NA ----> NA

Intron 1 GTAGAAGATT ... AGTAAAAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	6	6
A2	51.43	1.5	2	1
A3	84.62	1	5	6
A4	75	2	2	6
A5	60	2	5	1
A6	71.16	19	46	45
A7	73.82	16	38	46
A8	89.94	2.5	27	16
A9	79.03	8	26	31
A10	81.38	5.5	31	17

>TRINITY_DN39363_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

TTATAATGATCTTTTAGGTGTCATGGCTGGTCTGTATGTGTGTGCAGCTGGATTCCTGTCAGCCAAATTCAGACGAGGATCGCCATTTCGAATGAGGCAATTTCGTTCAAAAGCAACGAAAGATGCCATTGCGAGAGCAACAAACAGATTGTGTGGTCAAAATGCACAAATGGCATGCGTGGTGTATCACTATCCATGTT
TTGATGGGGCTTTTGCTGCATTGGCCGCGTACCTATACCACTCCGTTGTCGGACTTCCCGCTGTTTTTCTGCCAAATTCCATCCTTGATCCTCTCAGGGCAATTGGTGCTGTCATATATGAGCAGCGAGGTATGCTCAAGATAAGCCTACGGACTGCAGACAATTCAATTGATACAACTGAAATCGCAAGGGCTTATGGT
GGTGGAGGACACCCTCGAGCAAGCTCTTTTTTTCTTTGCCGAGAAGAATTTAGAAAGTGGAAGTGCTAGTTTGAATCAAGTTGGTTGTATGATATAGTTTCTAGTTATCCATTCCTTTGATATAGAGGCATTGGTTATTACTTATTTTTATTTTTTATTATGATTAAAGTGCACATTTGTAGGGCCATTGATTATTGTAA
TAAGCCAAGATTCCTCTTGATTTATACTGACAAATTCATATAATATGTAGGCTTATGGTGGTGGAGGACACCCTCGAGCAAGCTCTTTTTTTCTTTGCCGAGAAGAATTTAGAAAGTGGAAGTGCTAGTTTGAATCAAGTTGGTTGTATGATATAGTTTCTAGTTATGCGGATAGGTGGAAGGAAAAGAATGCTTTTGTC
GCTTATGCTCCTTTGTATGTGTGCATGCAAGGAAGATGAATGGTGGTAGTTTATGATAGAATATTTTGATTGTTTATTGTTATATAATATATTTTTTTGTAATTCAATTTGATCTTTGAATACAGGAAACGGTCGGTCCTTCTTTATGGAATATTGC

>TRINITY_DN39363_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTATAATGATCTTTTAGGTGTCATGGCTGGTCTGTATGTGTGTGCAGCTGGATTCCTGTCAGCCAAATTCAGACGAGGATCGCCATTTCGAATGAGGCAATTTCGTTCAAAAGCAACGAAAGATGCCATTGCGAGAGCAACAAACAGATTGTGTGGTCAAAATGCACAAATGGCATGCGTGGTGTATCACTATCCATGTT
TTGATGGGGCTTTTGCTGCATTGGCCGCGTACCTATACCACTCCGTTGTCGGACTTCCCGCTGTTTTTCTGCCAAATTCCATCCTTGATCCTCTCAGGgtagaagattttgattgcaaaaagattcacacttgttatcttcttgattttgttggaccagaagggtttgcaatcaatctttctaagatagtaaaagagGCA
ATTGGTGCTGTCATATATGAGCAGCGAGGTATGCTCAAGATAAGCCTACGGACTGCAGACAATTCAATTGATACAACTGAAATCGCAAGGGCTTATGGTGGTGGAGGACACCCTCGAGCAAGCTCTTTTTTTCTTTGCCGAGAAGAATTTAGAAAGTGGAAGTGCTAGTTTGAATCAAGTTGGTTGTATGATATAGTTTC
TAGTTATCCATTCCTTTGATATAGAGGCATTGGTTATTACTTATTTTTATTTTTTATTATGATTAAAGTGCACATTTGTAGGGCCATTGATTATTGTAATAAGCCAAGATTCCTCTTGATTTATACTGACAAATTCATATAATATGTAGGCTTATGGTGGTGGAGGACACCCTCGAGCAAGCTCTTTTTTTCTTTGCCGA
GAAGAATTTAGAAAGTGGAAGTGCTAGTTTGAATCAAGTTGGTTGTATGATATAGTTTCTAGTTATGCGGATAGGTGGAAGGAAAAGAATGCTTTTGTCGCTTATGCTCCTTTGTATGTGTGCATGCAAGGAAGATGAATGGTGGTAGTTTATGATAGAATATTTTGATTGTTTATTGTTATATAATATATTTTTTTGTA
ATTCAATTTGATCTTTGAATACAGGAAACGGTCGGTCCTTCTTTATGGAATATTGC

Intron 2 GTATGATATA ... TAATATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	2	6	1
A2	100	0	1	0.3
A3	75	1	3	2.7
A4	-1	0	0	0
A5	100	0	1	2.3
A6	79.62	13.7	53.3	30
A7	85.33	4	22.7	10
A8	87.96	4	29.3	16.7
A9	81.53	8	35	17
A10	88.81	2.3	18.3	14

>TRINITY_DN34599_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

CTACTATTGCATATGAGCACTTCAGCGAAAAGCTTGCCTGTGATAAGAATATCAAGATCAGAAATGCCGAAAAACCTTAGTAAGTGAACAAAGTCTAGATCGGGTGGAGCTGCTCTTTAGATATGTTGAAGATGCTGATCTATGGAGATGGTCACTGCCTGACAGCAAAGCATTTACTGCAGGCCTCAGCATGGAGCGAT
CTAAGTTGAATTCTGTTGCTAATCCTTACATATTTGAGCAGGGCAATTGGTGCTGTCATATATGAGCAGCGAGGTATGCTCAAGATAAGCCTACGGACTGCAGACAATTCAATTGATACAACTGAAATCGCAAGGGCTTATGGTGGTGGAGGACACCCTCGAGCAAGCTCTTTTTTTTCTTTGCCGAGAAGAATTTAGAA
AGTGGAAGTGCTAGTTTAAATCAAGTTGGTTGCTTATGGTGGTGGAGGACACCCTTAGAAAGTGGAAGTGCTAGTTTGAATCAAGTTGGTTGTATGATATAGTTTCTAGTTATGCGGATAGGTGGAAGGAAAAGAATGCTTTTGTCGCTTATGCTCCTTTGTATGTGTGCATGCAAGGAAGATGAATGGTGGTAGTTTAT
GATAGAATATTTTGATTGTTTATTGTTATATAATATATTTTTTTGTAATTCAATTTGATCTTTGAATACAGGAAACGGTCGGTCCTTCTTTATGGAATATTGCA

>TRINITY_DN34599_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTACTATTGCATATGAGCACTTCAGCGAAAAGCTTGCCTGTGATAAGAATATCAAGATCAGAAATGCCGAAAAACCTTAGTAAGTGAACAAAGTCTAGATCGGGTGGAGCTGCTCTTTAGATATGTTGAAGATGCTGATCTATGGAGATGGTCACTGCCTGACAGCAAAGCATTTACTGCAGGCCTCAGCATGGAGCGAT
CTAAGTTGAATTCTGTTGCTAATCCTTACATATTTGAGCAGGGCAATTGGTGCTGTCATATATGAGCAGCGAGGTATGCTCAAGATAAGCCTACGGACTGCAGACAATTCAATTGATACAACTGAAATCGCAAGGGCTTATGGTGGTGGAGGACACCCTCGAGCAAGCTCTTTTTTTCTTTGCCGAGAAGAATTTAGAAA
GTGGAAGTGCTAGTTTAAATCAAGTTGGTTgtatgatatagtttctagttatccattcctttgatatagaggcattggttattacttatttttattttttattatgattaaagtgcacatttgtagggccattgattattgtaataagccaagattcctcttgatttatactgacaaattcatataatatgtagGCTTAT

GGTGGTGGAGGACACCCTCGAGCAAGCTCTTTTTTTCTTTGCCGAGAAGAATTTAGAAAGTGGAAGTGCTAGTTTGAATCAAGTTGGTTGTATGATATAGTTTCTAGTTATGCGGATAGGTGGAAGGAAAAGAATGCTTTTGTCGCTTATGCTCCTTTGTATGTGTGCATGCAAGGAAGATGAATGGTGGTAGTTTATGA
TAGAATATTTTGATTGTTTATTGTTATATAATATATTTTTTTGTAATTCAATTTGATCTTTGAATACAGGAAACGGTCGGTCCTTCTTTATGGAATATTGCA

Intron 3 GTATGATATA ... TAATATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.64	2	7	0
A2	100	0	4	3
A3	71.43	2	3	7
A4	-1	0	0	0
A5	100	0	1	5
A6	68.27	33	65	77
A7	65.59	16	29	32
A8	75.24	13	37	42
A9	72.8	17	48	43
A10	77.78	9	22	41

>TRINITY_DN39054_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

GGCAATTGGTGCTGTCATATATGAGCAGCGAGGTATGCTCAAGATAAGCCTACGGACTGCAGACAATTCAATTGATACAACTGAAATCGCAAGGGCTTATGGTGGTGGAGGACACCCTCGAGCAAGCTCTTTTTTTCTTTGCCGAGAAGAATTTAGAAAGTGGAAGTGCTAGTTTAAATCAAGTTGGTTGCTTATGGTGG
TGGAGGACACCCTCGAGCAAGCTCTTTTTTTCTTTGCCGAGAAGAATTTAGAAAGTGGAAGTGCTAGTTTGAATCAAGTTGGTTGTATGATATAGTTTCTAGTTATGCGGATAGGTGGAAGGAAAAGAATGCTTTTGTCGCTTATGCTCCTTTGTATGTGTGCATGCAAGGAAGATGAATGGTGGTAGTTTATGATAGAA
TATTTTGATTGTTTATTGTTATATAATATATTTTTTTGTAATTCAATTTGATCTTTGAATACAGGAAACGGTCGGTCCTTCTTTATGGAATATTGCAC

>TRINITY_DN39054_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GTTTCCATTATAATGATCTTTTAGGTGTCATGGCTGGTCTGTATGTGTGTGCAGCTGGATTCCTGTCAGCCAAATTCAGACGAGGATCGCCATTTCGAATGAGGCAATTTCGTTCAAAAGCAACGAAAGATGCCATTGCGAGAGCAACAAACAGATTGTGTGGTCAAAATGCACAAATGGCATGCGTGGTGTATCACTAT
CCATGTTTTGATGGGGCTTTTGCTGCATTGGCCGCGTACCTATACCACTCCGTTGTCGGACTTCCCGCTGTTTTTCTGCCAAATTCCATCCTTGATCCTCTCAGGGTAGAAGATTTTGATTGCAAAAAGATTCACACTTGTTATCTTCTTGATTTTGTTGGACCAGAAGGGTTTGCAATCAATCTTTCTAAGATAGTAAA
AGAGGCAATTGGTGCTGTCATATATGAGCAGCGAGGTATGCTCAAGATAAGCCTACGGACTGCAGACAATTCAATTGATACAACTGAAATCGCAAGGGCTTATGGTGGTGGAGGACACCCTCGAGCAAGCTCTTTTTTTCTTTGCCGAGAAGAATTTAGAAAGTGGAAGTGCTAGTTTAAATCAAGTTGGTTgtatgata
tagtttctagttatccattcctttgatatagaggcattggttattacttatttttattttttattatgattaaagtgcacatttgtagggccattgattattgtaataagccaagattcctcttgatttatactgacaaattcatataatatgtaggcttatggtggtggaggacaccctcgagcaagctcttttttttc
tttgccgagaagaatttagaaagtggaagtgctagtttgaatcaagttggttgtatgatatagtttctagttatccattcctttgatatagaggcattggttattacttatttttattttttattatgattaaagtgcacatttgtagggccattgattattgtaataagccaagattcctcttgatttatactgacaaa
ttcatataatatgtagGCTTATGGTGGTGGAGGACACCCTCGAGCAAGCTCTTTTTTTCTTTGCCGAGAAGAATTTAGAAAGTGGAAGTGCTAGTTTGAATCAAGTTGGTTGTATGATATAGTTTCTAGTTATGCGGATAGGTGGAAGGAAAAGAATGCTTTTGTCGCTTATGCTCCTTTGTATGTGTGCATGCAAGGAA
GATGAATGGTGGTAGTTTATGATAGAATATTTTGATTGTTTATTGTTATATAATATATTTTTTTGTAATTCAATTTGATCTTTGAATACAGGAAACGGTCGGTCCTTCTTTATGGAATATTGCAC