sp|Q8GXI9|PV42B_ARATH ----> SNF1-related protein kinase regulatory subunit gamma-like PV42b

Intron 1 GTTGATTGAT ... TTTTATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	7	2
A2	81.25	3	13	1
A3	25	3	1	6
A4	50	2	2	0
A5	50	2	2	0
A6	52.78	17	19	1
A7	61.54	5	8	3
A8	22.22	21	6	5
A9	37.5	20	12	2
A10	50	3	3	0

>TRINITY_DN37585_c0_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

AAGAAATAAATCGACATCTTGAACATACTCCCGACACTGTGATCCTCCATGTTCCAGCTAACCTAGACGCATCCGCACCACGTGTCAGGAGGATGCTACGTGTACTACGTCGTTTCCTATTGTCAAACAACTCCATGACGATGCCACTTTTCTCCGAACACACTGGCTCAAATTTATCGCCCTTACGAACAAATTCAAAC
TCAGCACCGTCTTCAATCGGACGCCAACCGACAACAGCCAGGGTTGATTGTGAGGGTGTTCTTGGAAGAAGTATATTTTTCAGCACAGAGTCATCTTGTTCTAAAGCTTCCTTGGCCAAAATCTGCTTCAAAGATGGCTGGAGTTCTTGAGAGGACATATATACGTGATCTTGTGGCAAATAAAAGGTTCTTGATCTTTG
CACCAAAGAATGCAACTGTAGAAAAAGTTCTCAAGATAATGGCTGAAAATGAAATCACAGCTATACCAGTAGCCTCTAGTCCTGAACAACAAGCATCAACGGAGGGAACAACTTTTTTTCAAGGCAGTTCACACTATATAGGAATAGTTTCAATGCTCGATGTTGTACTGCATATAGGGGACAACTTGGATGATTGTGAG
AGTGCTCTGCAAACCTCCGTGTCAGATTTAATTGGCCAAACGATTGAGAGCAGAGCACTGTGGACAGCCGGTCCCGATATAAATCCCATGACACAGGACCTCATGAACATTAACATTCGGTTCATCATATGGGTATTCAAGTTCTCCAAAAATGCTGCAGACTACAACGTATGGATGGGCTGAATGTTCATCTGAACGGT
TTTTTTATTTTGAGCTGGAAGATAATGGCTTGCATGATTTTTTATTTAAGCTGGGAAGCTTATGGTCCACATGCAATGCCAATTCTAATGTAGTGGAAGGACTGAATGCTCAACTGCATGATTTTTTATTTTGGGCCGGGGAAGCTCATGGCTAAAATGTAAATTTAATACCAGAATCCAATCTATTGGATGGACTGAAC
ATTCATCCGCATGATTTTTTATTTTGATCTGGGAAGCTTATGGCTCACATGTCATGGGAATCTATGTATGTGTCTTTATTAGACTGGGAAAAACTAGGTACATTTTACGGCCTAGGTGGAGTGGGGGTAAGTTAATCTGTTTGAACTTTGTATAAACAATGGATGGACTGAATGCTCATCTGCATGGCTTTTTTTTTTGA
GCTGGGGGAAGCTCATGGCTCACATGTAATTCCAATTCCATGGAGGATCTGTGTTTGTGTGTGTTTATTGCACAAAGA

>TRINITY_DN37585_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGACGCCAACCGACAACAGCCAGGGTTGATTGTGAGGGTGTTCTTGGAAGAAGTATATTTTTCAGCACAGAGTCATCTTGTTCTAAAGCTTCCTTGGCCAAAATCTGCTTCAAAGGGTTGATTGTGAGGGTGTTCTTGGAAGAAGTATATTTTTCAGCACAGAGTCATCTTGTTCTAAAGCTTCCTTGGCCAAAATCTGC
TTCAAAGATGGCTGGAGTTCTTGAGAGGACATATATACGTGATCTTGTGGCAAATAAAAGGTTCTTGATCTTTGCACCAAAGAATGCAACTGTAGAAAAAGTTCTCAAGATAATGGCTGAAAATGAAATCACAGCTATACCAGTAGCCTCTAGTCCTGAACAACAAGCATCAACGGAGGGAACAACTTTTTTTCAAGGCA
GTTCACACTATATAGGAATAGTTTCAATGCTCGATGTTGTACTGCATATAGGGGACAACTTGGATGATTGTGAGAGTGCTCTGCAAACCTCCGTGTCAGATTTAATTGGCCAAACGATTGAGAGCAGAGCACTGTGGACAGCCGGTCCCGATATAAAgttgattgatggaatggaatacatgtccaaaggaattcatcgg
tttctagttccaattcacgaacataacgatgaaccatctcctcatgaaacgactcaatttcgtatcctcactcagacagacgtggtgagcttcatgctggagcatatagatgaaatggggccatgtgtatcgagaacaatagcagacctgggtctcctccatccaaatatggcggcattgtctgtaccctccaacatagc
actgtcgagtgcactgaggctgatgcatcggaagcccgcatttagttcttttggtgtggtggaggccccgcgtgaagaagacatggactcgtcgtctcaagcacagcaactgggggtatccggaggtaagctcgtggggagcctgtcagcaaattgcttccggggaatgggagttgaggaggtaagctggtccttcagac
ctgaaatgacagttgcagggtttctgaagatgctggctgagaagggcttttcaaggcctctcgtcacagtccgtcccacaacacctttgagagttgccatggcagaggccatcaccaacaaagtccacagggtgtgggtgactgatgaagatggatggcttatgggtgttgtcagctttacagacattattagcgctgca
cgtagagggccgaccagctttgttcatcagtgacattgaatgcatttactataacccaagtcatggaggattttgttctctttatcatatctcgttcgtctaagcatcatgaaccttgtatgcctaccaaaaagtttctttctttccaaggaaacttaataaattttttatatagtcccatggaatgaagggccttatga
gcatgaacattcttttcatccattggtattcaacttctccaaaagttccgcagactatgacctgttggatggactggatgttcatctgcatgcttttttaattttgagctgagaagctcatggttcacatgtaattccaattctaggaacttagagtactgtggacagtctgttcacatgtaaaatgagtttctttcttt
ctaaggaaactttttaaattttttatgtagTCCCATGACACAGGACCTCATGAACATTAACATTCGGTTCATCATATGGGTATTCAAGTTCTCCAAAAATGCTGCAGACTACAACGTATGGATGGGCTGAATGTTCATCTGAACGGTTTTTTTATTTTGAGCTGGAAGATAATGGCTTGCATGATTTTTTATTTAAGCTG
GGAAGCTTATGGTCCACATGCAATGCCAATTCTAATGTAGTGGAAGGACTGAATGCTCAACTGCATGATTTTTTATTTTGGGCCGGGGAAGCTCATGGCTAAAATGTAAATTTAATACCAGAATCCAATCTATTGGATGGACTGAACATTCATCCGCATGATTTTTTATTTTGATCTGGGAAGCTTATGGCTCACATGTC
ATGGGAATCTATGTATGTGTCTTTATTAGACTGGGAAAAACTAGGTACATTTTACGGCCTAGGTGGAGTGGGGGTAAGTTAATCTGTTTGAACTTTGTATAAACAATGGATGGACTGAATGCTCATCTGCATGGCTTTTTTTTTTGAGCTGGGGGAAGCTCATGGCTCACATGTAATTCCAATTCCATGGAGGATCTGTG
TTTGTGTGTGTTTATTGCACAAAGA

Intron 2 GTCTTTCTCT ... GTGGATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.46	8	6	4
A2	33.33	7	1	6
A3	40	6	5	3
A4	23.81	8	4	1
A5	11.11	4	0	1
A6	33.33	28	17	11
A7	25	24	9	7
A8	35.88	42	18	29
A9	28.12	23	9	9
A10	37.04	17	9	11

>TRINITY_DN40957_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

CCCCAAACCTAACAGTTAAAGTTTGAAATCAACAATTCCAACCAAAGCCAATACAGAGAGAGGTTGAAAGCGGAGCACTTAGTGGTGTCGAGGTTGCAATTTAATCGTGCGAAAGAGAAATCAAGAATTTGCATTGGCATGGTCGTTAATTTTATCCAGCAGCAGAGAGGGATTTGAAAAGTTTGAATTGTAAAGAGGGG
AGATGGGTTTGGAGCAGGCATTGCAGGATGGCGATCTGCTCAGACAAGTGAATGCTCTCATTGTTGCCCATCTGAGGGACAACAACTTGACACAGGCTGCCACTGCAGTGGCCACTGCTACGATGACGCCGCTAAACGTGGAAGTGGCGCAGAACAAGCTCTTGGATCTTGTCTGCAAGGGGCTGTCAGTTGAGAGAGAA
GAGGCAGCAAGGGGAGTTAGTTCAACAGCGCCCACAGTTGCAGTAGATGCTAGTGCTGCTGGCGGTGGCGGCGCAGCAGCAGCGATGATGATATCAGTGGGCTATGGATCACCTATACCCACCCCTCCCGTTAATTCTCTCGATTTCAGCGGAGTGCAAGATACAAAGGGCACATCCAAAAGCTTCCCCAAGCATGACAC
GAGACATGTTTCAGAGCACAAGAATGTTGCTAGATGTGCAAGGTTTAGTCCCGATGGACGTTTCGTTGCAACAGGGAGTGCTGATACATCAATTAAGCTGTTTGAGGTTGCAAAGGTTAGGCAAATGATGATGCCGGATGGAAGTGGAAGGGATGGACCACTCCGGCCTGTTATCCGGACATTTTATGATCACATGCAAC
CTATCAATGACTTGGATTTCCATCCGCAGTCTGCTGTATTAATATCTGGTGCTAAGGATCATACCATTAAGTTTTTTGATTTTGCAAAGACAGCTGCAAGGAGAGCTTTCCGAGTTATCCAGGATACACACAATGTTCGATCTGTTGCTTTCCATCCTTCTGGAGACTTCCTACTAGCAGGGACTGACCATCATGTTGCA
CATTTATATGATATCAATACTTTTCAATGTTACTTATCATCAACCTTGCAGGAGAGAGATGCTGGTGGGGCCATAAATCAGGTTCGGTATACATCAAATGGTAGCATGTACGTGACTGTTTCCAAAGATGGCGGTGTGCGAATATGGGATGGTACGTCAGCCCAATGTACACGAGCTATTATTGGAGCTCATACTTCTGC
AGAAGCCACGAGTGCAAGTTTCACTAATGACCAGAGGTACATACTTTCTTGTGGAAAAGATTCTACTGTGAAGCTTTGGGATGTAGGTAGTGGCAGGATGGTAATGCAGTATATTGGAGCTCAACACACACAAATTCGTTGCCAGGCAGTCTTCAACCAAACAGAGGAGTTTGTCTTGTCCATTGATGAACCAAGCAATG
AGGTGGTTATCTGGGATACTCTCACGGGTGACATAGTTGCTCGTTGGCCTTCTAATCATAGTGGGGTGCCTCGTTGGTTAGAGCACTCCCCAACGGAAGCAGCTTTTGTCACATGTGGAGCGGATCGATCTGTGCGCTTCTGGAGGGAATCTCTTTGAGTGCCTTTAATTGAAGATTTTGTTGAAGCTGGTGAAGAGCAA
CAAGTGAATCACCATGAGCAGTTTTAACTTTCAAGTTTCTGGTTCAATCTAAAACAAATACCACTTCCCCAGTAAGCTACTGTACACAATATTTTTTCCCATGCCTGATGTCAACTATAACAGTATAATTTATTCAAGACTATTCTAATGTAGAATGTATGAGATCAATGGGCTATAGAAACATGGATTCCAACGAAAAA
ATAGTTGGGATTCAATATAATTTGGGCTATTTTTAATCTCTTTAAATTCAAAATGTTGTTGTAACCATTTATAGCTTTCCTGGTTGATGGCAATGCATTGCATATCCAAGGCCCTGGTGATTCAACTTTGACGTTTAATGTATTTGTATTTTCTAATTTTTTTTAAGGAAACACAGTTGTTCCTTGTGAGAATTTGCTTC
TATCATTCTTTCAGAG

>TRINITY_DN40957_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CCCCAAACCTAACAGTTAAAGTTTGAAATCAACAATTCCAACCAAAGCCAATACAGAGAGAGGTTGAAAGCGGAGCACTTAGTGGTGTCGAGGTTGCAATTTAATCGTGCGAAAGAGAAATCAAGAATTTGCATTGGCATGGTCGTTAATTTTATCCAGCAGCAGAGAGGGATTTGAAAAGTTTGAATTGTAAAGAGGGG
AGATGGGTTTGGAGCAGGCATTGCAGGATGGCGATCTGCTCAGACAAGTGAATGCTCTCATTGTTGCCCATCTGAGGGACAACAACTTGACACAGGCTGCCACTGCAGTGGCCACTGCTACGATGACGCCGCTAAACGTGGAAGTGGCGCAGAACAAGCTCTTGGATCTTGTCTGCAAGGGGCTGTCAGTTGAGAGAGAA
GAGGCAGCAAGGGGAGTTAGTTCAACAGCGCCCACAGTTGCAGTAGATGCTAGTGCTGCTGGCGGTGGCGGCGCAGCAGCAGCGATGATGATATCAGTGGGCTATGGATCACCTATACCCACCCCTCCCGTTAATTCTCTCGATTTCAGCGGAGTGCAAGATACAAAGGGCACATCCAAAAGCTTCCCCAAGCATGACAC
GAGACATGTTTCAGAGCACAAGAATGTTGCTAGATGTGCAAGGTTTAGTCCCGATGGACGTTTCGTTGCAACAGGGAGTGCTGATACATCAATTAAGCTGTTTGAGGTTGCAAAGGTTAGGCAAATGATGATGCCGGATGGAAGTGGAAGGGATGGACCACTCCGGCCTGTTATCCGGACATTTTATGATCACATGCAAC
CTATCAATGACTTGGATTTCCATCCGCAGTCTGCTGTATTAATATCTGGTGCTAAGGATCATACCATTAAGTTTTTTGATTTTGCAAAGACAGCTGCAAGGAGAGCTTTCCGAGTTATCCAGGATACACACAATGTTCGATCTGTTGCTTTCCATCCTTCTGGAGACTTCCTACTAGCAGGGACTGACCATCATGTTGCA
CATTTATATGATATCAATACTTTTCAATGTTACTTATCATCAACCTTGCAGGAGAGAGATGCTGGTGGGGCCATAAATCAGGTTCGGTATACATCAAATGGTAGCATGTACGTGACTGTTTCCAAAGATGGCGGTGTGCGAATATGGGATGGTACGTCAGCCCAATGTACACGAGCTATTATTGGAGCTCATACTTCTGC
AGAAGCCACGAGTGCAAGTTTCACTAATGACCAGAGGTACATACTTTCTTGTGGAAAAGATTCTACTGTGAAGCTTTGGGATGTAGGTAGTGGCAGGATGGTAATGCAGTATATTGGAGCTCAACACACACAAATTCGTTGCCAGGCAGTCTTCAACCAAACAGAGGAGTTTGTCTTGTCCATTGATGAACCAAGCAATG
AGgtctttctcttgttaatggtttttacttattgagatgtgtaagtaacatgctaggattctgcctacagggttcagacatttatcaaataatgaaatctatgagtggatgtagGTGGTTATCTGGGATACTCTCACGGGTGACATAGTTGCTCGTTGGCCTTCTAATCATAGTGGGGTGCCTCGTTGGTTAGAGCACTC
CCCAACGGAAGCAGCTTTTGTCACATGTGGAGCGGATCGATCTGTGCGCTTCTGGAGGGAATCTCTTTGAGTGCCTTTAATTGAAGATTTTGTTGAAGCTGGTGAAGAGCAACAAGTGAATCACCATGAGCAGTTTTAACTTTCAAGTTTCTGGTTCAATCTAAAACAAATACCACTTCCCCAGTAAGCTACTGTACACA
ATATTTTTTCCCATGCCTGATGTCAACTATAACAGTATAATTTATTCAAGACTATTCTAATGTAGAATGTATGAGATCAATGGGCTATAGAAACATGGATTCCAACGAAAAAATAGTTGGGATTCAATATAATTTGGGCTATTTTTAATCTCTTTAAATTCAAAATGTTGTTGTAACCATTTATAGCTTTCCTGGTTGAT
GGCAATGCATTGCATATCCAAGGCCCTGGTGATTCAACTTTGACGTTTAATGTATTTGTATTTTCTAATTTTTTTTAAGGAAACACAGTTGTTCCTTGTGAGAATTTGCTTCTATCATTCTTTCAGAG

Intron 3 GTTGATTGTG ... CACTATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	2	4	2
A2	63.64	4	4	10
A3	100	0	3	2
A4	100	0	12	6
A5	100	0	2	3
A6	67.21	10	11	30
A7	73.68	5	8	20
A8	68.42	6	4	22
A9	80.65	3	3	22
A10	63.64	8	0	28

>TRINITY_DN38305_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

GGAAGAAATAAATCGACATCTTGAACATACTCCCGACACTGTGATCCTCCATGTTCCAGCTAACCTAGACGCATCCGCACCACGTGTCAGGAGGATGCTACGTGTACTACGTCGTTTCCTATTGTCAAACAACTCCATGACGATGCCACTTTTCTCCGAACACACTGGCTCAAATTTATCGCCCTTACGAACAAATTCAA
ACTCAGCACCGTCTTCAATCGGACGCCAACCGACAACAGCCAGGGAATAGTTTCAATGCTCGATGTTGTACTGCATATAGGGGACAACTTGGATGATTGTGAGAGTGCTCTGCAAACCTCCGTGTCAGATTTAATTGGCCAAACGATTGAGAGCAGAGCACTGTGGACAGCCGGTCCCGATATAAATCCCATGACACAGG
ACCTCATGAACATTAACATTCGGTTCATCATATGGGTATTCAAGTTCTCCAAAAATGCTGCAGACTACAACGTATGGATGGGCTGAATGTTCATCTGAACGGTTTTTTTATTTTGAGCTGGAAGATAATGGCTTGCATGATTTTTTATTTAAGCTGGGAAGCTTATGGTCCACATGCAATGCCAATTCTAATGTAGTGGA
AGGACTGAATGCTCAACTGCATGATTTTTTATTTTGGGCCGGGGAAGCTCATGGCTAAAATGTAAATTTAATACCAGAATCCAATCTATTGGATGGACTGAACATTCATCCGCATGATTTTTTATTTTGATCTGGGAAGCTTATGGCTCACATGTCATGGGAATCTATGTATGTGTCTTTATTAGACTGGGAAAAACTAG
GTACATTTTACGGCCTAGGTGGAGTGGGGGTAAGTTAATCTGTTTGAACTTTGTATAAACAATGGATGGACTGAATGCTCATCTGCATGGCTTTTTTTTTTGAGCTGGGGGAAGCTCATGGCTCACATGTAATTCCAATTCCATGGAGGATCTGTGTTTGTGTGTGTTTATTGCACAAAGAGAAGCTAGGTATGTTTTAA
ACCATTGTGGGGCTGGGGTTATGTTGATTTTTGT

>TRINITY_DN38305_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGAAGAAATAAATCGACATCTTGAACATACTCCCGACACTGTGATCCTCCATGTTCCAGCTAACCTAGACGCATCCGCACCACGTGTCAGGAGGATGCTACGTGTACTACGTCGTTTCCTATTGTCAAACAACTCCATGACGATGCCACTTTTCTCCGAACACACTGGCTCAAATTTATCGCCCTTACGAACAAATTCAA
ACTCAGCACCGTCTTCAATCGGACGCCAACCGACAACAGCCAGGgttgattgtgagggtgttcttggaagaagtatatttttcagcacagagtcatcttgttctaaagcttccttggccaaaatctgcttcaaagatggctggagttcttgagaggacatatatacgtgatcttgtggcaaataaaaggttcttgatctt
tgcaccaaagaatgcaactgtagaaaaagttctcaagataatggctgaaaatgaaatcacagctataccagtagcctctagtcctgaacaacaagcatcaacggagggaacaactttttttcaaggcagttcacactatatagGAATAGTTTCAATGCTCGATGTTGTACTGCATATAGGGGACAACTTGGATGATTGTG
AGAGTGCTCTGCAAACCTCCGTGTCAGATTTAATTGGCCAAACGATTGAGAGCAGAGCACTGTGGACAGCCGGTCCCGATATAAAGTTGATTGATGGAATGGAATACATGTCCAAAGGAATTCATCGGTTTCTAGTTCCAATTCACGAACATAACGATGAACCATCTCCTCATGAAACGACTCAATTTCGTATCCTCACT
CAGACAGACGTGGTGAGCTTCATGCTGGAGCATATAGATGAAATGGGGCCATGTGTATCGAGAACAATAGCAGACCTGGGTCTCCTCCATCCAAATATGGCGGCATTGTCTGTACCCTCCAACATAGCACTGTCGAGTGCACTGAGGCTGATGCATCGGAAGCCCGCATTTAGTTCTTTTGGTGTGGTGGAGGCCCCGCG
TGAAGAAGACATGGACTCGTCGTCTCAAGCACAGCAACTGGGGGTATCCGGAGGTAAGCTCGTGGGGAGCCTGTCAGCAAATTGCTTCCGGGGAATGGGAGTTGAGGAGGTAAGCTGGTCCTTCAGACCTGAAATGACAGTTGCAGGGTTTCTGAAGATGCTGGCTGAGAAGGGCTTTTCAAGGCCTCTCGTCACAGTCC
GTCCCACAACACCTTTGAGAGTTGCCATGGCAGAGGCCATCACCAACAAAGTCCACAGGGTGTGGGTGACTGATGAAGATGGATGGCTTATGGGTGTTGTCAGCTTTACAGACATTATTAGCGCTGCACGTAGAGGGCCGACCAGCTTTGTTCATCAGTGACATTGAATGCATTTACTATAACCCAAGTCATGGAGGATT
TTGTTCTCTTTATCATATCTCGTTCGTCTAAGCATCATGAACCTTGTATGCCTACCAAACATAATGTAAAAATATTTTCCAATGAACCTTGTATGCCTACCAAACATAATGTAAAAATATTTTCCAATGATGTGAATATAGACTTTTGTTAATTTATATATATTGATAAACTTTGATATGTCG