sp|F4JBP3|ATG1B_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase ATG1b

Intron 1 GTGGGATTTT ... ATTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.88	51	12.5	16
A2	27.87	44	2.5	17
A3	23.68	29	6.5	9
A4	22.5	31	6	9
A5	21.21	26	3	7
A6	25	15	0.5	5
A7	15.63	27	1	5
A8	0	8	1	0
A9	14.71	29	3.5	5
A10	12.5	28	1.5	4

>TRINITY_DN117899_c1_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

AAATGTGACTGTCTGTCAATGTAAGGGTCCATTAAAAAAGGCAAAAGACAAAAGCAAAAGCTTCCTCTTTAAGCTTGCATGGGTGTTGAAAGATCATGAGTCATGACCGATTGCATGATGAAATTCATCTCATTCATCTATATATACGATTGCTATAACGAGAACGTGCAGTGTGTGTGGCGTGGCATCATATTCTTCCT
TTTCCTTAACCCAATTTTCCAGTCTTCGGTTTGGGTGCTGCTTGCCCCACTCTTATTTATTGATTCGGTTTTCGAAAATTTTGGGTTGAGGAATCCTCATCTATATTTCAAAGCAGCTTCCCATGCCCATCCTTTAAAGAAAGGTACCCATTTCTTGAAAAAACCGGGAGAGTCAAGGAGCTACTGGATATTTGTATGGT
TTTATAACAGTTGATTACTTGAATGCTGATGATTCTGATTCTTCTTCTTCCCAAGAGCTGCAATTGGGTTTTGACGATATTGAGTTTCAGTGAATTTAGTTAATTGATAAACAATTTTGGTGCAGACGTAGAGTTGAGAATGGCCGAGGGAGGGAACAAGGGTAGAGTAGTGGGGAATTACGTTTTGGATAAGCAGATTG
GGTCGGGGTCCTTTTCAGTAGTGTGGCACGCCAGACACATTCACCTCCATGGTTATGAGGTTGCAATCAAAGAAATCGCTACTCAGAAGCTCACTCCCAAGTTGCGGGAGAGCCTGTTCTCGGAGACGAAAATTCTCAGGCAAATTAACCATCCCAATATTATCAGATTGCATGACATTGTAGAAGAATCTGGTAGAATT
TTTATTGTCTTGGAGTATTGTACTGGTGGTGATTTAGCTGCACATATTCAACGTTATGGAAGGTTTCCAGAAGCTGTTGCTCGACATTTTATGATCCAACTTGCTGCTGGACTAAAAGTTCTTCGAGACAACAATCTTATACACAGGGATTTGAAACCGCAGAATCTTCTACTTTCATCAAATGACAGGAATGCGGTACT
GAAAATAGCAGACTTTGGGTTTGCCAGGTCCCTGGAACCCCAAAGGTTAGCAGAAACGCTTTGTGGCTCACCTTTGTACATGGCACCCGAGATTATGCGGTTTCAGAAGTATGATGCCAAGGCAGACTTATGGAGTGTGGGTACTATTCTGTTTCAGCTTGTGACAGGAAATCCACCATTTTCTGGCAATAATCAGATTC
AGCTAATGTACAATATCATGAGATCAAAAGAGCTACACTTTCCAGATGACATTGTCGGAGATCTCCACCCTGATTGCATTGATTTATGCCAAAAACTATTGCGTCGAGATCCAGGTTTGTTTGCTTTGTCAGTACATTTGAAAGTTTAAAGATCAACATTGTGAAGCTTATTTAGGAAGTAAGGCAATTATATAAAAGGA
GTGAACATTGCCCATTCTTTAATATTTTTAAATAAAGACAAAAATTGACGAGGTTTGTTTTATACGGGTAGTAGAGGTAATGATGGTTATTACCAGATGCTCTTGCTAGGGGATTGGGTGAAAGGAGCATGCAATTCATGTATATAAATGAATGGAATTATGGTAATTTTCCCTTTTGAAGTCTAGACTCTAGAGCCTTT
GGATTTATGTGCAATGTTTGTGTTGTGGCAATAAGATTTTTCAAGTGTAAGTAATTGCCAATCCCAATGTATTGAGTAAGCAAATGTAGCGATTGGACTGCTGTGATCCAGTCTGGCTCATGCCCTTGAATATAATCTTAAGCATGTAGAAATTGTTAATTCATTTGAAATTTTAATAGATGCACTAGTGATGGGGTAGC
AAATGCATCGCACTAAAATTTCTCATAGAAATTGGAGTTGGACAGTTGGAGCACATTCAAAATTAAGTTTTTTTTTTTGACAAAGTGCATTTTACATTAAATTGCATAGTAAGATCACATCATGTATTCTATTAGAGGTGCTGGACAGTGCCTTAGTGGATGACATGAGTAGAAGGATAATTGAGAATAAACATCCTTTG
GAGAGATAAACAAATATAATAATATTGGCCCAATTAAGAACAAATTCGCATAGGTTAAGGTGTGAGATAGGAAGATGGAAGGAACCAAAGGAGGGATATAAGAGGACATGTCCAGTTTGCGATAGAGGAGAAGTGGAGACATAGTGACATTTCCTGCTCTGCTGTGAAGCGTATATCCACATTAGGAAGGGGGCAGCATT
AGAAGATAGCAGTTGGGAAGCAACATTTCAGGAGTCAGAAGAAGAGGACATAGCAAATGGGAGACGAGGATGGTGAGATTTAGAGGTCATGTTAAGAACCATCCCAATTGGAGAAGGTGAACCACCCATGGGGGGAAATCTAGATAAGTAAGGCAACAAATTATTGATATCCATTTCTGGGATAGTCTCTTCCTCACTTT
TTGTTTTCTTACTTTCATAGTTACAATGAGATGTAAGTTGCTCCGCTCCACAGGGCTGTTGGCCTCATGGATGTTTTAATAAAATTCTATTCTATTCTCAACATAGGCAAGCAGGGCCAATTGTGGACCAGGGACAGTCTCCTGTCAGAGGGAGTCTGCAGAGTCCATG

>TRINITY_DN117899_c1_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTGATATTTATAAAATCCCCCCTATGGTGGTATAAACTGGTCTTTAATAGTTGAGGTTGTGTCCTATTCTTGGGATTTGTCTAGGATGAAGCCTTTGCATTTGTGTGTGCAAGATAAACTTATTTTATGATCTGTACATATGTTATCATTTTCTACAATCTGGGGAAGCATGTCTGTGAGTCTAGTGATTAGATGGAATT
GGGATGGATGAGCAGCTGGCCCTTAGATTCAGCGATATATTTTTCCAAGTATATGTTGTTTCAGTCTGCCAGCATAGTGTAATATTATTTTGAGTTAATGGTGTTATTTATAGCTTGGTGTTATTGCCGATTTGAAAAATTTCTTAGATGAAAATGGTTTTTCAAAGTTTTCTGATGTTTGATATTTGATGTCTTGGTTT
TTTTGGGATATACAGAATCTTCTACTTTCATCAAATGACAGGAATGCGGTACTGAAAATAGCAGACTTTGGGTTTGCCAGgtgggattttaaaaatattcattgtcaattattcaaagttaatcatgttactaccatttctttgttctgaaattacagtttttatttttgaagtgcattgtagcatttattgaataattc
agttagactatctcatgcagtggggacactaatcatttctctatctcagtcacaggtttttccatttacaagttactgcatctaacttctaaaatatcttggatattaagatccttgcaaatcctcataaacttacacgtatatgtatatcgaaaagataccaattgtgtccaaaaggaaacactgctggagattcaggg
tacttatatctcataaatagcaagctttcaaaagtcattgattttgaagaatacattggaatgagtaacagggactgctggacctggacctacataagctcacttgtgcaaattagtgtcaaggacatcatatcccagctcatatcaagataccatattatatttctagggaacaaagtttcagtatatgtatctgttag
ctttgaaatatcatatgctgcggactcctgagtcaccttttcttgatctcttttagcgagaatgctattgatgttgctaagttcataccttggacctgaccatttagatgctttcatggcatcacaatttgaatgtatttcttatgtttgtttcttgttcttgatctccacctccctgccttttcttccatgtaaagcta
tttgattacactcatagctgatccttatggtgtttatgtttattgttgcagGTCCCTGGAACCCCAAAGGTTAGCAGAAACGCTTTGTGGCTCACCTTTGTACATGGCACCCGAGATTATGCGGTTTCAGAAGTATGATGCCAAGGCAGACTTATGGAGTGTGGGTACTATTCTGTTTCAGCTTGTGACAGGAAATCCAC
CATTTTCTGGCAATAATCAGATTCAGGTTTGGACTAGCATGTAAACAAACTATATTCTGTCGGCATTTTATTATCTGCTGGTTGAATTATACTTATATTCATTGCCAAAATGTACATAAGAAGGTTACGTATATGCCTTCCCTTTTGCTTTTCAGCTAATGTACAATATCATGAGATCAAAAGAGCTACACTTTCCAGAT
GACATTGTCGGAGATCTCCACCCTGATTGCATTGATTTATGCCAAAAACTATTGCGTCGAGATCCAGGTTTGTTTGCTTTGTCAGTACATTTGAAAGTTTAAAGATCAACATTGTGAAGCTTATTTAGGAAGTAAGGCAATTATATAAAAGGAGTGAACATTGCCCATTCTTTAATATTTTTAAATAAAGACAAAAATTG
ACGAGGTTTGTTTTATACGGGTAGTAGAGGTAATGATGGTTATTACCAGATGCTCTTGCTAGGGGATTGGGTGAAAGGAGCATGCAATTCATGTATATAAATGAATGGAATTATGGTAATTTTCCCTTTTGAAGTCTAGACTCTAGAGCCTTTGGATTTATGTGCAATGTTTGTGTTGTGGCAATAAGATTTTTCAAGTG
TAAGTAATTGCCAATCCCAATGTATTGAGTAAGCAAATGTAGCGATTGGACTGCTGTGATCCAGTCTGGCTCATGCCCTTGAATATAATCTTAAGCATGTAGAAATTGTTAATTCATTTGAAATTTTAATAGATGCACTAGTGATGGGGTAGCAAATGCATCGCACTAAAATTTCTCATAGAAATTGGAGTTGGACAGTT
GGAGCACATTCAAAATTAAGTTTTTTTTTTTGACAAAGTGCATTTTACATTAAATTGCATAGTAAGATCACATCATGTATTCTATTAGAGGTGCTGGACAGTGCCTTAGTGGATGACATGAGTAGAAGGATAATTGAGAATAAACATCCTTTGGAGAGATAAACAAATATAATAATATTGGCCCAATTAAGAACAAATTC
GCATAGGTTAAGGTGTGAGATAGGAAGATGGAAGGAACCAAAGGAGGGATATAAGAGGACATGTCCAGTTTGCGATAGAGGAGAAGTGGAGACATAGTGACATTTCCTGCTCTGCTGTGAAGCGTATATCCACATTAGGAAGGGGGCAGCATTAGAAGATAGCAGTTGGGAAGCAACATTTCAGGAGTCAGAAGAAGAGG
ACATAGCAAATGGGAGACGAGGATGGTGAGATTTAGAGGTCATGTTAAGAACCATCCCAATTGGAGAAGGTGAACCACCCATGGGGGGAAATCTAGATAAGTAAGGCAACAAATTATTGATATCCATTTCTGGGATAGTCTCTTCCTCACTTTTTGTTTTCTTACTTTCATAGTTACAATGAGATGTAAGTTGCTCCGCT
CCACAGGGCTGTTGGCCTCATGGATGTTTTAATAAAATTCTATTCTATTCTCAACATAGGCAAGCAGGGCCAATTGTGGACCAGGGACAGTCTCCTGTCAGAGGGAGTCTGCAGAGTCCATG

Intron 2 GTATGCATAG ... TTGAACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.44	34	11	9
A2	27.27	40	15	4
A3	31.03	20	9	3
A4	21.43	22	6	4
A5	10	27	3	0
A6	20.9	53	14	0
A7	20	124	31	1
A8	12.03	117	16	4
A9	11.93	96	13	0
A10	18.28	76	17	0

>TRINITY_DN117899_c1_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

AAATGTGACTGTCTGTCAATGTAAGGGTCCATTAAAAAAGGCAAAAGACAAAAGCAAAAGCTTCCTCTTTAAGCTTGCATGGGTGTTGAAAGATCATGAGTCATGACCGATTGCATGATGAAATTCATCTCATTCATCTATATATACGATTGCTATAACGAGAACGTGCAGTGTGTGTGGCGTGGCATCATATTCTTCCT
TTTCCTTAACCCAATTTTCCAGTCTTCGGTTTGGGTGCTGCTTGCCCCACTCTTATTTATTGATTCGGTTTTCGAAAATTTTGGGTTGAGGAATCCTCATCTATATTTCAAAGCAGCTTCCCATGCCCATCCTTTAAAGAAAGGTACCCATTTCTTGAAAAAACCGGGAGAGTCAAGGAGCTACTGGATATTTGTATGGT
TTTATAACAGTTGATTACTTGAATGCTGATGATTCTGATTCTTCTTCTTCCCAAGAGCTGCAATTGGGTTTTGACGATATTGAGTTTCAGTGAATTTAGTTAATTGATAAACAATTTTGGTGCAGACGTAGAGTTGAGAATGGCCGAGGGAGGGAACAAGGGTAGAGTAGTGGGGAATTACGTTTTGGATAAGCAGATTG
GGTCGGGGTCCTTTTCAGTAGTGTGGCACGCCAGACACATTCACCTCCATGGTTATGAGGTTGCAATCAAAGAAATCGCTACTCAGAAGCTCACTCCCAAGTTGCGGGAGAGCCTGTTCTCGGAGACGAAAATTCTCAGGCAAATTAACCATCCCAATATTATCAGATTGCATGACATTGTAGAAGAATCTGGTAGAATT
TTTATTGTCTTGGAGTATTGTACTGGTGGTGATTTAGCTGCACATATTCAACGTTATGGAAGGTTTCCAGAAGCTGTTGCTCGACATTTTATGATCCAACTTGCTGCTGGACTAAAAGTTCTTCGAGACAACAATCTTATACACAGGGATTTGAAACCGCAGAATCTTCTACTTTCATCAAATGACAGGAATGCGGTACT
GAAAATAGCAGACTTTGGGTTTGCCAGGTCCCTGGAACCCCAAAGGTTAGCAGAAACGCTTTGTGGCTCACCTTTGTACATGGCACCCGAGATTATGCGGTTTCAGAAGTATGATGCCAAGGCAGACTTATGGAGTGTGGGTACTATTCTGTTTCAGCTTGTGACAGGAAATCCACCATTTTCTGGCAATAATCAGATTC
AGCTAATGTACAATATCATGAGATCAAAAGAGCTACACTTTCCAGATGACATTGTCGGAGATCTCCACCCTGATTGCATTGATTTATGCCAAAAATTATTGCGTCGAGATCCAGTTGAACGATTGTCATTTGAGGAGTTCTTCCGTCACAAGTTTATGATACAGACAAGGCCTATAGGTGGTTATGGGAGTACCTCAATG
GGTTCAGGAGACAGTACCGTTGTTGAAATTGCAGATGCATCACAAGATGTCTGCTTACCTGTTACCTTGGATAAGGATCCACAGAGTCATAGTCCATCACTTTTTCCCATAAATAATACATCATCTATACATCATCTTGATACAAATACGCTGGCCAAAAGATATCTTTCTAATACAAATTTCCCTATAAGTGAAGAAGC
ACCCTCTGATATCCTAGACAGTGGTACTAATATGCAGTTTTCTACTTCAAAATACAATCTTCAAATGTCGTTTGAAAGTGCACCCGAAAAAGTGTCAACACTTGAAGGCAAACAGGCAGTCAATATGGAACAAGAACTTAACACAACTTCACCAAAAGGAGTGGTGGATTCCTTGGAGTGTATTGAGGAGGAGTATGTTG
TTGTCAATGCTCATGCTGCTTCAACAGAGGCTCTCTCTTTTTCTCTTGGGGCCTCTGGACTAGACCATTTGCAAAGTAAATCTGTTGTTTCTCCATCGAAGAAGATTCAGAAAAGCATAAGTGCACCAATGCAAATTGTTGGGGTGACTGGGGGTTCTATATGTGGTGTTGAGAGTCTTGAGAGCCAAAGTTCAATACCA
TTGGGATGTTCTGAGGCATCAGTTAGTTCACGGGATGTGTTCGACAGACCATCGGATCTTATTCCAACAAGGCTTGATGCGCTGCGAAGGTGTGCTTATTTAATCACCGAGCTAGCAAAGGAGAAGCTTGAGGCAGGGCTACAGCTGGAAGCTTTTGCAATTCTGCTGGTTTGCTTAGCAATTTGGAAGCAAGCGTTGCG
TGTAAGTCATACTTGGGCTGCCTCATTTGCAGAAAGTTCACCCTGTGAGGGACTTGTGGTGCACAGTCGAGATATGCATGAAGAAGGGGATTTCCAGGGGGCAGCTGCTGCTTGTTCACAAATGGAACAAGAATTTCTGAGTGCAGTGGAGAGTGCTGTGCAACTTGTTAGTCATCTTGGACCTTTGGATGCTAATGCAG
AAATGCCAGATGCAATAGAGATTGTATTCCAGAAAGCATTAACATTGGGAAGGAAAGGCGCTATGGAGGAACTATTTGGAGCGATGGATAATGCAGCAGCATTATATTTGAAATCCACGACTTTACTGTCATTTATTTTGGTTGAAGCATCATCTCTAGAACTGAATCCACCTTTCTCTCTAAGCAGTTCTGATCGGCAA
CGACTTCGTCTTTACATTGATTGCCTAACTCAGCAAAATCAGTCGATAGCACACAGCAGGGTCTTTTTACAGCGTGAAGAACAGCAAAGTCTGTAAATATAGCGTGATGCAGAAATTAATTCAGTTTATCAATTGATAAAAATTACATGGAGTTTTCACAAATTTGATTACCAAAACCAACACTTTGTAATTAGCTGCGC
TAAAGTTTGGATCAAATTGTAAATTTAGCTTTAGCCTATGTAAATTATTGAAAAAGTTAGTGTGTAAACTTGGTATTCAATGAAGAGGACCTCTCCTAGAAGAAGATTATAGCAGTCAAGTTGCTGACAAAGAATTTCCAATGTAAATATTTGTATATAAAATTTATTAATTCTTTGCTGTGTCT

>TRINITY_DN117899_c1_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAATGTGACTGTCTGTCAATGTAAGGGTCCATTAAAAAAGGCAAAAGACAAAAGCAAAAGCTTCCTCTTTAAGCTTGCATGGGTGTTGAAAGATCATGAGTCATGACCGATTGCATGATGAAATTCATCTCATTCATCTATATATACGATTGCTATAACGAGAACGTGCAGTGTGTGTGGCGTGGCATCATATTCTTCCT
TTTCCTTAACCCAATTTTCCAGTCTTCGGTTTGGGTGCTGCTTGCCCCACTCTTATTTATTGATTCGGTTTTCGAAAATTTTGGGTTGAGGAATCCTCATCTATATTTCAAAGCAGCTTCCCATGCCCATCCTTTAAAGAAAGGTACCCATTTCTTGAAAAAACCGGGAGAGTCAAGGAGCTACTGGATATTTGTATGGT
TTTATAACAGTTGATTACTTGAATGCTGATGATTCTGATTCTTCTTCTTCCCAAGAGCTGCAATTGGGTTTTGACGATATTGAGTTTCAGTGAATTTAGTTAATTGATAAACAATTTTGGTGCAGACGTAGAGTTGAGAATGGCCGAGGGAGGGAACAAGGGTAGAGTAGTGGGGAATTACGTTTTGGATAAGCAGATTG
GGTCGGGGTCCTTTTCAGTAGTGTGGCACGCCAGACACATTCACCTCCATGGTTATGAGGTTGCAATCAAAGAAATCGCTACTCAGAAGCTCACTCCCAAGTTGCGGGAGAGCCTGTTCTCGGAGACGAAAATTCTCAGGCAAATTAACCATCCCAATATTATCAGATTGCATGACATTGTAGAAGAATCTGGTAGAATT
TTTATTGTCTTGGAGTATTGTACTGGTGGTGATTTAGCTGCACATATTCAACGTTATGGAAGGTTTCCAGAAGCTGTTGCTCGACATTTTATGATCCAACTTGCTGCTGGACTAAAAGTTCTTCGAGACAACAATCTTATACACAGGGATTTGAAACCGCAGAATCTTCTACTTTCATCAAATGACAGGAATGCGGTACT
GAAAATAGCAGACTTTGGGTTTGCCAGGTCCCTGGAACCCCAAAGGTTAGCAGAAACGCTTTGTGGCTCACCTTTGTACATGGCACCCGAGATTATGCGGTTTCAGAAGTATGATGCCAAGGCAGACTTATGGAGTGTGGGTACTATTCTGTTTCAGCTTGTGACAGGAAATCCACCATTTTCTGGCAATAATCAGATTC
AGCTAATGTACAATATCATGAGATCAAAAGAGCTACACTTTCCAGATGACATTGTCGGAGATCTCCACCCTGATTGCATTGATTTATGCCAAAAATTATTGCGTCGAGATCCAGTTGAACGATTGTCATTTGAGGAGTTCTTCCGTCACAAGTTTATGATACAGACAAGGCCTATAGGTGGTTATGGGAGTACCTCAATG
GGTTCAGGAGACAGTACCGTTGTTGAAATTGCAGATGCATCACAAGATGTCTGCTTACCTGTTACCTTGGATAAGGATCCACAGAGTCATAGTCCATCACTTTTTCCCATAAATAATACATCATCTATACATCATCTTGATACAAATACGCTGGCCAAAAGATATCTTTCTAATACAAATTTCCCTATAAGTGAAGAAGC
ACCCTCTGATATCCTAGACAGTGGTACTAATATGCAGTTTTCTACTTCAAAATACAATCTTCAAATGTCGTTTGAAAGTGCACCCGAAAAAGTGTCAACACTTGAAGGCAAACAGGCAGTCAATATGGAACAAGAACTTAACACAACTTCACCAAAAGGAGTGGTGGATTCCTTGGAGTGTATTGAGGAGGAGTATGTTG
TTGTCAATGCTCATGCTGCTTCAACAGAGGCTCTCTCTTTTTCTCTTGGGGCCTCTGGACTAGACCATTTGCAAAGTAAATCTGTTGTTTCTCCATCGAAGAAGATTCAGAAAAGCATAAGTGCACCAATGCAAATTGTTGGGGTGACTGGGGGTTCTATATGTGGTGTTGAGAGTCTTGAGAGCCAAAGTTCAATACCA
TTGGGATGTTCTGAGGCATCAGTTAGTTCACGGGATGTGTTCGACAGACCATCGGATCTTATTCCAACAAGGCTTGATGCGCTGCGAAGGTGTGCTTATTTAATCACCGAGCTAGCAAAGGAGAAGCTTGAGGCAGGGCTACAGCTGGAAGCTTTTGCAATTCTGCTGGTTTGCTTAGCAATTTGGAAGCAAGCGTTGCG
TGTAAGTCATACTTGGGCTGCCTCATTTGCAGAAAGTTCACCCTGTGAGGGACTTGTGGTGCACAGTCGAGATATGCATGAAGAAGGGGATTTCCAGGGGGCAGCTGCTGCTTGTTCACAAATGGAACAAGAATTTCTGAGTGCAGTGGAGAGTGCTGTGCAACTTGTTAGTCATCTTGGACCTTTGGATGgtatgcata
gtttctttggatcagactcttctttggggcactagaaattatttccttatattcatgcatgacatataaaaatcttcaagtttgattctttaaattagaatacaaggctcttacatggtgaaagacatgatgcttttgaacgcagCTAATGCAGAAATGCCAGATGCAATAGAGATTGTATTCCAGAAAGCATTAACATT
GGGAAGGAAAGGCGCTGTAAGGATTAAATCTCTCTCTCTCTCTCTTGCATTCCTTTGAAAATGATGCAGATTCAAAAGTGAGAAGATCTTTACTTGGTTGATAACAACATCTGCAATTATGTGGCATGCTATGTTGCTTTTGCTTTGATTCAGGATACATATGAACCATAGACTAATATAGGGTATTCTGGGACCTTTTT
CTTAGATTGAATTTTTGAAGATGTATATTTATTCTTAACTATAGGCTAATACTGATGGCAGAAATTTTCATCCACAGATATATATATATGGC

Intron 3 GTCAGCTAAA ... CTGTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.69	46	4	20
A2	29.82	20	4	13
A3	30	14	3	9
A4	27.87	22	8	9
A5	20	14	1	6
A6	17.24	12	0	5
A7	17.65	21	6	3
A8	16.42	28	7	4
A9	15.62	27	6	4
A10	18.92	30	2	12

>TRINITY_DN111191_c1_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTACCCATTAATTCATCTCTACATGTCCCAAATAACTGACCAGCTCTCACAGGATTTGTGTGCTGATTAACACACAAATGTGACTGTCTGTCAATGTAAGGGTCCATTAAAAAAGGCAAAAGACAAAAGCAAAAGCTTCCTCTTTAAGCTTGCATGGGTGTTGAAAGATCATGAGTCATGACCGATTGCATGATGAAAT
TCATCTCATTCATCTATATATACGATTGCTATAACGAGAACGTGCAGTGTGTGTGGCGTGGCATCATATTCTTCCTTTTCCTTAACCCAATTTTCCAGTCTTCGGTTTGGGTGCTGCTTGCCCCACTCTTATTTATTGATTCGGTTTTCGAAAATTTTGGGTTGAGGAATCCTCATCTATATTTCAAAGCAGCTTCCCAT
GCCCATCCTTTAAAGAAAGGTACCCATTTCTTGAAAAAACCGGGAGAGTCAAGGAGCTACTGGATATTTGTATGGTTTTATAACAGTTGATTACTTGAATGCTGATGATTCTGATTCTTCTTCTTCCCAAGAGCTGCAATTGGGTTTTGACGATATTGAGTTTCAGTGAATTTAGTTGATTGATAAACAATTTTGGTGCA
GACGTAGAGTTGAGAATGGCCGAGGGAGGGAACAAGCGTAGAGTTGAGAATGGCCGAGGGAGGGAACAAGGGTAGAGTAGTGGGGAATTACGTTTTGGATAAGCAGATTGGGTCGGGGTCCTTTTCAGTAGTGTGGCACGCCAGACACATTCACCTCCATGGTTATGAGGTTGCAATCAAAGAAATCGCTACTCAGAAGC
TCACTCCCAAGTTGCGGGAGAGCCTGTTCTCGGAGACGAAAATTCTCAGGCAAATTAACCATCCCAATATTATCAGATTGCATGACATTGTAGAAGAATCTGGTAGAATTTTTATTGTCTTGGAGTATTGTACTGGTGGTGATTTAGCTGCACATATTCAACGTTATGGAAGGTTTCCAGAAGCTGTTGCTCGACATTTT
ATGATCCAACTTGCTGCTGGACTAAAAGTTCTTCGAGACAACAATCTTATACACAGGGATTTGAAACCGCAGAATCTTCTACTTTCATCAAATGACAGGAATGCGGTACTGAAAATAGCAGACTTTGGGTTTGCCAGGTCCCTGGAACCCCAAAGGTTAGCAGAAACGCTTTGTGGCTCACCTTTGTACATGGCACCCGA
GATTATGCGGTTTCAGAAGTATGATGCCAAGGCAGACTTATGGAGTGTGGGTACTATTCTGTTTCAGCTTGTGACAGGAAATCCACCATTTTCTGGCAATAATCAGATTCAGCTAATGTACAATATCATGAGATCAAAAGAGCTACACTTTCCAGATGACATTGTCGGAGATCTCCACCCTGATTGCATTGATTTATGCC
AAAAACTTGCGTCGAGATCCAGGTTTGTTTGCTTTGTCAGTACATTTGAAAGTTTAAAGATCAACATTGTGAAGCTTATTTAGGAAGTAAGGCAATTATATAAAAGGAGTGAACATTGCCCATTCTTTAATATTTTTAAATAAAGACAAAAATTGACGAGGTTTGTTTTATACGGGCAGTATTGCGTCGAGATCAGAGGT
AATGATGGTTATTACCAGATGCTCTTGCTAGGGGATTGGGTGAAAGGAGCATGCAATTCATGTATATAAATGAATGGAATTATGGTAATTTTCCCTTTTGAAGTCTAGACTCTAGAGCCTTTGGATTTATGTGCAATGTTTGTGTTGTGGCAATAAGATTTTTCAAGTGTAAGTAATTGCCAATCCCAATGTATTGAGTA
AGCAAATGTAACGATTGGACTGCTGTGATCCAGTCTGGCTCATGCCCTTGAATATAATCTTAAGCATGTAGAAATTGTTAATTCATTTGAAATTTTAATAGATGCACTAGTGATGGGGTAGCAAATGCATCGCACTAAAATTTCTCATAGAAATTGGAGTTGGACAGTTGGAGCACATTCAAAATTAAGTTTTTCAGTTG
AACGATTGTCATTTGAGGAGTTCTTCCGTCACAAGTTTATGATACAGACAAGGCCTATAGGTGGTTATGGGAGTACCTCAATGGGTTCAGGAGACAGTACCGTTGTTGAAATTGCAGATGCATCACAAGATGTCTGCTTACCTGTTACCTTGGATAAGGATCCACAGAGTCATAGTCCATCACTTTTTCCCATAAATAAT
ACATCATCTATACATCATCTTGATACAAATACGCTGGCCAAAAGATATCTTTCTAATACAAATTTCCCTATAAGTGAAGAAGCACCCTCTGATATCCTAGACAGTGGTACTAATATGCAGTTTTCTACTTCAAAATACAATCTTCAAATGTCGTTTGAAAGTGCACCCCAAAAAGTGTCAACACTTGAAGGCAAACAGGC
AGTCAATATGGAACAAGAACTTGTTAACACAACTTCACCAAAAGGAGTGGTGGATTCCTTGGAGTGTATTGAGGAGGAGTATGTTGTTGTCAATGCTCATGCTGCTTCAACAGAGGCTCTCTCTTTTTCTCTTGGGGCCTCTGGACTAGACCATTTGCAAAGTAAATCTGTTGTTTCTCCATCGAAGAAGATTCAGAAAA
GCATAAGTGCACCAATGCAAATTGTTGGGGTGACTGGGGGTTCTATATGTGGTGTTGAGAGTCTTGAGAGCCAAAGTTCAATACCATTGGGATGTTCTGAGGCATCAGTTAGTTCACGGGATGTGTTCGACAGACCATCGGATCTTATTCCAACAAGGCTTGATGCGCTGCGAAGGTGTGCTTATTTAATCACCGAGCTA
GCAAAGGAGAAGCTTGAGGCAGGGCTACAGCTGGAAGCTTTTGCAATTCTGCTGGTTTGCTTAGCAATTTGGAAGCAAGCGTTGCGTGTAAGTCATACTTGGGCTGCCTCATTTGCAGAAAGTTCACCCTGTGAGGGACTTGTGGTGCACAGTCGAGATATGCATGAAGAAGGGGATTTCCAGGGGGCAGCTGCTGCTTG
TTCACAAATGGAACAAGAATTTCTGAGTGCAGTGGAGAGTGCTGTGCAACTTGTTAGTCATCTTGGACCTTTGGATGCTAATGCAGAAATGCCAGATGCAATAGAGATTGTATTCCAGAAAGCATTAACATTAGGAAGGAAGGGCGCTGTAAGGATTAAATCTCTCTCTCTCTCTCTTGCATTCCTTTGAAAATGATGCA
GATTCAAAAGTGAGAAGATCTTTACTTGGTTGATAACAACATCTGCAATTATGTGGCATGCTATGTTGCTTTTGCTTTGATTCAGGATACATATGAACCATAGACTAATATAGGGTATTCTGGGACCTTTTTCTTAGATTGAATTTTTGAAGATGTATATTTATTCTTAACTAGAGGCTAATAATGATGGCAGAAATTTT
CATCCACAGATATATATATATGGCATGTGGAAAATTAAGCTTTAATAAGAGTGATAGATAGTGTTAATGGGCAGTATAATTGTAGCAAAACTCTTCATAAAGGAACTTGCAACTTTCTAGCTGGGCTGATAAGAAATAGAATTTTTAGTGTTCATCACTCTGCCAGATGTACCTGTTCCACAGTTGACGCAAGTATTAG

>TRINITY_DN111191_c1_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CCCATAAATAATACATCATCTATACATCATCTTGATACAAATACGCTGGCCAAAAGATATCTTTCTAATACAAATTTCCCTATAAGTGAAGAAGCACCCTCTGATATCCTAGACAGTGGTACTAATATGCAGTTTTCTACTTCAAAATACAATCTTCAAATGTCGTTTGAAAGTGCACCCCAAAAAGTGTCAACACTTGA
AGGCAAACAGGCAGTCAATATGGAACAAGAACTTGTTAACACAACTTCACCAAAAGGAGgtcagctaaagctttcattaaatattgattataaaatatatttaatgggttccatgatgaacactttgcttatgaacttttctgctgtctgcagTGGTGGATTCCTTGGAGTGTATTGAGGAGGAGTATGTTGTTGTCAAT
GCTCATGCTGCTTCAACAGAGGCTCTCTCTTTTTCTCTTGGGGCCTCTGGACTAGACCATTTGCAAAGTAAATCTGTTGTTTCTCCATCGAAGAAGATTCAGAAAAGCATAAGTGCACCAATGCAAATTGTTGGGGTGACTGGGGGTTCTATATGTGGTGTTGAGAGTCTTGAGAGCCAAAGTTCAATACCATTGGGATG
TTCTGAGGCATCAGTTAGTTCACGGGATGTGTTCGACAGACCATCGGATCTTATTCCAACAAGGCTTGATGCGCTGCGAAGGTGTGCTTATTTAATCACCGAGCTAGCAAAGGAGAAG

Intron 4 GTACCCATTT ... TTTGGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.55	45	48	44
A2	56.1	36	60	32
A3	51.28	38	41	39
A4	55.77	23	40	18
A5	42.86	36	42	12
A6	41.67	7	1	9
A7	52.63	9	11	9
A8	33.33	4	3	1
A9	43.4	15	18	5
A10	54.1	14	20	13

>TRINITY_DN42706_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCATTAATTCATCTCTATATGCCCCAAATAACTGACCAGCTCTCACAGGATTTGTGTGCTGATTAACACACAAATGTGACTGTCTGTCAATGTAAGGGTCCATTAAAAAAGGCAAAAGACAAAAGCAAAAGCTTCCTCTTTAAGCTTGCATGGGTGTTGAAAGATCATGAGTCATGACCGATTGCATGATGAAATTCAT
CTCATTCATCTATATATACGATTGCTATAACGAGAACGTGCAGTGTGTGTGGCGTGGCATCATATTCTTCCTTTTCCTTAAGCCAATTTTCCAGTCGTCGGTTTGGGTGCTGCTTGCCCCAGTCTTATTTATTGATTCGGTTTTCGAAAATTTTGGGTTGAGGAATCCTCATCTATATTTCAAAGCAGCTTCCCATGCCC
ATCCTTTAAAGAAAGACGTAGAGTTGAGAATGGCCGAGGGAGGGAACAAGGGTAGAGTAGTGGGGAATTACGTTTTGGATAAGCAGATTGGGTCGGGGTCCTTTTCAGTAGTGTGGCACGCCAGACACATTCACCTCCATGGTTATGAGGTTGCAATCAAAGAAATCGCTACTCAGAAGCTCACTCCCAAGTTGCGGGAG
AGCCTGTTCTCGGAGACGAAAATTCTCAGGCAAATTAACCATCCCAATATTATCAGATTGCATGACATTGTAGAAGAATCTGGTAGAATTTTTATTGTCTTGGAGTATTGTACTGGTGGTGATTTAGCTGCACATATTCAACGTTATGGAAGGTTTCCAGAAGCTGTTGCTCGACATTTTATGATCCAACTTGCTGCTGG
ACTAAAAGTTCTTCGAGACAACAATCTTATACACAGGGATTTGAAACCGCAGAATCTTCTACTTTCATCAAATGACAGGAATGCGGTACTGAAAATAGCAGACTTTGGGTTTGCCAGGTCCCTGGAACCCCAAAGGTTAGCAGAAACGCTTTGTGGCTCACCTTTGTACATGGCACCCGAGATTATGCGGTTTCAGAAGT
ATGATGCCAAGGCAGACTTATGGAGTGTGGGTACTATTCTGTTTCAGCTTGTGACAGGAAATCCACCATTTTCTGGCAATAATCAGATTCAGCTAATGTACAATATCATGAGATCAAAAGAGCTACACTTTCCAGATGACATTGTCGGAGATCTCCACCCTGATTGCATTGATTTATGCCAAAAATTATTGCGTCGAGAT
CCAGTTGAACGATTGTCATTTGAGGAGTTCTTCCGTCACAAGTTTATGATACAGACAAGGCCTATAGGTGGTTATGGGAGTACCTCAATGGGTTCAGGAGACAGTACCGTTGTTGAAATTGCAGATGCATCACAAGATGTCTGCTTACCTGTTACCTTGGATAAGGATCCACAGAGTCATAGTCCATCACTTTTTCCCAT
AAATAATACATCATCTATACATCATCTTGATACAAATACGCTGGCCAAAAGATATCTTTCTAATACAAATTTCCCTATAAGTGAAGAAGCACCCTCTGATATCCTAGACAGTGGTACTAATATGCAGTTTTCTACTTCAAAATACAATCTTCAAATGTCGTTTGAAAGTGCACCCGAAAAAGTGTCAACACTTGAAGGCA
AACAGGCAGTCAATATGGAACAAGAACTTGTTAACACAACTTCACCAAAAGGAGTGGTGGATTCCTTGGAGTGTATTGAGGAGGAGTATGTTGTTGTCAATGCTCATGCTGCTTCAACAGAGGCTCTCTCTTTTTCTCTTGGGGCCTCTGGACTAGACCATTTGCAAAGTAAATCTGTTGTTTCTCCATCGAAGAAGATT
CAGAAAAGCATAAGTGCACCAATGCAAATTGTTGGGGTGACTGGGGGTTCTATATGTGGTGTTGAGAGTCTTGAGAGCCAAAGTTCAATACCATTGGGATGTTCTGAGGCATCAGTTAGTTCACGGGATGTGTTCGACAGACCATCGGATCTTATTCCAACAAGGCTTGATGCGCTGCGAAGGTGTGCTTATTTAATCAC
CGAGCTAGCAAAGGAGAAGCTTGAGGCAGGGCTACAGCTGGAAGCTTTTGCAATTCTGCTGGTTTGCTTAGCAATTTGGAAGCAAGCGTTGCGTGTAAGTCATACTTGGGCTGCCTCATTTGCAGAAAGTTCACCCTGTGAGGGACTTGTGGTGCACAGTCGAGATATGCATGAAGAAGGGGATTTCCAGGGGGCAGCTG
CTGCTTGTTCACAAATGGAACAAGAATTTCTGAGTGCAGTGGAGAGTGCTGTGCAACTTGTTAGTCATCTTGGACCTTTGGATGCTAATGCAGAAATGCCAGATGCAATAGAGATTGTATTCCAGAAAGCATTAACATTAGGAAGGAAGGGCGCTATGGAGGAACTATTTGGAGCGATGGATAATGCAGCAGCATTATAT
TTGAAATCCACGACTTTACTGTCATTTATTTTGGTTGAAGCATCATCTCTAGAACTGAATCCACCTTTCTCTCTAAGCAGTTCTGATCGGCAACGACTTCGTCTTTACATTGATTGCCTAACTCAGCAAAATCAGTCGATAGCACACAGCAGGGTCTTTTTACAGCGTGAAGAACAGCAAAGTCTGTAAATATAGCGTGA
TGCAGAAATTAATTCAGTTTATCAATTGATAAAAATTACATGGAGTTTTCACAAATTTGATTACCAAAACCAACACTTTGTAATTAGCTGCGCTAAAGTTTGGATCAAATTGTAAATTTAGCTTTAGCCTATGTAAATTATTGAAAAAGTTAGTGTGTAAACTTGGTATTCAATGAAGAGGACCTCTCCTAGAAGAAGAT
TATAGCAGTCAAGTTGCTGACAAAGAATTTCCAATGTAAATATTTGTATATAAAATTTATTAATTCTTTGCTGTGTCAAGCTTTCTTGTAAATCAAAATGTAGCATTTCATATAATTTTGTTGATATGAATCATTTCAAATGTAATGATATAAATGAGACATTTTAAATAAAAAATTA

>TRINITY_DN42706_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCCATTAATTCATCTCTATATGCCCCAAATAACTGACCAGCTCTCACAGGATTTGTGTGCTGATTAACACACAAATGTGACTGTCTGTCAATGTAAGGGTCCATTAAAAAAGGCAAAAGACAAAAGCAAAAGCTTCCTCTTTAAGCTTGCATGGGTGTTGAAAGATCATGAGTCATGACCGATTGCATGATGAAATTCAT
CTCATTCATCTATATATACGATTGCTATAACGAGAACGTGCAGTGTGTGTGGCGTGGCATCATATTCTTCCTTTTCCTTAACCCAATTTTCCAGTCTTCGGTTTGGGTGCTGCTTGCCCCAGTCTTATTTATTGATTCGGTTTTCGAAAATTTTGGGTTGAGGAATCCTCATCTATATTTCAAAGCAGCTTCCCATGCCC
ATCCTTTAAAGAAAGgtacccatttcttgaaaaaaccgggagagtcaaggagctactggatatttgtatggttttataacagttgattacttgaatgctgatgattctgattcttcttcttcccaagagctgcaattgggttttgacgatattgagtttcagtgaatttagttgattgataaacaattttggtgcagacg
tagagttgagaatggccgagggagggaacaagggtagagtagtggggaattacgttttggataagcagattgggtcggggtccttttcagtgaatttagttaattgataaacaattttggtgcagACGTAGAGTTGAGAATGGCCGAGGGAGGGAACAAGGGTAGAGTAGTGGGGAATTACGTTTTGGATAAGCAGATTG
GGTCGGGGTCCTTTTCAGTAGTGTGGCACGCCAGACACATTCACCTCCATGGTTATGAGGTTGCAATCAAAGAAATCGCTACTCAGAAGCTCACTCCCAAGTTGCGGGAGAGCCTGTTCTCGGAGACGAAAATTCTCAGGCAAATTAACCATCCCAATATTATCAGATTGCATGACATTGTAGAAGAATCTGGTAGAATT
TTTATTGTCTTGGAGTATTGTACTGGTGGTGATTTAGCTGCACATATTCAACGTTATGGAAGGTTTCCAGAAGCTGTTGCTCGACATTTTATGATCCAACTTGCTGCTGGACTAAAAGTTCTTCGAGACAACAATCTTATACACAGGGATTTGAAACCGCAGAATCTTCTACTTTCATCAAATGACAGGAATGCGGTACT
GAAAATAGCAGACTTTGGGTTTGCCAGGTCCCTGGAACCCCAAAGGTTAGCAGAAACGCTTTGTGGCTCACCTTTGTACATGGCACCCGAGATTATGCGGTTTCAGAAGTATGATGCCAAGGCAGACTTATGGAGTGTGGGTACTATTCTGTTTCAGCTTGTGACAGGAAATCCACCATTTTCTGGCAATAATCAGATTC
AGCTAATGTACAATATCATGAGATCAAAAGAGCTACACTTTCCAGATGACATTGTCGGAGATCTCCACCCTGATTGCATTGATTTATGCCAAAAATTATTGCGTCGAGATCCAGTTGAACGATTGTCATTTGAGGAGTTCTTCCGTCACAAGTTTATGATACAGACAAGGCCTATAGGTGGTTATGGGAGTACCTCAATG
GGTTCAGGAGACAGTACCGTTGTTGAAATTGCAGATGCATCACAAGATGTCTGCTTACCTGTTACCTTGGATAAGGATCCACAGAGTCATAGTCCATCACTTTTTCCCATAAATAATACATCATCTATACATCATCTTGATACAAATACGCTGGCCAAAAGATATCTTTCTAATACAAATTTCCCTATAAGTGAAGAAGC
ACCCTCTGATATCCTAGACAGTGGTACTAATATGCAGTTTTCTACTTCAAAATACAATCTTCAAATGTCGTTTGAAAGTGCACCCGAAAAAGTGTCAACACTTGAAGGCAAACAGGCAGTCAATATGGAACAAGAACTTGTTAACACAACTTCACCAAAAGGAGTGGTGGATTCCTTGGAGTGTATTGAGGAGGAGTATG
TTGTTGTCAATGCTCATGCTGCTTCAACAGAGGCTCTCTCTTTTTCTCTTGGGGCCTCTGGACTAGACCATTTGCAAAGTAAATCTGTTGTTTCTCCATCGAAGAAGATTCAGAAAAGCATAAGTGCACCAATGCAAATTGTTGGGGTGACTGGGGGTTCTATATGTGGTGTTGAGAGTCTTGAGAGCCAAAGTTCAATA
CCATTGGGATGTTCTGAGGCATCAGTTAGTTCACGGGATGTGTTCGACAGACCATCGGATCTTATTCCAACAAGGCTTGATGCGCTGCGAAGGTGTGCTTATTTAATCACCGAGCTAGCAAAGGAGAAGCTTGAGGCAGGGCTACAGCTGGAAGCTTTTGCAATTCTGCTGGTTTGCTTAGCAATTTGGAAGCAAGCGTT
GCGTGTAAGTCATACTTGGGCTGCCTCATTTGCAGAAAGTTCACCCTGTGAGGGACTTGTGGTGCACAGTCGAGATATGCATGAAGAAGGGGATTTCCAGGGGGCAGCTGCTGCTTGTTCACAAATGGAACAAGAATTTCTGAGTGCAGTGGAGAGTGCTGTGCAACTTGTTAGTCATCTTGGACCTTTGGATGCTAATG
CAGAAATGCCAGATGCAATAGAGATTGTATTCCAGAAAGCATTAACATTAGGAAGGAAGGGCGCTATGGAGGAACTATTTGGAGCGATGGATAATGCAGCAGCATTATATTTGAAATCCACGACTTTACTGTCATTTATTTTGGTTGAAGCATCATCTCTAGAACTGAATCCACCTTTCTCTCTAAGCAGTTCTGATCGG
CAACGACTTCGTCTTTACATTGATTGCCTAACTCAGCAAAATCAGTCGATAGCACACAGCAGGGTCTTTTTACAGCGTGAAGAACAGCAAAGTCTGTAAATATAGCGTGATGCAGAAATTAATTCAGTTTATCAATTGATAAAAATTACATGGAGTTTTCACAAATTTGATTACCAAAACCAACACTTTGTAATTAGCTG
CGCTAAAGTTTGGATCAAATTGTAAATTTAGCTTTAGCCTATGTAAATTATTGAAAAAGTTAGTGTGTAAACTTGGTATTCAATGAAGAGGACCTCTCCTAGAAGAAGATTATAGCAGTCAAGTTGCTGACAAAGAATTTCCAATGTAAATATTTGTATATAAAATTTATTAATTCTTTGCTGTGTCAAGCTTTCTTGTA
AATCAAAATGTAGCATTTCATATAATTTTGTTGATATGAATCATTTCAAATGTAATGATATAAATGAGACATTTTAAATAAAAAATTA

Intron 5 GTAATGGGAA ... ATATCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.66	1	5	4
A2	60	2	1	5
A3	76	3	1	18
A4	100	0	2	2
A5	100	0	0	2
A6	73.74	8	18	27
A7	85.88	3	15.5	21
A8	86.63	4	18	34
A9	80.66	7	17.5	41
A10	92.45	1	4.5	20

>TRINITY_DN40888_c4_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

GGATCAAGCAAGCAGTGCAAAGGTGGAAAGGACCTTACCTATGCTCTGAATGCAACATAATCATGCCTTGGGCTTTAAGAAGAAAATTGGCTTATCAGCACACAATTGATTAGATATCACCACAAGTGATGAGCACCGTGACAACAAAATAACCTCATTTTTTTGACAATATGATAGCATGCCAATAATAATATTTCAAA
TTATGGCTTGAGATGTGTACTTCGCAAAATAATGTGAACTTGCTTTTTACAGACTTCGGTATTATGATCATAATCTGCGAGGGGCTATCCATTACTAGAAATTGATTCCTTCCGATAATTATCCTCCTACAGAAGTCTAAGATAATATACAATGTTGGACTACAGAGTTTATGTATGGTTTATTTCAGCAG

>TRINITY_DN40888_c4_g1_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TATCTACTGAGTTATCTACTGAGGCATTCATTCAAATACAAAACACAGACGACCACCAATCACAAACACCTATTCAACACCGTAACACTGCAAAGAAATAACCGTGAGCTCCTCTGTTCTTCCCGCCTGCTATAACCCCAGGCAGGCTCCGCAAGAGGTTTCATCGTGCATTGAAATTTATAGTGCATAGTAAGTTATCA
TCCATATTCGAATTGTATAATATTGGAGGGAGTAATGTTGACAGGAAGCATGGTGAACACAATGGGAACAGGCCTCTATGTAAGGCAATTTGCTCAATTAAGCGCGTGTGCCAAAGGAAGTGAGTTTGCTTCTACAATTGGGGGCATAAACTTTAAGCTATTATCTTATTCCAATACTTGCAAATACAAAAGGAGGTCAG
GAGAAAGACGCCTTCTTGTGTGGGCTTCTGCGAAAGCGGAGGAGATAGAAGTGGAGGAAAAAGAAAAAGCCAACTTACTCCGGAGAGCTGCGGATTGGAAGAAGGCAGAAACATATAAAGAAAATGGTGAAATCTTTGAAGGAAAGGTTGATGGATCAAACAATGGAGGTGTGCTAGTGCGTTTTGACTCTTTACAAGGC
TTTTTACCTTATTCTCAGATGAGTTCTTCTCATTTTCTAAAAGATGGGAGCAAGACAATTTCAGAGGTTGCAAAAGACTTAATTGGCTCTACACTCTCTCTAAAGGTAATTGAAGCTAGTGAAGAAGAGAAGACATTGATTTTCTCCGAGAAGCAAGCAATGTGGGCAAAGTTTTCTATCAAGGAGGGAGATGCATTTGA
AGGGAGGGTCAGCTCAGTTACTAAGTTTGGTGCCTTTGTAGAATTGCGCTTTCCTGATGGTGGTTACTACGTCGATGGATTGGTTCATATATCTGAGGTTTCATGGGATTTAGTTCGTGATGTACGAGATGTATTAAAGAAAGGTGACGATGTTCGAGTTAAAGTTGTACAAATTGATGTAGAAAAATCAAGGCTGGCAT
TCTCAATCAAACAGTTGCAGGCAGATCCTCTGTTTGAGACTCTGGATACGTTGATGCCGCAAGAAGACACATTGAACATGGGTACATCGACTGCTGATGTAGTGCCTAGTGAACCTCTTCCAGATTTAGAGCAAATATGCGAGGAACTGCTTCAGGAAGAGGGAATAACCAATGTTAAAATTGGAAGACAAGTGCTTGAA
AAGCGTGTTGTTTCCCAAGACTTGGAGCTTTGGCTTTCAAATATTCCAGTTGAGGGTGGGAAATTCACTCTTCTTGCTCGTGCTGGCAGACAGGTACAAGAAGTACAGTTGGAAACTTCCCTTGAGAGGGAGGGGATCAAGCAAGCAGTGCAAAGGgtaatgggaagagttctataagtgcttgcagtagctcctcttag
atcgaatgctttatgtgggtgaacatcccaaggtggaaattcactgtcaagttatttcttctggaaagtatttatcatttccattaaatgcctttatggtatatctgcagTGGAAAGGACCTTACCTATGCTCTGAATGCAACATAATCATGCCTTGGGCTTTAAGAAGAAAATTGGCTTATCAGCACACAATTGATTAG
ATATCACCACAAGTGATGAGCACCGTGACAACAAAATAACCTCATTTTTTTGACAATATGATAGCATGCCAATAATAATATTTCAAATTATGGCTTGAGATGTGTACTTCGCAAAATAATGTGAACTTGCTTTTTACAGACTTCGGTATTATGATCATAATCTGCGAGGGGCTATCCATTACTAGAAATTGATTCCTTCC
GATAATTATCCTCCTACAGAAGTCTAAGATAATATACAATGTTGGACTACAGAGTTTATGTATGGTTTATTTCAGCAG

Intron 6 GTTTGGACTA ... TGCTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.94	54.8	12	17
A2	14.35	47.8	9	7
A3	13.06	63.3	14	5
A4	14.39	29.8	4	6
A5	10.76	41.5	7	3
A6	6.25	15	2	0
A7	7.95	34.8	5	1
A8	16.48	17.8	3	4
A9	2.65	36.8	2	0
A10	12	55	4	11

>TRINITY_DN117899_c1_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

AAATGTGACTGTCTGTCAATGTAAGGGTCCATTAAAAAAGGCAAAAGACAAAAGCAAAAGCTTCCTCTTTAAGCTTGCATGGGTGTTGAAAGATCATGAGTCATGACCGATTGCATGATGAAATTCATCTCATTCATCTATATATACGATTGCTATAACGAGAACGTGCAGTGTGTGTGGCGTGGCATCATATTCTTCCT
TTTCCTTAACCCAATTTTCCAGTCTTCGGTTTGGGTGCTGCTTGCCCCACTCTTATTTATTGATTCGGTTTTCGAAAATTTTGGGTTGAGGAATCCTCATCTATATTTCAAAGCAGCTTCCCATGCCCATCCTTTAAAGAAAGGTACCCATTTCTTGAAAAAACCGGGAGAGTCAAGGAGCTACTGGATATTTGTATGGT
TTTATAACAGTTGATTACTTGAATGCTGATGATTCTGATTCTTCTTCTTCCCAAGAGCTGCAATTGGGTTTTGACGATATTGAGTTTCAGTGAATTTAGTTAATTGATAAACAATTTTGGTGCAGACGTAGAGTTGAGAATGGCCGAGGGAGGGAACAAGGGTAGAGTAGTGGGGAATTACGTTTTGGATAAGCAGATTG
GGTCGGGGTCCTTTTCAGTAGTGTGGCACGCCAGACACATTCACCTCCATGGTTATGAGGTTGCAATCAAAGAAATCGCTACTCAGAAGCTCACTCCCAAGTTGCGGGAGAGCCTGTTCTCGGAGACGAAAATTCTCAGGCAAATTAACCATCCCAATATTATCAGATTGCATGACATTGTAGAAGAATCTGGTAGAATT
TTTATTGTCTTGGAGTATTGTACTGGTGGTGATTTAGCTGCACATATTCAACGTTATGGAAGGTTTCCAGAAGCTGTTGCTCGACATTTTATGATCCAACTTGCTGCTGGACTAAAAGTTCTTCGAGACAACAATCTTATACACAGGGATTTGAAACCGCAGAATCTTCTACTTTCATCAAATGACAGGAATGCGGTACT
GAAAATAGCAGACTTTGGGTTTGCCAGGTCCCTGGAACCCCAAAGGTTAGCAGAAACGCTTTGTGGCTCACCTTTGTACATGGCACCCGAGATTATGCGGTTTCAGAAGTATGATGCCAAGGCAGACTTATGGAGTGTGGGTACTATTCTGTTTCAGCTTGTGACAGGAAATCCACCATTTTCTGGCAATAATCAGATTC
AGCTAATGTACAATATCATGAGATCAAAAGAGCTACACTTTCCAGATGACATTGTCGGAGATCTCCACCCTGATTGCATTGATTTATGCCAAAAACTATTGCGTCGAGATCCAGGTTTGTTTGCTTTGTCAGTACATTTGAAAGTTTAAAGATCAACATTGTGAAGCTTATTTAGGAAGTAAGGCAATTATATAAAAGGA
GTGAACATTGCCCATTCTTTAATATTTTTAAATAAAGACAAAAATTGACGAGGTTTGTTTTATACGGGTAGTAGAGGTAATGATGGTTATTACCAGATGCTCTTGCTAGGGGATTGGGTGAAAGGAGCATGCAATTCATGTATATAAATGAATGGAATTATGGTAATTTTCCCTTTTGAAGTCTAGACTCTAGAGCCTTT
GGATTTATGTGCAATGTTTGTGTTGTGGCAATAAGATTTTTCAAGTGTAAGTAATTGCCAATCCCAATGTATTGAGTAAGCAAATGTAGCGATTGGACTGCTGTGATCCAGTCTGGCTCATGCCCTTGAATATAATCTTAAGCATGTAGAAATTGTTAATTCATTTGAAATTTTAATAGATGCACTAGTGATGGGGTAGC
AAATGCATCGCACTAAAATTTCTCATAGAAATTGGAGTTGGACAGTTGGAGCACATTCAAAATTAAGTTTTTTTTTTTGACAAAGTGCATTTTACATTAAATTGCATAGTAAGATCACATCATGTATTCTATTAGAGGTGCTGGACAGTGCCTTAGTGGATGACATGAGTAGAAGGATAATTGAGAATAAACATCCTTTG
GAGAGATAAACAAATATAATAATATTGGCCCAATTAAGAACAAATTCGCATAGGTTAAGGTGTGAGATAGGAAGATGGAAGGAACCAAAGGAGGGATATAAGAGGACATGTCCAGTTTGCGATAGAGGAGAAGTGGAGACATAGTGACATTTCCTGCTCTGCTGTGAAGCGTATATCCACATTAGGAAGGGGGCAGCATT
AGAAGATAGCAGTTGGGAAGCAACATTTCAGGAGTCAGAAGAAGAGGACATAGCAAATGGGAGACGAGGATGGTGAGATTTAGAGGTCATGTTAAGAACCATCCCAATTGGAGAAGGTGAACCACCCATGGGGGGAAATCTAGATAAGTAAGGCAACAAATTATTGATATCCATTTCTGGGATAGTCTCTTCCTCACTTT
TTGTTTTCTTACTTTCATAGTTACAATGAGATGTAAGTTGCTCCGCTCCACAGGGCTGTTGGCCTCATGGATGTTTTAATAAAATTCTATTCTATTCTCAACATAGGCAAGCAGGGCCAATTGTGGACCAGGGACAGTCTCCTGTCAGAGGGAGTCTGCAGAGTCCATG

>TRINITY_DN117899_c1_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTGATATTTATAAAATCCCCCCTATGGTGGTATAAACTGGTCTTTAATAGTTGAGGTTGTGTCCTATTCTTGGGATTTGTCTAGGATGAAGCCTTTGCATTTGTGTGTGCAAGATAAACTTATTTTATGATCTGTACATATGTTATCATTTTCTACAATCTGGGGAAGCATGTCTGTGAGTCTAGTGATTAGATGGAATT
GGGATGGATGAGCAGCTGGCCCTTAGATTCAGCGATATATTTTTCCAAGTATATGTTGTTTCAGTCTGCCAGCATAGTGTAATATTATTTTGAGTTAATGGTGTTATTTATAGCTTGGTGTTATTGCCGATTTGAAAAATTTCTTAGATGAAAATGGTTTTTCAAAGTTTTCTGATGTTTGATATTTGATGTCTTGGTTT
TTTTGGGATATACAGAATCTTCTACTTTCATCAAATGACAGGAATGCGGTACTGAAAATAGCAGACTTTGGGTTTGCCAGGTGGGATTTTAAAAATATTCATTGTCAATTATTCAAAGTTAATCATGTTACTACCATTTCTTTGTTCTGAAATTACAGTTTTTATTTTTGAAGTGCATTGTAGCATTTATTGAATAATTC
AGTTAGACTATCTCATGCAGTGGGGACACTAATCATTTCTCTATCTCAGTCACAGGTTTTTCCATTTACAAGTTACTGCATCTAACTTCTAAAATATCTTGGATATTAAGATCCTTGCAAATCCTCATAAACTTACACGTATATGTATATCGAAAAGATACCAATTGTGTCCAAAAGGAAACACTGCTGGAGATTCAGGG
TACTTATATCTCATAAATAGCAAGCTTTCAAAAGTCATTGATTTTGAAGAATACATTGGAATGAGTAACAGGGACTGCTGGACCTGGACCTACATAAGCTCACTTGTGCAAATTAGTGTCAAGGACATCATATCCCAGCTCATATCAAGATACCATATTATATTTCTAGGGAACAAAGTTTCAGTATATGTATCTGTTAG
CTTTGAAATATCATATGCTGCGGACTCCTGAGTCACCTTTTCTTGATCTCTTTTAGCGAGAATGCTATTGATGTTGCTAAGTTCATACCTTGGACCTGACCATTTAGATGCTTTCATGGCATCACAATTTGAATGTATTTCTTATGTTTGTTTCTTGTTCTTGATCTCCACCTCCCTGCCTTTTCTTCCATGTAAAGCTA
TTTGATTACACTCATAGCTGATCCTTATGGTGTTTATGTTTATTGTTGCAGGTCCCTGGAACCCCAAAGGTTAGCAGAAACGCTTTGTGGCTCACCTTTGTACATGGCACCCGAGATTATGCGGTTTCAGAAGTATGATGCCAAGGCAGACTTATGGAGTGTGGGTACTATTCTGTTTCAGCTTGTGACAGGAAATCCAC
CATTTTCTGGCAATAATCAGATTCAGgtttggactagcatgtaaacaaactatattctgtcggcattttattatctgctggttgaattatacttatattcattgccaaaatgtacataagaaggttacgtatatgccttcccttttgcttttcagCTAATGTACAATATCATGAGATCAAAAGAGCTACACTTTCCAGAT
GACATTGTCGGAGATCTCCACCCTGATTGCATTGATTTATGCCAAAAACTATTGCGTCGAGATCCAGGTTTGTTTGCTTTGTCAGTACATTTGAAAGTTTAAAGATCAACATTGTGAAGCTTATTTAGGAAGTAAGGCAATTATATAAAAGGAGTGAACATTGCCCATTCTTTAATATTTTTAAATAAAGACAAAAATTG
ACGAGGTTTGTTTTATACGGGTAGTAGAGGTAATGATGGTTATTACCAGATGCTCTTGCTAGGGGATTGGGTGAAAGGAGCATGCAATTCATGTATATAAATGAATGGAATTATGGTAATTTTCCCTTTTGAAGTCTAGACTCTAGAGCCTTTGGATTTATGTGCAATGTTTGTGTTGTGGCAATAAGATTTTTCAAGTG
TAAGTAATTGCCAATCCCAATGTATTGAGTAAGCAAATGTAGCGATTGGACTGCTGTGATCCAGTCTGGCTCATGCCCTTGAATATAATCTTAAGCATGTAGAAATTGTTAATTCATTTGAAATTTTAATAGATGCACTAGTGATGGGGTAGCAAATGCATCGCACTAAAATTTCTCATAGAAATTGGAGTTGGACAGTT
GGAGCACATTCAAAATTAAGTTTTTTTTTTTGACAAAGTGCATTTTACATTAAATTGCATAGTAAGATCACATCATGTATTCTATTAGAGGTGCTGGACAGTGCCTTAGTGGATGACATGAGTAGAAGGATAATTGAGAATAAACATCCTTTGGAGAGATAAACAAATATAATAATATTGGCCCAATTAAGAACAAATTC
GCATAGGTTAAGGTGTGAGATAGGAAGATGGAAGGAACCAAAGGAGGGATATAAGAGGACATGTCCAGTTTGCGATAGAGGAGAAGTGGAGACATAGTGACATTTCCTGCTCTGCTGTGAAGCGTATATCCACATTAGGAAGGGGGCAGCATTAGAAGATAGCAGTTGGGAAGCAACATTTCAGGAGTCAGAAGAAGAGG
ACATAGCAAATGGGAGACGAGGATGGTGAGATTTAGAGGTCATGTTAAGAACCATCCCAATTGGAGAAGGTGAACCACCCATGGGGGGAAATCTAGATAAGTAAGGCAACAAATTATTGATATCCATTTCTGGGATAGTCTCTTCCTCACTTTTTGTTTTCTTACTTTCATAGTTACAATGAGATGTAAGTTGCTCCGCT
CCACAGGGCTGTTGGCCTCATGGATGTTTTAATAAAATTCTATTCTATTCTCAACATAGGCAAGCAGGGCCAATTGTGGACCAGGGACAGTCTCCTGTCAGAGGGAGTCTGCAGAGTCCATG

Intron 7 GTTTGTTTGC ... TCGAGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.72	12	22	7
A2	41.18	10	10	4
A3	44.19	12	7	12
A4	42.22	13	12	7
A5	50	10	17	3
A6	33.33	4	4	0
A7	27.27	8	6	0
A8	0	2	0	0
A9	14.29	6	2	0
A10	30.43	16	14	0

>TRINITY_DN111191_c1_g1_i16 from sample A2 / Example spliced isoform

GCTGCGGACTCCTGAGTCACCTTTTCTTGATCTCTTTTAGCGAGAATGCTATTGATGTTGCTAAGTTCATACCTTGGACCTGACCATTTAGATGCTTTCATGGCATCACAATTTGAATGTATTTCTTATGTTTGTTTCTTGTTCTTGATCTCCACCTCCCTGCCTTTTCTTCCATGTAAAGCTATTTGATTACACTCATA
GCTGATCCTTATGGTGTTTATGTTTATTGTTGCAGGTCCCTGGAACCCCAAAGGTTAGCAGAAACGCTTTGTGGCTCACCTTTGTACATGGCACCCGAGATTATGCGGTTTCAGAAGTATGATGCCAAGGCAGACTTATGGAGTGTGGGTACTATTCTGTTTCAGCTTGTGACAGGAAATCCACCATTTTCTGGCAATAA
TCAGATTCAGCTAATGTACAATATCATGAGATCAAAAGAGCTACACTTTCCAGATGACATTGTCGGAGATCTCCACCCTGATTGCATTGATTTATGCCAAAAATTATTGCGTCGAGATCCAGAGGTAATGATGGTTATTACCAGATGCTCTTGCTAGGGGATTGGGTGAAAGGAGCATGCAATTCATGTATATAAATGAA
TGGAATTATGGTAATTTTCCCTTTTGAAGTCTAGACTCTAGAGCCTTTGGATTTATGTGCAATGTTTGTGTTGTGGCAATAAGATTTTTCAAGTGTAAGTAATTGCCAATCCCAATGTATTGAGTAAGCAAATGTAACGATTGGACTGCTGTGATCCAGTCTGGCTCATGCCCTTGAATATAATCTTAAGCATGTAGAAA
TTGTTAATTCATTTGAAATTTTAATAGATGCACTAGTGATGGGGTAGCAAATGCATCGCACTAAAATTTCTCATAGAAATTGGAGTTGGACAGTTGGAGCACATTCAAAATTAAGTTTTT

>TRINITY_DN111191_c1_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTTACCCATTAATTCATCTCTACATGTCCCAAATAACTGACCAGCTCTCACAGGATTTGTGTGCTGATTAACACACAAATGTGACTGTCTGTCAATGTAAGGGTCCATTAAAAAAGGCAAAAGACAAAAGCAAAAGCTTCCTCTTTAAGCTTGCATGGGTGTTGAAAGATCATGAGTCATGACCGATTGCATGATGAAAT
TCATCTCATTCATCTATATATACGATTGCTATAACGAGAACGTGCAGTGTGTGTGGCGTGGCATCATATTCTTCCTTTTCCTTAAGCCAATTTTCCAGTCGTCGGTTTGGGTGCTGCTTGCCCCACTCTTATTTATTGATTCGGTTTTCGAAAATTTTGGGTTGAGGAATCCTCATCTATATTTCAAAGCAGCTTCCCAT
GCCCATCCTTTAAAGAAAGACGTAGAGTTGAGAATGGCCGAGGGAGGGAACAAGCGTAGAGTTGAGAATGGCCGAGGGAGGGAACAAGGGTAGAGTAGTGGGGAATTACGTTTTGGATAAGCAGATTGGGTCGGGGTCCTTTTCAGTAGTGTGGCACGCCAGACACATTCACCTCCATGGTTATGAGGTTGCAATCAAAG
AAATCGCTACTCAGAAGCTCACTCCCAAGTTGCGGGAGAGCCTGTTCTCGGAGACGAAAATTCTCAGGCAAATTAACCATCCCAATATTATCAGATTGCATGACATTGTAGAAGAATCTGGTAGAATTTTTATTGTCTTGGAGTATTGTACTGGTGGTGATTTAGCTGCACATATTCAACGTTATGGAAGGTTTCCAGAA
GCTGTTGCTCGACATTTTATGATCCAACTTGCTGCTGGACTAAAAGTTCTTCGAGACAACAATCTTATACACAGGGATTTGAAACCGCAGAATCTTCTACTTTCATCAAATGACAGGAATGCGGTACTGAAAATAGCAGACTTTGGGTTTGCCAGGTCCCTGGAACCCCAAAGGTTAGCAGAAACGCTTTGTGGCTCACC
TTTGTACATGGCACCCGAGATTATGCGGTTTCAGAAGTATGATGCCAAGGCAGACTTATGGAGTGTGGGTACTATTCTGTTTCAGCTTGTGACAGGAAATCCACCATTTTCTGGCAATAATCAGATTCAGCTAATGTACAATATCATGAGATCAAAAGAGCTACACTTTCCAGATGACATTGTCGGAGATCTCCACCCTG
ATTGCATTGATTTATGCCAAAAACTTGCGTCGAGATCCAGgtttgtttgctttgtcagtacatttgaaagtttaaagatcaacattgtgaagcttatttaggaagtaaggcaattatataaaaggagtgaacattgcccattctttaatatttttaaataaagacaaaaattgacgaggtttgttttatacgggcagtat
tgcgtcgagatcagAGGTAATGATGGTTATTACCAGATGCTCTTGCTAGGGGATTGGGTGAAAGGAGCATGCAATTCATGTATATAAATGAATGGAATTATGGTAATTTTCCCTTTTGAAGTCTAGACTCTAGAGCCTTTGGATTTATGTGCAATGTTTGTGTTGTGGCAATAAGATTTTTCAAGTGTAAGTAATTGCCA
ATCCCAATGTATTGAGTAAGCAAATGTAACGATTGGACTGCTGTGATCCAGTCTGGCTCATGCCCTTGAATATAATCTTAAGCATGTAGAAATTGTTAATTCATTTGAAATTTTAATAGATGCACTAGTGATGGGGTAGCAAATGCATCGCACTAAAATTTCTCATAGAAATTGGAGTTGGACAGTTGGAGCACATTCAA
AATTAAGTTTTTCAGTTGAACGATTGTCATTTGAGGAGTTCTTCCGTCACAAGTTTATGATACAGACAAGGCCTATAGGTGGTTATGGGAGTACCTCAATGGGTTCAGGAGACAGTACCGTTGTTGAAATTGCAGATGCATCACAAGATGTCTGCTTACCTGTTACCTTGGATAAGGATCCACAGAGTCATAGTCCATCA
CTTTTTCCCATAAATAATACATCATCTATACATCATCTTGATACAAATACGCTGGCCAAAAGATATCTTTCTAATACAAATTTCCCTATAAGTGAAGAAGCACCCTCTGATATCCTAGACAGTGGTACTAATATGCAGTTTTCTACTTCAAAATACAATCTTCAAATGTCGTTTGAAAGTGCACCCCAAAAAGTGTCAAC
ACTTGAAGGCAAACAGGCAGTCAATATGGAACAAGAACTTAACACAACTTCACCAAAAGGAGTGGTGGATTCCTTGGAGTGTATTGAGGAGGAGTATGTTGTTGTCAATGCTCATGCTGCTTCAACAGAGGCTCTCTCTTTTTCTCTTGGGGCCTCTGGACTAGACCATTTGCAAAGTAAATCTGTTGTTTCTCCATCGA
AGAAGATTCAGAAAAGCATAAGTGCACCAATGCAAATTGTTGGGGTGACTGGGGGTTCTATATGTGGTGTTGAGAGTCTTGAGAGCCAAAGTTCAATACCATTGGGATGTTCTGAGGCATCAGTTAGTTCACGGGATGTGTTCGACAGACCATCGGATCTTATTCCAACAAGGCTTGATGCGCTGCGAAGGTGTGCTTAT
TTAATCACCGAGCTAGCAAAGGAGAAG

Intron 8 GTACCCATTT ... TTTGGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57	39.7	48	55
A2	60.4	32.2	59.2	38.7
A3	56.18	33.3	42.9	39.5
A4	56.94	24	40	22.3
A5	48.37	32.6	42	18.7
A6	56.41	5.7	1	9.5
A7	57.6	7.3	11	8.5
A8	54.5	2.9	3	3.8
A9	49.27	14.6	17.2	11
A10	60.46	12.5	20	17.9

>TRINITY_DN117899_c1_g2_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

AAATGTGACTGTCTGTCAATGTAAGGGTCCATTAAAAAAGGCAAAAGACAAAAGCAAAAGCTTCCTCTTTAAGCTTGCATGGGTGTTGAAAGATCATGAGTCATGACCGATTGCATGATGAAATTCATCTCATTCATCTATATATACGATTGCTATAACGAGAACGTGCAGTGTGTGTGGCGTGGCATCATATTCTTCCT
TTTCCTTAAGCCAATTTTCCAGTCGTCGGTTTGGGTGCTGCTTGCCCCACTCTTATTTATTGATTCGGTTTTCGAAAATTTTGGGTTGAGGAATCCTCATCTATATTTCAAAGCAGCTTCCCATGCCCATCCTTTAAAGAAAGACGTAGAGTTGAGAATGGCCGAGGGAGGGAACAAGGGTAGAGTAGTGGGGAATTACG
TTTTGGATAAGCAGATTGGGTCGGGGTCCTTTTCAGTAGTGTGGCACGCCAGACACATTCACCTCCATGGTTATGAGGTTGCAATCAAAGAAATCGCTACTCAGAAGCTCACTCCCAAGTTGCGGGAGAGCCTGTTCTCGGAGACGAAAATTCTCAGGCAAATTAACCATCCCAATATTATCAGATTGCATGACATTGTA
GAAGAATCTGGTAGAATTTTTATTGTCTTGGAGTATTGTACTGGTGGTGATTTAGCTGCACATATTCAACGTTATGGAAGGTTTCCAGAAGCTGTTGC

>TRINITY_DN117899_c1_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAATGTGACTGTCTGTCAATGTAAGGGTCCATTAAAAAAGGCAAAAGACAAAAGCAAAAGCTTCCTCTTTAAGCTTGCATGGGTGTTGAAAGATCATGAGTCATGACCGATTGCATGATGAAATTCATCTCATTCATCTATATATACGATTGCTATAACGAGAACGTGCAGTGTGTGTGGCGTGGCATCATATTCTTCCT
TTTCCTTAACCCAATTTTCCAGTCTTCGGTTTGGGTGCTGCTTGCCCCACTCTTATTTATTGATTCGGTTTTCGAAAATTTTGGGTTGAGGAATCCTCATCTATATTTCAAAGCAGCTTCCCATGCCCATCCTTTAAAGAAAGgtacccatttcttgaaaaaaccgggagagtcaaggagctactggatatttgtatggt
tttataacagttgattacttgaatgctgatgattctgattcttcttcttcccaagagctgcaattgggttttgacgatattgagtttcagtgaatttagttaattgataaacaattttggtgcagACGTAGAGTTGAGAATGGCCGAGGGAGGGAACAAGGGTAGAGTAGTGGGGAATTACGTTTTGGATAAGCAGATTG
GGTCGGGGTCCTTTTCAGTAGTGTGGCACGCCAGACACATTCACCTCCATGGTTATGAGGTTGCAATCAAAGAAATCGCTACTCAGAAGCTCACTCCCAAGTTGCGGGAGAGCCTGTTCTCGGAGACGAAAATTCTCAGGCAAATTAACCATCCCAATATTATCAGATTGCATGACATTGTAGAAGAATCTGGTAGAATT
TTTATTGTCTTGGAGTATTGTACTGGTGGTGATTTAGCTGCACATATTCAACGTTATGGAAGGTTTCCAGAAGCTGTTGCTCGACATTTTATGATCCAACTTGCTGCTGGACTAAAAGTTCTTCGAGACAACAATCTTATACACAGGGATTTGAAACCGCAGAATCTTCTACTTTCATCAAATGACAGGAATGCGGTACT
GAAAATAGCAGACTTTGGGTTTGCCAGGTCCCTGGAACCCCAAAGGTTAGCAGAAACGCTTTGTGGCTCACCTTTGTACATGGCACCCGAGATTATGCGGTTTCAGAAGTATGATGCCAAGGCAGACTTATGGAGTGTGGGTACTATTCTGTTTCAGCTTGTGACAGGAAATCCACCATTTTCTGGCAATAATCAGATTC
AGCTAATGTACAATATCATGAGATCAAAAGAGCTACACTTTCCAGATGACATTGTCGGAGATCTCCACCCTGATTGCATTGATTTATGCCAAAAACTATTGCGTCGAGATCCAGGTTTGTTTGCTTTGTCAGTACATTTGAAAGTTTAAAGATCAACATTGTGAAGCTTATTTAGGAAGTAAGGCAATTATATAAAAGGA
GTGAACATTGCCCATTCTTTAATATTTTTAAATAAAGACAAAAATTGACGAGGTTTGTTTTATACGGGTAGTAGAGGTAATGATGGTTATTACCAGATGCTCTTGCTAGGGGATTGGGTGAAAGGAGCATGCAATTCATGTATATAAATGAATGGAATTATGGTAATTTTCCCTTTTGAAGTCTAGACTCTAGAGCCTTT
GGATTTATGTGCAATGTTTGTGTTGTGGCAATAAGATTTTTCAAGTGTAAGTAATTGCCAATCCCAATGTATTGAGTAAGCAAATGTAGCGATTGGACTGCTGTGATCCAGTCTGGCTCATGCCCTTGAATATAATCTTAAGCATGTAGAAATTGTTAATTCATTTGAAATTTTAATAGATGCACTAGTGATGGGGTAGC
AAATGCATCGCACTAAAATTTCTCATAGAAATTGGAGTTGGACAGTTGGAGCACATTCAAAATTAAGTTTTTTTTTTTGACAAAGTGCATTTTACATTAAATTGCATAGTAAGATCACATCATGTATTCTATTAGAGGTGCTGGACAGTGCCTTAGTGGATGACATGAGTAGAAGGATAATTGAGAATAAACATCCTTTG
GAGAGATAAACAAATATAATAATATTGGCCCAATTAAGAACAAATTCGCATAGGTTAAGGTGTGAGATAGGAAGATGGAAGGAACCAAAGGAGGGATATAAGAGGACATGTCCAGTTTGCGATAGAGGAGAAGTGGAGACATAGTGACATTTCCTGCTCTGCTGTGAAGCGTATATCCACATTAGGAAGGGGGCAGCATT
AGAAGATAGCAGTTGGGAAGCAACATTTCAGGAGTCAGAAGAAGAGGACATAGCAAATGGGAGACGAGGATGGTGAGATTTAGAGGTCATGTTAAGAACCATCCCAATTGGAGAAGGTGAACCACCCATGGGGGGAAATCTAGATAAGTAAGGCAACAAATTATTGATATCCATTTCTGGGATAGTCTCTTCCTCACTTT
TTGTTTTCTTACTTTCATAGTTACAATGAGATGTAAGTTGCTCCGCTCCACAGGGCTGTTGGCCTCATGGATGTTTTAATAAAATTCTATTCTATTCTCAACATAGGCAAGCAGGGCCAATTGTGGACCAGGGACAGTCTCCTGTCAGAGGGAGTCTGCAGAGTCCATG

Intron 9 GTTCCTTGTT ... TTGCAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	7	3	4
A2	-1	0	0	0
A3	33.33	3	3	0
A4	33.33	2	1	1
A5	-1	0	0	0
A6	21.74	9	3	2
A7	33.33	7	1	6
A8	25.93	20	4	10
A9	24.14	11	1	6
A10	33.33	11	9	2

>TRINITY_DN40888_c4_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

TATCTACTGAGTTATCTACTGAGGCATTCATTCAAATACAAAACACAGACGACCACCAATCACAAACACCTATTCAACACCGTAACACTGCAAAGAAATAACCGTGAGCTCCTCTGTTCTTCCCGCCTGCTATAACCCCAGGCAGGCTCCGCAAGAGGTTTCATCGTGCATTGAAATTTATAGTGCATAGTAAGTTATCA
TCCATATTCGAATTGTATAATATTGGAGGGAGTAATGTTGACAGGAAGCATGGTGAACACAATGGGAACAGGCCTCTATGTAAGGCAATTTGCTCAATTAAGCGCGTGTGCCAAAGGAAGTGAGTTTGCTTCTACAATTGGGGGCATAAACTTTAAGCTATTATCTTATTCCAATACTTGCAAATACAAAAGGAGGTCAG
GAGAAAGACGCCTTCTTGTGTGGGCTTCTGCGAAAGCGGAGGAGATAGAAGTGGAGGAAAAAGAAAAAGCCAACTTACTCCGGAGAGCTGCGGATTGGAAGAAGGCAGAAACATATAAAGAAAATGGTGAAATCTTTGAAGGAAAGGTTGATGGATCAAACAATGGAGGTGTGCTAGTGCGTTTTGACTCTTTACAAGGC
TTTTTACCTTATTCTCAGATGAGTTCTTCTCATTTTCTAAAAGATGGGAGCAAGACAATTTCAGAGGTTGCAAAAGACTTAATTGGCTCTACACTCTCTCTAAAGGTAATTGAAGCTAGTGAAGAAGAGAAGACATTGATTTTCTCCGAGAAGCAAGCAATGTGGGCAAAGTTTTCTATCAAGGAGGGAGATGCATTTGA
AGGGAGGGTCAGCTCAGTTACTAAGTTTGGTGCCTTTGTAGAATTGCGCTTTCCTGATGGTGGTTACTACGTCGATGGATTGGTTCATATATCTGAGGTTTCATGGGATTTAGTTCGTGATGTACGAGATGTATTAAAGAAAGGTGACGATGTTCGAGTTAAAGTTGTACAAATTGATGTAGAAAAATCAAGGCTGGCAT
TCTCAATCAAACAGTTGCAGGCAGATCCTCTGTTTGAGACTCTGGATACGTTGATGCCGCAAGAAGACACATTGAACATGGGTACATCGACTGCTGATGTAGTGCCTAGTGAACCTCTTCCAGATTTAGAGCAAATATGCGAGGAACTGCTTCAGGAAGAGGGAATAACCAATGTTAAAATTGGAAGACAAGTGCTTGAA
AAGCGTGTTGTTTCCCAAGACTTGGAGCTTTGGCTTTCAAATATTCCAGTTGAGGGTGGGAAATTCACTCTTCTTGCTCGTGCTGGCAGACAGGTACAAGAAGTACAGTTGGAAACTTCCCTTGAGAGGGAGGGGATCAAGCAAGCAGTGCAAAGGGTAATGGGAAGAGTTCTATAAGTGCTTGCAGTAGCTCCTCTTAG
ATCGAATGCTTTATGTGGGTGAACATCCCAAGGTGGAAATTCACTGTCAAGTTATTTCTTCTGGAAAGTATTTATCATTTCCATTAAATGCCTTTATGGTATATCTGCAGTGGAAAGGACCTTACCTATGCTCTGAATGCAACATAATCATGCCTTGGGCTTTAAGAAGAAAATTGGCTTATCAGCACACAATTGATTAG
ATATCACCACAAGTGATGAGCACCGTGACAACAAAATAACCTCATTTTTTTGACAATATGATAGCATGCCAATAATAATATTTCAAATTATGGCTTGAGATGTGTACTTCGCAAAATAATGTGAACTTGCTTTTTACAGACTTCGGTATTATGATCATAATCTGCGAGGGGCTATCCATTACTAGAAATTGATTCCTTCC
GATAATTATCCTCCTACAGAAGTCTAAGATAATATACAATGTTGGACTACAGAGTTTATGTATGGTTTATTTCAGCAG

>TRINITY_DN40888_c4_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TATCTACTGAGTTATCTACTGAGGCATTCATTCAAATACAAAACACAGACGACCACCAATCACAAACACCTATTCAACACCGTAACACTGCAAAGAAATAACCGTGAGCTCCTCTGTTCTTCCCGCCTGCTATAACCCCAGGCAGGCTCCGCAAGAGGTTTCATCGTGCATTGAAATTTATAGTGCATAGTAAGTTATCA
TCCATATTCGAATTGTATAATATTGGAGGGAGTAATGTTGACAGGAAGCATGGTGAACACAATGGGAACAGGCCTCTATGTAAGGCAATTTGCTCAATTAAGCGCGTGTGCCAAAGGAAGTGAGTTTGCTTCTACAATTGGGGGCATAAACTTTAAGCTATTATCTTATTCCAATACTTGCAAATACAAAAGGAGGTCAG
GAGAAAGACGCCTTCTTGTGTGGGCTTCTGCGAAAGCGGAGGAGATAGAAGTGGAGGAAAAAGAAAAAGCCAACTTACTCCGGAGAGCTGCGGATTGGAAGAAGGCAGAAACATATAAAGAAAATGGTGAAATCTTTGAAGGAAAGGTTGATGGATCAAACAATGGAGGTGTGCTAGTGCGTTTTGACTCTTTACAAGGC
TTTTTACCTTATTCTCAGATGAGTTCTTCTCATTTTCTAAAAGATGGGAGCAAGACAATTTCAGAGGTTGCAAAAGACTTAATTGGCTCTACACTCTCTCTAAAGGTAATTGAAGCTAGTGAAGAAGAGAAGACATTGATTTTCTCCGAGAAGCAAGCAATGTGGGCAAAGTTTTCTATCAAGGAGGGAGATGCATTTGA
AGGGAGGGTCAGCTCAGTTACTAAGTTTGGTGCCTTTGTAGAATTGCGCTTTCCTGATGGTGGTTACTACGTCGATGGATTGGTTCATATATCTGAGGTTTCATGGGATTTAGTTCGTGATGTACGAGATGTATTAAAGAAAGGTGACGATGTTCGAGTTAAAGTTGTACAAATTGATGTAGAAAAATCAAGGCTGGCAT
TCTCAATCAAACAGTTGCAGGCAGATCCTCTGTTTGAGACTCTGGATACGTTGATGCCGCAAGAAGACACATTGAACATGGGTACATCGACTGCTGATGTAGTGCCTAGTGAACCTCTTCCAGATTTAGAGCAAATATGCGAGGAACTGCTTCAGGAAGAGGGAATAACCAATGTTAAAATTGGAAGACAAGTGCTTGAA
AAGCGTGTTGTTTCCCAAGACTTGGAGCTTTGGCTTTCAAATATTCCAGTTGAGGGTGGGAAATTCACTCTTCTTGCTCGTGCTGGCAGACAGgttccttgtttatatttattataagttttgaacaaacaacttgaatattttttgatgtacatattgtgtaaaagcaataacaggtgtataaaatattggactggaga
agtactcttaagggaaattaacaattagaatcctgttccttgcaaacagGTACAAGAAGTACAGTTGGAAACTTCCCTTGAGAGGGAGGGGATCAAGCAAGCAGTGCAAAGGGTAATGGGAAGAGTTCTATAAGTGCTTGCAGTAGCTCCTCTTAGATCGAATGCTTTATGTGGGTGAACATCCCAAGGTGGAAATTCAC
TGTCAAGTTATTTCTTCTGGAAAGTATTTATCATTTCCATTAAATGCCTTTATGGTATATCTGCAGTGGAAAGGACCTTACCTATGCTCTGAATGCAACATAATCATGCCTTGGGCTTTAAGAAGAAAATTGGCTTATCAGCACACAATTGATTAGATATCACCACAAGTGATGAGCACCGTGACAACAAAATAACCTCA
TTTTTTTGACAATATGATAGCATGCCAATAATAATATTTCAAATTATGGCTTGAGATGTGTACTTCGCAAAATAATGTGAACTTGCTTTTTACAGACTTCGGTATTATGATCATAATCTGCGAGGGGCTATCCATTACTAGAAATTGATTCCTTCCGATAATTATCCTCCTACAGAAGTCTAAGATAATATACAATGTTG
GACTACAGAGTTTATGTATGGTTTATTTCAGCAG