sp|O81416|GUN17_ARATH ----> Endoglucanase 17

Intron 1 GTATTTTAAT ... GTTGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.53	26	57	52
A2	68.34	16	28.7	41
A3	62.17	26	51	35
A4	56.14	17	26.7	17
A5	59.43	15	28.3	16
A6	69.28	178	399.7	408
A7	67.86	278	645.7	537
A8	68.36	415	866.7	936
A9	67.28	228	428	517
A10	73.45	151	432.7	407

>TRINITY_DN118228_c0_g1_i11 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTAACAAGATGCAGTTATGGCGGCGTTCTTCCTGTCATCGCCGTTGTATGCCGTCTGGAGAGTTAGTTACGCATGTGTGAGTTAGATAAATACGTGGTGACTAACGGTTCAGAGAGAACGACAGCTTCTTCCCGATGAAGAGACCTCAGCCTGGTGTTTTTATCATTTCTATTCGCTGAGGGTTTTCGAGAGGTCGAGG
CCATGCTGAAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCTATGCTGAAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAGGTCACCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCCATGCTAAAGGAGGATTTGTTGCAAGCGCATTCGCCTAGATCGATGCGATTGAGAGAGATAACGCCCTCTTACTGTGTCCTGCGCGGATATTATTCA
GATCTTTTATTTTTGATATTATTCAGATCTTTTATTTTTGTTGATATTGGTTTGATGTTTGAATGTTAAAATGCATACAGTCATATGCTTGATCTCACTCAAGTCGAATCACGATGCAGAGCAGAGCACGGTTATCCCTGACATGCGAGGAGGCGAGAACATTCTAACGGTTTGACGAATGTAAAAATGTCGGATGCTCC
CCATACCAGCAGAATTGGCTCCATTTCTTATAACCCCGTGACGGGTTCGACAATACGATGCTCCCCATACCAGCAGAATTCGATCCATGTCATATAACCCCGTGGCGGTATTTTAATTCACAATATTTCTGGTAGAATGTGTTCTCTGCTTGTAATTTTTACTTACGGTTTTCGTAGAATATGGAACTATGAGGAATTTG
GTGAAATCGCCCAAATTCAAATTTCACATAGCTGCGGTCTATTTTAATTATTATGATCTCTTTAAATTATTATTTCGGTGTTGATAACCTTCTTATCCAACGAATGCAACGATATTCCTTGCTTTCTTCCATAATAAAATTTTAGTGAACTAATAAGTAATGGCTATCTTTTTTTAGGACTCATTGGACAATGCTCGGGT
GACATTCTTCTTATCCCTGCT

>TRINITY_DN118228_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTAACAAGATGCAGTTATGGCGGCGTTCTTCCTGTCATCGCCGTTGTATGCCGTCTGGAGAGTTAGTTACGCATGTGTGAGTTAGATAAATACGTGGTGACTAACGGTTCAGAGAGAACGACAGCTTCTTCCCGATGAAGAGACCTCAGCCTGGTGTTTTTATCATTTCTATTCGCTGAGGGTTTTCGAGAGGTCGAGG
CCATGCTGAAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCTATGCTGAAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAGGTCACCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCCATGCTAAAGGAGGATTTGTTGCAAGCGCATTCGCCTAGATCGATGCGATTGAGAGAGATAACGCCCTCTTACTGTGTCCTGCGCGGATATTATTCA
GATCTTTTATTTTTGATATTATTCAGATCTTTTATTTTTGTTGATATTGGTTTGATGTTTGAATGTTAAAATGCATACAGTCATATGCTTGATCTCACTCAAGTCGAATCACGATGCAGAGCAGAGCACGGTTATCCCTGACATGCGAGGAGGCGAGAACATTCTAACGGTTTGACGAATGTAAAAATGTCGGATGCTCC
CCATACCAGCAGAATTGGCTCCATTTCTTATAACCCCGTGACGgtattttaattcacaatattattgacagaatgtgctctcctcttgtaattttaacttaggcttttcgtagaatatggaacttgaggagtttggtggagatccccaaaattcaaatttcacatattgttgttttagGGTTCGACAATACGATGCTCCC
CATACCAGCAGAATTCGATCCATGTCATATAACCCCGTGGCGGTATTTTAATTCACAATATTTCTGGTAGAATGTGTTCTCTGCTTGTAATTTTTACTTACGGTTTTCGTAGAATATGGAACTATGAGGAATTTGGTGAAATCGCCCAAATTCAAATTTCACATAGCTGCGGTCTATTTTAATTATTATGATCTCTTTAA
ATTATTATTTCGGTGTTGATAACCTTCTTATCCAACGAATGCAACGATATTCCTTGCTTTCTTCCATAATAAAATTTTAGTGAACTAATAAGTAATGGCTATCTTTTTTTAGGACTCATTGGACAATGCTCGGGTGACATTCTTCTTATCCCTGCT

Intron 2 ATAACGCCCT ... AAATGCATAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.16	42	76	68
A2	64.71	39	77	66
A3	60.58	54	99	67
A4	69.66	27	63	61
A5	68.49	23	54	46
A6	51.78	475	533	487
A7	54.92	657	851	750
A8	56.79	576	763	751
A9	49.67	613	571	639
A10	55.76	515	697	601

>TRINITY_DN107900_c0_g3_i3 from sample A5 / Example spliced isoform

AAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAGGTCACCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCCATGCTAAAGGAGGATTTGTTGCAAGCGCATTCGCCTAGATCGATGCGATTAAGAGAGAGTCATATGCTTGATCTCACTCAAGTCGAATCACGATGCAGAGCAGAGCACGGTTATCCCTGACATGCGAGGAGGCGAGAACATTCTAA
CGGTTTGACGAATGTAAAAATGTCGGATGCTCCCCATACCAGCAGAATTGGCTCCATTTCTTATAACCCCGTGACGGTATTTTAATTCACAATATTATTGACAGAATGTGCTCTCCTCTTGTAATTTTAACTTAGGCTTTTCGTAGAATATGGAACTTGAGGAGTTTGGTGGAGATCCCCAAAATTCAAATTTCACATAT
TGTTGTTTTAGGGTTCGACAATACGATGCTCCCCATACCAGCAGAATTGGCTCCATTTCTTATAACCCCGTGACGGTATTTTAATTCACAATATTATTGACAGAATGTGTTCTCTTCTTGTAATTTTAACTTAGGCTCCTCGTAGAATATGGAACCTGAGGAATTTGGTGGTTTAATTATTATGATCTTTTTTAATTTTA
ACCGTCTTATCCAACGAACGAAACGATATTCCTCGATCCATGTCATATAACCCCGTGGCGGTATTTTAATTCACAATATTTCTGGTAGAATGTGTTCTCTGCTTGTAATTTTTACTTACGGTTTTCGTAGAATATGGAACTATGAGGAATTTGGTGAAATCGCCCAAATTCAAATTTCACATAGCTGCGGTCTATTTTAA
TTATTATGATCTCTTTAAATTATTATTTCGGTGTTGATAACCTTCTTATCCAACGAATGCAACGATATTCCTTGCTTTCTTCCATAATAAAATTTTAGTGAACTAATAAGTAATGGCTATCTTTTTTT

>TRINITY_DN107900_c0_g3_i4 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAGGTCACCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCCATGCTAAAGGAGGATTTGTTGCAAGCGCATTCGCCTAGATCGATGCGATTAAGAGAGataacgccctcttactgtgtcctgcgcggatattattcagatcttttatttttgatattattcagatcttttatttttgttgatattgg
tttgatgtttgaatgttaaaatgcatacAGTCATATGCTTGATCTCACTCAAGTCGAATCACGATGCAGAGCAGAGCACGGTTATCCCTGACATGCGAGGAGGCGAGAACATTTTAATGTCCTTCCTAAATCTAACGGTTTGACGAATGTAAAAATGTCGGATGCTCCCCATACCAGCAGAATTGGCTCCATTTCTTATA
ACCCCGTGACGGTATTTTAATTCACAATATTATTGACAGAATGTGCTCTCCTCTTGTAATTTTAACTTAGGCTTTTCGTAGAATATGGAACTTGAGGAGTTTGGTGGAGATCCCCAAAATTCAAATTTCACATATTGTTGTTTTAGGGTTCGACAATACGATGCTCCCCATACCAGCAGAATTGGCTCCATTTCTTATAA
CCCCGTGACGGTATTTTAATTCACAATATTATTGACAGAATGTGTTCTCTTCTTGTAATTTTAACTTAGGCTCCTCGTAGAATATGGAACCTGAGGAATTTGGTGGTTTAATTATTATGATCTTTTTTAATTTTAACCGTCTTATCCAACGAACGAAACGATATTCCTCGATCCATGTCATATAACCCCGTGGCGGTATT
TTAATTCACAATATTTCTGGTAGAATGTGTTCTCTGCTTGTAATTTTTACTTACGGTTTTCGTAGAATATGGAACTATGAGGAATTTGGTGAAATCGCCCAAATTCAAATTTCACATAGCTGCGGTCTATTTTAATTATTATGATCTCTTTAAATTATTATTTCGGTGTTGATAACCTTCTTATCCAACGAATGCAACGA
TATTCCTTGCTTTCTTCCATAATAAAATTTTAGTGAACTAATAAGTAATGGCTATCTTTTTTT

Intron 3 GTAAATTCAT ... TTGCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.31	37.3	29	8
A2	61.66	17.3	27	3
A3	50.17	12.1	12	4
A4	76.78	9.4	31	19
A5	28.49	14.6	5.7	5
A6	51.92	119.4	127.7	39
A7	43.84	236.4	181.1	39
A8	46.98	218.1	189.7	51
A9	45.22	140.6	114	32
A10	48.05	148.3	136	80

>TRINITY_DN121393_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GGCGTCTGGAGAGTTAGTTACTCATGAGTGAGTTAGATAAATACGTGGTGACTAACCGTTCGGAGAGAACGACAGCTTCTTCCTGATGTAGAGACCTCAGCCTGGTGTTTTTATCATTTCTATTCGCTGAGGGTTTTCGAGAGGTCCAGGCCATGCTGAAGGAGGTCGCCAAAGGTTTTCAAGATGTCGAGGCCATGCTG
AAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCTATGCTGAAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAGGTCACCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCCATGCTGGAGGAGGATTTGTTGCAAGAGCATTCGCCTAGATCGATGGGATTGAGAGAGTCAAGGCGAATCACGATGCAGAGCAGAGCGCGGTTATCCCTGACATG
CGAGGAGGCGAGAACATTATCACATCAAGATTATAAACCCCTTGATGAACACAAGGGCCACGCCGACAACTTTATTTGCTCTCTCTTGCCGGGAACACCATCTTCGCAGGCGCAGTGCACATTTACACTAATTTATTTTATTTTAGTTTTGCAGGTGGACTGCTCTTCCAAATGAGTGATAGCAATTTGTAATATGTGAC
GTCCACCACTTTCCTGCTTTTCACTTATGCAAAATACTTAGGCGTTTCCAAGCAAGTGTTGAAATGCGGGAACATCATAGCCACTCCAACCCGAATACGTACTCTTGCAAAAAGACAATCACTGAGGAGTGACCGTTATATAAATATGGATTTGAGGTGCAAAGGGTGCTGTTAGCCTTGCTGCTGATGATCATTTTATA
AATTGTATTTCTTAACACGTGGACTACATACTAGGAGACAACCCACTGCGAATGTCAAATATGGTGGTTTACGGTGCCAAGTTTCCACAGCATATACATCACAGGGGCTCGTCGTTTCCTTCCATTTACAACCACCTCCAAACCATTCCCTGCAACGATGGACTTACATCTGGTAGCATGGCACATTTGTTGTTTTAAAT
GTTTTAAAACTATTGGCCG

>TRINITY_DN121393_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGCGTCTGGAGAGTTAGTTACTCATGAGTGAGTTAGATAAATACGTGGTGACTAACCGTTCGGAGAGAACGACAGCTTCTTCCTGATGTAGAGACCTCAGCCTGGTGTTTTTATCATTTCTATTCGCTGAGGGTTTTCGAGAGGTCCAGGCCATGCTGAAGGAGGTCGCCAAAGGTTTTCAAGATGTCGAGGCCATGCTG
AAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCTATGCTGAAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAGGTCACCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCCATGCTGGAGGAGGATTTGTTGCAAGAGCATTCGCCTAGATCGATGGGATTGAGAGAGATAACGCCCTCTTACTGTGTCCTGCGCGGATATTATTCAGATCTTCT
CTTTTTGTTGATATTGGTTTGATGTTTGAATGTTAAAATGGATAAAGTCATATGCAGGATCTCACTCAAGGCGAATCACGATGCAGAGCAGAGCGCGGTTATCCCTGACATGCGAGGAGGCGAGAACATTATCACgtaaattcatgcttctttttctcatttcgatttgtgtccacccgtccctattatttgatttctca
aaccttattttaatatctgtttctatttgctttcctatctctttgacatctatgtattgcgattgttgctttcagATCAAGATTATAAACCCCTTGATGAACACAAGGGCCACGCCGACAACTTTATTTGCTCTCTCTTGCCGGGAACACCATCTTCGCAGGCGCAGTGCACATTTACACTAATTTATTTTATTTTAGTT
TTGCAGGTGGACTGCTCTTCCAAATGAGTGATAGCAATTTGTAATATGTGACGTCCACCACTTTCCTGCTTTTCACTTATGCAAAATACTTAGGCGTTTCCAAGCAAGTGTTGAAATGCGGGAACATCATAGCCACTCCAACCCGAATACGTACTCTTGCAAAAAGACAATCACTGAGGAGTGACCGTTATATAAATATG
GATTTGAGGTGCAAAGGGTGCTGTTAGCCTTGCTGCTGATGATCATTTTATAAATTGTATTTCTTAACACGTGGACTACATACTAGGAGACAACCCACTGCGAATGTCAAATATGGTGGTTTACGGTGCCAAGTTTCCACAGCATATACATCACAGGGGCTCGTCGTTTCCTTCCATTTACAACCACCTCCAAACCATTC
CCTGCAACGATGGACTTACATCTGGTAGCATGGCACATTTGTTGTTTTAAATGTTTTAAAACTATTGGCCG

Intron 4 GTCCTGCGCG ... ATGCATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	20	69
A2	100	0	6	59
A3	100	0	25	63.5
A4	100	0	7	56.5
A5	100	0	20	44.5
A6	100	0	135	454.5
A7	100	0	197	695
A8	99.69	2	184	673
A9	100	0	125	565.5
A10	100	0	154	537

>TRINITY_DN121393_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

GGCGTCTGGAGAGTTAGTTACTCATGAGTGAGTTAGATAAATACGTGGTGACTAACCGTTCGGAGAGAACGACAGCTTCTTCCTGATGTAGAGACCTCAGCCTGGTGTTTTTATCATTTCTATTCGCTGAGGGTTTTCGAGAGGTCCAGGCCATGCTGAAGGAGGTCGCCAAAGGTTTTCAAGATGTCGAGGCCATGCTG
AAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCTATGCTGAAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAGGTCACCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCCATGCTAAAGGAGGATTTGTTGCAAGCGCATTCGCCTAGATCGATGCGCAAGCGCATTCGCCTAGATCGATGATTGCGATTTGCTCTCTCTTGTCGGGAACAACA
TCTTCGCAGGCGCAGTACACACCAGGTTAAGTTTCATGAGAACTAACAGTACTCGCGTTGAATAAATTTCATAGTGTTATGCAGCCCGGGCCGAGGATACTGGTTTAGTTTGGTTTGTACAGATCATATAGAAGAGAGATAACGCCCTCTTACTGTTCATATGCTTGATCTCACTCAAGGCGAATCACGATGCAGAGCAG
AGCGCGGTTATCCCTGACATGCGAGGAGGCGAGAACATTTTTACACTAATTTATTTTATTTTAGTTTTGCAGGTGGACTGCTCTTCCAAATGAGTGATAGCAATT

>TRINITY_DN121393_c0_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGCGTCTGGAGAGTTAGTTACTCATGAGTGAGTTAGATAAATACGTGGTGACTAACCGTTCGGAGAGAACGACAGCTTCTTCCTGATGTAGAGACCTCAGCCTGGTGTTTTTATCATTTCTATTCGCTGAGGGTTTTCGAGAGGTCCAGGCCATGCTGAAGGAGGTCGCCAAAGGTTTTCAAGATGTCGAGGCCATGCTG
AAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAAGATGTTCAGGCTATGCTGAAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAGGTCACCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCCATGCTAAAGGAGGATTTGTTGCAAGCGCATTCGCCTAGATCGATGCGCAAGCGCATTCGCCTAGATCGATGATTGCGATTTGCTCTCTCTTGTCGGGAACAACA
TCTTCGCAGGCGCAGTACACACCAGGTTAAGTTTCATGAGAACTAACAGTACTCGCGTTGAATAAATTTCATAGTGTTATGCAGCCCGGGCCGAGGATACTGGTTTAGTTTGGTTTGTACAGATCATATAGAAGAGAGATAACGCCCTCTTACTGTgtcctgcgcggatattattcagatcttttatttttgatattatt
cagatcttttatttttgttgatattggtttgatgtttgaatgttaaaatgcatacagTCATATGCTTGATCTCACTCAAGGCGAATCACGATGCAGAGCAGAGCGCGGTTATCCCTGACATGCGAGGAGGCGAGAACATTCTAACGTAAATTCATGCTTCTTTTTCTCATTTCGATTTGTGTCCAGCCGTCCCGATGACC
CTATTATTTGGTTTCTCAAACCTCATTTCAATATCTGTTTCTATTTGCTTTCTTATCTCCTTGACATTTGTGTATTGCGATTGTTGCTTTAGGGTTTGACGAATGTAAAAATGTCGGATGCTCCCCATACCAGCAGAATTGGCTCCATTTCTTATAACCCCGTGACGGTATTTTAATTCACAATATTATTGACAGAATGT
GCTCTCCTCTTGTAATTTTAACTTAGGCTTTTCGTAGAATATGGAACTTGAGGAGTTTGGTGGAGATCCCCAAAATTCAAATTTCACATATTGTTGTTTTAGGGTTCGACAATACGATGCTCCCCATACCAGCAGAATTCGATCCATGTCATATAACCCCGTGGCGGTATTTTAATTCACAATATTTCTGGTAGAATGTG
TTCTCTGCTTGTAATTTTTACTTACGGTTTTCGTAGAATATGGAACTATGAGGAATTTGGTGAAATCGCCCAAATTCAAATTTCACATAGCTGCGGTCTATTTTAATTATTATGATCTCTTTAAATTATTATTTCGGTGTTGATAACCTTCTTATCCAACGAATGCAACGATATTCCTTGCTTTCTTCCATAATAAAATT
TTAGTGAACTAATAAGTCATGGCTATCTTTTTTTTAGGACTCATTGGTTTACACTAATTTATTTTATTTTAGTTTTGCAGGTGGACTGCTCTTCCAAATGAGTGATAGCAATT

Intron 5 ATAACGCCCT ... AGGATCTCAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.5	44	116	60.5
A2	59.73	91	135	38
A3	69.85	60	139	28
A4	83.51	16	81	36.5
A5	61.26	43	68	16.5
A6	60.75	460	712	192
A7	63.73	725	1274	356
A8	64.92	601	1112	326
A9	63.14	474	812	245.5
A10	65.35	519	979	255.5

>TRINITY_DN121393_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GGCGTCTGGAGAGTTAGTTACTCATGAGTGAGTTAGATAAATACGTGGTGACTAACCGTTCGGAGAGAACGACAGCTTCTTCCTGATGTAGAGACCTCAGCCTGGTGTTTTTATCATTTCTATTCGCTGAGGGTTTTCGAGAGGTCCAGGCCATGCTGAAGGAGGTCGCCAAAGGTTTTCAAGATGTCGAGGCCATGCTG
AAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCTATGCTGAAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAGGTCACCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCCATGCTGGAGGAGGATTTGTTGCAAGAGCATTCGCCTAGATCGATGGGATTGAGAGAGTCAAGGCGAATCACGATGCAGAGCAGAGCGCGGTTATCCCTGACATG
CGAGGAGGCGAGAACATTATCACATCAAGATTATAAACCCCTTGATGAACACAAGGGCCACGCCGACAACTTTATTTGCTCTCTCTTGCCGGGAACACCATCTTCGCAGGCGCAGTGCACATTTACACTAATTTATTTTATTTTAGTTTTGCAGGTGGACTGCTCTTCCAAATGAGTGATAGCAATTTGTAATATGTGAC
GTCCACCACTTTCCTGCTTTTCACTTATGCAAAATACTTAGGCGTTTCCAAGCAAGTGTTGAAATGCGGGAACATCATAGCCACTCCAACCCGAATACGTACTCTTGCAAAAAGACAATCACTGAGGAGTGACCGTTATATAAATATGGATTTGAGGTGCAAAGGGTGCTGTTAGCCTTGCTGCTGATGATCATTTTATA
AATTGTATTTCTTAACACGTGGACTACATACTAGGAGACAACCCACTGCGAATGTCAAATATGGTGGTTTACGGTGCCAAGTTTCCACAGCATATACATCACAGGGGCTCGTCGTTTCCTTCCATTTACAACCACCTCCAAACCATTCCCTGCAACGATGGACTTACATCTGGTAGCATGGCACATTTGTTGTTTTAAAT
GTTTTAAAACTATTGGCCG

>TRINITY_DN121393_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGCGTCTGGAGAGTTAGTTACTCATGAGTGAGTTAGATAAATACGTGGTGACTAACCGTTCGGAGAGAACGACAGCTTCTTCCTGATGTAGAGACCTCAGCCTGGTGTTTTTATCATTTCTATTCGCTGAGGGTTTTCGAGAGGTCCAGGCCATGCTGAAGGAGGTCGCCAAAGGTTTTCAAGATGTCGAGGCCATGCTG
AAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCTATGCTGAAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAGGTCACCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCCATGCTGGAGGAGGATTTGTTGCAAGAGCATTCGCCTAGATCGATGGGATTGAGAGAGataacgccctcttactgtgtcctgcgcggatattattcagatcttct
ctttttgttgatattggtttgatgtttgaatgttaaaatggataaagtcatatgcaggatctcacTCAAGGCGAATCACGATGCAGAGCAGAGCGCGGTTATCCCTGACATGCGAGGAGGCGAGAACATTATCACGTAAATTCATGCTTCTTTTTCTCATTTCGATTTGTGTCCACCCGTCCCTATTATTTGATTTCTCA
AACCTTATTTTAATATCTGTTTCTATTTGCTTTCCTATCTCTTTGACATCTATGTATTGCGATTGTTGCTTTCAGATCAAGATTATAAACCCCTTGATGAACACAAGGGCCACGCCGACAACTTTATTTGCTCTCTCTTGCCGGGAACACCATCTTCGCAGGCGCAGTGCACATTTACACTAATTTATTTTATTTTAGTT
TTGCAGGTGGACTGCTCTTCCAAATGAGTGATAGCAATTTGTAATATGTGACGTCCACCACTTTCCTGCTTTTCACTTATGCAAAATACTTAGGCGTTTCCAAGCAAGTGTTGAAATGCGGGAACATCATAGCCACTCCAACCCGAATACGTACTCTTGCAAAAAGACAATCACTGAGGAGTGACCGTTATATAAATATG
GATTTGAGGTGCAAAGGGTGCTGTTAGCCTTGCTGCTGATGATCATTTTATAAATTGTATTTCTTAACACGTGGACTACATACTAGGAGACAACCCACTGCGAATGTCAAATATGGTGGTTTACGGTGCCAAGTTTCCACAGCATATACATCACAGGGGCTCGTCGTTTCCTTCCATTTACAACCACCTCCAAACCATTC
CCTGCAACGATGGACTTACATCTGGTAGCATGGCACATTTGTTGTTTTAAATGTTTTAAAACTATTGGCCG

Intron 6 GTAAATTCAT ... GTTGCTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.52	68.8	28.4	31.1
A2	24.51	64.6	27.8	13.4
A3	28.79	68.8	18.8	35
A4	37.58	47.5	28.3	27.6
A5	22.97	46.1	7.7	18.5
A6	23.49	591.2	161	190.8
A7	23.01	920	216	313.8
A8	22.07	1081.2	230.5	352.3
A9	17.19	755.1	144.2	159.7
A10	25.07	642.1	176	243.5

>TRINITY_DN121393_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

GGCGTCTGGAGAGTTAGTTACTCATGAGTGAGTTAGATAAATACGTGGTGACTAACCGTTCGGAGAGAACGACAGCTTCTTCCTGATGTAGAGACCTCAGCCTGGTGTTTTTATCATTTCTATTCGCTGAGGGTTTTCGAGAGGTCCAGGCCATGCTGAAGGAGGTCGCCAAAGGTTTTCAAGATGTCGAGGCCATGCTG
AAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAAGATGTTCAGGCTATGCTGAAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAGGTCACCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCCATGCTAAAGGAGGATTTGTTGCAAGCGCATTCGCCTAGATCGATGCGCAAGCGCATTCGCCTAGATCGATGATTGCGATTTGCTCTCTCTTGTCGGGAACAACA
TCTTCGCAGGCGCAGTACACACCAGGTTAAGTTTCATGAGAACTAACAGTACTCGCGTTGAATAAATTTCATAGTGTTATGCAGCCCGGGCCGAGGATACTGGTTTAGTTTGGTTTGTACAGATCATATAGAAGAGAGATAACGCCCTCTTACTGTGTCCTGCGCGGATATTATTCAGATCTTTTATTTTTGATATTATT
CAGATCTTTTATTTTTGTTGATATTGGTTTGATGTTTGAATGTTAAAATGCATACAGTCATATGCTTGATCTCACTCAAGGCGAATCACGATGCAGAGCAGAGCGCGGTTATCCCTGACATGCGAGGAGGCGAGAACATTCTAACGGTTTGACGAATGTAAAAATGTCGGATGCTCCCCATACCAGCAGAATTGGCTCCA
TTTCTTATAACCCCGTGACGGTATTTTAATTCACAATATTATTGACAGAATGTGCTCTCCTCTTGTAATTTTAACTTAGGCTTTTCGTAGAATATGGAACTTGAGGAGTTTGGTGGAGATCCCCAAAATTCAAATTTCACATATTGTTGTTTTAGGGTTCGACAATACGATGCTCCCCATACCAGCAGAATTCGATCCAT
GTCATATAACCCCGTGGCGGTATTTTAATTCACAATATTTCTGGTAGAATGTGTTCTCTGCTTGTAATTTTTACTTACGGTTTTCGTAGAATATGGAACTATGAGGAATTTGGTGAAATCGCCCAAATTCAAATTTCACATAGCTGCGGTCTATTTTAATTATTATGATCTCTTTAAATTATTATTTCGGTGTTGATAAC
CTTCTTATCCAACGAATGCAACGATATTCCTTGCTTTCTTCCATAATAAAATTTTAGTGAACTAATAAGTCATGGCTATCTTTTTTTTAGGACTCATTGGTTTACACTAATTTATTTTATTTTAGTTTTGCAGGTGGACTGCTCTTCCAAATGAGTGATAGCAATT

>TRINITY_DN121393_c0_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGCGTCTGGAGAGTTAGTTACTCATGAGTGAGTTAGATAAATACGTGGTGACTAACCGTTCGGAGAGAACGACAGCTTCTTCCTGATGTAGAGACCTCAGCCTGGTGTTTTTATCATTTCTATTCGCTGAGGGTTTTCGAGAGGTCCAGGCCATGCTGAAGGAGGTCGCCAAAGGTTTTCAAGATGTCGAGGCCATGCTG
AAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAAGATGTTCAGGCTATGCTGAAGGAGGTCGCCGAGGGTTTTCAGGTCACCGAGGGTTTTCAAGATGTCCAGGCCATGCTAAAGGAGGATTTGTTGCAAGCGCATTCGCCTAGATCGATGCGCAAGCGCATTCGCCTAGATCGATGATTGCGATTTGCTCTCTCTTGTCGGGAACAACA
TCTTCGCAGGCGCAGTACACACCAGGTTAAGTTTCATGAGAACTAACAGTACTCGCGTTGAATAAATTTCATAGTGTTATGCAGCCCGGGCCGAGGATACTGGTTTAGTTTGGTTTGTACAGATCATATAGAAGAGAGATAACGCCCTCTTACTGTGTCCTGCGCGGATATTATTCAGATCTTTTATTTTTGATATTATT
CAGATCTTTTATTTTTGTTGATATTGGTTTGATGTTTGAATGTTAAAATGCATACAGTCATATGCTTGATCTCACTCAAGGCGAATCACGATGCAGAGCAGAGCGCGGTTATCCCTGACATGCGAGGAGGCGAGAACATTCTAACgtaaattcatgcttctttttctcatttcgatttgtgtccagccgtcccgatgacc
ctattatttggtttctcaaacctcatttcaatatctgtttctatttgctttcttatctccttgacatttgtgtattgcgattgttgctttagGGTTTGACGAATGTAAAAATGTCGGATGCTCCCCATACCAGCAGAATTGGCTCCATTTCTTATAACCCCGTGACGGTATTTTAATTCACAATATTATTGACAGAATGT
GCTCTCCTCTTGTAATTTTAACTTAGGCTTTTCGTAGAATATGGAACTTGAGGAGTTTGGTGGAGATCCCCAAAATTCAAATTTCACATATTGTTGTTTTAGGGTTCGACAATACGATGCTCCCCATACCAGCAGAATTCGATCCATGTCATATAACCCCGTGGCGGTATTTTAATTCACAATATTTCTGGTAGAATGTG
TTCTCTGCTTGTAATTTTTACTTACGGTTTTCGTAGAATATGGAACTATGAGGAATTTGGTGAAATCGCCCAAATTCAAATTTCACATAGCTGCGGTCTATTTTAATTATTATGATCTCTTTAAATTATTATTTCGGTGTTGATAACCTTCTTATCCAACGAATGCAACGATATTCCTTGCTTTCTTCCATAATAAAATT
TTAGTGAACTAATAAGTCATGGCTATCTTTTTTTTAGGACTCATTGGTTTACACTAATTTATTTTATTTTAGTTTTGCAGGTGGACTGCTCTTCCAAATGAGTGATAGCAATT