sp|Q9C942|CSE_ARATH ----> Caffeoylshikimate esterase

Intron 1 GTACATATAG ... CGTCTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.02	94	13	10
A2	12.36	129.7	18.5	4.8
A3	10.17	132.4	15.3	3.3
A4	20.34	76.5	20.3	4.3
A5	15.04	68.7	12.3	1.3
A6	12.46	695.9	101.5	24.3
A7	14.4	633.7	110	19.9
A8	14.82	479	85.8	23.6
A9	14.04	550.4	92.4	24
A10	17.15	432.5	92	11.4

>TRINITY_DN117969_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

TCCTCATGCATAATCCCTCCTTCCCCGCGTTCTAGAGTTTGCCAGAAGGTGTATAGAGCAACGAATTCTGCAGAGATTGATGCATTTTTTTATCCATGCTATGCCAAATAACCCCATTTTCAATCAAATTGGCACAGTTTCAATTCCCGCAAAATTTCAGATAAACTGGCAGGAGCATGAAATGATACCGCTTGTTGTTT
CGATGCCCGAAAAATTTCGAGCACATCATTCCAGGGAGTTCTGTGCAGAATTGCCCATTTTTTTAAGCTTGATTTCGTGAAAATTGACTAGTTTTCGAATCAATCTGGCACTGGTTGTCCCATTTTCAAGCAAATTCTGGTTTAGTTTGGAACAATTAAAGGCAATTTGGTGGGCATCGATTCATTTTGAGGTCAATTTC
TATGTTTAGTCTCAGAGGCCCCGTGGTTATTGAGCGGAACCCTCTTCCGCTCGAGAGGTTGAACGTTGAATTTCATTATCGAAGGAAGAGATTAAAACCGTTCAGCGAAATTGGGTTCTCCTTCCCTGCAGGAAAATTGAGATTAAATTTGGTCAATATGGCGATGGGAATACAGCGCCAGACCTCTGCGGTAATATTGA
CTTCTGGCGCTAGTGGACGCGTGAATCCCTTGCTTTCTGTCCGAACTTTTAGAAGATTGGTGTTGTCAATACAGGCTTTGCTTTTGTGGATTTTCATGTCCTTTCAGCAGCCTTCGAAATGCCTTCTGTATTCTGGAAAGACAGAGGAGCGTAAGGTAGAATTGTCTTACCTAAATTCGGTTATGAAGATTCTTTTTCCG
AGGAGGAGGAAGTTTCGCAGAGACGAAGATGATGATGTTTGCAGAAGACGAGCTCTCGCCATGAAAAACCAGGCCTTGGAGGGCTCTTCTTGGCAGTATTATTTGTTTGTTACCTTGGCAGGAGAAATTCTTTTTACACAGTCCTGGACACCTGTTTTTGGGAGTTCAAAGGCAATAGTAGTTATTTTGCATGGTCTTAA
TGAACACAGTGGGAGATATGCCCGGTTTGCAAGGCAATTGAATTCACACGGCTATAAAGTTTATGGCATGGATTGGATTGGTCACGGTGGGAGTGATGGATTGCATGGATATGTACCATCTCTTGATCAAGCTATTGCAGACACAAAGGCATTCCTAGAAAAAGTCAAGTCAGAGAACCCAAGCATCCCTTGCTTTTTAT
TTGGACACTCAACAGGTGGAGCAATTATCTTGAAGGTACTCTTCTTTGCCTTGTGATTTAAACATCAGTTCTGTTTGGAGGTTGTTTGATTTGGATGATTTCAACTATTCCATGTCCTTCAAAAAAATAGATGGGCTCCAACGATAAAAAAGGC

>TRINITY_DN117969_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCCTCATGCATAATCCCTCCTTCCCCGCGTTCTAGAGTTTGCCAGAAGGTGTATAGAGCAACGAATTCTGCAGAGATTGATGCATTTTTTTATCCATGCTATGCCAAATAACCCCATTTTCAATCAAATTGGCACAGTTTCAATTCCCGCAAAATTTCAGATAAACTGGCAGGAGCATGAAATGATACCGCTTGTTGTTT
CGATGCCCGAAAAATTTCGAGCACATCATTCCAGGGAGTTCTGTGCAGAATTGCCCATTTTTTTAAGCTTGATTTCGTGAAAATTGACTAGTTTTCGAATCAATCTGGCACTGGTTGTCCCATTTTCAAGCAAATTCTGGTTTAGTTTGGAACAATTAAAGGCAATTTGGTGGGCATCGATTCATTTTGAGGTCAATTTC
TATGTTTAGTCTCAGAGGCCCCGTGGTTATTGAGCGGAACCCTCTTCCGCTCGAGAGGTTGAACGTTGAATTTCATTATCGAAGGAAGAGATTAAAACCGTTCAGCGAAATTGGGTTCTCCTTCCCTGCAGGAAAATTGAGATTAAATTTGGTCAATATGGCGATGGGAATACAGCGCCAGACCTCTGCGGTAATATTGA
CTTCTGGCGCTAGTGGACGCGTGAATCCCTTGCTTTCTGTCCGAACTTTTAGAAGATTGGTGTTGTCAATACAGGCTTTGCTTTTGTGGATTTTCATGTCCTTTCAGCAGCCTTCGAAATGCCTTCTGTATTCTGGAAAGACAGAGGAGCGTAAGGTAGAATTGTCTTACCTAAATTCGGTTATGAAGATTCTTTTTCCG
AGGAGGAGGAAGTTTCGCAGAGACGAAGATGATGATGTTTGCAGAAGACGAGCTCTCGCCATGAAAAACCAGGCCTTGGAGGGCTCTTCTTGGCAGTATTATTTGTTTGTTACCTTGGCAGGAGAAATTCTTTTTACACAGTCCTGGACACCTGTTTTTGGGAGTTCAAAGGCAATAGTAGTTATTTTGCATGGTCTTAA
TGAACACAGTGGGAGATATGCCCGGTTTGCAAGGCAATTGAATTCACACGGCTATAAAGTTTATGGCATGGATTGGATTGGTCACGGTGGGAGTGATGGATTGCATGGATATGTACCATCTCTTGATCAAGCTATTGCAGACACAgtacatatagctaaattatatataagcttaatgcattgccattactacaatttgc
taaaggttaatacattgccataacattctatttatttatagtttctattttatatgcacgcgtctcacagAAGGCATTCCTAGAAAAAGTCAAGTCAGAGAACCCAAGCATCCCTTGCTTTTTATTTGGACACTCAACAGGTGGAGCAATTATCTTGAAGGTACTCTTCTTTGCCTTGTGATTTAAACATCAGTTCTGTT
TGGAGGTTGTTTGATTTGGATGATTTCAACTATTCCATGTCCTTCAAAAAAATAGATGGGCTCCAACGATAAAAAAGGC

Intron 2 GTACCATCTC ... CGTCTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.33	35.7	25	10
A2	48.92	20.7	24.7	4.7
A3	37.66	25	21.7	3.3
A4	42.83	22	24.3	4.3
A5	47.02	16.3	18	1.3
A6	39.06	154	137	24.3
A7	40.79	125.7	128.3	19
A8	36.58	135.3	104.7	23
A9	37.23	145	118.3	24
A10	46.25	99.3	116.7	11

>TRINITY_DN40240_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

TTCAACGACGTGTACTCTATGGCTGCAAAAAATGACAACGCGTCATCCTCATGCATAATCCCTCCTTCCCCGCGTTCTAGAGTTTGCCAGAAGGTGTATAGAGCAACGAATTCTGCAGAGATTGATGCATTTTTTTATCCATGCTATGCCAAATAACCCCATTTTCAATCAAATTGGCACAGTTTCAATTCCCGCAAAAT
TTCAGATAAACTGGCAGGAGCATGAAATGATACCGCTTGTTGTTTCGATGCCCGAAAAATTTCGAGCACATCATTCCAGGGAGTTCTGTGCAGAATTGCCCATTTTTTTAAGCTTGATTTCGTGAAAATTGACTAGTTTTCGAATCAATCTGGCACTGGTTGTCCCATTTTCAAGCAAATTCTGGTTTAGTTTGGAACAA
TTAAAGGCAATTTGGTGGGCATCGATTCATTTTGAGGTCAATTTCTATGTTTAGTCTCAGAGGCCCCGTGGTTATTGAGCGGAACCCTCTTCCGCTCGAGAGGTTGAACGTTGAATTTCATTATCGAAGGAAGAGATTAAAACCGTTCAGCGAAATTGGGTTCTCCTTCCCTGCAGGAAAATTGAGATTAAATTTGGTCA
ATATGGCGATGGGAATACAGCGCCAGACCTCTGCGGTAATATTGACTTCTGGCGCTAGTGGACGCGTGAATCCCTTGCTTTCTGTCCGAACTTTTAGAAGATTGGTGTTGTCAATACAGGCTTTGCTTTTGTGGATTTTCATGTCCTTTCAGCAGCCTTCGAAATGCCTTCTGTATTCTGGAAAGACAGAGGAGCGTAAG
GTAGAATTGTCTTACCTAAATTCGGTTATGAAGATTCTTTTTCCGAGGAGGAGGAAGTTTCGCAGAGACGAAGATGATGATGTTTGCAGAAGACGAGCTCTCGCCATGAAAAACCAGGCCTTGGAGGGCTCTTCTTGGCAGTATTATTTGTTTGTTACCTTGGCAGGAGAAATTCTTTTTACACAGTCCTGGACACCTGT
TTTTGGGAGTTCAAAGGCAATAGTAGTTATTTTGCATGGTCTTAATGAACACAGTGGGAGATATGCCCGGTTTGCAAGGCAATTGAATTCACATGGCTATAAAGTTTATGGCATGGATTGGATTGGTCACGGTGGGAGTGATGGATTGCATGGATATAAGGCATTCCTAGAAAAAGTCAAGTCAGAGAACCCAAGCATCC
CTTGCTTTTTATTTGGACACTCAACAGGTGGAGCAATTATCTTGAAGGCAGCTTTAGACCCTGATGTTGAAAAAATGGTAAAAGGAGTTGTCATAACTTCTCCAGCACTACGAGTAAGGCCTGCACATCCAGTTTTTGGGGTAATTGCTCCGATTTTCTCTCTTCTTTTACCTAGGTACCAGTTTCGTGCTGCAAATAAG
AGAGGAGGAGCAGTATCTCGTGATCCTCAAGCACTTATTGCTAAATACTCTGACCCACTGGTATATACTGGGCCAATCAGGGTCCGAACTGGTTCTGAGATACTACGGATCTGCTCTTACTTGCAACAGAATATGAAAAGAATAACCGTTCCCTTTTTAGTCCTCCATGGAACAACTGACACTGTGACTGATCCAGACGC
ATCTCAAGAGTTATACGATCAAGCAGCTTCAGAACATAAAACCATAAAGCTTTATGAGGGACTTTTGCATGATTTGTTATTTGAACCTGAACGCGATAAGATTGCCAGTGATATCCTAGGTTGGTTGGATAGTAAACTGGAGCGTTAATGTTTTGCTCTTGTTTTTTTGTATAGTTCATCCTGGGATCATTAACTTGCTC
AATCTGCTTTGTCCCATCCTGATTTGATAATATTAGAATAGCAACATATTGTTATTAGGTTTTCAGATTGATAATTTGGAACCCACTAATCAACCAGTAATGGTTTTTTTTTCAAGTCGAAAAAAAGTAACCTTTTATTAAAAGTAAAAGATGTAACAGAGTATTACATATTTAGAGGGTAAAACTGAGTTCGAACCTCA
TCAGAGAGCAAATACAACCTGTAGGTCTGATTGTTCATACAAAATAGTAGCATATGGTACTGAAGTGCAAAAGTACAGAAAAAGTAATGGTTGAGGTTCTTACAGCAGGAGCTGATCACTTGGATCAGATTTTTGCAGTCGATATCGTCTCCTTCAATAGGGCAAGCTTGTATCTACTATCTTTATCATGTTAATGACTA
AAAGCAGAATAATTCTAGATCAAAACTTACTCGGGATTAAGACATGGCGGAAATTTTTAGAGGCTAACATTTGCTGTTCAGTAATTTCCTCATCAGTTTTTGGGAAAGATTCCCCGAAAATTTTAGAGGCAAAAATTTCTCAGAGGCTAACATTTGCCGTTCAGTAATTTCCTCAGGTTTTGGTAAAGATTCCCG

>TRINITY_DN40240_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTCAACGACGTGTACTCTATGGCTGCAAAAAATGACAACGCGTCATCCTCATGCATAATCCCTCCTTCCCCGCGTTCTAGAGTTTGCCAGAAGGTGTATAGAGCAACGAATTCTGCAGAGATTGATGCATTTTTTTATCCATGCTATGCCAAATAACCCCATTTTCAATCAAATTGGCACAGTTTCAATTCCCGCAAAAT
TTCAGATAAACTGGCAGGAGCATGAAATGATACCGCTTGTTGTTTCGATGCCCGAAAAATTTCGAGCACATCATTCCAGGGAGTTCTGTGCAGAATTGCCCATTTTTTTAAGCTTGATTTCGTGAAAATTGACTAGTTTTCGAATCAATCTGGCACTGGTTGTCCCATTTTCAAGCAAATTCTGGTTTAGTTTGGAACAA
TTAAAGGCAATTTGGTGGGCATCGATTCATTTTGAGGTCAATTTCTATGTTTAGTCTCAGAGGCCCCGTGGTTATTGAGCGGAACCCTCTTCCGCTCGAGAGGTTGAACGTTGAATTTCATTATCGAAGGAAGAGATTAAAACCGTTCAGCGAAATTGGGTTCTCCTTCCCTGCAGGAAAATTGAGATTAAATTTGGTCA
ATATGGCGATGGGAATACAGCGCCAGACCTCTGCGGTAATATTGACTTCTGGCGCTAGTGGACGCGTGAATCCCTTGCTTTCTGTCCGAACTTTTAGAAGATTGGTGTTGTCAATACAGGCTTTGCTTTTGTGGATTTTCATGTCCTTTCAGCAGCCTTCGAAATGCCTTCTGTATTCTGGAAAGACAGAGGAGCGTAAG
GTAGAATTGTCTTACCTAAATTCGGTTATGAAGATTCTTTTTCCGAGGAGGAGGAAGTTTCGCAGAGACGAAGATGATGATGTTTGCAGAAGACGAGCTCTCGCCATGAAAAACCAGGCCTTGGAGGGCTCTTCTTGGCAGTATTATTTGTTTGTTACCTTGGCAGGAGAAATTCTTTTTACACAGTCCTGGACACCTGT
TTTTGGGAGTTCAAAGGCAATAGTAGTTATTTTGCATGGTCTTAATGAACACAGTGGGAGATATGCCCGGTTTGCAAGGCAATTGAATTCACATGGCTATAAAGTTTATGGCATGGATTGGATTGGTCACGGTGGGAGTGATGGATTGCATGGATATgtaccatctcttgatcaagctattgcagacacagtacatatag
ctaaattatatataagcttaatgcattgccattactacaatttgctaaaggttaatacattgccataacattctatttatttatagtttctattttatatgcacgcgtctcacagAAGGCATTCCTAGAAAAAGTCAAGTCAGAGAACCCAAGCATCCCTTGCTTTTTATTTGGACACTCAACAGGTGGAGCAATTATCT
TGAAG

Intron 3 GTTTTTCATG ... GCCAAAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.81	92	0	16
A2	16.16	83	0	16
A3	19.33	96	0	23
A4	16.1	99	3	19
A5	22.58	24	0	7
A6	21.03	308	0	82
A7	17.85	290	0	63
A8	23.6	191	0	59
A9	23.4	239	2	73
A10	18.85	211	0	49

>TRINITY_DN41831_c0_g1_i4 from sample A10 / Example spliced isoform

CCTCATGCATAATCCCTCCCTCCCCGCGTTCTAGAGTTTGCCAGAAGGTGTATAGAGCAACGAATTCTGCAGAGATTGATGCATTTTTTTATCCATGCTATGCCAAATAACCCCATTTTCAATCAAATTGGCACAGTTTCAATTCCCGCAAAATTTCAGATAAACTGGCAGGAGCATGAAATGATACCGCTTGTTGTTTC
GATGCCCGAAAAATTTCGAGCACATCATTCCAGGGAGTTCTGTGCAGAATTGCCCATTTTTTTAAGCTTGATTTCGTGAAAATTGACTAGTTTTCGAATCAATCTGGCACTGGTTGTCCCATTTTCAAGCAAATTCTGGTTTAGTTTGGAACAATTAAAGGCAATTTGGTGGGCATCGATTCATTTTGAGGTCAATTTCT
ATGTTTAGTCTCAGAGGCCCCGTGGTTATTGAGCGGAACCCTCTTCCGCTGGAGAGGTTGAACGTTGAATTTCATTATCGAAGGAAGAGATTAAAACCGTTCAGCGAAATTGGGTTCTCCTTCCCTGCAGGAAAATTGAGATTAAATTTGGTCAATATGGCGATGGGAATACAGCGCCAGACCTCTGCGGTAATATTGAC
TTCTGGCGCTAGTGGACGCGTGAATCCCTTGCTTTCTGTCCGAACTTTTAGAAGATTGGTGTTGTCAATACAGGCTTTGCTTTTGTGGATTTTCATGTCCTTTCAGCAGCCTTCGATATGCCTTCTGTATTCTGGAAAGACAGAGGAGCGTAAGGTAGAATTGTCTTACCTAAATTCGGTTATGAAGATTCTTTTTCCGA
GGAGGAGGAAGTTTCGCAGAGACGAAGATGATGATGTTTGCAGAAGACGAGCTCTCGCCATGAAAAACCAGGCCTTGGAGGGCTCTTCTTGGCAGTATTATTTGTTTGTTACCTTGGCAGGAGAAATTCTTTTTACACAGTCCTGGACACCTGTTTTTGGGAGTTCAAAGGCAATAGTAGTTATTTTGCATGGTCTTAAT
GAACACAGTGGGAGATATGCCCGGTTTGCAAGGCAATTGAATTCACACGGCTATAAAGTTTATGGCATGGATTGGATTGGTCACGGTGGGAGTGATGGATTGCATGGATATGTACCATCTCTTGATCAAGCTATTGCAGACACAAAGGCATTCCTAGAAAAAGTCAAGTCAGAGAACCCAAGCATCCCTTGCTTTTTATT
TGGACACTCAACAGGTGGAGCAATTATCTTGAAGGCAGCTTTAGACCCTGATGTTGAAAAAATGGTAAAAGGAGTTGTCATAACTTCTCCAGCACTACGAGTAAGGCCTGCACATCCAGTTTTTGGGGTAATTGCTCCGATTTTCTCTCTTCTTTTACCTAGGTACCAGTTTCGTGCTGCAAATAAGAGAGGAGGAGCAG
TATCTCGTGATCCTCAAGCACTTATTGCTAAATACTCTGACCCACTGGTATATACTGGGCCAATCAGGGTCCGAACTGGTTCTGAGATACTACGGATCTGCTCTTACTTGCAACAGAATATGAAAAGAATAACCGTTCCCTTTTTAGTCCTCCATGGAACAACTGACACTGTGACTGATCCAGACGCATCTCAAGAGTTA
TACGATCAAGCAGCTTCAGAACATAAAACCATAAAGCTTTATGAGGGACTTTTGCATGATTTGTTATTTGAACCTGAACGCGATAAGATTGCCAGTGATATCCTAGGTTGGTTGGATAGTAAACTGGAGCGTTAATGTTTTGCTCTTGTTTTTTTGTATAGTTCATCCTGGGATCATTAACTTGCTCAATCTGCTTTGTC
CCATCCTGATTTGATAATATTAGAATAGCAACATATTGTTATTAGGTTTTCAGATTGATAATTTGGAACCCACTAATCAACCAGTAATGGTTTTTTTTTCAAGTCGAAAAAAAGTAACCTTTTATTAAAAGTAAAAGATGTAACAGAGTATTACATATTTAGAGGGTAAAACTGAGTTCGAACCTCATCAGAGAGCAAAT
ACAACCTGTAGGTCTGATTGTTCATACAAAATAGTAGCATATGGTACTGAAGTGCAAAAGTACAGAAAAAGTAATGGTTGAGGTTCTTACAGCAGGAGCTGATCACTTGGATCAGATTTTTGCAGTCGATATCGTCTCCTTCAATAGGGCAAGCTTGTATCTACTATCTTTATCATGTTAATGACTAAAAGCAGAATAAT
TCTAGATCAAAACTTACTCGGGATTAAGACATGGCGGAAATTTTTAGAGGCTAACATTTGCTGTTCAGTAATTTCCTCATCAGTTTTTGGGAAAGATTCCCCGAAAATTTTAGAGGCAAAAATTTCTCAGAGGCTAACATTTGCCGTTCAGTAATTTCCTCAGGTTTTGGTAAAGATTCCCAAT

>TRINITY_DN41831_c0_g1_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CACCTGTTTTTGGGAGTTCAAAgtttttcatgttacagggggagggaatgccacaatttggccacaaataaactcaaagatcattcaagagtgagtgaccacttcaagtttcttgccaaaaaagGGCAATAGTAGTTATTTTGCATGGTCTTAATGAACACAGTGGGAGATATGCCCGGTTTGCAAGGCAATTGAATTCA
CACGGCTATAAAGTTTATGGCATGGATTGGATTGGTCACGGTGGGAGTGATGGATTGCATGGATATGTACCATCTCTTGATCAAGCTATTGCAGACACAGTACATATAGCTAAATTATATATAAGCTTAATGCATTGCCATTACTACAATTTGCTAAAGGTTAATACATTGCCATAACATTCTATTTATTTATAGTTTCT
ATTTTATATGCACGC

Intron 4 GTAAGATGTG ... ATTATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.63	76	15.6	10
A2	19.19	80	8.2	19
A3	31.68	69	3.4	32
A4	22.81	44	5.8	13
A5	29.51	43	4.4	18
A6	21.7	368	34.2	102
A7	22.4	270.2	22.4	78
A8	22.45	297	26.2	86
A9	14.04	251	23.8	41
A10	23.98	168	16	53

>TRINITY_DN110652_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

ATTTCAACGACGTGTACTCTATGGCTGCAAAAAATGACAACGCGTCATCCTCATGCATAATCCCTCCCTCCCCGCGTTCTAGAGTTTGCCAGAAGGTGTATAGAGCAACGAATTCTGCAGAGATTGATGCATTTTTTTATCCATGCTATGCCAAATAACCCCATTTTCAATCAAATTGGCACAGTTTCAATTCCCGCAAA
ATTTCAGATAAACTGGCAGGAGCATGAAATGATACCGCTTGTTGTTTCGATGCCCGAAAAATTTCGAGCACATCATTCCAGGGAGTTCTGTGCAGAATTGCCCATTTTTTTAAGCTTGATTTCGTGAAAATTGACTAGTTTTCGAATCAATCTGGCACTGGTTGTCCCATTTTCAAGCAAATTCTGGTTTAGTTTGGAAC
AATTAAAGGCAATTTGGTGGGCATCGATTCATTTTGAGGTCAATTTCTATGTTTAGTCTCAGAGGCCCCGTGGTTATTGAGCGGAACCCTCTTCCGCTGGAGAGGTTGAACGTTGAATTTCATTATCGAAGGAAGAGATTAAAACCGTTCAGCGAAATTGGGTTCTCCTTCCCTGCAGGAAAATTGAGATTAAATTTGGT
CAATATGGCGATGGGAATACAGCGCCAGACCTCTGCGGTAATATTGACTTCTGGCGCTAGTGGACGCGTGAATCCCTTGCTTTCTGTCCGAACTTTTAGAAGATTGGTGTTGTCAATACAGGCTTTGCTTTTGTGGATTTTCATGTCCTTTCAGCAGCCTTCGAAATGCCTTCTGTATTCTGGAAAGACAGAGGAGCGTA
AGGTAGAATTGTCTTACCTAAATTCGGTTATGAAGATTCTTTTTCCGAGGAGGAGGAAGTTTCGCAGAGACGAAGATGATGATGTTTGCAGAAGACGAGCTCTCGCCATGAAAAACCAGGCCTTGGAGGGCTCTTCTTGGCAGTATTATTTGTTTGTTACCTTGGCAGGAGAAATTCTTTTTACACAGTCCTGGACACCT
GTTTTTGGGAGTTCAAAGGCAATAGTAGTTATTTTGCATGGTCTTAATGAACACAGTGGGAGATATGCCCGGTTTGCAAGGCAATTGAATTCACATGGCTATAAAGTTTATGGCATGGATTGGATTGGTCACGGTGGGAGTGATGGATTGCATGGATATGTACCATCTCTTGATCAAGCTATTGCAGACACAAAGGCATT
CCTAGAAAAAGTCAAGTCAGAGAACCCAAGCATCCCTTGCTTTTTATTTGGACACTCAACAGGTGGAGCAATTATCTTGAAGGCAGCTTTAGACCCTGATGTTGAAAAAATGGTAAAAGGAGTTGTCATAACTTCTCCAGCACTACGAGTAAGGCCTGCACATCCAGTTTTTGGGGTAATTGCTCCGATTTTCTCTCTTC
TTTTACCTAGGTACCAGTTTCGTGCTGCAAATAAGAGAGGAGGAGCAGTATCTCGTGATCCTCAAGCACTTATTGCTAAATACTCTGACCCACTGGTATATACTGGGCCAATCAGGGTCCGAACTGGTTCTGAGATACTACGGATCTGCTCTTACTTGCAACAGAATATGAAAAGAATAACCGTTCCCTTTTTAGTCCTC
CATGGAACAACTGACACTGTGACTGATCCAGACGCATCTCAAGAGTTATACGATCAAGCAGCTTCAGAACATAAAACCATAAAGCTTTATGAGGGACTTTTGCATGATTTGTTATTTGAACCTGAACGCGATAAGATTGCCAGTGATATCCTAGGTTGGTTGGATAGTAAACTGGAGCGTTAATGTTTTGCTCTTGTTTT
TTTGTATAGTTCATCCTGGGATCATTAACTTGCTCAATCTGCTTTGTCCCATCCTGATTTGATAATATTAGAATAGCAACATATTGTTATTAGGTTTTCAGATTGATAATTTGGAACCCACTAATCAACCAGTAATGGTTTTTTTTTCAAGTCGAAAAAAAGCAACCTTTTATTAAAAGTAAAAGATGTAACAGAGTATT
ACATATTTAGAGGGTAAAACTGAGTTCGAACCTCATCAGAGAGCAAATACAACCTGTAGGTCTGATTGTTCATACAAAATAGTAGCATATGGTACTGAAGTGCAAAAGTACAGAAAAAGTAATGGTTGAGGTTCTTACAGCAGGAGCTGATCACTTGGATCAGATTTTTGCAGTCGATATCGTCTCCTTCAATAGGGCAA
GCTTGTATCTACTATCTTTATCATGTTAATGACTAAAAGCAGAATAATTCTAGATCAAAACTTACTCGGGATTAAGACATGGCGGAAATTTTTAGAGGCTAAC

>TRINITY_DN110652_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTCATTCATTGAAAGAAGCTAAAATTCTTAAGATTTCCTCTCAACTCTTTTCCGTTGATCAAATGATATCTAAAGGCAGCTTTAGACCCTGATGTTGAAAAAATGGTAAAAGGAGTTGTCATAACTTCTCCAGCACTACGAGTAAGGCCTGCACATCCAGTTTTTGGGgtaagatgtggctttttgaactaagttttacg
aattgataaagttcatatttggttataaatgtgcttgataaatttctgggttgaattatggcagGTAATTGCTCCGATTTTCTCTCTTCTTTTACCTAGGTACCAGTTTCGTGCTGCAAATAAGAGAGGAGGAGCAGTATCTCGTGATCCTCAAGCACTTATTGCTAAATACTCTGACCCACTGGTATATACTGGGCCAA
TCAGGGTCCGAACTGGTTCTGAGATACTACGGATCTGCTCTTACTTGCAACAGAATATGAAAAGAATAACCGTTCCCTTTTTAGTCCTCCATGGAACAACTGACACTGTGACTGATCCAGACGCATCTCAAGAGTTATACGATCAAGCAGCTTCAGAACATAAAACCATAAAGCTTTATGAGGGACTTTTGCATGATTTG
TTATTTGAACCTGAACGCGATAAGATTGCCAGTGATATCCTAGGTTGGTTGGATAGTAAACTGGAGCGTTAATGTTTTGCTCTTGTTTTTTTGTATAGTTCATCCTGGGATCATTAACTTGCTCAATCTGCTTTGTCCCATCCTGATTTGATAATATTAGAATAGCAACATATTGTTATTAGGTTTTCAGATTGATAATT
TGGAACCCACTAATCAACCAGTAATGGTTTTTTTTTCAAGTCGAAAAAAAGCAACCTTTTATTAAAAGTAAAAGATGTAACAGAGTATTACATATTTAGAGGGTAAAACTGAGTTCGAACCTCATCAGAGAGCAAATACAACCTGTAGGTCTGATTGTTCATACAAAATAGTAGCATATGGTACTGAAGTGCAAAAGTAC
AGAAAAAGTAATGGTTGAGGTTCTTACAGCAGGAGCTGATCACTTGGATCAGATTTTTGCAGTCGATATCGTCTCCTTCAATAGGGCAAGCTTGTATCTACTATCTTTATCATGTTAATGACTAAAAGCAGAATAATTCTAGATCAAAACTTACTCGGGATTAAGACATGGCGGAAATTTTTAGAGGCTAAC