sp|Q8LEF6|AB11I_ARATH ----> ABC transporter I family member 11, chloroplastic

Intron 1 GCTTTGCCTT ... ACAAGTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.85	58.1	3	4.3
A2	1.01	92	0	1
A3	14.71	75	0	13
A4	23.15	62	2	18.7
A5	21.07	54	2	14.4
A6	12.52	401.1	2	57.6
A7	9.58	425	0	45.7
A8	10.64	360.1	1	43
A9	9.26	408.1	2	41.9
A10	14.9	398.7	2	70

>TRINITY_DN104307_c0_g1_i4 from sample A5 / Example spliced isoform

AAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCATGACTAGAGCATGACTA
CATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGCCCTGACCTGATATCGCTCCATGGTTTTCTGTATATATTCACATCTTTCCGATTGCCTC
CTAGCAATCAGTAGTTCAACATTTTGGAGAATTTTACCTGCATTATGCAGGCATAAGCAGCAGCAATTCGGCCTACGATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGTCCCGGAGGCGAAGAAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACAT
AATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGT
TGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTATGGGACCTTTGTTAAATTCTTTGTTCTTGTTTGTGTCTCATTTAAATCTTTG

>TRINITY_DN104307_c0_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGgctttgccttgtttgattgacctaaaaggtaactaaaacgcgtcttgtcttcaacaagtggttaggcatgtgcaaaacaagtctagGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAA
GGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTATGGGACCTTTGTTAAATTCTTTGTTCTTGTTTGTGTCTCATTTAAATCTTTG

Intron 2 GTACACTAAT ... TGAGCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.02	67.8	12.3	16.3
A2	20.04	60.8	15.6	12.4
A3	14.91	92.8	16.6	21.6
A4	17.14	60.4	12.8	20
A5	27.56	47.6	18.6	10.5
A6	7.75	372.2	32.2	64
A7	10.4	403.4	48.3	57.4
A8	9.73	272	30.1	36.5
A9	7.61	391.9	33.5	61.3
A10	9.88	314.8	35.5	48.3

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TTCACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGA
GCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGTAGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGT
GTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCA
ATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTACTCAGCTCCCATGGTGTAGCATGGCCTTATCCTTGTATACAATTAGGTATCCTTTAGTTCTTGATTTACTACATCCTACAAATAAGTGTACTTGCAATTTAGGGGTGACTTTCTTTGGTAACTGTCTAATGTGCCTTAAT
GTTAGAATAGATTTTTTGGTTCAGAACAATTTGAAGTGAATGTTCCTACCTTCTACTAATAAGTGCAATTTCAATTTAGAGGACACTTTCTTTGGTAACTATCTAATGCACTCTGATAGCAGAACAAAAATATTGGTTAAGAAATAAAAAACAATATAAAGTAAATGCTACATCCTCTTAAAGGAAGATTTCACTGCTTA
GTAGTAAGCTATTGTTTAGGCTTTTGATTTGTTTTAACTCGTAAATTTAAGGAAGATTTTGGAGAACAAATTGACTAGTGTTGCTCGAAGCAGGAGCAAATCCTGAAGTGGGAGTGGGA

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTCACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGA
GCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGCATAAGCAGCAGCAATTCGGCCTACGATGGCCAGCGGTT
AAGGCTTCTGTCCCGGAGGCGAAGAAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGgtacactaattgtaaattgctttgtaatatgtatgtattgattttttat
gcatgagttatccaagatatgtcaattgggtattgtctatgtaaactctttgttagtttgattgttggactgcattagctttgaaactgataccttgtatgagcttcagCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATC
TATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTACTCAGCTCCCATGGTGTAGCATGGCCTTATCCTTGTATACAATTAGGTATCCTTTAGTTCTTGATTTACTACATCCTACAAATAAGTGTACTTGCAATTTAG
GGGTGACTTTCTTTGGTAACTGTCTAATGTGCCTTAATGTTAGAATAGATTTTTTGGTTCAGAACAATTTGAAGTGAATGTTCCTACCTTCTACTAATAAGTGCAATTTCAATTTAGAGGACACTTTCTTTGGTAACTATCTAATGCACTCTGATAGCAGAACAAAAATATTGGTTAAGAAATAAAAAACAATATAAAGT
AAATGCTACATCCTCTTAAAGGAAGATTTCACTGCTTAGTAGTAAGCTATTGTTTAGGCTTTTGATTTGTTTTAACTCGTAAATTTAAGGAAGATTTTGGAGAACAAATTGACTAGTGTTGCTCGAAGCAGGAGCAAATCCTGAAGTGGGAGTGGGA

Intron 3 GTCCGTGCCT ... GTTGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.83	52.1	22	11
A2	38.59	59.6	37	0
A3	30.63	82.1	36	1
A4	21.35	48	13	2
A5	25.83	20.1	7	1
A6	27.98	158	61	8
A7	33.45	188.1	94	11
A8	32.81	121.1	59	0
A9	32.92	224.7	110	3
A10	33.21	192.4	95	12

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TTCACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGA
GCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGTAGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGT
GTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCA
ATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTACTCAGCTCCCATGGTGTAGCATGGCCTTATCCTTGTATACAATTAGGTATCCTTTAGTTCTTGATTTACTACATCCTACAAATAAGTGTACTTGCAATTTAGGGGTGACTTTCTTTGGTAACTGTCTAATGTGCCTTAAT
GTTAGAATAGATTTTTTGGTTCAGAACAATTTGAAGTGAATGTTCCTACCTTCTACTAATAAGTGCAATTTCAATTTAGAGGACACTTTCTTTGGTAACTATCTAATGCACTCTGATAGCAGAACAAAAATATTGGTTAAGAAATAAAAAACAATATAAAGTAAATGCTACATCCTCTTAAAGGAAGATTTCACTGCTTA
GTAGTAAGCTATTGTTTAGGCTTTTGATTTGTTTTAACTCGTAAATTTAAGGAAGATTTTGGAGAACAAATTGACTAGTGTTGCTCGAAGCAGGAGCAAATCCTGAAGTGGGAGTGGGA

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTCACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGA
GCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAAgtccgtgcctatacctatttaataatcccagtctagattacgtttagtgtcgtttaatagatgtatcattccattgccacaatattgaa
tgtgattgggaacagagcgtttgaagattgcttgtgttgtttcagTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGTAAGGCCAATCGACTGACTGTATTCTGACGATGACCGACATAATAGAATAGAGCTGGATTATGCTTCGTTTACATTCTTTTGATTTCACACACAATCCTTAATGG
GATTTGAGCCCTGGCTAACCTGGTGGAAATAAAATTTTGAACCCTCGCGAGATTTGGACCTTGGCAGACACGGTTAAAGCATTCAGTCTTTATCATCTAATAACGTGTTAAAGTTTGCAGGCCCTGACCTGATATCGCTCCATGGTTTTCTGTATATATTCACATCTTTCCGATTGCCTCCTAGCAATCAGTAGTTCAAC
ATTTTGGAGAATTTTACCTGCATTATGCAGGTATATACCATGTTGAAGAATTCTGAACGTTTTGTCTCATGTAAACGAAATTCATATTCCCACCCTGTCTGTTATTTCCTTGACTGTATGCGACGCTTGGTTTGCCCAAATTGAACTAAGGACAGTCACACTTCAATATGTATATGACTAGATTTATTCAACCTTTGGGT
TGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTA

Intron 4 GTGGGATGGG ... GGCGAAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.71	63	50	33
A2	40.97	67	57	36
A3	40.37	96	84	46
A4	36.7	69	42	38
A5	34.69	32	17	17
A6	40.2	238	161	159
A7	39.33	272	189	163.6
A8	41.01	169	123	112
A9	38.05	323	211	185.9
A10	39.72	258	189	151

>TRINITY_DN112825_c0_g2_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTT
GGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAA
AAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTACTCAGCT
CCCATGGTGTAGCATGGCCTTATCCTTGTATACAATTAGGTATCCTTTAGTTCTTGATTTACTACATCCTACAAATAAGTGTACTTGCAATTTAGGGGTGACTTTCTTTGGTAACTGTCTAATGTGCCTTAATGTTAGAATAGATTTTTTGGTTCAGAACAATTTGAAGTGAATGTTCCTACCTTCTACTAATAAGTGCA
ATTTCAATTTAGAGGACACTTTCTTTGGTAACTATCTAATGCACTCTGATAGCAGAACAAAAATATTGGTTAAGAAATAAAAAACAATATAAAGTAAATGCTACATCCTCTTAAAGGAAGATTTCACTGCTTAGTAGTAAGCTATTGTTTAGGCTTTTGATTTGTTTTAACTCGTAAATTTAAGGAAGATTTTGGAGAAC
AAATTGACTAGTGTTGCTCGAAGCAGGAGCAAATCCTGAAGTGGGAGTGGGAGCTATG

>TRINITY_DN112825_c0_g2_i15 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTT
GGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAAgtgggatgggcatttgggtttcagcaaattacggctgtcttcaggcataagcagcagcaattcggcctacgatggccagcggttaaggcttctgtcccggaggcgaagaaggtctgcgcctattt
cataatatcagtctaaatttcagttagtgccgtttaatagatgcattagttcattgccatgataatgaatggaattgaaaacagagggtgtgaagattgcttgtgttcttgtgcagtgcaggtgggatgggcatttgggtttcagcaaattacggctgtcttcaggcataagcagcagcaattcggcctacgatggccag
cggttaaggcttctgtcccggaggcgaagaagTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGAC
GACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGA
AATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGAC
TGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGT
GAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTAT
AAATGTCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATTGAATTTTGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCCTGTTGCAAGATCATGAAAGGATTATGCATTTTATAGTGATAACTCGGTAAGATAATTTATTTACTAGCAGGGATGTTTAATATAGACTTTTAGATAATATTTGTTTAACATCGGATGTTGTCTTTCTTT
TTCATCCACTGTTTGGAGACCTTTTGATGTGTAAGTTTCACATGGATAAAGGGTTTCAAGTGTCACAGGGTTTCAAGTTTGGTACGTATTTGTAATTGCTTATTTGAATTTGAATAACTCAACAGTAATTTATGGTAT

Intron 5 GCCCTGACCT ... TTGTCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.28	58	21	48
A2	51.43	51	10	54
A3	47.62	77	34	70
A4	43.09	70	28	53
A5	47.73	46	12	42
A6	47.22	304	71	272
A7	48.36	315	61	295
A8	48.27	209	39	195
A9	48.15	323	71	300
A10	47.25	288	62	258

>TRINITY_DN104307_c0_g1_i12 from sample A5 / Example spliced isoform

AAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCATGACTAGAGCATGACTA
CATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACC
TTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCC
AGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAG
TTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATA
GAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCA
TTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTATAAATGTCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATTGAATTTTGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCC

>TRINITY_DN104307_c0_g1_i10 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCATGACTAGAGCATGACTA
CATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGgccctgacctgatatcgctccatggttttctgtatatattcacatctttccgattgcctc
ctagcaatcagtagttcaacattttggagaattttacctgcattatgcaggcataagcagcagcaattcggcctacgatggccagcggttaaggcttctgtcccggaggcgaagaaggtgggatgggcatttgggtttcagcagaatacagttgtcttcagGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACAT
AATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGT
TGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCA
AGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATG
GATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAA
TGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTATAAATGTCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATTGAATTTTGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCC

Intron 6 GTGTGTATAT ... TTTATGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.25	7	2	9
A2	63.16	7	2	12
A3	56.82	19	1	25
A4	45.24	23	5	19
A5	55.26	17	1	21
A6	51.83	79	0	85
A7	55.12	92	4	113
A8	55.8	61	1	77
A9	55.17	65	0	80
A10	54.37	94	0	112

>TRINITY_DN101978_c6_g2_i21 from sample A4 / Example spliced isoform

TTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGCTTTGCCTTGTTTGATTGACCTAAAAGGTAACTAAAACGCGTCTTGTCTTCAACAAGTGGTTAGGCATGTGCAAAACAAGTCTAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAA
GGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTT
TTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTATGGGACCTTTGTTAAATTCTTTGTTCTTGTTTGTGTCTCATTTAAATCTTTGTCATCTCCTTTATTTTTATTGGTAAATATTTTGTGTATCGAATGGGTCTGTTAACAATGACTGTTAAGAAGGTTACTTGTGCTTTTAAATGTCGAAATAT
AACTGAATAGCTACATTCCATATTCTACTCACAGAACTAAATAGATTCTATTGATTAATATGTAATAGGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAG

>TRINITY_DN101978_c6_g2_i12 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTGATACAGAGCTGGGTTTATTTTAAGGCTTATGATTTGTTGCATTTCGTGAAATTCTAAGCTTATTGTTACTTCAAATTCAAAATTTATGTAGGCTTTGCCTTGTTTGATTGACCTAAAAGGTAACTAAAACGCGTCTTGTCTTCAACAAGTGGTTAGGCATGTGCAAAACAAGTCTAGgtgtgtatattttatgagtt
acgctttgactgacactgtagttgtaatcttttgtgagtaaaaagctacagtttaaatgcacaggctgaactcgtttagggtgtgttttatgttagGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAG
CTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATG
TTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTATGGGACCTTTGTTAAATTCTTTGTTCTTGTTTGTGTCTCATTTAAATCTTTGTCAT
CTCCTTTATTTTTATTGGTAAATATTTTGTGTATCGAATGGGTCTGTTAACAATGACTGTTAAGAAGGTTACTTGTGCTTTTAAATGTCGAAATATAACTGAATAGCTACATTCCATATTCTACTCACAGAACTAAATAGATTCTATTGATTAATATGTAATAGGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCA
CGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAG

Intron 7 GTAACTAAAA ... ACAAGTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.71	59	16	6
A2	12.38	92	19	7
A3	15.73	75	9	19
A4	31.49	62	34	23
A5	23.4	54	16	17
A6	15.01	402	64	78
A7	15.42	425	63	92
A8	12.91	361	46	61
A9	14.7	409	78	63
A10	17.1	400	71	94

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TTCACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGA
GCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGCATAAGCAGCAGCAATTCGGCCTACGATGGCCAGCGGTT
AAGGCTTCTGTCCCGGAGGCGAAGAAGTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTT
TGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTG
GAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAA
AGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAAT
ATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTATAAATG
TCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATTGAATTTTGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCCTGTTGCAAGATCATGAAAGG

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTCACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGA
GCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGTAGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGT
GTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCA
ATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGgtaactaaaacgcgtcttgtcttcaacaagtggttaggcatgtgcaaaacaagtctagGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTA
GCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACT
GGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTG
TAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTATAAATGTCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTC
ATTGAATTTTGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCCTGTTGCAAGATCATGAAAGG

Intron 8 GTGGGATGGG ... TTGTCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.94	17	35	48
A2	83.19	10	45	54
A3	77.46	16	44	66
A4	86.67	7	38	53
A5	88.57	4	20	42
A6	81.04	51	160	276
A7	78.67	64	175	297
A8	79.27	40	113	193
A9	83.16	50	193	301
A10	77.12	62	160	258

>TRINITY_DN45574_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoform

TTCACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGA
GCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGCATAAGCAGCAGCAATTCGGCCTACGATGGCCAGCGGTT
AAGGCTTCTGTCCCGGAGGCGAAGAAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTC
AAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGA
GCT

>TRINITY_DN45574_c0_g1_i10 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GTCGTTTAATAGATGTATCATTCCATTGCCACAATATTGAATGTGATTGGGAACAGAGCGTTTGAAGATTGCTTGTGTTGTTTCAGTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGCATAAGCAGCAGCAATTCGGCCTACGATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGTCCCGGAGGCGAAGA
AGgtgggatgggcatttgggtttcagcagaatacagttgtcttcagGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGC
CAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCA
ATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGA
GAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAG
ATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTATAAATGTCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATT
GAATTTTGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCCTGTTGCAAGATCATGAAAGGATTATGCATTTTATAGTGATAACTCGGTAAGATAATTTATTTACTAGCAGGGATGTTTAATATAGACTTTTAGATAATATTTGTTTAACATCGGATGTTGTCTTTCTTTTTCATCCACTGTTTGGAGACCTTTTGATGTGTAAG
TTTCACATGGATAAAGGGTTTCAAGTGTCACAGGGTTTCAAGTTTGGTACGTATTTGTAATTGCTTATTTGAATTTGAATAACTCAACAGTAATTTATGGTATACACGGGTCTCAATTCCAATAGGGATTAGTTTTATGCAGACATCATTATTGATGAACAAATTACTATCCGAT

Intron 9 GCCCTGACCT ... TTGTCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.28	58	21	48
A2	51.43	51	10	54
A3	49.34	77	35	75
A4	44.44	70	28	56
A5	47.73	46	12	42
A6	48.03	304	74	281
A7	48.36	315	61	295
A8	48.65	209	39	198
A9	48.65	323	72	306
A10	47.54	288	62	261

>TRINITY_DN109935_c1_g1_i13 from sample A3 / Example spliced isoform

ACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCA
TGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATC
TTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGG
ATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCG
TCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGC
ATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCA

>TRINITY_DN109935_c1_g1_i17 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCA
TGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGgccctgacctgatatcgctccatggttttctgtatatattcac
atctttccgattgcctcctagcaatcagtagttcaacattttggagaattttacctgcattatgcaggcataagcagcagcaattcggcctacgatggccagcggttaaggcttctgtcccggaggcgaagaagtgcaggtgggatgggcatttgggtttcagcagaatacagttgtcttcagGTACAAGGTGTAAGCTA
TCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAG
AAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCA
CGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACT
GGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAG
AATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCA

Intron 10 GTTTTCCTCG ... ATTCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.05	45	20	0
A2	15.48	44.5	8	0
A3	34.23	58	28	0
A4	33.66	50.5	23	0
A5	26.13	38	13	2
A6	21.83	252	68	0
A7	14.79	275.5	47	2
A8	16.18	180	34	1
A9	20.73	266	67	3
A10	21.19	241.5	63	0

>TRINITY_DN42749_c1_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

CGTGCCTATACCTATTTAATAATCCCAGTCTAGATTACGTTTAGTGTCGTTTAATAGATGTATCATTCCATTGCCACAAAATTGAATGTGATTGGGAACAGAGCGTTTGAAGATTGCTTGTGTTGTTTCAGTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCG
TGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAA
CATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGC
TCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGT
GGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAAT
TTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTATAAATGTCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATTGAATTTTGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCCTGTTGCAAGATCATGAAAGGATTATGCATT
TTATAGTGATAACTCGGTAAGATAATTTATTTACTAGCAGGGATGTTTAATATAGACTTTTAGATAATATTTGTTTAACATCGGATGTTGTCTTTCTTTTTCATCCACTGTTTGGAGACCTTTTGATGTGTAAGTTTCACATGGATAAAGGGTTTCAAGTGTCACAGGGTTTCAAGTTTGGTACGTATTTGTAATTGCTT
ATTTGAATTTGAATAACTCAACAGTAATTTATGGTATACACGGGTCTCAATTCCAATAGGGATTAGTTTTATGCAGACATCATTATTGATGAACAAATTACTATCCGATATAACAGCTGTGAGTTTTTTTTTTCGAATATCAGTTATAGATGATCAGCTGTGAAGTTTTTATCATTTATCAGTTACATATAATCATGACC
AATAGGAGTGACAATTTGACTTGCTTG

>TRINITY_DN42749_c1_g2_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGC
ATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGgttttcctcgctttcgtggctctaggttctggtccgccattg
tctgaaagaagagcagtgatctgattggcgggagtagtcccaaaaatcatctgcaaaaaagaggaaaatgaactttatcatagtcaagatgattgtatgagactgcctgctgcaattaatgcaggtggtgatgagttggtggtggctctttgctgcccacctgctgcaattcatgcagGTACAAGGTGTAAGCTATCG

Intron 11 GCATAAGCAG ... TTGTCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.02	58	44	43.9
A2	46.67	51	41	48.5
A3	45.26	77	59	68.6
A4	40.58	70	44	51.8
A5	36.64	46	14	39.4
A6	38.81	304	149	240.3
A7	38.77	315	145	257.9
A8	38.55	209	95	170.2
A9	39.69	323	160	268.7
A10	39.4	288	149	228.5

>TRINITY_DN112825_c0_g2_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTT
GGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAA
AAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTACTCAGCT
CCCATGGTGTAGCATGGCCTTATCCTTGTATACAATTAGGTATCCTTTAGTTCTTGATTTACTACATCCTACAAATAAGTGTACTTGCAATTTAGGGGTGACTTTCTTTGGTAACTGTCTAATGTGCCTTAATGTTAGAATAGATTTTTTGGTTCAGAACAATTTGAAGTGAATGTTCCTACCTTCTACTAATAAGTGCA
ATTTCAATTTAGAGGACACTTTCTTTGGTAACTATCTAATGCACTCTGATAGCAGAACAAAAATATTGGTTAAGAAATAAAAAACAATATAAAGTAAATGCTACATCCTCTTAAAGGAAGATTTCACTGCTTAGTAGTAAGCTATTGTTTAGGCTTTTGATTTGTTTTAACTCGTAAATTTAAGGAAGATTTTGGAGAAC
AAATTGACTAGTGTTGCTCGAAGCAGGAGCAAATCCTGAAGTGGGAGTGGGAGCTATG

>TRINITY_DN112825_c0_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTT
GGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGgcataagcagcagcaattcggcctacgatggccagcggttaaggcttctgtcccggaggcgaagaagtgcaggtgg
gatgggcatttgggtttcagcagaatacagttgtcttcagGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGG
AGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGG
CTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCT
GAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAAC
GATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTATAAATGTCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATTGAATTT
TGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCCTGTTGCAAGATCATGAAAGGATTATGCATTTTATAGTGATAACTCGGTAAGATAATTTATTTACTAGCAGGGATGTTTAATATAGACTTTTAGATAATATTTGTTTAACATCGGATGTTGTCTTTCTTTTTCATCCACTGTTTGGAGACCTTTTGATGTGTAAGTTTCAC
ATGGATAAAGGGTTTCAAGTGTCACAGGGTTTCAAGTTTGGTACGTATTTGTAATTGCTTATTTGAATTTGAATAACTCAACAGTAATTTATGGTAT

Intron 12 GTATGGGACC ... TATGTAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.02	60.3	6	22.6
A2	15.91	50.4	8.5	9.6
A3	26.52	57.3	18	20.9
A4	19.21	49.2	12.4	11.9
A5	22.62	35.1	6	10.7
A6	15.1	385.5	51.2	69.9
A7	13.98	365.3	64.9	60.6
A8	15.84	347.5	39.5	67
A9	16.75	320.3	45.5	66
A10	10.37	254	56.1	29.7

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TTCACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGA
GCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGCATAAGCAGCAGCAATTCGGCCTACGATGGCCAGCGGTT
AAGGCTTCTGTCCCGGAGGCGAAGAAGTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTT
TGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTG
GAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAA
AGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAAT
ATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTATAAATG
TCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATTGAATTTTGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCCTGTTGCAAGATCATGAAAGG

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTAGGTGTGTATATATTATGAGTTACGCTTTGACTGACACTGTAGTTGTAATCTTTTGTGAGTAAAAAGCTACAGTTTAAATGCACAGGCTGAACTCGTTTAGGGTGTGTTTTATGTTAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGC
AACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTgtatgggacctttgttaaattctttgttcttgtttgtgtctcatttaaatctttgtcatctcctttatttttattggtaaatattttgtgtatcgaatgggtctgttaacaatgactgttaagaaggttacttgtgcttttaaatgtcgaaatataactgaatag
ctacattccatattctactcacagaactaaatagattctattgattaatatgtaatagGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTAAGTTATGTTCTTGAATTGTTTTCTGCAAATCACTATTTTCAAAAGTTTAATG
TAGAGAACTCGTATGGCATTAAAAAATGCTTTACGCTTTTA

Intron 13 GTGGGATGGG ... AGAAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.47	13	5	36
A2	72.41	16	11	42
A3	77.61	15	7	52
A4	78.43	11	1	40
A5	67.74	10	0	21
A6	73.91	60	28	170
A7	66.54	90	23	179
A8	73.05	45	16	122
A9	73.21	71	14	194
A10	70.18	68	31	160

>TRINITY_DN42351_c3_g1_i21 from sample A6 / Example spliced isoform

TATCATTCCATTGCCACAATATTGAATGTGATTGGGAACAGAGCGTTTGAAGATTGCTTGTGTTGTTTCAGTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAG
CTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTG
ATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCA
GACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTA
GTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACA
CCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTATAAATGTCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATTGAATTTTGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCCTGTTGCAAGATCATGAAAGGATTATGCATTTTATAGTGATAACTCGGTAAGATAATTTATTTACTAGCAGGGATGTTTAATATAGACTTT
TAGATAATATTTGTTTAACATCGGATGTTGTCTTTCTTTTTCATCCACTGTTTGGAGACCTTTTGATGTGTAAGTTTCACATGGATAAAGGGTTTCAAGTGTCACAGGGTTTCAAGTTTGGTACGTATTTGTAATTGCTTATTTGAATTTGAATAACTCAACAGTAATTTATGGTATACACGGGTCTCAATTCCAATAGG
GATTAGTTTTATGCAGACATCATTATTGATGAACAAATTACTATCCGATATAACAGCTGTGAGTT

>TRINITY_DN42351_c3_g1_i20 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TATCATTCCATTGCCACAATATTGAATGTGATTGGGAACAGAGCGTTTGAAGATTGCTTGTGTTGTTTCAGTGCAGgtgggatgggcatttgggtttcagcaaattacggctgtcttcaggcataagcagcagcaattcggcctacgatggccagcggttaaggcttctgtcccggaggcgaagaagtgcagGTGGGATG
GGCATTTGGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGG
ATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTG
AATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAG
AAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATA
TGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTATAAATGTCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATTGAATTTTGAA
ATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCCTGTTGCAAGATCATGAAAGGATTATGCATTTTATAGTGATAACTCGGTAAGATAATTTATTTACTAGCAGGGATGTTTAATATAGACTTTTAGATAATATTTGTTTAACATCGGATGTTGTCTTTCTTTTTCATCCACTGTTTGGAGACCTTTTGATGTGTAAGTTTCACATGG
ATAAAGGGTTTCAAGTGTCACAGGGTTTCAAGTTTGGTACGTATTTGTAATTGCTTATTTGAATTTGAATAACTCAACAGTAATTTATGGTATACACGGGTCTCAATTCCAATAGGGATTAGTTTTATGCAGACATCATTATTGATGAACAAATTACTATCCGATATAACAGCTGTGAGTT

Intron 14 GCAAGTCTGT ... TGGTCTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.27	65.1	12.6	22.5
A2	3.19	75.1	2.5	25.9
A3	14.33	96.1	16.3	29.7
A4	5.37	57.3	3.2	14.5
A5	7.3	42.5	3.4	9.9
A6	4.77	334	18.2	86.9
A7	5.93	326.3	23.9	80.8
A8	3.94	254.7	11.7	61
A9	4.95	341.3	20.3	71.1
A10	3.47	298.7	11.9	92.2

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TTCACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGA
GCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGTAGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGT
GTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCA
ATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTACTCAGCTCCCATGGTGTAGCATGGCCTTATCCTTGTATACAATTAGGTATCCTTTAGTTCTTGATTTACTACATCCTACAAATAAGTGTACTTGCAATTTAGGGGTGACTTTCTTTGGTAACTGTCTAATGTGCCTTAAT
GTTAGAATAGATTTTTTGGTTCAGAACAATTTGAAGTGAATGTTCCTACCTTCTACTAATAAGTGCAATTTCAATTTAGAGGACACTTTCTTTGGTAACTATCTAATGCACTCTGATAGCAGAACAAAAATATTGGTTAAGAAATAAAAAACAATATAAAGTAAATGCTACATCCTCTTAAAGGAAGATTTCACTGCTTA
GTAGTAAGCTATTGTTTAGGCTTTTGATTTGTTTTAACTCGTAAATTTAAGGAAGATTTTGGAGAACAAATTGACTAGTGTTGCTCGAAGCAGGAGCAAATCCTGAAGTGGGAGTGGGA

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTTTGCTTCCACTGTTTATTTTCCAGCTATATGTGTGATTACTGATATGTGAAGAATTTAAAACAGCTTTGTTTAGTTGAAAACATAAAGATAGTAGTCACCTAGGGTTTGGAAAATTGACAAGGAACAGTCCCAAAATTCATCTTCAAACAGGAGTAAATGAACTCCATTTTAGTCAAGATGAGTCTATGAGTTGCAA
TCAATACGGGTGGTTGGCGAGTTGGTGGCTCATTGCTGCCACAATTAACTTCCAAATCTGAGCCCCTGACTGCAATGACAGAAGTTAAAGTCTTTGCCCTTTTTTGGTCTCCAAAGGGCCATTATTGGGCGAGTTTAAAAAATCCTAAAGTTTCGATTCTTTATGTCCAGGGTTTGATTGGCTAGCCAATCCACGACTTG
ATTCTGTAATTGTATCTGTATGTCACAGCTTGTCTTTATCAAATATAGAAATATAGATGGAAGGTTAACCAGGATCTTTGATTCATGTTCATTTCTTAGAACTTTATAAATCATGGCTCTATCATGTACACCATACAAACATGACAAATGTGGGACATGCATTTTTTAAGGAGCTCATAATCTCACACCTGAAGTAATAG
GATCACTTAGATGGTTTCAAACTCCACATATGGCCTTATTTTTCAGATCTTAAGTGTTTGTATTTTCTGAACTTATCTCTCTATTCATTTTCTATTCTAATCTGAATGTAAATCAGTGATATCTAAAATGCCTTGTCATTTCCATTGCAATCGTTTGTTGATGTTATATTGTTTCATGTGTCTGTGGCTGTGCTATCAAG
GAATCTGTGGGGTTAATAAGTTTAGCCTGACAATGACATTGGCTGTTTGAAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGGTACACTAATTGTAAATTGCTTTGTAATATGTATGTATTGATTTTTTATGCATGAGTTATCCAAGATA
TGTCAATTGGGTATTGTCTATGTAAACTCTTTGTTAGTTTGATTGTTGGACTGCATTAGCTTTGAAACTGATACCTTGTATGAGCTTCAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGgcaagtctgtattttatcatttttattttaaagaaccataaatatattgtatctgaaa
tgtttaaataacttgtactgtagttgcaatttatccagaaaaaaattacttggtggtctttagGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTA
CTCAGCTCCCATGGTGTAGCATGGCCTTATCCTTGTATACAATTAGGTATCCTTTAGTTCTTGATTTACTACATCCTACAAATAAGTGTACTTGCAATTTAGGGGTGACTTTCTTTGGTAACTGTCTAATGTGCCTTAATGTTAGAATAGATTTTTTGGTTCAGAACAATTTGAAGTGAATGTTCCTACCTTCTACTAAT
AAGTGCAATTTCAATTTAGAGGACACTTTCTTTGGTAACTATCTAATGCACTCTGATAGCAGAACAAAAATATTGGTTAAGAAATAAAAAACAATATAAAGTAAATGCTACATCCTCTTAAAGGAAGATTTCACTGCTTAGTAGTAAGCTATTGTTTAGGCTTTTGATTTGTTTTAACTCGTAAATTTAAGGAAGATTTT
GGAGAACAAATTGACTAGTGTTGCTCGAAGCAGGAGCAAATCCTGAAGTGGGAGTGGGA

Intron 15 GCCCTGACCT ... CATTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.14	35.2	19.9	10.9
A2	28.71	33.1	9.5	15.1
A3	37.82	47.9	32.9	22
A4	42.25	34.4	26.7	19.7
A5	51.49	10.7	11.5	8.7
A6	34.92	122.7	70.3	55.6
A7	31.77	119.5	58	47.9
A8	35.51	78.3	37.1	45.2
A9	35.63	127.3	67.9	63.6
A10	31.26	123.1	58.7	47.3

>TRINITY_DN109935_c1_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

ACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCA
TGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAAGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGCATAAGCAGCAGCAATTCGGCCTACGATGGCCAGCGGTTAAGGCTTC
TGTCCCGGAGGCGAAGAAGGTCTGCGCCTATTTCATAATATCAGTCTAAATTTCAGTTAGTGCCGTTTAATAGATGCATTAGTTCATTGCCATGATAATGAATGGAATTGAAAACAGAGGGTGTGAAGATTGCTTGTGTTCTTGTGCAGTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGC
ATAAGCAGCAGCAATTCGGCCTACGATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGTCCCGGAGGCGAAGAAGTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGG
ATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTG
TGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATT
TTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTC
ACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTT
GCTTTATCCATATTGTCAAGCA

>TRINITY_DN109935_c1_g1_i17 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCA
TGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGgccctgacctgatatcgctccatggttttctgtatatattcac
atctttccgattgcctcctagcaatcagtagttcaacattttggagaattttacctgcattatgcagGCATAAGCAGCAGCAATTCGGCCTACGATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGTCCCGGAGGCGAAGAAGTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTA
TCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAG
AAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCA
CGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACT
GGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAG
AATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCA

Intron 16 GTGGGATGGG ... TCTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.65	55.2	50	6
A2	47.59	63.2	57	8
A3	49.9	84.6	84	8
A4	46.44	48.6	42	0
A5	45.06	20.8	17	0
A6	49.56	164.6	161	27
A7	49.29	195.2	189	14
A8	49.84	124	123	13
A9	47.97	229.2	211	9
A10	48.97	198	189	19

>TRINITY_DN112825_c0_g2_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

CACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTT
GGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGCATAAGCAGCAGCAATTCGGCCTACGATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGTCCCGGAGGCGAAGAAGTGCAGGTGG
GATGGGCATTTGGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGG
AGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGG
CTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCT
GAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAAC
GATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTATAAATGTCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATTGAATTT
TGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCCTGTTGCAAGATCATGAAAGGATTATGCATTTTATAGTGATAACTCGGTAAGATAATTTATTTACTAGCAGGGATGTTTAATATAGACTTTTAGATAATATTTGTTTAACATCGGATGTTGTCTTTCTTTTTCATCCACTGTTTGGAGACCTTTTGATGTGTAAGTTTCAC
ATGGATAAAGGGTTTCAAGTGTCACAGGGTTTCAAGTTTGGTACGTATTTGTAATTGCTTATTTGAATTTGAATAACTCAACAGTAATTTATGGTAT

>TRINITY_DN112825_c0_g2_i15 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGAGCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTT
GGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAAgtgggatgggcatttgggtttcagcaaattacggctgtcttcaggcataagcagcagcaattcggcctacgatggccagcggttaaggcttctgtcccggaggcgaagaaggtctgcgcctattt
cataatatcagtctaaatttcagttagtgccgtttaatagatgcattagttcattgccatgataatgaatggaattgaaaacagagggtgtgaagattgcttgtgttcttgtgcagTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGCATAAGCAGCAGCAATTCGGCCTACGATGGCCAG
CGGTTAAGGCTTCTGTCCCGGAGGCGAAGAAGTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGAC
GACTTTGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGA
AATTGGAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGAC
TGGAAAGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGT
GAAATATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTAT
AAATGTCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATTGAATTTTGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCCTGTTGCAAGATCATGAAAGGATTATGCATTTTATAGTGATAACTCGGTAAGATAATTTATTTACTAGCAGGGATGTTTAATATAGACTTTTAGATAATATTTGTTTAACATCGGATGTTGTCTTTCTTT
TTCATCCACTGTTTGGAGACCTTTTGATGTGTAAGTTTCACATGGATAAAGGGTTTCAAGTGTCACAGGGTTTCAAGTTTGGTACGTATTTGTAATTGCTTATTTGAATTTGAATAACTCAACAGTAATTTATGGTAT

Intron 17 GTCTGCGCCT ... TCTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	4	36	2	1
A2	1.33	37	0	1
A3	5.88	48	5	1
A4	1.27	39	1	0
A5	0	17	0	0
A6	0	155	0	0
A7	0	164	0	0
A8	0	109	0	0
A9	0	191	0	0
A10	0	150	0	0

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TTCACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGA
GCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGCATAAGCAGCAGCAATTCGGCCTACGATGGCCAGCGGTT
AAGGCTTCTGTCCCGGAGGCGAAGAAGTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTACAAGGTGTAAGCTATCGTGCGCCTGGCACCCAACATAATCTTTTAAACCAAGTTACCTTTTCTCTTCCAGAAAAAAGCTTAGGATTGGTCTATGGGCGCAGTGGTAGTGGGAAGACGACTT
TGTTGCAGGTTCTTTCTGGATTAGCAAAGCCAACGGAGGGATCAATCTATATTCAAAAGATTGGACTGGATGGACAACCGAATCAATCTCCAGAAACATTATCGGCGGCAAGGGTTGGGATTGTTTTCCAATTTCCAGAGAGGTTCTTTTTGGCTGATACTGTGTTGGAAGAACTCACTTTTGGATGGCCAAGGAAATTG
GAAGATCAGCTTTTAAGACAGCAACTAGCAATAAGGCTTGAATCAGCTATTCGAGCTGTTGGGCTGAGTGGGATCTCCTTAGATCTTAATCCACGCTCTTTAAGTGATGGTTTCAAGCGTCGTCTTGCACTGGCAGTTCAGCTTGTACGCATGCCAGACATTTTGTTGTTAGATGAGCCTCTTGCAGGTCTTGACTGGAA
AGCTCGGACAGATGTTGTGAAGTTACTGGAGAATCTGAAGAAGGAAAGAATGTTGATTGTCGTCAGCCATGATTTGAAAGAAATATCACCACTGGTGGATAAAGCATGGAGAATGGATATGGGTGGGTTCTTAATAGAGGAACCATTATTCACCTAGTATTCACCTTTTTAATGTGCAAAATGTGGAATTCATGTGAAAT
ATGCATATTTACATAATGGATGCTTTGTAGATGAACGATATGTTTTATGGTTCGATGTTTAAGTGCCTCTTAGCTGTCAGCAGCAGTGGGCAGAATTTGTATATATAGCCTATAATGGTGAAACTGGACCGGACCATTTTATGAAAGAAGCTTACACCATTTGCTTTATCCATATTGTCAAGCAACAGATGTTATAAATG
TCCATACTAGTATTTAAATTCTAATTCATTGAATTTTGAAATGCATGTGAAGAAGGATTATGCTCCTGTTGCAAGATCATGAAAGG

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTCTGTCCCGGAGGCGAAGAAGgtctgcgcctatttcataatatcagtctaaatttcagttagtgccgtttaatagatgcattagttcattgccatgataatgaatggaattgaaaacagagggtgtgaagattgcttgtgttcttgtgcagTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTC
AGGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTAAGGTCAATGGGCTGTATTCTGACGATGTCAGAC

Intron 18 GTAAGGCCAA ... AAGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.63	21	27	6
A2	49.52	10	11.3	0
A3	40.96	33.7	26.3	6
A4	45.79	28	28	10
A5	43.71	12	11	7
A6	34.59	70	44	9
A7	38.23	60.3	42.3	5
A8	31.39	39	22.3	1
A9	33.23	70.7	44.3	1
A10	38.29	61.7	45.3	2

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoform

TTCACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGA
GCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAATGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGGCCCTGACCTGATATCGCTCCATGGTTTTCTGTATATATT
CACATCTTTCCGATTGCCTCCTAGCAATCAGTAGTTCAACATTTTGGAGAATTTTACCTGCATTATGCAGGTATATACCATGTTGAAGAATTCTGAACGTTTTGTCTCATGTAAACGAAATTCATATTCCCACCCTGTCTGTTATTTCCTTGACTGTATGCGACGCTTGGTTTGCCCAAATTGAACTAAGGACAGTCACA
CTTCAATATGTATATGACTAGATTTATTCAACCTTTGGGTTGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTA

>TRINITY_DN116158_c12_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTCACTATTACATCCATATAAAAAAAAACATACACACACCTCTGCATGTAATTCCTCTCCAACTTCTCCCCTTGGATTTGCATCGGCCGAATGGATAGATTTGCTGGATTTTTAATAGCGAGCTGTATGTGATTTCAATTTATATATTATTCGCTGGGAACAAACAAATGCAAGGAATAGGGATTCAGAGCAGCAGAAGA
GCATGACTAGAGCATGACTACATTTATTCCCCAGTTGGGTTCAGGCATAAGCAGCAGCAGTTCTGCTTACAATGGCCAGCGGTTAAGGCTTCTGCCCTCAAGGCGAAGAAAGTCCGTGCCTATACCTATTTAATAATCCCAGTCTAGATTACGTTTAGTGTCGTTTAATAGATGTATCATTCCATTGCCACAATATTGAA
TGTGATTGGGAACAGAGCGTTTGAAGATTGCTTGTGTTGTTTCAGTGCAGGTGGGATGGGCATTTGGGTTTCAGCAAATTACGGCTGTCTTCAGgtaaggccaatcgactgactgtattctgacgatgaccgacataatagaatagagctggattatgcttcgtttacattcttttgatttcacacacaatccttaatgg
gatttgagccctggctaacctggtggaaataaaattttgaaccctcgcgagatttggaccttggcagacacggttaaagcattcagtctttatcatctaataacgtgttaaagtttgcagGCCCTGACCTGATATCGCTCCATGGTTTTCTGTATATATTCACATCTTTCCGATTGCCTCCTAGCAATCAGTAGTTCAAC
ATTTTGGAGAATTTTACCTGCATTATGCAGGTATATACCATGTTGAAGAATTCTGAACGTTTTGTCTCATGTAAACGAAATTCATATTCCCACCCTGTCTGTTATTTCCTTGACTGTATGCGACGCTTGGTTTGCCCAAATTGAACTAAGGACAGTCACACTTCAATATGTATATGACTAGATTTATTCAACCTTTGGGT
TGGTTTCAGCAGAATACAGTTGTCTTCAGGTA