NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTACAT ... TATGGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.34	16.5	0	1
A2	0	12.5	0	0
A3	14.29	16	2	3
A4	19.34	22.5	4	5
A5	35.72	7	3	3
A6	15.54	68.5	1.5	16
A7	12.03	109.5	8	16
A8	12.65	130.5	19.5	18
A9	14.59	85.5	9	15
A10	12.38	88.5	4	12.5

>TRINITY_DN91145_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoform

CTCCTTGGCAGGTTGGGGATTCTCATCCTCCTCACAGCTTCGTTCTAGGGTGTTCTTTTGGTGTTACCGAGGGATTGCATATATCCTGTAAAGGGTTCAGTTAATTATTGGACCAATCATGGTTGATCCTGGTTTCATCCCTGGACTTATTGGTGTGGGCATACAGATGACAATCAACAAAATTCTTCGGCACATTAACA
TTGCCCTTCGCTACAGGAAAGAGCTGGCCGCTCTGAAAGATACATTAAGGAGAATTAAACCTTTTATCGAGCAGATCCGCCCGGCATTGAACGAGCACGAAGATGGGTCTTCAGCTGTTCACAATTGGTTTAAAGAGTTCGACACGCTTCTCAAAGAAGCATCAGCAATTGTGCAGCTGTGTATTCGAAAGAAGGCGTGG
GGTGTTCCTTTTCGTTATCAAACCAGCACGAAGATCATCGAATTGACTCAAAAGATTGACAAACTTCTAACACAGTCTGGTTTGGTTATCACGGTCCAAATTCAAGAGCTAACTCGGAAGTTTAATGAAATCGAAGCTTTGGCTTCTTCAAGCAGTTCTGCAAGCACTTTCCAAGCCACTCATTATCCAATTGCCACAAT
CAACAGCAAAAAGGGGGATAAGACTGCAACTGGAACTGTTAGCAGACTAAGCGACCTTTCAAAAGTTTCATCATTCCAAGATCAACAGCTGGACTCTCGTGATTTTGTGTCACATGATGTGGAAGAAGAAGATCATTCTGGAAATCAACGGTCTGGTAAGGCGTTATATGATTTCCCAGCTGAATGGGATGATGAGCTGA
ACTTAACAGCAGGAGAGGAAGTCGAAATTTTAGATGAACTAGCGGAGTGCTTTTTTGTAATCAAGAAGCAGCCTGGAAGATATAGTAAAGTGGCGGGATGGGTTCCTGTGTTTGCTGTAAGCTCCTCTTACAGCAGTTTTTCAATGGCTACCACTAGATATTTGCAGGAGGATAAGCCTGTAACTGGAACTGCCAGCGGA
CTAAGCAACCTTTCAAAAGTTTCATCATTCGAAGATCAACAGCCGGACTCTCATGGTCTTGTGTCACATGATGCGGAAGAACAAGAGGTTCTTACTAAAAATCAACGGTTGAGTAAGGCGTTATATGATTTCCCAGCTGGTTCGGAGGATGAGCTGAACTTAACCGCCGGAGAGGAAGTCGAAATTTTAGGTGAACAGGC
GGGGTGGTTCTATGCAAGTAAGAAGCAGCCTGGAAGAGATAGTGAAGTGGCAGGTTGGGTTCCTGTGTTTGCAGTAAGCTCCTCTTACAGCAGTTTTTCAATGGCTACCACTAGATATTTGCAGGAGGATAAGCCTGTAACTGGAACTGCCAGCGGACTAAGCAACCTTTCAAAAGTTTCATCATTCGAAGATCAACAGC
CGGACTCTCATGGTCTTGTGTCACATGATGCGGAAGAACAAGAGGTTCTTACTAAAAATCAACGGTTGAGTAAGGCGTTATATGATTTCCCA

>TRINITY_DN91145_c0_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GAGGATAAGCCTGTAACTGGAACTGCCAGCGGACTAAGCAACCTTTCAAAAGTTTCATCATTCGAAGATCAACAGCCGGACTCTCATGGTCTTGTGTCACATGATGCGGAAGAACAAGAGGTTCTTACTAAAAATCAACGGTTGAGTAAGGCGTTATATGATTTCCCAGCTGGTTCGGAGGATGAGCTGAACTTAACCGC
CGGAGAGGAAGTCGAAATTTTAGGTGAACAGGCGGGGTGGTTCTATgtaagtacatagcaaacgttgaaaaactaaaactttccttgtattttgtagttgaactataacctacgtacccgtttggaattttatggtacagGCAAGTAAGAAGCA

Intron 2 GTAAAGTCAA ... GGTCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36	8	1	8
A2	17.33	31	5	8
A3	15.15	14	3	2
A4	57.14	6	9	7
A5	18.18	9	4	0
A6	21.31	24	5	8
A7	18.68	37	9	8
A8	6.33	37	3	2
A9	13.04	40	3	9
A10	12.64	38	1	10

>TRINITY_DN41429_c1_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

GCAAAAGTTGCATGCAAAGAGTAAACCAATAAGAATTAGATTGCTACCTCCGTTCAAAAACCCGGTCAAATGAGCCAGGCATACACCGACAGGCACATGGAATGAAAAATGGAGCAGTATACCTGTAAATACACACCAGTTTCGCGACGAAAACTCCTACGCCCAGGAAAGAATGCCTTTCGGCATACGGTGCTTAATTT
CCAGTGTGACGAACCATGACAAACCGCCTTCGGCGTAACCAGGGTAAGAAATTGCCTTTCTACTTCTCTCGTAACATGAGAGACCGAATTGAAACTATGGTGCTGAGTTTCCAGCGTGACGAACAACCATGAACAACGGAAGTGAAGGTTCTCAGAAAGTGACATGAAGATTCCCAGAATGTGAAATGAAGATTCCCAGA
ATGTGAAATGACGATTCCCAGAAAGTGTATATTCAAAAGCCCCCAGTGGCGCCATTGCCACATAGCAATTTTAAAAGCCTCCACAGTATGGACTCCTTGGCAGGTTGGGGATTCTCATCCTCCTCACAGCTTCGTTCTAGGGTGTTCTTTTGGTGTTACCGAGGGATTGCATATATCCTGTAAAGGGTTCAGTTAATTAT
TGGACCAATCATGGTTGATCCTGGTTTCATCCCTGGACTTATTGGTGTGGGCATACAGATGACAATCAACAAAATTCTTCGGCACATTAACATTGCCCTTCGCTACAGGAAAGAGCTGGCCGCTCTGAAAGATACATTAAGGAGAATTAAACCTTTTATCGAGCAGATCCGCCCGGCATTGAACGAGCACGAAGATGGGT
CTTCAGCTGTTCACAATTGGTTTAAAGAGTTCGACACGCTTCTCAAAGAAGCATCAGCAATTGTGCAGCTGTGTATTCGAAAGAAGGCGTGGGGTGTTCCTTTTCGTTATCAAACCAGCACGAAGATCATCGAATTGACTCAAAAGATTGACAAACTTCTAACACAGTCTGGTTTGGTTATCACGGTCCAAATTCAAGAG
CTAACTCGGAAGTTTAATGAAATCGAAGCTTTGGCTTCTTCAAGCAGTTCTGCAAGCACTTTCCAAGCCACTCATTATCCAATTGCCACAATCAACAGCAAAAAGGGGGATAAGACTGCAACTGGAACTGTTAGCAGACTAAGCGACCTTTCAAAAGTTTCATCATTCCAAGATCAACAGCTGGACTCTCGTGATTTTGT
GTCACATGATGTGGAAGAAGAAGATCATTCTGGAAATCAACGGTCTGGTAAGGCGTTATATGATTTCCCAGCTGAATGGGATGATGAGCTGAACTTAACAGCAGGAGAGGAAGTCGAAATTTTAGATGAACTAGCGGAGTGCTTTTTTGTAATCAAGAAGCAGCCTGGAAGAGATAGTAAAGTGGCGGGATGGGTTCCTG
TGTTTGCTGTAAGCTCCTCTTACAGCAGTTTTTCAATGGCTACCACTAGATATTTGCAGAGTCCTGTGTCACATGACGTGAAAGAAGAAGAGGGTCTTACTGAAAACCAATTGTTTGGTAAGGCGTTATATGATTTCTCAGCTGAATGGGATGATGAGCTGAACTTAATGGCCGGAGAGGAAGTCAAAATTTTAGATGAA
CAAGCACAGCGGTTCTATGTAATCAAGAAGCAGTCTGGAAGAGATAGTGAAGTGGCGGGTTGGGTTCCTGTGTTTGCAGTAAGCTCCTCTTACAGCAGTTTTTCAGTGGCTACCACTAGATATTTGCAGGAGGATAAGCCTGTAACTGGAACTGCCAGCGGACTAAGCAACCTTTCAAAAGTTTCATCATTCGAAGATCA
ACAGCCGGACTCTCATGGTCTTGTGTCACATGATGCGGAAGAACAAGAGGTTCTTACTAAAAATCAACGGTTGAGTAAGGCGTTATATGATTTCCCAGCTGGTTCGGAGGATGAGCTGAACTTAACCGCCGGAGAGGAAGTCGAAATTTTAGGTGAACAGGCGGGGTGGTTCTATGCAAGTAAGAAGCAGCCTGGAAGAG
ATAGTGAAGTGGCAGGATGGGTTCCTGTGTTTTGTGTAAGCTCCCCTTACAGCAGTTTTTAAGTGGTTACCACTGGATGTGGGACGCTATATCAGTTTTTAAGTGGTTAGCACTAGATTTGGGACGTTTATATAGCAGTATCCTTTTATATTTAAGTGTTTAACACTAGATTTGGGACGTTTATATAGTAGTATTCTTTT
ATATTGTCAGGTCTTTTGTATAGTCAACTAGATTGGGTGAACGTACCAAGAATAAATCTAGATACTACACGGATATTTTTGGGATAGTCTTTTACTTTAGCATAAAATCATCACATGGATATTTATATTTTTCATTGGCTTATATACTTAGCATTATGAGTTGTCATGTTTTCATACATGTTATGTTCTGTGTTAATTAT
CATGTTTTCAAAAGTCACTAATATGATGTAGGCAAGAGGTTTTTATTTGTAATCTATTATGGATATATCATGATGACTGG

>TRINITY_DN41429_c1_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGTTGCCTCTTTCCTTTCCCCTACTTTTGTACTAAATTAAACGTAGTTCTTGGCCTAGTATTGTTTAATTTGTGAATCTATTTGTCCACTGGCATGAAGTGGGCAATAGCTCATGATAATGCACTTCATCAATTTAAGAATCATGCAGCTTCTTTGAATAGATTCTTAGATCAAGTCTTGCTATTCAGTATTGTGCTGTT
TGCGTTCAGGAACTTGAAAGGACTGAAGCATAAGTTATAACAATAGTTCTATTCCATGAATATTGACTTTTCAACATGGTATATGCTGCACATGTATATTTGCTAATCAGAATACTTCTGTTAAAGAGTAATGAACTTTAAAAGTAATAATTCTTTATGATTGCTACGATTGAACAGAGTCCTGTGTCACATGACGTGAA
AGAAGAAGAGGGTCTTACTGAAAACCAATTGTTTGGTAAGGCGTTATATGATTTCTCAGCTGAATGGGATGATGAGgtaaagtcaacaattggaaacagtcgaggtagttttggaaaggaagtatgcaataaagcacactaatatttttggggctggtcttgcagCTGAACTTAATGGCCGGAGAGGAAGTCAAAATTTT
AGATGAACAAGCACAGCGGTTCTATGTAATCAAGAAGCAGTCTGGAAGAGATAGTGAAGTGGCGGGTTGGGTTCCTGTGTTTGCAGTAAGCTCCTCTTACAGCAGTTTTTCAGTGGCTACCACTAGATATTTGCAGGAGGATAAGCCTGTAACTGGAACTGCCAGCGGACTAAGCAACCTTTCAAAAGTTTCATCATTCG
AAGATCAACAGCCGGACTCTCATGGTCTTGTGTCACATGATGCGGAAGAACAAGAGGTTCTTACTAAAAATCAACGGTTGAGTAAGGCGTTATATGATTTCCCAGCTGGTTCGGAGGATGAGCTGAACTTAACCGCCGGAGAGGAAGTCGAAATTTTAGGTGAACAGGCGGGGTGGTTCTATGCAAGTAAGAAGCAGCCT
GGAAGAGATAGTGAAGTGGCAGGATGGGTTCCTGTGTTTTGTGTAAGCTCCCCTTACAGCAGTTTTTAAGTGGTTACCACTGGATGTGGGACGCTATATCAGTTTTTAAGTGGTTAGCACTAGATTTGGGACGTTTATATAGCAGTATCCTTTTATATTTAAGTGTTTAACACTAGATTTGGGACGTTTATATAGTAGTA
TTCTTTTATATTGTCAGGTCTTTTGTATAGTCAACTAGATTGGGTGAACGTACCAAGAATAAATCTAGATACTACACGGATATTTTTGGGATAGTCTTTTACTTTAGCATAAAATCATCACATGGATATTTATATTTTTCATTGGCTTATATACTTAGCATTATGAGTTGTCATGTTTTCATACATGTTATGTTCTGTGT
TAATTATCATGTTTTCAAAAGTCACTAATATGATGTAGGCAAGAGGTTTTTATTTGTAATCTATTATGGATATATCATGATGACTGGTACATTTGAATGACATTTCTCCAGCATGGTGCACATGCACATGTTTAAATAATTTTGAATATATATATGATTTAATAATTGTCCACTCGGTCATATTTATTTAGTGCTTTATT
GTTCCCTCTTTCTTGTCCCCTACTTTTGTAGTAAATCAAACGTAGTTCTTGGCCCCAGTATTGGTCAATGTTGTGGATCTATTTGTCCACTGACATGAAGTGGGCAATAGCTCGTGATAATGTACTTCATCTATTTTTAGAATCATGCAGCTTCTTTGAATTGCTTCTTAGATGTTCAGATTACGATGTCTCGTTATTCA
GTATTGTGCCATTTGAGTTCAGGAACTTGAAAGGACTGAAGC