NA ----> NA

Intron 1 GTAATGCACT ... TATAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.57	5	2	1
A2	0	2	0	0
A3	46.15	7	6	2
A4	0	1	0	0
A5	50	1	1	0
A6	50	11	11	2
A7	34.29	46	24	3
A8	27.17	67	25	12
A9	35	39	21	5
A10	29.51	43	18	2

>TRINITY_DN41272_c3_g4_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

TGAAAGTTTGTTGGTTTATATTTTCTTTATGTGTGAAGATTGAAGCATGGCCATGCTTTTATTTGTTTTTATTGTCAATTTTTTTTTCAGTTTTCTTGTGTTTATTTTATTTTATTTATTTAAATTTTATTTTGGTTGTGCTTTGTTTATTTGAGTTTGTTTCTTTATGTTTTTGGTTTGTATTTGGATTGTGTTGGTGG
AGTGATAAGGTGATGCAGTAAATACGAGCAGATCAAATGATCAGGTGGTTCTTAGCATCCGAAATACCAGAGGCAAAGCTGCCTTAGATTCTCTTAAATTTCAAGACTATCTTAAATTTCAAGACTATACATGAAGCGACCATACCAGACCATACATGCTGCTTCAGATCCCTTCGAATTTCAAGAATTTCAGATGCCTT
TGTATTTCAAGATTGCAGGTGTGCATGAAAATATGGCTATTACATGAAGGTAGTTGTGATGTTGAAGTGCATGATTATTAAGGTGTGCATTAAAATATGGTTATTGCATAAAGGTAGTTGTTGTGTTGTTGAAGTGCAC

>TRINITY_DN41272_c3_g4_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGAAAGTTTGTTGGTTTATATTTTCTTTATGTGTGAAGATTGAAGCATGGCCATGCTTTTATTTGTTTTTATTGTCAATTTTTTTTTCAGTTTTCTTGTGTTTATTTTATTTTATTTATTTAAATTTTATTTTGGTTGTGCTTTGTTTATTTGAGTTTGTTTCTTTATGTTTTTGGTTTGTATTTGGATTGTGTTGGTGG
AGTGATAAGGTGATGCAGTAAATACGAGCAGATCAAATGATCAGGTGGTTCTTAGCATCCGAAATACCAGgtaatgcacttatttttaatttttggtaatgtattcatggtatgcattatgtagtgttattttgagtggttaatattttttggtttattatatagtgcagAGGCAAAGCTGCCTTAGATTCTCTTAAATT
TCAAGACTATCTTAAATTTCAAGACTATACATGAAGCGACCATACCAGACCATACATGCTGCTTCAGATCCCTTCGAATTTCAAGAATTTCAGATGCCTTTGTATTTCAAGATTGCAGGTGTGCATGAAAATATGGCTATTACATGAAGGTAGTTGTGATGTTGAAGTGCATGATTATTAAGGTGTGCATTAAAATATGG
TTATTGCATAAAGGTAGTTGTTGTGTTGTTGAAGTGCAC

Intron 2 GTGTGCACGT ... GATTATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	60	1	1	2
A3	-1	0	0	0
A4	25	3	2	0
A5	100	0	0	4
A6	51.52	8	12	5
A7	57.14	12	20	12
A8	59.26	22	39	25
A9	54.93	16	26	13
A10	59.72	29	54	32

>TRINITY_DN41272_c3_g4_i10 from sample A9 / Example spliced isoform

TGAAAGTTTGTTGGTTTATATTTTCTTTATGTGTGAAGATTGAAGCATGGCCATGCTTTTATTTGTTTTTATTGTCAATTTTTTTTTCAGTTTTCTTGTGTTTATTTTATTTTATTTATTTAAATTTTATTTTGGTTGTGCTTTGTTTATTTGAGTTTGTTTCTTTATGTTTTTGGTTTGTATTTGGATTGTGTTGGTGG
AGTGATAAGGTGATGCAGTAAATAAGAGTAGATCAAATGATCAGGTGTTTCTTAGCATCCGAAATACCAGAGTGCAGAGGCAAAGCTGCTTTAGATTCCCTTGAATTTCAAGACTATACATGAAGCGACCATACCAGACCATACATGCTGCTTCAGATGCCTTTGAATTTCAAGAATTTCAGATGCCTTTGTATTTCAAG
ATTGCAGGTGTGCATTAAAATATGGTTATTGCATAAAGGTAGTTGTTGTGTTGTTGAAGTGCAC

>TRINITY_DN41272_c3_g4_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGAAAGTTTGTTGGTTTATATTTTCTTTATGTGTGAAGATTGAAGCATGGCCATGCTTTTATTTGTTTTTATTGTCAATTTTTTTTTCAGTTTTCTTGTGTTTATTTTATTTTATTTATTTAAATTTTATTTTGGTTGTGCTTTGTTTATTTGAGTTTGTTTCTTTATGTTTTTGGTTTGTATTTGGATTGTGTTGGTGG
AGTGATAAGGTGATGCAGTAAATAAGAGTAGATCAAATGATCAGGTGTTTCTTAGCATCCGAAATACCAGAGTGCAGAGGCAAAGCTGCTTTAGATTCCCTTGAATTTCAATACTATACATGAAGCGACCATACTAGATCATACATGTTGCTTCAGATGCCTTTGAATTTCAAGAATTTCAGATGCCTTTGTATTTCAAG
ATTGCAGgtgtgcacgtgtgcatgaaaatatggctattacatgaaggtagttgtgatgttgaagtgcatgattattaagGTGTGCATTAAAATATGGTTATTGCATAAAGGTAGTTGTTGTGTTGTTGAAGTGCAC

Intron 3 GTAATGCACT ... TATAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.57	5	2	1
A2	0	2	0	0
A3	41.67	7	5	1
A4	0	1	0	0
A5	50	1	1	0
A6	45	11	9	0
A7	34.29	46	24	3
A8	25.56	67	23	11
A9	32.76	39	19	5
A10	28.33	43	17	2

>TRINITY_DN48896_c2_g3_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CGAGAATTTGGGAGTTATTTGAAAGTTTGTTGGTTTATATTTTCTTTATGTGTGAAGATTGAAGCATGGCCATGCTTTTATTTGTTTTTATTGTCAATTTTTTTTTTCCAGTTTTCTTGTGTTTTTTTATTTTATTTATTTAAATTTTATTTTGGTTGTGCTTTGTTTATTTGAGTTTGTTTCTTTATGTTTTTGGTTTG
TATTTGGATTGTGTTGGTGGAGTGATAAGGTGATGCAGTAAATACGAGCAGATCAAATGATCAGGTGGTTCTTAGCATCCGAAATACCAGAGGCAAAGCTGCCTTAGATTCTCTTAAATTTCAAGACTATCTTAAATTTCAAGACTATACATGAAGCGACCATACCAGACCATACATGCTGCTTCAGATCCCTTCGAATT
TCAAGAATTTCAGATGCCTTTGTATTTCAAGATTGCAGGTAAGTGTTTAAGTTCTGTTGGTGTAAACTTAAATCCAC

>TRINITY_DN48896_c2_g3_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGTTGTGCTTTGTTTATTTGAGTTTGTTTCTTTATGTTTTTGGTTTGTATTTGGATTGTGTTGGTGGAGTGATAAGGTGATGCAGTAAATACGAGCAGATCAAATGATCAGGTGGTTCTTAGCATCCGAAATACCAGgtaatgcactttttaaaatttttggtaatgtattcatgggatgcattatgtagtgttatttt
gagtggttaatattttttggtttattatatagtgcagAGGCAAAGCTGCCTTAGATTCTCTTAAATTTCAAGACTATCTTAAATTTCAAGACTATACATGAAGCGACCATACCAGACCATACATGCTGCTTCAGATCCCTTCGAATTTCAAGAATTTCAGATGCCTTTGTATTTCAAGATTGCAGGTGTGCATGAAAATA
TGGCCATTGCATGAA