sp|Q8W4R9|WTR35_ARATH ----> WAT1-related protein At4g19185
Intron 1 GTCAGAGCCA ... GCATTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 39.29 | 17 | 11 | 2 |
| A2 | 60 | 12 | 18 | 1 |
| A3 | 46.43 | 15 | 13 | 3 |
| A4 | 54.55 | 5 | 6 | 0 |
| A5 | 50 | 8 | 8 | 0 |
| A6 | 56.84 | 123 | 162 | 16 |
| A7 | 55.68 | 78 | 98 | 8 |
| A8 | 58.44 | 128 | 180 | 26 |
| A9 | 52.81 | 109 | 122 | 28 |
| A10 | 48.54 | 53 | 50 | 11 |
>TRINITY_DN39764_c0_g1_i12 from sample A9 / Example spliced isoformAAGAATACGCCCACCCATTACACGCCGTCTGCTTCAATCCTTCTTCTTTCTTGGTTTAACTGGGATATTTGGAAATCAGCTTCTATTTATTATGGGACTTAATTACACTAATCCAACCTATGCAGCAGCCATACAGCCTGCAATTCCTGTTTTTACATTTATGTTAGCTGCCATGATGGGCACAGAGTCTGTGAACTTGA
ATGCAATTGATGGCAAGGTAAAGGTTGGAGGCACACTGCTTTGCATATTTGGAGCCGTATTTATGGCCATTTTCAGAGGCCCAGCTGTGCTTGGGGAGGCCTATATGGATCTCCTAGCACAAGGCGAAACAACTGCCAAGCCCCAGCCAGAGCCTGTTGGTTGGTTAGCAACAGGGTTAATGGAGATGGGCCTTGAGACG
TGGCACGTTGGTATTATTTGTCTGATAGGGAATTGTATGTGCATGGCAGCTTACCTAGCATTACAGGCACCGGTTCTAGTCCGCTATCCAGCCAGCTTATCACTAACTGCATATTCATACCTGTTTGGCACTTGTTTGATGGTCCTGACTGGATTTGTTGCAGCTAATGATTCTTCAGACTGGGTTTTGGCTCGTTCAGA
GATAATCTCTGTTATATATGCTGGTGTTGTGGCATCAGCGATAAACTATGGTCTACTAACTTGGTCCAACAAAGTTTTGGGACCTGCATTGGTTGCTCTTTACAATCCGCTTCAACCTCTTGCATCAGCTATTCTCTCGCGGATTTTTCTTGGCAGCCCAATATACCTTGGAAGTATCATTGGAGGAGCTTGTATTATTG
GGGGTTTGTATCTTGTAACCTGGGCACGTAAAAAAGGAGAGAGACATCCAACAGCTTCTCGTCGGACATTCGCCACAGCTACTCACTATGATGAAGACCTGCCACATTCTGGAGGTGATCCTCTACTGAAGGCATCTTACCAGAGGAATCAAATTTATTCAGGTCCTAGTCTGCCAGTCTCACGATCTTGAGGACTAAGA
ATTGCCTAGATTTAATTATGATGCCTATCCAAAGGCTTTAGTTACAAGCGGACCCTTACAGATTGCTGAAGTGCAGATGGGGCTGGAAGAAAATTTGTAAGAGGTTATTTGAGGCAGTTTCCCTCAAGCGACAAGTTTTATTGCAATAATGTGGAAGCTGAAACATTACATAATTTTCCATGCAATACTGAATGCCTGAA
ATCTCTTCAGTGCATCGCCAATGTCCATGAAATTGATCTGAAAGTTCGACACCCTTGCAAAAACATTTTATTAATTGATAATATTTGTGTTTTCTTTTCACAAAAGCTACATTCTACACATCAATTTACATGCATACATGCATACATGCACACTAATAACATAATATCATATACCTCTAGCTTTACCCAACCTACTACAT
TCTTGAGTCTTGACACACCTGGGAAATGCAGTTGCCTATTGGTATATGCTAATTCATTGAAGGCAACATGCACCGTTACGTTCTCATAGTTTCTATGGTTGCATAAAATTAACTTGGCATGTCTTCATATATAAAAGTGCGTAGGTAACTAGATATAGTGCTTGTCTATTTGCTAGATTAATAACTAAAAAGAG
>TRINITY_DN39764_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:AAAACGAATCAGCGAGACCATCGTGGGCTTCTCGTATAAATGCATATTTATTTATAATTTTTGACGCCGTGTAAACACGCAGATACGATGTACTTGTGCCTGTTCGTGGAGGGATATGCAGTGTGTATACTATACAGGAAGAGACGTGCGAATGCACAATAGAGTGGATAGGTACTTTCGGGGAATCGATCCCTGTACCG
ACAGCCGGCATCGTCAGCTCCGTGGATTCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAATACCAGAAAAATCTGAGCCCATATTGCAGTCCCCGGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCGGCTGAGGGCTGGAAGGCGCACGCTGCGCTGGCTTTAGTGCAGGTGAATTATGGAGGTTATCACGTCATAACG
AAGCTGGCACTGACCGTGGGAATGAATCAAGTGGTTTTCTGTGTCTTTCGGGACCTCCTGGCGCTGTCGTTGCTCGGCCCTATCGCCTATTTCAAAGAAAAAAGAATACGCCCACCCATTACACGCCGTCTGCTTCAATCCTTCTTCTTTCTTGGTTTAACTGGGATATTTGGAAATCAGCTTCTATTTATTATGGGACT
TAATTACACTAATCCAACCTATGCAGCAGCCATACAGCCTGCAATTCCTGTTTTTACATTTATGTTAGCTGCCATGATGGGCACAGAGTCTGTGAACTTGAATGCAATTGATGGCAAGGTAAAGGTTGGAGGCACACTGCTTTGCATATTTGGAGCCGTATTTATGGCCATTTTCAGAGGCCCAGCTGTGCTTGGGGAGG
CCTATATGGATCTCCTAGCACAAGGCGAAACAACTGCCAAGCCCCAGCCAGAGCCTGTTGGTTGGTTAGCAACAGGGTTAATGGAGATGGGCCTTGAGACGTGGCACGTTGGTATTATTTGTCTGATAGGGAATTGTATGTGCATGGCAGCTTACCTAGCATTACAGGCACCGGTTCTAGTCCGCTATCCAGCCAGCTTA
TCACTAACTGCATATTCATACCTGTTTGGCACTTGTTTGATGGTCCTGACTGGATTTGTTGCAGCTAATGATTCTTCAGACTGGGTTTTGGCTCGTTCAGAGATAATCTCTGTTATATATGCTGGTGTTGTGGCATCAGCGATAAACTATGGTCTACTAACTTGGTCCAACAAAGTTTTGGGACCTGCATTGGTTGCTCT
TTACAATCCGCTTCAACCTCTTGCATCAGCTATTCTCTCGCGGATTTTTCTTGGCAGCCCAATATACCTTGGAAGTATCATTGGAGGAGCTTGTATTATTGGGGGTTTGTATCTTGTAACCTGGGCACGTAAAAAAGGAGAGAGACATCCAACAGCTTCTCGTCGGACATTCGCCACAGCTACTCACTATGATGAAGACC
TGCCACATTCTGGAGGTGATCCTCTACTGAAGGCATCTTACCAGAGGAATCAAATTTATTCAGGTCCTAGTCTGCCAGTCTCACGATCTTGgtcagagccatacaagccctagggattcagatatctttgtaatcatgtctgaaagagtatttttgattcacgattacctttttcttgaattctgatgagatttaatgaa
aatgcattttttcccctttggtagtttgtatcattaatatgctttctccattgttgtgttgtgaatgctgttcctaaaattcaaaatggtcaaatgcaacacaatgttttataatcatcagattttgcttttaaattgttttctgtcttgtaaggttttcattaagatgtttggacgtatatagctaatttgatttgata
tgaacttaactttatctaggacctaattttatcatgcattagagcctagaggtgtattagaactagaaaaaatctaatagcttatttgggcacgggcatttgttaagtgtgttttagagcatggtttgaagattcagaatattgctggtcagcgttctattgttttgagtcttgacccagctgtggttgttcagtttgac
taacataatctttttggcttaaggtttgtcagaagacattttgaagagaacatgaatcagcatatgaacactcaaatggagaatgtgtagacatttcattaaagcctatgtccagaacttaacctttgattgaacttgtcttgattccttgttattctactatttcaattattaggttctactgacgtgggtcattttcc
ttgccacaattacattggagtacatgataggtccaaaaacctgaattatttctggcttgtattaagtcttttcaaaacaaccatttaacatctaaatggtcaaaatgcttccttttacataccatacagcaaaactgtaacagatctttggtttttgaaatgctgttatctatttatacaaatgtatgttttatacccaa
ttctttgttgcctcttcttgactacctctagaattcctttcctttctgcccttcatcttgaaaatttccttttcttaattttctgttaaattggtgtctgttcaactgtcaactacttttcgtttgtccttttctgttggtggcattgtctttcctccattatgcatattctgttttcaagctagaacctttttatttgt
tgtcttatttttccgttatctatagcctggctttgttgaacatgcatgctgagttcgatctactttatttttttacttcatatttgtcattgaatattcatgagcttatttgtaaactgaatccattatggacggtgagtactattccttgccaatggccatcgaccaccattatatatattatctacataccacaagca
ataactatattagtatatactgccagcttgaacaatttaggaggaatgatgcaataatttcacattgcttttctggctcttccacaattttctatgcaatctgaacaagcagctatgtttaagagttttagcagattaggaaccatgtcataacttgaatactttttgatgttttttgtcatgagattatgtttctgagg
tctcaacatatatttttccaaaaggcattcggtctaaccttgtgctattttgggcattggcagAGGACTAAGAATTGCCTAGATTTAATTATGATGCCTATCCAAAGGCTTTAGTTACAAGCGGACCCTTACAGATTGCTGAAGTGCAGATGGGGCTGGAAGAAAATTTGTAAGAGGTTATTTGAGGCAGTTTCCCTCAA
GCGACAAGTTTTATTGCAATAATGTGGAAGCTGAAACATTACATAATTTTCCATGCAATACTGAATGCCTGAAATCTCTTCAGTGCATCGCCAATGTCCATGAAATTGATCTGAAAGTTCGACACCCTTGCAAAAACATTTTATTAATTGATAATATTTGTGTTTTCTTTTCACAAAAGCTACATTCTACACATCAATTT
ACATGCATACATGCATACATGCACACTAATAACATAATATCATATACCTCTAGCTTTACCCAACCTACTACATTCTTGAGTCTTGACACACCTGGGAAATGCAGTTGCCTATTGGTATATGCTAATTCATTGAAGGCAACATGCACCGTTACGTTCTCATAGTTTCTATGGTTGCATAAAATTAACTTGGCATGTCTTCA
TATATAAAAGTGCGTAGGTAACTAGATATAGTGCTTGTCTATTTGCTAGATTAATAACTAAAAAGAG
Intron 2 GTGATCCTCT ... ATTTATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 55.14 | 24 | 33 | 26 |
| A2 | 60 | 7 | 12 | 9 |
| A3 | 75 | 8 | 23 | 25 |
| A4 | 65.85 | 7 | 17 | 10 |
| A5 | 75.44 | 7 | 24 | 19 |
| A6 | 65.34 | 74 | 149 | 130 |
| A7 | 71.65 | 56 | 154 | 129 |
| A8 | 67.4 | 81 | 176 | 159 |
| A9 | 65 | 70 | 133 | 127 |
| A10 | 64.66 | 41 | 82 | 68 |
>TRINITY_DN114133_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformAGCGAGACCATCGTGGGCTTCTCGTATAAATGCATATTTATTTATAATTTTTGACGCCGTGTAAACACGCAGATACGATGTACTTGTGCCTGTTCGTGGAGGGATATGCAGTGTGTATACTATACAGGAAGAGACGTGCGAATGCACAATAGAGTGGATAGGTACTTTCGGGGAATCGATCCCTGTACCGACAGCCGGCA
TCGTCAGCTCCGTGGATTCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAATACCAGAAAAATCTGAGCCCATATTGCAGTCCCCGGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCGGCTGAGGGCTGGAAGGCGCACGCTGCGCTGGCTTTAGTGCAGGTGAATTATGGAGGTTATCACGTCATAACGAAGCTGGCAC
TGACCGTGGGAATGAATCAAGTGGTTTTCTGTGTCTTTCGGGACCTCCTGGCGCTGTCGTTGCTCGGCCCTATCGCCTATTTCAAAGAAAAAAGAATACGCCCACCCATTACACGCCGTCTGCTTCAATCCTTCTTCTTTCTTGGTTTAACTGGGATATTTGGAAATCAGCTTCTATTTATTATGGGACTTAATTACACT
AATCCAACCTATGCAGCAGCCATACAGCCTGCAATTCCTGTTTTTACATTTATGTTAGCTGCCATGATGGGCACAGAGTCTGTGAACTTGAATGCAATTGATGGCAAGGTAAAGGTTGGAGGCACACTGCTTTGCATATTTGGAGCCGTATTTATGGCCATTTTCAGAGGCCCAGCTGTGCTTGGGGAGGCCTATATGGA
TCTCCTAGCACAAGGCGAAACAACTGCCAAGCCCCAGCCAGAGCCTGTTGGTTGGTTAGCAACAGGGTTAATGGAGATGGGCCTTGAGACGTGGCACGTTGGTATTATTTGTCTGATAGGGAATTGTATGTGCATGGCAGCTTACCTAGCATTACAGGCACCGGTTCTAGTCCGCTATCCAGCCAGCTTATCACTAACTG
CATATTCATACCTGTTTGGCACTTGTTTGATGGTCCTGACTGGATTTGTTGCAGCTAATGATTCTTCAGACTGGGTTTTGGCTCGTTCAGAGATAATCTCTGTTATATATGCTGGTGTTGTGGCATCAGCGATAAACTATGGTCTACTAACTTGGTCCAACAAAGTTTTGGGACCTGCATTGGTTGCTCTTTACAATCCG
CTTCAACCTCTTGCATCAGCTATTCTCTCGCGGATTTTTCTTGGCAGCCCAATATACCTTGGAAGTATCATTGGAGGAGCTTGTATTATTGGGGGTTTGTATCTTGTAACCTGGGCACGTAAAAAAGGAGAGAGACATCCAACAGCTTCTCGTCGGACATTCGCCACAGCTACTCACTATGATGAAGACCTGCCACATTC
TGGAGAGGACTAAGAATTGCCTAGATTTAATTATGATGCCTATCCAAAGGCTTTAGTTACAAGCGGACCCTTACAGATTGCTGAAGTGCAGATGGGGCTGGAAGAAAATTTGTAAGAGGTTATTTGAGGCAGTTTCCCTCAAGCGACAAGTTTTATTGCAATAATGTGGAAGCTGAAACATTACATAATTTTCCATGCAA
TACTGAATGCCTGAAATCTCTTCAGTGCATCGCCAATGTCCATGAAATTGATCTGAAAGTTCGACACCCTTGCAAAAACATTTTATT
>TRINITY_DN114133_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGCGAGACCATCGTGGGCTTCTCGTATAAATGCATATTTATTTATAATTTTTGACGCCGTGTAAACACGCAGATACGATGTACTTGTGCCTGTTCGTGGAGGGATATGCAGTGTGTATACTATACAGGAAGAGACGTGCGAATGCACAATAGAGTGGATAGGTACTTTCGGGGAATCGATCCCTGTACCGACAGCCGGCA
TCGTCAGCTCCGTGGATTCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAATACCAGAAAAATCTGAGCCCATATTGCAGTCCCCGGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCGGCTGAGGGCTGGAAGGCGCACGCTGCGCTGGCTTTAGTGCAGGTGAATTATGGAGGTTATCACGTCATAACGAAGCTGGCAC
TGACCGTGGGAATGAATCAAGTGGTTTTCTGTGTCTTTCGGGACCTCCTGGCGCTGTCGTTGCTCGGCCCTATCGCCTATTTCAAAGAAAATGTATGTTGTGCGCTTCAGTCTGATCCCCAGATGTATATTGAGTTTGGCATAAGAAGAAAGAGTATATTCTCACTATTACACTGTTTTTCAAACCAAGAAACGATGACT
GATTGATGTTTAACTGAAAGTATATTGCCATTGCTGCAGAAGAATACGCCCACCCATTACACGCCGTCTGCTTCAATCCTTCTTCTTTCTTGGTTTAACTGGGATATTTGGAAATCAGCTTCTATTTATTATGGGACTTAATTACACTAATCCAACCTATGCAGCAGCCATACAGCCTGCAATTCCTGTTTTTACATTTA
TGTTAGCTGCCATGATGGGCACAGAGTCTGTGAACTTGAATGCAATTGATGGCAAGGTAAAGGTTGGAGGCACACTGCTTTGCATATTTGGAGCCGTATTTATGGCCATTTTCAGAGGCCCAGCTGTGCTTGGGGAGGCCTATATGGATCTCCTAGCACAAGGCGAAACAACTGCCAAGCCCCAGCCAGAGCCTGTTGGT
TGGTTAGCAACAGGGTTAATGGAGATGGGCCTTGAGACGTGGCACGTTGGTATTATTTGTCTGATAGGGAATTGTATGTGCATGGCAGCTTACCTAGCATTACAGGCACCGGTTCTAGTCCGCTATCCAGCCAGCTTATCACTAACTGCATATTCATACCTGTTTGGCACTTGTTTGATGGTCCTGACTGGATTTGTTGC
AGCTAATGATTCTTCAGACTGGGTTTTGGCTCGTTCAGAGATAATCTCTGTTATATATGCTGGTGTTGTGGCATCAGCGATAAACTATGGTCTACTAACTTGGTCCAACAAAGTTTTGGGACCTGCATTGGTTGCTCTTTACAATCCGCTTCAACCTCTTGCATCAGCTATTCTCTCGCGGATTTTTCTTGGCAGCCCAA
TATACCTTGGAAGTATCATTGGAGGAGCTTGTATTATTGGGGGTTTGTATCTTGTAACCTGGGCACGTAAAAAAGGAGAGAGACATCCAACAGCTTCTCGTCGGACATTCGCCACAGCTACTCACTATGATGAAGACCTGCCACATTCTGGAGgtgatcctctactgaaggcatcttaccagaggaatcaaatttattca
gAGGACTAAGAATTGCCTAGATTTAATTATGATGCCTATCCAAAGGCTTTAGTTACAAGCGGACCCTTACAGATTGCTGAAGTGCAGATGGGGCTGGAAGAAAATTTGTAAGAGGTTATTTGAGGCAGTTTCCCTCAAGCGACAAGTTTTATTGCAATAATGTGGAAGCTGAAACATTACATAATTTTCCATGCAATACT
GAATGCCTGAAATCTCTTCAGTGCATCGCCAATGTCCATGAAATTGATCTGAAAGTTCGACACCCTTGCAAAAACATTTTATT
Intron 3 GTGCGCAATA ... TCATGCCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.54 | 38 | 29 | 25 |
| A2 | 40.54 | 22 | 17 | 13 |
| A3 | 43.9 | 46 | 29 | 43 |
| A4 | 40 | 18 | 14 | 10 |
| A5 | 44.19 | 36 | 32 | 25 |
| A6 | 43.86 | 174 | 144.9 | 127 |
| A7 | 44.55 | 168 | 143 | 127 |
| A8 | 43.41 | 103 | 83 | 75 |
| A9 | 45.84 | 166 | 143 | 138 |
| A10 | 44.05 | 176 | 148.1 | 129 |
>TRINITY_DN114133_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAGCGAGACCATCGTGGGCTTCTCGTATAAATGCATATTTATTTATAATTTTTGACGCCGTGTAAACACGCAGATACGATGTACTTGTGCCTGTTCGTGGAGGGATATGCAGTGTGTATACTATACAGGAAGAGACGTGCGAATGCACAATAGAGTGGATAGGTACTTTCGGGGAATCGATCCCTGTACCGACAGCCGGCA
TCGTCAGCTCCGTGGATTCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAATACCAGAAAAATCTGAGCCCATATTGCAGTCCCCGGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCGGCTGAGGGCTGGAAGGCGCACGCTGCGCTGGCTTTAGTGCAGGTGAATTATGGAGGTTATCACGTCATAACGAAGCTGGCAC
TGACCGTGGGAATGAATCAAGTGGTTTTCTGTGTCTTTCGGGACCTCCTGGCGCTGTCGTTGCTCGGCCCTATCGCCTATTTCAAAGAAAAAAGAATACGCCCACCCATTACACGCCGTCTGCTTCAATCCTTCTTCTTTCTTGGTTTAACTGGGATATTTGGAAATCAGCTTCTATTTATTATGGGACTTAATTACACT
AATCCAACCTATGCAGCAGCCATACAGCCTGCAATTCCTGTTTTTACATTTATGTTAGCTGCCATGATGGGCACAGAGTCTGTGAACTTGAATGCAATTGATGGCAAGGTAAAGGTTGGAGGCACACTGCTTTGCATATTTGGAGCCGTATTTATGGCCATTTTCAGAGGCCCAGCTGTGCTTGGGGAGGCCTATATGGA
TCTCCTAGCACAAGGCGAAACAACTGCCAAGCCCCAGCCAGAGCCTGTTGGTTGGTTAGCAACAGGGTTAATGGAGATGGGCCTTGAGACGTGGCACGTTGGTATTATTTGTCTGATAGGGAATTGTATGTGCATGGCAGCTTACCTAGCATTACAGGCACCGGTTCTAGTCCGCTATCCAGCCAGCTTATCACTAACTG
CATATTCATACCTGTTTGGCACTTGTTTGATGGTCCTGACTGGATTTGTTGCAGCTAATGATTCTTCAGACTGGGTTTTGGCTCGTTCAGAGATAATCTCTGTTATATATGCTGGTGTTGTGGCATCAGCGATAAACTATGGTCTACTAACTTGGTCCAACAAAGTTTTGGGACCTGCATTGGTTGCTCTTTACAATCCG
CTTCAACCTCTTGCATCAGCTATTCTCTCGCGGATTTTTCTTGGCAGCCCAATATACCTTGGAAGGTTGAACTCAGAGCTCTTGACATCCTTCACTTTTCTTTGAATTAATGCAAAGAATATACACATTGATTCATTGCCCTATGAAGCTGCTCGACTATGAAAATGTGTTGCAGATAAAAATCCTATACCAAAAATGTT
TACGATTACTTTTCAGGTTTAAGATCAGATTTTTAACGATTGATGGATGACCAAGTTGCATGATCTGACATGGGCTTTTTTTTGAAGGAATATATTTGTATCAGATCTCCAATGCCAATATGCACTTAGTCAATAGTGTGTTTCCATGTTAGTGAAAGTGGGGCATTGTTAAAGCCCCCACCAAAGTTCAAGTTTCATCT
AGGACATGCTTGTTCTTGTGCTTGCTGTGCACCAGTACTTGCAACAGTGGTTGGGACCAG
>TRINITY_DN114133_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGCGAGACCATCGTGGGCTTCTCGTATAAATGCATATTTATTTATAATTTTTGACGCCGTGTAAACACGCAGATACGATGTACTTGTGCCTGTTCGTGGAGGGATATGCAGTGTGTATACTATACAGGAAGAGACGTGCGAATGCACAATAGAGTGGATAGGTACTTTCGGGGAATCGATCCCTGTACCGACAGCCGGCA
TCGTCAGCTCCGTGGATTCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAATACCAGAAAAATCTGAGCCCATATTGCAGTCCCCGGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCGGCTGAGGGCTGGAAGGCGCACGCTGCGCTGGCTTTAGTGCAGGTGAATTATGGAGGTTATCACGTCATAACGAAGCTGGCAC
TGACCGTGGGAATGAATCAAGTGGTTTTCTGTGTCTTTCGGGACCTCCTGGCGCTGTCGTTGCTCGGCCCTATCGCCTATTTCAAAGAAAAgtgcgcaatactgtgatcatgcccagAAGAATACGCCCACCCATTACACGCCGTCTGCTTCAATCCTTCTTCTTTCTTGGTTTAACTGGGATATTTGGAAATCAGCTTC
TATTTATTATGGGACTTAATTACACTAATCCAACCTATGCAGCAGCCATACAGCCTGCAATTCCTGTTTTTACATTTATGTTAGCTGCCATGATGGGCACAGAGTCTGTGAACTTGAATGCAATTGATGGCAAGGTAAAGGTTGGAGGCACACTGCTTTGCATATTTGGAGCCGTATTTATGGCCATTTTCAGAGGCCCA
GCTGTGCTTGGGGAGGCCTATATGGATCTCCTAGCACAAGGCGAAACAACTGCCAAGCCCCAGCCAGAGCCTGTTGGTTGGTTAGCAACAGGGTTAATGGAGATGGGCCTTGAGACGTGGCACGTTGGTATTATTTGTCTGATAGGGAATTGTATGTGCATGGCAGCTTACCTAGCATTACAGGCACCGGTTCTAGTCCG
CTATCCAGCCAGCTTATCACTAACTGCATATTCATACCTGTTTGGCACTTGTTTGATGGTCCTGACTGGATTTGTTGCAGCTAATGATTCTTCAGACTGGGTTTTGGCTCGTTCAGAGATAATCTCTGTTATATATGCTGGTGTTGTGGCATCAGCGATAAACTATGGTCTACTAACTTGGTCCAACAAAGTTTTGGGAC
CTGCATTGGTTGCTCTTTACAATCCGCTTCAACCTCTTGCATCAGCTATTCTCTCGCGGATTTTTCTTGGCAGCCCAATATACCTTGGAAGTATCATTGGAGGAGCTTGTATTATTGGGGGTTTGTATCTTGTAACCTGGGCACGTAAAAAAGGAGAGAGACATCCAACAGCTTCTCGTCGGACATTCGCCACAGCTACT
CACTATGATGAAGACCTGCCACATTCTGGAGGTGATCCTCTACTGAAGGCATCTTACCAGAGGAATCAAATTTATTCAGGTCCTAGTCTGCCAGTCTCACGATCTTGGTCAGAGCCATACAAGCCCTAGGGATTGAGATATCTTTGTAATCATGTCTGAAAGAGTATTTTTGATTCACGATTACCTTTTTCTTGAATTCT
GATGAGATTTAATGAAAATGCATTTTTTCCC
Intron 4 GTCCTAGTCT ... GCATTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.94 | 26 | 23 | 2 |
| A2 | 70.97 | 9 | 22 | 1 |
| A3 | 46.81 | 25 | 22 | 3 |
| A4 | 54.55 | 10 | 12 | 0 |
| A5 | 45.71 | 19 | 16 | 0 |
| A6 | 58.33 | 130 | 182 | 16 |
| A7 | 50.76 | 129 | 133 | 8 |
| A8 | 53.91 | 159 | 186 | 26 |
| A9 | 52.96 | 127 | 143 | 28 |
| A10 | 54.67 | 68 | 82 | 11 |
>TRINITY_DN39764_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoformAAAACGAATCAGCGAGACCATCGTGGGCTTCTCGTATAAATGCATATTTATTTATAATTTTTGACGCCGTGTAAACACGCAGATACGATGTACTTGTGCCTGTTCGTGGAGGGATATGCAGTGTGTATACTATACAGGAAGAGACGTGCGAATGCACAATAGAGTGGATAGGTACTTTCGGGGAATCGATCCCTGTACCG
ACAGCCGGCATCGTCAGCTCCGTGGATTCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAATACCAGAAAAATCTGAGCCCATATTGCAGTCCCCGGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCGGCTGAGGGCTGGAAGGCGCACGCTGCGCTGGCTTTAGTGCAGGTGAATTATGGAGGTTATCACGTCATAACG
AAGCTGGCACTGACCGTGGGAATGAATCAAGTGGTTTTCTGTGTCTTTCGGGACCTCCTGGCGCTGTCGTTGCTCGGCCCTATCGCCTATTTCAAAGAAAAGTGCGCAATACTGTGATCATGCCCAGAAGAATACGCCCACCCATTACACGCCGTCTGCTTCAATCCTTCTTCTTTCTTGGTTTAACTGGGATATTTGGA
AATCAGCTTCTATTTATTATGGGACTTAATTACACTAATCCAACCTATGCAGCAGCCATACAGCCTGCAATTCCTGTTTTTACATTTATGTTAGCTGCCATGATGGGCACAGAGTCTGTGAACTTGAATGCAATTGATGGCAAGGTAAAGGTTGGAGGCACACTGCTTTGCATATTTGGAGCCGTATTTATGGCCATTTT
CAGAGGCCCAGCTGTGCTTGGGGAGGCCTATATGGATCTCCTAGCACAAGGCGAAACAACTGCCAAGCCCCAGCCAGAGCCTGTTGGTTGGTTAGCAACAGGGTTAATGGAGATGGGCCTTGAGACGTGGCACGTTGGTATTATTTGTCTGATAGGGAATTGTATGTGCATGGCAGCTTACCTAGCATTACAGGCACCGG
TTCTAGTCCGCTATCCAGCCAGCTTATCACTAACTGCATATTCATACCTGTTTGGCACTTGTTTGATGGTCCTGACTGGATTTGTTGCAGCTAATGATTCTTCAGACTGGGTTTTGGCTCGTTCAGAGATAATCTCTGTTATATATGCTGGTGTTGTGGCATCAGCGATAAACTATGGTCTACTAACTTGGTCCAACAAA
GTTTTGGGACCTGCATTGGTTGCTCTTTACAATCCGCTTCAACCTCTTGCATCAGCTATTCTCTCGCGGATTTTTCTTGGCAGCCCAATATACCTTGGAAGTATCATTGGAGGAGCTTGTATTATTGGGGGTTTGTATCTTGTAACCTGGGCACGTAAAAAAGGAGAGAGACATCCAACAGCTTCTCGTCGGACATTCGC
CACAGCTACTCACTATGATGAAGACCTGCCACATTCTGGAGGTGATCCTCTACTGAAGGCATCTTACCAGAGGAATCAAATTTATTCAGAGGACTAAGAATTGCCTAGATTTAATTATGATGCCTATCCAAAGGCTTTAGTTACAAGCGGACCCTTACAGATTGCTGAAGTGCAGATGGGGCTGGAAGAAAATTTGTAAG
AGGTTATTTGAGGCAGTTTCCCTCAAGCGACAAGTTTTATTGCAATAATGTGGAAGCTGAAACATTACATAATTTTCCATGCAATACTGAATGCCTGAAATCTCTTCAGTGCATCGCCAATGTCCATGAAATTGATCTGAAAGTTCGACACCCTTGCAAAAACATTTTATTAATTGATAATATTTGTGTTTTCTTTTCAC
AAAAGCTACATTCTACACATCAATTTACATGCATACATGCATACATGCACACTAATAACATAATATCATATACCTCTAGCTTTACCCAACCTACTACATTCTTGAGTCTTGACACACCTGGGAAATGCAGTTGCCTATTGGTATATGCTAATTCATTGAAGGCAACATGCACCGTTACGTTCTCATAGTTTCTATGGTTG
CATAAAATTAACTTGGCATGTCTTCATATATAAAAGTGCGTAGGTAACTAGATATAGTGCTTGTCTATTTGCTAGATTAATAACTAAAAAGAG
>TRINITY_DN39764_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:AAAACGAATCAGCGAGACCATCGTGGGCTTCTCGTATAAATGCATATTTATTTATAATTTTTGACGCCGTGTAAACACGCAGATACGATGTACTTGTGCCTGTTCGTGGAGGGATATGCAGTGTGTATACTATACAGGAAGAGACGTGCGAATGCACAATAGAGTGGATAGGTACTTTCGGGGAATCGATCCCTGTACCG
ACAGCCGGCATCGTCAGCTCCGTGGATTCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAATACCAGAAAAATCTGAGCCCATATTGCAGTCCCCGGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCGGCTGAGGGCTGGAAGGCGCACGCTGCGCTGGCTTTAGTGCAGGTGAATTATGGAGGTTATCACGTCATAACG
AAGCTGGCACTGACCGTGGGAATGAATCAAGTGGTTTTCTGTGTCTTTCGGGACCTCCTGGCGCTGTCGTTGCTCGGCCCTATCGCCTATTTCAAAGAAAAAAGAATACGCCCACCCATTACACGCCGTCTGCTTCAATCCTTCTTCTTTCTTGGTTTAACTGGGATATTTGGAAATCAGCTTCTATTTATTATGGGACT
TAATTACACTAATCCAACCTATGCAGCAGCCATACAGCCTGCAATTCCTGTTTTTACATTTATGTTAGCTGCCATGATGGGCACAGAGTCTGTGAACTTGAATGCAATTGATGGCAAGGTAAAGGTTGGAGGCACACTGCTTTGCATATTTGGAGCCGTATTTATGGCCATTTTCAGAGGCCCAGCTGTGCTTGGGGAGG
CCTATATGGATCTCCTAGCACAAGGCGAAACAACTGCCAAGCCCCAGCCAGAGCCTGTTGGTTGGTTAGCAACAGGGTTAATGGAGATGGGCCTTGAGACGTGGCACGTTGGTATTATTTGTCTGATAGGGAATTGTATGTGCATGGCAGCTTACCTAGCATTACAGGCACCGGTTCTAGTCCGCTATCCAGCCAGCTTA
TCACTAACTGCATATTCATACCTGTTTGGCACTTGTTTGATGGTCCTGACTGGATTTGTTGCAGCTAATGATTCTTCAGACTGGGTTTTGGCTCGTTCAGAGATAATCTCTGTTATATATGCTGGTGTTGTGGCATCAGCGATAAACTATGGTCTACTAACTTGGTCCAACAAAGTTTTGGGACCTGCATTGGTTGCTCT
TTACAATCCGCTTCAACCTCTTGCATCAGCTATTCTCTCGCGGATTTTTCTTGGCAGCCCAATATACCTTGGAAGTATCATTGGAGGAGCTTGTATTATTGGGGGTTTGTATCTTGTAACCTGGGCACGTAAAAAAGGAGAGAGACATCCAACAGCTTCTCGTCGGACATTCGCCACAGCTACTCACTATGATGAAGACC
TGCCACATTCTGGAGGTGATCCTCTACTGAAGGCATCTTACCAGAGGAATCAAATTTATTCAGgtcctagtctgccagtctcacgatcttggtcagagccatacaagccctagggattcagatatctttgtaatcatgtctgaaagagtatttttgattcacgattacctttttcttgaattctgatgagatttaatgaa
aatgcattttttcccctttggtagtttgtatcattaatatgctttctccattgttgtgttgtgaatgctgttcctaaaattcaaaatggtcaaatgcaacacaatgttttataatcatcagattttgcttttaaattgttttctgtcttgtaaggttttcattaagatgtttggacgtatatagctaatttgatttgata
tgaacttaactttatctaggacctaattttatcatgcattagagcctagaggtgtattagaactagaaaaaatctaatagcttatttgggcacgggcatttgttaagtgtgttttagagcatggtttgaagattcagaatattgctggtcagcgttctattgttttgagtcttgacccagctgtggttgttcagtttgac
taacataatctttttggcttaaggtttgtcagaagacattttgaagagaacatgaatcagcatatgaacactcaaatggagaatgtgtagacatttcattaaagcctatgtccagaacttaacctttgattgaacttgtcttgattccttgttattctactatttcaattattaggttctactgacgtgggtcattttcc
ttgccacaattacattggagtacatgataggtccaaaaacctgaattatttctggcttgtattaagtcttttcaaaacaaccatttaacatctaaatggtcaaaatgcttccttttacataccatacagcaaaactgtaacagatctttggtttttgaaatgctgttatctatttatacaaatgtatgttttatacccaa
ttctttgttgcctcttcttgactacctctagaattcctttcctttctgcccttcatcttgaaaatttccttttcttaattttctgttaaattggtgtctgttcaactgtcaactacttttcgtttgtccttttctgttggtggcattgtctttcctccattatgcatattctgttttcaagctagaacctttttatttgt
tgtcttatttttccgttatctatagcctggctttgttgaacatgcatgctgagttcgatctactttatttttttacttcatatttgtcattgaatattcatgagcttatttgtaaactgaatccattatggacggtgagtactattccttgccaatggccatcgaccaccattatatatattatctacataccacaagca
ataactatattagtatatactgccagcttgaacaatttaggaggaatgatgcaataatttcacattgcttttctggctcttccacaattttctatgcaatctgaacaagcagctatgtttaagagttttagcagattaggaaccatgtcataacttgaatactttttgatgttttttgtcatgagattatgtttctgagg
tctcaacatatatttttccaaaaggcattcggtctaaccttgtgctattttgggcattggcagAGGACTAAGAATTGCCTAGATTTAATTATGATGCCTATCCAAAGGCTTTAGTTACAAGCGGACCCTTACAGATTGCTGAAGTGCAGATGGGGCTGGAAGAAAATTTGTAAGAGGTTATTTGAGGCAGTTTCCCTCAA
GCGACAAGTTTTATTGCAATAATGTGGAAGCTGAAACATTACATAATTTTCCATGCAATACTGAATGCCTGAAATCTCTTCAGTGCATCGCCAATGTCCATGAAATTGATCTGAAAGTTCGACACCCTTGCAAAAACATTTTATTAATTGATAATATTTGTGTTTTCTTTTCACAAAAGCTACATTCTACACATCAATTT
ACATGCATACATGCATACATGCACACTAATAACATAATATCATATACCTCTAGCTTTACCCAACCTACTACATTCTTGAGTCTTGACACACCTGGGAAATGCAGTTGCCTATTGGTATATGCTAATTCATTGAAGGCAACATGCACCGTTACGTTCTCATAGTTTCTATGGTTGCATAAAATTAACTTGGCATGTCTTCA
TATATAAAAGTGCGTAGGTAACTAGATATAGTGCTTGTCTATTTGCTAGATTAATAACTAAAAAGAG
Intron 5 GTTAGGCAAA ... TTAATTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 71.43 | 1 | 4 | 1 |
| A2 | 100 | 0 | 1 | 1 |
| A3 | 80 | 1 | 1 | 7 |
| A4 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A5 | 42.86 | 2 | 3 | 0 |
| A6 | 53.33 | 14 | 20 | 12 |
| A7 | 53.85 | 18 | 20 | 22 |
| A8 | 55.32 | 21 | 28 | 24 |
| A9 | 43.93 | 30 | 33 | 14 |
| A10 | 43.59 | 22 | 20 | 14 |
>TRINITY_DN39764_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformCGGAAGTAGGGAGCGAAGCAAGGCATGTGGACAACGGCCAGGAGCATTCGTGGCAAGCTGCATGGTGTTGAATGCATGCGTTCGACAATTGTAACACCGAGGTTGTGAATTGCAACGATGCCTGTGTTTTTTCTTTATCCGTGCCCTTTGCGCTTTGTTTACTTCTTATGTGCCCACTTTACTATGTTTGAGTCTGCTTT
TCTTGTTTTGTTTTTCGCCATATGTAACTTTTCTTGATATTTTGTTTTTTGTTTTCTGCTTTCTATTGTTAGGTAATTTGTTTATTGGTTTTCTTCTGGTTTCCTCTTGAATCTATGGTTTTATACGACTCTTTTTGTATTTCATTTTGATTCTCCGTTTGTATTTCATTTTTCTCATTATGTTTCTTGATTTTGAAAGA
TCCACATGTATTTTTTAATGGAATTTCACAGTGAGAGAGTAAACCTTCTATGTGTTTGAATTCCTTGAATATCTACGATTCCGCCGTAGCTGATTGAAGATCAGCATTGGGAAATGGAGTTTGAACCATTTTGGAGGAGGCCAGATAAACAAATCGTTCCTTTGTCTGTTAAAGGATTCGTTTAGTTTATTGTCGAAACC
AGAAGCTAAGGGATGCTTTTGATTGAAGGAGACGCTACAGCGAATTGCGGATTGTTATTTAGTGCAGTAGATAAATATGTAGCAGTGTAGCAATTATATAATTATATTGAATTCATAATAGAATAATTGTGTTTAGAACAAAATATTTTTATCCTTTAATCTCTTTGCATTTTAAATATTGCTTGAAATTTGCTGTGTTT
CCCGGCACTTTCATTGTTGTTCCCTTCCCAGAATTTTTTCCTTCTTCACAACATGAGTTGAGTTGCCAATTACGGCGATCAGAAACCAAAGGCCTGAAAAAGTAGAGATTCCCAGGCCTTAATGCCTCACACGTATTAGCAAGGCATGTGTACAACGGCCAGGAGCGTTCGTGGAAAGCTGCATGATGTTGAATGCAGGA
GTTCGACAATTGTATTTGTTTATTAATGCATGGAGGGATATGTAGTGTGTATACTATTCAGGAAGAGACGTGGGAATGCACAAATTACATTTGAGTGGATAGCTACTTTCGAGGAATCGATCCCTATACAGACAGTCGGCATCATCAGCTCAGTGGAATCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAAAACCAGAAAAATATTTTC
CCATATTGCAGTCCCCAGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCAGATGGACTGTTTTGGATAAGTGTTGAAGTGCATCTCGAGCAATTTCCTTTTTAATATTTAATCATTGCTCCTATTTTCCTTTCCATTTGTTCAGTAAAGAACCTCTGCAATCTCATTTTATAAATTTACATTTTTATTAAT
GGTGGATAAATTTCATCATGAAGGAAATGTTGCCATTTTTTGTTGTAAATGTTCTATCACTGCTTCTTCAAAAAAAAAATTGAAGCATATTGATAGTATTCTACTCTTGTTGATGCTCGAACTCCATTTTCAGCTGTGTCACTTTAAAATAGTGGGTGCACCCTGTGTAGAATAGAGGGGCACTATCAAAATTAATAATC
AGTAATGAGAAAAGAACTGATGCGACT
>TRINITY_DN39764_c0_g1_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:CGGAAGTAGGGAGCGAAGCAAGGCATGTGGACAACGGCCAGGAGCATTCGTGGCAAGCTGCATGGTGTTGAATGCATGCGTTCGACAATTGTAACACCGAGGTTGTGAATTGCAACGATGCCTGTGTTTTTTCTTTATCCGTGCCCTTTGCGCTTTGTTTACTTCTTATGTGCCCACTTTACTATGTTTGAGTCTGCTTT
TCTTGTTTTGTTTTTCGCCATATGTAACTTTTCTTGATATTTTGTTTTTTGTTTTCTGCTTTCTATTGTTAGGTAATTTGTTTATTGGTTTTCTTCTGGTTTCCTCTTGAATCTATGGTTTTATACGACTCTTTTTGTATTTCATTTTGATTCTCCGTTTGTATTTCATTTTTCTCATTATGTTTCTTGATTTTGAAAGA
TCCACATGTATTTTTTAATGGAATTTCACAGTGAGAGAGTAAACCTTCTATGTGTTTGAATTCCTTGAATATCTACGATTCCGCCGTAGCTGATTGAAGATCAGCATTGGGAAATGGAGTTTGAACCATTTTGGAGGAGGCCAGATAAACAAATCGTTCCTTTGTCTGTTAAAGGATTCGTTTAGTTTATTGTCGAAACC
AGgttaggcaaagaaaactgaaaaagatcatgttgtaattttaaaagtcaatatatgatatattttttaaatttatgttattatatctctaggactaaaatctaattaaaagtatacattatttcttaattgtagAAGCTAAGGGATGCTTTTGATTGAAGGAGACGCTACAGCGAATTGCGGATTGTTATTTAGTGCAG
TAGATAAATATGTAGCAGTGTAGCAATTATATAATTATATTGAATTCATAATAGAATAATTGTGTTTAGAACAAAATATTTTTATCCTTTAATCTCTTTGCATTTTAAATATTGCTTGAAATTTGCTGTGTTTCCCGGCACTTTCATTGTTGTTCCCTTCCCAGAATTTTTTCCTTCTTCACAACATGAGTTGAGTTGCC
AATTACGGCGATCAGAAACCAAAGGCCTGAAAAAGTAGAGATTCCCAGGCCTTAATGCCTCACACGTATTAGCAAGGCATGTGTACAACGGCCAGGAGCGTTCGTGGAAAGCTGCATGATGTTGAATGCAGGAGTTCGACAATTGTATTTGTTTATTAATGCATGGAGGGATATGTAGTGTGTATACTATTCAGGAAGAG
ACGTGGGAATGCACAAATTACATTTGAGTGGATAGCTACTTTCGAGGAATCGATCCCTATACAGACAGTCGGCATCATCAGCTCAGTGGAATCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAAAACCAGAAAAATATTTTCCCATATTGCAGTCCCCAGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCAGATGGACT
GTTTTGGATAAGTGTTGAAGTGCATCTCGAGCAATTTCCTTTTTAATATTTAATCATTGCTCCTATTTTCCTTTCCATTTGTTCAGTAAAGAACCTCTGCAATCTCATTTTATAAATTTACATTTTTATTAATGGTGGATAAATTTCATCATGAAGGAAATGTTGCCATTTTTTGTTGTAAATGTTCTATCACTGCTTCT
TCAAAAAAAAAATTGAAGCATATTGATAGTATTCTACTCTTGTTGATGCTCGAACTCCATTTTCAGCTGTGTCACTTTAAAATAGTGGGTGCACCCTGTGTAGAATAGAGGGGCACTATCAAAATTAATAATCAGTAATGAGAAAAGAACTGATGCGACT
Intron 6 GTAAGATTAA ... CCTTGAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.32 | 28 | 0 | 9 |
| A2 | 19.05 | 17 | 0 | 4 |
| A3 | 14.89 | 40 | 0 | 7 |
| A4 | 37.5 | 15 | 2 | 9 |
| A5 | 7.14 | 26 | 0 | 2 |
| A6 | 13.53 | 147 | 0 | 23 |
| A7 | 13.77 | 119 | 0 | 19 |
| A8 | 16.82 | 89 | 0 | 18 |
| A9 | 15.98 | 163 | 0 | 31 |
| A10 | 10.37 | 121 | 0 | 14 |
>TRINITY_DN95087_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformGGGATAGGTACTTTCGGGGAATCGATCCCTGTACCGACAGCCGGCATCGTCAGCTCCGTGGATTCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAATACCAGAAAAATCTGAGCCCATATTGCAGTCCCCGGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCGGCTGAGGGCTGGAAGGCGCACGCTGCGCTGGCTTTA
GTGCAGGTGAATTATGGAGGTTATCACGTCATAACGAAGCTGGCACTGACCGTGGGAATGAATCAAGTGGTTTTCTGTGTCTTTCGGGACCTCCTGGCGCTGTCGTTGCTCGGCCCTATCGCCTATTTCAAAGAAAAAAGAATACGCCCACCCATTACACGCCGTCTGCTTCAATCCTTCTTCTTTCTTGGTTTAACTGG
GATATTTGGAAATCAGCTTCTATTTATTATGGGACTTAATTACACTAATCCAACCTATGCAGCAGCCATACAGCCTGCAATTCCTGTTTTTACATTTATGTTAGCTGCCATGATGGGCACAGAGTCTGTGAACTTGAATGCAATTGATGGCAAGGTAAAGGTTGGAGGCACACTGCTTTGCATATTTGGAGCCGTATTTA
TGGCCATTTTCAGAGGCCCAGCTGTGCTTGGGGAGGCCTATATGGATCTCCTAGCACAAGGCGAAACAACTGCCAAGCCCCAGCCAGAGCCTGTTGGTTGGTTAGCAACAGGGTTAATGGAGATGGGCCTTGAGACGTGGCACGTTGGTATTATTTGTCTGATAGGGAATTGTATGTGCATGGCAGCTTACCTAGCATTA
CAGGCACCGGTTCTAGTCCGCTATCCAGCCAGCTTATCACTAACTGCATATTCATACCTGTTTGGCACTTGTTTGATGGTCCTGACTGGATTTGTTGCAGCTAATGATTCTTCAGACTGGGTTTTGGCTCGTTCAGAGATAATCTCTGTTATATATGCTGGTGTTGTGGCATCAGCGATAAACTATGGTCTACTAACTTG
GTCCAACAAAGTTTTGGGACCTGCATTGGTTGCTCTTTACAATCCGCTTCAACCTCTTGCATCAGCTATTCTCTCGCGGATTTTTCTTGGCAGCCCAATATACCTTGGAAGTATCATTGGAGGAGCTTGTATTATTGGGGGTTTGTATCTTGTAACCTGGGCACGTAAAAAAGGAGAGAGACATCCAACAGCTTCTCGTC
GGACATTCGCCACAGCTACTCACTATGATGAAGACCTGCCACATTCTGGAGGTGATCCTCTACTGAAGGCATCTTACCAGAGGAATCAAATTTATTCAGGTCCTAGTCTGCCAGTCTCACGATCTTGGTCAGAGCCATACAAGCCCTAGGGATTCAGATATCTTTGTAATCATGTCTGAAAGAGTATTTTTGATTCACGA
TTACCTTTTTCTTGAATTCTGA
>TRINITY_DN95087_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:GATTGATGTTTAACTGAAAGTATATTGCCATTGCTGCAGAAGAATACGCCCACCCATTACACGCCGTCTGCTTCAATCCTTCTTCTTTCTTGGTTTAACTGGgtaagattaacaaccaaaatagtttcattaggtttattttcatgataatctgttgatcttgccttaaggaggctcataacagcttgtaatggcaattt
ccttgagcagGATATTTGGAAATCAGCTTCTATTTATTATGGGACTTAATTACACTAATCCAACCTATGCAGCAGCCATACAGCCTGCAATTCCTGTTTTTACATTTATGTTAGCTGCCATGATGGGCACAGAGTCTGTGAACTTGAATGCAATTGATGGCAAGGTAAAGGTTGGAGGCACACTGCTTTGCATATTTGGA
GCCGTATTTATGGCCATTTTCAGAGGCCCAGCTGTGCTTGGGGAGGCCTATATGGATCTCCTAGCACAAGGCGAAACAACTGCCAAGCCCCAGCCAGAGCCTGTTGGTTGGTTAGCAACAGGGTTAATGGAGATGGGCCTTGAGACGTGGCACGTTGGTATTATTTGTCTGATAGGGAATTGTATGTGCATGGCAGCTTA
CCTAGCATTACAGGCACCGGTTCTAGTCCGCTATCCAGCCAGCTTATCACTAACTGCATATTCATACCTGTTTGGCACTTGTTTGATGGTCCTGACTGGATTTGTTGCAGCTAATGATTCTTCAGACTGGGTTTTGGCTCGTTCAGAGATAATCTCTGTTATATATGCTGGTGTTGTGGCATCAGCGATAAACTATGGTC
TACTAACTTGGTCCAACAAAGTTTTGGGACCTGCATTGGTTGCTCTTTACAATCCGCTTCAACCTCTTGCATCAGCTATTCTCTCGCGGATTTTTCTTGGCAGCCCAATATACCTTGGAAGTATCATTGGAGGAGCTTGTATTATTGGGGGTTTGTATCTTGTAACCTGGGCACGTAAAAAAGGAGAGAGACATCCAACA
GCTTCTCGTCGGACATTCGCCACAGCTACTCACTATGATGAAGACCTGCCACATTCTGGAGGTGATCCTCTACTGAAGGCATCTTACCAGAGGAATCAAATTTATTCAGGTCCTAGTCTGCCAGTCTCACGATCTTGGTCAGAGCCATACAAGCCCTAGGGATTCAGATATCTTTGTAATCATGTCTGAAAGAGTATTTT
TGATTCACGATTACCTTTTTCTTGAATTCTGA
Intron 7 GTGATCCTCT ... GCATTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.62 | 24 | 34 | 2 |
| A2 | 78.13 | 7 | 25 | 1 |
| A3 | 75.76 | 8 | 25 | 3 |
| A4 | 72 | 7 | 18 | 0 |
| A5 | 74.07 | 7 | 20 | 0 |
| A6 | 73.19 | 74 | 202 | 16 |
| A7 | 73.95 | 56 | 159 | 8 |
| A8 | 72.35 | 81 | 212 | 26 |
| A9 | 69.57 | 70 | 160 | 28 |
| A10 | 70.92 | 41 | 100 | 11 |
>TRINITY_DN39764_c0_g1_i11 from sample A9 / Example spliced isoformAAAACGAATCAGCGAGACCATCGTGGGCTTCTCGTATAAATGCATATTTATTTATAATTTTTGACGCCGTGTAAACACGCAGATACGATGTACTTGTGCCTGTTCGTGGAGGGATATGCAGTGTGTATACTATACAGGAAGAGACGTGCGAATGCACAATAGAGTGGATAGGTACTTTCGGGGAATCGATCCCTGTACCG
ACAGCCGGCATCGTCAGCTCCGTGGATTCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAATACCAGAAAAATCTGAGCCCATATTGCAGTCCCCGGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCGGCTGAGGGCTGGAAGGCGCACGCTGCGCTGGCTTTAGTGCAGGTGAATTATGGAGGTTATCACGTCATAACG
AAGCTGGCACTGACCGTGGGAATGAATCAAGTGGTTTTCTGTGTCTTTCGGGACCTCCTGGCGCTGTCGTTGCTCGGCCCTATCGCCTATTTCAAAGAAAAAAGAATACGCCCACCCATTACACGCCGTCTGCTTCAATCCTTCTTCTTTCTTGGTTTAACTGGGATATTTGGAAATCAGCTTCTATTTATTATGGGACT
TAATTACACTAATCCAACCTATGCAGCAGCCATACAGCCTGCAATTCCTGTTTTTACATTTATGTTAGCTGCCATGATGGGCACAGAGTCTGTGAACTTGAATGCAATTGATGGCAAGGTAAAGGTTGGAGGCACACTGCTTTGCATATTTGGAGCCGTATTTATGGCCATTTTCAGAGGCCCAGCTGTGCTTGGGGAGG
CCTATATGGATCTCCTAGCACAAGGCGAAACAACTGCCAAGCCCCAGCCAGAGCCTGTTGGTTGGTTAGCAACAGGGTTAATGGAGATGGGCCTTGAGACGTGGCACGTTGGTATTATTTGTCTGATAGGGAATTGTATGTGCATGGCAGCTTACCTAGCATTACAGGCACCGGTTCTAGTCCGCTATCCAGCCAGCTTA
TCACTAACTGCATATTCATACCTGTTTGGCACTTGTTTGATGGTCCTGACTGGATTTGTTGCAGCTAATGATTCTTCAGACTGGGTTTTGGCTCGTTCAGAGATAATCTCTGTTATATATGCTGGTGTTGTGGCATCAGCGATAAACTATGGTCTACTAACTTGGTCCAACAAAGTTTTGGGACCTGCATTGGTTGCTCT
TTACAATCCGCTTCAACCTCTTGCATCAGCTATTCTCTCGCGGATTTTTCTTGGCAGCCCAATATACCTTGGAAGTATCATTGGAGGAGCTTGTATTATTGGGGGTTTGTATCTTGTAACCTGGGCACGTAAAAAAGGAGAGAGACATCCAACAGCTTCTCGTCGGACATTCGCCACAGCTACTCACTATGATGAAGACC
TGCCACATTCTGGAGAGGACTAAGAATTGCCTAGATTTAATTATGATGCCTATCCAAAGGCTTTAGTTACAAGCGGACCCTTACAGATTGCTGAAGTGCAGATGGGGCTGGAAGAAAATTTGTAAGAGGTTATTTGAGGCAGTTTCCCTCAAGCGACAAGTTTTATTGCAATAATGTGGAAGCTGAAACATTACATAATT
TTCCATGCAATACTGAATGCCTGAAATCTCTTCAGTGCATCGCCAATGTCCATGAAATTGATCTGAAAGTTCGACACCCTTGCAAAAACATTTTATTAATTGATAATATTTGTGTTTTCTTTTCACAAAAGCTACATTCTACACATCAATTTACATGCATACATGCATACATGCACACTAATAACATAATATCATATACC
TCTAGCTTTACCCAACCTACTACATTCTTGAGTCTTGACACACCTGGGAAATGCAGTTGCCTATTGGTATATGCTAATTCATTGAAGGCAACATGCACCGTTACGTTCTCATAGTTTCTATGGTTGCATAAAATTAACTTGGCATGTCTTCATATATAAAAGTGCGTAGGTAACTAGATATAGTGCTTGTCTATTTGCTA
GATTAATAACTAAAAAGAG
>TRINITY_DN39764_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:AAAACGAATCAGCGAGACCATCGTGGGCTTCTCGTATAAATGCATATTTATTTATAATTTTTGACGCCGTGTAAACACGCAGATACGATGTACTTGTGCCTGTTCGTGGAGGGATATGCAGTGTGTATACTATACAGGAAGAGACGTGCGAATGCACAATAGAGTGGATAGGTACTTTCGGGGAATCGATCCCTGTACCG
ACAGCCGGCATCGTCAGCTCCGTGGATTCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAATACCAGAAAAATCTGAGCCCATATTGCAGTCCCCGGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCGGCTGAGGGCTGGAAGGCGCACGCTGCGCTGGCTTTAGTGCAGGTGAATTATGGAGGTTATCACGTCATAACG
AAGCTGGCACTGACCGTGGGAATGAATCAAGTGGTTTTCTGTGTCTTTCGGGACCTCCTGGCGCTGTCGTTGCTCGGCCCTATCGCCTATTTCAAAGAAAAAAGAATACGCCCACCCATTACACGCCGTCTGCTTCAATCCTTCTTCTTTCTTGGTTTAACTGGGATATTTGGAAATCAGCTTCTATTTATTATGGGACT
TAATTACACTAATCCAACCTATGCAGCAGCCATACAGCCTGCAATTCCTGTTTTTACATTTATGTTAGCTGCCATGATGGGCACAGAGTCTGTGAACTTGAATGCAATTGATGGCAAGGTAAAGGTTGGAGGCACACTGCTTTGCATATTTGGAGCCGTATTTATGGCCATTTTCAGAGGCCCAGCTGTGCTTGGGGAGG
CCTATATGGATCTCCTAGCACAAGGCGAAACAACTGCCAAGCCCCAGCCAGAGCCTGTTGGTTGGTTAGCAACAGGGTTAATGGAGATGGGCCTTGAGACGTGGCACGTTGGTATTATTTGTCTGATAGGGAATTGTATGTGCATGGCAGCTTACCTAGCATTACAGGCACCGGTTCTAGTCCGCTATCCAGCCAGCTTA
TCACTAACTGCATATTCATACCTGTTTGGCACTTGTTTGATGGTCCTGACTGGATTTGTTGCAGCTAATGATTCTTCAGACTGGGTTTTGGCTCGTTCAGAGATAATCTCTGTTATATATGCTGGTGTTGTGGCATCAGCGATAAACTATGGTCTACTAACTTGGTCCAACAAAGTTTTGGGACCTGCATTGGTTGCTCT
TTACAATCCGCTTCAACCTCTTGCATCAGCTATTCTCTCGCGGATTTTTCTTGGCAGCCCAATATACCTTGGAAGTATCATTGGAGGAGCTTGTATTATTGGGGGTTTGTATCTTGTAACCTGGGCACGTAAAAAAGGAGAGAGACATCCAACAGCTTCTCGTCGGACATTCGCCACAGCTACTCACTATGATGAAGACC
TGCCACATTCTGGAGgtgatcctctactgaaggcatcttaccagaggaatcaaatttattcaggtcctagtctgccagtctcacgatcttggtcagagccatacaagccctagggattcagatatctttgtaatcatgtctgaaagagtatttttgattcacgattacctttttcttgaattctgatgagatttaatgaa
aatgcattttttcccctttggtagtttgtatcattaatatgctttctccattgttgtgttgtgaatgctgttcctaaaattcaaaatggtcaaatgcaacacaatgttttataatcatcagattttgcttttaaattgttttctgtcttgtaaggttttcattaagatgtttggacgtatatagctaatttgatttgata
tgaacttaactttatctaggacctaattttatcatgcattagagcctagaggtgtattagaactagaaaaaatctaatagcttatttgggcacgggcatttgttaagtgtgttttagagcatggtttgaagattcagaatattgctggtcagcgttctattgttttgagtcttgacccagctgtggttgttcagtttgac
taacataatctttttggcttaaggtttgtcagaagacattttgaagagaacatgaatcagcatatgaacactcaaatggagaatgtgtagacatttcattaaagcctatgtccagaacttaacctttgattgaacttgtcttgattccttgttattctactatttcaattattaggttctactgacgtgggtcattttcc
ttgccacaattacattggagtacatgataggtccaaaaacctgaattatttctggcttgtattaagtcttttcaaaacaaccatttaacatctaaatggtcaaaatgcttccttttacataccatacagcaaaactgtaacagatctttggtttttgaaatgctgttatctatttatacaaatgtatgttttatacccaa
ttctttgttgcctcttcttgactacctctagaattcctttcctttctgcccttcatcttgaaaatttccttttcttaattttctgttaaattggtgtctgttcaactgtcaactacttttcgtttgtccttttctgttggtggcattgtctttcctccattatgcatattctgttttcaagctagaacctttttatttgt
tgtcttatttttccgttatctatagcctggctttgttgaacatgcatgctgagttcgatctactttatttttttacttcatatttgtcattgaatattcatgagcttatttgtaaactgaatccattatggacggtgagtactattccttgccaatggccatcgaccaccattatatatattatctacataccacaagca
ataactatattagtatatactgccagcttgaacaatttaggaggaatgatgcaataatttcacattgcttttctggctcttccacaattttctatgcaatctgaacaagcagctatgtttaagagttttagcagattaggaaccatgtcataacttgaatactttttgatgttttttgtcatgagattatgtttctgagg
tctcaacatatatttttccaaaaggcattcggtctaaccttgtgctattttgggcattggcagAGGACTAAGAATTGCCTAGATTTAATTATGATGCCTATCCAAAGGCTTTAGTTACAAGCGGACCCTTACAGATTGCTGAAGTGCAGATGGGGCTGGAAGAAAATTTGTAAGAGGTTATTTGAGGCAGTTTCCCTCAA
GCGACAAGTTTTATTGCAATAATGTGGAAGCTGAAACATTACATAATTTTCCATGCAATACTGAATGCCTGAAATCTCTTCAGTGCATCGCCAATGTCCATGAAATTGATCTGAAAGTTCGACACCCTTGCAAAAACATTTTATTAATTGATAATATTTGTGTTTTCTTTTCACAAAAGCTACATTCTACACATCAATTT
ACATGCATACATGCATACATGCACACTAATAACATAATATCATATACCTCTAGCTTTACCCAACCTACTACATTCTTGAGTCTTGACACACCTGGGAAATGCAGTTGCCTATTGGTATATGCTAATTCATTGAAGGCAACATGCACCGTTACGTTCTCATAGTTTCTATGGTTGCATAAAATTAACTTGGCATGTCTTCA
TATATAAAAGTGCGTAGGTAACTAGATATAGTGCTTGTCTATTTGCTAGATTAATAACTAAAAAGAG