sp|Q9SW44|RH16_ARATH ----> DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 16
Intron 1 GTAAGCTGTA ... TTCTTTTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.64 | 45 | 9 | 13 |
| A2 | 13.68 | 41 | 6 | 7 |
| A3 | 11.69 | 34 | 5 | 4 |
| A4 | 23.81 | 40 | 12 | 13 |
| A5 | 16.67 | 10 | 1 | 3 |
| A6 | 16.57 | 73 | 11 | 18 |
| A7 | 12.11 | 98 | 8 | 19 |
| A8 | 19.76 | 136 | 26 | 41 |
| A9 | 16.43 | 89 | 13 | 22 |
| A10 | 14.08 | 61 | 9 | 11 |
>TRINITY_DN42725_c0_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoformCGAGTTTAGAGGCCGTCGTCTGTGAAGAATCGTCCCTCAGTCGCCTCTTTAGAGGAAAATCGCCGCCGACTCTTGAAGCTGTCGACCTGCATGAAAAACTTTCATCGAGCCACAATTAACCGCGCGTGACTTAGAAAGGAGAAGAATCCGTTACTGCGCCCCTCCCGAAATTTTGGGAGTAAAGTCTTGTATCAGGTCTA
ACGTCGAAGTAATACTTATAACAAAGACTGAAGCTGCGTGAAGCCGTGTGGAAGCCATACCCAGTGACTGTAATCGAGTCACCGCCGCAGACTCAAGGTATCTGGCCCTAGAAGAAGCCCCGTGAATTAAAATTCGCCGCTGTTTTGAGAGAGACGCGATTTGAGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTT
AGTTGATCGAGAAGACGTCGAAGAATCCGCTGGTAACGCCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCGGTAGACGGTCCCGCAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCAGTGGCCTGGAAGAGAGGTACAGGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGC
CATCGTTTGTTTTAGTTGATCGAGAAGACGTCGAAGAATCCGCTGGTAACGCCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCGGTAGACGGTCCCGCAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCAGTGGCCTGGAAGAGAGGGTTTGAGGAAATTAC
ATAATAGCTATGGGTGACACAAAAAAGATTGTGAAGGTTGACGAAGAGGATGATTTAAGCTTTGAAGATATGGGATTGGACTCCAGGTTGATTAGATCCCTGGCTAAGAAGGATATTACAAAACCCACTGCCATCCAGTTGAAGGCCATTCCTCTAATTCTGGAAGGGAAAGATGTTGTGGCTCAAGCAAAAACTGGTTC
AGGAAAAACATTTGCATATTTGCTTCCCTTGCTTCAGAAATTATTTTCAGACAACGGGTCTACTAAGAGTGGTCCCAGTGCTTTTGTCCTTGTTCCAACCAGAGAGCTTTGCCAACAGGTCCACAAGGAAATCTTATCTCTGCTTGAGCACTGCAAAGGTTCCTGGAAAGTTACTCAATTGACAAGCAGCATGTCTCTGC
CAGATTTTAGGGCTGCTATGGTGGGGCCTCCAGACATTGTAGTTGCAACACCGGCTTGTATTGCAACATGTATTTCTAAAAATATTCTGCAACCTTCATCTCTCGAGGAGTCACTTTCTACATTGGTTTTAGACGAGGCAGACCTTCTTCTATCATATGGGTACGAAGAGGACTTGAAATCTCTGGTTCATCATATTCCA
CGTCGTTGTCAGTGCATCCTCATGTCTGCAACTTCAAGTGCAGATGTGGAGAAGATAAAAAAGCTTGTCCTGCACAGTCCTGTAATTCTGACACTAATTGAAGTGGAAGGAAATGGGTATAATGGAGTTGTGCCAAACAGTGTGCAGCAATTTTGGATTTCATGTGACGTGCATGACAAACTACTTTACATTCTCGCCCT
TCTTAAACTGGAATTGGTTCAGAAGAAAGCTTTAATCTTTGTTAATTCTATTGGTACAGGTTTCAGGTTGAAACTCTTCCTTGAACAGTTCGGGATCAAATCTGCTGTCTTAAATTCAGAGTTGCCACAAAACTCACGTCTCCACATGCTTGAGGAGTTCAATGCTGGTTTGTTTGATTATTTGATAGCAATAGATGATA
GTAAACCGACAGAAGTTGAGAATGAACCTATTGAAGAGAAAATGGCCAGTCACAAAAGATCAAGAAAACGTCACAAAAGATCTGTTGATTCTGAATTTGGAGTTGTTAGAGGAATTGACTTCAAAAATGTTCACACGGTCATAAATTTTGACATGCCTCTAAACCCTTCAGGGTACATACACCGCATTGGAAGAACTGGA
AGAGCTAATAGCACTGGTGCTTCGGTATCTCTTGTCTCTCCTGCAGAAGATGACGTATTCAAAGAAATCAGAGTGGCATTGAGTGGTGGTAAGGAATTAGATCCAGAGTCTACAAAGTTTATATCACCCTTTCCATTGCTGACGAAAAATGCAGTTGAGTCTCTTCGTTATAGGGCCCAGGACATTGCGCAAAGCATAAC
CAAGGTCGCAGTGAAAGAGGCACGTGCTAATGAGCTTCGAAATGAAATATTAAATTCCGAGAGGTTGAAGGCTCATTTCGAAGATAATCCCAAGGATTTGGAACTGTTGAAGCATGACAAGGTACTGAGCAAGAAGCAACCTTCATCCCATCTATCCGCTGTACCAGACTATCTTGTTGATCCTACCACACAAATAGCTA
GCAAAGCTATTAAGCTTGCCAGAGAAGCAATGGGACAAAGTCAGTCTGGGCACCGAGGCTGGTTTAAGAGAAAGACTGGCAGGACTGGGGATCCTTTGAAGACGTTCTCTATAGAGGTGAGTTATCATGAACTTCACTTTCGAAATTTAAACAAATTACTCAACCGGGATCCTTGGTTACCTCAGTCTTTTTACATCTCT
TGATATTTAAATCATGCTTTTGATAGAATTGCAATTCGTAATCCTATTTTTGCATATGTATGTATTTGGTGGAAAGTGTATACTTTTTAAGGACATTATTCGTGTGAATGCTGTTGATTAGTCGAAAAAGAGATCTGGCAGAGGCGGTTTCAAGGGAAAGAGGAAAAAAGGAGGAACTGACAGTGAAGCACCGAAGAAAA
AGCATAGATGGAGTAAATAATTTTGCTCAAGATTTCTTGTAATATGTGGTTCAGTTAAATATTCTTTAAACGCTATGTTCAGAATCAACTTGTGGCTGAACCTCTTTGTACCAGATTTGTTTACCATTTTATTTTACTGCATAGGTATTCGAGTTTCATTTTTATTGGCACTGATTTCAATATTAGTGTATTATTGAAGT
TCCTCAATTTTGTATCGTCCATGAGGAACTGCTCCAACGGTATTAATTTTTGTCAGGTTTCCTGGTATTTTCTGCCTGCGAGTGTAACACTGGTAACTGAAAATATTTGGACGTTGTAGATACAGACATATTTGCAAATCAGCTGAACACTCGGAAATTGA
>TRINITY_DN42725_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:CGAGTTTAGAGGCCGTCGTCTGTGAAGAATCGTCCCTCAGTCGCCTCTTTAGAGGAAAATCGCCGCCGACTCTTGAAGCTGTCGACCTGCATGAAAAACTTTCATCGAGCCACAATTAACCGCGCGTGACTTAGAAAGGAGAAGAATCCGTTACTGCGCCCCTCCCGAAATTTTGGGAGTAAAGTCTTGTATCAGGTCTA
ACGTCGAAGTAATACTTATAACAAAGACTGAAGCTGCGTGAAGCCGTGTGGAAGCCATACCCAGTGACTGTAATCGAGTCACCGCCGCAGACTCAAGGTATCTGGCCCTAGAAGAAGCCCCGTGAATTAAAATTCGCCGCTGTTTTGAGAGAGACGCGATTTGAGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTT
AGTTGATCGAGAAGACGTCGAAGAATCCGCTGGTAACGCCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCACGAATTTGTCCGGTAGACGGTCCCGCAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCCGTGGCCTGGAAGAGAGGAACCTGGTGCACAAAT
CGTTGTAAAATGGCCTAAGTTGTTGATTTTCCTGAAATATTATCAATTGAGGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTTAGTTGATCGAGAAGACGTCGAAGAATCCGCTGGTAACGCCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCGGTAGACGGTCCCG
CAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCAGTGGCCTGGAAGAGAGGGTTTGAGGAAATTACATAATAGCTATGGGTGACACAAAAAAGATTGTGAAGGTTGACGAAGAGGATGATTTAAGCTTTGAAGATATGGGATTGGACTCCAGGTTGATTAGATCCCTGGCTAAGAAGGATATTACAAAACCC
ACTGCCATCCAGTTGAAGGCCATTCCTCTAATTCTGGAAGGGAAAGATGTTGTGGCTCAAGCAAAAACTGGTTCAGGAAAAACATTTGCATATTTGCTTCCCTTGCTTCAGAAATTATTTTCAGACAACGGGTCTACTAAGAGTGGTCCCAGTGCTTTTGTCCTTGTTCCAACCAGAGAGCTTTGCCAACAGGTCCACAA
GGAAATCTTATCTCTGCTTGAGCACTGCAAAGGTTCCTGGAAAGTTACTCAATTGACAAGCAGCATGTCTCTGCCAGATTTTAGGGCTGCTATGGTGGGGCCTCCAGACATTGTAGTTGCAACACCGGCTTGTATTGCAACATGTATTTCTAAAAATATTCTGCAACCTTCATCTCTCGAGGAGTCACTTTCTACATTGG
TTTTAGACGAGGCAGACCTTCTTCTATCATATGGGTACGAAGAGGACTTGAAATCTCTGGTTCATCATATTCCACGTCGTTGTCAGTGCATCCTCATGTCTGCAACTTCAAGTGCAGATGTGGAGAAGATAAAAAAGCTTGTCCTGCACAGTCCTGTAATTCTGACACTAATTGAAGTGGAAGGAAATGGGTATAATGGA
GTTGTGCCAAACAGTGTGCAGCAATTTTGGATTTCATGTGACGTGCATGACAAACTACTTTACATTCTCGCCCTTCTTAAACTGGAATTGGTTCAGAAGAAAGCTTTAATCTTTGTTAATTCTATTGGTACAGGTTTCAGGTTGAAACTCTTCCTTGAACAGTTCGGGATCAAATCTGCTGTCTTAAATTCAGAGTTGCC
ACAAAACTCACGTCTCCACATGCTTGAGGAGTTCAATGCTGGTTTGTTTGATTATTTGATAGCAATAGATGATAGTAAACCGACAGAAGTTGAGAATGAACCTATTGAAGAGAAAATGGCCAGTCACAAAAGATCAAGAAAACGTCACAAAAGATCTGTTGATTCTGAATTTGGAGTTGTTAGAGGAATTGACTTCAAAA
ATGTTCACACGGTCATAAATTTTGACATGCCTCTAAACCCTTCAGGGTACATACACCGCATTGGAAGAACTGGAAGAGCTAATAGCACTGGTGCTTCGGTATCTCTTGTCTCTCCTGCAGAAGATGACGTATTCAAAGAAATCAGAGTGGCATTGAGTGGTGGTAAGGAATTAGATCCAGAGTCTACAAAGTTTATATCA
CCCTTTCCATTGCTGACGAAAAATGCAGTTGAGTCTCTTCGTTATAGGGCCCAGgtaagctgtatgatactgactgatcattttgtctagattgaggacatgcctgttcaagtgaaaaatttccttccctgaattgcgtttggcagtgtacttgaactctcgagtaattctagtttggacataactcatctttagattgt
tgtacttcttttaagGACATTGCGCAAAGCATAACCAAGGTCGCAGTGAAAGAGGCACGTGCTAATGAGCTTCGAAATGAAATATTAAATTCCGAGAGGTTGAAGGCTCATTTCGAAGATAATCCCAAGGATTTGGAACTGTTGAAGCATGACAAGGTACTGAGCAAGAAGCAACCTTCATCCCATCTATCCGCTGTACC
AGACTATCTTGTTGATCCTACCACACAAATAGCTAGCAAAGCTATTAAGCTTGCCAGAGAAGCAATGGGACAAAGTCAGTCTGGGCACCGAGGCTGGTTTAAGAGAAAGACTGGCAGGACTGGGGATCCTTTGAAGACGTTCTCTATAGAG
Intron 2 GCGTGGCCTG ... AATTGTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 71.43 | 8 | 18 | 22 |
| A2 | 44 | 14 | 9 | 13 |
| A3 | 47.54 | 16 | 12 | 17 |
| A4 | 40 | 9 | 6 | 6 |
| A5 | 55.17 | 13 | 14 | 18 |
| A6 | 33.33 | 10 | 3 | 7 |
| A7 | 51.26 | 29 | 26 | 35 |
| A8 | 47.62 | 11 | 6 | 14 |
| A9 | 58.21 | 14 | 21 | 18 |
| A10 | 55.56 | 20 | 22 | 28 |
>TRINITY_DN46164_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoformCGTCTGTGAAGAATCGTCCCTCAGTCGCCTCTTTAGAGGAAAATCGCCGCCGACTCTTGAAGCTGTCGACCTGCATGAAAAACTTTCATCGAGCCACAATTAACCGCGCGTGACTTAGAAAGGAGAAGAATCCGTTACTGCGCCCCTCCCGAAATTTTGGGAGTAAAGTCTTGTATCAGGTCTAACGTCGAAGTAATACT
TATAACAAAGACTGAAGCTGCGTGAAGCCGTGTGGAAGCCATACCCAGTGACTGTAATCGAGTCACCGCCGCAGACTCAAGGTATCTGGCCCTAGAAGAAGCCCCGTGAATTAAAATTCGCCGCTGTTTTGAGAGAGACGCGATTTGAGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTTAGTTGATCGAGAAGAC
GTCGAAGAATCCGCTGGTAACGTCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCGGTAGACGGTCCCGCAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCAGTGGCCTGGAAGAGAGGGTTTGAGGAAATTACATAATAGCTATGGGTGACACAAAAAAGAT
TGTGAAGGTTGACGAAGAGGATGATTTAAGCTTTGAAGATATGGGATTGGACTCCAGGTTGATTAGATCCCTGGCTAAGAAGGATATTACAAAACCCACTGCCATCCAGTTGAAGGCCATTCCTCTAATTCTGGAAGGGAAAGATGTTGTGGCTCAAGCAAAAACTGGTTCAGGAAAAACATTTGCATATTTGCTTCCCT
TGCTTCAGAAATTATTTTCAGACAACGGGTTTACTAAGAGTGGTCCCAGTGCTTTTGTCCTTGTTCCAACCAGAGAGCTTTGCCAACAGGTCCACAAGGAAATCTTATCTCTGCTTGAGCACTGCAAAGGTTCCTGGAAAGTTACTCAATTGACAAGCAGCATGTCTCTGCCAGATTTTAGGGCTGCTATGGTGGGGCCT
CCAGACATTTTAGTTGCAACACCGGCTTGTATTGCAACATGTATTTCTAAAAATATTCTGCAACCTTCATCTCTCGAGGAGTCACTTTCTACATTGGTTTTAGACGAGGCAGACCTTCTTCTATCATATGGGTACGAAGAGGACTTGAAATCTCTGGTTCATCATATTCCACGTCGTTGTCAGTGCATCCTCATGTCTGC
AACTTCAAGTGCAGATGTGGAGAAGATAAAAAAGCTTGTCCTGCACAGTCCTGTAATTCTGACACTAATTGAAGTGGAAGGAAATGGGTATAATGGAGTTGTGCCAAACAGTGTGCAGCAATTTTGGATTTCATGTGACGTGCATGACAAACTACTTTACATTCTCGCCCTTCTTAAACTGGAATTGGTTCAGAAGAAAG
CTTTAATCTTTGTTAATTCTATTGGTACAGGTTTCAGGTTGAAACTCTTCCTTGAACAGTTCGGGATCAAATCTGCTGTCTTAAATTCAGAGTTGCCACAAAACTCACGTCTCCACATGCTTGAGGAGTTCAATGCTGGTTTGTTTGATTATTTGATAGCAATAGATGATAGTAAACCGACAGAAGTTGAGAATGAACCT
ATTGAAGAGAAAATGGCCAGTCACAAAAGATCAAGAAAACGTCACAAAAGATCTGTTGATTCTGAATTTGGAGTTGTTAGAGGAATTGACTTCAAAAATGTTCACACGGTCATAAATTTTGACATGCCTCTAAACCCTTCAGGGTACATACACCGCATTGGAAGAACTGGAAGAGCTAATAGCACTGGTGCTTCGGTATC
TCTTGTCTCTCCTGCAGAAGATGACGTATTCAAAGAAATCAGAGTGGCATTGAGTGGTGGTAAGGAATTAGATCCAGAGTCTACAAAGTTTATATCACCCTTTCCATTGCTGACGAAAAATGCAGTTGAGTCTCTTCGTTATAGGGCCCAGGACATTGCGCAAAGCATAACCAAGGTCGCAGTGAAAGAGGCACGTGCTA
ATGAGCTTCGAAATGAAATATTAAATTCCGAGAGGTTGAAGGCTCATTTCGAAGATAATCCCAAGGATTTGGAACTATTGAAGCATGACAAGGTACTGAGCAAGAAGCAACCTTCATCCCATCTATCCGCTGTACCAGACTATCTTGTTGACCCTACCACACAAATAGCTAGCAAAGCTATTAAGCTTGCCAGAGAAGCA
ATGGGACAAAGTCAGTCTGGGCACCGAGGCTGGTTTAAGAGAAAGACTGGCAGGACTGGGGATCCTTTGAAGACGTTCTCTATAGAGTCGAAAAAGAGATCTGGCAGAGGCGGTTTCAAGGGAAAGAGGAAAAAAGGAGGAACTGACAGTGAAGCACCGAAGAAAAAGCATAGATGGAGTAAATAATTTTGCTCAAGATT
TCTTGTAATATGTGGTTCAGTTAAATATTCTTTAAACGCTATGTTCAGAATCAACTTGTGGCTGAACCTCTTTGTACCAGATTTGTTTACCATTTTATTTTACTGCATAGGTATTCGAGTTTCATTTTTATTGGCACTGATTTCAATATTAGTGTATTATTGAAGTTCCTCAATTTTGTATCGTCCATGAGGAACTGCTC
CAACGGTATTAATTTTTGTCAGGTTTCCTGGTATTTTCTGCCTGCGAGTGTAACACTGGTAACTGAAAATATTTGGACGTTGTAGATACAGACATATTTGCAAATCAGCTGAACACTCGGAAATTGACGCTCTCATACTGTATTGTTCTAATATAGCGAGTAGTTTTCTATGTTTGCAAATCAGCTGAACACTTGGAAAT
TGACGCTCTCATACTATATTGTTCTAATATAGCG
>TRINITY_DN46164_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:CCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCGGTAGACGGTCCCGCAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCAGTGGCCTGGAAGAGAGGTACAGGTACACACATATATATTTTGAGAGAGACGCGATTTGAGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTTAGTTGATCGAGAAGACGTCGAAGAAT
CCGCTGGTAACGTCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCACGAATTTGTCCGGTAGACGGTCCCGCAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCAGTGGCCTGGAAGAGAGgcgtggcctggaagagaggaacctggtgcacaaatcgttgtaa
aatggcctaagttgttgattttcctgaaatattatcaattgtacagGGTTTGAGGAAATTACATAATAGCTATGGGTGACACAAAAAAGATTGTGAAGGTTGACGAAGAGGATGATTTAAGCTTTGAAGATATGGGATTGGACTCCAGGTTGATTAGATCCCTGGCTAAGAAGGATATTACAAAACCCACTGCCATCCAG
TTGAAGGCCATTCCTCTAATTCTGGAAGGGAAAGATGTTGTGGCTCAAGCAAAAACTGGTTCAGGAAAAACATTTGCATATTTGCTTCCCTTGCTTCAGAAATTATTTTCAGACAACGGGTTTACTAAGAGTGGTCCCAGTGCTTTTGTCCTTGTTCCAACCAGAGAGCTTTGCCAACAGGTCCACAAGGAAATCTTATC
TCTGCTTGAGCACTGCAAAGGTTCCTGGAAAGTTACTCAATTGACAAGCAGCATGTCTCTGCCAGATTTTAGGGCTGCTATGGTGGGGCCTCCAGACATTTTAGTTGCAACACCGGCTTGTATTGCAACATGTATTTCTAAAAATATTCTGCAACCTTCATCTCTCGAGGAGTCACTTTCTACATTGGTTTTAGACGAGG
CAGACCTTCTTCTATCATATGGGTACGAAGAGGACTTGAAATCTCTGGTTCATCATATTCCACGTCGTTGTCAGTGCATCCTCATGTCTGCAACTTCAAGTGCAGATGTGGAGAAGATAAAAAAGCTTGTCCTGCACAGTCCTGTAATTCTGACACTAATTGAAGTGGAAGGAAATGGGTATAATGGAGTTGTGCCAAAC
AGTGTGCAGCAATTTTGGATTTCATGTGACGTGCATGACAAACTACTTTACATTCTCGCCCTTCTTAAACTGGAATTGGTTCAGAAGAAAGCTTTAATCTTTGTTAATTCTATTGGTACAGGTTTCAGGTTGAAACTCTTCCTTGAACAGTTCGGGATCAAATCTGCTGTCTTAAATTCAGAGTTGCCACAAAACTCACG
TCTCCACATGCTTGAGGAGTTCAATGCTGGTTTGTTTGATTATTTGATAGCAATAGATGATAGTAAACCGACAGAAGTTGAGAATGAACCTATTGAAGAGAAAATGGCCAGTCACAAAAGATCAAGAAAACGTCACAAAAGATCTGTTGATTCTGAATTTGGAGTTGTTAGAGGAATTGACTTCAAAAATGTTCACACGG
TCATAAATTTTGACATGCCTCTAAACCCTTCAGGGTACATACACCGCATTGGAAGAACTGGAAGAGCTAATAGCACTGGTGCTTCGGTATCTCTTGTCTCTCCTGCAGAAGATGACGTATTCAAAGAAATCAGAGTGGCATTGAGTGGTGGTAAGGAATTAGATCCAGAGTCTACAAAGTTTATATCACCCTTTCCATTG
CTGACGAAAAATGCAGTTGAGTCTCTTCGTTATAGGGCCCAGGACATTGCGCAAAGCATAACCAAGGTCGCAGTGAAAGAGGCACGTGCTAATGAGCTTCGAAATGAAATATTAAATTCCGAGAGGTTGAAGGCTCATTTCGAAGATAATCCCAAGGATTTGGAACTATTGAAGCATGACAAGGTACTGAGCAAGAAGCA
ACCTTCATCCCATCTATCCGCTGTACCAGACTATCTTGTTGACCCTACCACACAAATAGCTAGCAAAGCTATTAAGCTTGCCAGAGAAGCAATGGGACAAAGTCAGTCTGGGCACCGAGGCTGGTTTAAGAGAAAGACTGGCAGGACTGGGGATCCTTTGAAGACGTTCTCTATAGAGTCGAAAAAGAGATCTGGCAGAG
GCGGTTTCAAGGGAAAGAGGAAAAAAGGAGGAACTGACAGTGAAGCACCGAAGAAAAAGCATAGATGGAGTAAATAATTTTGCTCAAGATTTCTTGTAATATGTGGTTCAGTTAAATATTCTTTAAACGCTATGTTCAGAATCAACTTGTGGCTGAACCTCTTTGTACCAGATTTGTTTACCATTTTATTTTACTGCATA
GGTATTCGAGTTTCATTTTTATTGGCACTGATTTCAATATTAGTGTATTATTGAAGTTCCTCAATTTTGTATCGTCCATGAGGAACTGCTCCAACGGTATTAATTTTTGTCAGGTTTCCTGGTATTTTCTGCCTGCGAGTGTAACACTGGTAACTGAAAATATTTGGACGTTGTAGATACAGACATATTTGCAAATCAGC
TGAACACTCGGAAATTGACGCTCTCATACTGTATTGTTCTAATATAGCGAGTAGTTTTCTATGTTTGCAAATCAGCTGAACACTTGGAAATTGACGCTCTCATACTATATTGTTCTAATATAGCGTACACACATATATATTTTGAGAGAGGTACAGGTACACACT
Intron 3 GTCATAAATT ... AACCCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 90.48 | 2 | 19 | 19 |
| A2 | 88.89 | 3 | 27 | 21 |
| A3 | 80.85 | 9 | 38 | 38 |
| A4 | 78.95 | 6 | 21 | 24 |
| A5 | 76.74 | 5 | 16 | 17 |
| A6 | 84.31 | 8 | 48 | 38 |
| A7 | 90.14 | 7 | 69 | 59 |
| A8 | 80.3 | 13 | 62 | 44 |
| A9 | 80.26 | 15 | 56 | 66 |
| A10 | 88.64 | 5 | 38 | 40 |
>TRINITY_DN41356_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoformTGACTTCAAAAATGTTCACACGGGTACATACACCGCATTGGAAGAACTGGAAGAGCTAATAGCACTGGTGCTTCGGTATCTCTTGTCTCTCCTGCAGAAGATGACGTATTCAAAGAAATCAGAGTGGCATTGAGTGGTGGTAAGGAATTAGATCCAGAGTCTACAAAGTTTATATCACCCTTTCCATTGCTGACGAAAAA
TGCAGTTGAGTCTCTTCGTTATAGGGCCCAGGACATTGCGCAAAGCATAACCAAGGTCGCAGTGAAAGAGGCACGTGCTAATGAGCTTCGAAATGAAATATTAAATTCCGAGAGGTTGAAGGCTCATTTCGAAGATAATCCCAAGGATTTGGAACTATTGAAGCATGACAAGGTACTGAGCAAGAAGCAACCTTCATCCC
ATCTATCCGCTGTACCAGACTATCTTGTTGACCCTACCACACAAATAGCTAGCAAAGCTATTAAGCTTGCCAGAGAAGCAATGGGACAAAGTCAGTCTGGGCACCGAGGCTGGTTTAAGAGAAAGACTGGCAGGACTGGGGATCCTTTGAAGACGTTCTCTATAGAGTCGAAAAAGAGATCTGGCAGAGGCGGTTTCAAG
GGAAAGAGGAAAAAAGGAGGAACTGACAGTGAAGCACCGAAGAAAAAGCATAGATGGAGTAAATAATTTTGCTCAAGATTTCTTGTAATATGTGGTTCAGTTAAATATTCTTTAAACGCTATGTTCAGAATCAACTTGTGGCTGAACCTCTTTGTACCAGATTTGTTTACCATTTTATTTTACTGCATAGGTATTCGAGT
TTCATTTTTATTGGCACTGATTTCAATATTAGTGTATTATTGAAGTTCCTCAATTTTGTATCGTCCATGAGGAACTGCTCCAACGGTATTAATTTTTGTCAGGTTTCCTGGTATTTTCTGCCTGCGAGTGTAACACTGGTAACTGAAAATATTTGGACGTTGTAGATACAGACATATTTGCAAATCAGCTGAACACTCGG
AAATTGACGCTCTCATACTGTATTGTTCTAATATAGCGAGTAGTTTTCTATGTTTGCAAATCAGCTGAACACTTGGAAATTGACGCTCTCATACTATATTGTTCTAATATAGCGAGT
>TRINITY_DN41356_c0_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:TGTGAAGAATCGTCCCTCAGTCGCCTCTTTAGAGGAAAATCGCCGCCGACTCTTGAAGCTGTCGACCTGCATGAAAAACTTTCATCGAGCCACAATTAACCGCGCGTGACTTAGAAAGGAGAAGAATCCGTTACTGCGCCCCTCCCGAAATTTTGGGAGTAAAGTCTTGTATCAGGTCTAACGTCGAAGTAATACTTATA
ACAAAGACTGAAGCTGCGTGAAGCCGTGTGGAAGCCATACCCAGTGACTGTAATCGAGTCACCGCCGCAGACTCAAGGTATCTGGCCCTAGAAGAAGCCCCGTGAATTAAAATTCGCCGCTGTTTTGAGAGAGACGCGATTTGAGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTTAGTTGATCGAGAAGACGTCG
AAGAATCCGCTGGTAACGCCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCGGTAGACGGTCCCGCAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCAGTGGCCTGGAAGAGAGGTACAGGTACACACATATATATTTTGAGAGAGACGCGATTTGAGCCGCC
GAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTTAGTTGATCGAGAAGACGTCGAAGAATCCGCTGGTAACGCCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCGGTAGACGGTCCCGCAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCAGTGGCCTGGAAGAGA
GGGTTTGAGGAAATTACATAATAGCTATGGGTGACACAAAAAAGATTGTGAAGGTTGACGAAGAGGATGATTTAAGCTTTGAAGATATGGGATTGGACTCCAGGTTGATTAGATCCCTGGCTAAGAAGGATATTACAAAACCCACTGCCATCCAGTTGAAGGCCATTCCTCTAATTCTGGAAGGGAAAGATGTTGTGGCT
CAAGCAAAAACTGGTTCAGGAAAAACATTTGCATATTTGCTTCCCTTGCTTCAGAAATTATTTTCAGACAACGGGTCTACTAAGAGTGGTCCCAGTGCTTTTGTCCTTGTTCCAACCAGAGAGCTTTGCCAACAGGTCCACAAGGAAATCTTATCTCTGCTTGAGCACTGCAAAGGTTCCTGGAAAGTTACTCAATTGAC
AAGCAGCATGTCTCTGCCAGATTTTAGGGCTGCTATGGTGGGGCCTCCAGACATTTTAGTTGCAACACCGGCTTGTATTGCAACATGTATTTCTAAAAATATTCTGCAACCTTCATCTCTCGAGGAGTCACTTTCTACATTGGTTTTAGACGAGGCAGACCTTCTTCTATCATATGGGTACGAAGAGGACTTGAAATCTC
TGGTTCATCATATTCCACGTCGTTGTCAGTGCATCCTCATGTCTGCAACTTCAAGTGCAGATGTGGAGAAGATAAAAAAGCTTGTCCTGCACAGTCCTGTAATTCTGACACTAATTGAAGTGGAAGGAAATGGGTATAATGGAGTTGTGCCAAACAGTGTGCAGCAATTTTGGATTTCATGTGACGTGCATGACAAACTA
CTTTACATTCTCGCCCTTCTTAAACTGGAATTGGTTCAGAAGAAAGCTTTAATCTTTGTTAATTCTATTGGTACAGGTTTCAGGTTGAAACTCTTCCTTGAACAGTTCGGGATCAAATCTGCTGTCTTAAATTCAGAGTTGCCACAAAACTCACGTCTCCACATGCTTGAGGAGTTCAATGCTGGTTTGTTTGATTATTT
GATAGCAATAGATGATAGTAAACCGACAGAAGTTGAGAATGAACCTATTGAAGAGAAAATGGCCAGTCACAAAAGATCAAGAAAACGTCACAAAAGATCTGTTGATTCTGAATTTGGAGTTGTTAGAGGAATTGACTTCAAAAATGTTCACACGgtcataaattttgacatgcctctaaacccttcagGGTACATACACC
GCATTGGAAGAACTGGAAGAGCTAATAGCACTGGTGCTTCGGTATCTCTTGTCTCTCCTGCAGAAGATGACGTATTCAAAGAAATCAGAGTGGCATTGAGTGGTGGTAAGGAATTAGATCCAGAGTCTACAAAGTTTATATCACCCTTTCCATTGCTGACGAAAAATGCAGTTGAGTCTCTTCGTTATAGGGCCCAGGAC
ATTGCGCAAAGCATAACCAAGGTCGCAGTGAAAGAGGCACGTGCTAATGAGCTTCGAAATGAAATATTAAATTCCGAGAGGTTGAAGGCTCATTTCGAAGATAATCCCAAGGATTTGGAACTATTGAAGCATGACAAGGTACTGAGCAAGAAGCAACCTTCATCCCATCTATCCGCTGTACCAGACTATCTTGTTGACCC
TACCACACAAATAGCTAGCAAAGCTATTAAGCTTGCCAGAGAAGCAATGGGACAAAGTCAGTCTGGGCACCGAGGCTGGTTTAAGAGAAAGACTGGCAGGACTGGGGATCCTTTGAAGACGTTCTCTATAGAGTCGAAAAAGAGATCTGGCAGAGGCGGTTTCAAGGGAAAGAGGAAAAAAGGAGGAACTGACAGTGAAG
CACCGAAGAAAAAGCATAGATGGAGTAAATAATTTTGCTCAAGATTTCTTGTAATATGTGGTTCAGTTAAATATTCTTTAAACGCTATGTTCAGAATCAACTTGTGGCTGAACCTCTTTGTACCAGATTTGTTTACCATTTTATTTTACTGCATAGGTATTCGAGTTTCATTTTTATTGGCACTGATTTCAATATTAGTG
TATTATTGAAGTTCCTCAATTTTGTATCGTCCATGAGGAACTGCTCCAACGGTATTAATTTTTGTCAGGTTTCCTGGTATTTTCTGCCTGCGAGTGTAACACTGGTAACTGAAAATATTTGGACGTTGTAGATACAGACATATTTGCAAATCAGCTGAACACTCGGAAATTGACGCTCTCATACTGTATTGTTCTAATAT
AGCGAGTAGTTTTCTATGTTTGCAAATCAGCTGAACACTTGGAAATTGACGCTCTCATACTATATTGTTCTAATATAGCGAGT
Intron 4 GTGAGTTATC ... TGTTGATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.67 | 32 | 3 | 8 |
| A2 | 15.79 | 24 | 5 | 4 |
| A3 | 25.81 | 23 | 5 | 11 |
| A4 | 14.29 | 21 | 2 | 5 |
| A5 | 10 | 9 | 1 | 1 |
| A6 | 16.1 | 99 | 8 | 30 |
| A7 | 16.43 | 173 | 20 | 48 |
| A8 | 17.67 | 226 | 29 | 68 |
| A9 | 13.31 | 140 | 20 | 23 |
| A10 | 12.5 | 77 | 5 | 17 |
>TRINITY_DN42725_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoformCGAGTTTAGAGGCCGTCGTCTGTGAAGAATCGTCCCTCAGTCGCCTCTTTAGAGGAAAATCGCCGCCGACTCTTGAAGCTGTCGACCTGCATGAAAAACTTTCATCGAGCCACAATTAACCGCGCGTGACTTAGAAAGGAGAAGAATCCGTTACTGCGCCCCTCCCGAAATTTTGGGAGTAAAGTCTTGTATCAGGTCTA
ACGTCGAAGTAATACTTATAACAAAGACTGAAGCTGCGTGAAGCCGTGTGGAAGCCATACCCAGTGACTGTAATCGAGTCACCGCCGCAGACTCAAGGTATCTGGCCCTAGAAGAAGCCCCGTGAATTAAAATTCGCCGCTGTTTTGAGAGAGACGCGATTTGAGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTT
AGTTGATCGAGAAGACGTCGAAGAATCCGCTGGTAACGCCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCACGAATTTGTCCGGTAGACGGTCCCGCAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCCGTGGCCTGGAAGAGAGGAACCTGGTGCACAAAT
CGTTGTAAAATGGCCTAAGTTGTTGATTTTCCTGAAATATTATCAATTGAGGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTTAGTTGATCGAGAAGACGTCGAAGAATCCGCTGGTAACGCCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCGGTAGACGGTCCCG
CAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCAGTGGCCTGGAAGAGAGGGTTTGAGGAAATTACATAATAGCTATGGGTGACACAAAAAAGATTGTGAAGGTTGACGAAGAGGATGATTTAAGCTTTGAAGATATGGGATTGGACTCCAGGTTGATTAGATCCCTGGCTAAGAAGGATATTACAAAACCC
ACTGCCATCCAGTTGAAGGCCATTCCTCTAATTCTGGAAGGGAAAGATGTTGTGGCTCAAGCAAAAACTGGTTCAGGAAAAACATTTGCATATTTGCTTCCCTTGCTTCAGAAATTATTTTCAGACAACGGGTCTACTAAGAGTGGTCCCAGTGCTTTTGTCCTTGTTCCAACCAGAGAGCTTTGCCAACAGGTCCACAA
GGAAATCTTATCTCTGCTTGAGCACTGCAAAGGTTCCTGGAAAGTTACTCAATTGACAAGCAGCATGTCTCTGCCAGATTTTAGGGCTGCTATGGTGGGGCCTCCAGACATTGTAGTTGCAACACCGGCTTGTATTGCAACATGTATTTCTAAAAATATTCTGCAACCTTCATCTCTCGAGGAGTCACTTTCTACATTGG
TTTTAGACGAGGCAGACCTTCTTCTATCATATGGGTACGAAGAGGACTTGAAATCTCTGGTTCATCATATTCCACGTCGTTGTCAGTGCATCCTCATGTCTGCAACTTCAAGTGCAGATGTGGAGAAGATAAAAAAGCTTGTCCTGCACAGTCCTGTAATTCTGACACTAATTGAAGTGGAAGGAAATGGGTATAATGGA
GTTGTGCCAAACAGTGTGCAGCAATTTTGGATTTCATGTGACGTGCATGACAAACTACTTTACATTCTCGCCCTTCTTAAACTGGAATTGGTTCAGAAGAAAGCTTTAATCTTTGTTAATTCTATTGGTACAGGTTTCAGGTTGAAACTCTTCCTTGAACAGTTCGGGATCAAATCTGCTGTCTTAAATTCAGAGTTGCC
ACAAAACTCACGTCTCCACATGCTTGAGGAGTTCAATGCTGGTTTGTTTGATTATTTGATAGCAATAGATGATAGTAAACCGACAGAAGTTGAGAATGAACCTATTGAAGAGAAAATGGCCAGTCACAAAAGATCAAGAAAACGTCACAAAAGATCTGTTGATTCTGAATTTGGAGTTGTTAGAGGAATTGACTTCAAAA
ATGTTCACACGGTCATAAATTTTGACATGCCTCTAAACCCTTCAGGGTACATACACCGCATTGGAAGAACTGGAAGAGCTAATAGCACTGGTGCTTCGGTATCTCTTGTCTCTCCTGCAGAAGATGACGTATTCAAAGAAATCAGAGTGGCATTGAGTGGTGGTAAGGAATTAGATCCAGAGTCTACAAAGTTTATATCA
CCCTTTCCATTGCTGACGAAAAATGCAGTTGAGTCTCTTCGTTATAGGGCCCAGGACATTGCGCAAAGCATAACCAAGGTCGCAGTGAAAGAGGCACGTGCTAATGAGCTTCGAAATGAAATATTAAATTCCGAGAGGTTGAAGGCTCATTTCGAAGATAATCCCAAGGATTTGGAACTGTTGAAGCATGACAAGGTACT
GAGCAAGAAGCAACCTTCATCCCATCTATCCGCTGTACCAGACTATCTTGTTGATCCTACCACACAAATAGCTAGCAAAGCTATTAAGCTTGCCAGAGAAGCAATGGGACAAAGTCAGTCTGGGCACCGAGGCTGGTTTAAGAGAAAGACTGGCAGGACTGGGGATCCTTTGAAGACGTTCTCTATAGAGTCGAAAAAGA
GATCTGGCAGAGGCGGTTTCAAGGGAAAGAGGAAAAAAGGAGGAACTGACAGTGAAGCACCGAAGAAAAAGCATAGATGGAGTAAATAATTTTGCTCAAGATTTCTTGTAATATGTGGTTCAGTTAAATATTCTTTAAACGCTATGTTCAGAATCAACTTGTGGCTGAACCTCTTTGTACCAGATTTGTTTACCATTTTA
TTTTACTGCATAGGTATTCGAGTTTCATTTTTATTGGCACTGATTTCAATATTAGTGTATTATTGAAGTTCCTCAATTTTGTATCGTCCATGAGGAACTGCTCCAACGGTATTAATTTTTGTCAGGTTTCCTGGTATTTTCTGCCTGCGAGTGTAACACTGGTAACTGAAAATATTTGGACGTTGTAGATACAGACATAT
TTGCAAATCAGCTGAACACTCGGAAATTGATGCTCTCATACTGTATTTTTTTTTTCCTTGGGAAAAGTCGTAATTTTATTTCAATAATATGAACAAAATTACATTCTGCACA
>TRINITY_DN42725_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:CGAGTTTAGAGGCCGTCGTCTGTGAAGAATCGTCCCTCAGTCGCCTCTTTAGAGGAAAATCGCCGCCGACTCTTGAAGCTGTCGACCTGCATGAAAAACTTTCATCGAGCCACAATTAACCGCGCGTGACTTAGAAAGGAGAAGAATCCGTTACTGCGCCCCTCCCGAAATTTTGGGAGTAAAGTCTTGTATCAGGTCTA
ACGTCGAAGTAATACTTATAACAAAGACTGAAGCTGCGTGAAGCCGTGTGGAAGCCATACCCAGTGACTGTAATCGAGTCACCGCCGCAGACTCAAGGTATCTGGCCCTAGAAGAAGCCCCGTGAATTAAAATTCGCCGCTGTTTTGAGAGAGACGCGATTTGAGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTT
AGTTGATCGAGAAGACGTCGAAGAATCCGCTGGTAACGCCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCGGTAGACGGTCCCGCAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCAGTGGCCTGGAAGAGAGGTACAGGTACACACATATATATTTTGAGA
GAGACGCGATTTGAGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTTAGTTGATCGAGAAGACGTCGAAGAATCCGCTGGTAACGCCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCGGTAGACGGTCCCGCAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAG
ACGCAGTGGCCTGGAAGAGAGGGTTTGAGGAAATTACATAATAGCTATGGGTGACACAAAAAAGATTGTGAAGGTTGACGAAGAGGATGATTTAAGCTTTGAAGATATGGGATTGGACTCCAGGTTGATTAGATCCCTGGCTAAGAAGGATATTACAAAACCCACTGCCATCCAGTTGAAGGCCATTCCTCTAATTCTGG
AAGGGAAAGATGTTGTGGCTCAAGCAAAAACTGGTTCAGGAAAAACATTTGCATATTTGCTTCCCTTGCTTCAGAAATTATTTTCAGACAACGGGTCTACTAAGAGTGGTCCCAGTGCTTTTGTCCTTGTTCCAACCAGAGAGCTTTGCCAACAGGTCCACAAGGAAATCTTATCTCTGCTTGAGCACTGCAAAGGTTCC
TGGAAAGTTACTCAATTGACAAGCAGCATGTCTCTGCCAGATTTTAGGGCTGCTATGGTGGGGCCTCCAGACATTGTAGTTGCAACACCGGCTTGTATTGCAACATGTATTTCTAAAAATATTCTGCAACCTTCATCTCTCGAGGAGTCACTTTCTACATTGGTTTTAGACGAGGCAGACCTTCTTCTATCATATGGGTA
CGAAGAGGACTTGAAATCTCTGGTTCATCATATTCCACGTCGTTGTCAGTGCATCCTCATGTCTGCAACTTCAAGTGCAGATGTGGAGAAGATAAAAAAGCTTGTCCTGCACAGTCCTGTAATTCTGACACTAATTGAAGTGGAAGGAAATGGGTATAATGGAGTTGTGCCAAACAGTGTGCAGCAATTTTGGATTTCAT
GTGACGTGCATGACAAACTACTTTACATTCTCGCCCTTCTTAAACTGGAATTGGTTCAGAAGAAAGCTTTAATCTTTGTTAATTCTATTGGTACAGGTTTCAGGTTGAAACTCTTCCTTGAACAGTTCGGGATCAAATCTGCTGTCTTAAATTCAGAGTTGCCACAAAACTCACGTCTCCACATGCTTGAGGAGTTCAAT
GCTGGTTTGTTTGATTATTTGATAGCAATAGATGATAGTAAACCGACAGAAGTTGAGAATGAACCTATTGAAGAGAAAATGGCCAGTCACAAAAGATCAAGAAAACGTCACAAAAGATCTGTTGATTCTGAATTTGGAGTTGTTAGAGGAATTGACTTCAAAAATGTTCACACGGTCATAAATTTTGACATGCCTCTAAA
CCCTTCAGGGTACATACACCGCATTGGAAGAACTGGAAGAGCTAATAGCACTGGTGCTTCGGTATCTCTTGTCTCTCCTGCAGAAGATGACGTATTCAAAGAAATCAGAGTGGCATTGAGTGGTGGTAAGGAATTAGATCCAGAGTCTACAAAGTTTATATCACCCTTTCCATTGCTGACGAAAAATGCAGTTGAGTCTC
TTCGTTATAGGGCCCAGGACATTGCGCAAAGCATAACCAAGGTCGCAGTGAAAGAGGCACGTGCTAATGAGCTTCGAAATGAAATATTAAATTCCGAGAGGTTGAAGGCTCATTTCGAAGATAATCCCAAGGATTTGGAACTGTTGAAGCATGACAAGGTACTGAGCAAGAAGCAACCTTCATCCCATCTATCCGCTGTA
CCAGACTATCTTGTTGATCCTACCACACAAATAGCTAGCAAAGCTATTAAGCTTGCCAGAGAAGCAATGGGACAAAGTCAGTCTGGGCACCGAGGCTGGTTTAAGAGAAAGACTGGCAGGACTGGGGATCCTTTGAAGACGTTCTCTATAGAGgtgagttatcatgaacttcactttcgaaatttaaacaaattactcaa
ccgggatccttggttacctcagtctttttacatctcttgatatttaaatcatgcttttgatagaattgcaattcgtaatcctatttttgcatatgtatgtatttggtggaaagtgtatactttttaaggacattattcgtgtgaatgctgttgattagTCGAAAAAGAGATCTGGCAGAGGCGGTTTCAAGGGAAAGAGG
AAAAAAGGAGGAACTGACAGTGAAGCACCGAAGAAAAAGCATAGATGGAGTAAATAATTTTGCTCAAGATTTCTTGTAATATGTGGTTCAGTTAAATATTCTTTAAACGCTATGTTCAGAATCAACTTGTGGCTGAACCTCTTTGTACCAGATTTGTTTACCATTTTATTTTACTGCATAGGTATTCGAGTTTCATTTTT
ATTGGCACTGATTTCAATATTAGTGTATTATTGAAGTTCCTCAATTTTGTATCGTCCATGAGGAACTGCTCCAACGGTATTAATTTTTGTCAGGTTTCCTGGTATTTTCTGCCTGCGAGTGTAACACTGGTAACTGAAAATATTTGGACGTTGTAGATACAGACATATTTGCAAATCAGCTGAACACTCGGAAATTGACG
CTCTCATACTGTATTGTTCTAATATAGCGAGTAGTTTTCTATGTTTGCAAATCAGCTGAACACTTGGAAATTGACGCTCTCATACTATATTGTTCTAATATAGCGAGTAGTTTTCTATGTTTGCAAATCAGCTGAACACTTGGAAATTGACGCTCTCATACTATATTGTTCTAATATAGCGAGTAG
Intron 5 GTATAGGTTT ... AATATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.66 | 27 | 20 | 17 |
| A2 | 29.01 | 31 | 10 | 15.3 |
| A3 | 16.71 | 51.5 | 7 | 13.7 |
| A4 | 29.82 | 20 | 6 | 11 |
| A5 | 22.22 | 14 | 4 | 4 |
| A6 | 11.67 | 26.5 | 0 | 7 |
| A7 | 11.76 | 50 | 7 | 6.3 |
| A8 | 19.64 | 37.5 | 3 | 15.3 |
| A9 | 14.86 | 63 | 9 | 13 |
| A10 | 7.69 | 46 | 2 | 5.7 |
>TRINITY_DN130855_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCTTAGAAAGGAGAAGAATCCGTTACTGCGCCCCTCCCGAAATTTTGGGAGTAAAGTCTTGTATCAGGTCTAACGTCGAAGTAATACTTATAACAAAGACTGAAGCTGCGTGAAGCCGTGTGGAAGCCATACCCAGTGACTGTAATCGAGTCACCGCCGCAGACTCAAGGTATCTGGCCCTAGAAGAAGCCCCGTGAATTA
AAATTCGCCGCTGTTTTGAGAGAGACGCGATTTGAGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTTAGTTGATCGAGAAGACGTCGAAGAATCCGCTGGTAACGTCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCCCACGAATTTGTCCGGTAGACGGTCCCGCAGT
TTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCCGTGGCCTGGAAGAGAGGAACCTGGTGCACAAATCGTTGTAAAATGGCCTAAGTTGTTGATTTTCCTGAAATATTATCAATTGAGGGTTTGAGGAAATTACATTATAGCTATGGGTGACACAAAAAAGATTGTGAAGGTTGACGAAGAGGATGATTTAAGCTT
TGAAGATATGGGATTGGACTCCAGGTTGATTAGATCCCTGGCTAAGAAGGATATTACAAAACCCACTGCCATCCAGTTGAAGGCCATTCCTCTAATTCTGGAAGGGAAAGATGTTGTGGCTCAAGCAAAAACTGGTTCAGGAAAAACATTTGCATATTTGCTTCCCTTGCTTCAGAAATTATTTTCAGACAACGGGTCTA
CTAAGAGTGGTCCCAGTGCTTTTGTCCTTGTTCCAACCAGAGAGCTTTGCCAACAGGTCCACAAGGAAATCTTATCTCTGCTTGAGCACTGCAAAGGTTCCTGGAAAGTTACTCAATTGACAAGCAGCATGTCTCTGCCAGATTTTAGGGCTGCTATGGTGGGGCCTCCAGACATTTTAGTTGCAACACCGGCTTGTATT
GCAACATGTATTTCTAAAAATATTCTGCAACCTTCATCTCTCGAGGAGTCACTTTCTACATTGGTTTTAGACGAGGCAGACCTTCTTCTATCATATGGGTACGAAGAGGACTTGAAATCTCTGGTTCATCATATTCCACGTCGTTGTCAGTGCATCCTCATGTCTGCAACTTCAAGTGCAGATGTGGAGAAGATAAAAAA
GCTTGTCCTGCACAGTCCTGTAATTCTGACACTAATTGAAGTGGAAGGAAATGGGTATAATGGAGTTGTGCCAAACAGTGTGCAGCAATTTTGGATTTCATGTGACGTGCATGACAAACTACTTTACATTCTCGCCCTTCTTAAACTGGAATTGGTTCAGAAGAAAGCTTTAATCTTTGTTAATTCTATTGGTACAGGTT
TCAGGTTGAAACTCTTCCTTGAACAGTTCGGGATCAAATCTGCTGTCTTAAATTCAGAGTTGCCACAAAACTCACGTCTCCACATGCTTGAGGAGTTCAATGCTGGTTTGTTTGATTATTTGATAGCAATAGATGATAGTAAACCGACAGAAGTTGAGAATGAACCTATTGAAGAGAAAATGGCCAGTCACAAAAGATCA
AGAAAACGTCACAAAAGATCTGTTGATTCTGAATTTGGAGTTGTTAGAGGAATTGACTTCAAAAATGTTCACACGGTCATAAATTTTGACATGCCTCTAAACCCTTCAGGGTACATACACCGCATTGGAAGAACTGGAAGAGCTAATAGCACTGGTGCTTCGGTATCTCTTGTCTCTCCTGCAGAAGATGACGTATTCAA
AGAAATCAGAGTGGCATTGAGTGGTGGTAAGGAATTAGATCCAGAGTCTACAAAGTTTATATCACCCTTTCCATTGCTGACGAAAAATGCAGTTGAGTCTCTTCGTTATAGGGCCCAGGACATTGCGCAAAGCATAACCAAGGTCGCAGTGAAAGAGGCACGTGCTAATGAGCTTCGAAATGAAATATTAAATTCCGAGA
GGTTGAAGGCTCATTTCGAAGATAATCCCAAGGATTTGGAACTGTTGAAGCATGACAAGGTACTGAGCAAGAAGCAACCTTCATCCCATCTATCCGCTGTACCAGACTATCTTGTTGATCCTACCACACAAATAGCTAGCAAAGCTATTAAGCTTGCCAGAGAAGCAATGGGACAAAGTCAGTCTGGGCACCGAGGCTGG
TTTAAGAGAAAGACTGGCAGGACTGGGGATCCTTTGAAGACGTTCTCTATAGAGTCGAAAAAGAGATCTGGCAGAGGCGGTTTCAAGGGAAAGAGGAAAAAAGGAGGAACTGACAGTGAAGCACCGAAGAAAAAGCATAGATGGAGTAAATAATTTTGCTCAAGATTTCTTGTAATATGTGGTTCAGTTAAATATTCTTT
AAACGCTATGTTCAGAATCAACTTGTGGCTGAACCTCTTTGTACCAGATTTGTTTACCATTTTATTTTACTGCATAGGTATTCGAGTTTCATTTTTATTGGCACTGATTTCAATATTAGTGTATTATTGAAGTTCCTCAATTTTGTATCGTCCATGAGGAACTGCTCCAACGGTATTAATTTTTGTCAGGTTTCCTGGTA
TTTTCTGCCTGCGAGTGTAACACTGGTAACTGAAAATATTTGGACGTTGTAGATACAGACATATTTGCAAATCAGCTGAACACTCGGAAATTGATGCTCTCATACTGTATTTTTTTTTTCCTTGGGAAAAGTCGTAATTTTATTTCAATAATATGAACAAAATTACATTCTGCAC
>TRINITY_DN130855_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTTCATCGAGCCACAATTAACCGCGCGTGACTTAGAAAGGAGAAGAACCCGTTACTGCGACCCTCCCGAAATTTTGGGGGTAAAGTCTTGTATCAGGCCTAACGTCGAAGTAATACTTATAACAAAGACTGAAGCTGCGTGAAGCCGTGTGGAAGCCATACCCAGTGACTGTAATCGAGTCACCGCCGCAGACTCAAGG
TATCTGGCCCTAGAAGAAGCCCCGTGAATTAAAATTCGCCGCTGTTTTGAGAGAGACGCGATTTGAGCCGCCGAATTAAAGCAGCCAGCCATCGTTTGTTTTAGTTGATCGAGAAGACGTCGAAGAATCCGCTGGTAACGTCGGAGATTTGACCCACGCATTTGCCCGGTAGACAAGCCCGCTTAAAGGAGGAAGGCGCC
CACGAATTTGTCCGGTAGACGGTCCCGCAGTTTGCCCTAGCTGCCGGAAACCGATATTTCTGAGACGCCGTGGCCTGGAAGAGAGGAACCTGGTGCACAAATCGTTGTAAAATGGCCTAAGTTGTTGATTTTCCTGAAATATTATCAATTGAGGGTTTGAGGAAATTACATTATAGCTATGGGTGACACAAAAAAGATTG
TGAAGGTTGACGAAGAGGATGATTTAAGCTTTGAAGATATGGGATTGGACTCCAGGTTGATTAGATCCCTGGCTAAGAAGGATATTACAAAACCCACTGCCATCCAGTTGAAGGCCATTCCTCTAATTCTGGAAGGGAAAGATGTTGTGGCTCAAGCAAAAACTGGTTCAGGAAAAACATTTGCATATTTGCTTCCCTTG
CTTCAGAAATTATTTTCAGACAACGGGTCTACTAAGAGTGGTCCCAGTGCTTTTGTCCTTGTTCCAACCAGAGAGCTTTGCCAACAGGTCCACAAGGAAATCTTATCTCTGCTTGAGCACTGCAAAGGTTCCTGGAAAGTTACTCAATTGACAAGCAGCATGTCTCTGCCAGATTTTAGGGCTGCTATGGTGGGGCCTCC
AGACATTTTAGTTGCAACACCGGCTTGTATTGCAACATGTATTTCTAAAAATATTCTGCAACCTTCATCTCTCGAGGAGTCACTTTCTACATTGGTTTTAGACGAGGCAGACCTTCTTCTATCATATGGGTACGAAGAGGACTTGAAATCTCTGGTTCATCATATTCCACGTCGTTGTCAGTGCATCCTCATGTCTGCAA
CTTCAAGTGCAGATGTGGAGAAGATAAAAAAGCTTGTCCTGCACAGTCCTGTAATTCTGACACTAATTGAAGTGGAAGGAAATGGGTATAATGGAGTTGTGCCAAACAGTGTGCAGCAATTTTGGgtataggtttccatttaatttccatcaggcatttttttactattaatttagtgatatatctaattgtattggggg
atctctattttggcgttatctagtttttttaatattttagcccaggtttttgttaaatgcattttgcaagtattatggttggaggctttcagaatcttaatcatatttacaatattgcagATTTCATGTGACGTGCATGACAAACTACTTTACATTCTCGCCCTTCTTAAACTGGAATTGGTTCAGAAGAAAGCTTTAAT
CTTTGTTAATTCTATAGGTACGGGTTTCAGGTTGAAACTCTTCCTTGAACAGTTCGGGATCAAATCTGCTGTCTTAAATTCAGAGTTGCCACAAAACTCACGTCTCCACATGCTTGAGGAGTTCAATGCTGGTTTGTTTGATTATTTGATAGCAATAGATGATAGTAAACCGACAGAAGTTGAGAATGAACCTATTGAAG
AGAAAATGGCCAGTCACAAAAGATCAAGAAAACGTCACAAAAGATCTGTTGATTCTGAATTTGGAGTTGTTAGAGGAATTGACTTCAAAAATGTTCACACGGTCATAAATTTTGACATGCCTCTAAACCCTTCAGGGTACATACACCGCATTGGAAGAACTGGAAGAGCTAATAGCACTGGTGCTTCGGTATCTCTTGTC
TCTCCTGCAGAAGATGACGTATTCAAAGAAATCAGAGTGGCATTGAGTGGTGGTAAGGAATTAGATCCAGAGTCTACAAAGTTTATATCACCCTTTCCATTGCTGACGAAAAATGCAGTTGAGTCTCTTCGTTATAGGGCCCAGGTAAGCTGTATGATACTGACTGATCATTTTGTCTAGATTGAGGACATGCCTG