sp|B6TZD1|MTNA_MAIZE ----> Methylthioribose-1-phosphate isomerase
Intron 1 GTTTGTTTCC ... CTGACTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.09 | 97 | 0 | 20 |
| A2 | 20.51 | 62 | 0 | 16 |
| A3 | 23.85 | 83 | 0 | 26 |
| A4 | 20.37 | 43 | 0 | 11 |
| A5 | 13.04 | 20 | 0 | 3 |
| A6 | 24.69 | 180 | 1 | 59 |
| A7 | 27.66 | 175.3 | 0 | 67 |
| A8 | 22.48 | 134.5 | 0 | 39 |
| A9 | 25.53 | 210 | 0 | 72 |
| A10 | 26.15 | 144 | 0 | 51 |
>TRINITY_DN105317_c5_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTAAATTGCTCAGATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTAAATTGCTCAGATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTAAATTGCTCAGATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTTATTTATTTGATATTCTAACCGTGGTACGAGAGTTGAGAGTTCCTATAGTTCTT
AGGGTCTGTCCATAGGCACCGAATTTTGATGTGGGATGGAAGGAGCCATCACCGCCATGCTGTGAGAAACGGAACAGCCGTCTGAGGTTGCCATTGCCGTCAAGGTAAAAGGAAGAGTGCAGCTGCGAAAGAAAGTAGACAAGAAGCCACCAGCAAGGTAGGAAGCGAGAAGCTGCCAGAGACGCGGCACTGCGAAAAGA
AGACCAATCAATAAATATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGCGGCGGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCTCAAGCGACGGCAGCTTGAGGGTTCACAGGCCACTGCAAGAGAAACAGCAGTTCTTCTACGGTATGTAATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGC
TGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCTGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAATATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTTGGCAACAACGGGTGTTGGAGATTTAAGTGCCTCTGTTGGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAG
CTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAGGCGAGTCTGAAGGAAAAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATT
GAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAACGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTTCTCTGTGAGGCCAAGAAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGT
TGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGGAGTCATAGCACCGGTAGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCT
GCCCTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGGGTTCAAGACTGCATGTTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCT
TCATACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGCATCGAAGTCATTTTCATCTTTGGGCTCTGGTGAAAAGCAAGCCGACAGTGGAAGTGAAGAGCGACACATTTCAGAAGTAG
>TRINITY_DN105317_c5_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:ACTTATAGCTGCCAATCCTGTTGgtttgtttccattttctgttagccccatgtttctgtatttttttaatttcattgttaacaaacaattcctctttaaagtgaagtttatctgcatgtccatatctatatgaatttgtctagtttaagcatatctatgtgagtttgtctgtatatgagattcttatacaatgttcatat
ttggaaaatctgactacagAACTATCTGTTGGAAATATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTTGGCAACAACGGGTGTTGGAGATTTAAGTGCCTCTGTTGGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAGCTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAAC
TGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAGGCGAGTCTGAAGGAAAAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATTGAAGATATTGATAACTGTCACTCTC
AGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAACGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTTCTCTGTGAGGCCAAGAAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGTTGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTG
ATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGGAGTCATAGCACCGGTAGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCTGCCCTTTGTATCCACACAACCCCGA
AGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGGGTTCAAGACTGCATGTTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCTTCATACATGTACCGACTAATAGCAG
ATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGGTCGTTAAAAGTTATAGTCCTTATTTCTTGACATTCTTGATCAGTCTTCATTTTGTACGTAACTAGTGATTCTTAATTGAATTTTTCCATCTTGAGCTTTCTGAAATTGCAGTTGTGCATA
CATAATGAGACACTGATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGGTAAGCTCATGCCATGATTCTACATAGAATTGTGTTGTTGTTCTAAATGATGAAAATAAAATGACAAATCTCTGCCTCTCTAGAGATATGAAGAATGTTAAGGGCAGTACGATGAAAGAATGCCTCTTGCTTACACATGCACAGAGATGTCCTTTCT
GGCATATAATGCCTTTTGTTATATTGAACTTGAATTTTCAAGGCTACT
Intron 2 GTGAGTGTCA ... TGTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.24 | 71 | 27 | 16 |
| A2 | 18.4 | 51 | 10 | 13 |
| A3 | 21.8 | 52 | 20 | 9 |
| A4 | 21.9 | 41 | 17 | 6 |
| A5 | 18.18 | 18 | 6 | 2 |
| A6 | 17.87 | 475.7 | 139 | 68 |
| A7 | 17.07 | 311 | 83 | 45 |
| A8 | 16.68 | 452 | 110 | 71 |
| A9 | 16.18 | 316 | 78 | 44 |
| A10 | 17.62 | 166 | 34 | 37 |
>TRINITY_DN119006_c0_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoformGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTAAATTGCTCACATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTAAATTGCTCACATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTAAATTGCTCACATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTTATTTATTTGATATTCTAACCGTGGTACGAGAGTTGAGAGTTCCTATAGTTCTT
AGGGTCTGTCCATAGGCACCGAATTTTGATGTGGGATGGAAGGAGCCATCACCGCCATGCTGTGAGAAACGGAACAGCCGTCTGAGGTTGCCATTGCCGTCAAGGTAAAAGGAAGAGTGCAGCTGCGAAAGAAAGTAGACAAGAAGCCACCAGCAAGGTAGGAAGCGAGAAGCTGCCAGAGACGCGGCACTGCGAAAAGA
AGACCAATCAATAAATATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGCGGCGGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCTCAAGCGACGGCAGGTTGAGGGTTCACAGGCCACTGCAAGAGAAACAGCAGTTCTTCTACGGTATGTAATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGC
TGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCTGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAATATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTTGGCAACAACGGGTGTTGGAGATTTAAGTGCCTCTGTTGGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAG
CTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAGGCGAGTCTGAAGGAAAAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATT
GAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAACGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTTCTCTGTGAGGCCAAGAAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGT
TGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGGAGTCATAGCACCGGTAGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCT
GCCCTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGGGTTCAAGACTGCATGTTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCT
TCATACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGGTCGTTAAAAGTTATAGTCCTTATTTCTTGACATTCTTGATCAGTCTTCATTTTGTACGTAACTAGTGATTCTTAATTGAATTTTTCCATCTTGAG
CTTTCTGAAATTGCAGTTGTGCATACATAATGAGACACTGATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGGTAAGCTCATGCCATGATTCTACATAGAATTGTGTTGTTGTTCTAAATGATGAAAATAAAATGACAAATCTCTGCCTCTCTAGAGATATGAAGAATGTTAAGGGCAGTACGATGAAAGAATGCCTCTTGCTT
ACACATGCACAGAGATGTCCTTTCTGGCATATAATGCCTTTTGTTATATTGAACTTGAATTTTCAAG
>TRINITY_DN119006_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGTTATCTTGATCTCTTTTGATTAAATTGCTCACATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTAAATTGCTCACATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTAAATTGCTCACATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTTATTTATTTGATATTCTAACCGTGGTACGAGAGTTGAGAGTTCCTATAGTTCTT
AGGGTCTGTCCATAGGCACCGAATTTTGATGTGGGATGGAAGGAGCCATCACCGCCATGCTGTGAGAAACGGAACAGCCGTCTGAGGTTGCCATTGCCGTCAAGGTAAAAGGAAGAGTGCAGCTGCGAAAGAAAGTAGACAAGAAGCCACCAGCAAGGTAGGAAGCGAGAAGCTGCCAGAGACGCGGCACTGCGAAAAGA
AGACCAATCAATAAATATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGCGGCGGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCTCAAGCGACGGCAGGTTGAGGGTTCACAGGCCACTGCAAGAGAAACAGCAGTTCTTCTACGGTATGTAATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGC
TGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCTGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAATATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTTGGCAACAACGGGTGTTGGAGATTTAAGTGCCTCTGTTGGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAG
CTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAGGCGAGTCTGAAGGAAAAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATT
GAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAACGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTTCTCTGTGAGGCCAAGAAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGT
TGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGGAGTCATAGCACCGGTAGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCT
GCCCTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGGGTTCAAGACTGCATGTTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACgtgagtgtcagctttt
ctctatggaaatcatggttgtgtgaattcattttacctgcaatcttaaatgtatcttgtttatggcattagaaatagaataaaatggtttcttccatgccattttctcattataatctcatcagtaatattttggatttttttggtttgagtcaggttttcatgatatattgctcaatctgctacttctgttttgcagTG
GAGGACACAACCCTTCATACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGGTCGTTAAAAGTTATAGTCCTTATTTCTTGACATTCTTGATCAGTCTTCATTTTGTACGTAACTAGTGATTCTTAATTGAAT
TTTTCCATCTTGAGCTTTCTGAAATTGCAGTTGTGCATACATAATGAGACACTGATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGGTAAGCTCATGCCATGATTCTACATAGAATTGTGTTGTTGTTCTAAATGATGAAAATAAAATGACAAATCTCTGCCTCTCTAGAGATATGAAGAATGTTAAGGGCAGTACGATGAAAG
AATGCCTCTTGCTTACACATGCACAGAGATGTCCTTTCTGGCATATAATGCCTTTTGTTATATTGAACTTGAATTTTCAAG
Intron 3 GTCGTCCACC ... TTGAAAAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.54 | 131 | 18 | 13.7 |
| A2 | 17.9 | 109 | 26.7 | 5.3 |
| A3 | 12.74 | 109 | 17 | 9.7 |
| A4 | 10.59 | 90 | 11.3 | 8.7 |
| A5 | 11.91 | 23 | 3.3 | 2.7 |
| A6 | 9.68 | 265 | 30 | 21.3 |
| A7 | 10 | 289 | 34 | 29.7 |
| A8 | 9.03 | 198 | 20.7 | 21 |
| A9 | 9.83 | 218 | 25 | 20.3 |
| A10 | 8.85 | 274 | 27.7 | 31.3 |
>TRINITY_DN42630_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoformGGATAACCTAATCAGTGAGGGAACTCTGGAGAAATTGAGGACACTCATCATCAAGTTGAACAAGAAAAAGACTTTCTTTCTTTCTTCCAAGTGAATAAATTGCTCACATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTAAATTGCTCACATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTAAATTGCTCAGATATGGTGGTT
ATCTTGATCTCTTTTGATTTATTTATTTGATATTCTAACCGTGGTACGAGAGTTGAGAGTTCCTATAGTTCTTAGGGTCTGTCCATAGGCACCGAATTTTGATGTGGGATGGAAGGAGCCATCACCGCCATGCTGTGAGAAACGGAACAGCCGTCTGAGGTTGCCATTGCCGTCAAGGTAAAAGGAAGAGTGCAGCTGCG
AAAGAAAGTAGACAAGAAGCCACCAGCAAGGTAGGAAGCGAGAAGCTGCCAGAGACGCGGCACTGCGAAAAGAAGACCAATCAATAAATATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGCGGCGGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCTCAAGCGACGGCAGCTTGAGGGTTCACAGGCCACTGCAAGAGAAACAG
CAGTTCTTCTACGGTATGTAATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGCTGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCTGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAATATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTTGGCAACAACGGGTGTTGGA
GATTTAAGTGCCTCTGTTGGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAGCTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAGGCGAGTCTGAAGGAAAAAG
CAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATTGAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAACGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTTCTCTGTGAGGCCAAGAAAA
AGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGTTGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGGAGTCATAGCACCGGTAGGA
CTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCTGCCCTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGGGTTCAAGACTGCATGTTGT
CAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCTTCATACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGTTGTGCATACATAATGAGACACT
GATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGCATCGAAGTCATTTTCATCTTTGGGCTCTGGTGAAAAGCAAGCCGACAGTGGAAGTGAAGAGCGACACATTTCAGAAGTAGAGCAACCATATAAAGATAATTCATCTTTGAATAATGTGGGATCAAGATGTGTTGATTTCAATGTGAG
>TRINITY_DN42630_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:GAAAAGAAGACCAATCAATAAATgtcgtccacctgctgaagtgtaccttgcgtatcaaacttgattcggttgactgctacggctgatgtcaaggtctttaggccgctgatctgctaaaccgtgtgcttgaaaaaagATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGCGGCGGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCT
CAAGCGACGGCAGCTTGAGGGTTCACAGGCCACTGCAAGAGAAACAGCAGTTCTTCTACGGTATGTAATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGCTGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCTGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAATATTGTGAGACACATATTAC
ATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTTGGCAACAACGGGTGTTGGAGATTTAAGTGCCTCTGTTGGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAGCTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCA
ACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAGGCGAGTCTGAAGGAAAAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATTGAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAACGAGGTGATATTAACTCT
AGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTTCTCTGTGAGGCCAAGAAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGTTGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGATAGTAG
GTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGGAGTCATAGCACCGGTAGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCTGCCCTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTC
TCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGGGTTCAAGACTGCATGTTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCTTCATACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTG
AGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGGTCGTTAAAAGTTATAGTCCTTATTTCTTGACATTCTTGATCAGTCTTCATTTTGTACGTAACTAGTGATTCTTAATTGAATTTTTCCATCTTGAGCTTTCTGAAATTGCAGTTGTGCATACATAATGAGACACTGATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGGTAAGCTCATGC
CATGATTCTACATAGAATTGTGTTGTTGTTCTAAATGATGAAAATAAAATGACAAATCTCTGTCTCTCTAGAATGCCTCTTGCTTCCACATGCACAGAGATGTCCTTTCTGGCAAATAATGCCTTTCATTACCAATTTCAGGGCTACTATTTAATCATATTTCAGGATGCCTATTTTTGTCAAGCTCTGAGTGCACTCTA
CAGCCTGGGATGGAAGAGATGCATCACATGTATAAAACAAGATGGTAAAATATTGACATCCAACCTTTAACGTCAAAAAGAGAAGAGAAAAGGAAAAAAGAGCTGACATTAGAAAATGAAACCAAATAACTAGCTAGATCCATCTTAATCCCAGATCTTGTAAGTGTTGAG
Intron 4 GTATGAACTG ... CACATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.71 | 44.5 | 7 | 15.4 |
| A2 | 29.94 | 28.7 | 15 | 9.6 |
| A3 | 5.06 | 31.9 | 2.4 | 1 |
| A4 | 10.52 | 36.3 | 3 | 5.6 |
| A5 | 6.4 | 19.9 | 1.2 | 2 |
| A6 | 6.83 | 206.2 | 10.4 | 23.2 |
| A7 | 7.93 | 172 | 7.6 | 25 |
| A8 | 8.33 | 142.1 | 10.8 | 17.4 |
| A9 | 7.15 | 149.8 | 8 | 16.4 |
| A10 | 7.03 | 109.5 | 4.2 | 13.8 |
>TRINITY_DN131285_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGGGATAACTATTAGAAGAAGCTACTAGTCTTTGTATTAAGCTACAATTCTGCACAGGTTTGACGTAATTCAGATGTGGCAATAAAAAGTTATGATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGTGGCAGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCTCAAGCGACGGCAGGTTGAGGGTTCACAGGCCACTGCAAGAGAA
ACAGCAGTTCTTCTACGTTATGTTATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGCTGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCCGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAACATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTTGGCAACAACGGGTGT
TGGAGGTTTAAGTGTCTCTGTTAGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAGCTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAGGCGAGTCTGAAGGAA
AAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATTGAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAACGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTTCTCTGTGAGGCCAAG
AAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGTTGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGGAGTCATAGCACCGGT
AGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCTGCCCTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGGGTTCAAGACTGCATG
TTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCTTCATACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGTTGTGCATACATAATGAGA
CACTGATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGCATCGAAGTCATTTTCATCTTTGG
>TRINITY_DN131285_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTGAATGCATTTCATCCTTTATTACGTATTTTCAAGTAAAATGAAGTTTCTGATCATGCTTAAATGTGCATCTATATGTTTATAGTCTGTTTGTGTTATAGTTGTCTCAAGGTGTGTATGCTACCAAAAAGTTAGTTGTTAAGTCATCCATCTTATAATGTTTTGTGTTGATGTCTTTACTGTCATGTTTCATTTGGAAG
AGAATTTTGTCCTCGGAATGCTGTAAAGTAATTTGAAAAGAACTAAGCTGCCACAGGTGCATAAAAAATGCTATTAGGTCCAGTGATATCACAGTTTACTGGATGTTGAACAACAAGGGTGTGTAATGTGGATTTTCTTTATTAGTTTTGGGTAGTTGTTAATTTGGAAGTTGTTGAGTAATAGCCATTTGTAACATGGA
TTTCATTTAAATAAGTGTCTATTAGTTTTTGAAGAATGTATCTTCCAGCTGTGTCTATTATTGATTAATAAATGTGTTCTGGGTTTTTAGCGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTTCTCTGTGAGGCCAAGAAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGgtatg
aactgtgtcttttttacaaagtccaaatgcaaaaaatgaagttctactccagtaaataattaatgtggagaatacacattgcagATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGTTGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGAGTGATTATA
TTGACATATTCTATTAATGAAATGATATTTTACTGATACTGTTTACCATATTTACTTTGATGTAAAGGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGGAGTCATAGCACCGGTAGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCTGCC
CTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGGGTTCAAGACTGCATGTTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCTTCA
TACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGGTCGTTAAAAGTTATAGTCCTTATTTCTTGACATTCTTGATCAGTCTTCATTTTGTACGTAACTAGTGATTCTTAATTGAATTTTTCCATCTTGAGCTT
TCTGAAATTGCAGTTGTGCATACATAATGAGACACTGATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGGTAAGCTCATGCCATGATTCTACATAGAATTGTGTTGTTGTTCTAAATGATGAAAATAAAATGACAAATCTCTG
Intron 5 GTATAGTCAT ... GCATTTTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.27 | 96 | 36 | 2 |
| A2 | 21.57 | 80 | 22 | 0 |
| A3 | 23.57 | 107 | 33 | 2 |
| A4 | 11.49 | 77 | 10 | 0 |
| A5 | 21.88 | 50 | 14 | 0 |
| A6 | 21.11 | 284 | 76 | 2 |
| A7 | 24.4 | 316 | 102 | 1 |
| A8 | 26.25 | 222 | 79 | 3 |
| A9 | 27.27 | 224 | 84 | 6 |
| A10 | 20.35 | 227 | 58 | 0 |
>TRINITY_DN131285_c0_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoformTTGAAAAATATTGAGAAAAAGAGTAGACAGGTGTTTAATAAATAACATCAAAGGAATTAGTCGTTAGGGTTGAAACTGTTGAGGAGGTCACGAATGGGGTCAAAAAGAAGAAATTTGATGGATTAAAAAAGAAAAGAAAAAAAGAGGGATTTAAAAATTAAGATTTTAAGAACAAGCCAAGAACTGATAGAAATTTTTGG
ACCAAATAGATTAATTAACTAACATAAGTAAATAAGAAATTAAAGAAGTATAAAATGGGGTTAAATTAAATAGGAAAAATTAAATAACTAAAGGGTTTTTCAAAAATATAAGAGGGTTTTCTAAACTTCCACAGTGCAATCCAGAAACATATATACAAAGAAGCTTAAATGTGAGCCTACAAATTAATTAAGCACAAAAA
ATGTGGAAAAGTTACATACTTTAGGTTTGATTCTTAAATTTAAAAACATGGTTATAAGAGTAAAATCTAGCAATTGTTTTAAGCACATTGATGGACATCCATTGCAACCAATGGAACGAATAATGTATTTCAAGCTTGATTAACGCATATTCTTCAACATAAAGTTTAAACCCTTTAATATTTTGGTGTAATTCAATGTT
TTCCTCTGCTGGATAAGCATCTCTTCCATGATCTTTATTGAACTTGAGCTGATTGAAGTAACGACAAGCAATGTCAAGCATACAATTTTGTTTAGGTACAACAAAATATGGTAAAGTTACAAACCATAAGTTTGATTCCTAAAGCTAAAACCATGGTTATAAGAGTAGAAATGAGCAATCGTTTTAATTATATGGATGGT
CATTCATAGCCTATATCCTAAAATATGATGAAGAATGAAGATCACATAATTGAGTATGTTTGAGAGTTGAGACCATCTTTTAGAAAATATTTGTCAAATATATTGAGACGGGAATTGCTGTATTTTTTTGCAGATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGCGGCGGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCTCAA
GCGACGGTGATTGTGTGCCTATTTCTCATCAATAATGGCCTGTTGTTTTGCTCATTATTTGTTAACAAAATAACAGTCTAACAAGCTTGCCATGCGAGTGAAAATTGTTAAGAAACAAATAGTTATCTGAATCTGATCTTCTTGGGTTTGCTTTTGTGCTGGTGGATGATAAATCAATCAGGCAGCTTGAGGGTTCACAG
GCCACTGCAAGAGAAACAGCAGTTCTTCTACGGTATGTAATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGCTGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCTGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAATATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTT
GGCAACAACGGGTGTTGGAGATTTAAGTGCCTCTGTTGGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAGCTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAG
GCGAGTCTGAAGGAAAAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATTGAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAACGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTT
CTCTGTGAGGCCAAGAAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGTTGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGG
AGTCATAGCACCGGTAGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCTGCCCTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGG
GTTCAAGACTGCATGTTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCTTCATACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGTTGT
GCATACATAATGAGACACTGATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGCATCGAAGTCATTTTCATCTTTGG
>TRINITY_DN131285_c0_g1_i24 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTTATTTATTTGATATTCTAACCGTGGTACGAGAGTTGAGAGTTCCTATAGTTCTTAGGGTCTGTCCATAGGCACCGAATTTTGATGTGGGATGGAAGGAGCCATCACCGCCATGCTGTGAGAAACGGAACAACCGTCTGAGGTTGCCATTGCCGTCAAGGTAAAAGGAA
GAGTGCAGCTGCGAAAGAAAGTAGACAAGAAGCCACCAGCAAGGTAGGAAGCGAGAAGCTGCCAGAGACGCGGCACTGCGAAAAGAAGACCAATCAATAAATATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGCGGCGGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCTCAAGCGACGGCAGCTTGAGGGTTCACAGGCCACT
GCAAGAGAAACAGCAGTTCTTCTACGGTATGTAATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGCTGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCTGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAATATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTTGGCAAC
AACGGGTGTTGGAGATTTAAGTGCCTCTGTTGGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAGCTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAGGCGAGT
CTGAAGGAAAAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATTGAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAAgtatagtcattactctgttactgtttatatttttaatggccaggtcagagtc
cagacagacatgtatcttataaaaatttagcaactgcattttaagCGAGGTGATATTAACTCTA
Intron 6 GTGATTGTGT ... AATCAATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.02 | 137 | 18.3 | 29.1 |
| A2 | 13.6 | 81 | 13.9 | 13.7 |
| A3 | 15.18 | 110 | 7.3 | 22.2 |
| A4 | 14.39 | 82 | 13.6 | 14.9 |
| A5 | 23.9 | 47.9 | 3.5 | 17.2 |
| A6 | 12.77 | 234.2 | 27.3 | 37.5 |
| A7 | 10.84 | 266 | 28.8 | 34.8 |
| A8 | 10.81 | 197.4 | 17.7 | 25.8 |
| A9 | 10.86 | 205 | 20.4 | 26.8 |
| A10 | 8.98 | 234 | 22.3 | 24.6 |
>TRINITY_DN131285_c0_g1_i24 from sample A1 / Example spliced isoformAGATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTTATTTATTTGATATTCTAACCGTGGTACGAGAGTTGAGAGTTCCTATAGTTCTTAGGGTCTGTCCATAGGCACCGAATTTTGATGTGGGATGGAAGGAGCCATCACCGCCATGCTGTGAGAAACGGAACAACCGTCTGAGGTTGCCATTGCCGTCAAGGTAAAAGGAA
GAGTGCAGCTGCGAAAGAAAGTAGACAAGAAGCCACCAGCAAGGTAGGAAGCGAGAAGCTGCCAGAGACGCGGCACTGCGAAAAGAAGACCAATCAATAAATATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGCGGCGGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCTCAAGCGACGGCAGCTTGAGGGTTCACAGGCCACT
GCAAGAGAAACAGCAGTTCTTCTACGGTATGTAATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGCTGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCTGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAATATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTTGGCAAC
AACGGGTGTTGGAGATTTAAGTGCCTCTGTTGGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAGCTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAGGCGAGT
CTGAAGGAAAAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATTGAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAAGTATAGTCATTACTCTGTTACTGTTTATATTTTTAATGGCCAGGTCAGAGTC
CAGACAGACATGTATCTTATAAAAATTTAGCAACTGCATTTTAAGCGAGGTGATATTAACTCTA
>TRINITY_DN131285_c0_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTGAAAAATATTGAGAAAAAGAGTAGACAGGTGTTTAATAAATAACATCAAAGGAATTAGTCGTTAGGGTTGAAACTGTTGAGGAGGTCACGAATGGGGTCAAAAAGAAGAAATTTGATGGATTAAAAAAGAAAAGAAAAAAAGAGGGATTTAAAAATTAAGATTTTAAGAACAAGCCAAGAACTGATAGAAATTTTTGG
ACCAAATAGATTAATTAACTAACATAAGTAAATAAGAAATTAAAGAAGTATAAAATGGGGTTAAATTAAATAGGAAAAATTAAATAACTAAAGGGTTTTTCAAAAATATAAGAGGGTTTTCTAAACTTCCACAGTGCAATCCAGAAACATATATACAAAGAAGCTTAAATGTGAGCCTACAAATTAATTAAGCACAAAAA
ATGTGGAAAAGTTACATACTTTAGGTTTGATTCTTAAATTTAAAAACATGGTTATAAGAGTAAAATCTAGCAATTGTTTTAAGCACATTGATGGACATCCATTGCAACCAATGGAACGAATAATGTATTTCAAGCTTGATTAACGCATATTCTTCAACATAAAGTTTAAACCCTTTAATATTTTGGTGTAATTCAATGTT
TTCCTCTGCTGGATAAGCATCTCTTCCATGATCTTTATTGAACTTGAGCTGATTGAAGTAACGACAAGCAATGTCAAGCATACAATTTTGTTTAGGTACAACAAAATATGGTAAAGTTACAAACCATAAGTTTGATTCCTAAAGCTAAAACCATGGTTATAAGAGTAGAAATGAGCAATCGTTTTAATTATATGGATGGT
CATTCATAGCCTATATCCTAAAATATGATGAAGAATGAAGATCACATAATTGAGTATGTTTGAGAGTTGAGACCATCTTTTAGAAAATATTTGTCAAATATATTGAGACGGGAATTGCTGTATTTTTTTGCAGATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGCGGCGGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCTCAA
GCGACGgtgattgtgtgcctatttctcatcaataatggcctgttgttttgctcattatttgttaacaaaataacagtctaacaagcttgccatgcgagtgaaaattgttaagaaacaaatagttatctgaatctgatcttcttgggtttgcttttgtgctggtggatgataaatcaatcagGCAGCTTGAGGGTTCACAG
GCCACTGCAAGAGAAACAGCAGTTCTTCTACGGTATGTAATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGCTGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCTGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAATATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTT
GGCAACAACGGGTGTTGGAGATTTAAGTGCCTCTGTTGGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAGCTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAG
GCGAGTCTGAAGGAAAAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATTGAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAACGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTT
CTCTGTGAGGCCAAGAAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGTTGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGG
AGTCATAGCACCGGTAGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCTGCCCTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGG
GTTCAAGACTGCATGTTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCTTCATACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGTTGT
GCATACATAATGAGACACTGATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGCATCGAAGTCATTTTCATCTTTGG
Intron 7 GTCGTTAAAA ... GAAATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 72.86 | 18 | 61 | 35.6 |
| A2 | 73.1 | 11.3 | 36 | 25.1 |
| A3 | 80.63 | 9.3 | 39 | 38 |
| A4 | 69.23 | 14 | 48 | 15 |
| A5 | 75.24 | 8 | 31 | 17.6 |
| A6 | 81.84 | 87 | 468.7 | 315.3 |
| A7 | 76.79 | 61.3 | 226.6 | 178.6 |
| A8 | 80.44 | 78 | 353 | 288.6 |
| A9 | 81.31 | 52.5 | 242.4 | 214.4 |
| A10 | 70.83 | 43 | 132.8 | 76 |
>TRINITY_DN131285_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGGGATAACTATTAGAAGAAGCTACTAGTCTTTGTATTAAGCTACAATTCTGCACAGGTTTGACGTAATTCAGATGTGGCAATAAAAAGTTATGATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGTGGCAGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCTCAAGCGACGGCAGGTTGAGGGTTCACAGGCCACTGCAAGAGAA
ACAGCAGTTCTTCTACGTTATGTTATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGCTGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCCGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAACATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTTGGCAACAACGGGTGT
TGGAGGTTTAAGTGTCTCTGTTAGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAGCTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAGGCGAGTCTGAAGGAA
AAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATTGAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAACGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTTCTCTGTGAGGCCAAG
AAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGTTGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGGAGTCATAGCACCGGT
AGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCTGCCCTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGGGTTCAAGACTGCATG
TTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCTTCATACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGTTGTGCATACATAATGAGA
CACTGATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGCATCGAAGTCATTTTCATCTTTGG
>TRINITY_DN131285_c0_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGATATGGTGGTTATCTTGATCTCTTTTGATTTATTTATTTGATATTCTAACCGTGGTACGAGAGTTGAGAGTTCCTATAGTTCTTAGGGTCTGTCCATAGGCACCGAATTTTGATGTGGGATGGAAGGAGCCATCACCGCCATGCTGTGAGAAACGGAACAACCGTCTGAGGTTGCCATTGCCGTCAAGGTAAAAGGAA
GAGTGCAGCTGCGAAAGAAAGTAGACAAGAAGCCACCAGCAAGGTAGGAAGCGAGAAGCTGCCAGAGACGCGGCACTGCGAAAAGAAGACCAATCAATAAATATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGCGGCGGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCTCAAGCGACGGCAGCTTGAGGGTTCACAGGCCACT
GCAAGAGAAACAGCAGTTCTTCTACGGTATGTAATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGCTGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCTGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAATATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTTGGCAAC
AACGGGTGTTGGAGATTTAAGTGCCTCTGTTGGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAGCTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAGGCGAGT
CTGAAGGAAAAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATTGAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAACGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTTCTCTGT
GAGGCCAAGAAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGTTGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGGAGTCAT
AGCACCGGTAGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCTGCCCTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGGGTTCAA
GACTGCATGTTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCTTCATACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGgtcgttaaaa
gttatagtccttatttcttgacattcttgatcagtcttcattttgtacgtaactagtgattcttaattgaatttttccatcttgagctttctgaaattgcagTTGTGCATACATAATGAGACACTGATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGGTAAGCTCATGCCATGATTCTACATAGAATTGTGTTGTTGTTCTAA
ATGATGAAAATAAAATGACAAATCTCTGTCTCTCTAGAATGCCTCTTGCTTCCACATGCACAGAGATGTCCTTTCTGGCAAATAATGCCTTTCATTACCAATTTCAGGGCTACTATTTAATCATATTTCAGGACACCTATTTTTGTCAAGCTCTGAGTGCACTCTACAGCCTGGGATGGAAGAGATGCATCACATGTATA
AAACAAGATGGTAAAATATTGACATCCAACCTTTAACGTCAAAAAGAGAAGAGAAAAGGAAAAAAGAGCTGACATTAGAAAATG
Intron 8 GTGAGTGATT ... TGATGTAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.97 | 65 | 19.1 | 24 |
| A2 | 25.41 | 47.1 | 11.2 | 16 |
| A3 | 36.66 | 36.3 | 9.9 | 21 |
| A4 | 23.11 | 46.6 | 4.3 | 14 |
| A5 | 24.39 | 28.1 | 1.9 | 9 |
| A6 | 24.63 | 318.4 | 26 | 104 |
| A7 | 25.9 | 249.1 | 30.9 | 87 |
| A8 | 27.09 | 253.3 | 26.6 | 94 |
| A9 | 23.55 | 211.2 | 29.7 | 65 |
| A10 | 25.4 | 164.5 | 17.9 | 56 |
>TRINITY_DN131285_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGGGATAACTATTAGAAGAAGCTACTAGTCTTTGTATTAAGCTACAATTCTGCACAGGTTTGACGTAATTCAGATGTGGCAATAAAAAGTTATGATTGAGATACAGTGACAAAAATGCCTGACCTACAGGTGGCAGTTAATGACTTTGTTGTCAAGCTCAAGCGACGGCAGGTTGAGGGTTCACAGGCCACTGCAAGAGAA
ACAGCAGTTCTTCTACGTTATGTTATCTCTCAACAAAGAGTACCACACTCAAATCAGGCAGCATCACTTATTGAAGCTGTAAAGTCAGTGGGCGTGAAACTTATAGCCGCCAATCCTGTTGAACTATCTGTTGGAAACATTGTGAGACACATATTACATATAATTCGTGAAGAGGATGTGTCTTTGGCAACAACGGGTGT
TGGAGGTTTAAGTGTCTCTGTTAGCAGTGATGATGAAGATGATACCCAGCATGATAACTCCTCAGCATTATCTGCAGCTGCTCTTGCTGCTGCATCTAGAACTGCTTTGCGGGCTCCCTCATTACATAATCTTTTAGAATCTATACCTGGCCCAGCAACTGCTCCCCTTACAGGTTCTTCAGGAGGCGAGTCTGAAGGAA
AAAGCAAATCCGCTGACAAAAACTCAAGGAGCTGGAAACTGAAGCACGGTGTAATTGAAGCCATCAACGAACTGATTGAAGATATTGATAACTGTCACTCTCAGATTGCAGAGCAAGCATTGGAACATATTCATCAGAACGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTTCTCTGTGAGGCCAAG
AAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGTTGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGGAGTCATAGCACCGGT
AGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCTGCCCTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGGGTTCAAGACTGCATG
TTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCTTCATACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGTTGTGCATACATAATGAGA
CACTGATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGCATCGAAGTCATTTTCATCTTTGG
>TRINITY_DN131285_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTGAATGCATTTCATCCTTTATTACGTATTTTCAAGTAAAATGAAGTTTCTGATCATGCTTAAATGTGCATCTATATGTTTATAGTCTGTTTGTGTTATAGTTGTCTCAAGGTGTGTATGCTACCAAAAAGTTAGTTGTTAAGTCATCCATCTTATAATGTTTTGTGTTGATGTCTTTACTGTCATGTTTCATTTGGAAG
AGAATTTTGTCCTCGGAATGCTGTAAAGTAATTTGAAAAGAACTAAGCTGCCACAGGTGCATAAAAAATGCTATTAGGTCCAGTGATATCACAGTTTACTGGATGTTGAACAACAAGGGTGTGTAATGTGGATTTTCTTTATTAGTTTTGGGTAGTTGTTAATTTGGAAGTTGTTGAGTAATAGCCATTTGTAACATGGA
TTTCATTTAAATAAGTGTCTATTAGTTTTTGAAGAATGTATCTTCCAGCTGTGTCTATTATTGATTAATAAATGTGTTCTGGGTTTTTAGCGAGGTGATATTAACTCTAGGACACTCAAGGACAGTGATGCAGTTTCTCTGTGAGGCCAAGAAAAAGAGATCGTTTCAAGTTTTCATTGCAGAGGGTGGTCCTAGGTATG
AACTGTGTCTTTTTTACAAAGTCCAAATGCAAAAAATGAAGTTCTACTCCAGTAAATAATTAATGTGGAGAATACACATTGCAGATATCAAGGACATGCCCTTGCTAAAGAGCTTGTTGCAAAAGATTTGCAAACGACAGTGATTACTGATTCAGCTGTCTTCGCTATGATATCACGTGTGAACATGgtgagtgattata
ttgacatattctattaatgaaatgatattttactgatactgtttaccatatttactttgatgtaaagGTGATAGTAGGTGCTCATGCTGTCATGGCCAATGGTGGAGTCATAGCACCGGTAGGACTTCATATGGTTGCACTTGCTGCTCATCGGCATGCAGTCCCATTTGTTGTACTAGCTGCCTCACACAAGCTCTGCC
CTTTGTATCCACACAACCCCGAAGTTTTGTTGAATGATCTTAAATCACCATCGGAATTGTTGGATTTTGGAGACTTCTCCGACTGTATCGAGAGTGGAACCGGGGGTTCAAGACTGCATGTTGTCAATCCAGCATTTGACTATGTTCCCCCACAGCTTGTGAACCTTTTCATTACTGATACTGGAGGACACAACCCTTCA
TACATGTACCGACTAATAGCAGATTATTATACTCCTGATGACTATGTGCTCCAGCAGCATGTAGAATCTGGGATTTGAGAAAGCCCCTGTATCTTATACAGGTCGTTAAAAGTTATAGTCCTTATTTCTTGACATTCTTGATCAGTCTTCATTTTGTACGTAACTAGTGATTCTTAATTGAATTTTTCCATCTTGAGCTT
TCTGAAATTGCAGTTGTGCATACATAATGAGACACTGATCATTTTGCAAATATGATTTATTCCTGGTAAGCTCATGCCATGATTCTACATAGAATTGTGTTGTTGTTCTAAATGATGAAAATAAAATGACAAATCTCTG