sp|Q8RUC6|RUB2_ARATH ----> Ubiquitin-NEDD8-like protein RUB2
Intron 1 GTATTTCTCT ... ATTATGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.19 | 1552 | 370 | 320 |
| A2 | 17.27 | 1363 | 353 | 216 |
| A3 | 17.47 | 1429 | 354 | 251 |
| A4 | 19.23 | 1006 | 296 | 183 |
| A5 | 20.6 | 532 | 173 | 103 |
| A6 | 16.21 | 6494 | 1448 | 1065 |
| A7 | 15.84 | 10500.8 | 2409 | 1543 |
| A8 | 15.99 | 9892.4 | 2109 | 1656 |
| A9 | 15.96 | 10900 | 2490 | 1651 |
| A10 | 15.78 | 9579.4 | 2210 | 1380 |
>TRINITY_DN41000_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoformGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAGATC
GCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTGATG
TTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAGACC
CTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGG
CTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTAT
ATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATA
ACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAAACTCTTTCGAAGATATAGGTGATATCGAGTGATTGTTTTTTGGAATTGTAATGCTAGGTCTTTGCCTCTGATGGCCTAGAGTGAACTTGATTAATAGTTTGAACTTTT
TTATGGTGCTTCCATAATAATACCCGTCATGATCTCTGATCTAAGTCAAGGAAATCTGTCTTATGTAGCAGG
>TRINITY_DN41000_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:GATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAGATC
GCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTGATG
TTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGgtatttctcttaattgaattcttgtgaatcataattaggtttttcttgcttgtttggctgtttggcgcgagtggggttttagatgatgaaatattagaactaaggcttttttttggggtattattgcatgtggggttttgctcttactgatgacat
ttggttatgaaaagcttcttttatgattttcttcctgggctccgtggttttgtttctggcattcgtgttatgttgttgcccttttattattttttattatgggtttcgtttgtcatgtgaggtttgtgtgtatatacttgccttctcttttgatctagtggaattctgtgtttacaggatggttgttgaatactgtcttt
ttttaagattttcccaactatttatagtgacggtgatcgtgttgttaacgattgggcgttcaatcatacttctttttatattttctgggggtgtgttaatgaaatgctatttgtttagaccgtttttatttttatttttaagatgcttcagtagtgatcatccacaatctatcaagagttcagaggctgcttaaacagta
cacccacccatccaccctgcctgacttaactgcctatgagtgatccagaggggagaggctgcttacactgtacacccacccagcctgacctaaccgcccctaagggtgtttgcaccatagttaccaagttcggccatcaagccattagtatggacattcgaaaatttggtttgtcttgacgaattgttcggtttggttcg
gttcgctgttccatctaatttcaaattccgtccacttcaattctggtttggcattggctttgttgggcagttgaagctcccttgccttgcttgctttctcccttggataagggctcaattccccttcctctataatcatatagtagagagaggtttggatccatctgaccctcagcatactgtatcatagctagcagcag
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gttatcaggcaggtccttttttttctcttttaacacagcctgttctcaggtgggtcacgttcactggggcttaaacttgggtcatcatgttgccacagcccagaagactcctaaaatttggcaagtcttaatgagaacatagggatggggatgtactcatctccaggcgacacaagttctataagttcaacccctacctc
cagtgacctcccacaattacctttaaggacatggaaatagaactttaggccaatattgtgaaatccctgttcccgagctcttaaggagaacatgggggtgggcttcggtcattaatacgtgcacctggtattcatctccatgtgtctttagtttgacggttgacccctacctccaagtgtcagggaagcttgtggggatg
aaaccctggcagatgccagggaacttcttgctccccactgttactcccaatcccatcaggtgtccaaaatttgattattagcactgtataatacttgctgatagtcttttaaatcatttgcaaatttttaagggtttgcattgcatttgaggtttaagcaccgtttttagtgagtattttgtctattttttaaagtacaa
ttttagttttcctataattatgcctgttatttttggttattatgaaagGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAA
GACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAG
Intron 2 GTAGGCAGTG ... AATGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.76 | 447.3 | 409 | 51 |
| A2 | 48.8 | 475.9 | 453.6 | 36 |
| A3 | 47.28 | 548.7 | 492 | 39 |
| A4 | 49.26 | 300.8 | 292 | 30 |
| A5 | 49.13 | 228.8 | 221 | 13 |
| A6 | 47.22 | 3076.8 | 2753 | 58 |
| A7 | 47.62 | 5172.2 | 4701 | 82 |
| A8 | 47.23 | 4868.9 | 4357 | 85 |
| A9 | 47.56 | 5256.7 | 4766.6 | 65 |
| A10 | 48.11 | 4985.6 | 4621.4 | 55 |
>TRINITY_DN116620_c2_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGCCGGGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGT
CCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGC
CCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGG
TGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAA
GTAGCTGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACA
TTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCA
CTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATAC
>TRINITY_DN116620_c2_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCCGGGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGT
CCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGC
CCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGG
TGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGgtaggcagtgctcttagacttctgtggaggtatattggtgagccttttttaatatagtttagttcctttatagtatgatttcattgtg
taagtgattgtgtattttctaagaaacagtaatatatgattttctggttttcataggtgttaacatttagcaactactagttggtcatgtatgaaattgtacaaggttagaccataacgattgaaaatcaatgttgcagCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCA
GAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGGTATGTTGCATGTTTCCGTTAGGTAGGGAATATTTTTCAATTTTCTATTGTAGATGAAAGACATGGGAGATATGTGCCATTTTCTGTTCTTATAGTTTTCTTCAGAATAAAAACGTTTGAGGTTTCTGTCCTTATAGTTGTCTCTGGAAGTTTGATAACTTGTGTT
TTAACTGCTTCACGAAGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGTGAGTTATTATTTACTTGAATTCTAAATTTTATCATATTTCTCAAGTTCTAGTGTACAATAATAAAACTTAAAACTTTGTTTTATTG
TAAACTCATCTATAATGGATGTAATTTTGCATTTTATAAATTCAAAAGAGATTTGCCAGTTCTGCTGTATGGCTGTACTAGAGCTATTTTTAGCTAGTTCTCCTTCTTCTTAACTCTACAAATTCCTTACACTAAAATGCCTTTTGACAAAGGTTTCTGCATTTTCTACACTCTAAAACGAATTTTAAGAATATCAGAAT
ACACATGGCCTCTTGGGCACATTCTAGTAATTACGCCTTGACTAGGTAGATTTATCATAGCTATAGGAAGTATCTATACTTCTATGTTTATGTCAAACAATATGGTTGTTCCCAAGATAATATAAAAGATTATCTAGGTTTTAAAGTGCTAATAAAATCTGGAATTATACATATCTTGTGCTGTTGATTGCTTGTTGTCT
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TTTCTCTATGCACAAATGAAGTGCAAGCACTATGGCTTATAAATATTTGTTACTATAATTTCTGGACGCAATTTCTTCACTGTGCTATTGAAATTGTGTTTCTTTCTAGACTATAATTTGTTGACTGCTATTGATTTGAAATCCCGTGGGAAAACCCAAGGGAACTAGCTAAAATGCCCAGCAACATTGGTGACAACTGG
TTGATCTCACCCTTCGGGCTAACCAAATTTCTTATCTATGTAGATGGGTTGTTATTTTCTATATTGAAAAACCACTTATCTTGATGCTCTGTGCAGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTT
GCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAA
ATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATAC
Intron 3 GTAGGCAGTG ... CTCTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.55 | 1511 | 409.5 | 372 |
| A2 | 20.3 | 1506 | 456 | 311 |
| A3 | 20.69 | 1601 | 493.5 | 342 |
| A4 | 19.81 | 1106 | 292.5 | 254 |
| A5 | 21.79 | 612 | 221 | 120 |
| A6 | 20.19 | 9525 | 2756.5 | 2061 |
| A7 | 19.66 | 15200 | 4709 | 2732 |
| A8 | 20.23 | 15958 | 4361.5 | 3732 |
| A9 | 19.89 | 15901 | 4773 | 3126 |
| A10 | 20.34 | 13531 | 4622.5 | 2287 |
>TRINITY_DN116620_c2_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGCCGGGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGT
CCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGC
CCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGG
TGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTG
GCTTTGCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTC
TGATTGACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATAC
>TRINITY_DN116620_c2_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCCGGGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGT
CCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGC
CCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGG
TGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGgtaggcagtgctcttagacttctgtggaggtatattggtgagccttttttaatatagtttagttcctttatagtatgatttcattgtg
taagtgattgtgtattttctaagaaacagtaatatatgattttctggttttcataggtgttaacatttagcaactactagttggtcatgtatgaaattgtacaaggttagaccataacgattgaaaatcaatgttgcagcactgagcttttccaactcaaatcaatgttgcattagcatcagccacaaggattttgttca
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ttaactgcttcacgaagactacatagcagattgccttctaagcagggaagctttctggtatcaaattgtgaattttaaatttgcttctcaaccagattctgctatatatcttgtgagttattatttacttgaattctaaattttatcatatttctcaagttctagtgtacaataataaaacttaaaactttgttttattg
taaactcatctataatggatgtaattttgcattttataaattcaaaagagatttgccagttctgctgtatggctgtactagagctatttttagctagttctccttcttcttaactctacaaattccttacactaaaatgccttttgacaaaggtttctgcattttctacactctaaaacgaattttaagaatatcagaat
acacatggcctcttgggcacattctagtaattacgccttgactaggtagatttatcatagctataggaagtatctatacttctatgtttatgtcaaacaatatggttgttcccaagataatataaaagattatctaggttttaaagtgctaataaaatctggaattatacatatcttgtgctgttgattgcttgttgtct
tcaaaaggtttgttacagaaaatgctaggcatattaggtatagaattagttgtatttgcaccttgctagtatatcccattttgatagctgtattttgctttatatctactatttatatatttcactgaatcagttttagaaaaaatgatagaagtttcattctgcgttttagaatgcaactcagtagagctgtgacctga
tttctctatgcacaaatgaagtgcaagcactatggcttataaatatttgttactataatttctggacgcaatttcttcactgtgctattgaaattgtgtttctttctagactataatttgttgactgctattgatttgaaatcccgtgggaaaacccaagggaactagctaaaatgcccagcaacattggtgacaactgg
ttgatctcacccttcgggctaaccaaatttcttatctatgtagatgggttgttattttctatattgaaaaaccacttatcttgatgctctgtgcagGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTT
GCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAA
ATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATAC
Intron 4 GTATTTCTCT ... ATTATGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.19 | 1552 | 370 | 320 |
| A2 | 17.27 | 1363 | 353 | 216 |
| A3 | 17.47 | 1429 | 354 | 251 |
| A4 | 19.23 | 1006 | 296 | 183 |
| A5 | 20.6 | 532 | 173 | 103 |
| A6 | 16.21 | 6494 | 1448 | 1065 |
| A7 | 15.84 | 10500.8 | 2409 | 1543 |
| A8 | 15.99 | 9892.4 | 2109 | 1656 |
| A9 | 15.96 | 10900 | 2490 | 1651 |
| A10 | 15.78 | 9579.4 | 2210 | 1380 |
>TRINITY_DN41000_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoformGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAGATC
GCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTGATG
TTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAGACC
CTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGG
CTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTAT
ATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATA
ACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAAACTCTTTCGAAGATATAGGTGATATCGAGTGATTGTTTTTTGGAATTGTAATGCTAGGTCTTTGCCTCTGATGGCCTAGAGTGAACTTGATTAATAGTTTGAACTTTT
TTATGGTGCTTCCATAATAATACCCGTCATGATCTCTGATCTAAGTCAAGGAAATCTGTCTTATGTAGCAGG
>TRINITY_DN41000_c0_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:GATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAGATC
GCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTGATG
TTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGgtatttctcttaattgaattcttgtgaatcataattaggtttttcttgcttgtttggctgtttggcgcgagtggggttttagatgatgaaatattagaactaaggctttttttggggtattattgcatgtggggttttgctcttactgatgacatt
tggttatgaaaagcttcttttatgattttcttcctgggctccgtggttttgtttctggcattcgtgttatgttgttgcccttttattattttttattatgggtttcgtttgtcatgtgaggtttgtgtgtatatacttgccttctcttttgatctagtggaattctgtgtttacaggatggttgttgaatactgtctttt
ttttaagattttcccaactatttatagtgacggtgatcgtgttgttaacgattgggcgttcaatcatacttctttttatattttctgggggtgtgttaatgaaatgctatttgtttagaccgtttttatttttatttttaagatgcttcagtagtgatcatccacaatctatcaagagttcagaggctgcttaaacagta
cacccacccatccaccctgcctgacttaactgcctatgagtgatccagaggggagaggctgcttacactgtacacccacccagcctgacctaaccgcccctaagggtgtttgcaccatagttaccaagttcggccatcaagccattagtatggacattcgaaaatttggtttgtcttgacgaattgttcggtttggttcg
gttcgctgttccatctaatttcaaattccgtccacttcaattctggtttggcattggctttgttgggcagttgaagctcccttgccttgcttgctttctcccttggataagggctcaattccccttcctctataatcatatagtagagagaggtttggatccatctgaccctcagcatactgtatcatagctagcagcag
atacagagccattatttcacctaggagtaaagcgaaaggtggggtgcagctgcataagtaactataaactatcaggtgctgagttggaccggatttctctattgaaacatgccactcttagcactcaacctgctgtctataacaataattaccaataaatccaaaacaccaatcactggaaggtcatattgctatccaca
gactgaacgaatccagttgaattacctgttcattaagatgttctggtcgagttttctatcttgggaccttgtggttatgggattgcattgtgccacattgatggtccaccacctcacctctgaggcaaattactatcaaacttcctttgtgtacaactactgtgtaaatgcagtcccttttttcatcttttacatagcct
gttatcaggcaggtcctttttttctgttttaacacagcctgttctcaggtgggtcacgttcactggggcttaaacttgggtcatcatgttgccacagcccagaagactcctaaaatttggcaagtcttaatgagaacatagggatggggatgtactcatctccaggcgacacaagttctataagttcaacccctacctcc
agtgacctcccacaattacctttaaggacatggaaatagaactttaggccaatattgtgaaatccctgttcccgagctcttaaggagaacatgggggtgggcttcggtcattaatacgtgcacctggtattcatctccatgtgtctttagtttgacggttgacccctacctccaagtgtcagggaagcttgtggggatga
aaccctggcagatgccagggaacttcttgctccccactgttactcccaatcccatcaggtgtccaaaatttgattattagcactgtataatacttgctgatagtcttttaaatcatttgcaaatttttaagggtttgcattgcatttgaggtttaagcaccgtttttagtgagtattttgtctattttttaaagtacaat
tttagttttcctataattatgcctgttatttttggttattatgaaagGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
ACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAG
Intron 5 GTATTTCTCT ... ATTATGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.16 | 1552.4 | 370 | 319.2 |
| A2 | 17.3 | 1363 | 353 | 217.3 |
| A3 | 17.44 | 1429 | 354 | 249.8 |
| A4 | 19.23 | 1006.8 | 296 | 183.4 |
| A5 | 20.59 | 531.6 | 173 | 102.6 |
| A6 | 16.2 | 6494 | 1448 | 1062.9 |
| A7 | 15.82 | 10500.8 | 2409 | 1538.8 |
| A8 | 15.99 | 9894.1 | 2109 | 1656 |
| A9 | 15.96 | 10902.1 | 2490 | 1649.8 |
| A10 | 15.76 | 9580 | 2210 | 1374.2 |
>TRINITY_DN121624_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformCGCGGGGAGTAGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATAT
GGCGGTCCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGAC
AATAGCCCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACTCTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTA
TCAAGGTGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGT
TTTTAAGTAGCTGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGTGAGTTATTATTTACTTGAATTCTAAATTTTATCATATTTCTCAAGTTCTAGTGTACAATAATAAAACTTAAAACTTTGTTTTATTGTAAA
CTCATCTATAATGGATGTAATTTTGCATTTTATAAATTCAAAAGAGATTTGCCAGTTCTGCTGTATGGCTGTACTAGAGCTATTTTTAGCTAGTTCTCCTTCTTCTTAACTCTACAAATTCCTTACACTAAAATGCCTTTTGACAAAGGTTTCTGCATTTTCTACACTCTAAAACGAATTTTAAGAATATCAGAATACAC
ATGGCCTCTTGGGCACATTCTAGTAATTACGCCTTGACTAGGTAGATTTATCATAGCTATAGGAAGTATCTATACTTCTATGTTTATGTCAAACAATATGGTTGTTCCCAGGATAATA
>TRINITY_DN121624_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:CGCGGGGAGTAGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATAT
GGCGGTCCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGAC
AATAGCCCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGgtatttctcttaattgaattcttgtgaatcataattaggtttttcttgcttgtttggctgtttggcgcgagtggggttttagatgatgaaatattagaactaaggctttttttggggtattattgcatgtggggttttgctc
ttactgatgacatttggttatgaaaagcttcttttatgattttcttcctgggctccgtggttttgtttctggcattcgtgttatgttgttgcccttttattattttttattatgggtttcgtttgtcatgtgaggtttgtgtgtatatacttgccttctcttttgatctagtggaattctgtgtttgcaggatggttgtt
gattactgtctttttttaagattttcccaactatttatagtgacggtgatcgtgttgttaacgattgggcgttcaatcatacttctttttatattttctgggggtgtgttaatgaaatgctatttgtttagaccgtttttatttttatttttaagatgcttcagtagtgatcatccacaatctatcaagagttcagaggc
tgcttaaacagtacacccacccatccaccctgcctgacttaactgcctatgagtgatccagaggggtgaggctgcttacactgtacacccacccagcctgacctaaccgcccctaagggtgtttgcaccatagttaccaagttcggccatcaagccattagtatggacattcgaaaatttggtttgtcttgacgaattgt
tcggtttggttcggttcgctgttccatctaatttcaaattccgtccacttcaattctggtttggcattggctttgttgggcagttgaagctcccttgccttgcttgctttctcccttggataagggctcaattccccttcctctataatcatatagtagagagaggtttggatccatctgaccctcagcatactgtatca
tagctagcagcagatacagagccattatttcacctaggagtaaagcgaaaggtggggtgcagctgcataagtaactataaactatcaggtgctgagttggaccggatttctctattgaaacatgccactcttagcactcaacctgctgtctataacaataattaccaataaatccaaaacaccaatcactggaaggtcat
attgctatccacagactgaacgaatccagttgaattacctgttcattaagatgttctggtcgagttttctatcttgggaccttgtggttatgggattgcattgtgccacattgatggtccaccacctcacctctgaggcaaattactatcaaacttcctttgtgtacaactactgtgtaaatgcagtcccttttttcatc
ttttacatagcctgttatcaggcaggtcctttttttctcttttaacacagcctgttctcaggtgggtcacgttcactggggcttaaacttgggtcatcatgttgccacagcccagaagactcctaaaatttggcaagtcttaatgagaacatagggatggggatgtactcatctccaggcgacacaagttctataagttc
aacccctacctccagtgacctcccacaattacctttaaggacatggaaatagaaccttaggccaatattgtgaaattccctgttcccgagctcttaaggagaacatgggggtgggcttcggtcattaatacgtgcacctggtattcatctccatgtgtctttagtttgacggttgacccctacctccaagtgtcagggaa
gcttgtggggatgaaaccctggcagatgccagggaacttcttgctccccactgttactcccaatcccatcaggtgtccaaaatttgattattagcactgtataatacttgctgatagccttttaaatcatttgcaaatttttaagggtttgcattgcatttgaggtttaagcaccgtttttagtgagtattttgtctatt
ttttaaagtacaattttagttttcctataattatgcctgttatttttggttattatgaaagGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACTCTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTT
CTATCAAGGTGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGGTAGGCAGTGCTCTTAGACTTCTGTGGAGGTATATTGGTGAGCCTTTTTTAATATAGTTTAGTTCCTTTATAGTATGAT
TTCATTGTGTAAGTGATTGTGTATTTTTCTAAGAAACAGTAATATATGATTTTCTGGTTTTCATAGGTGTTAACATTTAGCAACTACTAGTTGGTCATGTATGAAATTGTACAAGGTTAGACCATAACGATTGAAAATCAATGTTGCAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGG
ATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGGTATGTTGCATGTTTCCGTTAGGTAGGGAATATTTTTCAATTTTCTATTGTAGATGAAAGACATGGGAGATATGTGCCATTTTCTGTTCTTATAGTTTTCTTCAGAATAAAAACGTTTGAGGTTTCTGTCCTTATAGTTGTCTCTGGAAGTTTGAT
AACTTGTGTTTTAACTGCTTCACGAAGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGTGAGTTATTATTTACTTGAATTCTAAATTTTATCATATTTCTCAAGTTCTAGTGTACAATAATAAAACTTAAAACTT
TGTTTTATTGTAAACTCATCTATAATGGATGTAATTTTGCATTTTATAAATTCAAAAGAGATTTGCCAGTTCTGCTGTATGGCTGTACTAGAGCTATTTTTAGCTAGTTCTCCTTCTTCTTAACTCTACAAATTCCTTACACTAAAATGCCTTTTGACAAAGGTTTCTGCATTTTCTACACTCTAAAACGAATTTTAAGA
ATATCAGAATACACATGGCCTCTTGGGCACATTCTAGTAATTACGCCTTGACTAGGTAGATTTATCATAGCTATAGGAAGTATCTATACTTCTATGTTTATGTCAAACAATATGGTTGTTCCCAGGATAATA
Intron 6 GTAGGCAGTG ... GTTTTCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.31 | 404 | 409 | 42 |
| A2 | 50.06 | 452.7 | 453.7 | 30 |
| A3 | 48.76 | 517 | 492 | 39 |
| A4 | 49.58 | 297 | 292 | 28 |
| A5 | 50.23 | 219 | 221 | 17 |
| A6 | 49.15 | 2848 | 2753 | 23 |
| A7 | 49.25 | 4844 | 4701 | 38 |
| A8 | 49.21 | 4496 | 4357 | 25 |
| A9 | 49.45 | 4873.7 | 4766.7 | 49 |
| A10 | 49.51 | 4712.3 | 4621.3 | 24 |
>TRINITY_DN44947_c3_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAG
ATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCGTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTG
ATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
ACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGGTGTTAACATTTAGCAACTACTAGTTGGTCATGTATGAAATTGTACAAGGTTAGACCATAACGATTGAAAATCAATGTTGCAGCACTGAGCTT
TTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGGTATGTTGCATGTTTCCGTTAGGTAGGGAATATTTTTCAATTTTCTATTGTAGATGAAAGACATGGGAGATATGTGCCATTTTCTGTTCTTATAGTTTTCTTCAGAATAAAAACG
TTTGAGGTTTCTGTCCTTATAGTTGTCTCTGGAAGTTTGATAACTTGTGTTTTAACTGCTTCACGAAGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGTGAGTTATTATTTACTTGAATTCTAAATTTTATCAT
ATTTCTCAAGTTCTAGTGTACAATAATAAAACTTAAAACTTTGTTTTATTGTAAACTCATCTATAATGGATGTAATTTTGCATTTTATAAATTCAAAAGAGATTTGCCAGTTCTGCTGTATGGCTGTACTAGAGCTATTTTTAGCTAGTTCTCCTTCTTCTTAACTCTACAAATTCCTTACACTAAAATGCCTTTTGACA
AAGGTTTCTGCATTTTCTACACTCTAAAACGAATTTTAAGAATATCAGAATACACATGGCCTCTTGGGCACATTCTAGTAATTACGCCTTGACTAGGTAGATTTATCATAGCTATAGGAAGTATCTATACTTCTATGTTTATGTCAAACAATATGGTTGTTCCCAAGATAATATAAAAGATTATCTAGGTTTTAAAGTGC
TAATAAAATCTGGAATTATACATATCTTGTGCTGTTGATTGCTTGTTGTCTTCAAAAGGTTTGTTACAGAAAATGCTAGGCATATTAGGTATAGAATTAGTTGTATTTGCACCTTGCTAGTTTATCCCATTTTGATAGCTGTATTTTGCTTTATATCTACTATTTATATATTTCACTGAATCAGTTTTAGAAAAAATGAT
AGAAGTTTCATTCTGCGTTTTAGAATGCAACTCAGTAGAGCTGTGACCTGATTTCTCTATGCACAAATGAAGTGCAAGCACTATGGCTTATAAATATTTGTTACTATAATTTCTGGACGCAATTTCTTCACTGTGCTATTGAAATTGTGTTTCTTTCTAGACTATAATTTGTTGACTGCTATTGATTTGAAATCCCGCGG
GAAAACCCAAGGGAACTAGCTAAAATGCCCAGCAACATTGGTGACAACTGGTTGATCTCACCCTTCGGGCTAACCAAATTTCTTATCTATGTAGATGGGTTGTTATTTTCTATATTGAAAAACCACTTATCTTGATGCTCTGTGCAGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACA
ATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCC
CATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGT
GTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAAACTCTTTCGAAGATATAGGTGATATCGAGTGATTGTTTTTTGGAATTGTAATGCTAGGTCTTTGCCTCTGATGGCCTAGAGTGAACTTGATTAATAGTTTGAACTTTTTTATGGTGCTTCCATAATAATACCCGTCATGATCTCTGATCTAAGTCAAGGA
AATCTGTC
>TRINITY_DN44947_c3_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:GAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAG
ATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCGTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTG
ATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
ACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGgtaggcagtgctcttagacttctgtggaggtatattggtgagccttttttaatatagtttagttcctttatagtatgatttcattgtgtaagt
gattgtgtattttctaagaaacagtaatatatgattttctggttttcatagGTGTTAACATTTAGCAACTACTAGTTGGTCATGTATGAAATTGTACAAGGTTAGACCATAACGATTGAAAATCAATGTTGCAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTT
CTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGGTATGTTGCATGTTTCCGTTAGGTAGGGAATATTTTTCAATTTTCTATTGTAGATGAAAGACATGGGAGATATGTGCCATTTTCTGTTCTTATAGTTTTCTTCAGAATAAAAACGTTTGAGGTTTCTGTCCTTATAGTTGTCTCTGGAAGTTTGATAACTTGTGTTTTAAC
TGCTTCACGAAGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGTGAGTTATTATTTACTTGAATTCTAAATTTTATCATATTTCTCAAGTTCTAGTGTACAATAATAAAACTTAAAACTTTGTTTTATTGTAAAC
TCATCTATAATGGATGTAATTTTGCATTTTATAAATTCAAAAGAGATTTGCCAGTTCTGCTGTATGGCTGTACTAGAGCTATTTTTAGCTAGTTCTCCTTCTTCTTAACTCTACAAATTCCTTACACTAAAATGCCTTTTGACAAAGGTTTCTGCATTTTCTACACTCTAAAACGAATTTTAAGAATATCAGAATACACA
TGGCCTCTTGGGCACATTCTAGTAATTACGCCTTGACTAGGTAGATTTATCATAGCTATAGGAAGTATCTATACTTCTATGTTTATGTCAAACAATATGGTTGTTCCCAAGATAATATAAAAGATTATCTAGGTTTTAAAGTGCTAATAAAATCTGGAATTATACATATCTTGTGCTGTTGATTGCTTGTTGTCTTCAAA
AGGTTTGTTACAGAAAATGCTAGGCATATTAGGTATAGAATTAGTTGTATTTGCACCTTGCTAGTTTATCCCATTTTGATAGCTGTATTTTGCTTTATATCTACTATTTATATATTTCACTGAATCAGTTTTAGAAAAAATGATAGAAGTTTCATTCTGCGTTTTAGAATGCAACTCAGTAGAGCTGTGACCTGATTTCT
CTATGCACAAATGAAGTGCAAGCACTATGGCTTATAAATATTTGTTACTATAATTTCTGGACGCAATTTCTTCACTGTGCTATTGAAATTGTGTTTCTTTCTAGACTATAATTTGTTGACTGCTATTGATTTGAAATCCCGCGGGAAAACCCAAGGGAACTAGCTAAAATGCCCAGCAACATTGGTGACAACTGGTTGAT
CTCACCCTTCGGGCTAACCAAATTTCTTATCTATGTAGATGGGTTGTTATTTTCTATATTGAAAAACCACTTATCTTGATGCTCTGTGCAGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTAG
TGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATATA
CTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAAACTCTTTCGAAGATAT
AGGTGATATCGAGTGATTGTTTTTTGGAATTGTAATGCTAGGTCTTTGCCTCTGATGGCCTAGAGTGAACTTGATTAATAGTTTGAACTTTTTTATGGTGCTTCCATAATAATACCCGTCATGATCTCTGATCTAAGTCAAGGAAATCTGTC
Intron 7 GTGTTAACAT ... AATGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.45 | 447.6 | 404 | 48 |
| A2 | 48.75 | 475.9 | 452.8 | 35 |
| A3 | 48.49 | 549.2 | 517 | 36 |
| A4 | 49.64 | 301.3 | 297 | 27 |
| A5 | 48.87 | 229.1 | 219 | 8 |
| A6 | 48.07 | 3076.6 | 2848 | 73 |
| A7 | 48.37 | 5169.8 | 4844 | 81 |
| A8 | 48.02 | 4866.2 | 4496 | 93 |
| A9 | 48.12 | 5253.9 | 4873.8 | 67 |
| A10 | 48.6 | 4983.8 | 4712.2 | 59 |
>TRINITY_DN40645_c0_g2_i7 from sample A6 / Example spliced isoformGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAG
ATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTG
ATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
ACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGC
TGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTT
TATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAA
ATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAAACTCTTTCGAAG
>TRINITY_DN40645_c0_g2_i9 from sample A6 / Example unspliced isoform:GAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAG
ATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTG
ATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
ACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGgtgttaacatttagcaactactagttggtcatgtatgaaattgtacaaggttagaccataacgattgaaaatcaatgttgcagCACTGAGCTT
TTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGGTATGTTGCATGTTTCCGTTAGGTAGGGAATATTTTTCAATTTTCTATTGTAGATGAAAGACATGGGAGATATGTGCCATTTTCTGTTCTTATAGTTTTCTTCAGAATAAAAACG
TTTGAGGTTTCTGTCCTTATAGTTGTCTCTGGAAGTTTGATAACTTGTGTTTTAACTGCTTCACGAAGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGTGAGTTATTATTTACTTGAATTCTAAATTTTATCAT
ATTTCTCAAGTTCTAGTGTACAATAATAAAACTTAAAACTTTGTTTTATTGTAAACTCATCTATAATGGATGTAATTTTGCATTTTATAAATTCAAAAGAGATTTGCCAGTTCTGCTGTATGGCTGTACTAGAGCTATTTTTAGCTAGTTCTCCTTCTTCTTAACTCTACAAATTCCTTACACTAAAATGCCTTTTGACA
AAGGTTTCTGCATTTTCTACACTCTAAAACGAATTTTAAGAATATCAGAATACACATGGCCTCTTGGGCACATTCTAGTAATTACGCCTTGACTAGGTAGATTTATCATAGCTATAGGAAGTATCTATACTTCTATGTTTATGTCAAACAATATGGTTGTTCCCAAGATAATATAAAAGATTATCTAGGTTTTAAAGTGC
TAATAAAATCTGGAATTATACATATCTTGTGCTGTTGATTGCTTGTTGTCTTCAAAAGGTTTGTTACAGAAAATGCTAGGCATATTAGGTATAGAATTAGTTGTATTTGCACCTTGCTAGTATATCCCATTTTGATAGCTGTATTTTGCTTTATATCTACTATTTATATATTTCACTGAATCAGTTTTAGAAAAAATTAT
AGAAGTTTCATTCTGCGTTTTAGAATGCAACTCAGTAGAGCTGTGACCTGATTTCTCTATGCACAAATGAAGTGCAAGCACTATGGCTTATAAATATTTGTTACTATAATTTCTGGACGCAATTTCTTCACTGTGCTATTGAAATTGTGTTTCTTTCTAGACTATAATTTGTTGACTGCTATTGATTTGAAATCCCGTGG
GAAAACCCAAGGGAACTAGCTAAAATGCCCAGCAACATTGGTGACAACTGGTTGATCTCACCCTTCGGGCTAACCAAATTTCTTATCTATGTAGATGGGTTGTTATTTTCTATATTGAAAAACCACTTATCTTGATGCTCTGTGCAGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACA
ATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCC
CATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGT
GTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAAACTCTTTCGAAG
Intron 8 GTGAGTTATT ... CTCTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.27 | 368 | 11 | 372 |
| A2 | 49.84 | 313 | 5 | 311 |
| A3 | 48.51 | 363 | 7 | 342 |
| A4 | 50.5 | 249 | 8 | 254 |
| A5 | 50.21 | 119 | 0 | 120 |
| A6 | 49.77 | 2080 | 5 | 2061 |
| A7 | 49.07 | 2836 | 11 | 2732 |
| A8 | 49.54 | 3802 | 9 | 3732 |
| A9 | 49.06 | 3246 | 7 | 3126 |
| A10 | 49.29 | 2353 | 6 | 2287 |
>TRINITY_DN40645_c0_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoformGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAG
ATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTG
ATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
ACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGC
TGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGT
TGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGA
AATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAAACTCTTTCGA
AG
>TRINITY_DN40645_c0_g2_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:GAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAG
ATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTG
ATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
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GATTGTGTATTTTTCTAAGAAACAGTAATATATGATTTTCTGGTTTTCATAGGTGTTAACATTTAGCAACTACTAGTTGGTCATGTATGAAATTGTACAAGGTTAGACCATAACGATTGAAAATCAATGTTGCAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGT
TCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGGTATGTTGCATGTTTCCGTTAGGTAGGGAATATTTTTCAATTTTCTATTGTAGATGAAAGACATGGGAGATATGTGCCATTTTCTGTTCTTATAGTTTTCTTCAGAATAAAAACGTTTGAGGTTTCTGTCCTTATAGTTGTCTCTGGAAGTTTGATAACTTGTGTTTTAA
CTGCTTCACGAAGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTgtgagttattatttacttgaattctaaattttatcatatttctcaagttctagtgtacaataataaaacttaaaactttgttttattgtaaa
ctcatctataatggatgtaattttgcattttataaattcaaaagagatttgccagttctgctgtatggctgtactagagctatttttagctagttctccttcttcttaactctacaaattccttacactaaaatgccttttgacaaaggtttctgcattttctacactctaaaacgaattttaagaatatcagaatacac
atggcctcttgggcacattctagtaattacgccttgactaggtagatttatcatagctataggaagtatctatacttctatgtttatgtcaaacaatatggttgttcccaagataatataaaagattatctaggttttaaagtgctaataaaatctggaattatacatatcttgtgctgttgattgcttgttgtcttcaa
aaggtttgttacagaaaatgctaggcatattaggtatagaattagttgtatttgcaccttgctagtatatcccattttgatagctgtattttgctttatatctactatttatatatttcactgaatcagttttagaaaaaattatagaagtttcattctgcgttttagaatgcaactcagtagagctgtgacctgatttc
tctatgcacaaatgaagtgcaagcactatggcttataaatatttgttactataatttctggacgcaatttcttcactgtgctattgaaattgtgtttctttctagactataatttgttgactgctattgatttgaaatcccgtgggaaaacccaagggaactagctaaaatgcccagcaacattggtgacaactggttga
tctcacccttcgggctaaccaaatttcttatctatgtagatgggttgttattttctatattgaaaaaccacttatcttgatgctctgtgcagGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTA
GTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATAT
ACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAAACTCTTTCGAAG
Intron 9 GTATGTTGCA ... CTCTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.2 | 369 | 48.5 | 372 |
| A2 | 49.76 | 314 | 36.5 | 311 |
| A3 | 49.64 | 347 | 39.8 | 342 |
| A4 | 51.21 | 242 | 37.5 | 254 |
| A5 | 50.42 | 118 | 15.3 | 120 |
| A6 | 49.17 | 2131 | 111.8 | 2061 |
| A7 | 49.02 | 2841 | 121.5 | 2732 |
| A8 | 48.94 | 3894 | 204 | 3732 |
| A9 | 48.57 | 3310 | 138.3 | 3126 |
| A10 | 48.97 | 2383 | 96 | 2287 |
>TRINITY_DN116620_c2_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGCCGGGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGT
CCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGC
CCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGG
TGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAA
GTAGCTGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACA
TTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCA
CTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATAC
>TRINITY_DN116620_c2_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCCGGGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGT
CCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGC
CCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGG
TGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGGTAGGCAGTGCTCTTAGACTTCTGTGGAGGTATATTGGTGAGCCTTTTTTAATATAGTTTAGTTCCTTTATAGTATGATTTCATTGTG
TAAGTGATTGTGTATTTTCTAAGAAACAGTAATATATGATTTTCTGGTTTTCATAGGTGTTAACATTTAGCAACTACTAGTTGGTCATGTATGAAATTGTACAAGGTTAGACCATAACGATTGAAAATCAATGTTGCAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCA
GAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGgtatgttgcatgtttccgttaggtagggaatatttttcaattttctattgtagatgaaagacatgggagatatgtgccattttctgttcttatagttttcttcagaataaaaacgtttgaggtttctgtccttatagttgtctctggaagtttgataacttgtgtt
ttaactgcttcacgaagactacatagcagattgccttctaagcagggaagctttctggtatcaaattgtgaattttaaatttgcttctcaaccagattctgctatatatcttgtgagttattatttacttgaattctaaattttatcatatttctcaagttctagtgtacaataataaaacttaaaactttgttttattg
taaactcatctataatggatgtaattttgcattttataaattcaaaagagatttgccagttctgctgtatggctgtactagagctatttttagctagttctccttcttcttaactctacaaattccttacactaaaatgccttttgacaaaggtttctgcattttctacactctaaaacgaattttaagaatatcagaat
acacatggcctcttgggcacattctagtaattacgccttgactaggtagatttatcatagctataggaagtatctatacttctatgtttatgtcaaacaatatggttgttcccaagataatataaaagattatctaggttttaaagtgctaataaaatctggaattatacatatcttgtgctgttgattgcttgttgtct
tcaaaaggtttgttacagaaaatgctaggcatattaggtatagaattagttgtatttgcaccttgctagtatatcccattttgatagctgtattttgctttatatctactatttatatatttcactgaatcagttttagaaaaaatgatagaagtttcattctgcgttttagaatgcaactcagtagagctgtgacctga
tttctctatgcacaaatgaagtgcaagcactatggcttataaatatttgttactataatttctggacgcaatttcttcactgtgctattgaaattgtgtttctttctagactataatttgttgactgctattgatttgaaatcccgtgggaaaacccaagggaactagctaaaatgcccagcaacattggtgacaactgg
ttgatctcacccttcgggctaaccaaatttcttatctatgtagatgggttgttattttctatattgaaaaaccacttatcttgatgctctgtgcagGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTT
GCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAA
ATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATAC
Intron 10 GTAGGCAGTG ... CTCTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.54 | 1511 | 409 | 372 |
| A2 | 20.25 | 1506 | 454 | 311 |
| A3 | 20.66 | 1601 | 492 | 342 |
| A4 | 19.8 | 1106 | 292 | 254 |
| A5 | 21.79 | 612 | 221 | 120 |
| A6 | 20.17 | 9525 | 2753 | 2061 |
| A7 | 19.65 | 15200 | 4701 | 2732 |
| A8 | 20.22 | 15958 | 4357 | 3732 |
| A9 | 19.88 | 15901 | 4767 | 3126 |
| A10 | 20.34 | 13531 | 4621 | 2287 |
>TRINITY_DN40645_c0_g2_i1 from sample A6 / Example spliced isoformGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAG
ATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTG
ATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
ACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTT
GCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATT
GACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAA
ACTCTTTCGAAG
>TRINITY_DN40645_c0_g2_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:GAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAG
ATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTG
ATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
ACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGgtaggcagtgctcttagacttctgtggaggtatattggtgagccttttttaatatagtttagttcctttatagtatgatttcattgtgtaagt
gattgtgtatttttctaagaaacagtaatatatgattttctggttttcataggtgttaacatttagcaactactagttggtcatgtatgaaattgtacaaggttagaccataacgattgaaaatcaatgttgcagcactgagcttttccaactcaaatcaatgttgcattagcatcagccacaaggattttgttcagagt
tctgtacttatttgggtttttaagtagctggtatgttgcatgtttccgttaggtagggaatatttttcaattttctattgtagatgaaagacatgggagatatgtgccattttctgttcttatagttttcttcagaataaaaacgtttgaggtttctgtccttatagttgtctctggaagtttgataacttgtgttttaa
ctgcttcacgaagactacatagcagattgccttctaagcagggaagctttctggtatcaaattgtgaattttaaatttgcttctcaaccagattctgctatatatcttgtgagttattatttacttgaattctaaattttatcatatttctcaagttctagtgtacaataataaaacttaaaactttgttttattgtaaa
ctcatctataatggatgtaattttgcattttataaattcaaaagagatttgccagttctgctgtatggctgtactagagctatttttagctagttctccttcttcttaactctacaaattccttacactaaaatgccttttgacaaaggtttctgcattttctacactctaaaacgaattttaagaatatcagaatacac
atggcctcttgggcacattctagtaattacgccttgactaggtagatttatcatagctataggaagtatctatacttctatgtttatgtcaaacaatatggttgttcccaagataatataaaagattatctaggttttaaagtgctaataaaatctggaattatacatatcttgtgctgttgattgcttgttgtcttcaa
aaggtttgttacagaaaatgctaggcatattaggtatagaattagttgtatttgcaccttgctagtatatcccattttgatagctgtattttgctttatatctactatttatatatttcactgaatcagttttagaaaaaattatagaagtttcattctgcgttttagaatgcaactcagtagagctgtgacctgatttc
tctatgcacaaatgaagtgcaagcactatggcttataaatatttgttactataatttctggacgcaatttcttcactgtgctattgaaattgtgtttctttctagactataatttgttgactgctattgatttgaaatcccgtgggaaaacccaagggaactagctaaaatgcccagcaacattggtgacaactggttga
tctcacccttcgggctaaccaaatttcttatctatgtagatgggttgttattttctatattgaaaaaccacttatcttgatgctctgtgcagGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTA
GTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATAT
ACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAAACTCTTTCGAAG
Intron 11 GTAGGCAGTG ... AATGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.75 | 448 | 409.4 | 51 |
| A2 | 48.87 | 476.6 | 455.6 | 36 |
| A3 | 47.3 | 549.6 | 493.2 | 39 |
| A4 | 49.24 | 301.4 | 292.4 | 30 |
| A5 | 49.11 | 229 | 221 | 13 |
| A6 | 47.24 | 3078.2 | 2755.8 | 58 |
| A7 | 47.64 | 5173.6 | 4707.4 | 82 |
| A8 | 47.24 | 4869.6 | 4360.6 | 85 |
| A9 | 47.58 | 5258 | 4771.8 | 65 |
| A10 | 48.11 | 4985.6 | 4622.2 | 55 |
>TRINITY_DN121624_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformCGCGGGGAGTAGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATAT
GGCGGTCCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGAC
AATAGCCCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACTCTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTA
TCAAGGTGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGT
TTTTAAGTAGCTGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGTGAGTTATTATTTACTTGAATTCTAAATTTTATCATATTTCTCAAGTTCTAGTGTACAATAATAAAACTTAAAACTTTGTTTTATTGTAAA
CTCATCTATAATGGATGTAATTTTGCATTTTATAAATTCAAAAGAGATTTGCCAGTTCTGCTGTATGGCTGTACTAGAGCTATTTTTAGCTAGTTCTCCTTCTTCTTAACTCTACAAATTCCTTACACTAAAATGCCTTTTGACAAAGGTTTCTGCATTTTCTACACTCTAAAACGAATTTTAAGAATATCAGAATACAC
ATGGCCTCTTGGGCACATTCTAGTAATTACGCCTTGACTAGGTAGATTTATCATAGCTATAGGAAGTATCTATACTTCTATGTTTATGTCAAACAATATGGTTGTTCCCAGGATAATA
>TRINITY_DN121624_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:CGCGGGGAGTAGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATAT
GGCGGTCCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGAC
AATAGCCCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGTATTTCTCTTAATTGAATTCTTGTGAATCATAATTAGGTTTTTCTTGCTTGTTTGGCTGTTTGGCGCGAGTGGGGTTTTAGATGATGAAATATTAGAACTAAGGCTTTTTTTGGGGTATTATTGCATGTGGGGTTTTGCTC
TTACTGATGACATTTGGTTATGAAAAGCTTCTTTTATGATTTTCTTCCTGGGCTCCGTGGTTTTGTTTCTGGCATTCGTGTTATGTTGTTGCCCTTTTATTATTTTTTATTATGGGTTTCGTTTGTCATGTGAGGTTTGTGTGTATATACTTGCCTTCTCTTTTGATCTAGTGGAATTCTGTGTTTGCAGGATGGTTGTT
GATTACTGTCTTTTTTTAAGATTTTCCCAACTATTTATAGTGACGGTGATCGTGTTGTTAACGATTGGGCGTTCAATCATACTTCTTTTTATATTTTCTGGGGGTGTGTTAATGAAATGCTATTTGTTTAGACCGTTTTTATTTTTATTTTTAAGATGCTTCAGTAGTGATCATCCACAATCTATCAAGAGTTCAGAGGC
TGCTTAAACAGTACACCCACCCATCCACCCTGCCTGACTTAACTGCCTATGAGTGATCCAGAGGGGTGAGGCTGCTTACACTGTACACCCACCCAGCCTGACCTAACCGCCCCTAAGGGTGTTTGCACCATAGTTACCAAGTTCGGCCATCAAGCCATTAGTATGGACATTCGAAAATTTGGTTTGTCTTGACGAATTGT
TCGGTTTGGTTCGGTTCGCTGTTCCATCTAATTTCAAATTCCGTCCACTTCAATTCTGGTTTGGCATTGGCTTTGTTGGGCAGTTGAAGCTCCCTTGCCTTGCTTGCTTTCTCCCTTGGATAAGGGCTCAATTCCCCTTCCTCTATAATCATATAGTAGAGAGAGGTTTGGATCCATCTGACCCTCAGCATACTGTATCA
TAGCTAGCAGCAGATACAGAGCCATTATTTCACCTAGGAGTAAAGCGAAAGGTGGGGTGCAGCTGCATAAGTAACTATAAACTATCAGGTGCTGAGTTGGACCGGATTTCTCTATTGAAACATGCCACTCTTAGCACTCAACCTGCTGTCTATAACAATAATTACCAATAAATCCAAAACACCAATCACTGGAAGGTCAT
ATTGCTATCCACAGACTGAACGAATCCAGTTGAATTACCTGTTCATTAAGATGTTCTGGTCGAGTTTTCTATCTTGGGACCTTGTGGTTATGGGATTGCATTGTGCCACATTGATGGTCCACCACCTCACCTCTGAGGCAAATTACTATCAAACTTCCTTTGTGTACAACTACTGTGTAAATGCAGTCCCTTTTTTCATC
TTTTACATAGCCTGTTATCAGGCAGGTCCTTTTTTTCTCTTTTAACACAGCCTGTTCTCAGGTGGGTCACGTTCACTGGGGCTTAAACTTGGGTCATCATGTTGCCACAGCCCAGAAGACTCCTAAAATTTGGCAAGTCTTAATGAGAACATAGGGATGGGGATGTACTCATCTCCAGGCGACACAAGTTCTATAAGTTC
AACCCCTACCTCCAGTGACCTCCCACAATTACCTTTAAGGACATGGAAATAGAACCTTAGGCCAATATTGTGAAATTCCCTGTTCCCGAGCTCTTAAGGAGAACATGGGGGTGGGCTTCGGTCATTAATACGTGCACCTGGTATTCATCTCCATGTGTCTTTAGTTTGACGGTTGACCCCTACCTCCAAGTGTCAGGGAA
GCTTGTGGGGATGAAACCCTGGCAGATGCCAGGGAACTTCTTGCTCCCCACTGTTACTCCCAATCCCATCAGGTGTCCAAAATTTGATTATTAGCACTGTATAATACTTGCTGATAGCCTTTTAAATCATTTGCAAATTTTTAAGGGTTTGCATTGCATTTGAGGTTTAAGCACCGTTTTTAGTGAGTATTTTGTCTATT
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CTATCAAGGTGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGgtaggcagtgctcttagacttctgtggaggtatattggtgagccttttttaatatagtttagttcctttatagtatgat
ttcattgtgtaagtgattgtgtatttttctaagaaacagtaatatatgattttctggttttcataggtgttaacatttagcaactactagttggtcatgtatgaaattgtacaaggttagaccataacgattgaaaatcaatgttgcagCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGG
ATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGGTATGTTGCATGTTTCCGTTAGGTAGGGAATATTTTTCAATTTTCTATTGTAGATGAAAGACATGGGAGATATGTGCCATTTTCTGTTCTTATAGTTTTCTTCAGAATAAAAACGTTTGAGGTTTCTGTCCTTATAGTTGTCTCTGGAAGTTTGAT
AACTTGTGTTTTAACTGCTTCACGAAGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGTGAGTTATTATTTACTTGAATTCTAAATTTTATCATATTTCTCAAGTTCTAGTGTACAATAATAAAACTTAAAACTT
TGTTTTATTGTAAACTCATCTATAATGGATGTAATTTTGCATTTTATAAATTCAAAAGAGATTTGCCAGTTCTGCTGTATGGCTGTACTAGAGCTATTTTTAGCTAGTTCTCCTTCTTCTTAACTCTACAAATTCCTTACACTAAAATGCCTTTTGACAAAGGTTTCTGCATTTTCTACACTCTAAAACGAATTTTAAGA
ATATCAGAATACACATGGCCTCTTGGGCACATTCTAGTAATTACGCCTTGACTAGGTAGATTTATCATAGCTATAGGAAGTATCTATACTTCTATGTTTATGTCAAACAATATGGTTGTTCCCAGGATAATA
Intron 12 GTGTTAACAT ... CTCTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.43 | 1511 | 404 | 372 |
| A2 | 20.23 | 1506 | 453 | 311 |
| A3 | 21.15 | 1601 | 517 | 342 |
| A4 | 19.94 | 1106 | 297 | 254 |
| A5 | 21.69 | 612 | 219 | 120 |
| A6 | 20.49 | 9525 | 2848 | 2061 |
| A7 | 19.95 | 15200 | 4844 | 2732 |
| A8 | 20.5 | 15958 | 4496 | 3732 |
| A9 | 20.1 | 15901 | 4874 | 3126 |
| A10 | 20.55 | 13531 | 4712 | 2287 |
>TRINITY_DN40645_c0_g2_i1 from sample A6 / Example spliced isoformGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAG
ATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTG
ATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
ACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTT
GCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATT
GACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAA
ACTCTTTCGAAG
>TRINITY_DN40645_c0_g2_i9 from sample A6 / Example unspliced isoform:GAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAG
ATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTG
ATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
ACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGgtgttaacatttagcaactactagttggtcatgtatgaaattgtacaaggttagaccataacgattgaaaatcaatgttgcagcactgagctt
ttccaactcaaatcaatgttgcattagcatcagccacaaggattttgttcagagttctgtacttatttgggtttttaagtagctggtatgttgcatgtttccgttaggtagggaatatttttcaattttctattgtagatgaaagacatgggagatatgtgccattttctgttcttatagttttcttcagaataaaaacg
tttgaggtttctgtccttatagttgtctctggaagtttgataacttgtgttttaactgcttcacgaagactacatagcagattgccttctaagcagggaagctttctggtatcaaattgtgaattttaaatttgcttctcaaccagattctgctatatatcttgtgagttattatttacttgaattctaaattttatcat
atttctcaagttctagtgtacaataataaaacttaaaactttgttttattgtaaactcatctataatggatgtaattttgcattttataaattcaaaagagatttgccagttctgctgtatggctgtactagagctatttttagctagttctccttcttcttaactctacaaattccttacactaaaatgccttttgaca
aaggtttctgcattttctacactctaaaacgaattttaagaatatcagaatacacatggcctcttgggcacattctagtaattacgccttgactaggtagatttatcatagctataggaagtatctatacttctatgtttatgtcaaacaatatggttgttcccaagataatataaaagattatctaggttttaaagtgc
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ATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCC
CATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGT
GTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAAACTCTTTCGAAG
Intron 13 GTATTTCTCT ... ATTATGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.19 | 1552 | 370 | 320 |
| A2 | 17.27 | 1363 | 353 | 216 |
| A3 | 17.47 | 1429 | 354 | 251 |
| A4 | 19.23 | 1006 | 296 | 183 |
| A5 | 20.6 | 532 | 173 | 103 |
| A6 | 16.21 | 6494 | 1448 | 1065 |
| A7 | 15.84 | 10501 | 2409 | 1543 |
| A8 | 15.99 | 9892.5 | 2109 | 1656 |
| A9 | 15.96 | 10900 | 2490 | 1651 |
| A10 | 15.78 | 9579.5 | 2210 | 1380 |
>TRINITY_DN116620_c2_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGCCGGGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGT
CCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGC
CCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGG
TGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAA
GTAGCTGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACA
TTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCA
CTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATAC
>TRINITY_DN116620_c2_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCCGGGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGT
CCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGC
CCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGgtatttctcttaattgaattcttgtgaatcataattaggtttttcttgcttgtttggctgtttggcgcgagtggggttttagatgatgaaatattagaactaaggctttttttggggtattattgcatgtggggttttgctcttactg
atgacatttggttatgaaaagcttcttttatgattttcttcctgggctccgtggttttgtttctggcattcgtgttatgttgttgcccttttattattttttattatgggtttcgtttgtcatgtgaggtttgtgtgtatatacttgccttctcttttgatctagtggaattctgtgtttacaggatggttgttgaatac
tgtctttttttaagattttcccaactatttatagtgacggtgatcgtgttgttaacgattgggcgttcaatcatacttctttttatattttctgggggtgtgttaatgaaatgctatttgtttagaccgtttttatttttatttttaagatgcttcagtagtgatcatccacaatctatcaagagttcagaggctgctta
aacagtacacccacccatccaccctgcctgacttaactgcctatgagtgatccagaggggagaggctgcttacactgtacacccacccagcctgacctaaccgcccctaagggtgtttgcaccatagttaccaagttcggccatcaagccattagtatggacattcgaaaatttggtttgtcttgacgaattgttcggtt
tggttcggttcgctgttccatctaatttcaaattccgtccacttcaattctggtttggcattggctttgttgggcagttgaagctcccttgccttgcttgctttctcccttggataagggctcaatcccccttcctctataatcatatagtagagagaggtttggatccatctgaccctcagcatactgtatcatagcta
gcagcagatacagagccattatttcacctaggagtaaagcgaaaggtggggtgcagctgcataagtaactataaactatcaggtgctgagttggaccggatttctctattgaaacatgccactcttagcactcaacctgctgtctataacaataattaccaataaatccaaaacaccaatcactggaaggtcatattgct
atccacagactgaacgaatccagttgaattacctgttcattaagatgttctggtcgagttttctatcttgggaccttgtggttatgggattgcattgtgccacattgatggtccaccacctcacctctgaggcaaattactatcaaacttcctttgtgtacaactactgtgtaaatgcagtcccttttttcatcttttac
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tacctccagtgacctcccacaattacctttaaggacatggaaatagaactttaggccaatattgtgaaatccctgttcccgagctcttaaggagaacatgggggtgggcttcggtcattaatacgtgcacctggtattcatctccatgtgtctttagtttgacggttgacccctacctccaagtgtcagggaagcttgtg
gggatgaaaccctggcagatgccagggaacttcttgctccccactgttactcccaatcccatcaggtgtccaaaatttgattattagcactgtataatacttgctgatagtcttttaaatcatttgcaaatttttaagggtttgcattgcatttgaggtttaagcaccgtttttagtgagtattttgtctattttttaaa
gtacaattttagttttcctataattatgcctgttatttttggttattatgaaagGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAA
GGTGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAG
Intron 14 GTAGGCAGTG ... GTTTTCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.31 | 404 | 409 | 42 |
| A2 | 50.06 | 453 | 454 | 30 |
| A3 | 48.76 | 517 | 492 | 39 |
| A4 | 49.58 | 297 | 292 | 28 |
| A5 | 50.23 | 219 | 221 | 17 |
| A6 | 49.15 | 2848 | 2753 | 23 |
| A7 | 49.25 | 4844 | 4701 | 38 |
| A8 | 49.21 | 4496 | 4357 | 25 |
| A9 | 49.45 | 4874 | 4767 | 49 |
| A10 | 49.51 | 4712 | 4621 | 24 |
>TRINITY_DN40645_c0_g2_i9 from sample A6 / Example spliced isoformGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAG
ATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTG
ATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
ACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGGTGTTAACATTTAGCAACTACTAGTTGGTCATGTATGAAATTGTACAAGGTTAGACCATAACGATTGAAAATCAATGTTGCAGCACTGAGCTT
TTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGGTATGTTGCATGTTTCCGTTAGGTAGGGAATATTTTTCAATTTTCTATTGTAGATGAAAGACATGGGAGATATGTGCCATTTTCTGTTCTTATAGTTTTCTTCAGAATAAAAACG
TTTGAGGTTTCTGTCCTTATAGTTGTCTCTGGAAGTTTGATAACTTGTGTTTTAACTGCTTCACGAAGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGTGAGTTATTATTTACTTGAATTCTAAATTTTATCAT
ATTTCTCAAGTTCTAGTGTACAATAATAAAACTTAAAACTTTGTTTTATTGTAAACTCATCTATAATGGATGTAATTTTGCATTTTATAAATTCAAAAGAGATTTGCCAGTTCTGCTGTATGGCTGTACTAGAGCTATTTTTAGCTAGTTCTCCTTCTTCTTAACTCTACAAATTCCTTACACTAAAATGCCTTTTGACA
AAGGTTTCTGCATTTTCTACACTCTAAAACGAATTTTAAGAATATCAGAATACACATGGCCTCTTGGGCACATTCTAGTAATTACGCCTTGACTAGGTAGATTTATCATAGCTATAGGAAGTATCTATACTTCTATGTTTATGTCAAACAATATGGTTGTTCCCAAGATAATATAAAAGATTATCTAGGTTTTAAAGTGC
TAATAAAATCTGGAATTATACATATCTTGTGCTGTTGATTGCTTGTTGTCTTCAAAAGGTTTGTTACAGAAAATGCTAGGCATATTAGGTATAGAATTAGTTGTATTTGCACCTTGCTAGTATATCCCATTTTGATAGCTGTATTTTGCTTTATATCTACTATTTATATATTTCACTGAATCAGTTTTAGAAAAAATTAT
AGAAGTTTCATTCTGCGTTTTAGAATGCAACTCAGTAGAGCTGTGACCTGATTTCTCTATGCACAAATGAAGTGCAAGCACTATGGCTTATAAATATTTGTTACTATAATTTCTGGACGCAATTTCTTCACTGTGCTATTGAAATTGTGTTTCTTTCTAGACTATAATTTGTTGACTGCTATTGATTTGAAATCCCGTGG
GAAAACCCAAGGGAACTAGCTAAAATGCCCAGCAACATTGGTGACAACTGGTTGATCTCACCCTTCGGGCTAACCAAATTTCTTATCTATGTAGATGGGTTGTTATTTTCTATATTGAAAAACCACTTATCTTGATGCTCTGTGCAGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACA
ATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTAGTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCC
CATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATATACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGT
GTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAAACTCTTTCGAAG
>TRINITY_DN40645_c0_g2_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:GAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATATGGCGGTCCAAG
ATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGACAATAGCCCTTG
ATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACACTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTATCAAGGTGAAG
ACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGgtaggcagtgctcttagacttctgtggaggtatattggtgagccttttttaatatagtttagttcctttatagtatgatttcattgtgtaagt
gattgtgtatttttctaagaaacagtaatatatgattttctggttttcatagGTGTTAACATTTAGCAACTACTAGTTGGTCATGTATGAAATTGTACAAGGTTAGACCATAACGATTGAAAATCAATGTTGCAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGT
TCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGGTATGTTGCATGTTTCCGTTAGGTAGGGAATATTTTTCAATTTTCTATTGTAGATGAAAGACATGGGAGATATGTGCCATTTTCTGTTCTTATAGTTTTCTTCAGAATAAAAACGTTTGAGGTTTCTGTCCTTATAGTTGTCTCTGGAAGTTTGATAACTTGTGTTTTAA
CTGCTTCACGAAGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGTGAGTTATTATTTACTTGAATTCTAAATTTTATCATATTTCTCAAGTTCTAGTGTACAATAATAAAACTTAAAACTTTGTTTTATTGTAAA
CTCATCTATAATGGATGTAATTTTGCATTTTATAAATTCAAAAGAGATTTGCCAGTTCTGCTGTATGGCTGTACTAGAGCTATTTTTAGCTAGTTCTCCTTCTTCTTAACTCTACAAATTCCTTACACTAAAATGCCTTTTGACAAAGGTTTCTGCATTTTCTACACTCTAAAACGAATTTTAAGAATATCAGAATACAC
ATGGCCTCTTGGGCACATTCTAGTAATTACGCCTTGACTAGGTAGATTTATCATAGCTATAGGAAGTATCTATACTTCTATGTTTATGTCAAACAATATGGTTGTTCCCAAGATAATATAAAAGATTATCTAGGTTTTAAAGTGCTAATAAAATCTGGAATTATACATATCTTGTGCTGTTGATTGCTTGTTGTCTTCAA
AAGGTTTGTTACAGAAAATGCTAGGCATATTAGGTATAGAATTAGTTGTATTTGCACCTTGCTAGTATATCCCATTTTGATAGCTGTATTTTGCTTTATATCTACTATTTATATATTTCACTGAATCAGTTTTAGAAAAAATTATAGAAGTTTCATTCTGCGTTTTAGAATGCAACTCAGTAGAGCTGTGACCTGATTTC
TCTATGCACAAATGAAGTGCAAGCACTATGGCTTATAAATATTTGTTACTATAATTTCTGGACGCAATTTCTTCACTGTGCTATTGAAATTGTGTTTCTTTCTAGACTATAATTTGTTGACTGCTATTGATTTGAAATCCCGTGGGAAAACCCAAGGGAACTAGCTAAAATGCCCAGCAACATTGGTGACAACTGGTTGA
TCTCACCCTTCGGGCTAACCAAATTTCTTATCTATGTAGATGGGTTGTTATTTTCTATATTGAAAAACCACTTATCTTGATGCTCTGTGCAGGCTTATCTATGGAGGAAAACAGATGAATGATGAAAAGACAGCCCGTGAATACAATATTGAGGGAGGTTCTGTTCTTCATCTCGTGCTGGCTTTGCGTGGTGGTTGCTA
GTGGGATGGCTGGGAAATGTTTTCTGCCACTGCTATGGGTTCTTCATCTCATGAAACTAGAGAAATTTGGAGTCTGGACTCAACATTTTTTATATATTGTTTAGATGCTTAATGTCAATGAATGAGTGAGTGATATTTAATGCCCCATGTTTGTATTTTTACTTTAAGCTTGTATGTTTCTGATTGACGAATTGAAATAT
ACTTTAACCAATAGTCGTTAAGAGTTGGATGAATCTCTCTATCAGTTTTAAGTAAATGATGAAGAATATGGATGTCCGGTTGTCACTAAAATAACTCCAAACGGAATATGTGTACAGTCAATGGTCTTATTTTTTTACATTTAGTGTTCTTTTTTTGTTTGGTCTCCACAGTATACCATTCTGAAACTCTTTCGAAG
Intron 15 GTATGTTGCA ... CTTCACGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 74.03 | 16.7 | 47.7 | 12.7 |
| A2 | 72.36 | 14 | 36.7 | 8.2 |
| A3 | 56.19 | 29.8 | 38.5 | 15.2 |
| A4 | 84.32 | 7 | 37.7 | 15 |
| A5 | 71 | 6 | 14.8 | 9 |
| A6 | 48.24 | 110.8 | 105.8 | 30 |
| A7 | 47.23 | 126.7 | 115.7 | 20.8 |
| A8 | 51.73 | 179.2 | 195.3 | 42.5 |
| A9 | 46.16 | 146.8 | 129.8 | 39.7 |
| A10 | 44.54 | 110 | 90.7 | 30.8 |
>TRINITY_DN121624_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformCGCGGGGAGTAGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATAT
GGCGGTCCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGAC
AATAGCCCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACTCTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTTCTA
TCAAGGTGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGGATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGT
TTTTAAGTAGCTGACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGTGAGTTATTATTTACTTGAATTCTAAATTTTATCATATTTCTCAAGTTCTAGTGTACAATAATAAAACTTAAAACTTTGTTTTATTGTAAA
CTCATCTATAATGGATGTAATTTTGCATTTTATAAATTCAAAAGAGATTTGCCAGTTCTGCTGTATGGCTGTACTAGAGCTATTTTTAGCTAGTTCTCCTTCTTCTTAACTCTACAAATTCCTTACACTAAAATGCCTTTTGACAAAGGTTTCTGCATTTTCTACACTCTAAAACGAATTTTAAGAATATCAGAATACAC
ATGGCCTCTTGGGCACATTCTAGTAATTACGCCTTGACTAGGTAGATTTATCATAGCTATAGGAAGTATCTATACTTCTATGTTTATGTCAAACAATATGGTTGTTCCCAGGATAATA
>TRINITY_DN121624_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:CGCGGGGAGTAGAAGATTCTTCAACTTCTCCCGTGGTAGAACTCTTGGTGCTCTTTAGGGGTCCGATGTAGATTTGGAGGTATAATATCTTTCAAGTTTTGGGCTTCCTTTTGGTATCAAATTCTTTCAAAATTGCCTTTCTGTTTGGGATTCTTCCTTTCTTGGCATATCAAACGTCATCTTCTTCTATCTTTTTATAT
GGCGGTCCAAGATCGCTTCTATGTATCTACTCCCTTCTTAGCAAACTACATTTTGAGAGAGGCTGCTGCTTTGGTCTCCACAACTCCCACAACCCTTAAATCCAGGCTGTATTTGCCCCAACTCGGAGAGGCTTTGTGGAGGTTCAGTGACATTTGCAGGCCGAGATGCAGATATTCGTCAAGACTCTCACAGGGAAGAC
AATAGCCCTTGATGTTGAAAGCAGCGATACCATTGATAATGTCAAGATCAAAATCCAGGTATTTCTCTTAATTGAATTCTTGTGAATCATAATTAGGTTTTTCTTGCTTGTTTGGCTGTTTGGCGCGAGTGGGGTTTTAGATGATGAAATATTAGAACTAAGGCTTTTTTTGGGGTATTATTGCATGTGGGGTTTTGCTC
TTACTGATGACATTTGGTTATGAAAAGCTTCTTTTATGATTTTCTTCCTGGGCTCCGTGGTTTTGTTTCTGGCATTCGTGTTATGTTGTTGCCCTTTTATTATTTTTTATTATGGGTTTCGTTTGTCATGTGAGGTTTGTGTGTATATACTTGCCTTCTCTTTTGATCTAGTGGAATTCTGTGTTTGCAGGATGGTTGTT
GATTACTGTCTTTTTTTAAGATTTTCCCAACTATTTATAGTGACGGTGATCGTGTTGTTAACGATTGGGCGTTCAATCATACTTCTTTTTATATTTTCTGGGGGTGTGTTAATGAAATGCTATTTGTTTAGACCGTTTTTATTTTTATTTTTAAGATGCTTCAGTAGTGATCATCCACAATCTATCAAGAGTTCAGAGGC
TGCTTAAACAGTACACCCACCCATCCACCCTGCCTGACTTAACTGCCTATGAGTGATCCAGAGGGGTGAGGCTGCTTACACTGTACACCCACCCAGCCTGACCTAACCGCCCCTAAGGGTGTTTGCACCATAGTTACCAAGTTCGGCCATCAAGCCATTAGTATGGACATTCGAAAATTTGGTTTGTCTTGACGAATTGT
TCGGTTTGGTTCGGTTCGCTGTTCCATCTAATTTCAAATTCCGTCCACTTCAATTCTGGTTTGGCATTGGCTTTGTTGGGCAGTTGAAGCTCCCTTGCCTTGCTTGCTTTCTCCCTTGGATAAGGGCTCAATTCCCCTTCCTCTATAATCATATAGTAGAGAGAGGTTTGGATCCATCTGACCCTCAGCATACTGTATCA
TAGCTAGCAGCAGATACAGAGCCATTATTTCACCTAGGAGTAAAGCGAAAGGTGGGGTGCAGCTGCATAAGTAACTATAAACTATCAGGTGCTGAGTTGGACCGGATTTCTCTATTGAAACATGCCACTCTTAGCACTCAACCTGCTGTCTATAACAATAATTACCAATAAATCCAAAACACCAATCACTGGAAGGTCAT
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TTTTACATAGCCTGTTATCAGGCAGGTCCTTTTTTTCTCTTTTAACACAGCCTGTTCTCAGGTGGGTCACGTTCACTGGGGCTTAAACTTGGGTCATCATGTTGCCACAGCCCAGAAGACTCCTAAAATTTGGCAAGTCTTAATGAGAACATAGGGATGGGGATGTACTCATCTCCAGGCGACACAAGTTCTATAAGTTC
AACCCCTACCTCCAGTGACCTCCCACAATTACCTTTAAGGACATGGAAATAGAACCTTAGGCCAATATTGTGAAATTCCCTGTTCCCGAGCTCTTAAGGAGAACATGGGGGTGGGCTTCGGTCATTAATACGTGCACCTGGTATTCATCTCCATGTGTCTTTAGTTTGACGGTTGACCCCTACCTCCAAGTGTCAGGGAA
GCTTGTGGGGATGAAACCCTGGCAGATGCCAGGGAACTTCTTGCTCCCCACTGTTACTCCCAATCCCATCAGGTGTCCAAAATTTGATTATTAGCACTGTATAATACTTGCTGATAGCCTTTTAAATCATTTGCAAATTTTTAAGGGTTTGCATTGCATTTGAGGTTTAAGCACCGTTTTTAGTGAGTATTTTGTCTATT
TTTTAAAGTACAATTTTAGTTTTCCTATAATTATGCCTGTTATTTTTGGTTATTATGAAAGGACAAAGAGGGTATTCCACCAGGTCAGCAGCGCTTAATATTTGCTGGAAAACAATTAGAAGATGGGCGTACTCTAGCAGATTATAATATTCAGAAGGAATCAACTCTTCACTTGGTGTTGCGGTTAAGGGGAGGTATTT
CTATCAAGGTGAAGACCCTTACCGGAAAAGAAGTCGAGATAGATATTGAACCCAATGATACAATTGAGCGAATTAAGCAGCGAGTTGAGGAAAAGGAAGGAATACCTCCTATACAGCAAAGGTAGGCAGTGCTCTTAGACTTCTGTGGAGGTATATTGGTGAGCCTTTTTTAATATAGTTTAGTTCCTTTATAGTATGAT
TTCATTGTGTAAGTGATTGTGTATTTTTCTAAGAAACAGTAATATATGATTTTCTGGTTTTCATAGGTGTTAACATTTAGCAACTACTAGTTGGTCATGTATGAAATTGTACAAGGTTAGACCATAACGATTGAAAATCAATGTTGCAGCACTGAGCTTTTCCAACTCAAATCAATGTTGCATTAGCATCAGCCACAAGG
ATTTTGTTCAGAGTTCTGTACTTATTTGGGTTTTTAAGTAGCTGgtatgttgcatgtttccgttaggtagggaatatttttcaattttctattgtagatgaaagacatgggagatatgtgccattttctgttcttatagttttcttcagaataaaaacgtttgaggtttctgtccttatagttgtctctggaagtttgat
aacttgtgttttaactgcttcacgaagACTACATAGCAGATTGCCTTCTAAGCAGGGAAGCTTTCTGGTATCAAATTGTGAATTTTAAATTTGCTTCTCAACCAGATTCTGCTATATATCTTGTGAGTTATTATTTACTTGAATTCTAAATTTTATCATATTTCTCAAGTTCTAGTGTACAATAATAAAACTTAAAACTT
TGTTTTATTGTAAACTCATCTATAATGGATGTAATTTTGCATTTTATAAATTCAAAAGAGATTTGCCAGTTCTGCTGTATGGCTGTACTAGAGCTATTTTTAGCTAGTTCTCCTTCTTCTTAACTCTACAAATTCCTTACACTAAAATGCCTTTTGACAAAGGTTTCTGCATTTTCTACACTCTAAAACGAATTTTAAGA
ATATCAGAATACACATGGCCTCTTGGGCACATTCTAGTAATTACGCCTTGACTAGGTAGATTTATCATAGCTATAGGAAGTATCTATACTTCTATGTTTATGTCAAACAATATGGTTGTTCCCAGGATAATA