sp|P41918|RANA1_TOBAC ----> GTP-binding nuclear protein Ran-A1

Intron 1 GTGCGATATA ... TGTGAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.38	1011	275	5
A2	23.33	1137	346	3
A3	21.86	1373	384	3
A4	24.98	973	324	3
A5	21.83	716	200	1
A6	21.03	7272	1937	0
A7	22.05	5458	1544	1
A8	19.26	3156	753	4
A9	20.21	5566	1410	0
A10	22.14	4853	1380	0

>TRINITY_DN101866_c1_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GGGTTCTTGCCTTCGATTTCATATATTTCCTCTCCCACATTCTCCGTGGGCGCTCTGCATCCTTCTCGTGCAGTTTTTGTTTTCCTCGGATAGGCAGGGCCTTGGCCTCAGTGGCTTCGTCCTTCAATTGGGTATCTGAAGAGCTCTTAATCGTGTTAAATGGCACTTCCTGGTCAGCACGCTGATTGCCCGAGCTTTAA
GCTCGTCATTGTAGGGGATGGAGGAACTGGGAAGACAACCTTTGTGAAGCGTCATCTTACTGGGGAGTTTGAGAAGAAATACGAGCCTACCATTGGTGTTGAAGTCCATCCTCTTGATTTTTTCACAAACTGTGGTAAAATTCGCTTTTATTGTTGGGACACTGCTGGGCAAGAGAAATTTGGTGGCCTCAGGGATGGTT
ACTACATTCATGGGCAGTGCGCAGTTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGACTTACAAGAATGTCCCAACTTGGCACAGGGATCTTTGCAGGGTGTGTGAGAACATTCCCATTGTTCTTTGTGGAAACAAGGTTGACGTGAAGAATAGGCAAGTAAAAGCCAAGCAAGTTACATTTCACAGAAAGAAGAATCTTCAA
TACTATGAGATATCTGCTAAAAGTAACTACAACTTTGAGAAGCCATTCCTCTATTTGGCACGCAAGCTCTCTGGGGATCCAAACCTTCATTTTGTGGAGTCACCCGCTCTTGCTCCTCCTGAGGTTCAGATTGACCTTGCAACTCAGCAGCAGTATGAGGCAGAACTTCAAGCAGCTGCTGCCCAACCTCTTCCAGATGA
TGATGATGATGCTTTTGAATAGTTTTGTTAAATATGTTTTTTCATATTCAGGGATTCGCGGATTCAATTAGTTTGTATCATTGGAGTTTATTCGAGTTCCAAGATTTAATTCTGATTTGTATTTGGGGCTTATTATAGCTTTACTGGCTCCCTGATGTGCTTTGGGTACTGTGGCAGATGGTTTCAATGGGTGGAGTTGG
CTAAGCTGTCTTAGTTCAACTCCAGTGCAGAGTTATTTTTATATGCTAAGATATAGTGTTTTTGGATATATACTGTTGCACATTTTGCACAATAACTTTTTGTAAGCTTCAAATGTTTCGAGAATGCAAGTGGACTGTTGCACATTTTGCACAATAACTTTTTGTAAGCTTCAAATGTTTCGAGAATGCAAGTGGACTGT
TGCACATTTTGCACAATATCTTTCGTTATATACCGTTGGGACAAGTGCTAATTGAAACGATTGTTGCTTGGAATTTATGATGGTTAGTTAAAGCTGTACCTCTGGCTAGGCCTGAGGATTTATGCAAGCTCTGGTTTAAAT

>TRINITY_DN101866_c1_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGGTTCTTGCCTTCGATTTCATATATTTCCTCTCCCACATTCTCCGTGGGCGCTCTGCATCCTTCTCGTGCAGTTTTTGTTTTCCTCGGATAGGCAGGGCCTTGGCCTCAGTGGCTTCGTCCTTCAATTGGGTATCTGAAGAGCTCTTAATCGTGTTAAATGGCACTTCCTGGTCAGCACGCTGATTGCCCGAGCTTTAA
GCTCGTCATTGTAGGGGATGGAGGAACTGgtgcgatataactagggtttatgttcagttttgcttgttttctatataaatcggttaggttgactgttagaaattttgtgaatcagGGAAGACAACCTTTGTGAAGCG

Intron 2 GTAAGTAGAA ... GTTTTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.06	627	0	78
A2	12.33	455	0	64
A3	11.31	502	2	64
A4	12.61	395	1	57
A5	10.79	281	0	34
A6	11.62	4828	0	635
A7	12.94	2975	2	442
A8	12.46	3632	0	517
A9	12.44	3063	1	435
A10	12.99	2023	0	302

>TRINITY_DN101866_c1_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GGGTTCTTGCCTTCGATTTCATATATTTCCTCTCCCACATTCTCCGTGGGCGCTCTGCATCCTTCTCGTGCAGTTTTTGTTTTCCTCGGATAGGCAGGGCCTTGGCCTCAGTGGCTTCGTCCTTCAATTGGGTATCTGAAGAGCTCTTAATCGTGTTAAATGGCACTTCCTGGTCAGCACGCTGATTGCCCGAGCTTTAA
GCTCGTCATTGTAGGGGATGGAGGAACTGGGAAGACAACCTTTGTGAAGCGTCATCTTACTGGGGAGTTTGAGAAGAAATACGAGCCTACCATTGGTGTTGAAGTCCATCCTCTTGATTTTTTCACAAACTGTGGTAAAATTCGCTTTTATTGTTGGGACACTGCTGGGCAAGAGAAATTTGGTGGCCTCAGGGATGGTT
ACTACATTCATGGGCAGTGCGCAGTTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGACTTACAAGAATGTCCCAACTTGGCACAGGGATCTTTGCAGGGTGTGTGAGAACATTCCCATTGTTCTTTGTGGAAACAAGGTTGACGTGAAGAATAGGCAAGTAAAAGCCAAGCAAGTTACATTTCACAGAAAGAAGAATCTTCAA
TACTATGAGATATCTGCTAAAAGTAACTACAACTTTGAGAAGCCATTCCTCTATTTGGCACGCAAGCTCTCTGGGGATCCAAACCTTCATTTTGTGGAGTCACCCGCTCTTGCTCCTCCTGAGGTTCAGATTGACCTTGCAACTCAGCAGCAGTATGAGGCAGAACTTCAAGCAGCTGCTGCCCAACCTCTTCCAGATGA
TGATGATGATGCTTTTGAATAGTTTTGTTAAATATGTTTTTTCATATTCAGGGATTCGCGGATTCAATTAGTTTGTATCATTGGAGTTTATTCGAGTTCCAAGATTTAATTCTGATTTGTATTTGGGGCTTATTATAGCTTTACTGGCTCCCTGATGTGCTTTGGGTACTGTGGCAGATGGTTTCAATGGGTGGAGTTGG
CTAAGCTGTCTTAGTTCAACTCCAGTGCAGAGTTATTTTTATATGCTAAGATATAGTGTTTTTGGATATATACTGTTGCACATTTTGCACAATAACTTTTTGTAAGCTTCAAATGTTTCGAGAATGCAAGTGGACTGTTGCACATTTTGCACAATAACTTTTTGTAAGCTTCAAATGTTTCGAGAATGCAAGTGGACTGT
TGCACATTTTGCACAATATCTTTCGTTATATACCGTTGGGACAAGTGCTAATTGAAACGATTGTTGCTTGGAATTTATGATGGTTAGTTAAAGCTGTACCTCTGGCTAGGCCTGAGGATTTATGCAAGCTCTGGTTTAAAT

>TRINITY_DN101866_c1_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GACCTTGCAACTCAGCAGCAgtaagtagaatgttaaatatttgatttattttgtcagtcttttactgaaataatttgttcatttctaaaagattatgaaattttggcttacaatgcaatgttttgtcagGTATGAGGCAGAACTTCAAGCAGCTGCTGCCCAACCTCTTCCAGATGATGATGATGATGCTTTTGAATAGT
TTTGTTAAATATGTTTTTTCATATTCAGGGATTCGCGGATTCAATTAGTTTGTATCATTGGAGTTTATTCGAGTTCCAAGATTTAATTCTGATTTGTATTTGGGGCTTATTATAGCTTTACTGGCTCCCTGATGTGCTTTGGGTACTGTGGCAGATGGTTTCAATGGGTGGAGTTGGCTAAGCTGTCTTAGTTCAACTCC
AGTGCAGAGTTATTTTTATATGCTAAGATATAGTGTTTTTGGATATATACTGTTGCACATTTTGCACAATAACTTTTTGTAAGCTTCAAATGTTTCGAGAATGCAAGTGGACTGTTGCACATTTTGCACAATAACTTTTTGTAAGCTTCAAATGTTTCGAGAATGCAAGTGGACTGTTGCACATTTTGCACAATA

Intron 3 GTGAGTATAA ... TCTCGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.64	972	175	81
A2	11.87	995	194	74
A3	11.3	1264	266	56
A4	12.9	864	169	87
A5	10.47	761	130	48
A6	10.59	6620	1197	371
A7	10.81	4784	862	298
A8	10.76	3068	549	191
A9	10.59	5010	902	285
A10	10.02	4169	692	236

>TRINITY_DN122298_c0_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTGTATAAACTAAAAGGTGGGTAGGGCTTTCTTTGGCCGTTTTAAGGGTTCTTGCCTTCGATTTCATATATTTCCTCTCCCACATTCTCCGTGGGCGCTCTGCATCCTTCTCGTGCAGTTTTTGTTTTCCTCGGATAGTCAGGGCCTTGGCCTCAGTGGCTTCGTCCTTCAATTGGGTATCTGAAGAGCTCTTAATCGT
GTTAAATGGCACTTCCTGGTCAGCACGCTGATTGCCCGAGCTTTAAGCTCGTCATTGTAGGGGATGGAGGAACTGGGAAGACAACCTTTGTGAAGCGTCATCTTACTGGGGAGTTTGAGAAGAAATACGAGCCTACCATTGGTGTTGAAGTCCATCCTCTTGATTTTTTCACAAACTGTGGTAAAATTCGCTTTTATTGT
TGGGACACTGCTGGGCAAGAGAAATTTGGTGGCCTCAGGGATGGTTACTACATTCATGGGCAGTGCGCAGTTATCATGTTTGATGTTACTGCTCGCTTGACTTACAAGAATGTCCCAACTTGGCACAGGGATCTTTGCAGGGTGTGTGAGAACATTCCCATTGTTCTTTGTGGAAACAAGGTTGACGTGAAGAATAGGCA
AGTAAAAGCCAAGCAAGTTACATTTCACAGAAAGAAGAATCTTCAATACTATGAGATATCTGCTAAAAGTAACTACAACTTTGAGAAGCCATTCCTCTATTTGGCACGCAAGCTCTCTGGGGATCCAAACCTTCATTTTGTGGAGTCACCCGCTCTTGCTCCTCCTGAGGTTCAGATTGACCTTGCAACTCAGCAGCAGT
ATGAGGCAGAACTTCAAGCAGCTGCTGCCCAACCTCTTCCAGATGATGATGATGATGCTTTTGAATAGTTTTGTTAAATATGTTTTTTCATATTCAGGGATTCGCGGATTCAATTAGTTTGTATCATTGGAGTTTATTCGAGTTCCAAGATTTAATTCTGATTTGTATTTGGGGCTTATTATAGCTTTACTGGCTCCCTG
ATGTGCTTTGGGTACTGTGGCAGATGGTTTCAATGGGTGGAGTTGGCTAAGCTGTCTTAGTTCAACTCCAGTGCAGAGTTATTTTTATATGCTAAGATATAGTGTTTTTGGATATATACTGTTGCACATTTTGCACAATAACTTTTTGTAAGCTTCAAATGTTTCGAGAATGCAAGTGGACTGTTGCACATTTTGCACAA
TAACTTTTTGTAAGCTTCAAATGTTTCGAGAATGCAAGTGTCTTTCGTTATATACCGTTGGGACAAGTGCTAATTGAAACGATTGTTGCTTGGAATTTATGATGGTTAGTTAAAGCTGTACCTCTGGCTAGGCCTGAGGATTTATGCAAGCTCTGGTTTAAATTGGTTTACACTGTTGATGACTGTTGCTATCCAGCTTT
CATGGGTTTTCTTTTGGTAACGTTGTTTGTTGCACACACTAAGGTATTCTCCACACACTTAATTGTGCTCTGGATTGATTGCGGCATAAATACTTGGTCCAAATTTTGAATATTATATTACATATTGGAAACATGGTGGTTTTTCTTATCCATACACTTAATTGTGCTCTCGATTGATTTCAGCATAAATACTTGTCCAA
ATTTTGAATATTATATTACATATTGGAAACATGGTGGTTTTTCTTATCCATACACTTAATTGTGCTCTCGATTGATTTCAGCATAAATACTTGTCCAAATTTTGAATATTATATT

>TRINITY_DN122298_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTGTATAAACTAAAAGGTGGGTAGGGCTTTCTTTGGCCGTTTTAAGGGTTCTTGCCTTCGATTTCATATATTTCCTCTCCCACATTCTCCGTGGGCGCTCTGCATCCTTCTCGTGCAGTTTTTGTTTTCCTCGGATAGTCAGGGCCTTGGCCTCAGTGGCTTCGTCCTTCAATTGGGTATCTGAAGAGCTCTTAATCGT
GTTAAATGGCACTTCCTGGTCAGCACGCTGATTGCCCGAGCTTTAAGCTCGTCATTGTAGGGGATGGAGGAACTGGGAAGACAACCTTTGTGAAGCGTCATCTTACTGGGGAGTTTGAGAAGAAATACGAGCgtgagtataatatttatattggtttttattatattagagcctctgtatgtctcctgcaataaatagta
ttttgttcagacggttttgttattttttattgctcctggacacattcaaatccccactacagttatagttgtagtggttagtatttatattaaatataagcagtgccattgggtcgcctcatggatcgatgtcttaaaggtccttagtcacgtctttcatagttttagggcttattgggctgtgttttcagttgacggtc
ctgagatctatcctcatatggtattttttgtacactgatgatcccagatcggcggaagccttccgattttgaagggttttgatttaacatttcatggacagtctttcgtcatagctaatgatcaaattcagtgcttctgggtggataatttgccaaaagttagttgtatattaagtcaataactgtgtcccgcataacta
agtttttattgcccctggtaggatttgataataacacacagattggattgatcatccctaagtgctggcccaaatgaaactccatcaagaaattagctgaaaatgaattgctgcagtttggacgagatgctaatattcttctctttctcgtgcagCTACCATTGGTGTTGAAGTCCATCCTCTTGATTTTTTCACAAACT
GTGGTAAAATTCGCTTTTATTGTTGGGACACTGCTGGGCAAGAGAAATTTGGTGGCCTCAGGGATGGTTACTAGTAAGTTTTACTGCCCTAAACTTGATCTCGTGTCTATTTTAGTTATTTTATTATTGTGGGCTTTTTGTTATGTTATAATGGCGATTTTGATGTTTCACGTAAATTGAGTCATTTGTATTTTAGTTTT
AGCTGTTAGCCATTTTGTTGCTAGATTTTCGGATTTTT