sp|Q9ZST9|TIC22_PEA ----> Protein TIC 22, chloroplastic

Intron 1 GTACAACTTC ... ACTTGAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	2	6	6
A2	60	13	28	11
A3	42.11	11	8	8
A4	48.15	7	8	5
A5	39.13	7	9	0
A6	53.6	29	35	32
A7	52.94	24	26	28
A8	46.48	19	24	9
A9	61.34	23	41	32
A10	52.58	23	20	31

>TRINITY_DN40764_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GAGAGAGTTTCGAACCTGCGCTGGATGCAAATCTAATGAAAGGCGCTTCGTCGTATAAACTTAGTAGGACTAAAGCCCGGTTACGGAAGACGAGATTCGTTTTTGGACAGCATTGATATCCAAAACAACAGAACACATGATAACTAGAGAATCGGTCGATGTTCTAACAGTAATAGGCAGATAGATCGACAGATAAGCAG
TAGCTTCCTGTTCTTTCTTCCTCTGCTGCAAAAATAATTTACAATGAAATCTTCCCTACCTTCGTCGGCCATGGATTGCTCACATGATTCCTCCACTTCTCGCACTGTTTCATCCAAATTCCATCTCGCATTTTCCCTCAAAGACACTCCTATCCCAAACATGGACAGACTGCTACCGAATTTTCACCAAATCGAGCATT
CAGGCGCCATCAACAGAACTATAAAGCCAGCCGAATTCGATATTTCTACCCCCAAACTATTTCCAGTATCAGCTGCAAATAATTACACAGTTCCTCATTTAACCAACGTGGTTTCTAATTTATTTAAGTCTATAACATCGAAGACGAATGCACCGGCTGCGAAGCAAAATCCATGGTTGAGGTTTGGTAAAGAAATAGGG
CAGAGAATCGAGGAATGTAAGGCTTGCCTGGGGAGCGTTATTTCTGATGCAACGAGGCCGAGGCAACGTGTAGTGCCATGCTTTGCCAGCGTTTCGGCTGGTGGACAAGAGTCCTGGGAGCCTAAGTCTATGTTTCAGCTTGCTTTGAGTACAGAGTATGTGGCCAAGACGCTTGAGGGAGTTCCTGTTTACACTGTCAG
CAACGCGAACAATGAATTTGTGTTGGTTTCGGACCCGGATAGTTCAAGGTCCCTCGGGTTACTGTGCTTCAGACAACAGGATGCAGAGGCCCTCCTTGCGCAGGTTTACACACTCAAGGTTGAAGGAATTGCATTCCGCTTTTTGCCAGATCCTGTCCAAGTTAAAAATGCATTACAGATAACGTCAAAAGATTTGTCAA
AAGCTTTTGATGGGGTGCCTGTGTTTCAGTCAGATCGCGTGGTTATAACAAAAAATAATCGACGGTTATATCCGCTCTACTTCTGCAAGGAAGATTTAGAAAGAGAGCTTATAAAGATTTTGAGGAACCAACCCAAAGCATCCCAGCTATCCTCAGATATTCTGGTGGGAAGTTTGGAAGGAATTCTCAAAAAAATGGAG
GAAAGTAAAACTAGATCAGGCTGGGATGATGTAGTCTTTATTCCACCTGGGAAGAGTTCAACTGAACATATTCAGAAAGTCCTTGTGTGAATAATTGGAGAGAATATATGTTAAACAATTTTTACGTTCTCTTACTCTAGAGTTGCTTACATATAGACTAAAATTTCTTGACTGTTGTGCATGAAATGCACCCTTTTTTC
TCATGTGAATGTCTGTCCCATATGCTCAAAGCAGGTGAGTAATGTGGCTGTTTGAGCATTGAGCGATATTTATTCTTTAAGTTCCTTTATGTTCAACTCCGAAGATGAGTTCAATCTCTTAAGAAAAGTTGGCATAATTTTTTTGAGTATATGGCATCCATTTCTTTGGGTAAGCCATCCCAGAATGTAAATGCTGTTCC
AGAGTTGAGTTTTAGACCAGCAAAATGACATCGCTAACACTAAACATTGTTTTCTTCTCATATAAAGAACAATTGAATCTCTGGTATCCATAAATATGCAATCTGCCACATTCTATATTTTAATGCTATCAAATGCACATCTTACACAGGCATGGCTGATTTGTGCACAAGCTGAAGCTGTTGACAAAAATTAGACACAG
TTTAAAGATCAGAGCAGGAATGCACGCTGCATAATCACAAACTGGACACTGTACAGAAAATCATACATAAATGTGATCAACT

>TRINITY_DN40764_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAGGAACTGTGTAATTATTTGCAGCCGATACTGGAAATAGTTTGGTAAAGAAATAGGGCAGAGAATCGAGGAATGTAAGGCTTGCCTGGGGAGCGTTATTTCTGATGCAACGAGGCCGAGGCAACGTGTAGTGCCATGCTTTGCCAGCGTTTCGGCTGGTGGACAAGAGTCCTGGGAGCCTAAGTCTATGTTTCAGCTTG
CTTTGAGTACAGAGTATGTGGCCAAGACGCTTGAGGGAGTTCCTGTTTACACTGTCAGCAACGCGAACAATGAATTTGTGTTGGTTTCGGACCCGGATAGTTCAAGGTCCCTCGGGTTACTGTGCTTCAGACAACAGGATGCAGAGGCCCTCCTTGCGCAGgtacaacttcgacaaccattgttaagccggggagcaaag
gttgtaccaattccacttgaaaagGTTTACACACTCAAGGTTGAAGGAATTGCATTCCGCTTTTTGCCAGATCCTGTCCAAGTTAAAAATGCATTACAGATAACGTCAAAAGATTTGTCAAAAGCTTTTGATGGGGTGCCTGTGTTTCAGTCAGATCGCGTGGTTATAACAAAAAATAATCGACGGTTATATCCGCTCTA
CTTCTGCAAGGAAGATTTAGAAAGAGAGCTTATAAAGATTTTGAGGAACCAACCCAAAGCATCCCAGCTATCCTCAGATATTCTGGTGGGAAGTTTGGAAGGAATTCTCAAAAAAATGGAGGAAAGTAAAACTAGATCAGGCTGGGATGATGTAGTCTTTATTCCACCTGGGAAGAGTTCAACTGAACATATTCAGAAAG
TCCTTGTGTGAATAATTGGAGAGAATATATGTTAAACAATTTTTACGTTCTCTTACTCTAGAGTTGCTTACATATAGACTAAAATTTCTTGACTGTTGTGCATGAAATGCACCCTTTTTTCTCATGTGAATGTCTGTCCCATATGCTCAAAGCAGGTGAGTAATGTGGCTGTTTGAGCATTGAGCGATATTTATTCTTTA
AGTTCCTTTATGTTCAACTCCGAAGATGAGTTCAATCTCTTAAGAAAAGTTGGCATAATTTTTTTGAGTATATGGCATCCATTTCTTTGGGTAAGCCATCCCAGAATGTAAATGCTGTTCCAGAGTTGAGTTTTAGACCAGCAAAATGACATCGCTAACACTAAACATTGTTTTCTTCTCATATAAAGAACAATTGAATC
TCTGGTATCCATAAATATGCAATCTGCCACATTCTATATTTTAATGCTATCAAATGCACATCTTACACAGGCATGGCTGATTTGTGCACAAGCTGAAGCTGTTGACAAAAATTAGACACAGTTTAAAGATCAGAGCAGGAATGCACGCTGCATAATCACAAACTGGACACTGTACAGAAAATCATACATAAATGTGATCA
ACT

Intron 2 GTTTACACAC ... TGCATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	6	5
A2	100	0	11	5
A3	100	0	8	7
A4	100	0	5	7
A5	-1	0	0	0
A6	100	0	32	26
A7	100	0	28	27
A8	87.1	2	9	18
A9	92.31	2	32	16
A10	100	0	31	26

>TRINITY_DN44910_c1_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

GGCGAACTAGGTCAACTGGCTGCACCAAAAACGCCAGGGGAAAACGCACTATTGCTCAGCATTTGGTCTTCGGGATTTGTCTTCAACACAAAGCTCCTCCATCTCTATTATTTCAGGTACAACTTCGACAACCATTGTTAAGCCGGGGAGCAAAGGTTGTACCAATTCCACTTGAAAAGATAACGTCAAAAGATTTGTCA
AAAGCTTTTGATGGGGTGCCTGTGTTTCAGT

>TRINITY_DN44910_c1_g1_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CAAATGCGGTGTTAGGTTTAGATGAAAATTTTGAAAAATTAAATTAGTTTAATCGAAAGCTGATACAGAAAACAACCGAGGGAGAGAGTTTCGAACCTGCGCTGGATGCAAATCTAATGAAAGGCGCTTCGTCGTATAAACTTAGTAGGACTAAAGCCCGGTTACGGAAGACGAGATTCGTTTTTGGACAGCATTGATAT
CCAAAACAACAGAACACATGATAACTAGAGAATCGGTCGATGTTCTAACAGTAATAGGCAGATAGATCGACAGATAAGCAGTAGCTTCCTGTTCTTTCTTCCTCTGCTGCAAAAATAATTTACAATGAAATCTTCCCTACCTTCGTCGGCCATGGATTGCTCACATGATTCCTCCACTTCTCGCACTGTTTCATCCAAAT
TCCATCTCGCATTTTCCCTCAAAGACACTCCTATCCCAAACATGGACAGACTGCTACCGAATTTTCACCAAATCGAGCATTCAGGCGCCATCAACAGAACTATAAAGCCAGCCGAATTCGATATTTCTACCCCCAAACTATTTCCAGTATCAGCTGCAAATAATTACACAGTTCCTCATTTAACCAACGTGGTTTCTAAT
TTATTTAAGTCTATAACATCGAAGACGAATGCACCGGCTGCGAAGCAAAATCCATGGTTGAGGTTTGGTAAAGAAATAGGGCAGAGAATCGAGGAATGTAAGGCTTGCCTGGGGAGCGTTATTTCTGATGCAACGAGGCCGAGGCAACGTGTAGTGCCATGCTTTGCCAGCGTTTCGGCTGGTGGACAAGAGTCCTGGGA
GCCTAAGTCTATGTTTCAGCTTGCTTTGAGTACAGAGTATGTGGCCAAGACGCTTGAGGGAGTTCCTGTTTACACTGTCAGCAACGCGAACAATGAATTTGTGTTGGTTTCGGACCCGGATAGTTCAAGGTCCCTCGGGTTACTGTGCTTCAGACAACAGGATGCAGAGGCCCTCCTTGCGCAGGTACAACTTCGACAAC
CATTGTTAAGCCGGGGAGCAAAGGTTGTACCAATTCCACTTGAAAAGgtttacacactcaaggttgaaggaattgcattccgctttttgccagatcctgtccaagttaaaaatgcattacagATAACGTCAAAAGATTTGTCAAAAGCTTTTGATGGGGTGCCTGTGTTTCAGTATTAACATGCAGTCAGATCGCGTGGT
TATAACAAAAAATAATCGACGGTTATATCCGCTCTACTTCTGCAAGGAAGATTTAGAAAGAGAGCTTATAAAGATTTTGAGGAACCAACCCAAAGCATCCCAGCTATCCTCAGATATTCTGGTGGGAAGTTTGGAAGGAATTCTCAAAAAAATGGAGGAAAGTAAAACTAGATCAGGCTGGGATGATGTAGTCTTTATTC
CACCTGGGAAGAGTTCAACTGAACATATTCAGAAAGTCCTTGTGTGAATAATTGGAGAGAATATATGTTAAACAATTTTTACGTTCTCTTACTCTAGAGTTGCTTACATATAGACTAAAATTTCTTGACTGTTGTGCATGAAATGCACCCTTTTTTCTCATGTGAATGTCTGTCCCATATGCTCAAAGCAGGTGAGTAAT
GTGGCTGTTTGAGCATTGAGCGATATTTATTCTTTAAGTTCCTTTATGTTCAACTCCGAAGATGAGTTCAATCTCTTAAGAAAAGTTGGCATAATTTTTTTGAGTATATGGCATCCATTTCTTTGGGTAAGCCATCCCAGAATGTAAATGCTGTTCCAGAGTTGAGTTTTAGACCAGCAAAATGACATCGCTAACACTAA
ACATTGTTTTCTTCTCATATAAAGAACAATTGAATCTCTGGTATCCATAAATATGCAATCTGCCACATTCTATATTTTAATGCTATCAAATGCACATCTTACACAGGCATGGCTGATTTGTGCACAAGCTGAAGCTGTTGACAAAAATTAGACACAGTTTAAAGATCAGAGCAGGAATGCACGCTGCATAATCACAAACT
GGACACTGTACAGAAAATCATACATAAATGTGAT

Intron 3 GTAGAGTCTT ... TAAATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	12.5	0	0
A2	-1	0	0	0
A3	27.78	13	0	5
A4	7.14	13	0	1
A5	-1	0	0	0
A6	13.6	44.5	2	7
A7	23.4	36	0	11
A8	30.95	29	0	13
A9	17.07	34	0	7
A10	23.4	36	0	11

>TRINITY_DN38845_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

TAGGACTAAAGCCCGGTTACGGAAGACGAGATTCGTTTTTGGACAGCATTGATATCCAAAACAACAGAACACATGATAACTAGAGAATCGGTCGATGTTCTAACAGTAATAGGCAGATAGATCGACAGATAAGCAGTAGCTTCCTGTTCTTTCTTCCTCTGCTGCAAAAATAATTTACAATGAAATCTTCCCTACCTTCG
TCGGCCATGGATTGCTCACATGATTCCTCCACTTCTCGCACTGTTTCATCCAAATTCCATCTCGCATTTTCCCTCAAAGACACTCCTATCCCAAACATGGACAGACTGCTACCGAATTTTCACCAAATCGAGCATTCAGGCGCCATCAACAGAACTATAAAGCCAGCCGAATTCGATATTTCTACCCCCAAACTATTTCC
AGTATCAGCTGCAAATAATTACACAGTTCCTCATTTAACCAACGTGGTTTCTAATTTATTTAAGTCTATAACATCGAAGACGAATGCACCGGCTGCGAAGCAAAATCCATGGTTGAGGTTTGGTAAAGAAATAGGGCAGAGAATCGAGGAATGTAAGGCTTGCCTGGGGAGCGTTATTTCTGATGCAACGAGGCCGAGGC
AACGTGTAGTGCCATGCTTTGCCAGCGTTTCGGCTGGTGGACAAGAGTCCTGGGAGCCTAAGTCTATGTTTCAGCTTGCTTTGAGTACAGAGTATGTGGCCAAGACGCTTGAGGGAGTTCCTGTTTACACTGTCAGCAACGCGAACAATGAATTTGTGTTGGTTTCGGACCCGGATAGTTCAAGGTCCCTCGGGTTACTG
TGCTTCAGACAACAGGATGCAGAGGCCCTCCTTGCGCAGGTACAACTTCGACAACCATTGTTAAGCCGGGGAGCAAAGGTTGTACCAATTCCACTTGAAAAGGTTTACACACTCAAGGTTGAAGGAATTGCATTCCGCTTTTTGCCAGATCCTGTCCAAGTTAAAAATGCATTACAGATAACGTCAAAAGATTTGTCAAA
AGCTTTTGATGGGGTGCCTGTGTTTCAGTCAGATCGCGTGGTTATAACAAAAAATAATCGACGGTTATATCCGCTCTACTTCTGCAAGGAAGATTTAGAAAGAGAGCTTATAAAGATTTTGAGGAACCAACCCAAAGCATCCCAGCTATCCTCAGATATTCTGGTGGGAAGTTTGGAAGGAATTCTCAAAAAAATGGAGG
AAAGTAAAACTAGATCAGGCTGGGATGATGTAGTCTTTATTCCACCTGGGAAGAGTTCAACTGAACATATTCAGAAAGTCCTTGTGTGAATAATTGGAGAGAATATATGTTAAACAATTTTTACGTTCTCTTACTCTAGAGTTGCTTACATATAGACTAAAATTTCTTGACTGTTGTGCATGAAATGCACCCTTTTTTCT
CATGTGAATGTCTGTCCCATATGCTCAAAGCAGGTGAGTAATGTGGCTGTTTGAGCATTGAGCGATATTTATTCTTTAAGTTCCTTTATGTTCAACTCCGAAGATGAGTTCAATCTCTTAAGAAAAGTTGGCATAATTTTTTTGAGTATATGGCATCCATTTCTTTGGGTAAGCCATCCCAGAATGTAAATGCTGTTCCA
GAGTTGAGTTTTAGACCAGCAAAATGACATCGCTAACACTAAACATTGTTTTCTTCTCATATAAAGAACAATTGAATCTCTGGTATCCATAAATATGCAATCTGCCACATTCTATATTTTAATGCTATCAAATGCACATCTTACACAGGCATGGCTGATTTGTGCACAAGCTGAAGCTGTTGACAAAAATTAGACACAGT
TTAAAGATCAGAGCAGGAATGCACGCTGCATAATCACAAACTGGAC

>TRINITY_DN38845_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AGGAATTCTCAAAAAAATGGAGgtagagtcttgctttatggatacagttctaatgcatagtctttgtatttgctttgctttggtgtttttttgttgagaaaaaggaactttcctcttttattctttttaaagttgatagttgctcaccatttctatttctgtttgctaaatggcagGAAAGTAAAACTAGATCAGGCTGG
GATGATGTAGTCTTTATTCCACCTGGGAAGAGTTCAACTGAACATATTCAGAAAGTCCTTGTGTGAATAATTGGAGAGAATATATGTTAAACAATTTTTACGTTCTCTTACTCTAGAGTTGCTTACATATAGACTAAAATTTCTTGACTGTTGTGCATGAAATGCACCCTTTTTTCTCATGTGAATGTCTGTCCCATATG
CTCAAAGCAGGTGAGTAATGTGGCTGTTTGAGCATTGAGCGATATTTATTCTTTAAGTTCCTTTATGTTCAACTCCGAAGATGAGTTCAATCTCTTAAGAAAAGTTGGCATAATTTTTTTGAGTATATGGCATCCATTTCTTTGGGTAAGCCATCCCAGAATGTAAATGCTGTTCCAGAGTTGAGTTTTAGACCAGCAAA
ATGACATCGCTAACACTAAACATTGTTTTCTTCTCATATAAAGAACAATTGAATCTCTGGTATCCATAAATATGCAATCTGCCACATTCTATATTTTAATGCTATCAAATGCACATCTTACACAGGCATGGCTGATTTGTGCACAAGCTGAAGCTGTTGACAAAAATTAGACACAGTTTAAAGATCAGAGCAGGAATGCA
CGCTGCATAATCACAAACTGGAC