sp|Q9M038|SFC1_ARATH ----> Mitochondrial succinate-fumarate transporter 1
Intron 1 GTTCGCATAT ... CCTATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.86 | 12 | 12 | 6 |
| A2 | 71.43 | 1 | 5 | 0 |
| A3 | 45.45 | 3 | 5 | 0 |
| A4 | 27.27 | 8 | 1 | 5 |
| A5 | 71.43 | 1 | 4 | 1 |
| A6 | 72.5 | 11 | 41 | 17 |
| A7 | 57.14 | 30 | 51 | 29 |
| A8 | 60.71 | 22 | 40 | 28 |
| A9 | 51.4 | 26 | 20 | 35 |
| A10 | 45.05 | 25 | 16 | 25 |
>TRINITY_DN42193_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoformGCTCACACGAAATACATGTCACCATCTCGTTGATCTCTCTCGAGTCTCACCCTCCCTCTGCTAGTCCTGTGAATCCATCCGTCCTTGTTTATAATGGGGCTGTGATGGTTCAGAATGATTTGTTGCCTGCCTACTCTAGTCAGTTTGTTGATGCTCATTCCCATAGTACCTTCTTGTTTATAATGGGGCTGTGCTTCTTC
AGATGATCTGTTGCTGCCTACTATAGTTAGGGTTCTTGATGCTCATTCTAGTATATCATAAATTGATTTTGATTTTCAGTAACAATGTCATATCCCTCATCAACCACCAAGTTGAAGGAAGCAGCAGGCGTCCCAGCGTACATGAAGGCAGTGTCAGGATCAGTGGGAGGCATGGTGGAAGCCTGCTGTGTTCAGCCCAT
TGACGTTATCAAGACGAGGCTGCAATTGGACAGAGTAGGGATGTACAGAGGCTTCTTCCACTGCGGCACCAGTGTTGTCAAAGCTCAAGGGGTGAGGGCATTGTGGTTAGGTCTCACACCCTTTGCAACTCATTTAACTGCCAAGTATTCGCTCAGAATGGGTTCCAATGCTGTGCTACAGGGTGCATTCTCAGACCCAT
TTACAGGAAAGCTCAGCAACCCAGGTCGAGTCATGGCTGGCTTCGGAACTGGCGTACTGGAGGCTCTCTTGATTGTAACTCCATTTGAGGTTGTAAAGATTAGGCTACAACAGCAAGAAGGGTTGCAATTGTACAGAGGTCCCATTCATTGTGCAACCACCATTGTTCGAAACGAAGGTATTCTAGGCCTTTGGGCTGGT
GTAGCACCAACTGTTATGCGCAACGGAATCAATCAAGCAGCTATGTTCACTGCTAAGAGTGCTAATGACAGCCTTTTATGGAAGAAGCATGAAGGTGACGGACGGGCTCTTCAGCCGTGGCAGTCCATAATATCAGGATTCTTTGCAGGAATAGTAGGTCCTCTTTGTACAGGTCCTTGTGATGTCGTGAAAACAAGATT
AATGGCTCAGGGTGCGTCTGTTGGGTCAGGACAAGTGAGGTATCATGGGCTCTTTCATGCCCTCAGAACAATTTATGCCCAAGAAGGATTATTGGCCTTGTGGAAGGGATTGCTTCCTAGATTGATGAAGATACCACCTGGTCAGGCTATTATGTGGGCAATGGCAGATCAGGTCACTAGCTTTTATGAGACGAGATTCT
TGCATACTGCTCGCATTTGAAGGAATGCAAGAAACATATAGACCCTACATGAAGGTATTTTACTGCAATTGGTTGCTTTTCTACATATCAGGAATATAATACGCTTCATACACCATGAAGGGATGGGTTGAAGACACTGACTATAATGGGTATGTTTGCTTGCTTATCTGGGAGTCAGTTCTTGCCATTACCAATGACTT
TGGCTTTCATAACTGTAAATTCCAGTTTTGAATTTGACCTGCAACATGTTGAAAATGTGGAAGTCCGAAAAACCTTGTTGCAGAATGAAATTTAAGAGCTTTACAAGCTGAATTGCTCCAGGCTAGGATAATTCCGATCAGAAAGGCATGGAGTTTAAGGTGTTCTATAATAGTCATATCTTCATTTTCAATATGAGGCT
TTTATATAACAAGCTTTCCTAGGAAAAGTATGCCACTCTAGACGAGTAAAAAATTTGGATAAATCATAAAACGAAAACTCCATGACAGAATTGGAGCCAGTGACATGAACATTGTGAGCTTCGTAAGAGTTCTTTTCACTCGAGAAAAGCTTCGCTGTAAATGATTTTAGGTTTGGAAAATGCTTTCCCTGTGATTGGTT
ACAATGCTTGTTTGGGGATGAAATTCCCTATGTGCATTGACCATACTTAAAAGAAAGTACAGCTCACTTTAAATTTAGCCATATTTCCGAGAAAAAATACTAATGTTGTGCAAACTACAGTCTGCTCTCATTTTTTAA
>TRINITY_DN42193_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:GCTCACACGAAATACATGTCACCATCTCGTTGATCTCTCTCGAGTCTCACCCTCCCTCTGCTAGTCCTGTGAATCCATCCGTCCTTGTTTATAATGGGGCTGTGATGGTTCAGAATGATTTGTTGCCTGCCTACTCTAGTCAGTTTGTTGATGCTCATTCCCATAGTACCTTCTTGTTTATAATGGGGCTGTGCTTCTTC
AGATGATCTGTTGCTGCCTACTATAGTTAGGGTTCTTGATGCTCATTCTAGTATATCATAAATTGATTTTGATTTTCAGTAACAATGTCATATCCCTCATCAACCACCAAGTTGAAGGAAGCAGCAGGCGTCCCAGCGTACATGAAGGCAGTGTCAGGATCAGTGGGAGGCATGGTGGAAGCCTGCTGTGTTCAGCCCAT
TGACGTTATCAAGACGAGGCTGCAATTGGACAGAGTAGGGATGTACAGAGGCTTCTTCCACTGCGGCACCAGTGTTGTCAAAGCTCAAGGGGTGAGGGCATTGTGGTTAGGTCTCACACCCTTTGCAACTCATTTAACTGCCAAGTATTCGCTCAGAATGGGTTCCAATGCTGTGCTACAGGGTGCATTCTCAGACCCAT
TTACAGGAAAGCTCAGCAACCCAGGTCGAGTCATGGCTGGCTTCGGAACTGGCGTACTGGAGGCTCTCTTGATTGTAACTCCATTTGAGGTTGTAAAGATTAGGCTACAACAGCAAGAAGGGTTGCAATTGTACAGAGGTCCCATTCATTGTGCAACCACCATTGTTCGAAACGAAGGTATTCTAGGCCTTTGGGCTGGT
GTAGCACCAACTGTTATGCGCAACGGAATCAATCAAGCAGCTATGTTCACTGCTAAGAGTGCTAATGACAGCCTTTTATGGAAGAAGCATGAAGGTGACGGACGGGCTCTTCAGCCGTGGCAGTCCATAATATCAGGATTCTTTGCAGGAATAGTAGGTCCTCTTTGTACAGGTCCTTGTGATGTCGTGAAAACAAGATT
AATGGCTCAGGGTGCGTCTGTTGGGTCAGGACAAGTGAGGTATCATGGGCTCTTTCATGCCCTCAGAACAATTTATGCCCAAGAAGGATTATTGGCCTTGTGGAAGGGATTGCTTCCTAGATTGATGAAGATACCACCTGGTCAGGCTATTATGTGGGCAATGGCAGATCAGGTCACTAGCTTTTATGAGACGAGATTCT
TGCATACTGCTCGCATTTGAAGgttcgcatattctagttgaacaaaagtgcttccttcttaatgtaacaactgttatatcaccattaagttaaatagtaaaaagagttctacatcgtagatcaagtaagaatgaaataggtggatcaacagctacaactttaatttcagtgggaattttaccctatgtctgcatgactcc
tttttgtttaataggtatgttggtgtacatgccaggaagtttgattgaactggcttattaggcaccctcattcgcactacggcatgggggttctgtacaggccactaatctggatcaagtgggtgttttacatattactatattgaatattttttttcttttggcctatggcagGAATGCAAGAAACATATAGACCCTAC
ATGAAGGTATTTTACTGCAATTGGTTGCTTTTCTACATATCAGGAATATAATACGCTTCATACACCATGAAGGGATGGGTTGAAGACACTGACTATAATGGGTATGTTTGCTTGCTTATCTGGGAGTCAGTTCTTGCCATTACCAATGACTTTGGCTTTCATAACTGTAAATTCCAGTTTTGAATTTGACCTGCAACATG
TTGAAAATGTGGAAGTCCGAAAAACCTTGTTGCAGAATGAAATTTAAGAGCTTTACAAGCTGAATTGCTCCAGGCTAGGATAATTCCGATCAGAAAGGCATGGAGTTTAAGGTGTTCTATAATAGTCATATCTTCATTTTCAATATGAGGCTTTTATATAACAAGCTTTCCTAGGAAAAGTATGCCACTCTAGACGAGTA
AAAAATTTGGATAAATCATAAAACGAAAACTCCATGACAGAATTGGAGCCAGTGACATGAACATTGTGAGCTTCGTAAGAGTTCTTTTCACTCGAGAAAAGCTTCGCTGTAAATGATTTTAGGTTTGGAAAATGCTTTCCCTGTGATTGGTTACAATGCTTGTTTGGGGATGAAATTCCCTATGTGCATTGACCATACTT
AAAAGAAAGTACAGCTCACTTTAAATTTAGCCATATTTCCGAGAAAAAATACTAATGTTGTGCAAACTACAGTCTGCTCTCATTTTTTAA
Intron 2 GTGAGGGCAT ... TGTGCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.86 | 15 | 21 | 32 |
| A2 | 100 | 0 | 5 | 13 |
| A3 | 76 | 3 | 15 | 4 |
| A4 | 89.47 | 1 | 8 | 9 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 68 | 8 | 23 | 11 |
| A7 | 74.55 | 14 | 42 | 40 |
| A8 | 67.35 | 8 | 19 | 14 |
| A9 | 83.1 | 6 | 27 | 32 |
| A10 | 68.5 | 20 | 43 | 44 |
>TRINITY_DN44328_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformCTCACACGAAATATTTGTCACCATCTCGTTGATCTCTCGCGAGTCTCACCCTCCCTCTGCTAGTACTGTGAATCCATCCGTCCTTGTTTATAATGGGGCTGTGATGGTTCAGAATGATTTGTTGCCTGCCTACTCTAGTCAGTTTGTTGATGCTCATTCCCATAGTACCTTCTTGTTTATAATGGGGCTGTGCTTCTTCA
GATGATCTGTTGCTGCCTACTATAGTTAGGGTTCTTGATGCTCATTCTAGTATATCATAAATTGATTTTGATTTTCAGTAACAATGTCATATCCCTCATCAACCACCAAGTTGAAGGAAGCAGCAGGCGTCCCAGCGTACATGAAGGCAGTGTCAGGATCAGTGGGAGGCATGGTGGAAGCCTGCTGTGTTCAGCCCATT
GACGTTATCAAGACGAGGCTGCAATTGGACAGAGTAGGGATGTACAGAGGCTTCTTCCACTGCGGCACCAGTGTTGTCAAAGCTCAAGGGGGTGCATTCTCAGACCCATTTACAGGAAAGCTCAGCAACCCAGGTCGAGTCATGGCTGGCTTCGGAACTGGCGTACTGGAGGCTCTCTTGATTGTAACTCCATTTGAGGT
TGTAAAGATTAGGCTACAACAGCAAGAAGGGTTGCAATTGTACAGAGGTCCCATTCATTGTGCAACCACCATTGTTCGAAACGAAGGTATTCTAGGCCTTTGGGCTGGTGTAGCACCAACTGTTATGCGCAACGGAATCAATCAAGCAGCTATGTTCACTGCTAAGAGTGCTAATGACAGCCTTTTATGGAAGAAGCATG
AAGGTGACGGACGGGCTCTTCAGCCGTGGCAGTCCATAATATCAGGATTCTTTGCAGGAATAGTAGGTCCTCTTTGTACAGGTCCTTGTGATGTCGTGAAAACAAGATTAATGGCTCAGGGTGCGTCTGTTGGGTCAGGACAAGTGAGGTATCATGGGCTCTTTCATGCCCTCAGAACAATTTATGCCCAAGAAGGATTA
TTGGCCTTGTGGAAGGGATTGCTTCCTAGATTGATGAAGATACCACCTGGTCAGGCTATTATGTGGGCAATGGCAGATCAGGTCACTAGCTTTTATGAGACGAGATTCTTGCATACTGCTCGCATTTGAAGGTTCGCATATTCTAGTTGAACAAAAGTGCTTCCTTCTTAATGTAACAACTGTTATATCACCATTAAGTT
AAATAGTAAAAAGAGTTCTACATCGTAGATCAAGTAAGAATGAAATAGGTGGATCAACAGCTACAACTTTTATTTCAGTGGGAATTTTACCCTTCCTTTTTGTTTAATAGGTATGTTGGTGTACATGCCAGGAAGTTTGATTGAACTGGCTTATTAGGCACCCTCATTCTCACTGTGGCATGGGGGTTCTGTACAGGCCA
CTAATCTGGATCAAGTGGGTGTTTTACATATTACTATATTGAATATTTTTTTTCTTTTGGCCTATGGCAGGAATGCAAGAAACATATAGACCCTACATGAAGGTATTTTACTGCAATTGGTTGCTTTTCTACATATCAGGAATATAATACGCTTCATACACCATGAAGGGATGGGTTGAAGACACTGACTATAATGGGTA
TGTTTGCTTGCTTATCTGGGAGTCAGTTCTTGCCATTACCAATGACTTTGGCTTTCATAACTGTAAATTCCAGTTTTGAATTTGACCTGCAACATGTTGAAAATGTGGAAGTCCGAAAAACCTTGTTGCAGAATGAAATTTAAGAGCTTTACAAGCTGAATTGCTCCAGGCTAGGATAATTCCGATCAGAAAGGCATGGA
GTTTAAGGTGTTCTATAATAGTCATATCTTCATTTTCAATATGAGGCTTTTATATAACAAGCTTTCCTAGGAAAAGTATGCCACTCTAGACGAGTAAAAAATTTGGATAAATCATAAAACGAAAACTCCATGACAGAATTGGAGCCAGTGACATGAACATTGTGAGCTTCGTAAGAGTTCTTTTCACTCGAGAAAAGCTT
CGCTGTAAATGATTTTAGGTTTGGAAAATGCTTTCCCTGTGATTGGTTACAATGCTTGTTTGGGGATGAAATTCCCTATGTGCATTGACCATACTTAAAAGAATGTACAGCTCACTTTAAATTTAGCCATATTTCCGAGAAAAAATACTAATGTTGTGCAAACTACAGTCTGCTCTCATTTTTTAAGGAGCTTGAAAATT
CTGAAATGCATTTTGAGATTTTCTTCATTTCCTTTATTACTTCGAAGCAGGTCAAATAAC
>TRINITY_DN44328_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTCACACGAAATATTTGTCACCATCTCGTTGATCTCTCGCGAGTCTCACCCTCCCTCTGCTAGTACTGTGAATCCATCCGTCCTTGTTTATAATGGGGCTGTGATGGTTCAGAATGATTTGTTGCCTGCCTACTCTAGTCAGTTTGTTGATGCTCATTCCCATAGTACCTTCTTGTTTATAATGGGGCTGTGCTTCTTCA
GATGATCTGTTGCTGCCTACTATAGTTAGGGTTCTTGATGCTCATTCTAGTATATCATAAATTGATTTTGATTTTCAGTAACAATGTCATATCCCTCATCAACCACCAAGTTGAAGGAAGCAGCAGGCGTCCCAGCGTACATGAAGGCAGTGTCAGGATCAGTGGGAGGCATGGTGGAAGCCTGCTGTGTTCAGCCCATT
GACGTTATCAAGACGAGGCTGCAATTGGACAGAGTAGGGATGTACAGAGGCTTCTTCCACTGCGGCACCAGTGTTGTCAAAGCTCAAGGGgtgagggcattgtggttaggtctcacaccctttgcaactcatttaactgccaagtattcgctcagaatgggttccaatgctgtgctacagGGTGCATTCTCAGACCCATT
TACAGGAAAGCTCAGCAACCCAGGTCGAGTCATGGCTGGCTTCGGAACTGGCGTACTGGAGGCTCTCTTGATTGTAACTCCATTTGAGGTTGTAAAGATTAGGCTACAACAGCAAGAAGGGTTGCAATTGTACAGAGGTCCCATTCATTGTGCAACCACCATTGTTCGAAACGAAGGTATTCTAGGCCTTTGGGCTGGTG
TAGCACCAACTGTTATGCGCAACGGAATCAATCAAGCAGCTATGTTCACTGCTAAGAGTGCTAATGACAGCCTTTTATGGAAGAAGCATGAAGGTGACGGACGGGCTCTTCAGCCGTGGCAGTCCATAATATCAGGATTCTTTGCAGGAATAGTAGGTCCTCTTTGTACAGGTCCTTGTGATGTCGTGAAAACAAGATTA
ATGGCTCAGGGTGCGTCTGTTGGGTCAGGACAAGTGAGGTATCATGGGCTCTTTCATGCCCTCAGAACAATTTATGCCCAAGAAGGATTATTGGCCTTGTGGAAGGGATTGCTTCCTAGATTGATGAAGATACCACCTGGTCAGGCTATTATGTGGGCAATGGCAGATCAGGTCACTAGCTTTTATGAGACGAGATTCTT
GCATACTGCTCGCATTTGAAGGTTCGCATATTCTAGTTGAACAAAAGTGCTTCCTTCTTAATGTAACAACTGTTATATCACCATTAAGTTAAATAGTAAAAAGAGTTCTACATCGTAGATCAAGTAAGAATGAAATAGGTGGATCAACAGCTACAACTTTAATTTCAGTGGGAATTTTACCCTATGTCTGCATGACTCCT
TTTTGTTTAATAGGTATGTTGGTGTACATGCCAGGAAGTTTGATTGAACTGGCTTATTAGGCACCCTCATTCGCACTACGGCATGGGGGTTCTGTACAGGCCACTAATCTGGATCAAGTGGGTGTTTTACATATTACTATATTGAATATTTTTTTTCTTTTGGCCTATGGCAGGAATGCAAGAAACATATAGACCCTACA
TGAAGGTATTTTACTGCAATTGGTTGCTTTTCTACATATCAGGAATATAATACGCTTCATACACCATGAAGGGATGGGTTGAAGACACTGACTATAATGGGTATGTTTGCTTGCTTATCTGGGAGTCAGTTCTTGCCATTACCAATGACTTTGGCTTTCATAACTGTAAATTCCAGTTTTGAATTTGACCTGCAACATGT
TGAAAATGTGGAAGTCCGAAAAACCTTGTTGCAGAATGAAATTTAAGAGCTTTACAAGCTGAATTGCTCCAGGCTAGGATAATTCCGATCAGAAAGGCATGGAGTTTAAGGTGTTCTATAATAGTCATATCTTCATTTTCAATATGAGGCTTTTATATAACAAGCTTTCCTAGGAAAAGTATGCCACTCTAGACGAGTAA
AAAATTTGGATAAATCATAAAACGAAAACTCCATGACAGAATTGGAGCCAGTGACATGAACATTGTGAGCTTCGTAAGAGTTCTTTTCACTCGAGAAAAGCTTCGCTGTAAATGATTTTAGGTTTGGAAAATGCTTTCCCTGTGATTGGTTACAATGCTTGTTTGGGGATGAAATTCCCTATGTGCATTGACCATACTTA
AAAGAATGTACAGCTCACTTTAAATTTAGCCATATTTCCGAGAAAAAATACTAATGTTGTGCAAACTACAGTCTGCTCTCATTTTTTAAGGAGCTTGAAAATTCTGAAATGCATTTTGAGATTTTCTTCATTTCCTTTATTACTTCGAAGCAGGTCAAATAAC
Intron 3 GTTCGCATAT ... CCTATGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.86 | 12 | 12 | 6 |
| A2 | 71.43 | 1 | 5 | 0 |
| A3 | 50 | 3 | 6 | 0 |
| A4 | 27.27 | 8 | 1 | 5 |
| A5 | 71.43 | 1 | 4 | 1 |
| A6 | 72.5 | 11 | 41 | 17 |
| A7 | 57.14 | 30 | 51 | 29 |
| A8 | 60.71 | 22 | 40 | 28 |
| A9 | 52.29 | 26 | 20 | 37 |
| A10 | 45.05 | 25 | 16 | 25 |
>TRINITY_DN115554_c1_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGCTCACACGAAATACATGTCACCATCTCGTTGATCTCTCTCGAGTCTCACCCTCCCTCTGCTAGTCCTGTGAATCCATCCGTCCTTGTTTATAATGGGGCTGTGATGGTTCAGAATGATTTGTTGCCTGCCTACTCTAGTCAGTTTGTTGATGCTCATTCCCATAGTACCTTCTTGTTTATAATGGGGCTGTGCTTCTTC
AGATGATCTGTTGCTGCCTACTATAGTTAGGGTTCTTGATGCTCATTCTAGTATATCATAAATTGATTTTGATTTTCAGTAACAATGTCATATCCCTCATCAACCACCAAGTTGAAGGAAGCAGCAGGCGTCCCAGCGTACATGAAGGCAGTGTCAGGATCAGTGGGAGGCATGGTGGAAGCCTGCTGTGTTCAGCCCAT
TGACGTTATCAAGACGAGGCTGCAATTGGACAGAGTAGGGATGTACAGAGGCTTCTTCCACTGCGGCACCAGTGTTGTCAAAGCTCAAGGGGTGAGGGCATTGTGGTTAGGTCTCACACCCTTTGCAACTCATTTAACTGCCAAGTATTCGCTCAGAATGGGTTCCAATGCTGTGCTACAGGGTGCATTCTCAGACCCAT
TTACAGGAAAGCTCAGCAACCCAGGTCGAGTCATGGCTGGCTTCGGAACTGGCGTACTGGAGGCTCTCTTGATTGTAACTCCATTTGAGGTTGTAAAGATTAGGCTACAACAGCAAGAAGGGTTGCAATTGTACAGAGGTCCCATTCATTGTGCAACCACCATTGTTCGAAACGAAGGTATTCTAGGCCTTTGGGCTGGT
GTAGCACCAACTGTTATGCGCAACGGAATCAATCAAGCAGCTATGTTCACTGCTAAGAGTGCTAATGACAGCCTTTTATGGAAGAAGCATGAAGGTGACGGACGGGCTCTTCAGCCGTGGCAGTCCATGATATCAGGATTCTTTGCAGGAATAGTAGGTCCTCTTTGTACAGGTCCTTGTGATGTCGTAAAAACAAGATT
AATGGCTCAGGGTGCGTCTGTTGGGTCAGGACAAGTGAGGTATCATGGGCTCTTTCATGCCCTCAGAACAATTTATGCCCAAGAAGGATTATTGGCCTTGTGGAAGGGATTGCTTCCTAGATTGATGAAGATACCACCTGGTCAGGCTATTATGTGGGCAATGGCAGATCAGGTCACTGGCTTTTATGAGACGAGATTCT
TGCATACTGCTCGCATTTGAAGGAATGCAAGAAACATATAGACCCTGCATGAAGGTATTTTACTGCAATTGGTTGCTTTTCTACATATCAGGAATATAATACGCTTCATACACCATGAAGGGATGGGTTGAAGACACTGACTATAATGGGTATGTTTGCTTGCTTATCTGGGAGTCAGTTCTTGCCATTACCAATGACTT
TGGCTTTCATAACTGTAAATTCCAGTTTTGAATTTGACCTGCAACATGTTGAAAATGTGGAAGTCCGAAAAACCTTTTTGCAGAATGAAATTTAAGAGCTTTACAAGCTGAATTGCTGCAGGCTAGGATTATTCCGATCAGAAAGGCATGGAGTTTAAGGTGTTCTATAATAGTCATATCTTCATTTTCAATATGAGGCT
TTTATATAACAAGCTTTCCTAGGAAAAGTATGCCACTCTAGACGAGTAAAAAATTTGGATAAATCATAAAACGAAAACTCCATGACAGAATTGGAGCCAGTGAC
>TRINITY_DN115554_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCTCACACGAAATACATGTCACCATCTCGTTGATCTCTCTCGAGTCTCACCCTCCCTCTGCTAGTCCTGTGAATCCATCCGTCCTTGTTTATAATGGGGCTGTGATGGTTCAGAATGATTTGTTGCCTGCCTACTCTAGTCAGTTTGTTGATGCTCATTCCCATAGTACCTTCTTGTTTATAATGGGGCTGTGCTTCTTC
AGATGATCTGTTGCTGCCTACTATAGTTAGGGTTCTTGATGCTCATTCTAGTATATCATAAATTGATTTTGATTTTCAGTAACAATGTCATATCCCTCATCAACCACCAAGTTGAAGGAAGCAGCAGGCGTCCCAGCGTACATGAAGGCAGTGTCAGGATCAGTGGGAGGCATGGTGGAAGCCTGCTGTGTTCAGCCCAT
TGACGTTATCAAGACGAGGCTGCAATTGGACAGAGTAGGGATGTACAGAGGCTTCTTCCACTGCGGCACCAGTGTTGTCAAAGCTCAAGGGGTGAGGGCATTGTGGTTAGGTCTCACACCCTTTGCAACTCATTTAACTGCCAAGTATTCGCTCAGAATGGGTTCCAATGCTGTGCTACAGGGTGCATTCTCAGACCCAT
TTACAGGAAAGCTCAGCAACCCAGGTCGAGTCATGGCTGGCTTCGGAACTGGCGTACTGGAGGCTCTCTTGATTGTAACTCCATTTGAGGTTGTAAAGATTAGGCTACAACAGCAAGAAGGGTTGCAATTGTACAGAGGTCCCATTCATTGTGCAACCACCATTGTTCGAAACGAAGGTATTCTAGGCCTTTGGGCTGGT
GTAGCACCAACTGTTATGCGCAACGGAATCAATCAAGCAGCTATGTTCACTGCTAAGAGTGCTAATGACAGCCTTTTATGGAAGAAGCATGAAGGTGACGGACGGGCTCTTCAGCCGTGGCAGTCCATGATATCAGGATTCTTTGCAGGAATAGTAGGTCCTCTTTGTACAGGTCCTTGTGATGTCGTAAAAACAAGATT
AATGGCTCAGGGTGCGTCTGTTGGGTCAGGACAAGTGAGGTATCATGGGCTCTTTCATGCCCTCAGAACAATTTATGCCCAAGAAGGATTATTGGCCTTGTGGAAGGGATTGCTTCCTAGATTGATGAAGATACCACCTGGTCAGGCTATTATGTGGGCAATGGCAGATCAGGTCACTGGCTTTTATGAGACGAGATTCT
TGCATACTGCTCGCATTTGAAGgttcgcatattctagttgaacaaaagtgcttccttcttaatgtaacaactgttatatcaccattaagttaaatagtaaaaagagttctacatcgtagatcaagtaagaatgaaataggtggatcaacagctacaacttttatttcagtgggaattttacccttcctttttgtttaata
ggtatgttggtgtacatgccaggaagtttgattgaactggcttattaggcaccctcattctcactgtggcatgggggttctgtacaggccactaatctggatcaagtgggtgttttacatattactatattgaatatttttttttcttttggcctatgtcagGAATGCAAGAAACATATAGACCCTGCATGAAGGTATTT
TACTGCAATTGGTTGCTTTTCTACATATCAGGAATATAATACGCTTCATACACCATGAAGGGATGGGTTGAAGACACTGACTATAATGGGTATGTTTGCTTGCTTATCTGGGAGTCAGTTCTTGCCATTACCAATGACTTTGGCTTTCATAACTGTAAATTCCAGTTTTGAATTTGACCTGCAACATGTTGAAAATGTGG
AAGTCCGAAAAACCTTTTTGCAGAATGAAATTTAAGAGCTTTACAAGCTGAATTGCTGCAGGCTAGGATTATTCCGATCAGAAAGGCATGGAGTTTAAGGTGTTCTATAATAGTCATATCTTCATTTTCAATATGAGGCTTTTATATAACAAGCTTTCCTAGGAAAAGTATGCCACTCTAGACGAGTAAAAAATTTGGAT
AAATCATAAAACGAAAACTCCATGACAGAATTGGAGCCAGTGAC
Intron 4 GTTCGCATAT ... CCTATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.86 | 12 | 12 | 6 |
| A2 | 71.43 | 1 | 5 | 0 |
| A3 | 45.45 | 3 | 5 | 0 |
| A4 | 27.27 | 8 | 1 | 5 |
| A5 | 71.43 | 1 | 4 | 1 |
| A6 | 72.5 | 11 | 41 | 17 |
| A7 | 57.14 | 30 | 51 | 29 |
| A8 | 60.71 | 22 | 40 | 28 |
| A9 | 51.4 | 26 | 20 | 35 |
| A10 | 45.05 | 25 | 16 | 25 |
>TRINITY_DN42193_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoformGCTCACACGAAATACATGTCACCATCTCGTTGATCTCTCTCGAGTCTCACCCTCCCTCTGCTAGTCCTGTGAATCCATCCGTCCTTGTTTATAATGGGGCTGTGATGGTTCAGAATGATTTGTTGCCTGCCTACTCTAGTCAGTTTGTTGATGCTCATTCCCATAGTACCTTCTTGTTTATAATGGGGCTGTGCTTCTTC
AGATGATCTGTTGCTGCCTACTATAGTTAGGGTTCTTGATGCTCATTCTAGTATATCATAAATTGATTTTGATTTTCAGTAACAATGTCATATCCCTCATCAACCACCAAGTTGAAGGAAGCAGCAGGCGTCCCAGCGTACATGAAGGCAGTGTCAGGATCAGTGGGAGGCATGGTGGAAGCCTGCTGTGTTCAGCCCAT
TGACGTTATCAAGACGAGGCTGCAATTGGACAGAGTAGGGATGTACAGAGGCTTCTTCCACTGCGGCACCAGTGTTGTCAAAGCTCAAGGGGTGAGGGCATTGTGGTTAGGTCTCACACCCTTTGCAACTCATTTAACTGCCAAGTATTCGCTCAGAATGGGTTCCAATGCTGTGCTACAGGGTGCATTCTCAGACCCAT
TTACAGGAAAGCTCAGCAACCCAGGTCGAGTCATGGCTGGCTTCGGAACTGGCGTACTGGAGGCTCTCTTGATTGTAACTCCATTTGAGGTTGTAAAGATTAGGCTACAACAGCAAGAAGGGTTGCAATTGTACAGAGGTCCCATTCATTGTGCAACCACCATTGTTCGAAACGAAGGTATTCTAGGCCTTTGGGCTGGT
GTAGCACCAACTGTTATGCGCAACGGAATCAATCAAGCAGCTATGTTCACTGCTAAGAGTGCTAATGACAGCCTTTTATGGAAGAAGCATGAAGGTGACGGACGGGCTCTTCAGCCGTGGCAGTCCATAATATCAGGATTCTTTGCAGGAATAGTAGGTCCTCTTTGTACAGGTCCTTGTGATGTCGTGAAAACAAGATT
AATGGCTCAGGGTGCGTCTGTTGGGTCAGGACAAGTGAGGTATCATGGGCTCTTTCATGCCCTCAGAACAATTTATGCCCAAGAAGGATTATTGGCCTTGTGGAAGGGATTGCTTCCTAGATTGATGAAGATACCACCTGGTCAGGCTATTATGTGGGCAATGGCAGATCAGGTCACTAGCTTTTATGAGACGAGATTCT
TGCATACTGCTCGCATTTGAAGGAATGCAAGAAACATATAGACCCTACATGAAGGTATTTTACTGCAATTGGTTGCTTTTCTACATATCAGGAATATAATACGCTTCATACACCATGAAGGGATGGGTTGAAGACACTGACTATAATGGGTATGTTTGCTTGCTTATCTGGGAGTCAGTTCTTGCCATTACCAATGACTT
TGGCTTTCATAACTGTAAATTCCAGTTTTGAATTTGACCTGCAACATGTTGAAAATGTGGAAGTCCGAAAAACCTTGTTGCAGAATGAAATTTAAGAGCTTTACAAGCTGAATTGCTCCAGGCTAGGATAATTCCGATCAGAAAGGCATGGAGTTTAAGGTGTTCTATAATAGTCATATCTTCATTTTCAATATGAGGCT
TTTATATAACAAGCTTTCCTAGGAAAAGTATGCCACTCTAGACGAGTAAAAAATTTGGATAAATCATAAAACGAAAACTCCATGACAGAATTGGAGCCAGTGACATGAACATTGTGAGCTTCGTAAGAGTTCTTTTCACTCGAGAAAAGCTTCGCTGTAAATGATTTTAGGTTTGGAAAATGCTTTCCCTGTGATTGGTT
ACAATGCTTGTTTGGGGATGAAATTCCCTATGTGCATTGACCATACTTAAAAGAAAGTACAGCTCACTTTAAATTTAGCCATATTTCCGAGAAAAAATACTAATGTTGTGCAAACTACAGTCTGCTCTCATTTTTTAA
>TRINITY_DN42193_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:GCTCACACGAAATACATGTCACCATCTCGTTGATCTCTCTCGAGTCTCACCCTCCCTCTGCTAGTCCTGTGAATCCATCCGTCCTTGTTTATAATGGGGCTGTGATGGTTCAGAATGATTTGTTGCCTGCCTACTCTAGTCAGTTTGTTGATGCTCATTCCCATAGTACCTTCTTGTTTATAATGGGGCTGTGCTTCTTC
AGATGATCTGTTGCTGCCTACTATAGTTAGGGTTCTTGATGCTCATTCTAGTATATCATAAATTGATTTTGATTTTCAGTAACAATGTCATATCCCTCATCAACCACCAAGTTGAAGGAAGCAGCAGGCGTCCCAGCGTACATGAAGGCAGTGTCAGGATCAGTGGGAGGCATGGTGGAAGCCTGCTGTGTTCAGCCCAT
TGACGTTATCAAGACGAGGCTGCAATTGGACAGAGTAGGGATGTACAGAGGCTTCTTCCACTGCGGCACCAGTGTTGTCAAAGCTCAAGGGGTGAGGGCATTGTGGTTAGGTCTCACACCCTTTGCAACTCATTTAACTGCCAAGTATTCGCTCAGAATGGGTTCCAATGCTGTGCTACAGGGTGCATTCTCAGACCCAT
TTACAGGAAAGCTCAGCAACCCAGGTCGAGTCATGGCTGGCTTCGGAACTGGCGTACTGGAGGCTCTCTTGATTGTAACTCCATTTGAGGTTGTAAAGATTAGGCTACAACAGCAAGAAGGGTTGCAATTGTACAGAGGTCCCATTCATTGTGCAACCACCATTGTTCGAAACGAAGGTATTCTAGGCCTTTGGGCTGGT
GTAGCACCAACTGTTATGCGCAACGGAATCAATCAAGCAGCTATGTTCACTGCTAAGAGTGCTAATGACAGCCTTTTATGGAAGAAGCATGAAGGTGACGGACGGGCTCTTCAGCCGTGGCAGTCCATAATATCAGGATTCTTTGCAGGAATAGTAGGTCCTCTTTGTACAGGTCCTTGTGATGTCGTGAAAACAAGATT
AATGGCTCAGGGTGCGTCTGTTGGGTCAGGACAAGTGAGGTATCATGGGCTCTTTCATGCCCTCAGAACAATTTATGCCCAAGAAGGATTATTGGCCTTGTGGAAGGGATTGCTTCCTAGATTGATGAAGATACCACCTGGTCAGGCTATTATGTGGGCAATGGCAGATCAGGTCACTAGCTTTTATGAGACGAGATTCT
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