sp|P37707|B2_DAUCA ----> B2 protein
Intron 1 GTATAAATTG ... TAATGCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.21 | 117.7 | 32 | 33.1 |
| A2 | 16.09 | 82.6 | 23.2 | 14.2 |
| A3 | 18.49 | 154.6 | 42.5 | 32.2 |
| A4 | 21.91 | 107.7 | 30.1 | 28.2 |
| A5 | 10.7 | 59.2 | 18.8 | 6.6 |
| A6 | 20.96 | 115.5 | 23.8 | 26.4 |
| A7 | 15.82 | 274.4 | 72.5 | 47.1 |
| A8 | 17.72 | 155.7 | 45.5 | 30.2 |
| A9 | 18.3 | 220.8 | 73.9 | 46.2 |
| A10 | 15.8 | 220.3 | 56.9 | 37.6 |
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformCTTTATTAACACTGAGCGACAACCCTACCTAGCTCCATCGCCGTGGTCTTTCACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTGAATGCATAGCGATGTGAGTCACATTGCACACCGGTGGTGGAGGGTGGCACCCTCGAGAGCTGTAGGATAAAAGACAACCAAAACGCCTCGAT
TTAAGCGGCAATTTTGGGATAAAACCGATTAAAATTCTGATTGAAAATTGTTATTTTTGTAATGGATTGAATGGATTGTCTGTTCTAGATTAATTGCCTTGCGGAATTGCGGTTTTGACAAGAATTGCTTTGCCGGATTACGGCGAGTCGGGGGTGTTTTAGTTAGCACTTAGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTT
CAGTTTGGCAACCAAATTCTTCTTCAAACCTAGTCCCCTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAATGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGAAGGCAGGCGGTTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCAGAATGGGGCAGAAAAGAGTCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTACCGGTGTTTTGGCT
GGAAGCGAGGTTGAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATATTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCATATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTAT
TTACGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGGTTTCTGCCTGCATTAACGAGCAATGTGACCCACTTCGAGAAAATGATTTTAAACATGTCATAGGAGATAATTATTATGGTCCAAGCAACCACTTCAAATTCGAGCTTGATC
ACCAACAAACACATAACTTGCTTCCGCTGTTTCGGAGAGAACTACACCCACCTCATAAAGGCAAGTTGCCTGTTCCTGAAGTTTTGAATCCTGTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTGGAACACGGTGAAAGCTTGCAAATAGATAGGCAGATGCAATCTCGTGACAGTGATCAGAGATCCCAACATGACAATGGT
GGTAGACGATTGTTGTATGATGAATCAGAACAAGAGGTGGAATTTTATTTGCCCAATGAAATTGATAACGCTCGAACGGAAAGCTATGGGGAAGATCTCTTCATTTCATACTCAGAGCTTCCCTCTCCTTCAGGAAGTGCCGCAGATAGGCCAAGCAGCAGTCTTCCTCCAGATGAAAATTCTTTTGTGACTCTTCAAAG
ACGAAATGCTCCTTCTAAGGGAGAAAGATCATTTGCGAAGGTGGACCTGCAAGGCCCCAAGGAAATCTCTACTGGAAGTTTAGAGGACATTACTGAGCATGCAGACTTAACATTTTGTAAGAAGGAAGGGTGCCGTATTCCTGTCTCTGGATTCCAGAATGACAATAATCAATGCCAAATTCAAGGTTCACCTCCGGAAG
ACAACATCCAGAAATCTAATAATTCCAATCAAGGCAGTGATGTTACAACATCTGGGCTAGAAAAAAATATTTATGAACAAGAGACAGATCAACTTGGGCATGTACTTTTTTCCAAGAACACAGCCTCATGCTTGTTGCATGAAAGAGAGATCCAACATTTATCTGCATCCCTAAAACAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAA
TTGAGGGAAATGGTGAAAGCAGCACAGATTGAGCAACATTGTGAATTACAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGTGGAGATGTATGATCAAACAAAAAGTCAGTGGGCCCTCTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTAGTTTCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCTTCATTGCTCTGGTTGGTGAACAT
GAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAAAGTGGATAGCATCTGCAAACATGCTTGAAAATGTATCGATACCTTTGTGCATAGAAGATCTTATTCCACAATAAGTTTTGTTTGTCTATTATTTTCATTGCAAGGTTGGCACTTGAGTCATAGAAAGTTTCTTAGAGACTGAATTTTAGTC
ACTTGTGGTTTTTGGAAGTATAGAAGCTGCTTTTGATGAAATGTGTTGAGATATGTTTCACAGGAAAAATGGTCAAGAAAACTTTAATTTTAAGGAAAACTAGATAAATATAATGAACATAAGCTATAACTAAACTAAAACTAAAGTCTATTGAACTTTATGTTAATCAACTGGAGACAATTATAATATACATGCTTTTT
ACTAAAAAACTAGATTTATGCTTTGGTGGAGTATAATTAAGATCAAATCTACATCTAGTGTTCTCATGCTTCAATCCTTATGAAACCACCTCTAGAATGTGTTAATCAAATATAAATTTCTCACGTGTCCTCATTTTGAATGTCAGTATGGTAGGGTTCTTTCATGATGTCATGGGAATAAACTTGAAAATTTGGAATGG
CCCATTTTCACTTACTATCACTTTAACCAAGTTATTTCTTCCTCGTCAATGTCCTCATCGTAGGTTCCTTGTGGTTATTGCAAGATCTATAATCTTATGGCC
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTGGATATAGAAAGGATCAAGGCATTTCACACTTATCTGTAATATATGTAAATAATTTGGATGGATGAGAATGGTAGCTAATATCCATGTATTTTGTATATAAAACTGTCTTTCATATGACACTCAAATTTGAACCACATACAACTGCCATATATAATTCATTTGACAAAATATCTGGTTCAGTTATATGCATGAATAGC
AATAATTAGCTAGGTTACTTTGATTTTGTCACAGGATTGCCCAGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTATTTACGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAAC
AATGTATCCAGCACAGgtataaattgcctctaaaagagtgatgactggctttctcaaaatttaacagatttatgtggaaatttattgcattaagcacagttgtgtagaaatccagactatgttgtgttagtaggatgttatgtattgccgtcttattaagttctgatttgcataatgcacttttttttaaagggaaagta
gtcctaggttgtattcccttggcaattatagttctagatgagctctgaatattcttgttataatgcatagGTTTCTGCCTGCATTAACGAGCAATGTGACCCACTTCGAGAAAATGATTTTAAACATGTCATAGGAGATAATTATTATGGTCCAAGCAACCACTTCAAATTCGAGCTTGATCACCAACAAACACATAACT
TGCTTCCGCTGTTTCGGAGAGAACTACACCCACCTCATAAAGGCAAGTTGCCTGTTCCTGAAGTTTTGAATCCTGTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTGGAACACGGTGAAAGCTTGCAAATAGATAGGCAGATGCAATCTCGTGACAGTGATCAGAGATCCCAACATGACAATGGTGGTAGACGATTGTTGTAT
GATGAATCAGAACAAGAGGTGGAATTTTATTTGCCCAATGAAATTGATAACGCTCGAACGGAAAGCTATGGGGAAGATCTCTTCATTTCATACTCAGAGCTTCCCTCTCCTTCAGGAAGTGCCGCAGATAGGCCAAGCAGCAGTCTTCCTCCAGATGAAAATTCTTTTGTGACTCTTCAAAGACGAAATGCTCCTTCTAA
GGGAGAAAGATCATTTGCGAAGGTGGACCTGCAAGGCCCCAAGGAAATCTCTACTGGAAGTTTAGAGGACATTACTGAGCATGCAGACTTAACATTTTGTAAGAAGGAAGGGTGCCGTATTCCTGTCTCTGGATTCCAGAATGACAATAATCAATGCCAAATTCAAGGTTCACCTCCGGAAGACAACATCCAGAAATCTA
ATAATTCCAATCAAGGCAGTGATGTTACAACATCTGGGCTAGAAAAAAATATTTATGAACAAGAGACAGATCAACTTGGGCATGTACTTTTTTCCAAGAACACAGCCTCATGCTTGTTGCATGAAAGAGAGATCCAACATTTATCTGCATCCCTAAAACAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGAAA
GCAGCACAGATTGAGCAACATTGTGAATTACAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGTGGAGATGTATGATCAAACAAAAAGTCAGTGGGCCCTCTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTAGTTTCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCTTCATTGCTCTGGTTGGTGAACATGAGCAAGGTCCTTTTTCT
GATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAAAGTGGATAGCATCTGCAAACATGCTTGAAAATGTATCGATACCTTTGTGCATAGAAGATCTTATTCCACAATAAGTTTTGTTTGTCTATTATTTTCATTGCAAGGTTGGCACTTGAGTCATAGAAAGTTTCTTAGAGACTGAATTTTAGTCACTTGTGGTTTTTGGAAG
TATAGAAGCTGCTTTTGATGAAATGTGTTGAGATATGTTTCACAGGAAAAATGGTCAAGAAAACTTTAATTTTAAGGAAAACTAGATAAATATAATGAACATAAGCTATAACTAAACTAAAACTAAAGTCTATTGAACTTTATGTTAATCAACTGGAGACAATTATAATATACATGCTTTTTACTAAAAAACTAGATTTA
TGCTTTGGTGGAGTATAATTAAGATCAAATCTACATCTAGTGTTCTCATGCTTCAATCCTTATGAAACCACCTCTAGAATGTGTTAATCAAATATAAATTTCTCACGTGTCCTCATTTTGAATGTCAGTATGGTAGGGTTCTTTCATGATGTCATGGGAATAAACTTGAAAATTTGGAATGGCCCATTTTCACTTACTAT
CACTTTAACCAAGTTATTTCTTCCTCGTCAATGTCCTCATCGTAGGTTCCTTGTGGTTATTGCAAGATCTATAATCTTATGGCC
Intron 2 GTATAAATTG ... ATTTTTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 44.71 | 47 | 38 | 8 |
| A2 | 40.58 | 41 | 28 | 2 |
| A3 | 39.39 | 80 | 52 | 2 |
| A4 | 45.35 | 47 | 39 | 2 |
| A5 | 41.82 | 32 | 23 | 0 |
| A6 | 17.07 | 136 | 28 | 5 |
| A7 | 29.7 | 213 | 90 | 8 |
| A8 | 19.1 | 233 | 55 | 13 |
| A9 | 30.41 | 206 | 90 | 6 |
| A10 | 30.42 | 167 | 73 | 12 |
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCTTTATTAACACTGAGCGACAACCCTACCTAGCTCCATCGCCGTGGTCTTTCACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTGAATGCATAGCGATGTGAGTCACATTGCACACCGGTGGTGGAGGGTGGCACCCTCGAGAGCTGTAGGATAAAAGACAACCAAAACGCCTCGAT
TTAAGCGGCAATTTTGGGATAAAACCGATTAAAATTCTGATTGAAAATTGTTATTTTTGTAATGGATTGAATGGATTGTCTGTTCTAGATTAATTGCCTTGCGGAATTGCGGTTTTGACAAGAATTGCTTTGCCGGATTACGGCGAGTCGGGGGTGTTTTAGTTAGCACTTAGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTT
CAGTTTGGCAACCAAATTCTTCTTCAAACCTAGTCCCCTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAATGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGAAGGCAGGCGGTTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCAGAATGGGGCAGAAAAGAGTCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTACCGGTGTTTTGGCT
GGAAGCGAGGTTGAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATATTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCATATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTAT
TTACGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGTGGAGATGTATGATCAAACAAAAAGTCAGTGGGCCCTCTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTAGTTTCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCTTCATTGCTCTGGTTGG
TGAACATGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAAAGTGGATAGCATCTGCAAACATGCTTGAAAATGTATCGATACCTTTGTGCATAGAAGATCTTATTCCACAATAAGTTTTGTTTGTCTATTATTTTCATTGCAAGGTTGGCACTTGAGTCATAGAAAGTTTCTTAGAGACTGAAT
TTTAGTCACTTGTGGTTTTTGGAAGTATAGAAGCTGCTTTTGATGAAATGTGTTGAGATATGTTTCACAGGAAAAATGGTCAAGAAAACTTTAATTTTAAGGAAAACTAGATAAATATAATGAACATAAGCTATAACTAAACTAAAACTAAAGTCTATTGAACTTTATGTTAATCAACTGGAGACAATTATAATATACAT
GCTTTTTACTAAAAAACTAGATTTATGCTTTGGTGGAGTATAATTAAGATCAAATCTACATCTAGTGTTCTCATGCTTCAATCCTTATGAAACCACCTCTAGAATGTGTTAATCAAATATAAATTTCTCACGTGTCCTCATTTTGAATGTCAGTATGGTAGGGTTCTTTCATGATGTCATGGGAATAAACTTGAAAATTT
GGAATGGCCCATTTTCACTTACTATCACTTTAACCAAGTTATTTCTTCCTCGTCAATGTCCTCATCGTAGGTTCCTTGTGGTTATTGCAAGATCTATAATCTTATGGCC
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTATCTGCATCCCTAAAACAGGTGAATATGGACATGTCTGCAATTTTCCATGACTGGATTGTTAGTGCAACAGTGTCTTTTGTGCTTAATTTGTTGTGGGATTATCTTTAAGTTCTGCTCATGTGAATCATCCTGAATGAAATGTATAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGAAAGCAGCACAGA
TTGAGCAACATTGTGAATTACAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGGATTGCCCAGCCGCCATATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTATTTACGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTT
CACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGgtataaattgcctctaaaagagtgatgactggctttctcaaaatttaacagatttatgtggaaatttattgcattaagcacagttgtgtagaaatccagactatgttgtgttagtaggatgttatgtattgccgtcttattaagttctgatttgcataatgcact
tttttttaaagggaaagtagtcctaggttgtattcccttggcaattatagttctagatgagctctgaatattcttgttataatgcataggtttctgcctgcattaacgagcaatgtgacccacttcgagaaaatgattttaaacatgtcataggagataattattatggtccaagcaaccacttcaaattcgagcttgat
caccaacaaacacataacttgcttccgctgtttcggagagaactacacccacctcataaaggcaagttgcctgttcctgaagttttgaatcctgtgtcacccactaggtcctctatgggtctggaacacggtgaaagcttgcaaatagataggcagatgcaatctcgtgacagtgatcagagatcccaacatgacaatgg
tggtagacgattgttgtatgatgaatcagaacaagaggtggaattttatttgcccaatgaaattgataacgctcgaacggaaagctatggggaagatctcttcatttcatactcagagcttccctctccttcaggaagtgccgcagataggccaagcagcagtcttcctccagatgaaaattcttttgtgactcttcaaa
gacgaaatgctccttctaagggagaaagatcatttgcgaaggtggacctgcaaggccccaaggaaatctctactggaagtttagaggacattactgagcatgcagacttaacattttgtaagaaggaagggtgccgtattcctgtctctggattccagaatgacaataatcaatgccaaattcaaggttcacctccggaa
gacaacatccagaaatctaataattccaatcaaggcagtgatgttacaacatctgggctagaaaaaaatatttatgaacaagagacagatcaacttgggcatgtacttttttccaagaacacagcctcatgcttgttgcatgaaagagagatccaacatttatctgcatccctaaaacaaatgtatagatacggcaagag
ggtgtagaattgagggaaatggtggtgaatatggacatgtctgcaattttccatgactggattgttagtgcaacagtgtcttttgtgcttaatttgttgtgggattatctttaagttctgctcatgtgaatcatcctgaatgaaagcagcacagattgagcaacattgtgaattacaaagtgccaatacattactgcaat
ttttgaagTGGAGATGTATGATCAAACAAAAAGTCAGTGGGCCCTCGCAAGTACTGCCTAACAGATAAATAGCGTTGCTGCTTCTCAATTAGTTTAGTGAGGCTTAATTTAATGCCATGTATGCATATTATAGTTAGCAATTAACATCGTGGAGTTTAGGAAATTTTTTGCCTGTGCCTAACTGCTTTTGAAAGCTATAA
ATGCCCAAATATGTAGGGGGATGCTTTATAATGTTAATAAGAAAGCACTTTAACATTGATGGATCGGGGTTGATGCCATTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTAGTTTCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCTTCATTGCTCTGGTTGGTGAACATGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCAT
GTACTGGAAAGTGGATAGCATCTGCAAACATGCTTGAAAATGTATCGATACCTTTGTGCATAGAAGATCTTATTCCACAATAAGTTTTGTTTGTCTATTATTTTCATTGCAAGGTTGGCACTTGAGTCATAGAAAGTTTCTTAGAGACTGAATTTTAGTCACTTGTGGTTTTTGGAAGTATAGAAGCTGCTTTTGATGAA
ATGTGTTGAGATATGTTTCACAGGAAAAATGGTCAAGAAAACTTTAATTTTAAGGAAAACTAGATAAATATAATGAACATAAGCTATAACTAAACTAAAACTAAAGTCTATTGAACTTTATGTTAATCAACTGGAGACAATTATAATATACATGCTTTTTACTAAAAAACTAGATTTATGCTTTGGTGGAGTATAATTAA
GATCAAATCTACATCTAGTGTTCTCATGCTTCAATCCTTATGAAACCACCTCTAGAATGTGTTAATCAAATATAAATTTCTCACGTGTCCTCATTTTGAATGTCAGTATGGTAGGGTTCTTTCATGATGTCATGGGAATAAACTTGAAAATTTGGAATGGCCCATTTTCACTTACTATCACTTTAACCAAGTTATTTCTT
CCTCGTCAATGTCCTCATCGTAGGTTCCTTGTGGTTATTGCAAGATCTATAATCTTATGGCC
Intron 3 GTTTCTGCCT ... ATTTTTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 67.16 | 47 | 131.3 | 61 |
| A2 | 60.19 | 41 | 93 | 31 |
| A3 | 60.63 | 79.3 | 173 | 71 |
| A4 | 62.31 | 46 | 120 | 32 |
| A5 | 59.3 | 32 | 66.3 | 27 |
| A6 | 50.62 | 136 | 132.8 | 146 |
| A7 | 55.52 | 212.5 | 307.5 | 223 |
| A8 | 51.77 | 232.8 | 175.8 | 324 |
| A9 | 53.8 | 206.5 | 245 | 236 |
| A10 | 55.43 | 166.8 | 246.8 | 168 |
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCTTTATTAACACTGAGCGACAACCCTACCTAGCTCCATCGCCGTGGTCTTTCACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTGAATGCATAGCGATGTGAGTCACATTGCACACCGGTGGTGGAGGGTGGCACCCTCGAGAGCTGTAGGATAAAAGACAACCAAAACGCCTCGAT
TTAAGCGGCAATTTTGGGATAAAACCGATTAAAATTCTGATTGAAAATTGTTATTTTTGTAATGGATTGAATGGATTGTCTGTTCTAGATTAATTGCCTTGCGGAATTGCGGTTTTGACAAGAATTGCTTTGCCGGATTACGGCGAGTCGGGGGTGTTTTAGTTAGCACTTAGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTT
CAGTTTGGCAACCAAATTCTTCTTCAAACCTAGTCCCCTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAATGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGAAGGCAGGCGGTTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCAGAATGGGGCAGAAAAGAGTCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTACCGGTGTTTTGGCT
GGAAGCGAGGTTGAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATATTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCATATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTAT
TTACGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGTGGAGATGTATGATCAAACAAAAAGTCAGTGGGCCCTCTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTAGTTTCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCTTCATTGCTCTGGTTGG
TGAACATGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAAAGTGGATAGCATCTGCAAACATGCTTGAAAATGTATCGATACCTTTGTGCATAGAAGATCTTATTCCACAATAAGTTTTGTTTGTCTATTATTTTCATTGCAAGGTTGGCACTTGAGTCATAGAAAGTTTCTTAGAGACTGAAT
TTTAGTCACTTGTGGTTTTTGGAAGTATAGAAGCTGCTTTTGATGAAATGTGTTGAGATATGTTTCACAGGAAAAATGGTCAAGAAAACTTTAATTTTAAGGAAAACTAGATAAATATAATGAACATAAGCTATAACTAAACTAAAACTAAAGTCTATTGAACTTTATGTTAATCAACTGGAGACAATTATAATATACAT
GCTTTTTACTAAAAAACTAGATTTATGCTTTGGTGGAGTATAATTAAGATCAAATCTACATCTAGTGTTCTCATGCTTCAATCCTTATGAAACCACCTCTAGAATGTGTTAATCAAATATAAATTTCTCACGTGTCCTCATTTTGAATGTCAGTATGGTAGGGTTCTTTCATGATGTCATGGGAATAAACTTGAAAATTT
GGAATGGCCCATTTTCACTTACTATCACTTTAACCAAGTTATTTCTTCCTCGTCAATGTCCTCATCGTAGGTTCCTTGTGGTTATTGCAAGATCTATAATCTTATGGCC
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTTATTAACACTGAGCGACAACCCTACCTAGCTCCATCGCCGTGGTCTTTCACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTGAATGCATAGCGATGTGAGTCACATTGCACACCGGTGGTGGAGGGTGGCACCCTCGAGAGCTGTAGGATAAAAGACAACCAAAACGCCTCGAT
TTAAGCGGCAATTTTGGGATAAAACCGATTAAAATTCTGATTGAAAATTGTTATTTTTGTAATGGATTGAATGGATTGTCTGTTCTAGATTAATTGCCTTGCGGAATTGCGGTTTTGACAAGAATTGCTTTGCCGGATTACGGCGAGTCGGGGGTGTTTTAGTTAGCACTTAGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTT
CAGTTTGGCAACCAAATTCTTCTTCAAACCTAGTCCCCTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAATGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGAAGGCAGGCGGTTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCAGAATGGGGCAGAAAAGAGTCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTACCGGTGTTTTGGCT
GGAAGCGAGGTTGAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATATTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCATATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTAT
TTACGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGgtttctgcctgcattaacgagcaatgtgacccacttcgagaaaatgattttaaacatgtcataggagataattattatggtccaagcaaccacttcaaattcgagcttgatc
accaacaaacacataacttgcttccgctgtttcggagagaactacacccacctcataaaggcaagttgcctgttcctgaagttttgaatcctgtgtcacccactaggtcctctatgggtctggaacacggtgaaagcttgcaaatagataggcagatgcaatctcgtgacagtgatcagagatcccaacatgacaatggt
ggtagacgattgttgtatgatgaatcagaacaagaggtggaattttatttgcccaatgaaattgataacgctcgaacggaaagctatggggaagatctcttcatttcatactcagagcttccctctccttcaggaagtgccgcagataggccaagcagcagtcttcctccagatgaaaattcttttgtgactcttcaaag
acgaaatgctccttctaagggagaaagatcatttgcgaaggtggacctgcaaggccccaaggaaatctctactggaagtttagaggacattactgagcatgcagacttaacattttgtaagaaggaagggtgccgtattcctgtctctggattccagaatgacaataatcaatgccaaattcaaggttcacctccggaag
acaacatccagaaatctaataattccaatcaaggcagtgatgttacaacatctgggctagaaaaaaatatttatgaacaagagacagatcaacttgggcatgtacttttttccaagaacacagcctcatgcttgttgcatgaaagagagatccaacatttatctgcatccctaaaacagatacggcaagagggtgtagaa
ttgagggaaatggtgaaagcagcacagattgagcaacattgtgaattacaaagtgccaatacattactgcaatttttgaagTGGAGATGTATGATCAAACAAAAAGTCAGTGGGCCCTCTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTAGTTTCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCTTCATTGCTCTGGTTGGTGAACAT
GAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAAAGTGGATAGCATCTGCAAACATGCTTGAAAATGTATCGATACCTTTGTGCATAGAAGATCTTATTCCACAATAAGTTTTGTTTGTCTATTATTTTCATTGCAAGGTTGGCACTTGAGTCATAGAAAGTTTCTTAGAGACTGAATTTTAGTC
ACTTGTGGTTTTTGGAAGTATAGAAGCTGCTTTTGATGAAATGTGTTGAGATATGTTTCACAGGAAAAATGGTCAAGAAAACTTTAATTTTAAGGAAAACTAGATAAATATAATGAACATAAGCTATAACTAAACTAAAACTAAAGTCTATTGAACTTTATGTTAATCAACTGGAGACAATTATAATATACATGCTTTTT
ACTAAAAAACTAGATTTATGCTTTGGTGGAGTATAATTAAGATCAAATCTACATCTAGTGTTCTCATGCTTCAATCCTTATGAAACCACCTCTAGAATGTGTTAATCAAATATAAATTTCTCACGTGTCCTCATTTTGAATGTCAGTATGGTAGGGTTCTTTCATGATGTCATGGGAATAAACTTGAAAATTTGGAATGG
CCCATTTTCACTTACTATCACTTTAACCAAGTTATTTCTTCCTCGTCAATGTCCTCATCGTAGGTTCCTTGTGGTTATTGCAAGATCTATAATCTTATGGCC
Intron 4 GTATAAATTG ... ATTTTTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 51.3 | 47 | 38 | 61 |
| A2 | 41.84 | 41 | 28 | 31 |
| A3 | 43.46 | 80 | 52 | 71 |
| A4 | 43.03 | 47 | 39 | 32 |
| A5 | 43.86 | 32 | 23 | 27 |
| A6 | 39.01 | 136 | 28 | 146 |
| A7 | 42.35 | 213 | 90 | 223 |
| A8 | 44.85 | 233 | 55 | 324 |
| A9 | 44.17 | 206 | 90 | 236 |
| A10 | 41.91 | 167 | 73 | 168 |
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCTTTATTAACACTGAGCGACAACCCTACCTAGCTCCATCGCCGTGGTCTTTCACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTGAATGCATAGCGATGTGAGTCACATTGCACACCGGTGGTGGAGGGTGGCACCCTCGAGAGCTGTAGGATAAAAGACAACCAAAACGCCTCGAT
TTAAGCGGCAATTTTGGGATAAAACCGATTAAAATTCTGATTGAAAATTGTTATTTTTGTAATGGATTGAATGGATTGTCTGTTCTAGATTAATTGCCTTGCGGAATTGCGGTTTTGACAAGAATTGCTTTGCCGGATTACGGCGAGTCGGGGGTGTTTTAGTTAGCACTTAGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTT
CAGTTTGGCAACCAAATTCTTCTTCAAACCTAGTCCCCTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAATGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGAAGGCAGGCGGTTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCAGAATGGGGCAGAAAAGAGTCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTACCGGTGTTTTGGCT
GGAAGCGAGGTTGAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATATTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCATATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTAT
TTACGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGTGGAGATGTATGATCAAACAAAAAGTCAGTGGGCCCTCTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTAGTTTCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCTTCATTGCTCTGGTTGG
TGAACATGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAAAGTGGATAGCATCTGCAAACATGCTTGAAAATGTATCGATACCTTTGTGCATAGAAGATCTTATTCCACAATAAGTTTTGTTTGTCTATTATTTTCATTGCAAGGTTGGCACTTGAGTCATAGAAAGTTTCTTAGAGACTGAAT
TTTAGTCACTTGTGGTTTTTGGAAGTATAGAAGCTGCTTTTGATGAAATGTGTTGAGATATGTTTCACAGGAAAAATGGTCAAGAAAACTTTAATTTTAAGGAAAACTAGATAAATATAATGAACATAAGCTATAACTAAACTAAAACTAAAGTCTATTGAACTTTATGTTAATCAACTGGAGACAATTATAATATACAT
GCTTTTTACTAAAAAACTAGATTTATGCTTTGGTGGAGTATAATTAAGATCAAATCTACATCTAGTGTTCTCATGCTTCAATCCTTATGAAACCACCTCTAGAATGTGTTAATCAAATATAAATTTCTCACGTGTCCTCATTTTGAATGTCAGTATGGTAGGGTTCTTTCATGATGTCATGGGAATAAACTTGAAAATTT
GGAATGGCCCATTTTCACTTACTATCACTTTAACCAAGTTATTTCTTCCTCGTCAATGTCCTCATCGTAGGTTCCTTGTGGTTATTGCAAGATCTATAATCTTATGGCC
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTGGATATAGAAAGGATCAAGGCATTTCACACTTATCTGTAATATATGTAAATAATTTGGATGGATGAGAATGGTAGCTAATATCCATGTATTTTGTATATAAAACTGTCTTTCATATGACACTCAAATTTGAACCACATACAACTGCCATATATAATTCATTTGACAAAATATCTGGTTCAGTTATATGCATGAATAGC
AATAATTAGCTAGGTTACTTTGATTTTGTCACAGGATTGCCCAGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTATTTACGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAAC
AATGTATCCAGCACAGgtataaattgcctctaaaagagtgatgactggctttctcaaaatttaacagatttatgtggaaatttattgcattaagcacagttgtgtagaaatccagactatgttgtgttagtaggatgttatgtattgccgtcttattaagttctgatttgcataatgcacttttttttaaagggaaagta
gtcctaggttgtattcccttggcaattatagttctagatgagctctgaatattcttgttataatgcataggtttctgcctgcattaacgagcaatgtgacccacttcgagaaaatgattttaaacatgtcataggagataattattatggtccaagcaaccacttcaaattcgagcttgatcaccaacaaacacataact
tgcttccgctgtttcggagagaactacacccacctcataaaggcaagttgcctgttcctgaagttttgaatcctgtgtcacccactaggtcctctatgggtctggaacacggtgaaagcttgcaaatagataggcagatgcaatctcgtgacagtgatcagagatcccaacatgacaatggtggtagacgattgttgtat
gatgaatcagaacaagaggtggaattttatttgcccaatgaaattgataacgctcgaacggaaagctatggggaagatctcttcatttcatactcagagcttccctctccttcaggaagtgccgcagataggccaagcagcagtcttcctccagatgaaaattcttttgtgactcttcaaagacgaaatgctccttctaa
gggagaaagatcatttgcgaaggtggacctgcaaggccccaaggaaatctctactggaagtttagaggacattactgagcatgcagacttaacattttgtaagaaggaagggtgccgtattcctgtctctggattccagaatgacaataatcaatgccaaattcaaggttcacctccggaagacaacatccagaaatcta
ataattccaatcaaggcagtgatgttacaacatctgggctagaaaaaaatatttatgaacaagagacagatcaacttgggcatgtacttttttccaagaacacagcctcatgcttgttgcatgaaagagagatccaacatttatctgcatccctaaaacagatacggcaagagggtgtagaattgagggaaatggtgaaa
gcagcacagattgagcaacattgtgaattacaaagtgccaatacattactgcaatttttgaagTGGAGATGTATGATCAAACAAAAAGTCAGTGGGCCCTCTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTAGTTTCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCTTCATTGCTCTGGTTGGTGAACATGAGCAAGGTCCTTTTTCT
GATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAAAGTGGATAGCATCTGCAAACATGCTTGAAAATGTATCGATACCTTTGTGCATAGAAGATCTTATTCCACAATAAGTTTTGTTTGTCTATTATTTTCATTGCAAGGTTGGCACTTGAGTCATAGAAAGTTTCTTAGAGACTGAATTTTAGTCACTTGTGGTTTTTGGAAG
TATAGAAGCTGCTTTTGATGAAATGTGTTGAGATATGTTTCACAGGAAAAATGGTCAAGAAAACTTTAATTTTAAGGAAAACTAGATAAATATAATGAACATAAGCTATAACTAAACTAAAACTAAAGTCTATTGAACTTTATGTTAATCAACTGGAGACAATTATAATATACATGCTTTTTACTAAAAAACTAGATTTA
TGCTTTGGTGGAGTATAATTAAGATCAAATCTACATCTAGTGTTCTCATGCTTCAATCCTTATGAAACCACCTCTAGAATGTGTTAATCAAATATAAATTTCTCACGTGTCCTCATTTTGAATGTCAGTATGGTAGGGTTCTTTCATGATGTCATGGGAATAAACTTGAAAATTTGGAATGGCCCATTTTCACTTACTAT
CACTTTAACCAAGTTATTTCTTCCTCGTCAATGTCCTCATCGTAGGTTCCTTGTGGTTATTGCAAGATCTATAATCTTATGGCC
Intron 5 GTTTCTGCCC ... TCTGGGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.36 | 65 | 138.3 | 107 |
| A2 | 61.82 | 54.7 | 93 | 84 |
| A3 | 64 | 81.3 | 178 | 111 |
| A4 | 61.9 | 63.7 | 119.3 | 87 |
| A5 | 68.9 | 25.7 | 68 | 45 |
| A6 | 67.93 | 44.7 | 128 | 61 |
| A7 | 62.53 | 129 | 310.3 | 120 |
| A8 | 64.13 | 70 | 172 | 78 |
| A9 | 61.88 | 112 | 239.3 | 124 |
| A10 | 66.86 | 99.3 | 243.3 | 157 |
>TRINITY_DN106412_c1_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoformCAACCCTACCTAGCTCCATCGCCGTGGTCTTTCACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTGAATGCATAGCGATGTGAGTCACATTGCACACCGGTGGTGGAGGGTGGCACCCTCGAGAGCTGTAGGATAAAAGACAACCAAAACGCCTCGATTTAAGCGGCAATTTTGGGA
TAAAACCGATTAAAATTCTGATTGAAAATTGTTATTTTTGTAATGGATTGAATGGATTGTCTGTTCTAGATTAATTGCCTTGCGGAATTGCGGTTTTGACAAGAATTGCTTTGCCGGATTACGGCGAGTCGGGGGTGTTTTAGTTAGCACTTAGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTC
TTCTTCAAACCTAGTCCCCTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAATGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGAAGGCAGGCGGTTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCAGAATGGGGCAGAAAAGAGTCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTACCGGTGTTTTGGCTGGAAGCGAGGTTGAATTCC
GGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATATTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTATTTACGAAGCAATTAGTGAT
GGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGCTACACCCACCTCATAAAAGCAAGTTCTCTATTCCTGAAGTTTTGAATCCCTTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTAGAACAAGGTGAAAACTTGCAAATAGATAGCCAGTTGCAATCTCCAGCCAG
TCATCAGAGATTCCAAGATGAGAACGGTGGCAGACGATTGTTGTATGATGAATCAGAACAAGAGGCGGAATTTTATTTGCCCAATGAATTTGATAATGCTGGAACAGAAATCTATGGGGAAGGTCTCTGCATTTCAGACTCAGAGCTTCCCTCTCCTGCAGGAAGTGCCTCAAGTAGGCCAAGCAGCAGTCTTCTTCCAG
AGGAAAATTCTTTTGCGACTCTTCAAGCACCAAATGCTCCTTCCATGAACACAGCCTCCTACTTGTTTCATGAAAGAGAGATTCAACATTTATCTGCATCTCTAAAACAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGGAAGCAGCACAGGTTGAGCAACATCGTGAATTGCAAAGTGCCAATACATTACTG
CAATTTTTGAAGATGAAGATTGATTCAGAAGTTTCATCCCTAAGGACAGAGGTAGCTGAGCTGCGAGAACAAATGAGGATTTTTTTCTCAGAAAAACATGAAGAAAATATGAAAGATTTTGAAACAAGTTGCATACCAGATTCTGGATCTGCTCCCACACACAACAGTAGCTCTGCTGTCTATATTATAGGTGGCCGTAG
TGGAAATCAGTGGGTTGAAACAGTGGACATTTTTTGCCCACCAGAAAACAATCTGAAGCCTGCATTTCCTATGCGTACACCTCGTCCTTTTCCTGCTGCAATTGCTTTTGACAAGTGCATATATGTTCTTGGAGGAGGACACGAGAGTTCATGGTTTGACATTGTGGAGATGTATGATCAAACGAAAGGTCAATGGACCC
TTTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTGGTTGCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCCTCATTGCTCTGGGTGGTGAAAATGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAGAGTGGATAGTATCTGCAAACATGCTTGAAAAGCGATCATTTCCAGCAGCTGTGGAGCTTGGTGGTGCT
GTTTATTCATTGGGTGGCTTTGATGGTTCTCGATACTTGAGGACTGTTGAGCGGCTAGATTCACGCCAGGGTTCTTGGACAAGTATTGCATCAATGAATAGTCCACGAGCAGCTATGCTCTTGGAGGTTTTGATGGTCAAAGTTTCTTAAATACTGTAGAAGTTTACGATCAACGAGCTAATAAGTGGGAAGAGGCAGTT
CCAACGAGCATACAACGAGCTCATGGAGCAGCAGTGGTTGTACACAATCTTCTCTATCTTATTGGTGGATTGTCTGACCGCAACAAACCCATTGAATTTATGGAATGCTACCAAGATGGTAAGGGATGGCAAGCACTTGGACCTGCCCCAATAGGAAAACGTTGCTATATGTCAGCTGTGGTTCTTTAGCTCATGATCAT
TATAATTGGTGAATGGAAAAAACTTCCACTACTGGATTAATCCATCGCTAGATACAATCCCCATGAAGGTGCCGGTTGTGCGCTTGCTTTTAGCACCTGTGAATAGTAAAGCTTGTGTATACAATGTACACATGAAACGGGCTGGAAAGACCAGCAATGCAAATCGCATTTTGGAAAACCTTCCCCAAGGAATAGAAATG
ATTCTATCACTATGCTTCAAAGTTCAAAAGTCTTCTGAAAATTAGTTTATGATGCCTCTGCTGGCCATAAAACACAGTGGGATGCATTCATGTCCAGTGTAGATACTATGACATTGAATCTCAGTGCAATCGAATGCATAGTTGTTAGATCATAAATGATGGTAATATATGTTAGAGTTTGCA
>TRINITY_DN106412_c1_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:CAACCCTACCTAGCTCCATCGCCGTGGTCTTTCACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTGAATGCATAGCGATGTGAGTCACATTGCACACCGGTGGTGGAGGGTGGCACCCTCGAGAGCTGTAGGATAAAAGACAACCAAAACGCCTCGATTTAAGCGGCAATTTTGGGA
TAAAACCGATTAAAATTCTGATTGAAAATTGTTATTTTTGTAATGGATTGAATGGATTGTCTGTTCTAGATTAATTGCCTTGCGGAATTGCGGTTTTGACAAGAATTGCTTTGCCGGATTACGGCGAGTCGGGGGTGTTTTAGTTAGCACTTAGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTC
TTCTTCAAACCTAGTCCCCTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAATGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGAAGGCAGGCGGTTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCAGAATGGGGCAGAAAAGAGTCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTACCGGTGTTTTGGCTGGAAGCGAGGTTGAATTCC
GGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATATTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAGGGTATGCACCTATTTCTGTTCAACTATACAGACAGGAAGTTACATGGTGTTTATGAAGCAATTAGTGAT
GGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGgtttctgcccgcattgacaagcaatgtgaatcacttcgagaaaatgattttaaacatgtcataagagataattattatggtcaaagcaaccacttcaaatttgagcttgatcaccaacagacatataactt
gattatgctgtttctggggcagCTACACCCACCTCATAAAAGCAAGTTCTCTATTCCTGAAGTTTTGAATCCCTTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTAGAACAAGGTGAAAACTTGCAAATAGATAGCCAGTTGCAATCTCCAGCCAGTCATCAGAGATTCCAAGATGAGAACGGTGGCAGACGATTGTTGTATG
ATGAATCAGAACAAGAGGCGGAATTTTATTTGCCCAATGAATTTGATAATGCTGGAACAGAAATCTATGGGGAAGGTCTCTGCATTTCAGACTCAGAGCTTCCCTCTCCTGCAGGAAGTGCCTCAAGTAGGCCAAGCAGCAGTCTTCTTCCAGAGGAAAATTCTTTTGCGACTCTTCAAGCACCAAATGCTCCTTCCATG
AACACAGCCTCCTACTTGTTTCATGAAAGAGAGATTCAACATTTATCTGCATCTCTAAAACAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGGAAGCAGCACAGGTTGAGCAACATCGTGAATTGCAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGATGAAGATTGATTCAGAAGTTTCATCCCTAAGGAC
AGAGGTAGCTGAGCTGCGAGAACAAATGAGGATTTTTTTCTCAGAAAAACATGAAGAAAATATGAAAGATTTTGAAACAAGTTGCATACCAGATTCTGGATCTGCTCCCACACACAACAGTAGCTCTGCTGTCTATATTATAGGTGGCCGTAGTGGAAATCAGTGGGTTGAAACAGTGGACATTTTTTGCCCACCAGAAA
ACAATCTGAAGCCTGCATTTCCTATGCGTACACCTCGTCCTTTTCCTGCTGCAATTGCTTTTGACAAGTGCATATATGTTCTTGGAGGAGGACACGAGAGTTCATGGTTTGACATTGTGGAGATGTATGATCAAACGAAAGGTCAATGGACCCTTTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTGGTTGCCTAGCAGGAGTGACA
ATTAGTCAAGGCCTCATTGCTCTGGGTGGTGAAAATGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAGAGTGGATAGTATCTGCAAACATGCTTGAAAAGCGATCATTTCCAGCAGCTGTGGAGCTTGGTGGTGCTGTTTATTCATTGGGTGGCTTTGATGGTTCTCGATACTTGAGGACTGT
TGAGCGGCTAGATTCACGCCAGGGTTCTTGGACAAGTATTGCATCAATGAATAGTCCACGAGCAGGCCTGTCTGCTGCATCATTCAATGGGAAGATCTATGCTCTTGGAGGTTTTGATGGTCAAAGTTTCTTAAATACTGTAGAAGTTTACGATCAACGAGCTAATAAGTGGGAAGAGGCAGTTCCAACGAGCATACAAC
GAGCTCATGGAGCAGCAGTGGTTGTACACAATCTTCTCTATCTTATTGGTGGATTGTCTGACCGCAACAAACCCATTGAATTTATGGAATGCTACCAAGATGGTAAGGGATGGCAAGCACTTGGACCTGCCCCAATAGGAAAACGTTGCTATATGTCAGCTGTGGTTCTTTAGCTCATGATCATTATAATTGGTGAATGG
AAAAAACTTCCACTACTGGATTAATCCATCGCTAGATACAATCCCCATGAAGGTGCCGGTTGTGCGCTTGCTTTTAGCACCTGTGAATAGTAAAGCTTGTGTATACAATGTACACATGAAACGGGCTGGAAAGACCAGCAATGCAAATCGCATTTTGGAAAACCTTCCCCAAGGAATAGAAATGATTCTATCACTATGCT
TCAAAGTTCAAAAGTCTTCTGAAAATTAGTTTATGATGCCTCTGCTGGCCATAAAACACAGTGGGATGCATTCATGTCCAGTGTAGATACTATGACATTGAATCTCAGTGCAATCGAATGCATAGTTGTTAGATCATAAATGATGGTAATATATGTTAGAGTTTGCA
Intron 6 GCCTGTCTGC ... ATTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.63 | 39 | 61 | 19 |
| A2 | 64.58 | 17 | 43 | 19 |
| A3 | 52.94 | 32 | 51 | 21 |
| A4 | 44.59 | 41 | 55 | 11 |
| A5 | 57.58 | 14 | 21 | 17 |
| A6 | 57.27 | 47 | 104 | 22 |
| A7 | 53.46 | 74 | 134 | 36 |
| A8 | 43.13 | 120 | 126 | 56 |
| A9 | 45.63 | 84 | 104 | 37 |
| A10 | 48.24 | 66 | 83 | 40 |
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoformTGCATGTCCCCGAAAAACCCTCTTAAAGCCACCGAGGGATATCTAAACGAAATGAGAGGTATATCTCCCCGAAAAACACTCTTGATTAACACTGAGCGACAAGTCTAGCTCCGTCGCTCGCCGTGGTCTTTTCACACCGACAGGACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTG
AATGCATAGCGATGTCTACATTCTGTACGGTACTTTGATTGCACACCGGTGGTGGACGGTGGCACTTTGGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTCTCCTTCAAACCTAGTCCATACCTGTATTGTACGGAATTTTCTTCAATCTTTGAACGTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAA
TGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGATGGCAGGTAATTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCGGGAGTGGGACCAGAATGGGGCAGAAAGAAATCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTCCCGGTGTTTTGGCTGGAAGTGAGGAGAAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATA
TTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAGGGTATGCACCTATTTCTGTTCAACTATACAGACAGGAAGTTACATGGTGTTTATGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTC
ACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGGTTTCTGCCCGCATTGACAAGCAATGTGAATCACTTCGAGAAAATGATTTTAAACATGTCATAAGAGATAATTATTATGGTCAAAGCAACCACTTCAAATTTGAGCTTGATCACCAACAGACATATAACTTGATTATGCTGTTTCTGGGGCAGCTACACCCACCTC
ATAAAAGCAAGTTCTCTATTCCTGAAGTTTTGAATCCCTTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTAGAACAAGGTGAAAACTTGCAAATAGATAGCCAGTTGCAATCTCCAGCCAGTCATCAGAGATTCCAAGATGAGAACGGTGGCAGACGATTGTTGTATGATGAATCAGAACAAGAGGCGGAATTTTATTTGCCC
AATGAATTTGATAATGCTGGAACAGAAATCTATGGGGAAGGTCTCTGCATTTCAGACTCAGAGCTTCCCTCTCCTGCAGGAAGTGCCTCAAGTAGGCCAAGCAGCAGTCTTCTTCCAGAGGAAAATTCTTTTGCGACTCTTCAAGCACCAAATGCTCCTTCCATGAACACAGCCTCCTACTTGTTTCATGAAAGAGAGAT
TCAACATTTATCTGCATCTCTAAAACAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGGAAGCAGCACAGGTTGAGCAACATCGTGAATTGCAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGATGAAGATTGATTCAGAAGTTTCATCCCTAAGGACAGAGGTAGCTGAGCTGCGAGAACAAATGAGGATTT
TTTTCTCAGAAAAACATGAAGAAAATATGAAAGATTTTGAAACAAGTTGCATACCAGATTCTGGATCTGCTCCCACACACAACAGTAGCTCTGCTGTCTATATTATAGGTGGCCGTAGTGGAAATCAGTGGGTTGAAACAGTGGACATTTTTTGCCCACCAGAAAACAATCTGAAGCCTGCATTTCCTATGCGTACACCT
CGTCCTTTTCCTGCTGCAATTGCTTTTGACAAGTGCATATATGTTCTTGGAGGAGGACACGAGAGTTCATGGTTTGACATTGTGGAGATGTATGATCAAACGAAAGGTCAATGGACCCTTTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTGGTTGCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCCTCATTGCTCTGGGTGGTGAAAA
TGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAGAGTGGATAGTATCTGCAAACATGCTTGAAAAGCGATCATTTCCAGCAGCTGTGGAGCTTGGTGGTGCTGTTTATTCATTGGGTGGCTTTGATGGTTCTCGATACTTGAGGACTGTTGAGCGGCTAGATTCACGCCAGGGTTCTTGGACAA
GTATTGCATCAATGAATAGTCCACGAGCAGCTATGCTCTTGGAGGTTTTGATGGTCAAAGTTTCTTAAATACTGTAGAAGTTTACGATCAACGAGCTAATAAGTGGGAAGAGGCAGTTCCAACGAGCATACAACGAGCTCATGGAGCAGCAGTGGTTGTACACAATCTTCTCTATCTTATTGGTGGATTGTCTGACCGCA
ACAAACCCATTGAATTTATGGAATGCTACCAAGATGGTAAGGGATGGCAAGCACTTGGACCTGCCCCAATAGGAAAACGTTGCTATATGTCAGCTGTGGTTCTTTAGCTCATGATCATTATAATTGGTGAATGGAAAAAACTTCCACTACTGGATTAATCCATCGCTAGATACAATCCCCATGAAGGTGCCGGTTGTGCG
CTTGCTTTTAGCACCTGTGAATAGTAAAGCTTGTGTATACAATGTACACATGAAACGGGCTGGAAAGACCAGCAATGCAAATCGCATTTTGGAAAACCTTCCCCAAGGAATAGAAATGATTCTATCACTATGCTTCAAAGTTCAAAAGTCTTCTGAAAATTAGTTTATGATGCCTCTGCTGGCCATAAAACACAGTGGGA
TGCATTCATGTCCAGTGTAGATACTATGACATTGAATCTCAGTGCAATCGAATGCAT
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGCATGTCCCCGAAAAACCCTCTTAAAGCCACCGAGGGATATCTAAACGAAATGAGAGGTATATCTCCCCGAAAAACACTCTTGATTAACACTGAGCGACAAGTCTAGCTCCGTCGCTCGCCGTGGTCTTTTCACACCGACAGGACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTG
AATGCATAGCGATGTCTACATTCTGTACGGTACTTTGATTGCACACCGGTGGTGGACGGTGGCACTTTGGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTCTCCTTCAAACCTAGTCCATACCTGTATTGTACGGAATTTTCTTCAATCTTTGAACGTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAA
TGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGATGGCAGGTAATTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCGGGAGTGGGACCAGAATGGGGCAGAAAGAAATCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTCCCGGTGTTTTGGCTGGAAGTGAGGAGAAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATA
TTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAGGGTATGCACCTATTTCTGTTCAACTATACAGACAGGAAGTTACATGGTGTTTATGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTC
ACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGGTTTCTGCCCGCATTGACAAGCAATGTGAATCACTTCGAGAAAATGATTTTAAACATGTCATAAGAGATAATTATTATGGTCAAAGCAACCACTTCAAATTTGAGCTTGATCACCAACAGACATATAACTTGATTATGCTGTTTCTGGGGCAGCTACACCCACCTC
ATAAAAGCAAGTTCTCTATTCCTGAAGTTTTGAATCCCTTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTAGAACAAGGTGAAAACTTGCAAATAGATAGCCAGTTGCAATCTCCAGCCAGTCATCAGAGATTCCAAGATGAGAACGGTGGCAGACGATTGTTGTATGATGAATCAGAACAAGAGGCGGAATTTTATTTGCCC
AATGAATTTGATAATGCTGGAACAGAAATCTATGGGGAAGGTCTCTGCATTTCAGACTCAGAGCTTCCCTCTCCTGCAGGAAGTGCCTCAAGTAGGCCAAGCAGCAGTCTTCTTCCAGAGGAAAATTCTTTTGCGACTCTTCAAGCACCAAATGCTCCTTCCATGAACACAGCCTCCTACTTGTTTCATGAAAGAGAGAT
TCAACATTTATCTGCATCTCTAAAACAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGGAAGCAGCACAGGTTGAGCAACATCGTGAATTGCAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGATGAAGATTGATTCAGAAGTTTCATCCCTAAGGACAGAGGTAGCTGAGCTGCGAGAACAAATGAGGATTT
TTTTCTCAGAAAAACATGAAGAAAATATGAAAGATTTTGAAACAAGTTGCATACCAGATTCTGGATCTGCTCCCACACACAACAGTAGCTCTGCTGTCTATATTATAGGTGGCCGTAGTGGAAATCAGTGGGTTGAAACAGTGGACATTTTTTGCCCACCAGAAAACAATCTGAAGCCTGCATTTCCTATGCGTACACCT
CGTCCTTTTCCTGCTGCAATTGCTTTTGACAAGTGCATATATGTTCTTGGAGGAGGACACGAGAGTTCATGGTTTGACATTGTGGAGATGTATGATCAAACGAAAGGTCAATGGACCCTTTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTGGTTGCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCCTCATTGCTCTGGGTGGTGAAAA
TGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAGAGTGGATAGTATCTGCAAACATGCTTGAAAAGCGATCATTTCCAGCAGCTGTGGAGCTTGGTGGTGCTGTTTATTCATTGGGTGGCTTTGATGGTTCTCGATACTTGAGGACTGTTGAGCGGCTAGATTCACGCCAGGGTTCTTGGACAA
GTATTGCATCAATGAATAGTCCACGAGCAGgcctgtctgctgcatcattcaatgggaagatgtattcatgttatagttctagattcttacaaagaattttgaatgctgtttttacttttgcaaaaactactacaatcagcattagttgttatactgaggtttttctataaatttattgtgaatggattcttgcagCTATG
CTCTTGGAGGTTTTGATGGTCAAAGTTTCTTAAATACTGTAGAAGTTTACGATCAACGAGCTAATAAGTGGGAAGAGGCAGTTCCAACGAGCATACAACGAGCTCATGGAGCAGCAGTGGTTGTACACAATCTTCTCTATCTTATTGGTGGATTGTCTGACCGCAACAAACCCATTGAATTTATGGAATGCTACCAAGAT
GGTAAGGGATGGCAAGCACTTGGACCTGCCCCAATAGGAAAACGTTGCTATATGTCAGCTGTGGTTCTTTAGCTCATGATCATTATAATTGGTGAATGGAAAAAACTTCCACTACTGGATTAATCCATCGCTAGATACAATCCCCATGAAGGTGCCGGTTGTGCGCTTGCTTTTAGCACCTGTGAATAGTAAAGCTTGTG
TATACAATGTACACATGAAACGGGCTGGAAAGACCAGCAATGCAAATCGCATTTTGGAAAACCTTCCCCAAGGAATAGAAATGATTCTATCACTATGCTTCAAAGTTCAAAAGTCTTCTGAAAATTAGTTTATGATGCCTCTGCTGGCCATAAAACACAGTGGGATGCATTCATGTCCAGTGTAGATACTATGACATTGA
ATCTCAGTGCAATCGAATGCAT
Intron 7 GTCAATATGG ... AAATGTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.04 | 130 | 31 | 8 |
| A2 | 22.14 | 51 | 17 | 12 |
| A3 | 14 | 86 | 21 | 7 |
| A4 | 18.42 | 62 | 25 | 3 |
| A5 | 16.98 | 44 | 17 | 1 |
| A6 | 17.07 | 85 | 23 | 12 |
| A7 | 19.71 | 112 | 19 | 36 |
| A8 | 11.92 | 133 | 23 | 13 |
| A9 | 12.39 | 152 | 31 | 12 |
| A10 | 20.93 | 119 | 40 | 23 |
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoformTGCATGTCCCCGAAAAACCCTCTTAAAGCCACCGAGGGATATCTAAACGAAATGAGAGGTATATCTCCCCGAAAAACACTCTTGATTAACACTGAGCGACAAGTCTAGCTCCGTCGCTCGCCGTGGTCTTTTCACACCGACAGGACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTG
AATGCATAGCGATGTCTACATTCTGTACGGTACTTTGATTGCACACCGGTGGTGGACGGTGGCACTTTGGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTCTCCTTCAAACCTAGTCCATACCTGTATTGTACGGAATTTTCTTCAATCTTTGAACGTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAA
TGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGATGGCAGGTAATTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCGGGAGTGGGACCAGAATGGGGCAGAAAGAAATCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTCCCGGTGTTTTGGCTGGAAGTGAGGAGAAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATA
TTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAGGGTATGCACCTATTTCTGTTCAACTATACAGACAGGAAGTTACATGGTGTTTATGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTC
ACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGGTTTCTGCCCGCATTGACAAGCAATGTGAATCACTTCGAGAAAATGATTTTAAACATGTCATAAGAGATAATTATTATGGTCAAAGCAACCACTTCAAATTTGAGCTTGATCACCAACAGACATATAACTTGATTATGCTGTTTCTGGGGCAGCTACACCCACCTC
ATAAAAGCAAGTTCTCTATTCCTGAAGTTTTGAATCCCTTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTAGAACAAGGTGAAAACTTGCAAATAGATAGCCAGTTGCAATCTCCAGCCAGTCATCAGAGATTCCAAGATGAGAACGGTGGCAGACGATTGTTGTATGATGAATCAGAACAAGAGGCGGAATTTTATTTGCCC
AATGAATTTGATAATGCTGGAACAGAAATCTATGGGGAAGGTCTCTGCATTTCAGACTCAGAGCTTCCCTCTCCTGCAGGAAGTGCCTCAAGTAGGCCAAGCAGCAGTCTTCTTCCAGAGGAAAATTCTTTTGCGACTCTTCAAGCACCAAATGCTCCTTCCATGAACACAGCCTCCTACTTGTTTCATGAAAGAGAGAT
TCAACATTTATCTGCATCTCTAAAACAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGGAAGCAGCACAGGTTGAGCAACATCGTGAATTGCAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGATGAAGATTGATTCAGAAGTTTCATCCCTAAGGACAGAGGTAGCTGAGCTGCGAGAACAAATGAGGATTT
TTTTCTCAGAAAAACATGAAGAAAATATGAAAGATTTTGAAACAAGTTGCATACCAGATTCTGGATCTGCTCCCACACACAACAGTAGCTCTGCTGTCTATATTATAGGTGGCCGTAGTGGAAATCAGTGGGTTGAAACAGTGGACATTTTTTGCCCACCAGAAAACAATCTGAAGCCTGCATTTCCTATGCGTACACCT
CGTCCTTTTCCTGCTGCAATTGCTTTTGACAAGTGCATATATGTTCTTGGAGGAGGACACGAGAGTTCATGGTTTGACATTGTGGAGATGTATGATCAAACGAAAGGTCAATGGACCCTTTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTGGTTGCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCCTCATTGCTCTGGGTGGTGAAAA
TGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAGAGTGGATAGTATCTGCAAACATGCTTGAAAAGCGATCATTTCCAGCAGCTGTGGAGCTTGGTGGTGCTGTTTATTCATTGGGTGGCTTTGATGGTTCTCGATACTTGAGGACTGTTGAGCGGCTAGATTCACGCCAGGGTTCTTGGACAA
GTATTGCATCAATGAATAGTCCACGAGCAGGCCTGTCTGCTGCATCATTCAATGGGAAGATGTATTCATGTTATAGTTCTAGATTCTTACAAAGAATTTTGAATGCTGTTTTTACTTTTGCAAAAACTACTACAATCAGCATTAGTTGTTATACTGAGGTTTTTCTATAAATTTATTGTGAATGGATTCTTGCAGCTATG
CTCTTGGAGGTTTTGATGGTCAAAGTTTCTTAAATACTGTAGAAGTTTACGATCAACGAGCTAATAAGTGGGAAGAGGCAGTTCCAACGAGCATACAACGAGCTCATGGAGCAGCAGTGGTTGTACACAATCTTCTCTATCTTATTGGTGGATTGTCTGACCGCAACAAACCCATTGAATTTATGGAATGCTACCAAGAT
GGTAAGGGATGGCAAGCACTTGGACCTGCCCCAATAGGAAAACGTTGCTATATGTCAGCTGTGGTTCTTTAGCTCATGATCATTATAATTGGTGAATGGAAAAAACTTCCACTACTGGATTAATCCATCGCTAGATACAATCCCCATGAAGGTGCCGGTTGTGCGCTTGCTTTTAGCACCTGTGAATAGTAAAGCTTGTG
TATACAATGTACACATGAAACGGGCTGGAAAGACCAGCAATGCAAATCGCATTTTGGAAAACCTTCCCCAAGGAATAGAAATGATTCTATCACTATGCTTCAAAGTTCAAAAGTCTTCTGAAAATTAGTTTATGATGCCTCTGCTGGCCATAAAACACAGTGGGATGCATTCATGTCCAGTGTAGATACTATGACATTGA
ATCTCAGTGCAATCGAATGCAT
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGCATGTCCCCGAAAAACCCTCTTAAAGCCACCGAGGGATATCTAAACGAAATGAGAGGTATATCTCCCCGAAAAACACTCTTGATTAACACTGAGCGACAAGTCTAGCTCCGTCGCTCGCCGTGGTCTTTTCACACCGACAGGACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTG
AATGCATAGCGATGTAAATGTATAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGAAAGCAGCACAGATTGAGCAACATTGTGAATTACAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGACTACATTCTGTACGGTACTTTGATTGCACACCGGTGGTGGACGGTGGCACTTTGAGAGAGCCGAATGCATTAAAG
AATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTCTCCTTCAAACCTAGTCCATACCTGTATTGTACGGAATTTTCTTCAATCTTTGAACGTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAATGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGATGGCAGGTAATTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCGGGAGTGGGACCAGA
ATGGGGCAGAAAGAAATCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTCCCGGTGTTTTGGCTGGAAGTGAGGAGAAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATATTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCACTATGGTCTATGTGCAAAACA
TTAAAAAGGGTATGCACCTATTTCTGTTCAACTATACAGACAGGAAGTTACATGGTGTTTATGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGGTTTCTGCCCGCATTGACAAGCAATGTGAATCACTTCGAGAAAATGATTTTAAA
CATGTCATAAGAGATAATTATTATGGTCAAAGCAACCACTTCAAATTTGAGCTTGATCACCAACAGACATATAACTTGATTATGCTGTTTCTGGGGCAGCTACACCCACCTCATAAAAGCAAGTTCTCTATTCCTGAAGTTTTGAATCCCTTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTAGAACAAGGTGAAAACTTGCA
AATAGATAGCCAGTTGCAATCTCCAGCCAGTCATCAGAGATTCCAAGATGAGAACGGTGGCAGACGATTGTTGTATGATGAATCAGAACAAGAGGCGGAATTTTATTTGCCCAATGAATTTGATAATGCTGGAACAGAAATCTATGGGGAAGGTCTCTGCATTTCAGACTCAGAGCTTCCCTCTCCTGCAGGAAGTGCCT
CAAGTAGGCCAAGCAGCAGTCTTCTTCCAGAGGAAAATTCTTTTGCGACTCTTCAAGCACCAAATGCTCCTTCCATGAACACAGCCTCCTACTTGTTTCATGAAAGAGAGATTCAACATTTATCTGCATCTCTAAAACAGgtcaatatggacatgtctgcaatttaccatgactggattgtttgtgcaccagtgcctttt
gtgcttaatttattgtgggcttatttttatgttctatgagctcatgtgaatcatcctgaatgaaatgtatagATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGGAAGCAGCACAGGTTGAGCAACATCGTGAATTGCAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGGCAAGTACTGCCTAACAGATAAATAG
CGTTGCTGCTTCTCAATTAGTTTAGTGAGGCTTAATTTAATGCCATGTATGCATATTATAGTTAGCAATTAACATCGTGGAGTTTAGGAAATTTTTTGCCTGTGCCTAACTGCTTTTGAAAGCTATAAATGCCCAAATATGTAGGGGGATGCTTTATAATGTTAATAAGAAAGCACTTTAACATTGATGGATCGGGGTTG
ATGCCAT
Intron 8 GTGAATATGG ... AAATGTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.98 | 117.5 | 42.6 | 13.2 |
| A2 | 29.17 | 55.4 | 23.6 | 12.6 |
| A3 | 23.55 | 82.1 | 26.1 | 10.7 |
| A4 | 26.51 | 43.4 | 16.3 | 3.5 |
| A5 | 21.66 | 22.8 | 6.4 | 1.9 |
| A6 | 28.58 | 107.6 | 44.5 | 12.7 |
| A7 | 24.92 | 185.8 | 63.9 | 39.5 |
| A8 | 28.62 | 247.6 | 103.1 | 18.1 |
| A9 | 23.17 | 184.9 | 57.2 | 13.5 |
| A10 | 27.92 | 148.7 | 59.7 | 24.1 |
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoformTTGGATATAGAAAGGATCAAGGCATTTCACACTTATCTGTAATATATGTAAATAATTTGGATGGATGAGAATGGTAGCTAATATCCATGTATTTTGTATATAAAACTGTCTTTCATATGACACTCAAATTTGAACCACATACAACTGCCATATATAATTCATTTGACAAAATATCTGGTTCAGTTATATGCATGAATAGC
AATAATTAGCTAGGTTACTTTGATTTTGTCACAGGATTGCCCAGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTATTTACGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAAC
AATGTATCCAGCACAGGTATAAATTGCCTCTAAAAGAGTGATGACTGGCTTTCTCAAAATTTAACAGATTTATGTGGAAATTTATTGCATTAAGCACAGTTGTGTAGAAATCCAGACTATGTTGTGTTAGTAGGATGTTATGTATTGCCGTCTTATTAAGTTCTGATTTGCATAATGCACTTTTTTTTAAAGGGAAAGTA
GTCCTAGGTTGTATTCCCTTGGCAATTATAGTTCTAGATGAGCTCTGAATATTCTTGTTATAATGCATAGGTTTCTGCCTGCATTAACGAGCAATGTGACCCACTTCGAGAAAATGATTTTAAACATGTCATAGGAGATAATTATTATGGTCCAAGCAACCACTTCAAATTCGAGCTTGATCACCAACAAACACATAACT
TGCTTCCGCTGTTTCGGAGAGAACTACACCCACCTCATAAAGGCAAGTTGCCTGTTCCTGAAGTTTTGAATCCTGTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTGGAACACGGTGAAAGCTTGCAAATAGATAGGCAGATGCAATCTCGTGACAGTGATCAGAGATCCCAACATGACAATGGTGGTAGACGATTGTTGTAT
GATGAATCAGAACAAGAGGTGGAATTTTATTTGCCCAATGAAATTGATAACGCTCGAACGGAAAGCTATGGGGAAGATCTCTTCATTTCATACTCAGAGCTTCCCTCTCCTTCAGGAAGTGCCGCAGATAGGCCAAGCAGCAGTCTTCCTCCAGATGAAAATTCTTTTGTGACTCTTCAAAGACGAAATGCTCCTTCTAA
GGGAGAAAGATCATTTGCGAAGGTGGACCTGCAAGGCCCCAAGGAAATCTCTACTGGAAGTTTAGAGGACATTACTGAGCATGCAGACTTAACATTTTGTAAGAAGGAAGGGTGCCGTATTCCTGTCTCTGGATTCCAGAATGACAATAATCAATGCCAAATTCAAGGTTCACCTCCGGAAGACAACATCCAGAAATCTA
ATAATTCCAATCAAGGCAGTGATGTTACAACATCTGGGCTAGAAAAAAATATTTATGAACAAGAGACAGATCAACTTGGGCATGTACTTTTTTCCAAGAACACAGCCTCATGCTTGTTGCATGAAAGAGAGATCCAACATTTATCTGCATCCCTAAAACAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGAAA
GCAGCACAGATTGAGCAACATTGTGAATTACAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGTGGAGATGTATGATCAAACAAAAAGTCAGTGGGCCCTCTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTAGTTTCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCTTCATTGCTCTGGTTGGTGAACATGAGCAAGGTCCTTTTTCT
GATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAAAGTGGATAGCATCTGCAAACATGCTTGAAAATGTATCGATACCTTTGTGCATAGAAGATCTTATTCCACAATAAGTTTTGTTTGTCTATTATTTTCATTGCAAGGTTGGCACTTGAGTCATAGAAAGTTTCTTAGAGACTGAATTTTAGTCACTTGTGGTTTTTGGAAG
TATAGAAGCTGCTTTTGATGAAATGTGTTGAGATATGTTTCACAGGAAAAATGGTCAAGAAAACTTTAATTTTAAGGAAAACTAGATAAATATAATGAACATAAGCTATAACTAAACTAAAACTAAAGTCTATTGAACTTTATGTTAATCAACTGGAGACAATTATAATATACATGCTTTTTACTAAAAAACTAGATTTA
TGCTTTGGTGGAGTATAATTAAGATCAAATCTACATCTAGTGTTCTCATGCTTCAATCCTTATGAAACCACCTCTAGAATGTGTTAATCAAATATAAATTTCTCACGTGTCCTCATTTTGAATGTCAGTATGGTAGGGTTCTTTCATGATGTCATGGGAATAAACTTGAAAATTTGGAATGGCCCATTTTCACTTACTAT
CACTTTAACCAAGTTATTTCTTCCTCGTCAATGTCCTCATCGTAGGTTCCTTGTGGTTATTGCAAGATCTATAATCTTATGGCC
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTATCTGCATCCCTAAAACAGgtgaatatggacatgtctgcaattttccatgactggattgttagtgcaacagtgtcttttgtgcttaatttgttgtgggattatctttaagttctgctcatgtgaatcatcctgaatgaaatgtatagATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGAAAGCAGCACAGA
TTGAGCAACATTGTGAATTACAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGGATTGCCCAGCCGCCATATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTATTTACGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTT
CACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGGTATAAATTGCCTCTAAAAGAGTGATGACTGGCTTTCTCAAAATTTAACAGATTTATGTGGAAATTTATTGCATTAAGCACAGTTGTGTAGAAATCCAGACTATGTTGTGTTAGTAGGATGTTATGTATTGCCGTCTTATTAAGTTCTGATTTGCATAATGCACT
TTTTTTTAAAGGGAAAGTAGTCCTAGGTTGTATTCCCTTGGCAATTATAGTTCTAGATGAGCTCTGAATATTCTTGTTATAATGCATAGGTTTCTGCCTGCATTAACGAGCAATGTGACCCACTTCGAGAAAATGATTTTAAACATGTCATAGGAGATAATTATTATGGTCCAAGCAACCACTTCAAATTCGAGCTTGAT
CACCAACAAACACATAACTTGCTTCCGCTGTTTCGGAGAGAACTACACCCACCTCATAAAGGCAAGTTGCCTGTTCCTGAAGTTTTGAATCCTGTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTGGAACACGGTGAAAGCTTGCAAATAGATAGGCAGATGCAATCTCGTGACAGTGATCAGAGATCCCAACATGACAATGG
TGGTAGACGATTGTTGTATGATGAATCAGAACAAGAGGTGGAATTTTATTTGCCCAATGAAATTGATAACGCTCGAACGGAAAGCTATGGGGAAGATCTCTTCATTTCATACTCAGAGCTTCCCTCTCCTTCAGGAAGTGCCGCAGATAGGCCAAGCAGCAGTCTTCCTCCAGATGAAAATTCTTTTGTGACTCTTCAAA
GACGAAATGCTCCTTCTAAGGGAGAAAGATCATTTGCGAAGGTGGACCTGCAAGGCCCCAAGGAAATCTCTACTGGAAGTTTAGAGGACATTACTGAGCATGCAGACTTAACATTTTGTAAGAAGGAAGGGTGCCGTATTCCTGTCTCTGGATTCCAGAATGACAATAATCAATGCCAAATTCAAGGTTCACCTCCGGAA
GACAACATCCAGAAATCTAATAATTCCAATCAAGGCAGTGATGTTACAACATCTGGGCTAGAAAAAAATATTTATGAACAAGAGACAGATCAACTTGGGCATGTACTTTTTTCCAAGAACACAGCCTCATGCTTGTTGCATGAAAGAGAGATCCAACATTTATCTGCATCCCTAAAACAAATGTATAGATACGGCAAGAG
GGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGGTGAATATGGACATGTCTGCAATTTTCCATGACTGGATTGTTAGTGCAACAGTGTCTTTTGTGCTTAATTTGTTGTGGGATTATCTTTAAGTTCTGCTCATGTGAATCATCCTGAATGAAAGCAGCACAGATTGAGCAACATTGTGAATTACAAAGTGCCAATACATTACTGCAAT
TTTTGAAGTGGAGATGTATGATCAAACAAAAAGTCAGTGGGCCCTCGCAAGTACTGCCTAACAGATAAATAGCGTTGCTGCTTCTCAATTAGTTTAGTGAGGCTTAATTTAATGCCATGTATGCATATTATAGTTAGCAATTAACATCGTGGAGTTTAGGAAATTTTTTGCCTGTGCCTAACTGCTTTTGAAAGCTATAA
ATGCCCAAATATGTAGGGGGATGCTTTATAATGTTAATAAGAAAGCACTTTAACATTGATGGATCGGGGTTGATGCCATTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTAGTTTCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCTTCATTGCTCTGGTTGGTGAACATGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCAT
GTACTGGAAAGTGGATAGCATCTGCAAACATGCTTGAAAATGTATCGATACCTTTGTGCATAGAAGATCTTATTCCACAATAAGTTTTGTTTGTCTATTATTTTCATTGCAAGGTTGGCACTTGAGTCATAGAAAGTTTCTTAGAGACTGAATTTTAGTCACTTGTGGTTTTTGGAAGTATAGAAGCTGCTTTTGATGAA
ATGTGTTGAGATATGTTTCACAGGAAAAATGGTCAAGAAAACTTTAATTTTAAGGAAAACTAGATAAATATAATGAACATAAGCTATAACTAAACTAAAACTAAAGTCTATTGAACTTTATGTTAATCAACTGGAGACAATTATAATATACATGCTTTTTACTAAAAAACTAGATTTATGCTTTGGTGGAGTATAATTAA
GATCAAATCTACATCTAGTGTTCTCATGCTTCAATCCTTATGAAACCACCTCTAGAATGTGTTAATCAAATATAAATTTCTCACGTGTCCTCATTTTGAATGTCAGTATGGTAGGGTTCTTTCATGATGTCATGGGAATAAACTTGAAAATTTGGAATGGCCCATTTTCACTTACTATCACTTTAACCAAGTTATTTCTT
CCTCGTCAATGTCCTCATCGTAGGTTCCTTGTGGTTATTGCAAGATCTATAATCTTATGGCC
Intron 9 GTTATAGTTC ... ATTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 54 | 35 | 19 |
| A2 | 31.79 | 59 | 36 | 19 |
| A3 | 23.93 | 89 | 35 | 21 |
| A4 | 27.94 | 49 | 27 | 11 |
| A5 | 31.87 | 31 | 12 | 17 |
| A6 | 25.8 | 128 | 67 | 22 |
| A7 | 29.25 | 156 | 93 | 36 |
| A8 | 24.57 | 198 | 73 | 56 |
| A9 | 21.41 | 167 | 54 | 37 |
| A10 | 26.04 | 142 | 60 | 40 |
>TRINITY_DN47505_c0_g1_i9 from sample A10 / Example spliced isoformACTTATGCTCAGAAAGAGTTGCTACGGTGTTTGATAAATTCTCATTTTAGAGTTACTTTACAAATAACATTTGATGGTTACCTTGTATGAATGCTGACCTTGTTGAAGTTTCCATCTAGGACTGTTGAGCGGCTAGATTCACGCCAGGGTTCTTGGACAAGTATTGCATCAATGAATAGTCCACGAGCAGGCCTGTCTGC
TGCATCATTCAATGGGAAGATGTATTCATCTATGCTCTTGGAGGTTTTGATGGTCAAAGTTTCTTAAATACTGTAGAAGTTTACGATCAACGAGCTAATAAGTGGGAAGAGGCAGTTCCAACGAGCATACAACGAGCTCATGGAGCAGCAGTGGTTGTACACAATCTTCTCTATCTTATTGGTGGATTGTCTGACCGCAA
CAAACCCATTGAATTTATGGAATGCTACCAAGATGGTAAGGGATGGCAAGCACTTGGACCTGCCCCAATAGGAAAACGTTGCTATATGTCAGCTGTGGTTCTTTAGCTCATGATCATTATAATTGGTGAATGGAAAAAACTTCCACTACTGGATTAATCCATCGCTAGATACAATCCCCATGAAGGTGCCGGTTGTGCGC
TTGCTTTTAGCACCTGTGAATAGTAAAGCTTGTGTATACAATGTACACATGAAACGGGCTGGAAAGACCAGCAATGCAAATCGCATTTTGGAAAACCTTCCCCAAGGAATAGAAATGATTCTATCACTATGCTTCAAAGTTCAAAAGTCTTCTGAAAATTAGTTTATGATGCCTCTGCTGGCCATAAAACACAGTGGGAT
GCATTCATGTCCAGTGTAGATACTATGACATTGAATCTCAGTGCAATCGAATGCATAGTTGTTAGATCATAAATGATGGTAATATATGTTAGAGTTTGCAC
>TRINITY_DN47505_c0_g1_i12 from sample A10 / Example unspliced isoform:CCTACCTAGCTCCATCGCCGTGGTCTTTCACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTCTCTTTTTTAATTATTTAAATCCCTTGCTTTGAATGCATAGCGATGTGAGTCACATTGCACACCGGTGGTGGAGGGTGGCACCCTCGAGAGCTGTAGGATAAAAGACAACCAAAACGCCTCGATTTAAGCGGCAATTTTGGGATAAA
ACCGATTAAAATTCTGATTGAAAATTGTTATTTTTGTAATGGATTGAATGGATTGTCTGTTCTAGATTAATTGCCTTGCGGAATTGCGGTTTTGACAAGAATTGCTTTGCCGGATTACGGCGAGTCGGGGGTGTTTTAGTTAGCACTTAGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTCTTCT
TCAAACCTAGTCCCCTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAATGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGAAGGCAGGCGGTTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCAGAATGGGGCAGAAAAGAGTCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTACCGGTGTTTTGGCTGGAAGCGAGGTTGAATTCCGGTT
ACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATATTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCATATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTATTTACGAAGCAATTAGTGATGGTA
AGAAGAATATAGATACAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGGTTTCTGCCTGCATTAACGAGCAATGTGACCCACTTCGAGAAAATGATTTTAAACATGTCATAGGAGATAATTATTATGGTCCAAGCAACCACTTCAAATTCGAGCTTGATCACCAACAAACACATAACTTGCTT
CCGCTGTTTCGGAGAGAACTACACCCACCTCATAAAGGCAAGTTGCCTGTTCCTGAAGTTTTGAATCCTGTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTGGAACACGGTGAAAGCTTGCAAATAGATAGGCAGATGCAATCTCGTGACAGTGATCAGAGATCCCAACATGACAATGGTGGTAGACGATTGTTGTATGATGA
ATCAGAACAAGAGGTGGAATTTTATTTGCCCAATGAAATTGATAACGCTCGAACGGAAAGCTATGGGGAAGATCTCTTCATTTCATACTCAGAGCTTCCCTCTCCTTCAGGAAGTGCCGCAGATAGGCCAAGCAGCAGTCTTCCTCCAGATGAAAATTCTTTTGTGACTCTTCAAAGACGAAATGCTCCTTCTAAGGGAG
AAAGATCATTTGCGAAGGTGGACCTGCAAGGCCCCAAGGAAATCTCTACTGGAAGTTTAGAGGACATTACTGAGCATGCAGACTTAACATTTTGTAAGAAGGAAGGGTGCCGTATTCCTGTCTCTGGATTCCAGAATGACAATAATCAATGCCAAATTCAAGGTTCACCTCCGGAAGACAACATCCAGAAATCTAATAAT
TCCAATCAAGGCAGTGATGTTACAACATCTGGGCTAGAAAAAAATATTTATGAACAAGAGACAGATCAACTTGGGCATGTACTTTTTTCCAAGAACACAGCCTCATGCTTGTTGCATGAAAGAGAGATCCAACATTTATCTGCATCCCTAAAACAGGTGAATATGGACATGTCTGCAATTTTCCATGACTGGATTGTTAG
TGCAACAGTGTCTTTTGTGCTTAATTTGTTGTGGGATTATCTTTAAGTTCTGCTCATGTGAATCATCCTGAATGAAATATATAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGAAAGCAGCACAGATTGAGCAACATTGTGAATTACAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGATGAAGATTGATTC
AGAAGTTTCATCCCTAAGGACAGAGGTAGCTGAGCTGCGAGAACAAGTGAGATTTTCCTCAGAAAACCAGGAAATATGAAAGGTTTACCAGCCTCTGGATCTGCTTCCACACACAACAGCAGCTTTGCTGTCTATGACTCTATATTATAGGCGGCCTTAGTGAAAATCAGTGGCTTGAAACAGTGGACGTTTTTTTCCCA
GCAGTCAACAATCTGAAGTTTGCATTTCCCATGCTTACGCCTCGTCCTTTTCCTGCTGCAATTGCTTTTGATAAGTGCATATATGCTCTTGGAGGAGGGGACAGGAGTTCACTGTTTGACATTGTGGAGATGTATGATCAAACGAAAGGTCAATGGACCCTTTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTGGTTGCCTAGCAGG
AGTGACAATTAGTCAAGGCCTCATTGCTCTGGGTGGTGAAAATGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAGAGTGGATAGTATCTGCAAACATGCTTGAAAAGCGATCATTTCCAGCAGCTGTGGAGCTTGGTGGTGCTGTTTATTCATTGGGTGGCTTTGATGGTTCTCGATACTTGA
GGACTGTTGAGCGGCTAGATTCACGCCAGGGTTCTTGGACAAGTATTGCATCAATGAATAGTCCACGAGCAGGCCTGTCTGCTGCATCATTCAATGGGAAGATGTATTCATgttatagttctagattcttacaaagaattttgaatgctgtttttacttttgcaaaaactactacaatcagcattagttgttatactgag
gtttttctataaatttattgtgaatggattcttgcagCTATGCTCTTGGAGGTTTTGATGGTCAAAGTTTCTTAAATACTGTAGAAGTTTACGATCAACGAGCTAATAAGTGGGAAGAGGCAGTTCCAACGAGCATACAACGAGCTCATGGAGCAGCAGTGGTTGTACACAATCTTCTCTATCTTATTGGTGGATTGTCT
GACCGCAACAAACCCATTGAATTTATGGAATGCTACCAAGATGGTAAGGGATGGCAAGCACTTGGACCTGCCCCAATAGGAAAACGTTGCTATATGTCAGCTGTGGTTCTTTAGCTCATGATCATTATAATTGGTGAATGGAAAAAACTTCCACTACTGGATTAATCCATCGCTAGATACAATCCCCATGAAGGTGCCGG
TTGTGCGCTTGCTTTTAGCACCTGTGAATAGTAAAGCTTGTGTATACAATGTACACATGAAACGGGCTGGAAAGACCAGCAATGCAAATCGCATTTTGGAAAACCTTCCCCAAGGAATAGAAATGATTCTATCACTATGCTTCAAAGTTCAAAAGTCTTCTGAAAATTAGTTTATGATGCCTCTGCTGGCCATAAAACAC
AGTGGGATGCATTCATGTCCAGTGTAGATACTATGACATTGAATCTCAGTGCAATCGAATGCATAGTTGTTAGATCATAAATGATGGTAATATATGTTAGAGTTTGCAC
Intron 10 GTAACATTTA ... GGTTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.32 | 84 | 20 | 40 |
| A2 | 27.84 | 92 | 35 | 36 |
| A3 | 23.55 | 125 | 34 | 43 |
| A4 | 23.35 | 64 | 12 | 27 |
| A5 | 20 | 56 | 14 | 14 |
| A6 | 20.33 | 196 | 35 | 65 |
| A7 | 20.52 | 306 | 49 | 109 |
| A8 | 18.56 | 340 | 35 | 120 |
| A9 | 21.19 | 279 | 56 | 94 |
| A10 | 21.68 | 251 | 53 | 86 |
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoformTGCATGTCCCCGAAAAACCCTCTTAAAGCCACCGAGGGATATCTAAACGAAATGAGAGGTATATCTCCCCGAAAAACACTCTTGATTAACACTGAGCGACAAGTCTAGCTCCGTCGCTCGCCGTGGTCTTTTCACACCGACAGGACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTG
AATGCATAGCGATGTCTACATTCTGTACGGTACTTTGATTGCACACCGGTGGTGGACGGTGGCACTTTGGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTCTCCTTCAAACCTAGTCCATACCTGTATTGTACGGAATTTTCTTCAATCTTTGAACGTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAA
TGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGATGGCAGGTAATTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCGGGAGTGGGACCAGAATGGGGCAGAAAGAAATCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTCCCGGTGTTTTGGCTGGAAGTGAGGAGAAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATA
TTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAGGGTATGCACCTATTTCTGTTCAACTATACAGACAGGAAGTTACATGGTGTTTATGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTC
ACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGGTTTCTGCCCGCATTGACAAGCAATGTGAATCACTTCGAGAAAATGATTTTAAACATGTCATAAGAGATAATTATTATGGTCAAAGCAACCACTTCAAATTTGAGCTTGATCACCAACAGACATATAACTTGATTATGCTGTTTCTGGGGCAGCTACACCCACCTC
ATAAAAGCAAGTTCTCTATTCCTGAAGTTTTGAATCCCTTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTAGAACAAGGTGAAAACTTGCAAATAGATAGCCAGTTGCAATCTCCAGCCAGTCATCAGAGATTCCAAGATGAGAACGGTGGCAGACGATTGTTGTATGATGAATCAGAACAAGAGGCGGAATTTTATTTGCCC
AATGAATTTGATAATGCTGGAACAGAAATCTATGGGGAAGGTCTCTGCATTTCAGACTCAGAGCTTCCCTCTCCTGCAGGAAGTGCCTCAAGTAGGCCAAGCAGCAGTCTTCTTCCAGAGGAAAATTCTTTTGCGACTCTTCAAGCACCAAATGCTCCTTCCATGAACACAGCCTCCTACTTGTTTCATGAAAGAGAGAT
TCAACATTTATCTGCATCTCTAAAACAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGGAAGCAGCACAGGTTGAGCAACATCGTGAATTGCAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGATGAAGATTGATTCAGAAGTTTCATCCCTAAGGACAGAGGTAGCTGAGCTGCGAGAACAAATGAGGATTT
TTTTCTCAGAAAAACATGAAGAAAATATGAAAGATTTTGAAACAAGTTGCATACCAGATTCTGGATCTGCTCCCACACACAACAGTAGCTCTGCTGTCTATATTATAGGTGGCCGTAGTGGAAATCAGTGGGTTGAAACAGTGGACATTTTTTGCCCACCAGAAAACAATCTGAAGCCTGCATTTCCTATGCGTACACCT
CGTCCTTTTCCTGCTGCAATTGCTTTTGACAAGTGCATATATGTTCTTGGAGGAGGACACGAGAGTTCATGGTTTGACATTGTGGAGATGTATGATCAAACGAAAGGTCAATGGACCCTTTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTGGTTGCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCCTCATTGCTCTGGGTGGTGAAAA
TGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAGAGTGGATAGTATCTGCAAACATGCTTGAAAAGCGATCATTTCCAGCAGCTGTGGAGCTTGGTGGTGCTGTTTATTCATTGGGTGGCTTTGATGGTTCTCGATACTTGAGGACTGTTGAGCGGCTAGATTCACGCCAGGGTTCTTGGACAA
GTATTGCATCAATGAATAGTCCACGAGCAGGCCTGTCTGCTGCATCATTCAATGGGAAGATGTATTCATGTTATAGTTCTAGATTCTTACAAAGAATTTTGAATGCTGTTTTTACTTTTGCAAAAACTACTACAATCAGCATTAGTTGTTATACTGAGGTTTTTCTATAAATTTATTGTGAATGGATTCTTGCAGCTATG
CTCTTGGAGGTTTTGATGGTCAAAGTTTCTTAAATACTGTAGAAGTTTACGATCAACGAGCTAATAAGTGGGAAGAGGCAGTTCCAACGAGCATACAACGAGCTCATGGAGCAGCAGTGGTTGTACACAATCTTCTCTATCTTATTGGTGGATTGTCTGACCGCAACAAACCCATTGAATTTATGGAATGCTACCAAGAT
GGTAAGGGATGGCAAGCACTTGGACCTGCCCCAATAGGAAAACGTTGCTATATGTCAGCTGTGGTTCTTTAGCTCATGATCATTATAATTGGTGAATGGAAAAAACTTCCACTACTGGATTAATCCATCGCTAGATACAATCCCCATGAAGGTGCCGGTTGTGCGCTTGCTTTTAGCACCTGTGAATAGTAAAGCTTGTG
TATACAATGTACACATGAAACGGGCTGGAAAGACCAGCAATGCAAATCGCATTTTGGAAAACCTTCCCCAAGGAATAGAAATGATTCTATCACTATGCTTCAAAGTTCAAAAGTCTTCTGAAAATTAGTTTATGATGCCTCTGCTGGCCATAAAACACAGTGGGATGCATTCATGTCCAGTGTAGATACTATGACATTGA
ATCTCAGTGCAATCGAATGCAT
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATGAGGATTTTTTTCTCAGAAAAACATGAAGAAAATATGAAAGATTTTGAAACAAGTTGCATACCAGATTCTGGATCTGCTCCCACACACAACAGTAGCTCTGCTGTCTATATTATAGGTGGCCGTAGTGGAAATCAGTGGGTTGAAACAGTGGACATTTTTTGCCCACCAGAAAACAATCTGAAGCCTGCATTTCCTAT
GCGTACACCTCGTCCTTTTCCTGCTGCAATTGCTTTTGACAAGTGCATATATGTTCTTGGAGGAGGACACGAGAGTTCATGGTTTGACATTGgtaacatttattttcctattgcaacatactttcgtaaaatcttatcagaaaaggcaagctatcaaattattcctgaaaatgatgtaaagcaaccaaaatattagtttg
agtactttttgaatacaaatgaccaatttccatcctgtattaataacatagcatagttgtgttctatttattgttactgcttcaagtatattcttgtaataattattttattgagttgatccaactccattctttaatggttatgcagTGGAGATGTATGATCAAACGAAAGGTCAATGGACCCTTTGCTCTCCTATGAA
TTTAAGGCGTGGTTGCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCCTCATTGCTCTGGGTGGTGAAAATGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAGAGTGGATAGTATCTGCAAACATGCTTGAAAAGCGATCATTTCCAGCAGCTGTGGAGCTTGGTGGTGCTGTTTATTCATTGGGTG
GCTTTGATGGTTCTCGATACTTGAGGACTGTTGAGCGGCTAGATTCACGCCAGGGTTCTTGGACAAGTATTGCATCAATGAATAGTCCACGAGCAGGCCTGTCTGCTGCATCATTCAATGGGAAGATCTATGCTCTTGGAGGTTTTGATGGTCAAAGTTTCTTAAATACTGTAGAAGTTTACGATCAACGAGCTAATAAG
TGGGAAGAGGCAGTTCCAACGAGCATACAACGAGCTCATGGAGCAGCAGTGGTTGTACACAATCTTCTCTATCTTATTGGTGGATTGTCTGACCGCAACAAACCCATTGAATTTATGGAATGCTACCAAGATGGTAAGGGATGGCAAGCACTTGGACCTGCCCCAATAGGAAAACGTTGCTATATGTCAGCTGTGGTTCT
TTAGCTCATGATCATTATAATTGGTGAATGGAAAAAACTTCCACTACTGGATTAATCCATCGCTAGATACAATCCCCATGAAGGTGCCGGTTGTGCGCTTGCTTTTAGCACCTGTGAATAGTAAAGCTTGTGTATACAATGTACACATGAAACGGGCTGGAAAGACCAGCAATGCAAATCGCATTTTGGAAAACCTTCCC
CAAGGAATAGAAATGATTCTATCACTATGCTTCAAAGTTCAAAAGTCTTCTGAAAATTAGTTTATGATGCCTCTGCTGGCCATAAAACACAGTGGGATGCATTCATGTCCAGTGTAGATACTATGACATTGAATCTCAGTGCAATCGAATGCAT
Intron 11 GTATTCATGT ... ATTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.14 | 65 | 37.2 | 19 |
| A2 | 22.48 | 71.8 | 37.1 | 19 |
| A3 | 19.6 | 97.4 | 35.1 | 21 |
| A4 | 18.35 | 60 | 29.6 | 11 |
| A5 | 34.87 | 33.5 | 14.5 | 16.9 |
| A6 | 14.33 | 165.7 | 83.8 | 22 |
| A7 | 18.61 | 178.6 | 93.4 | 36 |
| A8 | 20.38 | 236.8 | 80 | 56 |
| A9 | 18.17 | 187.3 | 58.1 | 37 |
| A10 | 21.26 | 161.8 | 59.3 | 40 |
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoformATGAGGATTTTTTTCTCAGAAAAACATGAAGAAAATATGAAAGATTTTGAAACAAGTTGCATACCAGATTCTGGATCTGCTCCCACACACAACAGTAGCTCTGCTGTCTATATTATAGGTGGCCGTAGTGGAAATCAGTGGGTTGAAACAGTGGACATTTTTTGCCCACCAGAAAACAATCTGAAGCCTGCATTTCCTAT
GCGTACACCTCGTCCTTTTCCTGCTGCAATTGCTTTTGACAAGTGCATATATGTTCTTGGAGGAGGACACGAGAGTTCATGGTTTGACATTGGTAACATTTATTTTCCTATTGCAACATACTTTCGTAAAATCTTATCAGAAAAGGCAAGCTATCAAATTATTCCTGAAAATGATGTAAAGCAACCAAAATATTAGTTTG
AGTACTTTTTGAATACAAATGACCAATTTCCATCCTGTATTAATAACATAGCATAGTTGTGTTCTATTTATTGTTACTGCTTCAAGTATATTCTTGTAATAATTATTTTATTGAGTTGATCCAACTCCATTCTTTAATGGTTATGCAGTGGAGATGTATGATCAAACGAAAGGTCAATGGACCCTTTGCTCTCCTATGAA
TTTAAGGCGTGGTTGCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCCTCATTGCTCTGGGTGGTGAAAATGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAGAGTGGATAGTATCTGCAAACATGCTTGAAAAGCGATCATTTCCAGCAGCTGTGGAGCTTGGTGGTGCTGTTTATTCATTGGGTG
GCTTTGATGGTTCTCGATACTTGAGGACTGTTGAGCGGCTAGATTCACGCCAGGGTTCTTGGACAAGTATTGCATCAATGAATAGTCCACGAGCAGGCCTGTCTGCTGCATCATTCAATGGGAAGATCTATGCTCTTGGAGGTTTTGATGGTCAAAGTTTCTTAAATACTGTAGAAGTTTACGATCAACGAGCTAATAAG
TGGGAAGAGGCAGTTCCAACGAGCATACAACGAGCTCATGGAGCAGCAGTGGTTGTACACAATCTTCTCTATCTTATTGGTGGATTGTCTGACCGCAACAAACCCATTGAATTTATGGAATGCTACCAAGATGGTAAGGGATGGCAAGCACTTGGACCTGCCCCAATAGGAAAACGTTGCTATATGTCAGCTGTGGTTCT
TTAGCTCATGATCATTATAATTGGTGAATGGAAAAAACTTCCACTACTGGATTAATCCATCGCTAGATACAATCCCCATGAAGGTGCCGGTTGTGCGCTTGCTTTTAGCACCTGTGAATAGTAAAGCTTGTGTATACAATGTACACATGAAACGGGCTGGAAAGACCAGCAATGCAAATCGCATTTTGGAAAACCTTCCC
CAAGGAATAGAAATGATTCTATCACTATGCTTCAAAGTTCAAAAGTCTTCTGAAAATTAGTTTATGATGCCTCTGCTGGCCATAAAACACAGTGGGATGCATTCATGTCCAGTGTAGATACTATGACATTGAATCTCAGTGCAATCGAATGCAT
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGCATGTCCCCGAAAAACCCTCTTAAAGCCACCGAGGGATATCTAAACGAAATGAGAGGTATATCTCCCCGAAAAACACTCTTGATTAACACTGAGCGACAAGTCTAGCTCCGTCGCTCGCCGTGGTCTTTTCACACCGACAGGACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTG
AATGCATAGCGATGTCTACATTCTGTACGGTACTTTGATTGCACACCGGTGGTGGACGGTGGCACTTTGGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTCTCCTTCAAACCTAGTCCATACCTGTATTGTACGGAATTTTCTTCAATCTTTGAACGTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAA
TGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGATGGCAGGTAATTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCGGGAGTGGGACCAGAATGGGGCAGAAAGAAATCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTCCCGGTGTTTTGGCTGGAAGTGAGGAGAAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATA
TTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAGGGTATGCACCTATTTCTGTTCAACTATACAGACAGGAAGTTACATGGTGTTTATGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTC
ACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGGTTTCTGCCCGCATTGACAAGCAATGTGAATCACTTCGAGAAAATGATTTTAAACATGTCATAAGAGATAATTATTATGGTCAAAGCAACCACTTCAAATTTGAGCTTGATCACCAACAGACATATAACTTGATTATGCTGTTTCTGGGGCAGCTACACCCACCTC
ATAAAAGCAAGTTCTCTATTCCTGAAGTTTTGAATCCCTTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTAGAACAAGGTGAAAACTTGCAAATAGATAGCCAGTTGCAATCTCCAGCCAGTCATCAGAGATTCCAAGATGAGAACGGTGGCAGACGATTGTTGTATGATGAATCAGAACAAGAGGCGGAATTTTATTTGCCC
AATGAATTTGATAATGCTGGAACAGAAATCTATGGGGAAGGTCTCTGCATTTCAGACTCAGAGCTTCCCTCTCCTGCAGGAAGTGCCTCAAGTAGGCCAAGCAGCAGTCTTCTTCCAGAGGAAAATTCTTTTGCGACTCTTCAAGCACCAAATGCTCCTTCCATGAACACAGCCTCCTACTTGTTTCATGAAAGAGAGAT
TCAACATTTATCTGCATCTCTAAAACAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGGAAGCAGCACAGGTTGAGCAACATCGTGAATTGCAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGATGAAGATTGATTCAGAAGTTTCATCCCTAAGGACAGAGGTAGCTGAGCTGCGAGAACAAATGAGGATTT
TTTTCTCAGAAAAACATGAAGAAAATATGAAAGATTTTGAAACAAGTTGCATACCAGATTCTGGATCTGCTCCCACACACAACAGTAGCTCTGCTGTCTATATTATAGGTGGCCGTAGTGGAAATCAGTGGGTTGAAACAGTGGACATTTTTTGCCCACCAGAAAACAATCTGAAGCCTGCATTTCCTATGCGTACACCT
CGTCCTTTTCCTGCTGCAATTGCTTTTGACAAGTGCATATATGTTCTTGGAGGAGGACACGAGAGTTCATGGTTTGACATTGTGGAGATGTATGATCAAACGAAAGGTCAATGGACCCTTTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTGGTTGCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCCTCATTGCTCTGGGTGGTGAAAA
TGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAGAGTGGATAGTATCTGCAAACATGCTTGAAAAGCGATCATTTCCAGCAGCTGTGGAGCTTGGTGGTGCTGTTTATTCATTGGGTGGCTTTGATGGTTCTCGATACTTGAGGACTGTTGAGCGGCTAGATTCACGCCAGGGTTCTTGGACAA
GTATTGCATCAATGAATAGTCCACGAGCAGGCCTGTCTGCTGCATCATTCAATGGGAAGATgtattcatgttatagttctagattcttacaaagaattttgaatgctgtttttacttttgcaaaaactactacaatcagcattagttgttatactgaggtttttctataaatttattgtgaatggattcttgcagCTATG
CTCTTGGAGGTTTTGATGGTCAAAGTTTCTTAAATACTGTAGAAGTTTACGATCAACGAGCTAATAAGTGGGAAGAGGCAGTTCCAACGAGCATACAACGAGCTCATGGAGCAGCAGTGGTTGTACACAATCTTCTCTATCTTATTGGTGGATTGTCTGACCGCAACAAACCCATTGAATTTATGGAATGCTACCAAGAT
GGTAAGGGATGGCAAGCACTTGGACCTGCCCCAATAGGAAAACGTTGCTATATGTCAGCTGTGGTTCTTTAGCTCATGATCATTATAATTGGTGAATGGAAAAAACTTCCACTACTGGATTAATCCATCGCTAGATACAATCCCCATGAAGGTGCCGGTTGTGCGCTTGCTTTTAGCACCTGTGAATAGTAAAGCTTGTG
TATACAATGTACACATGAAACGGGCTGGAAAGACCAGCAATGCAAATCGCATTTTGGAAAACCTTCCCCAAGGAATAGAAATGATTCTATCACTATGCTTCAAAGTTCAAAAGTCTTCTGAAAATTAGTTTATGATGCCTCTGCTGGCCATAAAACACAGTGGGATGCATTCATGTCCAGTGTAGATACTATGACATTGA
ATCTCAGTGCAATCGAATGCAT
Intron 12 GTTTCTGCCC ... ATTTTTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 54.81 | 47 | 53 | 61 |
| A2 | 44.22 | 41 | 34 | 31 |
| A3 | 46.67 | 80 | 69 | 71 |
| A4 | 46.59 | 47 | 50 | 32 |
| A5 | 47.97 | 32 | 32 | 27 |
| A6 | 40.22 | 136 | 37 | 146 |
| A7 | 44.82 | 213 | 123 | 223 |
| A8 | 45.43 | 233 | 64 | 324 |
| A9 | 45.5 | 206 | 108 | 236 |
| A10 | 44.33 | 167 | 98 | 168 |
>TRINITY_DN108605_c0_g1_i13 from sample A5 / Example spliced isoformTAGCGATGTGAGTCACATTGCACACCGGTGGTGGAGGGTGGCACCCTCGAGAGCTGTAGGATAAAAGACAACCAAAACGCCTCGATTTAAGCGGCAATTTTGGGATAAAACCGATTAAAATTCTGATTGAAAATTGTTATTTTTGTAATGGATTGAATGGATTGTCTGTTCTAGATTAATTGCCTTGCGGAATTGCGGTT
TTGACAAGAATTGCTTTGCCGGATTACGGCGAGTCGGGGGTGTTTTAGTTAGCACTTAGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTCTTCTTCAAACCTAGTCCCCTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAATGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGAAGGCAG
GCGGTTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCAGAATGGGGCAGAAAAGAGTCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTACCGGTGTTTTGGCTGGAAGCGAGGTTGAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATATTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCC
AGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTATTTACGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGTGGAGATGTATGATCAAACAAAAAGT
CAGTGGGCCCTCTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTAGTTTCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCTTCATTGCTCTGGTTGGTGAACATGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAAAGTGGATAGCATCTGCAAACATGCTTGAAAATGTATCGATACCTTTGTGCATAGAAGA
TCTTATTCCACAATAAGTTTTGTTTGTCTATTATTTTCATTGCAAGGTTGGCACTTGAGTCATAGAAAGTTTCTTAGAGACTGAATTTTAGTCACTTGTGGTTTTTGGAAGTAAAGAAGCTGCTTATGATGAAATGTGTTGAGATATGTTTCACAGGAATAATGGTCAAGGAAACTTTTATTTCAAGGAAAGCTAGATAA
ATATAATGAACATAAGTTATAACTAAACTAAAACTGAAGTCTATTTAACTTTATGTTAATCAACTAGAGACAAT
>TRINITY_DN108605_c0_g1_i10 from sample A5 / Example unspliced isoform:TAGCGATGTGAGTCACATTGCACACCGGTGGTGGAGGGTGGCACCCTCGAGAGCTGTAGGATAAAAGACAACCAAAACGCCTCGATTTAAGCGGCAATTTTGGGATAAAACCGATTAAAATTCTGATTGAAAATTGTTATTTTTGTAATGGATTGAATGGATTGTCTGTTCTAGATTAATTGCCTTGCGGAATTGCGGTT
TTGACAAGAATTGCTTTGCCGGATTACGGCGAGTCGGGGGTGTTTTAGTTAGCACTTAGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTCTTCTTCAAACCTAGTCCCCTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAATGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGAAGGCAG
GCGGTTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCAGAATGGGGCAGAAAAGAGTCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTACCGGTGTTTTGGCTGGAAGCGAGGTTGAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATATTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCC
AGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAAGGGATGCCCCTATTTCTGTTCAATTATACAGACCGGAAGTTACATGGTATTTACGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTCACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGgtttctgcccgcattgacaaacaatg
tatccagcacaggtttctgcctgcattaacgagcaatgtgacccacttcgagaaaatgattttaaacatgtcataggagataattattatggtccaagcaaccacttcaaattcgagcttgatcaccaacaaacacataacttgcttccgctgtttcggagagaactacacccacctcataaaggcaagttgcctgttcc
tgaagttttgaatcctgtgtcacccactaggtcctctatgggtctggaacacggtgaaagcttgcaaatagataggcagatgcaatctcgtgacagtgatcagagatcccaacatgacaatggtggtagacgattgttgtatgatgaatcagaacaagaggtggaattttatttgcccaatgaaattgataacgctcgaa
cggaaagctatggggaagatctcttcatttcatactcagagcttccctctccttcaggaagtgccgcagataggccaagcagcagtcttcctccagatgaaaattcttttgtgactcttcaaagacgaaatgctccttctaagggagaaagatcatttgcgaaggtggacctgcaaggccccaaggaaatctctactgga
agtttagaggacattactgagcatgcagacttaacattttgtaagaaggaagggtgccgtattcctgtctctggattccagaatgacaataatcaatgccaaattcaaggttcacctccggaagacaacatccagaaatctaataattccaatcaaggcagtgatgttacaacatctgggctagaaaaaaatatttatga
acaagagacagatcaacttgggcatgtacttttttccaagaacacagcctcatgcttgttgcatgaaagagagatccaacatttatctgcatccctaaaacagatacggcaagagggtgtagaattgagggaaatggtgaaagcagcacagattgagcaacattgtgaattacaaagtgccaatacattactgcaatttt
tgaagTGGAGATGTATGATCAAACAAAAAGTCAGTGGGCCCTCTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTAGTTTCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCTTCATTGCTCTGGTTGGTGAACATGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAAAGTGGATAGCATCTGCAAACATGCTTG
AAAATGTATCGATACCTTTGTGCATAGAAGATCTTATTCCACAATAAGTTTTGTTTGTCTATTATTTTCATTGCAAGGTTGGCACTTGAGTCATAGAAAGTTTCTTAGAGACTGAATTTTAGTCACTTGTGGTTTTTGGAAGTAAAGAAGCTGCTTATGATGAAATGTGTTGAGATATGTTTCACAGGAATAATGGTCAA
GGAAACTTTTATTTCAAGGAAAGCTAGATAAATATAATGAACATAAGTTATAACTAAACTAAAACTGAAGTCTATTTAACTTTATGTTAATCAACTAGAGACAAT
Intron 13 GTATAAATTG ... TAATGCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.78 | 136.5 | 38 | 8 |
| A2 | 22.28 | 93 | 26.7 | 3.2 |
| A3 | 21.33 | 177 | 48 | 9.8 |
| A4 | 20.34 | 119.3 | 30.7 | 4.8 |
| A5 | 21.71 | 68.2 | 19 | 2.3 |
| A6 | 17.78 | 129.5 | 28 | 4.2 |
| A7 | 21.18 | 310.7 | 83.5 | 8.3 |
| A8 | 22.75 | 173 | 51 | 4.3 |
| A9 | 26.34 | 240.5 | 86 | 5.2 |
| A10 | 20.36 | 244.5 | 62.7 | 5.8 |
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoformTGCATGTCCCCGAAAAACCCTCTTAAAGCCACCGAGGGATATCTAAACGAAATGAGAGGTATATCTCCCCGAAAAACACTCTTGATTAACACTGAGCGACAAGTCTAGCTCCGTCGCTCGCCGTGGTCTTTTCACACCGACAGGACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTG
AATGCATAGCGATGTCTACATTCTGTACGGTACTTTGATTGCACACCGGTGGTGGACGGTGGCACTTTGGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTCTCCTTCAAACCTAGTCCATACCTGTATTGTACGGAATTTTCTTCAATCTTTGAACGTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAA
TGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGATGGCAGGTAATTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCGGGAGTGGGACCAGAATGGGGCAGAAAGAAATCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTCCCGGTGTTTTGGCTGGAAGTGAGGAGAAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATA
TTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAGGGTATGCACCTATTTCTGTTCAACTATACAGACAGGAAGTTACATGGTGTTTATGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTC
ACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGGTTTCTGCCCGCATTGACAAGCAATGTGAATCACTTCGAGAAAATGATTTTAAACATGTCATAAGAGATAATTATTATGGTCAAAGCAACCACTTCAAATTTGAGCTTGATCACCAACAGACATATAACTTGATTATGCTGTTTCTGGGGCAGCTACACCCACCTC
ATAAAAGCAAGTTCTCTATTCCTGAAGTTTTGAATCCCTTGTCACCCACTAGGTCCTCTATGGGTCTAGAACAAGGTGAAAACTTGCAAATAGATAGCCAGTTGCAATCTCCAGCCAGTCATCAGAGATTCCAAGATGAGAACGGTGGCAGACGATTGTTGTATGATGAATCAGAACAAGAGGCGGAATTTTATTTGCCC
AATGAATTTGATAATGCTGGAACAGAAATCTATGGGGAAGGTCTCTGCATTTCAGACTCAGAGCTTCCCTCTCCTGCAGGAAGTGCCTCAAGTAGGCCAAGCAGCAGTCTTCTTCCAGAGGAAAATTCTTTTGCGACTCTTCAAGCACCAAATGCTCCTTCCATGAACACAGCCTCCTACTTGTTTCATGAAAGAGAGAT
TCAACATTTATCTGCATCTCTAAAACAGATACGGCAAGAGGGTGTAGAATTGAGGGAAATGGTGGAAGCAGCACAGGTTGAGCAACATCGTGAATTGCAAAGTGCCAATACATTACTGCAATTTTTGAAGATGAAGATTGATTCAGAAGTTTCATCCCTAAGGACAGAGGTAGCTGAGCTGCGAGAACAAATGAGGATTT
TTTTCTCAGAAAAACATGAAGAAAATATGAAAGATTTTGAAACAAGTTGCATACCAGATTCTGGATCTGCTCCCACACACAACAGTAGCTCTGCTGTCTATATTATAGGTGGCCGTAGTGGAAATCAGTGGGTTGAAACAGTGGACATTTTTTGCCCACCAGAAAACAATCTGAAGCCTGCATTTCCTATGCGTACACCT
CGTCCTTTTCCTGCTGCAATTGCTTTTGACAAGTGCATATATGTTCTTGGAGGAGGACACGAGAGTTCATGGTTTGACATTGTGGAGATGTATGATCAAACGAAAGGTCAATGGACCCTTTGCTCTCCTATGAATTTAAGGCGTGGTTGCCTAGCAGGAGTGACAATTAGTCAAGGCCTCATTGCTCTGGGTGGTGAAAA
TGAGCAAGGTCCTTTTTCTGATGTAGAGTGGTACGATGCATGTACTGGAGAGTGGATAGTATCTGCAAACATGCTTGAAAAGCGATCATTTCCAGCAGCTGTGGAGCTTGGTGGTGCTGTTTATTCATTGGGTGGCTTTGATGGTTCTCGATACTTGAGGACTGTTGAGCGGCTAGATTCACGCCAGGGTTCTTGGACAA
GTATTGCATCAATGAATAGTCCACGAGCAGGCCTGTCTGCTGCATCATTCAATGGGAAGATGTATTCATGTTATAGTTCTAGATTCTTACAAAGAATTTTGAATGCTGTTTTTACTTTTGCAAAAACTACTACAATCAGCATTAGTTGTTATACTGAGGTTTTTCTATAAATTTATTGTGAATGGATTCTTGCAGCTATG
CTCTTGGAGGTTTTGATGGTCAAAGTTTCTTAAATACTGTAGAAGTTTACGATCAACGAGCTAATAAGTGGGAAGAGGCAGTTCCAACGAGCATACAACGAGCTCATGGAGCAGCAGTGGTTGTACACAATCTTCTCTATCTTATTGGTGGATTGTCTGACCGCAACAAACCCATTGAATTTATGGAATGCTACCAAGAT
GGTAAGGGATGGCAAGCACTTGGACCTGCCCCAATAGGAAAACGTTGCTATATGTCAGCTGTGGTTCTTTAGCTCATGATCATTATAATTGGTGAATGGAAAAAACTTCCACTACTGGATTAATCCATCGCTAGATACAATCCCCATGAAGGTGCCGGTTGTGCGCTTGCTTTTAGCACCTGTGAATAGTAAAGCTTGTG
TATACAATGTACACATGAAACGGGCTGGAAAGACCAGCAATGCAAATCGCATTTTGGAAAACCTTCCCCAAGGAATAGAAATGATTCTATCACTATGCTTCAAAGTTCAAAAGTCTTCTGAAAATTAGTTTATGATGCCTCTGCTGGCCATAAAACACAGTGGGATGCATTCATGTCCAGTGTAGATACTATGACATTGA
ATCTCAGTGCAATCGAATGCAT
>TRINITY_DN130963_c3_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGCATGTCCCCGAAAAACCCTCTTAAAGCCACCGAGGGATATCTAAACGAAATGAGAGGTATATCTCCCCGAAAAACACTCTTGATTAACACTGAGCGACAAGTCTAGCTCCGTCGCTCGCCGTGGTCTTTTCACACCGACAGGACAAGCGCACAGCTACGTTCCCGTTTCTTTTTTAATTATTTCAATCCCTTGCTTTG
AATGCATAGCGATGTCTACATTCTGTACGGTACTTTGATTGCACACCGGTGGTGGACGGTGGCACTTTGGAGAGCCGAATGCATTAAAGAATCGCTTCAGTTTGGCAACCAAATTCTCCTTCAAACCTAGTCCATACCTGTATTGTACGGAATTTTCTTCAATCTTTGAACGTTTGTTCGGGCTCAGAATTTAACTATAA
TGTCCCCGAAGAGCTGCGCCGATGCTTATGCAAAGAGCCGGATGGCAGGTAATTCTCCGGCGAGGGCAGGGAGCGGGAGTGGGACCAGAATGGGGCAGAAAGAAATCACTGGCAGGGCAAAGAATAGCAGTCCCGGTGTTTTGGCTGGAAGTGAGGAGAAATTCCGGTTACTGGCGCCGAATGAGCTAGGGTCCGTCATA
TTTGGATGCACAAACGCCACCATGAACGAGTGCCTGTCTAAGAACCTTTTCGGATTGCCCAGCCGCCACATGGTCTATGTGCAAAACATTAAAAAGGGTATGCACCTATTTCTGTTCAACTATACAGACAGGAAGTTACATGGTGTTTATGAAGCAATTAGTGATGGTAAGAAGAATATAGATTCAACTGCATGGGCTTC
ACATGGTACAGGGCAAACAATGTATCCAGCACAGgtataaattgcctctaaaagagtgatgactggctttctcaaaatttaacagatttatgtggaaatttattgcattaagcaccgttgtgtagaaatccagactacgttgttttagtaagatgttatgtatagctatcttattaagttctgattactagatgagttct
gaatattcttgttataatgcatagGTTTCTGCCCGCATTGACAAGCAATGTGAATCACTTCGAGAAAATGATTTTAAACATGTCATA