sp|Q9CAI3|CADH1_ARATH ----> Probable cinnamyl alcohol dehydrogenase 1
Intron 1 GTGAGCTTTC ... TTGCTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.34 | 22 | 19 | 13.1 |
| A2 | 77.27 | 5 | 17 | 5.3 |
| A3 | 48.48 | 17 | 16 | 8.7 |
| A4 | 53.19 | 22 | 25 | 6.2 |
| A5 | 69.23 | 4 | 9 | 4 |
| A6 | 30.3 | 23 | 10 | 3.8 |
| A7 | 40.43 | 56 | 38 | 2.7 |
| A8 | 23.81 | 16 | 5 | 3.5 |
| A9 | 28.99 | 49 | 20 | 3.5 |
| A10 | 35.56 | 29 | 16 | 1.8 |
>TRINITY_DN115885_c3_g2_i12 from sample A3 / Example spliced isoformGCTCCAGCTATTCATTCAAATGAATACGTACTTTAATTGGGTATATACTATATTACATTATATGCTCATTTTCTGTACTTGAAATAAGACGAGGCCAGAATTCCTGAATGAATGTCTAGTAGAGGATCAAACCTCTCAGATCGCTCATAAAGTGCTGCTGCAACAGGGATCTGCGAACTCTGAGCCAAGATACTTTGGAA
GTTTGAGTGAGATCTTGCATTTCTCAAGCATTTCAGCATCAAGCGGTTTTATATAAGGTACACCATGAATACTAAAGAAGACTGCAAGGAGAACTGTATAGGATGGGCAGCTCGAGATCCCTCAGGTGTTTTGTCACCTTACGAATTTAACCGAAGAGTCCCAGGCCTTGATGATATCTCATTAAAGATTACTCATTGTG
GAGTCTGTTATGCTGATGTTGCATGGACCCGGAATAAACTTGGTGATTCGAAGTATCCATTGGTGCCAGGGCATGAAATTGTTGGAATTGTGAAAGAAGTTGGCATCAATGTGGTCCGTTTTAAGGTTGGCGATCATGTTGGAGTGGGTACATATGTCAATTCCTGTCAGGAATGTGCATATTGTAACGAAAGGATGGAA
GTCAAGTGTGAAAAAGGGGCTGTTTTCACCTTTAATGGTATTGATGTAGATGGCACAGTTACTAAAGGAGGATATTCTAGTCACATTGTTTGTCACCAAAGGTACTGCTTTAAGATACCAGACAATCTACCTCTGGCTTCAGCTGCACCTTTACTATGTGCAGGAATTACTGTTTACAGCCCTATGATTCGTTATCACAT
GAATCATGCAGGCAAGTCTCTTGGAGTAATTGGGCTAGGAGGTCTTGGTCATATGGCAGTAAAATTTGGAAAGGCTTTTGGACTGAATGTAACAATTTTGAGCACATCTGTGTCAAAGAAGGATGAAGCATTGAACATTCTTGGAGCAGATAAATTTATACTGTCATCTGACAAAGAGCAGATAGAGGCTGCATCAAAGA
CTCTAGATTTTATCATTGACACTGCTTCAGGGGACCACCCACTTGCTCTTTATATGCCACTTTTGAAGACTGCAGGAGTGTTTGTCATTGTAGGTTCTCCTATTGAAATCAAGGTCCTCCCTGTGGATCTTATTATGGGCATGAAATCGATTGCAGGGAGTGTAACAGGTGGCACCAAAGACACTCAAGAAATGCTTGAT
TTTTGTGCGAAGGAAAGAGTATATCCAAACATTGAAGTCATTCCGATCCAGTATGTGAATGAGGCTTTAGATCGAATGATAAACAAAGATGTGAGATATCGCTTTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTTCAAGAATCAACACCCAGGATGTGACACTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTT
GGCTTTATGTTATATAATTTGTTATATCACAATGGACGTATAATATGGTTATTATTTGTGATAGACATAATTATAAGCACGTGACTGGGGCATATGTACTATACAGATAGCCTCCCTCTCATTATGTATATTGTATCATCAAACTTATTGAACAAATTATTTATCGCTTTGTATATTGTAATTGATATTGAGAATTCTCT
AGTCTCAGGGTGAACTCTAAGAATCAACACGCAGGATGTGACGCTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATCACTTTTGTATCAAGCAGGATGTGACGCTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTAT
>TRINITY_DN115885_c3_g2_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:GCTCCAGCTATTCATTCAAATGAATACGTACTTTAATTGGGTATATACTATATTACATTATATGCTCATTTTCTGTACTTGAAATAAGACGAGGCCAGAATTCCTGAATGAATGTCTAGTAGAGGATCAAACCTCTCAGATCGCTCATAAAGTGCTGCTGCAACAGGGATCTGCGAACTCTGAGCCAAGgtgagctttcc
tactgttccacccgtaaacgtcatatattttctcacacttatattgcatatacctcatgacctgaacttaaggggcagtgaagtatcagttaaacgaagaaatgacgataacacgtacgccaggatgctttaatgttgtaaaaagtgaacaaggttatctgggtattgtatgaattagaccagaaaggatttgatggcca
tatttatggatttgtggaatatatataccataaattctataaacccttccaatgaattccttataaatagcttaaaaaacagttcatgctatattttgttgtgttttgcgaggattgcttccagATACTTTGGAAGTTTGAGTGAGATCTTGCATTTCTCAAGCATTTCAGCATCAAGCGGTTTTATATAAGGTACACCA
TGAATACTAAAGAAGACTGCAAGGAGAACTGTATAGGATGGGCAGCTCGAGATCCCTCAGGTGTTTTGTCACCTTACGAATTTAACCGAAGAGTACCAGGCCTTGATGATATCTCATTAAAGATTACTCATTGTGGAGTCTGTTATGCTGATGTTCAATGGACCCGGAATAAACATGGTGATTCGAAGTATCCATTGGTG
CCAGGGCATGAAATTGTTGGAATTGTGAAAGAAGTTGGCATCAATGTGGTCCGTTTTAAGGTTGGCGATCATGTTGGAGTGGGTACATATGTCAATTCCTGTCAGGAATGTGCATATTGTAACGAAAGGATGGAAGTCAATTGTGCAAAAGGGGCTGTTTACACCTTTAATGGTATTGATGTAGATGGCACAGTTACTAA
AGGAGGATATTCTAGTCACATTGTTGTTCACCAAAGGTAAAGTGAAACTCTTAACTCTAATGTAATGACTTCATATTTGGATGCTCCTTTAACCTTTATATGTGCAATAAGTGAAGAATTGTGAGTCCTCTCTCGTCTGTTAGAGGGACAAATGTACCCCTTGCCATCCTTGAATAATTTGCAGTCATTCATTTGTTTGC
CTTTAGTGATGCACAACCATAAATATGAGAGAATTAGATTTATAGAGAAGGAAGTAATTGAATACATCGCCATAAGCTTCATTTTATACATCTAGTAATAAGATCTTTAACAACCTCATCAACTAAGTTGTATTTAATATGAATGGTCAACATTTATTGTGACCCACTAATATTAAGATTCCTGCAAACACTGAGAACAG
TTGAAGTGTTACCATTCTAACAACCCCCCTTAACACGAAATAACCCTTTTTATTTATCCCCTTTAAAAACCAATTTTTACTAATAGCATAATATAATAAGGTTTACAAAAACTTGATAATGACTTTCAAAATCTTGATTGCTAGCTGCTCTTTTTTCTCCAACATATCAAGAACTCCCAAAGGTGTGCCATTAGGCTCTT
GTCACTCTTGGAAAGGTAAAATTATACCAATGCCATTGGATTCGAATTCCTTTGGACATTCCGATGGCTTCGGAGAGCCCCGACAGCAACGGCGAGCAGGCGCCCTGTTTTCCCCCCTCACCCTCGACCATCAGGTTTAGGAGATCTTGACATCATTGGATCCATATTCATCTCTCCCTTGCATTCTTGACACTGCTTTA
AGATACCAGACAATCTACCTCTGGCTTCAGCTGCACCTTTACTATGTGCAGGAATTACTGTTTACAGCCCTATGATTCGTTATCACATGAATCATGCAGGCAAGTCTCTTGGAGTAATTGGGCTAGGAGGTCTTGGTCATATGGCAGTAAAATTTGGAAAGGCTTTTGGACTGAATGTAACAATTTTGAGCACATCTGTG
TCAAAGAAGGATGAAGCATTGAACATTCTTGGAGCAGATAAATTTATACTGTCATCTGACAAAGAGCAGATAGAGGTAAATTACTAATATTACACTGCATTTTTTTCTATTGCAAATGTAGTGTGTCCAGAGAACATGGTTTTGAGTAGCATAAAAAATTGTTATGGATCTGACATTTTATAAACTGCAGGCTGCATCAA
AGACTCTAGATTTTATCATTGACACTGCTTCAGGGGACCACCCACTTGCTCTTTATATGCCACTTTTGAAGACTGCAGGAGTGTTTGTCATTGTAGGTTTTCCTAGTGAAATCAAGGTCCTCCCTGCGGATCTTATTATGGGCATGAAATCGATTGCAGGGAGTGTAACAGGTGGCACCAAAGACACTCAAGAAATGCTT
GATTTTTGTGCGAAGGAAAGAGTATATCCAAACATTGAAGTCATTCCGATCCAGTATGTGAATGAGGCTTTAGATCGAATGATAAACAAAGATGTGAGATATCGCTTTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTTCAAGAATCAACACCCAGGATGTGACACTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTC
TTTGGCTTTATGTTATATAATTTGTTATATCACAATGGACGTATAATATGGTTATTATTTGTGATAGACATAATTATAAGCACGTGACTGGGGCATATGTACTATACAGATAGCCTCCCTCTCATTATGTATATTGTATCATCAAACTTATTGAACAAATTATTTATCGCTTTGTATATTGTAATTGATATTGAGAATTC
TCTAGTCTCAGGGTGAACTCTAAGAATCAACACGCAGGATGTGACGCTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATCACTTTTGTATCAAGCAGGATGTGACGCTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTAT
Intron 2 GTACACCATG ... TTCACCAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 99.19 | 1 | 181 | 63 |
| A2 | 95.95 | 5 | 184 | 53 |
| A3 | 94.97 | 4 | 110 | 41 |
| A4 | 100 | 0 | 189 | 25 |
| A5 | 95.31 | 3 | 92 | 30 |
| A6 | 97.03 | 5 | 215 | 112 |
| A7 | 98.8 | 3 | 365 | 130 |
| A8 | 95.32 | 8 | 205 | 121 |
| A9 | 94.12 | 16 | 394 | 118 |
| A10 | 99.06 | 2 | 307 | 114 |
>TRINITY_DN44014_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformGCGAACTCTGAGCCAAGGATCATCAGGATCGACGAGAAAATAGAAGACGTGGATAAATCAAACCAAGAACCTGATAAGAAACATGCCATTAAATCTAGTGCAAGACTTAGGGACCGAATGCAAGGCTGAATGAAGGGTGAAATTAAGTACCGAAATGCTTATGATTTACACAATATTGCATTTAATACATTAAAAGTAAC
ACATTAGG
>TRINITY_DN44014_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:TTTCAAATGAATACGTACTTTAATTGGGTATATACTATATTACATTATATGCTCATTTTCTGTACTTGAAATAAGACGAGGCCAGAATTCCTGAATGAATGTCTAGTAGAGGATCAAACCTCTCAGATCGCTCATAAAGTGCTGCTGCAACAGGGATCTGCGAACTCTGAGCCAAGgtacaccatgaatactaaagaaga
ctgcaaggagaactgtataggatgggcagctcgagatccctcaggtgttttgtcaccttacgaatttaaccgaagagtaccaggccttgatgatatctcattaaagattactcattgtggagtctgttatgctgatgttgcatggacccggaataaacttggtgattcgaagtatccattggtgccagggcatgaaattg
ttggaattgtgaaagaagttggcatcaatgtggtccgttttaaggttggcgatcatgttggagtgggtacatatgtcaattcctgtcaggaatgtgcatattgtaacgaaaggatggaagtcaattgtgcaaaaggggctgtttacacctttaatggtattgatgtagatggcacagttactaaaggaggatattctagt
cacattgttgttcaccaaagGATCATCAGGATCGACGAGAAAATAGAAGACGTGGATAAATCAAACCAAGAACCTGATAAGAAACATGCCATTAAATCTAGTGCAAGACTTAGGGACCGAATGCAAGGCTGAATGAAGGGTACTGCTTTAAGATACCAGACAATCTACCTCTGGCTTCAGCTGCACCTTTACTATGTGCA
GGAATTACTGTTTACAGCCCTATGATTCGTTATCACATGAATCATGCAGGCAAGTCTCTTGGAGTAATTGGGCTAGGAGGTCTTGGTCATATGGCAGTAAAATTTGGAAAGGCTTTTGGACTGAATGTAACAATTTTGAGCACATCTGTGTCAAAGAAGGATGAAGCATTGAACATTCTTGGAGCAGATAAATTTATACT
GTCATCTGACAAAGAGCAGATAGAGGCTGCATCAAAGACTCTAGATTTTATCATTGACACTGCTTCAGGGGACCACCCAATTGCTCTTTATATGCCACTTTTGAAGACTGCAGGAGTGTTTGTCATTGTAGGTTTTCCTAGTGAAATCAAGGTCCTCCCTGCGGATCTTATTATGGGCATGAAATCGATTGCAGGGAGTT
TAACAGGTGGCACCAAAGACACTCAAGAAATGCTTGATTTTTGTGCGAAGGAAAGAGTATATCCAAACATTGAAGTCATTCCGATCCAGTATGTGAATGAGGCTTTAGATCGAATGATAAACAAAGATGTGAGATATCGCTTTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTCCAAGAATCAACACCCAG
GATGTGACACTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATATAATTTGTTATATCATAATGGACGTATAATATGGTTATTATTTGTGATAGACATAATTATAAGCACGTGACTGGGGCATATGTACTATACAGATAGCCTCCCTCTCATTATGTATATTGTATCATCAAACTTATTGAATAAATTATTT
ATCGCTTTGTATATTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTCTAAGAATCAACACGCAGGATGTGACGCTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATCACTTTTGTATCAAGCAGGATGTGACGCTACTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATATCACTTT
TATATCATAATGGACGGTATAATATGGTTATTATTTGTGATAGACATAATTATAAGCACATGACTGGGGCATCTGTACCATACAGATAGCCCTCATTTTGTATATTGTATCAGCAAACTTTGAATAAATTATTTA
Intron 3 GTAAATTACT ... TAAACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.81 | 196 | 51 | 52 |
| A2 | 20.88 | 130.8 | 32 | 37 |
| A3 | 21.36 | 164 | 41 | 48.1 |
| A4 | 21.3 | 133 | 46 | 26 |
| A5 | 22.58 | 60 | 23 | 12 |
| A6 | 18.49 | 483 | 125 | 94.1 |
| A7 | 19 | 543 | 140 | 114.8 |
| A8 | 17.89 | 609.6 | 122.5 | 143 |
| A9 | 19.95 | 597 | 151 | 146.6 |
| A10 | 17.85 | 368 | 86 | 73.9 |
>TRINITY_DN124012_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformGTCAAGCTCCAGCTATTCGTTCAAATGAATAAGTACTTTCAAATGAATACGTACTTTAATTGGGTATATACTATATTACATTATATGCTCATTTTCTGTACTTGAAATAAGACGAGGCCAGAATTCCTGAATGAATGTCTAGTAGAGGATCAAACCTCTCAGATCGCTCATAAAGTGCTGCTGCAACAGGGATCTGCGAA
CTCTGAGCCAAGGTACACCATGAATACTAAAGAAGACTGCAAGGAGAACTGTATAGGATGGGCAGCTCGAGATCCCTCAGGTGTTTTGTCACCTTACGAATTTAACCGAAGAGTCCCAGGCCTTGATGATATCTCATTAAAGATTACTCATTGTGGAGTCTGTTATGCTGATGTTGCATGGACCCGGAATAAACTTGGTG
ATTCGAAGTATCCATTGGTGCCAGGGCATGAAATTGTTGGAATTGTGAAAGAAGTTGGCATCAATGTGGTCCGTTTTAAGGTTGGCGATCATGTTGGAGTGGGTACATTTGTCAATTCCTGTCAGGAATGTGCATATTGTAACGAAAGGATGGAAGTCAAGTGTGAAAAAGGGGCTGTTTTCACCTTTAATGGTATTGAT
GTAGATGGCACAGTTACTAAAGGAGGATATTCTAGTCACATTGTTTGTCACCAAAGGTACTGCTTTAAGATACCAGACAATCTACCTCTGGCTTCAGCTGCACCTTTACTATGTGCAGGAATTACTGTTTACAGCCCTATGATTCGTTATCACATGAATCATGCAGGCAAGTCTCTTGGAGTAATTGGGCTAGGAGGTCT
TGGTCATATGGCAGTAAAATTTGGAAAGGCTTTTGGACTGAATGTAACAATTTTGAGCACATCTGTGTCAAAGAAGGATGAAGCATTGAACATTCTTGGAGCAGATAAATTTATACTGTCATCTGACAAAGAGCAGATAGAGGCTGCATCAAAGACTCTAGATTTTATCATTGACACTGCTTCAGGGGACCACCCACTTG
CTCTTTATATGCCACTTTTGAAGACTGCAGGAGTGTTTGTCATTGTAGGTTCTCCTATTGAAATCAAGGTCCTCCCTGTGGATCTTATTATGGGCATGAAATCGATTGCAGGGAGTTTAACAGGTGGCACCAAAGACACTCAAGAAATGCTTGATTTTTGTGCGAAGGAAAGAGTATATCCAAACATTGAAGTCGTTCCG
ATCCAGTATGTGAATGAGGCTTTAGATCGAATGATAAACAAAGATGTGAGATATCGCTTTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTTCAAGAATCAACACCCAGGATGTGACACTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATATAATTTGTTATATCATAATGGACGTATAATA
TGGTTATTATTTGTGATAGACATAATTATAAGCACGTGACTGGGGCATATGTACTATACAGATAGCCTCCCTCTCATTATGTATATTGTATCATCAAACTTATTGAATAAATTATTTATCGCTTTGTATATTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTTCAAGAATCAACACCCAGGATGTGACACT
GCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATCACTTTTGTATCAAGCAGGATGTGACGCTAC
>TRINITY_DN124012_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCAAGCTCCAGCTATTCGTTCAAATGAATAAGTACTTTCAAATGAATACGTACTTTAATTGGGTATATACTATATTACATTATATGCTCATTTTCTGTACTTGAAATAAGACGAGGCCAGAATTCCTGAATGAATGTCTAGTAGAGGATCAAACCTCTCAGATCGCTCATAAAGTGCTGCTGCAACAGGGATCTGCGAA
CTCTGAGCCAAGGTACACCATGAATACTAAAGAAGACTGCAAGGAGAACTGTATAGGATGGGCAGCTCGAGATCCCTCAGGTGTTTTGTCACCTTACGAATTTAACCGAAGAGTACCAGGCCTTGATGATATCTCATTAAAGATTACTCATTGTGGAGTCTGTTATGCTGATGTTCAATGGACCCGGAATAAACATGGTG
ATTCGAAGTATCCATTGGTGCCAGGGTATATTACCTCTTTTTCACTTTTCCATTTTATATTTGTTAAGGCGTGACCAACTTTGCTTCATGTTTAAAATTCTTTATTGAATCAGCACAAATGCCTTTGGAATAGAACTAAATATTTGCTTGGAGCTTATAGAAAATTCTGATTATGTTTTTAATGGTTGTATCATAGGCAT
GAAATTGTTGGAATTGTGAAAGAAGTTGGCATCAATGTGGTCCGTTTTAAGGTTGGCGATCATGTTGGAGTGGGTACATTTGTCAATTCCTGTCAGGAATGTGCATATTGTAACGAAAGGATGGAAGTCAAGTGTGAAAAAGGGGCTGTTTTCACCTTTAATGGTATTGATGTAGATGGCACAGTTACTAAAGGAGGATA
TTCTAGTCACATTGTTTGTCACCAAAGGTACTGCTTTAAGATACCAGACAATCTACCTCTGGCTTCAGCTGCACCTTTACTATGTGCAGGAATTACTGTTTACAGCCCTATGATTCGTTATCACATGAATCATGCAGGCAAGTCTCTTGGAGTAATTGGGCTAGGAGGTCTTGGTCATATGGCAGTAAAATTTGGAAAGG
CTTTTGGACTGAATGTAACAATTTTGAGCACATCTGTGTCAAAGAAGGATGAAGCATTGAACATTCTTGGAGCAGATAAATTTATACTGTCATCTGACAAAGAGCAGATAGAGgtaaattactaatattacactgcatttttttctattgcaaatgtagtgtgtccagagaacatggttttgagtagcataaaaaattgt
tatggatctgacattttataaactgcagGCTGCATCAAAGACTCTAGATTTTATCATTGACACTGCTTCAGGGGACCACCCACTTGCTCTTTATATGCCACTTTTGAAGACTGCAGGAGTGTTTGTCATTGTAGGTTTTCCTAGTGAAATCAAGGTCCTCCCTGCGGATCTTATTATGGGCATGAAATCGATTGCAGGGA
GTTTAACAGGTGGCACCAAAGACACTCAAGAAATGCTTGATTTTTGTGCGAAGGAAAGAGTATATCCAAACATTGAAGTCGTTCCGATCCAGTATGTGAATGAGGCTTTAGATCGAATGATAAACAAAGATGTGAGATATCGCTTTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTTCAAGAATCAACACC
CAGGATGTGACACTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATATAATTTGTTATATCATAATGGACGTATAATATGGTTATTATTTGTGATAGACATAATTATAAGCACGTGACTGGGGCATATGTACTATACAGATAGCCTCCCTCTCATTATGTATATTGTATCATCAAACTTATTGAATAAATTA
TTTATCGCTTTGTATATTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTTCAAGAATCAACACCCAGGATGTGACACTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATCACTTTTGTATCAAGCAGGATGTGACGCTAC
Intron 4 GTGAGCTTTC ... TTAACCGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 69.73 | 78.3 | 19 | 179 |
| A2 | 76.9 | 57.5 | 17 | 191 |
| A3 | 74.26 | 66.8 | 16 | 192 |
| A4 | 67.3 | 78.5 | 25 | 161 |
| A5 | 77.16 | 31.3 | 9 | 105 |
| A6 | 79.87 | 79 | 10 | 311 |
| A7 | 75.66 | 141 | 38 | 435 |
| A8 | 78.13 | 83.3 | 5 | 295 |
| A9 | 77.32 | 129.8 | 20 | 439 |
| A10 | 78.67 | 94.3 | 16 | 345 |
>TRINITY_DN115885_c3_g2_i5 from sample A3 / Example spliced isoformGCTCCAGCTATTCATTCAAATGAATACGTACTTTAATTGGGTATATACTATATTACATTATATGCTCATTTTCTGTACTTGAAATAAGACGAGGCCAGAATTCCTGAATGAATGTCTAGTAGAGGATCAAACCTCTCAGATCGCTCATAAAGTGCTGCTGCAACAGGGATCTGCGAACTCTGAGCCAAGAGTACCAGGCC
TTGATGATATCTCATTAAAGATTACTCATTGTGGAGTCTGTTATGCTGATGTTCAATGGACCCGGAATAAACATGGTGATTCGAAGTATCCATTGGTGCCAGGGCATGAAATTGTTGGAATTGTGAAAGAAGTTGGCATCAATGTGGTCCGTTTTAAGGTTGGCGATCATGTTGGAGTGGGTACATATGTCAATTCCTGT
CAGGAATGTGCATATTGTAACGAAAGGATGGAAGTCAAGTGTGAAAAAGGGGCTGTTTTCACCTTTAATGGTATTGATGTAGATGGCACAGTTACTAAAGGAGGATATTCTAGTCACATTGTTTGTCACCAAAGGTACTGCTTTAAGATACCAGACAATCTACCTCTGGCTTCAGCTGCACCTTTACTATGTGCAGGAAT
TACTGTTTACAGCCCTATGATTCGTTATCACATGAATCATGCAGGCAAGTCTCTTGGAGTAATTGGGCTAGGAGGTCTTGGTCATATGGCAGTAAAATTTGGAAAGGCTTTTGGACTGAATGTAACAATTTTGAGCACATCTGTGTCAAAGAAGGATGAAGCATTGAACATTCTTGGAGCAGATAAATTTATACTGTCAT
CTGACAAAGAGCAGATAGAGGCTGCATCAAAGACTCTAGATTTTATCATTGACACTGCTTCAGGGGACCACCCACTTGCTCTTTATATGCCACTTTTGAAGACTGCAGGAGTGTTTGTCATTGTAGGTTTTCCTAGTGAAATCAAGGTCCTCCCTGCGGATCTTATTATGGGCATGAAATCGATTGCAGGGAGTGTAACA
GGTGGCACCAAAGACACTCAAGAAATGCTTGATTTTTGTGCGAAGGAAAGAGTATATCCAAACATTGAAGTCATTCCGATCCAGTATGTGAATGAGGCTTTAGATCGAATGATAAACAAAGATGTGAGATATCGCTTTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTTCAAGAATCAACACCCAGGATGT
GACACTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATATAATTTGTTATATCACAATGGACGTATAATATGGTTATTATTTGTGATAGACATAATTATAAGCACGTGACTGGGGCATATGTACTATACAGATAGCCTCCCTCTCATTATGTATATTGTATCATCAAACTTATTGAACAAATTATTTATCGC
TTTGTATATTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTCTAAGAATCAACACGCAGGATGTGACGCTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATCACTTTTGTATCAAGCAGGATGTGACGCTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTAT
>TRINITY_DN115885_c3_g2_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:GCTCCAGCTATTCATTCAAATGAATACGTACTTTAATTGGGTATATACTATATTACATTATATGCTCATTTTCTGTACTTGAAATAAGACGAGGCCAGAATTCCTGAATGAATGTCTAGTAGAGGATCAAACCTCTCAGATCGCTCATAAAGTGCTGCTGCAACAGGGATCTGCGAACTCTGAGCCAAGgtgagctttcc
tactgttccacccgtaaacgtcatatattttctcacacttatattgcatatacctcatgacctgaacttaaggggcagtgaagtatcagttaaacgaagaaatgacgataacacgtacgccaggatgctttaatgttgtaaaaagtgaacaaggttatctgggtattgtatgaattagaccagaaaggatttgatggcca
tatttatggatttgtggaatatatataccataaattctataaacccttccaatgaattccttataaatagcttaaaaaacagttcatgctatattttgttgtgttttgcgaggattgcttccagatactttggaagtttgagtgagatcttgcatttctcaagcatttcagcatcaagcggttttatataaggtacacca
tgaatactaaagaagactgcaaggagaactgtataggatgggcagctcgagatccctcaggtgttttgtcaccttacgaatttaaccgaagAGTACCAGGCCTTGATGATATCTCATTAAAGATTACTCATTGTGGAGTCTGTTATGCTGATGTTCAATGGACCCGGAATAAACATGGTGATTCGAAGTATCCATTGGTG
CCAGGGCATGAAATTGTTGGAATTGTGAAAGAAGTTGGCATCAATGTGGTCCGTTTTAAGGTTGGCGATCATGTTGGAGTGGGTACATATGTCAATTCCTGTCAGGAATGTGCATATTGTAACGAAAGGATGGAAGTCAATTGTGCAAAAGGGGCTGTTTACACCTTTAATGGTATTGATGTAGATGGCACAGTTACTAA
AGGAGGATATTCTAGTCACATTGTTGTTCACCAAAGGTAAAGTGAAACTCTTAACTCTAATGTAATGACTTCATATTTGGATGCTCCTTTAACCTTTATATGTGCAATAAGTGAAGAATTGTGAGTCCTCTCTCGTCTGTTAGAGGGACAAATGTACCCCTTGCCATCCTTGAATAATTTGCAGTCATTCATTTGTTTGC
CTTTAGTGATGCACAACCATAAATATGAGAGAATTAGATTTATAGAGAAGGAAGTAATTGAATACATCGCCATAAGCTTCATTTTATACATCTAGTAATAAGATCTTTAACAACCTCATCAACTAAGTTGTATTTAATATGAATGGTCAACATTTATTGTGACCCACTAATATTAAGATTCCTGCAAACACTGAGAACAG
TTGAAGTGTTACCATTCTAACAACCCCCCTTAACACGAAATAACCCTTTTTATTTATCCCCTTTAAAAACCAATTTTTACTAATAGCATAATATAATAAGGTTTACAAAAACTTGATAATGACTTTCAAAATCTTGATTGCTAGCTGCTCTTTTTTCTCCAACATATCAAGAACTCCCAAAGGTGTGCCATTAGGCTCTT
GTCACTCTTGGAAAGGTAAAATTATACCAATGCCATTGGATTCGAATTCCTTTGGACATTCCGATGGCTTCGGAGAGCCCCGACAGCAACGGCGAGCAGGCGCCCTGTTTTCCCCCCTCACCCTCGACCATCAGGTTTAGGAGATCTTGACATCATTGGATCCATATTCATCTCTCCCTTGCATTCTTGACACTGCTTTA
AGATACCAGACAATCTACCTCTGGCTTCAGCTGCACCTTTACTATGTGCAGGAATTACTGTTTACAGCCCTATGATTCGTTATCACATGAATCATGCAGGCAAGTCTCTTGGAGTAATTGGGCTAGGAGGTCTTGGTCATATGGCAGTAAAATTTGGAAAGGCTTTTGGACTGAATGTAACAATTTTGAGCACATCTGTG
TCAAAGAAGGATGAAGCATTGAACATTCTTGGAGCAGATAAATTTATACTGTCATCTGACAAAGAGCAGATAGAGGCTGCATCAAAGACTCTAGATTTTATCATTGACACTGCTTCAGGGGACCACCCACTTGCTCTTTATATGCCACTTTTGAAGACTGCAGGAGTGTTTGTCATTGTAGGTTTTCCTAGTGAAATCAA
GGTCCTCCCTGCGGATCTTATTATGGGTAAGTCAATACCAACAGGTACCTCTGTTAGTTTAATTTTCAATAGATTTGATAAGAAAGTCCAATTCCAAGAATTGAAAACGCAGTATGTTGTCCAGCAATAACTGATATACTCGGTATTGCTAATTTCCATGGAGATCTAGTTTTGTTATCTTACTATGTATTACATGATTG
AAGTTCACCTAATTCTGTCATGACTCATTGTACAGACTCCGGAGCATCATTGGGTGTTTCATTGTTGATGTTGAAGAAAATGGAAGCATGGCAATGTGTTCCATTGTGATTGAAATTTGAGTTGCAAGAATGAAAACTTATGTGTTAAACTAAAATATGGAGAATATATGAAGAGGCAAAAGGGTTGGAAAATGAGATTT
TGTATTCTAACGTTGTGCTTAAAAGTAACATACAAGGGTGTTGTATATATATCAAGCAAGGTTTGTTATTCTCATTAGGAACCAC
Intron 5 GTATATTACC ... TGTATCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.24 | 290.3 | 64.8 | 73.8 |
| A2 | 15.64 | 223.8 | 41.5 | 51 |
| A3 | 15.91 | 214 | 40.5 | 37.5 |
| A4 | 14.91 | 240.7 | 42.3 | 62.5 |
| A5 | 13.73 | 133.5 | 21.3 | 20.3 |
| A6 | 13.01 | 401 | 60 | 76.5 |
| A7 | 15.54 | 480.9 | 88.5 | 93.8 |
| A8 | 11.24 | 404.4 | 51.3 | 85.2 |
| A9 | 15.9 | 489.2 | 92.5 | 96 |
| A10 | 14.24 | 394.3 | 65.5 | 86.3 |
>TRINITY_DN124012_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformGTCAAGCTCCAGCTATTCGTTCAAATGAATAAGTACTTTCAAATGAATACGTACTTTAATTGGGTATATACTATATTACATTATATGCTCATTTTCTGTACTTGAAATAAGACGAGGCCAGAATTCCTGAATGAATGTCTAGTAGAGGATCAAACCTCTCAGATCGCTCATAAAGTGCTGCTGCAACAGGGATCTGCGAA
CTCTGAGCCAAGGTACACCATGAATACTAAAGAAGACTGCAAGGAGAACTGTATAGGATGGGCAGCTCGAGATCCCTCAGGTGTTTTGTCACCTTACGAATTTAACCGAAGAGTCCCAGGCCTTGATGATATCTCATTAAAGATTACTCATTGTGGAGTCTGTTATGCTGATGTTGCATGGACCCGGAATAAACTTGGTG
ATTCGAAGTATCCATTGGTGCCAGGGCATGAAATTGTTGGAATTGTGAAAGAAGTTGGCATCAATGTGGTCCGTTTTAAGGTTGGCGATCATGTTGGAGTGGGTACATTTGTCAATTCCTGTCAGGAATGTGCATATTGTAACGAAAGGATGGAAGTCAAGTGTGAAAAAGGGGCTGTTTTCACCTTTAATGGTATTGAT
GTAGATGGCACAGTTACTAAAGGAGGATATTCTAGTCACATTGTTTGTCACCAAAGGTACTGCTTTAAGATACCAGACAATCTACCTCTGGCTTCAGCTGCACCTTTACTATGTGCAGGAATTACTGTTTACAGCCCTATGATTCGTTATCACATGAATCATGCAGGCAAGTCTCTTGGAGTAATTGGGCTAGGAGGTCT
TGGTCATATGGCAGTAAAATTTGGAAAGGCTTTTGGACTGAATGTAACAATTTTGAGCACATCTGTGTCAAAGAAGGATGAAGCATTGAACATTCTTGGAGCAGATAAATTTATACTGTCATCTGACAAAGAGCAGATAGAGGCTGCATCAAAGACTCTAGATTTTATCATTGACACTGCTTCAGGGGACCACCCACTTG
CTCTTTATATGCCACTTTTGAAGACTGCAGGAGTGTTTGTCATTGTAGGTTCTCCTATTGAAATCAAGGTCCTCCCTGTGGATCTTATTATGGGCATGAAATCGATTGCAGGGAGTTTAACAGGTGGCACCAAAGACACTCAAGAAATGCTTGATTTTTGTGCGAAGGAAAGAGTATATCCAAACATTGAAGTCGTTCCG
ATCCAGTATGTGAATGAGGCTTTAGATCGAATGATAAACAAAGATGTGAGATATCGCTTTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTTCAAGAATCAACACCCAGGATGTGACACTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATATAATTTGTTATATCATAATGGACGTATAATA
TGGTTATTATTTGTGATAGACATAATTATAAGCACGTGACTGGGGCATATGTACTATACAGATAGCCTCCCTCTCATTATGTATATTGTATCATCAAACTTATTGAATAAATTATTTATCGCTTTGTATATTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTTCAAGAATCAACACCCAGGATGTGACACT
GCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATCACTTTTGTATCAAGCAGGATGTGACGCTAC
>TRINITY_DN124012_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCAAGCTCCAGCTATTCGTTCAAATGAATAAGTACTTTCAAATGAATACGTACTTTAATTGGGTATATACTATATTACATTATATGCTCATTTTCTGTACTTGAAATAAGACGAGGCCAGAATTCCTGAATGAATGTCTAGTAGAGGATCAAACCTCTCAGATCGCTCATAAAGTGCTGCTGCAACAGGGATCTGCGAA
CTCTGAGCCAAGGTACACCATGAATACTAAAGAAGACTGCAAGGAGAACTGTATAGGATGGGCAGCTCGAGATCCCTCAGGTGTTTTGTCACCTTACGAATTTAACCGAAGAGTACCAGGCCTTGATGATATCTCATTAAAGATTACTCATTGTGGAGTCTGTTATGCTGATGTTCAATGGACCCGGAATAAACATGGTG
ATTCGAAGTATCCATTGGTGCCAGGgtatattacctctttttcacttttccattttatatttgttaaggcgtgaccaactttgcttcatgtttaaaattctttattgaatcagcacaaatgcctttggaatagaactaaatatttgcttggagcttatagaaaattctgattatgtttttaatggttgtatcatagGCAT
GAAATTGTTGGAATTGTGAAAGAAGTTGGCATCAATGTGGTCCGTTTTAAGGTTGGCGATCATGTTGGAGTGGGTACATTTGTCAATTCCTGTCAGGAATGTGCATATTGTAACGAAAGGATGGAAGTCAAGTGTGAAAAAGGGGCTGTTTTCACCTTTAATGGTATTGATGTAGATGGCACAGTTACTAAAGGAGGATA
TTCTAGTCACATTGTTTGTCACCAAAGGTACTGCTTTAAGATACCAGACAATCTACCTCTGGCTTCAGCTGCACCTTTACTATGTGCAGGAATTACTGTTTACAGCCCTATGATTCGTTATCACATGAATCATGCAGGCAAGTCTCTTGGAGTAATTGGGCTAGGAGGTCTTGGTCATATGGCAGTAAAATTTGGAAAGG
CTTTTGGACTGAATGTAACAATTTTGAGCACATCTGTGTCAAAGAAGGATGAAGCATTGAACATTCTTGGAGCAGATAAATTTATACTGTCATCTGACAAAGAGCAGATAGAGGTAAATTACTAATATTACACTGCATTTTTTTCTATTGCAAATGTAGTGTGTCCAGAGAACATGGTTTTGAGTAGCATAAAAAATTGT
TATGGATCTGACATTTTATAAACTGCAGGCTGCATCAAAGACTCTAGATTTTATCATTGACACTGCTTCAGGGGACCACCCACTTGCTCTTTATATGCCACTTTTGAAGACTGCAGGAGTGTTTGTCATTGTAGGTTTTCCTAGTGAAATCAAGGTCCTCCCTGCGGATCTTATTATGGGCATGAAATCGATTGCAGGGA
GTTTAACAGGTGGCACCAAAGACACTCAAGAAATGCTTGATTTTTGTGCGAAGGAAAGAGTATATCCAAACATTGAAGTCGTTCCGATCCAGTATGTGAATGAGGCTTTAGATCGAATGATAAACAAAGATGTGAGATATCGCTTTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTTCAAGAATCAACACC
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Intron 6 GTACACCATG ... TTAACCGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 70.97 | 81.1 | 179.1 | 216.2 |
| A2 | 77.57 | 59.2 | 183.3 | 226.2 |
| A3 | 70.35 | 68.1 | 108.8 | 213.9 |
| A4 | 71.49 | 79.1 | 187.6 | 208.5 |
| A5 | 75.97 | 33.1 | 92 | 117.1 |
| A6 | 76.9 | 84.4 | 213.6 | 346.6 |
| A7 | 74.64 | 144.2 | 358.9 | 486.2 |
| A8 | 74.78 | 88.8 | 203.8 | 321.6 |
| A9 | 76.65 | 137.8 | 391.2 | 511.4 |
| A10 | 77.94 | 99.1 | 304.3 | 394.6 |
>TRINITY_DN124012_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformGTCAAGCTCCAGCTATTCGTTCAAATGAATAAGTACTTTCAAATGAATACGTACTTTAATTGGGTATATACTATATTACATTATATGCTCATTTTCTGTACTTGAAATAAGACGAGGCCAGAATTCCTGAATGAATGTCTAGTAGAGGATCAAACCTCTCAGATCGCTCATAAAGTGCTGCTGCAACAGGGATCTGCGAA
CTCTGAGCCAAGAGTACCAGGCCTTGATGATATCTCATTAAAGATTACTCATTGTGGAGTCTGTTATGCTGATGTTCAATGGACCCGGAATAAACATGGTGATTCGAAGTATCCATTGGTGCCAGGGCATGAAATTGTTGGAATTGTGAAAGAAGTTGGCATCAATGTGGTCCGTTTTAAGGTTGGCGATCATGTTGGAG
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AACCA
>TRINITY_DN124012_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCAAGCTCCAGCTATTCGTTCAAATGAATAAGTACTTTCAAATGAATACGTACTTTAATTGGGTATATACTATATTACATTATATGCTCATTTTCTGTACTTGAAATAAGACGAGGCCAGAATTCCTGAATGAATGTCTAGTAGAGGATCAAACCTCTCAGATCGCTCATAAAGTGCTGCTGCAACAGGGATCTGCGAA
CTCTGAGCCAAGgtacaccatgaatactaaagaagactgcaaggagaactgtataggatgggcagctcgagatccctcaggtgttttgtcaccttacgaatttaaccgaagAGTACCAGGCCTTGATGATATCTCATTAAAGATTACTCATTGTGGAGTCTGTTATGCTGATGTTCAATGGACCCGGAATAAACATGGTG
ATTCGAAGTATCCATTGGTGCCAGGGTATATTACCTCTTTTTCACTTTTCCATTTTATATTTGTTAAGGCGTGACCAACTTTGCTTCATGTTTAAAATTCTTTATTGAATCAGCACAAATGCCTTTGGAATAGAACTAAATATTTGCTTGGAGCTTATAGAAAATTCTGATTATGTTTTTAATGGTTGTATCATAGGCAT
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TTCTAGTCACATTGTTTGTCACCAAAGGTACTGCTTTAAGATACCAGACAATCTACCTCTGGCTTCAGCTGCACCTTTACTATGTGCAGGAATTACTGTTTACAGCCCTATGATTCGTTATCACATGAATCATGCAGGCAAGTCTCTTGGAGTAATTGGGCTAGGAGGTCTTGGTCATATGGCAGTAAAATTTGGAAAGG
CTTTTGGACTGAATGTAACAATTTTGAGCACATCTGTGTCAAAGAAGGATGAAGCATTGAACATTCTTGGAGCAGATAAATTTATACTGTCATCTGACAAAGAGCAGATAGAGGTAAATTACTAATATTACACTGCATTTTTTTCTATTGCAAATGTAGTGTGTCCAGAGAACATGGTTTTGAGTAGCATAAAAAATTGT
TATGGATCTGACATTTTATAAACTGCAGGCTGCATCAAAGACTCTAGATTTTATCATTGACACTGCTTCAGGGGACCACCCACTTGCTCTTTATATGCCACTTTTGAAGACTGCAGGAGTGTTTGTCATTGTAGGTTTTCCTAGTGAAATCAAGGTCCTCCCTGCGGATCTTATTATGGGCATGAAATCGATTGCAGGGA
GTTTAACAGGTGGCACCAAAGACACTCAAGAAATGCTTGATTTTTGTGCGAAGGAAAGAGTATATCCAAACATTGAAGTCGTTCCGATCCAGTATGTGAATGAGGCTTTAGATCGAATGATAAACAAAGATGTGAGATATCGCTTTGTAATTGATATTGAGAATTCTCTAGTCTCAGGGTGAACTTCAAGAATCAACACC
CAGGATGTGACACTGCTGATTTAAAATCTTAATGTTTCTTTGGCTTTATGTTATATAATTTGTTATATCATAATGGACGTATAATATGGTTATTATTTGTGATAGACATAATTATAAGCACGTGACTGGGGCATATGTACTATACAGATAGCCTCCCTCTCATTATGTATATTGTATCATCAAACTTATTGAATAAATTA
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