sp|Q8RWU5|FBL3_ARATH ----> F-box/LRR-repeat protein 3
Intron 1 GTAAGGTGTT ... GCTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.07 | 139 | 50 | 53.2 |
| A2 | 21.08 | 73 | 14 | 25 |
| A3 | 25.81 | 115 | 36 | 44 |
| A4 | 28.17 | 102 | 35 | 45 |
| A5 | 27.62 | 38 | 8 | 21 |
| A6 | 21.29 | 342 | 86 | 99 |
| A7 | 24.09 | 364 | 109 | 122 |
| A8 | 21.93 | 347 | 69 | 126 |
| A9 | 24.45 | 275 | 85 | 93 |
| A10 | 26.48 | 186 | 68 | 66 |
>TRINITY_DN130874_c2_g3_i1 from sample A1 / Example spliced isoformGACGTCGTAGGAGTTCGTCCTTCCCCAGAAAAGAACTCCCTAGGTTCGCAGGTCTTTCAACCGTACGTCCACGTCATCACAATCGACGAACGCCGCGACGATGGCGTGCACGGACATCAACACAGTATCCACAGGCACGACACGTCCTACTACTAGTACGACACGCAGGGACTACAACGGCCTTACTCGACATTTCTCGC
GAGCCGACATTACGGAATCTGATAAACCTCAGGAAACCAGGGTCGCATGGCAGATAAAACCGCAACCCAAAGACGATCGGCCTCTTTCAACGCGCTAAAACTCCACGGATTCTTGCGAAGTTCTGTTACAGAAATTGGAAATCGAGCGTGAGAAGGGGCTAAGATTTTAGGTAGCCATGAAGAGACATCAGGGATGCTTC
CAGGACGGCATTTTGGAAGCCCTAGGCGACGACATTCTGCTGAGGGTCCTCGACAATCTTAACGACACCGTCGACAGGCAATCGTGGTCTCTTGTCTGCAAACACTTCTATCGACTCGAATCGGCCTGCAAGAGAAAAATCCAGTTGCTGAGAGGCGAAATGTTGCCTAGGATACTCCGGAGATACAGAGCTGTAGAACA
CCTGGACCTGTCCCTCTGCCCTCAGATTAGCGATCGGTGCCTGGGGTTCGTGGCCGCAGTTGCTGGGCTTCGCCTGCGCTCTATAGATCTTTCGAGGCTCGTACGGTTTAGTCACCTGGGGCTCTCTGCTCTGGCTAAGGGCTGCCAGAATCTGGTGGAGATTGATGTTTCCTACTGCGCGAGATTTGGGGATATGGAGG
CCGCTGCTGTTTCCAATGCCAAGAATCTGCAGACGCTGAAATTGGTGAGGTGCCAAATGGTTTCTGACTTGGGTTTGGGCTGGATAGCGGTGGGGTGCGGGAAGCTCCAGCATTTGAATCTCAGGTGGTGTGTGGGAGTCGGTGATTTGGGTGTTGAGTTAGTGGCTATAAAATGCAAAGAATTGAGGTCTCTGGATGTT
TCTTATTTACAGATAACAAACAAATGTATTGCCTCCATCACAAAACTATCGTACCTAGAGACTTTTGTATCGGTTGGATGTGTCTGTGTAGATGACAAAGGCCTTACTTTGCTCAAGAATGGTTGCAAATCACTGCAGAGGCTTGATGTTTCGAAATGTCAGAGTGTGAGTTCCACTGGTATAATTTCCCTTGCAAGCGG
ATGTATAGCCTTGCAGCAACTAAGCTTAGCCTATTGCGTCCCTGTCACAAATGCTCTACTTGCAAGCTTCGACAAATATGACAGCCTGCAGTCCATACGATTTGATGGCTGTGAAATTTCTAGGTCAGGTCTGAAGTCTATTGGGAAAAGCTGTAAGTCTCTGAAGGAATTGAGCTTAAGCAAGTGCAATGGGTTGACAG
ATGAAGGGATCTCTGCACTTGTGGGAGGCTGCAGAGGGTTGAAAATGCTAGATATCACCTGTTGCCATGATCTCACTGATGTTGCTATCACAGCTGTTGCAACATCTTGTGGAGATCTTTCATGTCTTAAGATGGAATCCTGTGCCTTGGTCACCGAGACAAGTTTAAATATTCTCGGAGATCGCTGTCCCTTGCTAGAA
GTACTTGATCTCACCGATTGCAGTGTAAGCAATACAGGATTGAAATCCATTTCCAGGTGCACTGGATTGACTACCTTGAAACTAGGCCTCTGTGAAAATATTTCCAATGAGGGTTTAATCTATATTGGTGCTGGCTGCTCAAACCTTCAAGAGCTTGATTTATATAGGTCTGTGAGAATTGGTGATACTGGATTAGCAGC
ACTTGCCATTGGTTGTCCAAAGCTCAGAATAGTTAATCTCTCATATTGTATAGGCATCACAGATGATGGGCTGAAATCTCTGGCTCGACTAGATGAACTTTACAACCTTGAGATTCGGGGTTGCTTCCGTGTAACATCTACAGGTCTTTCTGCCATTGCCTTGGGATGTAAGCATCTGGTAGAGTTGGATATCAAGAGGT
GCTACCGTGTTGATGATATGGGAATAGTGACTGTAGTTCAATGGTGCATAAACCTGAGACAGATAAATATTTCATACTGTCCAATTTCAGATGTTGGCTTTTTGGCATTGGTGAATCTTAGTTGCTTGCAAAACGTGAATCTAGTGCATCTGAGGACCGTTTCTTTGGATGCCTTTGCATTTGTTTTGCTAGGTTGTGAG
AGCTTAAAGAAGGTCAAGCTTTTAAAACAACTAAAATCCTCTCTGCCATCAAATTTAATTGAACATGTAGAAAATAAAGGCTGCAGAATCAGGTGGGTGGAGAAGCCTTTTGTGATGTAATTCACATAAAGTGGCTAAACTTTGGCCAATGCAGACCTCCTAATCCATGGTGAGAGCATGGAGGCCTAATAAAAACAGAG
TTCTGTATGCACGCTCTTAACTTGGAGAGCAGGGGACTAATAAGTACAGATTTATGTATGCATCCCCTTAAATTTTCGAATCATAGTTGTTCAAACAGAAAATTTTGGAATATGACTGATTAAGGTAAATCCTTGTCTAGATCAAAGCTTCCACCAGACTATCAAACAACATTTGAGGTTCCAATCGGTAGTATTATTTT
AACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATGCAGTACCGAGAGGTTTTGAGTGTTTTGAAGTTCTAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATCCAGTACCGAGAGGTTTTGATGTGTAAATTTTTTATCATTTTTAAGATGGATCCAAGCATAGATGAAAAGAGGGGTAAC
AATATTTCTATGTAAATATGAATTTATAGTATTTTTATCTATACATAAATTTGGATCTCTCTTTGGATCTCTCTTTGTATCTCTCTATAGCAGTTCTTAGAGGTTTTGATGTGTAAATTTT
>TRINITY_DN130874_c2_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GACGTCGTAGGAGTTCGTCCTTCCCCAGAAAAGAACTCCCTAGGTTCGCAGGTCTTTCAACCGTACGTCCACGTCATCACAATCGACGAACGCCGCGACGATGGCGTGCACGGACATCAACACAGTATCCACAGGCACGACACGTCCTACTACTAGTACGACACGCAGGGACTACAACGGCCTTACTCGACATTTCTCGC
GAGCCGACATTACGGAATCTGATAAACCTCAGGAAACCAGGGTCGCATGGCAGATAAAACCGCAACCCAAAGACGATCGGCCTCTTTCAACGCGCTAAAACTCCACGGATTCTTGCGAAGTTCTGTTACAGAAATTGGAAATCGAGCGTGAGAAGGGGCTAAGATTTTAGGTAGCCATGAAGAGACATCAGGGATGCTTC
CAGGACGGCATTTTGGAAGCCCTAGGCGACGACATTCTGCTGAGGGTCCTCGACAATCTTAACGACACCGTCGACAGGCAATCGTGGTCTCTTGTCTGCAAACACTTCTATCGACTCGAATCGGCCTGCAAGAGAAAAATCCAGTTGCTGAGAGGCGAAATGTTGCCTAGGATACTCCGGAGATACAGAGCTGTAGAACA
CCTGGACCTGTCCCTCTGCCCTCAGATTAGCGATCGGTGCCTGGGGTTCGTGGCCGCAGTTGCTGGGCTTCGCCTGCGCTCTATAGATCTTTCGAGGCTCGTACGGTTTAGTCACCTGGGGCTCTCTGCTCTGGCTAAGGGCTGCCAGAATCTGGTGGAGATTGATGTTTCCTACTGCGCGAGATTTGGGGATATGGAGG
CCGCTGCTGTTTCCAATGCCAAGAATCTGCAGACGCTGAAATTGGTGAGGTGCCAAATGGTTTCTGACTTGGGTTTGGGCTGGATAGCGGTGGGGTGCGGGAAGCTCCAGCATTTGAATCTCAGGTGGTGTGTGGGAGTCGGTGATTTGGGTGTTGAGTTAGTGGCTATAAAATGCAAAGAATTGAGGTCTCTGGATGTT
TCTTATTTACAGATAACAAACAAATGTATTGCCTCCATCACAAAACTATCGTACCTAGAGACTTTTGTATCGGTTGGATGTGTCTGTGTAGATGACAAAGGCCTTACTTTGCTCAAGAATGGTTGCAAATCACTGCAGAGGCTTGATGTTTCGAAATGTCAGAGTGTGAGTTCCACTGGTATAATTTCCCTTGCAAGCGG
ATGTATAGCCTTGCAGCAACTAAGCTTAGCCTATTGCGTCCCTGTCACAAATGCTCTACTTGCAAGCTTCGACAAATATGACAGCCTGCAGTCCATACGATTTGATGGCTGTGAAATTTCTAGGTCAGGTCTGAAGTCTATTGGGAAAAGCTGTAAGTCTCTGAAGGAATTGAGCTTAAGCAAGTGCAATGGGTTGACAG
ATGAAGGGATCTCTGCACTTGTGGGAGGCTGCAGAGGGTTGAAAATGCTAGATATCACCTGTTGCCATGATCTCACTGATGTTGCTATCACAGCTGTTGCAACATCTTGTGGAGATCTTTCATGTCTTAAGATGGAATCCTGTGCCTTGGTCACCGAGACAAGTTTAAATATTCTCGGAGATCGCTGTCCCTTGCTAGAA
GTACTTGATCTCACCGATTGCAGTGTAAGCAATACAGGATTGAAATCCATTTCCAGGTGCACTGGATTGACTACCTTGAAACTAGGCCTCTGTGAAAATATTTCCAATGAGGGTTTAATCTATATTGGTGCTGGCTGCTCAAACCTTCAAGAGCTTGATTTATATAGGTCTGTGAGAATTGGTGATACTGGATTAGCAGC
ACTTGCCATTGGTTGTCCAAAGCTCAGAATAGTTAATCTCTCATATTGTATAGGCATCACAGATGATGGGCTGAAATCTCTGGCTCGACTAGATGAACTTTACAACCTTGAGATTCGGGGTTGCTTCCGTGTAACATCTACAGGTCTTTCTGCCATTGCCTTGGGATGTAAGCATCTGGTAGAGTTGGATATCAAGAGGT
GCTACCGTGTTGATGATATGGGAATAGTGACTGTAGTTCAATGGTGCATAAACCTGAGACAGgtaaggtgttttggtggccttgagttgttcattctatgtgaatatctctatctcaccctttttcgagatgatctgtctttgaccttaaaaggtgtggcttgtgcagATAAATATTTCATACTGTCCAATTTCAGATGT
TGGCTTTTTGGCATTGGTGAATCTTAGTTGCTTGCAAAACGTGAATCTAGTGCATCTGAGGACCGTTTCTTTGGATGCCTTTGCATTTGTTTTGCTAGGTTGTGAGAGCTTAAAGAAGGTCAAGCTTTTAAAACAACTAAAATCCTCTCTGCCATCAAATTTAATTGAACATGTAGAAAATAAAGGCTGCAGAATCAGGT
GGGTGGAGAAGCCTTTTGTGATGTAATTCACATAAAGTGGCTAAACTTTGGCCAATGCAGACCTCCTAATCCATGGTGAGAGCATGGAGGCCTAATAAAAACAGAGTTCTGTATGCACGCTCTTAACTTGGAGAGCAGGGGACTAATAAGTACAGATTTATGTATGCATCCCCTTAAATTTTCGAATCATAGTTGTTCAA
ACAGAAAATTTTGGAATATGACTGATTAAGGTAAATCCTTGTCTAGATCAAAGCTTCCACCAGACTATCAAACAACATTTGAGGTTCCAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATGCAGTACCGAGAGGTTTTGAGTGTTTTGAAGTTCTAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGC
AGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATCCAGTACCGAGAGGTTTTGATGTGTAAATTTTTTATCATTTTTAAGATGGATCCAAGCATAGATGAAAAGAGGGGTAACAATATTTCTATGTAAATATGAATTTATAGTATTTTTATCTATACATAAATTTGGATCTCTCTTTGGATCTCTCTTTGTATCTCTCTATAGCAGT
TCTTAGAGGTTTTGATGTGTAAATTTT
Intron 2 GTAAGGTGTT ... GTTTTGCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 69.51 | 50 | 50 | 114 |
| A2 | 89.23 | 14 | 14 | 116 |
| A3 | 77.61 | 30 | 36 | 104 |
| A4 | 69.92 | 40 | 35 | 93 |
| A5 | 83.67 | 8 | 8 | 41 |
| A6 | 74.95 | 136 | 86 | 407 |
| A7 | 76.65 | 120 | 109 | 394 |
| A8 | 77.34 | 121 | 69 | 413 |
| A9 | 75.92 | 92 | 85 | 290 |
| A10 | 78.59 | 67 | 68 | 246 |
>TRINITY_DN130874_c2_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGACGTCGTAGGAGTTCGTCCTTCCCCAGAAAAGAACTCCCTAGGTTCGCAGGTCTTTCAACCGTACGTCCACGTCATCACAATCGACGAACGCCGCGACGATGGCGTGCACGGACATCAACACAGTATCCACAGGCACGACACGTCCTACTACTAGTACGACACGCAGGGACTACAACGGCCTTACTCGACATTTCTCGC
GAGCCGACATTACGGAATCTGATAAACCTCAGGAAACCAGGGTCGCATGGCAGATAAAACCGCAACCCAAAGACGATCGGCCTCTTTCAACGCGCTAAAACTCCACGGATTCTTGCGAAGTTCTGTTACAGAAATTGGAAATCGAGCGTGAGAAGGGGCTAAGATTTTAGGTAGCCATGAAGAGACATCAGGGATGCTTC
CAGGACGGCATTTTGGAAGCCCTAGGCGACGACATTCTGCTGAGGGTCCTCGACAATCTTAACGACACCGTCGACAGGCAATCGTGGTCTCTTGTCTGCAAACACTTCTATCGACTCGAATCGGCCTGCAAGAGAAAAATCCAGTTGCTGAGAGGCGAAATGTTGCCTAGGATACTCCGGAGATACAGAGCTGTAGAACA
CCTGGACCTGTCCCTCTGCCCTCAGATTAGCGATCGGTGCCTGGGGTTCGTGGCCGCAGTTGCTGGGCTTCGCCTGCGCTCTATAGATCTTTCGAGGCTCGTACGGTTTAGTCACCTGGGGCTCTCTGCTCTGGCTAAGGGCTGCCAGAATCTGGTGGAGATTGATGTTTCCTACTGCGCGAGATTTGGGGATATGGAGG
CCGCTGCTGTTTCCAATGCCAAGAATCTGCAGACGCTGAAATTGGTGAGGTGCCAAATGGTTTCTGACTTGGGTTTGGGCTGGATAGCGGTGGGGTGCGGGAAGCTCCAGCATTTGAATCTCAGGTGGTGTGTGGGAGTCGGTGATTTGGGTGTTGAGTTAGTGGCTATAAAATGCAAAGAATTGAGGTCTCTGGATGTT
TCTTATTTACAGATAACAAACAAATGTATTGCCTCCATCACAAAACTATCGTACCTAGAGACTTTTGTATCGGTTGGATGTGTCTGTGTAGATGACAAAGGCCTTACTTTGCTCAAGAATGGTTGCAAATCACTGCAGAGGCTTGATGTTTCGAAATGTCAGAGTGTGAGTTCCACTGGTATAATTTCCCTTGCAAGCGG
ATGTATAGCCTTGCAGCAACTAAGCTTAGCCTATTGCGTCCCTGTCACAAATGCTCTACTTGCAAGCTTCGACAAATATGACAGCCTGCAGTCCATACGATTTGATGGCTGTGAAATTTCTAGGTCAGGTCTGAAGTCTATTGGGAAAAGCTGTAAGTCTCTGAAGGAATTGAGCTTAAGCAAGTGCAATGGGTTGACAG
ATGAAGGGATCTCTGCACTTGTGGGAGGCTGCAGAGGGTTGAAAATGCTAGATATCACCTGTTGCCATGATCTCACTGATGTTGCTATCACAGCTGTTGCAACATCTTGTGGAGATCTTTCATGTCTTAAGATGGAATCCTGTGCCTTGGTCACCGAGACAAGTTTAAATATTCTCGGAGATCGCTGTCCCTTGCTAGAA
GTACTTGATCTCACCGATTGCAGTGTAAGCAATACAGGATTGAAATCCATTTCCAGGTGCACTGGATTGACTACCTTGAAACTAGGCCTCTGTGAAAATATTTCCAATGAGGGTTTAATCTATATTGGTGCTGGCTGCTCAAACCTTCAAGAGCTTGATTTATATAGGTCTGTGAGAATTGGTGATACTGGATTAGCAGC
ACTTGCCATTGGTTGTCCAAAGCTCAGAATAGTTAATCTCTCATATTGTATAGGCATCACAGATGATGGGCTGAAATCTCTGGCTCGACTAGATGAACTTTACAACCTTGAGATTCGGGGTTGCTTCCGTGTAACATCTACAGGTCTTTCTGCCATTGCCTTGGGATGTAAGCATCTGGTAGAGTTGGATATCAAGAGGT
GCTACCGTGTTGATGATATGGGAATAGTGACTGTAGTTCAATGGTGCATAAACCTGAGACAGGTTGTGAGAGCTTAAAGAAGGTCAAGCTTTTAAAACAACTAAAATCCTCTCTGCCATCAAATTTAATTGAACATGTAGAAAATAAAGGCTGCAGAATCAGGTGGGTGGAGAAGCCTTTTGTGATGTAATTCACATAAA
GTGGCTAAACTTTGGCCAATGCAGACCTCCTAATCCATGGTGAGAGCATGGAGGCCTAATAAAAACAGAGTTCTGTATGCACGCTCTTAACTTGGAGAGCAGGGGACTAATAAGTACAGATTTATGTATGCATCCCCTTAAATTTTCGAATCATAGTTGTTCAAACAGAAAATTTTGGAATATGACTGATTAAGGTAAAT
CCTTGTCTAGATCAAAGCTTCCACCAGACTATCAAACAACATTTGAGGTTCCAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATGCAGTACCGAGAGGTTTTGAGTGTTTTGAAGTTCTAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATCCAGTACCG
AGAGGTTTTGATGTGTAAATTTTTTATCATTTTTAAGATGGATCCAAGCATAGATGAAAAGAGGGGTAACAATATTTCTATGTAAATATGAATTTATAGTATTTTTATCTATACATAAATTTGGATCTCTCTTTGGATCTCTCTTTGTATCTCTCTATAGCAGTTCTTAGAGGTTTTGATGTGTAAATTTT
>TRINITY_DN130874_c2_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:GACGTCGTAGGAGTTCGTCCTTCCCCAGAAAAGAACTCCCTAGGTTCGCAGGTCTTTCAACCGTACGTCCACGTCATCACAATCGACGAACGCCGCGACGATGGCGTGCACGGACATCAACACAGTATCCACAGGCACGACACGTCCTACTACTAGTACGACACGCAGGGACTACAACGGCCTTACTCGACATTTCTCGC
GAGCCGACATTACGGAATCTGATAAACCTCAGGAAACCAGGGTCGCATGGCAGATAAAACCGCAACCCAAAGACGATCGGCCTCTTTCAACGCGCTAAAACTCCACGGATTCTTGCGAAGTTCTGTTACAGAAATTGGAAATCGAGCGTGAGAAGGGGCTAAGATTTTAGGTAGCCATGAAGAGACATCAGGGATGCTTC
CAGGACGGCATTTTGGAAGCCCTAGGCGACGACATTCTGCTGAGGGTCCTCGACAATCTTAACGACACCGTCGACAGGCAATCGTGGTCTCTTGTCTGCAAACACTTCTATCGACTCGAATCGGCCTGCAAGAGAAAAATCCAGTTGCTGAGAGGCGAAATGTTGCCTAGGATACTCCGGAGATACAGAGCTGTAGAACA
CCTGGACCTGTCCCTCTGCCCTCAGATTAGCGATCGGTGCCTGGGGTTCGTGGCCGCAGTTGCTGGGCTTCGCCTGCGCTCTATAGATCTTTCGAGGCTCGTACGGTTTAGTCACCTGGGGCTCTCTGCTCTGGCTAAGGGCTGCCAGAATCTGGTGGAGATTGATGTTTCCTACTGCGCGAGATTTGGGGATATGGAGG
CCGCTGCTGTTTCCAATGCCAAGAATCTGCAGACGCTGAAATTGGTGAGGTGCCAAATGGTTTCTGACTTGGGTTTGGGCTGGATAGCGGTGGGGTGCGGGAAGCTCCAGCATTTGAATCTCAGGTGGTGTGTGGGAGTCGGTGATTTGGGTGTTGAGTTAGTGGCTATAAAATGCAAAGAATTGAGGTCTCTGGATGTT
TCTTATTTACAGATAACAAACAAATGTATTGCCTCCATCACAAAACTATCGTACCTAGAGACTTTTGTATCGGTTGGATGTGTCTGTGTAGATGACAAAGGCCTTACTTTGCTCAAGAATGGTTGCAAATCACTGCAGAGGCTTGATGTTTCGAAATGTCAGAGTGTGAGTTCCACTGGTATAATTTCCCTTGCAAGCGG
ATGTATAGCCTTGCAGCAACTAAGCTTAGCCTATTGCGTCCCTGTCACAAATGCTCTACTTGCAAGCTTCGACAAATATGACAGCCTGCAGTCCATACGATTTGATGGCTGTGAAATTTCTAGGTCAGGTCTGAAGTCTATTGGGAAAAGCTGTAAGTCTCTGAAGGAATTGAGCTTAAGCAAGTGCAATGGGTTGACAG
ATGAAGGGATCTCTGCACTTGTGGGAGGCTGCAGAGGGTTGAAAATGCTAGATATCACCTGTTGCCATGATCTCACTGATGTTGCTATCACAGCTGTTGCAACATCTTGTGGAGATCTTTCATGTCTTAAGATGGAATCCTGTGCCTTGGTCACCGAGACAAGTTTAAATATTCTCGGAGATCGCTGTCCCTTGCTAGAA
GTACTTGATCTCACCGATTGCAGTGTAAGCAATACAGGATTGAAATCCATTTCCAGGTGCACTGGATTGACTACCTTGAAACTAGGCCTCTGTGAAAATATTTCCAATGAGGGTTTAATCTATATTGGTGCTGGCTGCTCAAACCTTCAAGAGCTTGATTTATATAGGTCTGTGAGAATTGGTGATACTGGATTAGCAGC
ACTTGCCATTGGTTGTCCAAAGCTCAGAATAGTTAATCTCTCATATTGTATAGGCATCACAGATGATGGGCTGAAATCTCTGGCTCGACTAGATGAACTTTACAACCTTGAGATTCGGGGTTGCTTCCGTGTAACATCTACAGGTCTTTCTGCCATTGCCTTGGGATGTAAGCATCTGGTAGAGTTGGATATCAAGAGGT
GCTACCGTGTTGATGATATGGGAATAGTGACTGTAGTTCAATGGTGCATAAACCTGAGACAGgtaaggtgttttggtggccttgagttgttcattctatgtgaatatctctatctcaccctttttcgagatgatctgtctttgaccttaaaaggtgtggcttgtgcagataaatatttcatactgtccaatttcagatgt
tggctttttggcattggtgaatcttagttgcttgcaaaacgtgaatctagtgcatctgaggaccgtttctttggatgcctttgcatttgttttgctagGTTGTGAGAGCTTAAAGAAGGTCAAGCTTTTAAAACAACTAAAATCCTCTCTGCCATCAAATTTAATTGAACATGTAGAAAATAAAGGCTGCAGAATCAGGT
GGGTGGAGAAGCCTTTTGTGATGTAATTCACATAAAGTGGCTAAACTTTGGCCAATGCAGACCTCCTAATCCATGGTGAGAGCATGGAGGCCTAATAAAAACAGAGTTCTGTATGCACGCTCTTAACTTGGAGAGCAGGGGACTAATAAGTACAGATTTATGTATGCATCCCCTTAAATTTTCGAATCATAGTTGTTCAA
ACAGAAAATTTTGGAATATGACTGATTAAGGTAAATCCTTGTCTAGATCAAAGCTTCCACCAGACTATCAAACAACATTTGAGGTTCCAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATGCAGTACCGAGAGGTTTTGAGTGTTTTGAAGTTCTAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGC
AGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATCCAGTACCGAGAGGTTTTGATGTGTAAATTTTTTATCATTTTTAAGATGGATCCAAGCATAGATGAAAAGAGGGGTAACAATATTTCTATGTAAATATGAATTTATAGTATTTTTATCTATACATAAATTTGGATCTCTCTTTGGATCTCTCTTTGTATCTCTCTATAGCAGT
TCTTAGAGGTTTTGATGTGTAAATTTT
Intron 3 GTTTGTACAT ... ATCCCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.89 | 94 | 27 | 32 |
| A2 | 23.89 | 86 | 28 | 26 |
| A3 | 21.66 | 85 | 25 | 22 |
| A4 | 23.44 | 98 | 25 | 35 |
| A5 | 14.96 | 54 | 9 | 10 |
| A6 | 23.56 | 172 | 48 | 58 |
| A7 | 21.46 | 205 | 63 | 49 |
| A8 | 21.47 | 150 | 27 | 55 |
| A9 | 22.62 | 142 | 29 | 54 |
| A10 | 20.1 | 165 | 39 | 44 |
>TRINITY_DN106340_c1_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformCAAGTACGAATGACGTCGTAGGAGTTCGTCCTTCCCCAGAAAAGAACTCCCTAGGTTCGCAGGTCTTTCAACCGTACGTCCACGTCATCACAATCGACGAACGCCGCGACGATGGCGTGCACGGACATCAACACAGTATCCACAGGCACGACACGTCCTACTACTAGTACGACACGCAGGGACTACAACGGCCTTACTCG
ACATTTCTCGCGAGCCGACATTACGGAATCTGATAAACCTCAGGAAACCAGGGTCGCATGGCAGATAAAACCGCAACCCAAAGACGATCGGCCTCTTTCAACGCGCTAAAACTCCACGGATTCTTGCGAAGTTCTGTTACAGAAATTGGAAATCGAGCGTGAGAAGGGGCTAAGATTTTAGGTAGCCATGAAGAGACATC
AGGGATGCTTCCAGGACGGCATTTTGGAAGCCCTAGGCGACGACATTCTGCTGAGGGTCCTCGACAATCTTAACGACACCGTCGACAGGCAATCGTGGTCTCTTGTCTGCAAACACTTCTATCGACTCGAATCGGCCTGCAAGAGAAAAATCCAGTTGCTGAGAGGCGAAATGTTGCCTAGGATACTCCGGAGATACAGA
GCTGTAGAACACCTGGACCTGTCCCTCTGCCCTCAGATTAGCGATCGGTGCCTGGGGTTCGTGGCCGCAGTTGCTGGGCTTCGCCTGCGCTCTATAGATCTTTCGAGGCTCGTACGGTTTAGTCACCTGGGGCTCTCTGCTCTGGCTAAGGGCTGCCAGAATCTGGTGGAGATTGATGTTTCCTACTGCGCGAGATTTGG
GGATATGGAGGCCGCTGCTGTTTCCAATGCCAAGAATCTGCAGACGCTGAAATTGGTGAGGTGCCAAATGGTTTCTGACTTGGGTTTGGGCTGGATAGCGGTGGGGTGCGGGAAGCTCCAGCATTTGAATCTCAGGTGGTGTGTGGGAGTCGGTGATTTGGGTGTTGAGTTAGTGGCTATAAAATGCAAAGAATTGAGGT
CTCTGGATGTTTCTTATTTACAGATAACAAACAAATGTATTGCCTCCATCACAAAACTATCGTACCTAGAGACTTTTGTATCGGTTGGATGTGTCTGTGTAGATGACAAAGGCCTTACTTTGCTCAAGAATGGTTGCAAATCACTGCAGAGGCTTGATGTTTCGAAATGTCAGAGTGTGAGTTCCACTGGTATAATTTCC
CTTGCAAGCGGATGTATAGCCTTGCAGCAACTAAGCTTAGCCTATTGCGTCCCTGTCACAAATGCTCTACTTGCAAGCTTCGACAAATATGACAGCCTGCAGTCCATACGATTTGATGGCTGTGAAATTTCTAGGTCAGGTCTGAAGTCTATTGGGAAAAGCTGTAAGTCTCTGAAGGAATTGAGCTTAAGCAAGTGCAA
TGGGTTGACAGATGAAGGGATCTCTGCACTTGTGGGAGGCTGCAGAGGGTTGAAAATGCTAGATATCACCTGTTGCCATGATCTCACTGATGTTGCTATCACAGCTGTTGCAACATCTTGTGGAGATCTTTCATGTCTTAAGATGGAATCCTGTGCCTTGGTCACCGAGACAAGTTTAAATATTCTCGGAGATCGCTGTC
CCTTGCTAGAAGTACTTGATCTCACCGATTGCAGTGTAAGCAATACAGGATTGAAATCCATTTCCAGGTGCACTGGATTGACTACCTTGAAACTAGGCCTCTGTGAAAATATTTCCAATGAGGGTTTAATCTATATTGGTGCTGGCTGCTCAAACCTTCAAGAGCTTGATTTATATAGGTCTGTGAGAATTGGTGATACT
GGATTAGCAGCACTTGCCATTGGTTGTCCAAAGCTCAGAATAGTTAATCTCTCATATTGTATAGGCATCACAGATGATGGGCTGAAATCTCTGGCTCGACTAGATGAACTTTACAACCTTGAGATTCGGGGTTGCTTCCGTGTAACATCTACAGGTCTTTCTGCCATTGCCTTGGGATGTAAGCATCTGGTAGAGTTGGA
TATCAAGAGGTGCTACCGTGTTGATGATATGGGAATAGTGACTGTAGTTCAATGGTGCATAAACCTGAGACAGGTTGTGAGAGCTTAAAGAAGGTCAAGCTTTTAAAACAACTAAAATCCTCTCTGCCATCAAATTTAATTGAACATGTAGAAAATAAAGGCTGCAGAATCAGGTGGGTGGAGAAGCCTTTTGTGATGTA
ATTCACATAAAGTGGCTAAACTTTGGCCAATGCAGACCTCCTAATCCATGGTGAGAGCATGGAGGCCTAATAAAAACAGAGTTCTGTATGCACGCTCTTAACTTGGAGAGCAGGGGACTAATAAGTACAGATTTATGTATGCATCCCCTTAAATTTTCGAATCATAGTTGTTCAAACAGAAAATTTTGGAATATGACTGA
TTAAGGTAAATCCTTGTCTAGATCAAAGCTTCCACCAGACTATCAAACAACATTTGAGGTTCCAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATGCAGTACCGAGAGGTTTTGAGTGTTTTGAAGTTCTAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCT
ATCCAGTACCGAGAGGTTTTGATGTGTAAATTTTTTATCATTTTTAAGATGGATCCAAGCATAGATGAAAAGAGGGGTAACAATATTTCTATGTAAATATGAATTTATAGTATTTTTATCTATACATAAATTTGGATCTCTCTTTGGATCTCTCTTTGTATCTCTCTATAGCAGTTCTTAGAGGTTTTGATGTGTAAATT
TTTTATCATTTTTAAGATGGATCCAAGCATAGATGAAAAGAGGGGTAACAATATTTCTATGT
>TRINITY_DN106340_c1_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:AAGTAAAATGGCAAAGATGGAAGTAACGGGATCTTTAAACTTTTAATATTTCAGCTCAGTATTGAACCATACAGTAGTGTCTCAAAATGTTCATGTATTTGGTGAACAACAGGTCACAAATGCTCTACTTGCAAGCTTCGACAAATATGACAGCCTGCAGTCCATACGATTTGATGGCTGTGAAATTTCTAGGTCAGGTC
TGAAGTCTATTGGGAAAAGCTGTAAGTCTCTGAAGGAATTGAGCTTAAGCAAGTGCAATGGGTTGACAGATGAAGGGATCTCTGCACTTGTGGGAGGCTGCAGAGGGTTGAAAATGCTAGATATCACCTGTTGCCATGATCTCACTGATGTTGCTATCACAGCTGTTGCAACATCTTGTGGAGATCTTTCATGTCTTAAG
ATGGAATCCTGTGCCTTGGTCACCGAGACAAGTTTAAATATTCTCGGAGATCGCTGTCCCTTGCTAGAAGTACTTGATCTCACCGATTGCAGTGTAAGCAATACAGgtttgtacattctctcgatgcccgatttagtgcagtaactggtaatacttatatttatgcatttgatcgatatttatatgatcctagcatatgt
tgtccaagcaatctgcaaaaatgctaggtattcagttaatcctggatgctgtctatccctacagGATTGAAATCCATTTCCAGGTGCACTGGATTGACTACCTTGAAACTAGGCCTCTGTGAAAATATTTCCAATGAGGGTTTAATCTATATTGGTGCTGGCTGCTCAAACCTTCAAGAGCTTGATTTATATAGGTCTGT
GAGAATTGGTGATACTGGATTAGCAGCACTTGCCATTGGTTGTCCAAAGCTCAGAATAGTTAATCTCTCATATTGTATAGGCATCACAGATGATGGGCTGAAATCTCTGGCTCGACTAGATGAACTTTACAACCTTGAGATTCGGGGTTGCTTCCGTGTAACATCTACAGGTCTTTCTGCCATTGCCTTGGGATGTAAGC
ATCTGGTAGAGTTGGATATCAAGAGGTGCTACCGTGTTGATGATATGGGAATAGTGACTGTAGTTCAATGGTGCATAAACCTGAGACAGATAAATATTTCATACTGTCCAATTTCAGATGTTGGCTTTTTGGCATTGGTGAATCTTAGTTGCTTGCAAAACGTGAATCTAGTGCATCTGAGGACCGTTTCTTTGGATGCC
TTTGCATTTGTTTTGCTAGGTTGTGAGAGCTTAAAGAAGGTCAAGCTTTTAAAACAACTAAAATCCTCTCTGCCATCAAATTTAATTGAACATGTAGAAAATAAAGGCTGCAGAATCAGGTGGGTGGAGAAGCCTTTTGTGATGTAATTCACATAAAGTGGCTAAACTTTGGCCAATGCAGACCTCCTAATCCATGGTGA
GAGCATGGAGGCCTAATAAAAACAGAGTTCTGTATGCACGCTCTTAACTTGGAGAGCAGGGGACTAATAAGTACAGATTTATGTATGCATCCCCTTAAATTTTCGAATCATAGTTGTTCAAACAGAAAATTTTGGAATATGACTGATTAAGGTAAATCCTTGTCTAGATCAAAGCTTCCACCAGACTATCAAACAACATT
TGAGGTTCCAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATGCAGTACCGAGAGGTTTTGAGTGTTTTGAAGTTCTAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATCCAGTACCGAGAGGTTTTGATGTGTAAATTTTTTATCATTTTTAAGATGGAT
CCAAGCATAGATGAAAAGAGGGGTAACAATATTTCTATGTAAATATGAATTTATAGTATTTTTATCTATACATAAATTTGGATCTCTCTTTGGATCTCTCTTTGTATCTCTCTATAGCAGTTCTTAGAGGTTTTGATGTGTAAATTTTTTATCATTTTTAAGATGGATCCAAGCATAGATGAAAAGAGGGGTAACAATAT
TTCTATGT
Intron 4 GTATACATTC ... TCCATGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.26 | 93 | 0 | 13 |
| A2 | 19.85 | 109 | 0 | 27 |
| A3 | 16.5 | 86 | 0 | 17 |
| A4 | 9.71 | 93 | 1 | 10 |
| A5 | 10.53 | 51 | 0 | 6 |
| A6 | 15.74 | 182 | 0 | 34 |
| A7 | 16.31 | 195 | 0 | 38 |
| A8 | 11.64 | 167 | 0 | 22 |
| A9 | 12.84 | 190 | 0 | 28 |
| A10 | 18.48 | 150 | 1 | 34 |
>TRINITY_DN95079_c1_g2_i3 from sample A4 / Example spliced isoformCTCGCGAGCCGACATTACGGAATCTGATAAACCTCAGGAAACCAGGGTCGCATGGCAGATAAAACCGCAACCCAAAGACGATCGGCCTCTTTCAACGCGCTAAAACTCCACGGATTCTTGCGAAGTTCTGTTACAGAAATTGGAAATCGAGCGTGAGAAGGGGCTAAGATTTTAGGTAGCCATGAAGAGACATCAGGGAT
GCTTCCAGGACGGCATTTTGGAAGCCCTAGGCGACGACATTCTGCTGAGGGTCCTCGACAATCTTAACGACACCGTCGACAGGCAATCGTGGTCTCTTGTCTGCAAACACTTCTATCGACTCGAATCGGCCTGCAAGAGAAAAATCCAGTTGCTGAGAGGCGAAATGTTGCCTAGGATACTCCGGAGATACAGAGCTGTA
GAACACCTGGACCTGTCCCTCTGCCCTCAGATTAGCGATCGGTGCCTGGGGTTCGTGGCCGCAGTTGCTGGGCTTCGCCTGCGCTCTATAGATCTTTCGAGGCTCGTACGGTTTAGTCACCTGGGGCTCTCTGCTCTGGCTAAGGGCTGCCAGAATCTGGTGGAGATTGATGTTTCCTACTGCGCGAGATTTGGGGATAT
GGAGGCCGCTGCTGTTTCCAATGCCAAGAATCTGCAGACGCTGAAATTGGTGAGGTGCCAAATGGTTTCTGACTTGGGTTTGGGCTGGATAGCGGTGGGGTGCGGGAAGCTCCAGCATTTGAATCTCAGGTGGTGTGTGGGAGTCGGTGATTTGGGTGTTGAGTTAGTGGCTATAAAATGCAAAGAATTGAGGTCTCTGG
ATGTTTCTTATTTACAGATAACAAACAAATGTATTGCCTCCATCACAAAACTATCGTACCTAGAGACTTTTGTATCGGTTGGATGTGTCTGTGTAGATGACAAAGGCCTTACTTTGCTCAAGAATGGTTGCAAATCACTGCAGAGGCTTGATGTTTCGAAATGTCAGAGTGTGAGTTCCACTGGTATAATTTCCCTTGCA
AGCGGATGTATAGCCTTGCAGCAACTAAGCTTAGCCTATTGCGTCCCTGTCACAAATGCTCTACTTGCAAGCTTCGACAAATATGACAGCCTGCAGTCCATACGATTTGATGGCTGTGAAATTTCTAGGTCAGGTCTGAAGTCTATTGGGAAAAGCTGTAAGTCTCTGAAGGAATTGAGCTTAAGCAAGTGCAATGGGTT
GACAGATGAAGGGATCTCTGCACTTGTGGGAGGCTGCAGAGGGTTGAAAATGCTAGATATCACCTGTTGCCATGATCTCACTGATGTTGCTATCACAGCTGTTGCAACATCTTGTGGAGATCTTTCATGTCTTAAGATGGAATCCTGTGCCTTGGTCACCGAGACAAGTTTAAATATTCTCGGAGATCGCTGTCCCTTGC
TAGAAGTACTTGATCTCACCGATTGCAGTGTAAGCAATACAGGATTGAAATCCATTTCCAGGTGCACTGGATTGACTACCTTGAAACTAGGCCTCTGTGAAAATATTTCCAATGAGGGTTTAATCTATATTGGTGCTGGCTGCTCAAACCTTCAAGAGCTTGATTTATATAGGTCTGTGAGAATTGGTGATACTGGATTA
GCAGCACTTGCCATTGGTTGTCCAAAGCTCAGAATAGTTAATCTCTCATATTGTATAGGCATCACAGATGATGGGCTGAAATCTCTGGCTCGACTAGATGAACTTTACAACCTTGAGATTCGGGGTTGCTTCCGTGTAACATCTACAGGTCTTTCTGCCATTGCCTTGGGATGTAAGCATCTGGTAGAGTTGGATATCAA
GAGGTGCTACCGTGTTGATGATATGGGAATAGTGACTGTAGTTCAATGGTGCATAAACCTGAGACAGATAAATATTTCATACTGTCCAATTTCAGATGTTGGCTTTTTGGCATTGGTGAATCTTAGTTGCTTGCAAAACGTGAATCTAGTGCATCTGAGGACCGTTTCTTTGGATGCCTTTGCATTTGTTTTGCTAGGTT
GTGAGAGCTTAAAGAAGGTCAAGCTTTTAAAACAACTAAAATCCTCTCTGCCATCAAATTTAATTGAACATGTAGAAAATAAAGGCTGCAGAATCAGGTGGGTGGAGAAGCCTTTTGTGATGTAATTCACATAAAGTGGCTAAACTTTGGCCAATGCAGACCTCCTAATCCATGGTGAGAGCATGGAGGCCTAATAAAAA
CAGAGTTCTGTATGCACGCTCTTAACTTGGAGAGCAGGGGACTAATAAGTACAGATTTATGTATGCATCCCCTTAAATTTTCGAATCATAGTTGTTCAAACAGAAAATTTTGGAATATGACTGATTAAGGTAAATCCTTGTCTAGATCAAAGCTTCCACCAGACTATCAAACAACATTTGAGGTTCCAATCGGTAGTATT
ATTTTAACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATGCAGTACCGAGAGGTTTTGAGTGTTTTGAAGTTCTAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATCCAGTACCGAGAGGTTTTGATGTGTAAATTTTTTATCATTTTTAAGATGGATCCAAGCATAGATGAAAAGAGGG
GTAACAATATTTCTATGTAAATATGAATTTATAGTATTTTTATCTATACATAAATTTGGATCTCTCTTTGGATCTCTC
>TRINITY_DN95079_c1_g2_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:GCTTGATTTATATAGgtatacattctctttccaggatattatctcatgctttcagcatcattcctgagcttgtgtaagttttggacatttgttatttgggtatttgattgggaatgcttttttaataaactgaacatgtgtttttcagactaatcacggatatttccatgtcagGTCTGTGAGAATTGGTGATACTGGAT
TAGCAGCACTTGCCATTGGTTGTCCAAAGCTCAGAATAGTTAATCTCTCATATTGTATAGGCATCACAGATGATGGGCTGAAATCTCTGGCTCGACTAGATGAACTTTACAACCTTGAGATTCGGGGTTGCTTCCGTGTAACATCTACAGGTCTTTCTGCCATTGCCTTGGGATGTAAGCATCTGGTAGAGTTGGATATC
AAGAGGTGCTACCGTGTTGATGATATGGGAATAGTGACTGTAGTTCAATGGTGCATAAACCTGAGACAGGTAAGGTGTTTTGGTGGCCTTGAGTTGTTCATTCTATGTGAATATCTCTATCTCACCCTTTTTCGAGATGATCTGTCTTTGACCTTAAAAGGTGTGGCTTGTGCAGATAAATATTTCATACTGTCCAATTT
CAGATGTTGGCTTTTTGGCATTGGTGAATCTTAGTTGCTTGCAAAACGTGAATCTAGTGCATCTGAGGACCGTTTCTTTGGATGCCTTTGCATTTGTTTTGCTAGGTTGTGAGAGCTTAAAGAAGGTCAAGCTTTTAAAACAACTAAAATCCTCTCTGCCATCAAATTTAATTGAACATGTAGAAAATAAAGGCTGCAGA
ATCAGGTGGGTGGAGAAGCCTTTTGTGATGTAATTCACATAAAGTGGCTAAACTTTGGCCAATGCAGACCTCCTAATCCATGGTGAGAGCATGGAGGCCTAATAAAAACAGAGTTCTGTATGCACGCTCTTAACTTGGAGAGCAGGGGACTAATAAGTACAGATTTATGTATGCATCCCCTTAAATTTTCGAATCATAGT
TGTTCAAACAGAAAATTTTGGAATATGACTGATTAAGGTAAATCCTTGTCTAGATCAAAGCTTCCACCAGACTATCAAACAACATTTGAGGTTCCAATCGGTAGTATTATTTTAACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATGCAGTACCGAGAGGTTTTGAGTGTTTTGAAGTTCTAATCGGTAGTATTATTTT
AACCAGCAGAGTTCCATTTTAACTCCAGAGCTATCCAGTACCGAGAGGTTTTGATGTGTAAATTTTTTATCATTTTTAAGATGGATCCAAGCATAGATGAAAAGAGGGGTAACAATATTTCTATGTAAATATGAATTTATAGTATTTTTATCTATACATAAATTTGGATCTCTCTTTGGATCTCTC