NA ----> NA

Intron 1 GTTGATATCA ... TTTGACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.5	42	13	10
A2	25.49	19	7	6
A3	18.18	27	5	7
A4	27.54	25	9	10
A5	27.27	4	0	3
A6	30.43	56	19	30
A7	26.92	205	78	73
A8	25.13	257	71.5	101
A9	23.3	209	54	73
A10	24.51	154	43	57

>TRINITY_DN43456_c2_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

TGAATATATTCGCTTCGAATCTGATTGAGCAGCGGTTCTGCTTTTGATAAGCATTAAATTCACTCGCTCTGAGCGGAGACCACAGAAACAGAGGACATGACTGAATAACTTCGTTTCGGACCAGATTGAGCGGCAGCCCTGCTTTTTATAATCATTAAATCCAAACACTCTGAAACAAAATGTAGTCTGATGGTTTATCT
TGTATACAAATATCGGCTGGAAAGCCCTTTTACAAAGTGAGACCATCCAGATGTGGTTGTGGACTAACACCATGTAAGCAGGCATGCGCACACAAAAAGTTGAAGCAACCCTCAGCCAGGAGCATACCGATAAATGAGAAATTGGGGACAGGTGGGAGTCGGAACCAACAGCAATTTAGCATATTAGCATGGTTAGATCA
GGAGGTCCGGCCGTAGGGCCGGCTATGAGCCCTACTAATACAAATGAAGATCTATTCAGTGTTCTTATTGTCATGATCAGCCCTAGGTGTAAATGGGGGGTCTTCACAGTTTGATCCATGGATTTCTCAGGCTTTGTTTTCAGTGTTCTACTTGTCATAGTCATTCCTTGGTGTAGAACATGTAGTGGGGTCTTCACAGT
TTGACCCATGGATTTCTCAGGCTTTGTTTTCAGTGTTCTACTTGTCATAGTCATTCCTTGGTGTAGAACATGTAGTGGGGTCTTCACAGTTTGACCCATGAATTTCTCAGGCTTTGTTTTCAGGCATTATGTTCAATTGTGTACCATGGACATGCCTCCTTGGGAAAACTAAGAATTCATGGAATATATGGCAAGCAAAT
TCAAATCAAATTGCATACAGCACTAACCATTGTAGTAATGGTGTTTTATGCTGCTTCTGCATATGGTGAACTGATTTTCCAAAAAAAGATTTGTCAATTCCCAATTTTTTAAAATTGATTCGCTCAAATTCCATGGAAAAACTTAAAATTTTCCATGCTTGAAATCGTGCTGCGTGTATTTACAAATACTTATCACTATA
A

>TRINITY_DN43456_c2_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTCCGATTGAATGTCTATGTTCCTCTTTTTTGTGAATAGAAACAAAATGTAGTCTGATGGTTTATCTTGTATACAAATATCGGCTGGAAAGCCCTTTTACAAAGTGAGACCATCCAGATGTGGTTGTGGACTCACACCATGCAAGCAGGCATGCGCACACAAAAAGTTGAAGCAACCCTCAGCCAGgttgatatcactga
cgacacctgatcagtttttacttttatattttggtatcagtggattggtattataatttattgaataatttgatgcaggagcgtaccattgtattgatgttatgatttattgcatgatttgacgcagGAGCATACCGATAAATGAGAAATTGGGGACAGGTGGGAGTCGGAACCAACAGCAATTTAGCATATTAGCATGG
TTAGATCAGGAGGTCCGGCCGTAGGGCCGGCTATGAGCCCTACTAATACAAATGAAGATCTATTCAGTGTTCTTATTGTCATGATCAGCCCTAGGTGTAAATGGGGGGTCTTCACAGTTTGATCCATGGATTTCTCAGGCTTTGTTTTCAGTGTTCTACTTGTCATAGTCATTCCTTGGTGTAGAACATGTAGTGGGGTC
TTCACAGTTTGACCCATGGATTTCTCAGGCTTTGTTTTCAGTGTTCTACTTGTCATAGTCATTCCTTGGTGTAGAACATGTAGTGGGGTCTTCACAGTTTGACCCATGAATTTCTCAGGCTTTGTTTTCAGGCATTATGTTCAATTGTGTACCATGGACATGCCTCCTTGGGAAAACTAAGAATTCATGGAATATATGGC
AAGCAAATTCAAATCAAATTGCATACAGCACTAACCATTGTAGTAATGGTGTTTTATGCTGCTTCTGCATATGGTGAACTGATTTTCCAAAAAAAGATTTGTCAATTCCCAATTTTTTAAAATTGATTCGCTCAAATTCCATGGAAAAACTTAAAATTTTCCATGCTTGAAATCGTGCTGCGTGTATTTACAAATACTTA
TCACTATAA