sp|Q0JD07|C3H28_ORYSJ ----> Zinc finger CCCH domain-containing protein 28

Intron 1 GTGAGATGCT ... GTGGCTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.17	6	16.5	13.3
A2	100	0	7	12.8
A3	75.86	3	6.8	10
A4	100	0	6	10.3
A5	100	0	0	5
A6	100	0	0	10.8
A7	100	0	11.3	17.8
A8	84.92	2	2.8	19
A9	94.59	0.5	3.5	13.3
A10	66.55	5	7.3	12.8

>TRINITY_DN39497_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AGTTGATCCCCATATGTTGTCTTTATTCATGATCATTATGATGGCAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTGTTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCATTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGGTTGTGGAAGAAATAAAA
CATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGTATGTACAAATAGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGT

>TRINITY_DN39497_c0_g1_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGATGTTTTAAACAAGTGCTTTCATTTCTAAGCTTTTAATGTGTATTGTTTTTTCACTGATCTATGACAATCTTCTTGAGCAGATGAAGATAGGGTGCAGGTCTGTAGAGATTTTCTAAAATCCAAATGTGCTCGCTATTCATCATGTAAATATGCCCATCCTGAACCGCAAACAAAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTG
TTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCATTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGGTTGTGGAAGAAATAAAACATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGgtgagatgcttcatttg
ctggttgctttgcttctttgcttttagcaggctgctgctgccttatgctgctcaatgcttgtgaaacttatgttgggttgaccaaaaagtcgtttaaatcaggatttgacttgccaaatgttttgttctgctgagagagttatcacgctacattgtcctgtagcagtgcttgcagttatatcagttagtgaggtgggatt
tttttttgctgcatagaagcctgttctaggtgctccattccatgcttgcagctgtggtagcataacgttaactcttattcagactgctagcagagtgttacatgttctagtcattctgacgattttctctaaagcataaacttgtttaccaaacttaaatctttaatataaattttgaggttttgtggctttagTATGTA

CAAATAGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGTAAGTGTTTCGTTACAGTTGAATGTTTTGTTGGGCTCGCAAATAGTTATTGTATAGTGGAAAAGAGAAATTTAGTTTTCAAACATCTGGATATTTGACCATCGGTAATATTTCAGGCACTTTCCTCGCAA
CGAGCACATAATGTCTACCTCTTGAGAATATTAATGCTTGATCCATAGCCTTTTAGCATACAAAATGATAAACCTAGTGATTTTAATCATTAATAAGTTTAAGAGAATCAGACCTTCAACATTTGGATATTTAAGATGTGGAGAGGTGACCTTTAATTTAAAAAGAAACATTTTAGACTAATGGAAATGTGCTGAAGCTG
TTATCTTGGTGGAACTTCTCAGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTTACGTTTAGAGAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGGTTGTCAGCAAGCTTTCTTTACAAAGCATGGCTTGTATTCCCTATGTTTGTTACTTTTAGAATTTCTAGACATTGAATTGACCATTGCT
GTCTGCGAGGAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCG
AGTGGCAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATATTTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTC
CATCTTCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAA
GTTAATTTTATTGCTCAACAAGCCACAAGTTGTGATCTTTATAATATATATTTTGACATGTTATACTGTTTTTCTATCCCTCG

Intron 2 GTTGTCAGCA ... TGTCTGCGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.39	3	12	7.5
A2	48.57	6	4	8
A3	100	0	5	2
A4	100	0	7	1
A5	51.34	8	10.5	6.5
A6	68.52	4	8	9.5
A7	85.29	4	28	18.5
A8	74.35	8	24	22.5
A9	70.34	8	19	19.5
A10	78.12	6	28	15

>TRINITY_DN39372_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

AAGTGTTTCGTTACAGTTGAATGTTTTGTTGGGCTCGCAAATAGTTATTGTATAGTGGAAAAGAGAAATTTAGTTTTCAAACATCTGGATATTTGACCATCGGTAATATTTCAGGCACTTTCCTCGCAACGAGCACATAATGTCTACCTCTTGAGAATATTAATGCTTGATCCATAGCCTTTTAGCATACAAAATGATAA
ACCTAGTGATTTTAATCATTAATAAGTTTAAGAGAATCAGACCTTCAACATTTGGATATTTAAGATGTGGAGAGGTGACCTTTAATTTAAAAAGAAACATTTTAGACTAATGGAAATGTGCTGAAGCTGTTATCTTGGTGGAACTTCTCAGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTT
ACGTTTAGAGAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGGAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACT
GAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGGCAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATATTTCGAATAGTATACTGCCA
TATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCTTCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTA
TATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTTTATTGCTCAACAAGCCACAAGTTGTGATCTTTATAATATATATTTTGACA

>TRINITY_DN39372_c0_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAAGGATTTTGGAATTGATGCATTTTGACAACATATTGGTTCTGAAACGAATGAGGACTGGAGACTATGCTGGTGATCCACATTCGTGGGGACTTACTCATCAAAGTGGAGGACCAATTTTTCACTGTCCATCAATTGTTGGGCCACCTTTGGTACGACTGACACCACCACTTCTGCAGTCTTCAGCTTTGGTGCCATCG
TCACGTTTGCAGTCTTCAGAAGTAACTGATGAAGATAGGGTGCAGGTCTGTAGAGATTTTCTAAAATCCAAATGTGCTCGCTATTCATCATGTAAATATGCCCATCCTGAACCGCAAACAAAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTGTTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCA
TTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGGTTGTGGAAGAAATAAAACATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGGATTTGACTTGCCAAATGTTTTGTTCTGCTGAGAGAGTTATCACGCTACATTGTCCTGTAGCAGTGCTTGCA
GTTATATCAGTTAGTGAGGTGGGATTTTTTTTTGCTGCATAGAAGCCTGTTCTAGGTGCTCCATTCCATGCTTGCAGCTGTGGTAGCATAACGTTAACTCTTATTCAGACTGCTAGCAGAGTGTTACATGTTCTAGTCATTCTGACGATTTTCTCTAAAGCATAAACTTGTTTACCAAACTTAAATCTTTAATATAAATT
TTGAGGTTTTGTGGCTTTAGTATGTACAAATAGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTTACGTTTAGAGAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGgttgtcagcaagcttt
ctttacaaagcatggcttgtattccctatgtttgttacttttagaatttctagacattgaattgaccattgttgtctgcgagGAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACT
GATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGGCAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTC
ATTCTTCATTATAAGTTGCATATTTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCTTCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGC
AACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTTTATTGCTCAACAAGCCACAAGTTGTGATCTTTATAATATATATTTTGACA

Intron 3 GTACTTTGAA ... TTTTCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.55	18	8	11
A2	29.41	6	0	5
A3	44.44	5	6	2
A4	33.33	3	2	1
A5	42.86	2	2	1
A6	33.33	1	1	0
A7	29.41	12	9	1
A8	55.56	2	4	1
A9	23.08	5	2	1
A10	30.77	9	4	4

>TRINITY_DN128524_c4_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTCAATTTTTTGAAATTTCATCAATGGAATGTGTTTGTGCCGGTTGTTATCATGGATTTAGCACCGCGTGGCTTATTGGTTGTGCGTTAATAAATTTATCTTGATATATTCAAGATCGAGTATATTGTTCAACATAGTTTAATCAGTTGAGAGGATGAAGTATGGTGTTATGCTGAGTTGGTAATGTATCTTACAATTT
TCACAATTATATTGGCAGATTTAACATAAATTTGTCAGGGCAGTGAACAAGTTTGCTTCCATTTGTGAGATCTTGATGTTTTAAACAAGTGCTTTCATTTCTAAGCTTTTAATGTGTATTGTTTTTTCACTGATCTATGACAATCTTCTTGAGCAGATGAAGATAGGGTGCAGGTCTGTAGAGATTTTCTAAAATCCAAA
TGTGCTCGCTATTCATCATGTAAATATGCCCATCCTGAACCGCAAACAAAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTGTTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCATTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGGTTGTGGAAGAAAT
AAAACATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGGTGAGATGCTTCATTTGCTGGTTGCTTTGCTTCTTTGCTTTTAGCAGGCTGCTGCTGCCTTATGCTGCTCAATGCTTGTGAAACTTATGTTGGGTTGACCAAAAAGTCGTTTAAATCAGGATTTGACTTGCCAAATGTTTTGTT
CTGCTGAGAGAGTTATCACGCTACATTGTCCTGTAGCAGTGCTTGCAGTTATATCAGTTAGTGAGGTGGGATTTTTTTTTGCTGCATAGAAGCCTGTTCTAGGTGCTCCATTCCATGCTTGCAGCTGTGGTAGCATAACGTTAACTCTTATTCAGACTGCTAGCAGAGTGTTACATGTTCTAGTCATTCTGACGATTTTC
TCTAAAGCATAAACTTGTTTACCAAACTTAAATCTTTAATATAAATTTTGAGGTTTTGTGGCTTTAGTATGTACAAATAGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTTACGTTTAGA
GAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGGTTGTCAGCAAGCTTTCTTTACAAAGCATGGCTTGTATTCCCTATGTTTGTTACTTTTAGAATTTCTAGACATTGAATTGACCATTGTTGTCTGCGAGGAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGA
GGTATGAGGGGGGAATATTTGCATTCATGCTGAAAAATTGTGCAATTAAATTGCTCCATAGCAATTGAGAAACGTAGAGTTACTTTTCCAGTGCATGTGGGCTGCAATCATTCTTATCCTCTTTTTACCAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTA
TTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGGCAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATAT
TTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCTTCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATC
TTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTTTATTGCTCAACAA

>TRINITY_DN128524_c4_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTCAATTTTTTGAAATTTCATCAATGGAATGTGTTTGTGCCGGTTGTTATCATGGATTTAGCACCGCGTGGCTTATTGGTTGTGCGTTAATAAATTTATCTTGATATATTCAAGATCGAGTATATTGTTCAACATAGTTTAATCAGTTGAGAGGATGAAGTATGGTGTTATGCTGAGTTGGTAATGTATCTTACAATTT
TCACAATTATATTGGCAGATTTAACATAAATTTGTCAGGGCAGTGAACAAGTTTGCTTCCATTTGTGAGATCTTGATGTTTTAAACAAGTGCTTTCATTTCTAAGCTTTTAATGTGTATTGTTTTTTCACTGATCTATGACAATCTTCTTGAGCAGATGAAGATAGGGTGCAGGTCTGTAGAGATTTTCTAAAATCCAAA
TGTGCTCGCTATTCATCATGTAAATATGCCCATCCTGAACCGCAAACAAAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTGTTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCATTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGgtactttgaaaaaa
cttcttttttctttggatttgttgttgcaagttacaacactatttgagtcgtaaatcttttgattgtcattgaaatccattttttggaatttgtaattttttcttcagGTTGTGGAAGAAATAAAACATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGGTGAGATGCTTCATTTGCTGGT
TGCTTTGCTTCTTTGCTTTTAGCAGGCTGCTGCTGCCTTATGCTGCTCAATGCTTGTGAAACTTATGTTGGGTTGACCAAAAAGTCGTTTAAATCAGGATTTGACTTGCCAAATGTTTTGTTCTGCTGAGAGAGTTATCACGCTACATTGTCCTGTAGCAGTGCTTGCAGTTATATCAGTTAGTGAGGTGGGATTTTTTT
TTGCTGCATAGAAGCCTGTTCTAGGTGCTCCATTCCATGCTTGCAGCTGTGGTAGCATAACGTTAACTCTTATTCAGACTGCTAGCAGAGTGTTACATGTTCTAGTCATTCTGACGATTTTCTCTAAAGCATAAACTTGTTTACCAAACTTAAATCTTTAATATAAATTTTGAGGTTTTGTGGCTTTAGTATGTACAAAT
AGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGTAAGTGTTTCGTTACAGTTGAATGTTTTGTTGGGCTCGCAAATAGTTATTGTATAGTGGAAAAGAGAAATTTAGTTTTCAAACATCTGGATATTTGACCATCGGTAATATTTCAGGCACTTTCCTCGCAACGAGC
ACATAATGTCTACCTCTTGAGAATATTAATGCTTGATCCATAGCCTTTTAGCATACAAAATGATAAACCTAGTGATTTTAATCATTAATAAGTTTAAGAGAATCAGACCTTCAACATTTGGATATTTAAGATGTGGAGAGGTGACCTTTAATTTAAAAAGAAACATTTTAGACTAATGGAAATGTGCTGAAGCTGTTATC
TTGGTGGAACTTCTCAGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTTACGTTTAGAGAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGGTTGTCAGCAAGCTTTCTTTACAAAGCATGGCTTGTATTCCCTATGTTTGTTACTTTTAGAATTTCTAGACATTGAATTGACCATTGTTGTCTG
CGAGGAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGG
CAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATATTTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCT
TCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAA
TTTTATTGCTCAACAA

Intron 4 GTGAATTGCA ... CTGCGAGGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	13	6
A2	77.78	2	4	10
A3	100	0	5	2
A4	100	0	6	1
A5	100	0	8	3
A6	100	0	6	7
A7	100	0	20	17
A8	91.84	2	25	20
A9	71.43	5	10	15
A10	100	0	20	12

>TRINITY_DN39497_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

TATGTACAAATAGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGGTATGAGGGGGGAATATTTGCATTCATGCTGA
AAAATTGTGCAATTAAATTGCTCCATAGCAATTGAGAAACGTAGAGTTACTTTTCCAGTGCATGTGGGCTGCAATCATTCTTATCCTCTTTTTACCAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAA
TGTCTTGGAAATGTGCGAGTGGCAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATATTTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGC
CCAGTCTATGTTAAGTCCATCTTCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAAC
TTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTTTATTGCTCAACAAGCCACAAGTTGTGATCTTTATAATATATATTTTGACATGTTATACTGTTTTTCTATCCCTCG

>TRINITY_DN39497_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGATGTTTTAAACAAGTGCTTTCATTTCTAAGCTTTTAATGTGTATTGTTTTTTCACTGATCTATGACAATCTTCTTGAGCAGATGAAGATAGGGTGCAGGTCTGTAGAGATTTTCTAAAATCCAAATGTGCTCGCTATTCATCATGTAAATATGCCCATCCTGAACCGCAAACAAAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTG
TTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCATTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGGTTGTGGAAGAAATAAAACATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGGTGAGATGCTTCATTTG
CTGGTTGCTTTGCTTCTTTGCTTTTAGCAGGCTGCTGCTGCCTTATGCTGCTCAATGCTTGTGAAACTTATGTTGGGTTGACCAAAAAGTCGTTTAAATCAGGATTTGACTTGCCAAATGTTTTGTTCTGCTGAGAGAGTTATCACGCTACATTGTCCTGTAGCAGTGCTTGCAGTTATATCAGTTAGTGAGGTGGGATT
TTTTTTTGCTGCATAGAAGCCTGTTCTAGGTGCTCCATTCCATGCTTGCAGCTGTGGTAGCATAACGTTAACTCTTATTCAGACTGCTAGCAGAGTGTTACATGTTCTAGTCATTCTGACGATTTTCTCTAAAGCATAAACTTGTTTACCAAACTTAAATCTTTAATATAAATTTTGAGGTTTTGTGGCTTTAGTATGTA
CAAATAGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGTAAGTGTTTCGTTACAGTTGAATGTTTTGTTGGGCTCGCAAATAGTTATTGTATAGTGGAAAAGAGAAATTTAGTTTTCAAACATCTGGATATTTGACCATCGGTAATATTTCAGGCACTTTCCTCGCAA
CGAGCACATAATGTCTACCTCTTGAGAATATTAATGCTTGATCCATAGCCTTTTAGCATACAAAATGATAAACCTAGTGATTTTAATCATTAATAAGTTTAAGAGAATCAGACCTTCAACATTTGGATATTTAAGATGTGGAGAGGTGACCTTTAATTTAAAAAGAAACATTTTAGACTAATGGAAATGTGCTGAAGCTG
TTATCTTGGTGGAACTTCTCAGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGgtgaattgcattttgcatgtgttttacgtttagagaataccctcaagttcctcttctaaaaaaaggttgtcagcaagctttctttacaaagcatggcttgtattccctatgtttgttacttttagaatttctagacattgaattgaccattgct
gtctgcgaggagCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGGTATGAGGGGGGAATATTTGCATTCATGCTGAAAAATTGTGCAATTAAATTGCTCCATAGCAATTGAGAAACGTAGAGTTACTTTTCCAGTGCATGTGGGCTGCAATCATTCTTATCCT
CTTTTTACCAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGGCAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGT
AGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATATTTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCTTCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTT
TGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTTTATTGCTCAACAAGCCACAAGTTGTGATCTTTATAATATATATTTTGACATGTTATACTGTT
TTTCTATCCCTCG

Intron 5 GTAAGTGTTT ... AACTTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.4	7.4	11	9
A2	76.92	3.2	15	5
A3	42.26	7.8	8	2
A4	57.49	4	9	0
A5	51.7	5.5	3	7
A6	55.88	4	3	6
A7	57.33	13	20	12
A8	52.33	18.8	19	18
A9	51.64	8.7	12	6
A10	57.2	7.3	9	9

>TRINITY_DN128524_c4_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTCAATTTTTTGAAATTTCATCAATGGAATGTGTTTGTGCCGGTTGTTATCATGGATTTAGCACCGCGTGGCTTATTGGTTGTGCGTTAATAAATTTATCTTGATATATTCAAGATCGAGTATATTGTTCAACATAGTTTAATCAGTTGAGAGGATGAAGTATGGTGTTATGCTGAGTTGGTAATGTATCTTACAATTT
TCACAATTATATTGGCAGATTTAACATAAATTTGTCAGGGCAGTGAACAAGTTTGCTTCCATTTGTGAGATCTTGATGTTTTAAACAAGTGCTTTCATTTCTAAGCTTTTAATGTGTATTGTTTTTTCACTGATCTATGACAATCTTCTTGAGCAGATGAAGATAGGGTGCAGGTCTGTAGAGATTTTCTAAAATCCAAA
TGTGCTCGCTATTCATCATGTAAATATGCCCATCCTGAACCGCAAACAAAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTGTTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCATTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGGTTGTGGAAGAAAT
AAAACATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGGTGAGATGCTTCATTTGCTGGTTGCTTTGCTTCTTTGCTTTTAGCAGGCTGCTGCTGCCTTATGCTGCTCAATGCTTGTGAAACTTATGTTGGGTTGACCAAAAAGTCGTTTAAATCAGGATTTGACTTGCCAAATGTTTTGTT
CTGCTGAGAGAGTTATCACGCTACATTGTCCTGTAGCAGTGCTTGCAGTTATATCAGTTAGTGAGGTGGGATTTTTTTTTGCTGCATAGAAGCCTGTTCTAGGTGCTCCATTCCATGCTTGCAGCTGTGGTAGCATAACGTTAACTCTTATTCAGACTGCTAGCAGAGTGTTACATGTTCTAGTCATTCTGACGATTTTC
TCTAAAGCATAAACTTGTTTACCAAACTTAAATCTTTAATATAAATTTTGAGGTTTTGTGGCTTTAGTATGTACAAATAGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTTACGTTTAGA
GAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGGTTGTCAGCAAGCTTTCTTTACAAAGCATGGCTTGTATTCCCTATGTTTGTTACTTTTAGAATTTCTAGACATTGAATTGACCATTGTTGTCTGCGAGGAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGA
GGTATGAGGGGGGAATATTTGCATTCATGCTGAAAAATTGTGCAATTAAATTGCTCCATAGCAATTGAGAAACGTAGAGTTACTTTTCCAGTGCATGTGGGCTGCAATCATTCTTATCCTCTTTTTACCAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTA
TTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGGCAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATAT
TTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCTTCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATC
TTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTTTATTGCTCAACAA

>TRINITY_DN128524_c4_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTCAATTTTTTGAAATTTCATCAATGGAATGTGTTTGTGCCGGTTGTTATCATGGATTTAGCACCGCGTGGCTTATTGGTTGTGCGTTAATAAATTTATCTTGATATATTCAAGATCGAGTATATTGTTCAACATAGTTTAATCAGTTGAGAGGATGAAGTATGGTGTTATGCTGAGTTGGTAATGTATCTTACAATTT
TCACAATTATATTGGCAGATTTAACATAAATTTGTCAGGGCAGTGAACAAGTTTGCTTCCATTTGTGAGATCTTGATGTTTTAAACAAGTGCTTTCATTTCTAAGCTTTTAATGTGTATTGTTTTTTCACTGATCTATGACAATCTTCTTGAGCAGATGAAGATAGGGTGCAGGTCTGTAGAGATTTTCTAAAATCCAAA
TGTGCTCGCTATTCATCATGTAAATATGCCCATCCTGAACCGCAAACAAAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTGTTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCATTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGGTACTTTGAAAAAA
CTTCTTTTTTCTTTGGATTTGTTGTTGCAAGTTACAACACTATTTGAGTCGTAAATCTTTTGATTGTCATTGAAATCCATTTTTTGGAATTTGTAATTTTTTCTTCAGGTTGTGGAAGAAATAAAACATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGGTGAGATGCTTCATTTGCTGGT
TGCTTTGCTTCTTTGCTTTTAGCAGGCTGCTGCTGCCTTATGCTGCTCAATGCTTGTGAAACTTATGTTGGGTTGACCAAAAAGTCGTTTAAATCAGGATTTGACTTGCCAAATGTTTTGTTCTGCTGAGAGAGTTATCACGCTACATTGTCCTGTAGCAGTGCTTGCAGTTATATCAGTTAGTGAGGTGGGATTTTTTT
TTGCTGCATAGAAGCCTGTTCTAGGTGCTCCATTCCATGCTTGCAGCTGTGGTAGCATAACGTTAACTCTTATTCAGACTGCTAGCAGAGTGTTACATGTTCTAGTCATTCTGACGATTTTCTCTAAAGCATAAACTTGTTTACCAAACTTAAATCTTTAATATAAATTTTGAGGTTTTGTGGCTTTAGTATGTACAAAT
AGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGgtaagtgtttcgttacagttgaatgttttgttgggctcgcaaatagttattgtatagtggaaaagagaaatttagttttcaaacatctggatatttgaccatcggtaatatttcaggcactttcctcgcaacgagc
acataatgtctacctcttgagaatattaatgcttgatccatagccttttagcatacaaaatgataaacctagtgattttaatcattaataagtttaagagaatcagaccttcaacatttggatatttaagatgtggagaggtgacctttaatttaaaaagaaacattttagactaatggaaatgtgctgaagctgttatc
ttggtggaacttctcagGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTTACGTTTAGAGAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGGTTGTCAGCAAGCTTTCTTTACAAAGCATGGCTTGTATTCCCTATGTTTGTTACTTTTAGAATTTCTAGACATTGAATTGACCATTGTTGTCTG
CGAGGAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGG
CAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATATTTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCT
TCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAA
TTTTATTGCTCAACAA

Intron 6 GTTGTCAGCA ... CACTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.97	2.6	12	8.6
A2	85.4	1.2	5.2	8
A3	73.63	1.8	5	2.4
A4	81.91	1.2	7	1.8
A5	80.74	2.4	10.8	4.8
A6	78.8	3	8	8.6
A7	72.22	8.6	27.4	15.6
A8	63.81	17.4	24	29.4
A9	73.16	6	18.4	14.8
A10	76.45	6.6	28	12.2

>TRINITY_DN39372_c0_g1_i9 from sample A6 / Example spliced isoform

ATTTGACTTGCCAAATGTTTTGTTCTGCTGAGAGAGTTATCACGCTACATTGTCCTGTAGCAGTGCTTGCAGTTATATCAGTTAGTGAGGTGGGATTTTTTTTTGCTGCATAGAAGCCTGTTCTAGGTGCTCCATTCCATGCTTGCAGCTGTGGTAGCATAACGTTAACTCTTATTCAGACTGCTAGCAGAGTGTTACAT
GTTCTAGTCATTCTGACGATTTTCTCTAAAGCATAAACTTGTTTACCAAACTTAAATCTTTAATATAAATTTTGAGGTTTTGTGGCTTTAGTATGTACAAATAGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCA
TTTTGCATGTGTTTTACGTTTAGAGAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGGTATGAGGGGGGAATATTTGCATTCATGCTGAAAAATTGTGCAATTAAATTGCTCCATAGCAATTGAGAAACGTAGAGTTACTTTTCCAGTGCATGTGGGCT
GCAATCATTCTTATCCTCTTTTTACCAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGGCAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGT
TGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATATTTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCTTCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTA
TCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTTTATTGCTCAACAAGCCACAAGTTGTGATCTTTATAATATATATTT
TGACA

>TRINITY_DN39372_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAAGGATTTTGGAATTGATGCATTTTGACAACATATTGGTTCTGAAACGAATGAGGACTGGAGACTATGCTGGTGATCCACATTCGTGGGGACTTACTCATCAAAGTGGAGGACCAATTTTTCACTGTCCATCAATTGTTGGGCCACCTTTGGTACGACTGACACCACCACTTCTGCAGTCTTCAGCTTTGGTGCCATCG
TCACGTTTGCAGTCTTCAGAAGTAACTGATGAAGATAGGGTGCAGGTCTGTAGAGATTTTCTAAAATCCAAATGTGCTCGCTATTCATCATGTAAATATGCCCATCCTGAACCGCAAACAAAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTGTTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCA
TTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGGTTGTGGAAGAAATAAAACATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGGATTTGACTTGCCAAATGTTTTGTTCTGCTGAGAGAGTTATCACGCTACATTGTCCTGTAGCAGTGCTTGCA
GTTATATCAGTTAGTGAGGTGGGATTTTTTTTTGCTGCATAGAAGCCTGTTCTAGGTGCTCCATTCCATGCTTGCAGCTGTGGTAGCATAACGTTAACTCTTATTCAGACTGCTAGCAGAGTGTTACATGTTCTAGTCATTCTGACGATTTTCTCTAAAGCATAAACTTGTTTACCAAACTTAAATCTTTAATATAAATT
TTGAGGTTTTGTGGCTTTAGTATGTACAAATAGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGTAAGTGTTTCGTTACAGTTGAATGTTTTGTTGGGCTCGCAAATAGTTATTGTATAGTGGAAAAGAGAAATTTAGTTTTCAAACATCTGGATATTTGACCATCGG
TAATATTTCAGGCACTTTCCTCGCAACGAGCACATAATGTCTACCTCTTGAGAATATTAATGCTTGATCCATAGCCTTTTAGCATACAAAATGATAAACCTAGTGATTTTAATCATTAATAAGTTTAAGAGAATCAGACCTTCAACATTTGGATATTTAAGATGTGGAGAGGTGACCTTTAATTTAAAAAGAAACATTTT
AGACTAATGGAAATGTGCTGAAGCTGTTATCTTGGTGGAACTTCTCAGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTTACGTTTAGAGAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGgttgtcagcaagctttctttacaaagcatggcttgtattccctatgtttgttacttttagaat
ttctagacattgaattgaccattgttgtctgcgaggagcattttgatgggagatcactttacagTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGGTATGAGGGGGGAATATTTGCATTCATGCTGAAAAATTGTGCAATTAAATTGCTCCATAGCAATTGAGAAACGTAGAGTTACTTTTCCAGTGC
ATGTGGGCTGCAATCATTCTTATCCTCTTTTTACCAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGGCAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTAT
AAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATATTTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCTTCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGT
GTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTTTATTGCTCAACAAGCCACAAGTTGTGATCTTTATAA
TATATATTTTGACA

Intron 7 GTATGAGGGG ... TTTTTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.1	6.6	1.8	6
A2	38.4	9.8	6.4	6
A3	38.89	4.8	1.6	3
A4	47.6	8.8	0.8	8
A5	20.37	7.9	1.8	2
A6	45.52	10.9	5.8	9
A7	39.39	26.4	9.4	17
A8	27.57	45.1	15.3	17
A9	54.9	20.2	8.6	24
A10	49.52	20.5	9	20

>TRINITY_DN128524_c4_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTCAATTTTTTGAAATTTCATCAATGGAATGTGTTTGTGCCGGTTGTTATCATGGATTTAGCACCGCGTGGCTTATTGGTTGTGCGTTAATAAATTTATCTTGATATATTCAAGATCGAGTATATTGTTCAACATAGTTTAATCAGTTGAGAGGATGAAGTATGGTGTTATGCTGAGTTGGTAATGTATCTTACAATTT
TCACAATTATATTGGCAGATTTAACATAAATTTGTCAGGGCAGTGAACAAGTTTGCTTCCATTTGTGAGATCTTGATGTTTTAAACAAGTGCTTTCATTTCTAAGCTTTTAATGTGTATTGTTTTTTCACTGATCTATGACAATCTTCTTGAGCAGATGAAGATAGGGTGCAGGTCTGTAGAGATTTTCTAAAATCCAAA
TGTGCTCGCTATTCATCATGTAAATATGCCCATCCTGAACCGCAAACAAAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTGTTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCATTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGGTACTTTGAAAAAA
CTTCTTTTTTCTTTGGATTTGTTGTTGCAAGTTACAACACTATTTGAGTCGTAAATCTTTTGATTGTCATTGAAATCCATTTTTTGGAATTTGTAATTTTTTCTTCAGGTTGTGGAAGAAATAAAACATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGGTGAGATGCTTCATTTGCTGGT
TGCTTTGCTTCTTTGCTTTTAGCAGGCTGCTGCTGCCTTATGCTGCTCAATGCTTGTGAAACTTATGTTGGGTTGACCAAAAAGTCGTTTAAATCAGGATTTGACTTGCCAAATGTTTTGTTCTGCTGAGAGAGTTATCACGCTACATTGTCCTGTAGCAGTGCTTGCAGTTATATCAGTTAGTGAGGTGGGATTTTTTT
TTGCTGCATAGAAGCCTGTTCTAGGTGCTCCATTCCATGCTTGCAGCTGTGGTAGCATAACGTTAACTCTTATTCAGACTGCTAGCAGAGTGTTACATGTTCTAGTCATTCTGACGATTTTCTCTAAAGCATAAACTTGTTTACCAAACTTAAATCTTTAATATAAATTTTGAGGTTTTGTGGCTTTAGTATGTACAAAT
AGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGTAAGTGTTTCGTTACAGTTGAATGTTTTGTTGGGCTCGCAAATAGTTATTGTATAGTGGAAAAGAGAAATTTAGTTTTCAAACATCTGGATATTTGACCATCGGTAATATTTCAGGCACTTTCCTCGCAACGAGC
ACATAATGTCTACCTCTTGAGAATATTAATGCTTGATCCATAGCCTTTTAGCATACAAAATGATAAACCTAGTGATTTTAATCATTAATAAGTTTAAGAGAATCAGACCTTCAACATTTGGATATTTAAGATGTGGAGAGGTGACCTTTAATTTAAAAAGAAACATTTTAGACTAATGGAAATGTGCTGAAGCTGTTATC
TTGGTGGAACTTCTCAGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTTACGTTTAGAGAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGGTTGTCAGCAAGCTTTCTTTACAAAGCATGGCTTGTATTCCCTATGTTTGTTACTTTTAGAATTTCTAGACATTGAATTGACCATTGTTGTCTG
CGAGGAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGG
CAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATATTTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCT
TCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAA
TTTTATTGCTCAACAA

>TRINITY_DN128524_c4_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTCAATTTTTTGAAATTTCATCAATGGAATGTGTTTGTGCCGGTTGTTATCATGGATTTAGCACCGCGTGGCTTATTGGTTGTGCGTTAATAAATTTATCTTGATATATTCAAGATCGAGTATATTGTTCAACATAGTTTAATCAGTTGAGAGGATGAAGTATGGTGTTATGCTGAGTTGGTAATGTATCTTACAATTT
TCACAATTATATTGGCAGATTTAACATAAATTTGTCAGGGCAGTGAACAAGTTTGCTTCCATTTGTGAGATCTTGATGTTTTAAACAAGTGCTTTCATTTCTAAGCTTTTAATGTGTATTGTTTTTTCACTGATCTATGACAATCTTCTTGAGCAGATGAAGATAGGGTGCAGGTCTGTAGAGATTTTCTAAAATCCAAA
TGTGCTCGCTATTCATCATGTAAATATGCCCATCCTGAACCGCAAACAAAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTGTTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCATTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGGTTGTGGAAGAAAT
AAAACATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGGTGAGATGCTTCATTTGCTGGTTGCTTTGCTTCTTTGCTTTTAGCAGGCTGCTGCTGCCTTATGCTGCTCAATGCTTGTGAAACTTATGTTGGGTTGACCAAAAAGTCGTTTAAATCAGGATTTGACTTGCCAAATGTTTTGTT
CTGCTGAGAGAGTTATCACGCTACATTGTCCTGTAGCAGTGCTTGCAGTTATATCAGTTAGTGAGGTGGGATTTTTTTTTGCTGCATAGAAGCCTGTTCTAGGTGCTCCATTCCATGCTTGCAGCTGTGGTAGCATAACGTTAACTCTTATTCAGACTGCTAGCAGAGTGTTACATGTTCTAGTCATTCTGACGATTTTC
TCTAAAGCATAAACTTGTTTACCAAACTTAAATCTTTAATATAAATTTTGAGGTTTTGTGGCTTTAGTATGTACAAATAGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTTACGTTTAGA
GAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGGTTGTCAGCAAGCTTTCTTTACAAAGCATGGCTTGTATTCCCTATGTTTGTTACTTTTAGAATTTCTAGACATTGAATTGACCATTGTTGTCTGCGAGGAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGA
GgtatgaggggggaatatttgcattcatgctgaaaaattgtgcaattaaattgctccatagcaattgagaaacgtagagttacttttccagtgcatgtgggctgcaatcattcttatcctctttttaccagAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTA
TTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGGCAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATAT
TTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCTTCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATC
TTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTTTATTGCTCAACAA

Intron 8 GTGAGATGCT ... TTTAAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.71	6	17	5
A2	55	9	7	15
A3	71.43	3	7	8
A4	75	3	6	12
A5	50	1	0	2
A6	71.43	1	0	5
A7	50	15	12	18
A8	48.57	9	3	14
A9	40.5	6.7	4	5
A10	42.11	11	8	8

>TRINITY_DN39372_c0_g1_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

AAAGGATTTTGGAATTGATGCATTTTGACAACATATTGGTTCTGAAACGAATGAGGACTGGAGACTATGCTGGTGATCCACATTCGTGGGGACTTACTCATCAAAGTGGAGGACCAATTTTTCACTGTCCATCAATTGTTGGGCCACCTTTGGTACGACTGACACCACCACTTCTGCAGTCTTCAGCTTTGGTGCCATCG
TCACGTTTGCAGTCTTCAGAAGTAACTGATGAAGATAGGGTGCAGGTCTGTAGAGATTTTCTAAAATCCAAATGTGCTCGCTATTCATCATGTAAATATGCCCATCCTGAACCGCAAACAAAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTGTTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCA
TTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGGTTGTGGAAGAAATAAAACATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGGATTTGACTTGCCAAATGTTTTGTTCTGCTGAGAGAGTTATCACGCTACATTGTCCTGTAGCAGTGCTTGCA
GTTATATCAGTTAGTGAGGTGGGATTTTTTTTTGCTGCATAGAAGCCTGTTCTAGGTGCTCCATTCCATGCTTGCAGCTGTGGTAGCATAACGTTAACTCTTATTCAGACTGCTAGCAGAGTGTTACATGTTCTAGTCATTCTGACGATTTTCTCTAAAGCATAAACTTGTTTACCAAACTTAAATCTTTAATATAAATT
TTGAGGTTTTGTGGCTTTAGTATGTACAAATAGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACATTAATCTTGTATGGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTTACGTTTAGAGAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGGTTGTCAGCAAGCTTT
CTTTACAAAGCATGGCTTGTATTCCCTATGTTTGTTACTTTTAGAATTTCTAGACATTGAATTGACCATTGTTGTCTGCGAGGAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACT
GATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGGCAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTC
ATTCTTCATTATAAGTTGCATATTTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCTTCATTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGC
AACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTTTATTGCTCAACAAGCCACAAGTTGTGATCTTTATAATATATATTTTGACA

>TRINITY_DN39372_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAAGGATTTTGGAATTGATGCATTTTGACAACATATTGGTTCTGAAACGAATGAGGACTGGAGACTATGCTGGTGATCCACATTCGTGGGGACTTACTCATCAAAGTGGAGGACCAATTTTTCACTGTCCATCAATTGTTGGGCCACCTTTGGTACGACTGACACCACCACTTCTGCAGTCTTCAGCTTTGGTGCCATCG
TCACGTTTGCAGTCTTCAGAAGTAACTGATGAAGATAGGGTGCAGGTCTGTAGAGATTTTCTAAAATCCAAATGTGCTCGCTATTCATCATGTAAATATGCCCATCCTGAACCGCAAACAAAGGTAGTTGACAACTATGTGAGTGTTTGCCGTGATTTTCAAAGAGGAAAATGTAAGCGTGAATCCTGCCGTTTTTACCA
TTCATCAAAAAAATATGGCAACGAGAGAAATGGACCCTGAGACGTTTGTCTTTCACGGGTTGTGGAAGAAATAAAACATTGCATTCCCTTTTTGATCTTAGAAAAGATCTTAGCATTTGTTAAGCAAGgtgagatgcttcatttgctggttgctttgcttctttgcttttagcaggctgctgctgccttatgctgctcaa
tgcttgtgaaacttatgttgggttgaccaaaaagtcgtttaaatcagGATTTGACTTGCCAAATGTTTTGTTCTGCTGAGAGAGTTATCACGCTACATTGTCCTGTAGCAGTGCTTGCAGTTATATCAGTTAGTGAGGTGGGATTTTTTTTTGCTGCATAGAAGCCTGTTCTAGGTGCTCCATTCCATGCTTGCAGCTGT
GGTAGCATAACGTTAACTCTTATTCAGACTGCTAGCAGAGTGTTACATGTTCTAGTCATTCTGACGATTTTCTCTAAAGCATAAACTTGTTTACCAAACTTAAATCTTTAATATAAATTTTGAGGTTTTGTGGCTTTAGTATGTACAAATAGCAAGAATTCAAACAGCTGCTTTGGAGTTTGCAATGGAGATGGGCAACA
TTAATCTTGTATGGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTTACGTTTAGAGAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGGTTGTCAGCAAGCTTTCTTTACAAAGCATGGCTTGTATTCCCTATGTTTGTTACTTTTAGAATTTCTAGACATTGAATTGACCATTGTTGTCTGCGA
GGAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACTGAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGGCAA
GGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAGTAACAAACTTCATTCTTCATTATAAGTTGCATATTTCGAATAGTATACTGCCATATTCTTGCAAAGCCCAGTCTATGTTAAGTCCATCTTCA
TTGTCTAACATCCTTTTTTTTTTAATTGCAAATAGTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTT
TATTGCTCAACAAGCCACAAGTTGTGATCTTTATAATATATATTTTGACA

Intron 9 GTAACAAACT ... TTGCAAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.95	2	12	3
A2	86.67	1	11	2
A3	50	6	6	6
A4	92	1	18	5
A5	100	0	8	0
A6	94.2	2	45	20
A7	84	6	42	21
A8	91.91	7	122	37
A9	84.07	9	63	32
A10	93.75	2	47	13

>TRINITY_DN39372_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

TGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAATGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTATATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTTTATTGCTCAACA
AGCCACAAGTTGTGATCTTTATAATATATATTTTGACA

>TRINITY_DN39372_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAGTGTTTCGTTACAGTTGAATGTTTTGTTGGGCTCGCAAATAGTTATTGTATAGTGGAAAAGAGAAATTTAGTTTTCAAACATCTGGATATTTGACCATCGGTAATATTTCAGGCACTTTCCTCGCAACGAGCACATAATGTCTACCTCTTGAGAATATTAATGCTTGATCCATAGCCTTTTAGCATACAAAATGATAA
ACCTAGTGATTTTAATCATTAATAAGTTTAAGAGAATCAGACCTTCAACATTTGGATATTTAAGATGTGGAGAGGTGACCTTTAATTTAAAAAGAAACATTTTAGACTAATGGAAATGTGCTGAAGCTGTTATCTTGGTGGAACTTCTCAGGTGTTACAGGAAGGTATTTAAAAGGTGAATTGCATTTTGCATGTGTTTT
ACGTTTAGAGAATACCCTCAAGTTCCTCTTCTAAAAAAAGGAGCATTTTGATGGGAGATCACTTTACAGTTGGAAGCCGCTGAAAATGGTGAAACCCATCCATTGGCATGAGAGAAGAAGGTGCAATGTAAAAATGTGACTGCTGGAAGTATACCACTGATTCAAGGAAGAAGTTGCGCTATTCGTGCCCAGGAGGAACT
GAGAAGAAAGTAAATGTCTTGGAAATGTGCGAGTGGCAAGGAATGGCATTCCACACTTGTTTGGCATGATAGTATAAAAAATGTTGCGATAATGCAGTGGTAGGAAAAGGGTTCTAGTCCCTGTGAAGTCTCTCCCCTCTACTGAAgtaacaaacttcattcttcattataagttgcatatttcgaatagtatactgcca
tattcttgcaaagcccagtctatgttaagtccatcttcattgtctaacatccttttttttttaattgcaaatagTGTAGTGTTATCGTAAGGACTTGGGTTTGAGTTGGTGGTAACTGAAGTCTGTTGGAAACTGGAGGTCTATTCAAATTGATCGGCAACACGTTACGTTTATTGCAATCTTAGGATGGCCTGAATTTA
TATTTACCAGTAACTTGATATGTAAGAGTAAGTTAATTTTATTGCTCAACAAGCCACAAGTTGTGATCTTTATAATATATATTTTGACA