sp|Q9FJI1|KAD6_ARATH ----> Adenylate kinase isoenzyme 6 homolog

Intron 1 GTAAGCAGGA ... CTTTTTCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.08	21	57	1
A2	80	10	40	1
A3	75.58	21	65	2
A4	83.64	9	46	3
A5	86.67	4	26	0
A6	83.2	144.3	715	12
A7	82.13	87.7	403	11
A8	80.5	88.7	366	16
A9	80.43	94.7	389	17
A10	83.7	49.7	255	13

>TRINITY_DN41749_c0_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GGGGATGGAACTAGATGGACGTGAAATGTATGTCATGTATCTATATTGTCTTTTCAATAATTATAATAAATATGATGTCAATTATTAACTTACATATTTTGCTTAGAGGTTAATCTTTCATGATTTGTTTGCCAGGTAAATGATGAACTGGAAGGCTTGATGGATGAGGGCGGAAACATAGTTGATTACCATAGCTGCGA
TTTCTTTCCAGAACGATGGTTTGATTGTGTGGCGGTTTTGCAAACAGACAACTCTATCCTATATGATCGCTTGACTAATAGGGGTTACATGGGGCAGAAGCTCCAAAATAATATTGAATGTGAAATCTTTCAAGTGTTGCTTGAGGAAGCGCGTGAGAGCTACTCTAAGGACATTATCATGGCTTTGCGGAGTGATACTA
TTGAAGATGTGGTTGGCATCGATGTGGGGAACAAGATGAGAAGACAATAATCTCTATCCGCAATTAAGAAGGTCTAATTTGATGAAGAGAAAATAATATGTATGTAACAACCCAGCTTAAACAATTATTCAGAGGTTGTGGCTTTGAATAAGAAACGAGAAAATAATATGTATGTAACAACCCAGCTTAAACAAT

>TRINITY_DN41749_c0_g2_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CATAATATTAACGAAATCAAGAAATAACCCAAAAATCAGCCATGTTTATATGTACATAGAAGATCACCATGATATGTCATAGATCACCATGATTTACATGTTGCCTTGGAGCATTTAATACAGTGGAAATGAATGTCCTTGGCCTTTTCTTTTAGTTTGATTACAGAGTCTATGGTTGGTATGGAGGGTCTGTATATATA
GACGGCAAGGAAGTGGAAATCCGAGGTTTAAACATATTTATAGGCCGTAGGGAAGACGAGATCAGGGGTTTAAGCGAGCAAAATGGGTTCAGTTCGGACGAAGCCGAACATTTTAGTGACGGGGACGCCGGGCACAGGCAAGACCACCACCTGCTCTCTGTTAGCAGACGACCCCAGTCTCAACCTCCGCCACATTAACC
TAGGCGAATTAGTGAAGCAGAAGAACCTACACGATGGCTGGGACGACGAGTTTGAGTGTTACATTCTCAACGAAGACCTGGTAAATGATGAACTGGAAGGCTTGATGGATGAGGGCGGAAACATAGTTGATTACCATAGCTGCGATTTCTTTCCAGAACGATGGTTTGATTGTGTGGCGGTTTTGCAAACAGACAACTCT
ATCCTATATGATCGCTTGACTAATAGGGGTTACATGGGGCAGAAGCTCCAAAATAATATTGAATGTGAAATCTTTCAAGTGTTGCTTGAGGAAGCGCGTGAGAGCTACTCTAAGGACATTATCATGGCTTTGCGGAGTGATACTATTGAAGATgtaagcaggaatgttgacttgttgaaagagtgggttgcaaattggag
tcgaagagatcagtgatgttttatagatattatctcccagagtatgtattatagtgcatcgtagtttttgagatgcatgccaattttctccgaagttgagtcatgtgactgttatttacagatttttagcaataatactttccaatcagtttggattgcttctagctctgcagtgacactataatcttgctcgaggatat
tatttatatttgaatgtgcatgttttttgttttggagatcaatgaaattcgatgagtttgatgtataacgaattatatatgccatgtctcgttggctatcctcttttgtattctgcaaatatcatctttctgtcattttctttttcaaggttgtttttattgatgcaagtacatatcattttccagtcgtttgctttttc
aagGTGGTTGGCATCGATGTGGGGAACAAGATGAGAAGACAATAATCTCTATCCGCAATTAAGAAGGTCTAATTTGATGAAGAAGAAATAATATGTATGTAACAACCCAGCTTAAACAATTATTCAGAGGTTGTGGCTTTGAATAAGAAGCGAGAAAAGGGTTTATGTGATTTACCGTTTCTGAGAATGAAATATATTGA
CAATTGCAATCTCTCGTTCACATAAATGATCGTTGCGTGTAGATTTTAAACTACACGCTGTAATAAATCAAATATTATGTCTTCTTAAAACTTAAGAAGACAGGACGATTGTATTAATATCCAATATGTAATGCAATAAAGGTGCTTGTCATTTCCTCATAAACCCAATTTATACTGTTCAAAAATAGATTTGTTCAAAA
ATGGATTTGAAAAGCTACTTGGCAATAAATTAAATACTTAATGTGATAAGGTGCTTGTCATTTCCTCAGTGG

Intron 2 GTATGTATTA ... CTTTTTCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	85.42	7	41	1.3
A2	80	11	44	1
A3	100	0	37	2
A4	88.57	4	31	3
A5	94.12	1	16	0
A6	89.45	86	729	12
A7	90.43	44	416	11
A8	85.85	72	437	16
A9	90.19	46	423	17
A10	88.19	32	239	13

>TRINITY_DN41749_c0_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

GGTAAATGATGAACTGGAAGGCTTGATGGATGAGGGCGGAAACATAGTTGATTACCATAGCTGCGATTTCTTTCCAGAACGATGGTTTGATTGTGTGGCGGTTTTGCAAACAGACAACTCTATCCTATATGATCGCTTGACTAATAGGGGTTACATGGGGCAGAAGCTCCAAAATAATATTGAATGTGAAATCTTTCAAG
TGTTGCTTGAGGAAGCGCGTGAGAGCTACTCTAAGGACATTATCATGGCTTTGCGGAGTGATACTATTGAAGATGTAAGCAGGAATGTTGACTTGTTGAAAGAGTGGGTTGCAAATTGGAGTCGAAGAGATCAGTGATGTTTTATAGATATTATCTCCCAGAGTGGTTGGCATCGATGTGGGGAACAAGATGAGAAGACA
ATAATCTCTATCCGCAATTAAGAAGGTCTAATTTGATGAAGAGAAAATAATATGTATGTAACAACCCAGCTTAAACAATTATTCAGAGGTTGTGGCTTTGAATAAGAAACGAGAAAAGGGTTTATGTGATTTACCGTTTCTGAGAATGAAATATATTGACAATTGCAATCTCTCGTTCACATAAATGATCGTTGCGTGTA
GATTTTAAACTACACGCTGTAATAAATCAAATATTATGTCTTCTTAAAACTTAAGAAGACAGGACGATTGTATTAATATCCAATATGTAATGCAATAAAGGTGCTTGTCATTTCCTCATAAACCCAATTTATACTGTTCAAAAATAGATTTGTTCAAAAATGGATTTGAAAAGCTACTTGGCAATAAATTAAATACTTAA
TGTGATAAGGTGCTTGTCATTTCCTCAGTGG

>TRINITY_DN41749_c0_g2_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CATAATATTAACGAAATCAAGAAATAACCCAAAAATCAGCCATGTTTATATGTACATAGAAGATCACCATGATATGTCATAGATCACCATGATTTACATGTTGCCTTGGAGCATTTAATACAGTGGAAATGAATGTCCTTGGCCTTTTCTTTTAGTTTGATTACAGAGTCTATGGTTGGTATGGAGGGTCTGTATATATA
GACGGCAAGGAAGTGGAAATCCGAGGTTTAAACATATTTATAGGCCGTAGGGAAGACGAGATCAGGGGTTTAAGCGAGCAAAATGGGTTCAGTTCGGACGAAGCCGAACATTTTAGTGACGGGGACGCCGGGCACAGGCAAGACCACCACCTGCTCTCTGTTAGCAGACGACCCCAGTCTCAACCTCCGCCACATTAACC
TAGGCGAATTAGTGAAGCAGAAGAACCTACACGATGGCTGGGACGACGAGTTTGAGTGTTACATTCTCAACGAAGACCTGGTAAATGATGAACTGGAAGGCTTGATGGATGAGGGCGGAAACATAGTTGATTACCATAGCTGCGATTTCTTTCCAGAACGATGGTTTGATTGTGTGGCGGTTTTGCAAACAGACAACTCT
ATCCTATATGATCGCTTGACTAATAGGGGTTACATGGGGCAGAAGCTCCAAAATAATATTGAATGTGAAATCTTTCAAGTGTTGCTTGAGGAAGCGCGTGAGAGCTACTCTAAGGACATTATCATGGCTTTGCGGAGTGATACTATTGAAGATGTAAGCAGGAATGTTGACTTGTTGAAAGAGTGGGTTGCAAATTGGAG
TCGAAGAGATCAGTGATGTTTTATAGATATTATCTCCCAGAgtatgtattatagtgcatcgtagtttttgagatgcatgccaattttctccgaagttgagtcatgtgactgttatttacagatttttagcaataatactttccaatcagtttggattgcttctagctctgcagtgacactataatcttgctcgaggatat
tatttatatttgaatgtgcatgttttttgttttggagatcaatgaaattcgatgagtttgatgtataacgaattatatatgccatgtctcgttggctatcctcttttgtattctgcaaatatcatctttctgtcattttctttttcaaggttgtttttattgatgcaagtacatatcattttccagtcgtttgctttttc
aagGTGGTTGGCATCGATGTGGGGAACAAGATGAGAAGACAATAATCTCTATCCGCAATTAAGAAGGTCTAATTTGATGAAGAAGAAATAATATGTATGTAACAACCCAGCTTAAACAATTATTCAGAGGTTGTGGCTTTGAATAAGAAGCGAGAAAAGGGTTTATGTGATTTACCGTTTCTGAGAATGAAATATATTGA
CAATTGCAATCTCTCGTTCACATAAATGATCGTTGCGTGTAGATTTTAAACTACACGCTGTAATAAATCAAATATTATGTCTTCTTAAAACTTAAGAAGACAGGACGATTGTATTAATATCCAATATGTAATGCAATAAAGGTGCTTGTCATTTCCTCATAAACCCAATTTATACTGTTCAAAAATAGATTTGTTCAAAA
ATGGATTTGAAAAGCTACTTGGCAATAAATTAAATACTTAATGTGATAAGGTGCTTGTCATTTCCTCAGTGG

Intron 3 GTATGTATTA ... CATTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82	9	41	2
A2	80	11	44	2
A3	100	0	37	4
A4	88.57	4	31	5
A5	94.12	1	16	0
A6	89.78	83	729	12
A7	90.43	44	416	13
A8	87.58	62	437	13
A9	90.77	43	423	17
A10	89.18	29	239	11

>TRINITY_DN42958_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CATAACTGAAAACAAGAGTTCATATTATTCATAGGTACATGTTTTCGGCCACATGTAAATGTTGTTTATAGGACACATGGATTTCTTTTCAATCCATGTAGAGGCATCATAATATTAACGAAATCAAGAAATAACCTAAAAATCAGCCATGTTTATATGTACATTGAAGATCACCATGATATGTCATAGATCACCATGAT
TTACATGTTGCCTTGGAGCATTTAATACAGTGGAAATGAATGTCCTTGGCCTTTTCTTTTAGTTTGATTACAGAGTCTATGGTTGGTATGGAGGGTCTGTATATATAGACGGCAAGGAAGTGGAAATCCGAGGTTTAAACATATTTATAGGCCGTAGGGAAGACGAGATCAGGGGTTTAAGCGAGCAAAATGGGTTCAGT
TCGGACGAAGCCGAACATTTTAGTGACGGGGACGCCGGGCACAGGCAAGACCACCACCTGCTCTCTGTTAGCAGACGACCCCAGTCTCAACCTCCGCCACATTAACCTAGGCGAATTAGTGAAGCAGAAGAACCTACACGATGGCTGGGACGACGAGTTTGAGTGTTACATTCTCAACGAAGACCTGGTAAATGATGAAC
TGGAAGGCTTGATGGATGAGGGCGGAAACATAGTTGATTACCATAGCTGCGATTTCTTTCCAGAACGATGGTTTGATTGTGTGGCGGTTTTGCAAACAGACAACTCTATCCTATATGATCGCTTGACTAATAGGGGTTACATGGGGCAGAAGCTCCAAAATAATATTGAATGTGAAATCTTTCAAGTGTTGCTTGAGGAA
GCGCGTGAGAGCTACTCTAAGGACATTATCATGGCTTTGCGGAGTGATACTATTGAAGATGTAAGCAGGAATGTTGACTTGTTGAAAGAGTGGGTTGCAAATTGGAGTCGAAGAGATCAGTGATGTTTTATAGATATTATCTCCCAGATCGTTTGCTTTTTCAAGGTGGTTGGCATCGATGTGGGGAACAAGATGAGAAG
ACAATAATCTCTATCCGCAATTAAGAAGGTCTAATTTGATGAAGAGAAAATAATATGTATGTAACAACCCAGCTTAAACAATTATTCAGAGGTTGTGGCTTTGAATAAGAAACGAGAAAATAATATGTATGTAACAACCC

>TRINITY_DN42958_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CATAACTGAAAACAAGAGTTCATATTATTCATAGGTACATGTTTTCGGCCACATGTAAATGTTGTTTATAGGACACATGGATTTCTTTTCAATCCATGTAGAGGCATCATAATATTAACGAAATCAAGAAATAACCTAAAAATCAGCCATGTTTATATGTACATTGAAGATCACCATGATATGTCATAGATCACCATGAT
TTACATGTTGCCTTGGAGCATTTAATACAGTGGAAATGAATGTCCTTGGCCTTTTCTTTTAGTTTGATTACAGAGTCTATGGTTGGTATGGAGGGTCTGTATATATAGACGGCAAGGAAGTGGAAATCCGAGGTTTAAACATATTTATAGGCCGTAGGGAAGACGAGATCAGGGGTTTAAGCGAGCAAAATGGGTTCAGT
TCGGACGAAGCCGAACATTTTAGTGACGGGGACGCCGGGCACAGGCAAGACCACCACCTGCTCTCTGTTAGCAGACGACCCCAGTCTCAACCTCCGCCACATTAACCTAGGCGAATTAGTGAAGCAGAAGAACCTACACGATGGCTGGGACGACGAGTTTGAGTGTTACATTCTCAACGAAGACCTGGTAAATGATGAAC
TGGAAGGCTTGATGGATGAGGGCGGAAACATAGTTGATTACCATAGCTGCGATTTCTTTCCAGAACGATGGTTTGATTGTGTGGCGGTTTTGCAAACAGACAACTCTATCCTATATGATCGCTTGACTAATAGGGGTTACATGGGGCAGAAGCTCCAAAATAATATTGAATGTGAAATCTTTCAAGTGTTGCTTGAGGAA
GCGCGTGAGAGCTACTCTAAGGACATTATCATGGCTTTGCGGAGTGATACTATTGAAGATGTAAGCAGGAATGTTGACTTGTTGAAAGAGTGGGTTGCAAATTGGAGTCGAAGAGATCAGTGATGTTTTATAGATATTATCTCCCAGAgtatgtattatagtgcatcgtagtttttgagatgcatgccaattttctccga
agttgagtcatgtgactgttatttacagatttttagcaataatactttccaatcagtttggattgcttctagctctgcagtgacactataatcttgctcgaggatattatttatatttgaatgtgcatgttttttgttttggagatcaatgaaattcgatgagtttgatgtataacgaattatatatgccatgtctcgtt
ggctatcctcttttgtattctgcaaatatcatctttctgtcattttctttttcaaggttgtttttattgatgcaagtacatatcattttccagTCGTTTGCTTTTTCAAGGTGGTTGGCATCGATGTGGGGAACAAGATGAGAAGACAATAATCTCTATCCGCAATTAAGAAGGTCTAATTTGATGAAGAGAAAATAATA
TGTATGTAACAACCCAGCTTAAACAATTATTCAGAGGTTGTGGCTTTGAATAAGAAACGAGAAAAGGGTTTATGTGATTTACCGTTTCTGAGAATGAAATATATTGACAATTGCAATCTCTCGTTCACATAAATGATCGTTGCGTGTAGATTTTAAACTACACGCTGTAATAAATCAAATATTATGTCTTCTTAAAACTT
AAGAAGACAGGACGATTGTATTAATATCCAATATGTAATGCAATAAAGGTGCTTGTCATTTCCTCATAAACCCAATTTATACTGTTCAAAAATAGATTTGTTCAAAAATGGATTTGAAAAGCTACTTGGCAATAAATTAAATACTTAATGTGATAAGGTGCTTGTCATTTCCTCAGTGGCTGAGAAGGAAATTATGCTTT
TCTTTGCTGAAATTGAGAAACTCACTTGGA