sp|Q680P8|RS29_ARATH ----> Small ribosomal subunit protein uS14z/uS14y/uS14x
Intron 1 GTACAAGATG ... TCAATTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.16 | 360.9 | 13.5 | 74 |
| A2 | 13.86 | 442.1 | 17.8 | 84.8 |
| A3 | 12.35 | 499.1 | 11.4 | 81.4 |
| A4 | 10.76 | 375.6 | 11.3 | 51 |
| A5 | 12.22 | 394 | 7.8 | 63.7 |
| A6 | 12.2 | 6727.7 | 71.1 | 1111.8 |
| A7 | 12.55 | 3601.8 | 37.1 | 619.1 |
| A8 | 11.87 | 2531.7 | 20.4 | 403.8 |
| A9 | 12.11 | 3785.3 | 21.8 | 620.6 |
| A10 | 11.36 | 3188.4 | 19.6 | 481.9 |
>TRINITY_DN116131_c1_g4_i4 from sample A1 / Example spliced isoformAAAGCTTAATACCCTTGAACTTACGGACCTGAAGCAATTATTTCGTTAGGGCTTAGCGGACGTCAAAGTGGAATAAAACGCGTCCCAAAGAATTATCGTCCTCTATTTAGTGACATTAGGGTTTAAGGGCGGCATTGCTGAATACAGAGGCGAGGAGAAGGAGCGGCGGGCTGAGTTAGGAGCGAAATCATACCAGATTA
AAACGAGGTCAAAAGGTCGAATTTGGTGATTTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTATGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGTTCCCGCGCCTGTCGAGTGTGTGGGAACCCACATGGCTTGATTAGGAAATATGGTCTCAATTGTTGTCGACAGTGCTTTCGTACTTACTCCAAAGACATTGGATTTGT
TAAGTACCGATAAGAGATGGAGTCTTTAGTGAAGGAGCTGCAGAATCATCCCATCTGTACGATTGAGCTACTCCTGGGTTATTGGTCGGATGGTTTTTTATGATGTTGCTCAAGTTCAATTCAGTCATTCCAGAACTCTATGATGGACAGATAGAAATATTCGATGAATTGCGAAGTTTTGTTATTTTCTATTACATCAA
TTTATAATTATGGACTCTAAATTCTAGTTTACATATGTAGAGATTTAGGAGGGAATAATTGAATATGATAATTTTTGCTAGAGTCAATAGATGAATGGAGTCATGTTTTGTGGCTTATTTAATCGTTTGGTTAATTGGATGCATCTGTGATGCTATCTATAATTTTTGTTATGGATTCTTAAACTGTGAATTGTTTAGAT
ATTTAAAAATGGAGGTGTACTGTGTCAGATTTTATGTTTTTATGGTTGTCCTATCTTTCCGGGATTATAATAGTCACCTTACAGAGCATTTATCTTATTTGGTTGCTGGAAAAACCTTTTCAATTACCCCAATTTATTTGTATCGATAGTTTGGCCATTTCTATTTCCATTGATGAGCGAGAATTGGATAAATGAGCCTT
TTATAAGGGTACATACATCCGTTGGTTATCTTAAATATTTAGAGGTATCTCTGGAGGAGACTTCTTTGTCTATGTTAAATATATGATGTGTAATTCCGCTTTAAGTAGCCTTTAGAAGACATACATTTTAGAACTATGCATTTTCCCTCTTTTTATATATCCATTTCCTCGTTGCTCAGTGTATGATTTTTTTTTTTTTA
CATTTGACCAAGCATCCGACCCTTCCACCTGTAAGAAAGGGGTATTCCTCATGACTCATTAAGGGCAATCAATAATTGGCTCACCAATAATGGAACATATCAAAAATGGATTTGAACTTGGCTAAGAGGATAACAATTCTCTGAAGTAACTTCATTTTAGCTTGCTTGATTTGTGTCGTGGGAAAGCAGTTCGGTATTTT
ACTATTTTCAAACTGTTAGGTTGTTTTGTGTTTTTTAGATTTTTTATTATTTGAAATTCCTCTACTTCAGTTTTCATTGGTTATTTTCAATGGAATAAATTGCGAAAAACTTATTTTGATTACTTCCCTATGATTTATGGATGGTTAATGAGGTAAACTGTCGACCTTGATTATGGAGTCTAATCTGAAGAGAATGAAAG
GAGTTAAGACATAACCTTTGTGACTTGGAAGAGAGATTCCATGTCTAGTTCAAGACCAATTGAGCAAACCCATGAAGCTAGTTATACCTGAATTTTATGACATGCATTTACTAATTTCAAGGTCTTTAAAGTACTGCAGATTTTGCCATTGCTATTCACTAAAAAAAATTGAGAACATTGTCCACTCACTGCGACAGTTT
CAAGGAATTTCAGATTCGTCATGTTTATTACGAGTTTATTTTACAGGTGATTTGAATCTTGTAGTGGATTTTGAAACTGCCCTAGGGAGGCTATGTGTGTATGTGAGATGTTTTGGAAGCCGTACATTTTTATATGGTTATATTTAGTTTGGCCATTAAAGAGGGGTTTGACCTTCTAATGACACGATTATAGGCCATTA
CTTGAGCCAACCTGAACAACCACCCTTATCCTTTATGTCCAAGCAGGTTGCCCATCATAAATGTTTTTAACCACCGTTCAGAAGGGTTGACCCTTTATAACCAAGTAGGTTGCTTATCATAAGTGTTTTTAACATTAGGTAGACTTTCAGTGATGATATATGTATATGTATATGTATGTCTGAGAAGCCGTAACATTTTT
ATATGGTTATATTTGGTCTGGCCCTTAAAAAGCGTTTGACCTTTGGACATCATGATTAGGCCAGGACCAGGACCAAGCAATTTTAGAATGGTCGAATCTTTATAATTAAGCAGGCTGGCCACCATAAATATTTTTAACACAAGGTTAACCTCCAG
>TRINITY_DN116131_c1_g4_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAAGCTTAATACCCTTGAACTTACGGACCTGAAGCAATTATTTCGTTAGGGCTTAGCGGACGTCAAAGTGGAATAAAACGCGTCCCAAAGAATTATCGTCCTCTATTTAGTGACATTAGGGTTTAAGGGCGGCATTGCTGAATACAGAGGCGAGGAGAAGGAGCGGCGGGCTGAGTTAGGAGCGAAATCATACCAGATTA
AAACGgtacaagatgaagtccattccattctgttttgtcatatttctgttgttttttctgtttactctgcagtgctaggcttgtgcgaaccatcaataaaatgggcaattacagtagggttttgaggatctagggtttgttggggttttagagattttgctgtattcaaatggggtttgttgtgttatcgagtgttacag
gattagtttgttttgccacttgaccaaaaccggcgtgccgttgtttcttttttatttgcacgtgcaatatgttatcagatatttccagtttgcttccacgctctgatctatcatggctgactttaatcttttcaattacagAGGTCAAAAGGTCGAATTTGGTGATTTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTATGGA
ATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGTTCCCGCGCCTGTCGAGTGTGTGGGAACCCACATGGCTTGATTAGGAAATATGGTCTCAATTGTTGTCGACAGTGCTTTCGTACTTACTCCAAAGACATTGGATTTGTTAAGTACCGATAAGAGATGGAGTCTTTAGTGAAGGAGCTGCAGAATCATCCCATCTGTACGATT
GAGCTACTCCTGGGTTATTGGTCGGATGGTTTTTTATGATGTTGCTCAAGTTCAATTCAGTCATTCCAGAACTCTATGATGGACAGATAGAAATATTCGATGAATTGCGAAGTTTTGTTATTTTCTATTACATCAATTTATAATTATGGACTCTAAATTCTAGTTTACATATGTAGAGATTTAGGAGGGAATAATTGAAT
ATGATAATTTTTGCTAGAGTGCATAGATGAATGGAGTCATGTTTTGTGGCTTATTTAATCGTTTGGTTAATTGGATGCATCTGTGATGCTATCTATAATTTTTGTTATGGATTCTTAAACTGTGAATTGTTTTGATATTTAAAAATGGAGGTGTACCGTGTCAGATTTTATGCTTTTATGGTTGTCCTATCTTTCCGGGA
TTATAATAGTCACCTCAGAGCATTTATCTTATTTGGTTGCTGGAAAAACCTTTTCAATTACCCCAATTTATTTGTATCGATAGTTTGGCCATTTCTATTTCCATTGATGAGCGAGAATTGGATAAATGAGCCTTTTATAAGGGTACATACATCCGTTGGTTATCTTAAATATTTAGAGGTATCTCTGGAGGAGACTTCTT
TGTCTATGTTAAATATATGATGTGTAATTCCGCTTTAAGTAGCCTTTAGAAGACATACATTTTAGAACTATGCATTTTCCCTCTTTTTATATATCCATTTCCTCGTTGCTCAGTGTATGATTTTTTTTTTTTTACATTTGACCAAGCATCCGACCCTTCCACCTGTAAGAAAGGGGTATTCCTCATGACTCATTAAGGGC
AATCAATAATTGGCTCACCAATAATGGAACATATCAAAAATGGATTTGAACTTGGCTAAGAGGATAACAATTCTCTGAAGTAACTTCATTTTAGCTTGCTTGATTTGTGTCGTGGGAAAGCAGTTCGGTATTTTACTATTTTCAAACTGTTAGGTTGTTTTGTGTTTTTTAGATTTTTTATTATTTGAAATTCCTCTACT
TCAGTTTTCATTGGTTATTTTCAATGGAATAAATTGCGAAAAACTTATTTTGATTACTTCCCTATGATTTATGGATGGTTAATGAGGTAAACTGTCGACCTTGATTATGGAGTCTAATCTGAAGAGAATGAAAGGAGTTAAGACATAACCTTTGTGACTTGGAAGAGAGATTCCATGTCTAGTTCAAGACCAATTGAGCA
AACCCATGAAGCTAGTTATACCTGAATTTTATGACATGCATTTACTAATTTCAAGGTCTTTAAAGTACTGCAGATTTTGCCATTGCTATTCACTAAAAAAAATTGAGAACATTGTCCACTCACTGCGACAGTTTCAAGGAATTTCAGATTCGTCATGTTTATTACGAGTTTATTTTACAGGTGATTTGAATCTTGTAGTG
GATTTTGAAACTGCCCTAGGGAGGCTATGTGTGTATGTGAGATGTTTTGGAAGCCGTACATTTTTATATGGTTATATTTAGTTTGGCCATTAAAGAGGGGTTTGACCTTCTAATGACACGATTATAGGCCATTACTTGAGCCAACCTGAACAACCACCCTTATCCTTTATGTCCAAGCAGGTTGCCCATCATAAATGTTT
TTAACCACTGTTCAGAAGGGTTAACCCTTTATAACCAAGTAGGTTGCTTATCATAAGTGTTTTTAACATTAGGTAGACTTTCAGTGATGATATATGTATATGTATATGTATGTCTGAGAAGCCGTAACATTTTTATATGGTTATATTTGGTCTGGCCCTTAAAGAAGCGTTTGACCTTTGGACATCATGATTAGGCCAGG
ACCAGGACCAAGCAATTTTAGAATGGTCGAATCTTTATAATTAAGCAGGCTGGCCACCATAAATATTTTTAACACAAGGTTAACCTCCAG
Intron 2 GTACCTGAAG ... CTTTACATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.41 | 257 | 9.3 | 70 |
| A2 | 19.77 | 353 | 18.7 | 87 |
| A3 | 21.24 | 356 | 5.3 | 96 |
| A4 | 26.33 | 249 | 17.3 | 89 |
| A5 | 26.34 | 179 | 18.7 | 64 |
| A6 | 21.92 | 2148 | 6.3 | 603 |
| A7 | 20.73 | 2704 | 7 | 707 |
| A8 | 19.3 | 1731 | 4 | 414 |
| A9 | 21.88 | 2058 | 3 | 576.3 |
| A10 | 19.08 | 2455 | 5.3 | 579 |
>TRINITY_DN40631_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoformCACAACATTAACGGTGCACGGCTCCGCCACAATCTCAATCGTGTGACATAAAATTTGGTCAACCTCTGTACCTTTGAATTACCGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGA
TACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGGTTGCGAGGTTGAATTTGGTGGTCTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTGGTAATCCACATGGCATGATAAGGAAAT
ATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCACATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGTATCGCTAAGAGATGGATTCGATGGTGAAGGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGACCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTTATTATGGGAAATTCATGTTCAATTTGATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTT
TTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGTTTTGTTAGGGCTGATTTACGCTGATTTATAATTCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTGGAGACAATTATTCTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATT
AAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGATTGAGCTTTTGGAGACAATTATTTTAAAATGCTTTGAGGAATAGAAT
>TRINITY_DN40631_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:CACAACATTAACGGTGCACGGCTCCGCCACAATCTCAATCGTGTGACATAAAATTTGGTCAACCTCTGTACCTTTGAATTACCGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGA
TACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGgtacctgaagaagcccatttcagtgttttctcctatttccgttgattttctgtgtattctagtgtctagggttttataagccttcattaaatttcaaaattactgcagggttttagtgagctagggttagatggc
ttttagaagttttgacatatgcgaatgagtcttgtatttttagaaaattatatggttcacatgatatatcgcttgatcataatccgtctgttgatataataactgacgaggttttctcatttcagtttgctttcactctctgatctctcttgagtgctttcaatctttacatagGTTGCGAGGTTGAATTTGGTGGTCTT
GTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTGGTAATCCACATGGCATGATAAGGAAATATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCACATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGTATCGCTAAGAGATGGATTCGATGGTGAA
GGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGACCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTTATTATGGGAAATTCATGTTCAATTTGATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTTTTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGTTTTGTTAGG
GCTGATTTACGCTGATTTATAATTCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTGGAGACAATTATTCTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGAT
TGAGCTTTTGGAGACAATTATTTTAAAATGCTTTGAGGAATAGAAT
Intron 3 GTATGTCTTA ... TCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.78 | 278 | 2 | 82 |
| A2 | 17.38 | 309 | 0 | 65 |
| A3 | 14.8 | 334 | 9 | 58 |
| A4 | 18.39 | 253 | 2 | 57 |
| A5 | 17.96 | 233 | 2 | 51 |
| A6 | 16.77 | 5066 | 3 | 1021 |
| A7 | 15.88 | 2669.5 | 0 | 504 |
| A8 | 17.55 | 2259 | 1 | 481 |
| A9 | 16.99 | 2687 | 4 | 550 |
| A10 | 15.71 | 2044 | 2 | 381 |
>TRINITY_DN44601_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoformATGAAGTCCATTCCATTCTGTTTTGTCATATTTCTGTTGTTTTTTCTGTTTACTCTGCAGTGCTAGGCTTGTGTGAACCATCAATAAAAAGGGCAATTACAGTAGGGTTTTGATGATCTAGGGTTTGTTGGGGTTTTAGAGATTTTGCTGTATTCAAATGGGGTTTGTTGTGTTATCGAGTGTTACAAGATTAGTTTGTT
TTGCCACTTGACCAAAACCGGCGTGCCGTTGTTTCTTTTTTATTTGCACGTGCAATATGTGATCAGATATTTCCAGTTTGCTTCCACGCTCTGATCTATCATGGCTGACTTTAATCTTTTCAATTACAGAGGTCAAAAGGTCGAATTTGGTGATTTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCA
AGAAATATGGGCCTGGTTCCCGCGCCTGTCGAGTGTGTGGGAACCCACATGGCTTGATTAGGAAATATGGTCTCAATTGTTGTCGACAGTGCTTTCGTACTTACTCCAAAGACATTGGATTTGTTAAGTACCGATAAGAGATGGAGTCTTTAGTGAAGGAGCTGCAGAATCATCCCATCTGTACGATTGAGCTACTCCTG
GGTTATTGGTCGGATGGTTTTTTATGATGTTGCTCAAGTTCAATTCAGTCATTCCAGAACTCTATGATGGACAGATAGAAATATTCGATGAATTGCGAAGTTTTGTTATTTTCTATTACATCAATTTATAATTATGGACTCTAAATTCTAGTTTACATATGTAGAGATTTAGGAGGGAATAATTGAATATGATAATTTTT
GCTAGAGTCAATAGATGAATGGAGTCATGTTTTGTGGCTTATTTAATCGTTTGGTTAATTGGATGCATCTGTGATGCTATCTATAATTTTTGTTATGGATTCTTAAACTGTGAATTGTTTAGATATTTAAAAATGGAGGTGTACTGTGTCAGATTTTATGTTTTTATGGTTGTCCTATCTTTCCGGGATTATAATAGTCA
CCTTACAGAGCATTTATCTTATTTGGTTGCTGGAAAAACCTTTTCAATTACCCCAATTTATTTGTATCGATAGTTTGGCCATTTCTATTTCCATTGATGAGCGAGAATTGGATAAATGAGCCTTTTATAAGGGTACATACATCCGTTGGTTATCTTAAATATTTAGAGGTATCTCTGGAGGAGACTTCTTTGTCTATGTT
AAATATATGATGTGTAATTCCGCTTTAAGTAGCCTTTAGAAGACATACATTTTAGAACTATGCATTTTCCCTCTTTTTATATATCCATTTCCTCGTTGCTCAGTGTATGATTTTTTTTTTTTTTTACATTTGACCAAGCATCCGACCCTTCC
>TRINITY_DN44601_c0_g1_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:CCAAAGACATTGGATTTGTTAAGgtatgtcttacatttggatttcctcgtgatttccgtcttacatcctctcttgtatgtcactcagatgtgtggatagtatatttggtgtgttgttgaactctagattttgttttgggttttgtctagggacctaggggttcactcactgtgactaagtgtcttttgtagctttatggg
cagtatattggattatgctttatgatgctatttgagaattttgatgttatccatagttcttcttttaattaagaggcatttgaaatcggaaatttgggattcttttgcagTACCGATAAGAGATGGAGTCTTTAGTGAAGGAGCTGCAGAATCATCCCATCTGTACGATTGAGCTACTCCTGGGTTATTGGTCGGATGGT
TTTTTATGATGTTGCTCAAGTTCAATTCAGTCATTCCAGAACTCTATGATGGACAGATAGAAATATTCGATGAATTGCGAAGTTTTGTTATTTTCTATTACATCAATTTATAATTATGGACTCTAAATTCTAGTTTACATATGTAGAGATTTAGGAGGGAATAATTGAATATGATAATTTTTGCTAGAGTCAATAGATGA
ATGGAGTCATGTTTTGTGGCTTATTTAATCGTTTGGTTAATTGGATGCATCTGTGATGCTATCTATAATTTTTGTTATGGATTCTTAAACTGTGAATTGTTTAGATATTTAAAAATGGAGGTGTACTGTGTCAGATTTTATGTTTTTATGGTTGTCCTATCTTTCCGGGATTATAATAGTCACCTTACAGAGCATTTATC
TTATTTGGTTGCTGGAAAAACCTTTTCAATTACCCCAATTTATTTGTATCGATAGTTTGGCCATTTCTATTTCCATTGATGAGCGAGAATTGGATAAATGAGCCTTTTATAAGGGTACATACATCCGTTGGTTATCTTAAATATTTAGAGGTATCTCTGGAGGAGACTTCTTTGTCTATGTTAAATATATGATGTGTAAT
TCCGCTTTAAGTAGCCTTTAGAAGACATACATTTTAGAACTATGCATTTTCCCTCTTTTTATATATCCATTTCCTCGTTGCTCAGTGTATGATTTTTTTTTTTTTTTACATTTGACCAAGCATCCGACCCTTCC
Intron 4 GTATATGTTT ... GTGTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.42 | 117 | 73 | 32 |
| A2 | 30.21 | 164 | 71 | 21 |
| A3 | 30.67 | 165 | 73 | 17 |
| A4 | 27.4 | 151 | 57 | 13 |
| A5 | 37.2 | 103 | 61 | 12 |
| A6 | 21.36 | 1447.6 | 393.2 | 110 |
| A7 | 23.91 | 1374.8 | 432 | 133 |
| A8 | 22.19 | 996 | 284 | 107 |
| A9 | 23.43 | 1111 | 340 | 98 |
| A10 | 25.64 | 1111 | 383 | 104 |
>TRINITY_DN40631_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformCACAACATTAACGGTGCACGGCTCCGCCACAATCTCAATCGTGTGACATAAAATTTGGTCAACCTCTGTACCTTTGAATTACCGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGA
TACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGGTACCTGAAGAAGCCCATTTCAGTGTTTTCTCCTATTTCCGTTGATTTTCTGTGTATTCTAGTGTCTAGGGTTTTATAAGCCTTCATTAAATTTCAAAATTACTGCAGGGTTTTAGTGAGCTAGGGTTAGATGGC
TTTTAGAAGTTTTGACATATGCGAATGAGTCTTGTATTTTTAGAAAATTATATGGTTCACATGATATATCGCTTGATCATAATCCGTCTGTTGATATAATAACTGACGAGGTTTTCTCATTTCAGTTTGCTTTCACTCTCTGATCTCTCTTGAGTGCTTTCAATCTTTACATAGGTTGCGAGGTTGAATTTGGTGGTCTT
GTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTGGTAATCCACATGGCATGATAAGGAAATATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCACATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGTATCGCTAAGAGATGGATTCGATGGTGAA
GGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGACCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTTATTATGGGAAATTCATGTTCAATTTGATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTTTTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGTTTTGTTAGG
GCTGATTTACGCTGATTTATAATTCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTGGAGACAATTATTCTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGAT
TGAGCTTTTGGAGACAATTATTTTAAAATGCTTTGAGGAATAGAAT
>TRINITY_DN40631_c0_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:CACAACATTAACGGTGCACGGCTCCGCCACAATCTCAATCGTGTGACATAAAATTTGGTCAACCTCTGTACCTTTGAATTACCGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGA
TACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGGTTGCGAGGTTGAATTTGGTGGTCTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTGGTAATCCACATGGCATGATAAGGAAAT
ATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCACATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGgtatatgttttatttgaacttctttgtgatcttcttgtcacagcctcttctgtatcattcagatgtttggacagtacattttagtgttggtattgtttgaacatcaagtcacattaggggtgctgaatagggcagtag
accttgactttttgtgagtcagtgattcttgtagtcttatggtcagtacatcgaatattatttttagtggcatttatgaatattgaagctatccatagcgttttttaaagtaatttattttaattcaaaaattgggttgtgtctgcagTATCGCTAAGAGATGGATTCGATGGTGAAGGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGA
CCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTTATTATGGGAAATTCATGTTCAATTTGATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTTTTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGTTTTGTTAGGGCTGATTTACGCTGATTTATAAT
TCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTGGAGACAATTATTCTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGATTGAGCTTTTGGAGACAATTATTT
TAAAATGCTTTGAGGAATAGAAT
Intron 5 GTATGTCTTA ... TCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.78 | 278 | 24.3 | 82 |
| A2 | 17.41 | 308.2 | 39.6 | 65 |
| A3 | 14.92 | 330.9 | 35.1 | 58 |
| A4 | 18.39 | 253 | 29.7 | 57 |
| A5 | 18.03 | 231.8 | 31.2 | 51 |
| A6 | 16.79 | 5057.6 | 516 | 1021 |
| A7 | 15.91 | 2662.3 | 268.6 | 504 |
| A8 | 17.6 | 2251.3 | 225 | 481 |
| A9 | 17.06 | 2673.9 | 271.4 | 550 |
| A10 | 15.75 | 2038.2 | 193 | 381 |
>TRINITY_DN116131_c1_g4_i1 from sample A1 / Example spliced isoformAAAGCTTAATACCCTTGAACTTACGGACCTGAAGCAATTATTTCGTTAGGGCTTAGCGGACGTCAAAGTGGAATAAAACGCGTCCCAAAGAATTATCGTCCTCTATTTAGTGACATTAGGGTTTAAGGGCGGCATTGCTGAATACAGAGGCGAGGAGAAGGAGCGGCGGGCTGAGTTAGGAGCGAAATCATACCAGATTA
AAACGGTACAAGATGAAGTCCATTCCATTCTGTTTTGTCATATTTCTGTTGTTTTTTCTGTTTACTCTGCAGTGCTAGGCTTGTGCGAACCATCAATAAAATGGGCAATTACAGTAGGGTTTTGAGGATCTAGGGTTTGTTGGGGTTTTAGAGATTTTGCTGTATTCAAATGGGGTTTGTTGTGTTATCGAGTGTTACAG
GATTAGTTTGTTTTGCCACTTGACCAAAACCGGCGTGCCGTTGTTTCTTTTTTATTTGCACGTGCAATATGTTATCAGATATTTCCAGTTTGCTTCCACGCTCTGATCTATCATGGCTGACTTTAATCTTTTCAATTACAGAGGTCAAAAGGTCGAATTTGGTGATTTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTATGGA
ATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGTTCCCGCGCCTGTCGAGTGTGTGGGAACCCACATGGCTTGATTAGGAAATATGGTCTCAATTGTTGTCGACAGTGCTTTCGTACTTACTCCAAAGACATTGGATTTGTTAAGTACCGATAAGAGATGGAGTCTTTAGTGAAGGAGCTGCAGAATCATCCCATCTGTACGATT
GAGCTACTCCTGGGTTATTGGTCGGATGGTTTTTTATGATGTTGCTCAAGTTCAATTCAGTCATTCCAGAACTCTATGATGGACAGATAGAAATATTCGATGAATTGCGAAGTTTTGTTATTTTCTATTACATCAATTTATAATTATGGACTCTAAATTCTAGTTTACATATGTAGAGATTTAGGAGGGAATAATTGAAT
ATGATAATTTTTGCTAGAGTGCATAGATGAATGGAGTCATGTTTTGTGGCTTATTTAATCGTTTGGTTAATTGGATGCATCTGTGATGCTATCTATAATTTTTGTTATGGATTCTTAAACTGTGAATTGTTTTGATATTTAAAAATGGAGGTGTACCGTGTCAGATTTTATGCTTTTATGGTTGTCCTATCTTTCCGGGA
TTATAATAGTCACCTCAGAGCATTTATCTTATTTGGTTGCTGGAAAAACCTTTTCAATTACCCCAATTTATTTGTATCGATAGTTTGGCCATTTCTATTTCCATTGATGAGCGAGAATTGGATAAATGAGCCTTTTATAAGGGTACATACATCCGTTGGTTATCTTAAATATTTAGAGGTATCTCTGGAGGAGACTTCTT
TGTCTATGTTAAATATATGATGTGTAATTCCGCTTTAAGTAGCCTTTAGAAGACATACATTTTAGAACTATGCATTTTCCCTCTTTTTATATATCCATTTCCTCGTTGCTCAGTGTATGATTTTTTTTTTTTTACATTTGACCAAGCATCCGACCCTTCCACCTGTAAGAAAGGGGTATTCCTCATGACTCATTAAGGGC
AATCAATAATTGGCTCACCAATAATGGAACATATCAAAAATGGATTTGAACTTGGCTAAGAGGATAACAATTCTCTGAAGTAACTTCATTTTAGCTTGCTTGATTTGTGTCGTGGGAAAGCAGTTCGGTATTTTACTATTTTCAAACTGTTAGGTTGTTTTGTGTTTTTTAGATTTTTTATTATTTGAAATTCCTCTACT
TCAGTTTTCATTGGTTATTTTCAATGGAATAAATTGCGAAAAACTTATTTTGATTACTTCCCTATGATTTATGGATGGTTAATGAGGTAAACTGTCGACCTTGATTATGGAGTCTAATCTGAAGAGAATGAAAGGAGTTAAGACATAACCTTTGTGACTTGGAAGAGAGATTCCATGTCTAGTTCAAGACCAATTGAGCA
AACCCATGAAGCTAGTTATACCTGAATTTTATGACATGCATTTACTAATTTCAAGGTCTTTAAAGTACTGCAGATTTTGCCATTGCTATTCACTAAAAAAAATTGAGAACATTGTCCACTCACTGCGACAGTTTCAAGGAATTTCAGATTCGTCATGTTTATTACGAGTTTATTTTACAGGTGATTTGAATCTTGTAGTG
GATTTTGAAACTGCCCTAGGGAGGCTATGTGTGTATGTGAGATGTTTTGGAAGCCGTACATTTTTATATGGTTATATTTAGTTTGGCCATTAAAGAGGGGTTTGACCTTCTAATGACACGATTATAGGCCATTACTTGAGCCAACCTGAACAACCACCCTTATCCTTTATGTCCAAGCAGGTTGCCCATCATAAATGTTT
TTAACCACTGTTCAGAAGGGTTAACCCTTTATAACCAAGTAGGTTGCTTATCATAAGTGTTTTTAACATTAGGTAGACTTTCAGTGATGATATATGTATATGTATATGTATGTCTGAGAAGCCGTAACATTTTTATATGGTTATATTTGGTCTGGCCCTTAAAGAAGCGTTTGACCTTTGGACATCATGATTAGGCCAGG
ACCAGGACCAAGCAATTTTAGAATGGTCGAATCTTTATAATTAAGCAGGCTGGCCACCATAAATATTTTTAACACAAGGTTAACCTCCAG
>TRINITY_DN116131_c1_g4_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATGGGCCTGGTTCCCGCGCCTGGTATGTATATATATTGATGGAACTATCTTTTACAATACAGAACAGAAAGTTGTAACTGGATCATTTTCTCATTTATTTCTCAGCTCATTAATGGATTGAATGCTGTGCATAAAATTATACAATTTATGCAATCGAAATATTTTATTTATCAGCCCTAACTATTTAATAGGCATTTTT
CTCACGTTTCTTACTTTTGTATCAGTCGAGTGTGTGGGAACCCACATGGCTTGATTAGGAAATATGGTCTCAATTGTTGTCGACAGTGCTTTCGTACTTACTCCAAAGACATTGGATTTGTTAAGgtatgtcttacatttggatttcctcgtgatttccgtcttacatcctctcttgtatgtcactcagatgtgttacat
ttggatttcctcgtgatttccgtcttacatcctctcttgtatgtcactcagatgtgtggatagtatatttggtgtgttgttgaactctagattttgttttgggttttgtctagggacctaggggttcactcactgtgactaagtgtcttttgtagctttatgggcagtatattggattatgctttatgatgctatttgag
aattttgatgttatccatagttcttcttttaattaagaggcatttgaaatcggaaatttgggattcttttgcagTACCGATAAGAGATGGAGTCTTTAGTGAAGGAGCTGCAGAATCATCCCATCTGTACGATTGAGCTACTCCTGGGTTATTGGTCGGATGGTTTTTTATGATGTTGCTCAAGTTCAATTCAGTCATTC
CAGAACTCTATGATGGACAGATAGAAATATTCGATGAATTGCGAAGTTTTGTTATTTTCTATTACATCAATTTATAATTATGGACTCTAAATTCTAGTTTACATATGTAGAGATTTAGGAGGGAATAATTGAATATGATAATTTTTGCTAGAGT
Intron 6 GTACCTGAAG ... CTCATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.5 | 20 | 9.3 | 12 |
| A2 | 50 | 16 | 18.7 | 16 |
| A3 | 53.85 | 12 | 5.3 | 14 |
| A4 | 61.22 | 19 | 17.3 | 30 |
| A5 | 48.28 | 15 | 18.7 | 14 |
| A6 | 37.58 | 93 | 6.3 | 56 |
| A7 | 38.46 | 120 | 7 | 75 |
| A8 | 33.33 | 50 | 4 | 25 |
| A9 | 35.77 | 88 | 3 | 49 |
| A10 | 33.59 | 85 | 5.3 | 43 |
>TRINITY_DN40631_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformCACAACATTAACGGTGCACGGCTCCGCCACAATCTCAATCGTGTGACATAAAATTTGGTCAACCTCTGTACCTTTGAATTACCGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGA
TACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGTTTGCTTTCACTCTCTGATCTCTCTTGAGTGCTTTCAATCTTTACATAGGTTGCGAGGTTGAATTTGGTGGTCTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGA
TCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTGGTAATCCACATGGCATGATAAGGAAATATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCACATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGTATCGCTAAGAGATGGATTCGATGGTGAAGGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGACCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTTATTA
TGGGAAATTCATGTTCAATTTGATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTTTTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGTTTTGTTAGGGCTGATTTACGCTGATTTATAATTCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTGGAGAC
AATTATTCTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGATTGAGCTTTTGGAGACAATTATTTTAAAATGCTTTGAGGAATAGAAT
>TRINITY_DN40631_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:CACAACATTAACGGTGCACGGCTCCGCCACAATCTCAATCGTGTGACATAAAATTTGGTCAACCTCTGTACCTTTGAATTACCGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGA
TACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGgtacctgaagaagcccatttcagtgttttctcctatttccgttgattttctgtgtattctagtgtctagggttttataagccttcattaaatttcaaaattactgcagggttttagtgagctagggttagatggc
ttttagaagttttgacatatgcgaatgagtcttgtatttttagaaaattatatggttcacatgatatatcgcttgatcataatccgtctgttgatataataactgacgaggttttctcatttcagTTTGCTTTCACTCTCTGATCTCTCTTGAGTGCTTTCAATCTTTACATAGGTTGCGAGGTTGAATTTGGTGGTCTT
GTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTGGTAATCCACATGGCATGATAAGGAAATATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCACATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGTATCGCTAAGAGATGGATTCGATGGTGAA
GGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGACCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTTATTATGGGAAATTCATGTTCAATTTGATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTTTTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGTTTTGTTAGG
GCTGATTTACGCTGATTTATAATTCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTGGAGACAATTATTCTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGAT
TGAGCTTTTGGAGACAATTATTTTAAAATGCTTTGAGGAATAGAAT
Intron 7 GTACAAGATG ... TCAATTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.42 | 368 | 17 | 17 |
| A2 | 3.32 | 451 | 24 | 7 |
| A3 | 2.42 | 505 | 13 | 12 |
| A4 | 3.31 | 380 | 14 | 12 |
| A5 | 2.21 | 399 | 11 | 7 |
| A6 | 1.06 | 6812 | 97 | 49 |
| A7 | 1.08 | 3658 | 51 | 29 |
| A8 | 0.91 | 2572 | 28 | 19 |
| A9 | 0.74 | 3841 | 30 | 27 |
| A10 | 0.68 | 3234 | 27 | 17 |
>TRINITY_DN38127_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoformATTATTTCGTTAGGGCTTAGCGGACGTCAAAGTGGAATAAAACGCGTCCCAAAGAATTATCGTCCTCTATTTAGTGACATTAGGGTTTAAGGGCGGCATTGCTGAATACAGAGGCGAGGAGAAGGAGCGGCGGGCTGAGTTAGGAGCGAAATCATACCAGATTAAAACGAGGTCAAAAGGTCGAATTTGGTGATTTTGTA
TCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGTTCCCGCGCCTGTCGAGTGTGTGGGAACCCACATGGCTTGATTAGGAAATATGGTCTCAATTGTTGTCGACAGTGCTTTCGTACTTACTCCAAAGACATTGGATTTGTTAAGTACCGATAAGAGATGGAGTCTTTAGTGAAGGA
GCTGCAGAATCATCCCATCTGTACGATTGAGCTACTCCTGGGTTATTGGTCGGATGGTTTTTTATGATGTTGCTCAAGTTCAATTCAGTCATTCCAGAACTCTATGATGGACAGATAGAAATATTCGATGAATTGCGAAGTTTTGTTATTTTCTATTACATCAATTTATAATTATGGACTCTAAATTCTAGTTTACATAT
GTAGAGATTTAGGAGGGAATAATTGAATATGATAATTTTTGCTAGAGTCAATAGATGAATGGAGTCATGTTTTGTGGCTTATTTAATCGTTTGGTTAATTGGATGCATCTGTGATGCTATCTATAATTTTTGTTATGGATTCTTAAACTGTGAATTGTTTAGATATTTAAAAATGGAGGTGTACTGTGTCAGATTTTATG
TTTTTATGGTTGTCCTATCTTTCCGGGATTATAATAGTCACCTTACAGAGCATTTATCTTATTTGGTTGCTGGAAAAACCTTTTCAATTACCCCAATTTATTTGTATCGATAGTTTGGCCATTTCTATTTCCATTGATGAGCGAGAATTGGATAAATGAGCCTTTTATAAGGGTACATACATCCGTTGGTTATCTTAAAT
ATTTAGAGGTATCTCTGGAGGAGACTTCTTTGTCTATGTTAAATATATGATGTGTAATTCCGCTTTAAGTAGCCTTTAGAAGACATACATTTTAGAACTATGCATTTTCCCTCTTTTTATATATCCATTTCCTCGTTGCTCAGTG
>TRINITY_DN38127_c0_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:ATTATTTCGTTAGGGCTTAGCGGACGTCAAAGTGGAATAAAACGCGTCCCAAAGAATTATCGTCCTCTATTTAGTGACATTAGGGTTTAAGGGCGGCATTGCTGAATACAGAGGCGAGGAGAAGGAGCGGCGGGCTGAGTTAGGAGCGAAATCATACCAGATTAAAACGgtacaagatgaagtccattccattctgtttt
gtcatatttctgttgtttttttctgtttactctgcagtgctaggcttgtgcgaaccatcaataaaatgggcaattacagtagggttttgaggatctagggtttgttggggttttagagattttgctgtattcaaatggggtttgttgtgttatcgagtgttacaagattagtttgttttgccacttgaccaaaaccggcg
tgccgttgtttcttttttatttgcacgtgcaatatgtgatcagatatttccagtttgcttccacgctctgatctatcatggctgtacaagatgaagtccattccattctgttttgtcatatttctgttgttttttctgtttactctgcagtgctaggcttgtgtgaaccatcaataaaaagggcaattacagtagggttt
tgatgatctagggtttgttggggttttagagattttgctgtattcaaatggggtttgttgtgttatcgagtgttacaagattagtttgttttgccacttgaccaaaaccggcgtgccgttgtttcttttttatttgcacgtgcaatatgtgatcagatatttccagtttgcttccacgctctgatctatcatggctgact
ttaatcttttcaattacagAGGTCAAAAGGTCGAATTTGGTGATTTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGG
Intron 8 GTATGTATAT ... TTTGTATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.09 | 449.7 | 105.1 | 18.6 |
| A2 | 15.31 | 549.3 | 110.9 | 20.5 |
| A3 | 15.21 | 625 | 125.9 | 19.4 |
| A4 | 14.4 | 434.1 | 80.5 | 14.6 |
| A5 | 16.72 | 421.1 | 95.2 | 16.3 |
| A6 | 17.24 | 7830.8 | 1883 | 229 |
| A7 | 15.34 | 4789.2 | 987.6 | 121.8 |
| A8 | 15.25 | 3376.7 | 689 | 84.8 |
| A9 | 16.32 | 4666.2 | 1044.3 | 123.5 |
| A10 | 15.35 | 3910.3 | 804.5 | 91.3 |
>TRINITY_DN116131_c1_g4_i1 from sample A1 / Example spliced isoformAAAGCTTAATACCCTTGAACTTACGGACCTGAAGCAATTATTTCGTTAGGGCTTAGCGGACGTCAAAGTGGAATAAAACGCGTCCCAAAGAATTATCGTCCTCTATTTAGTGACATTAGGGTTTAAGGGCGGCATTGCTGAATACAGAGGCGAGGAGAAGGAGCGGCGGGCTGAGTTAGGAGCGAAATCATACCAGATTA
AAACGGTACAAGATGAAGTCCATTCCATTCTGTTTTGTCATATTTCTGTTGTTTTTTCTGTTTACTCTGCAGTGCTAGGCTTGTGCGAACCATCAATAAAATGGGCAATTACAGTAGGGTTTTGAGGATCTAGGGTTTGTTGGGGTTTTAGAGATTTTGCTGTATTCAAATGGGGTTTGTTGTGTTATCGAGTGTTACAG
GATTAGTTTGTTTTGCCACTTGACCAAAACCGGCGTGCCGTTGTTTCTTTTTTATTTGCACGTGCAATATGTTATCAGATATTTCCAGTTTGCTTCCACGCTCTGATCTATCATGGCTGACTTTAATCTTTTCAATTACAGAGGTCAAAAGGTCGAATTTGGTGATTTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTATGGA
ATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGTTCCCGCGCCTGTCGAGTGTGTGGGAACCCACATGGCTTGATTAGGAAATATGGTCTCAATTGTTGTCGACAGTGCTTTCGTACTTACTCCAAAGACATTGGATTTGTTAAGTACCGATAAGAGATGGAGTCTTTAGTGAAGGAGCTGCAGAATCATCCCATCTGTACGATT
GAGCTACTCCTGGGTTATTGGTCGGATGGTTTTTTATGATGTTGCTCAAGTTCAATTCAGTCATTCCAGAACTCTATGATGGACAGATAGAAATATTCGATGAATTGCGAAGTTTTGTTATTTTCTATTACATCAATTTATAATTATGGACTCTAAATTCTAGTTTACATATGTAGAGATTTAGGAGGGAATAATTGAAT
ATGATAATTTTTGCTAGAGTGCATAGATGAATGGAGTCATGTTTTGTGGCTTATTTAATCGTTTGGTTAATTGGATGCATCTGTGATGCTATCTATAATTTTTGTTATGGATTCTTAAACTGTGAATTGTTTTGATATTTAAAAATGGAGGTGTACCGTGTCAGATTTTATGCTTTTATGGTTGTCCTATCTTTCCGGGA
TTATAATAGTCACCTCAGAGCATTTATCTTATTTGGTTGCTGGAAAAACCTTTTCAATTACCCCAATTTATTTGTATCGATAGTTTGGCCATTTCTATTTCCATTGATGAGCGAGAATTGGATAAATGAGCCTTTTATAAGGGTACATACATCCGTTGGTTATCTTAAATATTTAGAGGTATCTCTGGAGGAGACTTCTT
TGTCTATGTTAAATATATGATGTGTAATTCCGCTTTAAGTAGCCTTTAGAAGACATACATTTTAGAACTATGCATTTTCCCTCTTTTTATATATCCATTTCCTCGTTGCTCAGTGTATGATTTTTTTTTTTTTACATTTGACCAAGCATCCGACCCTTCCACCTGTAAGAAAGGGGTATTCCTCATGACTCATTAAGGGC
AATCAATAATTGGCTCACCAATAATGGAACATATCAAAAATGGATTTGAACTTGGCTAAGAGGATAACAATTCTCTGAAGTAACTTCATTTTAGCTTGCTTGATTTGTGTCGTGGGAAAGCAGTTCGGTATTTTACTATTTTCAAACTGTTAGGTTGTTTTGTGTTTTTTAGATTTTTTATTATTTGAAATTCCTCTACT
TCAGTTTTCATTGGTTATTTTCAATGGAATAAATTGCGAAAAACTTATTTTGATTACTTCCCTATGATTTATGGATGGTTAATGAGGTAAACTGTCGACCTTGATTATGGAGTCTAATCTGAAGAGAATGAAAGGAGTTAAGACATAACCTTTGTGACTTGGAAGAGAGATTCCATGTCTAGTTCAAGACCAATTGAGCA
AACCCATGAAGCTAGTTATACCTGAATTTTATGACATGCATTTACTAATTTCAAGGTCTTTAAAGTACTGCAGATTTTGCCATTGCTATTCACTAAAAAAAATTGAGAACATTGTCCACTCACTGCGACAGTTTCAAGGAATTTCAGATTCGTCATGTTTATTACGAGTTTATTTTACAGGTGATTTGAATCTTGTAGTG
GATTTTGAAACTGCCCTAGGGAGGCTATGTGTGTATGTGAGATGTTTTGGAAGCCGTACATTTTTATATGGTTATATTTAGTTTGGCCATTAAAGAGGGGTTTGACCTTCTAATGACACGATTATAGGCCATTACTTGAGCCAACCTGAACAACCACCCTTATCCTTTATGTCCAAGCAGGTTGCCCATCATAAATGTTT
TTAACCACTGTTCAGAAGGGTTAACCCTTTATAACCAAGTAGGTTGCTTATCATAAGTGTTTTTAACATTAGGTAGACTTTCAGTGATGATATATGTATATGTATATGTATGTCTGAGAAGCCGTAACATTTTTATATGGTTATATTTGGTCTGGCCCTTAAAGAAGCGTTTGACCTTTGGACATCATGATTAGGCCAGG
ACCAGGACCAAGCAATTTTAGAATGGTCGAATCTTTATAATTAAGCAGGCTGGCCACCATAAATATTTTTAACACAAGGTTAACCTCCAG
>TRINITY_DN116131_c1_g4_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATGGGCCTGGTTCCCGCGCCTGgtatgtatatatattgatggaactatcttttacaatacagaacagaaagttgtaactggatcattttctcatttatttctcagctcattaatggattgaatgctgtgcataaaattatacaatttatgcaatcgaaatattttatttatcagccctaactatttaataggcattttt
ctcacgtttcttacttttgtatcagTCGAGTGTGTGGGAACCCACATGGCTTGATTAGGAAATATGGTCTCAATTGTTGTCGACAGTGCTTTCGTACTTACTCCAAAGACATTGGATTTGTTAAGGTATGTCTTACATTTGGATTTCCTCGTGATTTCCGTCTTACATCCTCTCTTGTATGTCACTCAGATGTGTTACAT
TTGGATTTCCTCGTGATTTCCGTCTTACATCCTCTCTTGTATGTCACTCAGATGTGTGGATAGTATATTTGGTGTGTTGTTGAACTCTAGATTTTGTTTTGGGTTTTGTCTAGGGACCTAGGGGTTCACTCACTGTGACTAAGTGTCTTTTGTAGCTTTATGGGCAGTATATTGGATTATGCTTTATGATGCTATTTGAG
AATTTTGATGTTATCCATAGTTCTTCTTTTAATTAAGAGGCATTTGAAATCGGAAATTTGGGATTCTTTTGCAGTACCGATAAGAGATGGAGTCTTTAGTGAAGGAGCTGCAGAATCATCCCATCTGTACGATTGAGCTACTCCTGGGTTATTGGTCGGATGGTTTTTTATGATGTTGCTCAAGTTCAATTCAGTCATTC
CAGAACTCTATGATGGACAGATAGAAATATTCGATGAATTGCGAAGTTTTGTTATTTTCTATTACATCAATTTATAATTATGGACTCTAAATTCTAGTTTACATATGTAGAGATTTAGGAGGGAATAATTGAATATGATAATTTTTGCTAGAGT