NA ----> NA

Intron 1 GCTGGATATG ... ACACCCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.35	25	4	6
A2	8.33	22	0	2
A3	11.11	24	0	3
A4	15.22	39	0	7
A5	0	8	0	0
A6	9.09	40	0	4
A7	17.05	73	1	15
A8	7.25	64	0	5
A9	14.29	72	0	12
A10	10.23	79	0	9

>TRINITY_DN42334_c0_g4_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

TTTTAACTTGTTCGGATCTTTCGGGTATTTAACAAAATTGCGAAATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGTCCAAAATCAAATCATTAAAAA
GGACACGAAGTTCGGCTGAATTGTTGGTGAGGGAACCTAATCCCAAAACAAAGGTCTGACAGGGTCTATTGTTTTAAAGGATAGCCGCTTATCTGATATCCTTTCAGATCTCCAGGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTC
GTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAG

>TRINITY_DN42334_c0_g4_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTATTGATCCTTGTGGGTGCAGgctggatatgcctttggttgatgtacatagcaatgaacacacttggccatatatattcagaaagctgtagatttctgctgtaatcagtcttaccagatgcaagctttggaagggtcaaggcaattttgcagatcatagccctagccaacatgcagattcagcatatgagatcgggata
caagttacaaccactctactcccttgggtttcaacctcgtgacatagcttgagtgtcaaaccaggctcacaaatccaccgacaccctcagGTCCAAAATCAAATCATTAAAAAGGACACGAAGTTCGGCTGAATTGTTGGTGAGGGAACCTAATCCCAAAACAAAGGTCTGACAGGGTCTATTGTTTTAAAGGATAGCCG
CTTATCTGATATCCTTTCAGATCTCCAG

Intron 2 GTCTGACAGG ... AGATCTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.72	40	183	152
A2	76.04	52	170	160
A3	75	69	225	189
A4	77.78	47	189	140
A5	71.21	37	87	96
A6	69.59	92	218	203
A7	80.47	142	613	557
A8	73.75	126	371	337
A9	73.03	166	469	430
A10	74.84	175	533	508

>TRINITY_DN102200_c2_g1_i6 from sample A5 / Example spliced isoform

AAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTC
TGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGGATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGCATAACATTGCAAATGTTGCT
GCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGCTTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGATGAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATGCAATTCAAAAAATGGT
TTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTTTGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGATGGATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAAAGCACGAATAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATGGAAACAGTTTGAAGGGCCTTCAGT
ACATTGCAGACACAATTCAGTCAGGGACCATTGACAACACAAATGTAAAGGCTATTTTACAGAATGACATTACCGTCTCTCCATCCAAAACAATTCAAAAGGAGCCTTCAAATTAGAAAGATCACTTACGACAAGTATTATGCTAGTTTTAGTGAGCCTGTGTTCAAGGCTGGATTGATGATAGTAATATTTGCACAAGT
TACATTTTTCTAGTCTAGCTAAACAGCAGATAAATTAGTAGATAAGGAAATAAAGGGGATTTGAAGTTCATCACACCTTTCTGATGTTGTGAGCAGGATCATATGTATAAAAATTGATTCAATCTGGGTAGGATGATTTTAATGTTTTATTATAACATATTTTCTACTTTAGTGCTATGACTGGCATATCATCTAAAAGC
ACAAAGAGTCAACTGATAAAAACATTGAATGCCAATGATAGTTAGCATTTGAAAATCCCAAGGCTTTGTTTTACAGGCTTGTAAATTTGAACTGCTTAAGCCTACCATGCTGGATGTTTATAGGACAGATGGAGTTTCTTTGTTACTTTTATGTGGTATAACGTTGCATTCTGAAAAACATGCAAAATATTCGTTCCCAA
ATGGTTTTATTCAAG

>TRINITY_DN102200_c2_g1_i3 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGgtctgacagggtctattgttttaaaggatagccgcttatctgatatcctttcagatctccagGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGC
AGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGT
GGAAAGGATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGCATAACATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGCTTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGATGAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTA
TTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTTTGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGATGGATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAA
AGCACGAATAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATGGAAACAGTTTGAAGGTGCGCCTTCACCTATGAAACCAGAAATGCCCTCATAAATCTTATGAAACAGACTTGCATTTTTGGTTTTGGTTGTATTGTTTGATGCCTGAATTTGTTTAATAGTAAGAAACTGCTTTTGGATTTTTCTATAAAGTGGTGTATTTGT
GTTTATTTTTGACAGTTTAATGCATTGTCTGCAATATAGCAACTGGTC

Intron 3 GTACCTACTT ... ATGATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.04	183	16	3
A2	7.57	171	14	1
A3	10.36	225	26	4
A4	12.44	190	27	1
A5	7.45	87	7	0
A6	7.23	218	17	0
A7	3	615	19	0
A8	9.2	375	38	0
A9	6.39	469	32	3
A10	5.46	537	31	4

>TRINITY_DN107033_c1_g6_i9 from sample A3 / Example spliced isoform

TAACAAAATTGCGAAATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGTCTGACAGGGTCTATTGTTTTAAAGGATAGCCGCTTATCTGATATCCTTTC
AGATCTCCAGGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTG
CTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGGATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGCATAACATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGCTTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGATGAG
CAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTTTGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGATGG
ATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAAAGCACGAATAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATGGAAACAGTTTGAAGGTGCGCCTTCACCTATGAAACCAGAAATGCCCTCATAAATCTTATGAAACAG

>TRINITY_DN107033_c1_g6_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TAACAAAATTGCGAAATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGgtacctacttcaattctcatctccattctccacgttctttatttgccacggg
agcgatcatgattgtagGTCTGACAGGGTCTATTGTTTTAAAGGATAGCCGCTTATCTGATATCCTTTCAGATCTCCAGGTATTTTCTATATGAACTTGCAGAACTTGAAGGCTATTTACGATCGAATTAAGGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGT
AGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGGATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGC
ATAACATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGCTTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGATGAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATA
GATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTTTGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGATGGATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAAAGCACGAATAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATGGAAA
CAGTTTGAAGGGCCTTCAGTACATTGCAGACACAATTCAGTCAGGGACCATTGACAACACAAATGTAAAGGCTATTTTACAGAATGACATTACCGTCTCTCCATCCAAAACAATTCAAAAGGAGCCTTCAAATTAGAAAGATCACTTACGACAAGTATTATGCTAGTTTTAGTGAGCCTGTGTTCAAGGCTGGATTGATG
ATAGTAATATTTGCACAAGTTACATTTTTCTAGTCTAGTTAAACAGCAGATAAATTAGTAGATAAGGAAATCAAGGGGATTTGAAGTTCATCACACCTTTCTGATGTTGTGAGCAGGATCATATGTATAAAAATTGATTCAATCTGGGTAGGATGATTTTAATGTTTTATTATAACATATTTTCTACTTTAGTGCTATGA
CTGGCATATCATCTAAAAGCACAAAGAGTCAACTGATAAAAACATTGAATGCCAATGATAGTTAGCATTTGAAAATCCCAAGGCTTTGTTTTACAGGCTTGTAAATTTGAACTGCTTAAGCCTACCATGCTGGATGTTTATAGGACAGATGGAGTTTCTTTGTTACTTTAAAAAA

Intron 4 GCTGGATATG ... ATGTACATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.93	20	4	7
A2	0	13	0	0
A3	19.35	25	0	6
A4	0	20	0	0
A5	10.53	17	0	2
A6	7.69	36	0	3
A7	19.12	55	1	13
A8	4.17	46	0	2
A9	7.02	53	0	4
A10	10.42	43	0	5

>TRINITY_DN42334_c0_g4_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

TTTTAACTTGTTCGGATCTTTCGGGTATTTAACAAAATTGCGAAATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGCAATGAACACACTTGGCCATATA
TATTCAGAAAGCTGTAGATTTCTGCTGTAATCAGTCTTACCAGATGCAAGCTTTGGAAGGGTCAAGGCAATTTTGCAGATCATAGCCCTAGCCAACATGCAGATTCAGCATATGAGATCGGGATACAAGTTACAACCACTCTACTCCCTTGGGTTTCAACCTCGTGACATAGCTTGAGTGTCAAACCAGGCTCACAAATC
CACCGACACCCTCAGGTTTTTTTTGAAAAGGGTTACTGTAGCTTATTTGAGGTCTTCTAATTGAAGTCAATTGCAACAAGAATTTGTAGGTATTTTCTATATGAACTTGCAGAACTTGAAGGCTATTTACGATCGAATTAAGGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATT
CTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGTATGTTCTCCCCGACAATATAATGTC
CAAAGGAGTTCTGACTTGGATTTACTTGGTTTGCCTGTGTCATGCTAAGGGCCTTCTTGTTGCAGTTGTTTTAGTGCATGTTTGTTTGCAAGCTATTGCCTATCATCGAACCTACCATTGAGTGTAATATATCCAGAAAATTATTCTTGTAGAATATCCCTATGCGTTGAATACAAGTATGTTGACGGAGTGCAGAATGC
TTTACTTTTTTTAAGACAGCAGTTCAAATTATCATTAGGGAATTGATTTTGATATCTAGTATGATAATCAATTATAGTTTGTGTTTGGATTCTGACATGCAGTGTGGGCATGCAATCACACTCTGGTATTCATGGATTATTGGCAGATGTTACTACTGTGAAAACTTCTCTTATTGACTGAGTTCTATATTTTACAAGTC
ATAGTACAATATTGTTTAGTGCCAGTTCTCTTCTTGCGATTAGCTTAGAGATTAGTGTACCTGCTCACAGGAGCAGAGTAAATAAAAGGAAATATATTTATTGATTTCTATGATTG

>TRINITY_DN42334_c0_g4_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTATTGATCCTTGTGGGTGCAGgctggatatgcctttggttgatgtacatagCAATGAACACACTTGGCCATATATATTCAGAAAGCTGTAGATTTCTGCTGTAATCAGTCTTACCAGATGCAAGCTTTGGAAGGGTCAAGGCAATTTTGCAGATCATAGCCCTAGCCAACATGCAGATTCAGCATATGAGATCGGGATA
CAAGTTACAACCACTCTACTCCCTTGGGTTTCAACCTCGTGACATAGCTTGAGTGTCAAACCAGGCTCACAAATCCACCGACACCCTCAGGTCCAAAATCAAATCATTAAAAAGGACACGAAGTTCGGCTGAATTGTTGGTGAGGGAACCTAATCCCAAAACAAAGGTCTGACAGGGTCTATTGTTTTAAAGGATAGCCG
CTTATCTGATATCCTTTCAGATCTCCAG

Intron 5 GCTGGATATG ... CAAAACAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	2.66	183	4	5
A2	0.58	171	0	1
A3	0.44	225	0	1
A4	3.06	190	0	6
A5	0	87	0	0
A6	1.36	218	0	3
A7	3	615	1	19
A8	0.79	375	0	3
A9	1.88	469	0	9
A10	1.83	537	0	10

>TRINITY_DN42334_c0_g4_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

TTTTAACTTGTTCGGATCTTTCGGGTATTTAACAAAATTGCGAAATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGTCTGACAGGGTCTATTGTTTTA
AAGGATAGCCGCTTATCTGATATCCTTTCAGATCTCCAGGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGG
TAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGGATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGCATAACATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGC
TTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGATGAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTT
TGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGATGGATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAAAGCACGAATAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATGGAAACAGTTTGAAGGGCCTTCAGTACATTGCAGACACAATTCAGTCAGGGACCATTGACAACACAAATGTAAAGGCTATTTTACAGAATGACATTAC
CGTCTCTCCATCCAAAACAATTCAAAAGGAGCCTTCAAATTAGAAAGATCACTTACGACAAGTATTATGCTAGTTTTAGTGAGCATGTGTTCAAGGCTGGATTGATGATAGTAATATTTGCACAAGTTACATTTTTCTAGTCTAGTTAAACAGCAGATAAATTAGTAGATAAGGAAATCAAGGGGATTTGAAGTTCATCA
CACCTTTCTGATGTTGTGAGCAGGATCATATGTATAAAAATTGATTCAATCTGGGTAGGATGATTTTAATGTCTTATTATAATATATTTTCTACTTTAGTGCTATGACTGGCATATCATCTAAAAGCACAAAGAGTCAACTGATAAAAACATTGAATGCCAATGATAGTTAGCATTTGAAAATCCCAAGGCTTTGTTTTA
CAGGCTTGTAAATTTGAACTGCTTAAGCCTACCATGCTGGATGTTTATAGGACAGATGGAGTTTCTTTGTTACTTTTATGTGGTATAACGTTGCATTCTGAAAAACATGCAAAATATTCGTTCCCAA

>TRINITY_DN42334_c0_g4_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTATTGATCCTTGTGGGTGCAGgctggatatgcctttggttgatgtacatagcaatgaacacacttggccatatatattcagaaagctgtagatttctgctgtaatcagtcttaccagatgcaagctttggaagggtcaaggcaattttgcagatcatagccctagccaacatgcagattcagcatatgagatcgggata
caagttacaaccactctactcccttgggtttcaacctcgtgacatagcttgagtgtcaaaccaggctcacaaatccaccgacaccctcaggtccaaaatcaaatcattaaaaaggacacgaagttcggctgaattgttggtgagggaacctaatcccaaaacaaagGTCTGACAGGGTCTATTGTTTTAAAGGATAGCCG
CTTATCTGATATCCTTTCAGATCTCCAG

Intron 6 GTCCAAAATC ... TGGTATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.51	183	25	18
A2	10.24	171	20	19
A3	7.98	225	23	16
A4	10.38	190	34	10
A5	12.12	87	8	16
A6	10.66	218	37	15
A7	8.69	615	59	58
A8	12.08	375	61	42
A9	9.89	469	65	38
A10	8.98	537	65	41

>TRINITY_DN115334_c0_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GCAGTCTTTACTCTTTTTAGATTTTAACTTGTTCGGATCTTTCGGGTATTTAACAAAATTGCGAAATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGT
CTGACAGGGTCTATTGTTTTAAAGGATAGCCGCTTATCTGATATCCTTTCAGATCTCCAGGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAA
TGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTATGGTCTTCAGGGTTCTGTTTTGGGTCTGTCTAATTTATGAAGCATTAATCTGTGCTTGTAAAGAAAAGAGATCTGCATTCAGTTTTGAGTTTCTCAATGTATTGATTCACTAGCCGGGATCATCTTCAGGAGTTGTTATCTCTCTGTACTGTGAAAGAAAGCGTGATTTTTTCTCTC
AATTTGTTGTATTTACCATTTAAGCTCAAACTCTAAT

>TRINITY_DN115334_c0_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCAGTCTTTACTCTTTTTAGATTTTAACTTGTTCGGATCTTTCGGGTATTTAACAAAATTGCGAAATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGgt
ccaaaatcaaatcattaaaaaggacacgaagttcggctgaattgttggtgagggaacctaatcccaaaacaaaggtgaacaagaagttaccccctgggttccttatgagccctcttgcccatctctctctgttccctctggctgccttggccttctgtgaaaagttgttaccaataaaatgttgtggagttctaaaagaa
gtttcgcaagtattctagaattatgataattgtatttatatttgtaattgctatgttttatttttaataggttctttgcactggaattttaaatgcaacctgcactaactcattccaagcatgttgtttcttgtgtctacttggtatttagGTCTGACAGGGTCTATTGTTTTAAAGGATAGCCGCTTATCTGATATCCT
TTCAGATCTCCAGGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAG
TTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGGATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGCATAACATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGCTTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGAT
GAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTTTGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGA
TGGATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAAAGCACGAATAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATGGAAACAGTTTGAAGGGCCTTCAGTACATTGCAGACACAATTCAGTCAGGGACCATTGACAACACAAATGTAAAGGCTATTTTACAGAATGACATTACCGTCTCTCCATCCAAAACAATTCAAA
AGGAGCCTTCAAATTAGAAAGATCACTTACGACAAGTATTATGCTAGTTTTAGTGAGCATGTGTTCAAGGCTGGATTGATGATAGTAATATTTGCACAAGTTACATTTTTCTAGTCTAGCTAAACAGCAGATAAATTAGTAGATAAGGAAATCAAGGGGATTTGAAGTTCATCACACCTTTCTGATGTTGTGAGCAGGAT
CATATGTATAAAAATTGATTCAATCTGGGTAGGATGATTTTAATGTCTTATTATAATATATTTTCTACTTTAGTGCTATGACTGGCATATCATCTAAAAGCACAAAGAGTCAACTGATAAAAACATTGAATGCCAATGATAGTTAGCATTTGAAAATCCCAAGGCTTTGTTTTACAGGCTTGTAAATTTGAACTGCTTAA
GCCTACCATGCTGGATGTTTATAGGACAGATGGAGTTTCTTTGTTACTTTTATGTGGTATAACGTTGCATTCTGAAAAACATGCAAAATAT

Intron 7 GTAGGTGTTT ... GGATACTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.37	219.8	0	31
A2	7.08	223.1	0	17
A3	10.9	269.9	0	33
A4	13.19	157.9	0	24
A5	4.81	79.3	0	4
A6	10.02	466.9	0	52
A7	8.77	1040.1	0	100
A8	9.44	901.9	0	94
A9	8.34	933.6	0	85
A10	7.79	912.8	0	77

>TRINITY_DN35716_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

TTTAACTTGTTCGGATCTTTCGGGTATTTAACAAAATTGCGAAATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGTCTGACAGGGTCTATTGTTTTAA
AGGATAGCCGCTTATCTGATATCCTTTCAGATCTCCAGGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGT
AACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGGATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGCATAACATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGCT
TGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGATGAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTTT
GCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGATGGATCCATGC

>TRINITY_DN35716_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TCTTCAGTTCTTGCAgtaggtgtttgacaattatgattgtttgcgtgttatgtttcttgtgccgctgtaccttttgattgtaaaaattaccatcttctttaaactatcaaggttcagaagtttagtattttatttaatatacttaatggatacttagGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGCTTGAAAATGTGGATG
GAAAGCTAGATGAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTTTGCCAATTTGTGGGA
GGAATGAAAGATGGATCCATGC

Intron 8 GTATGTTCTC ... TAAATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.44	240	70	77
A2	24.29	201	56	73
A3	24.5	252.8	78	86
A4	22.9	170	38	63
A5	24.89	89	31	28
A6	26.32	336	85	155
A7	25	783.3	185	337
A8	26.36	653.8	152	316
A9	26.93	727	191	345
A10	25.31	705.3	153	325

>TRINITY_DN39457_c0_g3_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

AATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGGGTTACTGTAGCTTATTTGAGGTCTTCTAATTGAAGTCAATTGCAACAAGAATGTATTTTCTATA
TGAACTTGCAGAACTTGAAGGCTATTTACGATCGAATTAAGGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGT
GGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGGATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGCATAACATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAG
GCTTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGATGAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATC
TTTGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGATGGATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAAAGCACGAATAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATGGAAACAGTTTGAAGGGCCTTCAGTACATTGCAGACACAATTCAGTCAGGGACCATTGACAACACAAATGTAAAGGCTATTTTACAGAATGACATT
ACCGTCTCTCCATCCAAAACAATTCAAAAGGAGCCTTCAAATTAGAAAGATCACTTACGACAAGTATTATGCTAGTTTTAGTGAGCATGTGTTCAAGGCTGGATTGATGATAGTAATATTTGCACAAGTTACATTTTTCTAGTCTAGCTAAACAGCAGATAAATTAGTAGATAAGGAAATAAAGGGGATTTGAAGTTCAT
CACACCTTTCTGATGTTGTGAGCAGGATCATATGTATAAAAATTGATTCAATCTGGGTAGGATGATTTTAATGTCTTATTATAATATATTTTCTACTTTAGTGCTATGACTGGCATATCATCTAAAAGCACAAAGAGTCAACTGATAAAAACATTGAATGCCAATGATAGTTAGCATTTGAAAATCCCAAGGCTTTGTTT
TACAGGCTTGTAAATTTGAACTGCTTAAGCCTACCATGCTGGATGTTTATAGGACAGATGGAGTTTCTTTGTTACTTTTATGTGGTATAACGTTGCATTCTGAAAAACATGCAAAATATTCGTTCCCAAATGGTTTTATTCAAGGATTGATACCA

>TRINITY_DN39457_c0_g3_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGTCTGACAGGGTCTATTGTTTTAAAGGATAGCCGCTTATCTGATATCCTTTCAGATCTCCAGGGAC
TACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCC
ATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAgtatgttctccccgacaatataatgtccaaaggagttctgacttggatttacttggtttgcctgtgtcatgctaagggccttcttgttgcagttgttttagtgcatgtttgtttgcaagctattgcctatcatcgaacctaccattgagtgtaatatatccagaaaattattc
ttgtagagtatccctatgcgttgaatacaagtatgttgacggagtgcagaatgctttactttttttaagacagcagttcaaattatcattagggaattgattttgatatctagtatgataatcaattatagtttgtgtttggattctgacatgcagtgtgggcatgcaatcacactctggtattcatggattattggcag
atgttactactgtgaaaacttctcttattgactgagttctatattttacaagtcatagtacaatattgtttagtgccagttctcttcttgcgattagcttagagattagtgtacctgctcacaggagcagagtaaataaaaggaaatatatttattgatttctatgattgctcaatcttataatttgtctaaatggcagG
GATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGCATAACATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGCTTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGATGAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAG
GTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTTTGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGATGGATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAAAGCACG
AATAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATGGAAACAGTTTGAAGGGCCTTCAGTACATTGCAGACACAATTCAGTCAGGGACCATTGACAACACAAATGTAAAGGCTATTTTACAGAATGACATTACCGTCTCTCCATCCAAAACAATTCAAAAGGAGCCTTCAAATTAGAAAGATCACTTACGACAAGTATTATGCT
AGTTTTAGTGAGCATGTGTTCAAGGCTGGATTGATGATAGTAATATTTGCACAAGTTACATTTTTCTAGTCTAGCTAAACAGCAGATAAATTAGTAGATAAGGAAATAAAGGGGATTTGAAGTTCATCACACCTTTCTGATGTTGTGAGCAGGATCATATGTATAAAAATTGATTCAATCTGGGTAGGATGATTTTAATG
TCTTATTATAATATATTTTCTACTTTAGTGCTATGACTGGCATATCATCTAAAAGCACAAAGAGTCAACTGATAAAAACATTGAATGCCAATGATAGTTAGCATTTGAAAATCCCAAGGCTTTGTTTTACAGGCTTGTAAATTTGAACTGCTTAAGCCTACCATGCTGGATGTTTATAGGACAGATGGAGTTTCTTTGTT
ACTTTTATGTGGTATAACGTTGCATTCTGAAAAACATGCAAAATATTCGTTCCCAAATGGTTTTATTCAAGGATTGATACCA

Intron 9 GTATTTTCTA ... TCGAATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.67	88	28.6	21.7
A2	19.85	89.7	26.7	22.4
A3	23.66	107.2	26.7	36.4
A4	19.26	69.2	21.3	16
A5	27.59	61.4	11.6	25.1
A6	23.35	147.8	30.5	49.1
A7	20.94	304.6	83.1	82.5
A8	22.62	205.5	47.3	64.9
A9	22.83	273.8	77.5	86.5
A10	22.52	305.5	67.3	94.3

>TRINITY_DN115334_c0_g2_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

GCAGTCTTTACTCTTTTTAGATTTTAACTTGTTCGGATCTTTCGGGTATTTAACAAAATTGCGAAATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGT
CCAAAATCAAATCATTAAAAAGGACACGAAGTTCGGCTGAATTGTTGGTGAGGGAACCTAATCCCAAAACAAAGGGGTTACTGTAGCTTATTTGAGGTCTTCTAATTGAAGTCAATTGCAACAAGAATGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCT
TCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGGATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGCATAA
CATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGCTTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGATGAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATG
CAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTTTGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGATGGATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAAAGCACGAATAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATGGAAACAGT
TTGAAGGGCCTTCAGTACATTGCAGACACAATTCAGTCAGGGACCATTGACAACACAAATGTAAAGGCTATTTTACAGAATGACATTACCGTCTCTCCATCCAAAACAATTCAAAAGGAGCCTTCAAATTAGAAAGATCACTTACGACAAGTATTATGCTAGTTTTAGTGAGCATGTGTTCAAGGCTGGATTGATGATAG
TAATATTTGCACAAGTTACATTTTTCTAGTCTAGCTAAACAGCAGATAAATTAGTAGATAAGGAAATCAAGGGGATTTGAAGTTCATCACACCTTTCTGATGTTGTGAGCAGGATCATATGTATAAAAATTGATTCAATCTGGGTAGGATGATTTTAATGTCTTATTATAATATATTTTCTACTTTAGTGCTATGACTGG
CATATCATCTAAAAGCACAAAGAGTCAACTGATAAAAACATTGAATGCCAATGATAGTTAGCATTTGAAAATCCCAAGGCTTTGTTTTACAGGCTTGTAAATTTGAACTGCTTAAGCCTACCATGCTGGATGTTTATAGGACAGATGGAGTTTCTTTGTTACTTTTATGTGGTATAACGTTGCATTCTGAAAAACATGCA
AAATAT

>TRINITY_DN115334_c0_g2_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCAGTCTTTACTCTTTTTAGATTTTAACTTGTTCGGATCTTTCGGGTATTTAACAAAATTGCGAAATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGG
GTTACTGTAGCTTATTTGAGGTCTTCTAATTGAAGTCAATTGCAACAAGAATgtattttctatatgaacttgcagaacttgaaggctatttacgatcgaattaagGGACTACTGAGGAAGCAG

Intron 10 GTCCAAAATC ... CAAAACAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.13	141.9	23.8	13.4
A2	15.15	131	20.7	11.9
A3	17.14	159.7	22.6	13.2
A4	25.67	136.8	35.7	18.7
A5	14.15	62.6	7.6	12.4
A6	19.52	168.8	36.9	21.3
A7	15.7	445.6	64.3	64.7
A8	19.56	280.6	59	32.8
A9	17.86	358.6	67.2	39.9
A10	18.94	389.1	71.1	52.7

>TRINITY_DN120279_c0_g3_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

AAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGGGTTACTGTAGCTTATTTGAGGTCTTCTAATTGAAGTCAATTGCAACAAGAATGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAAT
CATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGGA
TGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGCATAACATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGCTTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGATGAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGT
GCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTTTGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGATGGATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAAAGCACGAA
TAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATGGAAACAGTTTGAAGGGCCTTCAGTACATTGCAGACACAATTCAGTCAGGGACCATTGACAACACAAATGTAAAGGCTATTTTACAGAATGACATTACCGTCTCTCCATCCAAAACAATTCAAAAGGAGCCTTCAAATTAGAAAGATCACTTACGACAAGTATTATGCTAG
TTTTAGTGAGCCTGTGTTCAAGGCTGGATTGATGATAGTAATATTTGCACAAGTTACATTTTTCTAGTCTAGTTAAACAGCAGATAAATTAGTAGATAAGGAAATCAAGGGGATTTGAAGTTCATCACACCTTTCTGATGTTGTGAGCAGGATCATATGTATAAAAATTGATTCAATCTGGGTAGGATGATTTTAATGTT
TTATTATAACATATTTTCTACTTTAGTGCTATGACTGGCATATCATCTAAAAGCACAAAGAGTCAACTGATAAAAACATTGAATGCCAATGATAGTTAGCATTTGAAAATCCCAAGGCTTTGTTTTACAGGCTTGTAAATTTGAACTGCTTAAGCCTACCATGCTGGATGTTTATAGGACAGATGGAGTTTCTATGTTAC
TTTTATGTGGTATAACGTTGCATTCTGAAAAACATGCAAAATATTCGTTCCCAAATGGTTTTATTCAAGGATTGATACCAACTTCAATTAATTATTGTTAGCACACTTTTTCACCCCAGTCAAATCTGATATAGGCTTA

>TRINITY_DN120279_c0_g3_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGgtccaaaatcaaatcattaaaaaggacacgaagttcggctgaattgttggtgagggaacctaatcccaaaacaaagGGGTTACTGTAG
CTTATTTGAGGTCTTCTAATTGAAGTCAATTGCAACAAGAATGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAG
TGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGGATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGCATAACATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGA
GGCTTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGATGAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTAT
CTTTGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGATGGATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAAAGCACGAATAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATGGAAACAGTTTGAAGGGCCTTCAGTACATTGCAGACACAATTCAGTCAGGGACCATTGACAACACAAATGTAAAGGCTATTTTACAGAATGACAT
TACCGTCTCTCCATCCAAAACAATTCAAAAGGAGCCTTCAAATTAGAAAGATCACTTACGACAAGTATTATGCTAGTTTTAGTGAGCCTGTGTTCAAGGCTGGATTGATGATAGTAATATTTGCACAAGTTACATTTTTCTAGTCTAGTTAAACAGCAGATAAATTAGTAGATAAGGAAATCAAGGGGATTTGAAGTTCA
TCACACCTTTCTGATGTTGTGAGCAGGATCATATGTATAAAAATTGATTCAATCTGGGTAGGATGATTTTAATGTTTTATTATAACATATTTTCTACTTTAGTGCTATGACTGGCATATCATCTAAAAGCACAAAGAGTCAACTGATAAAAACATTGAATGCCAATGATAGTTAGCATTTGAAAATCCCAAGGCTTTGTT
TTACAGGCTTGTAAATTTGAACTGCTTAAGCCTACCATGCTGGATGTTTATAGGACAGATGGAGTTTCTATGTTACTTTTATGTGGTATAACGTTGCATTCTGAAAAACATGCAAAATATTCGTTCCCAAATGGTTTTATTCAAGGATTGATACCAACTTCAATTAATTATTGTTAGCACACTTTTTCACCCCAGTCAAA
TCTGATATAGGCTTA

Intron 11 GTGAACAAGA ... TGGTATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.43	17	4	18
A2	52.78	17	2	19
A3	47.06	18	3	16
A4	30.3	23	5	10
A5	48.48	17	7	16
A6	37.5	25	7	15
A7	40.56	85	12	58
A8	49.41	43	3	42
A9	42.7	51	6	38
A10	40.2	61	10	41

>TRINITY_DN115334_c0_g2_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

GCAGTCTTTACTCTTTTTAGATTTTAACTTGTTCGGATCTTTCGGGTATTTAACAAAATTGCGAAATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGT
CCAAAATCAAATCATTAAAAAGGACACGAAGTTCGGCTGAATTGTTGGTGAGGGAACCTAATCCCAAAACAAAGGTCTGACAGGGTCTATTGTTTTAAAGGATAGCCGCTTATCTGATATCCTTTCAGATCTCCAGGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTG
CTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAGTTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGGATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACC
AGGCATAACATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGCTTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGATGAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGA
CATAGATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTTTGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGATGGATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAAAGCACGAATAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATG
GAAACAGTTTGAAGGGCCTTCAGTACATTGCAGACACAATTCAGTCAGGGACCATTGACAACACAAATGTAAAGGCTATTTTACAGAATGACATTACCGTCTCTCCATCCAAAACAATTCAAAAGGAGCCTTCAAATTAGAAAGATCACTTACGACAAGTATTATGCTAGTTTTAGTGAGCATGTGTTCAAGGCTGGATT
GATGATAGTAATATTTGCACAAGTTACATTTTTCTAGTCTAGCTAAACAGCAGATAAATTAGTAGATAAGGAAATCAAGGGGATTTGAAGTTCATCACACCTTTCTGATGTTGTGAGCAGGATCATATGTATAAAAATTGATTCAATCTGGGTAGGATGATTTTAATGTCTTATTATAATATATTTTCTACTTTAGTGCT
ATGACTGGCATATCATCTAAAAGCACAAAGAGTCAACTGATAAAAACATTGAATGCCAATGATAGTTAGCATTTGAAAATCCCAAGGCTTTGTTTTACAGGCTTGTAAATTTGAACTGCTTAAGCCTACCATGCTGGATGTTTATAGGACAGATGGAGTTTCTTTGTTACTTTTATGTGGTATAACGTTGCATTCTGAAA
AACATGCAAAATAT

>TRINITY_DN115334_c0_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCAGTCTTTACTCTTTTTAGATTTTAACTTGTTCGGATCTTTCGGGTATTTAACAAAATTGCGAAATTTACAAAAGTAAGTGTTCAAAACTGTTTACAGACATAGACGGGTCACGGAGGGAGTAATTTTTTGATACATCCACAGGCGGCTGGAGGCGAGCGACGATGGCTACCAGACTATTGATCCTTGTGGGTGCAGGT
CCAAAATCAAATCATTAAAAAGGACACGAAGTTCGGCTGAATTGTTGGTGAGGGAACCTAATCCCAAAACAAAGgtgaacaagaagttaccccctgggttccttatgagccctcttgcccatctctctctgttccctctggctgccttggccttctgtgaaaagttgttaccaataaaatgttgtggagttctaaaagaa
gtttcgcaagtattctagaattatgataattgtatttatatttgtaattgctatgttttatttttaataggttctttgcactggaattttaaatgcaacctgcactaactcattccaagcatgttgtttcttgtgtctacttggtatttagGTCTGACAGGGTCTATTGTTTTAAAGGATAGCCGCTTATCTGATATCCT
TTCAGATCTCCAGGGACTACTGAGGAAGCAGGCAGCTGCAGGAGAATCATCAAATAGTGGTTCAGATAATTCTGCTGCTGTAGCTTCTCAGGTGCGTCGTCTGGCACAGGAAGTAAGAGAGCTGGCTGCATCGAGATCAATCACAGTTCTTAATGGGAGCTCTGGTCAAAGTGGTAACCTGTCAGGTCTAGTAGTGCCAG
TTGCTGCACTGGGGGCCATGGGCTACGCCTATATGTGGTGGAAAGGATGGTCCTTCTCAGATTGGATGTATGTAACCAGGCATAACATTGCAAATGTTGCTGCAAGCTTTAACAAACAGTTGGATAATGTTTCTTCAGTTCTTGCAGCGACAAAGAGGCACTTGACCCAGAGGCTTGAAAATGTGGATGGAAAGCTAGAT
GAGCAAAAGGAAATATCAAAATTAATCAAGGATGAGGTATTTGAGGTGCGTGGAGACCTTACACAGATTGGTTTTGACATAGATGCAATTCAAAAAATGGTTTCTGGCTTGGAGGGGAAGATTGTTACATTAGAAGATAAACAGGATTTTGCAAATGCCGGTGTATGGTATCTTTGCCAATTTGTGGGAGGAATGAAAGA
TGGATCCATGCCACAATTTATACAGGACTTTCCAGCAAAAGCACGAATAGAACGTCCAGCCCCTCAGTTCGCTGATGGAAACAGTTTGAAGGGCCTTCAGTACATTGCAGACACAATTCAGTCAGGGACCATTGACAACACAAATGTAAAGGCTATTTTACAGAATGACATTACCGTCTCTCCATCCAAAACAATTCAAA
AGGAGCCTTCAAATTAGAAAGATCACTTACGACAAGTATTATGCTAGTTTTAGTGAGCATGTGTTCAAGGCTGGATTGATGATAGTAATATTTGCACAAGTTACATTTTTCTAGTCTAGCTAAACAGCAGATAAATTAGTAGATAAGGAAATCAAGGGGATTTGAAGTTCATCACACCTTTCTGATGTTGTGAGCAGGAT
CATATGTATAAAAATTGATTCAATCTGGGTAGGATGATTTTAATGTCTTATTATAATATATTTTCTACTTTAGTGCTATGACTGGCATATCATCTAAAAGCACAAAGAGTCAACTGATAAAAACATTGAATGCCAATGATAGTTAGCATTTGAAAATCCCAAGGCTTTGTTTTACAGGCTTGTAAATTTGAACTGCTTAA
GCCTACCATGCTGGATGTTTATAGGACAGATGGAGTTTCTTTGTTACTTTTATGTGGTATAACGTTGCATTCTGAAAAACATGCAAAATAT