sp|Q9SNQ2|ANM10_ORYSJ ----> Protein arginine N-methyltransferase PRMT10

Intron 1 GTGAGCAAGC ... TGTTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.89	22	14	10
A2	56.25	14	18	1
A3	51.72	14	15	0
A4	46.43	15	13	5
A5	54.55	10	12	1
A6	53.3	85	97	12
A7	47.16	93	83	12
A8	48.99	76	73	10
A9	49.4	84	82	9
A10	48.43	82	77	7

>TRINITY_DN121839_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

ATCGGAATGTATTGTTAGTTTTAAATCATTCTTTTCCACGCTAGCTATGTTTTGACGCGGAAACAATTTAGGTCACCACTCGGATACCTCTCTTAAATATTTTACCTGTCTTTGGCTATGTTCTCTTTGGCCTGACAGTCTCTACTTCTCTCTGGGGAATGAGAATCAGAGCTCGGATGCTATACAGAAACCCAGTCCTA
ACCAGGAATTGATACACGGGTTTTTCTTGTATAGCTCTGGTCACACAGATTTTCGGTTTCAAGGATATATCTATCCAATCATACCAAGATTTCATTCTTGTGTTTGATTCTCTCGATTCCTTTTGCGTCGGGGTTAGTCCTAGAGCGGGCTTAAAAAACACTACCTCAGAGCTTATTTGATTCATTTTGTGCACAATGAG
TGACACTGCAAATGGGTTTGAAGGCCAGCAGCAGCGGGCTATGCCTGCTGCCAGAGCTGGAGGAGGCGCTGTGGTGGACAAAGCTGCAGATTTTGCGAATTATTTTTGCACCTATGCATATCTATATCACCAGAAAGAAATGCTGTCCGACAGGGTGAGGATGGATGCCTATTACACAGCTATCTTCGACAACAAGCACC
ACTTTGAAGGCAAGACTGTTTTGGATGTAGGCACAGGAAGTGGCATTCTGGCAATCTGGTGTGCGCAAGCTGGTGCAAGGAAAGTTTATGCTGTTGAAGCAACCAAAATGTCAGAACATGCACGCCAACTCGTAATTGGAAATGGTGTTAGCCACATTGTTGATGTAATTGAGGGATCCATGGAGGATATCATGTTGCCT
GAAAAAGTTGATGTCATTATCTCAGAGTGGATGGGGTATTTCCTTTTGCGTGAATCCATGTTCGATTCTGTGATCTGTGCTCGTGACCGCTTTTTGAAGCCAACTGGAATAATGTATCCCAGTCATGCACGAATGTGGCTAGCACCAATCAGGTCTGGTCAGGGGGAGCAGAAGTTGCTAGACTATGAGAATGCTATGGC
TGACTGGAATAACTTCACTGAGGATACCAATGATTTTTATGGTGTTGATATGAGCATCCTAACAGAGCCTTACTCTGGAGAACAAAAAAAGTATTATCTACAGACATCTCTTTGGAACAATCTTCATCCACATCAAATAATTGGTACCCCTTTTATCGTCAAAGAAATGGATTGCCTCACAGCGACTCTGGATGAAATTG
CTAGTGTGCATGCAAACTTTACAGCTCCCATTACAATCGAACAGGGGAGATTCAGTGGATTTGCTGGATGGTTTGATGTTCATTTTCGAAGTTGACCGGATTTCATACAAACCAAAATTTGTGTTTTTGCCTTCCCAGGGAAGTCCATCTAGCCCAGCAAGCCATGAGGTTGAATTGACAACCGCTCCTAGTATAGACAG
TTCAACACACTGGGGTCAGCAGGTGTTTCTATTGCATCCTCCTATGCGAGTAATAAGAGAAGATGTCCTGGAAGGGACTTTTGCCATGACTCGCTCCAAGGAAAATCATCGTTTGATGGATGTCCAGTTTGTTTATAAATCAAAGCTATCGTCCGGAGAGACTACCGAACCTGTTACCAAATTTTTTTGCATAGAGTAGC
TGGAGGCATTTTCGTCTGGAGGCAATGATATATTTACAAAAGGTGGTATAAATACCGTTCAGACAGATTGGATATGCTAATATATCAGCTTTTAATTACTAAAAATTTAGAAGAGATGATATATATCGCCATTGTAAATTATTTAGTATATTGAGGAAATGGTCCAATTTCAGCTGTGAGCCCGTTTAGTGCTGTTAAAA
TTGTTGTTGTCAGACTGCAAGTCTTTCAGGCTCAAATTATTTTTCCCAAGGAATGCGTCCATATCATCTCGCAATTTTGACAAATTGTGTTGTTATTTCCTTGCCAATTTTTCAACAAGGGCATATGGTTCTCTTAATCATTCCGTATTGCTTAATATAGCAGGTTTGTTCACTTAAGACGCTACAGCGTTTTATTTTTT
CTGGTGAAAGAAGTATTGTTATTTGTATTCTGAACTATCAAGTTTGTCTTTTATCAAAATATTCTCGTAGGTCTAGCTATTTGCCAGC

>TRINITY_DN121839_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTTTTATATAGTAGCACTTTTAGTATCTTTTGTGTATCCTTTTGATTTGGCTTAAAGTGAAGTCTATCTTGGATTTAAGAGAAACAATTAAACATTCTGTGCAGACATCTCTTTGGAACAATCTTCATCCACATCAAATAATTGGTACCCCTTTTATCGTCAAAGAAATGGATTGCCTCACAGCGACTCTGGATGAAAT
TGCTAGTGTGCATGCAAACTTTACAGCTCCCATTACAATCGAACAGGGGAGATTCAGTGGATTTGCTGGATGGTTTGATGTTCATTTTCGAgtgagcaagctgacattatttccataaaatataagaatcctttttttttggtccgtccataatgctgctaaattttagcttatttgttttacagAGTTGACCGGATTTC
ATACAAACCAAAATTTGTGTTTTTGCCTTCCCAGGGAAGTCCATCTAGCCCAGCAAGCCATGAGGTTGAATTGACAACCGCTCCTAGTATAGACAGTTCAACACACTGGGGTCAGCAGGTGTTTCTATTGCATCCTCCTATGCGAGTAATAAGAGAAGATGTCCTGGAAGGGACTTTTGCCATGACTCGCTCCAAGGAAA
ATCATCGTTTGATGGATGTCCAGTTTGTTTATAAATCAAAGCTATCGTCCGGAGAGACTACCGAACCTGTTACCAAATTTTTTTGCATAGAGTAGCTGGAGGCATTTTCGTCTGGAGGCAATGATATATTTACAAAAGGTGGTATAAATACCGTTCAGACAGATTGGATATGCTAATATATCAGCTTTTAATTACTAAAA
ATTTAGAAGAGATGATATATATCGCCATTGTAAATTATTTAGTATATTGAGGAAATGGTCCAATTTCAGCTGTGAGCCCGTTTAGTGCTGTTAAAATTGTTGTTGTCAGACTGCAAGTCTTTCAGGCTCAAATTATTTTTCCCAAGGAATGCGTCCATATCATCTCGCAATTTTGACAAATTGTGTTGTTATTTCCTTGC
CAATTTTTCAACAAGGGCATATGGTTCTCTTAATCATTCCGTATTGCTTAATATAGCAGGTTTGTTCACTTAAGACGCTACAGCGTTTTATTTTTTCTGGTGAAAGAAGTATTGTTATTTGTATTCTGAACTATCAAGTTTGTCTTTTATCAAAATATTCTCGTAGGTCTAGCTATTTGCCAGC

Intron 2 GTTTGGGAAA ... CTCAACATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.1	116.7	19.8	21.6
A2	23.62	112.6	13.8	38.2
A3	22.13	117.1	11.5	36.7
A4	16.58	105.1	20.2	22.2
A5	17.34	44.1	2.9	9.9
A6	18.89	564	58.2	141.5
A7	20.45	604.9	81.6	166.2
A8	18.76	637.5	81.1	157.2
A9	19.38	579.4	58	150.6
A10	21.26	416.5	48.7	122.7

>TRINITY_DN109169_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

ATTCTTTTCCACGCTAGCTATGTTTTGACGCGGAAACAATTTAGGTCACCACTCGGATACCTCTCTTAAATATTTTACCTGTCTTTGGCTATGTTCTCTTTGGCCTGACAGTCTCTACTTCTCTCTGGGGACTGAGAATCAGAGCTCGGATGCTATACAGAAACCCAGTCCTAACCAGGAATTGATACACGGGTTTTTCT
TGTATAGCTCTGGTCACACAGATTTTCGGTTTCAAGGATATATCTATCCAATCATACCAAGATTTCATTCTTGTGTTTGATTCTCTCGATTCCTTTTGCGTCGGGGTTAGTCCTAGAGCGGGCTTAAAAAACACTACCTCAGAGCTTATTTGATTCATTTTGTGCACAATGAGTGACACTGCAAATGGGTTTGAAGGCCA
GCAGCAGCGGGCTATGCCTGCTGCCAGAGCTGGAGGAGGCGCTGTGGTGGACAAAGCTGCAGATTTTGCGAATTATTTTTGCACCTATGCATATCTATATCACCAGAAAGAAATGCTGTCCGACAGGGTGAGGATGGATGCCTATTACACAGCTATCTTCGACAACAAGCACCACTTTGAAGGCAAGACTGTTTTGGATG
TAGGCACAGGAAGTGGCATTCTGGCAATCTGGTGTGCGCAAGCTGGTGCAAGGAAAGTTTATGCTGTTGAAGCAACCAAAATGTCAGAACATGCACGCCAACTCGTAATTGGAAATGGTGTTAGCCACATTGTTGATGTAATTGAGGGATCCATGGAGGATATCATGTTGCCTGAAAAAGTTGATGTCATTATCTCAGAG
TGGATGGGGTATTTCCTTTTGCGTGAATCCATGTTCGATTCTGTGATCTGTGCTCGTGACCGCTTTTTGAAGCCAACTGGAATAATGTATCCCAGTCATGCACGAATGTGGCTAGCACCAATCAGGTCTGGTCAGGGGGAGCAGAAGTTGCTAGACTATGAAAATGCTATGGCAGACTGGAATAACTTCACTGAGGATAC
CAATGATTTTTATGGTGTTGATATGAGCATCCTAACAGAGCCTTACTCTGGAGAACAAAAAAAGTATTATCTACAGACATCTCTTTGGAACAATCTTCATCCACATCAAATAATTGGTACCCCTTTTATCGTCAAAGAAATGGATTGCCTCACAGCGACTCTGGATGAAATTGCTAGTGTACATGCAAACTTTACAGCTC
CCATTACAATCGAACAGGGGAGATTCAGTGGATTTGCTGGATGGTTTGATGTTCATTTTCGAGGAAGTCCATCTAGCCCAGCAAGCCATGAGGTTGAATTGACAACCGCTCCTAGTATAGACAGTTCAACACACTGGGGTCAGCAGGTGTTTCTATTGCATCCTCCTATGCGAGTAATAAGAGAAGATGTCCTGGAAGGG
ACTTTTGCCATGACTCGCTCCAAGGAAAATCATCGTTTGATGGATGTCCAGTTTGTTTATAAATCAAAGCTATCGTCCGGAGAGACTACGGAACCTGTTACCAAATTTTTTTGCATAGAGTAGCTGGAGGCATTTTCGTCTGGAGGCAATGATATATTTACAAAAGGTGGTATAAATACCGTTCAGACAGATTGGATATG
CTAATATATCAGCTTTGAATTACTAAAAATTTAGAAGAGATGATATATATCGCCATTGTAAATTATTTAGTATATTGAGGAAATGGTCCAATTTCAGCTGTGAGCCCGTTTAGTGCTGTTAAAATTGTTGTTGTCAGACTGCAAGTCTTTCAGGCTCAAATTATTTTTCCCAAGGAATGCGTCCATATCATCTCGCAATT
TTGACAAATTGTGTTGTTATTTCCTTGCCAATTTTTCAACAAGGGCATATGGTTCTCTTAATCTTTCCGTATTGCTTAATATAGCAGGTTTGTTCACTTAAGACGCC

>TRINITY_DN109169_c0_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GATGGTTTGATGTTCATTTTCGAAGTTGACCGGATTTCATACAAACCAAAATTTGTGTTTTTGCCTTCCCAGGGAAGTCCATCTAGCCCAGCAAGCCATGAGGTTGAATTGACAACCGCTCCTAGTATAGACAGTTCAACACACTGGGGTCAGCAGgtttgggaaaatttctttgcccttctcaacctgtaatttgtgct
tttagtgatttcgttagataaaacctttctgtttctttctcaacatagGTGTTTCTATTGCATCCTCCTATGCGAGTAATAAGAGAAGATGTCCTGGAAGGGACTTTTGCCATGACTCGCTCCAAGGAAAATCATCGTTTGATGGATGTCCAGTTTGTTTATAAATCAAAGCTATCGTCCGGAGAGACTACGGAACCTGT
TACCAAATTTTTTTGCATAGAGTAGCTGGAGGCATTTTCGTCTGGAGGCAATGATATATTTACAAAAGGTGGTATAAATACCGTTCAGACAGATTGGATATGCTAATATATCAGCTTTGAATTACTAAAAATTTAGAAGAGATGATATATATCGCCATTGTAAATTATTTAGTATATTGAGGAAATGGTCCAATTTCAGC
TGTGAGCCCGTTTAGTGCTGTTAAAATTGTTGTTGTCAGACTGCAAGTCTTTCAGGCTCAAATTATTTTTCCCAAGGAATGCGTCCATATCATCTCGCAATTTTGACAAATTGTGTTGTTATTTCCTTGCCAATTTTTCAACAAGGGCATATGGTTCTCTTAATCTTTCCGTATTGCTTAATATAGCAGGTTTGTTCACT
TAAGACGCC

Intron 3 GTGAGCAAGC ... TAAATTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.84	23	14	9
A2	52.17	11	12	1
A3	51.61	15	16	0
A4	48.48	17	16	5
A5	57.14	9	12	1
A6	54.24	81	96	12
A7	48.54	88	83	10
A8	49.33	76	74	9
A9	50.96	77	80	5
A10	51.7	71	76	5

>TRINITY_DN41970_c0_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

CTTTTCCACGCTAGCTATGTTTTGACGCGGAAACAATTTAGGTCACCACTGGGATACCTCTCTTAAATATTTTACCTGTCTTTGGCTATGTTCTCTTTGGCCTGACAGTCTCTACTTCTCTCTGGGGACTGAGAATCAGAGCTCGGATGCTATACAGAAACCCAGTCCTAACCAGGAATTGATACACGGGTTTTTCTTGT
ATAGCTCTGGTCACACAGATTTTCGGTTTCAAGGATATATCTATCCAATCATACCAAGATTTCATTCTTGTGTTTGATTCTCTCGATTCCTTTTGCATCGGGGTTAGTCCTAGAGCGGGCTTAAAAAACACTACCTCAGAGCTTATTTGATTCATTTTGTGCACAATGAGTGAGACTGCAAATGGGTTTGAAGGCCAGCA
GCAGCGGGCTATGCCTGCTGCCAGAGCTGGAGGAGGCGCTGTGGTGGACAAGGCTGCAGATTTTGCGAATTATTTTTGCACCTATGCATATCTATATCACCAGAAAGAAATGCTGTCCGACAGGGTGAGGATGGATGCCTATTACACAGCTATCTTCGACAACAAGCACCACTTTGAAGGCAAGACTGTTTTGGATGTAG
GCACAGGAAGTGGCATTCTGGCAATCTGGTGTGCGCAAGCTGGTGCAAGGAAAGTTTATGCTGTTGAAGCAACCAAAATGTCAGAACATGCACGCCAACTCGTAATTGGAAATGGTGTTAGCCACATTGTTGATGTAATTGAGGGATCCATGGAGGATATCATGTTGCCTGAAAAAGTTGATGTCATTATCTCAGAGTGG
ATGGGGTATTTCCTTTTGCGTGAATCCATGTTCGATTCTGTGATCTGTGCTCGTGATCGCTTTTTGAAGCCAACTGGAATAATGTATCCCAGTCATGCACGAATGTGGCTAGCACCAATCAGGTCTGGTCAGGGGGAGCAGAAGTTGCTAGACTATGAAAATGCTATGGCAGACTGGAATAACTTCACTGAGGATACCAA
TGATTTTTATGGTGTTGATATGAGCATCCTAACAGAGCCTTACTCTGGAGAACAAAAAAAGTATTATCTACAGACATCTCTTTGGAACAATCTTCATCCACATCAAATAATTGGTACCCCTTTTATCGTCAAAGAAATGGATTGCCTCACAGCGACTCTGGATGAAATTGCTAGTGTACATGCAAACTTTACAGCTCCCA
TTACAATCGAACAGGGGAGATTCAGTGGATTTGCTGGATGGTTTGATGTTCATTTTCGACTTATTTGTTTTACAGAGTTGACCGGATTTCATACAAACCAAAATTTGTGTTTTTGCCTTCCCAGGGAAGTCCATCTAGCCCAGCAAGCCATGAGGTTGAATTGACAACCGCTCCTAGTATAGACAGTTCAACACACTGGG
GTCAGCAGGTTTGGGAAAATTTCTTTGCCCTTCTCAACCTGTAATTTGTGCTTTTAGTGATTTCGTTAGATAAAACCTTTCTGTTTCTTTCTCAACATAGGTGTTTCTATTGCATCCTCCTATGCGAGTAATAAGAGAGGATGTCCTGGAAGGGACTTTTGCCATGACTCGCTCCAAGGAAAATCATCGTTTGATGGATG
TCCAGTTTGTTTATAAATCAAAGCTATCGTCCGGAGAGACTACCGAACCTGTTACCAAATTTTTTTGCATAGAGTAGCTGGAGGCATTTTCGTCTGGAGGCAATGATATATTTACAAAAGGTGGTATAAATACCGTTCAGACAGATTGGATATGCTAATATATCAGCTTTGAATTACTAAAAATTTAGAAGAGATGATAT
ATATCGCCATTGTAAATTATTTAGTATATTGAGGAAATGGTCCAATTTCAGCTGTGAGCCCGTTTAGTGCTGTTAAAATTGTTGTTGTCAGACTGCAAGTCTTTCAGGCTCAAATTATTTTTCCCAAGGAATGCGTCCATATCATCTCGCAATTTTGACAAATTGTGTTGTTATTTCCTTGCCAATTTTTCAACAAGGGC
ATATGGTTCTCTTAATCATTCCGTATTGCTTAATATAGCAGGTTTGTTCACTTAAGACGCTACAGCGTTTTATTTTTTCTGGTGAAAGAAGTATTGTTATTTGTATTCTGAACTATCAAGTTTGTCTTTTATCAAAATATTCTCGTAGGTCTAGCTATTTGCCAGCTAATAAATGCCAATTCCATCA

>TRINITY_DN41970_c0_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTTTTCCACGCTAGCTATGTTTTGACGCGGAAACAATTTAGGTCACCACTGGGATACCTCTCTTAAATATTTTACCTGTCTTTGGCTATGTTCTCTTTGGCCTGACAGTCTCTACTTCTCTCTGGGGACTGAGAATCAGAGCTCGGATGCTATACAGAAACCCAGTCCTAACCAGGAATTGATACACGGGTTTTTCTTGT
ATAGCTCTGGTCACACAGATTTTCGGTTTCAAGGATATATCTATCCAATCATACCAAGATTTCATTCTTGTGTTTGATTCTCTCGATTCCTTTTGCATCGGGGTTAGTCCTAGAGCGGGCTTAAAAAACACTACCTCAGAGCTTATTTGATTCATTTTGTGCACAATGAGTGAGACTGCAAATGGGTTTGAAGGCCAGCA
GCAGCGGGCTATGCCTGCTGCCAGAGCTGGAGGAGGCGCTGTGGTGGACAAGGCTGCAGATTTTGCGAATTATTTTTGCACCTATGCATATCTATATCACCAGAAAGAAATGCTGTCCGACAGGGTGAGGATGGATGCCTATTACACAGCTATCTTCGACAACAAGCACCACTTTGAAGGCAAGACTGTTTTGGATGTAG
GCACAGGAAGTGGCATTCTGGCAATCTGGTGTGCGCAAGCTGGTGCAAGGAAAGTTTATGCTGTTGAAGCAACCAAAATGTCAGAACATGCACGCCAACTCGTAATTGGAAATGGTGTTAGCCACATTGTTGATGTAATTGAGGGATCCATGGAGGATATCATGTTGCCTGAAAAAGTTGATGTCATTATCTCAGAGTGG
ATGGGGTATTTCCTTTTGCGTGAATCCATGTTCGATTCTGTGATCTGTGCTCGTGATCGCTTTTTGAAGCCAACTGGAATAATGTATCCCAGTCATGCACGAATGTGGCTAGCACCAATCAGGTCTGGTCAGGGGGAGCAGAAGTTGCTAGACTATGAAAATGCTATGGCAGACTGGAATAACTTCACTGAGGATACCAA
TGATTTTTATGGTGTTGATATGAGCATCCTAACAGAGCCTTACTCTGGAGAACAAAAAAAGTATTATCTACAGACATCTCTTTGGAACAATCTTCATCCACATCAAATAATTGGTACCCCTTTTATCGTCAAAGAAATGGATTGCCTCACAGCGACTCTGGATGAAATTGCTAGTGTACATGCAAACTTTACAGCTCCCA
TTACAATCGAACAGGGGAGATTCAGTGGATTTGCTGGATGGTTTGATGTTCATTTTCGAgtgagcaagctgacattatttccataaaatataagaatccttttttttggtccgtccataatgctgctaaattttagCTTATTTGTTTTACAGAGTTGACCGGATTTCATACAAACCAAAATTTGTGTTTTTGCCTTCCCA
GGGAAGTCCATCTAGCCCAGCAAGCCATGAGGTTGAATTGACAACCGCTCCTAGTATAGACAGTTCAACACACTGGGGTCAGCAGGTTTGGGAAAATTTCTTTGCCCTTCTCAACCTGTAATTTGTGCTTTTAGTGATTTCGTTAGATAAAACCTTTCTGTTTCTTTCTCAACATAGGTGTTTCTATTGCATCCTCCTAT
GCGAGTAATAAGAGAGGATGTCCTGGAAGGGACTTTTGCCATGACTCGCTCCAAGGAAAATCATCGTTTGATGGATGTCCAGTTTGTTTATAAATCAAAGCTATCGTCCGGAGAGACTACCGAACCTGTTACCAAATTTTTTTGCATAGAGTAGCTGGAGGCATTTTCGTCTGGAGGCAATGATATATTTACAAAAGGTG
GTATAAATACCGTTCAGACAGATTGGATATGCTAATATATCAGCTTTGAATTACTAAAAATTTAGAAGAGATGATATATATCGCCATTGTAAATTATTTAGTATATTGAGGAAATGGTCCAATTTCAGCTGTGAGCCCGTTTAGTGCTGTTAAAATTGTTGTTGTCAGACTGCAAGTCTTTCAGGCTCAAATTATTTTTC
CCAAGGAATGCGTCCATATCATCTCGCAATTTTGACAAATTGTGTTGTTATTTCCTTGCCAATTTTTCAACAAGGGCATATGGTTCTCTTAATCATTCCGTATTGCTTAATATAGCAGGTTTGTTCACTTAAGACGCTACAGCGTTTTATTTTTTCTGGTGAAAGAAGTATTGTTATTTGTATTCTGAACTATCAAGTTT
GTCTTTTATCAAAATATTCTCGTAGGTCTAGCTATTTGCCAGCTAATAAATGCCAATTCCATCA

Intron 4 GTGAGCAAGC ... GCCTTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5.91	150	9.7	21
A2	6.35	114	8	12.3
A3	8.67	107	10.7	6.3
A4	9.28	107	11.3	14
A5	14.18	50	8.7	4.3
A6	9.63	608	67.3	61.3
A7	8.22	608	56.7	72.3
A8	7.34	613	50.3	75
A9	7.75	618.3	54	62.3
A10	9.18	480.3	51	44

>TRINITY_DN40975_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CGCTAGCTATGTTTTGACGCGGAAACAATTTAGGTCACCACTCGGATACCTCTCTTAAATATTTTACCTGTCTTTGGCTATGTTCTCTTTGGCCTGACAGTCTCTACTTCTCTCTGGGGAATGAGAATCAGAGCTCGGATGCTATACAGAAACCCAGTCCTAACCAGGAATTGATACACGGGTTTTTCTTGTATAGCTCT
GGTCACACAGATTTTCGGTTTCAAGGATATATCTATCCAATCATACCAAGATTTCATTCTTGTGTTTGATTCTCTCGATTCCTTTTGCATCGGGGTTAGTCCTAGAGCGGGCTTAAAAAACACTACCTCAGAGCTTATTTGATTCATTTTGTGCACAATGAGTGAGACTGCAAATGGGTTTGAAGGCCAGCAGCAGCGGG
CTATGCCTGCTGCCAGAGCTGGAGGAGGCGCTGTGGTGGACAAGGCTGCAGATTTTGCGAATTATTTTTGCACCTATGCATATCTATATCACCAGAAAGAAATGCTGTCCGACAGGGTGAGGATGGATGCCTATTACACAGCTATCTTCGACAACAAGCACCACTTTGAAGGCAAGACTGTTTTGGATGTAGGCACAGGA
AGTGGCATTCTGGCAATCTGGTGTGCGCAAGCTGGTGCAAGGAAAGTTTATGCTGTTGAAGCAACCAAAATGTCAGAACATGCACGCCAACTCGTAATTGGAAATGGTGTTAGCCACATTGTTGATGTAATTGAGGGATCCATGGAGGATATCATGTTGCCTGAAAAAGTTGATGTCATTATCTCAGAGTGGATGGGGTA
TTTCCTTTTGCGTGAATCCATGTTCGATTCTGTGATCTGTGCTCGTGATCGCTTTTTGAAGCCAACTGGAATAATGTATCCCAGTCATGCACGAATGTGGCTAGCACCAATCAGGTCTGGTCAGGGGGAGCAGAAGTTGCTAGACTATGAAAATGCTATGGCAGACTGGAATAACTTCACTGAGGATACCAATGATTTTT
ATGGTGTTGATATGAGCATCCTAACAGAGCCTTACTCTGGAGAACAAAAAAAGTATTATCTACAGACATCTCTTTGGAACAATCTTCATCCACATCAAATAATTGGTACCCCTTTTATCGTCAAAGAAATGGATTGCCTCACAGCGACTCTGGATGAAATTGCTAGTGTACATGCAAACTTTACAGCTCCCATTACAATC
GAACAGGGGAGATTCAGTGGATTTGCTGGATGGTTTGATGTTCATTTTCGAGGAAGTCCATCTAGCCCAGCAAGCCATGAGGTTGAATTGACAACCGCTCCTAGTATAGACAGTTCAACACACTGGGGTCAGCAGGTGTTTCTATTGCATCCTCCTATGCGAGTAATAAGAGAAGATGTCCTGGAAGGGACTTTTGCCAT
GACTCGCTCCAAGGAAAATCATCGTTTGATGGATGTCCAGTTTGTTTATAAATCAAAGCTATCGTCCGGAGAGACTACGGAACCTGTTACCAAATTTTTTTGCATAGAGTAGCTGGAGGCATTTTCGTCTGGAGGCAATGATATATTTACAAAAGGTGGTATAAATACCGTTCAGACAGATTGGATATGCTAATATATCA
GCTTTGAATTACTAAAAATTTAGAAGAGATGATATATATCGCCATTGTAAATTATTTAGTATATTGAGGAAATGGTCCAATTTCAGCTGTGAGCCCGTTTAGTGCTGTTAAAATTGTTGTTGTCAGACTGCAAGTCTTTCAGGCTCAAATTATTTTTCCCAAGGAATGCGTCCATATCATCTCGCAATTTTGACAAATTG
TGTTGTTATTTCCTTGCCAATTTTTCAACAAGGGCATATGGTTCTCTTAATCATTCCGTATTGCTTAATATAGCAGGTTTGTTCACTTAAGACGCTACAGCGTTTTATTTTTTCTGGTGAAAGAAGTATTGTTATTTGTATTCTGAACTATCAAGTTTGTCTTTTATCAAAATATTCTCGTAGGTCTAGCTATTTGCCAG
CTAATAAATGCCAATTCCTTCAAACATGTTTTACGCTTTATTAGTTCAATTTATTTTGGCTACCCTATCATTGGTCCC

>TRINITY_DN40975_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CGCTAGCTATGTTTTGACGCGGAAACAATTTAGGTCACCACTCGGATACCTCTCTTAAATATTTTACCTGTCTTTGGCTATGTTCTCTTTGGCCTGACAGTCTCTACTTCTCTCTGGGGAATGAGAATCAGAGCTCGGATGCTATACAGAAACCCAGTCCTAACCAGGAATTGATACACGGGTTTTTCTTGTATAGCTCT
GGTCACACAGATTTTCGGTTTCAAGGATATATCTATCCAATCATACCAAGATTTCATTCTTGTGTTTGATTCTCTCGATTCCTTTTGCATCGGGGTTAGTCCTAGAGCGGGCTTAAAAAACACTACCTCAGAGCTTATTTGATTCATTTTGTGCACAATGAGTGAGACTGCAAATGGGTTTGAAGGCCAGCAGCAGCGGG
CTATGCCTGCTGCCAGAGCTGGAGGAGGCGCTGTGGTGGACAAGGCTGCAGATTTTGCGAATTATTTTTGCACCTATGCATATCTATATCACCAGAAAGAAATGCTGTCCGACAGGGTGAGGATGGATGCCTATTACACAGCTATCTTCGACAACAAGCACCACTTTGAAGGCAAGACTGTTTTGGATGTAGGCACAGGA
AGTGGCATTCTGGCAATCTGGTGTGCGCAAGCTGGTGCAAGGAAAGTTTATGCTGTTGAAGCAACCAAAATGTCAGAACATGCACGCCAACTCGTAATTGGAAATGGTGTTAGCCACATTGTTGATGTAATTGAGGGATCCATGGAGGATATCATGTTGCCTGAAAAAGTTGATGTCATTATCTCAGAGTGGATGGGGTA
TTTCCTTTTGCGTGAATCCATGTTCGATTCTGTGATCTGTGCTCGTGATCGCTTTTTGAAGCCAACTGGAATAATGTATCCCAGTCATGCACGAATGTGGCTAGCACCAATCAGGTCTGGTCAGGGGGAGCAGAAGTTGCTAGACTATGAAAATGCTATGGCAGACTGGAATAACTTCACTGAGGATACCAATGATTTTT
ATGGTGTTGATATGAGCATCCTAACAGAGCCTTACTCTGGAGAACAAAAAAAGTATTATCTACAGACATCTCTTTGGAACAATCTTCATCCACATCAAATAATTGGTACCCCTTTTATCGTCAAAGAAATGGATTGCCTCACAGCGACTCTGGATGAAATTGCTAGTGTACATGCAAACTTTACAGCTCCCATTACAATC
GAACAGGGGAGATTCAGTGGATTTGCTGGATGGTTTGATGTTCATTTTCGAgtgagcaagctgacattatttccataaaatataagaatccttttttttggtccgtccataatgttgctaaattttagcctatttgttttacagagttgaccggatttcatacaaaccaaaatttgtgtttttgccttcccagGGAAGTC
CATCTAGCCCAGCAAGCCATGAGGTTGAATTGACAACCGCTCCTAGTATAGACAGTTCAACACACTGGGGTCAGCAGGTTTGGGAAAATTTCTTTGCCCTTCTCAACCTGTAATTTGTGCTTTTAGTGATTTCGTTAGATAAAACCTTTCTGTTTCTTTCTCAACATAGGTGTTTCTATTGCATCCTCCTATGCGAGTAA
TAAGAGAAGATGTCCTGGAAGGGACTTTTGCCATGACTCGCTCCAAGGAAAATCATCGTTTGATGGATGTCCAGTTTGTTTATAAATCAAAGCTATCGTCCGGAGAGACTACGGAACCTGTTACCAAATTTTTTTGCATAGAGTAGCTGGAGGCATTTTCGTCTGGAGGCAATGATATATTTACAAAAGGTGGTATAAAT
ACCGTTCAGACAGATTGGATATGCTAATATATCAGCTTTGAATTACTAAAAATTTAGAAGAGATGATATATATCGCCATTGTAAATTATTTAGTATATTGAGGAAATGGTCCAATTTCAGCTGTGAGCCCGTTTAGTGCTGTTAAAATTGTTGTTGTCAGACTGCAAGTCTTTCAGGCTCAAATTATTTTTCCCAAGGAA
TGCGTCCATATCATCTCGCAATTTTGACAAATTGTGTTGTTATTTCCTTGCCAATTTTTCAACAAGGGCATATGGTTCTCTTAATCATTCCGTATTGCTTAATATAGCAGGTTTGTTCACTTAAGACGCTACAGCGTTTTATTTTTTCTGGTGAAAGAAGTATTGTTATTTGTATTCTGAACTATCAAGTTTGTCTTTTA
TCAAAATATTCTCGTAGGTCTAGCTATTTGCCAGCTAATAAATGCCAATTCCTTCAAACATGTTTTACGCTTTATTAGTTCAATTTATTTTGGCTACCCTATCATTGGTCCC

Intron 5 GTGAGCAAGC ... GCCTTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.01	150	14	39
A2	16.48	114	18	27
A3	13.71	107	15	19
A4	17.37	107	13	32
A5	18.7	50	12	11
A6	17.22	608	97	156
A7	16.66	608	83	160
A8	17.03	614	73	179
A9	16.18	619	82	157
A10	15.84	481	77	104

>TRINITY_DN121839_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

ATGTTTAGCTGAATTTATCTGGCAATTAAAGGTGGCCATGTGACTGTTAATTGTAGTCAGTGTTGGAGTCTAAAACATGTTGGTATATCTCATTTGAAAAATGTTTTGGATGAAGACTGTTTTGGATGTAGGCACAGGAAGTGGCATTCTGGCAATCTGGTGTGCGCAAGCTGGTGCAAGGAAAGTTTATGCTGTTGAAG
CAACCAAAATGTCAGAACATGCACGCCAACTCGTAATTGGAAATGGTGTTAGCCACATTGTTGATGTAATTGAGGGATCCATGGAGGATATCATGTTGCCTGAAAAAGTTGATGTCATTATCTCAGAGTGGATGGGGTATTTCCTTTTGCGTGAATCCATGTTCGATTCTGTGATCTGTGCTCGTGACCGCTTTTTGAAG
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>TRINITY_DN121839_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTTTTATATAGTAGCACTTTTAGTATCTTTTGTGTATCCTTTTGATTTGGCTTAAAGTGAAGTCTATCTTGGATTTAAGAGAAACAATTAAACATTCTGTGCAGACATCTCTTTGGAACAATCTTCATCCACATCAAATAATTGGTACCCCTTTTATCGTCAAAGAAATGGATTGCCTCACAGCGACTCTGGATGAAAT
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