NA ----> NA
Intron 1 GTTAGGCTTG ... TGACCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.28 | 21 | 13 | 41 |
| A2 | 59.6 | 9.5 | 7 | 14 |
| A3 | 58.43 | 18.5 | 1 | 26 |
| A4 | 59.9 | 13 | 6 | 19 |
| A5 | 67.7 | 11 | 0 | 23 |
| A6 | 62.07 | 27.5 | 3 | 45 |
| A7 | 57.16 | 54 | 11 | 72 |
| A8 | 63.79 | 21 | 3 | 37 |
| A9 | 62.61 | 21.5 | 5 | 36 |
| A10 | 69.57 | 28 | 3 | 64 |
>TRINITY_DN122199_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformAATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCT
TTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGACAAATAGTTTTTTTTTGTTCAAGGTAAGAATCTTCGTCAACTTTCGTTTATGTGTTACAGAAGAATAGCTGATTTTTGTTTTCTCGAAAATTTGTAACAAGATATTTATTTTCATTTTTTCATGCAGTAGAATTAATTAAGTAGGCGAGCCT
TGGCGTTCTGTGACAAGCTTCTTCAGCTAAAAGCCTAAAACGAATGAAATATATGAATTTACGCTTTTATTGATCCTTTCCAAATTCCCGGACATAGGCTGCTTCTGAGCAATTTGTCTGTCTGTGAAGCTAGTCGTTCCTTTAAAATATGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCAGTTCTTCGGTAAAAAATTATTCTGCAA
AGCAGAAATGAACGATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCTGTTCTTCGGTAAAAAATTATTCTGGAAAGCAGAAATGAACGATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCTGTTCTTGGGTTAAAAATTATTCTGCAAAGCAGAAATGAACGATTCCGCT
GTTATTTATCTTGTACTCCATCAGGGATTATTTTCTTTATTTTGAACCCCCGTGAGAATTCGAAAACCCTCGTCAGGGCAGAAGTTTATAATCAAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCA
CCTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTTGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAA
GCAATTAGAAGCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAG
CCGTGGCCTCCAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGT
>TRINITY_DN122199_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCT
TTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGACAAATAGTTTTTTTTTGTTCAAGGTAAGAATCTTCGTCAACTTTCGTTTATGTGTTACAGAAGAATAGCTGATTTTTGTTTTCTCGAAAATTTGTAACAAGATATTTATTTTCATTTTTTCATGCAGTAGAATTAATTAAGTAGGCGAGCCT
TGGCGTTCTGTGACAAGCTTCTTCAGCTAAAAGCCTAAAACGAATGAAATATATGAATTTACGCTTTTATTGATCCTTTCCAAATTCCCGGACATAGGCTGCTTCTGAGCAATTTGTCTGTCTGTGAAGCTAGTCGTTCCTTTAAAATATGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCAGTTCTTCGGTAAAAAATTATTCTGCAA
AGCAGAAATGAACGATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCTGTTCTTCGGTAAAAAATTATTCTGGAAAGCAGAAATGAACGATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCTGTTCTTGGGTTAAAAATTATTCTGCAAAGCAGAAATGAACGATTCCGCT
GTTATTTATCTTGTACTCCATCAGGGATTATTTTCTTTATTTTGAACCCCCGTGAGAATTCGAAAACCCTCGTCAGGGCAGAAGTTTATAATCAAGgttaggcttgctgccattatttaaataatatgtagaaatatctttaaaatttagagtatgtaatccatggtcaagatgacctttggaatgtgggtaaaacaatt
tagcctgttcatgaaactaaactgaaaactaaaccatacgaattgtttcgagccaaacgttttaagttgaagctaaaaatagatttcttcaagaatattttgagcggtctttcttcttccatttctttaaaattctttccttgttcaactgtttctgaaataaatgcagttatgttggaactacatttatttcgcaacta
tgcctcaggcatcctttataatttcgatctcgataatcttgttaatactgttttcagttttaattacccttgtccatgaccttcagCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAG
ACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTTGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAA
GCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTC
CAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAATTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGA
CTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGTTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTG
GAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTAAGTGTTCTTGTAATCGTCCTTTTATTTGTTAATTTAGGAGTAGATTTTGTATATTTAGAATTATCGAGACTTTTGACTTGTAAAAAGAGTTTATACACTCATTATTCTCATATAATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAG
TGAGATCTACTTGAGTAATTGGTTATGCTTAATGATTGGTTAGCATCAAATTCACCATTTGTTATAGTCTCTATACCTTCACCATTAAAAATATGTGTTTTAAAACTCTCTTCGATCTCAAATATCATAATCATTTCTATCAACAACCACATGGTCATCAACCACACAACTTTGGATTCGTGATAGTTGGTTAGAACACA
AATACAACATTAAAAATATGGTGTCTTAAAACTTTCTTCGATCTCAAATATCATAATCATTTCTATCAACAACCACATGGGCCTCAACCACACAAAACTTTGGATTCAACAACCGACATACATTTTAAGTAGATGTCTACTTATAGTTCGCCTTTTAATGTAATGGGGTACCACTTTTCAATGGGTGCGTTGATGCTCAC
GCTAGGTTGTTAACGCCGCACACATTCACGCATTTGGATATAACTATATTTGATGTATACTTGTAATTCGCCCTTGGACACCATTGTTTAAACGGTGGGTTTTTAATGCAAACTACATCATTGGTATGCAATGGAGAGAGATATAACTACAAAAGATATTTATATAATATGTGTGAACGGTGGGTTTGCTTAATGCAAAC
TACATCATTGTTATGCAATGGAGAGAGATATAACTACAAAAGATATTTATATAAATTGTGTGATATTGAAGAGTTACAGAAATGTTGAAGATGTAGAAATTGTGTAACATTGCAGAGTTGTGACATATTGAAGATATGTGTAATTTTGGAGAGTAGTAACAAACCTCTGGGCTGGGACAACCATCAAAATTCTTATTATG
ACGAGGAAGGGGATAGTCCCAACCATCCGAGATGGGACATAGGGATAATAGATATATCATCCTAAAAAGGTTAATCATGCCCTCCTCTTGTCCTTGGCACAATAATGCCA
Intron 2 GTAAGAATCT ... CTGTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.66 | 41 | 32 | 29 |
| A2 | 24.71 | 32 | 12 | 9 |
| A3 | 41.94 | 27 | 28 | 11 |
| A4 | 53.85 | 18 | 28 | 14 |
| A5 | 39.29 | 17 | 7 | 15 |
| A6 | 28.57 | 65 | 31 | 21 |
| A7 | 33.68 | 63 | 35 | 29 |
| A8 | 28.47 | 49 | 16 | 23 |
| A9 | 29.41 | 48 | 22 | 18 |
| A10 | 30 | 91 | 36 | 42 |
>TRINITY_DN114972_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformCGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTTTAATT
TAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCAC
CTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGTATATCCGAAATCCATAATCGTTTCCGTATTGTGATCCATCGATTTCTAATTAAATTTTCCGACTTGAAAGCTT
GGGATTAAGGATGAATGCACCTCATTTGTTACATAGCAGAGAGAGAGGATTTATCTTTAAATCTTTAATATGAGCTATATGTATGTCTTAGAAGTTGTAAATGAAAATATTAATGAACAT
>TRINITY_DN114972_c0_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:CGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTTTAATT
TAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGgtaagaatcttcgtcaactttcgtttatgtgttacagaagaatagctgatttttgttttctcgaaaatttgtaacaagatatttattttcattttttcatgcagtagaattaattaagtaggcgagccttggcg
ttctgtgacaagcttcttcagctaaaagcctaaaacgaatgaaatatatgaatttacgcttttattgatcctttccaaattcccggacataggctgcttctgagcaatttgtctgtctgtgaagctagtcgttcctttaaaatatgcttttctgtttaattaagcccagttcttcggtaaaaaattattctgcaaagcag
aaatgaacgattccgctgttatttatcttgtactgcttttctgtttaattaagccctgttcttcggtaaaaaattattctggaaagcagaaatgaacgattccgctgttatttatcttgtactgcttttctgtttaattaagccctgttcttcggttaaaaattattctgcaaagcagaaatgaacgattccgctgttat
ttatcttgtactccatcagggattattttctttattttgaacccccgtgagaattcgaaaaccctcgtcagggcagaagtttttaatcaaggttaggcttgctgccattatttaaataatatgtagaaatatctttaaaatttagagtatgtaatccatggtcaagatgacctttggaatgtgggtaaaacaatttagcc
tgttcatgaaactaaactgaaaactaaaccatacgaattgtttcgagccaaacgtttgaagttaaagctaaaaatagatttcttcaagaatattttgagcggtctttcttcttccatttctttaaaattctttccttgttcaactgtttctgaaataaatgcagttatgttggaactacatttatttcgcaactatgcct
caggcatcctttataatttcgatctcgataatcttgttaatactgttttcagTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAGACAAA
GAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAAGCTCA
AGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTCCAATC
AAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAAGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTG
CTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGCTGGTCAAGCAGCACAGACAACTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATG
AATAACTATTGATCTTATGACGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCTCGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGGTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGCT
GCTCAAGCAGCACAGACACCTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCA
ATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAATTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGT
Intron 3 GTAAGAATCT ... TATAATCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.62 | 40 | 13 | 24 |
| A2 | 20.93 | 34 | 8 | 10 |
| A3 | 36.26 | 29 | 15 | 18 |
| A4 | 34.48 | 19 | 4 | 16 |
| A5 | 24.53 | 20 | 3 | 10 |
| A6 | 24.1 | 63 | 13 | 27 |
| A7 | 28.8 | 89 | 16 | 56 |
| A8 | 22.39 | 52 | 9 | 21 |
| A9 | 24.19 | 47 | 8 | 22 |
| A10 | 16.42 | 84 | 6 | 27 |
>TRINITY_DN110168_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoformGAATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTC
TTTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGACAAATAGTTTTTTTTTGTTCAGAATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGA
AAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTTTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGAGTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAGACCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACT
AGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAG
AAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAAGCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAG
CAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTCCAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTT
GTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAAGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGTTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTA
GCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTAAGTGTTCTTGTAATCGTCCTTTTATTTGTTAATTTAGGAGTGGATTTTGTATCTTTAGAATTATCGAGACTTTTGACTTGTA
AAAAGAGTTTATACACTCATTATTCTCATATAATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTGAGATCTACTTGAGTAATTGGTTATGCTTAATGATTGGTTAGCATCAAATTCACCATTTGTTATAGTCTCTATACCTTCACCATTAAAAATAT
>TRINITY_DN110168_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTC
TTTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGACAAATAGTTTTTTTTTGTTCAGAATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGA
AAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTTTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGAGTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAGAgtaagaatcttcgtcaactttcgtt
tatgtgttacagaagaatagctgatttttgttttctcgaaaatttgtaacaagatatttattttcattttttcatgcagtagaattaattaagtaggcgagccttggcgttctgtgacaagcttcttcagctaaaagcctaaaacgaatgaaatatatgaatttacgcttttattgatcctttccaaattcccggacata
ggctgcttctgagcaatttgtctgtctgtgaagctagtcgttcctttaaaatatgcttttctgtttaattaagcccagttcttcggtaaaaaattattctgcgaagcagaaatgaacgattccgctgttatttatcttgtactgcttttctgtttaattaagccctgttcttcggtaaaaaattattctggaaagcagaa
atgaacgattccgctgttatttatcttgtactgcttttctgtttaattaagccctgttcttcggttaaaaattattctgcaaagcagaaatgaacgattccgctgttatttatcttgtactccatcagggattattttctttattttgaacccccgtgagaattcgaaaaccctcgtcagggcagaagtttataatcaag
CCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAG
AATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGTATATCCGAAATCCATAATCGTTTCCGTATTGTGATCCATCGATTTCTAATTAAATTTTCCGACTTGAAAGCTTGGGATTAAGG
Intron 4 GTAAGAATCT ... TGACCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.05 | 35 | 32 | 41 |
| A2 | 33.33 | 26 | 12 | 14 |
| A3 | 42.19 | 37 | 28 | 26 |
| A4 | 56.63 | 18 | 28 | 19 |
| A5 | 51.72 | 14 | 7 | 23 |
| A6 | 37.25 | 64 | 31 | 45 |
| A7 | 35.79 | 96 | 35 | 72 |
| A8 | 33.33 | 53 | 16 | 37 |
| A9 | 29.59 | 69 | 22 | 36 |
| A10 | 33.56 | 99 | 36 | 64 |
>TRINITY_DN42945_c0_g1_i15 from sample A8 / Example spliced isoformATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTT
TAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAG
TACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAAGCTCAAGAGAAGGCT
CGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTCCAATCAAAACTCTGC
TAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTAACGCTTCTTAATCAATGCTGAACTAAAGCAATTTTTTAGATCTCTCTATTCCTTTTTATGGCAGAGTTATACGCTGGCTCAGCTTCAAATTTCCTTGAGAACAGACAAACCCAGCCAATAGTTAAC
AAAGACAGGAGTTACTCTTCTCAGAAGAATTTTGAACTTAGCAGTTTACCTGCCTTTGAACTTTAAAGTAGGTGAAGGAAACTGCTCTCCAATCTTTATAAATGCACTATATTCTTCTATCATCCACTCAAGCCTTGTAGTGAGTTTCATTTGTTCTTGATGCGAGAGTGCTGTGGGTACCCAATGGCACCATTCTGTAA
CATCATTTGAAAGCAGAACGTTATCAATATTCCACCAATTAAAGCCAAACAATTCAAAAGGTGAATCGCTTATTTCACGGGAATAAGCTACTCGTGGAGCAAACAGAACCTATTTTCCGGTGGGTTTTCTTTACACGTCTGTTTCTTTCTTAGAGCGATAGTGGTGTGGGTTTCAGATGCCACCATTCTGTGACATTATC
TTTCTTGGTGCGATAGTGATGTGGGTATCAGCCACCATTCTGCGACATTATTGGAAAGAAGACGTTGTCAGTATTCCACCGATTAAAGCTAAACTACTCATAAGGGGAATAGGTTATTCGTGTAAGTTTCCTTTACAAATCCGTTTCTTTCTTGGTGCGAGAGTGGTATCCAATGACACATTCTATGACATTATTGGAAA
GCATAAAGTTGTCAATATTCCACCAATTAAAGTTAAACTACTCATAAGGGGAATGTACTATTCATGTAGCAAACATAGCCTATTTTTCTGTGGGCTTTCTTTATAAATGACGGGTTGTTGAAATTATAATAGCACCACTTAACTAATCAATAGCACTTCCAGTAGAACAAGAGTTAAACCCGGGCCAGAGCTAAGGGTTA
ACCTTACTGATGGAATTAATAGCGCTGGGGGCTCCTACTTCCTTTCGGCTGGCTAGGTGGGTTTAAGCTGACAGTCGAAACTTTGGAACTTCCATACACCTTTGCATGGCAGCGTTATACGAGGGGCTCTGCTTGAAATTTCCATGAGAACAGACAAACCCAGTCAATAGTTAACACAGAAAGGAGTTCCTCTTCTTCAG
AAGAATTTGAACTCAGTGGCTTACCTGCGGTTTGAGCTTTGAATTAGTAGAAACACACTGCTCTCCAGTCTTCATAAATGCAATATATTCTTATTTCGTCCACTCTGCCTTGCCTTGTGAGTTTCATTCGTACTTGGTACGAGAGTGGTGTGGGTATCCAATGCCACCATTCTATGACAATATTGGAAAGCAGATAGCCG
ATTCACGTGAATAGTCTATTTACATGAATAAGCTAAATTATTCATAGCAAACAGAGC
>TRINITY_DN42945_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:ATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTT
TAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGgtaagaatcttcgtcaactttcgtttatgtgttacagaagaatagctgatttttgttttctcgaaaatttgtaacaagatatttattttcattttttcatgcagtagaattaattaagtaggcgagcct
tggcgttctgtgacaagcttcttcagctaaaagcctaaaacgaatgaaatatatgaatttacgcttttattgatcctttccaaattcccggacataggctgcttctgagcaatttgtctgtctgtgaagctagtcgttcctttaaaatatgcttttctgtttaattaagcccagttcttcggtaaaaaattattctgcaa
agcagaaatgaacgattccgctgttatttatcttgtactgcttttctgtttaattaagccctgttcttgggttaaaaattattctgcaaagcagaaatgaacgattccgctgttatttatcttgtactccatcagggattattttctttattttgaacccccgtgagaattcgaaaaccctcgtcagggcagaagtttat
aatcaaggttaggcttgctgccattatttaaataatatgtagaaatatctttaaaatttagagtatgtaatccatggtcaagatgacctttggaatgtgggtaaaacaatttagcctgttcatgaaactaaactgaaaactaaaccatacgaattgtttcgagccaaacgtttgaagttaaagctaaaaatagatttctt
caagaatattttgagcggtctttcttcttccatttctttaaaattctttccttgttcaactgtttctgaaataaatgcagttatgttggaactacatttatttcgcaactatgcctcaggcatcctttataatttcgatctcgataatcttgttaatactgttttcagttttaattacccttgtccatgaccttcagCCT
TTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAAT
TTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAAGCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGC
AGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTCCAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTT
TAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAATTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGTTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGCA
ACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTT
CTCAGATGTCTCGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGCTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAAT
CAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTAAGTGTTCTTGTAATCGTCCTTTTATTTGTTAATTTAGGAGTGGATTTTGTATCTTTAGAATTATCGAGACTTTTGACTTGTAAAAAGAGTTTATACACTCATTATTCTCATATAATAGTT
ATCCATGTACATGATTAATTAGTATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTGAGATCTACTTGAGTAATTGGTTATGCTTAATGATTGGTTAGCATCAAATTCACCATTTGTTATAGTCTCTATACCTTCACCATTAAAAATATAGTGTTTTAAAACTCTCTTCGATCTCAAATATCATAATCATTTCTATCAACAACC
ACATGGGCCTCAACCACACAAAACTTTGGATTCAACAACCGACATACATTTTAAGTAGATGTCTACTTATAGTTCGCCTTTTAATGCAATGGGGTACCACTTTTCAATGGGTGCGTTGATGCTCACG
Intron 5 GTAAGAATCT ... CTGTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 43.84 | 41 | 32 | 11 |
| A2 | 27.27 | 32 | 12 | 4.3 |
| A3 | 50.91 | 27 | 28 | 4.3 |
| A4 | 60.87 | 18 | 28 | 6 |
| A5 | 29.17 | 17 | 7 | 5 |
| A6 | 32.29 | 65 | 31 | 7 |
| A7 | 35.71 | 63 | 35 | 10.3 |
| A8 | 24.62 | 49 | 16 | 8.3 |
| A9 | 31.43 | 48 | 22 | 6 |
| A10 | 28.35 | 91 | 36 | 14.7 |
>TRINITY_DN114972_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformCGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTTTAATT
TAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCAC
CTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAG
CAATTAGAAGCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGC
CGTGGCCTCCAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAAGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAG
ATCCACAGACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGTTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGGTCAAGCAGCACAGACAACTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCG
GAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCTCGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATG
CAGGTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGCTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTTT
AACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAATTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGTAAGTGTTCTTGTAATCGTCCTTTTATTTGTTAATTTAGGAGTGGATTTTGTATCTTTAGAATTATCGAGACTTTTGACTT
GTAAAAAGAGTTTATACACTCATTATTCTCATATAATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTGAGATCTACTTGAGTAATTGGTTATGCTTAATGATTGGTTAGCATCAAATTCACCATTTGTTATAGTCTCTATACCTTCACCATTAAAAATATGTGTTTTAAAACTCTCTTCGATCTCAAATATCATAAT
>TRINITY_DN114972_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:CGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTTTAATT
TAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGgtaagaatcttcgtcaactttcgtttatgtgttacagaagaatagctgatttttgttttctcgaaaatttgtaacaagatatttattttcattttttcatgcagtagaattaattaagtaggcgagccttggcg
ttctgtgacaagcttcttcagctaaaagcctaaaacgaatgaaatatatgaatttacgcttttattgatcctttccaaattcccggacataggctgcttctgagcaatttgtctgtctgtgaagctagtcgttcctttaaaatatgcttttctgtttaattaagcccagttcttcggtaaaaaattattctgcaaagcag
aaatgaacgattccgctgttatttatcttgtactgcttttctgtttaattaagccctgttcttcggtaaaaaattattctggaaagcagaaatgaacgattccgctgttatttatcttgtactgcttttctgtttaattaagccctgttcttcggttaaaaattattctgcaaagcagaaatgaacgattccgctgttat
ttatcttgtactccatcagggattattttctttattttgaacccccgtgagaattcgaaaaccctcgtcagggcagaagtttttaatcaaggttaggcttgctgccattatttaaataatatgtagaaatatctttaaaatttagtgtatgtaatccatagtcaagatgacctttggaatgtgggtaaaacaatttagcc
tgttcatgaaactaaactgaaaactaaaccatacgaattgtttcgagccaaacgttttaagttgaagctaaaaatagatttcttcaagaatattttgagcggtctttctttcttccatttctttaaaattctttccttgttcaactgtttctgaaataaatgcagttatgttggaactacatttatttcgcaactatgcc
tcaggcatcctttataatttcgatctcgataatcttgttaatactgttttcagTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAG
Intron 6 GTATATCCGA ... ACACTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.46 | 28.9 | 19.1 | 17 |
| A2 | 24.9 | 58 | 17 | 21.5 |
| A3 | 24.14 | 33 | 15 | 6 |
| A4 | 23.97 | 46 | 17 | 12 |
| A5 | 33.55 | 18.8 | 11 | 8 |
| A6 | 21.34 | 115.1 | 21 | 41.5 |
| A7 | 16.24 | 139 | 23 | 30.9 |
| A8 | 17.79 | 109.6 | 22 | 25.5 |
| A9 | 18.23 | 83 | 16 | 21 |
| A10 | 16.84 | 143 | 31 | 26.9 |
>TRINITY_DN122199_c0_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoformAATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCT
TTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGACAAATAGTTTTTTTTTGTTCAAGGTAAGAATCTTCGTCAACTTTCGTTTATGTGTTACAGAAGAATAGCTGATTTTTGTTTTCTCGAAAATTTGTAACAAGATATTTATTTTCATTTTTTCATGCAGTAGAATTAATTAAGTAGGCGAGCCT
TGGCGTTCTGTGACAAGCTTCTTCAGCTAAAAGCCTAAAACGAATGAAATATATGAATTTACGCTTTTATTGATCCTTTCCAAATTCCCGGACATAGGCTGCTTCTGAGCAATTTGTCTGTCTGTGAAGCTAGTCGTTCCTTTAAAATATGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCAGTTCTTCGGTAAAAAATTATTCTGCAA
AGCAGAAATGAACGATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCTGTTCTTCGGTAAAAAATTATTCTGGAAAGCAGAAATGAACGATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCTGTTCTTGGGTTAAAAATTATTCTGCAAAGCAGAAATGAACGATTCCGCT
GTTATTTATCTTGTACTCCATCAGGGATTATTTTCTTTATTTTGAACCCCCGTGAGAATTCGAAAACCCTCGTCAGGGCAGAAGTTTATAATCAAGGTTAGGCTTGCTGCCATTATTTAAATAATATGTAGAAATATCTTTAAAATTTAGAGTATGTAATCCATGGTCAAGATGACCTTTGGAATGTGGGTAAAACAATT
TAGCCTGTTCATGAAACTAAACTGAAAACTAAACCATACGAATTGTTTCGAGCCAAACGTTTTAAGTTGAAGCTAAAAATAGATTTCTTCAAGAATATTTTGAGCGGTCTTTCTTCTTCCATTTCTTTAAAATTCTTTCCTTGTTCAACTGTTTCTGAAATAAATGCAGTTATGTTGGAACTACATTTATTTCGCAACTA
TGCCTCAGGCATCCTTTATAATTTCGATCTCGATAATCTTGTTAATACTGTTTTCAGTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAG
ACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTTGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAA
GCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTC
CAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTAACGGTTCTTAATCAATGCTGAACTAAAGCAATTTTTTAGATCTCTCTATTCCTTTTTAAGGCAGAGTTATACGCTGGCTCAGCTTCAAATTTCCTTGAGAACAGACAAACC
CAGCCAATAGTTAACAAAGACAGGAGTTACTCTTCTCAGAAGAATTTTGAACTTAGCAGTTTACCTGCCTTTGAACTTTAAAGTAGGTGAAGGAAACTGCTCTCCAATCTTTATAAATGCACTATATTCTTCTATCATCCACTCAAGCCTTGTAGTGAGTTTCATTTGTTCTTGATGCGAGAGTGCTGTGGGTACCCAAT
GGCACCATTCTGTAACATCATTTGAAAGCAGAACGTTATCAATATTCCACCAATTAAAGCCAAACAATTCAAAAGGTGAATCGCTTATTTCACGGGAATAAGCTACTCGTGGAGCAAACAGAACCTATTTTCCGGTGGGTTTTCTTTACACGTCTGTTTCTTTCTTAGAGCGATAGTGGTGTGGGTTTCAGATGCCACCA
TTCTGTGACATTATCTTTCTTGGTGCGATAGTGATGTGGGTATCAGCCACCATTCTGCGACATTATTGGAAAGAAGACGTTGTCAGTATTCCACCGATTAAAGCTAAACTACTCATAAGGGGAATAGGTTATTCGTGTAAGTTTCCTTTACAAATCCGTTTCTTTCTGGGTGCGAGAGTGGTATCCAATGACACATTCTA
GGACATTATTGGAAAGCATAAAGTTGTCAATATTCCACCAATTAAAGTTAAACTACTCTAAGGGGAATGTACTATTCATGAAGCAAACATAGCCTATTTTTCTGTGGGCTTTCTTTATAAATGACGGGTTGTTGAAATTATAATAGCACCACTTAACTAATCAATAGCACTTCCAGTAGAACAAGAGTTAAACCCGGGCC
AGAGCTAAGGGTTAACCTTACTGATGGAATTAATAGCGCTGGGGGCTCCTACTTCCTTTCGGCTGGCTAGGTGGGTTTAAGCTGACAGTCGAAACTTTGGAACTTCCATACACCTTTGCATGGCAGCGTTATACGAGGGGCTCTGCTTGAAATTTCCATGAGAACAGACAAACCCAGTCAATAGTTAACACAGAAAGGAG
TTCCTCTTCTTCAGAAGAATTTGAACTCAGTGGCTTACCTGCGGTTTGAGCTTTGAATTAGTAGAAACACACTGCTCTCCAGTCTTCATAAATGCAATATATTCTTATTTCGTCCACTCTGCCTTGCCTTGTGAGTTTCATTCGTACTTGGTACGAGAGTGGTGCGGGTATTCAATGCCCCCATTCTATGACAATATTGG
AAAGCAGATAGCCGATTCACGTGAATAGTCTATTTACATGAATAAGCTAAACTATTCTTAGCAAACAGAGCCTCTTTTTAGGTGGGTTTTCTGTACAAATCTGTTTCTTTCTTGATGCGAGAGTGATGTGGTATCCAATACGACCATTCTATGACATTAATGGAAAGCAGAACGCTGTCAATATTCCACCCATTAAAGCC
AAACTACTCATAAGGGTAATAGGTTATTCCTGTAGCAAACAGAGCCTATTTTCAGGTGGGTTTCCTTTACAAAGCTGTTGCTTTATTTCAGGCGGGTTTCCTTTACAAATCTGATTCATTTTTAATGCCAGAACGGTGTGGCTTGTGGGTATGCATTCTATGACATTAGTGGAAAGCACAAAGTTGTCAATATTCCGCCA
ATGAAAGCCAAACTACCCATAAGGTAAATAGACTATTCATGTCGCAAACAGAGACTATTTTTCTGTCGGTTTTCTTTACAAATCTGTCAAGAGTTTTGACGAACTGTTCAAATTTGAAGGAAGGAAACAGGCTAGCACCAACCAACCAATCAATAGGGGTTTCCAAGGCCTTATTGGCATTCCGCTAGAGGTACTTTCAA
TCGGAAAAGGGTTGAAGCCGGGCTAGACCTAAGGATTGACCTTACTTGTGGGGTAGACGCACTTTCAATCGAAAAAGGGTTGAACCCGGGCTAGAGCTAAGGATTGACCTTACTGATGGGGGTTATTACTGCTGGGGACTCCTATTTCTTTCCGACTGGCTAGGTGGGCCTGAGCTAAGCGTGATTTACGATCGAAACTA
TATAATATCCATACTCCTTTACATGGCAGTGTTGTACGAGAGGCTTAGCTTAAAATTTCCATGGGAACCGACAAACCAAGTCAATTCTTAACACAGAAAAGAGTTACTATTTTTAGAAGAATTTGAGCTCAGAAGTTTACCTGTGCTTTGAACTTTGAATTAGCTGGGGGACACTGCTCTCCAGTCTTCATAAATGCAAT
ATTCTTATGTCATCCACTCTGCCTTCCCTTGTGAGTTTCATTGATACTTGGTGCGAGAGTGGTGTGGGTATCCAATACCACCATTCTATGACATTATTGACATTATTGGAAAGCAGAACGTTGTCAATATTTCCACCAATTACAGCCAAGCTACTCATAAGGAAATAGCCTATTTCCCTATTCTTGTAGCAAGCAGACCC
TATTTTCCGGTGGGTTTTCCTTACAAATTTGGCAGATTTTTTACGGTTTTGAAATTATAATCATCTTTGTTTTCTTTACCAATCTGGCAAATTTTTCTACGGATTTACAAATCTGGCAGATTTTTGACAGATTTGGAATTACAATCTTATTCAAATTTGAGGGAAGAAAATAGGCTAGCTGGCTGAAACGAAGTACCCCC
CGCCTTATTGACATTCACTGCAGGCATTTTCAATCGAACAAGGTTTGAACCCGGGCTAGAGCTGAAGGGCTCGACCTTACTGCTGGGGCCATTCCTGCTGGGGGGTTTTACTTCCCTTCCAGATGGCTAGGTGAGCCTGAGCCAAGGGACTTTGCTTGTGAATAGCTCTGCACAGGGAGGACCATGGTACTGAGCTCTGC
TCACGCATTGAAGGTCTTGATTGTTCAGTCTTCAACACGGGGGCTTCATTCAATAAAAAACTATCATAGCACGTTCGTACGTTCGTTCATGGCATATGAAACAATACCCCTAATTTCACTAAATATTGGAAAATACCT
>TRINITY_DN122199_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCT
TTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGACAAATAGTTTTTTTTTGTTCAAGGTAAGAATCTTCGTCAACTTTCGTTTATGTGTTACAGAAGAATAGCTGATTTTTGTTTTCTCGAAAATTTGTAACAAGATATTTATTTTCATTTTTTCATGCAGTAGAATTAATTAAGTAGGCGAGCCT
TGGCGTTCTGTGACAAGCTTCTTCAGCTAAAAGCCTAAAACGAATGAAATATATGAATTTACGCTTTTATTGATCCTTTCCAAATTCCCGGACATAGGCTGCTTCTGAGCAATTTGTCTGTCTGTGAAGCTAGTCGTTCCTTTAAAATATGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCAGTTCTTCGGTAAAAAATTATTCTGCAA
AGCAGAAATGAACGATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCTGTTCTTCGGTAAAAAATTATTCTGGAAAGCAGAAATGAACGATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCTGTTCTTGGGTTAAAAATTATTCTGCAAAGCAGAAATGAACGATTCCGCT
GTTATTTATCTTGTACTCCATCAGGGATTATTTTCTTTATTTTGAACCCCCGTGAGAATTCGAAAACCCTCGTCAGGGCAGAAGTTTTTAATCAAGGTTAGGCTTGCTGCCATTATTTAAATAATATGTAGAAATATCTTTAAAATTTAGAGTATGTAATCCATGGTCAAGATGACCTTTGGAATGTGGGTAAAACAATT
TAGCCTGTTCATGAAACTAAACTGAAAACTAAACCATACGAATTGTTTCGAGCCAAACGTTTTAAGTTGAAGCTAAAAATAGATTTCTTCAAGAATATTTTGAGCGGTCTTTCTTCTTCCATTTCTTTAAAATTCTTTCCTTGTTCAACTGTTTCTGAAATAAATGCAGTTATGTTGGAACTACATTTATTTCGCAACTA
TGCCTCAGGCATCCTTTATAATTTCGATCTCGATAATCTTGTTAATACTGTTTTCAGTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAG
ACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGgtatatccgaaatccataatcgtttccgtattgtgatccatcgatttctaattaaattttccgacttgaaagcttgggattaag
gatgaatgcacctcatttgttacatagcagagagagaggatttatctttaaatctttaatatgagctatatgtatgtcttagaagtaaagttgtaaatgaatgtattaatgaacatacattaaggcacatttcaagaaaattcctacaaattagatcccttcaatcggcctctttgtactggctcgttgtttggcagtaa
attttgacattaattttaggatatgttgaccaaagtccctttctctttcttggacacttgcagGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTTGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAAGCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAG
TGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTCCAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCAC
CAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTAACGGTTCTTAATCAATGCTGAACTAAAGCAATTTTTTAGATCTCTCTATTCCTTTTTAAGGCAGAGTTATACGCTGGCTCAGCTTCAAATTTCCTTGAGAACAGACAAACCCAGCCAATAGTTAACAAAGACAGGAGTTACTCTTCTCAGAAGAATTTTGAACT
TAGCAGTTTACCTGCCTTTGAACTTTAAAGTAGGTGAAGGAAACTGCTCTCCAATCTTTATAAATGCACTATATTCTTCTATCATCCACTCAAGCCTTGTAGTGAGTTTCATTTGTTCTTGATGCGAGAGTGCTGTGGGTACCCAATGGCACCATTCTGTAACATCATTTGAAAGCAGAACGTTATCAATATTCCACCAA
TTAAAGCCAAACAATTCAAAAGGTGAATCGCTTATTTCACGGGAATAAGCTACTCGTGGAGCAAACAGAACCTATTTTCCGGTGGGTTTTCTTTACACGTCTGTTTCTTTCTTAGTGCGATAGCGGTGTGGGTTTCAAATGCCAACATTCTGTGACATTATCTTTCTTGGTGCGATAGTGATGTGGGTATCAGCCACCAT
TCTGCGACATTATTGGAAAGAAGACGTTGTCAGTATTCCACCGATTAAAGCTAAACTACTCATAAGGGGAATAGGTTATTCGTGTAAGTTTCCTTTACAAATCCGTTTCTTTCTGGGTGCGAGAGTGGTATCCAATGACACATTCTAGGACATTATTGGAAAGCATAAAGTTGTCAATATTCCACCAATTAAAGTTAAAC
TACTCTAAGGGGAATGTACTATTCATGAAGCAAACATAGCCTATTTTTCTGTGGGCTTTCTTTATAAATGACGGGTTGTTGAAATTATAATAGCACCACTTAACTAATCAATAGCACTTCCAGTAGAACAAGAGTTAAACCCGGGCCAGAGCTAAGGGTTAACCTTACTGATGGAATTAATAGCGCTGGGGGCTCCTACT
TCCTTTCGGCTGGCTAGGTGGGTTTAAGCTGACAGTCGAAACTTTGGAACTTCCATACACCTTTGCATGGCAGCGTTATACGAGGGGCTCTGCTTGAAATTTCCATGAGAACAGACAAACCCAGTCAATAGTTAACACAGAAAGGAGTTCCTCTTCTTCAGAAGAATTTGAACTCAGTGGCTTACCTGCGGTTTGAGCTT
TGAATTAGTAGAAACACACTGCTCTCCAGTCTTCATAAATGCAATATATTCTTATTTCGTCCACTCTGCCTTGCCTTGTGAGTTTCATTCGTACTTGGTACGAGAGTGGTGCGGGTATTCAATGCCCCCATTCTATGACAATATTGGAAAGCAGATAGCCGATTCACGTGAATAGTCTATTTACATGAATAAGCTAAACT
ATTCTTAGCAAACAGAGCCTCTTTTTAGGTGGGTTTTCTGTACAAATCTGTTTCTTTCTTGATGCGAGAGTGATGTGGTATCCAATACGACCATTCTATGACATTAATGGAAAGCAGAACGCTGTCAATATTCCACCCATTAAAGCCAAACTACTCATAAGGGTAATAGGTTATTCCTGTAGCAAACAGAGCCTATTTTC
AGGTGGGTTTCCTTTACAAAGCTGTTGCTTTATTTCAGGCGGGTTTCCTTTACAAATCTGATTCATTTTTAATGCCAGAACGGTGTGGCTTGTGGGTATGCATTCTATGACATTAGTGGAAAGCACAAAGTTGTCAATATTCCGCCAATGAAAGCCAAACTACCCATAAGGTAAATAGACTATTCATGTCGCAAACAGAG
ACTATTTTTCTGTCGGTTTTCTTTACAAATCTGTCAAGAGTTTTGACGAACTGTTCAAATTTGAAGGAAGGAAACAGGCTAGCACCAACCAACCAATCAATAGGGGTTTCCAAGGCCTTATTGGCATTCCGCTAGAGGTACTTTCAATCGGAAAAGGGTTGAAGCCGGGCTAGACCTAAGGATTGACCTTACTTGTGGGG
TAGACGCACTTTCAATCGAAAAAGGGTTGAACCCGGGCTAGAGCTAAGGATTGACCTTACTGATGGGGGTTATTACTGCTGGGGACTCCTATTTCTTTCCGACTGGCTAGGTGGGCCTGAGCTAAGCGTGATTTACGATCGAAACTATATAATATCCATACTCCTTTACATGGCAGTGTTGTACGAGAGGCTTAGCTTAA
AATTTCCATGGGAACCGACAAACCAAGTCAATTCTTAACACAGAAAAGAGTTACTATTTTTAGAAGAATTTGAGCTCAGAAGTTTACCTGTGCTTTGAACTTTGAATTAGCTGGGGGACACTGCTCTCCAGTCTTCATAAATGCAATATTCTTATGTCATCCACTCTGCCTTCCCTTGTGAGTTTCATTGATACTTGGTG
CGAGAGTGGTGTGGGTATCCAATACCACCATTCTATGACATTATTGACATTATTGGAAAGCAGAACGTTGTCAATATTTCCACCAATTACAGCCAAGCTACTCATAAGGAAATAGCCTATTTCCCTATTCTTGTAGCAAGCAGACCCTATTTTCCGGTGGGTTTTCCTTACAAATTTGGCAGATTTTTTACGGTTTTGAA
ATTATAATCATCTTTGTTTTCTTTACCAATCTGGCAAATTTTTCTACGGATTTACAAATCTGGCAGATTTTTGACAGATTTGGAATTACAATCTTATTCAAATTTGAGGGAAGAAAATAGGCTAGCTGGCTGAAACGAAGTACCCCCCGCCTTATTGACATTCACTGCAGGCATTTTCAATCGAACAAGGTTTGAACCCG
GGCTAGAGCTGAAGGGCTCGACCTTACTGCTGGGGCCATTCCTGCTGGGGGGTTTTACTTCCCTTCCAGATGGCTAGGTGAGCCTGAGCCAAGGGACTTTGCTTGTGAATAGCTCTGCACAGGGAGGACCATGGTACTGAGCTCTGCTCACGCATTGAAGGTCTTGATTGTTCAGTCTTCAACACGGGGGCTTCATTCAA
TAAAAAACTATCATAGCACGTTCGTACGTTCGTTCATGGCATATGAAACAATACCCCTAATTTCACTAAATATTGGAAAATACCT
Intron 7 GTAAGAATCT ... TTTCATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.19 | 25 | 32 | 37.6 |
| A2 | 55.56 | 14 | 12 | 23 |
| A3 | 56.52 | 20 | 28 | 24 |
| A4 | 72.84 | 11 | 28 | 31 |
| A5 | 57.89 | 4 | 7 | 4 |
| A6 | 35.29 | 33 | 31 | 5 |
| A7 | 43.04 | 36 | 35 | 19.4 |
| A8 | 51.72 | 14 | 16 | 14 |
| A9 | 31.58 | 26 | 22 | 2 |
| A10 | 36.75 | 37 | 36 | 7 |
>TRINITY_DN42629_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoformCGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTTTAATT
TAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGTAGAATTAATTAAGTAGGCGAGCCTTGGCGTTCTGTGACAAGCTTCTTCAGCTAAAAGCCTAAAACGAATGAAATATATGAATTTACGCTTTTATTGATCCTTTCCAAATTCCCGGACATAGGCTGCTTCTGAG
CAATTTGTCTGTCTGTGAAGCTAGTCGTTCCTTTAAAATATGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCAGTTCTTCGGTAAAAAATTATTCTGCAAAGCAGAAATGAACGATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCTGTTCTTCGG
>TRINITY_DN42629_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:CGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTTTAATT
TAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGgtaagaatcttcgtcaactttcgtttatgtgttacagaagaatagctgatttttgttttctcgaaaatttgtgacaagatatttattttcagttttttatgcagTAGAATTAATTAAGTAGGCGAGCCTTGGCG
TTCTGTGACAAGCTTCTTCAGCTAAAAGCCTAAAACGAATGAAATATATGAATTTACGCTTTTATTGATCCTTTCCAAATTCCCGGACATAGGCTGCTTCTGAGCAATTTGTCTGTCTGTGAAGCTAGTCGTTCCTTTAAAATATGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCAGTTCTTCGGTAAAAAATTATTCTGCAAAGCAG
AAATGAACGATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCTGTTCTTCGG
Intron 8 GTTAGGCTTG ... CTGTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58 | 21 | 13 | 29 |
| A2 | 56.25 | 7 | 7 | 9 |
| A3 | 61.11 | 7 | 1 | 11 |
| A4 | 58.33 | 10 | 6 | 14 |
| A5 | 46.88 | 17 | 0 | 15 |
| A6 | 44.68 | 26 | 3 | 21 |
| A7 | 49.15 | 30 | 11 | 29 |
| A8 | 57.5 | 17 | 3 | 23 |
| A9 | 52.94 | 16 | 5 | 18 |
| A10 | 50.6 | 41 | 3 | 42 |
>TRINITY_DN46571_c0_g1_i11 from sample A7 / Example spliced isoformGAATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTC
TTTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGGGATTATTTTCTTTATTTTGAACCCCCGTGAGAATTCGAAAACCCTCGTCAGGGCAGAAGTTTATAATCAAGTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTA
GCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGA
AGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAAGCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGC
AGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTCCAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTG
TTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAAGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGCTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAG
CATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTAAGTGTTCTTGTAATCGTCCTTTTATTTGTTAATTTAGGAGTGGATTTTGTATCTTTAGAATTATCGAGACTTTTGACTTGTAA
AAAGAGTTTATACACTCATTATTCTCATATAATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTGAGATCTACTTGAGTAATTGGTTATGCTTAATGATTGGTTAGCATCAAATTCACCATTTGTTATAGTCTCTATACCTTCACCATTAAAAATATGGTGTTTTAAAACTCTCA
TCGATCTCAAATATCATAATCATT
>TRINITY_DN46571_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:GAATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTC
TTTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGTAGAATTAATTAAGTAGGCGAGCCTTGGCGTTCTGTGACAAGCTTCTTCAGCTAAAAGCCTAAAACGAATGAAATATATGAATTTACGCTTTTATTGATCCTTTCCAAATTCCCGGACATAGGCTGC
TTCTGAGCAATTTGTCTGTCTGTGAAGCTAGTCGTTCCTTTAAAATATGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCAGTTCTTCGGTAAAAAATTATTCTGCAAAGCAGAAATGAACGATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCTGTTCTTCGGTAAAAAATTATTCTGGAAAGCAGAAATGAAC
GATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTGCTTTTCTGTTTAATTAAGCCCTGTTCTTGGGTTAAAAATTATTCTGCAAAGCAGAAATGAACGATTCCGCTGTTATTTATCTTGTACTCCATCAGGGATTATTTTCTTTATTTTGAACCCCCGTGAGAATTCGAAAACCCTCGTCAGGGCAGAAGTTTATAATCAAGgttagg
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agcggtctttcttcttccatttctttaaaattctttccttgttcaactgtttctgaaataaatgcagttatgttggaactacatttatttcgcaactatgcctcaggcatcctttataatttcgatctcgataatcttgttaatactgttttcagTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAGCCTTTGCTGTAAGCAT
CGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCC
ATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAAGCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCT
GTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTCCAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTTTAACAGTGCAGCA
ACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAAGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGCTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGCAACCGCCTTACAAG
CTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTAAGTGTTCTTGTAATCGTCCTTTTATTTGTTAATTTAGGAGTGGATTTTGTATCTTTAGAATTATCGAGACTTT
TGACTTGTAAAAAGAGTTTATACACTCATTATTCTCATATAATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTGAGATCTACTTGAGTAATTGGTTATGCTTAATGATTGGTTAGCATCAAATTCACCATTTGTTATAGTCTCTATACCTTCACCATTAAAAATATGGTGTTTT
AAAACTCTCATCGATCTCAAATATCATAATCATT
Intron 9 GTAAGAATCT ... ACTCCATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 72.97 | 10 | 32 | 22 |
| A2 | 68.75 | 5 | 12 | 10 |
| A3 | 58.73 | 13 | 28 | 9 |
| A4 | 81.69 | 5.5 | 28 | 21 |
| A5 | 47.22 | 4.5 | 7 | 1 |
| A6 | 35.57 | 29 | 31 | 1 |
| A7 | 49.58 | 29 | 35 | 22 |
| A8 | 47.62 | 11 | 16 | 4 |
| A9 | 35.29 | 22 | 22 | 2 |
| A10 | 40.38 | 31 | 36 | 6 |
>TRINITY_DN46571_c0_g1_i8 from sample A7 / Example spliced isoformGAATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTC
TTTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGGGATTATTTTCTTTATTTTGAACCCCCGTGAGAATTCGAAAACCCTCGTCAGGGCAGAAGTTTATAATCAAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCA
AGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCAT
TTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAAGCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGAC
CAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTCCAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGG
TGCTGTTTCTCAGATGTCAAGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGCTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATC
AAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTAAGTGTTCTTGTAATCGTCCTTTTATTTGTTAATTTAGGAGTGGATTTTGTATCTTTAGAATTATCGAGACTTTTGACTTGTAAAAAGAGTTTATACACTCATTATTCTCATA
TAATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTGAGATCTACTTGAGTAATTGGTTATGCTTAATGATTGGTTAGCATCAAATTCACCATTTGTTATAGTCTCTATACCTTCACCATTAAAAATATGGTGTTTTAAAACTCTCATCGATCTCAAATATCATAATCATT
>TRINITY_DN46571_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:GAATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTC
TTTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGgtaagaatcttcgtcaactttcgtttatgtgttacagaagaatagctgatttttgttttctcgaaaatttgtaacaagatatttattttcattttttcatgcagtagaattaattaagtaggcgagc
cttggcgttctgtgacaagcttcttcagctaaaagcctaaaacgaatgaaatatatgaatttacgcttttattgatcctttccaaattcccggacataggctgcttctgagcaatttgtctgtctgtgaagctagtcgttcctttaaaatatgcttttctgtttaattaagcccagttcttcggtaaaaaattattctgc
aaagcagaaatgaacgattccgctgttatttatcttgtactgcttttctgtttaattaagccctgttcttcggtaaaaaattattctggaaagcagaaatgaacgattccgctgttatttatcttgtactgcttttctgtttaattaagccctgttcttgggttaaaaattattctgcaaagcagaaatgaacgattccg
ctgttatttatcttgtactccatcagGGATTATTTTCTTTATTTTGAACCCCCGTGAGAATTCGAAAACCCTCGTCAGGGCAGAAGTTTATAATCAAGGTTAGGCTTGCTGCCATTATTTAAATAATATGTAGAAATATCTTTAAAATTTAGAGTATGTAATCCATGGTCAAGATGACCTTTGGAATGTGGGTAAAACAA
TTTAGCCTGTTCATGAAACTAAACTGAAAACTAAACCATACGAATTGTTTCGAGCCAAACGTTTGAAGTTAAAGCTAAAAATAGATTTCTTCAAGAATATTTTGAGCGGTCTTTCTTCTTCCATTTCTTTAAAATTCTTTCCTTGTTCAACTGTTTCTGAAATAAATGCAGTTATGTTGGAACTACATTTATTTCGCAAC
TATGCCTCAGGCATCCTTTATAATTTCGATCTCGATAATCTTGTTAATACTGTTTTCAGTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGC
AGACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAG
AAGCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCC
TCCAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAAGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACA
GACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGCTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAG
TGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTAAGTGTTCTTGTAATCGTCCTTTTATTTGTTAATTTAGGAGTGGATTTTGTATCTTTAGAATTATCGAGACTTTTGACTTGTAAAAAGAGTTTATACACTCATTATTCTCATATAATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTATAGTTATCCATGTACATGATTAATT
AGTGAGATCTACTTGAGTAATTGGTTATGCTTAATGATTGGTTAGCATCAAATTCACCATTTGTTATAGTCTCTATACCTTCACCATTAAAAATATGGTGTTTTAAAACTCTCATCGATCTCAAATATCATAATCATT
Intron 10 GTAAGAATCT ... CTGTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.66 | 41 | 32 | 29 |
| A2 | 24.71 | 32 | 12 | 9 |
| A3 | 41.94 | 27 | 28 | 11 |
| A4 | 53.85 | 18 | 28 | 14 |
| A5 | 39.29 | 17 | 7 | 15 |
| A6 | 28.57 | 65 | 31 | 21 |
| A7 | 33.68 | 63 | 35 | 29 |
| A8 | 28.47 | 49 | 16 | 23 |
| A9 | 29.41 | 48 | 22 | 18 |
| A10 | 30 | 91 | 36 | 42 |
>TRINITY_DN42945_c0_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoformATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTT
TAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATG
GCCACCTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTA
CTAAGCAATTAGAAGCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAG
CAAGCCGTGGCCTCCAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTAACGCTTCTTAATCAATGCTGAACTAAAGCAATTTTTTAGATCTCTCTATTCCTTTTTATGGCAGAGTTATACGCTGGCTCAGCTTCAAATTTCCTTG
AGAACAGACAAACCCAGCCAATAGTTAACAAAGACAGGAGTTACTCTTCTCAGAAGAATTTTGAACTTAGCAGTTTACCTGCCTTTGAACTTTAAAGTAGGTGAAGGAAACTGCTCTCCAATCTTTATAAATGCACTATATTCTTCTATCATCCACTCAAGCCTTGTAGTGAGTTTCATTTGTTCTTGATGCGAGAGTGC
TGTGGGTACCCAATGGCACCATTCTGTAACATCATTTGAAAGCAGAACGTTATCAATATTCCACCAATTAAAGCCAAACAATTCAAAAGGTGAATCGCTTATTTCACGGGAATAAGCTACTCGTGGAGCAAACAGAACCTATTTTCCGGTGGGTTTTCTTTACACGTCTGTTTCTTTCTTAGAGCGATAGTGGTGTGGGT
TTCAGATGCCACCATTCTGTGACATTATCTTTCTTGGTGCGATAGTGATGTGGGTATCAGCCACCATTCTGCGACATTATTGGAAAGAAGACGTTGTCAGTATTCCACCGATTAAAGCTAAACTACTCATAAGGGGAATAGGTTATTCGTGTAAGTTTCCTTTACAAATCCGTTTCTTTCTTGGTGCGAGAGTGGTATCC
AATGACACATTCTATGACATTATTGGAAAGCATAAAGTTGTCAATATTCCACCAATTAAAGTTAAACTACTCATAAGGGGAATGTACTATTCATGTAGCAAACATAGCCTATTTTTCTGTGGGCTTTCTTTATAAATGACGGGTTGTTGAAATTATAATAGCACCACTTAACTAATCAATAGCACTTCCAGTAGAACAAG
AGTTAAACCCGGGCCAGAGCTAAGGGTTAACCTTACTGATGGAATTAATAGCGCTGGGGGCTCCTACTTCCTTTCGGCTGGCTAGGTGGGTTTAAGCTGACAGTCGAAACTTTGGAACTTCCATACACCTTTGCATGGCAGCGTTATACGAGGGGCTCTGCTTGAAATTTCCATGAGAACAGACAAACCCAGTCAATAGT
TAACACAGAAAGGAGTTCCTCTTCTTCAGAAGAATTTGAACTCAGTGGCTTACCTGCGGTTTGAGCTTTGAATTAGTAGAAACACACTGCTCTCCAGTCTTCATAAATGCAATATATTCTTATTTCGTCCACTCTGCCTTGCCTTGTGAGTTTCATTCGTACTTGGTACGAGAGTGGTGTGGGTATCCAATGCCACCATT
CTATGACAATATTGGAAAGCAGATAGCCGATTCACGTGAATAGTCTATTTACATGAATAAGCTAAATTATTCATAGCAAACAGAGC
>TRINITY_DN42945_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:ATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTT
TAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGgtaagaatcttcgtcaactttcgtttatgtgttacagaagaatagctgatttttgttttctcgaaaatttgtaacaagatatttattttcattttttcatgcagtagaattaattaagtaggcgagcct
tggcgttctgtgacaagcttcttcagctaaaagcctaaaacgaatgaaatatatgaatttacgcttttattgatcctttccaaattcccggacataggctgcttctgagcaatttgtctgtctgtgaagctagtcgttcctttaaaatatgcttttctgtttaattaagcccagttcttcggtaaaaaattattctgcaa
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TTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAAT
TTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAAGCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGC
AGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTCCAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTT
TAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAATTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGTTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGCA
ACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTT
CTCAGATGTCTCGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGCTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAAT
CAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTAAGTGTTCTTGTAATCGTCCTTTTATTTGTTAATTTAGGAGTGGATTTTGTATCTTTAGAATTATCGAGACTTTTGACTTGTAAAAAGAGTTTATACACTCATTATTCTCATATAATAGTT
ATCCATGTACATGATTAATTAGTATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTGAGATCTACTTGAGTAATTGGTTATGCTTAATGATTGGTTAGCATCAAATTCACCATTTGTTATAGTCTCTATACCTTCACCATTAAAAATATAGTGTTTTAAAACTCTCTTCGATCTCAAATATCATAATCATTTCTATCAACAACC
ACATGGGCCTCAACCACACAAAACTTTGGATTCAACAACCGACATACATTTTAAGTAGATGTCTACTTATAGTTCGCCTTTTAATGCAATGGGGTACCACTTTTCAATGGGTGCGTTGATGCTCACG
Intron 11 GTAAGAATCT ... TGACCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.05 | 35 | 32 | 41 |
| A2 | 33.33 | 26 | 12 | 14 |
| A3 | 42.19 | 37 | 28 | 26 |
| A4 | 56.63 | 18 | 28 | 19 |
| A5 | 51.72 | 14 | 7 | 23 |
| A6 | 37.25 | 64 | 31 | 45 |
| A7 | 35.79 | 96 | 35 | 72 |
| A8 | 33.33 | 53 | 16 | 37 |
| A9 | 29.59 | 69 | 22 | 36 |
| A10 | 33.56 | 99 | 36 | 64 |
>TRINITY_DN114972_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformCGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTTTAATT
TAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAGACAAAGAAAAGGAAGTACAG
CAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAAGCTCAAGAGAAGGCTCGGGG
AGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTCCAATCAAAACTCTGCTAATG
TAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTAACGCTTCTTAATCAATGCTGAACTAAAGCAATTTTTTAGATCTCTCTATTCCTTTTTATGGCAGAGTTATACGCTGGCTCAGCTTCAAATTTCCTTGAGAACAGACAAACCCAGCCAATAGTTAACAAAGA
CAGGAGTTACTCTTCTCAGAAGAATTTTGAACTTAGCAGTTTACCTGCCTTTGAACTTTAAA
>TRINITY_DN114972_c0_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:CGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCTTTAATT
TAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGAGAAATAGTTTCTTTTTTGTTCAAGgtaagaatcttcgtcaactttcgtttatgtgttacagaagaatagctgatttttgttttctcgaaaatttgtaacaagatatttattttcattttttcatgcagtagaattaattaagtaggcgagccttggcg
ttctgtgacaagcttcttcagctaaaagcctaaaacgaatgaaatatatgaatttacgcttttattgatcctttccaaattcccggacataggctgcttctgagcaatttgtctgtctgtgaagctagtcgttcctttaaaatatgcttttctgtttaattaagcccagttcttcggtaaaaaattattctgcaaagcag
aaatgaacgattccgctgttatttatcttgtactgcttttctgtttaattaagccctgttcttcggtaaaaaattattctggaaagcagaaatgaacgattccgctgttatttatcttgtactgcttttctgtttaattaagccctgttcttcggttaaaaattattctgcaaagcagaaatgaacgattccgctgttat
ttatcttgtactccatcagggattattttctttattttgaacccccgtgagaattcgaaaaccctcgtcagggcagaagtttttaatcaaggttaggcttgctgccattatttaaataatatgtagaaatatctttaaaatttagagtatgtaatccatggtcaagatgacctttggaatgtgggtaaaacaatttagcc
tgttcatgaaactaaactgaaaactaaaccatacgaattgtttcgagccaaacgtttgaagttaaagctaaaaatagatttcttcaagaatattttgagcggtctttcttcttccatttctttaaaattctttccttgttcaactgtttctgaaataaatgcagttatgttggaactacatttatttcgcaactatgcct
caggcatcctttataatttcgatctcgataatcttgttaatactgttttcagttttaattacccttgtccatgaccttcagCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAGACAAA
GAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTAGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAAGCTCA
AGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTCCAATC
AAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAAGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTG
CTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGCTGGTCAAGCAGCACAGACAACTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATG
AATAACTATTGATCTTATGACGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCTCGTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGGTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGCT
GCTCAAGCAGCACAGACACCTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCA
ATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAATTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAGT
Intron 12 GTATGTTATT ... TTATCTTCAG
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| A5 | 0 | 12.8 | 0 | 0.7 |
| A6 | 14.06 | 105.5 | 16.5 | 21.4 |
| A7 | 11.32 | 130.4 | 15.2 | 29.3 |
| A8 | 15.85 | 139.5 | 24.9 | 31.9 |
| A9 | 5.88 | 84.7 | 4.7 | 20 |
| A10 | 10.57 | 68.2 | 7.2 | 16 |
>TRINITY_DN122199_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAATGTACGTGTGGCATTTTTATGTCAGTTGGAAAGCATGCCACCTGTTCAAACCCTGCTCTGCGTGGCACTTCAGTAAGCAAGTGGCAGGAGAAAGAAACCAGGCTTGACGCCGCTCTACCATGGAAGAAAATTATAGACAACGCCGTGATGCTCTCAGAAATCCATAAAAGATCGCAGCATTATCATTCCGTTTGTTCT
TTAATTTAACCGAAATTTCAGGCCTCGAGATTCTGTGGACGAATTGGACAAATAGTTTTTTTTTGTTCAAGGTAAGAATCTTCGTCAACTTTCGTTTATGTGTTACAGAAGAATAGCTGATTTTTGTTTTCTCGAAAATTTGTAACAAGATATTTATTTTCATTTTTTCATGCAGTAGAATTAATTAAGTAGGCGAGCCT
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GTTATTTATCTTGTACTCCATCAGGGATTATTTTCTTTATTTTGAACCCCCGTGAGAATTCGAAAACCCTCGTCAGGGCAGAAGTTTATAATCAAGGTTAGGCTTGCTGCCATTATTTAAATAATATGTAGAAATATCTTTAAAATTTAGAGTATGTAATCCATGGTCAAGATGACCTTTGGAATGTGGGTAAAACAATT
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TGCCTCAGGCATCCTTTATAATTTCGATCTCGATAATCTTGTTAATACTGTTTTCAGTTTTAATTACCCTTGTCCATGACCTTCAGCCTTTGCTGTAAGCATCGCGGAACTAGCTTAAGATCTTAAAATGGCGTCAGAGCAAGAGGCAAATGCAGGGACAACGGACCAGCACCCACAAGCACGATGGCCACCTGCTGCAG
ACAAAGAAAAGGAAGTACAGCAGCAACAACTGATGCAGCAGGCTTTAGGGCAGCAATGAACTGCAAATGAACCAAAAGATGCGCAGAATTTCAATCCTTTCCATGTCCAAGAAGAGGCAAAAGAGGCAGCGAAAGAGGCATTTGTTGCCTACCAAGAATCACAGGAAGTAATCAAGCGTGCTTTTACTAAGCAATTAGAA
GCTCAAGAGAAGGCTCGGGGAGCTGCTGAGCAGCTTTTTGCACAGCAGGAAAGTGGTAAGCAAGCTGCTGCACTCGCTGCTCGTCAGGCAGCGACTACTGCTGTTGAGGAGCAGAAATCTGCTGCTCAGAAGCAGATGGACCAAGCTGTTATTACAGCACAAGTCTTGGGCGCCCAGATATCACAGCAAGCCGTGGCCTC
CAATCAAAACTCTGCTAATGTAGGGCTTAATCCTCAGGGAAATGTACCACCACCAGCCAGTGTGCCCTCATTCCAGCAGCCTGGAGGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAATTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGA
CTTTGCTAGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGTTGCTCAAGCAGCACAGACACCTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATCAATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTG
GAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTAAGTGTTCTTGTAATCGTCCTTTTATTTGTTAATTTAGGAGTAGATTTTGTATATTTAGAATTATCGAGACTTTTGACTTGTAAAAAGAGTTTATACACTCATTATTCTCATATAATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAG
TGAGATCTACTTGAGTAATTGGTTATGCTTAATGATTGGTTAGCATCAAATTCACCATTTGTTATAGTCTCTATACCTTCACCATTAAAAATATGTGTTTTAAAACTCTCTTCGATCTCAAATATCATAATCATTTCTATCAACAACCACATGGTCATCAACCACACAACTTTGGATTCGTGATAGTTGGTTAGAACACA
AATACAACATTAAAAATATGGTGTCTTAAAACTTTCTTCGATCTCAAATATCATAATCATTTCTATCAACAACCACATGGGCCTCAACCACACAAAACTTTGGATTCAACAACCGACATACATTTTAAGTAGATGTCTACTTATAGTTCGCCTTTTAATGTAATGGGGTACCACTTTTCAATGGGTGCGTTGATGCTCAC
GCTAGGTTGTTAACGCCGCACACATTCACGCATTTGGATATAACTATATTTGATGTATACTTGTAATTCGCCCTTGGACACCATTGTTTAAACGGTGGGTTTTTAATGCAAACTACATCATTGGTATGCAATGGAGAGAGATATAACTACAAAAGATATTTATATAATATGTGTGAACGGTGGGTTTGCTTAATGCAAAC
TACATCATTGTTATGCAATGGAGAGAGATATAACTACAAAAGATATTTATATAAATTGTGTGATATTGAAGAGTTACAGAAATGTTGAAGATGTAGAAATTGTGTAACATTGCAGAGTTGTGACATATTGAAGATATGTGTAATTTTGGAGAGTAGTAACAAACCTCTGGGCTGGGACAACCATCAAAATTCTTATTATG
ACGAGGAAGGGGATAGTCCCAACCATCCGAGATGGGACATAGGGATAATAGATATATCATCCTAAAAAGGTTAATCATGCCCTCCTCTTGTCCTTGGCACAATAATGCCA
>TRINITY_DN122199_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTATTTATAACACTTTCAATGTTTCTATTTTATTTTGAACTTGGCAGGTTTAACAGTGCAGCAACAAGAGTTGTTTGGATTAGCCAATCAAATGGCCACCGGTGCTGTTTCTCAGATGTCAATTGCCCAGACCTTGGCTACTAGCACGCAAGATCCACAGACTTTGCTAgtatgttattctattattctccatctattc
catttcctattttattagaattccattgaataatagataaacctaatgttatcttcagGTGGCGAAGAGTCAAGCAGATGCAGCTCAAACTCAAATGGTCCAAGCTCAACAGGCTGGTCAAGCAGCACAGACAACTGCAACCGCCTTACAAGCTCTCGCTAGCATTAGGCAATCCCCTCAACAATCTAATCAAGCAAATC
AATATGTTTTTCCAGGGGCGGAAGCACAATCTACTCAGCCGATGCAAGTGGAATGAATAACTATTGATCTTATGACGTAAGTGTTCTTGTAATCGTCCTTTTATTTGTTAATTTAGGAGTAGATTTTGTATATTTAGAATTATCGAGACTTTTGACTTGTAAAAAGAGTTTATACACTCATTATTCTCATATAATAGTTA
TCCATGTACATGATTAATTAGTATAGTTATCCATGTACATGATTAATTAGTGAGATCTACTTGAGTAATTGGTTATGCTTAATGATTGGTTAGCATCAAATTCACCATTTGTTATAGTCTCTATACCTTCACCATTAAAAATATGTGTTTTAAAACTCTCTTCGATCTCAAATATCATAATCATTTCTATCAACAACCAC
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