sp|Q93V84|FLXL1_ARATH ----> Protein FLX-like 1

Intron 1 GTAGTTTCTT ... CAACTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.6	39	18	7
A2	17.65	47.7	10.7	12
A3	26.91	29.3	11.2	6
A4	17.27	15.7	3.7	4
A5	25.12	9	3	4
A6	4.56	54	3.8	1
A7	8	98.3	11.3	5
A8	5.16	79.2	5.7	5
A9	3.56	101.8	5.2	11
A10	4.85	77.7	6.2	0

>TRINITY_DN133129_c5_g3_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TACCTCTAGATGCCAGGGTCTGCGTTATAGAGTGTCCAACACTGGCATCTGGTTAATCGGACTATTCTATGAGGGGTAGTTTCTCTAGTTTCAATCTGATTATGCTATAAGGGGTTTGTACCTCTAGATGCCAGGGTCTGCGTTATAGAGTGTCCAACACTGGCATCTGGTTAATCGGACTATTCTATGAGGGGTAGTTT
CTCTAGTTTCAATCTGATTATGCTATAAGGGGTTTGTACCTCTAGATGCCAGGGTCTGCTTGTGCATGTTTCTTTTTTCTTTGATTAGGATCTTTCTTTTCATTCCAAATTTTTTATTATTTAAACTGAAATCCTCAGGCTTTTCATGGAGTGGAAGTGCCTTTAGTTTCAATCTGATTATATCAATGACTTGTTGCTCT
AGATTCCAGGGTCTGCTTTGTGCAAGCTCTTTCTCGCTCCCTCTGATTAGGATCAGTCTTTTTAATCCAAAATTTCTGCTTGAACTGAAAACATCAATCCAAGACTACGGGTTGTTACTGTTAACTACTCTAATGTGTTTGGAACTATCTAAAACCTCTGCTTTAAGGGCCATTATTAGAAATTACTAGGAAACTTTAGA
CCTTGGTGCTACAACTGATTAGATTTAACATCCTTTTGATTGTTTAATTAATATTCTTACTTTTGCTCAGCTAATCTCACTTATTATAGGGGATGAAAACATTTAATCTCAAAATAAAATGTCGAGGTCTTTACAGTTTGTCAAGTATGGAAGTGCTTGCAAACATAAAGTGGATGCAGCTGGGATTTTCCTGTTGTAAT
TTTTTGTCCATTATGTCTACTATTTCTGTTAGGTTTTTTTATTTGTTGATAGAGTAGAATATTGTTTTTCTTAAATGTGATATCTTGTAGGAAATTCAAATATGTTGAGAATATCCAACTTTATGGTGAACTTTTATTTATACAATGAATACCATAAATGTTTCTATTTCACTTGTTTTTTTTGTAGTTTTGCTTACAAT
TTTTTTATTGTACCAGCCATTCAGGTCATGGGGTCCTAACCTATTGGTTCCAGGGATATATCTCAGTGCATGAAGAAAATTGTCACAACTAGGGTATGGTGGGCTAATTTATATTATTCAAGGAATTACCTCACTATATGAAAAAATATGGGGCTGAAAAAATATGGGGCCATTAGGTTGTTGGGAGACTGGAAAGAGCA
AGAGCAGGATCTGCAATTTATTGCAGACCTGCAGCAAGCTCAGAAAAAGGAGGGTCCGAAGGTGAAAGGAGGCTTGAAAGATGGTGGGATGTATGGGGGAAAGGGCAGCAAAGGTAGGAAAGGAGGAGGATCTGAGATATGTAACGTCCCTTTTTCAATTTTTATAAAAATGCTCAATTTTCCAATTTTTCCCCAATTTC
AACATTTGACTAGTTTTGCTGTTTTGGCCTCCAAATTAACCCAAATGCTCCCAAATCTTCTGTAAGGGTATATGAATGATATTTAGACTTGAATATTAGGTTCAGGGATGTGTTATGGTCTTCCAAAGACTTCTGAAAACTTGATTTATATTCTGACCAATATATGCAATTTTGACTAGTAATTTGTGCATTAAATCTCC
CCGGGGTAACACTGAAAAGGG

>TRINITY_DN133129_c5_g3_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TACCTCTAGATGCCAGGGTCTGCGTTATAGAGTGTCCAACACTGGCATCTGGTTAATCGGACTATTCTATGAGGGGTAGTTTCTCTAGTTTCAATCTGATTATGCTATAAGGGGTTTGTACCTCTAGATGCCAGGGTCTGCGTTATAGAGTGTCCAACACTGGCATCTGGTTAATCGGACTATTCTATGAGGGGTAGTTT
CTCTAGTTTCAATCTGATTATGCTATAAGGGGTTTGTACCTCTAGATGCCAGGGTCTGCTTGTGCATGTTTCTTTTTTCTTTGATTAGGATCTTTCTTTTCATTCCAAATTTTTTATTATTTAAACTGAAATCCTCAGGCTTTTCATGGAGTGGAAGTGCCTTTAGTTTCAATCTGATTATATCAATGACTTGTTGCTCT
AGATTCCAGGGTCTGCTTTGTGCAAGCTCTTTCTCGCTCCCTCTGATTAGGATCAGTCTTTTTAATCCAAAATTTCTGCTTGAACTGAAAACATCAATCCAAGACTACGGGTTGTTACTGTTAACTACTCTAATGTGTTTGGAACTATCTAAAACCTCTGCTTTAAGGGCCATTATTAGAAATTACTAGGAAACTTTAGA
CCTTGGTGCTACAACTGATTAGATTTAACATCCTTTTGATTGTTTAATTAATATTCTTACTTTTGCTCAGCTAATCTCACTTATTATAGGGGATGAAAACATTTAATCTCAAAATAAAATGTCGAGGTCTTTACAGTTTGTCAAGTATGGAAGTGCTTGCAAACATAAAGTGGATGCAGCTGGGATTTTCCTGTTGTAAT
TTTTTGTCCATTATGTCTACTATTTCTGTTAGGTTTTTTTATTTGTTGATAGAGTAGAATATTGTTTTTCTTAAATGTGATATCTTGTAGGAAATTCAAATATGTTGAGAATATCCAACTTTATGGTGAACTTTTATTTATACAATGAATACCATAAATGTTTCTATTTCACTTGTTTTTTTTGTAGTTTTGCTTACAAT
TTTTTTATTGTACCAGCCATTCAGGTCATGGGGTCCTAACCTATTGGTTCCAGGGATATATCTCAGTGCATGAAGAAAATTGTCACAACTAGgtagtttctttgcttcatattccccccctagaagtctatttatgcaaaaaattctcttttatagaaatgtctttgaataagtttacacacgagaaaacatccaattta
taaagaaatgccaatttgatatttttgcttgttgattgtttggtacgtttcaactttcagGGTATGGTGGGCTAATTTATATTATTCAAGGAATTACCTCACTATATGAAAAAATATGGGGCTGAAAAAATATGGGGCCATTAGGTTGTTGGGAGACTGGAAAGAGCAAGAGCAGGATCTGCAATTTATTGCAGACCTGC
AGCAAGCTCAGAAAAAGGAGGGTCCGAAGGTGAAAGGAGGCTTGAAAGATGGTGGGATGTATGGGGGAAAGGGCAGCAAAGGTAGGAAAGGAGGAGGATCTGAGATATGTAACGTCCCTTTTTCAATTTTTATAAAAATGCTCAATTTTCCAATTTTTCCCCAATTTCAACATTTGACTAGTTTTGCTGTTTTGGCCTCC
AAATTAACCCAAATGCTCCCAAATCTTCTGTAAGGGTATATGAATGATATTTAGACTTGAATATTAGGTTCAGGGATGTGTTATGGTCTTCCAAAGACTTCTGAAAACTTGATTTATATTCTGACCAATATATGCAATTTTGACTAGTAATTTGTGCATTAAATCTCCCCGGGGTAACACTGAAAAGGG

Intron 2 GTTGTTGGGA ... TTCAAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.76	38	40	52
A2	51.35	36	45	31
A3	58.56	23	27	38
A4	60.49	16	13	36
A5	52	6	5	8
A6	50.74	50	45	58
A7	43.66	120	62	124
A8	52.4	109	106	134
A9	50.36	102	88	119
A10	50	86	62	110

>TRINITY_DN133129_c5_g3_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

CCGGTCCAGGCTGCTGAAGAAGGTGGTGGTCAGTATGGGGCCGGAGCTGCTGCATGGGGAGCATATGAAATGCAGCATTCCCATCCATTCAGGTCATGGGGTCCTAATCTATTGGTTCCAGGGATATATCTCAGTGCATGAAGAAAATTGTCACAACTAGGGTATGGTGGGCTAATTTATATTATTCAAGGAATTACCTC
ACTATATGAAAAAATATGGGGCTGAAAAAATATGGGGCCATTAGTTGGCGTTGGATTTAACAAGATGCACTCTGTAATAGAAGATATTACAATGAACAGAGGAGTATCTAGGACAGAATATTGTTTTCGAAGTCTTGGGAGCTGTAAAATTCAGTGTTGCCATTTACACTTTCTTCGTCTGCCAATATGTGGGAGAACAT
GGTGATTCTAGTAATGCAAATTCGGACTTTACTTGAGGGACATGTTTCTCTGCTCAGACCAACATCTACTTGGAGTCCCTCCTGGAAAAAGCTGGGGTGATATATCTTAAAAGATGGAATGAAGAGGTCCCAGCCCACAAAGATTTATCAAGTGGGCTTCAGCCCCTCCTTGGATATTATTCAGTTTTGTGCAATCGTTT
TCTGGTCTTTTAAATCTGAAATGGAGCGAGAGTGCTAACCAAGTATCCATCAGAACGTTTCTGATTTATTTTCTTTATAGTCCACCACTTTTTGCTTGTAGCCACTGGCACTCATTAATGGTATGAGCAATGTCTTCCAAAATATCTAAGAAGCTGAAGTAGTGTAGCTATAGTAAACAAGCATATTGAGTCTCTTTGAC
AAACATGTGTCGATATCATTATATTAGACCCATTCTACGGAATTCATGTGCAGCAAAACCAGTGTGTAACTTCGACAATTTATTTACTAGTAGAATCTATTTTATTAACCAAAAAAATTGAACAAATTCAGATTCCAAGTCTGTGATGTCTGTTGCAGCAAAGGGCTTAAGAGGTTGTTGATCTTTTTGCCCTTTACGGG
AAAAATCAATCTCAGAATGATCTTGAGTTATCCTGAGGATATCCTCTGCATTTTTATGGAGGCGGTACATTGACTGCTCTTCTGAGAATGGATGGACAATGTTATTAAAATGTTTTTAGAGCAATTCACTTTTTTTAGTTTTATATATTGATATCGAGTTCATTTCACTACCTGAGACGGGACCAGGTAGGTTGATAACT
AGAATAAAGATAAAATATAATATTTGCTTTGTAGATGAAAAAAAGGTAAAATCACACTCACAACTAGCCCCTTGGACTACTCTCACAGTTAATTACACAACCACAGCTTCATGAAAGGACACAAAACAAAAGATACAATGGCGGTTACAAAGAGATTTAATAGATTAATTCATTCATATCAGTTTAGTTCGTCCAGCTTC
ATGTACAC

>TRINITY_DN133129_c5_g3_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TACCTCTAGATGCCAGGGTCTGCGTTATAGAGTGTCCAACACTGGCATCTGGTTAATCGGACTATTCTATGAGGGGTAGTTTCTCTAGTTTCAATCTGATTATGCTATAAGGGGTTTGTACCTCTAGATGCCAGGGTCTGCGTTATAGAGTGTCCAACACTGGCATCTGGTTAATCGGACTATTCTATGAGGGGTAGTTT
CTCTAGTTTCAATCTGATTATGCTATAAGGGGTTTGTACCTCTAGATGCCAGGGTCTGCTTGTGCATGTTTCTTTTTTCTTTGATTAGGATCTTTCTTTTCATTCCAAATTTTTTATTATTTAAACTGAAATCCTCAGGCTTTTCATGGAGTGGAAGTGCCTTTAGTTTCAATCTGATTATATCAATGACTTGTTGCTCT
AGATTCCAGGGTCTGCTTTGTGCAAGCTCTTTCTCGCTCCCTCTGATTAGGATCAGTCTTTTTAATCCAAAATTTCTGCTTGAACTGAAAACATCAATCCAAGACTACGGGTTGTTACTGTTAACTACTCTAATGTGTTTGGAACTATCTAAAACCTCTGCTTTAAGGGCCATTATTAGAAATTACTAGGAAACTTTAGA
CCTTGGTGCTACAACTGATTAGATTTAACATCCTTTTGATTGTTTAATTAATATTCTTACTTTTGCTCAGCTAATCTCACTTATTATAGGGGATGAAAACATTTAATCTCAAAATAAAATGTCGAGGTCTTTACAGTTTGTCAAGTATGGAAGTGCTTGCAAACATAAAGTGGATGCAGCTGGGATTTTCCTGTTGTAAT
TTTTTGTCCATTATGTCTACTATTTCTGTTAGGTTTTTTTATTTGTTGATAGAGTAGAATATTGTTTTTCTTAAATGTGATATCTTGTAGGAAATTCAAATATGTTGAGAATATCCAACTTTATGGTGAACTTTTATTTATACAATGAATACCATAAATGTTTCTATTTCACTTGTTTTTTTTGTAGTTTTGCTTACAAT
TTTTTTATTGTACCAGCCATTCAGGTCATGGGGTCCTAACCTATTGGTTCCAGGGATATATCTCAGTGCATGAAGAAAATTGTCACAACTAGGGTATGGTGGGCTAATTTATATTATTCAAGGAATTACCTCACTATATGAAAAAATATGGGGCTGAAAAAATATGGGGCCATTAGgttgttgggagactggaaagagca
agagcaggatctgcaatttattgcagacctgcagcaagctcagaaaaaggagggtccgaaggtgaaaggaggcttgaaagatggtgggatgtatgggggaaagggcagcaaagaattcaaaacagTTGGCGTTGGATTTAACAAGATGCACTCTGTAATAGAAGATATTACAATGAACAGAGGAGTATCTAGGACAGAAT
ATTGTTTTCGAAGTCTTGGGAGCTGTAAAATTCAGTGTTGCCATTTACACTTTCTTCGTCTGCCAATATGTGGGAGAACATGGTGATTCTAGTAATGCAAATTCGGACTTTACTTGAGGGACATGTTTCTCTGCTCAGACCAACATCTACTTGGAGTCCCTCCTGGAAAAAGCTGGGGTGATATATCTTAAAAGATGGAA
TGAAGAGGTCCCAGCCCACAAAGATTTATCAAGTGGGCTTCAGCCCCTCCTTGGATATTATTCAGTTTTGTGCAATCGTTTTCTGGTCTTTTAAATCTGAAATGGAGCGAGAGTGCTAACCAAGTATCCATCAGAACGTTTCTGATTTATTTTCTTTATAGTCCACCACTTTTTGCTTGTAGCCACTGGCACTCATTAAT
GGTATGAGCAATGTCTTCCAAAATATCTAAGAAGCTGAAGTAGTGTAGCTATAGTAAACAAGCATATTGAGTCTCTTTGACAAACATGTGTCGATATCATTATATTAGACCCATTCTACGGAATTCATGTGCAGCAAAACCAGTGTGTAACTTCGACAATTTATTTACTAGTAGAATCTATTTTATTAACCAAAAAAATT
GAACAAATTCAGATTCCAAGTCTGTGATGTCTGTTGCAGCAAAGGGCTTAAGAGGTTGTTGATCTTTTTGCCCTTTACGGGAAAAATCAATCTCAGAATGATCTTGAGTTATCCTGAGGATATCCTCTGCATTTTTATGGAGGCGGTACATTGACTGCTCTTCTGAGAATGGATGGACAATGTTATTAAAATGTTTTTAG
AGCAATTCACTTTTTTTAGTTTTATATATTGATATCGAGTTCATTTCACTACCTGAGACGGGACCAGGTAGGTTGATAACTAGAATAAAGATAAAATATAATATTTGCTTTGTAGATGAAAAAAAGGTAAAATCACACTCACAACTAGCCCCTTGGACTACTCTCACAGTTAATTACACAACCACAGCTTCATGAAAGGA
CACAAAACAAAAGATACAATGGCGGTTACAAAGAGATTTAATAGATTAATTCATTCATATCAGTTTAGTTCGTCCAGCTTCATGTACAC

Intron 3 GTAATTTCTC ... AGATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.69	49	2	7
A2	5.77	32.8	1	2
A3	31.4	38	4	17
A4	10.29	27.4	1	3
A5	31.27	13.4	0	6
A6	12.26	79	1	11
A7	7.48	149.6	1	12
A8	6.96	175.8	8	13
A9	4.94	135.8	0	7
A10	0	129.2	0	0

>TRINITY_DN133129_c5_g3_i13 from sample A1 / Example spliced isoform

TGCCCAAATCTTTGCCATCAAAACCCATTTTATTTAACAGTTTGGAGCCTTGGACCCAATTCCCTTTGTATGCCTTTCAAAATAGCCAATTTTATCATCTTCAATATCAGGTCCATTTTCAAAAGTATCATCAGAAGGAAATGGGGATGAGTTTCTGAAATGGGGACACGCTGGTAATGTGATCCCTTAAAATTTTGGAA
ATAGTGAAACATAATCAATATATATAGACTTCGTTTACCTACAGAGATCGGATGATGCGTGAGGGAGATTGCAATTCAAAGGCTCCACGCCTAAAAAAAGAAACTCCGCCCATAGAATGAAAGGACTGTATGGTCAGGGGAGGCAAAACACAGAGAATGACAACGAGATATCCCAATAAAAGAGATGTCGAGCAGAGGTT
GCAGGTTGAAACTGGTGAGGCATAGACAAGGAGTAACTGAGACTGAATGGATATGAATTAGAGTTTTCTTTGAAATGTCTAAATACCAGGGACTAAGTGGGATTAGGGAATAGAATTACTAGATTATATGATAGAGTTGGCAAGCAGACTGGAGGAGGGCAGAGAGCAGACTGAAGGCAGTCATGGGGTTAACAATAGCC
AGGGCTCTGATACCACTGTCAGGCCTTAGAAAAACTCCAATTTGTGGATTGAATTTTACTGATTATGAATGCCATATTAATACACGAGGAGAGGTGACCTTTGGCTTTTCACATTCCAAATGTATGTGACTCTTCAACTTATTCCTTAATAACTGAAAAACTGAAATTTTTACAATATTTTATAAATGGAACCTATGGAT
TAGGTTTCTAACATTTTCCATGCCAAAGGTTCTATTAAGATAAGAGGCTTGTTGAAGATGTTCTCACATTAAAGGGCTTTATGCTGAACTGTCTAAGTGGTGCAGTTGAGCCTAGCAGGTTATGTCCCTATAACTCTAACCTGGCCAATAATGTCTATACTGTAGATACATGTATTTAAAAGCTTGAGCGTGGCGACTTG
ATATTTCTGGTCTTACAACTGTCTTGAACTGCCTCAAAAAAATAAATGGCCATCTTGAAGTGAATGGTAGGTTTTTACTTTTGGGTGTTAGGTAATATTTATTATTCACAAGTGTTAAACTCAATATTTCAAAGCTGATTATATTTATTTTATTGTTAGACAGAAATGTCCCTTTCAGATTGCAGATACTCTGCAGAAAA
TATCATTTAGCATCAGGAAATATTGATAAGAATGGAAGTTGTATCTATAATACTAAATATAGTCCATTCTAGCATATTTATCTATAAATTTGAGGTTCATTTTTATGGGTAGTTGTATGAATATAGTGAATATGGTTAGATTTTATATGACAAAGCCTCAAAATAGTGCGGTCTTGAATGCTTGGCTCATTTTTTGGTTC
CTGCCTTTCTCACTCCTCTTTGTAGAATTCAAAACAGTTGGCGTTGGATTTAACAAGATGCACTCTGTAATAGAAGATATTACAATGAACAGAGGAGTATCTAGGACAGAATATTGTTTTCGAAGTCTTGGGAGCTGTAAAATTCAGTGTTGCCATTTACACTTTCTTCGTCTGCCAATATGTGGGAGAACATGGTGATT
CTAGTAATGCAAATTCGGACTTTACTTGAGGGACATGTTTCTCTGCTCAGACCAACATCTACTTGGAGTCCCTCCTGGAAAAAGCTGGGGTGATATATCTTAAAAGATGGAATGAAGAGGTCCCAGCCCACAAAGATTTATCAAGTGGGCTTCAGCCCCTCCTTGGATATTATTCAGTTTTGTGCAATCGTTTTCTGGTC
TTTTAAATCTGAAATGGAGCGAGAGTGCTAACCAAGTATCCATCAGAACGTTTCTGATTTATTTTCTTTATAGTCCACCACTTTTTGCTTGTAGCCACTGGCACTCATTAATGGTATGAGCAATGTCTTCCAAAATATCTAAGAAGCTGAAGTAGTGTAGCTATAGTAAACAAGCATATTGAGTCTCTTTGACAAACATG
TGTCGATATCATTATATTAGACCCATTCTACGGAATTCATGTGCAGCAAAACCAGTGTGTAACTTCGACAATTTATTTACTAGTAGAATCTATTTTATTAACCAAAAAAATTGAACAAATTCAGATTCCAAGTCTGTGATGTCTGTTGCAGCAAAGGGCTTAAGAGGTTGTTGATCTTTTTGCCCTTTACGGGAAAAATC
AATCTCAGAATGATCTTGAGTTATCCTGAGGATATCCTCTGCATTTTTATGGAGGCGGTACATTGACTGCTCTTCTGAGAATGGATGGACAATGTTATTAAAATGTTTTTAGAGCAATTCACTTTTTTTAGTTTTATATATTGATATCGAGTTCATTTCACTACCTGAGACGGGACCAGGTAGGTTGATAACTAGAATAA
AGATAAAATATAATATTTGCTTTGTAGATGAAAAAAAGGTAAAATCACACTCACAACTAGCCCCTTGGACTACTCTCACAGTTAATTACACAACCACAGCTTCATGAAAGGACACAAAACAAAAGATACAATGGCGGTTACAAAGAGATTTAATAGATTAATTCATTCATATCAGTTTAGTTCGTCCAGCTTCATGTACA
C

>TRINITY_DN133129_c5_g3_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAATGAACAGAGGAGTATCTAGgtaatttctctgtgttctattgttttgtttttctttcgtggctacctttgtgctgcaggacacgatgctcttttcaataggtctgtctgacaactggtctttattttaatgcccgatttgtgagatttgcagGACAGAATATTGTTTTCGAAGTCTTGGGAGCTGTAAAATTCAGTGT
TGCCATTTACACTTTCTTCGTCTGCCAATATGTGGGAGAACATGGTGATTCTAGTAATGGTAATTTTAATATTTTATAATTTCTTTTCTCACAACTTTGCAAGTATAATTTGATCAAACCATGGATGGGAAATTGGATTCAATGCATTTGGAGATCCAATCTCATATATCTTCTGCTGCTGTGCTTTCTCATGACGTGCC
TTCTTCCGATATTGAATTTATCAAGCAAATTCGGACTTTACTTGAGGGACATGTTTCTCTGCTCAGACCAACATCTACTTGGAGTCCCTCCTGGAAAAAGCTGGGGTGATATATCTTAAAAGATGGAATGAAGAGGTCCCAGCCCACAAAGATTTATCAAGTGGGCTTCAGCCCCTCCTTGGATATTATTCAGTTTTGTG
CAATCGTTTTCTGGTCTTTTAAATCTGAAATGGAGCGAGAGTGCTAACCAAGTATCCATCAGAACGTTTCTGATTTATTTTCTTTATAGTCCACCACTTTTTGCTTGTAGCCACTGGCACTCATTAATGGTATGAGCAATGTCTTCCAAAATATCTAAGAAGCTGAAGTAGTGTAGCTATAGTAAACAAGCATATTGAGT
CTCTTTGACAAACATGTGTCGATATCATTATATTAGACCCATTCTACGGAATTCATGTGCAGCAAAACCAGTGTGTAACTTCGACAATTTATTTACTAGTAGAATCTATTTTATTAACCAAAAAAATTGAACAAATTCAGATTCCAAGTCTGTGATGTCTGTTGCAGCAAAGGGCTTAAGAGGTTGTTGATCTTTTTGCC
CTTTACGGGAAAAATCAATCTCAGAATGATCTTGAGTTATCCTGAGGATATCCTCTGCATTTTTATGGAGGCGGTACATTGACTGCTCTTCTGAGAATGGATGGACAATGTTATTAAAATGTTTTTAGAGCAATTCACTTTTTTTAGTTTTATATATTGATATCGAGTTCATTTCACTACCTGAGACGGGACCAGGTAGG
TTGATAACTAGAATAAAGATAAAATATAATATTTGCTTTGTAGATGAAAAAAAGGTAAAATCACACTCACAACTAGCCCCTTGGACTACTCTCACAGTTAATTACACAACCACAGCTTCATGAAAGGACACAAAACAAAAGATACAATGGCGGTTACAAAGAGATTTAATAGATTAATTCATTCATATCAGTTTAGTTCG
TCCAGCTTCATGTACAC

Intron 4 GTAATTTTAA ... ATTTATCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.15	64	13	30
A2	31.14	33	7.9	22
A3	30.51	54	19.4	28
A4	19.35	25	6	6
A5	29.17	17	8	6
A6	26.68	127	29.4	63
A7	20.97	184.4	26.9	71
A8	23.89	219	36.4	101
A9	21.62	161	21.9	67
A10	16.4	130	14	37

>TRINITY_DN133129_c5_g3_i13 from sample A1 / Example spliced isoform

TGCCCAAATCTTTGCCATCAAAACCCATTTTATTTAACAGTTTGGAGCCTTGGACCCAATTCCCTTTGTATGCCTTTCAAAATAGCCAATTTTATCATCTTCAATATCAGGTCCATTTTCAAAAGTATCATCAGAAGGAAATGGGGATGAGTTTCTGAAATGGGGACACGCTGGTAATGTGATCCCTTAAAATTTTGGAA
ATAGTGAAACATAATCAATATATATAGACTTCGTTTACCTACAGAGATCGGATGATGCGTGAGGGAGATTGCAATTCAAAGGCTCCACGCCTAAAAAAAGAAACTCCGCCCATAGAATGAAAGGACTGTATGGTCAGGGGAGGCAAAACACAGAGAATGACAACGAGATATCCCAATAAAAGAGATGTCGAGCAGAGGTT
GCAGGTTGAAACTGGTGAGGCATAGACAAGGAGTAACTGAGACTGAATGGATATGAATTAGAGTTTTCTTTGAAATGTCTAAATACCAGGGACTAAGTGGGATTAGGGAATAGAATTACTAGATTATATGATAGAGTTGGCAAGCAGACTGGAGGAGGGCAGAGAGCAGACTGAAGGCAGTCATGGGGTTAACAATAGCC
AGGGCTCTGATACCACTGTCAGGCCTTAGAAAAACTCCAATTTGTGGATTGAATTTTACTGATTATGAATGCCATATTAATACACGAGGAGAGGTGACCTTTGGCTTTTCACATTCCAAATGTATGTGACTCTTCAACTTATTCCTTAATAACTGAAAAACTGAAATTTTTACAATATTTTATAAATGGAACCTATGGAT
TAGGTTTCTAACATTTTCCATGCCAAAGGTTCTATTAAGATAAGAGGCTTGTTGAAGATGTTCTCACATTAAAGGGCTTTATGCTGAACTGTCTAAGTGGTGCAGTTGAGCCTAGCAGGTTATGTCCCTATAACTCTAACCTGGCCAATAATGTCTATACTGTAGATACATGTATTTAAAAGCTTGAGCGTGGCGACTTG
ATATTTCTGGTCTTACAACTGTCTTGAACTGCCTCAAAAAAATAAATGGCCATCTTGAAGTGAATGGTAGGTTTTTACTTTTGGGTGTTAGGTAATATTTATTATTCACAAGTGTTAAACTCAATATTTCAAAGCTGATTATATTTATTTTATTGTTAGACAGAAATGTCCCTTTCAGATTGCAGATACTCTGCAGAAAA
TATCATTTAGCATCAGGAAATATTGATAAGAATGGAAGTTGTATCTATAATACTAAATATAGTCCATTCTAGCATATTTATCTATAAATTTGAGGTTCATTTTTATGGGTAGTTGTATGAATATAGTGAATATGGTTAGATTTTATATGACAAAGCCTCAAAATAGTGCGGTCTTGAATGCTTGGCTCATTTTTTGGTTC
CTGCCTTTCTCACTCCTCTTTGTAGAATTCAAAACAGTTGGCGTTGGATTTAACAAGATGCACTCTGTAATAGAAGATATTACAATGAACAGAGGAGTATCTAGGACAGAATATTGTTTTCGAAGTCTTGGGAGCTGTAAAATTCAGTGTTGCCATTTACACTTTCTTCGTCTGCCAATATGTGGGAGAACATGGTGATT
CTAGTAATGCAAATTCGGACTTTACTTGAGGGACATGTTTCTCTGCTCAGACCAACATCTACTTGGAGTCCCTCCTGGAAAAAGCTGGGGTGATATATCTTAAAAGATGGAATGAAGAGGTCCCAGCCCACAAAGATTTATCAAGTGGGCTTCAGCCCCTCCTTGGATATTATTCAGTTTTGTGCAATCGTTTTCTGGTC
TTTTAAATCTGAAATGGAGCGAGAGTGCTAACCAAGTATCCATCAGAACGTTTCTGATTTATTTTCTTTATAGTCCACCACTTTTTGCTTGTAGCCACTGGCACTCATTAATGGTATGAGCAATGTCTTCCAAAATATCTAAGAAGCTGAAGTAGTGTAGCTATAGTAAACAAGCATATTGAGTCTCTTTGACAAACATG
TGTCGATATCATTATATTAGACCCATTCTACGGAATTCATGTGCAGCAAAACCAGTGTGTAACTTCGACAATTTATTTACTAGTAGAATCTATTTTATTAACCAAAAAAATTGAACAAATTCAGATTCCAAGTCTGTGATGTCTGTTGCAGCAAAGGGCTTAAGAGGTTGTTGATCTTTTTGCCCTTTACGGGAAAAATC
AATCTCAGAATGATCTTGAGTTATCCTGAGGATATCCTCTGCATTTTTATGGAGGCGGTACATTGACTGCTCTTCTGAGAATGGATGGACAATGTTATTAAAATGTTTTTAGAGCAATTCACTTTTTTTAGTTTTATATATTGATATCGAGTTCATTTCACTACCTGAGACGGGACCAGGTAGGTTGATAACTAGAATAA
AGATAAAATATAATATTTGCTTTGTAGATGAAAAAAAGGTAAAATCACACTCACAACTAGCCCCTTGGACTACTCTCACAGTTAATTACACAACCACAGCTTCATGAAAGGACACAAAACAAAAGATACAATGGCGGTTACAAAGAGATTTAATAGATTAATTCATTCATATCAGTTTAGTTCGTCCAGCTTCATGTACA
C

>TRINITY_DN133129_c5_g3_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAATGAACAGAGGAGTATCTAGGTAATTTCTCTGTGTTCTATTGTTTTGTTTTTCTTTCGTGGCTACCTTTGTGCTGCAGGACACGATGCTCTTTTCAATAGGTCTGTCTGACAACTGGTCTTTATTTTAATGCCCGATTTGTGAGATTTGCAGGACAGAATATTGTTTTCGAAGTCTTGGGAGCTGTAAAATTCAGTGT
TGCCATTTACACTTTCTTCGTCTGCCAATATGTGGGAGAACATGGTGATTCTAGTAATGgtaattttaatattttataatttcttttctcacaactttgcaagtataatttgatcaaaccatggatgggaaattggattcaatgcatttggagatccaatctcatatatcttctgctgctgtgctttctcatgacgtgcc
ttcttccgatattgaatttatcaagCAAATTCGGACTTTACTTGAGGGACATGTTTCTCTGCTCAGACCAACATCTACTTGGAGTCCCTCCTGGAAAAAGCTGGGGTGATATATCTTAAAAGATGGAATGAAGAGGTCCCAGCCCACAAAGATTTATCAAGTGGGCTTCAGCCCCTCCTTGGATATTATTCAGTTTTGTG
CAATCGTTTTCTGGTCTTTTAAATCTGAAATGGAGCGAGAGTGCTAACCAAGTATCCATCAGAACGTTTCTGATTTATTTTCTTTATAGTCCACCACTTTTTGCTTGTAGCCACTGGCACTCATTAATGGTATGAGCAATGTCTTCCAAAATATCTAAGAAGCTGAAGTAGTGTAGCTATAGTAAACAAGCATATTGAGT
CTCTTTGACAAACATGTGTCGATATCATTATATTAGACCCATTCTACGGAATTCATGTGCAGCAAAACCAGTGTGTAACTTCGACAATTTATTTACTAGTAGAATCTATTTTATTAACCAAAAAAATTGAACAAATTCAGATTCCAAGTCTGTGATGTCTGTTGCAGCAAAGGGCTTAAGAGGTTGTTGATCTTTTTGCC
CTTTACGGGAAAAATCAATCTCAGAATGATCTTGAGTTATCCTGAGGATATCCTCTGCATTTTTATGGAGGCGGTACATTGACTGCTCTTCTGAGAATGGATGGACAATGTTATTAAAATGTTTTTAGAGCAATTCACTTTTTTTAGTTTTATATATTGATATCGAGTTCATTTCACTACCTGAGACGGGACCAGGTAGG
TTGATAACTAGAATAAAGATAAAATATAATATTTGCTTTGTAGATGAAAAAAAGGTAAAATCACACTCACAACTAGCCCCTTGGACTACTCTCACAGTTAATTACACAACCACAGCTTCATGAAAGGACACAAAACAAAAGATACAATGGCGGTTACAAAGAGATTTAATAGATTAATTCATTCATATCAGTTTAGTTCG
TCCAGCTTCATGTACAC

Intron 5 GTTGTTGGGA ... GGCAGCAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.86	34.5	33.5	50
A2	56.59	28.5	41	31
A3	59.28	22.5	25	40.5
A4	65.39	14	12.5	40
A5	51	6	4.5	8
A6	52.45	47	40	63.5
A7	43.75	105	48	113.5
A8	54.62	99.5	96	142.5
A9	49.45	94.5	74	110.5
A10	48.39	84.5	51	107.5

>TRINITY_DN133129_c5_g3_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

CCGGTCCAGGCTGCTGAAGAAGGTGGTGGTCAGTATGGGGCCGGAGCTGCTGCATGGGGAGCATATGAAATGCAGCATTCCCATCCATTCAGGTCATGGGGTCCTAATCTATTGGTTCCAGGGATATATCTCAGTGCATGAAGAAAATTGTCACAACTAGGGTATGGTGGGCTAATTTATATTATTCAAGGAATTACCTC
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>TRINITY_DN133129_c5_g3_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

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