sp|Q8GYY7|DHU1_ARATH ----> Protein DWD HYPERSENSITIVE TO UV-B 1
Intron 1 GTAAAGCCCC ... TCATATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 85.71 | 2 | 12 | 12 |
| A2 | 75 | 2 | 5 | 7 |
| A3 | 50.69 | 15 | 18 | 12.8 |
| A4 | 60 | 4 | 4 | 8 |
| A5 | 53.85 | 3 | 4 | 3 |
| A6 | 61.38 | 28 | 72 | 17 |
| A7 | 73.49 | 11 | 50 | 11 |
| A8 | 62.55 | 35 | 84 | 32.9 |
| A9 | 65.52 | 25 | 63 | 32 |
| A10 | 62.67 | 14 | 25 | 22 |
>TRINITY_DN42972_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoformCAGATTTAGAACTTGAGTTCCTGTCGTACCAGGAAACTAAATATGACAGGACAGTTTTTGGCACTTCATACAATGAATCTGGACTTCAATGTTTATGTAACTAGCCTGCCTGAAGGCTGCTTTAGTTCTATGCCAAAACTGACAAGGCTTTCTATGTGTGAAACTAGAATTGCAAATTTCTGGACAACAGTGGCTGCATT
ATCAAGACTTCCCTTATTATCAGAGCTTCGTTTTCAGAATTGCTTGTGCTGTCATGACACAGGGCAATGCCCACTGTCTTCAACTGATAAGATCAACTCTTTTGTCCATGAAAGTCTCTCTTCAAATGAAGCCTGTAAGGCTTGGTGCACGGAATGGTCTTCTATTGATCACGAGAGTGTTAGGTTCCCCGATTCAGAAT
CCTCAGAAACAGAAGTAGAGGCTTTCCGTCACATATTCTCAGATGATGAGTCAGTCATGCGCCGCCGTTTAGTTCATAGTTCTGGTGAAGATTCTTCAGATGAAAGTATAGGTGAATTACAATTCCACTTGAGAGAGCCAATCCCTTTAGAGGACAGTCTTGCAGATATTCAGCAAACAGATTTTCTGGGGAATCTGAGT
ACAGGGGGAAATGGAATCACAGACATGGACTTCAATGATGCTAATACCTTGGTGCAACAATTTGTGCATGTAGGAGCAGAGGAAAGATTCTTTGAGACAGCTGAAGGGTTTTCTTCTAGGGAAGATGGACTGATGTCTATTAGAGATAGGGGAATGCTGGGGAATATTAGTGATGTTTCTGGTAATTCATTTGACAATAC
TGTATCTCTTGATGCATTTTATGATGCAGCAGAGACATCCACACTACTCAGGGCAAGTGCAATAAGCAATGGAGAAGGGACTTCTGGGGATGAGTTGAACAGTGAAGATTCTGTAATGCATGCTGCGGTTGCACCTAGACGAAATGCTTCACACCATCCCTCCTCAATTTGTTTTGAGAAAAATTATAGAGAGTTCATGA
TAGCCTCCTTACCTGGTTTAAGAGTGCTTGACAATTTACCTGTAACTCAGTTGGAGAGAGAGAGAGCATGGACAGTGTTTGAACAACATTTTGAATCTCTTCCATATAATAGGAGAGAGAGAGAGAATGTTTTCAACATTTTAAAAGGGCGTGAAACTGGAATAGGATCTGGAATACTTTTGCCTTACAAGCGAAAGCGA
CTAGTCACAAGCAATGGTAATGCAGTTTCATTTTCTAGATCTATTTGTGCAGCCAAAATGGCTTCTTGTGCATGGCCGGCCACTTACCCTATTTCCAAATTGAAAAGAAACTCTACTGAAAATTCTACTGAGATTAACAAGAAATTTCGGCCCAGGCAATTTGAATATCATCCATCTGATTCTAGTTTGATGGTCTTTGG
GACTTTGGACGGGGAAGTGGTTGTGATCAACCATGAAAGTGGTAAAATCGTCGGCCATGTTCAGTCAGTTGGAGCAAATCACAGTATTCTTGGACTCTGTTGGCTCAACAAGGACCCTACAAAGCTTATTGCTGGCTCTGACAATGGCACATTACAACTGTATGACGTGAACCGAATGCGCTCAACTGTTCTTCCTTCCA
AATATGGTGCAGGCGGCAGCAGTAGCAACCCTGCCACTTACACATATGAAGAGTTTGAGCAATTAACATCTGTCCATATTAATTCAACAGATAATTATTTCCTTGCTAGTGGATATTCAAAACATGTTGCCCTTTATGATGTTTGCAGTGGTAAACGGTTACAAGTTTTTGAAGATCTGCACCGTGAACATATAAATGTG
GTAAAATTTGCTCATCATTCCCCATACATGTTTGCCACTTCATCATTTGACCAGGAAATCAAAATGTGGGATTTACGACAAAAGCCTACACATCCTTTATATACCACTACCAGCTTAAGGGGGAATGTGATGGTGTGCTTTTCTCGTGATGATCATTATATCCTTTCCTCAGCTGTTGATAATGAGGTCAAACAACATTT
AGCTGTGGATGGGAGGCTACATATGAAATTTGACATTGCTCCTACAGGAAGTGCTCAGAACTATACTCGGACATATTACATGAATGGAAGAGATTACATTATTAGTGGGAGTTGTGAGGAAAATGTTGTTCGTATATGCTGTGCTCAGACTGGCAGAAGACTTAAGGATCTTGCCCTTGAGGACTTTCACTTAAGCGTGC
TGGCAGCATACCTTCATCCAGAGTCCAAGTCTGAGATCCTTAAGATCAATTTGCTCTCAAGTGATGTATGTTGCAAGGACCACAGTTTTGATCTGCAGTGTTTACCCTTTTCTGGGATGGGTGGCTAAGGTTGATTCGTTTGAGCATTATGCTACAATGACTCTCCTTCAGTTTGATAACTGTGAATACTGGAATTTCTA
CAATTGTAGATAAGTGTATCACTAATAGGAAGGAAATTTTGGACTATATATTTTGAAGCACACGTTTTGGTATCCTGGCATACTTGGTTGTTGTTTGAACTTCTTTTCATCCGAGAAATTTTGACAGATTGAAACATAAAAAATATACCCAAAGCGTTTAAATATCAACACGGTGATTTATATTGGTTTTTTAACCAATC
AAAACTCAGATATCAAGCAAGGTGCTTTCATTACAGCAGCAATAAATTTTCCAGTGAGATTGGGTGTGGAGGTTGTATTTATCCCAGGCTTTAAGTGTCTACTGCAGATTGCTTCATGAAATGTAAGAAGATGTTTTAGTGTGGTTCTTTTGTTTTGTCTATTTCTAGCAGCTCTTGTGGCCGCTATTGATGAAATTGAA
GGTCCAACCGTTTCTATGGTAAGCTGGGTAGCTCAACTCAGAATCAGCATAAAGTAAGGAGCATTGATGACAGAGTCCTCGATTTGGAAAGAATAAACTAACAAGAACCAGTGAATATCAGAATTTTGCTGGGGTGAAAGTGATCTGAATTTTTAGTTTTTTGCCACAGCTTGAATACCAACAAAACCATATTTGTACTC
TCCTTCAGTTTTTGAAAGAAAATACGGTTTGGCTTAACTACAAAATGTTTTTGGAATGTCGTTTGGCAGTTTTAACTCTTAATTCGAAATACAAGCTTTCTTACACAAA
>TRINITY_DN42972_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:CAGATTTAGAACTTGAGTTCCTGTCGTACCAGGAAACTAAATATGACAGGACAGTTTTTGGCACTTCATACAATGAATCTGGACTTCAATGTTTATGTAACTAGCCTGCCTGAAGGCTGCTTTAGTTCTATGCCAAAACTGACAAGGCTTTCTATGTGTGAAACTAGAATTGCAAATTTCTGGACAACAGTGGCTGCATT
ATCAAGACTTCCCTTATTATCAGAGCTTCGTTTTCAGAATTGCTTGTGCTGTCATGACACAGGGCAATGCCCACTGTCTTCAACTGATAAGATCAACTCTTTTGTCCATGAAAGTCTCTCTTCAAATGAAGCCTGTAAGGCTTGGTGCACGGAATGGTCTTCTATTGATCACGAGAGTGTTAGGTTCCCCGATTCAGAAT
CCTCAGAAACAGAAGTAGAGGCTTTCCGTCACATATTCTCAGATGATGAGTCAGTCATGCGCCGCCGTTTAGTTCATAGTTCTGGTGAAGATTCTTCAGATGAAAGTATAGGTGAATTACAATTCCACTTGAGAGAGCCAATCCCTTTAGAGGACAGTCTTGCAGATATTCAGCAAACAGATTTTCTGGGGAATCTGAGT
ACAGGGGGAAATGGAATCACAGACATGGACTTCAATGATGCTAATACCTTGGTGCAACAATTTGTGCATGTAGGAGCAGAGGAAAGATTCTTTGAGACAGCTGAAGGGTTTTCTTCTAGGGAAGATGGACTGATGTCTATTAGAGATAGGGGAATGCTGGGGAATATTAGTGATGTTTCTGGTAATTCATTTGACAATAC
TGTATCTCTTGATGCATTTTATGATGCAGCAGAGACATCCACACTACTCAGGGCAAGTGCAATAAGCAATGGAGAAGGGACTTCTGGGGATGAGTTGAACAGTGAAGATTCTGTAATGCATGCTGCGGTTGCACCTAGACGAAATGCTTCACACCATCCCTCCTCAATTTGTTTTGAGAAAAATTATAGAGAGTTCATGA
TAGCCTCCTTACCTGGTTTAAGAGTGCTTGACAATTTACCTGTAACTCAGTTGGAGAGAGAGAGAGCATGGACAGTGTTTGAACAACATTTTGAATCTCTTCCATATAATAGGAGAGAGAGAGAGAATGTTTTCAACATTTTAAAAGGGCGTGAAACTGGAATAGGATCTGGAATACTTTTGCCTTACAAGCGAAAGCGA
CTAGTCACAAGCAATGGTAATGCAGTTTCATTTTCTAGATCTATTTGTGCAGCCAAAATGGCTTCTTGTGCATGGCCGGCCACTTACCCTATTTCCAAATTGAAAAGAAACTCTACTGAAAATTCTACTGAGATTAACAAGAAATTTCGGCCCAGGCAATTTGAATATCATCCATCTGATTCTAGTTTGATGGTCTTTGG
GACTTTGGACGGGGAAGTGGTTGTGATCAACCATGAAAGTGGTAAAATCGTCGGCCATGTTCAGTCAGTTGGAGCAAATCACAGTATTCTTGGACTCTGTTGGCTCAACAAGGACCCTACAAAGCTTATTGCTGGCTCTGACAATGGCACATTACAACTGTATGACGTGAACCGAATGCGCTCAACTGTTCTTCCTTCCA
AATATGGTGCAGGCGGCAGCAGTAGCAACCCTGCCACTTACACATATGAAGAGTTTGAGCAATTAACATCTGTCCATATTAATTCAACAGATAATTATTTCCTTGCTAGTGGATATTCAAAACATGTTGCCCTTTATGATGTTTGCAGTGGTAAACGGTTACAAGTTTTTGAAGATCTGCACCGTGAACATATAAATGTG
GTAAAATTTGCTCATCATTCCCCATACATGTTTGCCACTTCATCATTTGACCAGGAAATCAAAATGTGGGATTTACGACAAAAGCCTACACATCCTTTATATACCACTACCAGCTTAAGGGGGAATGTGATGGTGTGCTTTTCTCGTGATGATCATTATATCCTTTCCTCAGCTGTTGATAATGAGGTCAAACAACATTT
AGCTGTGGATGGGAGGCTACATATGAAATTTGACATTGCTCCTACAGGAAGTGCTCAGAACTATACTCGGACATATTACATGAATGGAAGAGATTACATTATTAGTGGGAGTTGTGAGGAAAATGTTGTTCGTATATGCTGTGCTCAGACTGGCAGAAGACTTAAGGATCTTGCCCTTGAGGACTTTCACTTAAGCGTGC
TGGCAGCATACCTTCATCCAGAGTCCAAGTCTGAGATCCTTAAGATCAATTTGCTCTCAAGTGATGTATGTTGCAAGGACCACAGTTTTGATCTGCAGTGTTTACCCTTTTCTGGGATGGGTGGCTAAGGTTGATTCGTTTGAGCATTATGCTACAATGACTCTCCTTCAGTTTGATAACTGTGAATACTGGAATTTCTA
CAATTGTAGATAAGTGTATCACTAATAGGAAGGAAATTTTGGACTATATATTTTGAAGCACACGTTTTGGTATCCTGGCATACTTGGTTGTTGTTTGAACTTCTTTTCATCCGAgtaaagccccttctgtggatcttccagagcataaacttttccctaaattctaatagcagataatgtttcaagttgatcgaagcttc
taatatgttcattgtttcatatacagGAAATTTTGACAGATTGAAACATAAAAAATATACCCAAAGCGTTTAAATATCAACACGGTGATTTATATTGGTTTTTTAACCAATCAAAACTCAGATATCAAGCAAGGTGCTTTCATTACAGCAGCAATAAATTTTCCAGTGAGATTGGGTGTGGAGGTTGTATTTATCCCAGG
CTTTAAGTGTCTACTGCAGATTGCTTCATGAAATGTAAGAAGATGTTTTAGTGTGGTTCTTTTGTTTTGTCTATTTCTAGCAGCTCTTGTGGCCGCTATTGATGAAATTGAAGGTCCAACCGTTTCTATGGTAAGCTGGGTAGCTCAACTCAGAATCAGCATAAAGTAAGGAGCATTGATGACAGAGTCCTCGATTTGGA
AAGAATAAACTAACAAGAACCAGTGAATATCAGAATTTTGCTGGGGTGAAAGTGATCTGAATTTTTAGTTTTTTGCCACAGCTTGAATACCAACAAAACCATATTTGTACTCTCCTTCAGTTTTTGAAAGAAAATACGGTTTGGCTTAACTACAAAATGTTTTTGGAATGTCGTTTGGCAGTTTTAACTCTTAATTCGAA
ATACAAGCTTTCTTACACAAA
Intron 2 GTAAATTTAT ... ATGCTCTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 86.96 | 3 | 20 | 7 |
| A2 | 93.75 | 1 | 15 | 2 |
| A3 | 83.33 | 6 | 30 | 7 |
| A4 | 88.46 | 3 | 23 | 1 |
| A5 | 84.62 | 2 | 11 | 3 |
| A6 | 87.5 | 2 | 14 | 2 |
| A7 | 92.86 | 1 | 13 | 4 |
| A8 | 100 | 0 | 1 | 0 |
| A9 | 86.67 | 2 | 13 | 1 |
| A10 | 100 | 0 | 16 | 4 |
>TRINITY_DN42269_c1_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoformGCGGTAGAAAGCCCATATGTTTCATCTTGATCATTACTGATGTAGATTACTCTGGTTGTGCTTTCAGGTATACTGATTCTTGCAGGAACCATGGGTCTATTCCGAATGATTTCATTTTGTTAGCTTTTGCCAAGGCTAAACTTCTAAAATCTCCGAATGGAGCATGCACCTTGGAGATCAATATCGACCAGCTCACAGAA
ACTGATTTTGCTCCTTTAACAGAAGTCTTTTCTTTGGTAGGTCGCTGGTGTGGTTCTCTCTCTCTGGCTGCACAAGTAAGGCATCTGTGTCATACCTGTCTATATTGAATCCTGTTATATTGTAGTAAGATTTTTCATGCCAATTCTCTGAATGTTATT
>TRINITY_DN42269_c1_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCGGTAGAAAGCCCATATGTTTCATCTTGATCATTACTGATGTAGATTACTCTGGTTGTGCTTTCAGGTATACTGATTCTTGCAGGAACCATGGGTCTATTCCGAATGATTTCATTTTGTTAGCTTTTGCCAAGGCTAAACTTCTAAAATCTCCGAATGGAGCATGCACCTTGGAGATCAATATCGACCAGCTCACAGAA
ACTGATTTTGCTCCTTTAACAGAAGTCTTTTCTTTGgtaaatttatcagaagtagatgcagttgatatacttcacacctcacgatgtataattgtcaatggtcaagaactcttgactctgatgcgctgtattggccctaaactccgaacggtttatttaaaagatgtttctcttggcaaagatgctcttagGTAGGTCGC
TGGTGTGGTTCTCTCTCTCTGGCTGCACAAGTAAGGCATCTGTGTCATACCTGTCTATATTGAATCCTGTTATATTGTAGTAAGATTTTTCATGCCAATTCTCTGAATGTTATT
Intron 3 GCTAAACTTC ... TGATAATGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 70.73 | 12 | 28 | 30 |
| A2 | 69.23 | 6 | 12 | 15 |
| A3 | 56.45 | 27 | 27 | 43 |
| A4 | 67.16 | 11 | 21 | 24 |
| A5 | 63.64 | 6 | 11 | 10 |
| A6 | 56.1 | 36 | 21 | 71 |
| A7 | 77.78 | 10 | 14 | 56 |
| A8 | 56.72 | 29 | 5 | 71 |
| A9 | 67.57 | 12 | 10 | 40 |
| A10 | 54.55 | 20 | 14 | 34 |
>TRINITY_DN42795_c0_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoformTGCGAGAAGACTCTATTATTTTTGGCGAATTCAATTCAATTCCGAGCTTTCAATTTTCTTTGATATCTCTTTCCCATCTCTGCGGGCGATACAATCGCTCGGGAATTCTCATCTGTCGAAGACAAGCGATGGAGATTGGCATTTTGGAAGCTCGGTATACTGATTCTTGCAGGAACCATGGGTCTATTCCGAATGATTTC
ATTTTGTTAGCTTTTGCCAAGGTCAAACAGCATTTAGCTGTGGATGGGAGGCTACATATGAAATTTGACATTGCTCCTACAGGAAGTGCTCAGAACTATACTCGGACATATTACATGAATGGAAGAGATTACATTATTAGTGGGAGTTGTGAGGAAAATGTTGTTCGTATATGCTGTGCTCAGACTGGCAGAAGACTTAA
GGATCTTGCCCTTGAGGGGCGTGGATTGAGAAGTTCTTTGTATGTGCAGTCTTTGCGTGGTGATCCTTTTCGGGACTTTCACTTAAGCGTGCTGGCAGCATACCTTCATCCAGAGTCCAAGTCTGAGATCCTTAAGATCAATTTGCTCTCAAGTGATGTATGTTGCAAGGACCACAGTTTTGATCTGCAGTGTTTACCCT
TTTCTGGGATGGGTGGCTAAGGTTGATTCGTTTGAGCATTATGCTACAATGACTCTCCTTCAGTTTGATAACTGTGAATACTGGAATTTCTACAATTGTAGATAAGTGTATCACTAATAGGAAGGAAATTTTGGACTATATATTTTGAAGCACACGTTTTGGTATCCTGGCATACTTGGTTGTTGTTTGAACTTCTTTTC
ATCCGAGTAAAGCCCCTTCTGTGGATCTTCCAGAGCATAAACTTTTCCCTAAATTCTAATAGCAGATAATGTTTCAAGTTGATCGAAGCTTCTAATATGTTCATTGTTTCATATACAGGAAATTTTGACAGATTGAAACATAAAAAATATACCCAAAGCGTTTAAATATCAACACGGTGATTTATATTGGTTTTTTAACC
AATCAAAACTCAGATATCAAGCAAGGTGCTTTCATTACAGCAGCAATAAATTTTCCAGTGAGATTGGGTGTGGAGGTTGTATTTATCCCAGGCTTTAAGTGTCTACTGCAGATTGCTTCATGAAATGTAAGAAGATGTTTTAGTGTGGTTCTTTTGTTTTGTCTATTTCTAGCAGCTCTTGTGGCCGCTATTGATGAAAT
TGAAGGTCCAACCGTTTCTATGGTAAGCTGGGTAGCTCAACTCAGAATCAGCATAAAGTAAGGAGCATTGATGACAGAGTCCTCGATTTGGAAAGAATAAACTAACAAGAACCAGTGAATATCAGAATTTTGCTGGGGTGAAAGTGATCTGAATTTTTAGTTTTTTGCCACAGCTTGAATACCAACAAAACCATATTTGT
ACTCTCCTTCAGTTTTTGAAAGAAAATACGGTTTGGCTTAACTACAAAATGTTTTTGGAATGTCGTTTGGCAGTTTTAACTCTTAATTCGAAATACAAGCTTTCTTACACAACACTATTATGAACTAGCTTTCAGAACAGTAACTTACATAATTGGAAAACAAGTAACTAATTCAATTTAGTGTGCATACAAGTTTAT
>TRINITY_DN42795_c0_g1_i11 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGCGAGAAGACTCTATTATTTTTGGCGAATTCAATTCAATTCCGAGCTTTCAATTTTCTTTGATATCTCTTTCCCATCTCTGCGGGCGATACAATCGCTCGGGAATTCTCATCTGTCGAAGACAAGCGATGGAGATTGGCATTTTGGAAGCTCGGTATACTGATTCTTGCAGGAACCATGGGTCTATTCCGAATGATTTC
ATTTTGTTAGCTTTTGCCAAGgctaaacttctaaaatctccgaatggagcatgcaccttggagatcaatatcgaccagctcacagaaactgattttgctcctttaacagaagtcttttctttggtaaatttatcagaagtagatgcagttgatatacttcacacctcacgatgtataattgtcaatggtcaagaactctt
gactctgatgcgctgtattggccctaaactccgaacggtttatttaaaagatgtttctcttggcaaagatgctcttagggatcttttggaaagaggtttaccatgccagattttgaacttgagttcctgtcgtaccaggaaactaaatatgacaggacagtttttggcacttcatacaatgaatctggacttcaatgttt
atgtaactagcttgcctgaaggctgctttagttctatgccaaaactgacaaggctttctatgtgtgaaactagaattgcaaatttctggacaacagtggctgcattatcaagacttcccttattatcagagcttcgttttcagaattgcttgtgctgtcatgacacagggcaatgcccactgtcttcaactgataagatc
aactcttttgtccatgaaagtctctcttcaaatgaagcctgtaaggcttggtgcacggaatggtcttctattgatcacgagagtgttaggttccccgattcagaatcctcagaaacagaagtagaggctttccgtcacatattctcagatgatgagtcagtcatgcgccgccgtttagttcatagttctggtgaagattc
ttcagatgaaagtataggtgaattacaattccacttgagagagccaatccctttagaggacagtcttgcagatattcagcaaacagattttctggggaatctgagtacagggggaaatggaatcacagacatggacttcaatgatgctaataccttggtgcaacaatttgtgcatgtaggagcagaggaaagattctttg
agacagctgaagggttttcttctagggaagatggactgatgtctattagagataggggaatgctggggaatattagtgatgtttctggtaattcatttgacaatactgtatctcttgatgcattttatgatgcagcagagacatccacactactcagggcaagtgcaataagcaatggagaagggacttctggggatgag
ttgaacagtgaagattctgtaatgcatgctgcggttgcacctagacgaaatgcttcacaccatccctcctcaatttgttttgagaaaaattatagagagttcatgatagcctccttacctggtttaagagtgcttgacaatttacctgtaactcagttggagagagagagagcatggacagtgtttgaacaacattttga
atctcttccatataataggagagagagagagaatgttttcaacattttaaaagggcgtgaaactggaataggatctggaatacttttgccttacaagcgaaagcgactagtcacaagcaatggtaatgcagtttcattttctagatctatttgtgcagccaaaatggcttcttgtgcatggccggccacttaccctattt
ccaaattgaaaagaaactctactgaaaattctactgagattaacaagaaatttcggcccaggcaatttgaatatcatccatctgattctagtttgatggtctttgggactttggacggggaagtggttgtgatcaaccatgaaagtggtaaaatcgtcggccatgttcagtcagttggagcaaatcacagtattcttgga
ctctgttggctcaacaaggaccctacaaaggtatgctgggtcttgagatcaaactaggttgattcctacagtcaacaagataaactgcacttatatgaacctcttattgctggctctgacaatggcacattacaactgtatgacgtgaaccgaatgcgctcaactgttcttccttccaaatatggtgcaggcggcagcag
tagcaaccctgccacttacacatatgaagagtttgagcaattaacatctgtccatattaattcaacagataattatttccttgctagtggatattcaaaacatgttgccctttatgatgtttgcagtggtaaacggttacaagtttttgaagatctgcaccgtgaacatataaatgtggtaaaatttgctcatcattccc
catacatgtttgccacttcatcatttgaccaggaaatcaaaatgtgggatttacgacaaaagcctacacatcctttatataccactaccagcttaagggggaatgtgatggtgtgcttttctcgtgatgatcattatatcctttcctcagctgttgataatgagGTCAAACAGCATTTAGCTGTGGATGGGAGGCTACAT
ATGAAATTTGACATTGCTCCTACAGGAAGTGCTCAGAACTATACTCGGACATATTACATGAATGGAAGAGATTACATTATTAGTGGGAGTTGTGAGGAAAATGTTGTTCGTATATGCTGTGCTCAGACTGGCAGAAGACTTAAGGATCTTGCCCTTGAGGGGCGTGGATTGAGAAGTTCTTTGTATGTGCAGTCTTTGCG
TGGTGATCCTTTTCGGGACTTTCACTTAAGCGTGCTGGCAGCATACCTTCATCCAGAGTCCAAGTCTGAGATCCTTAAGATCAATTTGCTCTCAAGTGATGTATGTTGCAAGGACCACAGTTTTGATCTGCAGTGTTTACCCTTTTCTGGGATGGGTGGCTAAGGTTGATTCGTTTGAGCATTATGCTACAATGACTCTC
CTTCAGTTTGATAACTGTGAATACTGGAATTTCTACAATTGTAGATAAGTGTATCACTAATAGGAAGGAAATTTTGGACTATATATTTTGAAGCACACGTTTTGGTATCCTGGCATACTTGGTTGTTGTTTGAACTTCTTTTCATCCGAGTAAAGCCCCTTCTGTGGATCTTCCAGAGCATAAACTTTTCCCTAAATTCT
AATAGCAGATAATGTTTCAAGTTGATCGAAGCTTCTAATATGTTCATTGTTTCATATACAGGAAATTTTGACAGATTGAAACATAAAAAATATACCCAAAGCGTTTAAATATCAACACGGTGATTTATATTGGTTTTTTAACCAATCAAAACTCAGATATCAAGCAAGGTGCTTTCATTACAGCAGCAATAAATTTTCCA
GTGAGATTGGGTGTGGAGGTTGTATTTATCCCAGGCTTTAAGTGTCTACTGCAGATTGCTTCATGAAATGTAAGAAGATGTTTTAGTGTGGTTCTTTTGTTTTGTCTATTTCTAGCAGCTCTTGTGGCCGCTATTGATGAAATTGAAGGTCCAACCGTTTCTATGGTAAGCTGGGTAGCTCAACTCAGAATCAGCATAAA
GTAAGGAGCATTGATGACAGAGTCCTCGATTTGGAAAGAATAAACTAACAAGAACCAGTGAATATCAGAATTTTGCTGGGGTGAAAGTGATCTGAATTTTTAGTTTTTTGCCACAGCTTGAATACCAACAAAACCATATTTGTACTCTCCTTCAGTTTTTGAAAGAAAATACGGTTTGGCTTAACTACAAAATGTTTTTG
GAATGTCGTTTGGCAGTTTTAACTCTTAATTCGAAATACAAGCTTTCTTACACAACACTATTATGAACTAGCTTTCAGAACAGTAACTTACATAATTGGAAAACAAGTAACTAATTCAATTTAGTGTGCATACAAGTTTAT
Intron 4 GCTAAACTTC ... TGATAATGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 70.73 | 12 | 28 | 30 |
| A2 | 69.23 | 6 | 12 | 15 |
| A3 | 56.45 | 27 | 27 | 43 |
| A4 | 67.16 | 11 | 21 | 24 |
| A5 | 63.64 | 6 | 11 | 10 |
| A6 | 56.1 | 36 | 21 | 71 |
| A7 | 77.78 | 10 | 14 | 56 |
| A8 | 56.72 | 29 | 5 | 71 |
| A9 | 67.57 | 12 | 10 | 40 |
| A10 | 54.55 | 20 | 14 | 34 |
>TRINITY_DN42795_c0_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoformTGCGAGAAGACTCTATTATTTTTGGCGAATTCAATTCAATTCCGAGCTTTCAATTTTCTTTGATATCTCTTTCCCATCTCTGCGGGCGATACAATCGCTCGGGAATTCTCATCTGTCGAAGACAAGCGATGGAGATTGGCATTTTGGAAGCTCGGTATACTGATTCTTGCAGGAACCATGGGTCTATTCCGAATGATTTC
ATTTTGTTAGCTTTTGCCAAGGTCAAACAGCATTTAGCTGTGGATGGGAGGCTACATATGAAATTTGACATTGCTCCTACAGGAAGTGCTCAGAACTATACTCGGACATATTACATGAATGGAAGAGATTACATTATTAGTGGGAGTTGTGAGGAAAATGTTGTTCGTATATGCTGTGCTCAGACTGGCAGAAGACTTAA
GGATCTTGCCCTTGAGGACTTTCACTTAAGCGTGCTGGCAGCATACCTTCATCCAGAGTCCAAGTCTGAGATCCTTAAGATCAATTTGCTCTCAAGTGATGTATGTTGCAAGGACCACAGTTTTGATCTGCAGTGTTTACCCTTTTCTGGGATGGGTGGCTAAGGAAATTTTGACAGATTGAAACATAAAAAATATACCC
AAAGCGTTTAAATATCAACACGGTGATTTATATTGGTTTTTTAACCAATCAAAACTCAGATATCAAGCAAGGTGCTTTCATTACAGCAGCAATAAATTTTCCAGTGAGATTGGGTGTGGAGGTTGTATTTATCCCAGGCTTTAAGTGTCTACTGCAGATTGCTTCATGAAATGTAAGAAGATGTTTTAGTGTGGTTCTTT
TGTTTTGTCTATTTCTAGCAGCTCTTGTGGCCGCTATTGATGAAATTGAAGGTCCAACCGTTTCTATGGTAAGCTGGGTAGCTCAACTCAGAATCAGCATAAAGTAAGGAGCATTGATGACAGAGTCCTCGATTTGGAAAGAATAAACTAACAAGAACCAGTGAATATCAGAATTTTGCTGGGGTGAAAGTGATCTGAAT
TTTTAGTTTTTTGCCACAGCTTGAATACCAACAAAACCATATTTGTACTCTCCTTCAGTTTTTGAAAGAAAATACGGTTTGGCTTAACTACAAAATGTTTTTGGAATGTCGTTTGGCAGTTTTAACTCTTAATTCGAAATACAAGCTTTCTTACACAACACTATTATGAACTAGCTTTCAGAACAGTAACTTACATAATT
GGAAAACAAGTAACTAATTCAATTTAGTGTGCATACAAGTTTAT
>TRINITY_DN42795_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGCGAGAAGACTCTATTATTTTTGGCGAATTCAATTCAATTCCGAGCTTTCAATTTTCTTTGATATCTCTTTCCCATCTCTGCGGGCGATACAATCGCTCGGGAATTCTCATCTGTCGAAGACAAGCGATGGAGATTGGCATTTTGGAAGCTCGGTATACTGATTCTTGCAGGAACCATGGGTCTATTCCGAATGATTTC
ATTTTGTTAGCTTTTGCCAAGgctaaacttctaaaatctccgaatggagcatgcaccttggagatcaatatcgaccagctcacagaaactgattttgctcctttaacagaagtcttttctttggtaaatttatcagaagtagatgcagttgatatacttcacacctcacgatgtataattgtcaatggtcaagaactctt
gactctgatgcgctgtattggccctaaactccgaacggtttatttaaaagatgtttctcttggcaaagatgctcttagggatcttttggaaagaggtttaccatgccagattttgaacttgagttcctgtcgtaccaggaaactaaatatgacaggacagtttttggcacttcatacaatgaatctggacttcaatgttt
atgtaactagcttgcctgaaggctgctttagttctatgccaaaactgacaaggctttctatgtgtgaaactagaattgcaaatttctggacaacagtggctgcattatcaagacttcccttattatcagagcttcgttttcagaattgcttgtgctgtcatgacacagggcaatgcccactgtcttcaactgataagatc
aactcttttgtccatgaaagtctctcttcaaatgaagcctgtaaggcttggtgcacggaatggtcttctattgatcacgagagtgttaggttccccgattcagaatcctcagaaacagaagtagaggctttccgtcacatattctcagatgatgagtcagtcatgcgccgccgtttagttcatagttctggtgaagattc
ttcagatgaaagtataggtgaattacaattccacttgagagagccaatccctttagaggacagtcttgcagatattcagcaaacagattttctggggaatctgagtacagggggaaatggaatcacagacatggacttcaatgatgctaataccttggtgcaacaatttgtgcatgtaggagcagaggaaagattctttg
agacagctgaagggttttcttctagggaagatggactgatgtctattagagataggggaatgctggggaatattagtgatgtttctggtaattcatttgacaatactgtatctcttgatgcattttatgatgcagcagagacatccacactactcagggcaagtgcaataagcaatggagaagggacttctggggatgag
ttgaacagtgaagattctgtaatgcatgctgcggttgcacctagacgaaatgcttcacaccatccctcctcaatttgttttgagaaaaattatagagagttcatgatagcctccttacctggtttaagagtgcttgacaatttacctgtaactcagttggagagagagagagcatggacagtgtttgaacaacattttga
atctcttccatataataggagagagagagagaatgttttcaacattttaaaagggcgtgaaactggaataggatctggaatacttttgccttacaagcgaaagcgactagtcacaagcaatggtaatgcagtttcattttctagatctatttgtgcagccaaaatggcttcttgtgcatggccggccacttaccctattt
ccaaattgaaaagaaactctactgaaaattctactgagattaacaagaaatttcggcccaggcaatttgaatatcatccatctgattctagtttgatggtctttgggactttggacggggaagtggttgtgatcaaccatgaaagtggtaaaatcgtcggccatgttcagtcagttggagcaaatcacagtattcttgga
ctctgttggctcaacaaggaccctacaaagcttattgctggctctgacaatggcacattacaactgtatgacgtgaaccgaatgcgctcaactgttcttccttccaaatatggtgcaggcggcagcagtagcaaccctgccacttacacatatgaagagtttgagcaattaacatctgtccatattaattcaacagataa
ttatttccttgctagtggatattcaaaacatgttgccctttatgatgtttgcagtggtaaacggttacaagtttttgaagatctgcaccgtgaacatataaatgtggtaaaatttgctcatcattccccatacatgtttgccacttcatcatttgaccaggaaatcaaaatgtgggatttacgacaaaagcctacacatc
ctttatataccactaccagcttaagggggaatgtgatggtgtgcttttctcgtgatgatcattatatcctttcctcagctgttgataatgagGTCAAACAGCATTTAGCTGTGGATGGGAGGCTACATATGAAATTTGACATTGCTCCTACAGGAAGTGCTCAGAACTATACTCGGACATATTACATGAATGGAAGAGAT
TACATTATTAGTGGGAGTTGTGAGGAAAATGTTGTTCGTATATGCTGTGCTCAGACTGGCAGAAGACTTAAGGATCTTGCCCTTGAGGGGCGTGGATTGAGAAGTTCTTTGTATGTGCAGTCTTTGCGTGGTGATCCTTTTCGGGACTTTCACTTAAGCGTGCTGGCAGCATACCTTCATCCAGAGTCCAAGTCTGAGAT
CCTTAAGATCAATTTGCTCTCAAGTGATGTATGTTGCAAGGACCACAGTTTTGATCTGCAGTGTTTACCCTTTTCTGGGATGGGTGGCTAAGGAAATTTTGACAGATTGAAACATAAAAAATATACCCAAAGCGTTTAAATATCAACACGGTGATTTATATTGGTTTTTTAACCAATCAAAACTCAGATATCAAGCAAGG
TGCTTTCATTACAGCAGCAATAAATTTTCCAGTGAGATTGGGTGTGGAGGTTGTATTTATCCCAGGCTTTAAGTGTCTACTGCAGATTGCTTCATGAAATGTAAGAAGATGTTTTAGTGTGGTTCTTTTGTTTTGTCTATTTCTAGCAGCTCTTGTGGCCGCTATTGATGAAATTGAAGGTCCAACCGTTTCTATGGTAA
GCTGGGTAGCTCAACTCAGAATCAGCATAAAGTAAGGAGCATTGATGACAGAGTCCTCGATTTGGAAAGAATAAACTAACAAGAACCAGTGAATATCAGAATTTTGCTGGGGTGAAAGTGATCTGAATTTTTAGTTTTTTGCCACAGCTTGAATACCAACAAAACCATATTTGTACTCTCCTTCAGTTTTTGAAAGAAAA
TACGGTTTGGCTTAACTACAAAATGTTTTTGGAATGTCGTTTGGCAGTTTTAACTCTTAATTCGAAATACAAGCTTTCTTACACAACACTATTATGAACTAGCTTTCAGAACAGTAACTTACATAATTGGAAAACAAGTAACTAATTCAATTTAGTGTGCATACAAGTTTAT
Intron 5 GTATTCCATT ... TCCAATCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.01 | 8.7 | 12 | 24.8 |
| A2 | 89.76 | 3.9 | 27 | 39.5 |
| A3 | 69.69 | 10.7 | 17 | 28.1 |
| A4 | 84.27 | 6.1 | 27 | 37.7 |
| A5 | 92.46 | 1 | 12 | 12.5 |
| A6 | 67.86 | 8.5 | 21 | 11.8 |
| A7 | 79.4 | 4.1 | 14 | 15.9 |
| A8 | 59.61 | 4.1 | 2 | 8.6 |
| A9 | 71.95 | 3.3 | 5 | 10.4 |
| A10 | 90.12 | 2.5 | 15 | 28.8 |
>TRINITY_DN113188_c1_g1_i13 from sample A2 / Example spliced isoformAGACTCTAGTATTTTTGGCGAATTCAATTCAATTCCGAGCTTTCAATTTTCTTTGATATCTCTTTCCCATCTCTGCGGGCGATACAATCGCTCGGGAATTCTCATCTGTCGAAGACAAGCGATGGAGATTGGCATTTTGGAAGCTCGGTACACAAATTTGTACATAAATGCCTTTTTTTTTTATAAATTCTTTCACAGTA
ATGTTCAGACTTCAAACATTGCCCTTGTTTTTAACTCTTTTCTTGTATTTTCGGCAATAGCAAATGCTGTCAGCATTAAGAAAGGGAATTGACTTAATTCCCACTTCTTTCTTTCAGAACAATGGGTCGGTTATCATTAATCTCATATTCTCTTATGATTGCCAAGGTTTGAATGTATGTCTTACATTCCGAATAGATTA
ATAAATAATGAGGAATACTTAGAAAATTCGATTCTTTTAGGTCGTTCAGGACTCGGTCATGCATTTTGCATACAATTTATCACTACCATGAGAGTTTTGATTGTTATTGCAAATAACGACTCTACCCTAATTTAATATAGGATCAAGGGATGGAAATTGCCACCATACCTATGTAAAATTTGCGGTGTTGCACGAATAGT
GCTTACGCTACTTATTGGAGTGTTTGCAATAATAGAGGCACTCTGGTTTAATCTGCTGTTCATGTGATGATACTGATTTTTTTTCTCACTCAGGCAAATGCCACTCACCAA
>TRINITY_DN113188_c1_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:AGACTCTAGTATTTTTGGCGAATTCAATTCAATTCCGAGCTTTCAATTTTCTTTGATATCTCTTTCCCATCTCTGCGGGCGATACAATCGCTCGGgtattccattgatctaaagacgcaattcagcgagggttttcaaatagatgtgccattttagctaatcatttaattagtcgtgagattgtctggtgcgcgatttac
taaatctggaggtctccaatccagGAATTCTCATCTGTCGAAGACAAGCGATGGAGATTGGCATTTTGGAAGCTCGGTATACTGATTCTTGCAGGAACCATGGGTCTATTCCGAATGATTTCATTTTGTTAGCTTTTGCCAAGGCTAAACTTCTAAAATCTCCGAATGGAGCATGCACCTTGGAGATCAATATCGACCAG
CTCACAGAAACTGATTTTGCTCCTTTAACAGAAGTCTTTTCTTTGGTAAATTTATCAGAAGTAGATGCAGTTGATATACTTCACACCTCACGATGTATTATTGTCAATGGTCAAGAACTCTTGACTCTGATGCGCTGTATTGGCCCTAAACTCCGAACGGTTTATTTAAAAGATGTTTCTCTTGGCAAAGATGCTCTTAG
GGATCTTTTGGAAAGAGGTTTACCATGCCAGATTTTGAACTTGAGTTCCTGTCGTACCAGGAAACTAAATATGACAGGACAGTTTTTGGCACTTCATACAATGAATCTGGACTTCAATGTTTATGTAACTAGCCTGCCTGAAGGCTGCTTTAGTTCTATGCCAAAACTGACAAGGCTTTCTATGTGTGAAACTAGAATTG
CAAATTTCTGGACAACAGTGGCTGCATTATCAAGACTTCCCTTATTATCAGAGCTTCGTTTTCAGAATTGCTTGTGCTGTCATGACACAGGGCAATGCCCACTGTCTTCAACTGATAAGATCAACTCTTTTGTCCATGAAAGTCTCTCTTCAAATGAAGCCTGTAAGGCTTGGTGCACGGAATGGTCTTCTATTGATCAC
GAGAGTGTTAGGTTCCCCGATTCAGAATCCTCAGAAACAGAAGTAGAGGCTTTCCGTCACATATTCTCAGATGATGAGTCAGTCATGCGCCGCCGTTTAGTTCATAGTTCTGGTGAAGATTCTTCAGATGAAAGTATAGGTGAATTACAATTCCACTTGAGAGAGCCAATCCCTTTAGAGGACAGTCTTGCAGATATTCA
GCAAACAGATTTTCTGGGGAATCTGAGTACAGGGGGAAATGGAATCACAGACATGGACTTCAATGATGCTAATACCTTGGTGCAACAATTTGTGCATGTAGGAGCAGAGGAAAGATTCTTTGAGACAGCTGAAGGGTTTTCTTCTAGGGAAGATGGACTGATGTCTATTAGAGATAGGGGAATGCTGGGGAATATTAGTG
ATGTTTCTGGTAATTCATTTGACAATACTGTATCTCTTGATGCATTTTATGATGCAGCAGAGACATCCACACTACTCAGGGCAAGTGCAATAAGCAATGGAGAAGGGACTTCTGGGGATGAGTTGAACAGTGAAGATTCTGTAATGCATGCTGCGGTTGCACCTAGACGAAATGCTTCACACCATCCCTCCTCAATTTGT
TTTGAGAAAAATTATAGAGAGTTCATGATAGCCTCCTTACCTGGTTTAAGAGTGCTTGACAATTTACCTGTAACTCAGTTGGAGAGAGAGAGAGCATGGACAGTGTTTGAACAACATTTTGAATCTCTTCCATATAATAGGAGAGAGAGAGAGAATGTTTTCAACATTTTAAAAGGGCGTGAAACTGGAATAGGATCTGG
AATACTTTTGCCTTACAAGCGAAAGCGACTAGTCACAAGCAATGGTAATGCAGTTTCATTTTCTAGATCTATTTGTGCAGCCAAAATGGCTTCTTGTGCATGGCCGGCCACTTACCCTATTTCCAAATTGAAAAGAAACTCTACTGAAAATTCTACTGAGATTAACAAGAAATTTCGGCCCAGGCAATTTGAATATCATC
CATCTGATTCTAGTTTGATGGTCTTTGGGACTTTGGACGGGGAAGTGGTTGTGATCAACCATGAAAGTGGTAAAATCGTCGGCCATGTTCAGTCAGTTGGAGCAAATCACAGTATTCTTGGACTCTGTTGGCTCAACAAGGACCCTACAAAGGTCAAACAGCATTTAGCTGTGGATGGGAGGCTACATATGAAATTTGAC
ATTGCTCCTACAGGAAGTGCTCAGAACTATACTCGGACATATTACATGAATGGAAGAGATTACATTATTAGTGGGAGTTGTGAGGAAAATGTTGTTCGTATATGCTGTGCTCAGACTGGCAGAAGACTTAAGGATCTTGCCCTTGAGGGGCGTGGATTGAGAAGTTCTTTGTATGTGCAGTCTTTGCGTGGTGATCCTTT
TCGGGACTTTCACTTAAGCGTGCTGGCAGCATACCTTCATCCAGAGTCCAAGTCTGAGATCCTTAAGATCAATTTGCTCTCAAGTGATGTATGTTGCAAGGACCACAGTTTTGATCTGCAGTGTTTACCCTTTTCTGGGATGGGTGGCTAAGGTTGATTCGTTTGAGCATTATGCTACAATGACTCTCCTTCAGTTTGAT
AACTGTGAATACTGGAATTTCTACAATTGTAGATAAGTGTATCACTAATAGGAAGGAAATTTTGGACTATATATTTTGAAGCACACGTTTTGGTATCCTGGCATACTTGGTTGTTGTTTGAACTTCTTTTCATCCGAGA
Intron 6 GTTGATTCGT ... TCATATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64.71 | 6 | 10 | 12 |
| A2 | 84.62 | 1 | 4 | 7 |
| A3 | 54.63 | 17 | 28 | 12.9 |
| A4 | 65.52 | 5 | 11 | 8 |
| A5 | 39.13 | 7 | 6 | 3 |
| A6 | 69.14 | 25 | 95 | 17 |
| A7 | 62 | 19 | 51 | 11 |
| A8 | 75.53 | 23 | 109 | 33 |
| A9 | 70 | 18 | 52 | 32 |
| A10 | 63.22 | 16 | 33 | 22 |
>TRINITY_DN120304_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformTAGTGAGAGAGTATCCACTGTTTACGATGTCTCTAAGGTAATTTTCTTATTTTCATTCATGGTATTCACTTGCCCTTTGTGATTGTTATGCACAGCTTATTGCTGGCTCTGACAATGGCACATTACAACTGTATGACGTGAACCGAATGCGCTCAACTGTTCTTCCTTCCAAATATGGTGCAGGCGGCAGCAGTAGCAAC
CCTGCCACTTACACATATGAAGAGTTTGAGCAATTAACATCTGTCCATATTAATTCAACAGATAATTATTTCCTTGCTAGTGGATATTCAAAACATGTTGCCCTTTATGATGTTTGCAGTGGTAAACGGTTACAAGTTTTTGAAGATCTGCACCGTGAACATATAAATGTGGTAAAATTTGCTCATCATTCCCCATACAT
GTTTGCCACTTCATCATTTGACCAGGAAATCAAAATGTGGGATTTACGACAAAAGCCTACACATCCTTTATATACCACTACCAGCTTAAGGGGGAATGTGATGGTGTGCTTTTCTCGTGATGATCATTATATCCTTTCCTCAGCTGTTGATAATGAGGTCAAACAGCATTTAGCTGTGGATGGGAGGCTACATATGAAAT
TTGACATTGCTCCTACAGGAAGTGCTCAGAACTATACTCGGACATATTACATGAATGGAAGAGATTACATTATTAGTGGGAGTTGTGAGGAAAATGTTGTTCGTATATGCTGTGCTCAGACTGGCAGAAGACTTAAGGATCTTGCCCTTGAGGGGCGTGGATTGAGAAGTTCTTTGTATGTGCAGTCTTTGCGTGGTGAT
CCTTTTCGGGACTTTCACTTAAGCGTGCTGGCAGCATACCTTCATCCAGAGTCCAAGTCTGAGATCCTTAAGATCAATTTGCTCTCAAGTGATGTATGTTGCAAGGACCACAGTTTTGATCTGCAGTGTTTACCCTTTTCTGGGATGGGTGGCTAAGGAAATTTTGACAGATTGAAACATAAAAAATATACCCAAAGCGT
TTAAATATCAACACGGTGATTTATATTGGTTTTTTAACCAATCAAAACTCAGATATCAAGCAAGGTGCTTTCATTACAGCAGCAATAAATTTTCCAGTGAGATTGGGTGTGGAGGTTGTATTTATCCCAGGCTTTAAGTGTCTACTGCAGATTGCTTCATGAAATGTAAGAAGATGTTTTAGTGTGGTTCTTTTGTTTTG
TCTATTTCTAGCAGCTCTTGTGGCCGCTATTGATGAAATTGAAGGTCCAACCGTTTCTATGGTAAGCTGGGTAGCTCAACTCAGAATCAGCATAAAGTAAGGAGCATTGATGACAGAGTCCTCGATTTGGAAAGAATAAACTAACGAGAACCAGTGAATATCAGAATTTTGCTGGGGTGAAAGTGATCTGAATTTTTAGT
TTTTTGCCACAGCTTGAATACCAACAAAACCATATTTGTACTCTCCTTCAGTTTTTGAAAGAAAATACGGTTTGGCTTAACTACAAAATGTTTTTGGAATGTCGTTTGGCAGTTTTAACTCTTAATTCGAAATACAAGCTTTCTTACACAACACTATTA
>TRINITY_DN120304_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTCTAGTATTTTTGGCGAATTCAATTCAATTCCGAGCTTTCAATTTTCTTTGATATCTCTTTCCCATCTCTGCGGGCGATACAATCGCTCGGGTATTCCATTGATCTAAAGACGCAATTCAGCGAGGGTTTTCAAATAGATGTGCCATTTTAGCTAATCATTTAATTAGTCGTGAGATTGTCTGGTGCGCGATTTACTAA
ATCTGGAGGTCTCCAATCCAGGAATTCTCATCTGTCGAAGACAAGCGATGGAGATTGGCATTTTGGAAGCTCGGTATACTGATTCTTGCAGGAACCATGGGTCTATTCCGAATGATTTCATTTTGTTAGCTTTTGCCAAGGCTAAACTTCTAAAATCTCCGAATGGAGCATGCACCTTGGAGATCAATATCGACCAGCTC
ACAGAAACTGATTTTGCTCCTTTAACAGAAGTCTTTTCTTTGGTAAATTTATCAGAAGTAGATGCAGTTGATATACTTCACACCTCACGATGTATAATTGTCAATGGTCAAGAACTCTTGACTCTGATGCGCTGTATTGGCCCTAAACTCCGAACGGTTTATTTAAAAGATGTTTCTCTTGGCAAAGATGCTCTTAGGGA
TCTTTTGGAAAGAGGTTTACCATGCCAGATTTTGAACTTGAGTTCCTGTCGTACCAGGAAACTAAATATGACAGGACAGTTTTTGGCACTTCATACAATGAATCTGGACTTCAATGTTTATGTAACTAGCTTGCCTGAAGGCTGCTTTAGTTCTATGCCAAAACTGACAAGGCTTTCTATGTGTGAAACTAGAATTGCAA
ATTTCTGGACAACAGTGGCTGCATTATCAAGACTTCCCTTATTATCAGAGCTTCGTTTTCAGAATTGCTTGTGCTGTCATGACACAGGGCAATGCCCACTGTCTTCAACTGATAAGATCAACTCTTTTGTCCATGAAAGTCTCTCTTCAAATGAAGCCTGTAAGGCTTGGTGCACGGAATGGTCTTCTATTGATCACGAG
AGTGTTAGGTTCCCCGATTCAGAATCCTCAGAAACAGAAGTAGAGGCTTTCCGTCACATATTCTCAGATGATGAGTCAGTCATGCGCCGCCGTTTAGTTCATAGTTCTGGTGAAGATTCTTCAGATGAAAGTATAGGTGAATTACAATTCCACTTGAGAGAGCCAATCCCTTTAGAGGACAGTCTTGCAGATATTCAGCA
AACAGATTTTCTGGGGAATCTGAGTACAGGGGGAAATGGAATCACAGACATGGACTTCAATGATGCTAATACCTTGGTGCAACAATTTGTGCATGTAGGAGCAGAGGAAAGATTCTTTGAGACAGCTGAAGGGTTTTCTTCTAGGGAAGATGGACTGATGTCTATTAGAGATAGGGGAATGCTGGGGAATATTAGTGATG
TTTCTGGTAATTCATTTGACAATACTGTATCTCTTGATGCATTTTATGATGCAGCAGAGACATCCACACTACTCAGGGCAAGTGCAATAAGCAATGGAGAAGGGACTTCTGGGGATGAGTTGAACAGTGAAGATTCTGTAATGCATGCTGCGGTTGCACCTAGACGAAATGCTTCACACCATCCCTCCTCAATTTGTTTT
GAGAAAAATTATAGAGAGTTCATGATAGCCTCCTTACCTGGTTTAAGAGTGCTTGACAATTTACCTGTAACTCAGTTGGAGAGAGAGAGAGCATGGACAGTGTTTGAACAACATTTTGAATCTCTTCCATATAATAGGAGAGAGAGAGAGAATGTTTTCAACATTTTAAAAGGGCGTGAAACTGGAATAGGATCTGGAAT
ACTTTTGCCTTACAAGCGAAAGCGACTAGTCACAAGCAATGGTAATGCAGTTTCATTTTCTAGATCTATTTGTGCAGCCAAAATGGCTTCTTGTGCATGGCCGGCCACTTACCCTATTTCCAAATTGAAAAGAAACTCTACTGAAAATTCTACTGAGATTAACAAGAAATTTCGGCCCAGGCAATTTGAATATCATCCAT
CTGATTCTAGTTTGATGGTCTTTGGGACTTTGGACGGGGAAGTGGTTGTGATCAACCATGAAAGTGGTAAAATCGTCGGCCATGTTCAGTCAGTTGGAGCAAATCACAGTATTCTTGGACTCTGTTGGCTCAACAAGGACCCTACAAAGCTTATTGCTGGCTCTGACAATGGCACATTACAACTGTATGACGTGAACCGA
ATGCGCTCAACTGTTCTTCCTTCCAAATATGGTGCAGGCGGCAGCAGTAGCAACCCTGCCACTTACACATATGAAGAGTTTGAGCAATTAACATCTGTCCATATTAATTCAACAGATAATTATTTCCTTGCTAGTGGATATTCAAAACATGTTGCCCTTTATGATGTTTGCAGTGGTAAACGGTTACAAGTTTTTGAAGA
TCTGCACCGTGAACATATAAATGTGGTAAAATTTGCTCATCATTCCCCATACATGTTTGCCACTTCATCATTTGACCAGGAAATCAAAATGTGGGATTTACGACAAAAGCCTACACATCCTTTATATACCACTACCAGCTTAAGGGGGAATGTGATGGTGTGCTTTTCTCGTGATGATCATTATATCCTTTCCTCAGCTG
TTGATAATGAGGTCAAACAGCATTTAGCTGTGGATGGGAGGCTACATATGAAATTTGACATTGCTCCTACAGGAAGTGCTCAGAACTATACTCGGACATATTACATGAATGGAAGAGATTACATTATTAGTGGGAGTTGTGAGGAAAATGTTGTTCGTATATGCTGTGCTCAGACTGGCAGAAGACTTAAGGATCTTGCC
CTTGAGGGGCGTGGATTGAGAAGTTCTTTGTATGTGCAGTCTTTGCGTGGTGATCCTTTTCGGGACTTTCACTTAAGCGTGCTGGCAGCATACCTTCATCCAGAGTCCAAGTCTGAGATCCTTAAGATCAATTTGCTCTCAAGTGATGTATGTTGCAAGGACCACAGTTTTGATCTGCAGTGTTTACCCTTTTCTGGGAT
GGGTGGCTAAGgttgattcgtttgagcattatgctacaatgactctccttcagtttgataactgtgaatactggaatttctacaattgtagataagtgtatcactaataggaaggaaattttggactatatattttgaagcacacgttttggtatcctggcatacttggttgttgtttgaacttcttttcatccgagtaa
agccccttctgtggatcttccagagcataaacttttccctaaattctaatagcagataatgtttcaagttgatcaaagcttctaatatgttcattgtttcatatacagGAAATTTTGACAGATTGAAACATAAAAAATATACCCAAAGCGTTTAAATATCAACACGGTGATTTATATTGGTTTTTTAACCAATCAAAACT
CAGATATCAAGCAAGGTGCTTTCATTACAGCAGCAATAAATTTTCCAGTGAGATTGGGTGTGGAGGTTGTATTTATCCCAGGCTTTAAGTGTCTACTGCAGATTGCTTCATGAAATGTAAGAAGATGTTTTAGTGTGGTTCTTTTGTTTTGTCTATTTCTAGCAGCTCTTGTGGCCGCTATTGATGAAATTGAAGGTCCA
ACCGTTTCTATGGTAAGCTGGGTAGCTCAACTCAGAATCAGCATAAAGTAAGGAGCATTGATGACAGAGTCCTCGATTTGGAAAGAATAAACTAACGAGAACCAGTGAATATCAGAATTTTGCTGGGGTGAAAGTGATCTGAATTTTTAGTTTTTTGCCACAGCTTGAATACCAACAAAACCATATTTGTACTCTCCTTC
AGTTTTTGAAAGAAAATACGGTTTGGCTTAACTACAAAATGTTTTTGGAATGTCGTTTGGCAGTTTTAACTCTTAATTCGAAATACAAGCTTTCTTACACAACACTATTA
Intron 7 GCTAAACTTC ... ATGCTCTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.38 | 13 | 28 | 17 |
| A2 | 76.92 | 3 | 12 | 8 |
| A3 | 60.53 | 15 | 27 | 19 |
| A4 | 51.85 | 13 | 21 | 7 |
| A5 | 81.82 | 2 | 11 | 7 |
| A6 | 57.14 | 9 | 22 | 2 |
| A7 | 77.14 | 4 | 14 | 13 |
| A8 | 63.64 | 2 | 5 | 2 |
| A9 | 67.74 | 5 | 10 | 11 |
| A10 | 78.57 | 3 | 14 | 8 |
>TRINITY_DN120304_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoformCTCTAGTATTTTTGGCGAATTCAATTCAATTCCGAGCTTTCAATTTTCTTTGATATCTCTTTCCCATCTCTGCGGGCGATACAATCGCTCGGGTATTCCATTGATCTAAAGACGCAATTCAGCGAGGGTTTTCAAATAGATGTGCCATTTTAGCTAATCATTTAATTAGTCGTGAGATTGTCTGGTGCGCGATTTACTAA
ATCTGGAGGTCTCCAATCCAGGAATTCTCATCTGTCGAAGACAAGCGATGGAGATTGGCATTTTGGAAGCTCGGTATACTGATTCTTGCAGGAACCATGGGTCTATTCCGAATGATTTCATTTTGTTAGCTTTTGCCAAGGGATCTTTTGGAAAGAGGTTTACCATGCCAGATTTTGAACTTGAGTTCCTGTCGTACCAG
GAAACTAAATATGACAGGACAGTTTTTGGCACTTCATACAATGAATCTGGACTTCAATGTTTATGTAACTAGCTTGCCTGAAGGCTGCTTTAGTTCTATGCCAAAACTGACAAGGCTTTCTATGTGTGAAACTAGAATTGCAAATTTCTGGACAACAGTGGCTGCATTATCAAGACTTCCCTTATTATCAGAGCTTCGTT
TTCAGAATTGCTTGTGCTGTCATGACACAGGGCAATGCCCACTGTCTTCAACTGATAAGATCAACTCTTTTGTCCATGAAAGTCTCTCTTCAAATGAAGCCTGTAAGGCTTGGTGCACGGAATGGTCTTCTATTGATCACGAGAGTGTTAGGTTCCCCGATTCAGAATCCTCAGAAACAGAAGTAGAGGCTTTCCGTCAC
ATATTCTCAGATGATGAGTCAGTCATGCGCCGCCGTTTAGTTCATAGTTCTGGTGAAGATTCTTCAGATGAAAGTATAGGTGAATTACAATTCCACTTGAGAGAGCCAATCCCTTTAGAGGACAGTCTTGCAGATATTCAGCAAACAGATTTTCTGGGGAATCTGAGTACAGGGGGAAATGGAATCACAGACATGGACTT
CAATGATGCTAATACCTTGGTGCAACAATTTGTGCATGTAGGAGCAGAGGAAAGATTCTTTGAGACAGCTGAAGGGTTTTCTTCTAGGGAAGATGGACTGATGTCTATTAGAGATAGGGGAATGCTGGGGAATATTAGTGATGTTTCTGGTAATTCATTTGACAATACTGTATCTCTTGATGCATTTTATGATGCAGCAG
AGACATCCACACTACTCAGGGCAAGTGCAATAAGCAATGGAGAAGGGACTTCTGGGGATGAGTTGAACAGTGAAGATTCTGTAATGCATGCTGCGGTTGCACCTAGACGAAATGCTTCACACCATCCCTCCTCAATTTGTTTTGAGAAAAATTATAGAGAGTTCATGATAGCCTCCTTACCTGGTTTAAGAGTGCTTGAC
AATTTACCTGTAACTCAGTTGGAGAGAGAGAGAGCATGGACAGTGTTTGAACAACATTTTGAATCTCTTCCATATAATAGGAGAGAGAGAGAGAATGTTTTCAACATTTTAAAAGGGCGTGAAACTGGAATAGGATCTGGAATACTTTTGCCTTACAAGCGAAAGCGACTAGTCACAAGCAATGGTAATGCAGTTTCATT
TTCTAGATCTATTTGTGCAGCCAAAATGGCTTCTTGTGCATGGCCGGCCACTTACCCTATTTCCAAATTGAAAAGAAACTCTACTGAAAATTCTACTGAGATTAACAAGAAATTTCGGCCCAGGCAATTTGAATATCATCCATCTGATTCTAGTTTGATGGTCTTTGGGACTTTGGACGGGGAAGTGGTTGTGATCAACC
ATGAAAGTGGTAAAATCGTCGGCCATGTTCAGTCAGTTGGAGCAAATCACAGTATTCTTGGACTCTGTTGGCTCAACAAGGACCCTACAAAGCTTATTGCTGGCTCTGACAATGGCACATTACAACTGTATGACGTGAACCGAATGCGCTCAACTGTTCTTCCTTCCAAATATGGTGCAGGCGGCAGCAGTAGCAACCCT
GCCACTTACACATATGAAGAGTTTGAGCAATTAACATCTGTCCATATTAATTCAACAGATAATTATTTCCTTGCTAGTGGATATTCAAAACATGTTGCCCTTTATGATGTTTGCAGTGGTAAACGGTTACAAGTTTTTGAAGATCTGCACCGTGAACATATAAATGTGGTAAAATTTGCTCATCATTCCCCATACATGTT
TGCCACTTCATCATTTGACCAGGAAATCAAAATGTGGGATTTACGACAAAAGCCTACACATCCTTTATATACCACTACCAGCTTAAGGGGGAATGTGATGGTGTGCTTTTCTCGTGATGATCATTATATCCTTTCCTCAGCTGTTGATAATGAGGTACACAGATGATTAGATTAGATTAGATGTTTCTCTCTGGAATCTG
ATATGGTTCGAAGCAACTTTCGTGACTAACTCAAAGAATGGTTTTGCAGGTCAAACAACATTTAGCTGTGGATGGGAGGCT
>TRINITY_DN120304_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTCTAGTATTTTTGGCGAATTCAATTCAATTCCGAGCTTTCAATTTTCTTTGATATCTCTTTCCCATCTCTGCGGGCGATACAATCGCTCGGGTATTCCATTGATCTAAAGACGCAATTCAGCGAGGGTTTTCAAATAGATGTGCCATTTTAGCTAATCATTTAATTAGTCGTGAGATTGTCTGGTGCGCGATTTACTAA
ATCTGGAGGTCTCCAATCCAGGAATTCTCATCTGTCGAAGACAAGCGATGGAGATTGGCATTTTGGAAGCTCGGTATACTGATTCTTGCAGGAACCATGGGTCTATTCCGAATGATTTCATTTTGTTAGCTTTTGCCAAGgctaaacttctaaaatctccgaatggagcatgcaccttggagatcaatatcgaccagctc
acagaaactgattttgctcctttaacagaagtcttttctttggtaaatttatcagaagtagatgcagttgatatacttcacacctcacgatgtataattgtcaatggtcaagaactcttgactctgatgcgctgtattggccctaaactccgaacggtttatttaaaagatgtttctcttggcaaagatgctcttagGGA
TCTTTTGGAAAGAGGTTTACCATGCCAGATTTTGAACTTGAGTTCCTGTCGTACCAGGAAACTAAATATGACAGGACAGTTTTTGGCACTTCATACAATGAATCTGGACTTCAATGTTTATGTAACTAGCTTGCCTGAAGGCTGCTTTAGTTCTATGCCAAAACTGACAAGGCTTTCTATGTGTGAAACTAGAATTGCAA
ATTTCTGGACAACAGTGGCTGCATTATCAAGACTTCCCTTATTATCAGAGCTTCGTTTTCAGAATTGCTTGTGCTGTCATGACACAGGGCAATGCCCACTGTCTTCAACTGATAAGATCAACTCTTTTGTCCATGAAAGTCTCTCTTCAAATGAAGCCTGTAAGGCTTGGTGCACGGAATGGTCTTCTATTGATCACGAG
AGTGTTAGGTTCCCCGATTCAGAATCCTCAGAAACAGAAGTAGAGGCTTTCCGTCACATATTCTCAGATGATGAGTCAGTCATGCGCCGCCGTTTAGTTCATAGTTCTGGTGAAGATTCTTCAGATGAAAGTATAGGTGAATTACAATTCCACTTGAGAGAGCCAATCCCTTTAGAGGACAGTCTTGCAGATATTCAGCA
AACAGATTTTCTGGGGAATCTGAGTACAGGGGGAAATGGAATCACAGACATGGACTTCAATGATGCTAATACCTTGGTGCAACAATTTGTGCATGTAGGAGCAGAGGAAAGATTCTTTGAGACAGCTGAAGGGTTTTCTTCTAGGGAAGATGGACTGATGTCTATTAGAGATAGGGGAATGCTGGGGAATATTAGTGATG
TTTCTGGTAATTCATTTGACAATACTGTATCTCTTGATGCATTTTATGATGCAGCAGAGACATCCACACTACTCAGGGCAAGTGCAATAAGCAATGGAGAAGGGACTTCTGGGGATGAGTTGAACAGTGAAGATTCTGTAATGCATGCTGCGGTTGCACCTAGACGAAATGCTTCACACCATCCCTCCTCAATTTGTTTT
GAGAAAAATTATAGAGAGTTCATGATAGCCTCCTTACCTGGTTTAAGAGTGCTTGACAATTTACCTGTAACTCAGTTGGAGAGAGAGAGAGCATGGACAGTGTTTGAACAACATTTTGAATCTCTTCCATATAATAGGAGAGAGAGAGAGAATGTTTTCAACATTTTAAAAGGGCGTGAAACTGGAATAGGATCTGGAAT
ACTTTTGCCTTACAAGCGAAAGCGACTAGTCACAAGCAATGGTAATGCAGTTTCATTTTCTAGATCTATTTGTGCAGCCAAAATGGCTTCTTGTGCATGGCCGGCCACTTACCCTATTTCCAAATTGAAAAGAAACTCTACTGAAAATTCTACTGAGATTAACAAGAAATTTCGGCCCAGGCAATTTGAATATCATCCAT
CTGATTCTAGTTTGATGGTCTTTGGGACTTTGGACGGGGAAGTGGTTGTGATCAACCATGAAAGTGGTAAAATCGTCGGCCATGTTCAGTCAGTTGGAGCAAATCACAGTATTCTTGGACTCTGTTGGCTCAACAAGGACCCTACAAAGCTTATTGCTGGCTCTGACAATGGCACATTACAACTGTATGACGTGAACCGA
ATGCGCTCAACTGTTCTTCCTTCCAAATATGGTGCAGGCGGCAGCAGTAGCAACCCTGCCACTTACACATATGAAGAGTTTGAGCAATTAACATCTGTCCATATTAATTCAACAGATAATTATTTCCTTGCTAGTGGATATTCAAAACATGTTGCCCTTTATGATGTTTGCAGTGGTAAACGGTTACAAGTTTTTGAAGA
TCTGCACCGTGAACATATAAATGTGGTAAAATTTGCTCATCATTCCCCATACATGTTTGCCACTTCATCATTTGACCAGGAAATCAAAATGTGGGATTTACGACAAAAGCCTACACATCCTTTATATACCACTACCAGCTTAAGGGGGAATGTGATGGTGTGCTTTTCTCGTGATGATCATTATATCCTTTCCTCAGCTG
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