGATTCAGCAAGATCCACTCAGTAGTAGCATGATCAGATTTTGCAGGGTGAGGTCCTTCCAA
TTCACTGTTGAAATTTCACACAATCGGGCAATTAATGCAACACTGAAATTTCACTTTCGTCCTAGAAGGTTTCTCAGATCTTAGACCTAGAATTTTCAGCCTTAGGATTGCTGTAAATTAAAGTATAAAACAGCAGTGGAAAGATCACAATAATTGACTTCAAGCAGCCCCACACTTCATGGCAATTTAAGGAGAAAAGA
TACCAAACAATGAGATGAGTTTCAGCCCTTTTGGGGCAAATCATCAGCCAATAACCAGATTTGAAAATATAGTTTTACCGCAATAATTACAGCATTATAACAACAGTAAAATCAGCCTC


>TRINITY_DN121863_c3_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGA
CATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGGTACCTGACCTAGgttatgcattgcagaattgtttttattatttcctgttgcacctgagggtatagaaatatggatgagattttttagattccactttctatctttaatttagtttc
acgattaacacaaaatatatcaacatattgccttctaatagcttggtattaactttgttatgcatattactttcatgtctggaatgcttttgcccaatggttgtttgtaaggtgccttgcatcactcattgactacagatttttaatttcgacattaatgatcatacacatgttcttttttag
ATTCAATGTCAGTTTGG
AATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAATTGTGACATTGGAAGATGTTGTTGAAGAAATTGTTGGTGAAATCTTTGATGAAAGCGATTCAAAGGAAGAAATACGTAAGAAAACTGGTATAATTGTACATCGAGCTGATGGAGTATATGATGT
CGATGCAAACACATCAATTGAGGACCTTGCAGAGGCACTGGAGGTGAAATTAACAGAGAGTCCATATCATTATGAGACAGTTTCTGGTTTTGTTTGTGAGGCTTTTGGATATATTCCACGAACAGGAGAGAGTATTAGCATAGTTCTTCAAAAAGAGAATGATGAAGATAGTACAGATTTTGGAGAAGGTGCTATGGATC
ATCGCGAAGATCAACGAGAAAAGTTTCAGAAGTACAAGCTTGAGATTTTAGCGGGGAATGCTAAGAAGGTTGATTCAGTTCGTTTTGAGGAGATAGACGGGGAAGAGAGCAAAGACCATACAGTTAATCGTGCCTTTCCTCGCATTGTCAAGCGAACATGGGAAGGTGCCTATGAAACATTTGATTTTAAAGAACAGTCA
AATAGTGTCACTCCTATTATTCTATCCAAGAACAGGGAAATGTGTCAGACACCACAGGCACACCCTTCAAATCGTTATGCCATTGCAGAAAATGTTGACACCGATAATGCTGAAGCTGAGACAAGCGTGGTGGAAATATCTGAATTAACTGTCATTGATCCCGAAGATTCTCATGTCAATATAGTTGAGGATGCTGATGT
CCATATGGAGCAAACAGAGGATATAGATGTCACCTCAACCTCCTCTGTAAGCACCTTGAATCAAAACTGGAAGCAACAAGAAAAGAAAGAAGAGAAAAGGAAAAAGAAGAGAAGAAAACAGCCAGTTGAAGGATCTCTTGGTTTAGATGATCAAGGCACTGTAGACTTGGGACATAGTGAGGCTGAATGATTAGTTATAA
TGCATGGGACAAACAAGATCATTTATTAGTTCAATCTGATTATGATCTTAACTGCCTTGTGGTTTGCATACCAAGTTTATATGTTGAAAGGGTCCTTCTGTAGAAGTGAAAATGAAGTGAAATGCTTTGCATAGAGGTATAGATTAAAATTGTTTAATTGGTGTAATATCTTTCCAAAATATAGCATAGGTCTTTATGAT
GAAAACCATGTTTCTGCCAATTAGGACAGGATGCTGATGCTATTTTTTGCATTCTCAGTATTGGCAATTTCCATTCAGCAATTTTAGGTGAGCTTTTATTTGTGAGATCCTCATGTTGAAACATGCTTGTAAATTACGGATTGTGCAAGAGTAATGGTGTAAAAAGATAAAATTGAGAAATAATTTCTCGAGGGTGTGCT
TGGGACCATCAGTTATTCTATTTCTACCTTGTTTTTGGAAGCATGGTCGAACAACAAACTTCTGTATACCTACATTATATGCGTCTCGACAAAATATACCTTGACTTGCCTCATAGAGATGATTATAATGGAGTGTGTGTGCAATGCAAATTTTATCCACATACAAATGCAAAGATGGGGGCTTATGGCCCCAAAGATGT
GCTATAAGGAGAC




Intron 4 GTGAGGGCTC ... GCTCTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A162.56155
A273.444715.8
A362.6132023.5
A461.82101814.5
A557.688129.8
A6100032
A759.876107.9
A853.09333.8
A947.56775.7
A1071.7271916.5



>TRINITY_DN121863_c3_g1_i17 from sample A1 / Example spliced isoform
GAACAGTTTACCCAAATGCTATCTGTTGCTTTTCATCGAGAATATTCCCACAATTTTGAGCCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCTTTTATCTCTCTGT
GACACTGATAGCAAAGCTTGAAGAATGTGTTGTGGGTCTGCTGAAAGTGTGGAAGGAGCACACAATCAAGGGTTCTTCTATATCGGATGAAAACTAGATTCTATACATCATAATGGCAGGCAGTTTATACCAGTGTCTGATACACACAAGCGTGTTTAAAAATACAGAGATTAATTCAACATTTGGACATTATCACATGA
AGTCAGCATTCAATACCCCCCCTTCATTGGTGGGTACCCGAAGAGTCAGACACGGAATAAAAGACGATAGGAGGACCAAGATGAGTTGGGTTTTTCCTACAATGTCTTATAGAGGGCAGATTGCCTCTTGTTTTGTGGGCTTCGCCAAATTTAGCAGAGAGAAGCCTGTAAGGCCAGTCGAGGTCCGTAGAGGTTCTGAT
TTAATGCCTGAAATAGCATTGAGGGTCGCCAGAATTTCCAAGCGGGCACTTGCAGTCTTGGCGGCAGTATCATGTGCTTCGTTGTTGTGGAGATGCAGAGCAGCTTATGCAGTAGAAAGCGTTCCAGCATTGGCACCTCAGCTGTCATTGAAACATTCTTTTCTATGGCAGAGACATCCATCATGACACTGTGGCCCTGG
AAGGTTCAAGAATTAGCTGAAAAAGAACCAGAGGATGGTGTTTTCAGATTGCTTCGTCAGGATGTTACTCGGTTTCTTACAACCATTCTTATTGGCACAACTGTGGCAAACATTGGAGCAACAGCACTTGTGACTGAGGCAGCAACAACACTCTTCGGTGAAGCTGGAATAAGTGCAGCAACGGGAGTTATGACA


>TRINITY_DN121863_c3_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GAACAGTTTACCCAAATGCTATCTGTTGCTTTTCATCGAGAATATTCCCACAATTTTGAGCCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCTTTTATCTCTCTGT
GACACTGATAGCAAAGCTTGAAGAATGTGTTGTGGGTCTGCTGAAAGTGTGGAAGGAGCACACAATCAAGGGTTCTTCTATATCGGATGAAAACTAGATTCTATACATCATAATGGCAGGCAGTTTATACCAGTGTCTGATACACACAAGCGTGTTTAAAAATACAGAGATTAATTCAACATTTGGACATTATCACATGA
AGTCAGCATTCAATACCCCCCCTTCATTGGTGGGTACCCGAAGAGTCAGACACGGAATAAAAGACGATAGGAGGACCAAGATGAGTTGGGTTTTTCCTACAATGTCTTATAGAGGGCAGATTGCCTCTTGTTTTGTGGGCTTCGCCAAATTTAGCAGAGAGAAGCCTGTAAGGCCAGTCGAGGTCCGTAGAGGTTCTGAT
TTAATGCCTGAAATAGCATTGAGGGTCGCCAGAATTTCCAAGCGGGCACTTGCAGTCTTGGCGGCAGTATCATGTGCTTCGTTGTTGTGGAGATGCAGAGCAGCTTATGCAGTAGAAAGCGTTCCAGCATTGGCACCTCAGCTGTCATTGAAAgtgagggctctgtgggggctcctctcgcctaaaattttacaggtttt
cagtgtttttagagatcaaggattgctcatatctgttctcttggctctttcag
CATTCTTTTCTATGGCAGAGACATCCATCATGACACTGTGGCCCTGGAAGGTTCAAGAATTAGCTGAAAAAGAACCAGAGGATGGTGTTTTCAGATTGCTTCGTCAGGATGTTACTCGGTTTCTTACAACCATTCTTATTGGCACAA
CTGTGGCAAACATTGGAGCAACAGCACTTGTGACTGAGGCAGCAACAACACTCTTCGGTGAAGCTGGAATAAGTGCAGCAACGGGAGTTATGACAGTTGTTATTTTATTGCTTACAGAAATTACTCCAAAAAGCATAGCTGTCCATAATGCAACGGAAGTGGCACGCTTTGTGGTAAGACCAGTAGCCTGGCTTTCCGTG
GTACTGTATCCAGTTGGTAGAATTGTGACTGCTTTGTCCATGGGCATGCTGAAGGTCCTGGGACTGAAGAGTAGAAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAGGAGCTGAAGCTGATGTTGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGT
AAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGGTTAGTAGTAGTACCTATTACC
CAATAGATTTGGGTTTTATCGGCAAGTAATAAAAACTTGCCTGGAGCCACGTTTAGTTTTAGCTTGCATAAAATGTTTATATATTGGTTTGATAGCTTGCTATTTTGTTTTAATTTGTAGAGATCTCTTAATGTTTTTAGGAATTTGATCTTAAATTCTAAATGATATTTACTTACTCTCTGAACTTGCCTGCTATATGC
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GATTCCACTTTCTATCTTTAATTTAGTTTCACGATTAACACAAAATATATCAACATATTGCCTTCTAATAGCTTGGTATTAACTTTGTTATGCATATTACTTTCATGTCTGGAATGCTTTTGCCCAATGGTTGTTTGTAAGGTGCCTTGCATCACTCATTGACTACAGATTTTTAATTTCGACATTAATGATCATACACA
TGTTCTTTTTTAGATTCAATGTCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAGTAAGTTGTTTTCAGTTCATGGTGTTCTTCCTAAGCAGTTGCTAGGATACTTGTTTGAATCTTTCCTGTGCTATTTAATCAGTCTAATAGTAGGT
ACTGAAAGACCCAGCTGCTAAAAGCAAATAGTATTCCATAGCATAAAGAGTCTTTCTGCAATTGCTCAAGAAAATATTTTGTTTATTGTTTGGTCAGGGAGTTATAATTGACTTTCATTTTTTTTCAGTTCCCACAGCTTGGATAAAT




Intron 5 GTACCTGACC ... TCTTTTTTAG

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>TRINITY_DN121863_c3_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoform
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TGTGATAAGATCATTTGTTGTATGCTTTATAACACTAATAATGTTTCTTGGTTGTTGGAGTGTATAGCAATGCATGGAGTGCAGGCTGCTTAAGCTAGCTTCATCCTTTATCTTTGAAATATTGATTCTTTGATAGCTATCACAATGGGATTTTCATTCACAATTTGCTGCAGGTAAGACCCATAGCCTGGATTTTCTTA
GTATTGTATCTAGTTGGTAGAATTGTGTCTGTTTTTTCCATGGGCATGCTGAATATCCCGGGACTGAAGAGTAGAGAAGGTCACTTATTTTCCACCATTTGAATATCCTGGATAGAAGGGATAAATAATTTCTATATATTATCAGAAATATTTCTCAACTCACTGTTGTATTACCTAGTGCTTTCCCCATGTGATTTCTA
TCCTTATTTGGTTCATTGCAGATATAGGTATTGGTTGGATTCCCCTAGGATATACATATCCCATATATTGAGAAGATATATATCTATATTGCATATTTTTCCTCCAGTGAAAATCCTCTCTGATTTCTTATCCAACTCTGCTAGTAACTACTTTACCCTTAAACTATAAGCTTACTGAAAGACTAACCTAGACAGGGTAT
AAGTGGTGCATCATGCACTTTAAAATCAATGGACAAACCAAGATGAGAAGAAAAGGAAGCCAATTAATATGTTAATTCTCTTGGAATATTCAATGATTAGTGATCTCTCCTGCACATAGGAAAGAATATGGAAAACATTACAATTTTAAAAGTCGTTGAAGTGTCCGTGTTTGATATTGTTGATTTGATTTTCATACTTA
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GAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGATTCAATG
TCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGA


>TRINITY_DN121863_c3_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGA
CATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGgtacctgacctaggttatgcattgcagaattgtttttattatttcctgttgcacctgagggtatagaaatatggatgagattttttagattccactttctatctttaatttagtttc
acgattaacacaaaatatatcaacatattgccttctaatagcttggtattaactttgttatgcatattactttcatgtctggaatgcttttgcccaatggttgtttgtaaggtgccttgcatcactcattgactacagatttttaatttcgacattaatgatcatacacatgttcttttttag
ATTCAATGTCAGTTTGG
AATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAATTGTGACATTGGAAGATGTTGTTGAAGAAATTGTTGGTGAAATCTTTGATGAAAGCGATTCAAAGGAAGAAATACGTAAGAAAACTGGTATAATTGTACATCGAGCTGATGGAGTATATGATGT
CGATGCAAACACATCAATTGAGGACCTTGCAGAGGCACTGGAGGTGAAATTAACAGAGAGTCCATATCATTATGAGACAGTTTCTGGTTTTGTTTGTGAGGCTTTTGGATATATTCCACGAACAGGAGAGAGTATTAGCATAGTTCTTCAAAAAGAGAATGATGAAGATAGTACAGATTTTGGAGAAGGTGCTATGGATC
ATCGCGAAGATCAACGAGAAAAGTTTCAGAAGTACAAGCTTGAGATTTTAGCGGGGAATGCTAAGAAGGTTGATTCAGTTCGTTTTGAGGAGATAGACGGGGAAGAGAGCAAAGACCATACAGTTAATCGTGCCTTTCCTCGCATTGTCAAGCGAACATGGGAAGGTGCCTATGAAACATTTGATTTTAAAGAACAGTCA
AATAGTGTCACTCCTATTATTCTATCCAAGAACAGGGAAATGTGTCAGACACCACAGGCACACCCTTCAAATCGTTATGCCATTGCAGAAAATGTTGACACCGATAATGCTGAAGCTGAGACAAGCGTGGTGGAAATATCTGAATTAACTGTCATTGATCCCGAAGATTCTCATGTCAATATAGTTGAGGATGCTGATGT
CCATATGGAGCAAACAGAGGATATAGATGTCACCTCAACCTCCTCTGTAAGCACCTTGAATCAAAACTGGAAGCAACAAGAAAAGAAAGAAGAGAAAAGGAAAAAGAAGAGAAGAAAACAGCCAGTTGAAGGATCTCTTGGTTTAGATGATCAAGGCACTGTAGACTTGGGACATAGTGAGGCTGAATGATTAGTTATAA
TGCATGGGACAAACAAGATCATTTATTAGTTCAATCTGATTATGATCTTAACTGCCTTGTGGTTTGCATACCAAGTTTATATGTTGAAAGGGTCCTTCTGTAGAAGTGAAAATGAAGTGAAATGCTTTGCATAGAGGTATAGATTAAAATTGTTTAATTGGTGTAATATCTTTCCAAAATATAGCATAGGTCTTTATGAT
GAAAACCATGTTTCTGCCAATTAGGACAGGATGCTGATGCTATTTTTTGCATTCTCAGTATTGGCAATTTCCATTCAGCAATTTTAGGTGAGCTTTTATTTGTGAGATCCTCATGTTGAAACATGCTTGTAAATTACGGATTGTGCAAGAGTAATGGTGTAAAAAGATAAAATTGAGAAATAATTTCTCGAGGGTGTGCT
TGGGACCATCAGTTATTCTATTTCTACCTTGTTTTTGGAAGCATGGTCGAACAACAAACTTCTGTATACCTACATTATATGCGTCTCGACAAAATATACCTTGACTTGCCTCATAGAGATGATTATAATGGAGTGTGTGTGCAATGCAAATTTTATCCACATACAAATGCAAAGATGGGGGCTTATGGCCCCAAAGATGT
GCTATAAGGAGAC