sp|Q9STN5|Y4833_ARATH ----> Uncharacterized protein At4g08330, chloroplastic

Intron 1 GTAGAGGGAA ... ATGCATGCAG

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A9	18.36	556	125	0
A10	17.11	562	116	0

>TRINITY_DN115708_c8_g4_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTAAATGCACACACTTTGCTCCTTTTCTTCTTGGTATCTTCTTTCTGTAGTCGGTACTCCCCTCTGGGTCTGAATTTTCCTGACCACTGCCCATTCTCTTTGAAACCGATTCATATCTCTGTTCTGATCATAACCAGATTCTGCCTCAGATTCTATTGAATTTGGATAACTTGGGTAGCTTATACAGCCCTCTTCAGGC
CTTTTTTGGTCTCTGAAAAGCACACCGTCTATTGGGGATTTGCCACTGATAAACGGGTATCTTCTCTGTTATTAGGCTGTGCATAACAGTTCTGCCGAGGATTTGAGATCTGAGTATGTTGCGCAGGAACAAGTTTGGATTTGCTTGATCAATACTTAAGAAAAGAAGGCTCCCTGATGGAAAAGCAGTCAAGTATTGTG
GACAGAGATGTAACTTACAGCTGTGGAGCTTGTGGATATCCTTTGAATTTGAGCTCCTCAAATCGAAACACATCAAATATTGGTTCACAGTACTGCAAGGCCATTAAGAAGGGCATGATCTCATTTTTGGCCATTGATGACAGCAGGTTCATTAAGATGGAGGAGTTGAAATGTTGGCCCTACTTTGAAACAAAGAATTC
ATGGGGTTTTTTCCGCCCTAGGACTAAACTTCTCTGTGGCAAATGTGGCATGTTCATTGGCCATGGCTATGAAGATGGTGCAGTATTTTCTGGGTCAGACAGCTCAGATTCAGGCTCGGGCACGGGGGTTCCTGGCTGCAGGAAATATAATGTAAAGATCCGGGCATTGCAGCCCTCAGATGAAGCATATGGAACTCTTC
TAACATGATTGGATGGTGAGTTCTTTAGTGAGACCTGAAAGGTATCTGGCACTGTCAACTGTGGAAGTAATTTGGTTTTAATTCCTCTCAACTTTTGCCCTTGCTGATGGGAACCTTGTATATTGAAAAAGCATTCTTTCTGTGACGGCAGAATGAAGATGATGTACAGCCCTAAAAGATGTGTATAACTGAAAGTCTTT
ATAGGGCTAAAGTATAATTGAGTTTAACTTTCCAGTACGAGTCCAGCAAAAACTGGAAAACTGTAGCGATGTGTTTAGTTTGAGTCTAATGGTTTTAGCTCTGACTGGTCTTCAGTGAACTTTCTACTTACCTGGTTATCAAGGTAATTGATACAGAGCTGAATTGTTGGCTTATGATGCAGCAGTTTATGTACTTGCTT
GGGTACTGATGTCCTAAACTTGGATCTGTTTCAGGTTTGAAAGTGTCTTTTTGGTGGGAAGTTGTTTGGAATAGTTTTCTGCTAATTTGTTTGGTACTCTATATTGCATTGAGTGATAGGCTTGTTTGGATGAAGTTGGGCTCTGGCTGTTGCTACTAGCTGGGAAATCAAGTGTTCATTCCGTAAAATTTGTTTCTTAG
ATAATTGTCAAAGTTGTATTCTCTCTCTTTCAAGGTGCCCTGATCTTTCTCTGCATTGCAATCAATTTTATTGGCAGAAGACACTTAAAGCATGGGTTCTACTGTATTGCATATCTAGAAGCAGGGGTCAATATGGCAATCAAAGGATTGGGTCATATTGAAATAGATTGTGCGAGTCTTTGAGCCTTGATTATTGTAAT
GTGAGCAATAAGACTAAGTTCCAAGGATTTTCGCTTAAGGTGATGAATATTTTTGATCAAACACTATTAGCTTTTGAAGGACTTACCTCGGTTATATTTCAAATCAGAGTAACTGTGGCCCCCCGGGAGGTTTCCCAATGCGGTTTTTATCAATATATGATTTTATATGATGAATCGAGGCGCCTCTTGGTTTGATCAGA
TATGAATGCATTGGGACAGCAGGATTTAACAATTCAGTGTAGCACTTTTCAATCTTCTATGTCTTATATAATTTGGCGGCGCTTCAGGATTCCAACTTTGTTCTTTGTTGAAGATCTGATGTTTGCTGATTTCCCTGGAGTTGGTGGGGGGTGGCAGGTGTTCATTCCCTAAATTCAGGGGATGCATCCTCTATTAAACA
TTGGGTAAATTCTCCTAGTGGGGAAAGGCTTCAGTTCAGTTTTACTAAGCGACGTGGTATGCTATTGGACAGGAAATGAAAGTCAATCTCGTCAAACCAATCCCTAGAGCTTCCATCCATCAAAGTCTATTGCTATTTGGAAAACGATTACATTGCTTAGTGAAAGGTAGACTTATTTTGGATCGCATTATTTTAGCTTG
GGAAGCAACTCATTAGGTTTAGGTAGTCTACTGGCATTTGGAAATCGATTACATTGCTTAGTTAATGAGTTGTCTAAACATTCGACGATTTGGTCTAGACGGGGTTTTTCACCGGAATCTTGTGTTTTTTATTTTGCAAAATCTGAATTTAACTGTTTTAATGGCGATTTAGATGGTAGACACAGATTCAACACCATCAA
AAACCCCCGGGGCACCCAAAATTTCAGAGTTTGAGAGTTGTAACCAGC

>TRINITY_DN115708_c8_g4_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTAAATGCACACACTTTGCTCCTTTTCTTCTTGGTATCTTCTTTCTGTAGTCGGTACTCCCCTCTGGGTCTGAATTTTCCTGACCACTGCCCATTCTCTTTGAAACCGATTCATATCTCTGTTCTGATCATAACCAGATTCTGCCTCAGATTCTATTGAATTTGGATAACTTGGGTAGCTTATACAGCCCTCTTCAGGC
CTTTTTTGGTCTCTGAAAAGCACACCGTCTATTGGGGATTTGCCACTGATAAACGGGTATCTTCTCTGTTATTAGGCTGTGCATAACAGTTCTGCCGAGGATTTGAGATCTGAGTATGTTGCGCAGGAACAAGTTTGGATTTGCTTGATCAATACTTAAGAAAAGAAGGCTCCCTGATGGAAAAGCAGTCAAGTATTGTG
GACAGAGATGTAACTTACAGgtagagggaaacaatttctgataggcagtgcaaactatcaagcagctgatttagtagatcagctgattttggactgtagttgcgttccatgaagtcttatcatctcatgtgaaagaaattttaagttgacttgtctgaagctgtacgatgctatatagccacttaaggttttcattttca
tatttttagatgcttagatgtagagcatgaaatattctagtttacattccaatcactataaatcacaagcaatttagtttctgtacagatgttggtttctaatagtcatcatacattggatactttcatatgggttttgaatttttcctttggataatattatctatttggttgatgcatgcagCTGTGGAGCTTGTGGA
TATC

Intron 2 GTTTTCATTT ... ATGCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.38	58	6	0
A2	5.26	54	3	0
A3	5.77	49	3	0
A4	2.33	42	1	0
A5	5.77	49	3	0
A6	1.25	315	4	1
A7	1.67	235	4	0
A8	0.82	121	1	0
A9	1.21	245	3	0
A10	0.92	215	2	0

>TRINITY_DN115708_c8_g4_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GATTTGGCATTTGATATAGCAGGTAGAGGGAAACAATTTCTGATAGGCAGTGCAAACTATCAAGCAGCTGATTTAGTAGATCAGCTGATTTTGGACTGTAGTTGCGTTCCATGAAGTCTTATCATCTCATGTGAAAGAAATTTTAAGTTGACTTGTCTGAAGCTGTACGATGCTATATAGCCACTTAAGCTGTGGAGCTT
GTGGATATCCTTTGAATTTGAGCTCCTCAAATCGAAACACATCAAATATTGGTTCACAGTACTGCAAGGCCATTAAGAAGGGCATGATCTCATTTTTGGCCATTGATGACAGCAGGTTCATTAAGATGGAGGAGTTGAAATGTTGGCCCTACTTTGAAACAAAGAATTCATGGGGTTTTTTCCGCCCTAGGACTAAACTT
CTCTGTGGCAAATGTGGCATGTTCATTGGCCATGGCTATGAAGATGGTGCAGTATTTTCTGGGTCAGACAGCTCAGATTCAGGCTCGGGCACGGGGGTTCCTGGCTGCAGGAAATATAATGTAAAGATCCGGGCATTGCAGCCCTCAGATGAAGCATATGGAACTCTTCTAACATGATTGGATGGTGAGTTCTTTAGTGA
GACCTGAAAGGTATCTGGCACTGTCAACTGTGGAAGTAATTTGGTTTTAATTCCTCTCAACTTTTGCCCTTGCTGATGGGAACCTTGTATATTGAAAAAGCATTCTTTCTGTGACGGCAGAATGAAGATGATGTACAGCCCTAAAAGATGTGTATAACTGAAAGTCTTTATAGGGCTAAAGTATAATTGAGTTTAACTTT
CCAGTACGAGTCCAGCAAAAACTGGAAAACTGTAGCGATGTGTTTAGTTTGAGTCTAATGGTTTTAGCTCTGACTGGTCTTCAGTGAACTTTCTACTTACCTGGTTATCAAGGTAATTGATACAGAGCTGAATTGTTGGCTTATGATGCAGCAGTTTATGTACTTGCTTGGGTACTGATGTCCTAAACTTGGATCTGTTT
CAGGTTTGAAAGTGTCTTTTTGGTGGGAAGTTGTTTGGAATAGTTTTCTGCTAATTTGTTTGGTACTCTATATTGCATTGAGTGATAGGCTTGTTTGGATGAAGTTGGGCTCTGGCTGTTGCTACTAGCTGGGAAATCAAGTGTTCATTCCGTAAAATTTGTTTCTTAGATAATTGTCAAAGTTGTATTCTCTCTCTTTC
AAGGTGCCCTGATCTTTCTCTGCATTGCAATCAATTTTATTGGCAGAAGACACTTAAAGCATGGGTTCTACTGTATTGCATATCTAGAAGCAGGGGTCAATATGGCAATCAAAGGATTGGGTCATATTGAAATAGATTGTGCGAGTCTTTGAGCCTTGATTATTGTAATGTGAGCAATAAGACTAAGTTCCAAGGATTTT
CGCTTAAGGTGATGAATATTTTTGATCAAACACTATTAGCTTTTGAAGGACTTACCTCGGTTATATTTCAAATCAGAGTAACTGTGGCCCCCCGGGAGGTTTCCCAATGCGGTTTTTATCAATATATGATTTTATATGATGAATCGAGGCGCCTCTTGGTTTGATCAGATATGAATGCATTGGGACAGCAGGATTTAACA
ATTCAGTGTAGCACTTTTCAATCTTCTATGTCTTATATAATTTGGCGGCGCTTCAGGATTCCAACTTTGTTCTTTGTTGAAGATCTGATGTTTGCTGATTTCCCTGGAGTTGGTGGGGGGTGGCAGGTGTTCATTCCCTAAATTCAGGGGATGCATCCTCTATTAAACATTGGGTAAATTCTCCTAGTGGGGAAAGGCTT
CAGTTCAGTTTTACTAAGCGACGTGGTATGCTATTGGACAGGAAATGAAAGTCAATCTCGTCAAACCAATCCCTAGAGCTTCCATCCATCAAAGTCTATTGCTATTTGGAAAACGATTACATTGCTTAGTGAAAGGTAGACTTATTTTGGATCGCATTATTTTAGCTTGGGAAGCAACTCATTAGGTTTAGGTAGTCTAC
TGGCATTTGGAAATCGATTACATTGCTTAGTTAATGAGTTGTCTAAACATTCGACGATTTGGTCTAGACGGGGTTTTTCACCGGAATCTTGTGTTTTATTTTGCAAAATCTGAATTTAACTGTTTTAATGGCGATTTAGATGGTAGACACAGATTCAACACCATCAAAAACCCCCGGGGCACCCAAAATTTCAGAGTTTG
AGAGTTGTAACCAGC

>TRINITY_DN115708_c8_g4_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTAAATGCACACACTTTGCTCCTTTTCTTCTTGGTATCTTCTTTCTGTAGTCGGTACTCCCCTCTGGGTCTGAATTTTCCTGACCACTGCCCATTCTCTTTGAAACCGATTCATATCTCTGTTCTGATCATAACCAGATTCTGCCTCAGATTCTATTGAATTTGGATAACTTGGGTAGCTTATACAGCCCTCTTCAGGC
CTTTTTTGGTCTCTGAAAAGCACACCGTCTATTGGGGATTTGCCACTGATAAACGGGTATCTTCTCTGTTATTAGGCTGTGCATAACAGTTCTGCCGAGGATTTGAGATCTGAGTATGTTGCGCAGGAACAAGTTTGGATTTGCTTGATCAATACTTAAGAAAAGAAGGCTCCCTGATGGAAAAGCAGTCAAGTATTGTG
GACAGAGATGTAACTTACAGGTAGAGGGAAACAATTTCTGATAGGCAGTGCAAACTATCAAGCAGCTGATTTAGTAGATCAGCTGATTTTGGACTGTAGTTGCGTTCCATGAAGTCTTATCATCTCATGTGAAAGAAATTTTAAGTTGACTTGTCTGAAGCTGTACGATGCTATATAGCCACTTAAGgttttcattttca
tatttttagatgcttagatgtagagcatgaaatattctagtttacattccaatcactataaatcacaagcaatttagtttctgtacagatgttggtttctaatagtcatcatacattggatactttcatatgggttttgaatttttcctttggataatattatctatttggttgatgcatgcagCTGTGGAGCTTGTGGA
TATC

Intron 3 GTAGAGGGAA ... GCCACTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.67	187	31	58
A2	26.87	147	27	54
A3	24.14	154	31	49
A4	24	133	23.3	42
A5	28	126	19.5	49
A6	31.37	689	84.5	315
A7	28.35	594	99.3	235
A8	25.8	348	40.3	121
A9	30.59	556	96	245
A10	27.67	562	89.8	215

>TRINITY_DN105022_c0_g2_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

CCATGGCACAGAAAAACCGACACACACATTATACATAATTATTGAATTACGTCCACAATTTAATAATGAATATAATTTCACCCTTTGCATGATTTTCTGATATTGGGCCACCCCTCCTATTTTATCTGGGTTCTTTCACTTTACCGCTGTTCACTCTTTAAATGCACACACTTTGCTCCTTTTCTTCTTGGTATCTTCTT
TCTGTAGTCGGTACTCCCCTCTGGGTCTGAATTTTCCTGACCACTGCCCATTCTCTTTGAAACCGATTCATATCTCTGTTCTGATCATAACCAGATTCTGCCTCAGATTCTATTGAATTTGGATAACTTGGGTAGCTTATACAGCCCTCTTCAGGCCTTTTTTGGTCTCTGAAAAGCACACCGTCTATTGGGGATTTGCC
ACTGATAAACGGGTATCTTCTCTGTTATTAGGCTGTGCATAACAGTTCTGCCGAGGATTTGAGATCTGAGTATGTTGCGCAGGAACAAGTTTGGATTTGCTTGATCAATACTTAAGAAAAGAAGGCTCCCTGATGGAAAAGCAGTCAAGTATTGTGGACAGAGATGTAACTTACAGCTGTGGAGCTTGTGGATATCCTTT
GAATTTGAGCTCCTCAAATCGAAACACATCAAATATTGGTTCACAGTACTGCAAGGCCATTAAGAAGGGCATGATCTCATTTTTGGCCATTGATGACAGCAGGTTCATTAAGATGGAGGAGTTGAAATGTTGGCCCTACTTTGAAACAAAGAATTCATGGGGTTTTTTCCGCCCTAGGACTAAACTTCTCTGTGGCAAAT
GTGGCATGTTCATTGGCCATGGCTATGAAGATGGTGCAGTATTTTCTGGGTCAGACAGCTCAGATTCAGGCTCGGGCACGGGGGTTCCTGGCTGCAGGAAATATAATGTAAAGATCCGGGCATTGCAGCCCTCAGATGAAGCATATGGAACTCTTCTAACATGATTGGATGGTGAGTTCTTTAGTGAGACCTGAAAGGTA
TCTGGCACTGTCAACTGTGGAAGTAATTTGGTTTTAATTCCTCTCAACTTTTGCCCTTGCTGATGGGAACCTTGTATATTGAAAAAGCATTCTTTCTGTGACGGCAGAATGAAGATGATGTACAGCCCTAAAAGATGTGTATAACTGAAAGTCTTTATAGGGCTAAAGTATAATTGAGTTTAACTTTCCAGTACGAGTCC
AGCAAAAACTGGAAAACTGTAGCGATGTGTTTAGTTTGAGTCTAATGGTTTTAGCTCTGACTGGTCTTCAGTGAACTTTCTACTTACCTGGTTATCAAGGTAATTGATACAGAGCTGAATTGTTGGCTTATGATGCAGCAGTTTATGTACTTGCTTGGGTACTGATGTCCTAAACTTGGATCTGTTTCAGGTTTGAAAGT
GTCTTTTTGGTGGGAAGTTGTTTGGAATAGTTTTCTGCTAATTTGTTTGGTACTCTATATTGCATTGAGTGATAGGCTTGTTTGGATGAAGTTGGGCTCTGGCTGTTGCTACTAGCTGGGAAATCAAGTGTTCATTCCGTAAAATTTGTTTCTTAGATAATTGTCAAAGTTGTATTCTCTCTCTTTCAAGGTGCCCTGAT
CTTTCTCTGCATTGCAATCAATTTTATTGGCAGAAGACACTTAAAGCATGGGTTCTACTGTATTGCATATCTAGAAGCAGGGGTCAATATGGCAATCAAAGGATTGGGTCATATTGAAATAGATTGTGCGAGTCTTTGAGCCTTGATTATTGTAATGTGAGCAATAAGACTAAGTTCCAAGGATTTTCGCTTAAGGTGAC
GAATATTTTTGATCAAACACTATTAGCTTTTGAAGGACTTACCTCGGTTATATTTCAAATCAGAGTAACTGTGGCCCCCCGGGAGGTTTCCCAATGCGGTTTTTATCAATATATGATTTTATATGATGAATCGAGGCGCCTCTTGGTTTGATCAGATATGAATGCATTGGGACAGCAGGATTTAACAATTCAGTGTAGCA
CTTTTCAATCTTCTATGTCTTATATAATTTGGCGGCGCTTCAGGATTCCAACTTTGTTCTTTGTTGAAGATCTGATGTTTGCTGATTTCCCTGGAGTTGGTGGGGGGTGGCAGGTGTTCATTCCCTAAATTCAGGGGATGCATCCTCTATTAAACATTGGGTAAATTCGCCTAGTGGGGAAAGGCTTCAGTTCAGTTTTA
CTAAGCGACGTGGTATGCTATTGGACAGGAAATGAAAGTCAATCTCGTCAAACCAATCCCTAGAGCTTCCATCCATCAAAGTCTATTGCTATTTGGAAAACGATTACATTGCTTAGTGAAAGGTAGACTTATTTTGGATCGCATTATTTTAGCTTGGGAAGCAACTCATTAGGTTTAGGTAGTCTACTGGCATTTGGAAA
TCGATTACATTGCTTAGTTAATGAGTTGTCTAAACATTCGACGATTTGGTCTAGACGGG

>TRINITY_DN105022_c0_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CCATGGCACAGAAAAACCGACACACACATTATACATAATTATTGAATTACGTCCACAATTTAATAATGAATATAATTTCACCCTTTGCATGATTTTCTGATATTGGGCCACCCCTCCTATTTTATCTGGGTTCTTTCACTTTACCGCTGTTCACTCTTTAAATGCACACACTTTGCTCCTTTTCTTCTTGGTATCTTCTT
TCTGTAGTCGGTACTCCCCTCTGGGTCTGAATTTTCCTGACCACTGCCCATTCTCTTTGAAACCGATTCATATCTCTGTTCTGATCATAACCAGATTCTGCCTCAGATTCTATTGAATTTGGATAACTTGGGTAGCTTATACAGCCCTCTTCAGGCCTTTTTTGGTCTCTGAAAAGCACACCGTCTATTGGGGATTTGCC
ACTGATAAACGGGTATCTTCTCTGTTATTAGGCTGTGCATAACAGTTCTGCCGAGGATTTGAGATCTGAGTATGTTGCGCAGGAACAAGTTTGGATTTGCTTGATCAATACTTAAGAAAAGAAGGCTCCCTGATGGAAAAGCAGTCAAGTATTGTGGACAGAGATGTAACTTACAGgtagagggaaacaatttctgatag
gcagtgcaaactatcaagcagctgatttagtagatcagctgattttggactgtagttgcgttccatgaagtcttatcatctcatgtgaaagaaattttaagttgacttgtctgaagctgtacgatgctatatagccacttaagCTGTGGAGCTTGTGGATATCCTTTGAATTTGAGCTCCTCAAATCGAAACACATCAAA
TATTGGTTCACAGTACTGCAAGGCCATTAAGAAGGGCATGATCTCATTTTTGGCCATTGATGACAGCAGGTTCATTAAGATGGAGGAGTTGAAATGTTGGCCCTACTTTGAAACAAAGAATTCATGGGGTTTTTTCCGCCCTAGGACTAAACTTCTCTGTGGCAAATGTGGCATGTTCATTGGCCATGGCTATGAAGATG
GTGCAGTATTTTCTGGGTCAGACAGCTCAGATTCAGGCTCGGGCACGGGGGTTCCTGGCTGCAGGAAATATAATGTAAAGATCCGGGCATTGCAGCCCTCAGATGAAGCATATGGAACTCTTCTAACATGATTGGATGGTGAGTTCTTTAGTGAGACCTGAAAGGTATCTGGCACTGTCAACTGTGGAAGTAATTTGGTT
TTAATTCCTCTCAACTTTTGCCCTTGCTGATGGGAACCTTGTATATTGAAAAAGCATTCTTTCTGTGACGGCAGAATGAAGATGATGTACAGCCCTAAAAGATGTGTATAACTGAAAGTCTTTATAGGGCTAAAGTATAATTGAGTTTAACTTTCCAGTACGAGTCCAGCAAAAACTGGAAAACTGTAGCGATGTGTTTA
GTTTGAGTCTAATGGTTTTAGCTCTGACTGGTCTTCAGTGAACTTTCTACTTACCTGGTTATCAAGGTAATTGATACAGAGCTGAATTGTTGGCTTATGATGCAGCAGTTTATGTACTTGCTTGGGTACTGATGTCCTAAACTTGGATCTGTTTCAGGTTTGAAAGTGTCTTTTTGGTGGGAAGTTGTTTGGAATAGTTT
TCTGCTAATTTGTTTGGTACTCTATATTGCATTGAGTGATAGGCTTGTTTGGATGAAGTTGGGCTCTGGCTGTTGCTACTAGCTGGGAAATCAAGTGTTCATTCCGTAAAATTTGTTTCTTAGATAATTGTCAAAGTTGTATTCTCTCTCTTTCAAGGTGCCCTGATCTTTCTCTGCATTGCAATCAATTTTATTGGCAG
AAGACACTTAAAGCATGGGTTCTACTGTATTGCATATCTAGAAGCAGGGGTCAATATGGCAATCAAAGGATTGGGTCATATTGAAATAGATTGTGCGAGTCTTTGAGCCTTGATTATTGTAATGTGAGCAATAAGACTAAGTTCCAAGGATTTTCGCTTAAGGTGACGAATATTTTTGATCAAACACTATTAGCTTTTGA
AGGACTTACCTCGGTTATATTTCAAATCAGAGTAACTGTGGCCCCCCGGGAGGTTTCCCAATGCGGTTTTTATCAATATATGATTTTATATGATGAATCGAGGCGCCTCTTGGTTTGATCAGATATGAATGCATTGGGACAGCAGGATTTAACAATTCAGTGTAGCACTTTTCAATCTTCTATGTCTTATATAATTTGGC
GGCGCTTCAGGATTCCAACTTTGTTCTTTGTTGAAGATCTGATGTTTGCTGATTTCCCTGGAGTTGGTGGGGGGTGGCAGGTGTTCATTCCCTAAATTCAGGGGATGCATCCTCTATTAAACATTGGGTAAATTCGCCTAGTGGGGAAAGGCTTCAGTTCAGTTTTACTAAGCGACGTGGTATGCTATTGGACAGGAAAT
GAAAGTCAATCTCGTCAAACCAATCCCTAGAGCTTCCATCCATCAAAGTCTATTGCTATTTGGAAAACGATTACATTGCTTAGTGAAAGGTAGACTTATTTTGGATCGCATTATTTTAGCTTGGGAAGCAACTCATTAGGTTTAGGTAGTCTACTGGCATTTGGAAATCGATTACATTGCTTAGTTAATGAGTTGTCTAA
ACATTCGACGATTTGGTCTAGACGGG

Intron 4 GTAATTGATA ... TCTGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	86.86	9	61	58
A2	86.86	9	79	40
A3	94.7	4	80	63
A4	74.36	20	61	55
A5	90.32	3	32	24
A6	78.41	220.3	1053	548
A7	75.92	155	617	360.7
A8	80.81	166	911	487
A9	77.27	178	767	443
A10	77.9	81	359	212

>TRINITY_DN44320_c0_g4_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

TTTAAATGCACACACTTTGCTCCTTTTCTTCTTGGTATCTTCTTTCTGTAGTCGGTACTCCCCTCTGGGTCTGAATTTTCCTGACCACTGCCCATTCTCTTTGAAACCGATTCATATCTCTGTTCTGATCATAACCAGATTCTGCCTCAGATTCTATTGAATTTGGATAACTTGGGTAGCTTATACAGCCCTCTTCAGGC
CTTTTTTGGTCTCTGAAAAGCACACCGTCTATTGGGGATTTGCCACTGATAAACGGGTATCTTCTCTGTTATTAGGCTGTGCATAACAGTTCTGCCGAGGATTTGAGATCTGAGTATGTTGCGCAGGAACAAGTTTGGATTTGCTTGATCAATACTTAAGAAAAGAAGGCTCCCTGATGGAAAAGCAGTCAAGTATTGTG
GACAGAGATGTAACTTACAGCTGTGGAGCTTGTGGATATCCTTTGAATTTGAGCTCCTCAAATCGAAACACATCAAATATTGGTTCACAGTACTGCAAGGCCATTAAGAAGGGCATGATCTCATTTTTGGCCATTGATGACAGCAGGTTCATTAAGATGGAGGAGTTGAAATGTTGGCCCTACTTTGAAACAAAGAATTC
ATGGGGTTTTTTCCGCCCTAGGACTAAACTTCTCTGTGGCAAATGTGGCATGTTCATTGGCCATGGCTATGAAGATGGTGCAGTATTTTCTGGGTCAGACAGCTCAGATTCAGGCTCGGGCACGGGGGTTCCTGGCTGCAGGAAATATAATGTAAAGATCCGGGCATTGCAGCCCTCAGATGAAGCATATGGAACTCTTC
TAACATGATTGGATGGTGAGTTCTTTAGTGAGACCTGAAAGGTATCTGGCACTGTCAACTGTGGAAGTAATTTGGTTTTAATTCCTCTCAACTTTTGCCCTTGCTGATGGGAACCTTGTATATTGAAAAAGCATTCTTTCTGTGACGGCAGAATCAAGATGATGTACAGCCCTAAAAGATGTGTATAACTGAAAGTCTTT
ATAGGGCTAAAGTATAATTGAGTTTAACTTTCCAGTACGAGTCCAGCAAAAACTGGAAAACTGTAGCGATGTGTTTAGTTTGAGTCTAATGGTTTTAGCTCTGACTGGTCTTCAGTGAACTTTCTACTTACCTGGTTATCAAGGTTTGAAAGTGTCTTTTTGGTGGGAAGTTGTTTGGAATAGTTTTCTGCTAATTTGTT
TGGTACTCTATATTGCATTGAGTGATAGGCTTGTTTGGATGAAGTTGGGCTCTGGCTGTTGCTACTAGCTGGGAAATCAAGTGTTCATTCCGTAAAATTTGTTTCTTAGATAATTGTCAAAGTTGTATTCTCTCTCTTTCAAGGTGCCCTGATCTTTCTCTGCATTGCAATCAATTTTATTGGCAGAAGACACTTAAAGC
ATGGGTTCTACTGTATTGCATATCTAGAAGCAGGGGTCAATATGGCAATCAAAGGATTGGGTCATATTGAAATAGATTGTGCGAGTCTTTGAGCCTTGATTATTGTAATGTGAGCAATAAGACTAAGTTCCAAGGATTTTCGCTTAAGGTGATGAATATTTTTGATCAAACACTATTAGCTTTTGAAGGACTTACCTCGG
TTATATTTCAAATCAGAGTAACTGTGGCCCCCCGGGAGGTTTCCCAATGCGGTTTTTATCAATATATGATTTTATATGATGAATCGAGGCGCCTCTTGGTTTGATCAGATATGAATGCATTGGGACAGCAGGATTTAACAATTCAGTGTAGCACTTTTCAATCTTCTATGTCTTATATAATTTGGCGGCGCTTCAGGATT
CCAACTTTGTTCTTTGTTGAAGATCTGATGTTTGCTGATTTCCCTGGAGTTGGTGGGGGGTGGCAGGTGTTCATTCCCTAAATTCAGGGGATGCATCCTCTATTAAACATTGGGTAAATTCTCCTAGTGGGGAAAGGCTTCAGTTCAGTTTTACTAAGCGACGTGGTATGCTATTGGACAGGAAATGAAAGTCAATCTCG
TCAAACCAATCCCTAGAGCTTCCATCCATCAAAGTCTATTGCTATTTGGAAAACGATTACATTGCTTAGTGAAAGGTAGACTTATTTTGGATCGCATTATTTTAGCTTGGGAAGCAACTCATTAGGTTTAGGTAGTCTACTGGCATTTGGAAATCGATTACATTGCTTAGTTAATGAGTTGTCTAAACATTCGACGATTT
GGTCTAGACGGGGTTTTTCACCGGAATCTTGTGTTTTTTATTTTGCAAAATCTGAATTTAACTGTTTTAATGGCGATTTAGATGGTAGACACAGATTCAACACCATCAAAAAC

>TRINITY_DN44320_c0_g4_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTTAAATGCACACACTTTGCTCCTTTTCTTCTTGGTATCTTCTTTCTGTAGTCGGTACTCCCCTCTGGGTCTGAATTTTCCTGACCACTGCCCATTCTCTTTGAAACCGATTCATATCTCTGTTCTGATCATAACCAGATTCTGCCTCAGATTCTATTGAATTTGGATAACTTGGGTAGCTTATACAGCCCTCTTCAGGC
CTTTTTTGGTCTCTGAAAAGCACACCGTCTATTGGGGATTTGCCACTGATAAACGGGTATCTTCTCTGTTATTAGGCTGTGCATAACAGTTCTGCCGAGGATTTGAGATCTGAGTATGTTGCGCAGGAACAAGTTTGGATTTGCTTGATCAATACTTAAGAAAAGAAGGCTCCCTGATGGAAAAGCAGTCAAGTATTGTG
GACAGAGATGTAACTTACAGCTGTGGAGCTTGTGGATATCCTTTGAATTTGAGCTCCTCAAATCGAAACACATCAAATATTGGTTCACAGTACTGCAAGGCCATTAAGAAGGGCATGATCTCATTTTTGGCCATTGATGACAGCAGGTTCATTAAGATGGAGGAGTTGAAATGTTGGCCCTACTTTGAAACAAAGAATTC
ATGGGGTTTTTTCCGCCCTAGGACTAAACTTCTCTGTGGCAAATGTGGCATGTTCATTGGCCATGGCTATGAAGATGGTGCAGTATTTTCTGGGTCAGACAGCTCAGATTCAGGCTCGGGCACGGGGGTTCCTGGCTGCAGGAAATATAATGTAAAGATCCGGGCATTGCAGCCCTCAGATGAAGCATATGGAACTCTTC
TAACATGATTGGATGGTGAGTTCTTTAGTGAGACCTGAAAGGTATCTGGCACTGTCAACTGTGGAAGTAATTTGGTTTTAATTCCTCTCAACTTTTGCCCTTGCTGATGGGAACCTTGTATATTGAAAAAGCATTCTTTCTGTGACGGCAGAATCAAGATGATGTACAGCCCTAAAAGATGTGTATAACTGAAAGTCTTT
ATAGGGCTAAAGTATAATTGAGTTTAACTTTCCAGTACGAGTCCAGCAAAAACTGGAAAACTGTAGCGATGTGTTTAGTTTGAGTCTAATGGTTTTAGCTCTGACTGGTCTTCAGTGAACTTTCTACTTACCTGGTTATCAAGgtaattgatacagagctgaattgttggcttatgatgcagcagtttatgtacttgctt
gggtactgatgtcctaaacttggatctgtttcagGTTTGAAAGTGTCTTTTTGGTGGGAAGTTGTTTGGAATAGTTTTCTGCTAATTTGTTTGGTACTCTATATTGCATTGAGTGATAGGCTTGTTTGGATGAAGTTGGGCTCTGGCTGTTGCTACTAGCTGGGAAATCAAGTGTTCATTCCGTAAAATTTGTTTCTTAG
ATAATTGTCAAAGTTGTATTCTCTCTCTTTCAAGGTGCCCTGATCTTTCTCTGCATTGCAATCAATTTTATTGGCAGAAGACACTTAAAGCATGGGTTCTACTGTATTGCATATCTAGAAGCAGGGGTCAATATGGCAATCAAAGGATTGGGTCATATTGAAATAGATTGTGCGAGTCTTTGAGCCTTGATTATTGTAAT
GTGAGCAATAAGACTAAGTTCCAAGGATTTTCGCTTAAGGTGATGAATATTTTTGATCAAACACTATTAGCTTTTGAAGGACTTACCTCGGTTATATTTCAAATCAGAGTAACTGTGGCCCCCCGGGAGGTTTCCCAATGCGGTTTTTATCAATATATGATTTTATATGATGAATCGAGGCGCCTCTTGGTTTGATCAGA
TATGAATGCATTGGGACAGCAGGATTTAACAATTCAGTGTAGCACTTTTCAATCTTCTATGTCTTATATAATTTGGCGGCGCTTCAGGATTCCAACTTTGTTCTTTGTTGAAGATCTGATGTTTGCTGATTTCCCTGGAGTTGGTGGGGGGTGGCAGGTGTTCATTCCCTAAATTCAGGGGATGCATCCTCTATTAAACA
TTGGGTAAATTCTCCTAGTGGGGAAAGGCTTCAGTTCAGTTTTACTAAGCGACGTGGTATGCTATTGGACAGGAAATGAAAGTCAATCTCGTCAAACCAATCCCTAGAGCTTCCATCCATCAAAGTCTATTGCTATTTGGAAAACGATTACATTGCTTAGTGAAAGGTAGACTTATTTTGGATCGCATTATTTTAGCTTG
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