sp|Q9ZPY7|XPO2_ARATH ----> Exportin-2
Intron 1 GTGAGTAATT ... TACATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.03 | 12.8 | 46.5 | 22 |
| A2 | 62.29 | 9.3 | 25.1 | 5 |
| A3 | 57.03 | 23.3 | 32.5 | 28 |
| A4 | 67.77 | 11.4 | 28 | 19 |
| A5 | 48.61 | 11.2 | 8 | 12 |
| A6 | 37.32 | 171.7 | 92.9 | 103 |
| A7 | 40.31 | 175.4 | 76.7 | 145 |
| A8 | 38.75 | 212.6 | 72 | 179 |
| A9 | 34.02 | 160.6 | 53.5 | 101 |
| A10 | 40.26 | 73.4 | 37.3 | 54 |
>TRINITY_DN112127_c1_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoformGGAAACTTCTAGACGTATCCGATACTCGTACCCACGTTCCCGCGTTCCGGAAACTTGTGCAACATCCGGCCTGTCACACATGGTTAGCAATAACAATAGTTTTAACTTTATTGTTTGTTTCTTGCATAGTTGGTGCTGGATTCTTATTTTGGCCTTCATATGCTTCACTGCCTGCAATTTCATGGCACATATGGCTCGTT
TAACTGTTTTTCTTGAGGATTTGACTCTGAGTCATGAAGAGCATCACGATTTTGTTTTTTCTGGCACACATTGGTGGTTGGTTTTATGTAATTTTTTGTTGATTCCAATTTCGTTTCTCTGTCATTACTTGTTAGGTTTTTTCCCCCATGTGAGGGCTACAATGTAGCTCTATGCTTGCAGGTTGGTGGTTGGCACTAGG
GTTGCCTTGATCTGTTCTTCAATGGATTCCCTAACTGTCATTCTGCAACCAAACACTAGTCATCTCAATGGCTGTAGTCTGTTGTTTTGTTGATTCCATTTTTCGTTTATATTAGTCATTACTTGCTAGGGTTTTTTGCTATGTGACAGCTACAATGCGCCTCTATTCTTGCAGGTCGGTGGTGGTTGGCACTAGGGTTG
CCTTAATCTGTTCTTCAGTGTATGCCCTAACTGTCATTCTACAACCAATCACCTGCCATCTCAATGGCTGTAGTCTGTCACTGGTTGTAGGGGTTAGTTATGGTTATTGTCTGTCACTGGTTTTGTGTATAGTTATTGTCTGTACTGGTAAGGTTTAAATAGGACGTTCAATGTCTATCTAGATTCTATTCTGTCTCCAT
GGATTAACAGGTGGTTGGAGGAAAGAAGGTTGTGTCTAATATATGTAACAAAGGAGAACACATATAATCATTAAATCTAGCAATTTGTTTCATAGATGTCAACATCCTTAATATCTCCTGAGTGTACTCATTCCAGTGTATATCTGATCTGTATGTTTCCCAATTAAAGGGAGATAACTATCAGTTCTGGTGCATTATAT
TGTTAAGTAAATTACTCATTTGCTTCAATGTTGATGTATTTTCTAGGTTATTGAAGGCGTTTCTTAGAGTGAAGCTTTGCTAATGCATGGCAATGTTTTGGAGAAAAGAGGAGTTGAGAATGGACCATTACAGAGTTGTTGCATATTCTTTGATCAGAAGGAGAACTGAAAGATTTGTCAATGCTTCCAAAATGTTTTGG
AGAAAAGAGGAGTTGAGAATGGACCATTACAGAGTTGTTGCAT
>TRINITY_DN112127_c1_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGAAACTTCTAGACGTATCCGATACTCGTACCCACGTTCCCGCGTTCCGGAAACTTGTGCAACATCCGGCCTGTCACACATGGTTAGCAATAACAATAGTTTTAACTTTATTGTTTGTTTCTTGCATAGTTGGTGCTGGATTCTTATTTTGGCCTTCATATGCTTCACTGCCTGCAATTTCATGGCACATATGGCTCGTT
TAACTGTTTTTCTTGAGGATTTGACTCTGAGTCATGAAGAGCATCACGATTTTGTTTTTTCTGGCACACATTGGTGGTTGGTTTTATGTAATTTTTTGTTGATTCCAATTTCGTTTCTCTGTCATTACTTGTTAGGTTTTTTCCCCCATGTGAGGGCTACAATGTAGCTCTATGCTTGCAGGTTGGTGGTTGGCACTAGG
GTTGCCTTGATCTGTTCTTCAATGGATTCCCTAACTGTCATTCTGCAACCAAACACTAGTCATCTCAATGGCTGTAGTCTGTTGTTTTGTTGATTCCATTTTTCGTTTATATTAGTCATTACTTGCTAGGGTTTTTTGCTATGTGACAGCTACAATGCGCCTCTATTCTTGCAGGTCGGTGGTGGTTGGCACTAGGGTTG
CCTTAATCTGTTCTTCAGTGTATGCCCTAACTGTCATTCTACAACCAATCACCTGCCATCTCAATGGCTGTAGTCTGTCACTGGTTGTAGGGGTTAGTTATGGTTATTGTCTGTCACTGGTTTTGTGTATAGTTATTGTCTGTACTGGTAAGGTTTAAATAGGACGTTCAATGTCTATCTAGATTCTATTCTGTCTCCAT
GGATTAACAGGTGGTTGGAGGAAAGAAGGTTGTGTCTAATATATGTAACAAAGGAGAACACATATAATCATTAAATCTAGCAATTTGTTTCATAGATGTCAACATCCTTAATATCTCCTGAGTGTACTCATTCCAGTGTATATCTGATCTGTATGTTTCCCAATTAAAGGGAGATAACTATCAGTTCTGGTGCATTATAT
TGTTAAGTAAATTACTCATTTGCTTCAATGTTGATGTATTTTCTAGGTTATTGAAGGCGTTTCTTAGAGTGAAGCTTTGCTAATGCATGGCAATGTTTTGGAGAAAAGAGGAGTTGAGAATGGACCATTACAGAGTTGTTGCATgtgagtaatttgaatgggctgtgcttgatatgcatttgaattaatgcttaggtttt
gaaaacaaaaaccatgtctggattaaatgggccgctagacaggatgtcacaaattaggtgtatctttgttcacaaccattctaacctgtttcagttagatggttaaaaaatagtttagcttattggaatctggagctgattggcttgttttgacttatcaagttttggtattttgtggtagaattgttgtttttattagc
tattggacattgttaaatcactcattttaatatttaaagtttcagtaatttcatggtagactaatattttgatgttacatttcagATTCTTTGATCAGAAGGAGAACTGAAAGATTTGTCAATGCTTCCAAAATGTTTTAAATTTATGTTATTATTTATATTGAACTATAAGTACAGGAAACCATTTTTAGGCATAGTGT
TGAATTTGGGAATCAATTGATTTGAGTGTAGATATTTCAAATGTGAAAATTCACTGATTGTTTAGTATTCTGAACACAATTTTTGGTATCATACTTTGCACTTCAAAAATTGTTAGATGATTCAAGAAGTTTATTCTCAAATGATTTAAATGATAATGTTTAACCTCTTGTCAACTGTGCC
Intron 2 GTTATTGAAG ... CATCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.64 | 25 | 38.5 | 10 |
| A2 | 54.16 | 30.5 | 36 | 11 |
| A3 | 53.59 | 22.5 | 26 | 5 |
| A4 | 49.24 | 17 | 16.5 | 13 |
| A5 | 27.27 | 8 | 3 | 5 |
| A6 | 61.31 | 77 | 122 | 25 |
| A7 | 65.75 | 49 | 94 | 20 |
| A8 | 53.8 | 106.5 | 124 | 34 |
| A9 | 58.13 | 76 | 105.5 | 27 |
| A10 | 68.09 | 26 | 55.5 | 15 |
>TRINITY_DN120240_c7_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoformAGTCCCTCTCTCAATGTTTTTTATAAATGCTAGTCCCAAACCTTGAACCCAGAAGGAAAGCAGAAGAGTTTCTGAAGCGGGCTGTTGATCAGCCAGGCTATGGAATCACCATTCTACATATTCTCTCAGAGTCTTCAGTGTATGAACAAATTAGATAGGCGGCCGCAGTGAACTTCAAAAATCATGTAAGGAACCGCTGG
GCGCCACCAGACCCTGATTCTCCCCCCGAATCCCCCTCAATTCAAAACCCAGAGAGGGAACAGATCAAAGCTCTCATAGTTAGGTCAATGCTCACTGCTCATCCGCGTATACAGAGTCAGCTTAGCGAAGCATTAGCCATCATAAGCAAACATGATTTCCCTAAATCCTGGCAAACCCTGCTTCCCGAGCTCGTGACGAA
TCTTCAGTCGTCTGCCGATTATGCTGTCATCAATGGGATTCTGAATACTGCTAATTCAATCTTCAAGAAGTTTCGTTACCAGTATAAGAGCAATGACCTGTATATTGATCTTAAGTATTGCCTAGATGGGTTCGCTGCCCCCTTGCTCGAGGTTTTTCTTCGGACGGGGCAGCTTATTGTAGCCAATATGCAGAATGCGA
CCGTTCTTAGGCCTCTGTTTGAATGCCAGAGGCTCTGCTGCAGGATCTTCTATTCTTTGAACTTTCAGGAGCTCCCAGAGTTCTTCGAGAATCATATGAAGGAGTGGATGGGGGAGTTCCGCATATATTTGACCACTGCATACCCTGTCCTTGAAGATGCCGAGCGGGACAAAGAGGGTATCGTAGACCAGCTGAGGGCT
GCCATTTGCGAGAATATCAATCTTTACATGGAAAAGAACGAGGAGGAATTTCAAGAATATTTGAAGGATTTTGCTTCGGCCGTCTGGAGTTTGTTGATGAATGTTTCCACTGCATCGAGTCGTGATAGGTTGGCTGTTACTGCTATCAAATTTTTGACAACTGTGAGCAAAAGTGTACATCATACATTGTTTAGCGGTGT
GGATATTTTGCGACAGATTTGTGAGAGTATTGTGGTGCCCAATGTCATGATCAGGGAGGATGATGAGGAACTGTTTGAGATGAATCATGTAGAATATATCAGGAGAGATATTGAGGGTAGTGATCTTGACACAAGAAGGCGAATGGCTTGCGAATTAGTGAAAGGACTTGCAACTCATTATAAGGAACAGGTGATGGCTA
TGGTCTCCATGCACATACAGAACATGCAGGCCAAATATGTCACCAATCCAGCAGAGAATTGGAAGGAAAAGGATTGTGCGATATACTTGGTTGTTTCTTTATCGACTAAACAAACTGCTGGAGTTTTGGTAAGTACCGACTTGATCAATTTTGAACAGTTTATCTTGACTATGATAATGCCAGAGTTACAAAGTGAGGAT
GTGAATGCACAACCATTATTGAAGGCAGATGCATTGAAGTTTCTCACCACTTTCCGCTCTCAGATTCCGAAGAGCAGTGCTTTGAGTATCATGCCTCATTTGATGAGGTTCCTTTTGTGTGAATCAAATGTTGTTCATTCTTATGCTGCTAATTGTATCGAGAAGATGCTACTTGTTAAAAATGAGCGACAGCTTCAGTA
TACTTCTGCAGACATCAATCCCTTCCTTCAGCCCTTAATGACTAATCTTTTTAATGCACTTAAATTGCCGGAATCCCAGGAGAATCCCTATGTCATGAAATGTATTCTTAGAGTTGTGGGACTGGCAGACTTTAGTGGTGACCTGGCAATTGGTTGTCTTACAGGTCTAACATCCATCCTAAATGAGGTCTGTAAGAATC
CAAAAAACCCTAGTTTCAATCATTATTTGTTTGAGTCAGTTGCTGCCTTAATGAGAAGATCCTGTGTAAGAGATCCAGGATTGATTGCAAGTTTTGAGGCAAATCTGTTTCCTGTCTTACAAACCATTTTGGTTCATGATGTTACTGAATTTGTACCATATGCTCTTCAGTTGTTGGCTCAGCTTATTGAGATAAATCGG
CCTCCTCTTCCCACAATCTACATGCAGATTTTTCAGCTTTTTCTCTCCCCTGAGTCCTGGCAAAAGAAAGCCAATGTCCCAGCCCTTGTACGGTTATTGCAGGCCTATTTACAAAAGGCCCCTCGGGAGCTGACTCAAGAGGGGCCTCTGAGTCAAGTGCTGGGAATATTTAACAAGCTTGTTTCATCGAAGAGCACAGA
TCATTTAGGGTTTTTCATACTGAACACCATCATAGAAAATTTAAGCTACGAAGTCATTTCTCCTTATTTATGTCACATATGGAGTGCCCTTTTTGTTCGACTCCAAAATCAGCGGACCGTGAAATTTGTCAAGTCAGTTATAATTTTCATGTCCCTTTTTCTGGTGAAGCACGGACCTGGAGCTCTTGCTGACTCTATCA
ATTCAGTTCAGACAAATATTTTCCCTGCAATTCTGGATCAGTTCTGGGTAACCACACTGAAATCAATCACAGGAGTTCTTGAGACAAAGTTGTGCTCAGTTGCATCTACTAGACTTTTATGCGAATCTCCAACACTCTTGGCAGACACTAGTGCTGCGCTCTGGGGAAAAATGCTTGATAGCACTATGAATCTCCTTGCA
AGGCCAGAGGAAGATAGGGTAGAGGAGGAGATAGAAATGCCAGACTTGGAGGAAACCATTGGATACACTCCAGCATTTGCCCAACTTTACAATGCTGGAAAGAAAGAGGAGGATCCAGTCAAAGAAATTAAAGATCCCAAGGAATTTTTGGTAACTTCATTGGCAAGAATATCAGCACAGGCCCCAGGGAAGTATCCTTC
CATTATTCAACAGTCTCTGGAACCAGCTAATCAAGCTGCACTTGCTCAGTTCTGCAGCCGATATGGATGTACTATTGTATAGTGGATGGATACTTCACAGGAAAACCTGAGGGATGCTTCTCCACATTCGTGGATAGCATCCCCAGTAAACCTGTCAGTGTAGACTAGTGCGCCTCACCCAAGGGGATTCGAACGAGGCA
CCTGCTGGCATGAAACTAGCTAAATTCCCAACAACATTGGCGACAACCGGTTAAGCTAACCCCTTGGGCTTCATTGGATGAATACTTTTTCTTATATTGAAAATTGAATTACTTGGCTGCTACTTCTGAGATTTAAAATGTGAAATTACAACCAGTAATTTGTTGGTTAATCATACCTCAATGTAATCACCTGCAGAATA
AGCAATGAAAAAATTGTAACATGATGTTTTAGATTTGTAATAAGAAGAATATAAAGGAGATTAAGATAATGCTATGATATTTTCATTACATGCAAAAGCAAAGATATTTTATTTTAGCTCTTTGCGACAAATCTTAATGGTTGAACTTATTGCTACATAACCAAATGGTTGAAAAACAGTAATCGTTGCATGCAAAAGAA
ATGGAAGTTAGGTTTGGATAGTGGCAGTTCACTGGGTTAAAACTTGATAGGAACAAGCACAGGGAGTCTACTAGTATTAAGCCTGGGAAGGCACTTATTCTTCCCATTTATGTAAATATTTTATACAAAGTAATAAAGGGCAGATGTTATTGCGTGTATGTCACTCTAATGCTCTAATGCTGTTCCCATTTTCTCTCTGT
ATTTATGGCATGTGGTATTCCTGAAAAATCTCTCATCACCAAAGTATGGAAAAAATTATTCTCGGATCTCAAATGATTGTGGAATATTTTAGTGCATGGGTATTGATACTCGTAAACCGTTGTTTTCCATATGTTTAAAATCTGGTAAGAGCAATTTCTGCCATATTTCTTCTCTCAGGATTGAAGTTTGTGAACTTTAT
TCATCAATAATTTATCTAGATAGAAGTGTTGGTCAGTGCCTTTGGTCTTCAGATTTGGTACAAGAGGAAAGTTTGGAAAGGTGCAATGTCGTTCATTGTTTAATACTTAATTGATATTCATTCTTTATGCATACCTTTTCCACATATTTCTGTCCTATTTCTCTTAGGATTGAAATTGTGAAGTTAATCATCAAAAGGTT
CTGGATAGAAGGAGGTGTAGGCCAATGTGAAAGTTCAGAAAGGTGCAATGTCAAGTTCATTGGTTCTATTGGAATCTCCTAGGGAAGGTGTTGGATCACCGAACTGGAATCTCTGAATCATTTTGGAGGTTTTGCATGTGATGGCTTTGTTTCCAGGAAGAGGAAACAAATCCTTTGTATAAAATATGCCAATAAAAATG
TAAAAAGACAAAGCTGCACGGGAAAATGAAAAGCGTATGGTAGGGAATGTTAAAGTAAAACTTACTTTATGTAATGGTCAATTAGATATTAGAGTTAGGCTTTAATAAAGTCACTTATGAGTTCAGCTTATTCCATGTTGTTATGCTTAAGTTGCTTTATTGCTTTTATCGGTCTATCCCACATTCATAAAAGGTTATTT
GGAT
>TRINITY_DN120240_c7_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGCGTAGCTAATAAAATTCAAGTTTTGGAATCCTCCATTTATGCATACAAATAATAATAACGGAGCCGAAGAAGGTGACAATAATTTGAGGGCAGCGGCCATTCAAATTACAGGGGCAGAGCGATCATCAATACCAGGTAATCCGCCATCCAAACCCTTAAGTTCAAGCAGTCCTTTAACTTCAGGGAAATGCAATACAC
AGCAGAAACAGTTCAGTCCCTCTCTCAATGTTTTTTACAAACCCTAGTCCCAAACCCTGAACCCAGAAGGCAAGCAGAAGAGTTTCTGAACCGGGCTGCTGATCAGCCCGGCTACGGAATCACCATTCTGCAGCTTCTCTCGGAGGCGTCGGTGGATGAACAAATTAGACAGGCGGCCGCAGTGAACTTCAAAAATCATG
TAAGGAACCGCTGGGCGCCACCAGACCCTGATTCTCCCCCCGAATCCCCCTCAATTCAAAACCCAGAGAGGGAACAGATCAAAGCTCTCATAGTTAGGTCAATGCTCACTGCTCATCCGCGTATACAGAGTCAGCTTAGCGAAGCATTAGCCATCATAAGCAAACATGATTTCCCTAAATCCTGGCAAACCCTGCTTCCC
GAGCTCGTGACGAATCTTCAGTCGTCTGCCGATTATGCTGTCATCAATGGGATTCTGAATACTGCTAATTCAATCTTCAAGAAGTTTCGTTACCAGTATAAGAGCAATGACCTGTATATTGATCTTAAGTATTGCCTAGATGGGTTCGCTGCCCCCTTGCTCGAGGTTTTTCTTCGGACGGGGCAGCTTATTGTAGCCAA
TATGCAGAATGCGACCGTTCTTAGGCCTCTGTTTGAATGCCAGAGGCTCTGCTGCAGGATCTTCTATTCTTTGAACTTTCAGGAGCTCCCAGAGTTCTTCGAGAATCATATGAAGGAGTGGATGGGGGAGTTCCGCATATATTTGACCACTGCATACCCTGTCCTTGAAGATGCCGAGCGGGACAAAGAGGGTATCGTAG
ACCAGCTGAGGGCTGCCATTTGCGAGAATATCAATCTTTACATGGAAAAGAACGAGGAGGAATTTCAAGAATATTTGAAGGATTTTGCTTCGGCCGTCTGGAGTTTGTTGATGAATGTTTCCACTGCATCGAGTCGTGATAGGTTGGCTGTTACTGCTATCAAATTTTTGACAACTGTGAGCAAAAGTGTACATCATACA
TTGTTTAGCGGTGTGGATATTTTGCGACAGATTTGTGAGAGTATTGTGGTGCCCAATGTCATGATCAGGGAGGATGATGAGGAACTGTTTGAGATGAATCATGTAGAATATATCAGGAGAGATATTGAGGGTAGTGATCTTGACACAAGAAGGCGAATGGCTTGCGAATTAGTGAAAGGACTTGCAACTCATTATAAGGA
ACAGGTGATGGCTATGGTCTCCATGCACATACAGAACATGCAGGCCAAATATGTCACCAATCCAGCAGAGAATTGGAAGGAAAAGGATTGTGCGATATACTTGGTTGTTTCTTTATCGACTAAACAAACTGCTGGAGTTTTGGTAAGTACCGACTTGATCAATTTTGAACAGTTTATCTTGACTATGATAATGCCAGAGT
TACAAAGTGAGGATGTGAATGCACAACCATTATTGAAGGCAGATGCATTGAAGTTTCTCACCACTTTCCGCTCTCAGATTCCGAAGAGCAGTGCTTTGAGTATCATGCCTCATTTGATGAGGTTCCTTTTGTGTGAATCAAATGTTGTTCATTCTTATGCTGCTAATTGTATCGAGAAGATGCTACTTGTTAAAAATGAG
CGACAGCTTCAGTATACTTCTGCAGACATCAATCCCTTCCTTCAGCCCTTAATGACTAATCTTTTTAATGCACTTAAATTGCCGGAATCCCAGGAGAATCCCTATGTCATGAAATGTATTCTTAGAGTTGTGGGACTGGCAGACTTTAGTGGTGACCTGGCAATTGGTTGTCTTACAGGTCTAACATCCATCCTAAATGA
GGTCTGTAAGAATCCAAAAAACCCTAGTTTCAATCATTATTTGTTTGAGTCAGTTGCTGCCTTAATGAGAAGATCCTGTGTAAGAGATCCAGGATTGATTGCAAGTTTTGAGGCAAATCTGTTTCCTGTCTTACAAACCATTTTGGTTCATGATGTTACTGAATTTGTACCATATGCTCTTCAGTTGTTGGCTCAGCTTA
TTGAGATAAATCGGCCTCCTCTTCCCACAATCTACATGCAGATTTTTCAGCTTTTTCTCTCCCCTGAGTCCTGGCAAAAGAAAGCCAATGTCCCAGCCCTTGTACGGTTATTGCAGGCCTATTTACAAAAGGCCCCTCGGGAGCTGACTCAAGAGGGGCCTCTGAGTCAAGTGCTGGGAATATTTAACAAGCTTGTTTCA
TCGAAGAGCACAGATCATTTAGGGTTTTTCATACTGAACACCATCATAGAAAATTTAAGCTACGAAGTCATTTCTCCTTATTTATGTCACATATGGAGTGCCCTTTTTGTTCGACTCCAAAATCAGCGGACCGTGAAATTTGTCAAGTCAGTTATAATTTTCATGTCCCTTTTTCTGGTGAAGCACGGACCTGGAGCTCT
TGCTGACTCTATCAATTCAGTTCAGACAAATATTTTCCCTGCAATTCTGGATCAGTTCTGGGTAACCACACTGAAATCAATCACAGGAGTTCTTGAGACAAAGTTGTGCTCAGTTGCATCTACTAGACTTTTATGCGAATCTCCAACACTCTTGGCAGACACTAGTGCTGCGCTCTGGGGAAAAATGCTTGATAGCACTA
TGAATCTCCTTGCAAGGCCAGAGGAAGATAGGGTAGAGGAGGAGATAGAAATGCCAGACTTGGAGGAAACCATTGGATACACTCCAGCATTTGCCCAACTTTACAATGCTGGAAAGAAAGAGGAGGATCCAGTCAAAGAAATTAAAGATCCCAAGGAATTTTTGGTAACTTCATTGGCAAGAATATCAGCACAGGCCCCA
GGGAAGTATCCTTCCATTATTCAACAGTCTCTGGAACCAGCTAATCAAGCTGCACTTGCTCAGTTCTGCAGCCGATATGGATGTACTATTGTATAGgttattgaaggcgtttcttagagtgaagctttgctaatgcatggcaatgttttggagaaaagaggagttgagaatggaccattacagagttgttgcatgtgagt
aatttgaatgggctgtgcttgatatgcatttgaattaatgcttaggttttgaaaacaaaaaccatgtctggattaaatgggccgctagacaggatgtcacaaattaggtgtatctttgttcacaaccattctaacctgtttcagttagatggttaaaaaatagtttagcttattggaatctggagctgattggcttgttt
tgacttatcaagttttggtattttgtggtagaattgttgtttttattagctattggacattgttaaatcactcattttaatatttaaagtttcagtaatttcatggtagactaatattttgatgttacatttcagattctttgatcagaaggagaactgaaagatttgtcaatgcttccaaaatgttttaaatttatgtt
attatttatattgaactataagtacaggaaaccatttttaggcatagtgttgaatttgggaatcaattgatttgagtgtagatatttcaaatgtgaaaattcactgattgtttagtattctgaacacaatttttggtatcatactttgcacttcaaaaattgttagatgattcaagaagtttattctcaaatgatttaaa
tgataatgtttaacctcttgtcaactgtgccaacattagattattaaaaaatacataatttctggtgtttctgcttagggctctctttacatttgctatattatatatattgtaatgctatcacttcagataatgataagtacatacaagagctgaaaaattgcatctttcagTGGATGGATACTTCACAGGAAAACCTG
AGGGATGCTTCTCCACATTCGTGGATAGCATCCCCAGTAAACCTGTCAGTGTAGACTAGTGCGCCTCACCCAAGGGGATTCGAACGAGGCACCTGCTGGCATGAAACTAGCTAAATTCCCAACAACATTGGCGACAACCGGTTAAGCTAACCCCTTGGGCTTCATTGGATGAATACTTTTTCTTATATTGAAAATTGAAT
TACTTGGCTGCTACTTCTGAGATTTAAAATGTGAAATTACAACCAGTAATTTGTTGGTTAATCATACCTCAATGTAATCACCTGCAGAATAAGCAATGAAAAAATTGTAACATGATGTTTTAGATTTGTAATAAGAAGAATATAAAGGAGATTAAGATAATGCTATGATATTTTCATTACATGCAAAAGCAAAGATATTT
TATTTTAGCTCTTTGCGACAAATCTTAATGGTTGAACTTATTGCTACATAACCAAATGGTTGAAAAACAGTAATCGTTGCATGCAAAAGAAATGGAAGTTAGGTTTGGATAGTGGCAGTTCACTGGGTTAAAACTTGATAGGAACAAGCACAGGGAGTCTACTAGTATTAAGCCTGGGAAGGCACTTATTCTTCCCATTT
ATGTAAATATTTTATACAAAGTAATAAAGGGCAGATGTTATTGCGTGTATGTCACTCTAATGCTCTAATGCTGTTCCCATTTTCTCTCTGTATTTATGGCATGTGGTATTCCTGAAAAATCTCTCATCACCAAAGTATGGAAAAAATTATTCTCGGATCTCAAATGATTGTGGAATATTTTAGTGCATGGGTATTGATAC
TCGTAAACCGTTGTTTTCCATATGTTTAAAATCTGGTAAGAGCAATTTCTGCCATATTTCTTCTCTCAGGATTGAAGTTTGTGAACTTTATTCATCAATAATTTATCTAGATAGAAGTGTTGGTCAGTGCCTTTGGTCTTCAGATTTGGTACAAGAGGAAAGTTTGGAAAGGTGCAATGTCGTTCATTGTTTAATACTTA
ATTGATATTCATTCTTTATGCATACCTTTTCCACATATTTCTGTCCTATTTCTCTTAGGATTGAAATTGTGAAGTTAATCATCAAAAGGTTCTGGATAGAAGGAGGTGTAGGCCAATGTGAAAGTTCAGAAAGGTGCAATGTCAAGTTCATTGGTTCTATTGGAATCTCCTAGGGAAGGTGTTGGATCACCGAACTGGAA
TCTCTGAATCATTTTGGAGGTTTTGCATGTGATGGCTTTGTTTCCAGGAAGAGGAAACAAATCCTTTGTATAAAATATGCCAATAAAAATGTAAAAAGACAAAGCTGCACGGGAAAATGAAAAGCGTATGGTAGGGAATGTTAAAGTAAAACTTACTTTATGTAATGGTCAATTAGATATTAGAGTTAGGCTTTAATAAA
GTCACTTATGAGTTCAGCTTATTCCATGTTGTTATGCTTAAGTTGCTTTATTGCTTTTATCGGTCTATCCCACATTCATAAAAGGTTATTTGGAT
Intron 3 GTTATTGAAG ... CATCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 59.15 | 25.3 | 36.7 | 10 |
| A2 | 50.03 | 30 | 30 | 11 |
| A3 | 49.61 | 22.7 | 22.3 | 5 |
| A4 | 46.31 | 17 | 14.7 | 13 |
| A5 | 20 | 8 | 2 | 5 |
| A6 | 62.25 | 77 | 127 | 25 |
| A7 | 66.45 | 48.3 | 95.7 | 20 |
| A8 | 55.57 | 106.3 | 133 | 34 |
| A9 | 60.66 | 75.7 | 116.7 | 27 |
| A10 | 68.8 | 26 | 57.3 | 15 |
>TRINITY_DN46175_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoformTATGCATATTGTATTTGCCGTTTCAGGCGTAGCTAATAAAATTCAAGTTTTGGAATCCTCCATTTATGCATACAAATAATAATAACGGAGCCGAAGAAGGTGACAATAATTTGAGGGCAGCGGCCATTCAAATTACAGGGGCAGAGCGATCATCAATACCAGGTAATCCGCCATCCAAACCCTTAAGTTCAAGCAGTCCT
TTAACTTCAGGGAAATGCAATACACAGCAGAAACAGTTCAGTCCCTCTCTCAATGTTTTTTACAAACCCTAGTCCCAAACCCTGAACCCAGAAGGCAAGCAGAAGAGTTTCTGAACCGGGCTGCTGATCAGCCCGGCTACGGAATCACCATTCTGCAGCTTCTCTCGGAGGCGTCGGTGGATGAACAAATTAGACAGGCG
GCCGCAGTGAACTTCAAAAATCATGTAAGGAACCGCTGGGCGCCACCAGACCCTGATTCTCCCCCCGAATCCCCCTCAATTCAAAACCCAGAGAGGGAACAGATCAAAGCTCTCATAGTTAGGTCAATGCTCACTGCTCATCCGCGTATACAGAGTCAGCTTAGCGAAGCATTAGCCATCATAAGCAAACATGATTTCCC
TAAATCCTGGCAAACCCTGCTTCCCGAGCTCGTGACGAATCTTCAGTCGTCTGCCGATTATGCTGTCATCAATGGGATTCTGAATACTGCTAATTCAATCTTCAAGAAGTTTCGTTACCAGTATAAGAGCAATGACCTGTATATTGATCTTAAGTATTGCCTAGATGGGTTCGCTGCCCCCTTGCTCGAGGTTTTTCTTC
GGACGGGGCAGCTTATTGTAGCCAATATGCAGAATGCGACCGTTCTTAGGCCTCTGTTTGAATGCCAGAGGCTCTGCTGCAGGATCTTCTATTCTTTGAACTTTCAGGAGCTCCCAGAGTTCTTCGAGAATCATATGAAGGAGTGGATGGGGGAGTTCCGCATATATTTGACCACTGCATACCCTGTCCTTGAAGATGCC
GAGCGGGACAAAGAGGGTATCGTAGACCAGCTGAGGGCTGCCATTTGCGAGAATATCAATCTTTACATGGAAAAGAACGAGGAGGAATTTCAAGAATATTTGAAGGATTTTGCTTCGGCCGTCTGGAGTTTGTTGATGAATGTTTCCACTGCATCGAGTCGTGATAGGTTGGCTGTTACTGCTATCAAATTTTTGACAAC
TGTGAGCAAAAGTGTACATCATACATTGTTTAGCGGTGTGGATATTTTGCGACAGATTTGTGAGAGTATTGTGGTGCCCAATGTCATGATCAGGGAGGATGATGAGGAACTGTTTGAGATGAATCATGTAGAATATATCAGGAGAGATATTGAGGGTAGTGATCTTGACACAAGAAGGCGAATGGCTTGCGAATTAGTGA
AAGGACTTGCAACTCATTATAAGGAACAGGTGATGGCTATGGTCTCCATGCACATACAGAACATGCAGGCCAAATATGTCACCAATCCAGCAGAGAATTGGAAGGAAAAGGATTGTGCGATATACTTGGTTGTTTCTTTATCGACTAAACAAACTGCTGGAGTTTTGGTAAGTACCGACTTGATCAATTTTGAACAGTTT
ATCTTGACTATGATAATGCCAGAGTTACAAAGTGAGGATGTGAATGCACAACCATTATTGAAGGCAGATGCATTGAAGTTTCTCACCACTTTCCGCTCTCAGATTCCGAAGAGCAGTGCTTTGAGTATCATGCCTCATTTGATGAGGTTCCTTTTGTGTGAATCAAATGTTGTTCATTCTTATGCTGCTAATTGTATCGA
GAAGATGCTACTTGTTAAAAATGAGCGACAGCTTCAGTATACTTCTGCAGACATCAATCCCTTCCTTCAGCCCTTAATGACTAATCTTTTTAATGCACTTAAATTGCCGGAATCCCAGGAGAATCCCTATGTCATGAAATGTATTCTTAGAGTTGTGGGACTGGCAGACTTTAGTGGTGACCTGGCAATTGGTTGTCTTA
CAGGTCTAACATCCATCCTAAATGAGGTCTGTAAGAATCCAAAAAACCCTAGTTTCAATCATTATTTGTTTGAGTCAGTTGCTGCCTTAATGAGAAGATCCTGTGTAAGAGATCCAGGATTGATTGCAAGTTTTGAGGCAAATCTGTTTCCTGTCTTACAAACCATTTTGGTTCATGATGTTACTGAATTTGTACCATAT
GCTCTTCAGTTGTTGGCTCAGCTTATTGAGATAAATCGGCCTCCTCTTCCCACAATCTACATGCAGATTTTTCAGCTTTTTCTCTCCCCTGAGTCCTGGCAAAAGAAAGCCAATGTCCCAGCCCTTGTACGGTTATTGCAGGCCTATTTACAAAAGGCCCCTCGGGAGCTGACTCAAGAGGGGCCTCTGAGTCAAGTGCT
GGGAATATTTAACAAGCTTGTTTCATCGAAGAGCACAGATCATTTAGGGTTTTTCATACTGAACACCATCATAGAAAATTTAAGCTACGAAGTCATTTCTCCTTATTTATGTCACATATGGAGTGCCCTTTTTGTTCGACTCCAAAATCAGCGGACCGTGAAATTTGTCAAGTCAGTTATAATTTTCATGTCCCTTTTTC
TGGTGAAGCACGGACCTGGAGCTCTTGCTGACTCTATCAATTCAGTTCAGACAAATATTTTCCCTGCAATTCTGGATCAGTTCTGGGTAACCACACTGAAATCAATCACAGGAGTTCTTGAGACAAAGTTGTGCTCAGTTGCATCTACTAGACTTTTATGCGAATCTCCAACACTCTTGGCAGACACTAGTGCTGCGCTC
TGGGGAAAAATGCTTGATAGCACTATGAATCTCCTTGCAAGGCCAGAGGAAGATAGGGTAGAGGAGGAGATAGAAATGCCAGACTTGGAGGAAACCATTGGATACACTCCAGCATTTGCCCAACTTTACAATGCTGGAAAGAAAGAGGAGGATCCAGTCAAAGAAATTAAAGATCCCAAGGAATTTTTGGTAACTTCATT
GGCAAGAATATCAGTACAGGCCCCAGGGAAGTATCCTTCCATTATTCAACAGTCTCTGGAACCAGCTAATCAAGCTGCACTTGCTCAGTTCTGCAGCCGATATGGATGTACTATTGTATAGTGGATGGATACTTCACAGGAAAACCTGAGGGATGCTTCTCCACATTCGTGGATAGCATCCCCAGTAAACCTGTCAGTGT
AGACTAGTGCGCCTCACCCAAGGGGATTCGAACGAGGCACCTGCTGGCATGAAACTAGCTAAATTCCCAACAACATTGGCGACAACCGGTTAAGCTAACCCCTTGGGCTTCATTGGATGAATACTTTTTCTTATATTGAAAATTGAATTACTTGGCTGCTACTTCTGAGATTTAAAATGTGAAATTACAACCAGTAATTT
GTTGGTTAATCATACCTCAATGTAATCACCTGCAGAATAAGCAATGAAAAAATTGTAACATGATGTTTTAGATTTGTAATAAGAAGAATATAAAGGAGATTAAGATAATGCTATGATATTTTCATTACATGCAAAAGCAAAGATATTTTATTTTAGCTCTTTGCGACAAATCTTAATGGTTGAACTTATTGCTACATAAC
CAAATGGTTGAAAAACAGTAATCGTTGCATGCAAAAGAAATGGAAGTTAGGTTTGGATAGTGGCAGTTCACTGGGTTAAAACTTGATAGGAACAAGCACAGGGAGTCTACTAGTATTAAGCCTGGGAAGGCACTTATTCTTCCCATTTATGTAAATATTTTATACAAAGTAATAAAGGGCAGATGTTATTGCGTGTATGT
CACTCTAATGCTCTAATGCTGTTCCCATGTTCTCTCTGTATTTATGGCATGTGGTATTCCTGAAAAATCTCTCATCACCAAAGTATGGAAAAAATTATTCTCGGATCTCAAATGATTGTGG
>TRINITY_DN46175_c0_g2_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:TATGCATATTGTATTTGCCGTTTCAGGCGTAGCTAATAAAATTCAAGTTTTGGAATCCTCCATTTATGCATACAAATAATAATAACGGAGCCGAAGAAGGTGACAATAATTTGAGGGCAGCGGCCATTCAAATTACAGGGGCAGAGCGATCATCAATACCAGGTAATCCGCCATCCAAACCCTTAAGTTCAAGCAGTCCT
TTAACTTCAGGGAAATGCAATACACAGCAGAAACAGTTCAGTCCCTCTCTCAATGTTTTTTACAAACCCTAGTCCCAAACCCTGAACCCAGAAGGCAAGCAGAAGAGTTTCTGAACCGGGCTGCTGATCAGCCCGGCTACGGAATCACCATTCTGCAGCTTCTCTCGGAGGCGTCGGTGGATGAACAAATTAGACAGGCG
GCCGCAGTGAACTTCAAAAATCATGTAAGGAACCGCTGGGCGCCACCAGACCCTGATTCTCCCCCCGAATCCCCCTCAATTCAAAACCCAGAGAGGGAACAGATCAAAGCTCTCATAGTTAGGTCAATGCTCACTGCTCATCCGCGTATACAGAGTCAGCTTAGCGAAGCATTAGCCATCATAAGCAAACATGATTTCCC
TAAATCCTGGCAAACCCTGCTTCCCGAGCTCGTGACGAATCTTCAGTCGTCTGCCGATTATGCTGTCATCAATGGGATTCTGAATACTGCTAATTCAATCTTCAAGAAGTTTCGTTACCAGTATAAGAGCAATGACCTGTATATTGATCTTAAGTATTGCCTAGATGGGTTCGCTGCCCCCTTGCTCGAGGTTTTTCTTC
GGACGGGGCAGCTTATTGTAGCCAATATGCAGAATGCGACCGTTCTTAGGCCTCTGTTTGAATGCCAGAGGCTCTGCTGCAGGATCTTCTATTCTTTGAACTTTCAGGAGCTCCCAGAGTTCTTCGAGAATCATATGAAGGAGTGGATGGGGGAGTTCCGCATATATTTGACCACTGCATACCCTGTCCTTGAAGATGCC
GAGCGGGACAAAGAGGGTATCGTAGACCAGCTGAGGGCTGCCATTTGCGAGAATATCAATCTTTACATGGAAAAGAACGAGGAGGAATTTCAAGAATATTTGAAGGATTTTGCTTCGGCCGTCTGGAGTTTGTTGATGAATGTTTCCACTGCATCGAGTCGTGATAGGTTGGCTGTTACTGCTATCAAATTTTTGACAAC
TGTGAGCAAAAGTGTACATCATACATTGTTTAGCGGTGTGGATATTTTGCGACAGATTTGTGAGAGTATTGTGGTGCCCAATGTCATGATCAGGGAGGATGATGAGGAACTGTTTGAGATGAATCATGTAGAATATATCAGGAGAGATATTGAGGGTAGTGATCTTGACACAAGAAGGCGAATGGCTTGCGAATTAGTGA
AAGGACTTGCAACTCATTATAAGGAACAGGTGATGGCTATGGTCTCCATGCACATACAGAACATGCAGGCCAAATATGTCACCAATCCAGCAGAGAATTGGAAGGAAAAGGATTGTGCGATATACTTGGTTGTTTCTTTATCGACTAAACAAACTGCTGGAGTTTTGGTAAGTACCGACTTGATCAATTTTGAACAGTTT
ATCTTGACTATGATAATGCCAGAGTTACAAAGTGAGGATGTGAATGCACAACCATTATTGAAGGCAGATGCATTGAAGTTTCTCACCACTTTCCGCTCTCAGATTCCGAAGAGCAGTGCTTTGAGTATCATGCCTCATTTGATGAGGTTCCTTTTGTGTGAATCAAATGTTGTTCATTCTTATGCTGCTAATTGTATCGA
GAAGATGCTACTTGTTAAAAATGAGCGACAGCTTCAGTATACTTCTGCAGACATCAATCCCTTCCTTCAGCCCTTAATGACTAATCTTTTTAATGCACTTAAATTGCCGGAATCCCAGGAGAATCCCTATGTCATGAAATGTATTCTTAGAGTTGTGGGACTGGCAGACTTTAGTGGTGACCTGGCAATTGGTTGTCTTA
CAGGTCTAACATCCATCCTAAATGAGGTCTGTAAGAATCCAAAAAACCCTAGTTTCAATCATTATTTGTTTGAGTCAGTTGCTGCCTTAATGAGAAGATCCTGTGTAAGAGATCCAGGATTGATTGCAAGTTTTGAGGCAAATCTGTTTCCTGTCTTACAAACCATTTTGGTTCATGATGTTACTGAATTTGTACCATAT
GCTCTTCAGTTGTTGGCTCAGCTTATTGAGATAAATCGGCCTCCTCTTCCCACAATCTACATGCAGATTTTTCAGCTTTTTCTCTCCCCTGAGTCCTGGCAAAAGAAAGCCAATGTCCCAGCCCTTGTACGGTTATTGCAGGCCTATTTACAAAAGGCCCCTCGGGAGCTGACTCAAGAGGGGCCTCTGAGTCAAGTGCT
GGGAATATTTAACAAGCTTGTTTCATCGAAGAGCACAGATCATTTAGGGTTTTTCATACTGAACACCATCATAGAAAATTTAAGCTACGAAGTCATTTCTCCTTATTTATGTCACATATGGAGTGCCCTTTTTGTTCGACTCCAAAATCAGCGGACCGTGAAATTTGTCAAGTCAGTTATAATTTTCATGTCCCTTTTTC
TGGTGAAGCACGGACCTGGAGCTCTTGCTGACTCTATCAATTCAGTTCAGACAAATATTTTCCCTGCAATTCTGGATCAGTTCTGGGTAACCACACTGAAATCAATCACAGGAGTTCTTGAGACAAAGTTGTGCTCAGTTGCATCTACTAGACTTTTATGCGAATCTCCAACACTCTTGGCAGACACTAGTGCTGCGCTC
TGGGGAAAAATGCTTGATAGCACTATGAATCTCCTTGCAAGGCCAGAGGAAGATAGGGTAGAGGAGGAGATAGAAATGCCAGACTTGGAGGAAACCATTGGATACACTCCAGCATTTGCCCAACTTTACAATGCTGGAAAGAAAGAGGAGGATCCAGTCAAAGAAATTAAAGATCCCAAGGAATTTTTGGTAACTTCATT
GGCAAGAATATCAGTACAGGCCCCAGGGAAGTATCCTTCCATTATTCAACAGTCTCTGGAACCAGCTAATCAAGCTGCACTTGCTCAGTTCTGCAGCCGATATGGATGTACTATTGTATAGgttattgaaggcgtttcttagagtgaagctttgctaatgcatggcaatgttttggagaaaagaggagttgagaatggac
cattacagagttgttgcatattctttgatcagaaggagaactgaaagatttgtcaatgcttccaaaatgttttaaatttatgttattatttatattgaactataagtacaggaaaccatttttaggcatagtgttgaatttgggaatcaattgatttgagtgtagatatttcaaatgtgaaaattcactgattgtttagt
attctgaacacaatttttggtatcatactttgcacttcaaaaattgttagatgattcaagaagtttattctcaaatgatttaaatgataatgtttaacctcttgtcaactgtgccaacattagattattaaaaaatacataatttctggtgtttctgcttagggctctctttacatttgttatattatatatattgtaat
gctatcacttcagataatgataagtacatacaagagctgaaaaattgcatctttcagTGGATGGATACTTCACAGGAAAACCTGAGGGATGCTTCTCCACATTCGTGGATAGCATCCCCAGTAAACCTGTCAGTGTAGACTAGTGCGCCTCACCCAAGGGGATTCGAACGAGGCACCTGCTGGCATGAAACTAGCTAAAT
TCCCAACAACATTGGCGACAACCGGTTAAGCTAACCCCTTGGGCTTCATTGGATGAATACTTTTTCTTATATTGAAAATTGAATTACTTGGCTGCTACTTCTGAGATTTAAAATGTGAAATTACAACCAGTAATTTGTTGGTTAATCATACCTCAATGTAATCACCTGCAGAATAAGCAATGAAAAAATTGTAACATGAT
GTTTTAGATTTGTAATAAGAAGAATATAAAGGAGATTAAGATAATGCTATGATATTTTCATTACATGCAAAAGCAAAGATATTTTATTTTAGCTCTTTGCGACAAATCTTAATGGTTGAACTTATTGCTACATAACCAAATGGTTGAAAAACAGTAATCGTTGCATGCAAAAGAAATGGAAGTTAGGTTTGGATAGTGGC
AGTTCACTGGGTTAAAACTTGATAGGAACAAGCACAGGGAGTCTACTAGTATTAAGCCTGGGAAGGCACTTATTCTTCCCATTTATGTAAATATTTTATACAAAGTAATAAAGGGCAGATGTTATTGCGTGTATGTCACTCTAATGCTCTAATGCTGTTCCCATGTTCTCTCTGTATTTATGGCATGTGGTATTCCTGAA
AAATCTCTCATCACCAAAGTATGGAAAAAATTATTCTCGGATCTCAAATGATTGTGG
Intron 4 GTTATTGAAG ... TACATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.21 | 30 | 38.5 | 22 |
| A2 | 44.09 | 26 | 36 | 5 |
| A3 | 42.52 | 36.5 | 26 | 28 |
| A4 | 52.59 | 16 | 16.5 | 19 |
| A5 | 55.56 | 6 | 3 | 12 |
| A6 | 42.21 | 154 | 122 | 103 |
| A7 | 40.51 | 175.5 | 94 | 145 |
| A8 | 38.95 | 237.5 | 124 | 179 |
| A9 | 39.9 | 155.5 | 105.5 | 101 |
| A10 | 43.03 | 72.5 | 55.5 | 54 |
>TRINITY_DN112127_c1_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformAGGGATGATATGCATATTGTATTTGCCGTTTCAGGCGTAGCTAATAAAATTCAAGTTTTGGAATCCTCCATTTATGCATACAAATAATAATAACGGAGCCGAAGAAGGTGACAATAATTTGAGGGCAGCGGCCATTCAAATTACAGGGGCAGAGCGATCATCAATACCAGGTAATCCGCCATCCAAACCCTTAAGTTCAA
GCAGTCCTTTAACTTCAGGGAAATGCAATACACAGCAGAAACAGTTCAGTCCCTCTCTCAATGTTTTTTACAAACCCTAGTCCCAAACCCTGAACCCAGAAGGCAAGCAGAAGAGTTTCTGAACCGGGCTGCTGATCAGCCCGGCTACGGAATCACCATTCTGCAGCTTCTCTCGGAGGCGTCGGTGGATGAACAAATTA
GACAGGCGGCCGCAGTGAACTTCAAAAATCATGTAAGGAACCGCTGGGCGCCACCAGACCCTGATTCTCCCCCCGAATCCCCCTCAATTCAAAACCCAGAGAGGGAACAGATCAAAGCTCTCATAGTTAGGTCAATGCTCACTGCTCATCCGCGTATACAGAGTCAGCTTAGCGAAGCATTAGCCATCATAAGCAAACAT
GATTTCCCTAAATCCTGGCAAACCCTGCTTCCCGAGCTCGTGACGAATCTTCAGTCGTCTGCCGATTATGCTGTCATCAATGGGATTCTGAATACTGCTAATTCAATCTTCAAGAAGTTTCGTTACCAGTATAAGAGCAATGACCTGTATATTGATCTTAAGTATTGCCTAGATGGGTTCGCTGCCCCCTTGCTCGAGGT
TTTTCTTCGGACGGGGCAGCTTATTGTAGCCAATATGCAGAATGCGACCGTTCTTAGGCCTCTGTTTGAATGCCAGAGGCTCTGCTGCAGGATCTTCTATTCTTTGAACTTTCAGGAGCTCCCAGAGTTCTTCGAGAATCATATGAAGGAGTGGATGGGGGAGTTCCGCATATATTTGACCACTGCATACCCTGTCCTTG
AAGATGCCGAGCGGGACAAAGAGGGTATCGTAGACCAGCTGAGGGCTGCCATTTGCGAGAATATCAATCTTTACATGGAAAAGAACGAGGAGGAATTTCAAGAATATTTGAAGGATTTTGCTTCGGCCGTCTGGAGTTTGTTGATGAATGTTTCCACTGCATCGAGTCGTGATAGGTTGGCTGTTACTGCTATCAAATTT
TTGACAACTGTGAGCAAAAGTGTACATCATACATTGTTTAGCGGTGTGGATATTTTGCGACAGATTTGTGAGAGTATTGTGGTGCCCAATGTCATGATCAGGGAGGATGATGAGGAACTGTTTGAGATGAATCATGTAGAATATATCAGGAGAGATATTGAGGGTAGTGATCTTGACACAAGAAGGCGAATGGCTTGCGA
ATTAGTGAAAGGACTTGCAACTCATTATAAGGAACAGGTGATGGCTATGGTCTCCATGCACATACAGAACATGCAGGCCAAATATGTCACCAATCCAGCAGAGAATTGGAAGGAAAAGGATTGTGCGATATACTTGGTTGTTTCTTTATCGACTAAACAAACTGCTGGAGTTTTGGTAAGTACCGACTTGATCAATTTTG
AACAGTTTATCTTGACTATGATAATGCCAGAGTTACAAAGTGAGGATGTGAATGCACAACCATTATTGAAGGCAGATGCATTGAAGTTTCTCACCACTTTCCGCTCTCAGATTCCGAAGAGCAGTGCTTTGAGTATCATGCCTCATTTGATGAGGTTCCTTTTGTGTGAATCAAATGTTGTTCATTCTTATGCTGCTAAT
TGTATCGAGAAGATGCTACTTGTTAAAAATGAGCGACAGCTTCAGTATACTTCTGCAGACATCAATCCCTTCCTTCAGCCCTTAATGACTAATCTTTTTAATGCACTTAAATTGCCGGAATCCCAGGAGAATCCCTATGTCATGAAATGTATTCTTAGAGTTGTGGGACTGGCAGACTTTAGTGGTGACCTGGCAATTGG
TTGTCTTACAGGTCTAACATCCATCCTAAATGAGGTCTGTAAGAATCCAAAAAACCCTAGTTTCAATCATTATTTGTTTGAGTCAGTTGCTGCCTTAATGAGAAGATCCTGTGTAAGAGATCCAGGATTGATTGCAAGTTTTGAGGCAAATCTGTTTCCTGTCTTACAAACCATTTTGGTTCATGATGTTACTGAATTTG
TACCATATGCTCTTCAGTTGTTGGCTCAGCTTATTGAGATAAATCGGCCTCCTCTTCCCACAATCTACATGCAGATTTTTCAGCTTTTTCTCTCCCCTGAGTCCTGGCAAAAGAAAGCCAATGTCCCAGCCCTTGTACGGTTATTGCAGGCCTATTTACAAAAGGCCCCTCGGGAGCTGACTCAAGAGGGGCCTCTGAGT
CAAGTGCTGGGAATATTTAACAAGCTTGTTTCATCGAAGAGCACAGATCATTTAGGGTTTTTCATACTGAACACCATCATAGAAAATTTAAGCTACGAAGTCATTTCTCCTTATTTATGTCACATATGGAGTGCCCTTTTTGTTCGACTCCAAAATCAGCGGACCGTGAAATTTGTCAAGTCAGTTATAATTTTCATGTC
CCTTTTTCTGGTGAAGCACGGACCTGGAGCTCTTGCTGACTCTATCAATTCAGTTCAGACAAATATTTTCCCTGCAATTCTGGATCAGTTCTGGGTAACCACACTGAAATCAATCACAGGAGTTCTTGAGACAAAGTTGTGCTCAGTTGCATCTACTAGACTTTTATGCGAATCTCCAACACTCTTGGCAGACACTAGTG
CTGCGCTCTGGGGAAAAATGCTTGATAGCACTATGAATCTCCTTGCAAGGCCAGAGGAAGATAGGGTAGAGGAGGAGATAGAAATGCCAGACTTGGAGGAAACCATTGGATACACTCCAGCATTTGCCCAACTTTACAATGCTGGAAAGAAAGAGGAGGATCCAGTCAAAGAAATTAAAGATCCCAAGGAATTTTTGGTA
ACTTCATTGGCAAGAATATCAGTACAGGCCCCAGGGAAGTATCCTTCCATTATTCAACAGTCTCTGGAACCAGCTAATCAAGCTGCACTTGCTCAGTTCTGCAGCCGATATGGATGTACTATTGTATAGATTCTTTGATCAGAAGGAGAACTGAAAGATTTGTCAATGCTTCCAAAATGTTTTAAATTTATGTTATTATT
TATATTGAACTATAAGTACAGGAAACCATTTTTAGGCATAGTGTTGAATTTGGGAATCAATTGATTTGAGTGTAGATATTTCAAATGTGAAAATTCACTGATTGTTTAGTATTCTGAACACAATTTTTGGTATCATACTTTGCACTTCAAAAATTGTTAGATGATTCAAGAAGTTTATTCTCAAATGATTTAAATGATAA
TGTTTAACCTCTTGTCAACTGTGCC
>TRINITY_DN112127_c1_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:AGGGATGATATGCATATTGTATTTGCCGTTTCAGGCGTAGCTAATAAAATTCAAGTTTTGGAATCCTCCATTTATGCATACAAATAATAATAACGGAGCCGAAGAAGGTGACAATAATTTGAGGGCAGCGGCCATTCAAATTACAGGGGCAGAGCGATCATCAATACCAGGTAATCCGCCATCCAAACCCTTAAGTTCAA
GCAGTCCTTTAACTTCAGGGAAATGCAATACACAGCAGAAACAGTTCAGTCCCTCTCTCAATGTTTTTTACAAACCCTAGTCCCAAACCCTGAACCCAGAAGGCAAGCAGAAGAGTTTCTGAACCGGGCTGCTGATCAGCCCGGCTACGGAATCACCATTCTGCAGCTTCTCTCGGAGGCGTCGGTGGATGAACAAATTA
GACAGGCGGCCGCAGTGAACTTCAAAAATCATGTAAGGAACCGCTGGGCGCCACCAGACCCTGATTCTCCCCCCGAATCCCCCTCAATTCAAAACCCAGAGAGGGAACAGATCAAAGCTCTCATAGTTAGGTCAATGCTCACTGCTCATCCGCGTATACAGAGTCAGCTTAGCGAAGCATTAGCCATCATAAGCAAACAT
GATTTCCCTAAATCCTGGCAAACCCTGCTTCCCGAGCTCGTGACGAATCTTCAGTCGTCTGCCGATTATGCTGTCATCAATGGGATTCTGAATACTGCTAATTCAATCTTCAAGAAGTTTCGTTACCAGTATAAGAGCAATGACCTGTATATTGATCTTAAGTATTGCCTAGATGGGTTCGCTGCCCCCTTGCTCGAGGT
TTTTCTTCGGACGGGGCAGCTTATTGTAGCCAATATGCAGAATGCGACCGTTCTTAGGCCTCTGTTTGAATGCCAGAGGCTCTGCTGCAGGATCTTCTATTCTTTGAACTTTCAGGAGCTCCCAGAGTTCTTCGAGAATCATATGAAGGAGTGGATGGGGGAGTTCCGCATATATTTGACCACTGCATACCCTGTCCTTG
AAGATGCCGAGCGGGACAAAGAGGGTATCGTAGACCAGCTGAGGGCTGCCATTTGCGAGAATATCAATCTTTACATGGAAAAGAACGAGGAGGAATTTCAAGAATATTTGAAGGATTTTGCTTCGGCCGTCTGGAGTTTGTTGATGAATGTTTCCACTGCATCGAGTCGTGATAGGTTGGCTGTTACTGCTATCAAATTT
TTGACAACTGTGAGCAAAAGTGTACATCATACATTGTTTAGCGGTGTGGATATTTTGCGACAGATTTGTGAGAGTATTGTGGTGCCCAATGTCATGATCAGGGAGGATGATGAGGAACTGTTTGAGATGAATCATGTAGAATATATCAGGAGAGATATTGAGGGTAGTGATCTTGACACAAGAAGGCGAATGGCTTGCGA
ATTAGTGAAAGGACTTGCAACTCATTATAAGGAACAGGTGATGGCTATGGTCTCCATGCACATACAGAACATGCAGGCCAAATATGTCACCAATCCAGCAGAGAATTGGAAGGAAAAGGATTGTGCGATATACTTGGTTGTTTCTTTATCGACTAAACAAACTGCTGGAGTTTTGGTAAGTACCGACTTGATCAATTTTG
AACAGTTTATCTTGACTATGATAATGCCAGAGTTACAAAGTGAGGATGTGAATGCACAACCATTATTGAAGGCAGATGCATTGAAGTTTCTCACCACTTTCCGCTCTCAGATTCCGAAGAGCAGTGCTTTGAGTATCATGCCTCATTTGATGAGGTTCCTTTTGTGTGAATCAAATGTTGTTCATTCTTATGCTGCTAAT
TGTATCGAGAAGATGCTACTTGTTAAAAATGAGCGACAGCTTCAGTATACTTCTGCAGACATCAATCCCTTCCTTCAGCCCTTAATGACTAATCTTTTTAATGCACTTAAATTGCCGGAATCCCAGGAGAATCCCTATGTCATGAAATGTATTCTTAGAGTTGTGGGACTGGCAGACTTTAGTGGTGACCTGGCAATTGG
TTGTCTTACAGGTCTAACATCCATCCTAAATGAGGTCTGTAAGAATCCAAAAAACCCTAGTTTCAATCATTATTTGTTTGAGTCAGTTGCTGCCTTAATGAGAAGATCCTGTGTAAGAGATCCAGGATTGATTGCAAGTTTTGAGGCAAATCTGTTTCCTGTCTTACAAACCATTTTGGTTCATGATGTTACTGAATTTG
TACCATATGCTCTTCAGTTGTTGGCTCAGCTTATTGAGATAAATCGGCCTCCTCTTCCCACAATCTACATGCAGATTTTTCAGCTTTTTCTCTCCCCTGAGTCCTGGCAAAAGAAAGCCAATGTCCCAGCCCTTGTACGGTTATTGCAGGCCTATTTACAAAAGGCCCCTCGGGAGCTGACTCAAGAGGGGCCTCTGAGT
CAAGTGCTGGGAATATTTAACAAGCTTGTTTCATCGAAGAGCACAGATCATTTAGGGTTTTTCATACTGAACACCATCATAGAAAATTTAAGCTACGAAGTCATTTCTCCTTATTTATGTCACATATGGAGTGCCCTTTTTGTTCGACTCCAAAATCAGCGGACCGTGAAATTTGTCAAGTCAGTTATAATTTTCATGTC
CCTTTTTCTGGTGAAGCACGGACCTGGAGCTCTTGCTGACTCTATCAATTCAGTTCAGACAAATATTTTCCCTGCAATTCTGGATCAGTTCTGGGTAACCACACTGAAATCAATCACAGGAGTTCTTGAGACAAAGTTGTGCTCAGTTGCATCTACTAGACTTTTATGCGAATCTCCAACACTCTTGGCAGACACTAGTG
CTGCGCTCTGGGGAAAAATGCTTGATAGCACTATGAATCTCCTTGCAAGGCCAGAGGAAGATAGGGTAGAGGAGGAGATAGAAATGCCAGACTTGGAGGAAACCATTGGATACACTCCAGCATTTGCCCAACTTTACAATGCTGGAAAGAAAGAGGAGGATCCAGTCAAAGAAATTAAAGATCCCAAGGAATTTTTGGTA
ACTTCATTGGCAAGAATATCAGTACAGGCCCCAGGGAAGTATCCTTCCATTATTCAACAGTCTCTGGAACCAGCTAATCAAGCTGCACTTGCTCAGTTCTGCAGCCGATATGGATGTACTATTGTATAGgttattgaaggcgtttcttagagtgaagctttgctaatgcatggcaatgttttggagaaaagaggagttga
gaatggaccattacagagttgttgcatgtgagtaatttgaatgggctgtgcttgatatgcatttgaattaatgcttaggttttgaaaacaaaaaccatgtctggattaaatgggccgctagacaggatgtcacaaattaggtgtatctttgttcacaaccattctaacctgtttcagttagatggttaaaaaatagttta
gcttattggaatctggagctgattggcttgttttgacttatcaagttttggtattttgtggtagaattgttgtttttattagctattggacattgttaaatcactcattttaatatttaaagtttcagtaatttcatggtagactaatattttgatgttacatttcagATTCTTTGATCAGAAGGAGAACTGAAAGATTT
GTCAATGCTTCCAAAATGTTTTAAATTTATGTTATTATTTATATTGAACTATAAGTACAGGAAACCATTTTTAGGCATAGTGTTGAATTTGGGAATCAATTGATTTGAGTGTAGATATTTCAAATGTGAAAATTCACTGATTGTTTAGTATTCTGAACACAATTTTTGGTATCATACTTTGCACTTCAAAAATTGTTAGA
TGATTCAAGAAGTTTATTCTCAAATGATTTAAATGATAATGTTTAACCTCTTGTCAACTGTGCC
Intron 5 GTTATTGAAG ... ATCACTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.79 | 21 | 37 | 13 |
| A2 | 66.67 | 15 | 30 | 2 |
| A3 | 62.16 | 14 | 23 | 1 |
| A4 | 57.69 | 11 | 15 | 6 |
| A5 | 33.33 | 4 | 2 | 3 |
| A6 | 72.57 | 48 | 127 | 4 |
| A7 | 73.64 | 34 | 95 | 4 |
| A8 | 66.17 | 68 | 133 | 6 |
| A9 | 72.67 | 44 | 117 | 6 |
| A10 | 77.03 | 17 | 57 | 4 |
>TRINITY_DN46175_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoformTATGCATATTGTATTTGCCGTTTCAGGCGTAGCTAATAAAATTCAAGTTTTGGAATCCTCCATTTATGCATACAAATAATAATAACGGAGCCGAAGAAGGTGACAATAATTTGAGGGCAGCGGCCATTCAAATTACAGGGGCAGAGCGATCATCAATACCAGGTAATCCGCCATCCAAACCCTTAAGTTCAAGCAGTCCT
TTAACTTCAGGGAAATGCAATACACAGCAGAAACAGTTCAGTCCCTCTCTCAATGTTTTTTACAAACCCTAGTCCCAAACCCTGAACCCAGAAGGCAAGCAGAAGAGTTTCTGAACCGGGCTGCTGATCAGCCCGGCTACGGAATCACCATTCTGCAGCTTCTCTCGGAGGCGTCGGTGGATGAACAAATTAGACAGGCG
GCCGCAGTGAACTTCAAAAATCATGTAAGGAACCGCTGGGCGCCACCAGACCCTGATTCTCCCCCCGAATCCCCCTCAATTCAAAACCCAGAGAGGGAACAGATCAAAGCTCTCATAGTTAGGTCAATGCTCACTGCTCATCCGCGTATACAGAGTCAGCTTAGCGAAGCATTAGCCATCATAAGCAAACATGATTTCCC
TAAATCCTGGCAAACCCTGCTTCCCGAGCTCGTGACGAATCTTCAGTCGTCTGCCGATTATGCTGTCATCAATGGGATTCTGAATACTGCTAATTCAATCTTCAAGAAGTTTCGTTACCAGTATAAGAGCAATGACCTGTATATTGATCTTAAGTATTGCCTAGATGGGTTCGCTGCCCCCTTGCTCGAGGTTTTTCTTC
GGACGGGGCAGCTTATTGTAGCCAATATGCAGAATGCGACCGTTCTTAGGCCTCTGTTTGAATGCCAGAGGCTCTGCTGCAGGATCTTCTATTCTTTGAACTTTCAGGAGCTCCCAGAGTTCTTCGAGAATCATATGAAGGAGTGGATGGGGGAGTTCCGCATATATTTGACCACTGCATACCCTGTCCTTGAAGATGCC
GAGCGGGACAAAGAGGGTATCGTAGACCAGCTGAGGGCTGCCATTTGCGAGAATATCAATCTTTACATGGAAAAGAACGAGGAGGAATTTCAAGAATATTTGAAGGATTTTGCTTCGGCCGTCTGGAGTTTGTTGATGAATGTTTCCACTGCATCGAGTCGTGATAGGTTGGCTGTTACTGCTATCAAATTTTTGACAAC
TGTGAGCAAAAGTGTACATCATACATTGTTTAGCGGTGTGGATATTTTGCGACAGATTTGTGAGAGTATTGTGGTGCCCAATGTCATGATCAGGGAGGATGATGAGGAACTGTTTGAGATGAATCATGTAGAATATATCAGGAGAGATATTGAGGGTAGTGATCTTGACACAAGAAGGCGAATGGCTTGCGAATTAGTGA
AAGGACTTGCAACTCATTATAAGGAACAGGTGATGGCTATGGTCTCCATGCACATACAGAACATGCAGGCCAAATATGTCACCAATCCAGCAGAGAATTGGAAGGAAAAGGATTGTGCGATATACTTGGTTGTTTCTTTATCGACTAAACAAACTGCTGGAGTTTTGGTAAGTACCGACTTGATCAATTTTGAACAGTTT
ATCTTGACTATGATAATGCCAGAGTTACAAAGTGAGGATGTGAATGCACAACCATTATTGAAGGCAGATGCATTGAAGTTTCTCACCACTTTCCGCTCTCAGATTCCGAAGAGCAGTGCTTTGAGTATCATGCCTCATTTGATGAGGTTCCTTTTGTGTGAATCAAATGTTGTTCATTCTTATGCTGCTAATTGTATCGA
GAAGATGCTACTTGTTAAAAATGAGCGACAGCTTCAGTATACTTCTGCAGACATCAATCCCTTCCTTCAGCCCTTAATGACTAATCTTTTTAATGCACTTAAATTGCCGGAATCCCAGGAGAATCCCTATGTCATGAAATGTATTCTTAGAGTTGTGGGACTGGCAGACTTTAGTGGTGACCTGGCAATTGGTTGTCTTA
CAGGTCTAACATCCATCCTAAATGAGGTCTGTAAGAATCCAAAAAACCCTAGTTTCAATCATTATTTGTTTGAGTCAGTTGCTGCCTTAATGAGAAGATCCTGTGTAAGAGATCCAGGATTGATTGCAAGTTTTGAGGCAAATCTGTTTCCTGTCTTACAAACCATTTTGGTTCATGATGTTACTGAATTTGTACCATAT
GCTCTTCAGTTGTTGGCTCAGCTTATTGAGATAAATCGGCCTCCTCTTCCCACAATCTACATGCAGATTTTTCAGCTTTTTCTCTCCCCTGAGTCCTGGCAAAAGAAAGCCAATGTCCCAGCCCTTGTACGGTTATTGCAGGCCTATTTACAAAAGGCCCCTCGGGAGCTGACTCAAGAGGGGCCTCTGAGTCAAGTGCT
GGGAATATTTAACAAGCTTGTTTCATCGAAGAGCACAGATCATTTAGGGTTTTTCATACTGAACACCATCATAGAAAATTTAAGCTACGAAGTCATTTCTCCTTATTTATGTCACATATGGAGTGCCCTTTTTGTTCGACTCCAAAATCAGCGGACCGTGAAATTTGTCAAGTCAGTTATAATTTTCATGTCCCTTTTTC
TGGTGAAGCACGGACCTGGAGCTCTTGCTGACTCTATCAATTCAGTTCAGACAAATATTTTCCCTGCAATTCTGGATCAGTTCTGGGTAACCACACTGAAATCAATCACAGGAGTTCTTGAGACAAAGTTGTGCTCAGTTGCATCTACTAGACTTTTATGCGAATCTCCAACACTCTTGGCAGACACTAGTGCTGCGCTC
TGGGGAAAAATGCTTGATAGCACTATGAATCTCCTTGCAAGGCCAGAGGAAGATAGGGTAGAGGAGGAGATAGAAATGCCAGACTTGGAGGAAACCATTGGATACACTCCAGCATTTGCCCAACTTTACAATGCTGGAAAGAAAGAGGAGGATCCAGTCAAAGAAATTAAAGATCCCAAGGAATTTTTGGTAACTTCATT
GGCAAGAATATCAGTACAGGCCCCAGGGAAGTATCCTTCCATTATTCAACAGTCTCTGGAACCAGCTAATCAAGCTGCACTTGCTCAGTTCTGCAGCCGATATGGATGTACTATTGTATAGATAATGATAAGTACATACAAGAGCTGAAAAATTGCATCTTTCAGTGGATGGATACTTCACAGGAAAACCTGAGGGATGC
TTCTCCACATTCGTGGATAGCATCCCCAGTAAACCTGTCAGTGTAGACTAGTGCGCCTCACCCAAGGGGATTCGAACGAGGCACCTGCTGGCATGAAACTAGCTAAATTCCCAACAACATTGGCGACAACCGGTTAAGCTAACCCCTTGGGCTTCATTGGATGAATACTTTTTCTTATATTGAAAATTGAATTACTTGGC
TGCTACTTCTGAGATTTAAAATGTGAAATTACAACCAGTAATTTGTTGGTTAATCATACCTCAATGTAATCACCTGCAGAATAAGCAATGAAAAAATTGTAACATGATGTTTTAGATTTGTAATAAGAAGAATATAAAGGAGATTAAGATAATGCTATGATATTTTCATTACATGCAAAAGCAAAGATATTTTATTTTAG
CTCTTTGCGACAAATCTTAATGGTTGAACTTATTGCTACATAACCAAATGGTTGAAAAACAGTAATCGTTGCATGCAAAAGAAATGGAAGTTAGGTTTGGATAGTGGCAGTTCACTGGGTTAAAACTTGATAGGAACAAGCACAGGGAGTCTACTAGTATTAAGCCTGGGAAGGCACTTATTCTTCCCATTTATGTAAAT
ATTTTATACAAAGTAATAAAGGGCAGATGTTATTGCGTGTATGTCACTCTAATGCTCTAATGCTGTTCCCATGTTCTCTCTGTATTTATGGCATGTGGTATTCCTGAAAAATCTCTCATCACCAAAGTATGGAAAAAATTATTCTCGGATCTCAAATGATTGTGG
>TRINITY_DN46175_c0_g2_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:TATGCATATTGTATTTGCCGTTTCAGGCGTAGCTAATAAAATTCAAGTTTTGGAATCCTCCATTTATGCATACAAATAATAATAACGGAGCCGAAGAAGGTGACAATAATTTGAGGGCAGCGGCCATTCAAATTACAGGGGCAGAGCGATCATCAATACCAGGTAATCCGCCATCCAAACCCTTAAGTTCAAGCAGTCCT
TTAACTTCAGGGAAATGCAATACACAGCAGAAACAGTTCAGTCCCTCTCTCAATGTTTTTTACAAACCCTAGTCCCAAACCCTGAACCCAGAAGGCAAGCAGAAGAGTTTCTGAACCGGGCTGCTGATCAGCCCGGCTACGGAATCACCATTCTGCAGCTTCTCTCGGAGGCGTCGGTGGATGAACAAATTAGACAGGCG
GCCGCAGTGAACTTCAAAAATCATGTAAGGAACCGCTGGGCGCCACCAGACCCTGATTCTCCCCCCGAATCCCCCTCAATTCAAAACCCAGAGAGGGAACAGATCAAAGCTCTCATAGTTAGGTCAATGCTCACTGCTCATCCGCGTATACAGAGTCAGCTTAGCGAAGCATTAGCCATCATAAGCAAACATGATTTCCC
TAAATCCTGGCAAACCCTGCTTCCCGAGCTCGTGACGAATCTTCAGTCGTCTGCCGATTATGCTGTCATCAATGGGATTCTGAATACTGCTAATTCAATCTTCAAGAAGTTTCGTTACCAGTATAAGAGCAATGACCTGTATATTGATCTTAAGTATTGCCTAGATGGGTTCGCTGCCCCCTTGCTCGAGGTTTTTCTTC
GGACGGGGCAGCTTATTGTAGCCAATATGCAGAATGCGACCGTTCTTAGGCCTCTGTTTGAATGCCAGAGGCTCTGCTGCAGGATCTTCTATTCTTTGAACTTTCAGGAGCTCCCAGAGTTCTTCGAGAATCATATGAAGGAGTGGATGGGGGAGTTCCGCATATATTTGACCACTGCATACCCTGTCCTTGAAGATGCC
GAGCGGGACAAAGAGGGTATCGTAGACCAGCTGAGGGCTGCCATTTGCGAGAATATCAATCTTTACATGGAAAAGAACGAGGAGGAATTTCAAGAATATTTGAAGGATTTTGCTTCGGCCGTCTGGAGTTTGTTGATGAATGTTTCCACTGCATCGAGTCGTGATAGGTTGGCTGTTACTGCTATCAAATTTTTGACAAC
TGTGAGCAAAAGTGTACATCATACATTGTTTAGCGGTGTGGATATTTTGCGACAGATTTGTGAGAGTATTGTGGTGCCCAATGTCATGATCAGGGAGGATGATGAGGAACTGTTTGAGATGAATCATGTAGAATATATCAGGAGAGATATTGAGGGTAGTGATCTTGACACAAGAAGGCGAATGGCTTGCGAATTAGTGA
AAGGACTTGCAACTCATTATAAGGAACAGGTGATGGCTATGGTCTCCATGCACATACAGAACATGCAGGCCAAATATGTCACCAATCCAGCAGAGAATTGGAAGGAAAAGGATTGTGCGATATACTTGGTTGTTTCTTTATCGACTAAACAAACTGCTGGAGTTTTGGTAAGTACCGACTTGATCAATTTTGAACAGTTT
ATCTTGACTATGATAATGCCAGAGTTACAAAGTGAGGATGTGAATGCACAACCATTATTGAAGGCAGATGCATTGAAGTTTCTCACCACTTTCCGCTCTCAGATTCCGAAGAGCAGTGCTTTGAGTATCATGCCTCATTTGATGAGGTTCCTTTTGTGTGAATCAAATGTTGTTCATTCTTATGCTGCTAATTGTATCGA
GAAGATGCTACTTGTTAAAAATGAGCGACAGCTTCAGTATACTTCTGCAGACATCAATCCCTTCCTTCAGCCCTTAATGACTAATCTTTTTAATGCACTTAAATTGCCGGAATCCCAGGAGAATCCCTATGTCATGAAATGTATTCTTAGAGTTGTGGGACTGGCAGACTTTAGTGGTGACCTGGCAATTGGTTGTCTTA
CAGGTCTAACATCCATCCTAAATGAGGTCTGTAAGAATCCAAAAAACCCTAGTTTCAATCATTATTTGTTTGAGTCAGTTGCTGCCTTAATGAGAAGATCCTGTGTAAGAGATCCAGGATTGATTGCAAGTTTTGAGGCAAATCTGTTTCCTGTCTTACAAACCATTTTGGTTCATGATGTTACTGAATTTGTACCATAT
GCTCTTCAGTTGTTGGCTCAGCTTATTGAGATAAATCGGCCTCCTCTTCCCACAATCTACATGCAGATTTTTCAGCTTTTTCTCTCCCCTGAGTCCTGGCAAAAGAAAGCCAATGTCCCAGCCCTTGTACGGTTATTGCAGGCCTATTTACAAAAGGCCCCTCGGGAGCTGACTCAAGAGGGGCCTCTGAGTCAAGTGCT
GGGAATATTTAACAAGCTTGTTTCATCGAAGAGCACAGATCATTTAGGGTTTTTCATACTGAACACCATCATAGAAAATTTAAGCTACGAAGTCATTTCTCCTTATTTATGTCACATATGGAGTGCCCTTTTTGTTCGACTCCAAAATCAGCGGACCGTGAAATTTGTCAAGTCAGTTATAATTTTCATGTCCCTTTTTC
TGGTGAAGCACGGACCTGGAGCTCTTGCTGACTCTATCAATTCAGTTCAGACAAATATTTTCCCTGCAATTCTGGATCAGTTCTGGGTAACCACACTGAAATCAATCACAGGAGTTCTTGAGACAAAGTTGTGCTCAGTTGCATCTACTAGACTTTTATGCGAATCTCCAACACTCTTGGCAGACACTAGTGCTGCGCTC
TGGGGAAAAATGCTTGATAGCACTATGAATCTCCTTGCAAGGCCAGAGGAAGATAGGGTAGAGGAGGAGATAGAAATGCCAGACTTGGAGGAAACCATTGGATACACTCCAGCATTTGCCCAACTTTACAATGCTGGAAAGAAAGAGGAGGATCCAGTCAAAGAAATTAAAGATCCCAAGGAATTTTTGGTAACTTCATT
GGCAAGAATATCAGTACAGGCCCCAGGGAAGTATCCTTCCATTATTCAACAGTCTCTGGAACCAGCTAATCAAGCTGCACTTGCTCAGTTCTGCAGCCGATATGGATGTACTATTGTATAGgttattgaaggcgtttcttagagtgaagctttgctaatgcatggcaatgttttggagaaaagaggagttgagaatggac
cattacagagttgttgcatattctttgatcagaaggagaactgaaagatttgtcaatgcttccaaaatgttttaaatttatgttattatttatattgaactataagtacaggaaaccatttttaggcatagtgttgaatttgggaatcaattgatttgagtgtagatatttcaaatgtgaaaattcactgattgtttagt
attctgaacacaatttttggtatcatactttgcacttcaaaaattgttagatgattcaagaagtttattctcaaatgatttaaatgataatgtttaacctcttgtcaactgtgccaacattagattattaaaaaatacataatttctggtgtttctgcttagggctctctttacatttgttatattatatatattgtaat
gctatcacttcagATAATGATAAGTACATACAAGAGCTGAAAAATTGCATCTTTCAGTGGATGGATACTTCACAGGAAAACCTGAGGGATGCTTCTCCACATTCGTGGATAGCATCCCCAGTAAACCTGTCAGTGTAGACTAGTGCGCCTCACCCAAGGGGATTCGAACGAGGCACCTGCTGGCATGAAACTAGCTAAAT
TCCCAACAACATTGGCGACAACCGGTTAAGCTAACCCCTTGGGCTTCATTGGATGAATACTTTTTCTTATATTGAAAATTGAATTACTTGGCTGCTACTTCTGAGATTTAAAATGTGAAATTACAACCAGTAATTTGTTGGTTAATCATACCTCAATGTAATCACCTGCAGAATAAGCAATGAAAAAATTGTAACATGAT
GTTTTAGATTTGTAATAAGAAGAATATAAAGGAGATTAAGATAATGCTATGATATTTTCATTACATGCAAAAGCAAAGATATTTTATTTTAGCTCTTTGCGACAAATCTTAATGGTTGAACTTATTGCTACATAACCAAATGGTTGAAAAACAGTAATCGTTGCATGCAAAAGAAATGGAAGTTAGGTTTGGATAGTGGC
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AAATCTCTCATCACCAAAGTATGGAAAAAATTATTCTCGGATCTCAAATGATTGTGG
Intron 6 GTTATTGAAG ... ATCACTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65 | 21 | 39 | 13 |
| A2 | 70.59 | 15 | 36 | 2 |
| A3 | 65.85 | 14 | 27 | 1 |
| A4 | 60.71 | 11 | 17 | 6 |
| A5 | 42.86 | 4 | 3 | 3 |
| A6 | 71.76 | 48 | 122 | 4 |
| A7 | 73.23 | 34 | 93 | 4 |
| A8 | 64.58 | 68 | 124 | 6 |
| A9 | 70.67 | 44 | 106 | 6 |
| A10 | 76.39 | 17 | 55 | 4 |
>TRINITY_DN46175_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoformTATGCATATTGTATTTGCCGTTTCAGGCGTAGCTAATAAAATTCAAGTTTTGGAATCCTCCATTTATGCATACAAATAATAATAACGGAGCCGAAGAAGGTGACAATAATTTGAGGGCAGCGGCCATTCAAATTACAGGGGCAGAGCGATCATCAATACCAGGTAATCCGCCATCCAAACCCTTAAGTTCAAGCAGTCCT
TTAACTTCAGGGAAATGCAATACACAGCAGAAACAGTTCAGTCCCTCTCTCAATGTTTTTTACAAACCCTAGTCCCAAACCCTGAACCCAGAAGGCAAGCAGAAGAGTTTCTGAACCGGGCTGCTGATCAGCCCGGCTACGGAATCACCATTCTGCAGCTTCTCTCGGAGGCGTCGGTGGATGAACAAATTAGACAGGCG
GCCGCAGTGAACTTCAAAAATCATGTAAGGAACCGCTGGGCGCCACCAGACCCTGATTCTCCCCCCGAATCCCCCTCAATTCAAAACCCAGAGAGGGAACAGATCAAAGCTCTCATAGTTAGGTCAATGCTCACTGCTCATCCGCGTATACAGAGTCAGCTTAGCGAAGCATTAGCCATCATAAGCAAACATGATTTCCC
TAAATCCTGGCAAACCCTGCTTCCCGAGCTCGTGACGAATCTTCAGTCGTCTGCCGATTATGCTGTCATCAATGGGATTCTGAATACTGCTAATTCAATCTTCAAGAAGTTTCGTTACCAGTATAAGAGCAATGACCTGTATATTGATCTTAAGTATTGCCTAGATGGGTTCGCTGCCCCCTTGCTCGAGGTTTTTCTTC
GGACGGGGCAGCTTATTGTAGCCAATATGCAGAATGCGACCGTTCTTAGGCCTCTGTTTGAATGCCAGAGGCTCTGCTGCAGGATCTTCTATTCTTTGAACTTTCAGGAGCTCCCAGAGTTCTTCGAGAATCATATGAAGGAGTGGATGGGGGAGTTCCGCATATATTTGACCACTGCATACCCTGTCCTTGAAGATGCC
GAGCGGGACAAAGAGGGTATCGTAGACCAGCTGAGGGCTGCCATTTGCGAGAATATCAATCTTTACATGGAAAAGAACGAGGAGGAATTTCAAGAATATTTGAAGGATTTTGCTTCGGCCGTCTGGAGTTTGTTGATGAATGTTTCCACTGCATCGAGTCGTGATAGGTTGGCTGTTACTGCTATCAAATTTTTGACAAC
TGTGAGCAAAAGTGTACATCATACATTGTTTAGCGGTGTGGATATTTTGCGACAGATTTGTGAGAGTATTGTGGTGCCCAATGTCATGATCAGGGAGGATGATGAGGAACTGTTTGAGATGAATCATGTAGAATATATCAGGAGAGATATTGAGGGTAGTGATCTTGACACAAGAAGGCGAATGGCTTGCGAATTAGTGA
AAGGACTTGCAACTCATTATAAGGAACAGGTGATGGCTATGGTCTCCATGCACATACAGAACATGCAGGCCAAATATGTCACCAATCCAGCAGAGAATTGGAAGGAAAAGGATTGTGCGATATACTTGGTTGTTTCTTTATCGACTAAACAAACTGCTGGAGTTTTGGTAAGTACCGACTTGATCAATTTTGAACAGTTT
ATCTTGACTATGATAATGCCAGAGTTACAAAGTGAGGATGTGAATGCACAACCATTATTGAAGGCAGATGCATTGAAGTTTCTCACCACTTTCCGCTCTCAGATTCCGAAGAGCAGTGCTTTGAGTATCATGCCTCATTTGATGAGGTTCCTTTTGTGTGAATCAAATGTTGTTCATTCTTATGCTGCTAATTGTATCGA
GAAGATGCTACTTGTTAAAAATGAGCGACAGCTTCAGTATACTTCTGCAGACATCAATCCCTTCCTTCAGCCCTTAATGACTAATCTTTTTAATGCACTTAAATTGCCGGAATCCCAGGAGAATCCCTATGTCATGAAATGTATTCTTAGAGTTGTGGGACTGGCAGACTTTAGTGGTGACCTGGCAATTGGTTGTCTTA
CAGGTCTAACATCCATCCTAAATGAGGTCTGTAAGAATCCAAAAAACCCTAGTTTCAATCATTATTTGTTTGAGTCAGTTGCTGCCTTAATGAGAAGATCCTGTGTAAGAGATCCAGGATTGATTGCAAGTTTTGAGGCAAATCTGTTTCCTGTCTTACAAACCATTTTGGTTCATGATGTTACTGAATTTGTACCATAT
GCTCTTCAGTTGTTGGCTCAGCTTATTGAGATAAATCGGCCTCCTCTTCCCACAATCTACATGCAGATTTTTCAGCTTTTTCTCTCCCCTGAGTCCTGGCAAAAGAAAGCCAATGTCCCAGCCCTTGTACGGTTATTGCAGGCCTATTTACAAAAGGCCCCTCGGGAGCTGACTCAAGAGGGGCCTCTGAGTCAAGTGCT
GGGAATATTTAACAAGCTTGTTTCATCGAAGAGCACAGATCATTTAGGGTTTTTCATACTGAACACCATCATAGAAAATTTAAGCTACGAAGTCATTTCTCCTTATTTATGTCACATATGGAGTGCCCTTTTTGTTCGACTCCAAAATCAGCGGACCGTGAAATTTGTCAAGTCAGTTATAATTTTCATGTCCCTTTTTC
TGGTGAAGCACGGACCTGGAGCTCTTGCTGACTCTATCAATTCAGTTCAGACAAATATTTTCCCTGCAATTCTGGATCAGTTCTGGGTAACCACACTGAAATCAATCACAGGAGTTCTTGAGACAAAGTTGTGCTCAGTTGCATCTACTAGACTTTTATGCGAATCTCCAACACTCTTGGCAGACACTAGTGCTGCGCTC
TGGGGAAAAATGCTTGATAGCACTATGAATCTCCTTGCAAGGCCAGAGGAAGATAGGGTAGAGGAGGAGATAGAAATGCCAGACTTGGAGGAAACCATTGGATACACTCCAGCATTTGCCCAACTTTACAATGCTGGAAAGAAAGAGGAGGATCCAGTCAAAGAAATTAAAGATCCCAAGGAATTTTTGGTAACTTCATT
GGCAAGAATATCAGTACAGGCCCCAGGGAAGTATCCTTCCATTATTCAACAGTCTCTGGAACCAGCTAATCAAGCTGCACTTGCTCAGTTCTGCAGCCGATATGGATGTACTATTGTATAGATAATGATAAGTACATACAAGAGCTGAAAAATTGCATCTTTCAGTGGATGGATACTTCACAGGAAAACCTGAGGGATGC
TTCTCCACATTCGTGGATAGCATCCCCAGTAAACCTGTCAGTGTAGACTAGTGCGCCTCACCCAAGGGGATTCGAACGAGGCACCTGCTGGCATGAAACTAGCTAAATTCCCAACAACATTGGCGACAACCGGTTAAGCTAACCCCTTGGGCTTCATTGGATGAATACTTTTTCTTATATTGAAAATTGAATTACTTGGC
TGCTACTTCTGAGATTTAAAATGTGAAATTACAACCAGTAATTTGTTGGTTAATCATACCTCAATGTAATCACCTGCAGAATAAGCAATGAAAAAATTGTAACATGATGTTTTAGATTTGTAATAAGAAGAATATAAAGGAGATTAAGATAATGCTATGATATTTTCATTACATGCAAAAGCAAAGATATTTTATTTTAG
CTCTTTGCGACAAATCTTAATGGTTGAACTTATTGCTACATAACCAAATGGTTGAAAAACAGTAATCGTTGCATGCAAAAGAAATGGAAGTTAGGTTTGGATAGTGGCAGTTCACTGGGTTAAAACTTGATAGGAACAAGCACAGGGAGTCTACTAGTATTAAGCCTGGGAAGGCACTTATTCTTCCCATTTATGTAAAT
ATTTTATACAAAGTAATAAAGGGCAGATGTTATTGCGTGTATGTCACTCTAATGCTCTAATGCTGTTCCCATGTTCTCTCTGTATTTATGGCATGTGGTATTCCTGAAAAATCTCTCATCACCAAAGTATGGAAAAAATTATTCTCGGATCTCAAATGATTGTGG
>TRINITY_DN46175_c0_g2_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:TATGCATATTGTATTTGCCGTTTCAGGCGTAGCTAATAAAATTCAAGTTTTGGAATCCTCCATTTATGCATACAAATAATAATAACGGAGCCGAAGAAGGTGACAATAATTTGAGGGCAGCGGCCATTCAAATTACAGGGGCAGAGCGATCATCAATACCAGGTAATCCGCCATCCAAACCCTTAAGTTCAAGCAGTCCT
TTAACTTCAGGGAAATGCAATACACAGCAGAAACAGTTCAGTCCCTCTCTCAATGTTTTTTACAAACCCTAGTCCCAAACCCTGAACCCAGAAGGCAAGCAGAAGAGTTTCTGAACCGGGCTGCTGATCAGCCCGGCTACGGAATCACCATTCTGCAGCTTCTCTCGGAGGCGTCGGTGGATGAACAAATTAGACAGGCG
GCCGCAGTGAACTTCAAAAATCATGTAAGGAACCGCTGGGCGCCACCAGACCCTGATTCTCCCCCCGAATCCCCCTCAATTCAAAACCCAGAGAGGGAACAGATCAAAGCTCTCATAGTTAGGTCAATGCTCACTGCTCATCCGCGTATACAGAGTCAGCTTAGCGAAGCATTAGCCATCATAAGCAAACATGATTTCCC
TAAATCCTGGCAAACCCTGCTTCCCGAGCTCGTGACGAATCTTCAGTCGTCTGCCGATTATGCTGTCATCAATGGGATTCTGAATACTGCTAATTCAATCTTCAAGAAGTTTCGTTACCAGTATAAGAGCAATGACCTGTATATTGATCTTAAGTATTGCCTAGATGGGTTCGCTGCCCCCTTGCTCGAGGTTTTTCTTC
GGACGGGGCAGCTTATTGTAGCCAATATGCAGAATGCGACCGTTCTTAGGCCTCTGTTTGAATGCCAGAGGCTCTGCTGCAGGATCTTCTATTCTTTGAACTTTCAGGAGCTCCCAGAGTTCTTCGAGAATCATATGAAGGAGTGGATGGGGGAGTTCCGCATATATTTGACCACTGCATACCCTGTCCTTGAAGATGCC
GAGCGGGACAAAGAGGGTATCGTAGACCAGCTGAGGGCTGCCATTTGCGAGAATATCAATCTTTACATGGAAAAGAACGAGGAGGAATTTCAAGAATATTTGAAGGATTTTGCTTCGGCCGTCTGGAGTTTGTTGATGAATGTTTCCACTGCATCGAGTCGTGATAGGTTGGCTGTTACTGCTATCAAATTTTTGACAAC
TGTGAGCAAAAGTGTACATCATACATTGTTTAGCGGTGTGGATATTTTGCGACAGATTTGTGAGAGTATTGTGGTGCCCAATGTCATGATCAGGGAGGATGATGAGGAACTGTTTGAGATGAATCATGTAGAATATATCAGGAGAGATATTGAGGGTAGTGATCTTGACACAAGAAGGCGAATGGCTTGCGAATTAGTGA
AAGGACTTGCAACTCATTATAAGGAACAGGTGATGGCTATGGTCTCCATGCACATACAGAACATGCAGGCCAAATATGTCACCAATCCAGCAGAGAATTGGAAGGAAAAGGATTGTGCGATATACTTGGTTGTTTCTTTATCGACTAAACAAACTGCTGGAGTTTTGGTAAGTACCGACTTGATCAATTTTGAACAGTTT
ATCTTGACTATGATAATGCCAGAGTTACAAAGTGAGGATGTGAATGCACAACCATTATTGAAGGCAGATGCATTGAAGTTTCTCACCACTTTCCGCTCTCAGATTCCGAAGAGCAGTGCTTTGAGTATCATGCCTCATTTGATGAGGTTCCTTTTGTGTGAATCAAATGTTGTTCATTCTTATGCTGCTAATTGTATCGA
GAAGATGCTACTTGTTAAAAATGAGCGACAGCTTCAGTATACTTCTGCAGACATCAATCCCTTCCTTCAGCCCTTAATGACTAATCTTTTTAATGCACTTAAATTGCCGGAATCCCAGGAGAATCCCTATGTCATGAAATGTATTCTTAGAGTTGTGGGACTGGCAGACTTTAGTGGTGACCTGGCAATTGGTTGTCTTA
CAGGTCTAACATCCATCCTAAATGAGGTCTGTAAGAATCCAAAAAACCCTAGTTTCAATCATTATTTGTTTGAGTCAGTTGCTGCCTTAATGAGAAGATCCTGTGTAAGAGATCCAGGATTGATTGCAAGTTTTGAGGCAAATCTGTTTCCTGTCTTACAAACCATTTTGGTTCATGATGTTACTGAATTTGTACCATAT
GCTCTTCAGTTGTTGGCTCAGCTTATTGAGATAAATCGGCCTCCTCTTCCCACAATCTACATGCAGATTTTTCAGCTTTTTCTCTCCCCTGAGTCCTGGCAAAAGAAAGCCAATGTCCCAGCCCTTGTACGGTTATTGCAGGCCTATTTACAAAAGGCCCCTCGGGAGCTGACTCAAGAGGGGCCTCTGAGTCAAGTGCT
GGGAATATTTAACAAGCTTGTTTCATCGAAGAGCACAGATCATTTAGGGTTTTTCATACTGAACACCATCATAGAAAATTTAAGCTACGAAGTCATTTCTCCTTATTTATGTCACATATGGAGTGCCCTTTTTGTTCGACTCCAAAATCAGCGGACCGTGAAATTTGTCAAGTCAGTTATAATTTTCATGTCCCTTTTTC
TGGTGAAGCACGGACCTGGAGCTCTTGCTGACTCTATCAATTCAGTTCAGACAAATATTTTCCCTGCAATTCTGGATCAGTTCTGGGTAACCACACTGAAATCAATCACAGGAGTTCTTGAGACAAAGTTGTGCTCAGTTGCATCTACTAGACTTTTATGCGAATCTCCAACACTCTTGGCAGACACTAGTGCTGCGCTC
TGGGGAAAAATGCTTGATAGCACTATGAATCTCCTTGCAAGGCCAGAGGAAGATAGGGTAGAGGAGGAGATAGAAATGCCAGACTTGGAGGAAACCATTGGATACACTCCAGCATTTGCCCAACTTTACAATGCTGGAAAGAAAGAGGAGGATCCAGTCAAAGAAATTAAAGATCCCAAGGAATTTTTGGTAACTTCATT
GGCAAGAATATCAGTACAGGCCCCAGGGAAGTATCCTTCCATTATTCAACAGTCTCTGGAACCAGCTAATCAAGCTGCACTTGCTCAGTTCTGCAGCCGATATGGATGTACTATTGTATAGgttattgaaggcgtttcttagagtgaagctttgctaatgcatggcaatgttttggagaaaagaggagttgagaatggac
cattacagagttgttgcatgtgagtaatttgaatgggctgtgcttgatatgcatttgaattaatgcttaggttttgaaaacaaaaaccatgtctggattaaatgggccgctagacaggatgtcacaaattaggtgtatctttgttcacaaccattctaacctgtttcagttagatggttaaaaaatagtttagcttattg
gaatctggagctgattggcttgttttgacttatcaagttttggtattttgtggtagaattgttgtttttattagctattggacattgttaaatcactcattttaatatttaaagtttcagtaatttcatggtagactaatattttgatgttacatttcagattctttgatcagaaggagaactgaaagatttgtcaatgc
ttccaaaatgttttaaatttatgttattatttatattgaactataagtacaggaaaccatttttaggcatagtgttgaatttgggaatcaattgatttgagtgtagatatttcaaatgtgaaaattcactgattgtttagtattctgaacacaatttttggtatcatactttgcacttcaaaaattgttagatgattcaa
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GATGGATACTTCACAGGAAAACCTGAGGGATGCTTCTCCACATTCGTGGATAGCATCCCCAGTAAACCTGTCAGTGTAGACTAGTGCGCCTCACCCAAGGGGATTCGAACGAGGCACCTGCTGGCATGAAACTAGCTAAATTCCCAACAACATTGGCGACAACCGGTTAAGCTAACCCCTTGGGCTTCATTGGATGAATA
CTTTTTCTTATATTGAAAATTGAATTACTTGGCTGCTACTTCTGAGATTTAAAATGTGAAATTACAACCAGTAATTTGTTGGTTAATCATACCTCAATGTAATCACCTGCAGAATAAGCAATGAAAAAATTGTAACATGATGTTTTAGATTTGTAATAAGAAGAATATAAAGGAGATTAAGATAATGCTATGATATTTTC
ATTACATGCAAAAGCAAAGATATTTTATTTTAGCTCTTTGCGACAAATCTTAATGGTTGAACTTATTGCTACATAACCAAATGGTTGAAAAACAGTAATCGTTGCATGCAAAAGAAATGGAAGTTAGGTTTGGATAGTGGCAGTTCACTGGGTTAAAACTTGATAGGAACAAGCACAGGGAGTCTACTAGTATTAAGCCT
GGGAAGGCACTTATTCTTCCCATTTATGTAAATATTTTATACAAAGTAATAAAGGGCAGATGTTATTGCGTGTATGTCACTCTAATGCTCTAATGCTGTTCCCATGTTCTCTCTGTATTTATGGCATGTGGTATTCCTGAAAAATCTCTCATCACCAAAGTATGGAAAAAATTATTCTCGGATCTCAAATGATTGTGG
Intron 7 GTGAGTAATT ... CATCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 79.43 | 12 | 46.3 | 10 |
| A2 | 64.39 | 14 | 25.3 | 11 |
| A3 | 80.16 | 8 | 32.3 | 5 |
| A4 | 73.68 | 10 | 28 | 13 |
| A5 | 72.73 | 3 | 8 | 5 |
| A6 | 62.24 | 55 | 91 | 25 |
| A7 | 70.24 | 32 | 75.7 | 20 |
| A8 | 63.78 | 40 | 70.7 | 34 |
| A9 | 51.85 | 48 | 52 | 27 |
| A10 | 64.65 | 20 | 36.7 | 15 |
>TRINITY_DN42955_c1_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoformTCAAGTTTTGGAATCCTCCATTTATGCATACAAATAATAATAACGGAGCCGAAGAAGGTGACAATAATTTGAGGGCAGCGGCCATTCAAATTACAGGGGCAGAGCGATCATCAATACCAGGTAATCCGCCATCCAAACCCTTAAGTTCAAGCAGTCCTTTAACTTCAGGGAAATGCAATACACAGCAGAAACAGTTCAGT
CCCTCTCTCAATGTTTTTTACAAACCCTAGTCCCAAACCCTGAACCCAGAAGGCAAGCAGAAGAGTTTCTGAACCGGGCTGCTGATCAGCCCGGCTACGGAATCACCATTCTGCAGCTTCTCTCGGAGGCGTCGGTGGATGAACAAATTAGACAGGCGGCCGCAGTGAACTTCAAAAATCATGTAAGGAACCGCTGGGCG
CCACCAGACCCTGATTCTCCCCCCGAATCCCCCTCAATTCAAAACCCAGAGAGGGAACAGATCAAAGCTCTCATAGTTAGGTCAATGCTCACTGCTCATCCGCGTATACAGAGTCAGCTTAGCGAAGCATTAGCCATCATAAGCAAACATGATTTCCCTAAATCCTGGCAAACCCTGCTTCCCGAGCTCGTGACGAATCT
TCAGTCGTCTGCCGATTATGCTGTCATCAATGGGATTCTGAATACTGCTAATTCAATCTTCAAGAAGTTTCGTTACCAGTATAAGAGCAATGACCTGTATATTGATCTTAAGTATTGCCTAGATGGGTTCGCTGCCCCCTTGCTCGAGGTTTTTCTTCGGACGGGGCAGCTTATTGTAGCCAATATGCAGAATGCGACCG
TTCTTAGGCCTCTGTTTGAATGCCAGAGGCTCTGCTGCAGGATCTTCTATTCTTTGAACTTTCAGGAGCTCCCAGAGTTCTTCGAGAATCATATGAAGGAGTGGATGGGGGAGTTCCGCATATATTTGACCACTGCATACCCTGTCCTTGAAGATGCCGAGCGGGACAAAGAGGGTATCGTAGACCAGCTGAGGGCTGCC
ATTTGCGAGAATATCAATCTTTACATGGAAAAGAACGAGGAGGAATTTCAAGAATATTTGAAGGATTTTGCTTCGGCCGTCTGGAGTTTGTTGATGAATGTTTCCACTGCATCGAGTCGTGATAGGTTGGCTGTTACTGCTATCAAATTTTTGACAACTGTGAGCAAAAGTGTACATCATACATTGTTTAGCGGTGTGGA
TATTTTGCGACAGATTTGTGAGAGTATTGTGGTGCCCAATGTCATGATCAGGGAGGATGATGAGGAACTGTTTGAGATGAATCATGTAGAATATATCAGGAGAGATATTGAGGGTAGTGATCTTGACACAAGAAGGCGAATGGCTTGCGAATTAGTGAAAGGACTTGCAACTCATTATAAGGAACAGGTGATGGCTATGG
TCTCCATGCACATACAGAACATGCAGGCCAAATATGTCACCAATCCAGCAGAGAATTGGAAGGAAAAGGATTGTGCGATATACTTGGTTGTTTCTTTATCGACTAAACAAACTGCTGGAGTTTTGGTAAGTACCGACTTGATCAATTTTGAACAGTTTATCTTGACTATGATAATGCCAGAGTTACAAAGTGAGGATGTG
AATGCACAACCATTATTGAAGGCAGATGCATTGAAGTTTCTCACCACTTTCCGCTCTCAGATTCCGAAGAGCAGTGCTTTGAGTATCATGCCTCATTTGATGAGGTTCCTTTTGTGTGAATCAAATGTTGTTCATTCTTTTGCTGCTAATTGTATCGAGAAGATGCTACTTGTTAAAAATGAGCGACAGCTTCAGTATAC
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AAAACCCTAGTTTCAATCATTATTTGTTTGAGTCAGTTGCTGCCTTAATGAGAAGATCCTGTGTAAGAGATCCAGGATTGATTGCAAGTTTTGAGGCAAATCTGTTTCCTGTCTTACAAACCATTTTGGTTCATGATGTTACTGAATTTGTACCATATGCTCTTCAGTTGTTGGCTCAGCTTATTGAGATAAATCGGCCT
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CCAGAGGAAGATAGGGTAGAGGAGGAGATAGAAATGCCAGACTTGGAGGAAACCATTGGATACACTCCAGCATTTGCCCAACTTTACAATGCTGGAAAGAAAGAGGAGGATCCAGTCAAAGAAATTAAAGATCCCAAGGAATTTTTGGTAACTTCATTGGCAAGAATATCAGTACAGGCCCCAGGGAAGTATCCTTCCAT
TATTCAACAGTCTCTGGAACCAGCTAATCAAGCTGCACTTGCTCAGTTCTGCAGCCGATATGGATGTACTATTGTATAGGTTATTGAAGGCGTTTCTGAGAGTGAAGCTTTGCTAATGCATGGCAATGTTTTGGAGAAAAGAGGAGTTGAGAATGGACCATTACAGAGTTGTTGCATTGGATGGATACTTCACAGGAAAA
CCTGAGGGATGCTTCTCCACATTCGTGGATAGCATCCCCAGTAAACCTGTCAGTGTAGACTAGTGCGCCTCACCCAAGGGGATTCGAACGAGGCACCTGCTGGCATGAAACTAGCTAAATTCCCAACAACATTGGCGACAACCGGTTAAGCTAACCCCTTGGGCTTCATTGGATGAATACTTTTTCTTATATTGAAAATT
GAATTACTTGGCTGCTACTTCTGAGATTTAAAATGTGAAATTACAACCAGTAATTTGTTGGTTAATCATACCTCAATGTAATCACCTGCAGAATAAGCAATGAAAAAATTGTAACATGATGTTTTAGATTTGTAATAAGAAGAATATAAAGGAGATTAAGATAATGCTATGATATTTTCATTACATGCAAAAGCAAAGAT
ATTTTATTTTAGCTCTTTGCGACAAATCTTAATGGTTGAACTTATTGCTACATAACCAAATGGTTGAAAAACAGTAATCGTTGCATGCAAAAGAAATGGAAGTTAGGTTTGGATAGTGGCAGTTCACTGGGTTAAAACTTGATAGGAACAAGCACAGGGAGTCTACTAGTATTAAGCCTGGGAAGGCACTTATTCTTCCC
ATTTATGTAAATATTTTATACAAAGTAATAAAGGGCAGATGTTATTGCGTGTATGTCACTCTAATGCTCTAATGCTGTTCCCATTTTCTCTCTGTATTTATGGCATGTGGTATTCCTGAAAAATCTCTCATCACCAAAGTATGGAAAAAATTATTCCCGG
>TRINITY_DN42955_c1_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTTTGTGTTAATGTTTCTTTTCTTCTCTTCTCATGTTTTTTTAATTATTTTATTTTTAAATTTTTTAATATATATTATTGCCGTTCCCAACCTGCCGTTTCTTGCAAATTTGGGGGAAACTTCTAGACGTATCCGATACTCGTACCCACGTTCCCGCGTTCCGGAAACTTGTGCAACATCCGGCCTGTCACACATGGTTA
GCAATAACAATAGTTTTAACTTTATTGTTTGTTTCTTGCATAGTTGGTGCTGGATTCTTATTTTGGCCTTCATATGCTTCACTGCCTGCAATTTCATGGCACATATGGCTCGTTTAACTGTTTTTCTTGAGGATTTGACTCTGAGTCATGAAGAGCATCACGATTTTGTTTTTTCTGGCACACATTGGTGGTTGGTTTTA
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