NA ----> NA

Intron 1 GTAACCTTCC ... TCATCAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.32	240	28	191
A2	38.34	156	6	97
A3	45.45	186	9	155
A4	47.15	176	26	157
A5	40	57	3	38
A6	44.44	65	0	52
A7	46.52	315	25	274
A8	44.55	366	28	294
A9	40.75	205	12	141
A10	47.01	204	28	181

>TRINITY_DN121523_c0_g1_i18 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTTGCAGTGTTTGCAGCTTGGTATCAATCCAAAGTTGGTATCAATCCAAAGGGAACTAGACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCAGCTATATGTTGGGGTCGATGTTTGACAATGAAGCTCTTGCTTTAATCTTTTATCACATTGAGGCTCGTATTTATGTTGGGGTCGATGTTTGC
GAGGATCTGTTGGGGTTAATGTTTGCGAAGATCTACATCAATCCTCAAAACAAAGATGGTAATGGAAATTACATTTTCATTCTCCAAGGCACTATAAGTTTGCAGCTTGGTATCAATCCAAAGGAACTAGACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCTATGTTGTGGTCGATGTTTGACA
AGGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTCATCACATGGAGGCTCGGACCTATGTTGTGGTCGATGTTTGACAAGGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTCATCACATGGAGGCTCGGACCTATGTTGGGGGGTTAATGTTTGCGAAGATCTACAACAATCCTCAAAACAAAGATGTTTCATAGCAATCCAAAGGAGCTAGACAATGAAG
CTCTTGCTTTAATCCTTTATCACATGGCTCTTGCTTTATTCCTTTATCACATTGAGGTTTGTACCTCTGTTGGGATCTATGTTTTGCGAGGATATATCGCAATCCTCAACAAAGTTGAAAACCAATCTCGTCTGCAAGCGAGAATATATCACAATCCTCAACAAAGATGAAAACCAATCTCGTCTGCAGAAGGTATCACA
GTTTTGGGCTTCCGGGGAAGTTTATGACATTGAAACTGAAAACCATTGAAACTGAAAACCAATCTCGTCTTCAGAAGAGATAATAGTTTTGAGCAATTACAGTTTT

>TRINITY_DN121523_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTTGCTCTGTTTATCTTTGTTTCAGATTAATATTTGGGAGTCTTATTTAGCTCTATTCTGTTGATGATAAAGCACAGTTTGCAGTATTTTATATTAATTTGACTGTGTTCTATTTCATCAATAGTTTGCAGCTTGGTATCAATCCAAAGTTGGTATCAATCCAAAGGGAACTAGACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCT
TTATCACTTTGAGGCTCGTACCAGCTATATGTTGGGGTCGATGTTTGACAATGAAGCTCTTGCTTTAATCTTTTATCACATTGAGGCTCGTATTTATGTTGGGGTCGATGTTTGCGAGGATCTGTTGGGAAGATGGTAATGGAAATTACATTTTCATTCTCCAAGGCACTATAAGgtaaccttcccataaaattcctgtg
tgtcttccaatgatgttgttttccttattaacagactatgatggttagacgatgatggatactggactacctgtttagcgtttcttcagattcacacttggggggtctgtcttttgctctgtttatctttgtttcagattaatgtttgggagtcttattttgctctattctgttgatgataaagcacaattatatattaa
tttaaactcgtgttctatttcatcaatagTTTGCAGCTTGGTATCAATCCAAAGGAACTAGACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCTATGTTGTGGTCGATGTTTGACAAGGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTCATCACATGGAGGCTCGGACCTATGTTGTGGTCGATGTTTGACAAG
GAAGCTCTTGCTTTAATCCTTCATCACATGGAGGCTCGGACCTATGTTGGGCAAAGGAGCTAGACAATGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACATGGCTCTTGCTTTATTCCTTTATCACATTGAGGTTTGTACCTCTGTTGGGATCTATGTTT

Intron 2 GTCTGTATTT ... TGGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	94.87	1	21	16
A2	100	0	12	9
A3	100	0	18	18
A4	82.22	4	27	10
A5	86.67	1	7	6
A6	100	0	2	9
A7	94.74	2	35	37
A8	84.62	6	38	28
A9	87.1	2	20	7
A10	93.44	2	33	24

>TRINITY_DN121523_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TTTTTATATTAATTTTAACTGTGTTCTATTTCATCAATGGTTTGCAGCTTGGTATCAATCCAAAGGAACTAGACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCTATGTTGGGGTCGATGTTTGACAATGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACATGGAGGCTCGGACCTATGTTGGGGTTAA
TGTTTGCGAAGATCTACATCAATCCTCAAAACAAAGATGGTAATGGAAATTACATTTTCATTTTCCAAGGCACTCTAGGGTAACCTTCCCATTAAATGTAGTCTCTATCCAAGATATATTCTCTAGAAGGGACACTTCACATTTGAAATTGCTGCAACTTGGTTAATTTAATCAGATAGGGTTAACCTTCCCATTAATAC
GCTATGCTTGGTTAGGCGATGATGGATACTGGATTACCTGTTTATCTCTTCTTCGGATTAATACTTGGGTTTGAACTAGACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCTATGTTGGGGTCGATGTTTGTTGTGGTCGATGTTTGACAAGGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTCATCACATGGAG
GCTCGGACCTATGTTGGGGGGTTAATGTTTGCGAAGATCTACAACAATCCTCAAAACAAAGATGTTTCATAGCAATCCAAACTCAAAGGAGCTAGACAATGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACATGGCTCTTGCTTTATTCCTTTATCACATTGAGGTTTGTACCTCTGTTGGGATCTATGTTTGGAGGCTCGGAC
CTAT

>TRINITY_DN121523_c0_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTTTATATTAATTTTAACTGTGTTCTATTTCATCAATGGTTTGCAGCTTGGTATCAATCCAAAGGAACTAGACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCTATGTTGGGGTCGATGTTTGACAATGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACATGGAGGCTCGGACCTATGTTGGGGTTAA
TGTTTGCGAAGATCTACATCAATCCTCAAAACAAAGATGGTAATGGAAATTACATTTTCATTTTCCAAGGCACTCTAGGGTAACCTTCCCATTAAATGTAGTCTCTATCCAAGATATATTCTCTAGAAGGGACACTTCACATTTGAAATTGCTGCAACTTGGTTAATTTAATCAGATAGGGTTAACCTTCCCATTAATAC
GCTATGCTTGGTTAGGCGATGATGGATACTGGATTACCTGTTTATCTCTTCTTCGGATTAATACTTGGGgtctgtattttgctctgtttatctttgcatcatattaatattgggggtttgtattttgctctgttatgttcatgataaagcacaattttatattaagtttaactgtgttctatttcatcaatggtttgcag


TTTGAACTAGACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCTATGTTGGGGTCGATGTTTGTTGTGGTCGATGTTTGACAAGGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTCATCACATGGAGGCTCGGACCTATGTTGGGGGGTTAATGTTTGCGAAGATCTACAACAATCCTCAAAACAAAGATGTTTCA
TAGCAATCCAAACTCAAAGGAGCTAGACAATGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACATGGCTCTTGCTTTATTCCTTTATCACATTGAGGTTTGTACCTCTGTTGGGATCTATGTTTGGAGGCTCGGACCTAT

Intron 3 GTAGCTCATT ... GGAATTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.45	412	122	103
A2	24.51	211	62	75
A3	20.63	304	99	59
A4	23.46	230	75	66
A5	19.8	79	26	13
A6	20.81	137	34	38
A7	23.87	665	211	206
A8	23.4	807	231	262
A9	22.99	469	128	152
A10	25.1	452	155	148

>TRINITY_DN106514_c0_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoform

GGGGTTTGTATTTTGCTCTGTTATGTTCATGATAAAGCACAATTTTATATTAAGTTTAACTGTGTTCTATTTCATCAATGTTTTGCAGTTTCATAGCAATCCAAAGGAGCTAGACAATGAGGCTCTTGCTTTATTCCTTTATCACATTGAGGTTTGTACCTCTGTTGGGATCTATGTTTTGCGAGGATATATCGCAATCC
TCAACAAAGTTGAAAACCAATCTCGTCTGCAAAAGGTATCACAGTTTTGGGCTTCCGGGGAAGTTTATGAAATTGAAACTGAAAACCCATCTCGTCCGTATAAGATATCACAGTTTGGGATTCCGGGGAAGTTTATGACATTGAAACTGAAAACCCATCTCTGAAAACCAATCTCGTCTTCAGAAGATATTATAGTTTTG
AGCAATTACAGTTTTGAGCTTCCGGAGAAGTTTGACACTTAAACTATGTATCATTTAGTTGGAGTTGGACCAGTAAAAATAATCCTTGGGAAACAGCCATCTATGGGTGTACATTAGAAGCATCTGCTCAAAACCTTCTTCAATGGACATTAGGTTCACAATGAAAGTGCCAG

>TRINITY_DN106514_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGGGTTTGTATTTTGCTCTGTTATGTTCATGATAAAGCACAATTTTATATTAAGTTTAACTGTGTTCTATTTCATCAATGTTTTGCAGTTTCATAGCAATCCAAAGGAGCTAGACAATGAGGCTCTTGCTTTATTCCTTTATCACATTGAGGTTTGTACCTCTGTTGGGATCTATGTTTTGCGAGGATATATCGCAATCC
TCAACAAAGTTGAAAACCAATCTCGTCTGCAAAAGGTATCACAGTTTTGGGCTTCCGGGGAAGTTTATGAAATTGAAACTGAAAACCCATCTCGTCCGTATAAGATATCACAGTTTGGGATTCCGGGGAAGTTTATGACATTGAAACTGAAAACCCATCTCTGAAAACCAATCTCGTCTTCAGAAGATATTATAGTTTTG
AGCAATTACAGTTTTGAGCTTCCGGAGAAGTTTGACACTTAAACTATGTATCATTTAGTTGGAGTTGGACCAGTAAAAATAATCCTTGGGAAACAGCCATCTATGGGTGTACATTAGgtagctcatttgactcagcgtcttgcattttttgtttttcattgatatataattaattgtagactaaaattgcctctggttca
ggaattccagAAGCATCTGCTCAAAACCTTCTTCAATGGACACTAGGTTCACACTTCACAATGAAAGTGCCAGCCATCAACAAAGCAGGAACAGAAAAATAAACCTATATTACTGTAACAGTCATCTCCATTAAGGAATTCCAGATGCGTCTGCTCAAAACCTTCTTTAGTGGACATTAGGCTCACAATGAAAGTGTCAG
CCATCAACAAAGCAGGAACAGAAAAATAAACCTATACTACTGTTACAGCAGAAATATTTGTTGTTGAGTACACAGTTAGGTTCTGTTCAGTTCAATGATATATCAGCCCTTTGC

Intron 4 GTAATGGAAA ... TTATTAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.18	100	7	50
A2	20.31	51	11	15
A3	23.33	46	5	23
A4	18.92	60	13	15
A5	9.52	19	1	3
A6	3.45	14	0	1
A7	23.64	84	20	32
A8	20.93	102	13	41
A9	18.01	66	5	24
A10	25.15	64	9	34

>TRINITY_DN121523_c0_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoform

AAGGCATTGGTTGAAATATCTATGCAAGAGAGATTGTAGTATACTATGCAGAAGCAAAGGCATTGGTCAAAAGCATTGCTTGGTATCAATCCAAAGGAGCTAGACAATGAAGCTCTGTGCTTTAATCTTTTATCACATTGAGGCTCGTATTCTTTTATGTTGGGGTCGATGTTTGCGAGGATCTATCACATGGAGGCTCG
GACCTATATAACAATTGTCAAACAAAGATGACTATGATGGTTAGACGATGATGGATACTGGACTACCTGTTTAGCGTTTCTTCAGATTCACACTTGGGGGTTTGCAGTTTGGTATCAATCCAAAGGAGCTAGACAATGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACATGGCTCTTGCTTTATTCCTTTATCACATTGAGGTT
TGTACCTCTGTTGGGATCTATGTTTGGAGGCTCGGACCTAT

>TRINITY_DN121523_c0_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTTGCTCTGTTTATCTTTGTTTCAGATTAATATTTGGGAGTCTTATTTAGCTCTATTCTGTTGATGATAAAGCACAAAGGCATTGGTTGAAATATCTATGCAAGAGAGATTGTAGTATACTATGCAGAAGCAAAGGCATTGGTCAAAAATTTTATATTAATTTGACTGTGTTCTATTTCATCAATAGCATTGCGTTTGC
AGCTTGGTATCAATCCAAAGTTGGTATCAATCCAAAGGGAACTAGACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCAGCTATATGTTGGGGTCGATGTTTGACAATGAAGCTCTGTGCTTTAATCTTTTATCACATTGAGGCTCGTATTCTTTTATGTTGGGGTCGATGTTTGCGAGGATCTAT
CACATGGAGGCTCGGACCTATATAACAATTGTCAAACAAAGATGgtaatggaaattacattttcattctccaaggcactctagggtaaccttcccattaaatgtagtctctatccaagatatattctctagaagggacacttcacatttgaaattgctgcaacttggttaatttaatcagtaaaattcctgtgtgtcttc
caatgatgttgttttccttattaatagACTATGATGGTTAGACGATGATGGATACTGGACTACCTGTTTAGCGTTTCTTCAGATTCACACTTGGGGGGTCTGTATTTTGCTCTATTCTGTTGATGATAAAGCACAATTATATATTAATTTAAACTCGTGTTCTATTTCATCAATAGTTTGCAGCTTGGTATCAATCCAAA
GGAACTAGACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCTATGTTGGGGTCGATGTTTGACAATGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACATGGCTCTTGCTTTATTCCTTTATCACATTGAGGTTTGTACCTCTGTTGGGATCTATGTTTGGAGGCTCGGACCTAT

Intron 5 GTAATGGAAA ... TCATCAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.83	260	7	187
A2	34.08	176	11	91
A3	37.7	233	5	141
A4	41.06	211	13	147
A5	36.89	65	1	38
A6	40.63	76	0	52
A7	38.99	385	20	246
A8	41.13	395	13	276
A9	37.96	237	5	145
A10	35.68	301	9	167

>TRINITY_DN121523_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGAAAGAAATGTGTATTGAAATATCTATGTAAGAGAGATTGTAGTATACTATGCAGAAGCAAAGGCATTGGTTGAAATATCTATGCAAGAGAGATTGTAGTATACTATGCAGAAGCAAAGGCATTGGTCAAAAGCATTGCGTTTGCAGCTTGGTATCAATCCAAAGTTGGTATCAATCCAAAGGGAACTAGACAATGAA
CCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCAGCTATATGTTGGGGTCGATGTTTGACAATGAAGCTCGTGCTTTAATCTTTTATCACATTGAGGCTCGTATTTATGTTGGGGTCGATGTTTGCGAGGATCTGTTGGGATAACAATTGTCAAACAAAGATGTTTGCAGCTTGGTATCAATCCAAAGGAACTA
GACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCTATGTTGTGGTCGATGTTTGACAAGGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTCATCACATGGAGGCTCGGACCTATGTTGTGGTCGATGTTTGACAAGGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTCATCACATGGAGGCTCGGACCTATGTTGGGGGGTTAATG
TTTGCGAAGATCTACAACAATCCTCAAAACAAAGATGTTTCATAGCAATCCAAAGGAGCTAGACAATGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACATGGCTCTTGCTTTATTCCTTTATCACATTGAGGTTTGTACCTCTGTTGGGATCTATGTTT

>TRINITY_DN121523_c0_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTTGCTCTGTTTATCTTTGTTTCAGATTAATATTTGGGAGTCTTATTTAGCTCTATTCTGTTGATGATAAAGCACAAAGGCATTGGTTGAAATATCTATGCAAGAGAGATTGTAGTATACTATGCAGAAGCAAAGGCATTGGTCAAAAATTTTATATTAATTTGACTGTGTTCTATTTCATCAATAGCATTGCGTTTGC
AGCTTGGTATCAATCCAAAGTTGGTATCAATCCAAAGGGAACTAGACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCAGCTATATGTTGGGGTCGATGTTTGACAATGAAGCTCTGTGCTTTAATCTTTTATCACATTGAGGCTCGTATTCTTTTATGTTGGGGTCGATGTTTGCGAGGATCTAT
CACATGGAGGCTCGGACCTATATAACAATTGTCAAACAAAGATGgtaatggaaattacattttcattctccaaggcactctagggtaaccttcccattaaatgtagtctctatccaagatatattctctagaagggacacttcacatttgaaattgctgcaacttggttaatttaatcagtaaaattcctgtgtgtcttc
caatgatgttgttttccttattaatagactatgatggttagacgatgatggatactggactacctgtttagcgtttcttcagattcacacttggggggtctgtattttgctctattctgttgatgataaagcacaattatatattaatttaaactcgtgttctatttcatcaatagTTTGCAGCTTGGTATCAATCCAAA
GGAACTAGACAATGAACCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACTTTGAGGCTCGTACCTATGTTGGGGTCGATGTTTGACAATGAAGCTCTTGCTTTAATCCTTTATCACATGGCTCTTGCTTTATTCCTTTATCACATTGAGGTTTGTACCTCTGTTGGGATCTATGTTTGGAGGCTCGGACCTAT

Intron 6 GTAGTTCTTT ... TATGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.7	186	40	0
A2	21.6	127	35	2
A3	17.11	126	26	6
A4	12.1	109	15	3
A5	13.89	31	5	2
A6	12.94	74	11	2
A7	17.06	364.5	75	7
A8	15.11	455	81	8
A9	19.46	269	65	1
A10	11.49	231	30	0

>TRINITY_DN121996_c0_g1_i16 from sample A3 / Example spliced isoform

TATCACATTGAGGTTTGTACCTCTGTTGGGATCTATGTTTGCGAGGATATATCACAATCCTTAACAAAGATGAAAACCAATCTTCAACAAAGTTGAAAACCAATCTCGTCTGCAAGAAGGTATCACAGTTTTGGGCTTCCGGGGAAGTTTATGACATTGAAACTGAAAACCCATCTCGGTCCGTAGAAGATATCACAGTT
TGGGCTTACGGGGAAGTTTATGCTGAAAACCAATCTCGTCTTCAGAAGATATTATAGTTTTGAGCAATTACAGTTTAGTTTTGAGCAATTACAGCTTTGAGCTCCCGGAGAAGTTTGACACTGAAACTATGTATCATTTAGTTGGAGTGGACCAGTAAAAATAATCCTTGGGAAACAGCCATCTATGGGTGTACATTAGA
AGCATCTGCTCAAAACCTTCTTCAATGGACATTAGGTTCACAATGAAAGTGCCAGCCATCAACAAAGCAGGAACAGAAAAATGAACCTATATTATTGTACCAGTCATCTATGGGTCCATTAAGGAATTCCAGAAGCATTAGGTTCACAATGAAAGTGTC

>TRINITY_DN121996_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AAGCATCTGCTCAAAACCTTCTTCAATGGACATTAGGTTCACAATGAAAGTGCCAGCCATCAACAAAGCAGGAACAGAAAAATGAACCTATATTATTGTACCAGTCATCTATGGGTCCATTAAGgtagttcttttgactcagcttcttgctttttttgttttccatagatatataattgtagactaagattgcctatgtt
tcagGAATTCCAGAAGCATTAGGTTCACAATGAAAGTGTC