sp|A0A1S3C4H6|IF4G_CUCME ----> Eukaryotic translation initiation factor 4G
Intron 1 GTTTGTCAAT ... TGGATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 2.22 | 88 | 0 | 2 |
| A2 | 7.06 | 79 | 2 | 6 |
| A3 | 2.33 | 126 | 0 | 3 |
| A4 | 1.37 | 72 | 0 | 1 |
| A5 | 5.97 | 63 | 0 | 4 |
| A6 | 0 | 5 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 21 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 7 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 22 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 34 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN111446_c0_g1_i4 from sample A5 / Example spliced isoformATATCTTTAGGCAGCCATTATCGACTTCTTCTACGGTTCCTTTTAGCTAAATTTTGTATATATCCAAGCGTGGATTTTTGTGAAGTAGTGTATTTGTCAAGATATGTGTATTTTTGGTGGAATCGTTCAGGGACATCGAATGAGGTATGCAACAAAGGCAGGGGTGGCATCCAGTGAGGTATGCAACAGAGGCAGCCAAA
CTGGAAATCGACCCAACACCTCCTGCATTATTCCCAAAACACTCAACCACTCAAGTTAGCTCACTGATCTAGTTTTAAACCTTGATTATTTTTTTTTAACGAAAACCTCATGGGAAGCCTATGGGATGTGGTAGTAACCCTGTTCGCATGTACTAGTGTGCTTAACATAGGGAGATTGGGAGATTTAAACAGGAAGATTT
AAATTGGGCACATGCCGGCATGGAACTAGCCAAATTCCCAACAACATTGGCGCCAATTGCTGCTAGGCCAAATACACTTGCGGACCAGCCAAGGGAGAGTTCAAACAAAAATTCTGCAGGCAATAATGCCCAAAATGGCAGTGCCCAAAGCCATCATGGTTTACCACCGACACTAGGTGCTTCTGAGGAGGTCCACAGAC
CTGTATATGAGCAACCATTTACATTTCAGTTCGGCAGCATAAGTCCTGGGTTTGTGAATGGCTTGCAGATACCTGCTCGAACTAGCTCAGCACCTCCCAATCTCGATGAGCAGATTTGTCACCAGTCACGATATGACTCTACAAATGTTGCTTCTCTCAATAGACTGCCTATGGTTTCATCTGAACCACAAGCATATCAC
CAAAATCAAATACTGGAGTCTCAAGTTCAAGGGAGGAGATATTTACATGGTAGTGGACATCCAATATCTCTGGTACAGCAGCGCCCTACTTCTGGTGGTGCAAGTCCTGTATTGTTTCAGCAGACCCAGTCTCCACCTATTGCAGTTCAGATGCAATATGCAGCACCAAGTTCACAACAATTGTTGGGTACTCCTCCACG
ACCACGACCATCATTACCACCACCTGCCTTGCGTTCACAGCAAGTGCTGATGCAGCAAGGGCAGCGTTTGAATGCTCAACCACATATACTGCCACCTTCGCTAACTGGTATGCCTCAACATATTAATCCAATTGCCAGTCAGTTTTCATCTCAGCAATTACCACAGATAGTCCATCATGTGGGTACTCAAATGGGTATTC
CCATTGGGACGAAGCGATTAGGTGGGATTTCTGGTACACCGTTTGGGTCTCCAGTGATGAATCAGTATAATCCTCCCCGTATCAATAGAGCTGTGAAGATTACTCATCCAGAGACTCATGAAGAGCTGAGGTTTGATTCCAGTGGTAAGAAATCTGAATCTTACATGGATAATGCTACCATGGCTTCTCCTTCAGGATCT
GTCTGCTTGCCAGGGAGAACGGCAACTAATGGTTCTCCTCTGTCACGTCCTCCAGATGTTTCACACACTATGAACTTTTACCCTGTGCAGACTGGATCACATGGTCACCCTTCATCTACATTTTATCAGCCTCCAAAAAATTCAGTTCCACCCCAAAAGTGTAATTCTGTTCATCAATTTCCAGAGCAAATTGTTTCCAC
TGGAATGGGTGCACAACCCGTTGTTCCCAACCTTGGAGCTTCCGGGGCTTCTAGTACTGAGCTTTCAAGGCCTATTGCTCATAATGGTGATGCAGTACCAGTTTCTCTGACAATGGGTGATGACATAACACAAACTCATTTCACAGCACCTTCAGAAAAGGATGTGTCTGGTACTTCATCCTCTACTTACACTCAAGAAA
CTCATTTGCTAAGCAGTGCAACTGACATGCCCCAAATTGGACCACTGGATTCATCTGAACAGCTTTTCAGTCCAGATGATAGTGTTTCTTTGGAAGTTCAGAATGTTGAATCTTTGGGTTCATCATCATCTGTGGCAAATGAGGCATCAGCCCAGAGCTGTGACTTAGCAAAATCTGTTGTGGTCTCAGCTACTGATAAC
ATCAAACACTCAGTGACATGCACAGCTGTCTCAGCACAGTCGGTGCCTGTTGTCGATATCGTTTCATCCTGTGTTCCTGTTTCTGCTCCAAAACTAGGATCAAAAACCTCTGACCATGAAAATCCTAAAGGTGATTCTGTTAAGGCATCAGGTCCAACAACAAGGGAGCCTTCAAAAAAGAAAAATAAAAAGAAGAATCA
ACGAAAGGCATCTGCTACATTGAAATATGACAACTCAAGGGAAGCTTCAGTCTCTTCCTCTGAGTTGACTAGAAAGGTCAGCGAGAAGAGTTTAAAATTACCTAAAGAACCTGATTCTGTTTCTGCTGCCCCTATCTCAAGTCCTGGTGGTAATTCCTTGTCTGCTGTTGAAAGTCCATCAACTTTATACGAATCAGGCA
GCTTAATGAATGATGTGAACTCATTAAATGAGGGACCCTCAACATTGCTAACCGAAAGGATTGTTGGAACCCCAGGACCTGTGTGCGAGTTTGTAGGAGATAGCTGTGAAGCAATTAATAAGCCTGTGGACTATCTAAGGTCTGTGAACATAGATCAATTCACTGCTTTTAATAAATTAGAATTAAGTAGCTCAGTACCT
AGTCAAGAAAGTGTGGAATCAGATGCAACTGTCAGAGATTTTAAGATACAAAGCACAACTGATATCCCGAGTGGGGATAATTTTTCTGTGAACAACTTAGATGCTGGCAACAAAGTTCCTGTAATCAAGAGTCAGGCTGTTCATCAATATGAAAGTGAAACCAAGGGTATTCATAACTCTATGTCATCTTCAACAGATCT
GTCTTTGTTTGATGTGAATCATGGACAATCCAATGGCATTGTTAGTTATGTGGGAAGTTGTGAATCAAACAGTCTTCTTCAAAACTTACCCACGGCTGGGGAAATAAAGGGCGAGGAGTTATCTTCAGCTGTTGAGTTAAGCATGGCTCTTGATGAACCACATGGGAAACACTTGAGCTCAGATGCAAGTGTGTTTCCAG
AGCCCTCTTTTCTAGCTTTGGATGAAGAATCAACACTACTTGAAGTCAATAGAAAGGAGAATAAGAATAGCACTGCAATTGCTGCGAGATTTAGACAAGGTGCTTCTCATCAACTCAAAGAAGTTGCACATGATACGGAGCTGCCTTCTGAATCTACTGGCATTTGCAGAGAAGCAATGGTTATGGATGCACAATTGCCC
TTTTTAGCTACTGAAGTTAAAGCTAAGGAAGTATTATATGGTGTTGCAAAAAAAGGTAATGCTAATTTAAGGGACAAGCGTATGAATATAAATCACACTACCATTGAAAAGAATGACAGTACCCTTTCTGTTACCAATCATCAGGCTGTAGCCACAGCCTCCATTGGGGCTGGAAATAAGCGGTCTGGTAGCAAGAAGAA
GAAGAGGAAGGAATGTCTGGCCAAAGCTGATGCTTCCAGTTCATCTAGTGATTTGTATAATGCATACAAGGCACCGGAAGAAAAGCGGAAAGATATTAGTTATCCAGATCCATCTACTGTAGCTTTTACCGTTGTTAATGAAAAAGCCTTGGTCAAGGACTCTGAGAAGGAAAGTCAGAAAGAGTTAGATGACTGGGAAG
ATGTAGCTGAACTTCCCACCCAAAACAAAGTGACACAGGAATGTGTCATGATATCTACTAATGCAATGCAAATGGTTGTGCCAAAGGTGAAAAGCTTAGAAGATAGAAAGTACACGAGAGATTTCTTGTTAACATTTAGGGATCAGTTTAGAAATCCACCTCTTGAGTTTGAAGTTCCAGCTGACATAGTGGAACTCAAC
CCTTCTAGATTCACGAGCCACCCGGGTGAAATGCAGACAATACCAAACCTTGGAAGGGCTCTTGATTGGCAGCTTAGTGGGGGTGTTCGACCTGAACGCATTGGAAACAATGTAGGAACTGATGATAAATGGAACAGATCAGGTGGATATTATCTGCAAGGGAAGGACACTCGGGTGGAAGTGAGCTCCGGGGGGCCTCC
TGGTGGGTTTCGACCTGGGCAAGGTATGAATCCTGCTCTCATGAGAAATGTGCGTGGAGCACCAATGAACCCATTTGTTGCTACTTCTATTCCTGGTGGTCATTTGACACAAATGCATGTTCCTCCGAGTGGCTTTCCACCAAGGAATACTTTTGATGCTGATAGGTGGCAACGATCTCCTGCTTCCTCCCAGAAGGGCT
TGTTTTCATCTCCACGTAATAATTTTCCTGTAATGCACAAAGCAGAGAACAAGTATGAAGTTGGTAAAGTTTCTGATGAGGAACACTCAAAACAAAGACAAATTAAAGCAATTTTAAATAAATTAACACCTCAAAATTTTGATAAACTTTTTGTTCAGGTAAAAGAAGTCAATATTGATTCTGCCTTTACTCTTACGGGT
GTGATATCTCAAATATTTGATAAAGCCTTAATGGAGCCGACATTTTGTGAGATGTATGCAAAGTTCTGTGTCGATCTTGCTGCTGATTTACCTGAATTCAATGAAAATAATGAAAAAATTACTTTTAGGCGAGTCCTTCTGAACAATTGTCAGGAAGAATTTGAAAGGGGCGAAAGGGAACAAGCCGAAGCTGATAGGCC
GGAAGAAGAAGGTGAGGTAAAGCTATCCAAAGAGGAAAGAGAAGTGAAAAGGATCAAAGCACGGAGGCGAATGCTAGGAAACATACGGTTCATTGGTGAGCTCTACAAAATGAGCATGCTCACTGAAAGGATCATGCATGAGTGCATCAAAAAATTACTTGGGGAGTATCAGTATCCTGATGAAGAAGATGTTGAAGCAC
TCTGCAAACTGATGAGTACTATTGGTCACATGATTGACCGGCCAAAGGGTAGGGAGCACATTGATGCATATTTTGAGAGAATGACCAAATTGTCAAACGATCAGAAACTATCTTCCAGACTAAGGTTCCTGCTGAAGGATGTGATTGATCTCAGGAAAAATGGATGGCAACATAGGAGGAAGGTAGAGGGCCCCAAAAAA
ATTGAGGAAGTGCACAGAGATGCAGTTCAAGAACGACAAGCACAAGGTGGCCGCTCGAATCGTGGAACTGGCATGGGATCATCTGGCAGAAGGTTGCATACGCCACCTGATTATTGTTCACGTGGATCTGGATCCATGGTGTATTCTTCAGGTCAACCAATGGGTTCATCTCAGCAGATTCGGGGAGCACAGCCCCAGAT
GGGAATGCGTGGATTTGGTGGTCAAGATGTACGATTAGAAGACAGGCTTCCTTCAGAGAAGAGGTCAATGCAAATGCATTTAACACAGAGATCTGATGATGTTCCTATTGCGCTTACCCCCCAGGGAAGTCTTCCAAGGGGATTGACCCATAAGGGGCATCCTGCTTCACTCGGGCGGAGTACTTTAGCAGATGTCCCAC
CGGTTCTGCCTCTGGATAACAGACGAATAAACTTGGGCCATATGCCAGGTCACACTTTTAATGTGGATCTTCATCGATTTCCAGCAAGGGACGAAGTTCCAACAAAGACAGCTTCTGTATCAAAACCTCCAAATTCACCTGTGGAGCCTTCGCTCAAGAGAACAGTTAATCCAGAAAGAAATTCTATCCTTAATGTTGGA
AGAGATCCAAGGAAGTCAGAATGTTCTGTTGCTAAATTCGATGTCACAGCAAGCCATGGTGGACAACTGCAAAGTCTTTCACTTGTGCAAGTGCCACTAATTGAGAAACGGCTGCAGGAGAAGTCTGATATGGCAATAAAGGAGTACTACAGTGTGAGAGACATGGATGAAGCTACTTTGTGTATGGATGAGCTCAACGC
ACCATGGTTTCACTCAAATATGGTGTCACAGTGGGTTACAGATTCCTTTGACAGGAATGATAAAGAAAGAGATTTGCTTGCAAAGTTACTTATATATCTGTGCAACGAAAAGCCAAATTTGCTGAGTCACGAGCAACTCTTAACAGGACTGCAGACCTCATTATCTTCATTGGAAGATACTGTTGTCGATGCGCCCAGGG
CACCTGAGTTCTTTGGTGTGATTCTTGGTAAACTTGTTTTAGCAGGATTTCTTTCTCTTGTTGAATCTGCAAGGATTATTAAGGAAGGATGCTTGGTACCAGGGCATTTATCAGAAATAGGTCTCGCTTTAGATGTAATTACCAGTGTCTTGGAATTTGTAAAAGCAGAAAACGGGGAAGTTGCAATGACAGATATGTGT
AGGACATCCGGATTACAATTGAAAGACTTTCTGCCTTGTGATAAGAAGCATGGGGAATTTAAGGATTTTCTTGAGAAGAAAAACTTACAATGTTTGTATCCATTAATTCCAGTTGAGAATCAAATAAGCGAGTTCCTTAAGCATGGTCAACCTGTGGAGCAGATTTTGAAATGGGTGGAGATGAATGTTCCTCCTCCATT
GCAGTCAGAGCCTGAATTTTTGCAGATGCTTGCCATTCAAGTCCTAAGACGCTGTGTACCTAGCTGCACTCTAGATTACGAGAAAGATTTGAAGGGAAAGCTAGTTCCTTATGCTCAACTTTTAAGACATTTTGCGCCAAGCAGGAGCAAGCAAAGGCATTATATCACAGCAATCCAGTTATTTGCTAATGAATTAGACC
ATCCCGTGGGACTCATGACTGCTCTGTTTAATAATTTCTATGTCGACGAGGTAATATCAGAGGACACCTATTTTCGTTGGCAAGACGACGTTGAGGATACCACGCCTGGGAAAGCCCAGGCTATCCGAGAGGTTGAAAAATGGCTATCGTGTTTGACACAGGCTCCACAGAGTCAAAACTGACTTTCACTCGTCTGTGAA
CTTTGTGAGGCGGAACTGTTGTACATCAGAGAGAAATCCATGCCGGGACTTCTTTTTATTTGTTTGTGATTATTTAGCACAAAATCTGAATTTTTAGAAATTATATTTACTTCACTTGTCCCTTGATTATTGTGGCTTCCACAACAGATTGAGTGCCAGTACAACTAACTGATTACAGATGTGGAAATAACACCGAACTT
TGTAAGACTGACCATTTCTCTTGGGAGGCTAGCCCTTTGGATTTCACTATTTTATGTGAGCTCATCATTTTGGCCATCTTCTATCTTGCTAACCTTTTAAATTCAATGACTAATTTGAT
>TRINITY_DN111446_c0_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:CTGGGTTTGTGAATGGCTTGCAGgtttgtcaataaatatgtattattttttctatctatgctggaccgcgggtgatcataattagtgcacattaaaagggatttaattgctgagtgccttctggtatgtctgttggattgcagATACCTGCTCGAACTAGCTCAGCACCTCCCAATCTCGATGAGCAGATTTGTCACCAG
GTCTTTCTTTTCAAAACCGTTTGTTTACTAAACTTTTGACGATTTTCTGTTTTATG
Intron 2 GTGCTTCTGA ... ATGGGTGGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 81.12 | 44 | 119 | 189 |
| A2 | 68.97 | 45 | 82 | 100 |
| A3 | 75.59 | 31 | 118 | 96 |
| A4 | 78.34 | 34 | 65 | 123 |
| A5 | 80 | 10 | 48 | 40 |
| A6 | 78.46 | 70 | 7 | 255 |
| A7 | 78.15 | 85 | 10 | 304 |
| A8 | 82.94 | 95 | 5 | 462 |
| A9 | 82.64 | 63 | 13 | 300 |
| A10 | 76.43 | 62 | 43 | 201 |
>TRINITY_DN47094_c0_g1_i5 from sample A10 / Example spliced isoformCAGCGATATATTTATTTGTGGTTTGTTTATTTGGATTCTTATATCATTCCTTCTTCTGGTCTTTCCTATTCCGCAATGATGAGCAAGGCAATATAACGAGCGTGCATGCATGTCGATGGAGTTTTGAGCTTGTGGCCGGGTTGCAGGATCCGTCATTAAAGTTGCAGAGAGAGAAGAGAAGAATTATTTATGTCCCTTCG
CCAAGCAAGAGGAGATTCTTCACACGCCAGAAAGGAGGGAAAAGCCGCCGGCGCTGGACACAACGCTAGGAAATCAGGAGGACCAGCTGCCAACGTAACTGCTAAGGGCGGTGGCGCACTTGGCGCCCCCCCACCGTCACCTTCTTCTTGTGCCTCGTCTTCGGCTTCCTTACCTCCAACCAGTCGTGGTGCTGCTAGGC
CAAATACACTTGCGGACCAGCCAAGGGAGAGTTCAAACAAAAATTCTGCAGGCAATAATGCCCAAAATGGCAGTGCCCAAAGCCATCATGGTTTACCACCGACACTAGATGAATGTTCCTCCTCCATTGCAGTCAGAGCCTGAATTTTTGCAGATGCTTGCCATTCAAGTCCTAAGACGCTGTGTACCTAGCTGCACTCT
AGATTACGAGAAAGATTTGAAGGGAAAGCTAGTTCCTTATGCTCAACTTTTAAGACATTTTGCGCCAAGCAGGAGCAAGCAAAGGCATTATATCACAGCAATCCAGTTATTTGCTAATGAATTAGACCATCCCGTGGGACTCATGACTGCTCTGTTTAATAATTTCTATGTCGACGAGGTAATATCAGAGGACACCTATT
TTCGTTGGCAAGACGACGTTGAGGATACCACGCCTGGGAAAGCCCAGGCTATCCGAGAGGTTGAAAAATGGCTATCGTGTTTGACACAGGCTCCACAGAGTCAAAACTGACTTTCACTCGTCTGTGAACTTTGTGAGGCGGAACTGTTGTACATCAGAGAGAAATCCATGCCGGGACTTCTTTTTATTTGTTTGTGATTA
TTTAGCACAAAATCTGAATTTTTAGAAATTATATTTACTTCACTTGTCCCTTGATTATTGTGGCTTCCACAACAGATTGAGTGCCAGTACAACTAACTGATTACAGATGTGGAAATAACACCGAACTTTGTAAGACTGACCATTTCTCTTGGGAGGCTAGCCCTTTGGATTTCACTATTTTATGTGAGCTCATCATTTTG
GCCATCTTCTATCTTGCTAACCTTTTAAATTCAATGACTAATTTGATGGATATTCCTTGGTATATTACATGCATTTACTATTGTATTGTATAGTCTTTTC
>TRINITY_DN47094_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:CAGCGATATATTTATTTGTGGTTTGTTTATTTGGATTCTTATATCATTCCTTCTTCTGGTCTTTCCTATTCCGCAATGATGAGCAAGGCAATATAACGAGCGTGCATGCATGTCGATGGAGTTTTGAGCTTGTGGCCGGGTTGCAGGATCCGTCATTAAAGTTGCAGAGAGAGAAGAGAAGAATTATTTATGTCCCTTCG
CCAAGCAAGAGGAGATTCTTCACACGCCAGAAAGGAGGGAAAAGCCGCCGGCGCTGGACACAACGCTAGGAAATCAGGAGGACCAGCTGCCAACGTAACTGCTAAGGGCGGTGGCGCACTTGGCGCCCCCCCACCGTCACCTTCTTCTTGTGCCTCGTCTTCGGCTTCCTTACCTCCAACCAGTCGTGGTGCTGCTAGGC
CAAATACACTTGCGGACCAGCCAAGGGAGAGTTCAAACAAAAATTCTGCAGGCAATAATGCCCAAAATGGCAGTGCCCAAAGCCATCATGGTTTACCACCGACACTAGgtgcttctgaggaggtccacagacctgtatatgagcaaccatttacatttcagttcggcagcataagtcctgggtttgtgaatggcttgcag
atacctgctcgaactagctcagcacctcccaatctcgatgagcagatttgtcaccagtcacgatatgactctacaaatgttgcttctctcaatagactgcctatggtttcatctgaaccacaagcatatcaccaaaatcaaatactggagtctcaagttcaagggaggagatatttacatggtagtggacatccaatatc
tctggtacagcagcgccctacttctggtggtgcaagtcctgtattgtttcagcagacccagtctccacctattgcagttcagatgcaatatgcagcaccaagttcacaacaattgttgggtactcctccacgaccacgaccatcattaccaccacctgccttgcgttcacagcaagtgctgatgcagcaagggcagcgtt
tgaatgctcaaccacatatactgccaccttcgctaactggtatgcctcaacatattaatccaattgccagtcagttttcatctcagcaattaccacagatagtccatcatgtgggtactcaaatgggtattcccattgggacgaagcgattaggtgggatttctggtacaccgtttgggtctccagtgatgaatcagtat
aatcctccccgtatcaatagagctgtgaagattactcatccagagactcatgaagagctgaggtttgattccagtggtaagaaatctgaatcttacatggataatgctaccatggcttctccttcaggatctgtctgcttgccagggagaacggcaactaatggttctcctctgtcacgtcctccagatgtttcacacac
tatgaacttttaccctgtgcagactggatcacatggtcacccttcatctacattttatcagcctccaaaaaattcagttccaccccaaaagtgtaattctgttcatcaatttccagagcaaattgtttccactggaatgggtgcacaacccgttgttcccaaccttggagcttccagggcttctagtactgagctttcaa
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ctgtgttcctgtttctgctccaaaactaggatcaaaaacctctgaccatgaaaatcctaaaggtgattctgttaaggcatcaggtccaacaacaagggagccttcaaaaaagaaaaataaaaagaagaatcaacgaaaggcatctgctacattgaaatatgacaactcaagggaagcttcagtctcttcctctgagttga
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acagtcttcttcaaaacttacccacggctggggaaataaagggcgaggagttatcttcagctgttgagttaagcatggctcttgatgaaccacatgggaaacacttgagctcagatgcaagtgtgtttccagagccctcttttctagctttggatgaagaatcaacactacttgaagtcaatagaaaggagaataagaat
agcactgcaattgctgcgagatttagacaaggtgcttctcatcaactcaaagaagttgcacatgatacggagctgccttctgaatctactggcatttgcagagaagcaatggttatggatgcacaattgccctttttagctactgaagttaaagctaaggaagtattatatggtgttgcaaaaaaaggtaatgctaattt
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acccatttgttgctacttctattcctggtggtcatttgacacaaatgcatgttcctccgagtggctttccaccaaggaatacttttgatgctgataggtggcaacgatctcctgcttcctcccagaagggcttgttttcatctccacgtaataattttcctgtaatgcacaaagcagagaacaagtatgaagttggtaaa
gtttctgatgaggaacactcaaaacaaagacaaattaaagcaattttaaataaattaacacctcaaaattttgataaactttttgttcaggtaaaagaagtcaatattgattctgcctttactcttacgggtgtgatatctcaaatatttgataaagccttaatggagccgacattttgtgagatgtatgcaaagttctg
tgtcgatcttgctgctgatttacctgaattcaatgaaaataatgaaaaaattacttttaggcgagtccttctgaacaattgtcaggaagaatttgaaaggggcgaaagggaacaagccgaagctgataggccggaagaagaaggtgaggtaaagctatccaaagaggaaagagaagtgaaaaggatcaaagcacggaggc
gaatgctaggaaacatacggttcattggtgagctctacaaaatgagcatgctcactgaaaggatcatgcatgagtgcatcaaaaaattacttggggagtatcagtatcctgatgaagaagatgttgaagcactctgcaaactgatgagtactattggtcacatgattgaccggccaaagggtagggagcacattgatgca
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tgcaaatgcatttaacacagagatctgatgatgttcctattgcgcttaccccccagggaagtcttccaaggggattgacccataaggggcatcctgcttcactcgggcggagtactttagcagatgtcccaccggttctgcctctggataacagacgaataaacttgggccatatgccaggtcacacttttaatgtggat
cttcatcgatttccagcaagggacgaagttccaacaaagacagcttctgtatcaaaacctccaaattcacctgtggagccttcgctcaagagaacagttaatccagaaagaaattctatccttaatgttggaagagatccaaggaagtcagaatgttctgttgctaaattcgatgtcacagcaagccatggtggacaact
gcaaagtctttcacttgtgcaagtgccactaattgagaaacggctgcaggagaagtctgatatggcaataaaggagtactacagtgtgagagacatggatgaagctactttgtgtatggatgagctcaacgcaccatggtttcactcaaatatggtgtcacagtgggttacagattcctttgacaggaatgataaagaaa
gagatttgcttgcaaagttacttatatatctgtgcaacgaaaagccaaatttgctgagtcacgagcaactcttaacaggactgcagacctcattatcttcattggaagatactgttgtcgatgcgcccagggcacctgagttctttggtgtgattcttggtaaacttgttttagcaggatttctttctcttgttgaatct
gcaaggattattaaggaaggatgcttggtaccagggcatttatcagaaataggtctcgctttagatgtaattaccagtgtcttggaatttgtaaaagcagaaaacggggaagttgcaatgacagatatgtgtaggacatccggattacaattgaaagactttctgccttgtgataagaagcatggggaatttaaggcttt
tcttgagaagaaaaacttacaatgtttgtatccattaattccagttgagaatcaaataagcgagttccttaagcatggtcaacctgtggagcagattttgaaatgggtggagATGAATGTTCCTCCTCCATTGCAGTCAGAGCCTGAATTTTTGCAGATGCTTGCCATTCAAGTCCTAAGACGCTGTGTACCTAGCTGCA
CTCTAGATTACGAGAAAGATTTGAAGGGAAAGCTAGTTCCTTATGCTCAACTTTTAAGACATTTTGCGCCAAGCAGGAGCAAGCAAAGGCATTATATCACAGCAATCCAGTTATTTGCTAATGAATTAGACCATCCCGTGGGACTCATGACTGCTCTGTTTAATAATTTCTATGTCGACGAGGTAATATCAGAGGACACC
TATTTTCGTTGGCAAGACGACGTTGAGGATACCACGCCTGGGAAAGCCCAGGCTATCCGAGAGGTTGAAAAATGGCTATCGTGTTTGACACAGGCTCCACAGAGTCAAAACTGACTTTCACTCGTCTGTGAACTTTGTGAGGCGGAACTGTTGTACATCAGAGAGAAATCCATGCCGGGACTTCTTTTTATTTGTTTGTG
ATTATTTAGCACAAAATCTGAATTTTTAGAAATTATATTTACTTCACTTGTCCCTTGATTATTGTGGCTTCCACAACAGATTGAGTGCCAGTACAACTAACTGATTACAGATGTGGAAATAACACCGAACTTTGTAAGACTGACCATTTCTCTTGGGAGGCTAGCCCTTTGGATTTCACTATTTTATGTGAGCTCATCAT
TTTGGCCATCTTCTATCTTGCTAACCTTTTAAATTCAATGACTAATTTGATGGATATTCCTTGGTATATTACATGCATTTACTATTGTATTGTATAGTCTTTTC
Intron 3 GTAAGTATTA ... TTAATTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.06 | 186 | 41 | 13 |
| A2 | 24.34 | 171 | 55 | 8 |
| A3 | 24.04 | 139 | 44 | 5 |
| A4 | 20.99 | 143 | 38 | 8 |
| A5 | 29.59 | 69 | 29 | 1 |
| A6 | 29.07 | 266 | 109 | 13 |
| A7 | 28.85 | 370 | 150 | 3 |
| A8 | 25.93 | 457 | 160 | 9 |
| A9 | 26.15 | 336 | 119 | 11 |
| A10 | 27.79 | 239 | 92 | 4 |
>TRINITY_DN42214_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformTTGGATTCTTATATCATTCCTTCTTCTGGTCTTTCCTATTCCGCAATGATGAGCAAGGCAATATAACGAGCGTGCATGCATGTCGATGGAGTTTTGAGCTTGTGGCCGGGTTGCAGGATCCGTCATTAAAGTTGCAGAGAGAGAAGAGAAGAATTATTTATGTCCCTTCGCCAAGCAAGAGGAGATTCTTCACACGCCAG
AAAGGAGGGAAAAGCCGCCGGCGCTGGACAGAACGCTAGGAAATCAGGAGGACCAGCTGCCAACGTAACTGCTAAGGGCGGTGGCGCACTTGGCGCCCCCCCACCGTCACCTTCTTCTTGTGCCTCGTCTTCGGCTTCCTTACCTCCAACCAGTCGTGGTGCTGCTAGGCCAAATACACTTGCGGACCAGCCAAGGGAGA
GTTCAAACAAAAATTCTGCAGGCAATAATGCCCAAAATGGCAGTGCCCAAAGCCATCATGGTTTACCACCGACACTAGGTGCTTCTGAGGAGGTCCACAGACCTGTATATGAGCAACCATTTACATTTCAGTTCGGCAGCATAAGTCCTGGGTTTGTGAATGGCTTGCAGATACCTGCTCGAACTAGCTCAGCACCTCCC
AATCTCGATGAGCAGATTTGTCACCAGTCACGATATGACTCTACAAATGTTGCTTCTCTCAATAGACTGCCTATGGTTTCATCTGAACCACAAGCATATCACCAAAATCAAATACTGGAGTCTCAAGTTCAAGGGAGGAGATATTTACATGGTAGTGGACATCCAATATCTCTGGTACAGCAGCGCCCTACTTCTGGTGG
TGCAAGTCCTGTATTGTTTCAGCAGACCCAGTCTCCACCTATTGCAGTTCAGATGCAATATGCAGCACCAAGTTCACAACAATTGTTGGGTACTCCTCCACGACCACGACCATCATTACCACCACCTGCCTTGCGTTCACAGCAAGTGCTGATGCAGCAAGGGCAGCGTTTGAATGCTCAACCACATATACTGCCACCTT
CGCTAACTGGTATGCCTCAACATATTAATCCAATTGCCAGTCAGTTTTCATCTCAGCAATTACCACAGATAGTCCATCATGTGGGTACTCAAATGGGTATTCCCATTGGGACGAAGCGATTAGGTGGGATTTCTGGTACACCGTTTGGGTCTCCAGTGATGAATCAGTATAATCCTCCCCGTATCAATAGAGCTGTGAAG
ATTACTCATCCAGAGACTCATGAAGAGCTGAGGTTTGATTCCAGTGGTAAGAAATCTGAATCTTACATGGATAATGCTACCATGGCTTCTCCTTCAGGATCTGTCTGCTTGCCAGGGAGAACGGCAACTAATGGTTCTCCTCTGTCACGTCCTCCAGATGTTTCACACACTATGAACTTTTACCCTGTGCAGACTGGATC
ACATGGTCACCCTTCATCTACATTTTATCAGCCTCCAAAAAATTCAGTTCCACCCCAAAAGTGTAATTCTGTTCATCAATTTCCAGAGCAAATTGTTTCCACTGGAATGGGTGCACAACCCGTTGTTCCCAACCTTGGAGCTTCCGGGGCTTCTAGTACTGAGCTTTCAAGGCCTATTGCTCATAATGGTGATGCAGTAC
CAGTTTCTCTGACAATGGGTGATGACATAACACAAACTCATTTCACAGCACCTTCAGAAAAGGATGTGTCTGGTACTTCATCCTCTACTTACACTCAAGAAACTCATTTGCTAAGCAGTGCAACTGACATGCCCCAAATTGGACCACTGGATTCATCTGAACAGCTTTTCAGTCCAGATGATAGTGTTTCTTTGGAAGTT
CAGAATGTTGAATCTTTGGGTTCATCATCATCTGTGGCAAATGAGGCATCAGCCCAGAGCTGTGACTTAGCAAAATCTGTTGTGGTCTCAGCTACTGATAACATCAAACACTCAGTGACATGCACAGCTGTCTCAGCACAGTCGGTGCCTGTTGTCGATATCGTTTCATCCTGTGTTCCTGTTTCTGCTCCAAAACTAGG
ATCAAAAACCTCTGACCATGAAAATCCTAAAGGTGATTCTGTTAAGGCATCAGGTCCAACAACAAGGGAGCCTTCAAAAAATAAAAATAAAAAGAAGAATCAACGAAAGGCATCTGCTACATTGAAATATGACAACTCAAGGGAAGCTTCAGTCTCTTCCTCTGAGTTGACTAGAAAGGTCAGCGAGAAGAGTTTAAAAT
TACCTAAAGAACCTGATTCTGTTTCTGCTGCCCCTATCTCAAGTCCTGGTGGTAATTCCTTGTCTGCTGTTGAAAGTCCATCAACTTTATACGAATCAGGCAGCTTAATGAATGATGTGAACTCATTAAATGAGGGACCCTCAACATTGCTAACCGAAAGGATTGTTGGAACCCCAGGACCTGTGTGCGAGTTTGTAGGA
GATAGCTGTGAAGCAATTAATAAGCCTGTGGACTATCTAAGGTCTGTGAACATAGATCAATTCACTGCTTTTAATAAATTAGAATTAAGTAGCTCAGTACCTAGTCAAGAAAGTGTGGAATCAGATGCAACTGTCAGAGATTTTAAGATACAAAGCACAACTGATATCCCGAGTGGGGATAATTTTTCTGTGAACAACTT
AGATGCTGGCAACAAAGTTCCTGTAATCAAGAGTCAGGCTGTTCATCAATATGAAAGTGAAACCAAGGGTATTCATAACTCTATGTCATCTTCAACAGATCTGTCTTTGTTTGATGTGAATCATGGACAATCCAATGGCATTGTTAGTTATGTGGGAAGTTGTGAATCAAACAGTCTTCTTCAAAACTTACCCACGGCTG
GGGAAATAAAGGGCGAGGAGTTATCTTCAGCTGTTGAGTTAAGCATGGCTCTTGATGAACCACATGGGAAACACTTGAGCTCAGATGCAAGTGTGTTTCCAGAGCCCTCTTTTCTAGCTTTGGATGAAGAATCAACACTACTTGAAGTCAATAGAAAGGAGAATAAGAATAGCACTGCAATTGCTGCGAGATTTAGACAA
GGTGCTTCTCATCAACTCAAAGAAGTTGCACATGATACGGAGCTGCCTTCTGAATCTACTGGCATTTGCAGAGAAGCAATGGTTATGGATGCACAATTGCCCTTTTTAGCTACTGAAGTTAAAGCTAAGGAAGTATTATATGGTGTTGCAAAAAAAGGTAATGCTAATTTAAGGGACAAGCGTATGAATATAAATCACAC
TACCATTGAAAAGAATGACAGTACCCTTTCTGTTACCAATCATCAGGCTGTAGCCACAGCCTCCATTGGGGCTGGAAATAAGCGGTCTGGTAGCAAGAAGAAGAAGAGGAAGGAATGTCTGGCCAAAGCTGATGCTTCCAGTTCATCTAGTGATTTGTATAATGCATACAAGGCACCGGAAGAAAAGCGGAAAGATATTA
GTTATCCAGATCCATCTACTGTAGCTTTTACCGTTGTTAATGAAAAAGCCTTGGTCAAGGACTCTGAGAAGGAAAGTCAGAAAGAGTTAGATGACTGGGAAGATGTAGCTGAACTTCCCACCCAAAACAAAGTGACACAGGAATGTGTCATGATATCTACTAATGCAATGCAAATGGTTGTGCCAAAGGTGAAAAGCTTA
GAAGATAGAAAGTACACGAGAGATTTCTTGTTAACATTTAGGGATCAGTTTAGAAATCCACCTCTTGAGTTTGAAGTTCCAGCTGACATAGTGGAACTCAACCCTTCTAGATTCACGAGCCACCCGGGTGAAATGCAGACAATACCAAACCTTGGAAGGGCTCTTGATTGGCAGCTTAGTGGGGGTGTTCGACCTGAACG
CATTGGAAACAATGTAGGAACTGATGATAAATGGAACAGATCAGGTGGATATTATCTGCAAGGGAAGGACACTCGGGTGGAAGTGAGCTCCGGGGGGCCTCCTGGTGGGTTTCGACCTGGGCAAGGTATGAATCCTGCTCTCATGAGAAATGTGCGTGGAGCACCAATGAACCCATTTGTTGCTACTTCTATTCCTGGTG
GTCATTTGACACAAATGCATGTTCCTCCGAGTGGCTTTCCACCAAGGAATACTTTTGATGCTGATAGGTGGCAACGATCTCCTGCTTCCTCCCAGAAGGGCTTGTTTTCATCTCCACGTAATAATTTTCCTGTAATGCACAAAGCAGAGAACAAGTATGAAGTTGGTAAAGTTTCTGATGAGGAACACTCAAAACAAAGA
CAAATTAAAGCAATTTTAAATAAATTAACACCTCAAAATTTTGATAAACTTTTTGTTCAGGTAAAAGAAGTCAATATTGATTCTGCCTTTACTCTTACGGGTGTGATATCTCAAATATTTGATAAAGCCTTAATGGAGCCGACATTTTGTGAGATGTATGCAAAGTTCTGTGTCGATCTTGCTGCTGATTTACCTGAATT
CAATGAAAATAATGAAAAAATTACTTTTAGGCGAGTCCTTCTGAACAATTGTCAGGAAGAATTTGAAAGGGGCGAAAGGGAACAAGCCGAAGCTGATAGGCCGGAAGAAGAAGGTGAGGTAAAGCTATCCAAAGAGGAAAGAGAAGTGAAAAGGATCAAAGCACGGAGGCGAATGCTAGGAAACATACGGTTCATTGGTG
AGCTCTACAAAATGAGCATGCTCACTGAAAGGATCATGCATGAGTGCATCAAAAAATTACTTGGGGAGTATCAGTATCCTGATGAAGAAGATGTTGAAGCACTCTGCAAACTGATGAGTACTATTGGTCACATGATTGACCGGCCAAAGGGTAGGGAGCACATTGATGCATATTTTGAGAGAATGACCAAATTGTCAAAC
GATCAGAAACTATCTTCCAGACTAAGGTTCCTGCTGAAGGATGTGATTGATCTCAGGAAAAATGGATGGCAACATAGGAGGAAGGTAGAGGGCCCCAAAAAAATTGAGGAAGTGCACAGAGATGCAGTTCAAGAACGACAAGCACAAGGTGGCCGCTCGAATCGTGGAACTGGCATGGGATCATCTGGCAGAAGGTTGCA
TACGCCACCTGATTATTGTTCACGTGGATCTGGATCCATGGTGTATTCTTCAGGTCAACCAATGGGTTCATCTCAGCAGATTCGGGGAGCACAGCCCCAGATGGGAATGCGTGGATTTGGTGGTCAAGATGTACGATTAGAAGACAGGCTTCCTTCAGAGAAGAGGTCAATGCAAATGCATTTAACACAGAGATCTGATG
ATGTTCCTATTGCGCTTACCCCCCAGGGAAGTCTTCCAAGGGGATTGACCCATAAGGGGCATCCTGCTTCACTCGGGCGGAGTACTTTAGCAGATGTCCCACCGGTTCTGCCTCTGGATAACAGACGAATAAACTTGGGCCATATGCCAGGTCACACTTTTAATGTGGATCTTCATCGATTTCCAGCAAGGGACGAAGTT
CCAACAAAGACAGCTTCTGTATCAAAACCTCCAAATTCACCTGTGGAGCCTTCGCTCAAGAGAACAGTTAATCCAGAAAGAAATTCTATCCTTAATGTTGGAAGAGATCCAAGGAAGTCAGAATGTTCTGTTGCTAAATTCGATGTCACAGCAAGCCATGGTGGACAACTGCAAAGTCTTTCACTTGTGCAAGTGCCACT
AATTGAGAAACGGCTGCAGGAGAAGTCTGATATGGCAATAAAGGAGTACTACAGTGTGAGAGACATGGATGAAGCTACTTTGTGTATGGATGAGCTCAACGCACCATGGTTTCACTCAAATATGGTGTCACAGTGGGTTACAGATTCCTTTGACAGGAATGATAAAGAAAGAGATTTGCTTGCAAAGTTACTTATATATC
TGTGCAACGAAAAGCCAAATTTGCTGAGTCACGAGCAACTCTTAACAGGACTGCAGACCTCATTATCTTCATTGGAAGATACTGTTGTCGATGCGCCCAGGGCACCTGAGTTCTTTGGTGTGATTCTTGGTAAACTTGTTTTAGCAGGATTTCTTTCTCTTGTTGAATCTGCAAGGATTATTAAGGAAGGATGCTTGGTA
CCAGGGCATTTATCAGAAATAGGTCTCGCTTTAGATGTAATTACCAGTGTCTTGGAATTTGTAAAAGCAGAAAACGGGGAAGTTGCAATGACAGATATGTGTAGGACATCCGGATTACAATTGAAAGACTTTCTGCCTTGTGATAAGAAGCATGGGGAATTTAAGGATTTTCTTGAGAAGAAAAACTTACAATGTTTGTA
TCCATTGAGAATCAAATAAGCGAGTTCCTTAAGCATGGTCAACCTGTGGAGCAGATTTTGAAATGGGTGGAGATGAATGTTCCTCCTCCATTGCAGTCAGAGCCTGAATTTTTGCAGATGCTTGCCATTCAAGTCCTAAGACGCTGTGTACCTAGCTGCACTCTAGATTACGAGAAAGATTTGAAGGGAAAGCTAGTTCC
TTATGCTCAACTTTTAAGACATTTTGCGCCAAGCAGGAGCAAGCAAAGGCATTATATCACAGCAATCCAGTTATTTGCTAATGAATTAGACCATCCCGTGGGACTCATGACTGCTCTGTTTAATAATTTCTATGTCGACGAGGTAATATCAGAGGACACCTATTTTCGTTGGCAAGACGACGTTGAGGATACCACGCCTG
GGAAAGCCCAGGCTATCCGAGAGGTTGAAAAATGGCTATCGTGTTTGACACAGGCTCCACAGAGTCAAAACTGACTTTCACTCGTCTGTGAACTTTGTGAGGCGGAACTGTTGTACATCAGAGAGAAATCCATGCCGGGACTTCTTTTTATTTGTTTGTGATTATTTAGCACAAAATCTGAATTTTTAGAAATTATATTT
ACTTCACTTGTCCCTTGATTATTGTGGCTTCCACAACAGATTGAGTGCCAGTACAACTAACTGATTACAGATGTGGAAATAACACCGAACTTTGTAAGACTGACCATTTCTCTTGGGAGGCTAGCCCTTTGGATTTCACTATTTTATGTGAGCTCATCATTTTGGCCATCTTCTATCTTGCTAACCTTTTAAATTCAATG
ACTAATTTGATGGATATTCCTTGGTATATTACATGCATTTACTATTGTATTGTATAGTCTTTTCACCAAATATTATGGCATGCTATATTCG
>TRINITY_DN42214_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:TTGGATTCTTATATCATTCCTTCTTCTGGTCTTTCCTATTCCGCAATGATGAGCAAGGCAATATAACGAGCGTGCATGCATGTCGATGGAGTTTTGAGCTTGTGGCCGGGTTGCAGGATCCGTCATTAAAGTTGCAGAGAGAGAAGAGAAGAATTATTTATGTCCCTTCGCCAAGCAAGAGGAGATTCTTCACACGCCAG
AAAGGAGGGAAAAGCCGCCGGCGCTGGACAGAACGCTAGGAAATCAGGAGGACCAGCTGCCAACGTAACTGCTAAGGGCGGTGGCGCACTTGGCGCCCCCCCACCGTCACCTTCTTCTTGTGCCTCGTCTTCGGCTTCCTTACCTCCAACCAGTCGTGGTGCTGCTAGGCCAAATACACTTGCGGACCAGCCAAGGGAGA
GTTCAAACAAAAATTCTGCAGGCAATAATGCCCAAAATGGCAGTGCCCAAAGCCATCATGGTTTACCACCGACACTAGGTGCTTCTGAGGAGGTCCACAGACCTGTATATGAGCAACCATTTACATTTCAGTTCGGCAGCATAAGTCCTGGGTTTGTGAATGGCTTGCAGATACCTGCTCGAACTAGCTCAGCACCTCCC
AATCTCGATGAGCAGATTTGTCACCAGTCACGATATGACTCTACAAATGTTGCTTCTCTCAATAGACTGCCTATGGTTTCATCTGAACCACAAGCATATCACCAAAATCAAATACTGGAGTCTCAAGTTCAAGGGAGGAGATATTTACATGGTAGTGGACATCCAATATCTCTGGTACAGCAGCGCCCTACTTCTGGTGG
TGCAAGTCCTGTATTGTTTCAGCAGACCCAGTCTCCACCTATTGCAGTTCAGATGCAATATGCAGCACCAAGTTCACAACAATTGTTGGGTACTCCTCCACGACCACGACCATCATTACCACCACCTGCCTTGCGTTCACAGCAAGTGCTGATGCAGCAAGGGCAGCGTTTGAATGCTCAACCACATATACTGCCACCTT
CGCTAACTGGTATGCCTCAACATATTAATCCAATTGCCAGTCAGTTTTCATCTCAGCAATTACCACAGATAGTCCATCATGTGGGTACTCAAATGGGTATTCCCATTGGGACGAAGCGATTAGGTGGGATTTCTGGTACACCGTTTGGGTCTCCAGTGATGAATCAGTATAATCCTCCCCGTATCAATAGAGCTGTGAAG
ATTACTCATCCAGAGACTCATGAAGAGCTGAGGTTTGATTCCAGTGGTAAGAAATCTGAATCTTACATGGATAATGCTACCATGGCTTCTCCTTCAGGATCTGTCTGCTTGCCAGGGAGAACGGCAACTAATGGTTCTCCTCTGTCACGTCCTCCAGATGTTTCACACACTATGAACTTTTACCCTGTGCAGACTGGATC
ACATGGTCACCCTTCATCTACATTTTATCAGCCTCCAAAAAATTCAGTTCCACCCCAAAAGTGTAATTCTGTTCATCAATTTCCAGAGCAAATTGTTTCCACTGGAATGGGTGCACAACCCGTTGTTCCCAACCTTGGAGCTTCCGGGGCTTCTAGTACTGAGCTTTCAAGGCCTATTGCTCATAATGGTGATGCAGTAC
CAGTTTCTCTGACAATGGGTGATGACATAACACAAACTCATTTCACAGCACCTTCAGAAAAGGATGTGTCTGGTACTTCATCCTCTACTTACACTCAAGAAACTCATTTGCTAAGCAGTGCAACTGACATGCCCCAAATTGGACCACTGGATTCATCTGAACAGCTTTTCAGTCCAGATGATAGTGTTTCTTTGGAAGTT
CAGAATGTTGAATCTTTGGGTTCATCATCATCTGTGGCAAATGAGGCATCAGCCCAGAGCTGTGACTTAGCAAAATCTGTTGTGGTCTCAGCTACTGATAACATCAAACACTCAGTGACATGCACAGCTGTCTCAGCACAGTCGGTGCCTGTTGTCGATATCGTTTCATCCTGTGTTCCTGTTTCTGCTCCAAAACTAGG
ATCAAAAACCTCTGACCATGAAAATCCTAAAGGTGATTCTGTTAAGGCATCAGGTCCAACAACAAGGGAGCCTTCAAAAAATAAAAATAAAAAGAAGAATCAACGAAAGGCATCTGCTACATTGAAATATGACAACTCAAGGGAAGCTTCAGTCTCTTCCTCTGAGTTGACTAGAAAGGTCAGCGAGAAGAGTTTAAAAT
TACCTAAAGAACCTGATTCTGTTTCTGCTGCCCCTATCTCAAGTCCTGGTGGTAATTCCTTGTCTGCTGTTGAAAGTCCATCAACTTTATACGAATCAGGCAGCTTAATGAATGATGTGAACTCATTAAATGAGGGACCCTCAACATTGCTAACCGAAAGGATTGTTGGAACCCCAGGACCTGTGTGCGAGTTTGTAGGA
GATAGCTGTGAAGCAATTAATAAGCCTGTGGACTATCTAAGGTCTGTGAACATAGATCAATTCACTGCTTTTAATAAATTAGAATTAAGTAGCTCAGTACCTAGTCAAGAAAGTGTGGAATCAGATGCAACTGTCAGAGATTTTAAGATACAAAGCACAACTGATATCCCGAGTGGGGATAATTTTTCTGTGAACAACTT
AGATGCTGGCAACAAAGTTCCTGTAATCAAGAGTCAGGCTGTTCATCAATATGAAAGTGAAACCAAGGGTATTCATAACTCTATGTCATCTTCAACAGATCTGTCTTTGTTTGATGTGAATCATGGACAATCCAATGGCATTGTTAGTTATGTGGGAAGTTGTGAATCAAACAGTCTTCTTCAAAACTTACCCACGGCTG
GGGAAATAAAGGGCGAGGAGTTATCTTCAGCTGTTGAGTTAAGCATGGCTCTTGATGAACCACATGGGAAACACTTGAGCTCAGATGCAAGTGTGTTTCCAGAGCCCTCTTTTCTAGCTTTGGATGAAGAATCAACACTACTTGAAGTCAATAGAAAGGAGAATAAGAATAGCACTGCAATTGCTGCGAGATTTAGACAA
GGTGCTTCTCATCAACTCAAAGAAGTTGCACATGATACGGAGCTGCCTTCTGAATCTACTGGCATTTGCAGAGAAGCAATGGTTATGGATGCACAATTGCCCTTTTTAGCTACTGAAGTTAAAGCTAAGGAAGTATTATATGGTGTTGCAAAAAAAGGTAATGCTAATTTAAGGGACAAGCGTATGAATATAAATCACAC
TACCATTGAAAAGAATGACAGTACCCTTTCTGTTACCAATCATCAGGCTGTAGCCACAGCCTCCATTGGGGCTGGAAATAAGCGGTCTGGTAGCAAGAAGAAGAAGAGGAAGGAATGTCTGGCCAAAGCTGATGCTTCCAGTTCATCTAGTGATTTGTATAATGCATACAAGGCACCGGAAGAAAAGCGGAAAGATATTA
GTTATCCAGATCCATCTACTGTAGCTTTTACCGTTGTTAATGAAAAAGCCTTGGTCAAGGACTCTGAGAAGGAAAGTCAGAAAGAGTTAGATGACTGGGAAGATGTAGCTGAACTTCCCACCCAAAACAAAGTGACACAGGAATGTGTCATGATATCTACTAATGCAATGCAAATGGTTGTGCCAAAGGTGAAAAGCTTA
GAAGATAGAAAGTACACGAGAGATTTCTTGTTAACATTTAGGGATCAGTTTAGAAATCCACCTCTTGAGTTTGAAGTTCCAGCTGACATAGTGGAACTCAACCCTTCTAGATTCACGAGCCACCCGGGTGAAATGCAGACAATACCAAACCTTGGAAGGGCTCTTGATTGGCAGCTTAGTGGGGGTGTTCGACCTGAACG
CATTGGAAACAATGTAGGAACTGATGATAAATGGAACAGATCAGGTGGATATTATCTGCAAGGGAAGGACACTCGGGTGGAAGTGAGCTCCGGGGGGCCTCCTGGTGGGTTTCGACCTGGGCAAGGTATGAATCCTGCTCTCATGAGAAATGTGCGTGGAGCACCAATGAACCCATTTGTTGCTACTTCTATTCCTGGTG
GTCATTTGACACAAATGCATGTTCCTCCGAGTGGCTTTCCACCAAGGAATACTTTTGATGCTGATAGGTGGCAACGATCTCCTGCTTCCTCCCAGAAGGGCTTGTTTTCATCTCCACGTAATAATTTTCCTGTAATGCACAAAGCAGAGAACAAGTATGAAGTTGGTAAAGTTTCTGATGAGGAACACTCAAAACAAAGA
CAAATTAAAGCAATTTTAAATAAATTAACACCTCAAAATTTTGATAAACTTTTTGTTCAGGTAAAAGAAGTCAATATTGATTCTGCCTTTACTCTTACGGGTGTGATATCTCAAATATTTGATAAAGCCTTAATGGAGCCGACATTTTGTGAGATGTATGCAAAGTTCTGTGTCGATCTTGCTGCTGATTTACCTGAATT
CAATGAAAATAATGAAAAAATTACTTTTAGGCGAGTCCTTCTGAACAATTGTCAGGAAGAATTTGAAAGGGGCGAAAGGGAACAAGCCGAAGCTGATAGGCCGGAAGAAGAAGGTGAGGTAAAGCTATCCAAAGAGGAAAGAGAAGTGAAAAGGATCAAAGCACGGAGGCGAATGCTAGGAAACATACGGTTCATTGGTG
AGCTCTACAAAATGAGCATGCTCACTGAAAGGATCATGCATGAGTGCATCAAAAAATTACTTGGGGAGTATCAGTATCCTGATGAAGAAGATGTTGAAGCACTCTGCAAACTGATGAGTACTATTGGTCACATGATTGACCGGCCAAAGGGTAGGGAGCACATTGATGCATATTTTGAGAGAATGACCAAATTGTCAAAC
GATCAGAAACTATCTTCCAGACTAAGGTTCCTGCTGAAGGATGTGATTGATCTCAGGAAAAATGGATGGCAACATAGGAGGAAGGTAGAGGGCCCCAAAAAAATTGAGGAAGTGCACAGAGATGCAGTTCAAGAACGACAAGCACAAGGTGGCCGCTCGAATCGTGGAACTGGCATGGGATCATCTGGCAGAAGGTTGCA
TACGCCACCTGATTATTGTTCACGTGGATCTGGATCCATGGTGTATTCTTCAGGTCAACCAATGGGTTCATCTCAGCAGATTCGGGGAGCACAGCCCCAGATGGGAATGCGTGGATTTGGTGGTCAAGATGTACGATTAGAAGACAGGCTTCCTTCAGAGAAGAGGTCAATGCAAATGCATTTAACACAGAGATCTGATG
ATGTTCCTATTGCGCTTACCCCCCAGGGAAGTCTTCCAAGGGGATTGACCCATAAGGGGCATCCTGCTTCACTCGGGCGGAGTACTTTAGCAGATGTCCCACCGGTTCTGCCTCTGGATAACAGACGAATAAACTTGGGCCATATGCCAGGTCACACTTTTAATGTGGATCTTCATCGATTTCCAGCAAGGGACGAAGTT
CCAACAAAGACAGCTTCTGTATCAAAACCTCCAAATTCACCTGTGGAGCCTTCGCTCAAGAGAACAGTTAATCCAGAAAGAAATTCTATCCTTAATGTTGGAAGAGATCCAAGGAAGTCAGAATGTTCTGTTGCTAAATTCGATGTCACAGCAAGCCATGGTGGACAACTGCAAAGTCTTTCACTTGTGCAAGTGCCACT
AATTGAGAAACGGCTGCAGGAGAAGTCTGATATGGCAATAAAGGAGTACTACAGTGTGAGAGACATGGATGAAGCTACTTTGTGTATGGATGAGCTCAACGCACCATGGTTTCACTCAAATATGGTGTCACAGTGGGTTACAGATTCCTTTGACAGGAATGATAAAGAAAGAGATTTGCTTGCAAAGTTACTTATATATC
TGTGCAACGAAAAGCCAAATTTGCTGAGTCACGAGCAACTCTTAACAGGACTGCAGACCTCATTATCTTCATTGGAAGATACTGTTGTCGATGCGCCCAGGGCACCTGAGTTCTTTGGTGTGATTCTTGGTAAACTTGTTTTAGCAGGATTTCTTTCTCTTGTTGAATCTGCAAGGATTATTAAGGAAGGATGCTTGGTA
CCAGGGCATTTATCAGAAATAGGTCTCGCTTTAGATGTAATTACCAGTGTCTTGGAATTTGTAAAAGCAGAAAACGGGGAAGTTGCAATGACAGATATGTGTAGGACATCCGGATTACAATTGAAAGACTTTCTGCCTTGTGATAAGAAGCATGGGGAATTTAAGGATTTTCTTGAGAAGAAAAACTTACAATGTTTGTA
TCCAgtaagtattagaagacatctataatcaaaatgttatcgcatatgcgcccctgttaattttgtaatttttattattttatgatgtatgtgtcgtctattgctctatttccacatagttaattccagTTGAGAATCAAATAAGCGAGTTCCTTAAGCATGGTCAACCTGTGGAGCAGATTTTGAAATGGGTGGAGGTG
CGTAAACTGTGTTATTAATTCCTACTTGTAAATTTGGTTTAGGTTTTGATGTTGTGTCCAATATATTTGCAATTTCCTATTGATATTTAACATCATTATTTCAGCGATTTAGCTGAATTCTTACTGTTCCTAGTTGTACCTCTATTTGTCGTGCGTTTTCATTTTGACTCTCTCTGTCTCTCTCTTAATATTTTGTTTCG
TGAATGGTACACAATGATATAGGGAGCTGCAAATTTTTGGCATATATTATTCTGCCTGTTTTAATTGCATTGTTTATCTTAGCTGGCACATTTCTGAAACTTTCAAGGCCATTTCCTAAAACTTTCATACTTGGCTAACCTTATTTCTCAAAGTAAAAATTTTTAGTTTCATATGTTATACTGTGCTTATATCAGAATTA
TGCCTTGTGTATTTGCTAATATGAAATGCTGCTTGTTTTTCAGTTTTATTATAAGCATTGTACCATGCTTATTTACGTCAGAATTATGCCTTCTGTGGCTGCTAAGATGAAATGTTGCTTGTTTTTCAGTTTTATGATAGCATTTGTGATTACATATCTAGTTCATAGTTCATACTCCCTTTTTGGGTGTTATGTTGCAT
AGTTTTTTTCTTAAGTTTTTCTCTTTTATTTTTTTATTAATTTTGATCTTCGATTGTGGAAATTAAGAACACTTTAAAAATGTTATATACCTTGATTTTCACCTTGTTTTATTTGAAGTTGTA
Intron 4 GTGCTTCTGA ... ATGGGTGGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 78.43 | 44 | 119 | 160 |
| A2 | 65.65 | 45 | 82 | 86 |
| A3 | 66.3 | 31 | 118 | 61 |
| A4 | 72.58 | 34 | 65 | 90 |
| A5 | 74.36 | 10 | 48 | 29 |
| A6 | 74.26 | 70 | 7 | 202 |
| A7 | 72.67 | 85 | 10 | 226 |
| A8 | 79.07 | 95 | 5 | 359 |
| A9 | 77.89 | 63 | 13 | 222 |
| A10 | 69.46 | 62 | 43 | 141 |
>TRINITY_DN47094_c0_g1_i5 from sample A10 / Example spliced isoformCAGCGATATATTTATTTGTGGTTTGTTTATTTGGATTCTTATATCATTCCTTCTTCTGGTCTTTCCTATTCCGCAATGATGAGCAAGGCAATATAACGAGCGTGCATGCATGTCGATGGAGTTTTGAGCTTGTGGCCGGGTTGCAGGATCCGTCATTAAAGTTGCAGAGAGAGAAGAGAAGAATTATTTATGTCCCTTCG
CCAAGCAAGAGGAGATTCTTCACACGCCAGAAAGGAGGGAAAAGCCGCCGGCGCTGGACACAACGCTAGGAAATCAGGAGGACCAGCTGCCAACGTAACTGCTAAGGGCGGTGGCGCACTTGGCGCCCCCCCACCGTCACCTTCTTCTTGTGCCTCGTCTTCGGCTTCCTTACCTCCAACCAGTCGTGGTGCTGCTAGGC
CAAATACACTTGCGGACCAGCCAAGGGAGAGTTCAAACAAAAATTCTGCAGGCAATAATGCCCAAAATGGCAGTGCCCAAAGCCATCATGGTTTACCACCGACACTAGATGAATGTTCCTCCTCCATTGCAGTCAGAGCCTGAATTTTTGCAGATGCTTGCCATTCAAGTCCTAAGACGCTGTGTACCTAGCTGCACTCT
AGATTACGAGAAAGATTTGAAGGGAAAGCTAGTTCCTTATGCTCAACTTTTAAGACATTTTGCGCCAAGCAGGAGCAAGCAAAGGCATTATATCACAGCAATCCAGTTATTTGCTAATGAATTAGACCATCCCGTGGGACTCATGACTGCTCTGTTTAATAATTTCTATGTCGACGAGGTAATATCAGAGGACACCTATT
TTCGTTGGCAAGACGACGTTGAGGATACCACGCCTGGGAAAGCCCAGGCTATCCGAGAGGTTGAAAAATGGCTATCGTGTTTGACACAGGCTCCACAGAGTCAAAACTGACTTTCACTCGTCTGTGAACTTTGTGAGGCGGAACTGTTGTACATCAGAGAGAAATCCATGCCGGGACTTCTTTTTATTTGTTTGTGATTA
TTTAGCACAAAATCTGAATTTTTAGAAATTATATTTACTTCACTTGTCCCTTGATTATTGTGGCTTCCACAACAGATTGAGTGCCAGTACAACTAACTGATTACAGATGTGGAAATAACACCGAACTTTGTAAGACTGACCATTTCTCTTGGGAGGCTAGCCCTTTGGATTTCACTATTTTATGTGAGCTCATCATTTTG
GCCATCTTCTATCTTGCTAACCTTTTAAATTCAATGACTAATTTGATGGATATTCCTTGGTATATTACATGCATTTACTATTGTATTGTATAGTCTTTTC
>TRINITY_DN47094_c0_g1_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:CAGCGATATATTTATTTGTGGTTTGTTTATTTGGATTCTTATATCATTCCTTCTTCTGGTCTTTCCTATTCCGCAATGATGAGCAAGGCAATATAACGAGCGTGCATGCATGTCGATGGAGTTTTGAGCTTGTGGCCGGGTTGCAGGATCCGTCATTAAAGTTGCAGAGAGAGAAGAGAAGAATTATTTATGTCCCTTCG
CCAAGCAAGAGGAGATTCTTCACACGCCAGAAAGGAGGGAAAAGCCGCCGGCGCTGGACACAACGCTAGGAAATCAGGAGGACCAGCTGCCAACGTAACTGCTAAGGGCGGTGGCGCACTTGGCGCCCCCCCACCGTCACCTTCTTCTTGTGCCTCGTCTTCGGCTTCCTTACCTCCAACCAGTCGTGGTGCTGCTAGGC
CAAATACACTTGCGGACCAGCCAAGGGAGAGTTCAAACAAAAATTCTGCAGGCAATAATGCCCAAAATGGCAGTGCCCAAAGCCATCATGGTTTACCACCGACACTAGgtgcttctgaggaggtccacagacctgtatatgagcaaccatttacatttcagttcggcagcataagtcctgggtttgtgaatggcttgcag
atacctgctcgaactagctcagcacctcccaatctcgatgagcagatttgtcaccagtcacgatatgactctacaaatgttgcttctctcaatagactgcctatggtttcatctgaaccacaagcatatcaccaaaatcaaatactggagtctcaagttcaagggaggagatatttacatggtagtggacatccaatatc
tctggtacagcagcgccctacttctggtggtgcaagtcctgtattgtttcagcagacccagtctccacctattgcagttcagatgcaatatgcagcaccaagttcacaacaattgttgggtactcctccacgaccacgaccatcattaccaccacctgccttgcgttcacagcaagtgctgatgcagcaagggcagcgtt
tgaatgctcaaccacatatactgccaccttcgctaactggtatgcctcaacatattaatccaattgccagtcagttttcatctcagcaattaccacagatagtccatcatgtgggtactcaaatgggtattcccattgggacgaagcgattaggtgggatttctggtacaccgtttgggtctccagtgatgaatcagtat
aatcctccccgtatcaatagagctgtgaagattactcatccagagactcatgaagagctgaggtttgattccagtggtaagaaatctgaatcttacatggataatgctaccatggcttctccttcaggatctgtctgcttgccagggagaacggcaactaatggttctcctctgtcacgtcctccagatgtttcacacac
tatgaacttttaccctgtgcagactggatcacatggtcacccttcatctacattttatcagcctccaaaaaattcagttccaccccaaaagtgtaattctgttcatcaatttccagagcaaattgtttccactggaatgggtgcacaacccgttgttcccaaccttggagcttccagggcttctagtactgagctttcaa
ggcctattgctcataatggtgatgcagtaccagtttctctgacaatgggtgatgacataacacaaactcatttcacagcaccttcagaaaaggatgtgtctggtacttcatcctctacttacactcaagaaactcatttgctaagcagtgcaactgacatgccccaaattggaccactggattcatctgaacagcttttc
agtccagatgatagtgtttctttggaagttcagaatgttgaatctttgggttcatcatcatctgtggcaaatgaggcatcagcccagagctgtgacttagcaaaatctgttgtggtctcagctactgataacatcaaacactcagtgacatgcacagctgtctcagcacagtcggtgcctgttgtcgatatcgtttcatc
ctgtgttcctgtttctgctccaaaactaggatcaaaaacctctgaccatgaaaatcctaaaggtgattctgttaaggcatcaggtccaacaacaagggagccttcaaaaaagaaaaataaaaagaagaatcaacgaaaggcatctgctacattgaaatatgacaactcaagggaagcttcagtctcttcctctgagttga
ctagaaaggtcagcgagaagagtttaaaattacctaaagaacctgattctgtttctgctgcccctatctcaagtcctggtggtaattccttgtctgctgttgaaagtccatcaactttatacgaatcaggcagcttaatgaatgatgtgaactcattaaatgagggaccctcaacattgctaaccgaaaggattgttgga
accccaggacctgtgtgcgagtttgtaggagatagctgtgaagcaattaataagcctgtggactatctaaggtctgtgaacatagatcaattcactgcttttaataaattagaattaagtagctcagtacctagtcaagaaagtgtggaatcagatgcaactgtcagagattttaagatacaaagcacaactgatatccc
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tgcaaatgcatttaacacagagatctgatgatgttcctattgcgcttaccccccagggaagtcttccaaggggattgacccataaggggcatcctgcttcactcgggcggagtactttagcagatgtcccaccggttctgcctctggataacagacgaataaacttgggccatatgccaggtcacacttttaatgtggat
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gcaaagtctttcacttgtgcaagtgccactaattgagaaacggctgcaggagaagtctgatatggcaataaaggagtactacagtgtgagagacatggatgaagctactttgtgtatggatgagctcaacgcaccatggtttcactcaaatatggtgtcacagtgggttacagattcctttgacaggaatgataaagaaa
gagatttgcttgcaaagttacttatatatctgtgcaacgaaaagccaaatttgctgagtcacgagcaactcttaacaggactgcagacctcattatcttcattggaagatactgttgtcgatgcgcccagggcacctgagttctttggtgtgattcttggtaaacttgttttagcaggatttctttctcttgttgaatct
gcaaggattattaaggaaggatgcttggtaccagggcatttatcagaaataggtctcgctttagatgtaattaccagtgtcttggaatttgtaaaagcagaaaacggggaagttgcaatgacagatatgtgtaggacatccggattacaattgaaagactttctgccttgtgataagaagcatggggaatttaaggcttt
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gtggagcagattttgaaatgggtggagATGAATGTTCCTCCTCCATTGCAGTCAGAGCCTGAATTTTTGCAGATGCTTGCCATTCAAGTCCTAAGACGCTGTGTACCTAGCTGCACTCTAGATTACGAGAAAGATTTGAAGGGAAAGCTAGTTCCTTATGCTCAACTTTTAAGACATTTTGCGCCAAGCAGGAGCAAGCA
AAGGCATTATATCACAGCAATCCAGTTATTTGCTAATGAATTAGACCATCCCGTGGGACTCATGACTGCTCTGTTTAATAATTTCTATGTCGACGAGGTAATATCAGAGGACACCTATTTTCGTTGGCAAGACGACGTTGAGGATACCACGCCTGGGAAAGCCCAGGCTATCCGAGAGGTTGAAAAATGGCTATCGTGTT
TGACACAGGCTCCACAGAGTCAAAACTGACTTTCACTCGTCTGTGAACTTTGTGAGGCGGAACTGTTGTACATCAGAGAGAAATCCATGCCGGGACTTCTTTTTATTTGTTTGTGATTATTTAGCACAAAATCTGAATTTTTAGAAATTATATTTACTTCACTTGTCCCTTGATTATTGTGGCTTCCACAACAGATTGAG
TGCCAGTACAACTAACTGATTACAGATGTGGAAATAACACCGAACTTTGTAAGACTGACCATTTCTCTTGGGAGGCTAGCCCTTTGGATTTCACTATTTTATGTGAGCTCATCATTTTGGCCATCTTCTATCTTGCTAACCTTTTAAATTCAATGACTAATTTGATGGATATTCCTTGGTATATTACATGCATTTACTAT
TGTATTGTATAGTCTTTTC
Intron 5 GCATGTTCTT ... GTTTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.25 | 172 | 8 | 41 |
| A2 | 26.98 | 157 | 8.2 | 58 |
| A3 | 29.34 | 171 | 10.4 | 71 |
| A4 | 24.18 | 116 | 4.8 | 37 |
| A5 | 24.42 | 65 | 3.6 | 21 |
| A6 | 23.63 | 643 | 26.6 | 199 |
| A7 | 26.08 | 669 | 23.4 | 236 |
| A8 | 24.69 | 1159 | 58.8 | 380 |
| A9 | 24.77 | 580 | 33 | 191 |
| A10 | 28.22 | 318 | 16.4 | 125 |
>TRINITY_DN42214_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformTTGGATTCTTATATCATTCCTTCTTCTGGTCTTTCCTATTCCGCAATGATGAGCAAGGCAATATAACGAGCGTGCATGCATGTCGATGGAGTTTTGAGCTTGTGGCCGGGTTGCAGGATCCGTCATTAAAGTTGCAGAGAGAGAAGAGAAGAATTATTTATGTCCCTTCGCCAAGCAAGAGGAGATTCTTCACACGCCAG
AAAGGAGGGAAAAGCCGCCGGCGCTGGACAGAACGCTAGGAAATCAGGAGGACCAGCTGCCAACGTAACTGCTAAGGGCGGTGGCGCACTTGGCGCCCCCCCACCGTCACCTTCTTCTTGTGCCTCGTCTTCGGCTTCCTTACCTCCAACCAGTCGTGGTGCTGCTAGGCCAAATACACTTGCGGACCAGCCAAGGGAGA
GTTCAAACAAAAATTCTGCAGGCAATAATGCCCAAAATGGCAGTGCCCAAAGCCATCATGGTTTACCACCGACACTAGGTGCTTCTGAGGAGGTCCACAGACCTGTATATGAGCAACCATTTACATTTCAGTTCGGCAGCATAAGTCCTGGGTTTGTGAATGGCTTGCAGATACCTGCTCGAACTAGCTCAGCACCTCCC
AATCTCGATGAGCAGATTTGTCACCAGTCACGATATGACTCTACAAATGTTGCTTCTCTCAATAGACTGCCTATGGTTTCATCTGAACCACAAGCATATCACCAAAATCAAATACTGGAGTCTCAAGTTCAAGGGAGGAGATATTTACATGGTAGTGGACATCCAATATCTCTGGTACAGCAGCGCCCTACTTCTGGTGG
TGCAAGTCCTGTATTGTTTCAGCAGACCCAGTCTCCACCTATTGCAGTTCAGATGCAATATGCAGCACCAAGTTCACAACAATTGTTGGGTACTCCTCCACGACCACGACCATCATTACCACCACCTGCCTTGCGTTCACAGCAAGTGCTGATGCAGCAAGGGCAGCGTTTGAATGCTCAACCACATATACTGCCACCTT
CGCTAACTGGTATGCCTCAACATATTAATCCAATTGCCAGTCAGTTTTCATCTCAGCAATTACCACAGATAGTCCATCATGTGGGTACTCAAATGGGTATTCCCATTGGGACGAAGCGATTAGGTGGGATTTCTGGTACACCGTTTGGGTCTCCAGTGATGAATCAGTATAATCCTCCCCGTATCAATAGAGCTGTGAAG
ATTACTCATCCAGAGACTCATGAAGAGCTGAGGTTTGATTCCAGTGGTAAGAAATCTGAATCTTACATGGATAATGCTACCATGGCTTCTCCTTCAGGATCTGTCTGCTTGCCAGGGAGAACGGCAACTAATGGTTCTCCTCTGTCACGTCCTCCAGATGTTTCACACACTATGAACTTTTACCCTGTGCAGACTGGATC
ACATGGTCACCCTTCATCTACATTTTATCAGCCTCCAAAAAATTCAGTTCCACCCCAAAAGTGTAATTCTGTTCATCAATTTCCAGAGCAAATTGTTTCCACTGGAATGGGTGCACAACCCGTTGTTCCCAACCTTGGAGCTTCCGGGGCTTCTAGTACTGAGCTTTCAAGGCCTATTGCTCATAATGGTGATGCAGTAC
CAGTTTCTCTGACAATGGGTGATGACATAACACAAACTCATTTCACAGCACCTTCAGAAAAGGATGTGTCTGGTACTTCATCCTCTACTTACACTCAAGAAACTCATTTGCTAAGCAGTGCAACTGACATGCCCCAAATTGGACCACTGGATTCATCTGAACAGCTTTTCAGTCCAGATGATAGTGTTTCTTTGGAAGTT
CAGAATGTTGAATCTTTGGGTTCATCATCATCTGTGGCAAATGAGGCATCAGCCCAGAGCTGTGACTTAGCAAAATCTGTTGTGGTCTCAGCTACTGATAACATCAAACACTCAGTGACATGCACAGCTGTCTCAGCACAGTCGGTGCCTGTTGTCGATATCGTTTCATCCTGTGTTCCTGTTTCTGCTCCAAAACTAGG
ATCAAAAACCTCTGACCATGAAAATCCTAAAGGTGATTCTGTTAAGGCATCAGGTCCAACAACAAGGGAGCCTTCAAAAAATAAAAATAAAAAGAAGAATCAACGAAAGGCATCTGCTACATTGAAATATGACAACTCAAGGGAAGCTTCAGTCTCTTCCTCTGAGTTGACTAGAAAGGTCAGCGAGAAGAGTTTAAAAT
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GATAGCTGTGAAGCAATTAATAAGCCTGTGGACTATCTAAGGTCTGTGAACATAGATCAATTCACTGCTTTTAATAAATTAGAATTAAGTAGCTCAGTACCTAGTCAAGAAAGTGTGGAATCAGATGCAACTGTCAGAGATTTTAAGATACAAAGCACAACTGATATCCCGAGTGGGGATAATTTTTCTGTGAACAACTT
AGATGCTGGCAACAAAGTTCCTGTAATCAAGAGTCAGGCTGTTCATCAATATGAAAGTGAAACCAAGGGTATTCATAACTCTATGTCATCTTCAACAGATCTGTCTTTGTTTGATGTGAATCATGGACAATCCAATGGCATTGTTAGTTATGTGGGAAGTTGTGAATCAAACAGTCTTCTTCAAAACTTACCCACGGCTG
GGGAAATAAAGGGCGAGGAGTTATCTTCAGCTGTTGAGTTAAGCATGGCTCTTGATGAACCACATGGGAAACACTTGAGCTCAGATGCAAGTGTGTTTCCAGAGCCCTCTTTTCTAGCTTTGGATGAAGAATCAACACTACTTGAAGTCAATAGAAAGGAGAATAAGAATAGCACTGCAATTGCTGCGAGATTTAGACAA
GGTGCTTCTCATCAACTCAAAGAAGTTGCACATGATACGGAGCTGCCTTCTGAATCTACTGGCATTTGCAGAGAAGCAATGGTTATGGATGCACAATTGCCCTTTTTAGCTACTGAAGTTAAAGCTAAGGAAGTATTATATGGTGTTGCAAAAAAAGGTAATGCTAATTTAAGGGACAAGCGTATGAATATAAATCACAC
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GTTATCCAGATCCATCTACTGTAGCTTTTACCGTTGTTAATGAAAAAGCCTTGGTCAAGGACTCTGAGAAGGAAAGTCAGAAAGAGTTAGATGACTGGGAAGATGTAGCTGAACTTCCCACCCAAAACAAAGTGACACAGGAATGTGTCATGATATCTACTAATGCAATGCAAATGGTTGTGCCAAAGGTGAAAAGCTTA
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CATTGGAAACAATGTAGGAACTGATGATAAATGGAACAGATCAGGTGGATATTATCTGCAAGGGAAGGACACTCGGGTGGAAGTGAGCTCCGGGGGGCCTCCTGGTGGGTTTCGACCTGGGCAAGGTATGAATCCTGCTCTCATGAGAAATGTGCGTGGAGCACCAATGAACCCATTTGTTGCTACTTCTATTCCTGGTG
GTCATTTGACACAAATGCATGTTCCTCCGAGTGGCTTTCCACCAAGGAATACTTTTGATGCTGATAGGTGGCAACGATCTCCTGCTTCCTCCCAGAAGGGCTTGTTTTCATCTCCACGTAATAATTTTCCTGTAATGCACAAAGCAGAGAACAAGTATGAAGTTGGTAAAGTTTCTGATGAGGAACACTCAAAACAAAGA
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AGCTCTACAAAATGAGCATGCTCACTGAAAGGATCATGCATGAGTGCATCAAAAAATTACTTGGGGAGTATCAGTATCCTGATGAAGAAGATGTTGAAGCACTCTGCAAACTGATGAGTACTATTGGTCACATGATTGACCGGCCAAAGGGTAGGGAGCACATTGATGCATATTTTGAGAGAATGACCAAATTGTCAAAC
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TACGCCACCTGATTATTGTTCACGTGGATCTGGATCCATGGTGTATTCTTCAGGTCAACCAATGGGTTCATCTCAGCAGATTCGGGGAGCACAGCCCCAGATGGGAATGCGTGGATTTGGTGGTCAAGATGTACGATTAGAAGACAGGCTTCCTTCAGAGAAGAGGTCAATGCAAATGCATTTAACACAGAGATCTGATG
ATGTTCCTATTGCGCTTACCCCCCAGGGAAGTCTTCCAAGGGGATTGACCCATAAGGGGCATCCTGCTTCACTCGGGCGGAGTACTTTAGCAGATGTCCCACCGGTTCTGCCTCTGGATAACAGACGAATAAACTTGGGCCATATGCCAGGTCACACTTTTAATGTGGATCTTCATCGATTTCCAGCAAGGGACGAAGTT
CCAACAAAGACAGCTTCTGTATCAAAACCTCCAAATTCACCTGTGGAGCCTTCGCTCAAGAGAACAGTTAATCCAGAAAGAAATTCTATCCTTAATGTTGGAAGAGATCCAAGGAAGTCAGAATGTTCTGTTGCTAAATTCGATGTCACAGCAAGCCATGGTGGACAACTGCAAAGTCTTTCACTTGTGCAAGTGCCACT
AATTGAGAAACGGCTGCAGGAGAAGTCTGATATGGCAATAAAGGAGTACTACAGTGTGAGAGACATGGATGAAGCTACTTTGTGTATGGATGAGCTCAACGCACCATGGTTTCACTCAAATATGGTGTCACAGTGGGTTACAGATTCCTTTGACAGGAATGATAAAGAAAGAGATTTGCTTGCAAAGTTACTTATATATC
TGTGCAACGAAAAGCCAAATTTGCTGAGTCACGAGCAACTCTTAACAGGACTGCAGACCTCATTATCTTCATTGGAAGATACTGTTGTCGATGCGCCCAGGGCACCTGAGTTCTTTGGTGTGATTCTTGGTAAACTTGTTTTAGCAGGATTTCTTTCTCTTGTTGAATCTGCAAGGATTATTAAGGAAGGATGCTTGGTA
CCAGGGCATTTATCAGAAATAGGTCTCGCTTTAGATGTAATTACCAGTGTCTTGGAATTTGTAAAAGCAGAAAACGGGGAAGTTGCAATGACAGATATGTGTAGGACATCCGGATTACAATTGAAAGACTTTCTGCCTTGTGATAAGAAGCATGGGGAATTTAAGGATTTTCTTGAGAAGAAAAACTTACAATGTTTGTA
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TTATGCTCAACTTTTAAGACATTTTGCGCCAAGCAGGAGCAAGCAAAGGCATTATATCACAGCAATCCAGTTATTTGCTAATGAATTAGACCATCCCGTGGGACTCATGACTGCTCTGTTTAATAATTTCTATGTCGACGAGGTAATATCAGAGGACACCTATTTTCGTTGGCAAGACGACGTTGAGGATACCACGCCTG
GGAAAGCCCAGGCTATCCGAGAGGTTGAAAAATGGCTATCGTGTTTGACACAGGCTCCACAGAGTCAAAACTGACTTTCACTCGTCTGTGAACTTTGTGAGGCGGAACTGTTGTACATCAGAGAGAAATCCATGCCGGGACTTCTTTTTATTTGTTTGTGATTATTTAGCACAAAATCTGAATTTTTAGAAATTATATTT
ACTTCACTTGTCCCTTGATTATTGTGGCTTCCACAACAGATTGAGTGCCAGTACAACTAACTGATTACAGATGTGGAAATAACACCGAACTTTGTAAGACTGACCATTTCTCTTGGGAGGCTAGCCCTTTGGATTTCACTATTTTATGTGAGCTCATCATTTTGGCCATCTTCTATCTTGCTAACCTTTTAAATTCAATG
ACTAATTTGATGGATATTCCTTGGTATATTACATGCATTTACTATTGTATTGTATAGTCTTTTCACCAAATATTATGGCATGCTATATTCG
>TRINITY_DN42214_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATGAATGTTCCTCCTCCATTGCAGTCAGAGCCTGAATTTTTGCAGATGCTTGCCATTCAAGTCCTAAGACGCTGTGTACCTAGCTGCACTCTAGATTACGAGAAAGATTTGAAGGGAAAGCTAGTTCCTTATGCTCAACTTTTAAGACATTTTGCGCCAAGCAGGAGCAAGCAAAGGCATTATATCACAGCAATCCAGTT
ATTTGCTAATGAATTAGACCATCCCGTGGGACTCATGACTGCTCTGTTTAATAATTTCTATGTCGACGAGGTAATATCAGAGGACACCTATTTTCGTTGGCAAGACGACGTTGAGGATACCACGCCTGGGAAAGCCCAGgcatgttctttcacatttctcttatacctattgtttatattgcaggatgcaatttttttct
tctatattggagaaccaatagcttttgttgggatatgccaatttttgtgaataatgcacaactacaaaaattttaaggacctcgctgttgaaagtttctcttttggacaaatagtaagccatgtttgtttttccagGCTATCCGAGAGGTTGAAAAATGGCTATCGTGTTTGACACAGGCTCCACAGAGTCAAAACTGAC
TTTCACTCGTCTGTGAACTTTGTGAGGCGGAACTGTTGTACATCAGAGAGAAATCCATGCCGGGACTTCTTTTTATTTGTTTGTGATTATTTAGCACAAAATCTGAATTTTTAGAAATTATATTTACTTCACTTGTCCCTTGATTATTGTGGCTTCCACAACAGATTGAGTGCCAGTACAACTAACTGATTACAGATGTG
GAAATAACACCGAACTTTGTAAGACTGACCATTTCTCTTGGGAGGCTAGCCCTTTGGATTTCACTATTTTATGTGAGCTCATCATTTTGGCCATCTTCTATCTTGCTAACCTTTTAAATTCAATGACTAATTTGATGGATATTCCTTGGTATATTACATGCATTTACTATTGTATTGTATAGTCTTTTCACCAAATATTA
TGGCATGCTATATTCG
Intron 6 GTAAGTATTA ... TTCCACATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.85 | 166.2 | 41 | 25.3 |
| A2 | 25.44 | 161.5 | 55 | 20.7 |
| A3 | 24.76 | 133.9 | 44 | 11.4 |
| A4 | 21.36 | 140.3 | 38 | 19.4 |
| A5 | 29.86 | 68.2 | 29 | 6.5 |
| A6 | 30.1 | 253.9 | 109 | 33 |
| A7 | 30.01 | 350 | 149.7 | 26.2 |
| A8 | 27.14 | 431.2 | 160.1 | 49 |
| A9 | 27.06 | 321.9 | 119 | 36 |
| A10 | 28.76 | 228.7 | 92.2 | 16.3 |
>TRINITY_DN133110_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGTTTGGGTCTCCAGTGATGAATCAGTATAATCCTCCCCGTATCAATAGAGCTGTGAAGATTACTCATCCAGAGACTCATGAAGAGCTGAGGTTTGATTCCAGTGGTAAGAAATCTGAATCTTACATGGATAATGCTACCATGGCTTCTCCTTCAGGATCTGTCTGCTTGCCAGGGAGAACGGCAACTAATGGTTCTCCTC
TGTCACGTCCTCCAGATGTTTCACACACTATGAACTTTTACCCTGTGCAGACTGGATCACATGGTCACCCTTCATCTACATTTTATCAGCCTCCAAAAAATTCAGTTCCACCCCAAAAGTGTAATTCTGTTCATCAATTTCCAGAGCAAATTGTTTCCACTGGAATGGGTGCACAACCCGTTGTTCCCAACCTTGGAGCT
TCCAGGGCTTCTAGTACTGAGCTTTCAAGGCCTATTGCTCATAATGGTGATGCAGTACCAGTTTCTCTGACAATGGGTGATGACATAACACAAACTCATTTCACAGCACCTTCAGAAAAGGATGTGTCTGGTACTTCATCCTCTACTTACACTCAAGAAACTCATTTGCTAAGCAGTGCAACTGACATGCCCCAAATTGG
ACCACTGGATTCATCTGAACAGCTTTTCAGTCCAGATGATAGTGTTTCTTTGGAAGTTCAGAATGTTGAATCTTTGGGTTCATCATCATCTGTGGCAAATGAGGCATCAGCCCAGAGCTGTGACTTAGCAAAATCTGTTGTGGTCTCAGCTACTGATAACATCAAACACTCAGTGACATGCACAGCTGTCTCAGCACAGT
CGGTGCCTGTTGTCGATATCGTTTCATCCTGTGTTCCTGTTTCTGCTCCAAAACTAGGATCAAAAACCTCTGACCATGAAAATCCTAAAGGTGATTCTGTTAAGGCATCAGGTCCAACAACAAGGGAGCCTTCAAAAAAGAAAAATAAAAAGAAGAATCAACGAAAGGCATCTGCTACATTGAAATATGACAACTCAAGG
GAAGCTTCAGTCTCTTCCTCTGAGTTGACTAGAAAGGTCAGCGAGAAGAGTTTAAAATTACCTAAAGAACCTGATTCTGTTTCTGCTGCCCCTATCTCAAGTCCTGGTGGTAATTCCTTGTCTGCTGTTGAAAGTCCATCAACTTTATACGAATCAGGCAGCTTAATGAATGATGTGAACTCATTAAATGAGGGACCCTC
AACATTGCTAACCGAAAGGATTGTTGGAACCCCAGGACCTGTGTGCGAGTTTGTAGGAGATAGCTGTGAAGCAATTAATAAGCCTGTGGACTATCTAAGGTCTGTGAACATAGATCAATTCACTGCTTTTAATAAATTAGAATTAAGTAGCTCAGTACCTAGTCAAGAAAGTGTGGAATCAGATGCAACTGTCAGAGATT
TTAAGATACAAAGCACAACTGATATCCCGAGTGGGGATAATTTTTCTGTGAACAACTTAGATGCTGGCAACAAAGTTCCTGTAATCAAGAGTCAGGCTGTTCATCAATATGAAAGTGAAACCAAGGGTATTCATAACTCTATGTCATCTTCAACAGATCTGTCTTTGTTTGATGTGAATCATGGACAATCCAATGGCATT
GTTAGTTATGTGGGAAGTTGTGAATCAAACAGTCTTCTTCAAAACTTACCCACGGCTGGGGAAATAAAGGGCGAGGAGTTATCTTCAGCTGTTGAGTTAAGCATGGCTCTTGATGAACCACATGGGAAACACTTGAGCTCAGATGCAAGTGTGTTTCCAGAGCCCTCTTTTCTAGCTTTGGATGAAGAATCAACACTACT
TGAAGTCAATAGAAAGGAGAATAAGAATAGCACTGCAATTGCTGCGAGATTTAGACAAGGTGCTTCTCATCAACTCAAAGAAGTTGCACATGATACGGAGCTGCCTTCTGAATCTACTGGCATTTGCAGAGAAGCAATGGTTATGGATGCACAATTGCCCTTTTTAGCTACTGAAGTTAAAGCTAAGGAAGTATTATATG
GTGTTGCAAAAAAAGGTAATGCTAATTTAAGGGACAAGCGTATGAATATAAATCACACTACCATTGAAAAGAATGACAGTACCCTTTCTGTTACCAATCATCAGGCTGTAGCCACAGCCTCCATTGGGGCTGGAAATAAGCGGTCTGGTAGCAAGAAGAAGAAGAGGAAGGAATGTCTGGCCAAAGCTGATGCTTCCAGT
TCATCTAGTGATTTGTATAATGCATACAAGGCACCGGAAGAAAAGCGGAAAGATATTAGTTATCCAGATCCATCTACTGTAGCTTTTACCGTTGTTAATGAAAAAGCCTTGGTCAAGGACTCTGAGAAGGAAAGTCAGAAAGAGTTAGATGACTGGGAAGATGTAGCTGAACTTCCCACCCAAAACAAAGTGACACAGGA
ATGTGTCATGATATCTACTAATGCAATGCAAATGGTTGTGCCAAAGGTGAAAAGCTTAGAAGATAGAAAGTACACGAGAGATTTCTTGTTAACATTTAGGGATCAGTTTAGAAATCCACCTCTTGAGTTTGAAGTTCCAGCTGATATAGTGATGATAATACCACCTGGGTGAAATGCAGACAATACCAAACCTTGGAAGG
GCTCTTGATTGGCAGCTTAGTGGGGGTGTTCGACCTGAACGCATTGGAAACAATGTAGGAACTGATGATAAATGGAACAGATCAGGTGGATATTATCTGCAAGGGAAGGACACTCGGGTGGAAGTGAGCTCCGGGGGGCCTCCTGGTGGGTTTCGACCTGGGCAAGGTATGAATCCTGCTCTCATGAGAAATGTGCGTGG
AGCACCAATGAACCCATTTGTTGCTACTTCTATTCCTGGTGGTCATTTGACACAAATGCATGTTCCTCCGAGTGGCTTTCCACCAAGGAATACTTTTGATGCTGATAGGTGGCAACGATCTCCTGCTTCCTCCCAGAAGGGCTTGTTTTCATCTCCACGTAATAATTTTCCTGTAATGCACAAAGCAGAGAACAAGTATG
AAGTTGGTAAAGTTTCTGATGAGGAACACTCAAAACAAAGACAAATTAAAGCAATTTTAAATAAATTAACACCTCAAAATTTTGATAAACTTTTTGTTCAGGTAAAAGAAGTCAATATTGATTCTGCCTTTACTCTTACGGGTGTGATATCTCAAATATTTGATAAAGCCTTAATGGAGCCGACATTTTGTGAGATGTAT
GCAAAGTTCTGTGTCGATCTTGCTGCTGATTTACCTGAATTCAATGAAAATAATGAAAAAATTACTTTTAGGCGAGTCCTTCTGAACAATTGTCAGGAAGAATTTGAAAGGGGCGAAAGGGAACAAGCCGAAGCTGATAGGCCGGAAGAAGAAGGTGAGGTAAAGCTATCCAAAGAGGAAAGAGAAGTGAAAAGGATCAA
AGCACGGAGGCGAATGCTAGGAAACATACGGTTCATTGGTGAGCTCTACAAAATGAGCATGCTCACTGAAAGGATCATGCATGAGTGCATCAAAAAATTACTTGGGGAGTATCAGTATCCTGATGAAGAAGATGTTGAAGCACTCTGCAAACTGATGAGTACTATTGGTCACATGATTGACCGGCCAAAGGGTAGGGAGC
ACATTGATGCATATTTTGAGAGAATGACCAAATTGTCAAACGATCAGAAACTATCTTCCAGACTAAGGTTCCTGCTGAAGGATGTGATTGATCTCAGGAAAAATGGATGGCAACATAGGAGGAAGGTAGAGGGCCCCAAAAAAATTGAGGAAGTGCACAGAGATGCAGTTCAAGAACGACAAGCACAAGGTGGCCGCTCG
AATCGTGGAACTGGCATGGGATCATCTGGCAGAAGGTTGCATACGCCACCTGATTATTGTTCACGTGGATCTGGATCCATGGTGTATTCTTCAGGTCAACCAATGGGTTCATCTCAGCAGATTCGGGGAGCACAGCCCCAGATGGGAATGCGTGGATTTGGTGGTCAAGATGTACGATTAGAAGACAGGCTTCCTTCAGA
GAAGAGGTCAATGCAAATGCATTTAACACAGAGATCTGATGATGTTCCTATTGCGCTTACCCCCCAGGGAAGTCTTCCAAGGGGATTGACCCATAAGGGGCATCCTGCTTCACTCGGGCGGAGTACTTTAGCAGATGTCCCACCGGTTCTGCCTCTGGATAACAGACGAATAAACTTGGGCCATATGCCAGGTCACACTT
TTAATGTGGATCTTCATCGATTTCCAGCAAGGGACGAAGTTCCAACAAAGACAGCTTCTGTATCAAAACCTCCAAATTCACCTGTGGAGCCTTCGCTCAAGAGAACAGTTAATCCAGAAAGAAATTCTATCCTTAATGTTGGAAGAGATCCAAGGAAGTCAGAATGTTCTGTTGCTAAATTCGATGTCACAGCAAGCCAT
GGTGGACAACTGCAAAGTCTTTCACTTGTGCAAGTGCCACTAATTGAGAAACGGCTGCAGGAGAAGTCTGATATGGCAATAAAGGAGTACTACAGTGTGAGAGACATGGATGAAGCTACTTTGTGTATGGATGAGCTCAACGCACCATGGTTTCACTCAAATATGGTGTCACAGTGGGTTACAGATTCCTTTGACAGGAA
TGATAAAGAAAGAGATTTGCTTGCAAAGTTACTTATATATCTGTGCAACGAAAAGCCAAATTTGCTGAGTCACGAGCAACTCTTAACAGGACTGCAGACCTCATTATCTTCATTGGAAGATACTGTTGTCGATGCGCCCAGGGCACCTGAGTTCTTTGGTGTGATTCTTGGTAAACTTGTTTTAGCAGGATTTCTTTCTC
TTGTTGAATCTGCAAGGATTATTAAGGAAGGATGCTTGGTACCAGGGCATTTATCAGAAATAGGTCTCGCTTTAGATGTAATTACCAGTGTCTTGGAATTTGTAAAAGCAGAAAACGGGGAAGTTGCAATGACAGATATGTGTAGGACATCCGGATTACAATTGAAAGACTTTCTGCCTTGTGATAAGAAGCATGGGGAA
TTTAAGGATTTTCTTGAGAAGAAAAACTTACAATGTTTGTATCCATTAATTCCAGTTGAGAATCAAATAAGCGAGTTCCTTAAGCATGGTCAACCTGTGGAGCAGATTTTGAAATGGGTGGAGATGAATGTTCCTCCTCCATTGCAGTCAGAGCCTGAATTTTTGCAGATGCTTGCCATTCAAGTCCTAAGACGCTGTGT
ACCTAGCTGCACTCTAGATTACGAGAAAGATTTGAAGGGAAAGCTAGTTCCTTATGCTCAACTTTTAAGACATTTTGCGCCAAGCAGGAGCAAGCAAAGGCATTATATCACAGCAATCCAGTTATTTGCTAATGAATTAGACCATCCCGTGGGACTCATGACTGCTCTGTTTAATAATTTCTATGTCGACGAGGTAATAT
CAGAGGACACCTATTTTCGTTGGCAAGACGACGTTGAGGATACCACGCCTGGGAAAGCCCAGGCTATCCGAGAGGTTGAAAAATGGCTATCGTGTTTGACACAGGCTCCACAGAGTCAAAACTGACTTTCACTCGTCTGTGAACTTTGTGAGGCGGAACTGTTGTACATCAGAGAGAAATCCATGCCGGGACTTCTTTTT
ATTTGTTTGTGATTATTTAGCACAAAATCTGAATTTTTAGAAATTATATTTACTTCACTTGTCCCTTGATTATTGTGGCTTCCACAACAGATTGAGTGCCAGTACAACTAACTGATTACAGATGTGGAAATAACACCGAACTTTGTAAGACTGACCATTTCTCTTGGGAGGCTAGCCCTTTGGATTTCACTATTTTATGT
GAGCTCATCATTTTGGCCATCTTCTATCTTGCTAACCTTTTAAATTCAATGACTAATTTGATGGATATTCCTTG
>TRINITY_DN133110_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTTGGGTCTCCAGTGATGAATCAGTATAATCCTCCCCGTATCAATAGAGCTGTGAAGATTACTCATCCAGAGACTCATGAAGAGCTGAGGTTTGATTCCAGTGGTAAGAAATCTGAATCTTACATGGATAATGCTACCATGGCTTCTCCTTCAGGATCTGTCTGCTTGCCAGGGAGAACGGCAACTAATGGTTCTCCTC
TGTCACGTCCTCCAGATGTTTCACACACTATGAACTTTTACCCTGTGCAGACTGGATCACATGGTCACCCTTCATCTACATTTTATCAGCCTCCAAAAAATTCAGTTCCACCCCAAAAGTGTAATTCTGTTCATCAATTTCCAGAGCAAATTGTTTCCACTGGAATGGGTGCACAACCCGTTGTTCCCAACCTTGGAGCT
TCCAGGGCTTCTAGTACTGAGCTTTCAAGGCCTATTGCTCATAATGGTGATGCAGTACCAGTTTCTCTGACAATGGGTGATGACATAACACAAACTCATTTCACAGCACCTTCAGAAAAGGATGTGTCTGGTACTTCATCCTCTACTTACACTCAAGAAACTCATTTGCTAAGCAGTGCAACTGACATGCCCCAAATTGG
ACCACTGGATTCATCTGAACAGCTTTTCAGTCCAGATGATAGTGTTTCTTTGGAAGTTCAGAATGTTGAATCTTTGGGTTCATCATCATCTGTGGCAAATGAGGCATCAGCCCAGAGCTGTGACTTAGCAAAATCTGTTGTGGTCTCAGCTACTGATAACATCAAACACTCAGTGACATGCACAGCTGTCTCAGCACAGT
CGGTGCCTGTTGTCGATATCGTTTCATCCTGTGTTCCTGTTTCTGCTCCAAAACTAGGATCAAAAACCTCTGACCATGAAAATCCTAAAGGTGATTCTGTTAAGGCATCAGGTCCAACAACAAGGGAGCCTTCAAAAAAGAAAAATAAAAAGAAGAATCAACGAAAGGCATCTGCTACATTGAAATATGACAACTCAAGG
GAAGCTTCAGTCTCTTCCTCTGAGTTGACTAGAAAGGTCAGCGAGAAGAGTTTAAAATTACCTAAAGAACCTGATTCTGTTTCTGCTGCCCCTATCTCAAGTCCTGGTGGTAATTCCTTGTCTGCTGTTGAAAGTCCATCAACTTTATACGAATCAGGCAGCTTAATGAATGATGTGAACTCATTAAATGAGGGACCCTC
AACATTGCTAACCGAAAGGATTGTTGGAACCCCAGGACCTGTGTGCGAGTTTGTAGGAGATAGCTGTGAAGCAATTAATAAGCCTGTGGACTATCTAAGGTCTGTGAACATAGATCAATTCACTGCTTTTAATAAATTAGAATTAAGTAGCTCAGTACCTAGTCAAGAAAGTGTGGAATCAGATGCAACTGTCAGAGATT
TTAAGATACAAAGCACAACTGATATCCCGAGTGGGGATAATTTTTCTGTGAACAACTTAGATGCTGGCAACAAAGTTCCTGTAATCAAGAGTCAGGCTGTTCATCAATATGAAAGTGAAACCAAGGGTATTCATAACTCTATGTCATCTTCAACAGATCTGTCTTTGTTTGATGTGAATCATGGACAATCCAATGGCATT
GTTAGTTATGTGGGAAGTTGTGAATCAAACAGTCTTCTTCAAAACTTACCCACGGCTGGGGAAATAAAGGGCGAGGAGTTATCTTCAGCTGTTGAGTTAAGCATGGCTCTTGATGAACCACATGGGAAACACTTGAGCTCAGATGCAAGTGTGTTTCCAGAGCCCTCTTTTCTAGCTTTGGATGAAGAATCAACACTACT
TGAAGTCAATAGAAAGGAGAATAAGAATAGCACTGCAATTGCTGCGAGATTTAGACAAGGTGCTTCTCATCAACTCAAAGAAGTTGCACATGATACGGAGCTGCCTTCTGAATCTACTGGCATTTGCAGAGAAGCAATGGTTATGGATGCACAATTGCCCTTTTTAGCTACTGAAGTTAAAGCTAAGGAAGTATTATATG
GTGTTGCAAAAAAAGGTAATGCTAATTTAAGGGACAAGCGTATGAATATAAATCACACTACCATTGAAAAGAATGACAGTACCCTTTCTGTTACCAATCATCAGGCTGTAGCCACAGCCTCCATTGGGGCTGGAAATAAGCGGTCTGGTAGCAAGAAGAAGAAGAGGAAGGAATGTCTGGCCAAAGCTGATGCTTCCAGT
TCATCTAGTGATTTGTATAATGCATACAAGGCACCGGAAGAAAAGCGGAAAGATATTAGTTATCCAGATCCATCTACTGTAGCTTTTACCGTTGTTAATGAAAAAGCCTTGGTCAAGGACTCTGAGAAGGAAAGTCAGAAAGAGTTAGATGACTGGGAAGATGTAGCTGAACTTCCCACCCAAAACAAAGTGACACAGGA
ATGTGTCATGATATCTACTAATGCAATGCAAATGGTTGTGCCAAAGGTGAAAAGCTTAGAAGATAGAAAGTACACGAGAGATTTCTTGTTAACATTTAGGGATCAGTTTAGAAATCCACCTCTTGAGTTTGAAGTTCCAGCTGACATAGTGGAACTCAACCCTTCTAGATTCACGAGCCACCCGGGTGAAATGCAGACAA
TACCAAACCTTGGAAGGGCTCTTGATTGGCAGCTTAGTGGGGGTGTTCGACCTGAACGCATTGGAAACAATGTAGGAACTGATGATAAATGGAACAGATCAGGTGGATATTATCTGCAAGGGAAGGACACTCGGGTGGAAGTGAGCTCCGGGGGGCCTCCTGGTGGGTTTCGACCTGGGCAAGGTATGAATCCTGCTCTC
ATGAGAAATGTGCGTGGAGCACCAATGAACCCATTTGTTGCTACTTCTATTCCTGGTGGTCATTTGACACAAATGCATGTTCCTCCGAGTGGCTTTCCACCAAGGAATACTTTTGATGCTGATAGGTGGCAACGATCTCCTGCTTCCTCCCAGAAGGGCTTGTTTTCATCTCCACGTAATAATTTTCCTGTAATGCACAA
AGCAGAGAACAAGTATGAAGTTGGTAAAGTTTCTGATGAGGAACACTCAAAACAAAGACAAATTAAAGCAATTTTAAATAAATTAACACCTCAAAATTTTGATAAACTTTTTGTTCAGGTAAAAGAAGTCAATATTGATTCTGCCTTTACTCTTACGGGTGTGATATCTCAAATATTTGATAAAGCCTTAATGGAGCCGA
CATTTTGTGAGATGTATGCAAAGTTCTGTGTCGATCTTGCTGCTGATTTACCTGAATTCAATGAAAATAATGAAAAAATTACTTTTAGGCGAGTCCTTCTGAACAATTGTCAGGAAGAATTTGAAAGGGGCGAAAGGGAACAAGCCGAAGCTGATAGGCCGGAAGAAGAAGGTGAGGTAAAGCTATCCAAAGAGGAAAGA
GAAGTGAAAAGGATCAAAGCACGGAGGCGAATGCTAGGAAACATACGGTTCATTGGTGAGCTCTACAAAATGAGCATGCTCACTGAAAGGATCATGCATGAGTGCATCAAAAAATTACTTGGGGAGTATCAGTATCCTGATGAAGAAGATGTTGAAGCACTCTGCAAACTGATGAGTACTATTGGTCACATGATTGACCG
GCCAAAGGGTAGGGAGCACATTGATGCATATTTTGAGAGAATGACCAAATTGTCAAACGATCAGAAACTATCTTCCAGACTAAGGTTCCTGCTGAAGGATGTGATTGATCTCAGGAAAAATGGATGGCAACATAGGAGGAAGGTAGAGGGCCCCAAAAAAATTGAGGAAGTGCACAGAGATGCAGTTCAAGAACGACAAG
CACAAGGTGGCCGCTCGAATCGTGGAACTGGCATGGGATCATCTGGCAGAAGGTTGCATACGCCACCTGATTATTGTTCACGTGGATCTGGATCCATGGTGTATTCTTCAGGTCAACCAATGGGTTCATCTCAGCAGATTCGGGGAGCACAGCCCCAGATGGGAATGCGTGGATTTGGTGGTCAAGATGTACGATTAGAA
GACAGGCTTCCTTCAGAGAAGAGGTCAATGCAAATGCATTTAACACAGAGATCTGATGATGTTCCTATTGCGCTTACCCCCCAGGGAAGTCTTCCAAGGGGATTGACCCATAAGGGGCATCCTGCTTCACTCGGGCGGAGTACTTTAGCAGATGTCCCACCGGTTCTGCCTCTGGATAACAGACGAATAAACTTGGGCCA
TATGCCAGGTCACACTTTTAATGTGGATCTTCATCGATTTCCAGCAAGGGACGAAGTTCCAACAAAGACAGCTTCTGTATCAAAACCTCCAAATTCACCTGTGGAGCCTTCGCTCAAGAGAACAGTTAATCCAGAAAGAAATTCTATCCTTAATGTTGGAAGAGATCCAAGGAAGTCAGAATGTTCTGTTGCTAAATTCG
ATGTCACAGCAAGCCATGGTGGACAACTGCAAAGTCTTTCACTTGTGCAAGTGCCACTAATTGAGAAACGGCTGCAGGAGAAGTCTGATATGGCAATAAAGGAGTACTACAGTGTGAGAGACATGGATGAAGCTACTTTGTGTATGGATGAGCTCAACGCACCATGGTTTCACTCAAATATGGTGTCACAGTGGGTTACA
GATTCCTTTGACAGGAATGATAAAGAAAGAGATTTGCTTGCAAAGTTACTTATATATCTGTGCAACGAAAAGCCAAATTTGCTGAGTCACGAGCAACTCTTAACAGGACTGCAGACCTCATTATCTTCATTGGAAGATACTGTTGTCGATGCGCCCAGGGCACCTGAGTTCTTTGGTGTGATTCTTGGTAAACTTGTTTT
AGCAGGATTTCTTTCTCTTGTTGAATCTGCAAGGATTATTAAGGAAGGATGCTTGGTACCAGGGCATTTATCAGAAATAGGTCTCGCTTTAGATGTAATTACCAGTGTCTTGGAATTTGTAAAAGCAGAAAACGGGGAAGTTGCAATGACAGATATGTGTAGGACATCCGGATTACAATTGAAAGACTTTCTGCCTTGTG
ATAAGAAGCATGGGGAATTTAAGGATTTTCTTGAGAAGAAAAACTTACAATGTTTGTATCCAgtaagtattagaagacatctataatcaaaatgttatcgcatatgcgcccctgttaattttgtaatttttattattttatgatgtatgtgtcgtctattgctctatttccacatagTTAATTCCAGTTGAGAATCAAAT
AAGCGAGTTCCTTAAGCATGGTCAACCTGTGGAGCAGATTTTGAAATGGGTGGAGGTGCGTAAACTGTGTTATTAATTCCTACTTGTAAATTTGGTTTAGGTTTTGATGTTGTGTCCAATATATTTGCAATTTCCTATTGATATTTAACATCATTATTTCAGCGATTTAGCTGAATTCTTACTGTTCCTAGTTGTACCTC
TATTTGTCGTGCGTTTTCATTTTGACTCTCTCTGTCTCTCTCTTAATATTTTGTTTCGTGAATGGTACACAATGATATAGGGAGCTGCAAATTTTTGGCATATATTATTCTGCCTGTTTTAATTGCATTGTTTATCTTAGCTGGCACATTTCTGAAACTTTCAAGGCCATTTCCTAAAACTTTCATACTTGGCTAACCTT
ATTTCTCAAAGTAAAAATTTTTAGTTTCATATGTTATACTGTGCTTATATCAGAATTATGCCTTGTGTATTTGCTAATATGAAATGCTGCTTGTTTTTCAGTTTTATTATAAGCATTGTACCATGCTTATTTACGTCAGAATTATGCCTTCTGTGGCTGCTAAGATGAAATGTT
Intron 7 GTAAGTATTA ... ATGGGTGGAG
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| A4 | 52.03 | 59 | 38 | 90 |
| A5 | 57.58 | 21 | 28 | 29 |
| A6 | 50.65 | 152 | 110 | 202 |
| A7 | 48.43 | 197 | 144 | 226 |
| A8 | 52.89 | 232 | 162 | 359 |
| A9 | 51.98 | 158 | 120 | 222 |
| A10 | 48.47 | 126 | 96 | 141 |
>TRINITY_DN47094_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoformCAGCGATATATTTATTTGTGGTTTGTTTATTTGGATTCTTATATCATTCCTTCTTCTGGTCTTTCCTATTCCGCAATGATGAGCAAGGCAATATAACGAGCGTGCATGCATGTCGATGGAGTTTTGAGCTTGTGGCCGGGTTGCAGGATCCGTCATTAAAGTTGCAGAGAGAGAAGAGAAGAATTATTTATGTCCCTTCG
CCAAGCAAGAGGAGATTCTTCACACGCCAGAAAGGAGGGAAAAGCCGCCGGCGCTGGACACAACGCTAGGAAATCAGGAGGACCAGCTGCCAACGTAACTGCTAAGGGCGGTGGCGCACTTGGCGCCCCCCCACCGTCACCTTCTTCTTGTGCCTCGTCTTCGGCTTCCTTACCTCCAACCAGTCGTGGTGCTGCTAGGC
CAAATACACTTGCGGACCAGCCAAGGGAGAGTTCAAACAAAAATTCTGCAGGCAATAATGCCCAAAATGGCAGTGCCCAAAGCCATCATGGTTTACCACCGACACTAGGTGCTTCTGAGGAGGTCCACAGACCTGTATATGAGCAACCATTTACATTTCAGTTCGGCAGCATAAGTCCTGGGTTTGTGAATGGCTTGCAG
ATACCTGCTCGAACTAGCTCAGCACCTCCCAATCTCGATGAGCAGATTTGTCACCAGTCACGATATGACTCTACAAATGTTGCTTCTCTCAATAGACTGCCTATGGTTTCATCTGAACCACAAGCATATCACCAAAATCAAATACTGGAGTCTCAAGTTCAAGGGAGGAGATATTTACATGGTAGTGGACATCCAATATC
TCTGGTACAGCAGCGCCCTACTTCTGGTGGTGCAAGTCCTGTATTGTTTCAGCAGACCCAGTCTCCACCTATTGCAGTTCAGATGCAATATGCAGCACCAAGTTCACAACAATTGTTGGGTACTCCTCCACGACCACGACCATCATTACCACCACCTGCCTTGCGTTCACAGCAAGTGCTGATGCAGCAAGGGCAGCGTT
TGAATGCTCAACCACATATACTGCCACCTTCGCTAACTGGTATGCCTCAACATATTAATCCAATTGCCAGTCAGTTTTCATCTCAGCAATTACCACAGATAGTCCATCATGTGGGTACTCAAATGGGTATTCCCATTGGGACGAAGCGATTAGGTGGGATTTCTGGTACACCGTTTGGGTCTCCAGTGATGAATCAGTAT
AATCCTCCCCGTATCAATAGAGCTGTGAAGATTACTCATCCAGAGACTCATGAAGAGCTGAGGTTTGATTCCAGTGGTAAGAAATCTGAATCTTACATGGATAATGCTACCATGGCTTCTCCTTCAGGATCTGTCTGCTTGCCAGGGAGAACGGCAACTAATGGTTCTCCTCTGTCACGTCCTCCAGATGTTTCACACAC
TATGAACTTTTACCCTGTGCAGACTGGATCACATGGTCACCCTTCATCTACATTTTATCAGCCTCCAAAAAATTCAGTTCCACCCCAAAAGTGTAATTCTGTTCATCAATTTCCAGAGCAAATTGTTTCCACTGGAATGGGTGCACAACCCGTTGTTCCCAACCTTGGAGCTTCCAGGGCTTCTAGTACTGAGCTTTCAA
GGCCTATTGCTCATAATGGTGATGCAGTACCAGTTTCTCTGACAATGGGTGATGACATAACACAAACTCATTTCACAGCACCTTCAGAAAAGGATGTGTCTGGTACTTCATCCTCTACTTACACTCAAGAAACTCATTTGCTAAGCAGTGCAACTGACATGCCCCAAATTGGACCACTGGATTCATCTGAACAGCTTTTC
AGTCCAGATGATAGTGTTTCTTTGGAAGTTCAGAATGTTGAATCTTTGGGTTCATCATCATCTGTGGCAAATGAGGCATCAGCCCAGAGCTGTGACTTAGCAAAATCTGTTGTGGTCTCAGCTACTGATAACATCAAACACTCAGTGACATGCACAGCTGTCTCAGCACAGTCGGTGCCTGTTGTCGATATCGTTTCATC
CTGTGTTCCTGTTTCTGCTCCAAAACTAGGATCAAAAACCTCTGACCATGAAAATCCTAAAGGTGATTCTGTTAAGGCATCAGGTCCAACAACAAGGGAGCCTTCAAAAAAGAAAAATAAAAAGAAGAATCAACGAAAGGCATCTGCTACATTGAAATATGACAACTCAAGGGAAGCTTCAGTCTCTTCCTCTGAGTTGA
CTAGAAAGGTCAGCGAGAAGAGTTTAAAATTACCTAAAGAACCTGATTCTGTTTCTGCTGCCCCTATCTCAAGTCCTGGTGGTAATTCCTTGTCTGCTGTTGAAAGTCCATCAACTTTATACGAATCAGGCAGCTTAATGAATGATGTGAACTCATTAAATGAGGGACCCTCAACATTGCTAACCGAAAGGATTGTTGGA
ACCCCAGGACCTGTGTGCGAGTTTGTAGGAGATAGCTGTGAAGCAATTAATAAGCCTGTGGACTATCTAAGGTCTGTGAACATAGATCAATTCACTGCTTTTAATAAATTAGAATTAAGTAGCTCAGTACCTAGTCAAGAAAGTGTGGAATCAGATGCAACTGTCAGAGATTTTAAGATACAAAGCACAACTGATATCCC
GAGTGGGGATAATTTTTCTGTGAACAACTTAGATGCTGGCAACAAAGTTCCTGTAATCAAGAGTCAGGCTGTTCATCAATATGAAAGTGAAACCAAGGGTATTCATAACTCTATGTCATCTTCAACAGATCTGTCTTTGTTTGATGTGAATCATGGACAATCCAATGGCATTGTTAGTTATGTGGGAAGTTGTGAATCAA
ACAGTCTTCTTCAAAACTTACCCACGGCTGGGGAAATAAAGGGCGAGGAGTTATCTTCAGCTGTTGAGTTAAGCATGGCTCTTGATGAACCACATGGGAAACACTTGAGCTCAGATGCAAGTGTGTTTCCAGAGCCCTCTTTTCTAGCTTTGGATGAAGAATCAACACTACTTGAAGTCAATAGAAAGGAGAATAAGAAT
AGCACTGCAATTGCTGCGAGATTTAGACAAGGTGCTTCTCATCAACTCAAAGAAGTTGCACATGATACGGAGCTGCCTTCTGAATCTACTGGCATTTGCAGAGAAGCAATGGTTATGGATGCACAATTGCCCTTTTTAGCTACTGAAGTTAAAGCTAAGGAAGTATTATATGGTGTTGCAAAAAAAGGTAATGCTAATTT
AAGGGACAAGCGTATGAATATAAATCACACTACCATTGAAAAGAATGACAGTACCCTTTCTGTTACCAATCATCAGGCTGTAGCCACAGCCTCCATTGGGGCTGGAAATAAGCGGTCTGGTAGCAAGAAGAAGAAGAGGAAGGAATGTCTGGCCAAAGCTGATGCTTCCAGTTCATCTAGTGATTTGTATAATGCATACA
AGGCACCGGAAGAAAAGCGGAAAGATATTAGTTATCCAGATCCATCTACTGTAGCTTTTACCGTTGTTAATGAAAAAGCCTTGGTCAAGGACTCTGAGAAGGAAAGTCAGAAAGAGTTAGATGACTGGGAAGATGTAGCTGAACTTCCCACCCAAAACAAAGTGACACAGGAATGTGTCATGATATCTACTAATGCAATG
CAAATGGTTGTGCCAAAGGTGAAAAGCTTAGAAGATAGAAAGTACACGAGAGATTTCTTGTTAACATTTAGGGATCAGTTTAGAAATCCACCTCTTGAGTTTGAAGTTCCAGCTGACATAGTGGAACTCAACCCTTCTAGATTCACGAGCCACCCGGGTGAAATGCAGACAATACCAAACCTTGGAAGGGCTCTTGATTG
GCAGCTTAGTGGGGGTGTTCGACCTGAACGCATTGGAAACAATGTAGGAACTGATGATAAATGGAACAGATCAGGTGGATATTATCTGCAAGGGAAGGACACTCGGGTGGAAGTGAGCTCCGGGGGGCCTCCTGGTGGGTTTCGACCTGGGCAAGGTATGAATCCTGCTCTCATGAGAAATGTGCGTGGAGCACCAATGA
ACCCATTTGTTGCTACTTCTATTCCTGGTGGTCATTTGACACAAATGCATGTTCCTCCGAGTGGCTTTCCACCAAGGAATACTTTTGATGCTGATAGGTGGCAACGATCTCCTGCTTCCTCCCAGAAGGGCTTGTTTTCATCTCCACGTAATAATTTTCCTGTAATGCACAAAGCAGAGAACAAGTATGAAGTTGGTAAA
GTTTCTGATGAGGAACACTCAAAACAAAGACAAATTAAAGCAATTTTAAATAAATTAACACCTCAAAATTTTGATAAACTTTTTGTTCAGGTAAAAGAAGTCAATATTGATTCTGCCTTTACTCTTACGGGTGTGATATCTCAAATATTTGATAAAGCCTTAATGGAGCCGACATTTTGTGAGATGTATGCAAAGTTCTG
TGTCGATCTTGCTGCTGATTTACCTGAATTCAATGAAAATAATGAAAAAATTACTTTTAGGCGAGTCCTTCTGAACAATTGTCAGGAAGAATTTGAAAGGGGCGAAAGGGAACAAGCCGAAGCTGATAGGCCGGAAGAAGAAGGTGAGGTAAAGCTATCCAAAGAGGAAAGAGAAGTGAAAAGGATCAAAGCACGGAGGC
GAATGCTAGGAAACATACGGTTCATTGGTGAGCTCTACAAAATGAGCATGCTCACTGAAAGGATCATGCATGAGTGCATCAAAAAATTACTTGGGGAGTATCAGTATCCTGATGAAGAAGATGTTGAAGCACTCTGCAAACTGATGAGTACTATTGGTCACATGATTGACCGGCCAAAGGGTAGGGAGCACATTGATGCA
TATTTTGAGAGAATGACCAAATTGTCAAACGATCAGAAACTATCTTCCAGACTAAGGTTCCTGCTGAAGGATGTGATTGATCTCAGGAAAAATGGATGGCAACATAGGAGGAAGGTAGAGGGCCCCAAAAAAATTGAGGAAGTGCACAGAGATGCAGTTCAAGAACGACAAGCACAAGGTGGCCGCTCGAATCGTGGAAC
TGGCATGGGATCATCTGGCAGAAGGTTGCATACGCCACCTGATTATTGTTCACGTGGATCTGGATCCATGGTGTATTCTTCAGGTCAACCAATGGGTTCATCTCAGCAGATTCGGGGAGCACAGCCCCAGATGGGAATGCGTGGATTTGGTGGTCAAGATGTACGATTAGAAGACAGGCTTCCTTCAGAGAAGAGGTCAA
TGCAAATGCATTTAACACAGAGATCTGATGATGTTCCTATTGCGCTTACCCCCCAGGGAAGTCTTCCAAGGGGATTGACCCATAAGGGGCATCCTGCTTCACTCGGGCGGAGTACTTTAGCAGATGTCCCACCGGTTCTGCCTCTGGATAACAGACGAATAAACTTGGGCCATATGCCAGGTCACACTTTTAATGTGGAT
CTTCATCGATTTCCAGCAAGGGACGAAGTTCCAACAAAGACAGCTTCTGTATCAAAACCTCCAAATTCACCTGTGGAGCCTTCGCTCAAGAGAACAGTTAATCCAGAAAGAAATTCTATCCTTAATGTTGGAAGAGATCCAAGGAAGTCAGAATGTTCTGTTGCTAAATTCGATGTCACAGCAAGCCATGGTGGACAACT
GCAAAGTCTTTCACTTGTGCAAGTGCCACTAATTGAGAAACGGCTGCAGGAGAAGTCTGATATGGCAATAAAGGAGTACTACAGTGTGAGAGACATGGATGAAGCTACTTTGTGTATGGATGAGCTCAACGCACCATGGTTTCACTCAAATATGGTGTCACAGTGGGTTACAGATTCCTTTGACAGGAATGATAAAGAAA
GAGATTTGCTTGCAAAGTTACTTATATATCTGTGCAACGAAAAGCCAAATTTGCTGAGTCACGAGCAACTCTTAACAGGACTGCAGACCTCATTATCTTCATTGGAAGATACTGTTGTCGATGCGCCCAGGGCACCTGAGTTCTTTGGTGTGATTCTTGGTAAACTTGTTTTAGCAGGATTTCTTTCTCTTGTTGAATCT
GCAAGGATTATTAAGGAAGGATGCTTGGTACCAGGGCATTTATCAGAAATAGGTCTCGCTTTAGATGTAATTACCAGTGTCTTGGAATTTGTAAAAGCAGAAAACGGGGAAGTTGCAATGACAGATATGTGTAGGACATCCGGATTACAATTGAAAGACTTTCTGCCTTGTGATAAGAAGCATGGGGAATTTAAGGCTTT
TCTTGAGAAGAAAAACTTACAATGTTTGTATCCAATGAATGTTCCTCCTCCATTGCAGTCAGAGCCTGAATTTTTGCAGATGCTTGCCATTCAAGTCCTAAGACGCTGTGTACCTAGCTGCACTCTAGATTACGAGAAAGATTTGAAGGGAAAGCTAGTTCCTTATGCTCAACTTTTAAGACATTTTGCGCCAAGCAGGA
GCAAGCAAAGGCATTATATCACAGCAATCCAGTTATTTGCTAATGAATTAGACCATCCCGTGGGACTCATGACTGCTCTGTTTAATAATTTCTATGTCGACGAGGTAATATCAGAGGACACCTATTTTCGTTGGCAAGACGACGTTGAGGATACCACGCCTGGGAAAGCCCAGGCTATCCGAGAGGTTGAAAAATGGCTA
TCGTGTTTGACACAGGCTCCACAGAGTCAAAACTGACTTTCACTCGTCTGTGAACTTTGTGAGGCGGAACTGTTGTACATCAGAGAGAAATCCATGCCGGGACTTCTTTTTATTTGTTTGTGATTATTTAGCACAAAATCTGAATTTTTAGAAATTATATTTACTTCACTTGTCCCTTGATTATTGTGGCTTCCACAACA
GATTGAGTGCCAGTACAACTAACTGATTACAGATGTGGAAATAACACCGAACTTTGTAAGACTGACCATTTCTCTTGGGAGGCTAGCCCTTTGGATTTCACTATTTTATGTGAGCTCATCATTTTGGCCATCTTCTATCTTGCTAACCTTTTAAATTCAATGACTAATTTGATGGATATTCCTTGGTATATTACATGCAT
TTACTATTGTATTGTATAGTCTTTTC
>TRINITY_DN47094_c0_g1_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:CAGCGATATATTTATTTGTGGTTTGTTTATTTGGATTCTTATATCATTCCTTCTTCTGGTCTTTCCTATTCCGCAATGATGAGCAAGGCAATATAACGAGCGTGCATGCATGTCGATGGAGTTTTGAGCTTGTGGCCGGGTTGCAGGATCCGTCATTAAAGTTGCAGAGAGAGAAGAGAAGAATTATTTATGTCCCTTCG
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CAAATACACTTGCGGACCAGCCAAGGGAGAGTTCAAACAAAAATTCTGCAGGCAATAATGCCCAAAATGGCAGTGCCCAAAGCCATCATGGTTTACCACCGACACTAGGTGCTTCTGAGGAGGTCCACAGACCTGTATATGAGCAACCATTTACATTTCAGTTCGGCAGCATAAGTCCTGGGTTTGTGAATGGCTTGCAG
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TCTGGTACAGCAGCGCCCTACTTCTGGTGGTGCAAGTCCTGTATTGTTTCAGCAGACCCAGTCTCCACCTATTGCAGTTCAGATGCAATATGCAGCACCAAGTTCACAACAATTGTTGGGTACTCCTCCACGACCACGACCATCATTACCACCACCTGCCTTGCGTTCACAGCAAGTGCTGATGCAGCAAGGGCAGCGTT
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AATCCTCCCCGTATCAATAGAGCTGTGAAGATTACTCATCCAGAGACTCATGAAGAGCTGAGGTTTGATTCCAGTGGTAAGAAATCTGAATCTTACATGGATAATGCTACCATGGCTTCTCCTTCAGGATCTGTCTGCTTGCCAGGGAGAACGGCAACTAATGGTTCTCCTCTGTCACGTCCTCCAGATGTTTCACACAC
TATGAACTTTTACCCTGTGCAGACTGGATCACATGGTCACCCTTCATCTACATTTTATCAGCCTCCAAAAAATTCAGTTCCACCCCAAAAGTGTAATTCTGTTCATCAATTTCCAGAGCAAATTGTTTCCACTGGAATGGGTGCACAACCCGTTGTTCCCAACCTTGGAGCTTCCAGGGCTTCTAGTACTGAGCTTTCAA
GGCCTATTGCTCATAATGGTGATGCAGTACCAGTTTCTCTGACAATGGGTGATGACATAACACAAACTCATTTCACAGCACCTTCAGAAAAGGATGTGTCTGGTACTTCATCCTCTACTTACACTCAAGAAACTCATTTGCTAAGCAGTGCAACTGACATGCCCCAAATTGGACCACTGGATTCATCTGAACAGCTTTTC
AGTCCAGATGATAGTGTTTCTTTGGAAGTTCAGAATGTTGAATCTTTGGGTTCATCATCATCTGTGGCAAATGAGGCATCAGCCCAGAGCTGTGACTTAGCAAAATCTGTTGTGGTCTCAGCTACTGATAACATCAAACACTCAGTGACATGCACAGCTGTCTCAGCACAGTCGGTGCCTGTTGTCGATATCGTTTCATC
CTGTGTTCCTGTTTCTGCTCCAAAACTAGGATCAAAAACCTCTGACCATGAAAATCCTAAAGGTGATTCTGTTAAGGCATCAGGTCCAACAACAAGGGAGCCTTCAAAAAAGAAAAATAAAAAGAAGAATCAACGAAAGGCATCTGCTACATTGAAATATGACAACTCAAGGGAAGCTTCAGTCTCTTCCTCTGAGTTGA
CTAGAAAGGTCAGCGAGAAGAGTTTAAAATTACCTAAAGAACCTGATTCTGTTTCTGCTGCCCCTATCTCAAGTCCTGGTGGTAATTCCTTGTCTGCTGTTGAAAGTCCATCAACTTTATACGAATCAGGCAGCTTAATGAATGATGTGAACTCATTAAATGAGGGACCCTCAACATTGCTAACCGAAAGGATTGTTGGA
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GAGTGGGGATAATTTTTCTGTGAACAACTTAGATGCTGGCAACAAAGTTCCTGTAATCAAGAGTCAGGCTGTTCATCAATATGAAAGTGAAACCAAGGGTATTCATAACTCTATGTCATCTTCAACAGATCTGTCTTTGTTTGATGTGAATCATGGACAATCCAATGGCATTGTTAGTTATGTGGGAAGTTGTGAATCAA
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