sp|Q7XTV7|HIP1_ORYSJ ----> Probable E3 ubiquitin-protein ligase HIP1

Intron 1 GTATCCTGTT ... CTAGTGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.46	33	5	8
A2	27.08	35	14	12
A3	27.63	32.8	8	17
A4	24	38	5	19
A5	26.03	22.8	5	11
A6	25.49	57	7	32
A7	18.8	108	10	40
A8	21.3	85	11	35
A9	22.61	89	8	44
A10	25.69	81	15	41

>TRINITY_DN116506_c2_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform

TAACACTAGTAGTAGGGTATTTGCAGGTACTCATTCCTCCATTAGGGACTCTCCCTTGGGTTTAGGAGTTATCCGAAGAAGTTGAGGAGTTAGGTCCTCGTGACATTGGGTCTAACCCTTTGATATGCTTACCATCACAAGCACAGGGCATACTTAGTTTGCTTTGTAAGGATTGCTAGTTTGAGTGGTAACAGATCCTA
TGTTTGTGTGGTAAATTGATGGAACTTTTATTTTTTAATTGTTCACATGATCTAAGTTTCCATGTTAATCTCAGGCTTGTGTTGCACAAGTAAGATCAAGACTTGATCTTGGAGCAGGCACGGTGTTGGAAGCAATGCTAGAAGCAACAAGGTGTTTAGAAACCTCAGTAAAACAAAAGATATCAGCACCATTGTCAATG
GATGCTATCATGCAGGCAGTACGAGCAACCACAGAAGGACGTACAATGACATTGGAGCGCATTCGAGCATCCCTCAATCAAATGGCTTCAGACTCTGTTGGTTATTTAAGTCGCAGAGGAGAAGTGGGGGGACAGTATGCTATCTACTTGTCTAAAATTCTCGAAGCTGCTCAAAAAAGTGAGGTGGAAGCAATTGTGCT
TAAGAGATTTGGCAGAGAAAGTTGTAGGGTATTTAGACTACTAGCTATGAAGGGTCAGCTTGAGCAAAAACAGATATCTGATCAGGCTCTAGTAGGCAGGAGGGAAACACAGGAGATTCTGTATAAACTTCTGAAAGATGAATACTTGCAATTGCAGGTATTGAATTCCAGTGCAGTTCATTCTTCAGGAGAATTAGATG
CCTTTGTACTCTTTATATGTTGCCTTGTTACAATATTTTATTGGATACTTATGCAAATGGACTTTGCTAGACGTTTGTTTGCATGGTGAGTGTGAATGCCTGAAATCTTACTAGGAATCTTGTATAGCATGTAACTGTATGATAATATACAGTAAAATTTCCTGTAACTTTCTCTGCAAAATTGTATGATATCCAATTTG
CATAAATTTGACTTTGATCTATAATGACTTTTGTTAGATATATAACTGGCAGATATATATGGTAATGCCAATTAATTTGTATATTAAAAGATGGGTTGAATACATTATAGGTGCATCTGAAAAGAGCAGACATTAAATTACTTGGAACACTACTATTTGGAAGTCCTGTTGAACATTGCTTAGTGATCATGCAGGCAAAA
ATAATGTATCATGTGAGACACTGTAACCTTTGTACACTTGAATATTTAATGTAAACCCAACTAGAGGAGTTTATTGGACCTTTGGAACCGCTTGATCACTCCATTTATGGTTAACCACTTTAGTGGTTATTCCGGTCCCCCACTTTGTGGTCTTAGGGGTAAGCCCAGAGACCATTTCTGTGAGGCTCTAACCTTATTTG
ATACACAATATACACACAATGCATTGTGCTTTATCTTCTTTTGAAGATTTGCTTTGCTGTTTAAAGGTGTTCTGAACACCACTGTTCCACTTGGATACTTTGGG

>TRINITY_DN116506_c2_g1_i22 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTATGATATGGGTGCTAGAAATTCTAATGTTTTCCATTCCAAAACCAAATTTGGCTGTTTGTTTGATGACAAGTTCTGTTAGTTTCATAATTCTCAATACTAACATTCTATCTATTTCCATCACCACGGGTTTTAACATGAAGCTATTAGGTTTTGACTTTCAAGTAATTATTCGGATTGATGTCATGGAGACAAGCATA
TTCTGTTCCTGTCATTGCTTGTGTTGCACAAGTAAGATCAAGACTTGATCTTGGAGCAGGCACGGTGTTGGAAGCAATGCTAGAAGCAACAAGGTGTTTAGAAACCTCAGTAAAACAAAAGATATCAGCACCATTGTCAATGGATGCTATCATGCAGGCAGTACGAGCAACCACAGAAGGACGTACAATGACATTGGAGC
GCATTCGAGCATCCCTCAATCAAATGGCTTCAGACTCTGTTGGTTATTTAAGTCGCAGAGGAGAAGTGGGGGGACAGTATGCTATCTgtatcctgttttttgcttataattgatgatcttccaaacctttagaagcaatccaactcatatttttcatctcttagacaatagaactgctatagttcaaaatggtcattttt
gctggaatatttaaaagaatatgttatgcagtccataattgttttgtttctgtagtgtgaattccattctactgaaagattttccatgactagtgatagACTTGTCTAAAATTCTCGAAGCTGCTCAAAAAAGTGAGGTGGAAGCAATTGTGCTTAAGAGATTTGGCAGAGAAAGTTGTAGGGTATTTAGACTACTAGCT
ATGAAGGGTCAGCTTGAGCAAAAACAGATATCTGATCAGGCTCTAGTAGGCAGGAGGGAAACACAGGAGATTCTGTATAAACTTCTGAAAGATGAATACTTGCAATTGCAGGAAATTGCGAAATCACAAGATCATGATCCAACTAGAACTTTCTACCTATGGCGTGTCAATTACTCCTCCTTGATGGAGCATATTATTGA
TGATATGTATCATGGTGCTTCAAATCTAGGGCAGCGCCTTGCACATGAACTTGAACAAGAACAAGAGGTATTAGATCTCTTAAAGCAAATGCACCAGTCCAAAAATACAGATGGAAGCACATCACATGTAACTTTGACTAAAACTCAGCGTGATCAAGTAAATCATATACGTCGAGTTGCGACGGTTTTGGAAACCTCTA
TTCTGAAGCTTGATGATTCTATCATGCTATTTCACGACTTCTAGAAGTGTTCTGCTCTACTCTCTACATCGATTCTGGATTCAAAACTACCCTTTTCATGGGTGGTGTAAGTTCCAAGTACATTGTATACCAGCTTTTATGTATAGAATCAGCATAACTGAAATCAGTTCATATCTGGAGGAAAATTAGTTGGTCAAAAC
GTGTCACGGAAAAGGTGGAATCTATTAGTTAGTTCATAGAGATAGATTTAGCATGAAATGTATGTACATTGTACCTCTGTTTTGCCTCCTAGCATTCATGAAGGCAAGCCTAAGGGACAGTCCAAAATTTAAACTGTTATTTAGGAATTTGAAATCTCAATCTTTTCTTGTGTATCAGATTTTAATTTGGTGAAATTTTT
TCATTATAGTCCTCCTGACTCACATTTTGTTTCTTTTAAAAAAAA

Intron 2 GTAAGATTGG ... TTGTTCTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.1	97.1	79.9	31.1
A2	34.9	109	57.2	48.3
A3	38.37	118.7	91.6	53
A4	36.92	79.8	44.8	42
A5	41.58	66.2	49.8	42
A6	33.48	56	23.4	31.9
A7	30.6	151.8	53.7	68.1
A8	30.25	51.9	22.1	21.9
A9	27.8	138.1	45.7	51.4
A10	31.82	181.9	76.4	84

>TRINITY_DN116506_c2_g1_i18 from sample A3 / Example spliced isoform

TCCCCGGCGACCTGCTCTCTGGGAATCGACAACTGGAGTTGGGCTGGTACTTGCGTGACACAGGGTCCAGGGATCCAATCTCGCTACCACTATACCCCTAGGTGCATCCACAGGGCCCGAACCGTGGCGCACGGTATTTAGGCAGGTCTGTTGAGATATTATTATTACAAACTCTGTAGAAGACAGTCAATGCATTCTAA
GATCCTTCAACCCTGCACTGAAGAGTGATGTATTTTTCAGATAATTGACATGGTTGATACACTCTGAACTGTAATTTTATCAAGTCTGCGTCTCACAGAAGAAGCTGTTCTGTTGCTAAAATTGTGAACTTGGGGGACACTGATTGAAGCTATAATGCAAGCCCAAAGGAGCAGCTTGCACCCTATAACAGAAACTTTTG
ACTTGGAAAACTCGTCTGACCAACATAGTGCTGATATTGAAGCACATATTTATCAGGGCGAGCGGACAAATCTTATGGATGCTCCAAGTTTGCCCGATTATCAGGTTGCTGGGAGCAGCTCAAACTGTAATTTCAGAAATGTAGGAAATCATGCTAGTGGCAGTAGTTCTTTTGTCAATGGCTGGGCCACTGGCAGTGGA
AGCAATTCTGATATTCCAGCTGATCAGGGATGCACTGCTGAAGATAAAATGGTTATTGGCTGGAATCAACTTTCAAATGTGCATTCGACTTCAAGGTTTGATGAAAGGCAAGCAGTAGACACACATGTCCTTCATTCTGTAGACACACATGTCCTTCATTCTGAAAGTGTGACTGTGGATGTCCTTAACAACCAGGTCAT
GGATGATTGTCTACATCTCCGTTCAAGTTGTAACTATGGAACTACTTCTGATGGTAATCCTTATAACTATGTTGTGAATCAGACACCAGTTGGAAATGAAGGGCAACCATATATGGATTTAAGCTGCTGTCCTCACACAACTCAATTGGCTGGACCAGAATCTGAACAAGTGACCTTTGCTTGTAGCAATGTGGTTGGAT
GTATGCCAGAGAACAGTAATGGCCATGCCAATCATCCTATGGATGGCAGACGAGGATCCTGTAAAAGAAAGACTGTGGAAAGCATTTCAGGTCCATCGTCTCTAGATGTCCTACCACGTTCTTCACAGTGGGATGACGGCCACCTCCGCCTTACAGCTCCTGGACGTCAAACGATTGGTAGCAGTTTAAGTATCTCTACA
ACTACTGCAACAATTCCTGTTGTTAGGCCTTTAGAAGAATCAGTCATATCCAGGGCTAGTGTAGGTGATGTGGGTCCAGATTTCAGAGGTTTATCTATGGCTGGGCAATCAGAAGCTCCCCAGAGAACTGTTCGAGTAAGGCATAACCCTCCTCATCAACAAGAACCAAGTTTACCTCACATGTGGCCATCTGGAAATGC
TGGAAGATATATTAATATGCCTGACATGCAGCCAAATTCTTCACATTCCAGAAGACTGTTTTCAGGTGATCAGTCTGCAGACACAGGCCCAGCAGTTGTAAGCACAAGTGCCCAACTCCGCCAGCCCAGTATGTTTCATGTGCCACCTGGTGGTATGCAGAGGAGTTTGCATTCAGTTGGATGGAATGAAAATCCTATGC
CTAGACTTGGCATTGCTTCCAGCTCTGGTGGTGCAAGGGAGCGGTCATCTTCTCAACAAGAAGAAGCTACTTCAAGAAACATGATGATGGGTATTCCTAGCAATACCTGGTTTGTTGCAGGTTCAGAGAACAGAGCAACTAACCATGAATCTGGAAGTTGGGTTCCAATGAACCGAAATCCAAATGGACCAGGGGAAATT
GCTTCATCAATGGTACATCCACTACCAAGTATGCCTTGGGGTTCACATCATGTTCCTTTCACACAAGCACCTAGGAGGAGTGGTAGTGCTGCTCAAGGACAGGGCTTAGCATCATCTGTTTCCAGGCCTGCACAGGGCAGTCATTTTCATCCGGCTCGAGCTACTCATTCCTCTTCATCATCAGATATGCCTGTGCCGCC
AGTCACTGGTTTGCAAATCCCACAATATCTTCGATCAGCGTTATTGATGGAACGCCAGGGTGATGGCTTGGTAGGTGTTCCTTTTGGATCACTGCAAGCAATTGCTTCTGAGGGTGGTGATGGCCGCAACAGAATAGTGACCGAGCTTCGGAATGTATTGGAGCTTATGCGTAGCCGGAGAGGTGAAAATCTGAGATTTG
AGGATATCTTGATTTTAGACCAATCAGCATTTTATGCTGCGGCCGACATACATGATCAGCACAGAGATATGCGATTGGATGTGGATAACATGACTTATGAGGAATTGCTGGATTTGGAAGAACGAATAGGTAATGTGAGTACGGGATTAAGTGAAGAGACAGTTTGTAAGTGCTTGAAGAGAAGTGTATATTGCTCTTCC
ATAGAATCCAGTGCAGATGAAGCCTCCAAGAAGCAGCCAGAGGATGAACTTTGCAGTATATGTCGGGAGGAATACAGGGACAATGAAGAACTGGGTTTTCTAGACTGTGGCCATATTCACCACTCAGAGTGTATCATAAAATGGCTGTTACTGAAAAATACATGCCCCATTTGCAAGAAAACAGCTTTGAATGTATAAAG
CCTGGAAAGAAATGCAAGTACAGAATGCAATACGGAATACCTCGGAAGGCAATTAACTTCATATAGGCTAGAATATTTTTCTAAACGATGACTGTCCAAATCTTTATTCAGTAATTCATTGTCATTTGTTGCAAAATATATTAAAAATGAGCCAAGCATCTCACTAAATTATTTAACGGACGATGTACATATTGGTGCTT
TTGGTCCAGATTCTCTTTTGTTAGTGTTCTTGAAGTTGCACTTATTAGCTTAACCCTCGCTGTCCCTGCCTTTTGGAACACGGGGGAGGCTTTCCAACAGATTGCTTGTTTCATTTTGTTTGAAGTAAATTGCACCTCAATCTTTTTAAGGTAACCATATTTCCTGAAGTCCCTTTGGATTGTAGCAAAGATAATTGTTC
GAGGCGCTACTGCTTATTGCTCTTTGCTATCATTGCAAAGTATTCTTTCCAAATATTCTCACGCGGTTATGTTTTATTATTTGGAGTATAGTTTCATCACTCGAGGTTTTTTTGAAATCTACATCCATAGAAAATATATACACAACGGCTTTAAAATGTGTAGATGGCTCTTTCTCCGGTAATTTTTAATGTGAATCGCA
CGATTTGC

>TRINITY_DN116506_c2_g1_i14 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CCATTTTTGTCTCTAGCATTGCTTGAAGAAATTTATGATTTAATGGGTTTTGCTTGTCTTCATTTTTTTATACAAGGGAGGATTGTACTTATGTTTCCCATTTATAGCATATATGTCTCCATCGTTGCCTTGACCCTAAAAGGATGATTAGATTTTCATTTCTACTCTTTTTTTTCTCACTAGGGGAATCGACAACTGGA
GTTGGGCTGGTACTTGCGTGACACAGGGTCCAGGGATCCAATCTCGCTACCACTATACCCCTAGGTGCATCCACAGGGCCCGAACCGTGGCGCACGGgtaagattggggtgattcgaacacctgaccttccatttacaacttctcatctttaccacttgagctgccccccaaggccgagattttcatttctactcttaca
aaaaccttgttctaagTATTTAGGCAGGTCTGTTGAGATATTATTATTACAAACTCTGTAGAAGACAGTCAATGCATTCTAAGATCCTTCAACCCTGCACTGAAGAGTGATGTATTTTTCAGATAATTGACATGGTTGATACACTCTGAACTGTAATTTTATCAAGTCTGCGTCTCACAGAAGAAGCTGTTCTGTTGCTA
AAATTGTGAACTTGGGGGACACTGATTGAAGCTATAATGCAAGCCCAAAGGAGCAGCTTGCACCCTATAACAGAAACTTTTGACTTGGAAAACTCGTCTGACCAACATAGTGCTGATATTGAAGCACATATTTATCAGGGCGAGCGGACAAATCTTATGGATGCTCCAAGTTTGCCCGATTATCAGGTTGCTGGGAGCAG
CTCAAACTGTAATTTCAGAAATGTAGGAAATCATGCTAGTGGCAGTAGTTCTTTTGTCAATGGCTGGGCCACTGGCAGTGGAAGCAATTCTGATATTCCAGCTGATCAGGGATGCACTGCTGAAGATAAAATGGTTATTGGCTGGAATCAACTTTCAAATGTGCATTCGACTTCAAGGTTTGATGAAAGGCAAGCAGTAG
ACACACATGTCCTTCATTCTGTAGACACACATGTCCTTCATTCTGAAAGTGTGACTGTGGATGTCCTTAACAACCAGGTCATGGATGATTGTCTACATCTCCGTTCAAGTTGTAACTATGGAACTACTTCTGATGGTAATCCTTATAACTATGTTGTGAATCAGACACCAGTTGGAAATGAAGGGCAACCATATATGGAT
TTAAGCTGCTGTCCTCACACAACTCAATTGGCTGGACCAGAATCTGAACAAGTGACCTTTGCTTGTAGCAATGTGGTTGGATGTATGCCAGAGAACAGTAATGGCCATGCCAATCATCCTATGGATGGCAGACGAGGATCCTGTAAAAGAAAGACTGTGGAAAGCATTTCAGGTCCATCGTCTCTAGATGTCCTACCACG
TTCTTCACAGTGGGATGACGGCCACCTCCGCCTTACAGCTCCTGGACGTCAAACGATTGGTAGCAGTTTAAGTATCTCTACAACTACTGCAACAATTCCTGTTGTTAGGCCTTTAGAAGAATCAGTCATATCCAGGGCTAGTGTAGGTGATGTGGGTCCAGATTTCAGAGGTTTATCTATGGCTGGGCAATCAGAAGCTC
CCCAGAGAACTGTTCGAGTAAGGCATAACCCTCCTCATCAACAAGAACCAAGTTTACCTCACATGTGGCCATCTGGAAATGCTGGAAGATATATTAATATGCCTGACATGCAGCCAAATTCTTCACATTCCAGAAGACTGTTTTCAGGTGATCAGTCTGCAGACACAGGCCCAGCAGTTGTAAGCACAAGTGCCCAACTC
CGCCAGCCCAGTATGTTTCATGTGCCACCTGGTGGTATGCAGAGGAGTTTGCATTCAGTTGGATGGAATGAAAATCCTATGCCTAGACTTGGCATTGCTTCCAGCTCTGGTGGTGCAAGGGAGCGGTCATCTTCTCAACAAGAAGAAGCTACTTCAAGAAACATGATGATGGGTATTCCTAGCAATACCTGGTTTGTTGC
AGGTTCAGAGAACAGAGCAACTAACCATGAATCTGGAAGTTGGGTTCCAATGAACCGAAATCCAAATGGACCAGGGGAAATTGCTTCATCAATGGTACATCCACTACCAAGTATGCCTTGGGGTTCACATCATGTTCCTTTCACACAAGCACCTAGGAGGAGTGGTAGTGCTGCTCAAGGACAGGGCTTAGCATCATCTG
TTTCCAGGCCTGCACAGGGCAGTCATTTTCATCCGGCTCGAGCTACTCATTCCTCTTCATCATCAGATATGCCTGTGCCGCCAGTCACTGGTTTGCAAATCCCACAATATCTTCGATCAGCGTTATTGATGGAACGCCAGGGTGATGGCTTGGTAGGTGTTCCTTTTGGATCACTGCAAGCAATTGCTTCTGAGGGTGGT
GATGGCCGCAACAGAATAGTGACCGAGCTTCGGAATGTATTGGAGCTTATGCGTAGCCGGAGAGGTGAAAATCTGAGATTTGAGGATATCTTGATTTTAGACCAATCAGCATTTTATGCTGCGGCCGACATACATGATCAGCACAGAGATATGCGATTGGATGTGGATAACATGACTTATGAGGAATTGCTGGATTTGGA
AGAACGAATAGGTAATGTGAGTACGGGATTAAGTGAAGAGACAGTTTGTAAGTGCTTGAAGAGAAGTGTATATTGCTCTTCCATAGAATCCAGTGCAGATGAAGCCTCCAAGAAGCAGCCAGAGGATGAACTTTGCAGTATATGTCGGGAGGAATACAGGGACAATGAAGAACTGGGTTTTCTAGACTGTGGCCATATTC
ACCACTCAGAGTGTATCATAAAATGGCTGTTACTGAAAAATACATGCCCCATTTGCAAGAAAACAGCTTTGAATGTATAAAGCCTGGAAAGAAATGCAAGTACAGAATGCAATACGGAATACCTCGGAAGGCAATTAACTTCATATAGGCTAGAATATTTTTCTAAACGATGACTGTCCAAATCTTTATTCAGTAATTCA
TTGTCATTTGTTGCAAAATATATTAAAAATGAGCCAAGCATCTCACTAAATTATTTAACGGACGATGTACATATTGGTGCTTTTGGTCCAGATTCTCTTTTGTTAGTGTTCTTGAAGTTGCACTTATTAGCTTAACCCTCGCTGTCCCTGCCTTTTGGAACACGGGGGAGGCTTTCCAACAGATTGCTTGTTTCATTTTG
TTTGAAGTAAATTGCACCTCAATCTTTTTAAGGTAACCATATTTCCTGAAGTCCCTTTGGATTGTAGCAAAGATAATTGTTCGAGGCGCTACTGCTTATTGCTCTTTGCTATCATTGCAAAGTATTCTTTCCAAATATTCTCACGCGGTTATGTTTTATTATTTGGAGTATAGTTTCATCACTCGAGGTTTTTTTGAAAT
CTACATCCATAGAAAATATATACACAACGGCTTTAAAATGTGTAGATGGCTCTTTCTCCGGTAATTTTTAATGTGAATCGCACGATTTGC

Intron 3 GTAGGTTTTC ... GATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.43	163	7	187
A2	52.53	141	1	156
A3	53.61	122	9	141
A4	52.78	102	4	114
A5	50.96	51	0	53
A6	51.09	605	5	632
A7	50.47	796	18	811
A8	51.67	1203	17	1286
A9	51.31	780	15	822
A10	50.68	653	17	671

>TRINITY_DN42343_c5_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GATCATTTGATCTTCGTTGCCTTGATATCCACTGTGTGTGTGTGGCACCCCGAATCCCCATCTTCCTCCCCCGCCTCCTCATTTTATTTATTACCCATTTTTTGTTTTCCATTTTCCATTTGTCTTTGGTTCTCAAAGTTGCGTAGAGGGAACAAACCCTGGGGCAGCGGGGAGACTCCTGAAGCGTGCGTAATTGGCAT
CATAGGTTCGAATCTCAGGCCTAGCGGCAGAAGCAGCCCCAGCAAAGAGAGCAGTAGACGTGGTAGAGACTTTTGTGGTTGCGTAGGCGGTCAAAGAATATATCCTTAAGCGGTGCCTCCCAAACCTTTCACCAACTCCCATCATCGTCGTCGCTCGCCCAAAGCGAAGAAGCACCCCTTGTTTCTATTTCCGAATCGCT
GCCATTCGTTCAATCAATCATTCTTTCTAGAGACTCTCGGCCTCCTCTTCTTTATTTCTTCCCTATTTTATTGTTCCCCATTTTCCTCGTTGGCTCGGTGCGCTTCTAGGGTTTCGGACAACAATTGTAGCATCTTCCCCGGCGACCTGCTCTCTTATTTAGGCAGGTCTGTTGAGATATTATTATTACAAACTCTGTAG
AAGACAGTCAATGCATTCTAAGATCCTTCAACCATGCACTGAAGAGTGATGTATTTTTCAGATAATTGACATGGTTGATACACTCTGAACTGTAATTTTATCAAGTCTGCGTCTCACAGAAGAAGCTGTTCTGTTGCTAAAATTGTGAACTTGGGGGACACTGATTGAAGCTATAATGCAAGCCCAAAGGAGCAGCTTGC
ACCCTATAACAGAAACTTTTGACTTGGAAAACTCGTCTGACCAACATAGTGCTGATATTGAAGCACATATTTATCAGGGCGAGCGGACAAATCTTATGGATGCCCCAAGTTTGCCCGATTATCAGGTTGCTGGGAGCAGCTCAAACTGTAATTTCAGAAATGTAGGAAATCATGCTAGTGGCAGTAGTTCTTTTGTCAAT
GGCTGGGCCACTGGCAGTGGAAGCAATTCTGATATTCCAGCTGATCAGGGATGCACTGCTGAAGATAAAATGGTTATTGGCTGGAATCAACTTTCAAATGTGCATTCGACTTCAAGGTTTGATGAAAGGCAAGCAGTAGACACACATGTCCTTCATTCTGTAGACACACATGTCCTTCATTCTGAAAGTGTGACTGTGGA
TGTCCTTAACAACCAGGTCATGGATGATTGTCTACATCTCCGTTCAAGTTGTAACTATGGAACTACTTCTGATGGTAATCCTTATAACTATGTTGTGAATCAGACACCAGTTGGAAATGAAGGGCAACCATATATGGATTTAAGCTGCTGTCCTCACACAACTCAATTGGCTGGACCAGAATCTGAACAAGTGACCTTTG
CTTGTAGCAATGTGGTTGGATGTATGCCAGAGAACAGTAATGGCCATGCCAATCATCCTATGGATGGCAGACGAGGATCCTGTAAAAGAAAGACTGTGGAAAGCATTTCAGGTCCATCGTCTCTAGATGTCCTACCACGTTCTTCACAGTGGGATGACGGCCACCTCCGCCTTACAGCTCCTGGACGTCAAACGATTGGT
AGCAGTTTAAGTATCTCTACAACTACTGCAACAATTCCTGTTGTTAGGCCTTTAGAAGAATCAGTCATATCCAGGGCTAGTGTAGGTGATGTGGGTCCAGATTTCAGAGGTTTATCTATGGCTGGGCAATCAGAAGCTCCCCAGAGAACTGTTCGAGTAAGGCATAACCCTCCTCATCAACAAGAACCAAGTTTACCTCA
CATGTGGCCATCTGGAAATGCTGGAAGATATATTAATATGCCTGACATGCAGCCAAATTCTTCACATTCCAGAAGACTGTTTTCAGGTGATCAGTCTGCAGACACAGGCCCAGCAGTTGTAAGCACAAGTGCCCAACTCCGCCAGCCCAGTATGTTTCATGTGCCACCTGGTGGTATGCAGAGGAGTTTGCATTCAGTTG
GATGGAATGAAAATCCTATGCCTAGACTTGGCATTGCTTCCAGCTCTGGTGGTGCAAGGGAGCGGTCATCTTCTCAACAAGAAGAAGCTACTTCAAGAAACATGATGATGGGTATTCCTAGCAATACCTGGTTTGTTGCAGGTTCAGAGAACAGAGCAACTAACCATGAATCTGGAAGTTGGGTTCCAATGAACCGAAAT
CCAAATGGACCAGGGGAAATTGCTTCATCAATGGTACATCCACTACCAAGTATGCCTTGGGGTTCACATCATGTTCCTTTCACACAAGCACCTAGGAGGAGTGGTAGTGCTGCTCAAGGACAGGGCTTAGCATCATCTGTTTCCAGGCCTGCACAGGGCAGTCATTTTCATCCGGCTCGAGCTACTCATTCCTCTTCATC
ATCAGATATGCCTGTGCCGCCAGTCACTGGTTTGCAAATCCCACAATATCTTCGATCAGCGTTATTGATGGAACGCCAGGGTGATGGCTTGGTAGGTGTTCCTTTTGGATCACTGCAAGCAATTGCTTCTGAGGGTGGTGATGGCCGCAACAGAATAGTGACCGAGCTTCGGAATGTATTGGAGCTTATGCGTAGCCGGA
GAGGTGAAAATCTGAGATTTGAGGATATCTTGATTTTAGACCAATCAGCATTTTATGCTGCGGCCGACATACATGATCAGCACAGAGATATGCGATTGGATGTGGATAACATGACTTATGAGGAATTGCTGGATTTGGAAGAACGAATAGGTAATGTGAGTACGGGATTAAGTGAAGAGACAGTTTGTAAGTGCTTGAAG
AGAAGTGTATATTGCTCTTCCATAGAATCCAGTGCAGATGAAGCCTCCAAGAAGCAGCCAGAGGATGAACTTTGCAGTATATGTCGGGTATATATTACATTTTCTCAGGCTTTGCTATCATCCTTCACAGTTAGCAACATTGCTTGCAATGACTTCTTGAAGAGGAATACAGGGACAATGAAGAACTGGGTTTTCTAGAC
TGTGGCCATATTCACCACTCAGAGTGTATCATAAAATGGCTGTTACTGAAAAATACATGCCCCATTTGCAAGAAAACAGCTTTGAATGTATAAAGCCTGGAAAGAAATGCAAGTACAGAATGCAATACGGAATACCTCGGAAGGCAATTAACTTCATATAGGCTAGAATATTTTTCTAAACGATGACTGTCCAAATCTTT
ATTCAGTAATTCATTGTCATTTGTTGCAAAATATATTAAAAATGAGCCAAGCATCTCACTAAATTATTTAACGGACGATGTACATATTGGTGCTTTTGGTCCAGATTCTCTTTTGTTAGTGTTCTTGAAGTTGCACTTATTAGCTTAACCCTCGCTGTCCCTGCCTTTTGGAACACGGGGGAGGCTTTCCAACAGATTGC
TTGTTTCATTTTGTTTGAAGTAAATTGCACCTCAATCTTTTTAAGGTAACCATATTTCCTGAAGTCCCTTTGGATTGTAGCAAAGATAATTGTTCGAGGCGCTACTGCTTATTGCTCTTTGCTATCATTGCAAAGTATTCTTTCCAAATATTCTCACGCGGTTATGTTTTATTATTTGGAGTATAGTTTCATCACTCGAG
GTTTTTTTGAAATCTACATCCATAGAAAATATATACACAACGGCTTTAAAATGTGTAGATGGCTCTTTCTCCGGTAATTTTTAATGTGAATCGCACGATTTGTCAAGACATTCGCTAATATCTGGAGTTATCATTCTTATATGAAATATACATGCTTTGAAGCTATATCAGCAACTCCTTACAGTGCTATATTTTAAT

>TRINITY_DN42343_c5_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GATCATTTGATCTTCGTTGCCTTGATATCCACTGTGTGTGTGTGGCACCCCGAATCCCCATCTTCCTCCCCCGCCTCCTCATTTTATTTATTACCCATTTTTTGTTTTCCATTTTCCATTTGTCTTTGGTTCTCAAAGTTGCGTAGAGGGAACAAACCCTGGGGCAGCGGGGAGACTCCTGAAGCGTGCGTAATTGGCAT
CATAGGTTCGAATCTCAGGCCTAGCGGCAGAAGCAGCCCCAGCAAAGAGAGCAGTAGACGTGGTAGAGACTTTTGTGGTTGCGTAGGCGGTCAAAGAATATATCCTTAAGCGGTGCCTCCCAAACCTTTCACCAACTCCCATCATCGTCGTCGCTCGCCCAAAGCGAAGAAGCACCCCTTGTTTCTATTTCCGAATCGCT
GCCATTCGTTCAATCAATCATTCTTTCTAGAGACTCTCGGCCTCCTCTTCTTTATTTCTTCCCTATTTTATTGTTCCCCATTTTCCTCGTTGGCTCGGTGCGCTTCTAGGGTTTCGGACAACAATTGTAGCATCTTCCCCGGCGACCTGCTCTCTTATTTAGGCAGGTCTGTTGAGATATTATTATTACAAACTCTGTAG
AAGACAGTCAATGCATTCTAAGATCCTTCAACCATGCACTGAAGAGTGATGTATTTTTCAGATAATTGACATGGTTGATACACTCTGAACTGTAATTTTATCAAGTCTGCGTCTCACAGAAGAAGCTGTTCTGTTGCTAAAATTGTGAACTTGGGGGACACTGATTGAAGCTATAATGCAAGCCCAAAGGAGCAGCTTGC
ACCCTATAACAGAAACTTTTGACTTGGAAAACTCGTCTGACCAACATAGTGCTGATATTGAAGCACATATTTATCAGGGCGAGCGGACAAATCTTATGGATGCCCCAAGTTTGCCCGATTATCAGGTTGCTGGGAGCAGCTCAAACTGTAATTTCAGAAATGTAGGAAATCATGCTAGTGGCAGTAGTTCTTTTGTCAAT
GGCTGGGCCACTGGCAGTGGAAGCAATTCTGATATTCCAGCTGATCAGGGATGCACTGCTGAAGATAAAATGGTTATTGGCTGGAATCAACTTTCAAATGTGCATTCGACTTCAAGGTTTGATGAAAGGCAAGCAGTAGACACACATGTCCTTCATTCTGTAGACACACATGTCCTTCATTCTGAAAGTGTGACTGTGGA
TGTCCTTAACAACCAGGTCATGGATGATTGTCTACATCTCCGTTCAAGTTGTAACTATGGAACTACTTCTGATGGTAATCCTTATAACTATGTTGTGAATCAGACACCAGTTGGAAATGAAGGGCAACCATATATGGATTTAAGCTGCTGTCCTCACACAACTCAATTGGCTGGACCAGAATCTGAACAAGTGACCTTTG
CTTGTAGCAATGTGGTTGGATGTATGCCAGAGAACAGTAATGGCCATGCCAATCATCCTATGGATGGCAGACGAGGATCCTGTAAAAGAAAGACTGTGGAAAGCATTTCAGGTCCATCGTCTCTAGATGTCCTACCACGTTCTTCACAGTGGGATGACGGCCACCTCCGCCTTACAGCTCCTGGACGTCAAACGATTGGT
AGCAGTTTAAGTATCTCTACAACTACTGCAACAATTCCTGTTGTTAGGCCTTTAGAAGAATCAGTCATATCCAGGGCTAGTGTAGGTGATGTGGGTCCAGATTTCAGAGGTTTATCTATGGCTGGGCAATCAGAAGCTCCCCAGAGAACTGTTCGAGTAAGGCATAACCCTCCTCATCAACAAGAACCAAGTTTACCTCA
CATGTGGCCATCTGGAAATGCTGGAAGATATATTAATATGCCTGACATGCAGCCAAATTCTTCACATTCCAGAAGACTGTTTTCAGGTGATCAGTCTGCAGACACAGGCCCAGCAGTTGTAAGCACAAGTGCCCAACTCCGCCAGCCCAGTATGTTTCATGTGCCACCTGGTGGTATGCAGAGGAGTTTGCATTCAGTTG
GATGGAATGAAAATCCTATGCCTAGACTTGGCATTGCTTCCAGCTCTGGTGGTGCAAGGGAGCGGTCATCTTCTCAACAAGAAGAAGCTACTTCAAGAAACATGATGATGGGTATTCCTAGCAATACCTGGTTTGTTGCAGGTTCAGAGAACAGAGCAACTAACCATGAATCTGGAAGTTGGGTTCCAATGAACCGAAAT
CCAAATGGACCAGGGGAAATTGCTTCATCAATGGTACATCCACTACCAAGTATGCCTTGGGGTTCACATCATGTTCCTTTCACACAAGCACCTAGGAGGAGTGGTAGTGCTGCTCAAGGACAGGGCTTAGCATCATCTGTTTCCAGGCCTGCACAGGGCAGTCATTTTCATCCGGCTCGAGCTACTCATTCCTCTTCATC
ATCAGATATGCCTGTGCCGCCAGTCACTGGTTTGCAAATCCCACAATATCTTCGATCAGCGTTATTGATGGAACGCCAGGGTGATGGCTTGGTAGGTGTTCCTTTTGGATCACTGCAAGCAATTGCTTCTGAGGGTGGTGATGGCCGCAACAGAATAGTGACCGAGCTTCGGAATGTATTGGAGCTTATGCGTAGCCGGA
GAGGTGAAAATCTGAGATTTGAGGATATCTTGATTTTAGACCAATCAGCATTTTATGCTGCGGCCGACATACATGATCAGCACAGAGATATGCGATTGGATGTGGATAACATGACTTATGAGGAATTGCTGGATTTGGAAGAACGAATAGGTAATGTGAGTACGGGATTAAGTGAAGAGACAGTTTGTAAGTGCTTGAAG
AGAAGTGTATATTGCTCTTCCATAGAATCCAGTGCAGATGAAGCCTCCAAGAAGCAGCCAGAGGATGAACTTTGCAGTATATGTCGGGTATATATTACATTTTCTCAGGCTTTGCTATCATCCTTCACAGTTAGCAACATTGCTTGCAATGACTTCTTGAAgtaggttttcaatcacaaatgacatgtactatgaaggaa
ttagattttttgtatgtggagatcagtcttataaataactaccttgattttgcagGAGGAATACAGGGACAATGAAGAACTGGGTTTTCTAGACTGTGGCCATATTCACCACTCAGAGTGTATCATAAAATGGCTGTTACTGAAAAATACATGCCCCATTTGCAAGAAAACAGCTTTGAATGTATAAAGCCTGGAAAGAA
ATGCAAGTACAGAATGCAATACGGAATACCTCGGAAGGCAATTAACTTCATATAGGCTAGAATATTTTTCTAAACGATGACTGTCCAAATCTTTATTCAGTAATTCATTGTCATTTGTTGCAAAATATATTAAAAATGAGCCAAGCATCTCACTAAATTATTTAACGGACGATGTACATATTGGTGCTTTTGGTCCAGAT
TCTCTTTTGTTAGTGTTCTTGAAGTTGCACTTATTAGCTTAACCCTCGCTGTCCCTGCCTTTTGGAACACGGGGGAGGCTTTCCAACAGATTGCTTGTTTCATTTTGTTTGAAGTAAATTGCACCTCAATCTTTTTAAGGTAACCATATTTCCTGAAGTCCCTTTGGATTGTAGCAAAGATAATTGTTCGAGGCGCTACT
GCTTATTGCTCTTTGCTATCATTGCAAAGTATTCTTTCCAAATATTCTCACGCGGTTATGTTTTATTATTTGGAGTATAGTTTCATCACTCGAGGTTTTTTTGAAATCTACATCCATAGAAAATATATACACAACGGCTTTAAAATGTGTAGATGGCTCTTTCTCCGGTAATTTTTAATGTGAATCGCACGATTTGTCAA
GACATTCGCTAATATCTGGAGTTATCATTCTTATATGAAATATACATGCTTTGAAGCTATATCAGCAACTCCTTACAGTGCTATATTTTAAT

Intron 4 GTATATATTA ... GATTTTGCAG

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>TRINITY_DN131896_c3_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

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AGAGGGAACAAACCCTGGGGCAGCGGGGAGACTCCTGAAGCGTGCGTAATTGGCATCATAGGTTCGAATCTCAGGCCTAGCGGCAGAAGCAGCCCCAGCAAAGAGAGCAGTAGACGTGGTAGAGACTTTTGTGGTTGCGTAGGCGGTCAAAGAATATATCCTTAAGCGGTGCCTCCCAAACCTTTCACCAACTCCCATCA
TCGTCGTCGCTCGCCCAAAGCGAAGAAGCACCCCTTGTTTCTATTTCCGAATCGCTGCCATTCGTTCAATCAATCATTCTTTCTAGAGACTCTCGGCCTCCTCTTCTTTATTTCTTCCCTATTTTATTGTTCCCCATTTTCCTCGTTGGCTCGGTGCGCTTCTAGGGTTTCGGACAACAATTGTAGCATCTTCCCCGGCG
ACCTGCTCTCTTATTTAGGCAGGTCTGTTGAGATATTATTATTACAAACTCTGTAGAAGACAGTCAATGCATTCTAAGATCCTTCAACCCTGCACTGAAGAGTGATGTATTTTTCAGATAATTGACATGGTTGATACACTCTGAACTGTAATTTTATCAAGTCTGCGTCTCACAGAAGAAGCTGTTCTGTTGCTAAAATT
GTGAACTTGGGGGACACTGATTGAAGCTATAATGCAAGCCCAAAGGAGCAGCTTGCACCCTATAACAGAAACTTTTGACTTGGAAAACTCGTCTGACCAACATAGTGCTGATATTGAAGCACATATTTATCAGGGCGAGCGGACAAATCTTATGGATGCCCCAAGTTTGCCCGATTATCAGGTTGCTGGGAGCAGCTCAA
ACTGTAATTTCAGAAATGTAGGAAATCATGCTAGTGGCAGTAGTTCTTTTGTCAATGGCTGGGCCACTGGCAGTGGAAGCAATTCTGATATTCCAGCTGATCAGGGATGCACTGCTGAAGATAAAATGGTTATTGGCTGGAATCAACTTTCAAATGTGCATTCGACTTCAAGGTTTGATGAAAGGCAAGCAGTAGACACA
CATGTCCTTCATTCTGTAGACACACATGTCCTTCATTCTGAAAGTGTGACTGTGGATGTCCTTAACAACCAGGTCATGGATGATTGTCTACATCTCCGTTCAAGTTGTAACTATGGAACTACTTCTGATGGTAATCCTTATAACTATGTTGTGAATCAGACACCAGTTGGAAATGAAGGGCAACCATATATGGATTTAAG
CTGCTGTCCTCACACAACTCAATTGGCTGGACCAGAATCTGAACAAGTGACCTTTGCTTGTAGCAATGTGGTTGGATGTATGCCAGAGAACAGTAATGGCCATGCCAATCATCCTATGGATGGCAGACGAGGATCCTGTAAAAGAAAGACTGTGGAAAGCATTTCAGGTCCATCGTCTCTAGATGTCCTACCACGTTCTT
CACAGTGGGATGACGGCCACCTCCGCCTTACAGCTCCTGGACGTCAAACGATTGGTAGCAGTTTAAGTATCTCTACAACTACTGCAACAATTCCTGTTGTTAGGCCTTTAGAAGAATCAGTCATATCCAGGGCTAGTGTAGGTGATGTGGGTCCAGATTTCAGAGGTTTATCTATGGCTGGGCAATCAGAAGCTCCCCAG
AGAACTGTTCGAGTAAGGCATAACCCTCCTCATCAACAAGAACCAAGTTTACCTCACATGTGGCCATCTGGAAATGCTGGAAGATATATTAATATGCCTGACATGCAGCCAAATTCTTCACATTCCAGAAGACTGTTTTCAGGTGATCAGTCTGCAGACACAGGCCCAGCAGTTGTAAGCACAAGTGCCCAACTCCGCCA
GCCCAGTATGTTTCATGTGCCACCTGGTGGTATGCAGAGGAGTTTGCATTCAGTTGGATGGAATGAAAATCCTATGCCTAGACTTGGCATTGCTTCCAGCTCTGGTGGTGCAAGGGAGCGGTCATCTTCTCAACAAGAAGAAGCTACTTCAAGAAACATGATGATGGGTATTCCTAGCAATACCTGGTTTGTTGCAGGTT
CAGAGAACAGAGCAACTAACCATGAATCTGGAAGTTGGGTTCCAATGAACCGAAATCCAAATGGACCAGGGGAAATTGCTTCATCAATGGTACATCCACTACCAAGTATGCCTTGGGGTTCACATCATGTTCCTTTCACACAAGCACCTAGGAGGAGTGGTAGTGCTGCTCAAGGACAGGGCTTAGCATCATCTGTTTCC
AGGCCTGCACAGGGCAGTCATTTTCATCCGGCTCGAGCTACTCATTCCTCTTCATCATCAGATATGCCTGTGCCGCCAGTCACTGGTTTGCAAATCCCACAATATCTTCGATCAGCGTTATTGATGGAACGCCAGGGTGATGGCTTGGTAGGTGTTCCTTTTGGATCACTGCAAGCAATTGCTTCTGAGGGTGGTGATGG
CCGCAACAGAATAGTGACCGAGCTTCGGAATGTATTGGAGCTTATGCGTAGCCGGAGAGGTGAAAATCTGAGATTTGAGGATATCTTGATTTTAGACCAATCAGCATTTTATGCTGCGGCCGACATACATGATCAGCACAGAGATATGCGATTGGATGTGGATAACATGACTTATGAGGAATTGCTGGATTTGGAAGAAC
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ATTTGTTGCAAAATATATTAAAAATGAGCCAAGCATCTCACTAAATTATTTAACGGACGATGTACATATTGGTGCTTTTGGTCCAGATTCTCTTTTGTTAGTGTTCTTGAAGTTGCACTTATTAGCTTAACCCTCGCTGTCCCTGCCTTTTGGAACACGGGGGAGGCTTTCCAACAGATTGCTTGTTTCATTTTGTTTGA
AGTAAATTGCACCTCAATCTTTTTAAGGTAACCATATTTCCTGAAGTCCCTTTGGATTGTAGCAAAGATAATTGTTCGAGGCGCTACTGCTTATTGCTCTTTGCTATCATTGCAAAGTATTCTTTCCAAATATTCTCACGCGGTTATGTTTTATTATTTGGAGTATAGTTTCATCACTCGAGGTTTTTTTGAAATCTACA
TCCATAGAAAATATATACACAACGGCTTTAAAATGTGTAGATGGCTCTTTCTCCGGTAATTTTTAATGTGAATCGCACGATTTGTCAAGACATTCGCTAATATCTGGAG

>TRINITY_DN131896_c3_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

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AGAGGGAACAAACCCTGGGGCAGCGGGGAGACTCCTGAAGCGTGCGTAATTGGCATCATAGGTTCGAATCTCAGGCCTAGCGGCAGAAGCAGCCCCAGCAAAGAGAGCAGTAGACGTGGTAGAGACTTTTGTGGTTGCGTAGGCGGTCAAAGAATATATCCTTAAGCGGTGCCTCCCAAACCTTTCACCAACTCCCATCA
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AGGCCTGCACAGGGCAGTCATTTTCATCCGGCTCGAGCTACTCATTCCTCTTCATCATCAGATATGCCTGTGCCGCCAGTCACTGGTTTGCAAATCCCACAATATCTTCGATCAGCGTTATTGATGGAACGCCAGGGTGATGGCTTGGTAGGTGTTCCTTTTGGATCACTGCAAGCAATTGCTTCTGAGGGTGGTGATGG
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tgcaatgacttcttgaagtaggttttcaatcacaaatgacatgtactatgaaggaattagattttttgtatgtggagatcagtcttataaataactaccttgattttgcagGAGGAATACAGGGACAATGAAGAACTGGGTTTTCTAGACTGTGGCCATATTCACCACTCAGAGTGTATCATAAAATGGCTGTTACTGAA
AAATACATGCCCCATTTGCAAGAAAACAGCTTTGAATGTATAAAGCCTGGAAAGAAATGCAAGTACAGAATGCAATACGGAATACCTCGGAAGGCAATTAACTTCATATAGGCTAGAATATTTTTCTAAACGATGACTGTCCAAATCTTTATTCAGTAATTCATTGTCATTTGTTGCAAAATATATTAAAAATGAGCCAA
GCATCTCACTAAATTATTTAACGGACGATGTACATATTGGTGCTTTTGGTCCAGATTCTCTTTTGTTAGTGTTCTTGAAGTTGCACTTATTAGCTTAACCCTCGCTGTCCCTGCCTTTTGGAACACGGGGGAGGCTTTCCAACAGATTGCTTGTTTCATTTTGTTTGAAGTAAATTGCACCTCAATCTTTTTAAGGTAAC
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ATGTGTAGATGGCTCTTTCTCCGGTAATTTTTAATGTGAATCGCACGATTTGTCAAGACATTCGCTAATATCTGGAG