sp|Q9FN03|UVR8_ARATH ----> Ultraviolet-B receptor UVR8

Intron 1 GTAAAATAAA ... CTATGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.78	6	21	12
A2	100	0	19	2
A3	85.71	4	24	11
A4	76.19	5	16	2
A5	87.5	1	7	3
A6	0	1	0	0
A7	75	1	3	1
A8	50	7	7	0
A9	50	1	1	1
A10	20	8	2	0

>TRINITY_DN120035_c7_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

AGCCTCTCAGAGGCCAGTCAACTCTAGGAACCAGTAGACCCTGACTTTGAGGGTAAGTACAAACCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGACTGGGCTGGGATATAGTCAAACATGGATGGTCAATTACAGTCAAAACACAGTTTAAGACTCAGCACAATAGGTCTGAACCCCAATCAAAAAAATCATGGTTAAACTT
CAGCTCATAGATCAAGTATCAATAATATAGATCTGGTCAAAACATGTCACAACAGTAGATCTGATCAAAGGCAGGCCTTAACATAAACGAGTAATCAAGGGTCAGACCAAACTAATCATACACTCTGGGGCCTACTTAAATGAACTGTCAACAATCAGATTTAGATCAAAGAGGTTCATGGCCTTCACAGGTTCTCACAC
AGCAGACTGGATCAGATCTAAGGGCATCACGATAGACCTCAGCATAATTAATGGTGCGCATGTCCACTTTAAGTTGGATTTTGAAAAAGGTGTATACCCCTTTAAACAATATGTTCTACGTACCTTTTTGAATGGTATAGACTTTCTCTTAATTTATGTTTTGCTGATTTTTTTAATATTGTTCTTTCTTTTCATTCCTT
ACTGGAATACCTTGCCATTTTTTCTTAGTTTGATATGATATGTGATTTTTTGTTTTTTAATAATCAAATGAAGCCCTTGCTTTATATTCATACGTACCTTCCCTTTTATATACACATATGCTAATTTTTGTGTTTTAATGTATAATAAAACTAATCTTTAACTTTTTATTTCTGTTGTACTTTACCTTTCCTTTTATATA
TGTGTATTTAAAATCAATTTTCTAATCGCCAACAATTGGTAAAAGCTTTATGAAGTAGTCTCTTCAAGTTAACAAGCATTTTCGTGGAAATTTAACCCATCAAGTTTTTTAAGCAGATTTGCAAGCGGTGGACCTTAAGTAATTATTCAAATAAGGAGTCCTGATGGTCAACGAAGTTTTTCGAAGATGATTCATCTGCG
TGACTGTGAATGCAAAATTAATTGTCTATATTTCTGAACTCGTTTGACTTATATTTGTTAGCGTATGTGACTTTTTGTTGCAATCGGTTACTCTGCAGTGACTCGGGCAAGCTTTGTGCCTCTTCTGCACCTGATTATGGGCTCTGACAGTAATTCCTACAGTTACGAGTTGCTCTGTAGATTTGATCTCTGTGTTTTCT
TATCTCTTCTGACAGAGATACAGTGTTTTAATTCTTGTTTTGCAATTATGCAACGAGATACAGGATTGTTCCTCACATACACGCTCCTGCTTGATTTGCCCACGCAGGATTTGCGAAAAACCCTTAGCCTACAGATGGAAATCTGCAGATGCCTGTAGATGTTTATGACGTCTTGCAAGCAATACTCTGTCTTCCTTGCA
GCTACAATTTTTGTACTCTTTTGTGGCAGCAAACAGAAACCCGTATGGAGATGTTAACTATCCTTCACCTTAATTCAGATGTGAACTAAACAATAATTTCCTGCTCTGAGTTTTTGCAGTAGAATGGTCTTTCTTCAATGGATATCTGAACTGAAATGGCCAGAGGTCCCTTTGTGTTGAAAGGCCCGTAGATAGAAAAA
CCTTGAAAATTGTGTGGGGCAAGGGCCAGAATCAGCTGAAACTGTGTGATACAAATGTAATGAATAATCCAACACAACAAGGACAAATAGTTGAAATCCATATTGGATGGATAAGATATATATTTGATAATTGAATGAATGAGAAGATTTTACAATGAGCATAAACATTGACTGGACACGATGGTAGAGAGTTGTGTCTA
TTAGTTTCTTATTTTATTATTACTCTTATGTTATGTTTATTTATGTATTTTATACTTGTTACAATCTGCGTATCTTTTTAAAGGGAAGCTAGCTTGTATTTTGGATGGTAAACACATAAAATCCAAGTCCCACACAATGCAATCGTCGTAGCTATGGGGTGAGATTGCTAGTAATTAGCCAATTCGGATTAAATTAGTTT
TCGCCAGTACTGCTCTCAAGGATATGAAATAGTATGCAAATCATTATAATTGGACCTATTTAACAAGGGTGGAGTGAATCCAAATGCTGGAAGGCTGCAATTATAGCCACAATCGGCAGGCCACATACAGTCAAGGGGAATGCTTGCCAAGATTTGAACCTGGGTCTTCATCACAACAAGTGATCCAAGTTCCCACTAGA
CCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTATATGCAACTCTTTTTGGTAATAACTTTGTATAAGTTTTGTTGCAAAAAGCAGATTGTTTCATTGATTAGTTATAATTGCAGTTGATGCCTGATATTCATTTGATTTTTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTACTATACTCT
GTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCATGTACAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGCC

>TRINITY_DN120035_c7_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGCCTCTCAGAGGCCAGTCAACTCTAGGAACCAGTAGACCCTGACTTTGAGGGTAAGTACAAACCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGACTGGGCTGGGATATAGTCAAACATGGATGGTCAATTACAGTCAAAACACAGTTTAAGACTCAGCACAATAGGTCTGAACCCCAATCAAAAAAATCATGGTTAAACTT
CAGCTCATAGATCAAGTATCAATAATATAGATCTGGTCAAAACATGTCACAACAGTAGATCTGATCAAAGGCAGGCCTTAACATAAACGAGTAATCAAGGGTCAGACCAAACTAATCATACACTCTGGGGCCTACTTAAATGAACTGTCAACAATCAGATTTAGATCAAAGAGGTTCATGGCCTTCACAGGTTCTCACAC
AGCAGACTGGATCAGATCTAAGGGCATCACGATAGACCTCAGCATAATTAATGGTGCGCATGTCCACTTTAAGTTGGATTTTGAAAAAGGTGTATACCCCTTTAAACAATATGTTCTACGTACCTTTTTGAATGGTATAGACTTTCTCTTAATTTATGTTTTGCTGATTTTTTTAATATTGTTCTTTCTTTTCATTCCTT
ACTGGAATACCTTGCCATTTTTTCTTAGTTTGATATGATATGTGATTTTTTGTTTTTTAATAATCAAATGAAGCCCTTGCTTTATATTCATACGTACCTTCCCTTTTATATACACATATGCTAATTTTTGTGTTTTAATGTATAATAAAACTAATCTTTAACTTTTTATTTCTGTTGTACTTTACCTTTCCTTTTATATA
TGTGTATTTAAAATCAATTTTCTAATCGCCAACAATTGGTAAAAGCTTTATGAAGTAGTCTCTTCAAGTTAACAAGCATTTTCGTGGAAATTTAACCCATCAAGTTTTTTAAGCAGATTTGCAAGCGGTGGACCTTAAGTAATTATTCAAATAAGGAGTCCTGATGGTCAACGAAGTTTTTCGAAGATGATTCATCTGCG
TGACTGTGAATGCAAAATTAATTGTCTATATTTCTGAACTCGTTTGACTTATATTTGTTAGCGTATGTGACTTTTTGTTGCAATCGGTTACTCTGCAGTGACTCGGGCAAGCTTTGTGCCTCTTCTGCACCTGATTATGGGCTCTGACAGTAATTCCTACAGTTACGAGTTGCTCTGTAGATTTGATCTCTGTGTTTTCT
TATCTCTTCTGACAGAGATACAGTGTTTTAATTCTTGTTTTGCAATTATGCAACGAGATACAGGATTGTTCCTCACATACACGCTCCTGCTTGATTTGCCCACGCAGGATTTGCGAAAAACCCTTAGCCTACAGATGGAAATCTGCAGATGCCTGTAGATGTTTATGACGTCTTGCAAGCAATACTCTGTCTTCCTTGCA
GCTACAATTTTTGTACTCTTTTGTGGCAGCAAACAGAAACCCGTATGGAGATGTTAACTATCCTTCACCTTAATTCAGATGTGAACTAAACAATAATTTCCTGCTCTGAGTTTTTGCAGTAGAATGGTCTTTCTTCAATGGATATCTGAACTGAAATGGCCAGAGGTCCCTTTGTGTTGAAAGGCCCGTAGATAGAAAAA
CCTTGAAAATTGTGTGGGGCAAGGGCCAGAATCAGCTGAAACTGTGTGATACAAATGTAATGAATAATCCAACACAACAAGGACAAATAGTTGAAATCCATATTGGATGGATAAGATATATATTTGATAATTGAATGAATGAGAAGATTTTACAATGAGCATAAACATTGACTGGACACGATGGTAGAGAGTTGTGTCTA
TTAGTTTCTTATTTTATTATTACTCTTATGTTATGTTTATTTATGTATTTTATACTTGTTACAATCTGCGTATCTTTTTAAAGGGAAGCTAGCTTGTATTTTGGATGGTAAACACATAAAATCCAAGTCCCACACAATGCAATCGTCGTAGCTATGGGGTGAGATTGCTAGTAATTAGCCAATTCGGATTAAATTAGTTT
TCGCCAGTACTGCTCTCAAGGATATGAAATAGTATGCAAATCATTATAATTGGACCTATTTAACAAGGGTGGAGTGAATCCAAATGCTGGAAGGCTGCAATTATAGCCACAATCGGCAGGCCACATACAGTCAAGGGGAATGCTTGCCAAGATTTGAACCTGGGTCTTCATCACAACAAGTGATCCAAGTTCCCACTAGA
CCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTATATGCAACTCTTTTTGGTAATAACTTTGTATAAGTTTTGTTGCAAAAAGCAGATTGTTTCATTGATTAGTTATAATTGCAGTTGATGCCTGATATTCATTTGATTTTTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTACTATACTCT
GTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCATGTACAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGgtaaaataaatttcgagattgctttacattactgcacttcatacatgtgcactggcaactgaaaaatttgcacgcttctttttattaatatatag
ttttttgagaaacctgttcattaggctagtgggccaagacattttatttgcaatattattattttcctagttgatgttcctttttcaatgtcaatgttctatgtacagGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAGCC

Intron 2 GCAAGTATTC ... GTGATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.9	77	7	47
A2	32.43	75	5	36
A3	19.39	79	7	19
A4	22.64	41	0	12
A5	22	39	0	11
A6	26.26	292	9	104
A7	22.64	393	27	115
A8	27.9	615	27	238
A9	28.08	415	21	162
A10	25.45	293	30	100

>TRINITY_DN46201_c0_g4_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

ACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCAGTATCCACTGCCCTTTGGGGCACGGGGGCACCTGTGGGAAGGTAACTGCTTCATAGTGCATTGCGAGAGTCTACACTGGGAGACACTCTTTTAGTGCGTGAAGTCTACATGAGATTGGGAGTATTATGAATCTGTATGAACAAGTTGTTTCTATTGTTGGACG
TACTTTGTCTCCTTTTGAAGAGGACAATCAAATCCTGTGTTCTGGATTCGGTGATGGTTGGAAACTATAAAGCTTTTATCCATTGTGATTGCATGTTTCTTTTTTCTACATCATAGTTGGATCATTACTTACTATTGTGTATCTTTAGAGGCAGCATGGTGCAACAACTGCACACAATGATAATGTCTTCAACTTCTATG
AAAAAAATCAACCTTGCACTGGGTTTGAACAAGTACTTGAGAGCCACAAGTTTCTGATTATGGCCATAAGTTTTGCTCATAGAAGAGATTTCTATGAACTAAGAGGATAGGAAGTCTTTGGTTAATTCAGTTGATGTGACAATTATGTGGTCTCGTTGAATATAACAGACAAAAATTTTAGAATCAAAATATAAATTGTT
TAAATGGTGTGAC

>TRINITY_DN46201_c0_g4_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ACATCCATTTGTTTCAGAAACTAGTAACTAATTTTCAGTATCCACTGCCCTTTGGGGCACGGGGGCACCTGTGGGAAGGTAACTGCTTCATAGTGCATTGCGAGAGTCTACACTGgcaagtattctaacttgattcttggtattgaattcactaagaaaaatgaatggacgggtaatataattgagtcttatcccttagt
ctctcctttctagagaacaaagaaaatcagatgactaatattgaaggttggtttgactaagtgatgcaaacttcaattgttaatttcattagtcttggtgattacagGGAGACACTCTTTTAGTGCGTGAAGTCTACATGAGATTGGGAGTATTATGAATCTGTATGAACAAGTTGTTTCTATTGTTGGACGTACTTTGT
CTCCTTTTGAAGAGGACAATCAAATCCTGTGTTCTGGATTCGGTGATGGTTGGAAACTATAAAGCTTTTATCCATTGTGATTGCATGTTTCTTTTTTCTACATCATAGTTGGATCATTACTTACTATTGTGTATCTTTAGAGGCAGCATGGTGCAACAACTGCACACAATGATAATGTCTTCAACTTCTATGAAAAAAAT
CAACCTTGCACTGGGTTTGAACAAGTACTTGAGAGCCACAAGTTTCTGATTATGGCCATAAGTTTTGCTCATAGAAGAGATTTCTATGAACTAAGAGGATAGGAAGTCTTTGGTTAATTCAGTTGATGTGACAATTATGTGGTCTCGTTGAATATAACAGACAAAAATTTTAGAATCAAAATATAAATTGTTTAAATGGT
GTGAC