sp|Q9FJR0|RENT1_ARATH ----> Regulator of nonsense transcripts 1 homolog
Intron 1 GTATTAAGAG ... ATTAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.33 | 23 | 1 | 7 |
| A2 | 17.14 | 29 | 0 | 6 |
| A3 | 33.33 | 16 | 1 | 8 |
| A4 | 22.22 | 7 | 0 | 2 |
| A5 | 28.57 | 5 | 0 | 2 |
| A6 | 33.33 | 2 | 0 | 1 |
| A7 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A8 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 2 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN118673_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformTATCTATTGAATAATTAAAACAAATATTACACTCATTGAATCACATTACTTCAGTGTAATGTTTTGTTTTCAATTTCCTTAACATTATTATTATTAATACTTCAAAGCTCAATATCCTATAAACAATGATATATGAAGAATTAGTACAAATACTTGAATAGCTGTTTGATTGTTTTACGAGCTGAAGGATCGAAACAGAA
TGTTTCCAAGGACTTTAAAAGGGAAGCGGAGTTGCAGTTTATGTTTACGAAACAATCACAGGCAGGCAATCAAAAGAGTCTAACATAGGCACCATTGGCTACGTGAGCGCAGAAAGAAGAAGCATGATCCGGTAGAGAACTCGTGAAGAAATCCACCGAGGGGAGGATAACAGAGAGAGTATACCGGTGATGCAAGAAGC
CCACGTAACGGGAGAGCGAGAACAAGAAATTAAAAATAAAATCAGAGCAGCCACGAATTGACTGAGCCGACACAAATTCACTGTTGAAATTTTTTGTTGATGCTTCCATGACGTAGTGGAAAATTTAAGCTGTGCCCTAGTTTCAGAAACAAAGAATCCGCCCAGAAAAGCCCTAGTTGCAGAAATGCAGAAAATACGAG
TCTGACCAGAGAAGTTGTGAGAGCGTAAGGAATTTATTTCTATTAGTAAGCAGAACGGAATCTGTTATACAAAAATGTTATTTTCTGCAATTTTGCCCTAGAAGCCGAAGAATAGAAGTTCTATTGCAGATGCAAACTCCCAGGCATTGAGTACATCTGGACAGCATTCAGTCAGCCATCCACTGTTTTCAGGAAAATAC
GCTTGCAGAAAAGCGTGATCTTCAGGGTAAGCCATGGCTACAGCTCAGGCTGCAGACTATTATGCTTACAAAAGACCCCACGTGGCAGAATATCCAGCTCCTCCTGGAATGGAAATAGACGAGACTATTCAAAAGTCAGTAGAACAGAAGACGGGGGGGGCTATTTCAGGAAATACAATCACTCTTAACGAGATTCAAAG
AGATCGGATTACCAAAATTGCAGATGCAAACTGGGCAATCTCTCGAGACGTTGTGTCAAATCCCGCTTTTAATCCCAGCCTCGTGGACGAGATTTATAGAACTGAACTTCTTGTGACAAGTGGCAACAAATCTGTTCCTTTGCAAAGGGTGATGGTTCTTGAAGTCAGCCAATATCTGGAGAATTATCTGTGGCCTAATT
TTGACCCCCAAAATGCAACTTTTGAGCATATCATGTCCATGATTTTAATGGTGAATGAAAAGTTTCGGGAAAATGTTCCAGCTTGGAGATGCTTCCATGTCAGGGAAGATGCATTTGAGGGTTTCTTAAGACGGGGAAGAGACCTAAACATAGCAGAGAAAACAAATTACTTGATCTTTTTGATTCATTCATTCCAGAGC
TTGGAAGATGAGATAGTGCGTGGAACAGTGCTTAAGCTTGTCCATCTGCAGTTATGGCACAGCCTTTCTTCTGGTCGTTTTCAGTCAGCTTATATACTGGTTGCAGATGGAACTGTGCTTACATCCTCAGCTCATTAAAAAGTGGAAGACGATGGTCAAGAAAGAAGCTAAGGAAGCTAGAAGAAGTGGAATGTCCGCCG
ATCCCTGTGATAAAATTGAAGTGAAATTTTTACCTATGTTAATTCAAGAATTTTTAGAGATACTGGATTCAAAGGTTATAAATTCTCCAAAGCATGCCGACGAAAGGGAAACAATGGCTAATTTGTACCAAGATGATGAAACACTAGTAGATGAAGCAAGTTTGTTATATTGTGAGCGGTTCATGGAGTTCTTAATTGAT
TTATTAAGCCAGCTACCCACTCGAAGATTTTTTAGGGCTCTCATTGAAGATGTTGCTGTTGTTGCTAAATGCCGTTTGAGTACACTTTATACTCATCAAAGGGGGAGGCTTTTTGCCCAACTGGTGGATTTGCTGCGTTTTTATGAGGGGTTCGAGATAGACGATCATGTTGGCACTCAACTTAGTGATGATGATGTTTT
GCTAGCTCATTGTTCTCGGCTGCAAGCTTTTCAACTTTTGGCTTTTAAGGAAATTCCTAAGCTCCGGGAGCTAGCATTGGCCAATGTGGGCTCCATTGAAAAACGTAGCGATCTTTGTAAGAGGCTATCTGTTTTGTCTGCAGAAGAACTTAAGGATGTTGTTTGTAATAAGCTTAAATTGCTTGAGAACAGTGATCCAT
GTGTTGAAAGAATGGATTTCCTTATGGAGGTAATGGTTTCTACTTTTGAGAAACGACAATCTCAAAAGGAAGCGATAAATGCTCTCCCACTTTATCCAAATGAACAAGTCATGTGGGATGAAAGTGTTGTACCCAGCATTAATTACACTGGTGAAGGATGCTTGGCTCTTCCAAAACTTAATCTACAGTTTCTTACTCTC
CATGATTACCTACTCAGGAATTTCAATCTTTTTCGCTTGGAATCGACATATGAAATTCGAGAAGATATCCAAGATGTGTTGCCTCGACTGGCAGCATATATCAATAATGAAGGAGAAACTCGCTTTCGAGGATGGTCTAGGATGGCTGTCCCAATCAAGGAGTTCAAAATCACAGAAGTAAAGCAGCCAAACATTGGAGA
GGTCAAACCAGCTGCTGTCACTGCAGAGGTTACATACAGTGTTTCAAGGTATACATCACAGATAAGGTCTGAATGGAATGGGCTCAAGGAACATGATGTTCTCTTTTTGTTATCTGTACGCCCTTTTCTAGAACCACTTAATGGTGAGGAAGCATCGAAATTAAGTGTTCCAGAAAGATTTGGGCTCCAGTATGTACGTG
GATGTGAAGTCATTGAGATTCGTGACGAGGATCGCAACCTTATGAATGACTTTACAGGTAGGGTGAAGAGAGAGGAGTGGAAACCACCAAAAGGTGAACTTCGGACTGTTGTGCTTGCCTTAGATACTGCACAGTATCAGATGGATGTCAGTGCTATTGCAGAGAAGGATGCAGAAGATATATACAAGACCTTCAATGTT
TTGATGAGAAGAAAACCGAAGGAAAACAATTTTAAAGCCATCCTAGAGTCTATTAGGGATCTAATGAATGAAGCCTGTATTGTTCCAGAATGGTTACATGACATTTTCTTAGGATACGGAAATCCCAGTGCTGCGCAGTGGACCAATATGCCTGATACTCTGGACAGTGTCGATTTTAAGGACACATTTCTTGATGCTGA
ACACCTCAGAGAAAGTTTTCCTGATTATGATGTTTCCTTTGTGCATCCAGATGGAGATGAAGACAAATTTCCAAAACCTCCTTTTCGCATAACACTTCCCAAGACACTGAAGAGTGCTGCCAACCAAGTCCTGCCAGGAGCTACCATGAAAGCATGTGTAGATGGTGATAATGTGGAAAATATGATGGAGACCAATGGCA
AACACGAACAGATCATTGTGGAGACATATGTACCTCCAGATCCAGGTCCTTATCCACAGGATCAGCCAAAGAAGAACAATGTCAAGTTCACTCCAGTTCAGATTGGAGCTATCATATCTGGCATTCAACCAGGATTGACAATGGTGGTAGGTCCTCCTGGGACAGGGAAAACCGATACAGCTGTGCAGATTTTGAATGTG
TTGTATCACAACTGTCCTTCCCAGCGAACATTGATAATCACTCATTCTAATCAGGCTTTGAATGATCTTTTTGAAAAGATTATGCAGAGGGATGTTCCTGCTCGATACCTTCTACGTCTGGGGCAGGGTGAGCAGGAATTGGCAACAGATGTTGAATTTAGTCGACAAGGTCGAGTTAATGCTATGCTAGCACGGCGGTT
GGAGTTGTTGGCAGAAGTTGAAAGGCTTGCAAAAACATTGCAGCTACCAGAAGATGTTGGATATACATGTGAAACTGCAGGATACTTCTGGCTTTTGCATGTTTATTCTCGTTGGGAGCAATTTCTTGCTGCCTGTGAAGGCAATCATGCTAAACCTAGTTTTGTGAAAGACAGATTCCCATTTAAGGAGTTCTTTTCAG
ACACACCTCAACCGGTATTCACAGGCTTGTCCTTTGAGCGAGACATGCGTGCAGCAAAAGGTTGCTTCCGCCATCTTACTACCATGTTTAAAGAACTTGAAGAGTGTAAGGCATTTGAATTACTGAAATCAACTGCTGACCGTGCAAATTATCTCATGACTAAGCAAGCCAAAATTGTTGCTATGACCTGTACACATGCA
GCACTGAAGAGAAAGGATTTTCTTCAGTTAGGTTTTAAGTATGACAATTTGCTTATGGAGGAAAGTGCACAGATTTTGGAGATAGAGACATTCATACCCATGTTGTTACAAAGACAAGAAGATGGACACGCAAGGCTCAAGCGTTGCATATTGATTGGTGATCATCATCAGTTGCCACCTGTAGTTAAGAATATGGCTTT
CCAGAAGTACAGCCACATGGACCAGAGTCTGTTCACTAGGTTTGTTCGCTTAGGAATTCCCTATGTAGAACTCAATGCGCAAGGTAGAGCAAGGCCCAGTATAGCAAAACTTTACAACTGGAGATACAGGCAATTAGGTGATCTGTCATATGTGCAAAAAGAGCTGGTGTTTCAACTTGCAAATACAGGTTTCTGCTATG
AATATCAACTTGTAGATGTCCCTGATCACCGTGGTATGGGTGAATCTGCACCTGTTCCATGGTTTTATCAAAACCTTGGTGAAGCAGAATATGTTGTGAGTGTTTATATGTACATGCGATTACTAGGCTACCCTGCAAGCAAAATATCAATCTTGACTACTTACAATGGTCAAAAGCACTTGATTCGTGATGTGATTAGA
CAAAGATGTGCCTCGCATCCTCTCATTGGATCTCCAAGCAAGGTGACAACTGTTGACAGGTTTCAAGGTCAACAAAATGACTATATATTGCTATCTCTTGTCCGGACCAGATTTGTAGGCCACCTTCGAGATGTTCGTAGACTTGTTGTTGCCATGTCTCGTGCTCGGTTAGGCTTGTATGTATTCTGCCGCCGCTCTTT
GTTCGAACAGTGCTATGAATTACAGCCCACTTTTCAACTGCTACTCCAACGCCGTGATAGGCTTGCTTTGAATTTGGATGAAACAACTTGTCCCACAGAGCGTTTTGTTGGGGACACTGGCAGGATTCATCTTGTGAGTGGACTCGAGGAGATGGAGCACATTACCTTGAGCAAATTTTATCAACTTTATCAGGGACAAA
CAATAGGGCAACAGGTAGCTATCCATCATCCTAATCAGCAAATATATGGATACAATTCAGGGGCAACTATGCCTACGAATACTAATTTTCTATCCCATCAGAGATCAC
>TRINITY_DN118673_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:AGCTTGGAAGATGAGATAGTGCGTGGAACAGTGCTTAAGCTTGTCCATCTGCAGTTATGGCACAGCCTTTCTTCTGGTCGTTTTCAGgtattaagagtgttgtttgagtcttgtagagaattgtattgtctgaaaccttaatacaattcacattaatgcagTCAGCTTATATACTGGTTGCAGATGGAACTGTGCTTACA
TCCTCAGCTCATTAAAAAGTGGAAGACGATGGTCAAGAAAGAAGCTAAGGAAGCTAGAAGAAGTGGAATGTCCGCCGATCCCTGTGATAAAATTGAAGTGAAATTTTTACCTATGTTAATTCAAGAATTTTTAGAGATACTGGATTCAAAGGTTATAAATTCTCCAAAGCATGCCGACGAAAGGGAAACAATGGCTAATT
TGTACCAAGATGATGAAACACTAGTAGATGAAGCAAGTTTGTTATATTGTGAGCGGTTCATGGAGTTCTTAATTGATTTATTAAGCCAGCTACCCACTCGAAGGTATTTTCTGTCTAAAGGCATATAATCATATTCCACTTGCTTCTTTGTTTATGGGATTACTGACAACCATCATATTGATAATCTGTAAGATTCTGTA
AGATCGATTCTTTTGGAATACAGTTTTCTCGTTTATTTTGAGTTGACCTGTAGGCTGTAGTTAACTTGGGGACAATGCTCAGTTATTGTTGTCTTCTGGTGTGCAATCCCATTTTCAACTAGCTTTAGGCATGGCATAAAAGTTGTGGCCATCTGAGCCAAACATGGAAC
Intron 2 GTTTGTTTTG ... CATGTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.22 | 25 | 5.4 | 9 |
| A2 | 14.98 | 34 | 9.8 | 2.4 |
| A3 | 16.37 | 34 | 4.2 | 9.2 |
| A4 | 18.1 | 27 | 7.4 | 4.8 |
| A5 | 17.31 | 24 | 3.6 | 6.8 |
| A6 | 2.86 | 3 | 0.2 | 0 |
| A7 | 28 | 3 | 2.2 | 0.2 |
| A8 | 6.67 | 1 | 0.2 | 0 |
| A9 | 29.09 | 3 | 2.4 | 0.2 |
| A10 | 5 | 6 | 0.2 | 0.6 |
>TRINITY_DN118673_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoformTATCTATTGAATAATTAAAACAAATATTACACTCATTGAATCACATTACTTCAGTGTAATGTTTTGTTTTCAATTTCCTTAACATTATTATTATTAATACTTCAAAGCTCAATATCCTATAAACAATGATATATGAAGAATTAGTACAAATACTTGAATAGCTGTTTGATTGTTTTACGAGCTGAAGGATCGAAACAGAA
TGTTTCCAAGGACTTTAAAAGGGAAGCGGAGTTGCAGTTTATGTTTACGAAACAATCACAGGCAGGCAATCAAAAGAGTCTAACATAGGCACCATTGGCTACGTGAGCGCAGAAAGAAGAAGCATGATCCGGTAGAGAACTCGTGAAGAAATCCACCGAGGGGAGGATAACAGAGAGAGTATACCGGTGATGCAAGAAGC
CCACGTAACGGGAGAGCGAGAACAAGAAATTAAAAATAAAATCAGAGCAGCCACGAATTGACTGAGCCGACACAAATTCACTGTTGAAATTTTTTGTTGATGCTTCCATGACGTAGTGGAAAATTTAAGCTGTGCCCTAGTTTCAGAAACAAAGAATCCGCCCAGAAAAGCCCTAGTTGCAGAAATGCAGAAAATACGAG
TCTGACCAGAGAAGTTGTGAGAGCGTAAGGAATTTATTTCTATTAGTAAGCAGAACGGAATCTGTTATACAAAAATGTTATTTTCTGCAATTTTGCCCTAGAAGCCGAAGAATAGAAGTTCTATTGCAGATGCAAACTCCCAGGCATTGAGTACATCTGGACAGCATTCAGTCAGCCATCCACTGTTTTCAGGAAAATAC
GCTTGCAGAAAAGCGTGATCTTCAGGGTAAGCCATGGCTACAGCTCAGGCTGCAGACTATTATGCTTACAAAAGACCCCACGTGGCAGAATATCCAGCTCCTCCTGGAATGGAAATAGACGAGACTATTCAAAAGTCAGTAGAACAGAAGACGGGGGGGGCTATTTCAGGAAATACAATCACTCTTAACGAGATTCAAAG
AGATCGGATTACCAAAATTGCAGATGCAAACTGGGCAATCTCTCGAGACGTTGTGTCAAATCCCGCTTTTAATCCCAGCCTCGTGGACGAGATTTATAGAACTGAACTTCTTGTGACAAGTGGCAACAAATCTGTTCCTTTGCAAAGGGTGATGGTTCTTGAAGTCAGCCAATATCTGGAGAATTATCTGTGGCCTAATT
TTGACCCCCAAAATGCAACTTTTGAGCATATCATGTCCATGATTTTAATGGTGAATGAAAAGTTTCGGGAAAATGTTCCAGCTTGGAGATGCTTCCATGTCAGGGAAGATGCATTTGAGGGTTTCTTAAGACGGGTTTTGTTACTGAAGCAGCTGGGAAGAGACCTAAACATAGCAGAGAAAACAAATTACTTGATCTTT
TTGATTCATTCATTCCAGAGCTTGGAAGATGAGATAGTGCGTGGAACAGTGCTTAAGCTTGTCCATCTGCAGTTATGGCACAGCCTTTCTTCTGGTCGTTTTCAGATGGAACTGTGCTTACATCCTCAGCTCATTAAAAAGTGGAAGACGATGGTCAAGAAAGAAGCTAAGGAAGCTAGAAGAAGTGGAATGTCCGCCGA
TCCCTGTGATAAAATTGAAGTGAAATTTTTACCTATGTTAATTCAAGAATTTTTAGAGATACTGGATTCAAAGGTTATAAATTCTCCAAAGCATGCCGACGAAAGGGAAACAATGGCTAATTTGTACCAAGATGATGAAACACTAGTAGATGAAGCAAGTTTGTTATATTGTGAGCGGTTCATGGAGTTCTTAATTGATT
TATTAAGCCAGCTACCCACTCGAAGATTTTTTAGGGCTCTCATTGAAGATGTTGCTGTTGTTGCTAAATGCCGTTTGAGTACACTTTATACTCATCAAAGGGGGAGGCTTTTTGCCCAACTGGTGGATTTGCTGCGTTTTTATGAGGGGTTCGAGATAGACGATCATGTTGGCACTCAACTTAGTGATGATGATGTTTTG
CTAGCTCATTGTTCTCGGCTGCAAGCTTTTCAACTTTTGGCTTTTAAGGAAATTCCTAAGCTCCGGGAGCTAGCATTGGCCAATGTGGGCTCCATTGAAAAACGTAGCGATCTTTGTAAGAGGCTATCTGTTTTGTCTGCAGAAGAACTTAAGGATGTTGTTTGTAATAAGCTTAAATTGCTTGAGAACAGTGATCCATG
TGTTGAAAGAATGGATTTCCTTATGGAGGTAATGGTTTCTACTTTTGAGAAACGACAATCTCAAAAGGAAGCGATAAATGCTCTCCCACTTTATCCAAATGAACAAGTCATGTGGGATGAAAGTGTTGTACCCAGCATTAATTACACTGGTGAAGGATGCTTGGCTCTTCCAAAACTTAATCTACAGTTTCTTACTCTCC
ATGATTACCTACTCAGGAATTTCAATCTTTTTCGCTTGGAATCGACATATGAAATTCGAGAAGATATCCAAGATGTGTTGCCTCGACTGGCAGCATATATCAATAATGAAGGAGAAACTCGCTTTCGAGGATGGTCTAGGATGGCTGTCCCAATCAAGGAGTTCAAAATCACAGAAGTAAAGCAGCCAAACATTGGAGAG
GTCAAACCAGCTGCTGTCACTGCAGAGGTTACATACAGTGTTTCAAGGTATACATCACAGATAAGGTCTGAATGGAATGGGCTCAAGGAACATGATGTTCTCTTTTTGTTATCTGTACGCCCTTTTCTAGAACCACTTAATGGTGAGGAAGCATCGAAATTAAGTGTTCCAGAAAGATTTGGGCTCCAGTATGTACGTGG
ATGTGAAGTCATTGAGATTCGTGACGAGGATCGCAACCTTATGAATGACTTTACAGGTAGGGTGAAGAGAGAGGAGTGGAAACCACCAAAAGGTGAACTTCGGACTGTTGTGCTTGCCTTAGATACTGCACAGTATCAGATGGATGTCAGTGCTATTGCAGAGAAGGATGCAGAAGATATATACAAGACCTTCAATGTTT
TGATGAGAAGAAAACCGAAGGAAAACAATTTTAAAGCCATCCTAGAGTCTATTAGGGATCTAATGAATGAAGCCTGTATTGTTCCAGAATGGTTACATGACATTTTCTTAGGATACGGAAATCCCAGTGCTGCGCAGTGGACCAATATGCCTGATACTCTGGACAGTGTCGATTTTAAGGACACATTTCTTGATGCTGAA
CACCTCAGAGAAAGTTTTCCTGATTATGATGTTTCCTTTGTGCATCCAGATGGAGATGAAGACAAATTTCCAAAACCTCCTTTTCGCATAACACTTCCCAAGACACTGAAGAGTGCTGCCAACCAAGTCCTGCCAGGAGCTACCATGAAAGCATGTGTAGATGGTGATAATGTGGAAAATATGATGGAGACCAATGGCAA
ACACGAACAGATCATTGTGGAGACATATGTACCTCCAGATCCAGGTCCTTATCCACAGGATCAGCCAAAGAAGAACAATGTCAAGTTCACTCCAGTTCAGATTGGAGCTATCATATCTGGCATTCAACCAGGATTGACAATGGTGGTAGGTCCTCCTGGGACAGGGAAAACCGATACAGCTGTGCAGATTTTGAATGTGT
TGTATCACAACTGTCCTTCCCAGCGAACATTGATAATCACTCATTCTAATCAGGCTTTGAATGATCTTTTTGAAAAGATTATGCAGAGGGATGTTCCTGCTCGATACCTTCTACGTCTGGGGCAGGGTGAGCAGGAATTGGCAACAGATGTTGAATTTAGTCGACAAGGTCGAGTTAATGCTATGCTAGCACGGCGGTTG
GAGTTGTTGGCAGAAGTTGAAAGGCTTGCAAAAACATTGCAGCTACCAGAAGATGTTGGATATACATGTGAAACTGCAGGATACTTCTGGCTTTTGCATGTTTATTCTCGTTGGGAGCAATTTCTTGCTGCCTGTGAAGGCAATCATGCTAAACCTAGTTTTGTGAAAGACAGATTCCCATTTAAGGAGTTCTTTTCAGA
CACACCTCAACCGGTATTCACAGGCTTGTCCTTTGAGCGAGACATGCGTGCAGCAAAAGGTTGCTTCCGCCATCTTACTACCATGTTTAAAGAACTTGAAGAGTGTAAGGCATTTGAATTACTGAAATCAACTGCTGACCGTGCAAATTATCTCATGACTAAGCAAGCCAAAATTGTTGCTATGACCTGTACACATGCAG
CACTGAAGAGAAAGGATTTTCTTCAGTTAGGTTTTAAGTATGACAATTTGCTTATGGAGGAAAGTGCACAGATTTTGGAGATAGAGACATTCATACCCATGTTGTTACAAAGACAAGAAGATGGACACGCAAGGCTCAAGCGTTGCATATTGATTGGTGATCATCATCAGTTGCCACCTGTAGTTAAGAATATGGCTTTC
CAGAAGTACAGCCACATGGACCAGAGTCTGTTCACTAGGTTTGTTCGCTTAGGAATTCCCTATGTAGAACTCAATGCGCAAGGTAGAGCAAGGCCCAGTATAGCAAAACTTTACAACTGGAGATACAGGCAATTAGGTGATCTGTCATATGTGCAAAAAGAGCTGGTGTTTCAACTTGCAAATACAGGTTTCTGCTATGA
ATATCAACTTGTAGATGTCCCTGATCACCGTGGTATGGGTGAATCTGCACCTGTTCCATGGTTTTATCAAAACCTTGGTGAAGCAGAATATGTTGTGAGTGTTTATATGTACATGCGATTACTAGGCTACCCTGCAAGCAAAATATCAATCTTGACTACTTACAATGGTCAAAAGCACTTGATTCGTGATGTGATTAGAC
AAAGATGTGCCTCGCATCCTCTCATTGGATCTCCAAGCAAGGTGACAACTGTTGACAGGTTTCAAGGTCAACAAAATGACTATATATTGCTATCTCTTGTCCGGACCAGATTTGTAGGCCACCTTCGAGATGTTCGTAGACTTGTTGTTGCCATGTCTCGTGCTCGGTTAGGCTTGTATGTATTCTGCCGCCGCTCTTTG
TTCGAACAGTGCTATGAATTACAGCCCACTTTTCAACTGCTACTCCAACGCCGTGATAGGCTTGCTTTGAATTTGGATGAAACAACTTGTCCCACAGAGCGTTTTGTTGGGGACACTGGCAGGATTCATCTTGTGAGTGGACTCGAGGAGATGGAGCACATTACCTTGAGCAAATTTTATCAACTTTATCAGGGACAAAC
AATAGGGCAACAGGTAGCTATCCATCATCCTAATCAGCAAATATATGGATACAATTCAGGGGCAACTATGCCTACGAATACTAATTTTCTATCCCATCAGAGATCAC
>TRINITY_DN118673_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:CACATTTATTGATATTAGTAAAGTCATTCTACTTCTCTACCCATGCCTTAACTATGCTTTTTTTTTGGGCTCCGTCTCTTTTGAACAAGGCAGTTTCGGGAAAATGTTCCAGCTTGGAGATGCTTCCATGTCAGGGAAGATGCATTTGAGGGTTTCTTAAGACGGGTTTTGTTACTGAAGCAGCTGgtttgttttgaaaa
taaattatattatacaactgcacaataactatgattaaaattcgcagcttgatggatgtttttagctgtatggtgcttaattgtataagtttttgttgtcattttgtcattaaagaatctttatctatatttgaattttctgtcctaaggcaataacctttttgcctatgtcatgttccagGGAAGAGACCTAAACATAG
CAGAGAAAACAAATTACTTGATCTTTTTGATTCATTCATTCCAGGTATGAAGCTAGCTTTTCTTTAGGTATGGAACGCACCCGTTTTTACATAATTACTTTGGCA
Intron 3 GTATTAAGAG ... CTGGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.29 | 26.6 | 1 | 9 |
| A2 | 23.37 | 30 | 0 | 9 |
| A3 | 34.49 | 17.2 | 1 | 9 |
| A4 | 31.93 | 12.8 | 0 | 6 |
| A5 | 28.57 | 5 | 0 | 2 |
| A6 | 36.66 | 1.8 | 0 | 1 |
| A7 | 0 | 2.8 | 0 | 0 |
| A8 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 1.8 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 2 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN118673_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoformTATCTATTGAATAATTAAAACAAATATTACACTCATTGAATCACATTACTTCAGTGTAATGTTTTGTTTTCAATTTCCTTAACATTATTATTATTAATACTTCAAAGCTCAATATCCTATAAACAATGATATATGAAGAATTAGTACAAATACTTGAATAGCTGTTTGATTGTTTTACGAGCTGAAGGATCGAAACAGAA
TGTTTCCAAGGACTTTAAAAGGGAAGCGGAGTTGCAGTTTATGTTTACGAAACAATCACAGGCAGGCAATCAAAAGAGTCTAACATAGGCACCATTGGCTACGTGAGCGCAGAAAGAAGAAGCATGATCCGGTAGAGAACTCGTGAAGAAATCCACCGAGGGGAGGATAACAGAGAGAGTATACCGGTGATGCAAGAAGC
CCACGTAACGGGAGAGCGAGAACAAGAAATTAAAAATAAAATCAGAGCAGCCACGAATTGACTGAGCCGACACAAATTCACTGTTGAAATTTTTTGTTGATGCTTCCATGACGTAGTGGAAAATTTAAGCTGTGCCCTAGTTTCAGAAACAAAGAATCCGCCCAGAAAAGCCCTAGTTGCAGAAATGCAGAAAATACGAG
TCTGACCAGAGAAGTTGTGAGAGCGTAAGGAATTTATTTCTATTAGTAAGCAGAACGGAATCTGTTATACAAAAATGTTATTTTCTGCAATTTTGCCCTAGAAGCCGAAGAATAGAAGTTCTATTGCAGATGCAAACTCCCAGGCATTGAGTACATCTGGACAGCATTCAGTCAGCCATCCACTGTTTTCAGGAAAATAC
GCTTGCAGAAAAGCGTGATCTTCAGGGTAAGCCATGGCTACAGCTCAGGCTGCAGACTATTATGCTTACAAAAGACCCCACGTGGCAGAATATCCAGCTCCTCCTGGAATGGAAATAGACGAGACTATTCAAAAGTCAGTAGAACAGAAGACGGGGGGGGCTATTTCAGGAAATACAATCACTCTTAACGAGATTCAAAG
AGATCGGATTACCAAAATTGCAGATGCAAACTGGGCAATCTCTCGAGACGTTGTGTCAAATCCCGCTTTTAATCCCAGCCTCGTGGACGAGATTTATAGAACTGAACTTCTTGTGACAAGTGGCAACAAATCTGTTCCTTTGCAAAGGGTGATGGTTCTTGAAGTCAGCCAATATCTGGAGAATTATCTGTGGCCTAATT
TTGACCCCCAAAATGCAACTTTTGAGCATATCATGTCCATGATTTTAATGGTGAATGAAAAGTTTCGGGAAAATGTTCCAGCTTGGAGATGCTTCCATGTCAGGGAAGATGCATTTGAGGGTTTCTTAAGACGGGTTTTGTTACTGAAGCAGCTGGGAAGAGACCTAAACATAGCAGAGAAAACAAATTACTTGATCTTT
TTGATTCATTCATTCCAGAGCTTGGAAGATGAGATAGTGCGTGGAACAGTGCTTAAGCTTGTCCATCTGCAGTTATGGCACAGCCTTTCTTCTGGTCGTTTTCAGATGGAACTGTGCTTACATCCTCAGCTCATTAAAAAGTGGAAGACGATGGTCAAGAAAGAAGCTAAGGAAGCTAGAAGAAGTGGAATGTCCGCCGA
TCCCTGTGATAAAATTGAAGTGAAATTTTTACCTATGTTAATTCAAGAATTTTTAGAGATACTGGATTCAAAGGTTATAAATTCTCCAAAGCATGCCGACGAAAGGGAAACAATGGCTAATTTGTACCAAGATGATGAAACACTAGTAGATGAAGCAAGTTTGTTATATTGTGAGCGGTTCATGGAGTTCTTAATTGATT
TATTAAGCCAGCTACCCACTCGAAGATTTTTTAGGGCTCTCATTGAAGATGTTGCTGTTGTTGCTAAATGCCGTTTGAGTACACTTTATACTCATCAAAGGGGGAGGCTTTTTGCCCAACTGGTGGATTTGCTGCGTTTTTATGAGGGGTTCGAGATAGACGATCATGTTGGCACTCAACTTAGTGATGATGATGTTTTG
CTAGCTCATTGTTCTCGGCTGCAAGCTTTTCAACTTTTGGCTTTTAAGGAAATTCCTAAGCTCCGGGAGCTAGCATTGGCCAATGTGGGCTCCATTGAAAAACGTAGCGATCTTTGTAAGAGGCTATCTGTTTTGTCTGCAGAAGAACTTAAGGATGTTGTTTGTAATAAGCTTAAATTGCTTGAGAACAGTGATCCATG
TGTTGAAAGAATGGATTTCCTTATGGAGGTAATGGTTTCTACTTTTGAGAAACGACAATCTCAAAAGGAAGCGATAAATGCTCTCCCACTTTATCCAAATGAACAAGTCATGTGGGATGAAAGTGTTGTACCCAGCATTAATTACACTGGTGAAGGATGCTTGGCTCTTCCAAAACTTAATCTACAGTTTCTTACTCTCC
ATGATTACCTACTCAGGAATTTCAATCTTTTTCGCTTGGAATCGACATATGAAATTCGAGAAGATATCCAAGATGTGTTGCCTCGACTGGCAGCATATATCAATAATGAAGGAGAAACTCGCTTTCGAGGATGGTCTAGGATGGCTGTCCCAATCAAGGAGTTCAAAATCACAGAAGTAAAGCAGCCAAACATTGGAGAG
GTCAAACCAGCTGCTGTCACTGCAGAGGTTACATACAGTGTTTCAAGGTATACATCACAGATAAGGTCTGAATGGAATGGGCTCAAGGAACATGATGTTCTCTTTTTGTTATCTGTACGCCCTTTTCTAGAACCACTTAATGGTGAGGAAGCATCGAAATTAAGTGTTCCAGAAAGATTTGGGCTCCAGTATGTACGTGG
ATGTGAAGTCATTGAGATTCGTGACGAGGATCGCAACCTTATGAATGACTTTACAGGTAGGGTGAAGAGAGAGGAGTGGAAACCACCAAAAGGTGAACTTCGGACTGTTGTGCTTGCCTTAGATACTGCACAGTATCAGATGGATGTCAGTGCTATTGCAGAGAAGGATGCAGAAGATATATACAAGACCTTCAATGTTT
TGATGAGAAGAAAACCGAAGGAAAACAATTTTAAAGCCATCCTAGAGTCTATTAGGGATCTAATGAATGAAGCCTGTATTGTTCCAGAATGGTTACATGACATTTTCTTAGGATACGGAAATCCCAGTGCTGCGCAGTGGACCAATATGCCTGATACTCTGGACAGTGTCGATTTTAAGGACACATTTCTTGATGCTGAA
CACCTCAGAGAAAGTTTTCCTGATTATGATGTTTCCTTTGTGCATCCAGATGGAGATGAAGACAAATTTCCAAAACCTCCTTTTCGCATAACACTTCCCAAGACACTGAAGAGTGCTGCCAACCAAGTCCTGCCAGGAGCTACCATGAAAGCATGTGTAGATGGTGATAATGTGGAAAATATGATGGAGACCAATGGCAA
ACACGAACAGATCATTGTGGAGACATATGTACCTCCAGATCCAGGTCCTTATCCACAGGATCAGCCAAAGAAGAACAATGTCAAGTTCACTCCAGTTCAGATTGGAGCTATCATATCTGGCATTCAACCAGGATTGACAATGGTGGTAGGTCCTCCTGGGACAGGGAAAACCGATACAGCTGTGCAGATTTTGAATGTGT
TGTATCACAACTGTCCTTCCCAGCGAACATTGATAATCACTCATTCTAATCAGGCTTTGAATGATCTTTTTGAAAAGATTATGCAGAGGGATGTTCCTGCTCGATACCTTCTACGTCTGGGGCAGGGTGAGCAGGAATTGGCAACAGATGTTGAATTTAGTCGACAAGGTCGAGTTAATGCTATGCTAGCACGGCGGTTG
GAGTTGTTGGCAGAAGTTGAAAGGCTTGCAAAAACATTGCAGCTACCAGAAGATGTTGGATATACATGTGAAACTGCAGGATACTTCTGGCTTTTGCATGTTTATTCTCGTTGGGAGCAATTTCTTGCTGCCTGTGAAGGCAATCATGCTAAACCTAGTTTTGTGAAAGACAGATTCCCATTTAAGGAGTTCTTTTCAGA
CACACCTCAACCGGTATTCACAGGCTTGTCCTTTGAGCGAGACATGCGTGCAGCAAAAGGTTGCTTCCGCCATCTTACTACCATGTTTAAAGAACTTGAAGAGTGTAAGGCATTTGAATTACTGAAATCAACTGCTGACCGTGCAAATTATCTCATGACTAAGCAAGCCAAAATTGTTGCTATGACCTGTACACATGCAG
CACTGAAGAGAAAGGATTTTCTTCAGTTAGGTTTTAAGTATGACAATTTGCTTATGGAGGAAAGTGCACAGATTTTGGAGATAGAGACATTCATACCCATGTTGTTACAAAGACAAGAAGATGGACACGCAAGGCTCAAGCGTTGCATATTGATTGGTGATCATCATCAGTTGCCACCTGTAGTTAAGAATATGGCTTTC
CAGAAGTACAGCCACATGGACCAGAGTCTGTTCACTAGGTTTGTTCGCTTAGGAATTCCCTATGTAGAACTCAATGCGCAAGGTAGAGCAAGGCCCAGTATAGCAAAACTTTACAACTGGAGATACAGGCAATTAGGTGATCTGTCATATGTGCAAAAAGAGCTGGTGTTTCAACTTGCAAATACAGGTTTCTGCTATGA
ATATCAACTTGTAGATGTCCCTGATCACCGTGGTATGGGTGAATCTGCACCTGTTCCATGGTTTTATCAAAACCTTGGTGAAGCAGAATATGTTGTGAGTGTTTATATGTACATGCGATTACTAGGCTACCCTGCAAGCAAAATATCAATCTTGACTACTTACAATGGTCAAAAGCACTTGATTCGTGATGTGATTAGAC
AAAGATGTGCCTCGCATCCTCTCATTGGATCTCCAAGCAAGGTGACAACTGTTGACAGGTTTCAAGGTCAACAAAATGACTATATATTGCTATCTCTTGTCCGGACCAGATTTGTAGGCCACCTTCGAGATGTTCGTAGACTTGTTGTTGCCATGTCTCGTGCTCGGTTAGGCTTGTATGTATTCTGCCGCCGCTCTTTG
TTCGAACAGTGCTATGAATTACAGCCCACTTTTCAACTGCTACTCCAACGCCGTGATAGGCTTGCTTTGAATTTGGATGAAACAACTTGTCCCACAGAGCGTTTTGTTGGGGACACTGGCAGGATTCATCTTGTGAGTGGACTCGAGGAGATGGAGCACATTACCTTGAGCAAATTTTATCAACTTTATCAGGGACAAAC
AATAGGGCAACAGGTAGCTATCCATCATCCTAATCAGCAAATATATGGATACAATTCAGGGGCAACTATGCCTACGAATACTAATTTTCTATCCCATCAGAGATCAC
>TRINITY_DN118673_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:AGCTTGGAAGATGAGATAGTGCGTGGAACAGTGCTTAAGCTTGTCCATCTGCAGTTATGGCACAGCCTTTCTTCTGGTCGTTTTCAGgtattaagagtgttgtttgagtcttgtagagaattgtattgtctgaaaccttaatacaattcacattaatgcagtcagcttatatactggttgcagATGGAACTGTGCTTACA
TCCTCAGCTCATTAAAAAGTGGAAGACGATGGTCAAGAAAGAAGCTAAGGAAGCTAGAAGAAGTGGAATGTCCGCCGATCCCTGTGATAAAATTGAAGTGAAATTTTTACCTATGTTAATTCAAGAATTTTTAGAGATACTGGATTCAAAGGTTATAAATTCTCCAAAGCATGCCGACGAAAGGGAAACAATGGCTAATT
TGTACCAAGATGATGAAACACTAGTAGATGAAGCAAGTTTGTTATATTGTGAGCGGTTCATGGAGTTCTTAATTGATTTATTAAGCCAGCTACCCACTCGAAGGTATTTTCTGTCTAAAGGCATATAATCATATTCCACTTGCTTCTTTGTTTATGGGATTACTGACAACCATCATATTGATAATCTGTAAGATTCTGTA
AGATCGATTCTTTTGGAATACAGTTTTCTCGTTTATTTTGAGTTGACCTGTAGGCTGTAGTTAACTTGGGGACAATGCTCAGTTATTGTTGTCTTCTGGTGTGCAATCCCATTTTCAACTAGCTTTAGGCATGGCATAAAAGTTGTGGCCATCTGAGCCAAACATGGAAC
Intron 4 GTTTTGTTAC ... CATGTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.92 | 30 | 6 | 8 |
| A2 | 11.11 | 40 | 9 | 1 |
| A3 | 13.4 | 42 | 4 | 9 |
| A4 | 16.67 | 25 | 6 | 4 |
| A5 | 11.76 | 30 | 2 | 6 |
| A6 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A7 | 25 | 3 | 2 | 0 |
| A8 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A9 | 25 | 3 | 2 | 0 |
| A10 | 0 | 6 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN118673_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformTATCTATTGAATAATTAAAACAAATATTACACTCATTGAATCACATTACTTCAGTGTAATGTTTTGTTTTCAATTTCCTTAACATTATTATTATTAATACTTCAAAGCTCAATATCCTATAAACAATGATATATGAAGAATTAGTACAAATACTTGAATAGCTGTTTGATTGTTTTACGAGCTGAAGGATCGAAACAGAA
TGTTTCCAAGGACTTTAAAAGGGAAGCGGAGTTGCAGTTTATGTTTACGAAACAATCACAGGCAGGCAATCAAAAGAGTCTAACATAGGCACCATTGGCTACGTGAGCGCAGAAAGAAGAAGCATGATCCGGTAGAGAACTCGTGAAGAAATCCACCGAGGGGAGGATAACAGAGAGAGTATACCGGTGATGCAAGAAGC
CCACGTAACGGGAGAGCGAGAACAAGAAATTAAAAATAAAATCAGAGCAGCCACGAATTGACTGAGCCGACACAAATTCACTGTTGAAATTTTTTGTTGATGCTTCCATGACGTAGTGGAAAATTTAAGCTGTGCCCTAGTTTCAGAAACAAAGAATCCGCCCAGAAAAGCCCTAGTTGCAGAAATGCAGAAAATACGAG
TCTGACCAGAGAAGTTGTGAGAGCGTAAGGAATTTATTTCTATTAGTAAGCAGAACGGAATCTGTTATACAAAAATGTTATTTTCTGCAATTTTGCCCTAGAAGCCGAAGAATAGAAGTTCTATTGCAGATGCAAACTCCCAGGCATTGAGTACATCTGGACAGCATTCAGTCAGCCATCCACTGTTTTCAGGAAAATAC
GCTTGCAGAAAAGCGTGATCTTCAGGGTAAGCCATGGCTACAGCTCAGGCTGCAGACTATTATGCTTACAAAAGACCCCACGTGGCAGAATATCCAGCTCCTCCTGGAATGGAAATAGACGAGACTATTCAAAAGTCAGTAGAACAGAAGACGGGGGGGGCTATTTCAGGAAATACAATCACTCTTAACGAGATTCAAAG
AGATCGGATTACCAAAATTGCAGATGCAAACTGGGCAATCTCTCGAGACGTTGTGTCAAATCCCGCTTTTAATCCCAGCCTCGTGGACGAGATTTATAGAACTGAACTTCTTGTGACAAGTGGCAACAAATCTGTTCCTTTGCAAAGGGTGATGGTTCTTGAAGTCAGCCAATATCTGGAGAATTATCTGTGGCCTAATT
TTGACCCCCAAAATGCAACTTTTGAGCATATCATGTCCATGATTTTAATGGTGAATGAAAAGTTTCGGGAAAATGTTCCAGCTTGGAGATGCTTCCATGTCAGGGAAGATGCATTTGAGGGTTTCTTAAGACGGGGAAGAGACCTAAACATAGCAGAGAAAACAAATTACTTGATCTTTTTGATTCATTCATTCCAGAGC
TTGGAAGATGAGATAGTGCGTGGAACAGTGCTTAAGCTTGTCCATCTGCAGTTATGGCACAGCCTTTCTTCTGGTCGTTTTCAGTCAGCTTATATACTGGTTGCAGATGGAACTGTGCTTACATCCTCAGCTCATTAAAAAGTGGAAGACGATGGTCAAGAAAGAAGCTAAGGAAGCTAGAAGAAGTGGAATGTCCGCCG
ATCCCTGTGATAAAATTGAAGTGAAATTTTTACCTATGTTAATTCAAGAATTTTTAGAGATACTGGATTCAAAGGTTATAAATTCTCCAAAGCATGCCGACGAAAGGGAAACAATGGCTAATTTGTACCAAGATGATGAAACACTAGTAGATGAAGCAAGTTTGTTATATTGTGAGCGGTTCATGGAGTTCTTAATTGAT
TTATTAAGCCAGCTACCCACTCGAAGATTTTTTAGGGCTCTCATTGAAGATGTTGCTGTTGTTGCTAAATGCCGTTTGAGTACACTTTATACTCATCAAAGGGGGAGGCTTTTTGCCCAACTGGTGGATTTGCTGCGTTTTTATGAGGGGTTCGAGATAGACGATCATGTTGGCACTCAACTTAGTGATGATGATGTTTT
GCTAGCTCATTGTTCTCGGCTGCAAGCTTTTCAACTTTTGGCTTTTAAGGAAATTCCTAAGCTCCGGGAGCTAGCATTGGCCAATGTGGGCTCCATTGAAAAACGTAGCGATCTTTGTAAGAGGCTATCTGTTTTGTCTGCAGAAGAACTTAAGGATGTTGTTTGTAATAAGCTTAAATTGCTTGAGAACAGTGATCCAT
GTGTTGAAAGAATGGATTTCCTTATGGAGGTAATGGTTTCTACTTTTGAGAAACGACAATCTCAAAAGGAAGCGATAAATGCTCTCCCACTTTATCCAAATGAACAAGTCATGTGGGATGAAAGTGTTGTACCCAGCATTAATTACACTGGTGAAGGATGCTTGGCTCTTCCAAAACTTAATCTACAGTTTCTTACTCTC
CATGATTACCTACTCAGGAATTTCAATCTTTTTCGCTTGGAATCGACATATGAAATTCGAGAAGATATCCAAGATGTGTTGCCTCGACTGGCAGCATATATCAATAATGAAGGAGAAACTCGCTTTCGAGGATGGTCTAGGATGGCTGTCCCAATCAAGGAGTTCAAAATCACAGAAGTAAAGCAGCCAAACATTGGAGA
GGTCAAACCAGCTGCTGTCACTGCAGAGGTTACATACAGTGTTTCAAGGTATACATCACAGATAAGGTCTGAATGGAATGGGCTCAAGGAACATGATGTTCTCTTTTTGTTATCTGTACGCCCTTTTCTAGAACCACTTAATGGTGAGGAAGCATCGAAATTAAGTGTTCCAGAAAGATTTGGGCTCCAGTATGTACGTG
GATGTGAAGTCATTGAGATTCGTGACGAGGATCGCAACCTTATGAATGACTTTACAGGTAGGGTGAAGAGAGAGGAGTGGAAACCACCAAAAGGTGAACTTCGGACTGTTGTGCTTGCCTTAGATACTGCACAGTATCAGATGGATGTCAGTGCTATTGCAGAGAAGGATGCAGAAGATATATACAAGACCTTCAATGTT
TTGATGAGAAGAAAACCGAAGGAAAACAATTTTAAAGCCATCCTAGAGTCTATTAGGGATCTAATGAATGAAGCCTGTATTGTTCCAGAATGGTTACATGACATTTTCTTAGGATACGGAAATCCCAGTGCTGCGCAGTGGACCAATATGCCTGATACTCTGGACAGTGTCGATTTTAAGGACACATTTCTTGATGCTGA
ACACCTCAGAGAAAGTTTTCCTGATTATGATGTTTCCTTTGTGCATCCAGATGGAGATGAAGACAAATTTCCAAAACCTCCTTTTCGCATAACACTTCCCAAGACACTGAAGAGTGCTGCCAACCAAGTCCTGCCAGGAGCTACCATGAAAGCATGTGTAGATGGTGATAATGTGGAAAATATGATGGAGACCAATGGCA
AACACGAACAGATCATTGTGGAGACATATGTACCTCCAGATCCAGGTCCTTATCCACAGGATCAGCCAAAGAAGAACAATGTCAAGTTCACTCCAGTTCAGATTGGAGCTATCATATCTGGCATTCAACCAGGATTGACAATGGTGGTAGGTCCTCCTGGGACAGGGAAAACCGATACAGCTGTGCAGATTTTGAATGTG
TTGTATCACAACTGTCCTTCCCAGCGAACATTGATAATCACTCATTCTAATCAGGCTTTGAATGATCTTTTTGAAAAGATTATGCAGAGGGATGTTCCTGCTCGATACCTTCTACGTCTGGGGCAGGGTGAGCAGGAATTGGCAACAGATGTTGAATTTAGTCGACAAGGTCGAGTTAATGCTATGCTAGCACGGCGGTT
GGAGTTGTTGGCAGAAGTTGAAAGGCTTGCAAAAACATTGCAGCTACCAGAAGATGTTGGATATACATGTGAAACTGCAGGATACTTCTGGCTTTTGCATGTTTATTCTCGTTGGGAGCAATTTCTTGCTGCCTGTGAAGGCAATCATGCTAAACCTAGTTTTGTGAAAGACAGATTCCCATTTAAGGAGTTCTTTTCAG
ACACACCTCAACCGGTATTCACAGGCTTGTCCTTTGAGCGAGACATGCGTGCAGCAAAAGGTTGCTTCCGCCATCTTACTACCATGTTTAAAGAACTTGAAGAGTGTAAGGCATTTGAATTACTGAAATCAACTGCTGACCGTGCAAATTATCTCATGACTAAGCAAGCCAAAATTGTTGCTATGACCTGTACACATGCA
GCACTGAAGAGAAAGGATTTTCTTCAGTTAGGTTTTAAGTATGACAATTTGCTTATGGAGGAAAGTGCACAGATTTTGGAGATAGAGACATTCATACCCATGTTGTTACAAAGACAAGAAGATGGACACGCAAGGCTCAAGCGTTGCATATTGATTGGTGATCATCATCAGTTGCCACCTGTAGTTAAGAATATGGCTTT
CCAGAAGTACAGCCACATGGACCAGAGTCTGTTCACTAGGTTTGTTCGCTTAGGAATTCCCTATGTAGAACTCAATGCGCAAGGTAGAGCAAGGCCCAGTATAGCAAAACTTTACAACTGGAGATACAGGCAATTAGGTGATCTGTCATATGTGCAAAAAGAGCTGGTGTTTCAACTTGCAAATACAGGTTTCTGCTATG
AATATCAACTTGTAGATGTCCCTGATCACCGTGGTATGGGTGAATCTGCACCTGTTCCATGGTTTTATCAAAACCTTGGTGAAGCAGAATATGTTGTGAGTGTTTATATGTACATGCGATTACTAGGCTACCCTGCAAGCAAAATATCAATCTTGACTACTTACAATGGTCAAAAGCACTTGATTCGTGATGTGATTAGA
CAAAGATGTGCCTCGCATCCTCTCATTGGATCTCCAAGCAAGGTGACAACTGTTGACAGGTTTCAAGGTCAACAAAATGACTATATATTGCTATCTCTTGTCCGGACCAGATTTGTAGGCCACCTTCGAGATGTTCGTAGACTTGTTGTTGCCATGTCTCGTGCTCGGTTAGGCTTGTATGTATTCTGCCGCCGCTCTTT
GTTCGAACAGTGCTATGAATTACAGCCCACTTTTCAACTGCTACTCCAACGCCGTGATAGGCTTGCTTTGAATTTGGATGAAACAACTTGTCCCACAGAGCGTTTTGTTGGGGACACTGGCAGGATTCATCTTGTGAGTGGACTCGAGGAGATGGAGCACATTACCTTGAGCAAATTTTATCAACTTTATCAGGGACAAA
CAATAGGGCAACAGGTAGCTATCCATCATCCTAATCAGCAAATATATGGATACAATTCAGGGGCAACTATGCCTACGAATACTAATTTTCTATCCCATCAGAGATCAC
>TRINITY_DN118673_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:CACATTTATTGATATTAGTAAAGTCATTCTACTTCTCTACCCATGCCTTAACTATGCTTTTTTTTTGGGCTCCGTCTCTTTTGAACAAGGCAGTTTCGGGAAAATGTTCCAGCTTGGAGATGCTTCCATGTCAGGGAAGATGCATTTGAGGGTTTCTTAAGACGGgttttgttactgaagcagctggtttgttttgaaaa
taaattatattatacaactgcacaataactatgattaaaattcgcagcttgatggatgtttttagctgtatggtgcttaattgtataagtttttgttgtcattttgtcattaaagaatctttatctatatttgaattttctgtcctaaggcaataacctttttgcctatgtcatgttccagGGAAGAGACCTAAACATAG
CAGAGAAAACAAATTACTTGATCTTTTTGATTCATTCATTCCAGGTATGAAGCTAGCTTTTCTTTAGGTATGGAACGCACCCGTTTTTACATAATTACTTTGGCA
Intron 5 GCCATACCTA ... TTTGTAGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.64 | 38 | 3 | 9 |
| A2 | 25.81 | 23 | 9 | 7 |
| A3 | 21.84 | 34 | 10 | 9 |
| A4 | 17.86 | 23 | 2 | 8 |
| A5 | 16.98 | 22 | 2 | 7 |
| A6 | 20 | 4 | 0 | 2 |
| A7 | 25.81 | 23 | 7 | 9 |
| A8 | 9.09 | 5 | 0 | 1 |
| A9 | 9.09 | 10 | 0 | 2 |
| A10 | 34.69 | 16 | 9 | 8 |
>TRINITY_DN118673_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformTATCTATTGAATAATTAAAACAAATATTACACTCATTGAATCACATTACTTCAGTGTAATGTTTTGTTTTCAATTTCCTTAACATTATTATTATTAATACTTCAAAGCTCAATATCCTATAAACAATGATATATGAAGAATTAGTACAAATACTTGAATAGCTGTTTGATTGTTTTACGAGCTGAAGGATCGAAACAGAA
TGTTTCCAAGGACTTTAAAAGGGAAGCGGAGTTGCAGTTTATGTTTACGAAACAATCACAGGCAGGCAATCAAAAGAGTCTAACATAGGCACCATTGGCTACGTGAGCGCAGAAAGAAGAAGCATGATCCGGTAGAGAACTCGTGAAGAAATCCACCGAGGGGAGGATAACAGAGAGAGTATACCGGTGATGCAAGAAGC
CCACGTAACGGGAGAGCGAGAACAAGAAATTAAAAATAAAATCAGAGCAGCCACGAATTGACTGAGCCGACACAAATTCACTGTTGAAATTTTTTGTTGATGCTTCCATGACGTAGTGGAAAATTTAAGCTGTGCCCTAGTTTCAGAAACAAAGAATCCGCCCAGAAAAGCCCTAGTTGCAGAAATGCAGAAAATACGAG
TCTGACCAGAGAAGTTGTGAGAGCGTAAGGAATTTATTTCTATTAGTAAGCAGAACGGAATCTGTTATACAAAAATGTTATTTTCTGCAATTTTGCCCTAGAAGCCGAAGAATAGAAGTTCTATTGCAGATGCAAACTCCCAGGCATTGAGTACATCTGGACAGCATTCAGTCAGCCATCCACTGTTTTCAGGAAAATAC
GCTTGCAGAAAAGCGTGATCTTCAGGGTAAGCCATGGCTACAGCTCAGGCTGCAGACTATTATGCTTACAAAAGACCCCACGTGGCAGAATATCCAGCTCCTCCTGGAATGGAAATAGACGAGACTATTCAAAAGTCAGTAGAACAGAAGACGGGGGGGGCTATTTCAGGAAATACAATCACTCTTAACGAGATTCAAAG
AGATCGGATTACCAAAATTGCAGATGCAAACTGGGCAATCTCTCGAGACGTTGTGTCAAATCCCGCTTTTAATCCCAGCCTCGTGGACGAGATTTATAGAACTGAACTTCTTGTGACAAGTGGCAACAAATCTGTTCCTTTGCAAAGGGTGATGGTTCTTGAAGTCAGCCAATATCTGGAGAATTATCTGTGGCCTAATT
TTGACCCCCAAAATGCAACTTTTGAGCATATCATGTCCATGATTTTAATGGTGAATGAAAAGTTTCGGGAAAATGTTCCAGCTTGGAGATGCTTCCATGTCAGGGAAGATGCATTTGAGGGTTTCTTAAGACGGGGAAGAGACCTAAACATAGCAGAGAAAACAAATTACTTGATCTTTTTGATTCATTCATTCCAGAGC
TTGGAAGATGAGATAGTGCGTGGAACAGTGCTTAAGCTTGTCCATCTGCAGTTATGGCACAGCCTTTCTTCTGGTCGTTTTCAGTCAGCTTATATACTGGTTGCAGATGGAACTGTGCTTACATCCTCAGCTCATTAAAAAGTGGAAGACGATGGTCAAGAAAGAAGCTAAGGAAGCTAGAAGAAGTGGAATGTCCGCCG
ATCCCTGTGATAAAATTGAAGTGAAATTTTTACCTATGTTAATTCAAGAATTTTTAGAGATACTGGATTCAAAGGTTATAAATTCTCCAAAGCATGCCGACGAAAGGGAAACAATGGCTAATTTGTACCAAGATGATGAAACACTAGTAGATGAAGCAAGTTTGTTATATTGTGAGCGGTTCATGGAGTTCTTAATTGAT
TTATTAAGCCAGCTACCCACTCGAAGATTTTTTAGGGCTCTCATTGAAGATGTTGCTGTTGTTGCTAAATGCCGTTTGAGTACACTTTATACTCATCAAAGGGGGAGGCTTTTTGCCCAACTGGTGGATTTGCTGCGTTTTTATGAGGGGTTCGAGATAGACGATCATGTTGGCACTCAACTTAGTGATGATGATGTTTT
GCTAGCTCATTGTTCTCGGCTGCAAGCTTTTCAACTTTTGGCTTTTAAGGAAATTCCTAAGCTCCGGGAGCTAGCATTGGCCAATGTGGGCTCCATTGAAAAACGTAGCGATCTTTGTAAGAGGCTATCTGTTTTGTCTGCAGAAGAACTTAAGGATGTTGTTTGTAATAAGCTTAAATTGCTTGAGAACAGTGATCCAT
GTGTTGAAAGAATGGATTTCCTTATGGAGGTAATGGTTTCTACTTTTGAGAAACGACAATCTCAAAAGGAAGCGATAAATGCTCTCCCACTTTATCCAAATGAACAAGTCATGTGGGATGAAAGTGTTGTACCCAGCATTAATTACACTGGTGAAGGATGCTTGGCTCTTCCAAAACTTAATCTACAGTTTCTTACTCTC
CATGATTACCTACTCAGGAATTTCAATCTTTTTCGCTTGGAATCGACATATGAAATTCGAGAAGATATCCAAGATGTGTTGCCTCGACTGGCAGCATATATCAATAATGAAGGAGAAACTCGCTTTCGAGGATGGTCTAGGATGGCTGTCCCAATCAAGGAGTTCAAAATCACAGAAGTAAAGCAGCCAAACATTGGAGA
GGTCAAACCAGCTGCTGTCACTGCAGAGGTTACATACAGTGTTTCAAGGTATACATCACAGATAAGGTCTGAATGGAATGGGCTCAAGGAACATGATGTTCTCTTTTTGTTATCTGTACGCCCTTTTCTAGAACCACTTAATGGTGAGGAAGCATCGAAATTAAGTGTTCCAGAAAGATTTGGGCTCCAGTATGTACGTG
GATGTGAAGTCATTGAGATTCGTGACGAGGATCGCAACCTTATGAATGACTTTACAGGTAGGGTGAAGAGAGAGGAGTGGAAACCACCAAAAGGTGAACTTCGGACTGTTGTGCTTGCCTTAGATACTGCACAGTATCAGATGGATGTCAGTGCTATTGCAGAGAAGGATGCAGAAGATATATACAAGACCTTCAATGTT
TTGATGAGAAGAAAACCGAAGGAAAACAATTTTAAAGCCATCCTAGAGTCTATTAGGGATCTAATGAATGAAGCCTGTATTGTTCCAGAATGGTTACATGACATTTTCTTAGGATACGGAAATCCCAGTGCTGCGCAGTGGACCAATATGCCTGATACTCTGGACAGTGTCGATTTTAAGGACACATTTCTTGATGCTGA
ACACCTCAGAGAAAGTTTTCCTGATTATGATGTTTCCTTTGTGCATCCAGATGGAGATGAAGACAAATTTCCAAAACCTCCTTTTCGCATAACACTTCCCAAGACACTGAAGAGTGCTGCCAACCAAGTCCTGCCAGGAGCTACCATGAAAGCATGTGTAGATGGTGATAATGTGGAAAATATGATGGAGACCAATGGCA
AACACGAACAGATCATTGTGGAGACATATGTACCTCCAGATCCAGGTCCTTATCCACAGGATCAGCCAAAGAAGAACAATGTCAAGTTCACTCCAGTTCAGATTGGAGCTATCATATCTGGCATTCAACCAGGATTGACAATGGTGGTAGGTCCTCCTGGGACAGGGAAAACCGATACAGCTGTGCAGATTTTGAATGTG
TTGTATCACAACTGTCCTTCCCAGCGAACATTGATAATCACTCATTCTAATCAGGCTTTGAATGATCTTTTTGAAAAGATTATGCAGAGGGATGTTCCTGCTCGATACCTTCTACGTCTGGGGCAGGGTGAGCAGGAATTGGCAACAGATGTTGAATTTAGTCGACAAGGTCGAGTTAATGCTATGCTAGCACGGCGGTT
GGAGTTGTTGGCAGAAGTTGAAAGGCTTGCAAAAACATTGCAGCTACCAGAAGATGTTGGATATACATGTGAAACTGCAGGATACTTCTGGCTTTTGCATGTTTATTCTCGTTGGGAGCAATTTCTTGCTGCCTGTGAAGGCAATCATGCTAAACCTAGTTTTGTGAAAGACAGATTCCCATTTAAGGAGTTCTTTTCAG
ACACACCTCAACCGGTATTCACAGGCTTGTCCTTTGAGCGAGACATGCGTGCAGCAAAAGGTTGCTTCCGCCATCTTACTACCATGTTTAAAGAACTTGAAGAGTGTAAGGCATTTGAATTACTGAAATCAACTGCTGACCGTGCAAATTATCTCATGACTAAGCAAGCCAAAATTGTTGCTATGACCTGTACACATGCA
GCACTGAAGAGAAAGGATTTTCTTCAGTTAGGTTTTAAGTATGACAATTTGCTTATGGAGGAAAGTGCACAGATTTTGGAGATAGAGACATTCATACCCATGTTGTTACAAAGACAAGAAGATGGACACGCAAGGCTCAAGCGTTGCATATTGATTGGTGATCATCATCAGTTGCCACCTGTAGTTAAGAATATGGCTTT
CCAGAAGTACAGCCACATGGACCAGAGTCTGTTCACTAGGTTTGTTCGCTTAGGAATTCCCTATGTAGAACTCAATGCGCAAGGTAGAGCAAGGCCCAGTATAGCAAAACTTTACAACTGGAGATACAGGCAATTAGGTGATCTGTCATATGTGCAAAAAGAGCTGGTGTTTCAACTTGCAAATACAGGTTTCTGCTATG
AATATCAACTTGTAGATGTCCCTGATCACCGTGGTATGGGTGAATCTGCACCTGTTCCATGGTTTTATCAAAACCTTGGTGAAGCAGAATATGTTGTGAGTGTTTATATGTACATGCGATTACTAGGCTACCCTGCAAGCAAAATATCAATCTTGACTACTTACAATGGTCAAAAGCACTTGATTCGTGATGTGATTAGA
CAAAGATGTGCCTCGCATCCTCTCATTGGATCTCCAAGCAAGGTGACAACTGTTGACAGGTTTCAAGGTCAACAAAATGACTATATATTGCTATCTCTTGTCCGGACCAGATTTGTAGGCCACCTTCGAGATGTTCGTAGACTTGTTGTTGCCATGTCTCGTGCTCGGTTAGGCTTGTATGTATTCTGCCGCCGCTCTTT
GTTCGAACAGTGCTATGAATTACAGCCCACTTTTCAACTGCTACTCCAACGCCGTGATAGGCTTGCTTTGAATTTGGATGAAACAACTTGTCCCACAGAGCGTTTTGTTGGGGACACTGGCAGGATTCATCTTGTGAGTGGACTCGAGGAGATGGAGCACATTACCTTGAGCAAATTTTATCAACTTTATCAGGGACAAA
CAATAGGGCAACAGGTAGCTATCCATCATCCTAATCAGCAAATATATGGATACAATTCAGGGGCAACTATGCCTACGAATACTAATTTTCTATCCCATCAGAGATCAC
>TRINITY_DN118673_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:TATCTATTGAATAATTAAAACAAATATTACACTCATTGAATCACATTACTTCAGTGTAATGTTTTGTTTTCAATTTCCTTAACATTATTATTATTAATACTTCAAAGCTCAATATCCTATAAACAATGATATATGAAGAATTAGTACAAATACTTGAATAGCTGTTTGATTGTTTTACGAGCTGAAGGATCGAAACAGAA
TGTTTCCAAGGACTTTAAAAGGGAAGCGGAGTTGCAGTTTATGTTTACGAAACAATCACAGGCAGGCAATCAAAAGAGTCTAACATAGGCACCATTGGCTACGTGAGCGCAGAAAGAAGAAGCATGATCCGGTAGAGAACTCGTGAAGAAATCCACCGAGGGGAGGATAACAGAGAGAGTATACCGGTGATGCAAGAAGC
CCACGTAACGGGAGAGCGAGAACAAGAAATTAAAAATAAAATCAGAGCAGCCACGAATTGACTGAGCCGACACAAATTCACTGTTGAAATTTTTTGTTGATGCTTCCATGACGTAGTGGAAAATTTAAGCTGTGCCCTAGTTTCAGAAACAAAGAATCCGCCCAGAAAATAGTTGCAGAAATGCAGAAAATACGAGTCTG
ACCAGAGAAGTTGTGAGAGCGTAAGGAATTTATTTCTATTAGTAAGCAGAACGGAATCTGTTATACAAAAATGTTATTTTCTGCAATTTTGCCCTAGAAGCCGAAGAATAGAAGTTCTATTGCAGATGCAAACTCCCAGGCATTGAGTACATCTGGACAGCATTCAGTCAGCCATCCACTGTTTTCAGGAAAATACGCTT
GCAGAAAAGCGTGATCTTCAGGGTAAGCCATGGCTACAGCTCAGGCTGCAGACTATTATGCTTACAAAAGACCCCACGTGGCAGAATATCCAGCTCCTCCTGGAATGGAAATAGACGAGACTATTCAAAAGTCAGTAGAACAGAAGACGGGGGGGGCTATTTCAGGAAATACAATCACTCTTAACGAGATTCAAAGAGAT
CGGATTACCAAAATTGCAGATGCAAACTGGGCAATCTCTCGAGACGTTGTGTCAAATCCCGCTTTTAATCCCAGCCTCGTGGACGAGATTTATAGAACTGAACTTCTTGTGACAAGTGGCAACAAATCTGTTCCTTTGCAAAGGGTGATGGTTCTTGAAGTCAGCCAATATCTGGAGAATTATCTGTGGCCTAATTTTGA
CCCCCAAAATGCAACTTTTGAGCATATCATGTCCATGATTTTAATGGTGAATGAAAAGTTTCGGGAAAATGTTCCAGCTTGGAGATGCTTCCATGTCAGGGAAGATGCATTTGAGGGTTTCTTAAGACGGGTTTTGTTACTGAAGCAGCTGGGAAGAGACCTAAACATAGCAGAGAAAACAAATTACTTGATCTTTTTGA
TTCATTCATTCCAGAGCTTGGAAGATGAGATAGTGCGTGGAACAGTGCTTAAGCTTGTCCATCTGCAGTTATGGCACAGCCTTTCTTCTGGTCGTTTTCAGATGGAACTGTGCTTACATCCTCAGCTCATTAAAAAGTGGAAGACGATGGTCAAGAAAGAAGCTAAGGAAGCTAGAAGAAGTGGAATGTCCGCCGATCCC
TGTGATAAAATTGAAGTGAAATTTTTACCTATGTTAATTCAAGAATTTTTAGAGATACTGGATTCAAAGGTTATAAATTCTCCAAAGCATGCCGACGAAAGGGAAACAATGGCTAATTTGTACCAAGATGATGAAACACTAGTAGATGAAGCAAGTTTGTTATATTGTGAGCGGTTCATGGAGTTCTTAATTGATTTATT
AAGCCAGCTACCCACTCGAAGATTTTTTAGGGCTCTCATTGAAGATGTTGCTGTTGTTGCTAAATGCCGTTTGAGTACACTTTATACTCATCAAAGGGGGAGGCTTTTTGCCCAACTGGTGGATTTGCTGCGTTTTTATGAGGGGTTCGAGATAGACGATCATGTTGGCACTCAACTTAGTGATGATGATGTTTTGCTAG
CTCATTGTTCTCGGCTGCAAGCTTTTCAACTTTTGGCTTTTAAGGAAATTCCTAAGCTCCGGGAGCTAGCATTGGCCAATGTGGGCTCCATTGAAAAACGTAGCGATCTTTGTAAGAGGCTATCTGTTTTGTCTGCAGAAGAACTTAAGGATGTTGTTTGTAATAAGCTTAAATTGCTTGAGAACAGTGATCCATGTGTT
GAAAGAATGGATTTCCTTATGGAGGTAATGGTTTCTACTTTTGAGAAACGACAATCTCAAAAGGAAGCGATAAATGCTCTCCCACTTTATCCAAATGAACAAGTCATGTGGGATGAAAGTGTTGTACCCAGCATTAATTACACTGGTGAAGGATGCTTGGCTCTTCCAAAACTTAATCTACAGTTTCTTACTCTCCATGA
TTACCTACTCAGGAATTTCAATCTTTTTCGCTTGGAATCGACATATGAAATTCGAGAAGATATCCAAGATGTGTTGCCTCGACTGGCAGCATATATCAATAATGAAGGAGAAACTCGCTTTCGAGGATGGTCTAGGATGGCTGTCCCAATCAAGGAGTTCAAAATCACAGAAGTAAAGCAGCCAAACATTGGAGAGGTCA
AACCAGCTGCTGTCACTGCAGAGGTTACATACAGTGTTTCAAGGTATACATCACAGATAAGGTCTGAATGGAATGGGCTCAAGGAACATGATGTTCTCTTTTTGTTATCTGTACGCCCTTTTCTAGAACCACTTAATGGTGAGGAAGCATCGAAATTAAGTGTTCCAGAAAGATTTGGGCTCCAGTATGTACGTGGATGT
GAAGTCATTGAGATTCGTGACGAGGATCGCAACCTTATGAATGACTTTACAGGTAGGGTGAAGAGAGAGGAGTGGAAACCACCAAAAGGTGAACTTCGGACTGTTGTGCTTGCCTTAGATACTGCACAGTATCAGATGGATGTCAGTGCTATTGCAGAGAAGGATGCAGAAGATATATACAAGACCTTCAATGTTTTGAT
GAGAAGAAAACCGAAGGAAAACAATTTTAAAGCCATCCTAGAGTCTATTAGGGATCTAATGAATGAAGCCTGTATTGTTCCAGAATGGTTACATGACATTTTCTTAGGATACGGAAATCCCAGTGCTGCGCAGTGGACCAATATGCCTGATACTCTGGACAGTGTCGATTTTAAGGACACATTTCTTGATGCTGAACACC
TCAGAGAAAGTTTTCCTGATTATGATGTTTCCTTTGTGCATCCAGATGGAGATGAAGACAAATTTCCAAAACCTCCTTTTCGCATAACACTTCCCAAGACACTGAAGAGTGCTGCCAACCAAGTCCTGCCAGGAGCTACCATGAAAGCATGTGTAGATGGTGATAATGTGGAAAATATGATGGAGACCAATGGCAAACAC
GAACAGATCATTGTGGAGACATATGTACCTCCAGATCCAGGTCCTTATCCACAGGATCAGCCAAAGAAGAACAATGTCAAGTTCACTCCAGTTCAGgccatacctatatctgctgcacctgcatcctgatgatggcgagcattagtcccccctgcactgcagcgttcaatgggtgtatgcattagtatatacagtgtcca
gtgtgcagtgcttccgcatccaacagtgtatagctggatgtatataccattaaatgcagcattgctgggtgcttattgcttgcctgcagatgacctcctattttgtagaagATTGGAGCTATCATATCTGGCATTCAACCAGGATTGACAATGGTGGTAGGTCCTCCTGGGACAGGGAAAACCGATACAGCTGTGCAGAT
TTTGAATGTGTTGTATCACAACTGTCCTTCCCAGCGAACATTGATAATCACTCATTCTAATCAGGCTTTGAATGATCTTTTTGAAAAGATTATGCAGGTAATGGTCTTTGAATATGTAATTTCTATTGGGAAAAGCTTATTTCATCCCCCGATTATCATAGCATGTTTTTTGTGAAGCTTAATACACATTTTGGTTTAT
Intron 6 GTTGGTGGTC ... AACAAGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.61 | 32.8 | 12 | 5 |
| A2 | 17.39 | 38 | 13 | 3 |
| A3 | 17.9 | 52.8 | 19 | 4 |
| A4 | 17.39 | 23.8 | 7 | 3 |
| A5 | 18.07 | 31.8 | 7 | 7 |
| A6 | 14.29 | 3 | 1 | 0 |
| A7 | 0 | 2.3 | 0 | 0 |
| A8 | 12.5 | 7 | 2 | 0 |
| A9 | 0 | 4 | 0 | 0 |
| A10 | 11.11 | 4 | 1 | 0 |
>TRINITY_DN127284_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCTTGGGGGCCTTATTGTGGAATTGGAAAAAGGTGCTAGGGTTTAAGCTTTAGGGTTTTGCGAAGATAACAGTTTCAGCGTAGCACAAATAAAAGCACAAAACTGATTTTTTGGACAAATCCGTTAACTATAGGTGTATGTGATGTGACAGCCATCCACTGTTTTCAGGAAAATACGCTTGCAGAAAAGCGTGATCTTCAG
GGTAAGCCATGGCTACAGCTCAGGCTGCAGACTATTATGCTTACAAAAGACCCCACGTGGCAGAATATCCAGCTCCTCCTGGAATGGAAATAGACGAGACTATTCAAAAGTCAGTAGAACAGAAGACGGGGGGGGCTATTTCAGGAAATACAATCACTCTTAACGAGATTCAAAGAGATCGGATTACCAAAATTGCAGAT
GCAAACTGGGCAATCTCTCGAGACGTTGTGTCAAATCCCGCTTTTAATCCCAGCCTCGTGGACGAGATTTATAGAACTGAACTTCTTGTGACAAGTGGCAACAAATCTGTTCCTTTGCAAAGGGTGATGGTTCTTGAAGTCAGCCAATATCTGGAGAATTATCTGTGGCCTAATTTTGACCCCCAAAATGCAACTTTTGA
GCATATCATGTCCATGATTTTAATGGTGAATGAAAAGTTTCGGGAAAATGTTCCAGCTTGGAGATGCTTCCATGACAGGGAAGATGCATTTGAGGGTTTCTTAAGACGGGTTTTGTTACTGAAGCAGCTGGGAAGAGACCTAAACATAGCAGAGAAAACAAATTACTTGATCTTTTTGATTCATTCATTCCAGAGCTTGG
AAGATGAGATAGTGCGTGGAACAGTGCTTAAGCTTGTCCATCTGCAGTTATGGCACAGCCTTTCTTCTGGTCGTTTTCAGATGGAACTGTGCTTACATCCTCAGCTCATTAAAAAGTGGAAGACGATGGTCAAGAAAGAAGCTAAGGAAGCTAGAAGAAGTGGAATGTCCGCCGATCCCTGTGATAAAATTGAAGTGAAA
TTTTTACCTATGTTAATTCAAGAATTTTTAGAGATACTGGATTCAAAGGTTATAAATTCTCCAAAGCATGCCGACGAAAGGGAAACAATGGCTAATTTGTACCAAGATGATGAAACACTAGTAGATGAAGCAAGTTTGTTATATTGTGAGCGGTTCATGGAGTTCTTAATTGATTTATTAAGCCAGCTACCCACTCGAAG
ATTTTTTAGGGCTCTCATTGAAGATGTTGCTGTTGTTGCTAAATGCCGTTTGAGTACACTTTATACTCATCAAAGGGGGAGGCTTTTTGCCCAACTGGTGGATTTGCTGCGTTTTTATGAGGGGTTCGAGATAGACGATCATGTTGGCACTCAACTTAGTGATGATGATGTTTTGCTAGCTCATTGTTCTCGGCTGCAAG
CTTTTCAACTTTTGGCTTTTAAGGAAATTCCTAAGCTCCGGGAGCTAGCATTGGCCAATGTGGGCTCCATTGAAAAACGTAGCGATCTTTGTAAGAGGCTATCTGTTTTGTCTGCAGAAGAACTTAAGGATGTTGTTTGTAATAAGGTTTGTGGCCTGCTTCTGTTTAAAATTGATAATGTCATTACAATTAGCCACCAA
AAAGATGATTATCTTTGTTACTGCATGTTTATCAGTTAATTTTGTACCTTGTCATACTGTGTCATTTTCGTTAGTATGCCTAGAATGTCTTGTACAATGTAATTGGATGTGTC
>TRINITY_DN127284_c0_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTGGGGGCCTTATTGTGGAATTGGAAAAAGGTGCTAGGGTTTAAGCTTTAGGGTTTTGCGAAGATAACAGTTTCAGCGTAGCACAAATAAAAGCACAAAACTGATTTTTTGGACAAATCCGTTAACTATAGGTGTATGTGATGTGACAGCCATCCACTGTTTTCAGGAAAATACGCTTGCAGAAAAGCGTGATCTTCAG
GGTAAGCCATGGCTACAGCTCAGGCTGCAGACTATTATGCTTACAAAAGACCCCACGTGGCAGAATATCCAGCTCCTCCTGGAATGGAAATAGACGAGACTATTCAAAAGTCAGTAGAACAGAAGACGGGGGGGGCTATTTCAGGAAATACAATCACTCTTAACGAGATTCAAAGAGATCGGATTACCAAAATTGCAGAT
GCAAACTGGGCAATCTCTCGAGACGTTGTGTCAAATCCCGCTTTTAATCCCAGCCTCGTGGACGAGATTTATAGAACTGAACTTCTTGTGACAAGTGGCAACAAATCTGTTCCTTTGCAAAGGGTGATGGTTCTTGAAGTCAGCCAATATCTGGAGAATTATCTGTGGCCTAATTTTGACCCCCAAAATGCAACTTTTGA
GCATATCATGTCCATGATTTTAATGGTGAATGAAAAGgttggtggtctatcatttatttcatgttggaaacatttgaaattaaccatcatatgatgttttccttatatacgatcttaaaggttggtatactgaattgatattttgaaagcttctgaattaggaattttccaagcaatcacatttattgatattagtaaag
tcattctacttctctacccatgccttaactatgctttttttttgggctccgtctcttttgaacaaggcagTTTCGGGAAAATGTTCCAGCTTGGAGATGCTTCCATGACAGGGAAGATGCATTTGAGGGTTTCTTAAGACGGGTTTTGTTACTGAAGCAGCTGGGAAGAGACCTAAACATAGCAGAGAAAACAAATTACT
TGATCTTTTTGATTCATTCATTCCAGAGCTTGGAAGATGAGATAGTGCGTGGAACAGTGCTTAAGCTTGTCCATCTGCAGTTATGGCACAGCCTTTCTTCTGGTCGTTTTCAGATGGAACTGTGCTTACATCCTCAGCTCATTAAAAAGTGGAAGACGATGGTCAAGAAAGAAGCTAAGGAAGCTAGAAGAAGTGGAATG
TCCGCCGATCCCTGTGATAAAATTGAAGTGAAATTTTTACCTATGTTAATTCAAGAATTTTTAGAGATACTGGATTCAAAGGTTATAAATTCTCCAAAGCATGCCGACGAAAGGGAAACAATGGCTAATTTGTACCAAGATGATGAAACACTAGTAGATGAAGCAAGTTTGTTATATTGTGAGCGGTTCATGGAGTTCTT
AATTGATTTATTAAGCCAGCTACCCACTCGAAGATTTTTTAGGGCTCTCATTGAAGATGTTGCTGTTGTTGCTAAATGCCGTTTGAGTACACTTTATACTCATCAAAGGGGGAGGCTTTTTGCCCAACTGGTGGATTTGCTGCGTTTTTATGAGGGGTTCGAGATAGACGATCATGTTGGCACTCAACTTAGTGATGATG
ATGTTTTGCTAGCTCATTGTTCTCGGCTGCAAGCTTTTCAACTTTTGGCTTTTAAGGAAATTCCTAAGCTCCGGGAGCTAGCATTGGCCAATGTGGGCTCCATTGAAAAACGTAGCGATCTTTGTAAGAGGCTATCTGTTTTGTCTGCAGAAGAACTTAAGGATGTTGTTTGTAATAAGCTTAAATTGCTTGAGAACAGT
GATCCATGTGTTGAAAGAATGGATTTCCTTATGGAGGTAATGGTTTCTACTTTTGAGAAACGACAATCTCAAAAGGAAGCGATAAATGCTCTCCCACTTTATCCAAATGAACAAGTCATGTGGGATGAAAGTGTTGTACCCAGCATTAATTACACTGGTGAAGGATGCTTGGCTCTTCCAAAACTTAATCTACAGTTTCT
TACTCTCCATGATTACCTACTCAGGAATTTCAATCTTTTTCGCTTGGAATCGACATATGAAATTCGAGAAGATATCCAAGATGTGTTGCCTCGACTGGCAGCATATATCAATAATGAAGGAGAAACTCGCTTTCGAGGATGGTCTAGGATGGCTGTCCCAATCAAGGAGTTCAAAATCACAGAAGTAAAGCAGCCAAACA
TTGGAGAGGTCAAACCAGCTGCTGTCACTGCAGAGGTTACATACAGTGTTTCAAGGTATACATCACAGATAAGGTCTGAATGGAATGGGCTCAAGGAACATGATGTTCTCTTTTTGTTATCTGTACGCCCTTTTCTAGAACCACTTAATGGTGAGGAAGCATCGAAATTAAGTGTTCCAGAAAGATTTGGGCTCCAGTAT
GTACGTGGATGTGAAGTCATTGAGATTCGTGACGAGGATCGCAACCTTATGAATGACTTTACAGGTAGGGTGAAGAGAGAGGAGTGGAAACCACCAAAAGGTGAACTTCGGACTGTTGTGCTTGCCTTAGATACTGCACAGTATCAGATGGATGTCAGTGCTATTGCAGAGAAGGATGCAGAAGATATATACAAGACCTT
CAATGTTTTGATGAGAAGAAAACCGAAGGAAAACAATTTTAAAGCCATCCTAGAGTCTATTAGGGATCTAATGAATGAAGCCTGTATTGTTCCAGAATGGTTACATGACATTTTCTTAGGATACGGAAATCCCAGTGCTGCGCAGTGGACCAATATGCCTGATACTCTGGACAGTGTCGATTTTAAGGACACATTTCTTG
ATGCTGAACACCTCAGAGAAAGTTTTCCTGATTATGATGTTTCCTTTGTGCATCCAGATGGAGATGAAGACAAATTTCCAAAACCTCCTTTTCGCATAACACTTCCCAAGACACTGAAGAGTGCTGCCAACCAAGTCCTGCCAGGAGCTACCATGAAAGCATGTGTAGATGGTGATAATGTGGAAAATATGATGGAGACC
AATGGCAAACACGAACAGATCATTGTGGAGACATATGTACCTCCAGATCCAGGTCCTTATCCACAGGATCAGCCAAAGAAGAACAATGTCAAGTTCACTCCAGTTCAGATTGGAGCTATCATATCTGGCATTCAACCAGGATTGACAATGGTGGTAGGTCCTCCTGGGACAGGGAAAACCGATACAGCTGTGCAGATTTT
GAATGTGTTGTATCACAACTGTCCTTCCCAGCGAACATTGATAATCACTCATTCTAATCAGGCTTTGAATGATCTTTTTGAAAAGATTATGCAGAGGGATGTTCCTGCTCGATACCTTCTACGTCTGGGGCAGGGTGAGCAGGAATTGGCAACAGATGTTGAATTTAGTCGACAAGGTCGAGTTAATGCTATGCTAGCAC
GGCGGTTGGAGTTGTTGGCAGAAGTTGAAAGGCTTGCAAAAACATTGCAGCTACCAGAAGATGTTGGATATACATGTGAAACTGCAGGATACTTCTGGCTTTTGCATGTTTATTCTCGTTGGGAGCAATTTCTTGCTGCCTGTGAAGGCAATCATGCTAAACCTAGTTTTGTGAAAGACAGATTCCCATTTAAGGAGTTC
TTTTCAGACACACCTCAACCGGTATTCACAGGCTTGTCCTTTGAGCGAGACATGCGTGCAGCAAAAGGTTGCTTCCGCCATCTTACTACCATGTTTAAAGAACTTGAAGAGTGTAAGGCATTTGAATTACTGAAATCAACTGCTGACCGTGCAAATTATCTCATGACTAAGCAAGCCAAAATTGTTGCTATGACCTGTAC
ACATGCAGCACTGAAGAGAAAGGATTTTCTTCAGTTAGGTTTTAAGTATGACAATTTGCTTATGGAGGAAAGTGCACAGATTTTGGAGATAGAGACATTCATACCCATGTTGTTACAAAGACAAGAAGATGGACACGCAAGGCTCAAGCGTTGCATATTGATTGGTGATCATCATCAGTTGCCACCTGTAGTTAAGAATA
TGGCTTTCCAGAAGTACAGCCACATGGACCAGAGTCTGTTCACTAGGTTTGTTCGCTTAGGAATTCCCTATGTAGAACTCAATGCGCAAGGTAGAGCAAGGCCCAGTATAGCAAAACTTTACAACTGGAGATACAGGCAATTAGGTGATCTGTCATATGTGCAAAAAGAGCTGGTGTTTCAACTTGCAAATACAGGTTTC
TGCTATGAATATCAACTTGTAGATGTCCCTGATCACCGTGGTATGGGTGAATCTGCACCTGTTCCATGGTTTTATCAAAACCTTGGTGAAGCAGAATATGTTGTGAGTGTTTATATGTACATGCGATTACTAGGCTACCCTGCAAGCAAAATATCAATCTTGACTACTTACAATGGTCAAAAGCACTTGATTCGTGATGT
GATTAGACAAAGATGTGCCTCGCATCCTCTCATTGGATCTCCAAGCAAGGTGACAACTGTTGACAGGTTTCAAGGTCAACAAAATGACTATATATTGCTATCTCTTGTCCGGACCAGATTTGTAGGCCACCTTCGAGATGTTCGTAGACTTGTTGTTGCCATGTCTCGTGCTCGGTTAGGCTTGTATGTATTCTGCCGCC
GCTCTTTGTTCGAACAGTGCTATGAATTACAGCCCACTTTTCAACTGCTACTCCAACGCCGTGATAGGCTTGCTTTGAATTTGGATGAAACAACTTGTCCCACAGAGCGTTTTGTTGGGGACACTGGCAGGATTCATCTTGTGAGTGGACTCGAGGAGATGGAGCACATTACCTTGAGCAAATTTTATCAACTTTATCAG
GGACAAACAATAGGGCAACAGGTAGCTATCCATCATCCTAATCAGCAAATATATGGATACAATTCAGGGGCAACTATGCCTACGAATACTAATTTTCTATCCCATCAGAGATCACTGGTTGAGCCTGGCTTCATTCCTCACATGTCTCCTGAAACAGAGAAAAATGCTGAAGCCCCTGTGGATGATAAATTGGACAAAAA
CAATGATATACAATAGTGATGTCTTCATTCGATCATCCATGTTTTACTATGTTATGTTATAAGGGGAAGCTGGACATAGTTACGTCATGTTGTTCAAATGCTTACAAATGGAAACTTTATGGGAAGGTGTCCACACTTGCCAGCTGTGATTTTGGAAGAAGCTTCAAGATGAAATTATGGTGTCTTTTTGCCAGGAAAAA
GATGCAGGATTGTGATGATCTGAAAATACATTAGAGTTGTATTTCTTCATCCAACATGGAGTTGTTCTATCAGGGTTTGTCTGTTCTATGATTCAAAATTGATCAGCACCTGCTTCTCAGTGGAAAGAGAAACTTGATTGGGATAAAGTTCTAAGAAGTTGCTATCCCAAGAAAGCTTGCTGCCATTACCAGCATGCTGA
TATCAGAAATTTGAGGACGTGATAAACATGACTTTTCAAGCACACACATGGTGGTTAATCAATGGAAATTGGTTAATTCATTGATTACAAGTTGAAATGTGATAATAACTGTGCAATACGATATGCCATTGTATTTACATTTCAACTCTTTGTATAATGAAGTTTATGAAGTTACTGTATACTTTTACATATATGATATC
GGTATCAGCCATTGCACTTTATTGTCTTGTGGTGGTAGTTATGAGCATTATTTTAATCAAATGCAGCATAGGCTTCATATATTTGTAGACAAGGCTGTTTAATCATATGGCATGTATTTAAAAGACATTTTCACCTTTTCATATAGACTTTGTGAAGTCACTGTATCCATTTTCATATATGATACGAG
Intron 7 GTTCGTAAAA ... GTTTTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.18 | 27 | 11 | 1 |
| A2 | 11.54 | 23 | 4 | 2 |
| A3 | 29.41 | 18 | 8 | 7 |
| A4 | 8.33 | 22 | 2 | 2 |
| A5 | 33.33 | 6 | 0 | 6 |
| A6 | 20.69 | 46 | 11 | 13 |
| A7 | 20.55 | 29 | 10 | 5 |
| A8 | 18.52 | 33 | 8 | 7 |
| A9 | 15.25 | 25 | 2 | 7 |
| A10 | 16.67 | 20 | 6 | 2 |
>TRINITY_DN118673_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformTATCTATTGAATAATTAAAACAAATATTACACTCATTGAATCACATTACTTCAGTGTAATGTTTTGTTTTCAATTTCCTTAACATTATTATTATTAATACTTCAAAGCTCAATATCCTATAAACAATGATATATGAAGAATTAGTACAAATACTTGAATAGCTGTTTGATTGTTTTACGAGCTGAAGGATCGAAACAGAA
TGTTTCCAAGGACTTTAAAAGGGAAGCGGAGTTGCAGTTTATGTTTACGAAACAATCACAGGCAGGCAATCAAAAGAGTCTAACATAGGCACCATTGGCTACGTGAGCGCAGAAAGAAGAAGCATGATCCGGTAGAGAACTCGTGAAGAAATCCACCGAGGGGAGGATAACAGAGAGAGTATACCGGTGATGCAAGAAGC
CCACGTAACGGGAGAGCGAGAACAAGAAATTAAAAATAAAATCAGAGCAGCCACGAATTGACTGAGCCGACACAAATTCACTGTTGAAATTTTTTGTTGATGCTTCCATGACGTAGTGGAAAATTTAAGCTGTGCCCTAGTTTCAGAAACAAAGAATCCGCCCAGAAAAGCCCTAGTTGCAGAAATGCAGAAAATACGAG
TCTGACCAGAGAAGTTGTGAGAGCGTAAGGAATTTATTTCTATTAGTAAGCAGAACGGAATCTGTTATACAAAAATGTTATTTTCTGCAATTTTGCCCTAGAAGCCGAAGAATAGAAGTTCTATTGCAGATGCAAACTCCCAGGCATTGAGTACATCTGGACAGCATTCAGTCAGCCATCCACTGTTTTCAGGAAAATAC
GCTTGCAGAAAAGCGTGATCTTCAGGGTAAGCCATGGCTACAGCTCAGGCTGCAGACTATTATGCTTACAAAAGACCCCACGTGGCAGAATATCCAGCTCCTCCTGGAATGGAAATAGACGAGACTATTCAAAAGTCAGTAGAACAGAAGACGGGGGGGGCTATTTCAGGAAATACAATCACTCTTAACGAGATTCAAAG
AGATCGGATTACCAAAATTGCAGATGCAAACTGGGCAATCTCTCGAGACGTTGTGTCAAATCCCGCTTTTAATCCCAGCCTCGTGGACGAGATTTATAGAACTGAACTTCTTGTGACAAGTGGCAACAAATCTGTTCCTTTGCAAAGGGTGATGGTTCTTGAAGTCAGCCAATATCTGGAGAATTATCTGTGGCCTAATT
TTGACCCCCAAAATGCAACTTTTGAGCATATCATGTCCATGATTTTAATGGTGAATGAAAAGTTTCGGGAAAATGTTCCAGCTTGGAGATGCTTCCATGTCAGGGAAGATGCATTTGAGGGTTTCTTAAGACGGGGAAGAGACCTAAACATAGCAGAGAAAACAAATTACTTGATCTTTTTGATTCATTCATTCCAGAGC
TTGGAAGATGAGATAGTGCGTGGAACAGTGCTTAAGCTTGTCCATCTGCAGTTATGGCACAGCCTTTCTTCTGGTCGTTTTCAGTCAGCTTATATACTGGTTGCAGATGGAACTGTGCTTACATCCTCAGCTCATTAAAAAGTGGAAGACGATGGTCAAGAAAGAAGCTAAGGAAGCTAGAAGAAGTGGAATGTCCGCCG
ATCCCTGTGATAAAATTGAAGTGAAATTTTTACCTATGTTAATTCAAGAATTTTTAGAGATACTGGATTCAAAGGTTATAAATTCTCCAAAGCATGCCGACGAAAGGGAAACAATGGCTAATTTGTACCAAGATGATGAAACACTAGTAGATGAAGCAAGTTTGTTATATTGTGAGCGGTTCATGGAGTTCTTAATTGAT
TTATTAAGCCAGCTACCCACTCGAAGATTTTTTAGGGCTCTCATTGAAGATGTTGCTGTTGTTGCTAAATGCCGTTTGAGTACACTTTATACTCATCAAAGGGGGAGGCTTTTTGCCCAACTGGTGGATTTGCTGCGTTTTTATGAGGGGTTCGAGATAGACGATCATGTTGGCACTCAACTTAGTGATGATGATGTTTT
GCTAGCTCATTGTTCTCGGCTGCAAGCTTTTCAACTTTTGGCTTTTAAGGAAATTCCTAAGCTCCGGGAGCTAGCATTGGCCAATGTGGGCTCCATTGAAAAACGTAGCGATCTTTGTAAGAGGCTATCTGTTTTGTCTGCAGAAGAACTTAAGGATGTTGTTTGTAATAAGCTTAAATTGCTTGAGAACAGTGATCCAT
GTGTTGAAAGAATGGATTTCCTTATGGAGGTAATGGTTTCTACTTTTGAGAAACGACAATCTCAAAAGGAAGCGATAAATGCTCTCCCACTTTATCCAAATGAACAAGTCATGTGGGATGAAAGTGTTGTACCCAGCATTAATTACACTGGTGAAGGATGCTTGGCTCTTCCAAAACTTAATCTACAGTTTCTTACTCTC
CATGATTACCTACTCAGGAATTTCAATCTTTTTCGCTTGGAATCGACATATGAAATTCGAGAAGATATCCAAGATGTGTTGCCTCGACTGGCAGCATATATCAATAATGAAGGAGAAACTCGCTTTCGAGGATGGTCTAGGATGGCTGTCCCAATCAAGGAGTTCAAAATCACAGAAGTAAAGCAGCCAAACATTGGAGA
GGTCAAACCAGCTGCTGTCACTGCAGAGGTTACATACAGTGTTTCAAGGTATACATCACAGATAAGGTCTGAATGGAATGGGCTCAAGGAACATGATGTTCTCTTTTTGTTATCTGTACGCCCTTTTCTAGAACCACTTAATGGTGAGGAAGCATCGAAATTAAGTGTTCCAGAAAGATTTGGGCTCCAGTATGTACGTG
GATGTGAAGTCATTGAGATTCGTGACGAGGATCGCAACCTTATGAATGACTTTACAGGTAGGGTGAAGAGAGAGGAGTGGAAACCACCAAAAGGTGAACTTCGGACTGTTGTGCTTGCCTTAGATACTGCACAGTATCAGATGGATGTCAGTGCTATTGCAGAGAAGGATGCAGAAGATATATACAAGACCTTCAATGTT
TTGATGAGAAGAAAACCGAAGGAAAACAATTTTAAAGCCATCCTAGAGTCTATTAGGGATCTAATGAATGAAGCCTGTATTGTTCCAGAATGGTTACATGACATTTTCTTAGGATACGGAAATCCCAGTGCTGCGCAGTGGACCAATATGCCTGATACTCTGGACAGTGTCGATTTTAAGGACACATTTCTTGATGCTGA
ACACCTCAGAGAAAGTTTTCCTGATTATGATGTTTCCTTTGTGCATCCAGATGGAGATGAAGACAAATTTCCAAAACCTCCTTTTCGCATAACACTTCCCAAGACACTGAAGAGTGCTGCCAACCAAGTCCTGCCAGGAGCTACCATGAAAGCATGTGTAGATGGTGATAATGTGGAAAATATGATGGAGACCAATGGCA
AACACGAACAGATCATTGTGGAGACATATGTACCTCCAGATCCAGGTCCTTATCCACAGGATCAGCCAAAGAAGAACAATGTCAAGTTCACTCCAGTTCAGATTGGAGCTATCATATCTGGCATTCAACCAGGATTGACAATGGTGGTAGGTCCTCCTGGGACAGGGAAAACCGATACAGCTGTGCAGATTTTGAATGTG
TTGTATCACAACTGTCCTTCCCAGCGAACATTGATAATCACTCATTCTAATCAGGCTTTGAATGATCTTTTTGAAAAGATTATGCAGAGGGATGTTCCTGCTCGATACCTTCTACGTCTGGGGCAGGGTGAGCAGGAATTGGCAACAGATGTTGAATTTAGTCGACAAGGTCGAGTTAATGCTATGCTAGCACGGCGGTT
GGAGTTGTTGGCAGAAGTTGAAAGGCTTGCAAAAACATTGCAGCTACCAGAAGATGTTGGATATACATGTGAAACTGCAGGATACTTCTGGCTTTTGCATGTTTATTCTCGTTGGGAGCAATTTCTTGCTGCCTGTGAAGGCAATCATGCTAAACCTAGTTTTGTGAAAGACAGATTCCCATTTAAGGAGTTCTTTTCAG
ACACACCTCAACCGGTATTCACAGGCTTGTCCTTTGAGCGAGACATGCGTGCAGCAAAAGGTTGCTTCCGCCATCTTACTACCATGTTTAAAGAACTTGAAGAGTGTAAGGCATTTGAATTACTGAAATCAACTGCTGACCGTGCAAATTATCTCATGACTAAGCAAGCCAAAATTGTTGCTATGACCTGTACACATGCA
GCACTGAAGAGAAAGGATTTTCTTCAGTTAGGTTTTAAGTATGACAATTTGCTTATGGAGGAAAGTGCACAGATTTTGGAGATAGAGACATTCATACCCATGTTGTTACAAAGACAAGAAGATGGACACGCAAGGCTCAAGCGTTGCATATTGATTGGTGATCATCATCAGTTGCCACCTGTAGTTAAGAATATGGCTTT
CCAGAAGTACAGCCACATGGACCAGAGTCTGTTCACTAGGTTTGTTCGCTTAGGAATTCCCTATGTAGAACTCAATGCGCAAGGTAGAGCAAGGCCCAGTATAGCAAAACTTTACAACTGGAGATACAGGCAATTAGGTGATCTGTCATATGTGCAAAAAGAGCTGGTGTTTCAACTTGCAAATACAGGTTTCTGCTATG
AATATCAACTTGTAGATGTCCCTGATCACCGTGGTATGGGTGAATCTGCACCTGTTCCATGGTTTTATCAAAACCTTGGTGAAGCAGAATATGTTGTGAGTGTTTATATGTACATGCGATTACTAGGCTACCCTGCAAGCAAAATATCAATCTTGACTACTTACAATGGTCAAAAGCACTTGATTCGTGATGTGATTAGA
CAAAGATGTGCCTCGCATCCTCTCATTGGATCTCCAAGCAAGGTGACAACTGTTGACAGGTTTCAAGGTCAACAAAATGACTATATATTGCTATCTCTTGTCCGGACCAGATTTGTAGGCCACCTTCGAGATGTTCGTAGACTTGTTGTTGCCATGTCTCGTGCTCGGTTAGGCTTGTATGTATTCTGCCGCCGCTCTTT
GTTCGAACAGTGCTATGAATTACAGCCCACTTTTCAACTGCTACTCCAACGCCGTGATAGGCTTGCTTTGAATTTGGATGAAACAACTTGTCCCACAGAGCGTTTTGTTGGGGACACTGGCAGGATTCATCTTGTGAGTGGACTCGAGGAGATGGAGCACATTACCTTGAGCAAATTTTATCAACTTTATCAGGGACAAA
CAATAGGGCAACAGGTAGCTATCCATCATCCTAATCAGCAAATATATGGATACAATTCAGGGGCAACTATGCCTACGAATACTAATTTTCTATCCCATCAGAGATCAC
>TRINITY_DN118673_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:TATCTATTGAATAATTAAAACAAATATTACACTCATTGAATCACATTACTTCAGTGTAATGTTTTGTTTTCAATTTCCTTAACATTATTATTATTAATACTTCAAAGCTCAATATCCTATAAACAATGATATATGAAGAATTAGTACAAATACTTGAATAGCTGTTTGATTGTTTTACGAGCTGAAGGATCGAAACAGAA
TGTTTCCAAGGACTTTAAAAGGGAAGCGGAGTTGCAGTTTATGTTTACGAAACAATCACAGGCAGGCAATCAAAAGAGTCTAACATAGGCACCATTGGCTACGTGAGCGCAGAAAGAAGAAGCATGATCCGGTAGAGAACTCGTGAAGAAATCCACCGAGGGGAGGATAACAGAGAGAGTATACCGGTGATGCAAGAAGC
CCACGTAACGGGAGAGCGAGAACAAGAAATTAAAAATAAAATCAGAGCAGCCACGAATTGACTGAGCCGACACAAATTCACTGTTGAAATTTTTTGTTGATGCTTCCATGACGTAGTGGAAAATTTAAGCTGTGCCCTAGTTTCAGAAACAAAGAATCCGCCCAGAAAAGCCCTAGTTGCAGAAATGCAGAAAATACGAG
TCTGACCAGAGAAGTTGTGAGAGCGTAAGGAATTTATTTCTATTAGTAAGCAGAACGGAATCTGTTATACAAAAATGTTATTTTCTGCAATTTTGCCCTAGAAGCCGAAGAATAGAAGTTCTATTGCAGATGCAAACTCCCAGGCATTGAGTACATCTGGACAGCATTCAGTCAGCCATCCACTGTTTTCAGGAAAATAC
GCTTGCAGAAAAGCGTGATCTTCAGGGTAAGCCATGGCTACAGCTCAGGCTGCAGACTATTATGCTTACAAAAGACCCCACGTGGCAGAATATCCAGCTCCTCCTGGAATGGAAATAGACGAGACTATTCAAAAGTCAGTAGAACAGAAGACGGGGGGGGCTATTTCAGGAAATACAATCACTCTTAACGAGATTCAAAG
AGATCGGATTACCAAAATTGCAGATGCAAACTGGGCAATCTCTCGAGACGTTGTGTCAAATCCCGCTTTTAATCCCAGCCTCGTGGACGAGATTTATAGAACTGAACTTCTTGTGACAAGTGGCAACAAATCTGTTCCTTTGCAAAGGGTGATGGTTCTTGAAGTCAGCCAATATCTGGAGAATTATCTGTGGCCTAATT
TTGACCCCCAAAATGCAACTTTTGAGCATATCATGTCCATGATTTTAATGGTGAATGAAAAGTTTCGGGAAAATGTTCCAGCTTGGAGATGCTTCCATGTCAGGGAAGATGCATTTGAGGGTTTCTTAAGACGGGTTTTGTTACTGAAGCAGCTGGGAAGAGACCTAAACATAGCAGAGAAAACAAATTACTTGATCTTT
TTGATTCATTCATTCCAGAGCTTGGAAGATGAGATAGTGCGTGGAACAGTGCTTAAGCTTGTCCATCTGCAGTTATGGCACAGCCTTTCTTCTGGTCGTTTTCAGATGGAACTGTGCTTACATCCTCAGCTCATTAAAAAGTGGAAGACGATGGTCAAGAAAGAAGCTAAGGAAGCTAGAAGAAGTGGAATGTCCGCCGA
TCCCTGTGATAAAATTGAAGTGAAATTTTTACCTATGTTAATTCAAGAATTTTTAGAGATACTGGATTCAAAGGTTATAAATTCTCCAAAGCATGCCGACGAAAGGGAAACAATGGCTAATTTGTACCAAGATGATGAAACACTAGTAGATGAAGCAAGTTTGTTATATTGTGAGCGGTTCATGGAGTTCTTAATTGATT
TATTAAGCCAGCTACCCACTCGAAGATTTTTTAGGGCTCTCATTGAAGATGTTGCTGTTGTTGCTAAATGCCGTTTGAGTACACTTTATACTCATCAAAGGGGGAGGCTTTTTGCCCAACTGGTGGATTTGCTGCGTTTTTATGAGGGGTTCGAGATAGACGATCATGTTGGCACTCAACTTAGTGATGATGATGTTTTG
CTAGCTCATTGTTCTCGGCTGCAAGCTTTTCAACTTTTGGCTTTTAAGGAAATTCCTAAGCTCCGGGAGCTAGCATTGGCCAATGTGGGCTCCATTGAAAAACGTAGCGATCTTTGTAAGAGGCTATCTGTTTTGTCTGCAGAAGAACTTAAGGATGTTGTTTGTAATAAGCTTAAATTGCTTGAGAACAGTGATCCATG
TGTTGAAAGAATGGATTTCCTTATGGAGGTAATGGTTTCTACTTTTGAGAAACGACAATCTCAAAAGGAAGCGATAAATGCTCTCCCACTTTATCCAAATGAACAAGTCATGTGGGATGAAAGTGTTGTACCCAGCATTAATTACACTGGTGAAGGATGCTTGGCTCTTCCAAAACTTAATCTACAGTTTCTTACTCTCC
ATGATTACCTACTCAGGAATTTCAATCTTTTTCGCTTGGAATCGACATATGAAATTCGAGAAGATATCCAAGATGTGTTGCCTCGACTGGCAGCATATATCAATAATGAAGGAGAAACTCGCTTTCGAGGATGGTCTAGGATGGCTGTCCCAATCAAGGAGTTCAAAATCACAGAAGTAAAGCAGCCAAACATTGGAGAG
GTCAAACCAGCTGCTGTCACTGCAGAGGTTACATACAGTGTTTCAAGGTATACATCACAGATAAGGTCTGAATGGAATGGGCTCAAGGAACATGATGTTCTCTTTTTGTTATCTGTACGCCCTTTTCTAGAACCACTTAATGGTGAGGAAGCATCGAAATTAAGTGTTCCAGAAAGATTTGGGCTCCAGTATGTACGTGG
ATGTGAAGTCATTGAGATTCGTGACGAGGATCGCAACCTTATGAATGACTTTACAGGTAGGGTGAAGAGAGAGGAGTGGAAACCACCAAAAGGTGAACTTCGGACTGTTGTGCTTGCCTTAGATACTGCACAGTATCAGATGGATGTCAGTGCTATTGCAGAGAAGGATGCAGAAGATATATACAAGACCTTCAATGTTT
TGATGAGAAGAAAACCGAAGGAAAACAATTTTAAAGCCATCCTAGAGTCTATTAGGGATCTAATGAATGAAGCCTGTATTGTTCCAGAATGGTTACATGACATTTTCTTAGGATACGGAAATCCCAGTGCTGCGCAGTGGACCAATATGCCTGATACTCTGGACAGTGTCGATTTTAAGGACACATTTCTTGATGCTGAA
CACCTCAGAGAAAGTTTTCCTGATTATGATGTTTCCTTTGTGCATCCAGATGGAGATGAAGACAAATTTCCAAAACCTCCTTTTCGCATAACACTTCCCAAGACACTGAAGAGTGCTGCCAACCAAGTCCTGCCAGGAGCTACCATGAAAGCATGTGTAGATGGTGATAATGTGGAAAATATGATGGAGACCAATGGCAA
ACACGAACAGATCATTGTGGAGACATATGTACCTCCAGATCCAGGTCCTTATCCACAGGATCAGCCAAAGAAGAACAATGTCAAGTTCACTCCAGTTCAGATTGGAGCTATCATATCTGGCATTCAACCAGGATTGACAATGGTGGTAGGTCCTCCTGGGACAGGGAAAACCGATACAGCTGTGCAGATTTTGAATGTGT
TGTATCACAACTGTCCTTCCCAGCGAACATTGATAATCACTCATTCTAATCAGGCTTTGAATGATCTTTTTGAAAAGATTATGCAGAGGGATGTTCCTGCTCGATACCTTCTACGTCTGGGGCAGGGTGAGCAGGAATTGGCAACAGATGTTGAATTTAGTCGACAAGGTCGAGTTAATGCTATGCTAGCACGGCGGTTG
GAGTTGTTGGCAGAAGTTGAAAGGCTTGCAAAAACATTGCAGCTACCAGAAGATGTTGGATATACATGTGAAACTGCAGGATACTTCTGGCTTTTGCATGTTTATTCTCGTTGGGAGCAATTTCTTGCTGCCTGTGAAGGCAATCATGCTAAACCTAGTTTTGTGAAAGACAGATTCCCATTTAAGGAGTTCTTTTCAGA
CACACCTCAACCGGTATTCACAGGCTTGTCCTTTGAGCGAGACATGCGTGCAGCAAAAGGTTGCTTCCGCCATCTTACTACCATGTTTAAAGAACTTGAAGAGTGTAAGGCATTTGAATTACTGAAATCAACTGCTGACCGTGCAAATTATCTCATGACTAAGCAAGCCAAAATTGTTGCTATGACCTGTACACATGCAG
CACTGAAGAGAAAGGATTTTCTTCAGTTAGGTTTTAAGTATGACAATTTGCTTATGGAGGAAAGTGCACAGATTTTGGAGATAGAGACATTCATACCCATGTTGTTACAAAGACAAGAAGATGGACACGCAAGGCTCAAGCGTTGCATATTGATTGGTGATCATCATCAGTTGCCACCTGTAGTTAAGAATATGGCTTTC
CAGAAGTACAGCCACATGGACCAGAGTCTGTTCACTAGGTTTGTTCGCTTAGGAATTCCCTATGTAGAACTCAATGCGCAAGGTAGAGCAAGGCCCAGTATAGCAAAACTTTACAACTGGAGATACAGGCAATTAGGTGATCTGTCATATGTGCAAAAAGAGCTGGTGTTTCAACTTGCAAATACAGGTTTCTGCTATGA
ATATCAACTTGTAGATGTCCCTGATCACCGTGGTATGGGTGAATCTGCACCTGTTCCATGGTTTTATCAAAACCTTGGTGAAGCAGAATATGTTGTGAGTGTTTATATGTACATGCGATTACTAGGCTACCCTGCAAGCAAAATATCAATCTTGACTACTTACAATGGTCAAAAGCACTTGATTCGTGATGTGATTAGAC
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