NA ----> NA

Intron 1 GTGTATGATA ... TCAAGATAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	5	7
A2	100	0	0	3
A3	50	4	5	3
A4	36.84	6	7	0
A5	100	0	0	1
A6	58.49	11	10	21
A7	58.97	16	16	30
A8	60	6	7	11
A9	60.47	17	20	32
A10	48.39	16	18	12

>TRINITY_DN43835_c2_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

TCTCCATCCAGGGCAGCAGCAAAAAGCATACCCATCTTTTTTTTGATAAAAACAAAAAGCTCGAGCACATCTCCATCCAGCGCAGCAGCATCCTTGGTTGTTACGCTTCTCTGCGAATATAGTCGTTGGGTTCTTCCCTTCTCTCCCTCCGCCCTCTATTTAAACACCGATGAGCCCACATTCTTAAATTCTGATTTCTG
GCCTGGAGGACATTAGGATGGCCTTGGGAACGTTAGCCATCCTGCTCATAGATTATTGAACAACAACAATTGAGTTCATCCATCATTTTCTCTGCATCTATATTGAATTGCAGTGATTGATTTGATTTTTCAAATGCATGTATTTCTTTTTACAGGTTGCCCTTTCTGTTCTTTGCTTTTGGTTTGTGTGTTGGATATGT
ATTTCGTTTTTCATTTTGGCTGATGATCTTCTTGTGCTTCTTTGCTGTTTATTTGTCATTTATTCTAAGCGAATCTCTACCAGTCTATGTTTCTTGGGGTGGGAATCTGGGATGGGATTGGATTTCTGTTGTATTTATAGCATTCTCCAATCTCCAACATTTAAAGGTCTGAAGAGATATCTGCACGTGCGGGTACGGTA
GCGGCAACTCATTAAACAACTGGGATACGGTACTGGCAGGCATTAAACCGAGAACCGAGCGAACGATTCAGAAGACATCGCTCAGCATTCAGTGCTCTGTTTTGCCTCAGCAGTGGTGTAGAGTTATTTATGTTGAGCACCGGGCTTGTGGTGTGATGGCGTCTAAGGAGGAGCCGAGTTATGTTGTGCCGAACTTGGTA
GACGAGCGGTTGAATTGCTGTCTCTCCGATCTCTTCAGCATCCAGAGGAGACCACGAAAACGCCATCAAAGACGAAGATGACTTCCCTATGAATGGGGTTTGGGGTCTGCTGCCTTCCACCTTTATTCCCCAGTGGATTCCTCCAGCTGGTCCGAGCGAAACCGACGATGAATTCCATTGATCACATCGCACAGTGAGCC
GATGGCGAAAAATTTAGATGCATCAAGCCGCCGCGAGGGCCGGCCCGCGACCACGGCATTGAAAAAGTGCTGCAAGGACCAAATGATGTCATTGTCATGAACAAGCTGAGGTCGAACCACTATTTTGGAATCAAGGTTGGGACAATCAGAGCCATAAAAAGAAGAGACATTGGCATCCAAGTGGAACAAGGGCACAAATG
CCTTAATAGTTGTTGAGGATGATGATCATTGTAATGGTGGTGTCCAAATGATTTTTTATACTCTTTTGTTTTCCT

>TRINITY_DN43835_c2_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TCTCCATCCAGGGCAGCAGCAAAAAGCATACCCATCTTTTTTTTGATAAAAACAAAAAGCTCGAGCACATCTCCATCCAGCGCAGCAGCATCCTTGGTTGTTACGCTTCTCTGCGAATATAGTCGTTGGGTTCTTCCCTTCTCTCCCTCCGCCCTCTATTTAAACACCGATGAGCCCACATTCTTAAATTCTGATTTCTG
GCCTGGAGGACATTAGGATGGCCTTGGGAACGTTAGCCATCCTGCTCATAGATTATTGAACAACAACAATTGAGTTCATCCATCATTTTCTCTGCATCTATATTGAATTGCAGTGATTGATTTGATTTTTCAAATGCATGTATTTCTTTTTACAGGTTGCCCTTTCTGTTCTTTGCTTTTGGTTTGTGTGTTGGATATGT
ATTTCGTTTTTCATTTTGGCTGATGATCTTCTTGTGCTTCTTTGCTGTTTATTTGTCATTTATTCTAAGCGAATCTCTACCAGTCTATGTTTCTTGGGGTGGGAATCTGGGATGGGATTGGATTTCTGTTGTATTTATAGCATTCTCCAACATTTAAAGGTCTGAAGAGATATCTGCACGTGCGGGTACGGTAGCGGCAA
CTCATTAAACAACTGGGATACGGTACTGGCAGCCCCATTAAAAAACCGAGAACCGAGCGAACGATTCAGAAGACATCGCTCAGCATTCAGTGCTCTGTTTTGCCTCAGCAGTGGTGTAGAGTTATTTATGTTGAGCACCGGGCTTGTGGTGTGATGGCGTCTAAGGAGGAGCCGAGTTATGTTGTGCCGAACTTGGTAGA
CGAGCGGTTGAATTGCTGTCTCTCCGATCTCTTCAGCATCCAGAGGAGACCACGAAAACGCCATCAAAGACGAAGATGACTTCCCTATGAATGGGGTTTGGGGTCTGCTGCCTTCCACCTTTATTCCCCAGTGGATTCCTCCAGCTGGTCCGAGCGAAACCGACGATGAATTCCATTGATCACATCGCACAGTGAGCCGA
TGGCGAAAAATTTAGATGCATCAAGCCGCCGCGAGGGCCGGCCCGCAACCACGGCATTGAAAAAGgtgtatgatactatgaagctcatggagctcttgctttttttcatataaaacatcaagataagTGCTGCAAGGACCAAATGATGTCATTGTCATGAACAAGCTGAGGTCGAACCACTATTTTGGAATCAAGGTTGG
GACAATCAGAGCCATAAAAAGAAGAGACATTGGCATCCAAGTGGAACAAGGGCACAAATGCCTTAATAGTTGTTGAGGATGATGATCATTGTAATGGTGGTGTCCAAATGATTTTTTATACTCTTTTGTTTTCCT

Intron 2 GTGTATGATA ... TCAAAATAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	4.5	6
A2	83.33	0.3	0	2.5
A3	53.57	3.5	5	3
A4	50.73	4.8	8	1.3
A5	83.33	0.5	0	1.3
A6	60.02	9.8	11	19.5
A7	61.86	14	18	26.5
A8	64.81	4.5	8.5	8.5
A9	58.92	15.8	18.8	26.8
A10	55.81	15	22.5	15.3

>TRINITY_DN42535_c0_g5_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GCCAGGAGGACATTAGGATGGCCTTGGGAACGTTAGCCATCCTGCTCATAGATTATTGAACAACAACAATTGAGTTCATCCATCATTTTCTCTGCATCTATATTGAATTGCAGTGATTGATTTGATTTTTCAAATGCATGTATTTCTTTTTACAGGTTGCCCTTTCTGTTCTTTGCTTTTGGTTTGTGTGTTGGATATGT
ATTTCGTTTTTCATTTTGGCTGATGATCTTCTTGTGCTTCTTTGCTGTTTATTTGTCATTTATTCTAAGCGAATCTCTACCAGTCTATGTTTCTTGGGGTGGGAATCTGGGATGGGATTGGATTTCTGTTGTATTTATAGCATTCTCCAACATTTAAAGGTCTGAAGAGATATCTGCACGTGCGGGTACGGTAGCGGCAA
CTCATTAAACAACTGGGATACGGTACTGGCAGCCCCATTAAAAAACCGAGAACCGAGCGAACGATTCAGAAGACATCGCTCAGCATTCAGTGCTCTGTTTTGCCTCAGCAGTGGTGTAGAGTTATTTATGTTGAGCACCGGGCTTGTGGTGTGATGGCGTCTAAGGAGGAGCCGAGTTATGTTGTGCCGAACTTGGTAGA
CGAGCGGTTGAATTGCTGTCTCTCCGATCTCTTCAGCATCCAGAGGAGACCACGAAAACGCCATCAAAGACGAAGATGACTTCCCTATGAATGGGGTTTGGGGTCTGCTGCCTTCCACCTTTATTCCCCAGTGGATTCCTCCAGCTGGTCCGAGCGAAACCGACGATGAAGACCATTGATCACATCGCAGAGTGAGCGGA
TGGCGAAAAATTTAGATGTATCAAGCCGCCGCGAGGGCCGGCCCGCGACCACGGCATTGAAAAAGCAATAAAGGAAGTGGATCGTCGTCGGCCGATTACTTGGAAAGCTATGAGTCGAGACTCGAGAGGCATTGTAGGAATGACGTTATTGATGGCATCATGGCTGCTGGTCAGTTGGCATATGGCTCCGAACGTTAATA
TCTTATGTTGCAACTGTCGTTGACTTTACCAGAAAAGAAGCTTGATGGCTGATTGTATTCATGGTGGTTGCAATTGGCAAAACTGAACTGTCTTCTTTGGAATGGTGTAATAAAGTTCCAAAAAAAATTGTTCTGGGCATAAATGTGC

>TRINITY_DN42535_c0_g5_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCCAGGAGGACATTAGGATGGCCTTGGGAACGTTAGCCATCCTGCTCATAGATTATTGAACAACAACAATTGAGTTCATCCATCATTTTCTCTGCATCTATATTGAATTGCAGTGATTGATTTGATTTTTCAAATGCATGTATTTCTTTTTACAGGTTGCCCTTTCTGTTCTTTGCTTTTGGTTTGTGTGTTGGATATGT
ATTTCGTTTTTCATTTTGGCTGATGATCTTCTTGTGCTTCTTTGCTGTTTATTTGTCATTTATTCTAAGCGAATCTCTACCAGTCTATGTTTCTTGGGGTGGGAATCTGGGATGGGATTGGATTTCTGTTGTATTTATAGCATTCTCCAACATTTAAAGGTCTGAAGAGATATCTGCACGTGCGGGTACGGTAGCGGCAA
CTCATTAAACAACTGGGATACGGTACTGGCAGCCCCATTAAAAAACCGAGAACCGAGCGAACGATTCAGAAGACATCGCTCAGCATTCAGTGCTCTGTTTTGCCTCAGCAGTGGTGTAGAGTTATTTATGTTGAGCACCGGGCTTGTGGTGTGATGGCGTCTAAGGAGGAGCCGAGTTATGTTGTGCCGAACTTGGTAGA
CGAGCGGTTGAATTGCTGTCTCTCCGATCTCTTCAGCATCCAGAGGAGACCACGAAAACGCCATCAAAGACGAAGATGACTTCCCTATGAATGGGGTTTGGGGTCTGCTGCCTTCCACCTTTATTCCCCAGTGGATTCCTCCAGCTGGTCCGAGCGAAACCGACGATGAATTCCATTGATCACATCGCACAGTGAGCCGA
TGGCGAAAAATTTAGATGCATCAAGCCGCCGCGAGGGCCGGCCCGCAACCACGGCATTGAAAAAGgtgtatgatactatgaagcattgttgcatggaaaactcatggagctcttgcttttttcaatataaaacatcaaaataagCAATAAAGGAAGTGGATCGTCGTCGGCCGATTACTTGGAAAGCTATGAGTCGAGAC
TCGAGAGGCATTGTAGGAATGACGTTATTGATGGCATCATGGCTGCTGGTCAGTTGGCATATGGCTCCGAACGTTAATATCTTATGTTGCAACTGTCGTTGACTTTACCAGAAAAGAAGCTTGATGGCTGATTGTATTCATGGTGGTTGCAATTGGCAAAACTGAACTGTCTTCTTTGGAATGGTGTAATAAAGTTCCAA
AAAAAATTGTTCTGGGCATAAATGTGC

Intron 3 GTAATTAGTT ... CTCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	3	0	2
A2	0	1	0	0
A3	11.76	15	2	2
A4	27.27	16	5	7
A5	100	0	6	0
A6	5.88	8	1	0
A7	3.45	28	1	1
A8	20	2	1	0
A9	3.12	31	2	0
A10	5.41	35	2	2

>TRINITY_DN98843_c0_g2_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

CTGGAGGACATTAGGATGGCCTTGGGAACGTTAGCCATCCTGCTCATAGATTATTGAACAACAACAATTGAGTTCATCCATCATTTTCTCTGCATCTATATTGAATTGCAGTGATTGATTTGATTTTTCAAATGCATGTATTTCTTTTTACAGGTTGCCCTTTCTGTTCTTTGCTTTTGGTTTGTGTGTGGATATGTATT
TCGTTTTTCGTTTTGGCTGATAATCTTCTTGTGCTTCTTTACTGTTTATTTGTGTTCATTTATTCTAAGCGAATCTCTACCAGTCTATGTTTCTTGGGGTGGGAATCTGGGATGGGATTGGATTTCTGTTGTATTTATAGCATTCTCCAACATTTAAAGGTCTGAAGAGATATCTGCACGTGCGGGTACGGTAGCGGCAA
CTCATTAAACAACTGGGATACGGTACTGGCAGCCCCATTAAAAAACCGAGAACCGAGCGAACGATTCAGAAGACATCGCTCAGCATTCAGTGCTCTGTTTTGCCTCAGCAGTGGTGTAGAGTTATTTATGTTGAGCACCGGGCTTGTGGTGTGATGGCGTCTAAGGAGGAGCCGAGTTATGTTGTGCCGAACTTGGTAGA
CGAGCGGTTGAATTGCTGTCTCTCCGATCTCTTCAGCATCCAGAGGAGACCACGAAAACGCCATCAAAGACGAAGATGACTTCCCTATGAATGGGGTTTGGGGTCTGTTGGCTTTCAGGTCGATTCTCCGGTAGAGTCTCCCCCGGCTGGGCTTAGTGAAACTGACGAAGAAGATGACTATGTTGCTGGATTAGCCGAGC
GGGTCGCTTATGCGTTTCTGGATGACGATGAAAACTGTCAGCAGGGTGTTGATGTAGGCGTGGGTGTTCATGCTGCCATGAACTGGGCTTCATCCCAGAACCGAGTTTTTGGGGACCATACTAATGCAAAGTGTCAAATGTCGAGGTCACCGCAGTCTACTTTACGCGGCGGGCTAGGGAGGAGTCGTTGCTTGCCTATG
GAGGGTTCGAGAGTTACGAGCAACGCTGCCGGCGATGATGCTTGGGAATTGATTCAAATGGCCGCAGACCAGGTTGTTCGGCTCAATATGGTGGCTCCTGAGAACGCCGACAGGTATAAAGCACCGGTGAAGGGCTTTACTGTAACCCCTGGAGGAGGGGAATCTCAATTCCAGTGGAGTCAAAATGTTACGGACTATCA
GAACGGCAGTTCGACCTTTTCCGGGTTCGATTCCGGTTATAATGCTTCCCACCATGGCCAGCAGAGGCCTTGGAACCCTCGTCCAAGGGCTGAAGATCGCAAGATTCCCGCTCAACAGAGTCATCAGTATATACAGGCGAAGCAATCGATGACAAGACAAGGCAGACTACAAGCAATACAGACGCAGCAAGGGCAGAACC
GGTGCGGGCATGCCAAGCCGGCAAGTCGTATTTACTCGGCGTGCCCTCCTAGTCAGCAGGTTGCCGGTGGTTCGGGAATGAGGGCTGTATTTCTCGGCTCCAATGGACCTGGACGAGAATCTGGAGGGACTGGTGTTTTTCTGCCGCGCAGGATGGATAATGGCCATGCTGTCAAGCAGAAGCCAGCATGCTCGACAGTT
CTCCTCCCAGCAAGGATAGTACAGGCTTTGAACCTTAATGTGGAGGACTTGCGCTCGAAGCCATGTGGTTTGTCAGAGACCTCGCTTAATCGACGGGCCTACACGAGGGCAGCCGAGCATCAGAAGGCGGTGGGAGGAGAAATGTGGCCCGTGAATGAGCAGAAATTGGGGTTTTATCCTGGTTGTTCCGAGGTCCAGTC
ATCGTCAGCTGATATCAGTTTGCCTCATGAATGGACTTATTAGCAGCAGCTTCATCTTTCCAACTGACTTTAATGCTAACGTCTAAAGTCTAACTTCTGTAGTTTTCTCAGACACCAAGGCTCAGAGTCCCTCTGCTATTATCATTTCCAGGAAGAGCCATTCTGTTGCTTGAGCTGTTGTTCTTAATAAGTCTCTGCTG
ATGATGTTTTACAAGGGGCATACTGATTAACATGGAATAGTAGTAAGTTTAGGTGGGTTAATGCCCTCATTTTCTTTTGCTAACACATATAGACACTCACTTGTACAGTAAGTGGAGTCTCGGCCAGTTTAGTAGTTAGCATTGCTGCTTTTGGTGTTTGGGAAATGTAATGCCAGCAATGAATAATGGTTGTTCCCAAG
CTCATGGCATGTATTTTATGCCATGGAGGAAAAAACTGTCCCAACATTTTGTAATAAGCAGAATAATGGAATAAATACAGCAGATATCCCCCG

>TRINITY_DN98843_c0_g2_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CTGGAGGACATTAGGATGGCCTTGGGAACGTTAGCCATCCTGCTCATAGATTATTGAACAACAACAATTGAGTTCATCCATCATTTTCTCTGCATCTATATTGAATTGCAGTGATTGATTTGATTTTTCAAATGCATGTATTTCTTTTTACAGGTTGCCCTTTCTGTTCTTTGCTTTTGGTTTGTGTGTGGATATGTATT
TCGTTTTTCGTTTTGGCTGATAATCTTCTTGTGCTTCTTTACTGTTTATTTGTGTTCATTTATTCTAAGCGAATCTCTACCAGTCTATGTTTCTTGGGGTGGGAATCTGGGATGGGATTGGATTTCTGTTGTATTTATAGCATTCTCCAACATTTAAAGGTCTGAAGAGATATCTGCACGTGCGGGTACGGTAGCGGCAA
CTCATTAAACAACTGGGATACGGTACTGGCAGCCCCATTAAAAAACCGAGAACCGAGCGAACGATTCAGAAGACATCGCTCAGCATTCAGgtaattagttcttttcctctgtacttgcattttatatcatgttaaacagaagggcagaggaggattcagaggattcagggttgataaatttctgttaaatggaagaattg
gggagaattgatggtttagggctataaatatttttctctttgcagTGCTCTGTTTTGCCTCAGCAGTGGTGTAGAGTTATTTATGTTGAGCACCGGGCTTGTGGTGTGATGGCGTCTAAGGAGGAGCCGAGTTATGTTGTGCCGAACTTGGTAGACGAGCGGTTGAATTGCTGTCTCTCCGATCTCTTCAGCATCCAGAG
GAGACCACGAAAACGCCATCAAAGACGAAGATGACTTCCCTATGAATGGGGTTTGGGGTCTGTTGGCTTTCAGGTCGATTCTCCGGTAGAGTCTCCCCCGGCTGGGCTTAGTGAAACTGACGAAGAAGATGACTATGTTGCTGGATTAGCCGAGCGGGTCGCTTATGCGTTTCTGGATGACGATGAAAACTGTCAGCAGG
GTGTTGATGTAGGCGTGGGTGTTCATGCTGCCATGAACTGGGCTTCATCCCAGAACCGAGTTTTTGGGGACCATACTAATGCAAAGTGTCAAATGTCGAGGTCACCGCAGTCTACTTTACGCGGCGGGCTAGGGAGGAGTCGTTGCTTGCCTATGGAGGGTTCGAGAGTTACGAGCAACGCTGCCGGCGATGATGCTTGG
GAATTGATTCAAATGGCCGCAGACCAGGTTGTTCGGCTCAATATGGTGGCTCCTGAGAACGCCGACAGGTATAAAGCACCGGTGAAGGGCTTTACTGTAACCCCTGGAGGAGGGGAATCTCAATTCCAGTGGAGTCAAAATGTTACGGACTATCAGAACGGCAGTTCGACCTTTTCCGGGTTCGATTCCGGTTATAATGC
TTCCCACCATGGCCAGCAGAGGCCTTGGAACCCTCGTCCAAGGGCTGAAGATCGCAAGATTCCCGCTCAACAGAGTCATCAGTATATACAGGCGAAGCAATCGATGACAAGACAAGGCAGACTACAAGCAATACAGACGCAGCAAGGGCAGAACCGGTGCGGGCATGCCAAGCCGGCAAGTCGTATTTACTCGGCGTGCC
CTCCTAGTCAGCAGGTTGCCGGTGGTTCGGGAATGAGGGCTGTATTTCTCGGCTCCAATGGACCTGGACGAGAATCTGGAGGGACTGGTGTTTTTCTGCCGCGCAGGATGGATAATGGCCATGCTGTCAAGCAGAAGCCAGCATGCTCGACAGTTCTCCTCCCAGCAAGGATAGTACAGGCTTTGAACCTTAATGTGGAG
GACTTGCGCTCGAAGCCATGTGGTTTGTCAGAGACCTCGCTTAATCGACGGGCCTACACGAGGGCAGCCGAGCATCAGAAGGCGGTGGGAGGAGAAATGTGGCCCGTGAATGAGCAGAAATTGGGGTTTTATCCTGGTTGTTCCGAGGTCCAGTCATCGTCAGCTGATATCAGTTTGCCTCATGAATGGACTTATTAGCA
GCAGCTTCATCTTTCCAACTGACTTTAATGCTAACGTCTAAAGTCTAACTTCTGTAGTTTTCTCAGACACCAAGGCTCAGAGTCCCTCTGCTATTATCATTTCCAGGAAGAGCCATTCTGTTGCTTGAGCTGTTGTTCTTAATAAGTCTCTGCTGATGATGTTTTACAAGGGGCATACTGATTAACATGGAATAGTAGTA
AGTTTAGGTGGGTTAATGCCCTCATTTTCTTTTGCTAACACATATAGACACTCACTTGTACAGTAAGTGGAGTCTCGGCCAGTTTAGTAGTTAGCATTGCTGCTTTTGGTGTTTGGGAAATGTAATGCCAGCAATGAATAATGGTTGTTCCCAAGCTCATGGCATGTATTTTATGCCATGGAGGAAAAAACTGTCCCAAC
ATTTTGTAATAAGCAGAATAATGGAATAAATACAGCAGATATCCCCCG