sp|Q9FPS4|UBP23_ARATH ----> Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 23


Intron 1 GTATCCTAAA ... CTGGTATCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A120.7244716
A219.3461012
A321.03468.516
A419.1940145
A528271011
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A722.862779
A811.11410
A923.08512
A1011.112451



>TRINITY_DN122454_c0_g3_i1 from sample A2 / Example spliced isoform
CATCAGTCTTTTGTTTTCCTCATTCAACGATGACTAGAGCTCAAACCCTAATATAGAAGTAGACCGGTGGTAAGAAAAAATGACCACCCGAAAATAGGTGAAACCACTTAATCTAAGATCAAAGGTCTATACTTCAAAGTCCTCTAAACCTCATGACCAGCCAAGGCAGTAAAAGGTTCACAATAGACATTAAACCCCAT
AATTTGGCCAACGCAGCATAAGGTTTAGGGCTTATAGCCGAAGAAAATTGCCTCCTGGCGGCTGCACGATAAAATACCAAAATCTGCTGAACGGCAACGATATTTGGGAAGATCTCTACTGAAGAATCCTTAAGAAGACCGCCACCCATACGAAGAATCGCTTCTAGATTCCAAACAAGCAATTGGGTGATTGAAATCCA
TCGTCCATGGCCACTAAATTTCGAGAAAACGGTGGCCTGTGTCCAAGAAAAAGGCCCTACGAGGATCCTCTGTTACAGAGGCGGATGATCTCATATCGTTCTCAGGAGGCAGCAAACTGTTCTAATTCTGGGAGGATAAGGCGGAACAATGAGCCCACAGAGCTGTCACTGGATCTAGAGCTCACAGGGCGAATTAGGAA
AATTGGCGCTGGCTTGGAAAACCTTGGAAATACCTGTTTTCTGAATTCGGTTCTACAATGTCTCACTTACACAGAGCCCTTGGCTGCTTACTTACAGAGCGGTAGACATAAGAAAATTTGTCGTGCATCTGGATTCTGTGCAATGTGTGCAATACAAAACCATGTCATGAATGCTCTGGCTTCAAGTGGGAAGATTTTGG
CACCTTCTCATTTGGTGAAGAACTTGCGTTGCATATCTCGCAACTTCCGCATTTCAAGACAGGAAGATGCTCATGAATACATGGTAAATCTAATGGAGTCCATGCACAGATGTTGTCTGCCTTCGGGGATAGCCAGTGAATCTCCAAGTGCATATGAAAAAAGCCTTGTACACAAAATTTTTGGTGGTCGTCTCAGGAAT
CAGGTCAAGTGCACACAATGTTCATATGGTTCCAATAAATATGATCCTTTCTTAGATTTGAGTCTACAGATTGTACAGGCAGACTCATTGTTGAAGGCACTTTCACAGTACTTTGCAGAGGAGCAATTAGATGGAGGAGAGAAAGTATATCAATGTGTACAATGTAAAGTAAAAGTTCAAGCTCTAATACAACTCACAGT
AGACAAGGCTCCAAACATCCTTGCCATTCATCTGAAACGCTTCAACCCAGGAGGATATGGGGGGAAAATTAATAAGAAAGTTGAGTTTGTGCCTGCATTAGATATGAAACCTTTTGTGAGTGGTCCACATGAAGGGGATTTAAAATATACCCTCTATGGTGTTCTGGTGCATGCTGGCTCAAGCTCAAATTCTGGCCATT
ACTACTGCTTCATTCGTACGTCCAGTGGCATCTGGTATGCTCTGGATGATAATCGGGTATATCAAGTTAGTGAGAAATCAGTATTAGACCAGAAGGCTTACATGCTCTTCTATGTACGTAATAGAAGAGCAACAAATCAACCATTATTTAAACGTGAACATCAGGGCAGTGAACTCAAGAATAATAAAGAAAAATCAGCA
AATGTAGTATCTGGAAAGGAAAGTCAATCACTTGCTTCTTCAGCTGGTTCTATTTTAAAAGGGTCATTCTGTTTGAACTCTGACAATGCAGCAGTTTCAGAAGCAAAGGATTTGGTACCAAGAAAGGAAACACTTTTAGATGGGAATTCTTCTTTGGAAGTTGCAGAAGCCAGGCATAAAACAAGGCTCTCATCTTCTGC
TGGTGAAAAACCTGTCAGCATTGGATCTTTGTCAAAGCTTCCCTCTACATGGAACTCAGATGGGATGAAAAATGGAAGTATGGCCACACAAGGTGCTACTAGCAACGGGTTGCAAGGTGTTGCACCTATGAATAATGTAAATATGTTGGATCCTGGAACTGATAATGAGCATAGGATAGCTAAGGATTCAGTTGGTAGTA
CTGATAATGGGCATAAGACTTCTGTACATTTGACTAACGGTGTTTCCAGTGGAGGGCAGAAGATTGTTGAACACTTGGAAAACGGGGATACGATGAATCATGAGCATGGTAAAGGATATTCTCTTGCTAAGGAAATGCCAGATTGTAAAATAATCAATCAGGGTGCTGCTAATGTACATCAGGTTGATGAAGCTCTCATG
GATGTTCATACTAATATGAGTATTCATGGGACAGATTTGAGGAATAATGATACTGACGTTTCATCATTAGGAAATGTCTCTGTAATAGCTCAGAATCCTGGAAATGGCAATTCCTTACTCTCTAAAGACCATGCAATTCTGAAAGTTTCATCAAAGATGATTGAACCTGGTAGTCTATCTAATCTGACAGAGGAGCATAG
TTGTTTGTTGCAAAAGCAGGATTCAAATACTCTTTTCCACAGTAAAAAAGTGAAACTTTGGAAGCAATACTTGAGGCTTTTAAGAATCATACCATTGGCACGGGGGCACTTGCTTCTTAGCGCTCTTAAGGTTTCAAGAAGGAAAAGTTCCCTCAAAAGGAAAAAACGGCATCTCCTCAAGTCCAAGGCTTCATCTCAGA
GCAAGTCAATGAATCTGCTGAAGCATGATAAAATATTCCTTACATCACAATGTACTCTTGTACCTAAAAGGCAGAAGAAGACTATTGTAGTTGCTGGGGAAACACCAGTTGTTGGAAATAAACCTGGAATTAATGTTGCAAATAATATGTCAAATGGAAAGTATTGCCTTGATTCTTGCCAGGATGTCGAGAACCATGGA
TTGAAGGCTTTGCCCATTCAAAATGGCCGTGTGTTTGTCAAAGCCGAGGAAAGTAACTTTCAATCCCGTTTGCATCTTGGGTTTGGTCAATGCAGTTCCCGACAGATTTGTACACAAGATGGTCTGTTTGAGGCAGAAGAACTAAAAGAGAACATTGAGGAGCGATGTAGTGGTACTGTGGCAGAGGTATCTGGCACCAT
GTGTTTGAAACATAATGGTAATGATCTTGGGCTATGTCCTGGAACAAATAAGAAAGAATTTTCATCAGTCATGCATACATTGCAGAGTGGAGATGCTTCTGCTTCCATAGTAGGTATACATGATAGGAGATCCCTTGATAGCCATTATTTGAATGGCACCTCTTCAAAATTTTTGAAAGTGTCTGCACAAGATAGGCCAC
GAGTCGCTCAAACTCATTTTACATCTCTTGAGGCTGGATTACATGAAGCAACAGGAATTTCGAAATCGATGCGAATGGAGCCTGATGGAGAAGAGATTGACATAGCCATCGATGAGAAAAAAGCCTCAGATGGTTATGTTTTAGAAGGATGGGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCA
TCTGAGAATGGCATGGTGTATGGTGATAAAAGACATTATAATAAATGCAAAAATCCTTTTCAGGTGATTTCAAGTGGTAAACATAAAATTAAAAACAAACAATCAAGGGGAAGACACAGTGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAGGATCTGAGAATCTTCAAAAGACATTGATGACACCACAAAGTGTCATGTTGTAACGTA
ATATATTTTCCTTAGTGTAAGGCATATTGCCTTTTATATCATATTCAAATTCAAGCCTTCGAGGACAAGCCTATTGCAACAGGCTTCCGTGTGAAAGACGTGCGGCAAACAAGTCATCGGAACAATGAAATGAGTTTATAGTTGCTCGTAAGTTGTAACGTAGTTTATGTTGATTTGCTCAAAAATTGAGGAAGTATGTC
AACTGAGTTTTGCAAATTTTTTATTTGTTATTGGCAGTAACGAAAGCTCGCAGGTATAAAATCTGTTTCCAGAGTATTGTTTTGGAATATCAACTAAGAACATTGAGGTCCTTTTTTCAAGCCTGATGCATTAGTAAAGTTTGCTTCAGGATTTGCGAGTGGCTAGTTCTGTAGTTAGAATATATTTTATGCATGTG


>TRINITY_DN122454_c0_g3_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:
CATCAGTCTTTTGTTTTCCTCATTCAACGATGACTAGAGCTCAAACCCTAATATAGAAGTAGACCGGTGGTAAGAAAAAATGACCACCCGAAAATAGGTGAAACCACTTAATCTAAGATCAAAGGTCTATACTTCAAAGTCCTCTAAACCTCATGACCAGCCAAGGCAGTAAAAGGTTCACAATAGACATTAAACCCCAT
AATTTGGCCAACGCAGCATAAGGTTTAGGGCTTATAGCCGAAGAAAATTGCCTCCTGGCGGCTGCACGATAAAATACCAAAATCTGCTGAACGGCAACGATATTTGGGAAGATCTCTACTGAAGAATCCTTAAGAAGACCGCCACCCATACGAAGAATCGCTTCTAGATTCCAAACAAGCAATTGGGTGATTGAAATCCA
TCGTCCATGGCCACTAAATTTCGAGAAAACGGTGGCCTGTGTCCAAGAAAAAGGCCCTACGAGGATCCTCTGTTACAGAGGCGGATGATCTCATATCGTTCTCAGGAGGCAGCAAACTGTTCTAATTCTGGGAGGATAAGGCGGAACAATGAGCCCACAGAGCTGTCACTGGATCTAGAGCTCACAGGGCGAATTAGGAA
AATTGGCGCTGGCTTGGAAAACCTTGGAAATACCTGTTTTCTGAATTCGGTTCTACAATGTCTCACTTACACAGAGCCCTTGGCTGCTTACTTACAGAGCGGTCGACATAAGAAAATTTGTCGTGCATCTGGATTCTGTGCAATGTGTGCAATACAAAACCATGTCATGAATGCTCTGGCTTCAAGTGGGAAGATTTTGG
CACCTTCTCATCTGGTGAAGAACTTGCGTTgtatcctaaattttgatagaacatttgtttggagaatataagttagtctgtccatttttgaatctctatagtatcccattaatagctcttgccatttttgagaataaaactctagagtttgtcagatgctgtgattcttgacctggtatcagGCATATCTCGCAACTTCC
GCATTTCAAGACAGGAAGATGCTCATGAATACATGGTAAATCTAATGGAGTCCATGCACAGATGTTGTCTGCCTTCGGGGATAGCCAGTGAATCTCCAAGTGCATATGAAAAAAGCCTTGTACACAAAATTTTTGGTGGTCGTCTCAGGAATCAGGTCAAGTGCACACAATGTTCATATGGTTCCAATAAATATGATCCT
TTCTTAGATTTGAGTCTACAGATTGTACAGGCAGACTCATTGTTGAAGGCACTTTCACAGTACTTTGCAGAGGAGCAATTAGATGGAGGAGAGAAAGTATATCAATGTGTACAATGTAAAGTAAAAGTTCAAGCTCTAATACAACTCACAGTAGACAAGGCTCCAAACATCCTTGCCATTCATCTGAAACGCTTCAACCC
AGGAGGATATGGGGGGAAAATTAATAAGAAAGTTGAGTTTGTGCCTGCATTAGATATGAAACCTTTTGTGAGTGGTCCACATGAAGGGGATTTAAAATATACCCTCTATGGTGTTCTGGTGCATGCTGGCTCAAGCTCAAATTCTGGCCATTACTACTGCTTCATTCGTACGTCCAGTGGCATCTGGTATGCTCTGGATG
ATAATCGGGTATATCAAGTTAGTGAGAAATCAGTATTAGACCAGAAGGCTTACATGCTCTTCTATGTACGTAATAGAAGAGCAACAAATCAACCATTATTTAAACGTGAACATCAGGGCAGTGAACTCAAGAATAATAAAGAAAAATCAGCAAATGTAGTATCTGGAAAGGAAAGTCAATCACTTGCTTCTTCAGCTGGT
TCTATTTTAAAAGGGTCATTCTGTTTGAACTCTGACAATGCAGCAGTTTCAGAAGCAAAGGATTTGGTACCAAGAAAGGAAACACTTTTAGATGGGAATTCTTCTTTGGAAGTTGCAGAAGCCAGGCATAAAACAAGGCTCTCATCTTCTGCTGGTGAAAAACCTGTCAGCATTGGATCTTTGTCAAAGCTTCCCTCTAC
ATGGAACTCAGATGGGATGAAAAATGGAAGTATGGCCACACAAGGTGCTACTAGCAACGGGTTGCAAGGTGTTGCACCTATGAATAATGTAAATATGTTGGATCCTGGAACTGATAATGAGCATAGGATAGCTAAGGATTCAGTTGGTAGTACTGATAATGGGCATAAGACTTCTGTACATTTGACTAACGGTGTTTCCA
GTGGAGGGCAGAAGATTGTTGAACACTTGGAAAACGGGGATACGATGAATCATGAGCATGGTAAAGGATATTCTCTTGCTAAGGAAATGCCAGATTGTAAAATAATCAATCAGGGTGCTGCTAATGTACATCAGGTTGATGAAGCTCTCATGGATGTTCATACTAATATGAGTATTCATGGGACAGATTTGAGGAATAAT
GATACTGACGTTTCATCATTAGGAAATGTCTCTGTAATAGCTCAGAATCCTGGAAATGGCAATTCCTTACTCTCTAAAGACCATGCAATTCTGAAAGTTTCATCAAAGATGATTGAACCTGGTAGTCTATCTAATCTGACAGAGGAGCATAGTTGTTTGTTGCAAAAGCAGGATTCAAATACTCTTTTCCACAGTAAAAA
AGTGAAACTTTGGAAGCAATACTTGAGGCTTTTAAGAATCATACCATTGGCACGGGGGCACTTGCTTCTTAGCGCTCTTAAGGTTTCAAGAAGGAAAAGTTCCCTCAAAAGGAAAAAACGGCATCTCCTCAAGTCCAAGGCTTCATCTCAGAGCAAGTCAATGAATCTGCTGAAGCATGATAAAATATTCCTTACATCAC
AATGTACTCTTGTACCTAAAAGGCAGAAGAAGACTATTGTAGTTGCTGGGGAAACACCAGTTGTTGGAAATAAACCTGGAATTAATGTTGCAAATAATATGTCAAATGGAAAGTATTGCCTTGATTCTTGCCAGGATGTCGAGAACCATGGATTGAAGGCTTTGCCCATTCAAAATGGCCGTGTGTTTGTCAAAGCCGAG
GAAAGTAACTTTCAATCCCGTTTGCATCTTGGGTTTGGTCAATGCAGTTCCCGACAGATTTGTACACAAGATGGTCTGTTTGAGGCAGAAGAACTAAAAGAGAACATTGAGGAGCGATGTAGTGGTACTGTGGCAGAGGTATCTGGCACCATGTGTTTGAAACATAATGGTAATGATCTTGGGCTATGTCCTGGAACAAA
TAAGAAAGAATTTTCATCAGTCATGCATACATTGCAGAGTGGAGATGCTTCTGCTTCCATAGTAGGTATACATGATAGGAGATCCCTTGATAGCCATTATTTGAATGGCACCTCTTCAAAATTTTTGAAAGTGTCTGCACAAGATAGGCCACGAGTCGCTCAAACTCATTTTACATCTCTTGAGGCTGGATTACATGAAG
CAACAGGAATTTCGAAATCGATGCGAATGGAGCCTGATGGAGAAGAGATTGACATAGCCATCGATGAGAAAAAAGCCTCAGATGGTTATGTTTTAGAAGGATGGGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCATCTGAGAATGGCATGGTGTATGGTGATAAAAGACATTATAATAAATGC
AAAAATCCTTTTCAGGTGATTTCAAGTGGTAAACATAAAATTAAAAACAAACAATCAAGGGGAAGACACAGTGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAGGATCTGAGAATCTTCAAAAGACATTGATGACACCACAAAGTGTCATGTTGTAACGTAATATATTTTCCTTAGTGTAAGGCATATTGCCTTTTATATCATATTCAA
ATTCAAGCCTTCGAGGACAAGCCTATTGCAACAGGCTTCCGTGTGAAAGACGTGCGGCAAACAAGTCATCGGAACAATGAAATGAGTTTATAGTTGCTCGTAAGTTGTAACGTAGTTTATGTTGATTTGCTCAAAAATTGAGGAAGTATGTCAACTGAGTTTTGCAAATTTTTTATTTGTTATTGGCAGTAACGAAAGCT
CGCAGGTATAAAATCTGTTTCCAGAGTATTGTTTTGGAATATCAACTAAGAACATTGAGGTCCTTTTTTCAAGCCTGATGCATTAGTAAAGTTTGCTTCAGGATTTGCGAGTGGCTAGTTCTGTAGTTAGAATATATTTTATGCATGTG




Intron 2 GTAAGTCAAT ... TCACTTATAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A120.81591318
A223.19531319
A321.25631816
A420.78611418
A521.28371010
A620402
A714.245.396
A814.291824
A92527144
A1019.053497



>TRINITY_DN109251_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform
TGTGTGCACTTGACCTGATTCCTGAGACGACCACCAAAAATTTTGTGTACAAGGCTTTTTTCATAGTACTTTGCAGAGGAGCAATTAGATGGAGGAGAGAAAGTATATCAATGTGTACAATGTAAAGTAAAAGTTCAAGCTCTAATACAACTCACAGTAGACAAGGCTCCAAACATCCTTGCCATTCATCTGAAACGCTT
CAACCCAGGAGGATATGGGGGGAAAATTAATAAGAAAGTTGAGTTTGTGCCTGCATTAGATATGAAACCTTTTGTGAGTGGTCCACATGAAGGGGATTTAAAATATACCCTCTATGGTGTTCTGGTGCATGCTGGCTCAAGCTCAAATTCTGGCCATTACTACTGCTTCATTCGTACGTCCAGTGGCATCTGGTATGCTC
TGGATGATAATCGGGTATATCAAGTTAGTGAGAAATCAGTATTAGACCAGAAGGCTTACATGCTCTTCTATGTACGTAATAGAAGAGCAACAAATCAACCATTATTTAAACGTGAACATCAGGGCAGTGAACTCAAGAATAATAAAGAAAAATCAGCAAATGTAGTATCTGGAAAGGAAAGTCAATCACTTGCTTCTTCA
GCTGGTTCTATTTTAAAAGGGTCATTCTGTTTGAACTCTGACAATGCAGCAGTTTCAGAAGCAAAGGATTTGGTACCAAGAAAGGAAACACTTTTAGATGGGAATTCTTCTTTGGAAGTTGCAGAAGCCAGGCATAAAACAAGGCTCTCATCTTCTGCTGGTGAAAAACCTGTCAGCATTGGATCTTTGTCAAAGCTTCC
CTCTACATGGAACTCAGATGGGATGAAAAATGGAAGTATGGCCACACAAGGTGCTACTAGCAACGGGTTGCAAGGTGTTGCACCTATGAATAATGTAAATATGTTGGATCCTGGAACTGATAATGAGCATAGGATAGCTAAGGATTCAGTTGGTAGTACTGATAATGGGCATAAGACTTCTGTACATTTGACTAACGGTG
TTTCCAGTGGAGGGCAGAAGATTGTTGAACACTTGGAAAACGGGGATACGATGAATCATGAGCATGGTAAAGGATATTCTCTTGCTAAGGAAATGCCAGATTGTAAAATAATCAATCAGGGTGCTGCTAATGTACATCAGGTTGATGAAGCTCTCATGGATGTTCATACTAATATGAGTATTCATGGGACAGATTTGAGG
AATAATGATACTGATGTTTCATCATTAGGAAATGTCTCTGTAATAGCTCAGAATCCTGGAAATGGCAATTCCTTACTCTCTAAAGACCATGCAATTCTGAAAGTTTCATCAAAGATGATTGAACCTGGTAGTCTATCTAATCTGACAGAGGAGCATAGTTGTTTGTTGCAAAAGCAGGATTCAAATACTCTTTTCCACAG
TAAAAAAGTGAAACTTTGGAAGCAATACTTGAGGCTTTTAAGAATCATACCATTGGCACGGGGGCACTTGCTTCTTAGCGCTCTTAAGGTTTCAAGAAGGAAAAGTTCCCTCAAAAGGAAAAAACGGTATCTCCTCAAGTCCAAGGCTTCATCTCAGAGCAAGTCAATGAATCTGCTGAAGCATGATAAAATATTCCTTA
CATCACAATGTACTCTTGTACCTAAAAGGCAGAAGAAGACTATTGTAGTTGCTGGGGAAACACCGGTTGTTGGAAATAAACCTGGAATTAATGTTGCAAATAATATGTCAAATGGAAAGTATTGCCTTGATTCTTGCCAGGATGTCGAGAACCATGGATTGAAGGCTTTGCCCATTCAAAATGGCCGTGTGTTTGTCAAA
GCTGAGGAAAGTAACTTTCAATCCCGTTTGCATCTTGGGTTTGGTCAATGCAGTTCCCGACAGATTTGTACACAAGATGGTCTGTTTGAGGCAGAAGAACTAAAAGAGAACATTGAGGAGCGATGTAGTGGTACTGTGGCAGAGGTATCTGGCACCATGTGTTTGAAACATAATGGTAATGATCTTGGGCTATGTCCTGG
AACAAATAAGAAAGAATTTTCATCAGTCATGCATACATTGCAGAGTGGAGATGCTTCTGCTTCCATAGTAGGTATACATGATAGGAGATCCCTTGATAGCCATTATTTGAATGGCACCTCTTCAAAATTTTTGAAAGTGTCTGCACAAGATAGGCCACGAGTCGCTCAAACTCATTTTACATCTCTTGAGGCTGGATTAC
ATGAAGCAACAGGAATTTCGAAATCGATGCGAATGGAGCCTGATGGAGAAGAGATTGACATAGCCATCGATGAGAAAAAAGCCTCAGATGGTTATGTTTTAGAAGGATGGGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCATCTGAGAATGGCATGGTGTATGGTGATAAAAGACATTATAAT
AAATGCAAAAATCCTTTTCAGGTGATTTCAAGTGGTAAACATAAAATTAAAAACAAACAATCAAGGGGAAGACACAGTGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAGGATCTGAGAATCTTCAAAAGACATTGATGACACCACAAAGTGTCATGTTGTAACGTAATATATTTTCCTTAGTGTAAGGCATATTGCCTTTTATATCAT
ATTCAAATTCAAGCCTTCGAGGACAAGCCTATTGCAACAGGCTTCCGTGTGAAAGACGTGCGGCAAACAAGTCATCGGAACAATGAAATGAGTTTATAGTTGCTCGTAAGTTGTAACGTAGTTTATGTTGATTTGCTCAAAAATTGAGGAAGTATGTCAACTGAGTTTTGCAAATTTTTTATTTGTTATTGGCAGTAACC
AAAGCTCGCAGGTATAAAATCTGTTTCCAGAGTATTGTTTTGGAATATCAACTAAGAACATTGAGGTCCTTTTTTCAAGCCTGATGCATTAGTAAAGTTTGCTTCAGGATTTGCGAGTGGCTAGTTCTGTAGTTAGAATATATTTTATGCATGTGCCATTGCTTTGTATGTTTATGGGTGGG


>TRINITY_DN109251_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:
CAGGTCAAGTGCACACAATGTTCATATGGTTCCAATAAATATGATCCTTTCCTAGATTTGAGTCTACAGATTGTACAGGCAGACTCATTGTTGAAGGCACTTTCACAGTACTTTGCAGAGGAGCAATTAGATGGAGGAGAGAAAGTATATCAATGTGTACAATGTAAAGTAAAAGTTCAAGCTCTAATACAACTCACAGT
AGACAAGGCTCCAAACATCCTTGCCATTCATCTGAAACGCTTCAACCCAGGAGGATATGGGGGGAAAATTAATAAGAAAGTTGAGTTTGTGCCTGCATTAGATATGAAACCTTTTGTGAGTGGTCCACATgtaagtcaataccttcactatgtgcacttttatttgactttcatagaactcgtgtaacagcccaattggc
atattcttgtttttgtgtcacttatag
GAAGGGGATTTAAAATATACCCTCTATGGTGTTCTGGTGCATGCTGGCTCAAGCTCAAATTCTGGCCATTACTACTGCTTCATTCGTACGTCCAGTGGCATCTGGTATGCTCTGGATGATAATCGGGTATATCAAGTTAGTGAGAAATCAGTATTAGACCAGAAGGCTTACAT
GCTCTTCTATGTACGTAATAGAAGAGCAACAAATCAACCATTATTTAAACGTGAACATCAGGGCAGTGAACTCAAGAATAATAAAGAAAAATCAGCAAATGTAGTATCTGGAAAGGAAAGTCAATCACTTGCTTCTTCAGCTGGTTCTATTTTAAAAGGGTCATTCTGTTTGAACTCTGACAATGCAGCAGTTTCAGAAG
CAAAGGATTTGGTACCAAGAAAGGAAACACTTTTAGATGGGAATTCTTCTTTGGAAGTTGCAGAAGCCAGGCATAAAACAAGGCTCTCATCTTCTGCTGGTGAAAAACCTGTCAGCATTGGATCTTTGTCAAAGCTTCCCTCTACATGGAACTCAGATGGGATGAAAAATGGAAGTATGGCCACACAAGGTGCTACTAGC
AACGGGTTGCAAGGTGTTGCACCTATGAATAATGTAAATATGTTGGATCCTGGAACTGATAATGAGCATAGGATAGCTAAGGATTCAGTTGGTAGTACTGATAATGGGCATAAGACTTCTGTACATTTGACTAACGGTGTTTCCAGTGGAGGGCAGAAGATTGTTGAACACTTGGAAAACGGGGATACGATGAATCATGA
GCATGGTAAAGGATATTCTCTTGCTAAGGAAATGCCAGATTGTAAAATAATCAATCAGGGTGCTGCTAATGTACATCAGGTTGATGAAGCTCTCATGGATGTTCATACTAATATGAGTATTCATGGGACAGATTTGAGGAATAATGATACTGATGTTTCATCATTAGGAAATGTCTCTGTAATAGCTCAGAATCCTGGAA
ATGGCAATTCCTTACTCTCTAAAGACCATGCAATTCTGAAAGTTTCATCAAAGATGATTGAACCTGGTAGTCTATCTAATCTGACAGAGGAGCATAGTTGTTTGTTGCAAAAGCAGGATTCAAATACTCTTTTCCACAGTAAAAAAGTGAAACTTTGGAAGCAATACTTGAGGCTTTTAAGAATCATACCATTGGCACGG
GGGCACTTGCTTCTTAGCGCTCTTAAGGTTTCAAGAAGGAAAAGTTCCCTCAAAAGGAAAAAACGGTATCTCCTCAAGTCCAAGGCTTCATCTCAGAGCAAGTCAATGAATCTGCTGAAGCATGATAAAATATTCCTTACATCACAATGTACTCTTGTACCTAAAAGGCAGAAGAAGACTATTGTAGTTGCTGGGGAAAC
ACCGGTTGTTGGAAATAAACCTGGAATTAATGTTGCAAATAATATGTCAAATGGAAAGTATTGCCTTGATTCTTGCCAGGATGTCGAGAACCATGGATTGAAGGCTTTGCCCATTCAAAATGGCCGTGTGTTTGTCAAAGCTGAGGAAAGTAACTTTCAATCCCGTTTGCATCTTGGGTTTGGTCAATGCAGTTCCCGAC
AGATTTGTACACAAGATGGTCTGTTTGAGGCAGAAGAACTAAAAGAGAACATTGAGGAGCGATGTAGTGGTACTGTGGCAGAGGTATCTGGCACCATGTGTTTGAAACATAATGGTAATGATCTTGGGCTATGTCCTGGAACAAATAAGAAAGAATTTTCATCAGTCATGCATACATTGCAGAGTGGAGATGCTTCTGCT
TCCATAGTAGGTATACATGATAGGAGATCCCTTGATAGCCATTATTTGAATGGCACCTCTTCAAAATTTTTGAAAGTGTCTGCACAAGATAGGCCACGAGTCGCTCAAACTCATTTTACATCTCTTGAGGCTGGATTACATGAAGCAACAGGAATTTCGAAATCGATGCGAATGGAGCCTGATGGAGAAGAGATTGACAT
AGCCATCGATGAGAAAAAAGCCTCAGATGGTTATGTTTTAGAAGGATGGGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCATCTGAGAATGGCATGGTGTATGGTGATAAAAGACATTATAATAAATGCAAAAATCCTTTTCAGGTGATTTCAAGTGGTAAACATAAAATTAAAAACAAACAAT
CAAGGGGAAGACACAGTGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAGGATCTGAGAATCTTCAAAAGACATTGATGACACCACAAAGTGTCATGTTGTAACGTAATATATTTTCCTTAGTGTAAGGCATATTGCCTTTTATATCATATTCAAATTCAAGCCTTCGAGGACAAGCCTATTGCAACAGGCTTCCGTGTGAAAGACGTGC
GGCAAACAAGTCATCGGAACAATGAAATGAGTTTATAGTTGCTCGTAAGTTGTAACGTAGTTTATGTTGATTTGCTCAAAAATTGAGGAAGTATGTCAACTGAGTTTTGCAAATTTTTTATTTGTTATTGGCAGTAACCAAAGCTCGCAGGTATAAAATCTGTTTCCAGAGTATTGTTTTGGAATATCAACTAAGAACAT
TGAGGTCCTTTTTTCAAGCCTGATGCATTAGTAAAGTTTGCTTCAGGATTTGCGAGTGGCTAGTTCTGTAGTTAGAATATATTTTATGCATGTGCCATTGCTTTGTATGTTTATGGGTGGG




Intron 3 GTTATACAAT ... TGGATATCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A124.6426710
A226.79411317
A322.92371111
A421.132869
A52022011
A625.45411612
A726.76782136
A827.641444070
A925.12791538
A1026.89872143



>TRINITY_DN47926_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform
CATCAGTCTTTTGTTTTCCTCATTCAACGATGACTAGAGCTCAAACCCTAATATAGAAGTAGACCGGTGGTAAGAAAAAATGACCACCCGAAAATAGGTGAAACCACTTAATCTAAGATCAAAGGTCTATACTTCAAAGTCCTCTAAACCTCATGACCAGCCAAGGCAGTAAAAGGTTCACAATAGACATTAAACCCCAT
AATTTGGCCAACGCAGCATAAGGTTTAGGGCTTATAGCCGAAGAAAATTGCCTCCTGGCGGCTGCACGATAAAATACCAAAATCTGCTGAACGGCAACGATATTTGGGAAGATCTCTACTGAAGAATCCTTAAGAAGACCGCCACCCATACGAAGAATCGCTTCTAGATTCCAAACAAGCAATTGGGTGATTGAAATCCA
TCGTCCATGGCCACTAAATTTCGAGAAAACGGTGGCCTGTGTCCAAGAAAAAGGCCCTACGAGGATCCTCTGTTACAGAGGCGGATGATCTCATATCGTTCTCAGGAGGCAGCAAACTGTTCTAATTCTGGGAGGATAAGGCGGAACAATGAGCCCACAGAGCTGTCACTGGATCTAGAGCTCACAGGGCGAATTAGGAA
AATTGGCGCTGGCTTGGAAAACCTTGGAAATACCTGTTTTCTGAATTCGGTTCTACAATGTCTCACTTACACAGAGCCCTTGGCTGCTTACTTACAGAGCGGTCGACATAAGAAAATTTGTCGTGCATCTGGATTCTGTGCAATGTGTGCAATACAAAACCATGTCATGAATGCTCTGGCTTCAAGTGGGAAGATTTTGG
CACCTTCTCATCTGGTGAAGAACTTGCGTTGCATATCTCGCAACTTCCGCATTTCAAGACAGGAAGATGCTCATGAATACATGGTAAATCTAATGGAGTCCATGCACAGATGTTGTCTGCCTTCGGGGATAGCCAGTGAATCTCCAAGTGCATATGAAAAAAGTCTTGTACACAAAATTTTTGGTGGTCGTCTCAGGAAT
CAGGTCAAGTGCACACAATGTTCATATGGTTCCAATAAATATGATCCTTTCTTAGATTTGAGTCTACAGATTGTACAGGCAGACTCATTGTTGAAGGCACTTTCACAGTACTTTGCAGAGGAGCAATTAGATGGAGGAGAGAAAGTATATCAATGTGTACAATGTAAAGTAAAAGTTCAAGCTCTAATACAACTCACAGT
AGACAAGGCTCCAAACATCCTTGCCATTCATCTGAAACGCTTCAACCCAGGAGGATATGGGGGGAAAATTAATAAGAAAGTTGAGTTTGTGCCTGCATTAGATATGAAACCTTTTGTGAGTGGTCCACATGAAGGGGATTTAAAATATACCCTCTATGGTGTTCTGGTGCATGCTGGCTCAAGCTCAAATTCTGGCCATT
ACTACTGCTTCATTCGTACGTCCAGTGGCATCTGGTATGCTCTGGATGATAATCGGGTATATCAAGTTAGTGAGAAATCAGTATTAGACCAGAAGGCTTACATGCTCTTCTATGTACGTAATAGAAGAGCAACAAATCAACCATTATTTAAACGTGAACATCAGGGCAGTGAACTCAAGAATAATAAAGAAAAATCAGCA
AATGTAGTATCTGGAAAGGAAAGTCAATCACTTGCTTCTTCAGCTGGTTCTATTTTAAAAGGGTCACTCTGTTTGAACTCTGACAATGCAGCAGTTTCAGAAGCAAAGGATTTGGTACCAAGAAAGGAAACACTTTTAGATGGGAATTCTTCTTTGGAAGTTGCAGAAGCCAGGCATAAAACAAGGCTCTCATCTTCTGC
TGGTGAAAAACCTGTCAGCATTGGATCTTTGTCAAAGCTTCCCTCTACATGGAACTCAGATGGGATGAAAAATGGAAGTATGGCCACACAAGGTGCTACTAGCAACGGGTTGCAAGGTGTTGCACCTATGAATAATGTAAATATGTTGGATCCTGGAACTGATAATGAGCATAGGATAGCTAAGGATTCAGTTGGTAGTA
CTGATAATGGGCATAAGACTTCTGTACATTTGACTAACGGTGTTTCCAGTGGAGGGCAGAAGATTGTTGAACACTTGGAAAACGGGGATACGATGAATCATGAGCATGGTAAAGGATATTCTCTTGCTAAGGAAATGCCAGATTGTAAAATAATCAATCAGGGTGCTGCTAATGTACATCAGGTTGATGAAGCTCTCATG
GATGTTCATACTAATATGAGTATTCATGGGACAGATTTGAGGAATAATGATACTGATGTTTCATCATTAGGAAATGTCTCTGTAATAGCTCAGAATCCTGGAAATGGGAATTCCTTACTCTCTAAAGACCATGCAATTCTGAAAGTTTCATCAAAGATGATTGAACCTGGTAGTCTATCTAATCTGACAGAGGAGCATAG
TTGTTTGTTGCAAAAGCAGGATTCAAATACTCTTTTCCACAGTAAAAAAGTGAAACTTTGGAAGCAATACTTGAGGCTTTTAAGAATCATACCATTGGCACGGGGGCACTTGCTTCTTAGCGCTCTTAAGGTTTCAAGAAGGAAAAGTTCCCTCAAAAGGAAAAAACGGTATCTCCTCAAGTCCAAGGCTTCATCTCAGA
GCAAGTCAATGAATCTGCTGAAGCATGATAAAATATTCCTTACATCACAATGTACTCTTGTACCTAAAAGGCAGAAGAAGACTATTGTAGTTGCTGGGGAAACACCGGTTGTTGGAAATAAACCTGGAATTAATGTTGCAAATAATATGTCAAATGGAAAGTATTGCCTTGATTCTTGCCAGGATGTCGAGAACCATGGA
TTGAAGGCTTTGCCCATTCAAAATGGCCGTGTGTTTGTCAAAGCCGAGGAAAGTAACTTTCAATCCCGTTTGCATCTTGGGTTTGGTCAATGCAGTTCCCGACAGATTTGTACACAAGATGGTCTGTTTGAGGCAGAAGAACTCAAAGAGAACATTGAGGAGCGATGTAGTGGTACTGTGGCAGAGGTATCTGGCACCAT
GTGTTTGAAACATAATGGTAATGATCTTGGGCTATGTCCTGGAACAAATAAGAAAGAATTTTCATCAGTCATGCATACATTGCAGAGTGGAGATGCTTCTGCTTCCATAGTAGGTATACATGATAGGAGATCCCTTGATAGCCATTATTTGAATGGCACCTCTTCAAAATTTTTGAAAGTGTCTGCACAAGATAGGCCAC
GAGTCGCTCAAACTCATTTTACATCTCTTGAGGCTGGATTACATGAAGCAACAGGAATTTCGAAATCGATGCGAATGGAGCCTGATGGAGAAGAGATTGACATAGCCATCGATGAGAAAAAAGCCTCAGATGGTTATGTTTTAGAAGGATGGGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCA
TCTGAGAATGGCATGGTGTATGGTGATAAAAGACATTATAATAAATGCAAAAATCCTTTTCAGGTGATTTCAAGTGGTAAACATAAAATTAAAAACAAACAATCAAGGGGAAGACACAGTGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAGGATCTGAGAATCTTCAAAAGACATTGATGACACCACAAAGTGTCATGTTGTAACGTA
ATATATTTTCCTTAGTGTAAGGCATATTGCCTTTTATATCATATTCAAATTCAAGCCTTCGAGGACAAGCCTATTGCAACAGGCTTCCGTGTGAAAGACGTGCGGCAAACAAGTCATCGGAACAATGAAATGAGTTTATAGTTGCTCGTAAGTTGTAACGTAGTTTATGTTGATTTGCTCAAAAATTGAGGAAGTATGTC
AACTGAGTTTTGCAAATTTTTTATTTGTTATTGGCAGTAACCAAAGCTCGCAGGTATAAAATCTGTTTCCAGAGTATTGTTTTGGAATATCAACTAAGAACATTGAGGTCCTTTTTTCAAGCCTGATGCATTAGTAAAGTTTGCTTCAGGATTTGCGAGTGGCTAGTTCTGTAGTTAGAATATATTTTATGCATGTGCCA


>TRINITY_DN47926_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:
TGTGGTTTGGGGCACTTGATTGTAGGGCGCTGGCTTGGAAAACCTTGGAAATACCTGTTTTCTGAATTCGGTTCTACAATGTCTCACTTACACAGAGCCCTTGGCTGCTTACTTACAGAGCGGTCGACATAAGAAAATTTGTCGTGCATCTGGATTCTGTGCAATGTGTGCAATACAAAACCATGTCATGAATGCTCTGG
CTTCAAGTGGGAAGATTTTGGCACCTTCTCATCTGGTGAAGAACTTGCGTTGCATATCTCGCAACTTCCGCATTTCAAGACAGGAAGATGCTCATGAATACATGGTAAATCTAATGGAGTCCATGCACAGATGTTGTCTGCCTTCGGGGATAGCCAGTGAATCTCCAAGTGCATATGAAAAAAGTCTTGTACACAAAATT
TTTGGTGGTCGTCTCAGGAATCAGGTCAAGTGCACACAATGTTCATATGGTTCCAATAAATATGATCCTTTCTTAGATTTGAGTCTACAGATTGTACAGGCAGACTCATTGTTGAAGGCACTTTCACAGTACTTTGCAGAGGAGCAATTAGATGGAGGAGAGAAAGTATATCAATGTGTACAATGTAAAGTAAAAGTTCA
AGCTCTAATACAACTCACAGTAGACAAGGCTCCAAACATCCTTGCCATTCATCTGAAACGCTTCAACCCAGGAGGATATGGGGGGAAAATTAATAAGAAAGTTGAGTTTGTGCCTGCATTAGATATGAAACCTTTTGTGAGTGGTCCACATGAAGGGGATTTAAAATATACCCTCTATGGTGTTCTGGTGCATGCTGGCT
CAAGCTCAAATTCTGGCCATTACTACTGCTTCATTCGTACGTCCAGTGGCATCTGGTATGCTCTGGATGATAATCGGGTATATCAAGTTAGTGAGAAATCAGTATTAGACCAGAAGGCTTACATGCTCTTCTATGTACGTAATAGAAGAGCAACAAATCAACCATTATTTAAACGTGAACATCAGGGCAGTGAACTCAAG
AATAATAAAGAAAAATCAGCAAATGTAGTATCTGGAAAGGAAAGTCAATCACTTGCTTCTTCAGCTGGTTCTATTTTAAAAGGGTCACTCTGTTTGAACTCTGACAATGCAGCAGTTTCAGAAGCAAAGGATTTGGTACCAAGAAAGGAAACACTTTTAGATGGGAATTCTTCTTTGGAAGTTGCAGAAGCCAGGCATAA
AACAAGGCTCTCATCTTCTGCTGGTGAAAAACCTGTCAGCATTGGATCTTTGTCAAAGCTTCCCTCTACATGGAACTCAGATGGGATGAAAAATGGAAGTATGGCCACACAAGGTGCTACTAGCAACGGGTTGCAAGGTGTTGCACCTATGAATAATGTAAATATGTTGGATCCTGGAACTGATAATGAGCATAGGATAG
CTAAGGATTCAGTTGGTAGTACTGATAATGGGCATAAGACTTCTGTACATTTGACTAACGGTGTTTCCAGTGGAGGGCAGAAGATTGTTGAACACTTGGAAAACGGGGATACGATGAATCATGAGCATGGTAAAGGATATTCTCTTGCTAAGGAAATGCCAGATTGTAAAATAATCAATCAGGGTGCTGCTAATGTACAT
CAGGTTGATGAAGCTCTCATGGATGTTCATACTAATATGAGTATTCATGGGACAGATTTGAGGAATAATGATACTGATGTTTCATCATTAGGAAATGTCTCTGTAATAGCTCAGAATCCTGGAAATGGGAATTCCTTACTCTCTAAAGACCATGCAATTCTGAAAGTTTCATCAAAGATGATTGAACCTGGTAGTCTATC
TAATCTGACAGAGGAGCATAGTTGTTTGTTGCAAAAGCAGGATTCAAATACTCTTTTCCACAGTAAAAAAGTGAAACTTTGGAAGCAATACTTGAGGCTTTTAAGAATCATACCATTGGCACGGGGGCACTTGCTTCTTAGCGCTCTTAAGGTTTCAAGAAGGAAAAGTTCCCTCAAAAGGAAAAAACGGTATCTCCTCA
AGTCCAAGGCTTCATCTCAGAGCAAGTCAATGAATCTGCTGAAGCATGATAAAATATTCCTTACATCACAATGTACTCTTGTACCTAAAAGGCAGAAGAAGACTATTGTAGTTGCTGGGGAAACACCGGTTGTTGGAAATAAACCTGGAATTAATGTTGCAAATAATATGTCAAATGGAAAGTATTGCCTTGATTCTTGC
CAGGATGTCGAGAACCATGGATTGAAGGCTTTGCCCATTCAAAATGGCCGTGTGTTTGTCAAAGCCGAGGAAAGTAACTTTCAATCCCGTTTGCATCTTGGGTTTGGTCAATGCAGTTCCCGACAGATTTGTACACAAGATGGTCTGTTTGAGGCAGAAGAACTCAAAGAGAACATTGAGGAGCGATGTAGTGGTACTGT
GGCAGAGGTATCTGGCACCATGTGTTTGAAACATAATGGTAATGATCTTGGGCTATGTCCTGGAACAAATAAGAAAGAATTTTCATCAGTCATGCATACATTGCAGAGTGGAGATGCTTCTGCTTCCATAGTAGGTATACATGATAGGAGATCCCTTGATAGCCATTATTTGAATGGCACCTCTTCAAAATTTTTGAAAG
TGTCTGCACAAGATAGGCCACGAGTCGCTCAAACTCATTTTACATCTCTTGAGGCTGGATTACATGAAGCAACAGgttatacaatttttgtttttgcatttatacattgaagctttttaccctgaactgtgcatgtgtttttagatggcatcatcatttgactattgctttgtatggatatcagGAATTTCGAAATCGAT
GCGAATGGAGCCTGATGGAGAAGAGATTGACATAGCCACTGATGAGAAAAAGGCCTCAGATGGTTATGTTTTAGAAGGATGGGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCATCTGAGAATGGCATGGTGTATGGTGATAAAAGACATTATAATAAATGCAAAAATCCTTTTCAGGTGATTT
CAAGTGGTAAACATAAAATTAAAAACAAACAATCAAGGGGAAGACACGGCGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAG




Intron 4 GTAAAGTTTG ... GGATCTGCAG

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>TRINITY_DN122454_c0_g3_i4 from sample A2 / Example spliced isoform
CATCAGTCTTTTGTTTTCCTCATTCAACGATGACTAGAGCTCAAACCCTAATATAGAAGTAGACCGGTGGTAAGAAAAAATGACCACCCGAAAATAGGTGAAACCACTTAATCTAAGATCAAAGGTCTATACTTCAAAGTCCTCTAAACCTCATGACCAGCCAAGGCAGTAAAAGGTTCACAATAGACATTAAACCCCAT
AATTTGGCCAACGCAGCATAAGGTTTAGGGCTTATAGCCGAAGAAAATTGCCTCCTGGCGGCTGCACGATAAAATACCAAAATCTGCTGAACGGCAACGATATTTGGGAAGATCTCTACTGAAGAATCCTTAAGAAGACCGCCACCCATACGAAGAATCGCTTCTAGATTCCAAACAAGCAATTGGGTGATTGAAATCCA
TCGTCCATGGCCACTAAATTTCGAGAAAACGGTGGCCTGTGTCCAAGAAAAAGGCCCTACGAGGATCCTCTGTTACAGAGGCGGATGATCTCATATCGTTCTCAGGAGGCAGCAAACTGTTCTAATTCTGGGAGGATAAGGCGGAACAATGAGCCCACAGAGCTGTCACTGGATCTAGAGCTCACAGGGCGAATTAGGAA
AATTGGCGCTGGCTTGGAAAACCTTGGAAATACCTGTTTTCTGAATTCGGTTCTACAATGTCTCACTTACACAGAGCCCTTGGCTGCTTACTTACAGAGCGGTCGACATAAGAAAATTTGTCGTGCATCTGGATTCTGTGCAATGTGTGCAATACAAAACCATGTCATGAATGCTCTGGCTTCAAGTGGGAAGATTTTGG
CACCTTCTCATCTGGTGAAGAACTTGCGTTGTATCCTAAATTTTGATAGAACATTTGTTTGGAGAATATAAGTTAGTCTGTCCATTTTTGAATCTCTATAGTATCCCATTAATAGCTCTTGCCATTTTTGAGAATAAAACTCTAGAGTTTGTCAGATGCTGTGATTCTTGACCTGGTATCAGGCATATCTCGCAACTTCC
GCATTTCAAGACAGGAAGATGCTCATGAATACATGGTAAATCTAATGGAGTCCATGCACAGATGTTGTCTGCCTTCGGGGATAGCCAGTGAATCTCCAAGTGCATATGAAAAAAGCCTTGTACACAAAATTTTTGGTGGTCGTCTCAGGAATCAGGTCAAGTGCACACAATGTTCATATGGTTCCAATAAATATGATCCT
TTCTTAGATTTGAGTCTACAGATTGTACAGGCAGACTCATTGTTGAAGGCACTTTCACAGTACTTTGCAGAGGAGCAATTAGATGGAGGAGAGAAAGTATATCAATGTGTACAATGTAAAGTAAAAGTTCAAGCTCTAATACAACTCACAGTAGACAAGGCTCCAAACATCCTTGCCATTCATCTGAAACGCTTCAACCC
AGGAGGATATGGGGGGAAAATTAATAAGAAAGTTGAGTTTGTGCCTGCATTAGATATGAAACCTTTTGTGAGTGGTCCACATGAAGGGGATTTAAAATATACCCTCTATGGTGTTCTGGTGCATGCTGGCTCAAGCTCAAATTCTGGCCATTACTACTGCTTCATTCGTACGTCCAGTGGCATCTGGTATGCTCTGGATG
ATAATCGGGTATATCAAGTTAGTGAGAAATCAGTATTAGACCAGAAGGCTTACATGCTCTTCTATGTACGTAATAGAAGAGCAACAAATCAACCATTATTTAAACGTGAACATCAGGGCAGTGAACTCAAGAATAATAAAGAAAAATCAGCAAATGTAGTATCTGGAAAGGAAAGTCAATCACTTGCTTCTTCAGCTGGT
TCTATTTTAAAAGGGTCATTCTGTTTGAACTCTGACAATGCAGCAGTTTCAGAAGCAAAGGATTTGGTACCAAGAAAGGAAACACTTTTAGATGGGAATTCTTCTTTGGAAGTTGCAGAAGCCAGGCATAAAACAAGGCTCTCATCTTCTGCTGGTGAAAAACCTGTCAGCATTGGATCTTTGTCAAAGCTTCCCTCTAC
ATGGAACTCAGATGGGATGAAAAATGGAAGTATGGCCACACAAGGTGCTACTAGCAACGGGTTGCAAGGTGTTGCACCTATGAATAATGTAAATATGTTGGATCCTGGAACTGATAATGAGCATAGGATAGCTAAGGATTCAGTTGGTAGTACTGATAATGGGCATAAGACTTCTGTACATTTGACTAACGGTGTTTCCA
GTGGAGGGCAGAAGATTGTTGAACACTTGGAAAACGGGGATACGATGAATCATGAGCATGGTAAAGGATATTCTCTTGCTAAGGAAATGCCAGATTGTAAAATAATCAATCAGGGTGCTGCTAATGTACATCAGGTTGATGAAGCTCTCATGGATGTTCATACTAATATGAGTATTCATGGGACAGATTTGAGGAATAAT
GATACTGACGTTTCATCATTAGGAAATGTCTCTGTAATAGCTCAGAATCCTGGAAATGGCAATTCCTTACTCTCTAAAGACCATGCAATTCTGAAAGTTTCATCAAAGATGATTGAACCTGGTAGTCTATCTAATCTGACAGAGGAGCATAGTTGTTTGTTGCAAAAGCAGGATTCAAATACTCTTTTCCACAGTAAAAA
AGTGAAACTTTGGAAGCAATACTTGAGGCTTTTAAGAATCATACCATTGGCACGGGGGCACTTGCTTCTTAGCGCTCTTAAGGTTTCAAGAAGGAAAAGTTCCCTCAAAAGGAAAAAACGGCATCTCCTCAAGTCCAAGGCTTCATCTCAGAGCAAGTCAATGAATCTGCTGAAGCATGATAAAATATTCCTTACATCAC
AATGTACTCTTGTACCTAAAAGGCAGAAGAAGACTATTGTAGTTGCTGGGGAAACACCAGTTGTTGGAAATAAACCTGGAATTAATGTTGCAAATAATATGTCAAATGGAAAGTATTGCCTTGATTCTTGCCAGGATGTCGAGAACCATGGATTGAAGGCTTTGCCCATTCAAAATGGCCGTGTGTTTGTCAAAGCCGAG
GAAAGTAACTTTCAATCCCGTTTGCATCTTGGGTTTGGTCAATGCAGTTCCCGACAGATTTGTACACAAGATGGTCTGTTTGAGGCAGAAGAACTAAAAGAGAACATTGAGGAGCGATGTAGTGGTACTGTGGCAGAGGTATCTGGCACCATGTGTTTGAAACATAATGGTAATGATCTTGGGCTATGTCCTGGAACAAA
TAAGAAAGAATTTTCATCAGTCATGCATACATTGCAGAGTGGAGATGCTTCTGCTTCCATAGTAGGTATACATGATAGGAGATCCCTTGATAGCCATTATTTGAATGGCACCTCTTCAAAATTTTTGAAAGTGTCTGCACAAGATAGGCCACGAGTCGCTCAAACTCATTTTACATCTCTTGAGGCTGGATTACATGAAG
CAACAGGAATTTCGAAATCGATGCGAATGGAGCCTGATGGAGAAGAGATTGACATAGCCATCGATGAGAAAAAAGCCTCAGATGGTTATGTTTTAGAAGGATGGGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCATCTGAGAATGGCATGGTGTATGGTGATAAAAGACATTATAATAAATGC
AAAAATCCTTTTCAGGTGATTTCAAGTGGTAAACATAAAATTAAAAACAAACAATCAAGGGGAAGACACAGTGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAGGATCTGAGAATCTTCAAAAGACATTGATGACACCACAAAGTGTCATGTTGTAACGTAATATATTTTCCTTAGTGTAAGGCATATTGCCTTTTATATCATATTCAA
ATTCAAGCCTTCGAGGACAAGCCTATTGCAACAGGCTTCCGTGTGAAAGACGTGCGGCAAACAAGTCATCGGAACAATGAAATGAGTTTATAGTTGCTCGTAAGTTGTAACGTAGTTTATGTTGATTTGCTCAAAAATTGAGGAAGTATGTCAACTGAGTTTTGCAAATTTTTTATTTGTTATTGGCAGTAACGAAAGCT
CGCAGGTATAAAATCTGTTTCCAGAGTATTGTTTTGGAATATCAACTAAGAACATTGAGGTCCTTTTTTCAAGCCTGATGCATTAGTAAAGTTTGCTTCAGGATTTGCGAGTGGCTAGTTCTGTAGTTAGAATATATTTTATGCATGTG


>TRINITY_DN122454_c0_g3_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GGTGGTCGTCTCAGGAATCAGgtaaagtttgtggattggcaagaggcaactacatgattctagctttgatgaccaataatattaccagtgtgtaggatgtaatacaacttgctttaatgcttccagaatttccgttaacagttttgggcttttggttacatatggatctgcagGTCAAGTGCACACAATGTTCATATGGT
TCCAATAAATATGATCCTTTCTTAGATTTGAGTCTACAGATTGTACAGGCAGACTCATTGTTGAAGGCACTTTCACAGTACTTTGCAGAGGAGCAATTAGATGGAGGAGAGAAAGTATATCAATGTGTACAATGTAAAGTAAAAGTTCAAGCTCTAATACAACTCACAGTAGACAAGGCTCCAAACATCCTTGCCATTCA
TCTGAAACGCTTCAACCCAGGAGGATATGGGGGGAAAATTAATAAGAAAGTTGAGTTTGTGCCTGCATTAGATATGAAACCTTTTGTGAGTGGTCCACATG




Intron 5 GTAAGACTGC ... ATCTTTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN47557_c0_g3_i2 from sample A7 / Example spliced isoform
GAAACCACTTAATCTAAGATTAAAGGCCTATACTTGAAAGTCCATTAAACCTCATGACCAGCCAAGGCAGTAAAATGTTCACAATAGACATTAAACCCCATAATTTGGCCAACGCAGCATAAGGTTTAGGGCTTATAGCCGAAGAAAATTGCCTCCTGGCGGCTGCACGATAAAATACCAAAATCTGCTGAACGGCAACG
ATATTTGGGAAGATCTCTACTGAAGAATCCTTAAGAAGACCGCCACCCATACGAAGAATCGCTTCTAGATTCCAAACAAGCAATTGGGTGATTGAAATCCATCGTCCATGGCCACTAAATTTCGAGAAAACGGTGGCCTGTGTCCAAGAAAAAGGCCCTACGAGGATCCTCTGTTACAGAGGCGGATGATCTCATATCGT
TCTCAGGAGGCAGCAAACTGTTCTAATTCTGGGAGGATAAGGCGGAACAATGAGCCCACAGAGCTGTCACTGGATCTAGAGCTCACAGGGCGAATTAGGAAAATTGGCGCTGGCTTGGAAAACCTTGGAAATACCTGTTTTCTGAATTCGGTTCTACAATGTCTCACTTACACAGAGCCCTTGGCTGCTTACTTACAGAG
CGGTCGACATAAGAAAATTTGTCGTGCATCTGGATTCTGTGCAATGTGTGCAATACAAAACCATGTCATGAATGCTCTGGCTTCAAGTGGGAAGATTTTGGCACCTTCTCATTTGGTGAAGAACTTGCGTTGCATATCTCGCAACTTCCGCATTTCAAGACAGGAAGATGCTCATGAATACATGGTAAATCTAATGGAGT
CCATGCACAGATGTTGTCTGCCTTCGGGGATAGCCAGTGAATCTCCAAGTGCATATGAAAAAAGCCTTGTACACAAAATTTTTGGTGGTCGTCTCAGGAATCAGGTCAAGTGCACACAATGTTCATATGGTTCCAATAAATATGATCCTTTCCTAGATTTGAGTCTACAGATTGTACAGGCAGACTCATTGTTGAAGGCA
CTTTCACAGTACTTTGCAGAGGAGCAATTAGATGGAGGAGAGAAAGTATATCAATGTGTACAATGTAAAGTAAAAGTTCAAGCTCTAATACAACTCACAGTAGACAAGGCTCCAAACATCCTTGCCATTCATCTGAAACGCTTCAACCCAGGAGGATATGGGGGGAAAATTAATAAGAAAGTTGAGTTTGTGCCTGCATT
AGATATGAAACCTTTTGTGAGTGGTCCACATGAAGGGGATTTAAAATATACCCTCTATGGTGTTCTGGTGCATGCTGGCTCAAGCTCAAATTCTGGCCATTACTACTGCTTCATTCGTACGTCCAGTGGCATCTGGTATGCTCTGGATGATAATCGGGTATATCAAGTTAGTGAGAAATCAGTATTAGACCAGAAGGCTT
ACATGCTCTTCTATGTACGTAATAGAAGAGCAACAAATCAACCATTATTTAAACGTGAACATCAGGGCAGTGAACTCAAGAATAATAAAGAAAAATCAGCAAATGTAGTATCTGGAAAGGAAAGTCAATCACTTGCTTCTTCAGCTGGTTCTATTTTAAAAGGGTCATTCTGTTTGAACTCTGACAATGCAGCAGTTTCA
GAAGCAAAGGATTTGGTACCAAGAAAGGAAACACTTTTAGATGGGAATTCTTCTTTGGAAGTTGCAGAAGCCAGGCATAAAACAAGGCTCTCATCTTCTGCTGGTGAAAAACCTGTCAGCATTGGATCTTTGTCAAAGCTTCCCTCTACATGGAACTCAGATGGGATGAAAAATGGAAGTATGGCCACACAAGGTGCTAC
TAGCAACGGGTTGCAAGGTGTTGCACCTATGAATAATGTAAATATGTTGGATCCTGGAACTGATAATGAGCATAGGATAGCTAAGGATTCAGTTGGTAGTACTGATAATGGGCATAAGACTTCTGTACATTTGACTAACGGTGTTTCCAGTGGAGGGCAGAAGATTGTTGAACACTTGGAAAACGGGGATACGATGAATC
ATGAGCATGGTAAAGGATATTCTCTTGCTAAGGAAATGCCAGATTGTAAAATAATCAATCAGGGTGCTGCTAATGTACATCAGGTTGATGAAGCTCTCATGGATGTTCATACTAATATGAGTATTCATGGGACAGATTTGAGGAATAATGATACTGATGTTTCATCATTAGGAAATGTCTCTGTAATAGCTCAGAATCCT
GGAAATGGCAATTCCTTACTCTCTAAAGACCATGCAATTCTGAAAGTTTCATCAAAGATGATTGAACCTGGTAGTCTATCTAATCTGACAGAGGAGCATAGTTGTTTGTTGCAAAAGCAGGATTCAAATACTCTTTTCCACAGTAAAAAAGTGAAACTTTGGAAGCAATACTTGAGGCTTTTAAGAATCATACCATTGGC
ACGGGGGCACTTGCTTCTTAGCGCTCTTAAGGTTTCAAGAAGGAAAAGTTCCCTCAAAAGGAAAAAACGGCATCTCCTCAAGTCCAAGGCTTCATCTCAGAGCAAGTCAATGAATCTGCTGAAGCATGATAAAATATTCCTTACATCACAATGTACTCTTGTACCTAAAAGGCAGAAGAAGACTATTGTAGTTGCTGGGG
AAACACCAGTTGTTGGAAATAAACCTGGAATTAATGTTGCAAATAATATGTCAAATGGAAAGTATTGCCTTGATTCTTGCCAGGATGTCGAGAACCATGGATTGAAGGCTTTGCCCATTCAAAATGGCCGTGTGTTTGTCAAAGCCGAGGAAAGTAACTTTCAATCCCGTTTGCATCTTGGGTTTGGTCAATGCAGTTCC
CGACAGATTTGTACACAAGATGGTCTGTTTGAGGCAGAAGAACTCAAAGAGAACATTGAGGAGCGATGTAGTGGTACTGTGGCAGAGGTATCTGGCACCATGTGTTTGAAACATAATGGTAATGATCTTGGGCTATGTCCTGGAACAAATAAGAAAGAATTTTCATCAGTCATGCATACATTGCAGAGTGGAGATGCTTC
TGCTTCCATAGTAGGTATACATGATAGGAGATCCCTTGATAGCCATTATTTGAATGGCACCTCTTCAAAATTTTTGAAAGTGTCTGCACAAGATAGGCCACGAGTCGCTCAAACTCATTTTACATCTCTTGAGGCTGGATTACATGAAGCAACAGGAATTTCGAAATCGATGCGAATGGAGCCTGATGGAGAAGAGATTG
ACATAGCCATCGATGAGAAAAAAGCCTCAGATGGTTATGTTTTAGAAGGATGGGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCATCTGAGAATGGCATGGTGTATGGTGATAAAAGACATTATAATAAATGCAAAAATCCTTTTCAGGTGATTTCAAGTGGTAAACATAAAATTAAAAACAAA
CAATCAAGGGGAAGACACAGTGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAGGATCTGAGAATCTTCAAATGACATTGATGACACCACAAAGTGTCATGTTGTAACGTAATATATTTTCCTTAGTGTAAGGCATATTGCCTTTTATATCATATTCAAATTCAAGCCTTCGAGGACAAGCCTATTGCAACAGGCTTCCGTGTGAAAGAC
GTGCGGCAAACAAGTCATCGGAACAATGAAATGAGTTTATAGTTGCTCGTAAGTTGTAACGTAGTTTATGTTGATTTGCTCAAAAATTGAGGAAGTATGTCAACTGAGTTTTGCAAATTTTTTATTTGTTATTGGCAGTAACCAAAGCTCGCAGGTATAAAATCTGTTTCCAGAGTATTGTTTTGGAATATCAACTAAGA
ACATTGAGGTCCTTTTTTCAAGCCTGATGCATTAGTAAAGTTTGCTTCAGGATTTGCGAGTGGCTAGTTCTGTAGTTAGAATATATTTTATGCATGTGCCATTGCTTTGTAAAAAAA


>TRINITY_DN47557_c0_g3_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:
CAATTTTTGTTTTTGCATTTATACATTGAAGCTTTTTACCCTGAACTGTGCATGTGTTTTTAGATGGCATCATCATTTGACTATTGCTTTGTATGGATATCAGGAATTTCGAAATCGATGCGAATGGAGCCTGATGGAGAAGAGATTGACATAGCCATCGATGAGAAAAAAGCCTCAGATGGTTATGTTTTAGAAGGATG


gtaagactgcgattgacatgtctactgtaactgagttccttacaatgaatgatgataggcctattttccttttccttacattacaccttttcttgatctcactagtggtggtttgcttttctgatctttgtag
GGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCATCTGAGAATGGCATGGTG
TATGGTGATAAAAGACATTATAATAAATGCAAAAATCCTTTTCAGGTGATTTCAAGTGGTAAACATAAAATTAAAAACAAACAATCAAGGGGAAGACACAGTGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAGGATCTGAGAATCTTCAAATGACATTGATGACACCACAAAGTGTCATGTTGTAACGTAATATATTTTCCTTAGTGT
AAGGCATATTGCCTTTTATATCATATTCAAATTCAAGCCTTCGAGGACAAGCCTATTGCAACAGGCTTCCGTGTGAAAGACGTGCGGCAAACAAGTCATCGGAACAATGAAATGAGTTTATAGTTGCTCGTAAGTTGTAACGTAGTTTATGTTGATTTGCTCAAAAATTGAGGAAGTATGTCAACTGAGTTTTGCAAATT
TTTTATTTGTTATTGGCAGTAACCAAAGCTCGCAGGTATAAAATCTGTTTCCAGAGTATTGTTTTGGAATATCAACTAAGAACATTGAGGTCCTTTTTTCAAGCCTGATGCATTAGTAAAGTTTGCTTCAGGATTTGCGAGTGGCTAGTTCTGTAGTTAGAATATATTTTATGCATGTGCCATTGCTTTGTAAAAAAA




Intron 6 GTAAGTTTTA ... TTGATTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A119.1663.31416
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A316.67701117
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A60800
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A1011.6126.743



>TRINITY_DN131679_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
AGTCTTTTGTTTTCCTCATTCAACGATGACTAGAGCTCAAACCCTAATATAGAAGTAGACCGGTGGTAAGAAAAAATGACCACCCGAAAATAGGTGAAACCACTTAATCTAAGATTAAAGGCCTATACTTGAAAGTCCATTAAACCTCATGACCAGCCAAGGCAGTAAAATGTTCACAATAGACATTAAACCCCATAATT
TGGCCAACGCAGCATAAGGTTTAGGGCTTATAGCCGAAGAAAATTGCCTCCTGGCGGCTGCACGATAAGATACCAAAATCTGCTGAACGGCAACGATATTTGGGAAGATCTCTACTGAAGAATCCTTAAGAAGACCGCCACCCATACGAAGAATCGCTTCTAGATTCCAAACAAGCAATTGGGTGATTGAAATCCATCGT
CCATGGCCACTAAATTTCGAGAAAACGGTGGCCTGTGTCCAAGAAAAAGGCCCTACGAGGATCCTCCGTTACAGAGGCGGATGATCTCATATCGTTCTCAGGAGGCAGCAAACTGTTCTAATTCTGGGAGGATAAGGCGGAACAATGAGCCCACAGAGCTGTCACTGGATCTAGAGCTCACAGGGCGAATTAGGAAAATT


GGCGCT
GGCTTGGAAAACCTTGGAAATACCTGTTTTCTGAATTCGGTTCTACAATGTCTCACTTACACAGAGCCCTTGGCTGCTTACTTACAGAGCGGTAGACATAAGAAAATTTGTCGTGCATCTGGATTCTGTGCAATGTGTGCAATACAAAACCATGTCATGAATGCTCTGGCTTCAAGTGGGAAGATTTTGGCACC
TTCTCATTTGGTGAAGAACTTGCGTTGCATATCTCGCAACTTCCGCATTTCAAGACAGGAAGATGCTCATGAATACATGGTAAATCTAATGGAGTCCATGCACAGATGTTGTCTGCCTTCGGGGATAGCCAGTGAATCTCCAAGTGCATATGAAAAAAGCCTTGTACACAAAATTTTTGGTGGTCGTCTCAGGAATCAGG
TCAAGTGCACACAATGTTCATATGGTTCCAATAAATATGATCCTTTCCTAGATTTGAGTCTACAGATTGTACAGGCAGACTCATTGTTGAAGGCACTTTCACAGTACTTTGCAGAGGAGCAATTAGATGGAGGAGAGAAAGTATATCAATGTGTACAATGTAAAGTAAAAGTTCAAGCTCTAATACAACTCACAGTAGAC
AAGGCTCCAAACATCCTTGCCATTCATCTGAAACGCTTCAACCCAGGAGGATATGGGGGGAAAATTAATAAGAAAGTTGAGTTTGTGCCTGCATTAGATATGAAACCTTTTGTGAGTGGTCCACATGAAGGGGATTTAAAATATACCCTCTATGGTGTTCTGGTGCATGCTGGCTCAAGCTCAAATTCTGGCCATTACTA
CTGCTTCATTCGTACGTCCAGTGGCATCTGGTATGCTCTGGATGATAATCGGGTATATCAAGTTAGTGAGAAATCAGTATTAGACCAGAAGGCTTACATGCTCTTCTATGTACGTAATAGAAGAGCAACAAATCAACCATTATTTAAACGTGAACATCAGGGCAGTGAACTCAAGAATAATAAAGAAAAATCAGCAAATG
TAGTATCTGGAAAGGAAAGTCAATCACTTGCTTCTTCAGCTGGTTCTATTTTAAAAGGGTCACTCTGTTTGAACTCTGACAATGCAGCAGTTTCAGAAGCAAAGGATTTGGTACCAAGAAAGGAAACACTTTTAGATGGGAATTCTTCTTTGGAAGTTGCAGAAGCCAGGCATAAAACAAGGCTCTCATCTTCTGCTGGT
GAAAAACCTGTCAGCATTGGATCTTTGTCAAAGCTTCCCTCTACATGGAACTCAGATGGGATGAAAAATGGAAGTATGGCCACACAAGGTGCTACTAGCAACGGGTTGCAAGGTGTTGCACCTATGAATAATGTAAATATGTTGGATCCTGGAACTGATAATGAGCATAGGATAGCTAAGGATTCAGTTGGTAGTACTGA
TAATGGGCATAAGACTTCTGTACATTTGACTAACGGTGTTTCCAGTGGAGGGCAGAAGATTGTTGAACACTTGGAAAACGGGGATACGATGAATCATGAGCATGGTAAAGGATATTCTCTTGCTAAGGAAATGCCAGATTGTAAAATAATCAATCAGGGTGCTGCTAATGTACATCAGGTTGATGAAGCTCTCATGGATG
TTCATACTAATATGAGTATTCATGGGACAGATTTGAGGAATAATGATACTGACGTTTCATCATTAGGAAATGTCTCTGTAATAGCTCAGAATCCTGGAAATGGGAATTCCTTACTCTCTAAAGACCATGCAATTCTGAAAGTTTCATCAAAGATGATTGAACCTGGTAGTCTATCTAATCTGACAGAGGAGCATAGTTGT
TTGTTGCAAAAGCAGGATTCAAATACTCTTTTCCACAGTAAAAAAGTGAAACTTTGGAAGCAATACTTGAGGCTTTTAAGAATCATACCATTGGCACGGGGGCACTTGCTTCTTAGCGCTCTTAAGGTTTCAAGAAGGAAAAGTTCCCTCAAAAGGAAAAAACGGCATCTCCTCAAGTCCAAGGCTTCATCTCAGAGCAA
GTCAATGAATCTGCTGAAGCATGATAAAATATTCCTTACATCACAATGTACTCTTGTACCTAAAAGGCAGAAGAAGACTATTGTAGTTGCTGGGGAAACACCAGTTGTTGGAAATAAACCTGGAATTAATGTTGCAAATAATATGTCAAATGGAAAGTATTGCCTTGATTCTTGCCAGGATGTCGAGAACCATGGATTGA
AGGCTTTGCCCATTCAAAATGGCCGTGTGTTTGTCAAAGCCGAGGAAAGTAACTTTCAATCCCGTTTGCATCTTGGGTTTGGTCAATGCAGTTCCCGACAGATTTGTACACAAGATGGTCTGTTTGAGGCAGAAGAACTAAAAGAGAACATTGAGGAGCGATGTAGTGGTACTGTGGCAGAGGTATCTGGCACCATGTGT
TTGAAACATAATGGTAATGATCTTGGGCTATGTCCTGGAACAAATAAGAAAGAATTTTCATCAGTCATGCATACATTGCAGAGTGGAGATGCTTCTGCTTCCATAGTAGGTATACATGATAGGAGATCCCTTGATAGCCATTATTTGAATGGCACCTCTTCAAAATTTTTGAAAGTGTCTGCACAAGATAGGCCACGAGT
CGCTCAAACTCATTTTACATCTCTTGAGGCTGGATTACATGAAGCAACAGGAATTTCGAAATCGATGCGAATGGAGCCTGATGGAGAAGAGATTGACATAGCCATCGATGAGAAAAAAGCCTCAGATGGTTATGTTTTAGAAGGATGGGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCATCTG
AGAATGGCATGGTGTATGGTGATAAAAGACATTATAATAAATGCAAAAATCCTTTTCAGGTGATTTCAAGTGGTAAACATAAAATTAAAAACAAACAATCAAGGGGAAGACACAGTGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAGGATCTGAGAATCTTCAAAAGACATTGATGACACCACAAAGTGTCATGTTGTAACGTAATAT
ATTTTCCTTAGTGTAAGGCATATTGCCTTTTATATCATATTCAAATTCAAGCCTTCGAGGACAAGCCTATTGCAACAGGCTTCCGTGTGAAAGACGTGCGGCAAACAAGTCATCGGAACAATGAAATGAGTTTATAGTTGCTCGTAAGTTGTAACGTAGTTTATGTTGATTTGCTCAAAAATTGAGGAAGTATGTCAACT
GAGTTTTGCAAATTTTTTATTTGTTATTGGCAGTAACCAAAGCTCGCAGGTATAAAATCTGTTTCCAGAGTATTGTTTTGGAATATCAACTAAGAACATTGAGGTCCTTTTTTCAAGCCTGATGCATTAGTAAAGTTTGCTTCAGGATTTGCGAGTGGCTAGTTCTGTAGTTAGAATATATTTTATGCATGTGCCATTGC
TTTGTATGTTTATGTGTGGAT


>TRINITY_DN131679_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AGTCTTTTGTTTTCCTCATTCAACGATGACTAGAGCTCAAACCCTAATATAGAAGTAGACCGGTGGTAAGAAAAAATGACCACCCGAAAATAGGTGAAACCACTTAATCTAAGATTAAAGGCCTATACTTGAAAGTCCATTAAACCTCATGACCAGCCAAGGCAGTAAAATGTTCACAATAGACATTAAACCCCATAATT
TGGCCAACGCAGCATAAGGTTTAGGGCTTATAGCCGAAGAAAATTGCCTCCTGGCGGCTGCACGATAAGATACCAAAATCTGCTGAACGGCAACGATATTTGGGAAGATCTCTACTGAAGAATCCTTAAGAAGACCGCCACCCATACGAAGAATCGCTTCTAGATTCCAAACAAGCAATTGGGTGATTGAAATCCATCGT
CCATGGCCACTAAATTTCGAGAAAACGGTGGCCTGTGTCCAAGAAAAAGGCCCTACGAGGATCCTCCGTTACAGAGGCGGATGATCTCATATCGTTCTCAGGAGGCAGCAAACTGTTCTAATTCTGGGAGGATAAGGCGGAACAATGAGCCCACAGAGCTGTCACTGGATCTAGAGCTCACAGGGCGAATTAGGAAAATT


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GGCGCTGGCTTGGAAAACCTTGGAAATACCTGTTTTCTGAATTCGGTTCTACAATGTCTCACTTACACAGAGCCCTTGGCTGCTTACT
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ATGGAGTCCATGCACAGATGTTGTCTGCCTTCGGGGATAGCCAGTGAATCTCCAAGTGCATATGAAAAAAGCCTTGTACACAAAATTTTTGGTGGTCGTCTCAGGAATCAGGTCAAGTGCACACAATGTTCATATGGTTCCAATAAATATGATCCTTTCCTAGATTTGAGTCTACAGATTGTACAGGCAGACTCATTGTT
GAAGGCACTTTCACAGTACTTTGCAGAGGAGCAATTAGATGGAGGAGAGAAAGTATATCAATGTGTACAATGTAAAGTAAAAGTTCAAGCTCTAATACAACTCACAGTAGACAAGGCTCCAAACATCCTTGCCATTCATCTGAAACGCTTCAACCCAGGAGGATATGGGGGGAAAATTAATAAGAAAGTTGAGTTTGTGC
CTGCATTAGATATGAAACCTTTTGTGAGTGGTCCACATGAAGGGGATTTAAAATATACCCTCTATGGTGTTCTGGTGCATGCTGGCTCAAGCTCAAATTCTGGCCATTACTACTGCTTCATTCGTACGTCCAGTGGCATCTGGTATGCTCTGGATGATAATCGGGTATATCAAGTTAGTGAGAAATCAGTATTAGACCAG
AAGGCTTACATGCTCTTCTATGTACGTAATAGAAGAGCAACAAATCAACCATTATTTAAACGTGAACATCAGGGCAGTGAACTCAAGAATAATAAAGAAAAATCAGCAAATGTAGTATCTGGAAAGGAAAGTCAATCACTTGCTTCTTCAGCTGGTTCTATTTTAAAAGGGTCACTCTGTTTGAACTCTGACAATGCAGC
AGTTTCAGAAGCAAAGGATTTGGTACCAAGAAAGGAAACACTTTTAGATGGGAATTCTTCTTTGGAAGTTGCAGAAGCCAGGCATAAAACAAGGCTCTCATCTTCTGCTGGTGAAAAACCTGTCAGCATTGGATCTTTGTCAAAGCTTCCCTCTACATGGAACTCAGATGGGATGAAAAATGGAAGTATGGCCACACAAG
GTGCTACTAGCAACGGGTTGCAAGGTGTTGCACCTATGAATAATGTAAATATGTTGGATCCTGGAACTGATAATGAGCATAGGATAGCTAAGGATTCAGTTGGTAGTACTGATAATGGGCATAAGACTTCTGTACATTTGACTAACGGTGTTTCCAGTGGAGGGCAGAAGATTGTTGAACACTTGGAAAACGGGGATACG
ATGAATCATGAGCATGGTAAAGGATATTCTCTTGCTAAGGAAATGCCAGATTGTAAAATAATCAATCAGGGTGCTGCTAATGTACATCAGGTTGATGAAGCTCTCATGGATGTTCATACTAATATGAGTATTCATGGGACAGATTTGAGGAATAATGATACTGACGTTTCATCATTAGGAAATGTCTCTGTAATAGCTCA
GAATCCTGGAAATGGGAATTCCTTACTCTCTAAAGACCATGCAATTCTGAAAGTTTCATCAAAGATGATTGAACCTGGTAGTCTATCTAATCTGACAGAGGAGCATAGTTGTTTGTTGCAAAAGCAGGATTCAAATACTCTTTTCCACAGTAAAAAAGTGAAACTTTGGAAGCAATACTTGAGGCTTTTAAGAATCATAC
CATTGGCACGGGGGCACTTGCTTCTTAGCGCTCTTAAGGTTTCAAGAAGGAAAAGTTCCCTCAAAAGGAAAAAACGGCATCTCCTCAAGTCCAAGGCTTCATCTCAGAGCAAGTCAATGAATCTGCTGAAGCATGATAAAATATTCCTTACATCACAATGTACTCTTGTACCTAAAAGGCAGAAGAAGACTATTGTAGTT
GCTGGGGAAACACCAGTTGTTGGAAATAAACCTGGAATTAATGTTGCAAATAATATGTCAAATGGAAAGTATTGCCTTGATTCTTGCCAGGATGTCGAGAACCATGGATTGAAGGCTTTGCCCATTCAAAATGGCCGTGTGTTTGTCAAAGCCGAGGAAAGTAACTTTCAATCCCGTTTGCATCTTGGGTTTGGTCAATG
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ATGCTTCTGCTTCCATAGTAGGTATACATGATAGGAGATCCCTTGATAGCCATTATTTGAATGGCACCTCTTCAAAATTTTTGAAAGTGTCTGCACAAGATAGGCCACGAGTCGCTCAAACTCATTTTACATCTCTTGAGGCTGGATTACATGAAGCAACAGGAATTTCGAAATCGATGCGAATGGAGCCTGATGGAGAA
GAGATTGACATAGCCATCGATGAGAAAAAAGCCTCAGATGGTTATGTTTTAGAAGGATGGGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCATCTGAGAATGGCATGGTGTATGGTGATAAAAGACATTATAATAAATGCAAAAATCCTTTTCAGGTGATTTCAAGTGGTAAACATAAAATTAA
AAACAAACAATCAAGGGGAAGACACAGTGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAGGATCTGAGAATCTTCAAAAGACATTGATGACACCACAAAGTGTCATGTTGTAACGTAATATATTTTCCTTAGTGTAAGGCATATTGCCTTTTATATCATATTCAAATTCAAGCCTTCGAGGACAAGCCTATTGCAACAGGCTTCCGTGT
GAAAGACGTGCGGCAAACAAGTCATCGGAACAATGAAATGAGTTTATAGTTGCTCGTAAGTTGTAACGTAGTTTATGTTGATTTGCTCAAAAATTGAGGAAGTATGTCAACTGAGTTTTGCAAATTTTTTATTTGTTATTGGCAGTAACCAAAGCTCGCAGGTATAAAATCTGTTTCCAGAGTATTGTTTTGGAATATCA
ACTAAGAACATTGAGGTCCTTTTTTCAAGCCTGATGCATTAGTAAAGTTTGCTTCAGGATTTGCGAGTGGCTAGTTCTGTAGTTAGAATATATTTTATGCATGTGCCATTGCTTTGTATGTTTATGTGTGGAT




Intron 7 GTATGCATTT ... TGGATTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN109251_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform
TGTGTGCACTTGACCTGATTCCTGAGACGACCACCAAAAATTTTGTGTACAAGGCTTTTTTCATAGTACTTTGCAGAGGAGCAATTAGATGGAGGAGAGAAAGTATATCAATGTGTACAATGTAAAGTAAAAGTTCAAGCTCTAATACAACTCACAGTAGACAAGGCTCCAAACATCCTTGCCATTCATCTGAAACGCTT
CAACCCAGGAGGATATGGGGGGAAAATTAATAAGAAAGTTGAGTTTGTGCCTGCATTAGATATGAAACCTTTTGTGAGTGGTCCACATGAAGGGGATTTAAAATATACCCTCTATGGTGTTCTGGTGCATGCTGGCTCAAGCTCAAATTCTGGCCATTACTACTGCTTCATTCGTACGTCCAGTGGCATCTGGTATGCTC
TGGATGATAATCGGGTATATCAAGTTAGTGAGAAATCAGTATTAGACCAGAAGGCTTACATGCTCTTCTATGTACGTAATAGAAGAGCAACAAATCAACCATTATTTAAACGTGAACATCAGGGCAGTGAACTCAAGAATAATAAAGAAAAATCAGCAAATGTAGTATCTGGAAAGGAAAGTCAATCACTTGCTTCTTCA
GCTGGTTCTATTTTAAAAGGGTCATTCTGTTTGAACTCTGACAATGCAGCAGTTTCAGAAGCAAAGGATTTGGTACCAAGAAAGGAAACACTTTTAGATGGGAATTCTTCTTTGGAAGTTGCAGAAGCCAGGCATAAAACAAGGCTCTCATCTTCTGCTGGTGAAAAACCTGTCAGCATTGGATCTTTGTCAAAGCTTCC
CTCTACATGGAACTCAGATGGGATGAAAAATGGAAGTATGGCCACACAAGGTGCTACTAGCAACGGGTTGCAAGGTGTTGCACCTATGAATAATGTAAATATGTTGGATCCTGGAACTGATAATGAGCATAGGATAGCTAAGGATTCAGTTGGTAGTACTGATAATGGGCATAAGACTTCTGTACATTTGACTAACGGTG
TTTCCAGTGGAGGGCAGAAGATTGTTGAACACTTGGAAAACGGGGATACGATGAATCATGAGCATGGTAAAGGATATTCTCTTGCTAAGGAAATGCCAGATTGTAAAATAATCAATCAGGGTGCTGCTAATGTACATCAGGTTGATGAAGCTCTCATGGATGTTCATACTAATATGAGTATTCATGGGACAGATTTGAGG
AATAATGATACTGATGTTTCATCATTAGGAAATGTCTCTGTAATAGCTCAGAATCCTGGAAATGGCAATTCCTTACTCTCTAAAGACCATGCAATTCTGAAAGTTTCATCAAAGATGATTGAACCTGGTAGTCTATCTAATCTGACAGAGGAGCATAGTTGTTTGTTGCAAAAGCAGGATTCAAATACTCTTTTCCACAG
TAAAAAAGTGAAACTTTGGAAGCAATACTTGAGGCTTTTAAGAATCATACCATTGGCACGGGGGCACTTGCTTCTTAGCGCTCTTAAGGTTTCAAGAAGGAAAAGTTCCCTCAAAAGGAAAAAACGGTATCTCCTCAAGTCCAAGGCTTCATCTCAGAGCAAGTCAATGAATCTGCTGAAGCATGATAAAATATTCCTTA
CATCACAATGTACTCTTGTACCTAAAAGGCAGAAGAAGACTATTGTAGTTGCTGGGGAAACACCGGTTGTTGGAAATAAACCTGGAATTAATGTTGCAAATAATATGTCAAATGGAAAGTATTGCCTTGATTCTTGCCAGGATGTCGAGAACCATGGATTGAAGGCTTTGCCCATTCAAAATGGCCGTGTGTTTGTCAAA
GCTGAGGAAAGTAACTTTCAATCCCGTTTGCATCTTGGGTTTGGTCAATGCAGTTCCCGACAGATTTGTACACAAGATGGTCTGTTTGAGGCAGAAGAACTAAAAGAGAACATTGAGGAGCGATGTAGTGGTACTGTGGCAGAGGTATCTGGCACCATGTGTTTGAAACATAATGGTAATGATCTTGGGCTATGTCCTGG
AACAAATAAGAAAGAATTTTCATCAGTCATGCATACATTGCAGAGTGGAGATGCTTCTGCTTCCATAGTAGGTATACATGATAGGAGATCCCTTGATAGCCATTATTTGAATGGCACCTCTTCAAAATTTTTGAAAGTGTCTGCACAAGATAGGCCACGAGTCGCTCAAACTCATTTTACATCTCTTGAGGCTGGATTAC
ATGAAGCAACAGGAATTTCGAAATCGATGCGAATGGAGCCTGATGGAGAAGAGATTGACATAGCCATCGATGAGAAAAAAGCCTCAGATGGTTATGTTTTAGAAGGATGGGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCATCTGAGAATGGCATGGTGTATGGTGATAAAAGACATTATAAT
AAATGCAAAAATCCTTTTCAGGTGATTTCAAGTGGTAAACATAAAATTAAAAACAAACAATCAAGGGGAAGACACAGTGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAGGATCTGAGAATCTTCAAAAGACATTGATGACACCACAAAGTGTCATGTTGTAACGTAATATATTTTCCTTAGTGTAAGGCATATTGCCTTTTATATCAT
ATTCAAATTCAAGCCTTCGAGGACAAGCCTATTGCAACAGGCTTCCGTGTGAAAGACGTGCGGCAAACAAGTCATCGGAACAATGAAATGAGTTTATAGTTGCTCGTAAGTTGTAACGTAGTTTATGTTGATTTGCTCAAAAATTGAGGAAGTATGTCAACTGAGTTTTGCAAATTTTTTATTTGTTATTGGCAGTAACC
AAAGCTCGCAGGTATAAAATCTGTTTCCAGAGTATTGTTTTGGAATATCAACTAAGAACATTGAGGTCCTTTTTTCAAGCCTGATGCATTAGTAAAGTTTGCTTCAGGATTTGCGAGTGGCTAGTTCTGTAGTTAGAATATATTTTATGCATGTGCCATTGCTTTGTATGTTTATGGGTGGG


>TRINITY_DN109251_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:
TGCTCTGGATGATAATCGGgtatgcatttttgctgtccagtgtcactattgtcatttgaaagttttttttttaagcttgttcttgtcctctcttcttttgtatgaatctcgttgtcatagctatgctgtgttgaaaaattccaatgcaattcctaattatttcagaaggttgaatcaaagccatgtcaagatcatttgga
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TTAAACGTGAACATCAGGGCAGTGAACTCAAGAATAATAAAGAAAAATCAGCAAATGTAGTATCTGGAAAGGAAAGTCAATCACTTGCTTCTTCAGCTGGTTCTATTTTAAAAGGGTCATTCTGTTTGAACTCTGACAATGCAGCAGTTTCAGAAGCAAAGGATTTGGTACCAAGAAAGGAAACACTTTTAGATGGGAAT
TCTTCTTTGGAAGTTGCAGAAGCCAGGCATAAAACAAGGCTCTCATCTTCTGCTGGTGAAAAACCTGTCAGCATTGGATCTTTGTCAAAGCTTCCCTCTACATGGAACTCAGATGGGATGAAAAATGGAAGTATGGCCACACAAGGTGCTGCTAGCAATGGGTTGCAAGGTGTTGCACCTATGAATAATGTAAATATGTT
GGATCCTGGAACTGATAATGAGCATAGGATAGCTAAGGATTCAGTTGGTAGTACTGATAATGGGCATAAGACTTCTGTACATTTGACTAACGGTGTTTCCAGTGGAGGGCAGAAGATTGTTGAACACTTGGAAAACGGGGATACGATGAATCATGAGCATGGTAAAGGATATTCTCTTGCTAAGGAAATGCCAGATTGTA
AAATAATCAATCAGGGTGCTGCTAATGTACATCAGGTTGATGAAGCTCTCATGGATGTTCATACTAATATGAGTATTCATGGGACAGATTTGAGGAATAATGATACTGATGTTTCATCATTAGGAAATGTCTCTGTAATAGCTCAGAATCCTGGAAATGGCAATTCCTTACTCTCTAAAGACCATGCAATTCTGAAAGTT
TCATCAAAGATGATTGAACCTGGTAGTCTATCTAATCTGACAGAGGAGCATAGTTGTTTGTTGCAAAAGCAGGATTCAAATACTCTTTTCCACAGTAAAAAAGTGAAACTTTGGAAGCAATACTTGAGGCTTTTAAGAATCATACCATTGGCACGGGGGCACTTGCTTCTTAGCGCTCTTAAGGTTTCAAGAAGGAAAAG
TTCCCTCAAAAGGAAAAAACGGTATCTCCTCAAGTCCAAGGCTTCATCTCAGAGCAAGTCAATGAATCTGCTGAAGCATGATAAAATATTCCTTACATCACAATGTACTCTTGTACCTAAAAGGCAGAAGAAGACTATTGTAGTTGCTGGGGAAACACCGGTTGTTGGAAATAAACCTGGAATTAATGTTGCAAATAATA
TGTCAAATGGAAAGTATTGCCTTGATTCTTGCCAGGATGTCGAGAACCATGGATTGAAGGCTTTGCCCATTCAAAATGGCCGTGTGTTTGTCAAAGCTGAGGAAAGTAACTTTCAATCCCGTTTGCATCTTGGGTTTGGTCAATGCAGTTCCCGACAGATTTGTACACAAGATGGTCTGTTTGAGGCAGAAGAACTAAAA
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GATGGGTTAAAGAACATGAATCTGGCAGAAGGAAAAAGGTGAAGACATCCCCATCTGAGAATGGCATGGTGTATGGTGATAAAAGACATTATAATAAATGCAAAAATCCTTTTCAGGTGATTTCAAGTGGTAAACATAAAATTAAAAACAAACAATCAAGGGGAAGACACAGTGCAACAAGAAATGAGCCAGCTAGGATC
TGAGAATCTTCAAAAGACATTGATGACACCACAAAGTGTCATGTTGTAACGTAATATATTTTCCTTAGTGTAAGGCATATTGCCTTTTATATCATATTCAAATTCAAGCCTTCGAGGACAAGCCTATTGCAACAGGCTTCCGTGTGAAAGACGTGCGGCAAACAAGTCATCGGAACAATGAAATGAGTTTATAGTTGCTC
GTAAGTTGTAACGTAGTTTATGTTGATTTGCTCAAAAATTGAGGAAGTATGTCAACTGAGTTTTGCAAATTTTTTATTTGTTATTGGCAGTAACCAAAGCTCGCAGGTATAAAATCTGTTTCCAGAGTATTGTTTTGGAATATCAACTAAGAACATTGAGGTCCTTTTTTCAAGCCTGATGCATTAGTAAAGTTTGCTTC
AGGATTTGCGAGTGGCTAGTTCTGTAGTTAGAATATATTTTATGCATGTGCCATTGCTTTGTATGTTTATGGGTGGG