sp|Q43116|PDI_RICCO ----> Protein disulfide-isomerase

Intron 1 GTAATTTCAT ... TGATTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.48	81.8	22.5	14
A2	18.23	82	19	14
A3	19.98	102.8	24	22
A4	21.17	82.5	18.5	18
A5	22.39	38.3	5	10
A6	27.98	119.3	28	43
A7	20.36	144.8	33	33
A8	22.43	53.5	12.5	14
A9	24.1	118.8	22.5	35
A10	25.9	118.2	27	38

>TRINITY_DN106789_c1_g2_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

GATCAGAACGAGTCATACTACCCACATACATAGATTGTCGAAGTGAAGTTGGATCTAGGGTTTTGCAGAAACAGTCATGGCGATTCTACGCTGGGTTTCCTTTGCATTGATCTTGTTTTCGGTGGTTGGTCTGTGTAAATCAGAAACCGAAAATGAAGGAGGAGAAGCAGTTCTCACCCTAGATGCTCAAAATTTCTCGG
AGGCTCTTGCTAGCCATCCGTTCATTTTAGTCGAATTCTATGCCCCATGGTGTGGTCATTGTAAGCGCCTTGCTCCTGAGTACGAGAAGGCTGCAGCTAGTCTTAAAAATCATGACCCGCCCATTGTCTTGGCTAAAGTTGATGCTAATGAAGAAGCAAATAAAGCTTTGGCTAGTGAATATGATGTAAAGGGGTTTCCG
ACTCTGAAGATCATTCGGAAGGGAGGGGCAAGTGTTCAGGACTATAAAGGTCCTCGTGAAGCAGATGGTATTGTGAATTACTTGAAAAAGCAGGCTGGTCCCGCATCTGTGGAAATCAAATCTTCGGAAGAGGCCACTAGCCTTATTGGTGACAAGAAAGTATTCATAGTTGGAGTGTTCTCAAACTTTGAGGGTGAGGA
ATATACCAATTTCACCACTGTTACAGAGGCATTGCGTTCAGATTATGATTTTGGTCATACATCTGATGCTACAGTCCTTCCTTTGAAGGATTCTCCAATTAACCCACCGTTCATTCGGCTTTTTAAACCTTTTGATGAACGATATTCTGATTCTCAGGATTTCACGGTTGATTCATTAGAGAAGTTTGTTGAAGAAGCCA
GTATGCCCCTTATAGCAGTTTTGACCAAGGACCCTGATAGTCATGCTCATGTAATCAAATTCTTCAATAGCCCAGATGCTAAGGCCTTGTTTTTTCTGAATTTTACTGCAGACAATGCAGAGGAATTCAAAGCTACATATCAAGAGTTAGCAAAATCCTATAAAGGAAAAGGCCTGAAATTTCTTCTTGCTGATCTTGAG
GCTAGTCAAGGTGCTCTACAGTTCTATGGACTTAAAGCTGAGGGGGTGCCATCTATCCTCATTCAAGATGCAGAAGATCGGAAGTATGTTAAGGAGACACTAGAAGTTGAACAAATATCATCCGTGTTGAAAGAATACTTTGATGGCACGTTACAACAGTACAGGAAATCTGAGCCCATCCCTGAAAAGAATGACGATCC
TGTAAAAATTGTTGTGGCAGATACTCTGCAAGAAATGGTCATTGGTTCTGACAAAAATGTACTTTTGGAGTTCTATGCACCTTGGTGTGGACATTGCAAGAAACTGGCTCCCACTTTGGAAGAGGTGGCCATTTCCTATGAAAACGAAACTGATGTGGTGATAGCTAAGATGGATGGCACTGTTAATGATATTTCTACCA
AGATCTTCGATATAAAGGGGTATCCAACTTTATACATGGTCTCTGCAACTGGCAAGGTTTTGCATTATGAGGGAGATAGAACGAAGGAGGACATCATCGACTTCATTAATAAAAATAGAGATTCTGTCAGCAAGCATGATAGCGGAAAGGATGAATTGTGAAATGAGGTGAGCTTCCACTTTCTGTGCATACACTTGTGG
GCATGACTGTATTTATAAGTGAAAGAGGGAGGGGGAGGGAGATTGTGACTTTTAGGTTTGCCGAGTAAAGTAGGGAGGTCGTCACTTCTGTTTTTGCCAGTAGCTATTTGTCGTAGATGTGAATTTAATGTGCTTTTTAAATTTTGCATTCATGTCATATGGAGAACATACTCATGTAGTAAGAACACACTCATTTAGTA
GGAGTTGATCACTGTTTCCAGCATATTTATTTCAATTAAAGTGTCTTATCCATGTATTCAAATACAGTGATGTTGACCATCCTGATTTAAATTGTGTGTGCGATACATGATGAAGATCATCCTGTATGGTCCTCCTTAAAGTTATTTTAGTCATAT

>TRINITY_DN106789_c1_g2_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTAAAGTCTTCTGGGCCTTCTTGATTTTCTTCAACACCATTTTGGCACCCATGTTAAACCTTTGGAATCAACCTTTCTTAGGGAACAAAGGTAACATATTGATCCATTATTCCTTTTGACAAACTTTTAAAAGAAGCAAACGTATTATCATAATAACTAACCATTCAAGTATTTAATGCTCATGCAAATCATAACCAAGA
TTAGTTTATCTTTCCTTCTAGTGAGGAAGCTTCCGGCACCATAGGAAAGCACTTAACTACTTTCTATTGTACTTGTTTGTAGCTATTCAACATTCTTATTGGGTTTTTAAGGGATCTGTTTCTTGTAACAGGTGTGGTCATTGTAAGCGCCTTGCTCCTGAGgtaatttcatcttttaccttcattggtgctgaacaaat
atttgaaagtatttaatatatatgatattaatgctaaaagctttgatgaaagttttgtggcgcaagttctaccttttctcattttgtattttctatattccgattgacattaatcataatcaatgaatttctatgattaccagTACGAGAAGGCTGCAGCTAGTCTTAAAAATCATGACCCGCCCATTGTCTTGGCTAAA
GTTGATGCTAATGAAGAAGCAAATAAAGCTTTGGCTAGTGAATATGATGTAAAGGGGTTTCCGACTCTGAAGATCATTCGGAAGGGAGGGGCAAGTGTTCAGGACTATAAAGGTCCTCGTGAAGCAGATGGTATTGTGAATTACTTGAAAAAGCAGGCTGGTCCCGCATCTGTGGAAATCAAATCTTCGGAAGAGGCCAC
TAGCCTTATTGGTGACAAGAAAGTATTCATAGTTGGAGTGTTCTCAAACTTTGAGGGTGAGGAATATACCAATTTCACCACTGTTACAGAGGCATTGCGTTCAGATTATGATTTTGGTCATACATCTGATGCTACAGTCCTTCCTTTGAAGGATTCTCCAATTAACCCACCGTTCATTCGGCTTTTTAAACCTTTTGATG
AACGATATTCTGATTCTCAGGATTTCACGGTTGATTCATTAGAGAAGTTTGTTGAAGAAGCCAGTATGCCCCTTATAGCAGTTTTGACCAAGGACCCTGATAGTCATGCTCATGTAATCAAATTCTTCAATAGCCCAGATGCTAAGGCCTTGTTTTTTCTGAATTTTACTGCAGACAATGCAGAGGAATTCAAAGCTACA
TATCAAGAGTTAGCAAAATCCTATAAAGGAAAAGGCCTGAAATTTCTTCTTGCTGATCTTGAGGCTAGTCAAGGTGCTCTACAGTTCTATGGACTTAAAGCTGAGGGGGTGCCATCTATCCTCATTCAAGATGCAGAAGATCGGAAGTATGTTAAGGAGACACTAGAAGTTGAACAAATATCATCCGTGTTGAAAGAATA
CTTTGATGGCACGTTACAACAGTACAGGAAATCTGAGCCCATCCCTGAAAAGAATGACGATCCTGTAAAAATTGTTGTGGCAGATACTCTGCAAGAAATGGTCATTGGTTCTGACAAAAATGTACTTTTGGAGTTCTATGCACCTTGGTGTGGACATTGCAAGAAACTGGCTCCCACTTTGGAAGAGGTGGCCATTTCCT
ATGAAAACGAAACTGATGTGGTGATAGCTAAGATGGATGGCACTGTTAATGATATTTCTACCAAGATCTTCGATATAAAGGGGTATCCAACTTTATACATGGTCTCTGCAACTGGCAAGGTTTTGCATTATGAGGGAGATAGAACGAAGGAGGACATCATCGACTTCATTAATAAAAATAGAGATTCTGTCAGCAAGCAT
GATAGCGGAAAGGATGAATTGTGAAATGAGGACACGAGGTTCTAGTTATAGCTCGAATGTGACAGTATCCTGGGCCTACTGAAACTGAGTATTTTTGTTTCAAGTGGCCTATTATAGGCTCTCCGGAACTGTGTAAAGTTCAAGAGGAAATCATGTCTTAGTTTCTTGATCTTAGAGGACAAAGCTGTTTCCATTAGCAG
AGAAAAATTATGCTAATCTAAAGTAGGCTCTGCAGCCTTGATAAATTTAATAAATTTAGTATATATGCTTCATATTTTTCCTTTATAATAGTTAAATTTCACATGGATTTTGTGGGTCATTTCTATAATCTATTGAACATCACATGATGACAAGCTAGCGAAATTCATGAGTGAATGCCAGAAGTGGAGAATTTTTCCTC
GGCTTTCCTAGTGGTAGTTTTCAAATTGCTTGCATCTATCATAAACAAAGGAAATAAGTCACAGGCAGAGTATGTACATGGTGTGGCCGAATCTGCAGCATAGCTATGATTCATTTCCCTGAGGCTATCTATTCAACACGATACTGACATAAAAGCATACAAATCGTTGCCTTGCAGTGGT

Intron 2 GTAAACATTA ... GAATATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.82	129	30	42
A2	18.89	131	25	36
A3	21.58	149	28	54
A4	24.75	114	28	47
A5	17.57	61	13	13
A6	15.42	192	17	53
A7	17.27	194	36	45
A8	20.72	132	18	51
A9	19.51	198	33	63
A10	17.96	185	30	51

>TRINITY_DN102803_c2_g4_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

GATCAGAACGAGTCATACTACCCACATACATAGATTGTCGAAGTGAAGTTGGATCTAGGGTTTTGCAGAAACAGTCATGGCGATTCTACGCTGGGTTTCCTTTGCATTGATCTTGTTTTCGGTGGTTGGTCTGTGTAAATCAGAAACCGAAAATGAAGGAGGAGAAGCAGTTCTCACCCTAGATGCTCAAAATTTCTCGG
AGGCTCTTGCTAGCCATCCGTTCATTTTAGTCGAATTCTATGCCCCATGGTGTGGTCATTGTAAGCGCCTTGCTCCTGAGGTAATTTCATCTTTTACCTTCATTGGTGCTGAACAAATATTTGAAAGTATTTAATATATATGATATTAATGCTAAAAGCTTTGATGAAAGTTTTGTGGCGCAAGTTCTACCTTTTCTCAT
TTTGTATTTTCTATATTCCGATTGACATTAATCATAATCAATGAATTTCTATGATTACCAGTACGAGAAGGCTGCAGCTAGTCTTAAAAATCATGACCCGCCCATTGTCTTGGCTAAAGTTGATGCTAATGAAGAAGCAAATAAAGCTTTGGCTAGTGAATATGATGTAAAGGGGTTTCCGACTCTGAAGATCATTCGGA
AGGGAGGGGCAAGTGTTCAGGACTATAAAGGTCCTCGTGAAGCAGATGGTATTGTGAATTACTTGAAAAAGCAGGCTGGTCCCGCATCTGTGGAAATCAAATCTTCGGAAGAGGCCACTAGCCTTATTGGTGACAAGAAAGTATTCATAGTTGGAGTGTTCTCAAACTTTGAGGGTGAGGAATATACCAATTTCACCACT
GTTACAGAGGCATTGCGTTCAGATTATGATTTTGGTCATACATCTGATGCTACAGTCCTTCCTTTGAAGGATTCTCCAATTAACCCACCGTTCATTCGGCTTTTTAAACCTTTTGATGAACGATATTCTGATTCTCAGGATTTCACGGTTGATTCATTAGAGAAGTTTGTTGAAGAAGCCAGTATGCCCCTTATAGCAGT
TTTGACCAAGGACCCTGATAGTCATGCTCATGTAATCAAATTCTTCAATAGCCCAGATGCTAAGGCCTTGTTTTTTCTGAATTTTACTGCAGACAATGCAGAGGAATTCAAAGCTACATATCAAGAGTTAGCAAAATCCTATAAAGGAAAAGGCCTGAAATTTCTTCTTGCTGATCTTGAGGCTAGTCAAGGTGCTCTAC
AGTTCTATGGACTTAAAGCTGAGGGGGTGCCATCTATCCTCATTCAAGATGCAGAAGATCGGAAGTATGTTAAGGAGACACTAGAAGTTGAACAAATATCATCCGTGTTGAAAGAATACTTTGATGGCACGTTACAACAGTACAGGAAATCTGAGCCCATCCCTGAAAAGAATGACGATCCTGTAAAAATTGTTGTGGCA
GATACTCTGCAAGAAATGGTCATTGGTTCTGACAAAAATGTACTTTTGGAGTTCTATGCACCTTGGTGTGGACATTGCAAGAAACTGGCTCCCACTTTGGAAGAGGTGGCCATTTCCTATGAAAACGAAACTGATGTGGTGATAGCTAAGATGGATGGCACTGTTAATGATATTTCTACCAAGATCTTCGATATAAAGGG
GTATCCAACTTTATACATGGTCTCTGCAACTGGCAAGGTTTTGCATTATGAGGGAGATAGAACGAAGGAGGACATCATCGACTTCATTAATAAAAATAGAGATTCTGTCAGCAAGCATGATAGCGGAAAGGATGAATTGTGAAATGAGGACACGAGGTTCTAGTTATAGCTCGAATGTGACAGTATCCTGGGCCTACTGA
AACTGAGTATTTTTGTTTCAAGTGGCCTATTATAGGCTCTCCGGAACTGTGTAAAGTTCAAGAGGAAATCATGTCTTAGTTTCTTGATCTTAGAGGACAAAGCTGTTTCCATTAGCAGAGAAAAATTATGCTAATCTAAAGTAGGCTCTGCAGCCTTGATAAATTTAATAAATTTAGTATATATGCTTCATATTTTTCCT
TTATAATAGTTAAATTTCACATGGATTTTGTGGGTCATTTCTATAATCTATTGAACATCACATGATGACAAGCTAGCGAAATTCATGAGTGAATGCCAGAAGTGGAGAATTTTTCCTCGGCTTTCCTAGTGGTAGTTTTCAAATTGCTTGCATCTATCATAAACAAAGGAAATAAGTCACAGGCAGAGTATGTACATGGT
GTGGCCGAATCTGCAGCATAGCTATGATTCATTTCCCTGAGGCTATCTATTCAACACGATACTGACATAAAAGCATACAAATCGTTGCCTTGCAGTGGTATTGTACATAGTTTAAG

>TRINITY_DN102803_c2_g4_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GATCAGAACGAGTCATACTACCCACATACATAGATTGTCGAAGTGAAGTTGGATCTAGGGTTTTGCAGAAACAGTCATGGCGATTCTACGCTGGGTTTCCTTTGCATTGATCTTGTTTTCGGTGGTTGGTCTGTGTAAATCAGAAACCGAAAATGAAGGAGGAGAAGCAGTTCTCACCCTAGATGCTCAAAATTTCTCGG
AGGCTCTTGCTAGCCATCCGTTCATTTTAGTCGAATTCTATGCCCCATGGTGTGGTCATTGTAAGCGCCTTGCTCCTGAGTACGAGAAGGCTGCAGCTAGTCTTAAAAATCATGACCCGCCCATTGTCTTGGCTAAAGTTGATGCTAATGAAGAAGCAAATAAAGCTTTGGCTAGTGAATATGATGTAAAGGGGTTTCCG
ACTCTGAAGATCATTCGGAAGGGAGGGGCAAGTGTTCAGGACTATAAAGGTCCTCGTGAAGCAGATGGTATTGTGAATTACTTGAAAAAGCAGGCTGGTCCCGCATCTGTGGAAATCAAATCTTCGGAAGAGGCCACTAGCCTTATTGGTGACAAGAAAGTATTCATAGTTGGAGTGTTCTCAAACTTTGAGGGTGAGGA
ATATACCAATTTCACCACTGTTACAGAGGCATTGCGTTCAGATTATGATTTTGGTCATACATCTGATGCTACAGTCCTTCCTTTGAAGGATTCTCCAATTAACCCACCGTTCATTCGGCTTTTTAAACCTTTTGATGAACGATATTCTGATTCTCAGgtaaacattaatttcagagcacagtcatatatgttaaagactg
gaggcatctacaagtttaatgatttcaacattctttagtattttaatattgaaggatttataatgctcacaagcatttttttctagtgcttacaatagatctgtgaatatgcagGATTTCACGGTTGATTCATTAGAGAAGTTTGTTGAAGAAGCCAGTATGCCCCTTATAGCAGTTTTGACCAAGGACCCTGATAGTCA
TGCTCATGTAATCAAATTCTTCAATAGCCCAGATGCTAAGGCCTTGTTTTTTCTGAATTTTACTGCAGACAATGCAGAGGAATTCAAAGCTACATATCAAGAGTTAGCAAAATCCTATAAAGGAAAAGGCCTGAAATTTCTTCTTGCTGATCTTGAGGCTAGTCAAGGTGCTCTACAGTTCTATGGACTTAAAGCTGAGG
GGGTGCCATCTATCCTCATTCAAGATGCAGAAGATCGGAAGTATGTTAAGGAGACACTAGAAGTTGAACAAATATCATCCGTGTTGAAAGAATACTTTGATGGCACGTTACAACAGTACAGGAAATCTGAGCCCATCCCTGAAAAGAATGACGATCCTGTAAAAATTGTTGTGGCAGATACTCTGCAAGAAATGGTCATT
GGTTCTGACAAAAATGTACTTTTGGAGTTCTATGCACCTTGGTGTGGACATTGCAAGAAACTGGCTCCCACTTTGGAAGAGGTGGCCATTTCCTATGAAAACGAAACTGATGTGGTGATAGCTAAGATGGATGGCACTGTTAATGATATTTCTACCAAGATCTTCGATATAAAGGGGTATCCAACTTTATACATGGTCTC
TGCAACTGGCAAGGTTTTGCATTATGAGGGAGATAGAACGAAGGAGGACATCATCGACTTCATTAATAAAAATAGAGATTCTGTCAGCAAGCATGATAGCGGAAAGGATGAATTGTGAAATGAGGACACGAGGTTCTAGTTATAGCTCGAATGTGACAGTATCCTGGGCCTACTGAAACTGAGTATTTTTGTTTCAAGTG
GCCTATTATAGGCTCTCCGGAACTGTGTAAAGTTCAAGAGGAAATCATGTCTTAGTTTCTTGATCTTAGAGGACAAAGCTGTTTCCATTAGCAGAGAAAAATTATGCTAATCTAAAGTAGGCTCTGCAGCCTTGATAAATTTAATAAATTTAGTATATATGCTTCATATTTTTCCTTTATAATAGTTAAATTTCACATGG
ATTTTGTGGGTCATTTCTATAATCTATTGAACATCACATGATGACAAGCTAGCGAAATTCATGAGTGAATGCCAGAAGTGGAGAATTTTTCCTCGGCTTTCCTAGTGGTAGTTTTCAAATTGCTTGCATCTATCATAAACAAAGGAAATAAGTCACAGGCAGAGTATGTACATGGTGTGGCCGAATCTGCAGCATAGCTA
TGATTCATTTCCCTGAGGCTATCTATTCAACACGATACTGACATAAAAGCATACAAATCGTTGCCTTGCAGTGGTATTGTACATAGTTTAAG

Intron 3 GTGAGCTTCC ... GATATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.96	226	55.7	57
A2	22.3	207	60.9	58
A3	20.95	262	67.9	71
A4	19.78	160	48.9	30
A5	21.88	121	30.8	37
A6	22.5	1226.4	303.1	409
A7	22.91	1012	266.6	335
A8	21.12	1004.4	208.7	329
A9	21.82	903	194	310
A10	24.57	647	183.4	238

>TRINITY_DN122747_c1_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

CTAGAATGATGTTCTGGGCCAGAGAGTTATCTGTGGCTGGGAAGAACCTAGCACTGATGCTCCCATCTAAATACTTTGGTGTCTTCCTTCTTGCGTTTTATATGGCACTAGTTCTGCAAAAGTTTTCTTAGGTGACTAGGTTACGTGATTTGTTGATTAGTAGCTTTAGCTTTGGACCATGGAGATATGTCTAACAGTCC
CTTGACTTCTATTGTAAGCTTGGAGGTGGTTTTTACCTTGAGCTTGCTTACACTGTTTAGAACAATATAACGACACCACTTTTCTCTTGTCTGAGTCTTCTGGGGCCTTATCTGTTAAGTCTAGGTGGTATTTATAATGTTGTGCATGCCATTTGCAAGTTTCATATCTTAGGTCATATTCTAGTTGATTCTTGTGAAGG
TTTGTCAGACTCAAGTCAAATTGGTAATATTTTGCTATCTTTATGAAAAGCCTTTGTAAGCTTCAAAGTGATGCCACTTGAATGAAAGCTAACTGGTCTTGTCAAGTTTTAAACAGGAGATGCACACCTCACAATTGCAAAGTACTGGAATGTTAGTCATGCTAAACTAAAATTGGTGTTATAAGTGTAACTGTACTAGC
TTTATTGTAAACAATTTTCAGTTATTTATCAGTCTAAGAAGGTTGGATCTCTGTATCACATTGTTTCATTCTGCAAACCTGCAGCTGTGTATTTTTAACTTTCTTATTTTTTAGAATGAAAATATGAAGTGCAAACCTGTATTTTGTTTAACGTTGTTAAGGCATTTTGTATGATTGAACTGTGCAATTTCAGTTTTACT
GTTCTGCTTGTTAGTTCTTTTAGGACCTACTATGTTTAGTATTAGACTTAGTCCTTGGTTGCTTGATTTAGGATCACTGTAATGATTTCTAGTTGTTTGCTCTTTTATGCTTTAATACCCCTTAAGAAGCTATTTGGTCCTTTTATGTTCAAGATTCTGTTGTGTGAATATTTGCAGTACTTTTGGAGTTCTATGCACCT
TGGTGTGGACATTGCAAGAAACTGGCTCCCACTTTGGAAGAGGTGGCCATTTCCTATGAAAACGAAACTGATGTGGTGATAGCTAAGATGGATGGCACTGTTAATGATATTTCTACCAAGATCTTCGATATAAAGGGGTATCCAACTTTATACATGGTCTCTGCAACTGGCAAGGTTTTGCATTATGAGGGAGATAGAAC
GAAGGAGGACATCATCGACTTCATTAATAAAAATAGAGATTCTGTCAGCAAGCATGATAGCGGAAAGGATGAATTGTGAAATGAGGACACGAGGTTCTAGTTATAGCTCGAATGTGACAGTATCCTGGGCCTACTGAAACTGAGTATTTTTGTTTCAAGTGGCCTATTATAGGCTCTCCGGAACTGTGTAAAGTTCAAGA
GGAAATCATGTCTTAGTTTCTTGATCTTAGAGGACAAAGCTGTTTCCATTAGCAGAGAAAAATTATGCTAATCTAAAGTAGGCTCTGCAGCCTTGATAAATTTAATAAATTTAGTATATATGCTTCATATTTTTCCTTTATAATAGTTAAATTTCACATGGATTTTGTGGGTCATTTCTATAATCTATTGAACATCACAT
GATGACAAGCTAGCGAAATTCATGAGTGAATGCCAGAAGTGGAGAATTTTTCCTCGGCTTTCCTAGTGGTAGTTTTCAAATTGCTTGCATCTATCATAAACAAAGGAAATAAGTCACAGGCAGAGTATGTACATGGTGTGGCCGAATCTGCAGCATAGCTATGATTCATTTCCCTGAGGCTATCTATTCAACACGATACT
GACATAAAAGCATACAAATCGTTGCCTTGCAGTGGTATTGTACATAGTTTAAGGATTATAAACTTTCTTAGAAAATCTGTGGCACAAAATCTGTGGTAAAAGTGCATTTTTGGATTTTAGAAAAGAGGACCG

>TRINITY_DN122747_c1_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CATGGTTTGCAAAAAATGCATTTATGGTCACACCGTGAAAAAGAGGAGACAGAAAGATGTGACAGGCATGGCATGTTTCCTCGTAGTGATAATACAAAGGATTGCTCTTGAGTATTGAATACACGAGCCTCACAGATGACCAAAGTTTGTACAATCTGGAATGTATCTGAATGATGTCCATTGTACATTGATGTCTCGAT
GACCTAACTGCATACTCCTGCAGTTGATGACTTGTACACTCTGACACACAGCAGTTACTGTAGTCATTCAGCATACAGTGTTATTTTTGGCAAATTGGAATACAGGCATTTCTGTTGAAGAATTGAAAGCCTAGTAGATGAGGTCTGAAAATATAAGAAGGGATCAGTATTACTGTTTATTTATTTGAGTTCATCCTATT
ATGGCATCTTTCAAAATAGTTTCACCTACATAGATAATTGGACATCATCTGTTATTACTGTTAATTTTTATTTACATAATTTGTAGCTTGCTTGATATTATTTTAAACTTTTTCTCACACGCAGGATGGCACTGTTAATGATATTTCTACCAAGATCTTCGATATAAAGGGGTATCCAACTTTATACATGGTCTCTGCAA
CTGGCAAGGTTTTGCATTATGAGGGAGATAGAACGAAGGAGGACATCATCGACTTCATTAATAAAAATAGAGATTCTGTCAGCAAGCATGATAGCGGAAAGGATGAATTGTGAAATGAGgtgagcttccactttctatgcatacacttgtgggcatgactgtatttataagtgaaagagggagggggagggagattgtga
cttttaggtttgccgagtaaagtagggaggtcatcacttctgtttttgccaatagctatttgtcgtagatgtgaattttatgtgctttttaaattttgcattcatgtcatatggagaacatactcatgtagtaagaacacactcatttagtaggagttgatcactgtttccagcatatttatttcaattaaagtgtctta
tccatgtattcaaatacagtgatgttgaccatcctgatttaaattgtgtgtgcgatacatgatgaagatcatcctgtatggtcctccttaaagttattttagtcatatagaaacgttcttcacattcaagtatacaagtgcttagtttccgtttaaaatttgtgatcgatggtaacatgtataacactagattttttatt
tttacaaggacactttttctgacagggttctaattattctcgtttgtaatcaattcttgttggacaggaataagctctctttaattcaagattattatgcagttcgtgtttctccaaacctacaagatttgtgaatatattaaggtgttttgtatttgtcactgtattggtaatttgggcgtggagggtaatttattgga
aatgcttgaataaatgcaagacctgactaactaaattgtttaaattcaactatccacctacaaaatgctagcaacgctctgcaaaataattatgacacagttttccatatagtcgattcaaacacttgtatgttaagcatatgaaatgtattttaaatttgtattaatttcttatactttgcaatgaacaaaccttctga
catgatttctatgctgctagcctgctattaggtgtgtgtgtcattgtattagtttttgtcaacgtgtcagtttttgttctgtgaggctatagggtgtgttttatgaaatgatttatcatagcagcacctggagaataacttgacttgcttctgatattgcagGACACGAGGTTCTAGTTATAGCTCGAATGTGACAGTAT
CCTGGGCCTACTGAAACTGAGTATTTTTGTTTCAAGTGGCCTATTATAGGCTCTCCGGAACTGTGTAAAGTTCAAGAGGAAATCATGTCTTAGTTTCTTGATCTTAGAGGACAAAGCTGTTTCCATTAGCAGAGAAAAATTATGCTAATCTAAAGTAGGCTCTGCAGCCTTGATAAATTTAATAAATTTAGTATATATGC
TTCATATTTTTCCTTTATAATAGTTAAATTTCACATGGATTTTGTGGGTCATTTCTATAATCTATTGAACATCACATGATGACAAGCTAGCGAAATTCATGAGTGAATGCCAGAAGTGGAGAATTTTTCCTCGGCTTTCCTAGTGGTAGTTTTCAAATTGCTTGCATCTATCATAAACAAAGGAAATAAGTCACAGGCAG
AGTATGTACATGGTGTGGCCGAATCTGCAGCATAGCTATGATTCATTTCCCTGAGGCTATCTATTCAACACGATACTGACATAAAAGCATACAAATCGTTGCCTTGCAGTGGTATTGTACATAGTTTAAGGATTATAAACTTTCTTAGAAAATCTGTGGCACAAAATCTGTGGTAAAAGTGCATTTTTGGATTTTAGAAA
AGAGGACCG

Intron 4 GTGAGTAAAC ... TCATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.09	225	26	19
A2	11.88	178	24	24
A3	8.84	185.5	19	17
A4	13.59	178	37	19
A5	8.3	116	10	11
A6	8.2	543	53	44
A7	10.48	628	90	57
A8	9.09	470	54	40
A9	8.61	520	57	41
A10	8.3	370	41	26

>TRINITY_DN102803_c2_g4_i7 from sample A4 / Example spliced isoform

GATCAGAACGAGTCATACTACCCACATACATAGATTGTCGAAGTGAAGTTGGATCTAGGGTTTTGCAGAAACAGTCATGGCGATTCTACGCTGGGTTTCCTTTGCATTGATCTTGTTTTCGGTGGTTGGTCTGTGTAAATCAGAAACCGAAAATGAAGGAGGAGAAGCAGTTCTCACCCTAGATGCTCAAAATTTCTCGG
AGGCTCTTGCTAGCCATCCGTTCATTTTAGTCGAATTCTATGCCCCATGGTGTGGTCATTGTAAGCGCCTTGCTCCTGAGTACGAGAAGGCTGCAGCTAGTCTTAAAAATCATGACCCGCCCATTGTCTTGGCTAAAGTTGATGCTAATGAAGAAGCAAATAAAGCTTTGGCTAGTGAATATGATGTAAAGGGGTTTCCG
ACTCTGAAGATCATTCGGAAGGGAGGGGCAAGTGTTCAGGACTATAAAGGTCCTCGTGAAGCAGATGGTATTGTGAATTACTTGAAAAAGCAGGCTGGTCCCGCATCTGTGGAAATCAAATCTTCGGAAGAGGCCACTAGCCTTATTGGTGACAAGAAAGTATTCATAGTTGGAGTGTTCTCAAACTTTGAGGGTGAGGA
ATATACCAATTTCACCACTGTTACAGAGGCATTGCGTTCAGATTATGATTTTGGTCATACATCTGATGCTACAGTCCTTCCTTTGAAGGATTCTCCAATTAACCCACCGTTCATTCGGCTTTTTAAACCTTTTGATGAACGATATTCTGATTCTCAGGTAAACATTAATTTCAGAGCACAGTCATATATGTTAAAGACTG
GAGGCATCTACAAGTTTAATGATTTCAACATTCTTTAGTATTTTAATATTGAAGGATTTATAATGCTCACAAGCATTTTTTTCTAGTGCTTACAATAGATCTGTGAATATGCAGGATTTCACGGTTGATTCATTAGAGAAGTTTGTTGAAGAAGCCAGTATGCCCCTTATAGCAGTTTTGACCAAGGACCCTGATAGTCA
TGCTCATGTAATCAAATTCTTCAATAGCCCAGATGCTAAGGCCTTGTTTTTTCTGAATTTTACTGCAGACAATGCAGAGGAATTCAAAGCTACATATCAAGAGTTAGCAAAATCCTATAAAGGAAAAGGCCTGAAATTTCTTCTTGCTGATCTTGAGGCTAGTCAAGGTGCTCTACAGTTCTATGGACTTAAAGCTGAGG
GGGTGCCATCTATCCTCATTCAAGATGCAGAAGATCGGAAGTATGTTAAGGAGACACTAGAAGTTGAACAAATATCATCCGTGTTGAAAGAATACTTTGATGGCACGTTACAACAGTACAGGAAATCTGAGCCCATCCCTGAAAAGAATGACGATCCTGTAAAAATTGTTGTGGCAGATACTCTGCAAGAAATGGTCATT
GGTTCTGACAAAAATGTACTTTTGGAGTTCTATGCACCTTGGTGTGGACATTGCAAGAAACTGGCTCCCACTTTGGAAGAGGTGGCCATTTCCTATGAAAACGAAACTGATGTGGTGATAGCTAAGATGGATGGCACTGTTAATGATATTTCTACCAAGATCTTCGATATAAAGGGGTATCCAACTTTATACATGGTCTC
TGCAACTGGCAAGGTTTTGCATTATGAGGGAGATAGAACGAAGGAGGACATCATCGACTTCATTAATAAAAATAGAGATTCTGTCAGCAAGCATGATAGCGGAAAGGATGAATTGTGAAATGAGGACACGAGGTTCTAGTTATAGCTCGAATGTGACAGTATCCTGGGCCTACTGAAACTGAGTATTTTTGTTTCAAGTG
GCCTATTATAGGCTCTCCGGAACTGTGTAAAGTTCAAGAGGAAATCATGTCTTAGTTTCTTGATCTTAGAGGACAAAGCTGTTTCCATTAGCAGAGAAAAATTATGCTAATCTAAAGTAGGCTCTGCAGCCTTGATAAATTTAATAAATTTAGTATATATGCTTCATATTTTTCCTTTATAATAGTTAAATTTCACATGG
ATTTTGTGGGTCATTTCTATAATCTATTGAACATCACATGATGACAAGCTAGCGAAATTCATGAGTGAATGCCAGAAGTGGAGAATTTTTCCTCGGCTTTCCTAGTGGTAGTTTTCAAATTGCTTGCATCTATCATAAACAAAGGAAATAAGTCACAGGCAGAGTATGTACATGGTGTGGCCGAATCTGCAGCATAGCTA
TGATTCATTTCCCTGAGGCTATCTATTCAACACGATACTGACATAAAAGCATACAAATCGTTGCCTTGCAGTGGTATTGTACATAGTTTAAG

>TRINITY_DN102803_c2_g4_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GATCAGAACGAGTCATACTACCCACATACATAGATTGTCGAAGTGAAGTTGGATCTAGGGTTTTGCAGAAACAGTCATGGCGATTCTACGCTGGGTTTCCTTTGCATTGATCTTGTTTTCGGTGGTTGGTCTGTGTAAATCAGAAACCGAAAATGAAGGAGGAGAAGCAGTTCTCACCCTAGATGCTCAAAATTTCTCGG
AGGCTCTTGCTAGCCATCCGTTCATTTTAGTCGAATTCTATGCCCCATGGTGTGGTCATTGTAAGCGCCTTGCTCCTGAGTACGAGAAGGCTGCAGCTAGTCTTAAAAATCATGACCCGCCCATTGTCTTGGCTAAAGTTGATGCTAATGAAGAAGCAAATAAAGCTTTGGCTAGTGAATATGATGTAAAGGGGTTTCCG
ACTCTGAAGATCATTCGGAAGGGAGGGGCAAGTGTTCAGGACTATAAAGGTCCTCGTGAAGCAGATGGTATTGTGAATTACTTGAAAAAGCAGGCTGGTCCCGCATCTGTGGAAATCAAATCTTCGGAAGAGGCCACTAGCCTTATTGGTGACAAGAAAGTATTCATAGTTGGAGTGTTCTCAAACTTTGAGGGTGAGGA
ATATACCAATTTCACCACTGTTACAGAGGCATTGCGTTCAGATTATGATTTTGGTCATACATCTGATGCTACAGTCCTTCCTTTGAAGGATTCTCCAATTAACCCACCGTTCATTCGGCTTTTTAAACCTTTTGATGAACGATATTCTGATTCTCAGGATTTCACGGTTGATTCATTAGAGAAGTTTGTTGAAGAAGCCA
GTATGCCCCTTATAGCAGTTTTGACCAAGGACCCTGATAGTCATGCTCATGTAATCAAATTCTTCAATAGCCCAGATGCTAAGGCCTTGTTTTTTCTGAATTTTACTGCAGACAATGCAGAGGAATTCAAAGCTACATATCAAGAGTTAGCAAAATCCTATAAAGGAAAAGGCCTGAAATTTCTTCTTGCTGATCTTGAG
GCTAGTCAAGGTGCTCTACAGTTCTATGGACTTAAAGCTGAGGGGGTGCCATCTATCCTCATTCAAGATGCAGAAGATCGGAAGTATGTTAAGGAGACACTAGAAGTTGAACAAATATCATCCGTGTTGAAAGAATACTTTgtgagtaaacactattatttgtaaaagcctgatatattgtggaattttaggaatttgat
tttgtctctacatattgtacttgaattccatagataacaattaagatattttatagtctggatctagttactaccagccacctatagaaaacataatgttgcgcttaacacttctgtgaccaagattaatacttatttacactgcatgggtctgcatatctataacttaatattttacatcatgtgcagGATGGCACGTT
ACAACAGTACAGGAAATCTGAGCCCATCCCTGAAAAGAATGACGATCCTGTAAAAATTGTTGTGGCAGATACTCTGCAAGAAATGGTCATTGGTTCTGACAAAAATGGTATTGATCTTGATGTTCACATGCTTTTCATTGATGCATAGTGAGGGCCACTTAGATGTTCACATATTTTGTTTTAGTAAAATGGCAATGTTG
TAGGAATTTATATTTTGTTTGCTTCTAAAGACACATTAAAATTACAATGCATCATATACACTTTCTAGACTAAAATATATGACCAAGAAATATTTATCACATTCTCTTATTCAGCCAGAGCGTTCAGATCCTCATTAAAAAAAACTGCAAGAG

Intron 5 GTATGTATTC ... TAATGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.75	186	44	85
A2	24.67	171	40	72
A3	25.74	150	51	53
A4	26.58	116	35	49
A5	27.06	62	18	28
A6	20.56	257	58	75
A7	23.36	269	57	107
A8	22.01	124	36	34
A9	21.48	181	50	49
A10	21.17	216	34	82

>TRINITY_DN122747_c1_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

ATCAGAACGAGTCATACTACCCACATACATAGATTGTCGAAGTGAAGTTGGATCTAGGGTTTTGCAGAAACAGTCATGGCGATTCTACGCTGGGTTTCCTTTGCATTGATCTTGTTTTCGGTGGTTGGTCTGTGTAAATCAGAAACCGAAAATGAAGGAGGAGAAGCAGTTCTCACCCTAGATGCTCAAAATTTCTCGGA
GGCTCTTGCTAGCCATCCGTTCATTTTAGTCGAATTCTATGCCCCATGGTGTGGTCATTGTAAGCGCCTTGCTCCTGAGTACGAGAAGGCTGCAGCTAGTCTTAAAAATCATGACCCGCCCATTGTCTTGGCTAAAGTTGATGCTAATGAAGAAGCAAATAAAGCTTTGGCTAGTGAATATGATGTAAAGGGGTTTCCGA
CTCTGAAGATCATTCGGAAGGGAGGGGCAAGTGTTCAGGACTATAAAGGTCCTCGTGAAGCAGATGGTATTGTGAATTACTTGAAAAAGCAGGCTGGTCCCGCATCTGTGGAAATCAAATCTTCGGAAGAGGCCACTAGCCTTATTGGTGACAAGAAAGTATTCATAGTTGGAGTGTTCTCAAACTTTGAGGGTGAGGAA
TATACCAATTTCACCACTGTTACAGAGGCATTGCGTTCAGATTATGATTTTGGTCATACATCTGATGCTACAGTCCTTCCTTTGAAGGATTCTCCAATTAACCCACCGTTCATTCGGCTTTTTAAACCTTTTGATGAACGATATTCTGATTCTCAGGATTTCACGGTTGATTCATTAGAGAAGTTTGTTGAAGAAGCCAG
TATGCCCCTTATAGCAGTTTTGACCAAGGACCCTGATAGTCATGCTCATGTAATCAAATTCTTCAATAGCCCAGATGCTAAGGCCTTGTTTTTTCTGAATTTTACTGCAGACAATGCAGAGGAATTCAAAGCTACATATCAAGAGTTAGCAAAATCCTATAAAGGAAAAGGCCTGAAATTTCTTCTTGCTGATCTTGAGG
CTAGTCAAGGTGCTCTACAGTTCTATGGACTTAAAGCTGAGGGGGTGCCATCTATCCTCATTCAAGATGCAGAAGATCGGAAGTATGTTAAGGAGACACTAGAAGTTGAACAAATATCATCCGTGTTGAAAGAATACTTTGATGGCACGTTACAACAGTACAGGAAATCTGAGCCCATCCCTGAAAAGAATGACGATCCT
GTAAAAATTGTTGTGGCAGATACTCTGCAAGAAATGGTCATTGGTTCTGACAAAAATGTACTTTTGGAGTTCTATGCACCTTGGTGTGGACATTGCAAGAAACTGGCTCCCACTTTGGAAGAGGTGGCCATTTCCTATGAAAACGAAACTGATGTGGTGATAGCTAAGATGGATGGCACTGTTAATGATATTTCTACCAA
GATCTTCGATATAAAGGGGTATCCAACTTTATACATGGTCTCTGCAACTGGCAAGGTTTTGCATTATGAGGGAGATAGAACGAAGGAGGACATCATCGACTTCATTAATAAAAATAGAGATTCTGTCAGCAAGCATGATAGCGGAAAGGATGAATTGTGAAATGAGGACACGAGGTTCTAGTTATAGCTCGAATGTGACA
GTATCCTGGGCCTACTGAAACTGAGTATTTTTGTTTCAAGTGGCCTATTATAGGCTCTCCGGAACTGTGTAAAGTTCAAGAGGAAATCATGTCTTAGTTTCTTGATCTTAGAGGACAAAGCTGTTTCCATTAGCAGAGAAAAATTATGCTAATCTAAAGTAGGCTCTGCAGCCTTGATAAATTTAATAAATTTAGTATAT
ATGCTTCATATTTTTCCTTTATAATAGTTAAATTTCACATGGATTTTGTGGGTCATTTCTATAATCTATTGAACATCACATGATGACAAGCTAGCGAAATTCATGAGTGAATGCCAGAAGTGGAGAATTTTTCCTCGGCTTTCCTAGTGGTAGTTTTCAAATTGCTTGCATCTATCATAAACAAAGGAAATAAGTCACAG
GCAGAGTATGTACATGGTGTGGCCGAATCTGCAGCATAGCTATGATTCATTTCCCTGAGGCTATCTATTCAACACGATACTGACATAAAAGCATACAAATCGTTGCCTTGCAGTGGTATTGTACATAGTTTAAGGATTATAAACTTTCTTAGAAAATCTGTGGCACAAAATCTGTGGTAAAAGTGCATTTTTGGATTTTA
GAAAAGAGGACCG

>TRINITY_DN122747_c1_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATCAGAACGAGTCATACTACCCACATACATAGATTGTCGAAGTGAAGTTGGATCTAGGGTTTTGCAGAAACAGTCATGGCGATTCTACGCTGGGTTTCCTTTGCATTGATCTTGTTTTCGGTGGTTGGTCTGTGTAAATCAGAAACCGAAAATGAAGGAGGAGAAGCAGTTCTCACCCTAGATGCTCAAAATTTCTCGGA
GGCTCTTGCTAGCCATCCGTTCATTTTAGTCGAATTCTATGCCCCATGGTGTGGTCATTGTAAGCGCCTTGCTCCTGAGTACGAGAAGGCTGCAGCTAGTCTTAAAAATCATGACCCGCCCATTGTCTTGGCTAAAGTTGATGCTAATGAAGAAGCAAATAAAGCTTTGGCTAGTGAATATGATGTAAAGGGGTTTCCGA
CTCTGAAGATCATTCGGAAGGGAGGGGCAAGTGTTCAGGACTATAAAGGTCCTCGTGAAGCAGATGGTATTGTGAATTACTTGAAAAAGCAGGCTGGTCCCGCATCTGTGGAAATCAAATCTTCGGAAGAGGCCACTAGCCTTATTGGTGACAAGAAAGTATTCATAgtatgtattcaatcgcatacaagagctatttct
ttttatattttcaacttctttatgcaaggcatttgtttgaaatattttctgattgtaatgaacagGTTGGAGTGTTCTCAAACTTTGAGGGTGAGGAATATACCAATTTCACCACTGTTACAGAGGCATTGCGTTCAGATTATGATTTTGGTCATACATCTGATGCTACAGTCCTTCCTTTGAAGGATTCTCCAATTAAC
CCACCGTTCATTCGGCTTTTTAAACCTTTTGATGAACGATATTCTGATTCTCAGGATTTCACGGTTGATTCATTAGAGAAGTTTGTTGAAGAAGCCAGTATGCCCCTTATAGCAGTTTTGACCAAGGACCCTGATAGTCATGCTCATGTAATCAAATTCTTCAATAGCCCAGATGCTAAGGCCTTGTTTTTTCTGAATTT
TACTGCAGACAATGCAGAGGAATTCAAAGCTACATATCAAGAGTTAGCAAAATCCTATAAAGGAAAAGGCCTGAAATTTCTTCTTGCTGATCTTGAGGCTAGTCAAGGTGCTCTACAGTTCTATGGACTTAAAGCTGAGGGGGTGCCATCTATCCTCATTCAAGATGCAGAAGATCGGAAGTATGTTAAGGAGACACTAG
AAGTTGAACAAATATCATCCGTGTTGAAAGAATACTTTGATGGCACGTTACAACAGTACAGGAAATCTGAGCCCATCCCTGAAAAGAATGACGATCCTGTAAAAATTGTTGTGGCAGATACTCTGCAAGAAATGGTCATTGGTTCTGACAAAAATGTACTTTTGGAGTTCTATGCACCTTGGTGTGGACATTGCAAGAAA
CTGGCTCCCACTTTGGAAGAGGTGGCCATTTCCTATGAAAACGAAACTGATGTGGTGATAGCTAAGATGGATGGCACTGTTAATGATATTTCTACCAAGATCTTCGATATAAAGGGGTATCCAACTTTATACATGGTCTCTGCAACTGGCAAGGTTTTGCATTATGAGGGAGATAGAACGAAGGAGGACATCATCGACTT
CATTAATAAAAATAGAGATTCTGTCAGCAAGCATGATAGCGGAAAGGATGAATTGTGAAATGAGGACACGAGGTTCTAGTTATAGCTCGAATGTGACAGTATCCTGGGCCTACTGAAACTGAGTATTTTTGTTTCAAGTGGCCTATTATAGGCTCTCCGGAACTGTGTAAAGTTCAAGAGGAAATCATGTCTTAGTTTCT
TGATCTTAGAGGACAAAGCTGTTTCCATTAGCAGAGAAAAATTATGCTAATCTAAAGTAGGCTCTGCAGCCTTGATAAATTTAATAAATTTAGTATATATGCTTCATATTTTTCCTTTATAATAGTTAAATTTCACATGGATTTTGTGGGTCATTTCTATAATCTATTGAACATCACATGATGACAAGCTAGCGAAATTC
ATGAGTGAATGCCAGAAGTGGAGAATTTTTCCTCGGCTTTCCTAGTGGTAGTTTTCAAATTGCTTGCATCTATCATAAACAAAGGAAATAAGTCACAGGCAGAGTATGTACATGGTGTGGCCGAATCTGCAGCATAGCTATGATTCATTTCCCTGAGGCTATCTATTCAACACGATACTGACATAAAAGCATACAAATCG
TTGCCTTGCAGTGGTATTGTACATAGTTTAAGGATTATAAACTTTCTTAGAAAATCTGTGGCACAAAATCTGTGGTAAAAGTGCATTTTTGGATTTTAGAAAAGAGGACCG