NA ----> NA

Intron 1 GTGTGCATGA ... GATTATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.86	13	11	24
A2	77.27	10	11	34
A3	68.33	19	17	41
A4	60.61	13	15	20
A5	77.78	6	8	21
A6	86.22	31	43	194
A7	82.8	103	115	496
A8	84.37	83	111	448
A9	82.65	59	65	281
A10	87.56	51	65	359

>TRINITY_DN105518_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

CATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGTAAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTATGTTTTGGAAC
TTTATTTTTTATTTGTTTCCTGGTTTATTTCTTTGAACTTAATTGGAATGGTTAATCTCTCAGTCTATTGATGTAGAAAGTAGATTATATATATCTATATATGTTGAAAAAGTACCACTGCAATGACTTTGTGGTGTTGTGTTATGCAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTG
CATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGTAGATGAAATGGAGGATTTTTGACAAAAAGTGTCACATAAAATAAAAGAAAGATGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATTTAGGAGATTTCAAT
CTCATTTTTTGAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGTAACACAAGACTCATACATAAATAAAATGATACAATTTTTTT

>TRINITY_DN105518_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGTAATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTA
AGGTATGTTTTGGAACTTTATTTTTTATTTGTTTCCTGGTTTATTTCTTTGAACTTAATTGGAATGGTTAATCTCTCAGTCTATTGATGTAGAAAGTAGATTATATATATCTATATATGTTGAAAAAGTACCACTGCAATGACTTTGTGGTGTTGTGTTATGCAGgtgtgcatgaaaacatggttatggcatgaaggtag
ttgtattgttgaaatgcatatcaaaagaggattattaagGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGTAGATGAAAT
GGAGGATGTTAGACAAAAAGTGTTACATAAAATAAAAGAAAGATGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATTTATGAGATTTGAATCTCATTTTTTAAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGTAACACAAGACTCATACATAAATAAAATGATACAATTTTTTTATGAGAGAAAGGGCTAAGCCCTTTCTCAAA
TCTCTCAAGGATAGCCATGGCCAAAGCTATCTTTGGGAAGTGTATTCTTATGGTTTGATTTAGTTTGGGTTTTTTAGATTTTTAACTTTTATTTTGTTATTTAATTTTTAATGTATGTTATTTATTCAAGG

Intron 2 GTAGTTGTAT ... TGGCATGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65	7	8	13
A2	55.56	8	3	10
A3	64.29	10	5	18
A4	66.67	2	9	4
A5	50	1	3	1
A6	52.5	19	6	21
A7	46.05	82	13	70
A8	53	47	2	53
A9	41.76	53	8	38
A10	42.55	54	6	40

>TRINITY_DN105518_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

CATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGTAAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTATGTTTTGGAAC
TTTATTTTTTATTTGTTTCCTGGTTTATTTCTTTGAACTTAATTGGAATGGTTAATCTCTCAGTCTATTGATGTAGAAAGTAGATTATATATATCTATATATGTTGAAAAAGTACCACTGCAATGACTTTGTGGTGTTGTGTTATGCAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTG
CATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGTAGATGAAATGGAGGATTTTTGACAAAAAGTGTCACATAAAATAAAAGAAAGATGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATTTAGGAGATTTCAAT
CTCATTTTTTGAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGTAACACAAGACTCATACATAAATAAAATGATACAATTTTTTT

>TRINITY_DN105518_c0_g1_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAG
GTATGTTTTGGAACTTTATTTTTTATTTGTTTCCTGGTTTATTTCTTTGAACTTAATTGGAATGGTTAATCTCTCAGTCTATTGATGTAGAAAGTAGATTATATATATCTATATATGTTGAAAAAGTACCACTGCAATGACTTTGTGGTGTTGTGTTATGCAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGgtagtt
gtattgttgaaatgcatatcaaaagaggattattaaggtgtgcatgaaaacatggttagtatgttttgagaataaatttgggccatgaatactttggcatgaagGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGT
GCATATCAAATGAAGATTATTAAGTTAGATGATATTTCATGACATGAGTCACTAATGTTTCTGTTTTATTAGTTTGTCTTTTAAAATATAGATATTGTTTTCACATCATCACCATGCTAGATGTCTGATATCAATATTATAAGAAATAATTTACTAACTTTTATTGTGGATAATTTAGTTGTTATTTATTTTTTATTATA
TTTTAAATAAATTTTAGTTTTATTTTGTTATTTATTATCTTCAAAAACAATATTAATTTATTGATTAATATTTTTTGTGTTTTCAGTATAGATGAAATGGAGGATGTTAGACAAAAAGTGTTACATAAAATAAAAGAAAGATGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATTTATGAGATTTGAATCTCATTTTTTAA
ACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGTAACACAAGACTCATACATAAATAAAATGATACAATTTTTTTATGAGAGAAAGGGCTAAGCCCTTTCTCAAATCTCTCAAGGATAGCCATGGCCAAAGCTATCTTTGGGAAGTGTATTCTTATGGTTTGATTTAGTTTGGGTTTTTTAGATTTTTAACTTTTATTTTGTTATTT
AATTTTTAATGTATGTTATTTATTCAAGG

Intron 3 GTATGTTTTG ... TGTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.21	28	3	11
A2	26.32	28	8	10
A3	27.42	45	0	17
A4	40.54	22	4	15
A5	44.44	10	1	8
A6	31.71	84	2	39
A7	37	189	18	111
A8	36.92	176	4	103
A9	31.53	139	3	64
A10	24.89	172	10	57

>TRINITY_DN105518_c0_g1_i14 from sample A4 / Example spliced isoform

CATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGTAAAAGGAGCAAGTGCGAAGCCATTTAGTTACGAGTCACGCGAAGAGGAAGTGC
GGATAATTTAGGGCCACGACCAAGCCGAGCAAAGAACAGAAGTGCCGGAAAATTTACACAGATGAGATGAGGGATTCAAATGCATTTCTTAACATTCCAAATAATGGACATCATTGAAGACCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATGTGCTATGAATTTCAGGGGCCGACAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATAC
GTTGTGAATTTCAGGGCCCCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTGAATTTCAGGGGCCCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATAGGCTGTGAATTTCAAATGTCCCTGAATTTCAGATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTATGTTTTGGAACTTT
ATTTTTTATTTGTTTCCTGGTTTATTTCTTTGAACTTAATTGGAATGGTTAATCTCTCAGTCTATTGATGTAGAAAGTAGATTATATATATCTATATATGTTGAAAAAGTACCACTGCAATGACTTTGTGGTGTTGTGTTATGCAGGTGTGCATGAAAACATGGTTAACATATCAAATGAAAGATTATTAAGTGGCATGA
AGGTAGTTGTATTGTTGAAATGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGTAGA
TCAAGTGGAGGTTGTTGGACAAAGAGTGTCACATTAAAGGAAAGATGGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATTTATGAGATTTGAATCTCATTTTTTAAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGTAACACAAGACTCATACATAAATAAAATGATACAATTTTTTTTATGAGAGAAAGGGCTAAGCCCTTTCT
CAAATCTCTCAAGGATAGCCATGGCCAAAGCTATCTTTGGGAAGTGTATTCTTATGGTTTGATTTAGTTTGGGTTTTTTAGATTTTTAACTTTTATTTTGTTATTTAATTTTTAATGTATGTTATTTATTCAAGG

>TRINITY_DN105518_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GATGGCTGGCTAGCGCTGGCTTGAGCAATGAAAGGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAG
AGGATTATTAAGgtatgttttggaactttattttttatttgtttcctggtttatttctttgaacttaattggaatggttaatctctcagtctattgatgtagaaagtagattatatatatctatatatgttgaaaaagtaccactgcaatgactttgtggtgttgtgttatgcagGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGC
ATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAATGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAG