NA ----> NA

Intron 1 GTAAGGCATT ... TTACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32	17	4	12
A2	25.99	8.6	2	4
A3	56.52	5	5	8
A4	34.68	12.1	6.8	6
A5	0	2	0	0
A6	22.46	36.1	3.7	17
A7	19.83	35.8	9.7	8
A8	18.54	33.4	6.1	9
A9	22.96	20.8	4.3	8
A10	28.14	13.9	3.8	7

>TRINITY_DN109015_c4_g2_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

TTGAAAACTCTGGCTCTTCAAAAACTGTTTCTATATTCACTTGGTTTTGGGCTTTGTTTTCTCTGTGGCCTATGGTATGTTTTTTTCCATCTCCATCTCTAGTTAAGATTTCTTCGACGGAGGACACACGGTATCATTCTGCAATAATCTTTTTGTTTTATGAGAATCTCTTGTTTTTTGTTACTCGGTTGTTACTTGTT
ATTGTAAGTGGCATTTTGGAGTATTCCTGTGGATGATAATATTGAGAGTTCAATCCTTCCCCCAAAAGATCATGGACAGCGATGTCGGTATTTAGGTGAGTGGTTGATTTTCCTTTGCCCTTTTTAAACGTGGAAAGATCCACTTAATTTCTTGTCGTTGATCGATCGGTACTCCTCTGTCGCTTCCCACTCTGACAACA
AGTTGTTTCATAGACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGGTTCAAGCTTATGAACAGAATATATTGCGAATTTAAATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCACCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATT
GCTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGATGAATCTGGGATCGACATTCGGAAAATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAAGTGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTT
CAATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTCGCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGGATGTCAAACAATTTCCAGTTTTCGTTGATGTTAAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAGACAATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTACTTTTGAGTAGTGTATTACA
CCTCTGTCTAACCCAAGATTTTTGTTATATTGGCGATTTGGTTTCAATTACCGACAGCCATCTATCA

>TRINITY_DN109015_c4_g2_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTGAAAACTCTGGCTCTTCAAAAACTGTTTCTATATTCACTTGGTTTTGCGCTTTGTTTTCTCTGTGGCCTGTGCATTTTGGAGTATTCCTGTGGATGATAATATTGAGAGTTCAATCCTTCCCCCGAAAGATCATGGACAGCACATGGAAAGATCCACTTAATTGCTTGTCGTTGATCGATCGGTACTCCTCTGTCGCT
TCCCACTCTGACAACAAGTTGTTTCATAGACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGgtaaggcattatattatactagacatttagaggtttaagtaccattgttttgtattttgttaattccatggttttacatgcagGTTCAAGCTTATGAACAGAATATATTGCGAA
TTTAAATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCACCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTGCTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGATGAATCTGGGATCGACATTC
GGAAAATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAAGTGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTCAATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTCGCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGGATGTCAAACAATTTCCAGTT
TTCGTTGATGTTAAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAGACAATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTACTTTTGAGTAGTGTATTACACCTCTGTCTAACCCAAGATTTTTGTTATATTGGCGATTTGGTTTCAATTACCGACAGCCATCTATCA

Intron 2 GTGAGTGGTT ... TGTTTCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.18	7	7	23
A2	65.52	5	4	15
A3	85.71	1	7	5
A4	40.74	8	1	10
A5	57.14	3	2	6
A6	53.12	15	8	26
A7	53.62	32	25	49
A8	66.97	18	31	42
A9	56.86	11	8	21
A10	35.59	19	7	14

>TRINITY_DN42048_c0_g1_i4 from sample A10 / Example spliced isoform

ATTGAAAACCCTGGCTCTTCAAAAACTGTTTCTATATTCACTTGGTTTTGGGCTTTGTTTTCTCTGTGGCCTATGGTATGTTTTTTTCCATCTCCATCTCTAGTTAAGATTTCTTCGACGGAGGACACACGGTATCATTCTGCAATAATCTTTTTGTTTTATGAGAATCTCTTGTTTTTTGTTACTCGGTTGTTACTTGT
TATTGTAAGTGGCATTTTGGAGTATTCCTGTGGATGATAATATTGAGAGTTCAATCCTTCCCCCAAAAGATCATGGACAGCGATGTCGGTATTTAGACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGGTTCAAGCTTATGAACAGAATATATTGCGAATTTAAATCATATTGGA
GAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCACCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTGCTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGATGAATCTGGGATCGACATTCGGAAAATGTATTAAAC
TTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAAGTGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTCAATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTCGCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGGATGTCAAACAATTTCCAGTTTTCGTTGATGTTAAGT
ATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAGACAATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTACTTTTGAGTAGTGTATTACACCTCTGTCTAACCCAAGATTTTTGTTATATTGGCGATTTGGTTTCAATTACCGACAGCCATCTATCATTCACCTCTATTGGAGATAAAAAAAATTAATCGTTG

>TRINITY_DN42048_c0_g1_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:

ATTGAAAACCCTGGCTCTTCAAAAACTGTTTCTATATTCACTTGGTTTTGGGCTTTGTTTTCTCTGTGGCCTATGGTATGTTTTTTTCCATCTCCATCTCTGGTTAAGATTTCTTCGATGGAGGACACACGCATTTTGGAGTATTCCTGTGGATGATAATATTGAGAGTTCAATCCTTCCCCCGAAAGATCATGGACAGC
GATGTCGGTATTTAGgtgagtggttgatttcctttgcccttttcagacatggaaagatccacttaattgcttgtcgttgatcgatcggtactcctctgtcgcttcccactctgacaacaagttgtttcatagACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGGTTCAAGCTTA
TGAACAGAATATATTGCGAATTTAAATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCACCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTGCTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGA
TGAATCTGGGATCGACATTCGGAAAATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAAGTGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTCAATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTCGCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGG
ATGTCAAACAATTTCCAGTTTTCGTTGATGTTAAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAGACAATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTACTTTTGAGTAGTGTATTACACCTCTGTCTAACCCAAGATTTTTGTTATATTGGCGATTTGGTTTCAATTACCGACAGCCATCTATCATTCACCTCTATTGG
AGATAAAAAAAATTAATCGTTG

Intron 3 GTATCATTCT ... ATGAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	7	19	9
A2	86.67	1	13	0
A3	58.33	5	8	6
A4	60	2	4	2
A5	50	2	2	2
A6	54.84	14	26	8
A7	56.7	21	42	13
A8	56.63	18	26	21
A9	55.1	11	21	6
A10	58.33	10	25	3

>TRINITY_DN42180_c0_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

ATTGAAAACCCTGGCTCTTCAAAAACTGTTTCTATATTCACTTGGTTTTGGGCTTTGTTTTCTCTGTGGCCTATGGTATGTTTTTTTCCATCTCCATCTCTAGTTAAGATTTCTTCGACGGAGGACACACGGATGTCGGTATTTAGGTGAGTGGTTGATTTTCCTTTGCCCTTTTTAAACGTGGAAAGATCCACTTAATT
TCTTGTCGTTGATCGATCGGTACTCCTCTGTCGCTTCCCACTCTGACAACAAGTTGTTTCATAGACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGGTTCAAGCTTATGAACAGAATATATTGCGAATTTAAATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCA
CCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTGCTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGATGAATCTGGGATCGACATTCGGAAAATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAAG
TGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTCAATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTCGCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGGATGTCAAACAATTTCCAGTTTTCGTTGATGTTAAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAGACA
ATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTACTTTTGAGTAGTGTATTACACCTCTGTCTAATCCAAGATTTTTGTTATATTGGCGATTTGGTTTCAATTACCGACAGCCATCTATCATTCACCTCTATTGGAGATAAAAAAAATTAATCGTTGG

>TRINITY_DN42180_c0_g2_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATTGAAAACCCTGGCTCTTCAAAAACTGTTTCTATATTCACTTGGTTTTGGGCTTTGTTTTCTCTGTGGCCTATGGTATGTTTTTTTCCATCTCCATCTCTAGTTAAGATTTCTTCGACGGAGGACACACGgtatcattctgcaataatctttttgttttatgagaatctcttgttttttgttactcggttgttacttgt
tattgtaagtggcattttggagtattcctgtggatgataatattgagagttcaatccttcccccaaaagatcatggacagcgtaaggagcttgactcacaaacccagtgtgaatcgaaacaagttattttcgttttacatagttattgttgattacatatatgaatcatttgttattatgaatgcagGATGTCGGTATTT
AGGTGAGTGGTTGATTTTCCTTTGCCCTTTTTAAACGTGGAAAGATCCACTTAATTTCTTGTCGTTGATCGATCGGTACTCCTCTGTCGCTTCCCACTCTGACAACAAGTTGTTTCATAGACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGGTTCAAGCTTATGAACAGAATAT
ATTGCGAATTTAAATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCACCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTGCTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGATGAATCTGGGAT
CGACATTCGGAAAATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAAGTGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTCAATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTCGCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGGATGTCAAACAAT
TTCCAGTTTTCGTTGATGTTAAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAGACAATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTACTTTTGAGTAGTGTATTACACCTCTGTCTAATCCAAGATTTTTGTTATATTGGCGATTTGGTTTCAATTACCGACAGCCATCTATCATTCACCTCTATTGGAGATAAAAAAAA
TTAATCGTTGG

Intron 4 GTAAGGCATT ... TTACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.38	17	3	12
A2	31.79	8.6	0	4
A3	44.44	5	1	4
A4	24.79	12.2	1	4
A5	0	2	0	0
A6	32.06	36.4	0	17
A7	18.24	36	1	8
A8	21.23	33.6	0	9
A9	27.79	21	0	8
A10	30.38	13.8	2	6

>TRINITY_DN42180_c0_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

ATTGAAAACCCTGGCTCTTCAAAAACTGTTTCTATATTCACTTGGTTTTGGGCTTTGTTTTCTCTGTGGCCTATGGTATGTTTTTTTCCATCTCCATCTCTAGTTAAGATTTCTTCGACGGAGGACACACGGATGTCGGTATTTAGGTGAGTGGTTGATTTTCCTTTGCCCTTTTTAAACGTGGAAAGATCCACTTAATT
TCTTGTCGTTGATCGATCGGTACTCCTCTGTCGCTTCCCACTCTGACAACAAGTTGTTTCATAGACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGGTTCAAGCTTATGAACAGAATATATTGCGAATTTAAATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCA
CCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTGCTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGATGAATCTGGGATCGACATTCGGAAAATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAAG
TGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTCAATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTCGCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGGATGTCAAACAATTTCCAGTTTTCGTTGATGTTAAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAGACA
ATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTACTTTTGAGTAGTGTATTACACCTCTGTCTAATCCAAGATTTTTGTTATATTGGCGATTTGGTTTCAATTACCGACAGCCATCTATCATTCACCTCTATTGGAGATAAAAAAAATTAATCGTTGG

>TRINITY_DN42180_c0_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAACTCGGATCAACAAATTTGgtaaggcattatattatactagacatttagaggtttaagtaccattgttttgtattttgtttccatggttttacatgcagGTTCAAGCTTATGAACAGAATATATTGCGAATTTAAATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCACCGCGCCAATACCCGGGACG
AGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTGCTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGATGAATCTGGGATCGACATTCGGAAAATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAAGTGCCGAGCCTCCAAATTCTC
TTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTCAATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTCGCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGGATGTCAAACAATTTCCAGTTTTCGTTGATGTTAAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAGACAATTCTAATTATAAATTTGAA
TGATCTCCCTACTTTTGAGTAGTGTATTACACCTCTGTCTAATCCAAGATTTTTGTTATATTGGCGATTTGGTTTCAATTACCGACAGCCATCTATCATTCACCTCTATTGGAGATAAAAAAAATTAATCGTTGG

Intron 5 GTATGTTTTT ... ATGAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	91.3	1	12	9
A2	71.43	1	5	0
A3	73.33	2	5	6
A4	45.45	3	3	2
A5	50	2	2	2
A6	78.95	4	22	8
A7	71.43	7	22	13
A8	75.86	7	23	21
A9	69.7	5	17	6
A10	80	3	21	3

>TRINITY_DN42180_c0_g2_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

ATTGAAAACCCTGGCTCTTCAAAAACTGTTTCTATATTCACTTGGTTTTGGGCTTTGTTTTCTCTGTGGCCTATGGATGTCGGTATTTAGGTGAGTGGTTGATTTTCCTTTGCCCTTTTTAAACGTGGAAAGATCCACTTAATTTCTTGTCGTTGATCGATCGGTACTCCTCTGTCGCTTCCCACTCTGACAACAAGTTG
TTTCATAGACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGGTTCAAGCTTATGAACAGAATATATTGCGAATTTAAATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCACCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTGCTCA
GTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGATGAATCTGGGATCGACATTCGGAAAATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAAGTGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTCAATG
TGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTCGCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGGATGTCAAACAATTTCCAGTTTTCGTTGATGTTAAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAGACAATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTACTTTTGAGTAGTGTATTACACCTCT
GTCTAATCCAAGATTTTTGTTATATTGGCGATTTGGTTTCAATTACCGACAGCCATCTATCATTCACCTCTATTGGAGATAAAAAAAATTAATCGTTGG

>TRINITY_DN42180_c0_g2_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATTGAAAACCCTGGCTCTTCAAAAACTGTTTCTATATTCACTTGGTTTTGGGCTTTGTTTTCTCTGTGGCCTATGgtatgtttttttccatctccatctctagttaagatttcttcgacggaggacacacggtatcattctgcaataatctttttgttttatgagaatctcttgttttttgttactcggttgttacttgt
tattgtaagtggcattttggagtattcctgtggatgataatattgagagttcaatccttcccccaaaagatcatggacagcgtaaggagcttgactcacaaacccagtgtgaatcgaaacaagttattttcgttttacatagttattgttgattacatatatgaatcatttgttattatgaatgcagGATGTCGGTATTT
AGGTGAGTGGTTGATTTTCCTTTGCCCTTTTTAAACGTGGAAAGATCCACTTAATTTCTTGTCGTTGATCGATCGGTACTCCTCTGTCGCTTCCCACTCTGACAACAAGTTGTTTCATAGACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGGTTCAAGCTTATGAACAGAATAT
ATTGCGAATTTAAATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCACCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTGCTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGATGAATCTGGGAT
CGACATTCGGAAAATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAAGTGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTCAATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTCGCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGGATGTCAAACAAT
TTCCAGTTTTCGTTGATGTTAAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAGACAATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTACTTTTGAGTAGTGTATTACACCTCTGTCTAATCCAAGATTTTTGTTATATTGGCGATTTGGTTTCAATTACCGACAGCCATCTATCATTCACCTCTATTGGAGATAAAAAAAA
TTAATCGTTGG

Intron 6 GTAAGGAGCT ... ATGAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.34	3	7	9
A2	40.31	2.8	4.8	0
A3	60.64	4.7	7.1	6
A4	69.81	1.9	4.3	2
A5	51.67	1.6	1	2
A6	44.1	9.7	5.7	8.3
A7	39.66	24.2	17.3	13.3
A8	45	19.3	9.1	20.7
A9	45.54	8.8	8.8	6
A10	29.55	9.9	4.4	3

>TRINITY_DN42180_c0_g2_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

AGGAATTTTGGAGTATTCCCTGTGGTTCGTGGCAGCTACAGGGTCTGGTGTAACGGTTTTGGTTCGTGGGGGGTTTTGTTCTATTTAGCAACACGAAAACTTAAATCTCAATGGCCGTCCATTGAAATCCCTGGCTCTTCAACAATCGTTTCTATATTCACTTGGTTTTGCGCTTTGTTTTCTCTGTGGCCTGTGGTATG
TTTTTTTCCATCTCCATCTCTGGTTAAGATTTCTTCGATGGAGGACACACGCATTTTGGAGTATTCCTGTGGATGATAATATTGAGAGTTCAATCCTTCCCCCGAAAGATCATGGACAGCGATGTCGGTATTTAGACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGGTTCAAGC
TTATGAACAGAATATATTGCGAATTTAAATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCACCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTGCTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAG
GGATGAATCTGGGATCGACATTCGGAAAATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAAGTGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTCAATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTCGCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAG
TGGATGTCAAACAATTTCCAGTTTTCGTTGATGTTAAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAGACAATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTACTTTTGAGTAGTGTATTACACCTCTGTCTAATCCAAGATTTTTGTTATATTGGCGATTTGGTTTCAATTACCGACAGCCATCTATCATTCACCTCTAT
TGGAGATAAAAAAAATTAATCGTTGG

>TRINITY_DN42180_c0_g2_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATTGAAAACCCTGGCTCTTCAAAAACTGTTTCTATATTCACTTGGTTTTGGGCTTTGTTTTCTCTGTGGCCTATGGTATGTTTTTTTCCATCTCCATCTCTAGTTAAGATTTCTTCGACGGAGGACACACGGTATCATTCTGCAATAATCTTTTTGTTTTATGAGAATCTCTTGTTTTTTGTTACTCGGTTGTTACTTGT
TATTGTAAGTGGCATTTTGGAGTATTCCTGTGGATGATAATATTGAGAGTTCAATCCTTCCCCCAAAAGATCATGGACAGCgtaaggagcttgactcacaaacccagtgtgaatcgaaacaagttattttcgttttacatagttattgttgattacatatatgaatcatttgttattatgaatgcagGATGTCGGTATTT
AGGTGAGTGGTTGATTTTCCTTTGCCCTTTTTAAACGTGGAAAGATCCACTTAATTTCTTGTCGTTGATCGATCGGTACTCCTCTGTCGCTTCCCACTCTGACAACAAGTTGTTTCATAGACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGGTTCAAGCTTATGAACAGAATAT
ATTGCGAATTTAAATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCACCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTGCTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGATGAATCTGGGAT
CGACATTCGGAAAATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAAGTGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTCAATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTCGCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGGATGTCAAACAAT
TTCCAGTTTTCGTTGATGTTAAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAGACAATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTACTTTTGAGTAGTGTATTACACCTCTGTCTAATCCAAGATTTTTGTTATATTGGCGATTTGGTTTCAATTACCGACAGCCATCTATCATTCACCTCTATTGGAGATAAAAAAAA
TTAATCGTTGG

Intron 7 GTGAGTGGTT ... TGTTTCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	74.87	7	6	21.2
A2	72.81	5.1	3.9	13.8
A3	91.02	0.5	5.6	5
A4	57.73	6.7	2.8	9.1
A5	59.92	3.6	2.7	5.4
A6	57.17	15.3	7.2	21.7
A7	59.39	30.2	23.8	44.5
A8	69.7	16.6	27.9	38.6
A9	66.17	9.7	8.9	19.2
A10	40.48	18.1	8.3	12.5

>TRINITY_DN122146_c0_g4_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTTCTTCGATGGAGGACACACGCATTTTGGAGTATTCCTGTGGATGATAATATTGAGAGTTCAATCCTTCCCCCAAAAGATCATGGACAGCGATGTCGGTATTTAGACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGGTTCAAGCTTATGAACAGAATATATTGCGAATTTAA
ATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCACCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTGCTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGATGAATCTGGGATCGACATTCGGAAA
ATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAATTGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTCAATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTTTCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGGATGTTAAACAATTTCCAGTTTTTGT
TGATGTTTAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAAAAAATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTAATTTTGAGTAGAGTGTATTACACCTCTGTCTAACCCAAGATTTTTGTTATATTGGCAATTTGGTTTCAATTACCCGACAACCATCTATCATTCAC

>TRINITY_DN122146_c0_g4_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGAAAACCCTGGCTCTTCAAAAACTGTTTCTATATTCACTTGGTTTTGGGCTTTGTTTTCTCTGTGGCCTATGGTATGTTTTTTTCCATCTCCATCTCTAGTTAAGATTTCTTCGACGGAGGACACACGGTATCATTCTGCAATAATCTTTTTGTTTTATGAGAATCTCTTGTTTTTTGTTACTCGGTTGTTACTTGTTA
TTGTAAGTGGCATTTTGGAGTATTCCTGTGGATGATAATATTGAGAGTTCAATCCTTCCCCCAAAAGATCATGGACAGCGATGTCGGTATTTAGgtgagtggttgattttcctttgccctttttaaacgtggaaagatccacttaatttcttgtcgttgatcgatcggtactcctctgtcgcttcccactctgacaacaa
gttgtttcatagACTGCAGTATTCATTCCCCGTGGAAACGGCGTAGTAGAACTCGGATCAACAAATTTGGTTCAAGCTTATGAACAGAATATATTGCGAATTTAAATCATATTGGAGAGTCTAATGGTCTTACCCAATATTTATGTCACCGCGCCAATACCCGGGACGAGTATATCAACTTCATCTTGATAAATTTATTG
CTCAGTGCTGAATGATTCTCTATGAGAGTTAGGTTTCGCCTAGCATTGTGATATGGTTATGACGTTGAAACCTCTAGGGATGAATCTGGGATCGACATTCGGAAAATGTATTAAACTTATACTTTTATTCTGCGGGTGTTTAGACAATTGCCGAGCCTCCAAATTCTCTTTGCTTTAGCCATGCTACTGAATATTCGTTC
AATGTGGCAGTTCTCATCTCTGGTTACCTCATCTATGGAGGAAAACCAGTTTCCTTAACTGAAGATCTTGTTTTAAGTGGATGTTAAACAATTTCCAGTTTTTGTTGATGTTTAGTATCAACATTACCTTATTATAAAGATGTAAAAAATTCTAATTATAAATTTGAATGATCTCCCTAATTTTGAGTAGAGTGTATTAC
ACCTCTGTCTAACCCAAGATTTTTGTTATATTGGCAATTTGGTTTCAATTACCCGACAACCATCTATCATTCAC