NA ----> NA

Intron 1 GTACCTAATC ... TAATATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.23	8	13	23
A2	63.64	4	7	7
A3	70.37	4	13	6
A4	100	0	5	9
A5	60	1	1	2
A6	64.16	50	130	49
A7	72.31	36	115	73
A8	68.18	56	140	100
A9	64.29	50	143	37
A10	53.76	43	62	38

>TRINITY_DN43350_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

CTATCCACAGCCTCCATTTCAATGAGAACTGTGGCTGTGTAACTCAGAAATTACGTGATGTCATCAGCTTCGTCTCTAGGTCCCCACGAGATTGGAGTTAAATAACATCACAAAATTCAAGCACTCATATGCCCTAATAAGGATGGCACATGTTCCATATTTCGTGTCGACATGCTGGAGGTGATAATTCAGCTAGCGAG
GTCTCTCCCAACTGGAATTGAACTGACAAATGTTGTTGGACGTCTTGTACGCTGAAACCTGCACTCAAGTATGACAAATAATCCCCTGCTATTCGATTTTTCTTTTGCTTGTTGGCGTTCCTGACGTTGCTTCGCTATGGCTCTATTTGAACTTATTAGAGGCAATTTTTTTTAATAACGACAAAAAATTCACGGCAAAG
AGTTCAGTGGGCGAATGAGAATTTGAAGAGGCATGAACATCTCAGGGTGGGTGAAGAAAAAAAGCAAATCGACAGAAGAGTTTAGACGATTATAGATATGAGGCTTAGCATGTATGGAAGCAGGTTTAAATAGTATGATATATTTCTATCATTTGGAATAAAGTAAAAGTGGTTTGTTTAACTTTTTAAATTGGAATTGT
GACTTACTTTAGTTTTGTTTATCAGATAATTTTTTTTTTTT

>TRINITY_DN43350_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CTATCCACAGCCTCCATTTCAATGAGAACTGTGGCTGTGTAACTCAGAAATTACGTGATGTCATCAGCTTCGTCTCTAGGTCCCCACGAGATTGGAGTTAAATAACATCACAAAATTCAAGCACTCATATGCCCTAATAAGGATGGCACATGTTCCATATTTCGTGTCGACATGCTGGAGGTGATAATTCAGCTAGCGAG
GTCTCTCCCAACTGGAATTGAACTGACAAATGTTGTTGGACGTCTTGTACGCTGAAACCTGCACTCAAGTATGACAAATAATCCCCTGCTATTCGATTTTTCTTTTGCTTGTTGGCGTTCCTGACGTTGgtacctaatcaccccctatctttaataaatgagtatggactcttcttttgttggctggcattggtaatcat
ggcagttgtaattaaggtaaaatccataaaaagaagtagtgccaggtcgtggaaagtatggtaaaatgatgaaaacaatacttttatgttcatgaattttacattttactttccttttatattcaaatttcatattcattactgaaccaaaagtgtatatgtttaatatacagCTTCGCTATGGCTCTATTTGAACTTAT
TAGAGGCAATTTTTTTTAATAACGACAAAAAATTCACGGCAAAGAGTTCAGTGGGCGAATGAGAATTTGAAGAGGCATGAACATCTCAGGGTGGGTGAAGAAAAAAAGCAAATCGACAGAAGAGTTTAGACGATTATAGATATGAGGCTTAGCATGTATGGAAGCAGGTTTAAATAGTATGATATATTTCTATCATTTGG
AATAAAGTAAAAGTGGTTTGTTTAACTTTTTAAATTGGAATTGTGACTTACTTTAGTTTTGTTTATCAGATAATTTTTTTTTTTT

Intron 2 GTATGACAAA ... TAATATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.92	14	14	23
A2	62.5	6	13	7
A3	50	7	8	6
A4	80.95	2	8	9
A5	42.86	2	1	2
A6	70.54	33	109	49
A7	62.13	57	114	73
A8	63.75	58	104	100
A9	56.41	68	139	37
A10	52.69	44	60	38

>TRINITY_DN108480_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TTCTGAGTTTAACTATCCACAGCCTCCATTTCAATGAGAACTGTGGCTGTGTAACTCAGAAATTCCGTGATGTCATCAGCTTCGTCTCTAGGTCCCCACGAGATTGGAGTTAAATAACATCACAAAATTCAAGCACTCATATGCCCTAATAAGGATGGCACATGTTCCATATTTCGTGTCGACATGCTGGAGGTGATAAT
TCAGCTAGCGAGGTCTCTCCCAACTGGAATTGAACTGACAAATGTTGTTGGACGTCTTGTACGCTGAAACCTGCACTCAACTTCGCTATGGCTCTATTTGAACTTATTAGAGGCAATTTTTTTTAATAACGACAAAAAATTCACGGCAAAGAGTTCAGTGGGCGAATGAGAATTTGAAGAGGCATGAACATCTCAGGGTG
GGTGAAGAAAAAAAGCAAATCGACAGAAGAGTTTAGACGATTATAGATATGAGGCTTAGCATGTATGGAAG

>TRINITY_DN108480_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTCTGAGTTTAACTATCCACAGCCTCCATTTCAATGAGAACTGTGGCTGTGTAACTCAGAAATTCCGTGATGTCATCAGCTTCGTCTCTAGGTCCCCACGAGATTGGAGTTAAATAACATCACAAAATTCAAGCACTCATATGCCCTAATAAGGATGGCACATGTTCCATATTTCGTGTCGACATGCTGGAGGTGATAAT
TCAGCTAGCGAGGTCTCTCCCAACTGGAATTGAACTGACAAATGTTGTTGGACGTCTTGTACGTTGAAACCTGCACTCAAgtatgacaaataatcccctgctattcgatttttcttttgcttgttggcgttcctgacgttggtacctaatcaccccctatctttaataaatgagtatggactcttcttttgttggctggc
attggtaatcatggcagttgtaattaaggtaaaatccataaaaagaagtagtgccaggtcgtggaaagtatggtaaaatgatgaaaacaatacttttatgttcatgaattttacattttactttccttttatattcaaatttcatattcattactgaaccaaaagtgtatatgtttaatatacagCTTCGCTATGGCTCT
ATTTGAACTTATTAGAGGCAATTTTTTTTAATAACGACAAAAAATTCACGGCAAAGAGTTCAGTGGGCGAATGAGAATTTGAAGAGGCATGAACATCTCAGGGTGGGTGAAGAAAAAAAGCAAATCGACAGAAGAGTTTAGACGATTATAGATATGAGGCTTAGCATGTATGGAAG