sp|Q9LP45|PSD11_ARATH ----> 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 homolog

Intron 1 GTTATTTGCA ... CTTTTCTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.27	106	2.9	43.9
A2	28.61	86	6.9	34.5
A3	30.92	133	8.4	59.5
A4	31.87	66.3	1.7	31
A5	33.33	56	1.9	28
A6	24.71	285.5	11.1	93.7
A7	27.35	323	26.7	121.6
A8	23.05	136	7.1	40.7
A9	26.5	248.9	15.6	89.7
A10	24.34	240	16.4	77.2

>TRINITY_DN131644_c0_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCACTTTTACTTTACCTTTTTCTTTTCTTTGGACATGTCATAGCTGCACAAATGACGGACTCCAGAATCTCTATTAAATCTACTAAACTATCATCATAGATCCACATATTAAAGCTTTACTTCATGGTTTATGGTCCACTGCAAGTAACATAGAAAGAGGCCTGCAGCACGCAGACCCGCGGAGGCTGCTGATTTTGCC
GAGAAAACATCTTCGATCGCTCTGCCGGCTTGCAGTAATGGGATCAATCCCTGCAACAACGGAGTCTCTCAGTCGTGCCTTGGACATCAAGGACACCGACCCTGCCAAGGCGATTTCTTTTCTTCGTCAGATAATCGAGAATCCTTCATCTTCATCTGAAGCTATCCGGATCAAAGAGCAGGCGATTTCCAACCTTTCTG
ATCTTCTCACACAGGAGAAGAGGGGGGAAGAGCTGAGGAGTCTCCTCACACTTCTACGCCCCTTTTTTTTGCTGATTCCAAAGGCTAAGACTGCTAAGATTGTCAGAGGAATACTCGATGCGGTTGCGAAAATCCCCGGGACATCAGATCTTCAGATATCGCTTTGTAGGGAAATGGTGGAATGGACCCGCTTGGAGAAA
CGTACTTTTTTGAGGCAACGGGTTGAAGCAAGGCTTGCTGCTTTATTGATGGAAACCAAGGAGTACTCGGAAGCTTTGACTCTCATTTCTGGTCTTGTCAAGGAGGTTAGGAGGCTGGATGATAAGCTGCTTCTTGTTGATATCGATTTATTGGAGAGTAAACTTCACTTCTCTCTTAGAAATCTACCAAAGGCTAAGGC
TGCCCTAACTGCAGCCAGAACAGCAGCAAATGCGATATATGTTCCGCCTGCCCAACAAGGGACTATTGATCTTCAGAGTGGGATTCTTCATGCCGAGGAGAAGGATTATAAAACAGGTTTCAGCTACTTCTTTGAGGCATTTGAGGCTTTTAATGCCCTCGAGGATCCTCGTGCAGTGTTTAGTCTGAAGTACATGCTCT
TGTGCAAGATCATGGTCAACCAAGCTGATGATGTCGCTGGTCTTATTGCTTCAAAGGCAGGCTTGCTCTATATGGGAGTGGAATTGGATGCCATGAAAGCTGTTGCAGATGCACACTCAAAGCGGTCTTTGAAGGATTTTGAAGATGCTCTTAAAACTTACCAGGCACAATTGGAGGAAGACCCTATTGTTCACAGACAC
TTGTCTTCTTTATACGACACCCTTCTGGAGCAGAATCTCTGCCGATTGATTGAACCTTTTTCAAGGGTTGAAATATCACATATATCTGAATTGATTGGATTGCCCATGGATACTGTGGAAAAGAAGCTCTCTCAGATGATTTTGGAGAAAAAATTTGCTGGGACTCTCGATCAGGGAGCAGGTTGTCTTATTATTTTTGA
CGATCCAAAGCCAGATGGCATTTTCTCCTCCACTTTGGAAACCATTTCAAACATTAGCAAAGTTGTAGACAGTCTTTACCTTAAGTCAGCAAAGATTATGGCCTAAGCTAAGCATACGGGGTTGCTTCTGTATGCCAAAAATCAGTGACTTAGATTTCTCAAAAGCAGGGAAGTTGAAAAGAAGTTTGATTTTACTGGAG
TTTGATAAAACATCGATTTTTTTCCAATTTTGCCATTTTGTTTTGAACGTTGATTGGAAAGACCAATATTGATTTTTCAGCTTCTGTCCTTTTGGTTTGGTTTTAATGTTGATTGGCAGGATGCAATTTATTTTGCACACCTGGCTGCAGTGGGTTTTTAACAGGCAACTATCACAATAAGCCATCAGGTTCTTTTAAGA
ATTTTTCTTGTTGTGGGTAGAATGTTTAAAGATGAAACTTGTGTATCATCAGCATCTTAATTTGTCATATCAATCCCTGCAAGATATGTAGGTTACCCTGTAAAAACAAATACTGTTTCCAAGGCATTATAATGCACAGGGTTCAAAAAATAAGTAATTGAATTTGTACGTTCTCTTTATGGTTATGCTTCAGAACATAA
TGCATGGATCAGTATCTATAGTCGCAATTCTTCAATTTGGCAGTTAATGCATATTGCAAACTGGCAAATGATAATTCTGTAGATTTTAAACAATATACTTAGCAGTGATGAAGTAAAGCAATATCTAATTCCCGTCTTCAGAATGCGATAATAATAGTAGATCAAAACATGAAAGTACTGATGCATCCAGAATCTTCACA
GGAAAACAGTGTCAGCAATCATGCAATGCAAAGTCTAGGTGAGGTAATCTTTCATCTTCCTTGATCTTAGACTAAACAAATTATAATTTATGATAGCTGATCTCTGCCATTTATATTGACACTCATGGGCAGGTTAGTTGACCTATTGCAATTTTTTTTGATAGAAAATATTGATTGTGAATAAGTTCATATATTCTACA
ATTGTTAAGAACTGATATTTCCACATCTCAGTAATTTGTCTCTTCTACAAAATTGTTGTTTGCAAAGAGTAACTTTGTATACTCCCATTATCACTTACTGTAGAAAAATTCAAACCTTTGATTATAAGGTTAACAACTATGACCAATTGCTTTGTAGGTCGACCAGTACCCAGATGCACATTGGTGTCTCATTATCTCCC
ATCTATGCAGATAATCTAATATGTGGTAGGCTGGTTGACCAGTGCCCATATGCACATTGGTGTCTAATTATCTCACATCTATGCAGATAATTCGATCTATGGTAGCTCACTTCTACCTTTGATAGATTTATGGTATCCAAATAAGAGCCTATGACTAACCCTTAAAAGATGGCATCAGTTGTTAATGTTCTTGTTTGATT
CAATTCTTTGTTTTGTGAAATTTCCTACATATGCTCTAGTTCGAAGAATTTGGAATAGTAGAAAATTAAAATTGCACAAAGAAGGGTATTTAGCTTAGTTTATATGTTTGATGCTTGCCTGATAGCAAAACATGGCTTGGCAGGCCCTTTCTGCAATAGGTCGTACAGAGTCCAGACAATGTGTTAATCATTTGGCTTTC
TTTAGAAAATAAAAATAATGCTCCATATTCTCTCTTTTCAATGTAACATTGCAAACATGGCTTAGGATCTTAAGAAACAAATTTGGCTTATTTTAATTTGAATCCAGCCTTTGCATTTTTTCATGAATAATGACCCTTTTGGTCATCCTTCCTTCATAATGATTCTTACTTGTATCAAAAAAGGATCTAGTGTCCCTCAT
AAAATAAAAATAATTTAAGATGCCAAGATCATGCCCCCTTTATAAGGAACCTTTGAAGGATATGCATCCTGTTTCTCCCATGCACTACATGAATCTTTAACA

>TRINITY_DN131644_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCACTTTTACTTTACCTTTTTCTTTTCTTTGGACATGTCATAGCTGCACAAATGACGGACTCCAGAATCTCTATTAAATCTACTAAACTATCATCATAGATCCACATATTAAAGCTTTACTTCATGGTTTATGGTCCACTGCAAGTAACATAGAAAGAGGCCTGCAGCACGCAGACCCGCGGAGGCTGCTGATTTTGCC
GAGAAAACATCTTCGATCGCTCTGCCGgttatttgcagtgatgtaaaattaaatttcttggacctagggtttgagttttatctttgacaccgggaaaactaatgcaggccatattggtcttttctaagGCTTGCAGTAATGGGATCAATCCCTGCAACAACGGAGTCTCTCAGTCGTGCCTTGGACATCAAGGACACCGA
CCCTGCCAAGGCGATTTCTTTTCTTCGTCAGATAATCGAGAATCCTTCATCTTCATCTGAAGCTATCCGGATCAAAGAGCAGGCGATTTCCAACCTTTCTGATCTTCTCACACAGGAGAAGAGGGGGGAAGAGCTGAGGAGTCTCCTCACACTTCTACGCCCCTTTTTTTTGCTGATTCCAAAGGCTAAGACTGCTAAGA
TTGTCAGAGGAATACTCGATGCGGTTGCGAAAATCCCCGGGACATCAGATCTTCAGATATCGCTTTGTAGGGAAATGGTGGAATGGACCCGCTTGGAGAAACGTACTTTTTTGAGGCAACGGGTTGAAGCAAGGCTTGCTGCTTTATTGATGGAAACCAAGGAGTACTCGGAAGCTTTGACTCTCATTTCTGGTCTTGTC
AAGGAGGTTAGGAGGCTGGATGATAAGCTGCTTCTTGTTGATATCGATTTATTGGAGAGTAAACTTCACTTCTCTCTTAGAAATCTACCAAAGGCTAAGGCTGCCCTAACTGCAGCCAGAACAGCAGCAAATGCGATATATGTTCCGCCTGCCCAACAAGGGACTATTGATCTTCAGAGTGGGATTCTTCATGCCGAGGA
GAAGGATTATAAAACAGGTTTCAGCTACTTCTTTGAGGCATTTGAGGCTTTTAATGCCCTCGAGGATCCTCGTGCAGTGTTTAGTCTGAAGTACATGCTCTTGTGCAAGATCATGGTCAACCAAGCTGATGATGTCGCTGGTCTTATTGCTTCAAAGGCAGGCTTGCTCTATATGGGAGTGGAATTGGATGCCATGAAAG
CTGTTGCAGATGCACACTCAAAGCGGTCTTTGAAGGATTTTGAAGATGCTCTTAAAACTTACCAGGCACAATTGGAGGAAGACCCTATTGTTCACAGACACTTGTCTTCTTTATACGACACCCTTCTGGAGCAGAATCTCTGCCGATTGATTGAACCTTTTTCAAGGGTTGAAATATCACATATATCTGAATTGATTGGA
TTGCCCATGGATACTGTGGAAAAGAAGCTCTCTCAGATGATTTTGGAGAAAAAATTTGCTGGGACTCTCGATCAGGGAGCAGGTTGTCTTATTATTTTTGACGATCCAAAGCCAGATGGCATTTTCTCCTCCACTTTGGAAACCATTTCAAACATTAGCAAAGTTGTAGACAGTCTTTACCTTAAGTCAGCAAAGATTAT
GGCCTAAGCTAAGCATACGGGGTTGCTTCTGTATGCCAAAAATCAGTGACTTAGATTTCTCAAAAGCAGGGAAGTTGAAAAGAAGTTTGATTTTACTGGAGTTTGATAAAACATCGATTTTTTTCCAATTTTGCCATTTTGTTTTGAACGTTGATTGGAAAGACCAATATTGATTTTTCAGCTTCTGTCCTTTTGGTTTG
GTTTTAATGTTGATTGGCAGGATGCAATTTATTTTGCACACCTGGCTGCAGTGGGTTTTTAACAGGCAACTATCACAATAAGCCATCAGGTTCTTTTAAGAATTTTTCTTGTTGTGGGTAGAATGTTTAAAGATGAAACTTGTGTATCATCAGCATCTTAATTTGTCATATCAATCCCTGCAAGATATGTAGGTTACCCT
GTAAAAACAAATACTGTTTCCAAGGCATTATAATGCACAGGGTTCAAAAAATAAGTAATTGAATTTGTACGTTCTCTTTATGGTTATGCTTCAGAACATAATGCATGGATCAGTATCTATAGTCGCAATTCTTCAATTTGGCAGTTAATGCATATTGCAAACTGGCAAATGATAATTCTGTAGATTTTAAACAATATACT
TAGCAGTGATGAAGTAAAGCAATATCTAATTCCCGTCTTCAGAATGCGATAATAATAGTAGATCAAAACATGAAAGTACTGATGCATCCAGAATCTTCACAGGAAAACAGTGTCAGCAATCATGCAATGCAAAGTCTAGGTGAGGTAATCTTTCATCTTCCTTGATCTTAGACTAAACAAATTATAATTTATGATAGCTG
ATCTCTGCCATTTATATTGACACTCATGGGCAGGTTAGTTGACCTATTGCAATTTTTTTTGATAGAAAATATTGATTGTGAATAAGTTCATATATTCTACAATTGTTAAGAACTGATATTTCCACATCTCAGTAATTTGTCTCTTCTACAAAATTGTTGTTTGCAAAGAGTAACTTTGTATACTCCCATTATCACTTACT
GTAGAAAAATTCAAACCTTTGATTATAAGGTTAACAACTATGACCAATTGCTTTGTAGGTCGACCAGTACCCAGATGCACATTGGTGTCTCATTATCTCCCATCTATGCAGATAATCTAATATGTGGTAGGCTGGT

Intron 2 GTAGGTCACT ... TGCTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	86.83	2.7	19	16
A2	91.92	1.3	21	8
A3	100	0	9	15
A4	96.75	0.7	18	21
A5	85.71	1	10	2
A6	29.29	3.7	1	2
A7	46.97	5.7	6	4
A8	45.24	7.3	6	6
A9	66.67	3	2	10
A10	70.37	1.3	3	2

>TRINITY_DN48828_c1_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGCTCTACCTTGGGCAAGAAGCTCTCCTCCTCCTCACTTTTACTTTACCTTTTTCTTTTCTTTGGACATGTCATAGCTGCACAAATGACGGACTCCAGAATCTCTATTAAATCTACTAAACTATCATCATAGATCCACATATTAAAGCTTTACTTCATGGTTTATGGTCCACTGCAAGTAACATAGAAAGAGGCCTGCA
GCACGCAGACCCGCGGAGGCTGCTGATTTTGCCGAGAAAACATCTTCGATCGCTCTGCCGGTTATTTGCAGTGATGTAAAATTAAATTTCTTGGACCTAGGGTTTGAGTTTTATCTTTGACACCGGGAAAACTAATGCAGGCCATATTGGTCTTTTCTAAGGCTTGCAGTAATGGGATCAATCCCTGCAACAACGGAGTC
TCTCAGTCGTGCCTTGGACATCAAGGACACCGACCCTGCCAAGGCGATTTCTTTTCTTCGTCAGATAATCGAGAATCCTTCATCTTCATCTGAAGCTATCCGGATCAAAGAGCAGGCGATTTCCAACCTTTCTGATCTTCTCACACAGGAGAAGAGGGGGGAAGAGCTGAGGAGTCTCCTCACACTTCTACGCCCCTTTT
TTTTGCTGATTCCAAAGGCTAAGACTGCTAAGATTGTCAGAGGAATACTCGATGCGGTTGCGAAAATCCCCGGGACATCAGATCTTCAGATATCGCTTTGTAGGGAAATGGTGGAATGGACCCGCTTGGAGAAACGTACTTTTTTGAGGCAACGGGTTGAAGCAAGGCTTGCTGCTTTATTGATGGAAACCAAGGAGTAC
TCGGAAGCTTTGACTCTCATTTCTGGTCTTGTCAAGGAGGTTAGGAGGCTGGATGATAAGCTGCTTCTTGTTGATATCGATTTATTGGAGAGTAAACTTCACTTCTCTCTTAGAAATCTACCAAAGGCTAAGGCTGCCCTAACTGCAGCCAGAACAGCAGCAAATGCGATATATGTTCCGCCTGCCCAACAAGGGACTAT
TGATCTTCAGAGTGGGATTCTTCATGCCGAGGAGAAGGATTATAAAACAGGTTTCAGCTACTTCTTTGAGGCATTTGAGGCTTTTAATGCCCTCGAGGATCCTCGTGCAGTGTTTAGTCTGAAGTACATGCTCTTGTGCAAGATCATGGTCAACCAAGCTGATGATGTCGCTGGTCTTATTGCTTCAAAGGCAGGCTTGC
TCTATATGGGAGTGGAATTGGATGCCATGAAAGCTGTTGCAGATGCACACTCAAAGCGGTCTTTGAAGGATTTTGAAGATGCTCTTAAAACTTACCAGGCACAATTGGAGGAAGACCCTATTGTTCACAGACACTTGTCTTCTTTATACGACACCCTTCTGGAGCAGAATCTCTGCCGATTGATTGAACCTTTTTCAAGG
GTTGAAATATCACATATATCTGAATTGATTGGATTGCCCATGGATACTGTGGAAAAGAAGCTCTCTCAGATGATTTTGGAGAAAAAATTTGCTGGGACTCTCGATCAGGGAGCAGGTTGTCTTATTATTTTTGACGATCCAAAGCCAGATGGCATTTTCTCCTCCACTTTGGAAACCATTTCAAACATTAGCAAAGTTGT
AGACAGTCTTTACCTTAAGTCAGCAAAGATTATGGCCTAAGCTAAGCTTATGCGGTTGCTTATGTATGCCAAAAATCAGTGACTTAGATTTCTCAAAAGCAGGGAAGTTGAAAAGAAGTTTGATTTTACTGGAGTTTGATAAAACATCGATTTTTTTCCAATTTTGCCATTTTGTTTTGAACGTTGATTGGAAAGACCAA
TATTGATTTTTCAGCTTCTGTCCTTTTGGTTTGGTTTTAATGTTGATTGGCAGGATGCAATTTATTTTGCACACCTGGCTGCAGTGGGTTTTTAACAGGCAACTATCACAATAAGCCATCAGGTTCTTTTAAGAATTTTTCTTGTTGTGGGTAGAATGTTTAAAGATGAAACTTGTGTATCATCAGCATCTTAATTTGTC
ATATCAATCCCTGCAAGATATGTAGGTTACCCTGTAAAAACAAATACTGTTTCCAAGGCATTATAATGCACAGGGTTCAAAAAATAAGTAATTGAATTTGTACGTTCTCTTTATGGTTATGCTTCAGAACATAATGCATGGATCAGTATCTATAGTCGCAATTCTTCAATTTGGCAGTTAATGCACCTTGCAAACTGGCA
AATGATAATTCTGTAGATTTTAAACAATATACTTAGCAGTGATGAAGTAAAGCAATATCTAATTCCCGTCTTCAGAATGCGATAATAATAGTAGATCAAAACATGAAAGTACTGATGCATCCAGAATCTTCACAGGAAAACAGTGTCAGCAATCATGCAATGCAAAGTCTAGGTGAGGTCGACCAGTACCCAGATGCACA
TTGGTGTCTCATTATCTCCCATCTATGCAGATAATCTAATATGTGGTAGGCTGGTTGACCAGTGCCCATATGCACATTGGTGTCTAATTATCTCACATCTATGCAGATAATTCGATCTATGATTGCAAGGCAACATGTGGAGGAAGATGCAAAGCAACATCTCTGCATGACAAATGTTTAAGAGCTTGTGATACATGCTG

>TRINITY_DN48828_c1_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATGCTCTACCTTGGGCAAGAAGCTCTCCTCCTCCTCACTTTTACTTTACCTTTTTCTTTTCTTTGGACATGTCATAGCTGCACAAATGACGGACTCCAGAATCTCTATTAAATCTACTAAACTATCATCATAGATCCACATATTAAAGCTTTACTTCATGGTTTATGGTCCACTGCAAGTAACATAGAAAGAGGCCTGCA
GCACGCAGACCCGCGGAGGCTGCTGATTTTGCCGAGAAAACATCTTCGATCGCTCTGCCGGTTATTTGCAGTGATGTAAAATTAAATTTCTTGGACCTAGGGTTTGAGTTTTATCTTTGACACCGGGAAAACTAATGCAGGCCATATTGGTCTTTTCTAAGGCTTGCAGTAATGGGATCAATCCCTGCAACAACGGAGTC
TCTCAGTCGTGCCTTGGACATCAAGGACACCGACCCTGCCAAGGCGATTTCTTTTCTTCGTCAGATAATCGAGAATCCTTCATCTTCATCTGAAGCTATCCGGATCAAAGAGCAGGCGATTTCCAACCTTTCTGATCTTCTCACACAGGAGAAGAGGGGGGAAGAGCTGAGGAGTCTCCTCACACTTCTACGCCCCTTTT
TTTTGCTGATTCCAAAGGCTAAGACTGCTAAGATTGTCAGAGGAATACTCGATGCGGTTGCGAAAATCCCCGGGACATCAGATCTTCAGATATCGCTTTGTAGGGAAATGGTGGAATGGACCCGCTTGGAGAAACGTACTTTTTTGAGGCAACGGGTTGAAGCAAGGCTTGCTGCTTTATTGATGGAAACCAAGGAGTAC
TCGGAAGCTTTGACTCTCATTTCTGGTCTTGTCAAGGAGGTTAGGAGGCTGGATGATAAGCTGCTTCTTGTTGATATCGATTTATTGGAGAGTAAACTTCACTTCTCTCTTAGAAATCTACCAAAGGCTAAGGCTGCCCTAACTGCAGCCAGAACAGCAGCAAATGCGATATATGTTCCGCCTGCCCAACAAGGGACTAT
TGATCTTCAGAGTGGGATTCTTCATGCCGAGGAGAAGGATTATAAAACAGGTTTCAGCTACTTCTTTGAGGCATTTGAGGCTTTTAATGCCCTCGAGGATCCTCGTGCAGTGTTTAGTCTGAAGTACATGCTCTTGTGCAAGATCATGGTCAACCAAGCTGATGATGTCGCTGGTCTTATTGCTTCAAAGGCAGGCTTGC
TCTATATGGGAGTGGAATTGGATGCCATGAAAGCTGTTGCAGATGCACACTCAAAGCGGTCTTTGAAGGATTTTGAAGATGCTCTTAAAACTTACCAGGCACAATTGGAGGAAGACCCTATTGTTCACAGACACTTGTCTTCTTTATACGACACCCTTCTGGAGCAGAATCTCTGCCGATTGATTGAACCTTTTTCAAGG
GTTGAAATATCACATATATCTGAATTGATTGGATTGCCCATGGATACTGTGGAAAAGAAGCTCTCTCAGATGATTTTGGAGAAAAAATTTGCTGGGACTCTCGATCAGGGAGCAGGTTGTCTTATTATTTTTGACGATCCAAAGCCAGATGGCATTTTCTCCTCCACTTTGGAAACCATTTCAAACATTAGCAAAGTTGT
AGACAGTCTTTACCTTAAGTCAGCAAAGATTATGGCCTAAGCTAAGCTTATGCGGTTGCTTATGTATGCCAAAAATCAGTGACTTAGATTTCTCAAAAGCAGGGAAGTTGAAAAGAAGTTTGATTTTACTGGAGTTTGATAAAACATCGATTTTTTTCCAATTTTGCCATTTTGTTTTGAACGTTGATTGGAAAGACCAA
TATTGATTTTTCAGCTTCTGTCCTTTTGGTTTGGTTTTAATGTTGATTGGCAGGATGCAATTTATTTTGCACACCTGGCTGCAGTGGGTTTTTAACAGGCAACTATCACAATAAGCCATCAGGTTCTTTTAAGAATTTTTCTTGTTGTGGGTAGAATGTTTAAAGATGAAACTTGTGTATCATCAGCATCTTAATTTGTC
ATATCAATCCCTGCAAGATATGTAGGTTACCCTGTAAAAACAAATACTGTTTCCAAGGCATTATAATGCACAGGGTTCAAAAAATAAGTAATTGAATTTGTACGTTCTCTTTATGGTTATGCTTCAGAACATAATGCATGGATCAGTATCTATAGTCGCAATTCTTCAATTTGGCAGTTAATGCACCTTGCAAACTGGCA
AATGATAATTCTGTAGATTTTAAACAATATACTTAGCAGTGATGAAGTAAAGCAATATCTAATTCCCGTCTTCAGAATGCGATAATAATAGTAGATCAAAACATGAAAGTACTGATGCATCCAGAATCTTCACAGGAAAACAGTGTCAGCAATCATGCAATGCAAAGTCTAGGTGAGGTAATCTTTCATCTTCCTTGATC
TTAGACTAAACAAATTATAATTTATGATAGCTGATCTCTGCCATTTATATTGACACTCATGGGCAGGTTAGTTGACCTATTGCAATTTTTTTTGATAGAAAATATTGATTGTGAATAAGTTCATATATTCTACAATTGTTAAGAATTGATATTTCCACATGTCAGTAATTTGTCTCTTCTACAAAATTGTTGTCTGCAAA
GAGTAACTTTGTATACTCCCATTATCACTTACTGTAGAAAAATTCAAACCTTTGATCATAAGGTTAACAACTATGACCAATTGCTTTGTAGGTCGACCAGTACCCAGATGCACATTGGTGTCTCATTATCTCCCATCTATGCAGATAATCTAATATGTGGTAGGCTGgtaggtcacttctacttttgatagatttatgct
ctccaaataagagcgtatgattggcctttaaaaaatggcatcagtttctaaggttcttgttagcttcaattcttcattttataaaatttcctacatatgctcttttcccaaacttttggaatagtaaaaaatttatattgcacaaagaaggttattcagcatagtttatatgttttgatgcttgcctgattgcaaaacat
ggcttgccaggtcctttatgcaatagattgtacataaaatgtgttaatcatttggcttgctttgtagGTTGACCAGTGCCCATATGCACATTGGTGTCTAATTATCTCACATCTATGCAGATAATTCGATCTATGGTAGCTCACTTCTACCTTTGATAGATTTATGGTATCCAAATAAGAGCCTATGACTAACCCTTAAA
AGATGGCATCAGTTGTTAATGTTCTTGTTAGATTCAATTCTTTGTTTTGTGAAATTTCCTACATATGCTCTAGTTCGAAGAATTTGGAATAGTAGAAAATTAAAATTGCACAAAGAAGGGTATTTAGCTTAGTTTATATGTTTGATGCTTGCCTGATAGCAAAACATGGCTTGGCAGGCCCTTTCTGCAATAGGTCGTAC
AGAGTCCAGACAATGTGTTAATCATTTGGCTTTCTTTAGAAAATAAAAATAATGCTCCATATTCTCTCTTTTCAATGTAACATTGCAAACATGGCTTAGGATCTTAAGAAACAAATTTGGCTTATTTTAATTTGAATCCAGCCTTTGCATTTTTTCATGAATAATGACCCTTTTGGTCATCCTTCCTTCATAATGATTCT
TACTTGTATCAAAAAAGGATCTAGTGTCCCTCATAAAATAAAAATAATTTAAGATGCCAAGATCATGCCCCCTTTATAAGGAACCTTTGAAGGATATGCATCCTGTTTCTCCCATGCACTACATGAATCTTTAACATGGGACAATCTTCCCTTCTCCTGGTAGTAAGAGTGTCCTGCTTCCTGTAGCACTAGCCCTCTGT
CTCTATGTTAGTAGACACTTGCTCCGCTATTAGAAGCAAGTATCAACTTCAACTACATAATCCATGTTCTACATTCATTGGGCATAGAGATGTAGGTATTTGTAATTAATATTTTGTTTTAAGCACATGCTTAGGCAATAATTTTTATTGTTATGCATCTCTTGATGTTGCATATACTCAGAGTGCTCATTGAAGCTTCT
TGAAGTTGCATTTTAAAACATACAAGGAAGAACTAGAGAAAGACCCATTTTCAGCAGATCTACCTTCTTCATACAACTTTCATATGGAGTATAACCTCTGCTGGCCTAAGTAGCCTTTTTCAAGGGTTGAAGTATTATGTAGAAGAGTTGTCTGGAATATGGATTGCCTACGATTTTGTAAAGTAGCCCTCTCAGATAAT
TTTCAAAACAAATCTTTGATGTGACTGTTGATCAAGTTGTAACCATTTTTTTTCTGTTGATCCATTTTCTATTATATTTGTTTCTTTTTTAATCCAAGCTTATATTTGTCTCTTTTGAATTCAAGTTTTTATTTGTATCATGTGGTGGTGTTAACATTTTTGGTGAATTCATGGATCACTTTTAGCATTTTTGTTGTTGT
TGTTGTTATAGTAGTCCATTGTTGACTTTTTCTTGTGAATTCAAGGCTCATCTTCAATATCATTCGTTGTTTCCTAACTTTTGCCATATGAAATCGAAGTTCATTTTTCTTGTTCGTTGTTTAACTTTTCTTGTCCATGTGAAGCTCAAATTATTTTTATCTGATATTTAACTTTTCTTGACAATTCAAGTCTCAACTTG
CTACTGCTGTCATTGCTTTAACTTTCTTTGTAAATTCAACCTAGTTCTTATGAATGCAAGGC

Intron 3 GTAATCTTTC ... TGCTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.56	4.3	18	19
A2	98.52	0.3	20	18.4
A3	93.13	1	16	11.2
A4	87.27	3.1	30	12.9
A5	100	0	4	5.9
A6	51.48	2	0	4.3
A7	74.73	2.6	5	9.5
A8	65.1	5.5	8	12.5
A9	36.41	4.1	2	2.7
A10	69.18	2.8	6	5.2

>TRINITY_DN48828_c1_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGCTCTACCTTGGGCAAGAAGCTCTCCTCCTCCTCACTTTTACTTTACCTTTTTCTTTTCTTTGGACATGTCATAGCTGCACAAATGACGGACTCCAGAATCTCTATTAAATCTACTAAACTATCATCATAGATCCACATATTAAAGCTTTACTTCATGGTTTATGGTCCACTGCAAGTAACATAGAAAGAGGCCTGCA
GCACGCAGACCCGCGGAGGCTGCTGATTTTGCCGAGAAAACATCTTCGATCGCTCTGCCGGTTATTTGCAGTGATGTAAAATTAAATTTCTTGGACCTAGGGTTTGAGTTTTATCTTTGACACCGGGAAAACTAATGCAGGCCATATTGGTCTTTTCTAAGGCTTGCAGTAATGGGATCAATCCCTGCAACAACGGAGTC
TCTCAGTCGTGCCTTGGACATCAAGGACACCGACCCTGCCAAGGCGATTTCTTTTCTTCGTCAGATAATCGAGAATCCTTCATCTTCATCTGAAGCTATCCGGATCAAAGAGCAGGCGATTTCCAACCTTTCTGATCTTCTCACACAGGAGAAGAGGGGGGAAGAGCTGAGGAGTCTCCTCACACTTCTACGCCCCTTTT
TTTTGCTGATTCCAAAGGCTAAGACTGCTAAGATTGTCAGAGGAATACTCGATGCGGTTGCGAAAATCCCCGGGACATCAGATCTTCAGATATCGCTTTGTAGGGAAATGGTGGAATGGACCCGCTTGGAGAAACGTACTTTTTTGAGGCAACGGGTTGAAGCAAGGCTTGCTGCTTTATTGATGGAAACCAAGGAGTAC
TCGGAAGCTTTGACTCTCATTTCTGGTCTTGTCAAGGAGGTTAGGAGGCTGGATGATAAGCTGCTTCTTGTTGATATCGATTTATTGGAGAGTAAACTTCACTTCTCTCTTAGAAATCTACCAAAGGCTAAGGCTGCCCTAACTGCAGCCAGAACAGCAGCAAATGCGATATATGTTCCGCCTGCCCAACAAGGGACTAT
TGATCTTCAGAGTGGGATTCTTCATGCCGAGGAGAAGGATTATAAAACAGGTTTCAGCTACTTCTTTGAGGCATTTGAGGCTTTTAATGCCCTCGAGGATCCTCGTGCAGTGTTTAGTCTGAAGTACATGCTCTTGTGCAAGATCATGGTCAACCAAGCTGATGATGTCGCTGGTCTTATTGCTTCAAAGGCAGGCTTGC
TCTATATGGGAGTGGAATTGGATGCCATGAAAGCTGTTGCAGATGCACACTCAAAGCGGTCTTTGAAGGATTTTGAAGATGCTCTTAAAACTTACCAGGCACAATTGGAGGAAGACCCTATTGTTCACAGACACTTGTCTTCTTTATACGACACCCTTCTGGAGCAGAATCTCTGCCGATTGATTGAACCTTTTTCAAGG
GTTGAAATATCACATATATCTGAATTGATTGGATTGCCCATGGATACTGTGGAAAAGAAGCTCTCTCAGATGATTTTGGAGAAAAAATTTGCTGGGACTCTCGATCAGGGAGCAGGTTGTCTTATTATTTTTGACGATCCAAAGCCAGATGGCATTTTCTCCTCCACTTTGGAAACCATTTCAAACATTAGCAAAGTTGT
AGACAGTCTTTACCTTAAGTCAGCAAAGATTATGGCCTAAGCTAAGCTTATGCGGTTGCTTATGTATGCCAAAAATCAGTGACTTAGATTTCTCAAAAGCAGGGAAGTTGAAAAGAAGTTTGATTTTACTGGAGTTTGATAAAACATCGATTTTTTTCCAATTTTGCCATTTTGTTTTGAACGTTGATTGGAAAGACCAA
TATTGATTTTTCAGCTTCTGTCCTTTTGGTTTGGTTTTAATGTTGATTGGCAGGATGCAATTTATTTTGCACACCTGGCTGCAGTGGGTTTTTAACAGGCAACTATCACAATAAGCCATCAGGTTCTTTTAAGAATTTTTCTTGTTGTGGGTAGAATGTTTAAAGATGAAACTTGTGTATCATCAGCATCTTAATTTGTC
ATATCAATCCCTGCAAGATATGTAGGTTACCCTGTAAAAACAAATACTGTTTCCAAGGCATTATAATGCACAGGGTTCAAAAAATAAGTAATTGAATTTGTACGTTCTCTTTATGGTTATGCTTCAGAACATAATGCATGGATCAGTATCTATAGTCGCAATTCTTCAATTTGGCAGTTAATGCACCTTGCAAACTGGCA
AATGATAATTCTGTAGATTTTAAACAATATACTTAGCAGTGATGAAGTAAAGCAATATCTAATTCCCGTCTTCAGAATGCGATAATAATAGTAGATCAAAACATGAAAGTACTGATGCATCCAGAATCTTCACAGGAAAACAGTGTCAGCAATCATGCAATGCAAAGTCTAGGTGAGGTCGACCAGTACCCAGATGCACA
TTGGTGTCTCATTATCTCCCATCTATGCAGATAATCTAATATGTGGTAGGCTGGTTGACCAGTGCCCATATGCACATTGGTGTCTAATTATCTCACATCTATGCAGATAATTCGATCTATGATTGCAAGGCAACATGTGGAGGAAGATGCAAAGCAACATCTCTGCATGACAAATGTTTAAGAGCTTGTGATACATGCTG

>TRINITY_DN48828_c1_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGATCAGAAACTTATGGAAGAAGCAACTGTTTGTTTGTAGACCGTCTTAATTTTTGGATTGAAAGCATGGCATTAAAAGCTTCGATTTCAAATTCTGCACCGGGCTCCCTTAAGTAAAAACTAAATATTTTTGACCTAGGGTTTGAATTTTGTCTTCGAGAGGCTATGTAGTGTTTTTCTTTTCTAAATATATGCGAGTG
TCGTCCATTAAAGGTCTTTGACATAGGGTTTGAATTTTATCTTTGAGATAGGAAAAGCTGATACAGGTTAAATACTTATTTTTTTAAAAAGATTTGCTATCCGGTAAAATTAAAATTCTTTGATCTACGGCTTGAATTTGATCATTGAGACGGGAAAATTCAATGCAGGTTATTTGCAGTGATGTAAAATTAAATTTCTT
GGACCTAGGGTTTGAGTTTTATCTTTGACACCGGGAAAACTAATGCAGGCCATATTGGTCTTTTCTAAGGCTTGCAGTAATGGGATCAATCCCTGCAACAACGGAGTCTCTCAGTCGTGCCTTGGACATCAAGGACACCGACCCTGCCAAGGCGATTTCTTTTCTTCGTCAGATAATCGAGAATCCTTCATCTTCATCTG
AAGCTATCCGGATCAAAGAGCAGGCGATTTCCAACCTTTCTGATCTTCTCACACAGGAGAAGAGGGGGGAAGAGCTGAGGAGTCTCCTCACACTTCTACGCCCCTTTTTTTTGCTGATTCCAAAGGCTAAGACTGCTAAGATTGTCAGAGGAATACTCGATGCGGTTGCGAAAATCCCCGGGACATCAGATCTTCAGATA
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TGGGACTCTCGATCAGGGAGCAGGTTGTCTTATTATTTTTGACGATCCAAAGCCAGATGGCATTTTCTCCTCCACTTTGGAAACCATTTCAAACATTAGCAAAGTTGTAGACAGTCTTTACCTTAAGTCAGCAAAGATTATGGCCTAAGCTAAGCTTATGCGGTTGCTTATGTATGCCAAAAATCAGTGACTTAGATTTC
TCAAAAGCAGGGAAGTTGAAAAGAAGTTTGATTTTACTGGAGTTTGATAAAACATCGATTTTTTTCCAATTTTGCCATTTTGTTTTGAACGTTGATTGGAAAGACCAATATTGATTTTTCAGCTTCTGTCCTTTTGGTTTGGTTTTAATGTTGATTGGCAGGATGCAATTTATTTTGCACACCTGGCTGCAGTGGGTTTT
TAACAGGCAACTATCACAATAAGCCATCAGGTTCTTTTAAGAATTTTTCTTGTTGTGGGTAGAATGTTTAAAGATGAAACTTGTGTATCATCAGCATCTTAATTTGTCATATCAATCCCTGCAAGATATGTAGGTTACCCTGTAAAAACAAATACTGTTTCCAAGGCATTATAATGCACAGGGTTCAAAAAATAAGTAAT
TGAATTTGTACGTTCTCTTTATGGTTATGCTTCAGAACATAATGCATGGATCAGTATCTATAGTCGCAATTCTTCAATTTGGCAGTTAATGCACCTTGCAAACTGGCAAATGATAATTCTGTAGATTTTAAACAATATACTTAGCAGTGATGAAGTAAAGCAATATCTAATTCCCGTCTTCAGAATGCGATAATAATAGT
AGATCAAAACATGAAAGTACTGATGCATCCAGAATCTTCACAGGAAAACAGTGTCAGCAATCATGCAATGCAAAGTCTAGGTGAGgtaatctttcatcttccttgatcttagactaaacaaattataatttatgatagctgatctctgccatttatattgacactcatgggcaggttagttgacctattgcaattttttt
tgatagaaaatattgattgtgaataagttcatatattctacaattgttaagaattgatatttccacatgtcagtaatttgtctcttctacaaaattgttgtctgcaaagagtaactttgtatactcccattatcacttactgtagaaaaattcaaacctttgatcataaggttaacaactatgaccaattgctttgtagG
TCGACCAGTACCCAGATGCACATTGGTGTCTCATTATCTCCCATCTATGCAGATAATCTAATATGTGGTAGGCTGGTAGGTCACTTCTACTTTTGATAGATTTATGCTCTCCAAATAAGAGCGTATGATTGGCCTTTAAAAAATGGCATCAGTTTCTAAGGTTCTTGTTAGCTTCAATTCTTCATTTTATAAAATTTCCT
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TAGAAAATTAAAATTGCACAAAGAAGGGTATTTAGCTTAGTTTATATGTTTGATGCTTGCCTGATAGCAAAACATGGCTTGGCAGGCCCTTTCTGCAATAGGTCGTACAGAGTCCAGACAATGTGTTAATCATTTGGCTTTCTTTAGAAAATAAAAATAATGCTCCATATTCTCTCTTTTCAATGTAACATTGCAAACAT
GGCTTAGGATCTTAAGAAACAAATTTGGCTTATTTTAATTTGAATCCAGCCTTTGCATTTTTTCATGAATAATGACCCTTTTGGTCATCCTTCCTTCATAATGATTCTTACTTGTATCAAAAAAGGATCTAGTGTCCCTCATAAAATAAAAATAATTTAAGATGCCAAGATCATGCCCCCTTTATAAGGAACCTTTGAAG
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Intron 4 GTTATTTGCA ... ACTAATGCAG

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>TRINITY_DN44723_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

ACATAATGCTCTACCTTGGGCAAGAAGCTCTCCTCCTCCTCACTTTTACTTTACCTTTTTCTTTTCTTTGGACATGTCATAGCTGCACAAATGACGGACTCCAGAATCTCTATTAAATCTACTAAACTATCATAATAGATCCACATATTAAAGCTTTACTTCATGGTTTATGGTCCACTGCAAGTAACATAGAAAGAGGC
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ATCGATTTATTGGAGAGTAAACTTCACTTCTCTCTTAGAAATCTACCAAAGGCTAAGGCTGCCCTAACTGCAGCCAGAACAGCAGCAAATGCGATATATGTTCCGCCTGCCCAACAAGGGACTATTGATCTTCAGAGTGGGATTCTTCATGCCGAGGAGAAGGATTATAAAACAGGTTTCAGCTACTTCTTTGAGGCATT
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AAGATGCTCTTAAAACTTACCAGGCACAATTGGAGGAAGACCCTATTGTTCACAGACACTTGTCTTCTTTATACGACACCCTTCTGGAGCAGAATCTCTGCCGATTGATTGAACCTTTTTCAAGGGTTGAAATATCACATATATCTGAATTGATTGGATTGCCCATGGATACTGTGGAAAAGAAGCTCTCTCAGATGATT
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>TRINITY_DN44723_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

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