sp|Q6J9Z4|MATK_CYPCL ----> Maturase K

Intron 1 GCATTCTTGG ... ATTGGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	94.7	35	166	626
A2	92.59	37	125	462
A3	95.52	28	125	597
A4	92.67	44	162	556
A5	87.67	36	72	256
A6	87.1	8	15	54
A7	98.35	3	32	179
A8	100	0	26	178
A9	99.24	1	15	130
A10	98.58	2	29	139

>TRINITY_DN49252_c1_g1_i14 from sample A7 / Example spliced isoform

GTAGAGTACCAAATATGCGACTTTTGGTATTTGCATAAGATGTACTTAACTAGGGATAAGAGTTTTGGGCTTTGCTTAATATTTCTCATAATACATTTCAAGTATTTGTATAATATTTATCTTGAGATTTTTTGGTTTCCATTTAATATTTTATGGTTTGGTTTTTGTTAGGTTCAGTGGTTGGGGAAATTAAGGCTTCT
TTAGACGATTCATATTGTGGATATAGACAAGTGCAGTTGGTAAAGGTAAAGAAATGTGGTGATTTATCGATAAAAAAAATATATTGAAATTTCTATGTGAGAGAGATTGTAGTGTGCTGTCCATAAGCAGAGGCATTAGAAATTAAGGTAGGCCTTAAAAACCCATATTGTGGGTTTATGGCTAATGCAGATTCCATCGG
TATGTATGCATGGCTAAAGGTGAAGGTAAATGAAGGTAACTGGAATCTCAACACATTAGCAATGAAGGTTCAATG

>TRINITY_DN49252_c1_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGCTACATAATTTTATAGTTCTGTGTTTTCATTGAACTCATTTGCTGCTTCATAACTTTATCATGTATGTTTGTTTAAATTTAGAGGTGATGTAGGTAAATGAAGGTAATTGGAATCTCAACACATTAGCAAAACTTGCCTATAATTGAGTAGAGTATCAAATATGCGACTTTTGGTATTTGCATATGATGTAGTTAATT
ATGGATAAGAATTTTGGGCCTTTCAAATATGCGACTTTTGGTATTTGCATAAGATGTACTTAACTTAATATTTCTCATAATATATTTCAAGTATTTGTATAATATTTATCATGAGATTTTTTGGTTTCCATTTAATATTTTATGGTTTGGTTTTTGTTAGGTTCAGTGGTTGGGGAAATTAAGGCTTCTTTAGACGATTC
ATATTGTGGATATAGACAAGTGCAGTTGGTAAAGGTAAAGAAATGTGGTGATTTATCGATAAAAAAAATATATTGAAATTTCTATGTGAGAGAGATTGTAGTGTGCTGTCCATAAGCAGAGGCATTAGgcattcttggttgtccatggatgttttttggtgttgcaaagcagagtctgcccttgttatttctttttgttt
gttttctttttgttaattttttgctattgttgtttgtatcttttgctattgctgttttattgtttttttatgacttttgcagttctgagcatggccatgcaaatttgcggttttgtgttttgtttcttttgtttgctttctcatatgtttttcttatctttgtgaatggtttttgtttgggttcaattggtgcagAAATT
AAGGTAGGCCTTAAAAACCCATATTGTGGGTTTATGGCTAATGCAGATTCCATCGGTATGTATGCATGGCTAAAGGTGAAGAGGTGATGCAGGTAAATGAAGGTAACTGGAATCTCAACACATTAGCAATGAAGGTTCAATG

Intron 2 GTGAAGATTG ... GTTGGTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.74	216	237	72
A2	38	206.5	200	53
A3	39.88	185.5	173	73
A4	40.48	190.5	199	60
A5	31.41	112.5	75	28
A6	43.7	11	15	2
A7	60	10	20	10
A8	50.82	15	22	9
A9	46.21	16.5	19	9
A10	50.98	14.5	17	13

>TRINITY_DN110730_c0_g2_i12 from sample A5 / Example spliced isoform

GCTAAAGGTGAAGGTAAATGAAGGTAACTGGAATCTCAACACATTAGCAACGAAGGTTCAATGGTTGGGAAATTAAGGCTTCTCCAGACGATCCATATGTGCAGTTGGTAAAGGTGAAGATTGCGGTGGTAAAGAAATAGGGTGGTTCATTGATAGAAAAACAATTGAAATTTCTATGTTAGAGAGTGTAGTATACTATG
CAGAAGCAAAGGCATTGATTCCATCGGTATGTATGCATGGCTAAAGGTGAAGGTAAATGAAGGTAACTGGAATCTCAACACATTAGCAATGAAGGTTCAATGGTTGGGAAATTAAGGCTTCTCCAGACGATCCATATCGTAGATATAGACAAGTGCAATTGGTAAAGGTGAAGATTGCGGTGGTAAAGAAATAGGGTGGT
TCATTGATAGAAAAACA

>TRINITY_DN110730_c0_g2_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TATCTTTGTGAATGGTTTTTGTTTGGGTTCAATTGGTGCAGAAATTAAGGTAGGCCTTAAAAACCTATATTGTGGGTTTATGGCTAATGCAGATTCCATCGGTATGTATGCATGGCTAAAGGTGAAGAGGCGATGCAGGTAAATGAAGGTAACTGGAATCTCAACACATTAGCAACGAAGGTTCAATGGTTGGGAAATTA
AGGCTTCTCCAGACGATCCATATCGTAGATATAGACAAGTGCAATTGGTAAAGgtgaagattgcggtggtatgtatggttctatgcatgtttgttaaattatacacatcttacattatttttcatttatttaattagtgagtttgtagatatagacaagaatgcaatgcagtgcagttggtaaagGTGAAGATTGCGGTG
GTAAAGAAATATGGTGGTTCATTGATAGAAAAACAATTGAAATTTCTATGTTAGAGAGTGTAGTATACTATGCAGAAGCAAAGGCATTGATTCCATCGGTATGTATGCATGGCTAAAGGTGAAGAGGCGATGCAGGTAAATGAAGGTAACTGGAATCTCAACACATTAGCAATGAAGGTTCAATGGTTGGGAAATTAAGG
CTTCTCCAGACGATCCATATCGTAGATATAGACAAGTGCAATTGGTAAAGGTGAAGATTGCGGTGGTAAAGAAATAGGGTGGTTCATTGATAGAAAAACA

Intron 3 GTATGTATTG ... TTAAATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.67	121.3	233.5	184.1
A2	63.67	96.9	188.3	149.6
A3	60.14	121	197.9	160.3
A4	60.34	123.8	198.9	172.3
A5	50.26	67	78	57
A6	56.86	14.3	15.1	18.6
A7	37.08	11.5	11.1	4.4
A8	43.66	13.8	14.5	5.4
A9	45.35	18.8	19.3	10.5
A10	38.56	18.1	15	8.3

>TRINITY_DN122139_c1_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTTGTTTTCTTTTTGTTAATTTTTTGCTATTGTTGTTTGTATCTTTTGCTATTGCTGTTTTATTGTTTTTTTATGACTTTTGCAGTTCTGAGCATGGCCATGCAAATTTGCGGTTTTGTGTTTTGTTTCTTTTGTTTGCTTTCTCATATGTTTTTCTTATCTTTGTGAATGGTTTTTGTTTGGGTTCAATTGGTGCAGA
AATTAAGGTAGGCCTTAAAAACCTATATTGTGGGTTTATGGCTAATGCAGATTCCATCGGTATGTATGCATGGCTAAAGGTGAAGAGGTGATGCAGGTAAATGAAGGTAACTGGAATCTCAACACATTAGCAATGAAGGTTCAATGGT

>TRINITY_DN122139_c1_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTTGTTTTCTTTTTGTTAATTTTTTGCTATTGTTGTTTGTATCTTTTGCTATTGCTGTTTTATTGTTTTTTTATGACTTTTGCAGTTCTGAGCATGGCCATGCAAATTTGCGGTTTTGTGTTTTGTTTCTTTTGTTTGCTTTCTCATATGTTTTTCTTATCTTTGTGAATGGTTTTTGTTTGGGTTCAATTGGTGCAGA
AATTAAGGTAGGCCTTAAAAACCTATATTGTGGGTTTATGGCTAATGCAGATTCCATCGGTATGTATGCATGGCTAAAGGTGAAGgtatgtattggagaatgtacttgtacgttgctacataattttaaaattttatagttctgtgttttcattggactcatttgctgcttcataacattatcatgtatgcttgtttaaa
tttagAGGTGATGCAGGTAAATGAAGGTAACTGGAATCTCAACACATTAGCAATGAAGGTTCAATGGT

Intron 4 GTATGTATGG ... TGCAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.98	313.1	302.6	205.1
A2	49.21	302	252.9	166.3
A3	48.31	316.1	263.5	183.3
A4	50.06	292.4	262.4	193.5
A5	45.64	155	110.9	98.8
A6	47.7	27.3	19.8	15.8
A7	29.7	93.4	25	18.4
A8	30.92	89.8	27	8.8
A9	34.98	55	21	11.8
A10	31.84	64.4	19.8	6.5

>TRINITY_DN129051_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

AGGTGAAGGTATGTATTGGAGAATGTACTTGTACGTTGCTACATAATTTTAAAATTTTATAGTTCTGTGTTTTCATTGGACTCATTTGCTGCTTCATAACATTATCATGTATGCTTGTTTAAATTTAGAGGTGATGCAGGTAAATGAAGGTAACTGGAATCTCAACACATTAGCAACGAAGGTTCAATGGTTGGGAAATT
AAGGCTTCTCCAGACGATCCATATCGTAGATATAGACAAGTGCAATTGGTAAAGGTGAAGATTGCGGTGGTAAAGAAATAGGGTGGTTCATTGATAGAAAAACAATTGAAATTTCTATGTTAGAGAGTGTAGTATACTATGCAGAAGCAAAGGCATTGGTGAGTTCGCTTTTTGTTTATAATTTCTAGTGTTTACAGATG
TACTTGGGCATAATATTATTCATAAGATTTTTGGTTTGTTTTCAGATATT

>TRINITY_DN129051_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGGTGAAGGTATGTATTGGAGAATGTACTTGTACGTTGCTACATAATTTTAAAATTTTATAGTTCTGTGTTTTCATTGGACTCATTTGCTGCTTCATAACATTATCATGTATGCTTGTTTAAATTTAGAGGTGATGCAGGTAAATGAAGGTAACTGGAATCTCAACACATTAGCAACGAAGGTTCAATGGTTGGGAAATT
AAGGCTTCTCCAGACGATCCATATCGTAGATATAGACAAGTGCAATTGGTAAAGGTGAAGATTGCGGTGgtatgtatggttctatgcatgtttgttaaattatacacatcttacattatttttcatttatttaattagtgagttgaatgcaatgcagGTAAAGAAATAGGGTGGTTCATTGATAGAAAAACAATTGAAAT
TTCTATGTTAGAGAGTGTAGTATACTATGCAGAAGCAAAGGCATTGGTGAGTTCGCTTTTTGTTTATAATTTCTAGTGTTTACAGATGTACTTGGGCATAATATTATTCATAAGATTTTTGGTTTGTTTTCAGATATT

Intron 5 GTATGTATGG ... TGCAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.54	281	861	422
A2	77.03	158	672	388
A3	74.05	226	820	470
A4	73.73	225	817	446
A5	81.87	70	395	237
A6	66.18	23	57	33
A7	37.8	167	156	47
A8	34.91	193	157	50
A9	35.6	123	112	24
A10	36.29	115	102	29

>TRINITY_DN49252_c1_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTTGTTTAAATTTAGAGGCATTGCAGTTAAAGGAAGGTAACTGGAGTTTCAATACATCAACAAAACTTGCCTCTAATTGAGTAGAGTACCAAATATGCGACTTTTGGTATTTGCATAAGATGTACTTAATTATGGATAGGAGTTTTGGGCTTTGCTTAGTATTTCTCATAATATATTTCAAGTATTTGTATAATATTTA
TCATGAAATTTTTTGGTCTCGATTTAATATTTTATGATTTGGTTTTTGTTAGTTTCAATGGTTGGGGAAATTAAGGCTTCTCCAGACGATCCATATTGTGGATACAGACAAGTGCAGTTGGTAAATGTGAAGATTGTGGTGGTAAAGAAATGTGGTGGTTCATCGATAAAAAAAGGGTGTTCTTGGTTGTCCATGGATGC
TTTTTGGTATTGCAAAGCGGAGC

>TRINITY_DN49252_c1_g1_i11 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTTTGTTTAAATTTAGAGGCATTGCAGTTAAAGGAAGGTAACTGGAGTTTCAATACATCAACAAAACTTGCCTCTAATTGAGTAGAGTACCAAATATGCGACTTTTGGTATTTGCATAAGATGTACTTAATTATGGATAGGAGTTTTGGGCTTTGCTTAGTATTTCTCATAATATATTTCAAGTATTTGTATAATATTTA
TCATGAAATTTTTTGGTCTCGATTTAATATTTTATGATTTGGTTTTTGTTAGTTTCAATGGTTGGGGAAATTAAGGCTTCTCCAGACGATCCATATTGTGGATATAGACAAGTGCAGTTGGTAAAGGTGAAGATTGTGGTGgtatgtatggttccatgcatttttgttaaattagagacatcttacattgtttggcatct
atttaattattgagtctaatgcaatgcagGTAAAGAAATGTGGTGGTTTATCGATAAAAAAACTATTGAAATTTCTATGTGAGAGAGATTGTAGTGTGCTGTCCA

Intron 6 GTATGTATGG ... CACAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.87	259	59	179
A2	46.03	170	62	145
A3	47.31	176	61	158
A4	40.6	218	44	149
A5	40.32	74	16	50
A6	31.82	75	1	35
A7	42.03	349	67.5	253
A8	39.42	292	67.5	190
A9	37.3	200	22.5	119
A10	41.3	189	24	133

>TRINITY_DN129051_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GTGCGCAAATTAAGGTAGGCCTTAACAACCCATATTGTGGGTTTATGGCTAATGCAGATTCCATCGGTATGTATGCATGGCTAAAGGTGAGTGCGCAAATTAAGGTAGGCCTTAACAACCCATATTGTGGGTTTATGGCTAACGCAGATCCCATCGATATGAGAGGTGATGCAGGTAAATGAAGGTAACTGGAATCTCAA
CACATTAGCAACGATATGTATGGCTAAAGGCGGAGTGGTCGGGGAAATTAAGGCTTTCGAACCTATTTTGTGGATATAGACAAGTGCAATGGGTGAAGGTGAAGTTTTAGGTGGGAAAGAAATGTGTATTGAAATATCTATGTAAGAGAGATTGTAGTATACTATGCAGAAGCAAAGGCATTGGTTGAAATATCTATGCA
AGAGAGATTGTAGTATACTATGCAGAAGCAAAGGCATTGGTCAAAAGCATTGGTGAGTTATCTTTTTGTTTATAAGTTTTGGTGTTTACACATGTAGTTGTGCATAATATTACTCATAA

>TRINITY_DN129051_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTGCGCAAATTAAGGTAGGCCTTAACAACCCATATTGTGGGTTTATGGCTAATGCAGATTCCATCGGTATGTATGCATGGCTAAAGGTGAGTGCGCAAATTAAGGTAGGCCTTAACAACCCATATTGTGGGTTTATGGCTAACGCAGATCCCATCGATATGAGAGGTGATGCAGGTAAATGAAGGTAACTGGAATCTCAA
CACATTAGCAACGATATGTATGGCTAAAGGCGGAGTGGTCGGGGAAATTAAGGCTTTCGAACCTATTTTGTGGATATAGACAAGTGCAATGGGTGAAGGTGAAGTTTTAGGTGgtatgtatggttccatgtatgtctgttaaattagagacattttatgttatttgtcatttatttaattcttgagtccaatgcacaatg
cagGGAAAGAAATGTGTATTGAAATATCTATGTAAGAGAGATTGTAGTATACTATGCAGAAGCAAAGGCATTGGTTGAAATATCTATGCAAGAGAGATTGTAGTATACTATGCAGAAGCAAAGGCATTGGTCAAAAGCATTGGTGAGTTATCTTTTTGTTTATAAGTTTTGGTGTTTACACATGTAGTTGTGCATAATAT
TACTCATAA

Intron 7 GTAGAGTACC ... TTTTTGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	87.33	103	406	1017
A2	88.7	53	254	581
A3	88.03	70	358	674
A4	89.15	67	349.5	755
A5	85.62	35	150	268
A6	82.23	15	51	88.5
A7	78.85	81	223	382
A8	77.2	89	208	395.5
A9	78.17	58	174	241.5
A10	68.26	87	127	247.5

>TRINITY_DN49252_c1_g1_i13 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTTGTTTAAATTTAGAGGCATTGCAGTTAAAGGAAGGTAACTGGAGTTTCAATACATCAACAAAACTTGCCTCTAATTGATTTCAATGGTTGGGGAAATTAAGGCTTCTCCAGACGATCCATATTGTGGATACAGACAAGTGCAGTTGGTAAATGTGAAGATTGTGGTGGTAAAGAAATGTGGTGGTTCATCGATAAAA
AAAGGTATTAAAATTTCTATGTGAAAGAGATTGCAGTATACTT

>TRINITY_DN49252_c1_g1_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTTTGTTTAAATTTAGAGGCATTGCAGTTAAAGGAAGGTAACTGGAGTTTCAATACATCAACAAAACTTGCCTCTAATTGAgtagagtaccaaatatgcgacttttggtatttgcataagatgtacttaattatggataggagttttgggctttgcttagtatttctcataatatatttcaagtatttgtataatattta
tcatgaaattttttggtctcgatttaatattttatgatttggtttttgttagTTTCAATGGTTGGGGAAATTAAGGCTTCTCCAGACGATCCATATTGTGGATATAGACAAGTGCAGTTGGTAAAGGTGAAGATTGTGGTGGTAAAGAAATGTGGTGGTTCATCGATAAAAAAAGGTATTAAAATTTCTATGTGAAAGAG
ATTGCAGTATACTT