sp|B2Y1Y5|PSBB_WELMI ----> Photosystem II CP47 reaction center protein

Intron 1 GTGGGTGGAT ... TAAGGAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.77	13	30	20
A2	60	14	21	15
A3	58.54	17	24	7
A4	56.67	13	17	11
A5	31.25	11	5	4
A6	78.26	10	36	3
A7	79.82	69	273	67
A8	78.17	74	265	84
A9	78.95	36	135	40
A10	79.24	60	229	61

>TRINITY_DN119463_c1_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

GGAGAAAAGTGCAGGCTAGTTTGAAGTGCCTTTAGAGAAATATAAGAAAAAGGTGTAACAGGTGAAGGTGGAGAAGAGTGTGCAAGCTATTTTGAAGTGCCTCCACAAAAATATAAGGAAAAGGTAAACAGTTTTTATTTTGATTAGATTTTAAATTTATTGGTACCATTTTAAAAAATTAAATTTGTATAAATTAATCA
TATTTAGTTTTTTATTATTTTTACAAATTTAAAATATTTTTGATGTGTACAGGTGGGTGGATGAAGAGTGCAAGTTATTTTTGCATTGATAGAAAATTTGAAAGCGCTTTGCAGTAGACTAATAATAGAAGATGTAATTAGATAAGGAAAAGGTAAACAGTTTTTATTTTGATTAGATTTTAAATTTATTGG

>TRINITY_DN119463_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGAGAAAAGTGCAGGCTAGTTTGAAGTGCCTTTAGAGAAATATAAGAAAAAGGTGTAACAGGTGAAGGTGGAGAAGAGTGTGCAAGCTATTTTGAAGTGCCTCCACAAAAATATAAGGAAAAGgtgggtggatgaagagtgcaagttatttttgcattgatagaaaatttgaaagcgctttgcagtagactaataataga
agatgtaattagataaggaaaagGTAAACAGTTTTTATTTTGATTAGATTTTAAATTTATTGGTACCATTTTAAAAAATTAAATTTGTATAAATTAATCATATTTAGTTTTTTATTATTTTTACAAATTTAAAATATTTTTGATGTGTACAGGTGGGTGGATGAAGAGTGCAAGTTATTTTTGCATTGATAGAAAATTTG
AAAGCGCTTTGCAGTAGACTAATAATAGAAGATGTAATTACATTTTTTTAAATGTATATATTTTTTAATGTAAATACTCAAAAACTATATTCTTAATAAAGATAAGGAAAAGGTAAACAGTTTTTATTTTGATTAGATTTTAAATTTATTGGTTTTTTTTTTTTTTGGAAGGGGCATGCTCCTTTCCCAAATCCTTAAAA
GATAGCCAGCTATGGCTAGCTATCTTTGAGGAGTGTGCGTGTTTTTTTTGTCAATGTTCTGCCTGTTTTTTTTCAATGTTTTTATTTCAAATTCCAGTTGATTGTAATTATAGTTGATTGTAATTATTGAATGATGTGCAAATATTTATTTTAATGCTTTTAATTATATTAATGAGTGTAATGTAATAATTTTAAAAGTG

Intron 2 GTAAACAGTT ... ATGTGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.56	29	12	16
A2	39.39	20	15	11
A3	37.66	24	16	13
A4	32.14	19	10	8
A5	53.85	9	12	9
A6	23.53	52	25	7
A7	17.26	290	89	32
A8	21	299	108	51
A9	18.62	142	46	19
A10	18.88	260	87	34

>TRINITY_DN45916_c3_g2_i3 from sample A10 / Example spliced isoform

CTCGGGGTTGCAGGTGGGTTTTTAAGAGCAATAATCAGGTGCAGAAATCGTTGATGCTGCGGAATTTCGGGATTGCAGAGCAATAATCAGGTGAGGTGGAGAAGAATGCAGGCTAGTTTGAAGTGCCTTCAGAGATATAAGAAAAAGGTGTAACAGGTGAAGGTGGAGAAAAGTGCAGGCTAGTTTGAAGTGCCTGCCTT
TAGAGAAATATAAGAAAAAGGTGTAACAGGTGAAGGTGGAGAAGAGTGCAAGCTATTTTGAAGTGCCTCCACAAAAATATAAGGAAAAGATGGGTGGATGAAGAGTGCAAGTTATTTTTGCATTAATAGAATATTTGAAAGCGCTTTGCAGTAGACTAATAATAGAAGATGTAATTACATTTTTTTAAATGTATATATTT
TTTAATGTAAATACTCAAAAACTATATTCTTAATAAAATTATTATTATTTTTTTTTCTGGGAAGGGGCATGCTCCTTTCCCAAATCCTTAAAAGATAGCCAGCTATGGCTAGCTATCTTTGAGGAGTGTCTGCGTGTTTTTTGTCAATGTTCTGTCTGTTTTTTTTCAATGTTTTT

>TRINITY_DN45916_c3_g2_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CTCGGGGTTGCAGGTGGGTTTTTAAGAGCAATAATCAGGTGCAGAAATCGTTGATGCTGCGGAATTTCGGGATTGCAGAGCAATAATCAGGTGAGGTGGAGAAGAATGCAGGCTAGTTTGAAGTGCCTTCAGAGATATAAGAAAAAGGTGTAACAGGTGAAGGTGGAGAAAAGTGCAGGCTAGTTTGAAGTGCCTGCCTT
TAGAGAAATATAAGAAAAAGGTGTAACAGGTGAAGGTGGAGAAGAGTGCAAGCTATTTTGAAGTGCCTCCACAAAAATATAAGGAAAAGgtaaacagtttttattttgattagattttaaatttattggtaccattttaaaaaattaaatttgtataaattaatcatatttagacttttttattatttttataaatttaa
aatatttttgatgtgtacagATGGGTGGATGAAGAGTGCAAGTTATTTTTGCATTAATAGAATATTTGAAAGCGCTTTGCAGTAGACTAATAATAGAAGATGTAATTACATTTTTTTAAATGTATATATTTTTTAATGTAAATACTCAAAAACTATATTCTTAATAAAATTATTATTATTTTTTTTTCTGGGAAGGGGCA
TGCTCCTTTCCCAAATCCTTAAAAGATAGCCAGCTATGGCTAGCTATCTTTGAGGAGTGTCTGCGTGTTTTTTGTCAATGTTCTGTCTGTTTTTTTTCAATGTTTTT

Intron 3 GTGCAGAAAT ... TTGCAGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.83	10	15	16
A2	74.37	11	23	24
A3	78.54	15	43	46
A4	71.16	7.5	10	12
A5	70.59	10	14	14
A6	86.86	9	50	64
A7	91.47	23	195	264
A8	88.22	29	183	220
A9	88.49	15	89	116
A10	93.41	18	217	269

>TRINITY_DN46478_c3_g3_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CGAGAGGGGGGCGAACCACGGAGAGAATAAGCAAGTGGGGAAAGGTTGATCGCGGGGTAGCGTGGGGGTGAGGACGAGACGCAAGAGGAGCGAGAGGTCAGGGGAGGGGGCCACAGCTAATGCGCAAACAGAGCTGCAGGCGGGAGTTTGGAAGGCGATAGAGCAGAAGGCGAGACGCAATGTAGAGTTTTTCCATTCAC
ATCCAAATAAAAAAATCTCACTTTCCCTTAGCCCTCATAAGATGACGAGAGCCTATGGGAATAGCACACACCTGCCCATGTGACCCAAGTCTTACGCCACGCAACCCGAACCCTAAACCCTAAACAATGTGACTGCTGTGACTTTCCCCATTCTCTATATATGGCTGCCGCTTTTCTGTGGGGAGCACTCTATACTGGAA
GATATGCAGTTTGAATGAGCTCGTGTTTCATATTTTCATGGAGAGCCAGAGCTACAAGAGCAATAATCAGGTGCAGAAATCGTTGATGCAATAATCAGGTGCAGAAATCGTTGATGCCGCGGAATTTCGGGATTGCAGAGCAATAATCAGGTGAGGTGGAGAAGAATGCAGGCTAGTTTGAAGTGCCTTCAGAGA

>TRINITY_DN46478_c3_g3_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGAGGATGGAGGACTAAAAATATCCAGAAGTGGGTATCGCTGGGTTGTCATCCGCCAAGGCGGAGAAGAGCCAGAGCTACAAGAGCAATAATCAGgtgcagaaatcgttgatgctactcggggttgcagctagGTGCAGAAATCGTTGATGCTGCTCGGGGTTGCAGGTGGGTTTTTAAGAAGAATAATCAGGTGCAGAA
ATCGTTGATGCCGCGGAATTTCGGGATTGCAGAGCAATAATCAGGTGAGGTGGAGAAGAATGCAGGCTAGTTTGAAGTGCCTTCAGAGAAATATAAGAAAAAGGTGCAACAGGTGAAGGTGGAGAAGAGTGCAAGCTATTTTGAAGTGCCTCCACAAAAATATAAGGAAAAG

Intron 4 GTAAACAGTT ... ATGTGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.53	28	11	16
A2	36.84	18	10	11
A3	40	24	19	13
A4	28.3	19	7	8
A5	47.06	9	7	9
A6	22.39	52	23	7
A7	15.16	291	72	32
A8	17.68	298	77	51
A9	16.17	140	36	18
A10	17.34	255	74	33

>TRINITY_DN46478_c3_g3_i9 from sample A8 / Example spliced isoform

TGTGTGGATTTCTGTTTTCCATTATTTCTTTTTATTTTTATTTTTTATAATTTTTGCATTTTCCTTTTGGGTTTGCTTTGTTCGTCTCTCTTTTGAGTTTGATTTGTTTGTGATCATTTAAGTAGTGTGTAAATAGCTAGATTGAAATTTAATCTTTATTGCATTATTTCATCATGTTCTGTTTTGTCCCGGAGTGCAGA
GCCAGAGCTACAAGAGCAATAATCAGGTGCAGAAATCGTTGATGCTGCTCGGGGTTGCAGGTGGGTTTTTAAGAGCAATAATCAGGTGCAGAAATCGTTGATGCCGCGGAATTTCGGGATTGCAGAGCAATAATCAGGTGAGGTGGAGAAGAATGCAGGCTAGTTTGAAGTGCCTTCAGAGATATAAGAAAAAGGTGTAA
CAGGTGAAGGTGGAGAAAAGTGCAGGCTAGTTTGAAGTGCCTGCCTTCAGAGAAATATAAGAAAAAGGTGCAACAGGTGAAGGTGGAGAAGAGTGCAAGCTATTTTGAAGTGCCTCCACAAAAATATAAGGAAAAGATGGGTGGATGAAGAGTGCAAGTTATTTTTGCATTAATAGAATATTTGAAAGCGCTTTGCAGTA
GACTAATAATAGAAGATGTAATTACATTTTTTTAAATGTATACATTTTTTAATGTAAATACTCAAAAACTATATTCTTAATAAATTTTTTTTTTTTTTGGAAGGGGCATGCTCCTTTCCCAAATCCTTAAAAGATAGCCAGCTATGGCTAGCTATCTTTGAGGAGTGTGCGTGTTTTTTTTGTCAATGTTCTGCCTGTTT
TTTTTCAATGTTTTTATTTCAAATTCTAGTTGATTGTAATTATTGAATGATGTGCAAATATTTATTTTAATAATTTTAATTATATTAATGAGTGTAATGTAATAATTTTAAAAATGAATTGTGTAATTTATTGTTTTGCACTGATTGCATTTTAATTAATTTAAAAAATTTAATTTATGATGTACATTTTTTCTTTTTAT
TAATTTATTAATACATACATAAATTTGTTTCAAATTTTAAAAATTCAATTTATGATGGTATAATTTTAAAAGTTTAATTTAT

>TRINITY_DN46478_c3_g3_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGTGTGGATTTCTGTTTTCCATTATTTCTTTTTATTTTTATTTTTTATAATTTTTGCATTTTCCTTTTGGGTTTGCTTTGTTCGTCTCTCTTTTGAGTTTGATTTGTTTGTGATCATTTAAGTAGTGTGTAAATAGCTAGATTGAAATTTAATCTTTATTGCATTATTTCATCATGTTCTGTTTTGTCCCGGAGTGCAGA
GCCAGAGCTACAAGAGCAATAATCAGGTGCAGAAATCGTTGATGCTGCTCGGGGTTGCAGGTGGGTTTTTAAGAGCAATAATCAGGTGCAGAAATCGTTGATGCCGCGGAATTTCGGGATTGCAGAGCAATAATCAGGTGAGGTGGAGAAGAATGCAGGCTAGTTTGAAGTGCCTTCAGAGATATAAGAAAAAGGTGTAA
CAGGTGAAGGTGGAGAAAAGTGCAGGCTAGTTTGAAGTGCCTGCCTTCAGAGAAATATAAGAAAAAGGTGCAACAGGTGAAGGTGGAGAAGAGTGCAAGCTATTTTGAAGTGCCTCCACAAAAATATAAGGAAAAGgtaaacagtttttattttgattagattttaaatttatcaaaaatataaggaaaaggtaaacagt
ttttattttgattagattttaaatttattggtaccattttaaaaaattaaatttgtataaattaatcatatttagacttttttattatttttacaaatttaaaatatttttgatgtgtacagATGGGTGGATGAAGAGTGCAAGTTATTTTTGCATTAATAGAATATTTGAAAGCGCTTTGCAGTAGACTAATAATAGAA
GATGTAATTACATTTTTTTAAATGTATACATTTTTTAATGTAAATACTCAAAAACTATATTCTTAATAAATTTTTTTTTTTTTTGGAAGGGGCATGCTCCTTTCCCAAATCCTTAAAAGATAGCCAGCTATGGCTAGCTATCTTTGAGGAGTGTGCGTGTTTTTTTTGTCAATGTTCTGCCTGTTTTTTTTCAATGTTTT
TATTTCAAATTCTAGTTGATTGTAATTATTGAATGATGTGCAAATATTTATTTTAATAATTTTAATTATATTAATGAGTGTAATGTAATAATTTTAAAAATGAATTGTGTAATTTATTGTTTTGCACTGATTGCATTTTAATTAATTTAAAAAATTTAATTTATGATGTACATTTTTTCTTTTTATTAATTTATTAATAC
ATACATAAATTTGTTTCAAATTTTAAAAATTCAATTTATGATGGTATAATTTTAAAAGTTTAATTTAT