sp|Q84R21|Y1559_ARATH ----> DUF21 domain-containing protein At1g55930, chloroplastic
Intron 1 GTAAGGCTTG ... TTTGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25 | 15 | 0 | 5 |
| A2 | 35 | 13 | 1 | 7 |
| A3 | 52.94 | 8 | 0 | 9 |
| A4 | 23.53 | 13 | 1 | 4 |
| A5 | 14.29 | 6 | 0 | 1 |
| A6 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A7 | 16.67 | 10 | 0 | 2 |
| A8 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A9 | 12.5 | 14 | 0 | 2 |
| A10 | 0 | 11 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN116207_c0_g1_i14 from sample A3 / Example spliced isoformATTCTGAAAAACATGCATATCTCTATTATTTAGACGGACCACAATTCAATTGGACAAATTTGAGAGAACGCCTCAAGGAAAGGCAAGATTTCATAATCGTAGAACAGTTTACCCAAATGCTATCTGTTGCTTTTCATCGAGAATATTCCCACAATTTTGAGCCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCC
CAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCTTTTATCTCTCTGTGACACTGATAGCAAAGCTTGAAGAATGTGTTGTGGGTCTGCTGAAAGTGTGGAAGGAGCACACAATCAAGGGTTCTTCTACATCGGATGAAAACTAGAT
TCTATACATCATAATGGCAGGCAGTTTATACCAGTGTCTGATACACACAAGCGTGTTTAAAAATACAGAGATTAATTCAACATTTGGACATTATCACATGAAGTCAGCATTCAATACCCCCCCTTCATTGGTGGGTACCCGAAGAGTCAGACACGGAATAAAAGACGATAGGAGGACCAAGATGAGTTGGGTTTTTCCTA
CAATGTCTTATAGAGGGCAGATTGCCTCTTGTTTTGTGGGCTTCGCCAAATTTAGCAGAGAGAAGCCTGTAAGGCCAGTCGAGGTCCGTAGAGGTTCTGATTTAATGCCTGAAATAGCATTGAGGGTCGCCAGAATTTCCAAGCGGGCACTTGCAGTCTTGGCGGCAGTATCATGTGCTTCGTTGTTGTGGAGATGCAGA
GCAGCTTATGCAGTAGAAAGCGTTCCAGCATTGGCACCTCAGCTGTCATTGAAAGTGAGGGCTCTGTGGGGGCTCCTCTCGCCTAAAATTTTACAGGTTTTCAGTGTTTTTAGAGATCAAGGATTGCTCATATCTGTTCTCTTGGCTCTTTCAGCATTCTTTTCTATGGCAGAGACATCCATCATGACACTGTGGCCCTG
GAAGGTTCAAGAATTAGCTGAAAAAGAACCAGAGGATGGTGTTTTCAGATTGCTTCGTCAGGATGTTACTCGGTTTCTTACAACCATTCTTATTGGCACAACTGTGGCAAACATTGGAGCAACAGCACTTGTGACTGAGGCAGCAACAACACTCTTCGGTGAAGCTGGAATAAGTGCAGCAACGGGAGTTATGACAGTTG
TTATTTTATTGCTTACAGAAATTACTCCAAAAAGCATAGCTGTCCATAATGCAACGGAAGTGGCACGCTTTGTGGTAAGACCAGTAGCCTGGCTTTCCGTGGTACTGTATCCAGTTGGTAGAATTGTGACTGCTTTGTCCATGGGCATGCTGAAGGTCCTGGGACTGAAGAGTAGAAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAG
GAGCTGAAGCTGATGTTGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAG
GGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGGTACCTGACCTAGATTCAATGTCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAG
GTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAATTGTGACATTGGAAGATGTTGTTGAAGAAATTGTTGGTGAAATCTTTGATGAAAGCGATTCAAAGGAAGAAATACGTAAGAAAACTGGTATAATTGTACATCGAGCTGATGGAGTATATGATGTCGATGCAAACACATCAATTGAGGACCTTGC
AGAGGCACTGGAGGTGAAATTAACAGAGAGTCCATATCATTATGAGACAGTTTCTGGTTTTGTTTGTGAGGCTTTTGGATATATTCCACGAACAGGAGAGAGTATTAGCATAGTTCTTCAAAAAGAGAATGATGAAGATAGTACAGATTTTGGAGAAGGTGCTATGGATCATCGCGAAGATCAACGAGAAAAGTTTCAGA
AGTACAAGCTTGAGATTTTAGCGGGGAATGCTAAGAAGGTTGATTCAGTTCGTTTTGAGGAGATAGACGGGGAAGAGAGCAAAGACCATACAGTTAATCGTGCCTTTCCTCGCATTGTCAAGCGAACATGGGAAGGTGCCTATGAAACATTTGATTTTAAAGAACAGTCAAATAGTGTCACTCCTATTATTCTATCCAAG
AACAGGGAAATGTGTCAGACACCACAGGCACACCCTTCAAATCGTTATGCCATTGCAGAAAATGTTGACACCGATAATGCTGAAGCTGAGACAAGCGTGGTGGAAATATCTGAATTAACTGTCATTGATCCCGAAGATTCTCATGTCAATATAGTTGAGGATGCTGATGTCCATATGGAGCAAACAGAGGATATAGATGT
CACCTCAACCTCCTCTGTAAGCACCTTGAATCAAAACTGGAAGCAACAAGAAAAGAAAGAAGAGAAAAGGAAAAAGAAGAGAAGAAAACAGCCAGTTGAAGGATCTCTTGGTTTAGATGATCAAGGCACTGTAGACTTGGGACATAGTGAGGCTGAATGATTAGTTATAATGCATGGGACAAACAAGATCATTTATTAGT
TCAATCTGATTATGATCTTCTGCCTTGTGGTTTGCATACCAAGTTTATATGTTGAAAGGGTCCTTCTGTAGAAGTGAAAATGAAGTGAAATGCTTTGCATAGAGGTATAGATTAAAATTGTTTAATTGGTGTAATATCTTTCCAAAATATAGCATAGGTCTTTATGATGAAAACCATGTTTCTGCCAATTAGGACAGGAT
GCTGATGCTATTTTTTGCATTCTCAGTATTGGCAATTTCCATTCAGCAATTTTAGGTGAGCTTTTATTTGTGAGATCCTCATGTTGAAACATGCTTGTAAATTACGGATTGTGCAAGAGTAATGGTGTAAAAAGATAAAATTGAGAAATAATTTCTCGAGGGTGTGCTTGGGACCATCAGTTATTCTATTTCTACCTTGT
TTTTGGAAGCATGGTCGAACAACAAACTTCTGTATACCTACATTATATGCGTCTCGACAAAATATACCTTGACTTGCCTCATAGAGATGATTATAA
>TRINITY_DN116207_c0_g1_i22 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGCACGCTTTGTGgtaaggcttggttttctttgaaaatattaatattacggaaaatagtagggataacttgtaatcttttcatgatatcgtgataagatcatttgttgtatgctttgtaacactaataatgattcttggttgttggagtttatagcaatgcgagtgcacgctgcttaagctagcctcatcctttatcttt
gaaagactgattctttaatagctttcacaatggaatttccattcacaatttgctgcagGTAAGACCAGTAGCCTGGCTTTCCGTGGTACTGTATCCAGTTGGTAGAATTGTGACTGCTTTGTCCATGGGCATGCTGAAGGTCCTGGGACTGAAGAGTAGAAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAGGAGCTGAAGCTGATGT
TGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAG
CGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGGTACCTGACCTAGATTCAATGTCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTG
TTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAATTGTGACATTGGAAGATGTTGTTGAAGAAATTGTTGGTGAAATCTTTGATGAAAGCGATTCAAAGGAAGAAATACGTAAGAAAACTGGTATAATTGTACATCGAGCTGATGGAGTATATGATGTCGATGCAAACACATCAATTGAGGACCTTGCAGAGGCACTGGAGGTG
AAATTAACAGAGAGTCCATATCATTATGAGACAGTTTCTGGTTTTGTTTGTGAGGCTTTTGGATATATTCCACGAACAGGAGAGAGTATTAGCATAGTTCTTCAAAAAGAGAATGATGAAGATAGTACAGATTTTGGAGAAGGTGCTATGGATCATCGCGAAGATCAACGAGAAAAGTTTCAGAAGTACAAGCTTGAGAT
TTTAGCGGGGAATGCTAAGAAGGTTGATTCAGTTCGTTTTGAGGAGATAGACGGGGAAGAGAGCAAAGACCATACAGTTAATCGTGCCTTTCCTCGCATTGTCAAGCGAACATGGGAAGGTGCCTATGAAACATTTGATTTTAAAGAACAGTCAAATAGTGTCACTCCTATTATTCTATCCAAGAACAGGGAAATGTGTC
AGACACCACAGGCACACCCTTCAAATCGTTATGCCATTGCAGAAAATGTTGACACCGATAATGCTGAAGCTGAGACAAGCGTGGTGGAAATATCTGAATTAACTGTCATTGATCCCGAAGATTCTCATGTCAATATAGTTGAGGATGCTGATGTCCATATGGAGCAAACAGAGGATATAGATGTCACCTCAACCTCCTCT
GTAAGCACCTTGAATCAAAACTGGAAGCAACAAGAAAAGAAAGAAGAGAAAAGGAAAAAGAAGAGAAGAAAACAGCCAGTTGAAGGATCTCTTGGTTTAGATGATCAAGGCACTGTAGACTTGGGACATAGTGAGGCTGAATGATTAGTTATAATGCATGGGACAAACAAGATCATTTATTAGTTCAATCTGATTATGAT
CTTCTGCCTTGTGGTTTGCATACCAAGTTTATATGTTGAAAGGGTCCTTCTGTAGAAGTGAAAATGAAGTGAAATGCTTTGCATAGAGGTATAGATTAAAATTGTTTAATTGGTGTAATATCTTTCCAAAATATAGCATAGGTCTTTATGATGAAAACCATGTTTCTGCCAATTAGGACAGGATGCTGATGCTATTTTTT
GCATTCTCAGTATTGGCAATTTCCATTCAGCAATTTTAGGTGAGCTTTTATTTGTGAGATCCTCATGTTGAAACATGCTTGTAAATTACGGATTGTGCAAGAGTAATGGTGTAAAAAGATAAAATTGAGAAATAATTTCTCGAGGGTGTGCTTGGGACCATCAGTTATTCTATTTCTACCTTGTTTTTGGAAGCATGGTC
GAACAACAAACTTCTGTATACCTACATTATATGCGTCTCGACAAAATATACCTTGACTTGCCTCATAGAGATGATTATAA
Intron 2 GTTAGTAGTA ... TTCTGTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.77 | 15 | 9 | 7.3 |
| A2 | 48.27 | 9.7 | 9 | 6.1 |
| A3 | 25.01 | 30.1 | 10 | 8.2 |
| A4 | 31.87 | 23.6 | 11 | 5.6 |
| A5 | 53.33 | 7 | 8 | 1 |
| A6 | 0 | 3.8 | 0 | 0.2 |
| A7 | 37.79 | 18.8 | 11 | 1.4 |
| A8 | 49.62 | 11.3 | 11 | 1.3 |
| A9 | 17.89 | 19.1 | 4 | 0.7 |
| A10 | 24.8 | 18.6 | 6 | 3.8 |
>TRINITY_DN121863_c3_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoformAGTTTCCTTACTGTAAAATATCAATTTATTGATGGAATGTTCTTGGTAGGTTTATTTTATTGGTTACAAAAATTACTCTAAAAAGCATAGTTGTCCATATTGCAACAAAAGTGGCACGCTTTGTGGTAATGCTTGATTTTCTTTGAAAATTTTAATATTATGGAAAATTGTAAGGATAACTTGTAACCTTTTCATGATAT
TGTGATAAGATCATTTGTTGTATGCTTTATAACACTAATAATGTTTCTTGGTTGTTGGAGTGTATAGCAATGCATGGAGTGCAGGCTGCTTAAGCTAGCTTCATCCTTTATCTTTGAAATATTGATTCTTTGATAGCTATCACAATGGGATTTTCATTCACAATTTGCTGCAGGTAAGACCCATAGCCTGGATTTTCTTA
GTATTGTATCTAGTTGGTAGAATTGTGTCTGTTTTTTCCATGGGCATGCTGAATATCCCGGGACTGAAGAGTAGAGAAGGTCACTTATTTTCCACCATTTGAATATCCTGGATAGAAGGGATAAATAATTTCTATATATTATCAGAAATATTTCTCAACTCACTGTTGTATTACCTAGTGCTTTCCCCATGTGATTTCTA
TCCTTATTTGGTTCATTGCAGATATAGGTATTGGTTGGATTCCCCTAGGATATACATATCCCATATATTGAGAAGATATATATCTATATTGCATATTTTTCCTCCAGTGAAAATCCTCTCTGATTTCTTATCCAACTCTGCTAGTAACTACTTTACCCTTAAACTATAAGCTTACTGAAAGACTAACCTAGACAGGGTAT
AAGTGGTGCATCATGCACTTTAAAATCAATGGACAAACCAAGATGAGAAGAAAAGGAAGCCAATTAATATGTTAATTCTCTTGGAATATTCAATGATTAGTGATCTCTCCTGCACATAGGAAAGAATATGGAAAACATTACAATTTTAAAAGTCGTTGAAGTGTCCGTGTTTGATATTGTTGATTTGATTTTCATACTTA
TATTTTGCTATTTGTTATGATTCTTTACAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAGGAGCTGAAGCTGATGTTGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTG
GAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGATTCAATG
TCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGA
>TRINITY_DN121863_c3_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAACAGTTTACCCAAATGCTATCTGTTGCTTTTCATCGAGAATATTCCCACAATTTTGAGCCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCTTTTATCTCTCTGT
GACACTGATAGCAAAGCTTGAAGAATGTGTTGTGGGTCTGCTGAAAGTGTGGAAGGAGCACACAATCAAGGGTTCTTCTATATCGGATGAAAACTAGATTCTATACATCATAATGGCAGGCAGTTTATACCAGTGTCTGATACACACAAGCGTGTTTAAAAATACAGAGATTAATTCAACATTTGGACATTATCACATGA
AGTCAGCATTCAATACCCCCCCTTCATTGGTGGGTACCCGAAGAGTCAGACACGGAATAAAAGACGATAGGAGGACCAAGATGAGTTGGGTTTTTCCTACAATGTCTTATAGAGGGCAGATTGCCTCTTGTTTTGTGGGCTTCGCCAAATTTAGCAGAGAGAAGCCTGTAAGGCCAGTCGAGGTCCGTAGAGGTTCTGAT
TTAATGCCTGAAATAGCATTGAGGGTCGCCAGAATTTCCAAGCGGGCACTTGCAGTCTTGGCGGCAGTATCATGTGCTTCGTTGTTGTGGAGATGCAGAGCAGCTTATGCAGTAGAAAGCGTTCCAGCATTGGCACCTCAGCTGTCATTGAAAGTGAGGGCTCTGTGGGGGCTCCTCTCGCCTAAAATTTTACAGGTTTT
CAGTGTTTTTAGAGATCAAGGATTGCTCATATCTGTTCTCTTGGCTCTTTCAGCATTCTTTTCTATGGCAGAGACATCCATCATGACACTGTGGCCCTGGAAGGTTCAAGAATTAGCTGAAAAAGAACCAGAGGATGGTGTTTTCAGATTGCTTCGTCAGGATGTTACTCGGTTTCTTACAACCATTCTTATTGGCACAA
CTGTGGCAAACATTGGAGCAACAGCACTTGTGACTGAGGCAGCAACAACACTCTTCGGTGAAGCTGGAATAAGTGCAGCAACGGGAGTTATGACAGTTGTTATTTTATTGCTTACAGAAATTACTCCAAAAAGCATAGCTGTCCATAATGCAACGGAAGTGGCACGCTTTGTGGTAAGACCAGTAGCCTGGCTTTCCGTG
GTACTGTATCCAGTTGGTAGAATTGTGACTGCTTTGTCCATGGGCATGCTGAAGGTCCTGGGACTGAAGAGTAGAAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAGGAGCTGAAGCTGATGTTGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGT
AAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGgttagtagtagtacctattacc
caatagatttgggttttatcggcaagtaataaaaacttgcctggagccacgtttagttttagcttgcataaaatgtttatatattggtttgatagcttgctattttgttttaatttgtagagatctcttaatgtttttaggaatttgatcttaaattctaaatgatatttacttactctctgaacttgcctgctatatgc
agaagacaggtctgaatatgagctaacaaatagatttacctgttctgtgtagGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGGTACCTGACCTAGGTTATGCATTGCAGAATTGTTTTTATTATTTCCTGTTGCACCTGAGGGTATAGAAATATGGATGAGATTTTTTA
GATTCCACTTTCTATCTTTAATTTAGTTTCACGATTAACACAAAATATATCAACATATTGCCTTCTAATAGCTTGGTATTAACTTTGTTATGCATATTACTTTCATGTCTGGAATGCTTTTGCCCAATGGTTGTTTGTAAGGTGCCTTGCATCACTCATTGACTACAGATTTTTAATTTCGACATTAATGATCATACACA
TGTTCTTTTTTAGATTCAATGTCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAGTAAGTTGTTTTCAGTTCATGGTGTTCTTCCTAAGCAGTTGCTAGGATACTTGTTTGAATCTTTCCTGTGCTATTTAATCAGTCTAATAGTAGGT
ACTGAAAGACCCAGCTGCTAAAAGCAAATAGTATTCCATAGCATAAAGAGTCTTTCTGCAATTGCTCAAGAAAATATTTTGTTTATTGTTTGGTCAGGGAGTTATAATTGACTTTCATTTTTTTTCAGTTCCCACAGCTTGGATAAAT
Intron 3 GTTATGCATT ... TCTTTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.74 | 9.5 | 6 | 7.6 |
| A2 | 57.38 | 5.5 | 9 | 5.8 |
| A3 | 35.67 | 14 | 10 | 5.6 |
| A4 | 64.67 | 6 | 12 | 9.8 |
| A5 | 100 | 0 | 4 | 1 |
| A6 | 25.73 | 3.5 | 0 | 2.4 |
| A7 | 30.64 | 18 | 8 | 7.8 |
| A8 | 33.21 | 5 | 2 | 2.6 |
| A9 | 16.71 | 14.5 | 4.5 | 1.4 |
| A10 | 29.01 | 15.5 | 10.5 | 2.2 |
>TRINITY_DN121863_c3_g1_i22 from sample A1 / Example spliced isoformCCAAGGTTGAATCGCCCTCGATTTTTATTAATGGAAGATTCCCTGGGTTGAATCACCCTCGATTTTCATTAATGGAGGATGCCCAAGGTTGAATCGCCCCTTGATTTTCATTAATGGAGTTTTTGGGAAGGAGGGGAGCGATTTTGTCTCTATAAAATTTCCAGTAGAGGGTGTTCATTCGTTGGTTTGCACTGACCATA
TACCACTCTATTATGATGTGGCTCTTCCCACTGTGTATTGAATTCATTATTTAATAATATATAACCCTACTTGATTAACAAGTTATGCATTGATGCTAGGCGCTAAAACTATTAGTTTGTATTGTATGCATGTGTTTCAGGGGTGAAAGGCCGTTCACTAACAATTCTATTATGCTAGTAGCCTCTAGTATTAGTAAATT
GCTTGGAAGGTTTGAACTGTTGCCAATCTTGTATTTAGAAAATCAAGAATGTGTCAACTCTTGTGGAAAAATTTGAAGTTTGGCATCTAAATCTTCTGCGCATGTTGATTTCAGGAAGTTTGGCATCTAAATTTTATGTGCATGTCGATTTCTGGGAAAGCATATCATCCTTCAAGATATTTTTAGGAGTTATTTCTGTC
ATGACTGAATTTTTGACCCCAAATAGTTGTGGTCATAGAAGTTCAGAGTTCCCCCTTGGGATATAAGACGTGAAAATTTCTTGTGCTAGCTATATTCCAGATCATTAAATTGGAAAATTAGTAAAATGCAAAAGTATAATCTCAAACCAGTTTTCATAAATATTTTTATATTTGGGTGACATCTTAAATTCATTTTTCAT
GGAAATTAATGTCTGAATCTCCTCTCTTATGGATTTCTCATCACTAGATGTTGAATCGGGCCAGTTTCCTTACTGTAAAATATCAGTGTTCTGATGGAATGTTCTTGGCAGGTTGTTATTTTATTGCTTACAGAAATTACTCCAAAAAGCATAGCTGTCCATAATGCAACGGAAGTGGCACGCTTTGTGGTAAGACCAGT
AGCCTGGCTTTCCGTGGTACTGTATCCAGTTGGTAGAATTGTGACTGCTTTGTCCATGGGCATGCTGAAGGTCCTGGGACTGAAGAGTAGAAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAGGAGCTGAAGCTGATGTTGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAA
TCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAG
ATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGGTACCTGACCTAGATTCAATGTCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAGGATCAAGGCTAGGTCAACAGACTCAACACATCAACAAGA
ATCGGCTCATGAAGAGCAAACATGTCACAAAGAGGGATTTGAAACCAGGATTGGGAGGAAACAACTTTTCCTCTCAGCTACTCTAGCTACACCAAATTCACATTGATATTTCTTGAGTTGTGAAGGAATGCCCGACTACTGAGTTTGAACCCTATTATTGGTCTCTTTTTCAATTAGCGCTAGCGCCTTTTCATTAATAA
ATAATACTTGGATGAGGATTTTTTATCAAGATTAATGAACGATATGCTACTTTGCCATTTTCAGATGGAGTAAAGTTTTGCTTCTTTTCTGTTTCACGACATACAAGCAACTATCCCACTCAACTTGGTCAAAACTATTTGCTCACCCTTTTTATCAATATTAAGTTTGGAAGTGTGTAGATGCTTTCCTTAGATCCTAT
TATGTTTGAAGCACTTTTGTGTGCTGTATAGTTACTCTACATTCTTATGTGTAAACTTTAGAATCTTAGATGTTTTTCTTTTGGTAAGTAAACTAGAATATTTATTTATTTATTTTCTTCAAGAAAACCTTGTGGGATTCGCTCCTTTTCCATGGAATACCTGCACGGAAGGCAGCTCAAGTGCTAGCTGCACCTCGAGG
GACACGATCGGATTTGACCCTATGACCTTTTGCCTCCCCATTGACAACATGCCTTAGGCAGATGGTTCAACCAATTTTTCTAACCCTTGTGGCTAAGTAAAGCAAAATATTTAAATTATCAAGACGTTGGGGTTACATTGATTCAGCAAGATCCACTCAGTAGTAGCATGATCAGATTTTGCAGGGTGAGGTCCTTCCAA
TTCACTGTTGAAATTTCACACAATCGGGCAATTAATGCAACACTGAAATTTCACTTTCGTCCTAGAAGGTTTCTCAGATCTTAGACCTAGAATTTTCAGCCTTAGGATTGCTGTAAATTAAAGTATAAAACAGCAGTGGAAAGATCACAATAATTGACTTCAAGCAGCCCCACACTTCATGGCAATTTAAGGAGAAAAGA
TACCAAACAATGAGATGAGTTTCAGCCCTTTTGGGGCAAATCATCAGCCAATAACCAGATTTGAAAATATAGTTTTACCGCAATAATTACAGCATTATAACAACAGTAAAATCAGCCTC
>TRINITY_DN121863_c3_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGA
CATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGGTACCTGACCTAGgttatgcattgcagaattgtttttattatttcctgttgcacctgagggtatagaaatatggatgagattttttagattccactttctatctttaatttagtttc
acgattaacacaaaatatatcaacatattgccttctaatagcttggtattaactttgttatgcatattactttcatgtctggaatgcttttgcccaatggttgtttgtaaggtgccttgcatcactcattgactacagatttttaatttcgacattaatgatcatacacatgttcttttttagATTCAATGTCAGTTTGG
AATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAATTGTGACATTGGAAGATGTTGTTGAAGAAATTGTTGGTGAAATCTTTGATGAAAGCGATTCAAAGGAAGAAATACGTAAGAAAACTGGTATAATTGTACATCGAGCTGATGGAGTATATGATGT
CGATGCAAACACATCAATTGAGGACCTTGCAGAGGCACTGGAGGTGAAATTAACAGAGAGTCCATATCATTATGAGACAGTTTCTGGTTTTGTTTGTGAGGCTTTTGGATATATTCCACGAACAGGAGAGAGTATTAGCATAGTTCTTCAAAAAGAGAATGATGAAGATAGTACAGATTTTGGAGAAGGTGCTATGGATC
ATCGCGAAGATCAACGAGAAAAGTTTCAGAAGTACAAGCTTGAGATTTTAGCGGGGAATGCTAAGAAGGTTGATTCAGTTCGTTTTGAGGAGATAGACGGGGAAGAGAGCAAAGACCATACAGTTAATCGTGCCTTTCCTCGCATTGTCAAGCGAACATGGGAAGGTGCCTATGAAACATTTGATTTTAAAGAACAGTCA
AATAGTGTCACTCCTATTATTCTATCCAAGAACAGGGAAATGTGTCAGACACCACAGGCACACCCTTCAAATCGTTATGCCATTGCAGAAAATGTTGACACCGATAATGCTGAAGCTGAGACAAGCGTGGTGGAAATATCTGAATTAACTGTCATTGATCCCGAAGATTCTCATGTCAATATAGTTGAGGATGCTGATGT
CCATATGGAGCAAACAGAGGATATAGATGTCACCTCAACCTCCTCTGTAAGCACCTTGAATCAAAACTGGAAGCAACAAGAAAAGAAAGAAGAGAAAAGGAAAAAGAAGAGAAGAAAACAGCCAGTTGAAGGATCTCTTGGTTTAGATGATCAAGGCACTGTAGACTTGGGACATAGTGAGGCTGAATGATTAGTTATAA
TGCATGGGACAAACAAGATCATTTATTAGTTCAATCTGATTATGATCTTAACTGCCTTGTGGTTTGCATACCAAGTTTATATGTTGAAAGGGTCCTTCTGTAGAAGTGAAAATGAAGTGAAATGCTTTGCATAGAGGTATAGATTAAAATTGTTTAATTGGTGTAATATCTTTCCAAAATATAGCATAGGTCTTTATGAT
GAAAACCATGTTTCTGCCAATTAGGACAGGATGCTGATGCTATTTTTTGCATTCTCAGTATTGGCAATTTCCATTCAGCAATTTTAGGTGAGCTTTTATTTGTGAGATCCTCATGTTGAAACATGCTTGTAAATTACGGATTGTGCAAGAGTAATGGTGTAAAAAGATAAAATTGAGAAATAATTTCTCGAGGGTGTGCT
TGGGACCATCAGTTATTCTATTTCTACCTTGTTTTTGGAAGCATGGTCGAACAACAAACTTCTGTATACCTACATTATATGCGTCTCGACAAAATATACCTTGACTTGCCTCATAGAGATGATTATAATGGAGTGTGTGTGCAATGCAAATTTTATCCACATACAAATGCAAAGATGGGGGCTTATGGCCCCAAAGATGT
GCTATAAGGAGAC
Intron 4 GTGAGGGCTC ... GCTCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.5 | 6 | 15 | 5 |
| A2 | 73.44 | 4 | 7 | 15.8 |
| A3 | 62.6 | 13 | 20 | 23.5 |
| A4 | 61.82 | 10 | 18 | 14.5 |
| A5 | 57.68 | 8 | 12 | 9.8 |
| A6 | 100 | 0 | 3 | 2 |
| A7 | 59.87 | 6 | 10 | 7.9 |
| A8 | 53.09 | 3 | 3 | 3.8 |
| A9 | 47.56 | 7 | 7 | 5.7 |
| A10 | 71.72 | 7 | 19 | 16.5 |
>TRINITY_DN121863_c3_g1_i17 from sample A1 / Example spliced isoformGAACAGTTTACCCAAATGCTATCTGTTGCTTTTCATCGAGAATATTCCCACAATTTTGAGCCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCTTTTATCTCTCTGT
GACACTGATAGCAAAGCTTGAAGAATGTGTTGTGGGTCTGCTGAAAGTGTGGAAGGAGCACACAATCAAGGGTTCTTCTATATCGGATGAAAACTAGATTCTATACATCATAATGGCAGGCAGTTTATACCAGTGTCTGATACACACAAGCGTGTTTAAAAATACAGAGATTAATTCAACATTTGGACATTATCACATGA
AGTCAGCATTCAATACCCCCCCTTCATTGGTGGGTACCCGAAGAGTCAGACACGGAATAAAAGACGATAGGAGGACCAAGATGAGTTGGGTTTTTCCTACAATGTCTTATAGAGGGCAGATTGCCTCTTGTTTTGTGGGCTTCGCCAAATTTAGCAGAGAGAAGCCTGTAAGGCCAGTCGAGGTCCGTAGAGGTTCTGAT
TTAATGCCTGAAATAGCATTGAGGGTCGCCAGAATTTCCAAGCGGGCACTTGCAGTCTTGGCGGCAGTATCATGTGCTTCGTTGTTGTGGAGATGCAGAGCAGCTTATGCAGTAGAAAGCGTTCCAGCATTGGCACCTCAGCTGTCATTGAAACATTCTTTTCTATGGCAGAGACATCCATCATGACACTGTGGCCCTGG
AAGGTTCAAGAATTAGCTGAAAAAGAACCAGAGGATGGTGTTTTCAGATTGCTTCGTCAGGATGTTACTCGGTTTCTTACAACCATTCTTATTGGCACAACTGTGGCAAACATTGGAGCAACAGCACTTGTGACTGAGGCAGCAACAACACTCTTCGGTGAAGCTGGAATAAGTGCAGCAACGGGAGTTATGACA
>TRINITY_DN121863_c3_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAACAGTTTACCCAAATGCTATCTGTTGCTTTTCATCGAGAATATTCCCACAATTTTGAGCCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCCCGCCCATTCACAATTCTATAGTTTATCAGCTATCCCCAAACCATAGCTATCTGTGAATGTCTTTTATCTCTCTGT
GACACTGATAGCAAAGCTTGAAGAATGTGTTGTGGGTCTGCTGAAAGTGTGGAAGGAGCACACAATCAAGGGTTCTTCTATATCGGATGAAAACTAGATTCTATACATCATAATGGCAGGCAGTTTATACCAGTGTCTGATACACACAAGCGTGTTTAAAAATACAGAGATTAATTCAACATTTGGACATTATCACATGA
AGTCAGCATTCAATACCCCCCCTTCATTGGTGGGTACCCGAAGAGTCAGACACGGAATAAAAGACGATAGGAGGACCAAGATGAGTTGGGTTTTTCCTACAATGTCTTATAGAGGGCAGATTGCCTCTTGTTTTGTGGGCTTCGCCAAATTTAGCAGAGAGAAGCCTGTAAGGCCAGTCGAGGTCCGTAGAGGTTCTGAT
TTAATGCCTGAAATAGCATTGAGGGTCGCCAGAATTTCCAAGCGGGCACTTGCAGTCTTGGCGGCAGTATCATGTGCTTCGTTGTTGTGGAGATGCAGAGCAGCTTATGCAGTAGAAAGCGTTCCAGCATTGGCACCTCAGCTGTCATTGAAAgtgagggctctgtgggggctcctctcgcctaaaattttacaggtttt
cagtgtttttagagatcaaggattgctcatatctgttctcttggctctttcagCATTCTTTTCTATGGCAGAGACATCCATCATGACACTGTGGCCCTGGAAGGTTCAAGAATTAGCTGAAAAAGAACCAGAGGATGGTGTTTTCAGATTGCTTCGTCAGGATGTTACTCGGTTTCTTACAACCATTCTTATTGGCACAA
CTGTGGCAAACATTGGAGCAACAGCACTTGTGACTGAGGCAGCAACAACACTCTTCGGTGAAGCTGGAATAAGTGCAGCAACGGGAGTTATGACAGTTGTTATTTTATTGCTTACAGAAATTACTCCAAAAAGCATAGCTGTCCATAATGCAACGGAAGTGGCACGCTTTGTGGTAAGACCAGTAGCCTGGCTTTCCGTG
GTACTGTATCCAGTTGGTAGAATTGTGACTGCTTTGTCCATGGGCATGCTGAAGGTCCTGGGACTGAAGAGTAGAAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAGGAGCTGAAGCTGATGTTGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGT
AAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGGTTAGTAGTAGTACCTATTACC
CAATAGATTTGGGTTTTATCGGCAAGTAATAAAAACTTGCCTGGAGCCACGTTTAGTTTTAGCTTGCATAAAATGTTTATATATTGGTTTGATAGCTTGCTATTTTGTTTTAATTTGTAGAGATCTCTTAATGTTTTTAGGAATTTGATCTTAAATTCTAAATGATATTTACTTACTCTCTGAACTTGCCTGCTATATGC
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GATTCCACTTTCTATCTTTAATTTAGTTTCACGATTAACACAAAATATATCAACATATTGCCTTCTAATAGCTTGGTATTAACTTTGTTATGCATATTACTTTCATGTCTGGAATGCTTTTGCCCAATGGTTGTTTGTAAGGTGCCTTGCATCACTCATTGACTACAGATTTTTAATTTCGACATTAATGATCATACACA
TGTTCTTTTTTAGATTCAATGTCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAGTAAGTTGTTTTCAGTTCATGGTGTTCTTCCTAAGCAGTTGCTAGGATACTTGTTTGAATCTTTCCTGTGCTATTTAATCAGTCTAATAGTAGGT
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Intron 5 GTACCTGACC ... TCTTTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.15 | 11.2 | 7.7 | 5.9 |
| A2 | 49.47 | 5.2 | 2.7 | 7.3 |
| A3 | 39.75 | 17 | 16.3 | 4.5 |
| A4 | 61.66 | 8.2 | 16.2 | 8.8 |
| A5 | 84.07 | 0.6 | 4.8 | 1 |
| A6 | 29.12 | 6.2 | 2.5 | 2.2 |
| A7 | 30.29 | 19.9 | 10.4 | 6.6 |
| A8 | 29.13 | 5.1 | 2 | 1.9 |
| A9 | 27.39 | 11.9 | 7.2 | 1.2 |
| A10 | 34.35 | 13.4 | 11.4 | 1.7 |
>TRINITY_DN121863_c3_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoformAGTTTCCTTACTGTAAAATATCAATTTATTGATGGAATGTTCTTGGTAGGTTTATTTTATTGGTTACAAAAATTACTCTAAAAAGCATAGTTGTCCATATTGCAACAAAAGTGGCACGCTTTGTGGTAATGCTTGATTTTCTTTGAAAATTTTAATATTATGGAAAATTGTAAGGATAACTTGTAACCTTTTCATGATAT
TGTGATAAGATCATTTGTTGTATGCTTTATAACACTAATAATGTTTCTTGGTTGTTGGAGTGTATAGCAATGCATGGAGTGCAGGCTGCTTAAGCTAGCTTCATCCTTTATCTTTGAAATATTGATTCTTTGATAGCTATCACAATGGGATTTTCATTCACAATTTGCTGCAGGTAAGACCCATAGCCTGGATTTTCTTA
GTATTGTATCTAGTTGGTAGAATTGTGTCTGTTTTTTCCATGGGCATGCTGAATATCCCGGGACTGAAGAGTAGAGAAGGTCACTTATTTTCCACCATTTGAATATCCTGGATAGAAGGGATAAATAATTTCTATATATTATCAGAAATATTTCTCAACTCACTGTTGTATTACCTAGTGCTTTCCCCATGTGATTTCTA
TCCTTATTTGGTTCATTGCAGATATAGGTATTGGTTGGATTCCCCTAGGATATACATATCCCATATATTGAGAAGATATATATCTATATTGCATATTTTTCCTCCAGTGAAAATCCTCTCTGATTTCTTATCCAACTCTGCTAGTAACTACTTTACCCTTAAACTATAAGCTTACTGAAAGACTAACCTAGACAGGGTAT
AAGTGGTGCATCATGCACTTTAAAATCAATGGACAAACCAAGATGAGAAGAAAAGGAAGCCAATTAATATGTTAATTCTCTTGGAATATTCAATGATTAGTGATCTCTCCTGCACATAGGAAAGAATATGGAAAACATTACAATTTTAAAAGTCGTTGAAGTGTCCGTGTTTGATATTGTTGATTTGATTTTCATACTTA
TATTTTGCTATTTGTTATGATTCTTTACAGCGAACCCTTGGTTACTGAAGAGGAGCTGAAGCTGATGTTGAGAGGTGCAGAGCTGAGCGGGGCAATTGAAGAGGAAGAGCAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTG
GAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGACATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGATTCAATG
TCAGTTTGGAATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGA
>TRINITY_DN121863_c3_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAGGATATGATTGAAAATGTTTTAGAAATCAAGGACACATATGTAAGAGAGGTAATGACTCCTTTGGTAGATGTAGTTGCCATTGATGCTGGAGCCTCTCTGATGGATTTTCGCAACCTTTGGGTGACCCACCAATATTCCAGGGTGCCTGTTTTTGAGCGGCGCGTTGATAACATTGTTGGGATAGCATATGCAATGGA
CATGCTGGATTATGTTGAACAGGCAGAGATGTTGGAAAGGCTAACTGTTGGCCGCATTGCACACAAAGTTTATTTTGTACCGGgtacctgacctaggttatgcattgcagaattgtttttattatttcctgttgcacctgagggtatagaaatatggatgagattttttagattccactttctatctttaatttagtttc
acgattaacacaaaatatatcaacatattgccttctaatagcttggtattaactttgttatgcatattactttcatgtctggaatgcttttgcccaatggttgtttgtaaggtgccttgcatcactcattgactacagatttttaatttcgacattaatgatcatacacatgttcttttttagATTCAATGTCAGTTTGG
AATTTGCTGAGGGAGTTCCGAATAAGGAAGGTTCACATGGCAGTTGTTCTCAATGAATATGGTGGAACAATAGGAATTGTGACATTGGAAGATGTTGTTGAAGAAATTGTTGGTGAAATCTTTGATGAAAGCGATTCAAAGGAAGAAATACGTAAGAAAACTGGTATAATTGTACATCGAGCTGATGGAGTATATGATGT
CGATGCAAACACATCAATTGAGGACCTTGCAGAGGCACTGGAGGTGAAATTAACAGAGAGTCCATATCATTATGAGACAGTTTCTGGTTTTGTTTGTGAGGCTTTTGGATATATTCCACGAACAGGAGAGAGTATTAGCATAGTTCTTCAAAAAGAGAATGATGAAGATAGTACAGATTTTGGAGAAGGTGCTATGGATC
ATCGCGAAGATCAACGAGAAAAGTTTCAGAAGTACAAGCTTGAGATTTTAGCGGGGAATGCTAAGAAGGTTGATTCAGTTCGTTTTGAGGAGATAGACGGGGAAGAGAGCAAAGACCATACAGTTAATCGTGCCTTTCCTCGCATTGTCAAGCGAACATGGGAAGGTGCCTATGAAACATTTGATTTTAAAGAACAGTCA
AATAGTGTCACTCCTATTATTCTATCCAAGAACAGGGAAATGTGTCAGACACCACAGGCACACCCTTCAAATCGTTATGCCATTGCAGAAAATGTTGACACCGATAATGCTGAAGCTGAGACAAGCGTGGTGGAAATATCTGAATTAACTGTCATTGATCCCGAAGATTCTCATGTCAATATAGTTGAGGATGCTGATGT
CCATATGGAGCAAACAGAGGATATAGATGTCACCTCAACCTCCTCTGTAAGCACCTTGAATCAAAACTGGAAGCAACAAGAAAAGAAAGAAGAGAAAAGGAAAAAGAAGAGAAGAAAACAGCCAGTTGAAGGATCTCTTGGTTTAGATGATCAAGGCACTGTAGACTTGGGACATAGTGAGGCTGAATGATTAGTTATAA
TGCATGGGACAAACAAGATCATTTATTAGTTCAATCTGATTATGATCTTAACTGCCTTGTGGTTTGCATACCAAGTTTATATGTTGAAAGGGTCCTTCTGTAGAAGTGAAAATGAAGTGAAATGCTTTGCATAGAGGTATAGATTAAAATTGTTTAATTGGTGTAATATCTTTCCAAAATATAGCATAGGTCTTTATGAT
GAAAACCATGTTTCTGCCAATTAGGACAGGATGCTGATGCTATTTTTTGCATTCTCAGTATTGGCAATTTCCATTCAGCAATTTTAGGTGAGCTTTTATTTGTGAGATCCTCATGTTGAAACATGCTTGTAAATTACGGATTGTGCAAGAGTAATGGTGTAAAAAGATAAAATTGAGAAATAATTTCTCGAGGGTGTGCT
TGGGACCATCAGTTATTCTATTTCTACCTTGTTTTTGGAAGCATGGTCGAACAACAAACTTCTGTATACCTACATTATATGCGTCTCGACAAAATATACCTTGACTTGCCTCATAGAGATGATTATAATGGAGTGTGTGTGCAATGCAAATTTTATCCACATACAAATGCAAAGATGGGGGCTTATGGCCCCAAAGATGT
GCTATAAGGAGAC