sp|Q9XFK7|MFT_ARATH ----> Protein MOTHER of FT and TFL1

Intron 1 GTAAGTAATT ... GTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.41	23	1	31
A2	62.07	11	0	18
A3	54.17	11	5	13
A4	60	6	3	9
A5	55.56	8	0	10
A6	50.76	129	5	133
A7	52.08	69	4	75
A8	52.67	71	0	79
A9	51.55	78	1	83
A10	50	45	3	45

>TRINITY_DN42519_c0_g1_i14 from sample A8 / Example spliced isoform

CCTGATAGAAGGAACAACGCCATTAAACACGGATTCCATTTTTTTAATATTTTTCACACAAACGGCTCCCATCACATGACGAATGGCTCCCATTCCTCGAATTAAAGGTCGAGCGGTTAATGCAATGACGATCGTCAGATAACATCGGAGGGGTTTCAAATGCCTCTTAGCCGTCCATTTCATAGAACATCGAGACTCCA
TCAGTTGTCTTGCTCATCTTACCCTCATTTTGTAATTCTCTTAGTGGCCGAGGGTTTCGAAGCGCGGGGAGATCAGCCTAAATAAATAGGGAATTGGGATTGTTTGCTGCAAGTATTGTTCTTGTTCGCCAAGAAATCAGTTCCGGGGTTGTGATTTGGTCTTCTGCGTTCGATTCTGCACGTTTTGAGCTTTATTTTGT
CAGGGTTGGCTAAAAGATGACCACCGAAAAGGAGAGGGAATATCATGTATACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCCGAACGATACGATGAAATGGTGGATTCTATGAAGAAAGTGGCCAAATTAGACGTTGAACTGACAGTGGAAGAAAGAAATCTGCTTTCTGTTGGGTATAAGAATGTTATTGGTGCTAGGAGGGCTT
CCTGGCGGATTATGTCCTCCATTGAACAAAAAGAGGAGGCCAAGGGTAATGAGGTGAATGCAAAGCGAATCAGGGACTATCGTCATAAAGTTGAGACAGAGCTGTCTAGAATCTGTGATGACATTTTAAATATTATTGATGAACATCTTATTCCATCTTCTAACTCTGGAGAGTCTATGGTCTTCTATTACAAGATGAAA
GGAGATTACTATCGTTATCTTGCCGAGTTCAAAACTGGTAGTGATAGGAAAGAAACTGCTGATCAGGCTCTCAAAGCATACATGAAGAAATCAGTTCTGGGGTTGTGATTTGGTCTTCTGCGTTCGATTCTGCACGTTTTGAGATTCATTTCGTCAGGGTTGGATAAAACATGACCACCGAAACGGAGAGGGAAAATCAT
GTATAAATGGCCAAGCTCGCCAAGAAATCAGTTACGGGGTTGTGATTTGCTCTTCTGTGTTCGATTCTGCACGTTTTGAGCACTGCTTCAACCACTGCAACAACAGATTTGCCTCCAACTCATCCCATCAGGCTTGGCCTTATTCTGAATTTCTCAGTGTTCTATTATGAAATTCTTAACTCTCCTGAGAGAGCGTGTCA
TTTGGCCAAACAAGCATTTGACGAAGCAATTGCAGAACTTGATGCTCTTAGTGAAGACTCGTACAAAGATAGCACATTAATAATGCAGCTACTAAGAGACAATCTTACCCTTTGGACTTCAGATTTGCAAGAAGATGGAGGAGAAGAGCAGATCAAAAGTGATGAGGTTAAGCCAGAAGATGGAGAGTTCATTTCTTCAG
GGTTGGCTAAAAGATGACCACTGAAAAGGAGAGGGAAAATCATGTATACATGTCCAAGCTCGCCGAGCAGGCTGAACGATACGACGCATTAATACTAAAAGGGGAGCGGAACGAGTTTATGCATGAGAAGCTATGATCCCTTGATTATTAGGGGGTAGATCATTATTTAATTTATAGTTCTTCCATAGTTTCTGCAGCAT
TGTAGATATAGGTATTACTTCAGCCCATTTGGTTACACATGGGATTGAATCTTTAGCTGATATGGCATTGGACTCGTTTCGCTAAATAGGTTTAGATGTATAAAACTTTCTATTCAGGGATCTGTTTTTTTTGTGGCTGGAACTGGGATGTATCTCTTTAGGGCATAAATCTGCAGCTGAAGGTGTTGTCTGATTTTAAA
ACAAAGAGCACATCGTATTGTTTATATATTTGAATGCCATACTGTTGAAGCATATATGAATGCGCTTTTATTGTTGTTACTTGATCTTTGTTCAGGCTGGGAAGTTTTTTGATACAGTAAGTACATTTCTGTTGCTGTTCTCAGCTTTTTAATGACAGCATATTTGCAACATCAGAGTTGGATAGATATTTTTATCGGTA
CACATCAGTGTTAAAAACAAACTGGGGATTCGCAAGGGTGCTAACTTAAAGGGGAGGCATGTTTTCTAACTATGTCATGCACTGTGCTTGTTATTTTAAAAATTATTTTGTAGTCTGTCTATCAATGATTGGAAGGTTTAGATATAAACTTAGATCTTGCTAGTGTTCCAGCTTCTCTTGTATGCTTTTGAAGACTTAAT
GTCATTGATTCCTGGGTATTGAAGTGATTGGAAGGGTA

>TRINITY_DN42519_c0_g1_i13 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CCTGATAGAAGGAACAACGCCATTAAACACGGATTCCATTTTTTTAATATTTTTCACACAAACGGCTCCCATCACATGACGAATGGCTCCCATTCCTCGAATTAAAGGTCGAGCGGTTAATGCAATGACGATCGTCAGATAACATCGGAGGGGTTTCAAATGCCTCTTAGCCGTCCATTTCATAGAACATCGAGACTCCA
TCAGTTGTCTTGCTCATCTTACCCTCATTTTGTAATTCTCTTAGTGGCCGAGGGTTTCGAAGCGCGGGGAGATCAGCCTAAATAAATAGGGAATTGGGATTGTTTGCTGCAAGTATTGTTCTTGTTCGCCAAGAAATCAGTTCCGGGGTTGTGATTTGGTCTTCTGCGTTCGATTCTGCACGTTTTGAGCTTTATTTTGT
CAGGGTTGGCTAAAAGATGACCACCGAAAAGGAGAGGGAATATCATGTATACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCCGAACGATACGATGAAATGGTGGATTCTATGAAGAAAGTGGCCAAATTAGACGTTGAACTGACAGTGGAAGAAAGAAATCTGCTTTCTGTTGGGTATAAGAATGTTATTGGTGCTAGGAGGGCTT
CCTGGCGGATTATGTCCTCCATTGAACAAAAAGAGGAGGCCAAGGGTAATGAGGTGAATGCAAAGCGAATCAGGGACTATCGTCATAAAGTTGAGACAGAGCTGTCTAGAATCTGTGATGACATTTTAAATATTATTGATGAACATCTTATTCCATCTTCTAACTCTGGAGAGTCTATGGTCTTCTATTACAAGATGAAA
GGAGATTACTATCGTTATCTTGCCGAGTTCAAAACTGGTAGTGATAGGAAAGAAACTGCTGATCAGGCTCTCAAAGCATACATGAAGAAATCAGTTCTGGGGTTGTGATTTGGTCTTCTGCGTTCGATTCTGCACGTTTTGAGATTCATTTCGTCAGGGTTGGATAAAACATGACCACCGAAACGGAGAGGGAAAATCAT
GTATAAATGGCCAAGCTCGCCAAGAAATCAGTTACGGGGTTGTGATTTGCTCTTCTGTGTTCGATTCTGCACGTTTTGAGCACTGCTTCAACCACTGCAACAACAGATTTGCCTCCAACTCATCCCATCAGGCTTGGCCTTATTCTGAATTTCTCAGTGTTCTATTATGAAATTCTTAACTCTCCTGAGAGAGCGTGTCA
TTTGGCCAAACAAGCATTTGACGAAGCAATTGCAGAACTTGATGCTCTTAGTGAAGACTCGTACAAAGATAGCACATTAATAATGCAGCTACTAAGAGACAATCTTACCCTTTGGACTTCAGATTTGCAAGAAGATGGAGGAGAAGAGCAGATCAAAAGTGATGAGGTTAAGCCAGAAGATGGAGAGTTCATTTCTTCAG
GGTTGGCTAAAAGATGACCACTGAAAAGGAGAGGGAAAATCATGTATACATGTCCAAGCTCGCCGAGCAGGCTGAACGATACGACGgtaagtaatttgagtggtttgcaggtaattgctttttacagtcttctacagttaaatatagggtgtagagtttcataaatttttgtatcattggtttcctctattgtactggag
ctgtttaagtaggcctttttgcttcttagttattagtatcattgagaggtattcgctcttggccatgttgtgtttgcagCATTAATACTAAAAGGGGAGCGGAACGAGTTTATGCATGAGAAGCTATGATCCCTTGATTATTAGGGGGTAGATCATTATTTAATTTATAGTTCTTCCATAGTTTCTGCAGCATTGTAGAT
ATAGGTATTACTTCAGCCCATTTGGTTACACATGGGATTGAATCTTTAGCTGATATGGCATTGGACTCGTTTCGCTAAATAGGTTTAGATGTATAAAACTTTCTATTCAGGGATCTGTTTTTTTTGTGGCTGGAACTGGGATGTATCTCTTTAGGGCATAAATCTGCAGCTGAAGGTGTTGTCTGATTTTAAAACAAAGA
GCACATCGTATTGTTTATATATTTGAATGCCATACTGTTGAAGCATATATGAATGCGCTTTTATTGTTGTTACTTGATCTTTGTTCAGGCTGGGAAGTTTTTTGATACAGTAAGTACATTTCTGTTGCTGTTCTCAGCTTTTTAATGACAGCATATTTGCAACATCAGAGTTGGATAGATATTTTTATCGGTACACATCA
GTGTTAAAAACAAACTGGGGATTCGCAAGGGTGCTAACTTAAAGGGGAGGCATGTTTTCTAACTATGTCATGCACTGTGCTTGTTATTTTAAAAATTATTTTGTAGTCTGTCTATCAATGATTGGAAGGTTTAGATATAAACTTAGATCTTGCTAGTGTTCCAGCTTCTCTTGTATGCTTTTGAAGACTTAATGTCATTG
ATTCCTGGGTATTGAAGTGATTGGAAGGGTA

Intron 2 GTATCTGCAT ... TGAATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.14	456.1	19.7	124
A2	18.17	367.7	15.2	76
A3	20.18	458.4	19.5	106
A4	23.8	331.7	19.3	95
A5	19.79	255.6	19.3	59
A6	21.37	3859.5	111.6	991
A7	21.71	2570.7	85.2	674
A8	23.6	2151.4	85	633
A9	22.04	2580.3	77.5	684
A10	21.82	2136.8	75.7	562

>TRINITY_DN107026_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAATATAAAAAAACAGCCAAAAATTACCAAGAAGCATAATAAACAAAGTTCGCTCCGAATTCAATTGTGAATTTTCTTGAGAGGAAGGCAAGAAAGAAGGAAGGAAGAATCAGCAGAGTACTCTGTTGCAATGGCGCGTTCAACAGATCCCTTGGTAGTGGGAAGAGTGATAGGGGATGTTATTGATATGTTCGTGCCT
TCCATGGACATGGCTGTCTACTATGGATCCAAGCAGGTCACCAATGGCTGCGAGATCAAACCCTCTGCAACTGTGGACCGCCCAAATGTGCAAATAGCCGGCCGACACTTCGACGACAGTCTCTATACTCTGGTTATGACAGACCCAGATGCTCCTAGCCCTAGCGAACCGAACATGCGGGAATGGGTTCACTGGATAGT
AACTGATATTCCTGCAGCCACAAATGCTGCTCAAGGGAGGGAGATATTGCCCTACATGGGTCCGAGGCCACCAATTGGCATTCATAGATACATCTTTGTTCTCTTCAAACAGTCCGGTCCCATGGTGATGACGATGCCTCCTCAGGCTCGCAACAATTTCAGCACTAGGGCATTTGCTTCACAGCATGGCCTCGGTCTTC
CTGTTTCTGCAACTTATTTCAATGCTCAGAAGGAGCCCGGAACTAGAAAGCGTTAATTAGCTGCTTCTGCTACTTGTAGTTCAGTAGTAATCAGAACCCTATTGATAAGGTGTTAATATAATATAATTCTATATGTCATATTCTAGAGGGGAGCAATTGTTCTAATCTCTACTTGCTCAGCATAGTTGAAATGAAAGATG
GGAGAGACGAAGGGGAGATTGTTCATTGCTTCTGCATGTTATAGTTGAGAGATATGCATCGAGTCTCAATGGCAGCTGGCTAGCTTTTGGTTTGTTCGCGCTGTAAAACACATCAATATAGATATGAATATGGACGATGGCATGAGCTTGAGGGCCATCTTTATATTGCAGGTCGGCAATAGACTGCAGTTGGATGTGAA
GCTGCAGTGTGTATATAGAGGAGAAACATGCAGTGATAATATAGATAGATAGATGAATTGCTGGTGTGTCATGTCGGTCTCTGTGTGTTCACTCAATAAAGTTGTAACCAGAGATCAAACATGAAGTTAAAAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTA
TTGTTCAGTA

>TRINITY_DN107026_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GACGACAGTCTCTATACTCTGGTACCCATCTCATGAATAATTAATTCTAGCGTCCCTCATTTCGGCTTTCATAGAATGAATATATGGTTTTGTTATCTTTATCAGCTTTCAGACATTGTTCTTCTTCTCTGAATGCATGCATTTACTTGCTCAGGTTATGACAGACCCAGATGCTCCTAGCCCTAGCGAACCGAACATGC
GGGAATGGGTTCACTGGTATAATTAATTCCCTCCCTTCTCCTCTCTTCAATTTATACACAGTAAGATAAGTGAGAAAGATTGTAGGGTAGAGATCCTATAATGAGAAATGATTTCAAGGTAGAGATCCTGTAATGAGAAATATTGTAAGGTTGAGATCCTGTAATGGAGTTATTGGCCATTCTTATGCATATCGAGGTTG
CGGGGTTCATATCTCCAGTTTCAATCTTCTTGAATTTCATATATCAGCCATTTGTGTTAAGCCAGATATGCATGGTCAAGTTTCAGAACCTCTAAAAGTTCCTTAAATTCTCAAGTGCATATTAGACTTGATTGGTCTGTGCTATATGCTGGTGTCCATTTTCAATTACAACTTGACTGGTTTAGATCGTGTGTGCTAGT
GTCCATATTTATTGAATTCAGTGCTTACACATAATGCTACATACAGAACAGATGGACCATCCCCCCTCTTCTTCCTTCATTTCTTTTGCTATTCATTCGCTCACCACTCGTTGCACATTTGCCACACTATTTTTATATGGATCAATTCTACACTCACACAGAGTTGATGGATCATTCTCACCCCCTCTTCCATTGCACTA
TCCTAGCAATCCCAGCTGTAGAATGCACCGTTGCAAAACTAGCATAGGCACCAGAAGGGATTGAAAGAAAATTTGGATGCTAAGACCTCAATGTTTTTGCGTGTCAAATTACTATCTAATAAACATTCAGATTTGCACCTAGAGTTAATAGATTCAAGTTTAAAACATTGAGATCTGTCCCTAGCCCTAATAGATTCAAG
TTATTTGTTTCTGTACTGTAACACTATCTAATAAACATTCTGTTTGCATATAGAGTCACTTCAGTCAAAGTTAAAATCAATATTATGTAATAAACATTTTCTTTGCACCAAGAGCTAATAGATCCAAGGTTAAAACATTCAAGTTGGCACCTGAAGATTGAATAGATTGGTTCAGATGGTATCTATCGGTTAAGATGATG
GATGCATGCCTTGAATAGCTTGGTTCAGATGGGGTCTAGGATCTATGCTGGTTTATTACCATATGGGAGTTAAGATGAATGCCTTGAATAGATTGGTTAAGATGGGATCTATGCCGGTTTTTTAGGTTATAGGAGTTGAGATGGATTCTGGTTTATTAGGTGATGGGAGTTGAGATGGATTCCTTGAATAGATTGGTTGA
GATGGATTCCTTGATAAGATTGGTTAAGTTGGGATCTATGCATAGTTGCTCTTTTAGTTTTGGTATCTCTTTTTGTTAAGATCACGGATTCAGCTGGTTTCTTAGGTTTTGGTTAAGAATACTATACTCTAGTGTATTAGGTCAAGCTGGTTTTGGTTTAGAAAACTATACTCTAGTGTATTAGGTTAAGCTGGTTTTGG
TTTAGAAAACTATACTCTAGTGTATTAGGTTAAGCTGGTTTTGGTTTAGAAAACTATACTCTAGTGTTTTAGGTTAAGCTGTTTTTTCTGTTTTCAGGTTTGGTTAGAATGAATCTATTCTTAGTTTATTACGTTTATGATGTTTTCCATTTCAGGTCTGGGAAGAACATTAAGATGTTCTTAGTGTATTAGGTTTAAGA
TGTTTTCTGTTTCAGGTTTGGGTAAGATGAATCTATTCTAGTCTATTAGGTTAAGAATTTTTTGGTTTCAGGTTTAGTTAAGATGAATTTATATTCTAGTATATCAGGTTAAGATTTTTTGGGTTTCAGGTTTAGTTAAGATGAATTTATATTTTATTAGGTTAAGATGTTTTTGGTTTCATTTTTAGATAAGATGAATC
TATTTTTAGTTTTATTGGATTAATTGAGATATACACCTTGCCTTAATACAAGGTTTAGATAGATTTGTTCCAGATTAGTTAGATTAAATAGAACTATGTTGGATTATCATGGGTTATCTGCAGTTTCTTTACATTATGGTCAGTAAACTAAATAATTGTCATTATTTCCACATAGAATCTCCGCACCTGGTTGGTTGTGG
AGCACCTCACTAATACTTGTGACCATAACCTTACTGTTGTTGTTGTTGTATCACTCAGGATAGTAACTGATATTCCTGCAGCCACAAATGCTGCTCAAGgtatctgcatgttagccattcttattaacgctattttctgccttctcatagtgtgttgatctgtaacaactagcaactagtgattgtttggatgctgaatt
tcagGGAGGGAGATATTGCCCTACATGGGTCCGAGGCCACCAATTGGCATTCATAGATACATCTTTGTTCTCTTCAAACAGTCCGGTCCCATGGTGATGACGATGCCTCCTCAGGCTCGCAACAATTTCAGCACTAGGGCATTTGCTTCACAGCATGGCCTCGGTCTTCCTGTTTCTGCAACTTATTTCAATGCTCAGAA
GGAGCCCGGAACTAGAAAGCGTTAATTAGCTGCTTCTGCTACTTGTAGTTCAGTAGTAATCAGAACCCTATTGATAAGGTGTTAATATAATATAATTCTATATGTCATATTCTAGAGGGGAGCAATTGTTCTAATCTCTACTTGCTCAGCATAGTTGAAATGAAAGATGGGAGAGACGAAGGGGAGATTGTTCATTGCTT
CTGCATGTTATAGTTGAGAGATATGCATCGAGTCTCAATGGCAGCTGGCTAGCTTTTGGTTTGTTCGCGCTGTAAAACACATCAATATAGATATGAATATGGACGATGGCATGAGCTTGAGGGCCATCTTTATATTGCAGGTCGGCAATAGACTGCAGTTGGATGTGAAGCTGCAGTGTGTATATAGAGGAGAAACATGC
AGTGATAATATAGATAGATAGATGAATTGCTGGTGTGTCATGTCGGTCTCTGTGTGTTCACTCAATAAAGTTGTAACCAGAGATCAAACATGAAGTTAAAAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTA

Intron 3 GTACCCATCT ... ACTTGCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5.62	496.7	37	10
A2	5.35	480	34.3	1
A3	7.02	654.7	64.7	6
A4	6	421.3	33.7	5
A5	5.42	347.7	25	13
A6	5.93	3972.7	322.7	6
A7	6.14	2978.3	250.7	15
A8	6.08	2291.3	190.3	7
A9	6.01	3046.3	250	1
A10	5.91	2414.7	195.3	2

>TRINITY_DN107026_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAATATAAAAAAACAGCCAAAAATTACCAAGAAGCATAATAAACAAAGTTCGCTCCGAATTCAATTGTGAATTTTCTTGAGAGGAAGGCAAGAAAGAAGGAAGGAAGAATCAGCAGAGTACTCTGTTGCAATGGCGCGTTCAACAGATCCCTTGGTAGTGGGAAGAGTGATAGGGGATGTTATTGATATGTTCGTGCCT
TCCATGGACATGGCTGTCTACTATGGATCCAAGCAGGTCACCAATGGCTGCGAGATCAAACCCTCTGCAACTGTGGACCGCCCAAATGTGCAAATAGCCGGCCGACACTTCGACGACAGTCTCTATACTCTGGTTATGACAGACCCAGATGCTCCTAGCCCTAGCGAACCGAACATGCGGGAATGGGTTCACTGGATAGT
AACTGATATTCCTGCAGCCACAAATGCTGCTCAAGGGAGGGAGATATTGCCCTACATGGGTCCGAGGCCACCAATTGGCATTCATAGATACATCTTTGTTCTCTTCAAACAGTCCGGTCCCATGGTGATGACGATGCCTCCTCAGGCTCGCAACAATTTCAGCACTAGGGCATTTGCTTCACAGCATGGCCTCGGTCTTC
CTGTTTCTGCAACTTATTTCAATGCTCAGAAGGAGCCCGGAACTAGAAAGCGTTAATTAGCTGCTTCTGCTACTTGTAGTTCAGTAGTAATCAGAACCCTATTGATAAGGTGTTAATATAATATAATTCTATATGTCATATTCTAGAGGGGAGCAATTGTTCTAATCTCTACTTGCTCAGCATAGTTGAAATGAAAGATG
GGAGAGACGAAGGGGAGATTGTTCATTGCTTCTGCATGTTATAGTTGAGAGATATGCATCGAGTCTCAATGGCAGCTGGCTAGCTTTTGGTTTGTTCGCGCTGTAAAACACATCAATATAGATATGAATATGGACGATGGCATGAGCTTGAGGGCCATCTTTATATTGCAGGTCGGCAATAGACTGCAGTTGGATGTGAA
GCTGCAGTGTGTATATAGAGGAGAAACATGCAGTGATAATATAGATAGATAGATGAATTGCTGGTGTGTCATGTCGGTCTCTGTGTGTTCACTCAATAAAGTTGTAACCAGAGATCAAACATGAAGTTAAAAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTA
TTGTTCAGTA

>TRINITY_DN107026_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GACGACAGTCTCTATACTCTGgtacccatctcatgaataattaattctagcgtccctcatttcggctttcatagaatgaatatatggttttgttatctttatcagctttcagacattgttcttcttctctgaatgcatgcatttacttgctcagGTTATGACAGACCCAGATGCTCCTAGCCCTAGCGAACCGAACATGC
GGGAATGGGTTCACTGGTATAATTAATTCCCTCCCTTCTCCTCTCTTCAATTTATACACAGTAAGATAAGTGAGAAAGATTGTAGGGTAGAGATCCTATAATGAGAAATGATTTCAAGGTAGAGATCCTGTAATGAGAAATATTGTAAGGTTGAGATCCTGTAATGGAGTTATTGGCCATTCTTATGCATATCGAGGTTG
CGGGGTTCATATCTCCAGTTTCAATCTTCTTGAATTTCATATATCAGCCATTTGTGTTAAGCCAGATATGCATGGTCAAGTTTCAGAACCTCTAAAAGTTCCTTAAATTCTCAAGTGCATATTAGACTTGATTGGTCTGTGCTATATGCTGGTGTCCATTTTCAATTACAACTTGACTGGTTTAGATCGTGTGTGCTAGT
GTCCATATTTATTGAATTCAGTGCTTACACATAATGCTACATACAGAACAGATGGACCATCCCCCCTCTTCTTCCTTCATTTCTTTTGCTATTCATTCGCTCACCACTCGTTGCACATTTGCCACACTATTTTTATATGGATCAATTCTACACTCACACAGAGTTGATGGATCATTCTCACCCCCTCTTCCATTGCACTA
TCCTAGCAATCCCAGCTGTAGAATGCACCGTTGCAAAACTAGCATAGGCACCAGAAGGGATTGAAAGAAAATTTGGATGCTAAGACCTCAATGTTTTTGCGTGTCAAATTACTATCTAATAAACATTCAGATTTGCACCTAGAGTTAATAGATTCAAGTTTAAAACATTGAGATCTGTCCCTAGCCCTAATAGATTCAAG
TTATTTGTTTCTGTACTGTAACACTATCTAATAAACATTCTGTTTGCATATAGAGTCACTTCAGTCAAAGTTAAAATCAATATTATGTAATAAACATTTTCTTTGCACCAAGAGCTAATAGATCCAAGGTTAAAACATTCAAGTTGGCACCTGAAGATTGAATAGATTGGTTCAGATGGTATCTATCGGTTAAGATGATG
GATGCATGCCTTGAATAGCTTGGTTCAGATGGGGTCTAGGATCTATGCTGGTTTATTACCATATGGGAGTTAAGATGAATGCCTTGAATAGATTGGTTAAGATGGGATCTATGCCGGTTTTTTAGGTTATAGGAGTTGAGATGGATTCTGGTTTATTAGGTGATGGGAGTTGAGATGGATTCCTTGAATAGATTGGTTGA
GATGGATTCCTTGATAAGATTGGTTAAGTTGGGATCTATGCATAGTTGCTCTTTTAGTTTTGGTATCTCTTTTTGTTAAGATCACGGATTCAGCTGGTTTCTTAGGTTTTGGTTAAGAATACTATACTCTAGTGTATTAGGTCAAGCTGGTTTTGGTTTAGAAAACTATACTCTAGTGTATTAGGTTAAGCTGGTTTTGG
TTTAGAAAACTATACTCTAGTGTATTAGGTTAAGCTGGTTTTGGTTTAGAAAACTATACTCTAGTGTTTTAGGTTAAGCTGTTTTTTCTGTTTTCAGGTTTGGTTAGAATGAATCTATTCTTAGTTTATTACGTTTATGATGTTTTCCATTTCAGGTCTGGGAAGAACATTAAGATGTTCTTAGTGTATTAGGTTTAAGA
TGTTTTCTGTTTCAGGTTTGGGTAAGATGAATCTATTCTAGTCTATTAGGTTAAGAATTTTTTGGTTTCAGGTTTAGTTAAGATGAATTTATATTCTAGTATATCAGGTTAAGATTTTTTGGGTTTCAGGTTTAGTTAAGATGAATTTATATTTTATTAGGTTAAGATGTTTTTGGTTTCATTTTTAGATAAGATGAATC
TATTTTTAGTTTTATTGGATTAATTGAGATATACACCTTGCCTTAATACAAGGTTTAGATAGATTTGTTCCAGATTAGTTAGATTAAATAGAACTATGTTGGATTATCATGGGTTATCTGCAGTTTCTTTACATTATGGTCAGTAAACTAAATAATTGTCATTATTTCCACATAGAATCTCCGCACCTGGTTGGTTGTGG
AGCACCTCACTAATACTTGTGACCATAACCTTACTGTTGTTGTTGTTGTATCACTCAGGATAGTAACTGATATTCCTGCAGCCACAAATGCTGCTCAAGGTATCTGCATGTTAGCCATTCTTATTAACGCTATTTTCTGCCTTCTCATAGTGTGTTGATCTGTAACAACTAGCAACTAGTGATTGTTTGGATGCTGAATT
TCAGGGAGGGAGATATTGCCCTACATGGGTCCGAGGCCACCAATTGGCATTCATAGATACATCTTTGTTCTCTTCAAACAGTCCGGTCCCATGGTGATGACGATGCCTCCTCAGGCTCGCAACAATTTCAGCACTAGGGCATTTGCTTCACAGCATGGCCTCGGTCTTCCTGTTTCTGCAACTTATTTCAATGCTCAGAA
GGAGCCCGGAACTAGAAAGCGTTAATTAGCTGCTTCTGCTACTTGTAGTTCAGTAGTAATCAGAACCCTATTGATAAGGTGTTAATATAATATAATTCTATATGTCATATTCTAGAGGGGAGCAATTGTTCTAATCTCTACTTGCTCAGCATAGTTGAAATGAAAGATGGGAGAGACGAAGGGGAGATTGTTCATTGCTT
CTGCATGTTATAGTTGAGAGATATGCATCGAGTCTCAATGGCAGCTGGCTAGCTTTTGGTTTGTTCGCGCTGTAAAACACATCAATATAGATATGAATATGGACGATGGCATGAGCTTGAGGGCCATCTTTATATTGCAGGTCGGCAATAGACTGCAGTTGGATGTGAAGCTGCAGTGTGTATATAGAGGAGAAACATGC
AGTGATAATATAGATAGATAGATGAATTGCTGGTGTGTCATGTCGGTCTCTGTGTGTTCACTCAATAAAGTTGTAACCAGAGATCAAACATGAAGTTAAAAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTA

Intron 4 GTATAATTAA ... TATCACTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.57	537	100.1	44.1
A2	12.89	495.6	74.4	33.2
A3	11.49	600.4	78.4	35.1
A4	13.83	416.5	67.8	22.4
A5	14.44	337.1	57.3	29.3
A6	12.45	4529	646.1	301.5
A7	13.35	3152.5	490.1	209.8
A8	13.41	2496.4	389.3	181
A9	14.07	3235.7	540.2	185.7
A10	12.82	2574.8	382.8	168.7

>TRINITY_DN107026_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAATATAAAAAAACAGCCAAAAATTACCAAGAAGCATAATAAACAAAGTTCGCTCCGAATTCAATTGTGAATTTTCTTGAGAGGAAGGCAAGAAAGAAGGAAGGAAGAATCAGCAGAGTACTCTGTTGCAATGGCGCGTTCAACAGATCCCTTGGTAGTGGGAAGAGTGATAGGGGATGTTATTGATATGTTCGTGCCT
TCCATGGACATGGCTGTCTACTATGGATCCAAGCAGGTCACCAATGGCTGCGAGATCAAACCCTCTGCAACTGTGGACCGCCCAAATGTGCAAATAGCCGGCCGACACTTCGACGACAGTCTCTATACTCTGGTTATGACAGACCCAGATGCTCCTAGCCCTAGCGAACCGAACATGCGGGAATGGGTTCACTGGATAGT

AACTGATATTCCTGCAGCCACAAATGCTGCTCAAGGGAGGGAGATATTGCCCTACATGGGTCCGAGGCCACCAATTGGCATTCATAGATACATCTTTGTTCTCTTCAAACAGTCCGGTCCCATGGTGATGACGATGCCTCCTCAGGCTCGCAACAATTTCAGCACTAGGGCATTTGCTTCACAGCATGGCCTCGGTCTTC
CTGTTTCTGCAACTTATTTCAATGCTCAGAAGGAGCCCGGAACTAGAAAGCGTTAATTAGCTGCTTCTGCTACTTGTAGTTCAGTAGTAATCAGAACCCTATTGATAAGGTGTTAATATAATATAATTCTATATGTCATATTCTAGAGGGGAGCAATTGTTCTAATCTCTACTTGCTCAGCATAGTTGAAATGAAAGATG
GGAGAGACGAAGGGGAGATTGTTCATTGCTTCTGCATGTTATAGTTGAGAGATATGCATCGAGTCTCAATGGCAGCTGGCTAGCTTTTGGTTTGTTCGCGCTGTAAAACACATCAATATAGATATGAATATGGACGATGGCATGAGCTTGAGGGCCATCTTTATATTGCAGGTCGGCAATAGACTGCAGTTGGATGTGAA
GCTGCAGTGTGTATATAGAGGAGAAACATGCAGTGATAATATAGATAGATAGATGAATTGCTGGTGTGTCATGTCGGTCTCTGTGTGTTCACTCAATAAAGTTGTAACCAGAGATCAAACATGAAGTTAAAAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTA
TTGTTCAGTA

>TRINITY_DN107026_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAAATATAAAAAAACAGCCAAAAATTACCAAGAAGCATAATAAACAAAGTTCGCTCCGAATTCAATTGTGAATTTTCTTGAGAGGAAGGCAAGAAAGAAGGAAGGAAGAATCAGCAGAGTACTCTGTTGCAATGGCGCGTTCAACAGATCCCTTGGTAGTGGGAAGAGTGATAGGGGATGTTATTGATATGTTCGTGCCT
TCCATGGACATGGCTGTCTACTATGGATCCAAGCAGGTCACCAATGGCTGCGAGATCAAACCCTCTGCAACTGTGGACCGCCCAAATGTGCAAATAGCCGGCCGACACTTCGACGACAGTCTCTATACTCTGGTTATGACAGACCCAGATGCTCCTAGCCCTAGCGAACCGAACATGCGGGAATGGGTTCACTGgtataa
ttaattccctcccttctcctctcttcaatttatacacagtaagataagtgagaaagattgtagggtagagatcctataatgagaaatgatttcaaggtagagatcctgtaatgagaaatattgtaaggttgagatcctgtaatggagttattggccattcttatgcatatcgaggttgcggggttcatatctccagtttc
aatcttcttgaatttcatatatcagccatttgtgttaagccagatatgcatggtcaagtttcagaacctctaaaagttccttaaattctcaagtgcatattagacttgattggtctgtgctatatgctggtgtccattttcaattacaacttgactggtttagatcgtgtgtgctagtgtccatatttattgaattcagt
gcttacacataatgctacatacagaacagatggaccatcccccctcttcttccttcatttcttttgctattcattcgctcaccactcgttgcacatttgccacactatttttatatggatcaattctacactcacacagagttgatggatcattctcaccccctcttccattgcactatcctagcaatcccagctgtaga
atgcaccgttgcaaaactagcataggcaccagaagggattgaaagaaaatttggatgctaagacctcaatgtttttgcgtgtcaaattactatctaataaacattcagatttgcacctagagttaatagattcaagtttaaaacattgagatctgtccctagccctaatagattcaagttatttgtttctgtactgtaac
actatctaataaacattctgtttgcatatagagtcacttcagtcaaagttaaaatcaatattatgtaataaacattttctttgcaccaagagctaatagatccaaggttaaaacattcaagttggcacctgaagattgaatagattggttcagatggtatctatcggttaagatgatggatgcatgccttgaatagcttg
gttcagatggggtctaggatctatgctggtttattaccatatgggagttaagatgaatgccttgaatagattggttaagatgggatctatgccggttttttaggttataggagttgagatggattctggtttattaggtgatgggagttgagatggattccttgaatagattggttgagatggattccttgataagattg
gttaagttgggatctatgcatagttgctcttttagttttggtatctctttttgttaagatcacggattcagctggtttcttaggttttggttaagaatactatactctagtgtattaggtcaagctggttttggtttagaaaactatactctagtgtattaggttaagctggttttggtttagaaaactatactctagtg
tattaggttaagctggttttggtttagaaaactatactctagtgttttaggttaagctgttttttctgttttcaggtttggttagaatgaatctattcttagtttattacgtttatgatgttttccatttcaggtctgggaagaacattaagatgttcttagtgtattaggtttaagatgttttctgtttcaggtttggg
taagatgaatctattctagtctattaggttaagaattttttggtttcaggtttagttaagatgaatttatattctagtatatcaggttaagattttttgggtttcaggtttagttaagatgaatttatattttattaggttaagatgtttttggtttcatttttagataagatgaatctatttttagttttattggatta
attgagatatacaccttgccttaatacaaggtttagatagatttgttccagattagttagattaaatagaactatgttggattatcatgggttatctgcagtttctttacattatggtcagtaaactaaataattgtcattatttccacatagaatctccgcacctggttggttgtggagcacctcactaatacttgtga
ccataaccttactgttgttgttgttgtatcactcagGATAGTAACTGATATTCCTGCAGCCACAAATGCTGCTCAAGGTATCTGCATGTTAGCCATTCTTATTAACGCTATTTTCTGCCTTCTCATAGTGTGTTGATCTGTAACAACTAGCAACTAGTGATTGTTTGGATGCTGAATTTCAGGGAGGGAGATATTGCCCT
ACATGGGTCCGAGGCCACCAATTGGCATTCATAGATACATCTTTGTTCTCTTCAAACAGTCCGGTCCCATGGTGATGACGATGCCTCCTCAGGCTCGCAACAATTTCAGCACTAGGGCATTTGCTTCACAGCATGGCCTCGGTCTTCCTGTTTCTGCAACTTATTTCAATGCTCAGAAGGAGCCCGGAACTAGAAAGCGT
TAATTAGCTGCTTCTGCTACTTGTAGTTCAGTAGTAATCAGAACCCTATTGATAAGGTGTTAATATAATATAATTCTATATGTCATATTCTAGAGGGGAGCAATTGTTCTAATCTCTACTTGCTCAGCATAGTTGAAATGAAAGATGGGAGAGACGAAGGGGAGATTGTTCATTGCTTCTGCATGTTATAGTTGAGAGAT
ATGCATCGAGTCTCAATGGCAGCTGGCTAGCTTTTGGTTTGTTCGCGCTGTAAAACACATCAATATAGATATGAATATGGACGATGGCATGAGCTTGAGGGCCATCTTTATATTGCAGGTCGGCAATAGACTGCAGTTGGATGTGAAGCTGCAGTGTGTATATAGAGGAGAAACATGCAGTGATAATATAGATAGATAGA
TGAATTGCTGGTGTGTCATGTCGGTCTCTGTGTGTTCACTCAATAAAGTTGTAACCAGAGATCAAACATGAAGTTAAAAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTA

Intron 5 GTATAATTAA ... TATCACTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A6	13.09	4678	6	823
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A8	13.53	2575	21	467
A9	11.87	3333	10	517
A10	12.79	2655	7	450.5

>TRINITY_DN43569_c1_g4_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GAAGAAAAGAACTTCAGTCTCATGTGCATTGAAAATGTTGCAACAATTATGTGCAGCAATAGCTCAGGACCGCTCCAAGAAAATATAAAAAAACAGCCAAAAATTACCAAGAAGCATAATAAACAAAGTTCGCTCCGAATTCAATTGTGAATTTTCTTGAGAGGAAGGCAAGAAAGAAGGAAGGAAGAATCAGCAGAGTA
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TCTATACTCTGGTTATGACAGACCCAGATGCTCCTAGCCCTAGCGAACCGAACATGCGGGAATGGGTTCACTGGATAGTAACTGATATTCCTGCAGCCACAAATGCTGCTCAAGGGAGGGAGATATTGCCCTACATGGGTCCGAGGCCACCAATTGGCATTCATAGATACATCTTTGTTCTCTTCAAACAGTCCGGTCCC
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TATAATTCTATATGTCATATTCTAGAGGGGAGCAATTGTTCTAATCTCTACTTGCTCAGCATAGTTGAAATGAAAGATGGGAGAGACGAAGGGGAGATTGTTCATTGCTTCTGCATGTTATAGTTGAGAGATATGCATCGAGTCTCAATGGCAGCTGGCTAGCTTTTGGTTTGTTCGCGCTGTAAAACACATCAATATAG
ATATGAATATGGACGATGGCATGAGCTTGAGGGCCATCTTTATATTGCAGGTCGGCAATAGACTGCAGTTGGATGTGAAGCTGCAGTGTGTATATAGAGGAGAAACATGCAGTGATAATATAGATAGATAGATGAATTGCTGGTGTGTCATGTCGGTCTCTGTGTGTTCACTCAATAAAGTTGTAACCAGAGATCAAACA
TGAAGTTAAAAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTA

>TRINITY_DN43569_c1_g4_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAAGAAAAGAACTTCAGTCTCATGTGCATTGAAAATGTTGCAACAATTATGTGCAGCAATAGCTCAGGACCGCTCCAAGAAAATATAAAAAAACAGCCAAAAATTACCAAGAAGCATAATAAACAAAGTTCGCTCCGAATTCAATTGTGAATTTTCTTGAGAGGAAGGCAAGAAAGAAGGAAGGAAGAATCAGCAGAGTA
CTCTGTTGCAATGGCGCGTTCAACAGATCCCTTGGTAGTGGGAAGAGTGATAGGGGATGTTATTGATATGTTCGTGCCTTCCATGGACATGGCTGTCTACTATGGATCCAAGCAGGTCACCAATGGCTGCGAGATCAAACCCTCTCCTACTGTGGACCAACCAAATGTGCAAATAGCCGACCGAAACTTCGACGATAGTC
TCTATACTCTAGTACCCATCTCATGAATAATTAATTCTAGTGTCCCTCATTTCGGCTTTCATAAAATGAATATATAGTTTTGTTATCTTTATCAGCTTTCAGACATTGTTCTTCTTCTCTGAATGCATGCATTTACTTGCTCAGGTTATGACAGACCCAGATGCTCCTAGCCCTAGCGAACCGAACATGCGGGAATGGGT

TCACTGgtataattaattccctcccttctcctctcttcaatttatacacagtaagataagtgagaaagattgtagggtagagatcctataatgagaaatgatttcaaggtagagatcctgtaatgagaaatattgtaaggttgagatcctgtaatggagttattggccattcttatgcatatcgaggttgcggggttcat
atctccagtttcaatcttcttgaatttcatatatcagccatttgtgttaagccagatatgcatggtcaagtttcagaacctctaaaagttccttaaattctcaagtgcatattagacttgattggtctgtgctatatgctggtgtccattttcaattacaacttgactggtttagatcgtgtgtgctagtgtccatattt
attgaattcagtgcttacacataatgctacatacagaacagatggaccatcccccctcttcttccttcatttcttttgctattcattcgctcaccactcgttgcacatttgccacactatttttatatggatcaattctacactcacacagagttgatggatcattctcaccccctcttccattgcactatcctagcaat
cccagctgtagaatgcaccgttgcaaaactagcataggcaccagaagggattgaaagaaaatttggatgctaagacctcaatgtttttgcgtgtcaaattactatctaataaacattcagatttgcacctagagttaatagattcaagtttaaaacattgagatctgtccctagccctaatagattcaagttatttgttt
ctgtactgtaacactatctaataaacattctgtttgcatatagagtcacttcagtcaaagttaaaatcaatattatgtaataaacattttctttgcaccaagagctaatagatccaaggttaaaacattcaagttggcacctgaagattgaatagattggttcagatggtatctatcggttaagatgatggatgcatgcc
ttgaatagcttggttcagatggggtctaggatctatgctggtttattaccatatgggagttaagatgaatgccttgaatagattggttaagatgggatctatgccggttttttaggttataggagttgagatggattctggtttattaggtgatgggagttgagatggattccttgaatagattagttgagatggattct
ggtttattaggtgatgggagttgagatggattccttgaatagattggttgagatggattccttgataagattggttaagttgggatctatgcatagttgctcttttagttttggtatctctttttgttaagatcacggattcagctggtttcttaggttttggttaagaatactatactctagtgtattaggtcaagctg
gttttggtttagaaaactatactctagtgtattaggttaagctggttttggtttagaaaactatactctagtgtattaggttaagctggttttggtttagaaaactatactctagtgttttaggttaagctgttttttctgttttcaggtttggttagaatgaatctattcttagtttattacgtttatgatgttttcca
tttcaggtctgggaagaacattaagatgttcttagtgtattaggtttaagatgttttctgtttcaggtttgggtaagatgaatctattctagtctattaggttaagaattttttggtttcaggtttagttaagatgaatttatattctagtatatcaggttaagattttttgggtttcaggtttagttaagatgaattta
tattttattaggttaagatgtttttggtttcatttttagataagatgaatctatttttagttttattggattaattgagatatacaccttgccttaatacaaggtttagatagatttgttccagattagttagattaaatagaactatgttggattatcatgggttatctgcagtttctttacattatggtcagtaaact
aaataattgtcattatttccacatagaatctccgcacctggttggttgtggagcacctcactaatacttgtgaccataaccttactgttgttgttgttgtatcactcagGATAGTAACTGATATTCCTGCAGCCACAAATGCTGCTCAAGGGAGGGAGATATTGCCCTACATGGGTCCGAGGCCACCAATTGGCATTCAT
AGATACATCTTTGTTCTCTTCAAACAGTCCGGTCCCATGGTGATGACGATGCCTCCTCAGGCTCGCAACAATTTCAGCACTAGGGCATTTGCTTCACAGCATGGCCTCGGTCTTCCTGTTTCTGCAACTTATTTCAATGCTCAGAAGGAGCCCGGAACTAGAAAGCGTTAATTAGCTGCTTCTGCTACTTGTAGTTCAGT
AGTAATCAGAACCCTATTGATAAGGTGTTAATATAATATAATTCTATATGTCATATTCTAGAGGGGAGCAATTGTTCTAATCTCTACTTGCTCAGCATAGTTGAAATGAAAGATGGGAGAGACGAAGGGGAGATTGTTCATTGCTTCTGCATGTTATAGTTGAGAGATATGCATCGAGTCTCAATGGCAGCTGGCTAGCT
TTTGGTTTGTTCGCGCTGTAAAACACATCAATATAGATATGAATATGGACGATGGCATGAGCTTGAGGGCCATCTTTATATTGCAGGTCGGCAATAGACTGCAGTTGGATGTGAAGCTGCAGTGTGTATATAGAGGAGAAACATGCAGTGATAATATAGATAGATAGATGAATTGCTGGTGTGTCATGTCGGTCTCTGTG
TGTTCACTCAATAAAGTTGTAACCAGAGATCAAACATGAAGTTAAAAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTATGGTTAATGAATGTTGTATTGTTCAGTA