sp|Q9LU44|SF1_ARATH ----> Splicing factor-like protein 1
Intron 1 GTACCCATTA ... TTCTTATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 7.91 | 233 | 17 | 23 |
| A2 | 3.19 | 288 | 8 | 11 |
| A3 | 6.1 | 277 | 15 | 21 |
| A4 | 8.37 | 197 | 16 | 20 |
| A5 | 16.02 | 76 | 8 | 21 |
| A6 | 0 | 17 | 0 | 0 |
| A7 | 4.4 | 152 | 14 | 0 |
| A8 | 7.32 | 38 | 1 | 5 |
| A9 | 3.38 | 143 | 3 | 7 |
| A10 | 4.71 | 192 | 15 | 4 |
>TRINITY_DN111522_c2_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoformGGATGCTGTTAATGTTCGAATGATTTACAGGATTCAAATCAGAATCATAACAATTGTTGTTTCTATTTCAATAATAGCCGAATTTCCGCAAGCTACTTTTCTATTTCCGCAAAATAGTTTCATTTCAATTGTGCTGAAATTTAACTAGGACCGTGCATAGCACATCTCCAAACAATTCTTCTAAAACAACGTTAATTTTT
TAAACGGTAAAGATTTTCAAACTGATATCACCCATTTTCAAACTGATATCACCCATTTGCATTGAATACATGCACTGTCAAGCTCTGAGAACGCAAAGAGCACGGGAATACTACAGGAAATAATTTCTCAGCCTTTCACTCACAGGCTGTCCTGGGCAAAGAGCACGCGAATAGCACAGGAAACAATTTCTCAGCCTTAG
ACGCACAGCACGACAATTCCAAAAGCTATGACTGAAATGGACCAGCATGGAGAAATGAGTCCTTCCCATTTGGATGATGGTTCCGAAGAACAGCAACAGAGCTATCATTTCGAGAGTGAAGGCATAGCTAGTCTGCAGGACAAATGCCCATCCTTCAGTCAAACTGCATCTCATGCATTGGAAACACCCACAAGTAAAGC
AGAGACACAGAATGTTTCAGAAAATATCAATAATGGAAAAGGAGGTTTAGAGGGTGCAGATGCTTTAGAATTGTCTGATGAAGCAGCAAACCAGCAAAATTGTGCACAGGCAACTCAGAGACATGAAAGTGGTGGAAGCTCTGGCAAAAGAAGGCACAGCACTTGTGATTCCATGCCTGAGGAGGGAGGAGAAGCAAATG
AAGGTGAATGTAGTGGTAAGAAGAAGAGATCAAGATGGACTGCAGAAGAACCAAAAATTTCAATGCTAGGGCAAATAAAACTTCCAGATTTTATGAAGGAGTTAACTGATGTAGATCCTGAAGTGCAGGAACTAAGTATTAAGCTCTTTATTATCAACCAGAAACTTCAGACTGGAAATGTTATTGTTGCATCAGGGGAT
GGGCAAAGATCTCTGTCACCAGAGCCTCAATATAACAACTCGCGGATTAGAATAAATACAAGGGAGGTTAGAGCCAGAGAAAAGTTCATGCAGGAAAGACAAATGACAATTGCAAGTTTGATTAAAAAAAACCCTGCTTTCAGGCCACCTGCAGACCCCAAACCTGCTAAGCACCACAAGAAACTTTACATACCTGTTAA
GGAATACCCTGGATACAACTTCATTGGGCTTATCATTGGGCCTCGTGGCAATACACAGAGAAAGATGGAGCAAGAAACTGGGGCTAAGATATTCATAAGAGGGAGAGGGAGTCGACTACAGAAGCTAGAGCCAGTAGACAATGAAGACTTGCATGTTTTGGTAGAAGCAGATAATGAGAATTCTCTAGAAAAGGCGTGCA
GGATTGTTGAAAAGTTGCTTGTGCCTGTAGAGGAAAGCAGAAATCAACACAGACGAGCTCAACTAAGAGAATTGGCAAAAATTAAAGGCAAAGTCAGAATTCCTAAACTTTGTCGATCATGTGGGCAGCAAGGTCATTTGCAATTCACTTGTCCAGTGATGCAGATAGCCTATGGTGATGAACATTCAACTATTAATAGT
CCAACGAAGGTATCGTTGCAGGGTGCAAAAGTGGATGCTACTAACCACCATGATTTATGCTTTGAACTTGGAACAGGGAGATCAGCAGTATCTATGGAAAAGAATGGATCTGGGACTCCAAGACAGTGCATTCAACCACTGGGTCCTATAGACAATAATATGTCATGGTTAGCTCAAGCTGGAGGCTTGAAACACCCACA
AAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGG
GGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACATTCAGAAAATGGAAATGCTGGAATAGTACCTGGGAAGGTGTCTATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCAGGACAGTCCACTCAACCACTGGGTCTTACAGACACTTATATCTCAGGG
TTAGCTGGAGGCATGGAACACGCAAAAAATGTAAATGCTGGAATAGGATCGGAGATAAGGAGGGTATCTATTGAAAAGAGTGGGTCTGGGCTTCCAAGACAGTCCACTCAACCACTGGTTCTTAGAGACAGTTATATGTCATGGTTAGCTGGAGGCTTGCAACATCCAGAAAGTGGGAAAGATGGAATAGGACCCAAGAT
AAGTAAGGGTGGTGGATTTGGGACCTCTTCCATACAAGGTTCTTGTCCATACGGATACAGCTCCTACTCTTCACATGTCTGTGTGAAATCTAGTTTTGACAGTCCTTCTTTTTCCCCTATGGGTTTGGGAACTCCTTTTGAACAGAGTCATGGTAAAGAAATTGATCACTCAAATGTATATGTGGGATATCTGCCTCCTA
CCATGGAAGAGGAACAACTGATTAAGCTGTTCTCTTCTTTTGGTAGAATAGTTGAAGCCAAAGTCATCAGGGACCGTGTGAATGGTTCAAGCAAAGGTTATGGTTTTGTAAAATTTGATGACATCCATTGTGCGGCTCAAGCTACTGCACATATGAATGGCTACATGTTGGAAGGCAAGACTTTAGCTGTAAGGGTGATA
GGACGGCCTCCTCCTGGCTCTGGGGTGGGACTTGCAGAAGGTTTTTACTCTTTCAATAAGCAACAACCACAAAAATTGCCTGTCCGTTCTGGTAATTATGTACAGCCATCATGGAGTGCTCCAACTAGGCCTGTATCATCATCACCTTATAGTCTTTATTCTGATAACAATGGTTCTGGTATGACATCCCTTACTATCAG
TCCTTTGCAAGGAGGTACTTTCAACAGCTTGCCAGCTACTTCATATTGCACATATGGTCTATTAGATGCCACTGCATTCCGCAGAAACATCTAGTGGCATGCAATTGCCACCTAAATCTCAGCAAGTGCTAGGCAATGTGCATTATTCCTTGATGTCAAAGTTCTAAATGTCCATTCAGCTGATGCTATGAACCATTTTT
CTCCCAACCAAGCCATGATTACTACATATCAGCACTATGCACATCCATCAATTCCATCAGACAGTGGATATTCTGAGTCACCATCACAAGGTTCATTGATGGGAGGTTTGGTTGCTCCTCTGTGGTCTTATAGACTTTTTATTTTCTGGATATGAGAAGAAAGCTGTGGAATTGGAATACGGAATATTTTTAGCTGAAAT
GGGGCTGTGACATGAGAATATTTCAGGGCTAGATAATATTTCATTCTATGACTAAATGTTGAGCATCTAAATCATACAGAAGTAATTAATCTCTGATTGACTGTGTACAACTGTACAATGTAAATTGCCTTCACTGTCTACTTCTGAATTTTTGTGAGCAAAATATTGATAAAAAAGCTGTGATTTAGTTCGACCAGGAT
ACACACTTGTGTACAATTGGAAACTTAGCGACATCTCTGAGGTACTAGAGAAAATGACATCTAAGGTTGTTGATGAAGGCCACCTACTTCACAGTGTGATGAAAGATGCCTCCAATTACATTCAATACATCTTGGAACTGCACTACTCACTAACAAAATTGTTCTGATGCTTCTGCAGTTACAGTACATGTACAGAGTTG
CTTTGGATGGTGTGAATTTGTGTTTCTGGAACTACACCATTGAGAGTCTTGTTTTCTTTGGGCACTTTGCTGTCCATTGCCGTTTTATTCCCTCTATTTTTTCTCTTCTTGTACATAAGTATCCATGCTACTTGTGACTGATATGTTGATTCTGTTTTGTAACCTGAGATAATTGGTCATTTCCTTGAAAAGCACAGGTG
TTTACAATGGGGATCTCATCACCTTTTTGAGAGTCCAAACTTAAGTTGCACTGATTATGGTAATGGATGTAACTAGTTGTCTTGACAACAGTATCGGTAGCATCTACACATTGGTTGCCTCGTTGATAGACGGATAATTATTGAGTTTTGACTCCCAATGTGGATCTAACATTTTGTTATGGGTCAGTATTAGCTTTTCT
GTCCTAGTTATTGATTGTCTTTTTATGTGAGTGTATTCTATAATTGCAGGAATTATTGGATATTTGTTGTGGGC
>TRINITY_DN111522_c2_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATGCTGTTAATGTTCGAATGATTTACAGGATTCAAATCAGAATCATAACAATTGTTGTTTCTATTTCAATAATAGCCGAATTTCCGCAAGCTACTTTTCTATTTCCGCAAAATAGTTTCATTTCAATTGTGCTGAAATTTAACTAGGACCGTGCATAGCACATCTCCAAACAATTCTTCTAAAACAACGTTAATTTTT
TAAACGGTAAAGATTTTCAAACTGATATCACCCATTTTCAAACTGATATCACCCATTTGCATTGAATACATGCACTGTCAAGCTCTGAGAACGCAAAGAGCACGGGAATACTACAGGAAATAATTTCTCAGCCTTTCACTCACAGgtacccattactctatctgttctctttggccctggatatgttttgattttgtaca
atgttggtacaaggtcaagattgctgttaatttcagcagaaatcttctatgattattggtctatcagtatcagatacaataataatgatggccatgggatcgattctcattccggtaaacaaacacattataggtcctgttgctaatgaaaaagggcgcgctcttgcttcttttcatgtttaatgggttattattgctca
cgaatgcattattgtgtagcccttttgtccaggggtgttgtggatttcgttaaattaattgttcagcccttttgtacatgcccttttttcattttcgtagagcgtttgaatctaaacatattcttattagGCTGTCCTGGGCAAAGAGCACGCGAATAGCACAGGAAACAATTTCTCAGCCTTAGACGCACAGGTACCCA
TTCCTCTATCTAGTCTGTTCTCTTTGGCCCTGGATATGTTTTGATTTTGTACAATGTTGGTACAAGGTCAAGATTGCTGTTAATTTCAGCAGAAATCTTCTATGATTATTGGTCTATCAGTATCAGATACAATAATAATGATGGCCATGGGATCGATTCTCATTCCAGTAAACAAACACATTATAGGCTGTCCTGGGCAA
AGAGCACGCGAATAGCACAGGAATCCTGTTGCTAATGAAAAAGGGCGCGCTCTTGCTTCTTTTCATGTTTAATGGGTTATTATTGCTCACGAATGCATTATTGTGTAGCCCTTTTGTCCAGGGGTGTTACAATTTCTCAGCCTTAGACGCACAGCACGACA
Intron 2 GTACCCATTA ... AGACGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.38 | 248 | 17 | 284 |
| A2 | 55.08 | 239 | 8 | 293 |
| A3 | 52.96 | 262 | 15 | 295 |
| A4 | 52.53 | 188 | 16 | 208 |
| A5 | 54.19 | 93 | 8 | 110 |
| A6 | 45.16 | 34 | 0 | 28 |
| A7 | 52.83 | 225 | 14 | 252 |
| A8 | 49.47 | 48 | 1 | 47 |
| A9 | 53.27 | 186 | 3 | 212 |
| A10 | 50.15 | 326 | 15 | 328 |
>TRINITY_DN111522_c2_g1_i10 from sample A4 / Example spliced isoformGGATGCTGTTAATGTTCGAATGATTTACAGGATTCAAATCAGAATCATAACAATTGTTGTTTCTATTTCAATAATAGCCGAATTTCCGCAAGCTACTTTTCTATTTCCGCAAAATAGTTTCATTTCAATTGTGCTGAAATTTAACTAGGACCGTGCATAGCACATCTCCAAACAATTCTTCTAAAACAACGTTAATTTTT
TAAACGGTAAAGATTTTCAAACTGATATCACCCATTTTCAAACTGATATCACCCATTTGCATTGAATACATGCACTGTCAAGCTCTGAGAACGCAAAGAGCACGGGAATACTACAGGAAATAATTTCTCAGCCTTTCACTCACAGCACGACAGTTCCAAAAGCTATGACTGAAATGGACCAGCATGGAGAAATGAGTCCT
TCCCATTTGGATGATGGTTCCGAAGAACAGCAACAGAGCTATCATTTCGAGAGTGAAGGCATAGCTAGTCTGCAGGACAAATGCCCATCCTTCAGTCAAACTGCATCTCATGCATTGGAAACACCCACAAGTAAAGCAGAGACACAGAATGTTTCAGAAAATATCAATAATGGAAAAGGAGGTTTAGAGGGTGCAGATGC
TTTAGAATTGTCTGATGAAGCAGCAAACCAGCAAAATTGTGCACAGGCAACTCAGAGACATGAAAGTGGTGGAAGCTCTGGCAAAAGAAGGCACAGCACTTGTGATTCCATGCCTGAGGAGGGAGGAGAAGCAAATGAAGGTGAATGTAGTGGTAAGAAGAAGAGATCAAGATGGACTGCAGAAGAACCAAAAATTTCAA
TGCTAGGGCAAATAAAACTTCCAGATTTTATGAAGGAGTTAACTGATGTAGATCCTGAAGTGCAGGAACTAAGTATTAAGCTCTTTATTATCAACCAGAAACTTCAGACTGGAAATGTTATTGTTGCATCAGGGGATGGGCAAAGATCTCTGTCACCAGAGCCTCAATATAACAACTCGCGGATTAGAATAAATACAAGG
GAGGTTAGAGCCAGAGAAAAGTTCATGCAGGAAAGACAAATGACAATTGCAAGTTTGATTAAAAAAAACCCTGCTTTCAGGCCACCTGCAGACCCCAAACCTGCTAAGCACCACAAGAAACTTTACATACCTGTTAAGGAATACCCTGGATACAACTTCATTGGGCTTATCATTGGGCCTCGTGGCAATACACAGAGAAA
GATGGAGCAAGAAACTGGGGCTAAGATATTCATAAGAGGGAGAGGGAGTCGACTACAGAAGCTAGAGCCAGTAGACAATGAAGACTTGCATGTTTTGGTAGAAGCAGATAATGAGAATTCTCTAGAAAAGGCGTGCAGGATTGTTGAAAAGTTGCTTGTGCCTGTAGAGGAAAGCAGAAATCAACACAGACGAGCTCAAC
TAAGAGAATTGGCAAAAATTAAAGGCAAAGTCAGAATTCCTAAACTTTGTCGATCATGTGGGCAGCAAGGTCATTTGCAATTCACTTGTCCAGTGATGCAGATAGCCTATGGTGATGAACATTCAACTATTAATAGTCCAACGAAGGTATCGTTGCAGGGTGCAAAAGTGGATGCTACTAACCACCATGATTTATGCTTT
GAACTTGGAACAGGGAGATCAGCAGTATCTATGGAAAAGAATGGATCTGGGACTCCAAGACAGTGCATTCAACCACTGGGTCCTATAGACAATAATATGTCATGGTTAGCTCAAGCTGGAGGCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGG
GCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGT
TAGCTGGAGCCTTGAAACATTCAGAAAATGGAAATGCTGGAATAGTACCTGGGAAGGTGTCTATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCAGGACAGTCCACTCAACCACTGGGTCTTACAGACACTTATATCTCAGGGTTAGCTGGAGGCATGGAACACGCAAAAAATGTAAATGCTGGAATAGGATCGGAGATAAGGAGG
GTATCTATTGAAAAGAGTGGGTCTGGGCTTCCAAGACAGTCCACTCAACCACTGGTTCTTAGAGACAGTTATATGTCATGGTTAGCTGGAGGCTTGCAACATCCAGAAAGTGGGAAAGATGGAATAGGACCCAAGATAAGTAAGGGTGGTGGATTTGGGACCTCTTCCATACAAGGTTCTTGTCCATACGGATACAGCTC
CTACTCTTCACATGTCTGTGTGAAATCTAGTTTTGACAGTCCTTCTTTTTCCCCTATGGGTTTGGGAACTCCTTTTGAACAGAGTCATGGTAAAGAAATTGATCACTCAAATGTATATGTGGGATATCTGCCTCCTACCATGGAAGAGGAACAACTGATTAAGCTGTTCTCTTCTTTTGGTAGAATAGTTGAAGCCAAAG
TCATCAGGGACCGTGTGAATGGTTCAAGCAAAGGTTATGGTTTTGTAAAATTTGATGACATCCATTGTGCGGCTCAAGCTACTGCACATATGAATGGCTACATGTTGGAAGGCAAGACTTTAGCTGTAAGGGTGATAGGACGGCCTCCTCCTGGCTCTGGGGTGGGACTTGCAGAAGGTTTTTACTCTTTCAATAAGCAA
CAACCACAAAAATTGCCTGTCCGTTCTGGTAATTATGTACAGCCATCATGGAGTGCTCCAACTAGGCCTGTATCATCATCACCTTATAGTCTTTATTCTGATAACAATGGTTCTGGTATGACATCCCTTACTATCAGTCCTTTGCAAGGAGGTACTTTCAACAGCTTGCCAGCTACTTCATATTGCACATATGGTCTATT
AGATGCCACTGCATTCCGCAGAAACATCTAGTGGCATGCAATTGCCACCTAAATCTCAGCAAGTGCTAGGCAATGTGCATTATTCCTTGATGTCAAAGTTCTAAATGTCCATTCAGCTGATGCTATGAACCATTTTTCTCCCAACCAAGCCATGATTACTACATATCAGCACTATGCACATCCATCAATTCCATCAGACA
GTGGATATTCTGAGTCACCATCACAAGGTTCATTGATGGGAGGTTTGGTTGCTCCTCTGTGGTCTTATAGACTTTTTATTTTCTGGATATGAGAAGAAAGCTGTGGAATTGGAATACGGAATATTTTTAGCTGAAATGGGGCTGTGACATGAGAATATTTCAGGGCTAGATAATATTTCATTCTATGACTAAATGTTGAG
CATCTAAATCATACAGAAGTAATTAATCTCTGATTGACTGTGTACAACTGTACAATGTAAATTGCCTTCACTGTCTACTTCTGAATTTTTGTGAGCAAAATATTGATAAAAAAGCTGTGATTTAGTTCGACCAGGATACACACTTGTGTACAATTGGAAACTTAGCGACATCTCTGAGGTACTAGAGAAAATGACATCTA
AGGTTGTTGATGAAGGCCACCTACTTCACAGTGTGATGAAAGATGCCTCCAATTACATTCAATACATCTTGGAACTGCACTACTCACTAACAAAATTGTTCTGATGCTTCTGCAGTTACAGTACATGTACAGAGTTGCTTTGGATGGTGTGAATTTGTGTTTCTGGAACTACACCATTGAGAGTCTTGTTTTCTTTGGGC
ACTTTGCTGTCCATTGCCGTTTTATTCCCTCTATTTTTTCTCTTCTTGTACATAAGTATCCATGCTACTTGTGACTGATATGTTGATTCTGTTTTGTAACCTGAGATAATTGGTCATTTCCTTGAAAAGCACAGGTGTTTACAATGGGGATCTCATCACCTTTTTGAGAGTCCAAACTTAAGTTGCACTGATTATGGTAA
TGGATGTAACTAGTTGTCTTGACAACAGTATCGGTAGCATCTACACATTGGTTGCCTCGTTGATAGACGGATAATTATTGAGTTTTGACTCCCAATGTGGATCTAACATTTTGTTATGGGTCAGTATTAGCTTTTCTGTCCTAGTTATTGATTGTCTTTTTATGTGAGTGTATTCTATAATTGCAGGAATTATTGGATAT
TTGTTGTGGGC
>TRINITY_DN111522_c2_g1_i11 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATGCTGTTAATGTTCGAATGATTTACAGGATTCAAATCAGAATCATAACAATTGTTGTTTCTATTTCAATAATAGCCGAATTTCCGCAAGCTACTTTTCTATTTCCGCAAAATAGTTTCATTTCAATTGTGCTGAAATTTAACTAGGACCGTGCATAGCACATCTCCAAACAATTCTTCTAAAACAACGTTAATTTTT
TAAACGGTAAAGATTTTCAAACTGATATCACCCATTTTCAAACTGATATCACCCATTTGCATTGAATACATGCACTGTCAAGCTCTGAGAACGCAAAGAGCACGGGAATACTACAGGAAATAATTTCTCAGCCTTTCACTCACAGgtacccattactctatctgttctctttggccctggatatgttttgattttgtaca
atgttggtacaaggtcaagattgctgttaatttcagcagaaatcttctatgattattggtctatcagtatcagatacaataataatgatggccatgggatcgattctcattccggtaaacaaacacattataggtcctgttgctaatgaaaaagggcgcgctcttgcttcttttcatgtttaatgggttattattgctca
cgaatgcattattgtgtagcccttttgtccaggggtgttgtggatttcgttaaattaattgttcagcccttttgtacatgcccttttttcattttcgtagagcgtttgaatctaaacatattcttattaggctgtcctgggcaaagagcacgcgaatagcacaggaaacaatttctcagccttagacgcacaggtaccca
ttcctctatctagtctgttctctttggccctggatatgttttgattttgtacaatgttggtacaaggtcaagattgctgttaatttcagcagaaatcttctatgattattggtctatcagtatcagatacaataataatgatggccatgggatcgattctcattccggctgtcctgggcaaagagcacgcgaatagcaca
ggaaacaatttctcagccttagacgcacagCACGACAGTTCCAAAAGCTATGACTGAAATGGACCAGCATGGAGAAATGAGTCCTTCCCATTTGGATGATGGTTCCGAAGAACAGCAACAGAGCTATCATTTCGAGAGTGAAGGCATAGCTAGTCTGCAGGACAAATGCCCATCCTTCAGTCAAACTGCATCTCATGCAT
TGGAAACACCCACAAGTAAAGCAGAGACACAGAATGTTTCAGAAAATATCAATAATGGAAAAGGAGGTTTAGAGGGTGCAGATGCTTTAGAATTGTCTGATGAAGCAGCAAACCAGCAAAATTGTGCACAGGCAACTCAGAGACATGAAAGTGGTGGAAGCTCTGGCAAAAGAAGGCACAGCACTTGTGATTCCATGCCT
GAGGAGGGAGGAGAAGCAAATGAAGGTGAATGTAGTGGTAAGAAGAAGAGATCAAGATGGACTGCAGAAGAACCAAAAATTTCAATGCTAGGGCAAATAAAACTTCCAGATTTTATGAAGGAGTTAACTGATGTAGATCCTGAAGTGCAGGAACTAAGTATTAAGCTCTTTATTATCAACCAGAAACTTCAGACTGGAAA
TGTTATTGTTGCATCAGGGGATGGGCAAAGATCTCTGTCACCAGAGCCTCAATATAACAACTCGCGGATTAGAATAAATACAAGGGAGGTTAGAGCCAGAGAAAAGTTCATGCAGGAAAGACAAATGACAATTGCAAGTTTGATTAAAAAAAACCCTGCTTTCAGGCCACCTGCAGACCCCAAACCTGCTAAGCACCACA
AGAAACTTTACATACCTGTTAAGGAATACCCTGGATACAACTTCATTGGGCTTATCATTGGGCCTCGTGGCAATACACAGAGAAAGATGGAGCAAGAAACTGGGGCTAAGATATTCATAAGAGGGAGAGGGAGTCGACTACAGAAGCTAGAGCCAGTAGACAATGAAGACTTGCATGTTTTGGTAGAAGCAGATAATGAG
AATTCTCTAGAAAAGGCGTGCAGGATTGTTGAAAAGTTGCTTGTGCCTGTAGAGGAAAGCAGAAATCAACACAGACGAGCTCAACTAAGAGAATTGGCAAAAATTAAAGGCAAAGTCAGAATTCCTAAACTTTGTCGATCATGTGGGCAGCAAGGTCATTTGCAATTCACTTGTCCAGTGATGCAGATAGCCTATGGTGA
TGAACATTCAACTATTAATAGTCCAACGAAGGTATCGTTGCAGGGTGCAAAAGTGGATGCTACTAACCACCATGATTTATGCTTTGAACTTGGAACAGGGAGATCAGCAGTATCTATGGAAAAGAATGGATCTGGGACTCCAAGACAGTGCATTCAACCACTGGGTCCTATAGACAATAATATGTCATGGTTAGCTCAAG
CTGGAGGCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATG
AGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACATTCAGAAAATGGAAATGCTGGAATAGTACCTGGGAAGGTGTCTATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCAGGACAGTCCACTCAACCACTGGGTCT
TACAGACACTTATATCTCAGGGTTAGCTGGAGGCATGGAACACGCAAAAAATGTAAATGCTGGAATAGGATCGGAGATAAGGAGGGTATCTATTGAAAAGAGTGGGTCTGGGCTTCCAAGACAGTCCACTCAACCACTGGTTCTTAGAGACAGTTATATGTCATGGTTAGCTGGAGGCTTGCAACATCCAGAAAGTGGGA
AAGATGGAATAGGACCCAAGATAAGTAAGGGTGGTGGATTTGGGACCTCTTCCATACAAGGTTCTTGTCCATACGGATACAGCTCCTACTCTTCACATGTCTGTGTGAAATCTAGTTTTGACAGTCCTTCTTTTTCCCCTATGGGTTTGGGAACTCCTTTTGAACAGAGTCATGGTAAAGAAATTGATCACTCAAATGTA
TATGTGGGATATCTGCCTCCTACCATGGAAGAGGAACAACTGATTAAGCTGTTCTCTTCTTTTGGTAGAATAGTTGAAGCCAAAGTCATCAGGGACCGTGTGAATGGTTCAAGCAAAGGTTATGGTTTTGTAAAATTTGATGACATCCATTGTGCGGCTCAAGCTACTGCACATATGAATGGCTACATGTTGGAAGGCAA
GACTTTAGCTGTAAGGGTGATAGGACGGCCTCCTCCTGGCTCTGGGGTGGGACTTGCAGAAGGTTTTTACTCTTTCAATAAGCAACAACCACAAAAATTGCCTGTCCGTTCTGGTAATTATGTACAGCCATCATGGAGTGCTCCAACTAGGCCTGTATCATCATCACCTTATAGTCTTTATTCTGATAACAATGGTTCTG
GTATGACATCCCTTACTATCAGTCCTTTGCAAGGAGGTACTTTCAACAGCTTGCCAGCTACTTCATATTGCACATATGGTCTATTAGATGCCACTGCATTCCGCAGAAACATCTAGTGGCATGCAATTGCCACCTAAATCTCAGCAAGTGCTAGGCAATGTGCATTATTCCTTGATGTCAAAGTTCTAAATGTCCATTCA
GCTGATGCTATGAACCATTTTTCTCCCAACCAAGCCATGATTACTACATATCAGCACTATGCACATCCATCAATTCCATCAGACAGTGGATATTCTGAGTCACCATCACAAGGTTCATTGATGGGAGGTTTGGTTGCTCCTCTGTGGTCTTATAGACTTTTTATTTTCTGGATATGAGAAGAAAGCTGTGGAATTGGAAT
ACGGAATATTTTTAGCTGAAATGGGGCTGTGACATGAGAATATTTCAGGGCTAGATAATATTTCATTCTATGACTAAATGTTGAGCATCTAAATCATACAGAAGTAATTAATCTCTGATTGACTGTGTACAACTGTACAATGTAAATTGCCTTCACTGTCTACTTCTGAATTTTTGTGAGCAAAATATTGATAAAAAAGC
TGTGATTTAGTTCGACCAGGATACACACTTGTGTACAATTGGAAACTTAGCGACATCTCTGAGGTACTAGAGAAAATGACATCTAAGGTTGTTGATGAAGGCCACCTACTTCACAGTGTGATGAAAGATGCCTCCAATTACATTCAATACATCTTGGAACTGCACTACTCACTAACAAAATTGTTCTGATGCTTCTGCAG
TTACAGTACATGTACAGAGTTGCTTTGGATGGTGTGAATTTGTGTTTCTGGAACTACACCATTGAGAGTCTTGTTTTCTTTGGGCACTTTGCTGTCCATTGCCGTTTTATTCCCTCTATTTTTTCTCTTCTTGTACATAAGTATCCATGCTACTTGTGACTGATATGTTGATTCTGTTTTGTAACCTGAGATAATTGGTC
ATTTCCTTGAAAAGCACAGGTGTTTACAATGGGGATCTCATCACCTTTTTGAGAGTCCAAACTTAAGTTGCACTGATTATGGTAATGGATGTAACTAGTTGTCTTGACAACAGTATCGGTAGCATCTACACATTGGTTGCCTCGTTGATAGACGGATAATTATTGAGTTTTGACTCCCAATGTGGATCTAACATTTTGTT
ATGGGTCAGTATTAGCTTTTCTGTCCTAGTTATTGATTGTCTTTTTATGTGAGTGTATTCTATAATTGCAGGAATTATTGGATATTTGTTGTGGGC
Intron 3 GCTGTCCTGG ... AGACGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 55.67 | 252 | 233 | 400 |
| A2 | 60.37 | 238 | 288 | 437 |
| A3 | 58.82 | 259 | 277 | 463 |
| A4 | 57.58 | 189 | 197 | 316 |
| A5 | 54.3 | 93 | 76 | 145 |
| A6 | 46.03 | 34 | 17 | 41 |
| A7 | 51.55 | 226 | 152 | 329 |
| A8 | 51.92 | 50 | 38 | 70 |
| A9 | 53.94 | 187 | 143 | 295 |
| A10 | 48.58 | 327 | 192 | 426 |
>TRINITY_DN111522_c2_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformGGATGCTGTTAATGTTCGAATGATTTACAGGATTCAAATCAGAATCATAACAATTGTTGTTTCTATTTCAATAATAGCCGAATTTCCGCAAGCTACTTTTCTATTTCCGCAAAATAGTTTCATTTCAATTGTGCTGAAATTTAACTAGGACCGTGCATAGCACATCTCCAAACAATTCTTCTAAAACAACGTTAATTTTT
TAAACGGTAAAGATTTTCAAACTGATATCACCCATTTTCAAACTGATATCACCCATTTGCATTGAATACATGCACTGTCAAGCTCTGAGAACGCAAAGAGCACGGGAATACTACAGGAAATAATTTCTCAGCCTTTCACTCACAGCACGACAATTCCAAAAGCTATGACTGAAATGGACCAGCATGGAGAAATGAGTCCT
TCCCATTTGGATGATGGTTCCGAAGAACAGCAACAGAGCTATCATTTCGAGAGTGAAGGCATAGCTAGTCTGCAGGACAAATGCCCATCCTTCAGTCAAACTGCATCTCATGCATTGGAAACACCCACAAGTAAAGCAGAGACACAGAATGTTTCAGAAAATATCAATAATGGAAAAGGAGGTTTAGAGGGTGCAGATGC
TTTAGAATTGTCTGATGAAGCAGCAAACCAGCAAAATTGTGCACAGGCAACTCAGAGACATGAAAGTGGTGGAAGCTCTGGCAAAAGAAGGCACAGCACTTGTGATTCCATGCCTGAGGAGGGAGGAGAAGCAAATGAAGGTGAATGTAGTGGTAAGAAGAAGAGATCAAGATGGACTGCAGAAGAACCAAAAATTTCAA
TGCTAGGGCAAATAAAACTTCCAGATTTTATGAAGGAGTTAACTGATGTAGATCCTGAAGTGCAGGAACTAAGTATTAAGCTCTTTATTATCAACCAGAAACTTCAGACTGGAAATGTTATTGTTGCATCAGGGGATGGGCAAAGATCTCTGTCACCAGAGCCTCAATATAACAACTCGCGGATTAGAATAAATACAAGG
GAGGTTAGAGCCAGAGAAAAGTTCATGCAGGAAAGACAAATGACAATTGCAAGTTTGATTAAAAAAAACCCTGCTTTCAGGCCACCTGCAGACCCCAAACCTGCTAAGCACCACAAGAAACTTTACATACCTGTTAAGGAATACCCTGGATACAACTTCATTGGGCTTATCATTGGGCCTCGTGGCAATACACAGAGAAA
GATGGAGCAAGAAACTGGGGCTAAGATATTCATAAGAGGGAGAGGGAGTCGACTACAGAAGCTAGAGCCAGTAGACAATGAAGACTTGCATGTTTTGGTAGAAGCAGATAATGAGAATTCTCTAGAAAAGGCGTGCAGGATTGTTGAAAAGTTGCTTGTGCCTGTAGAGGAAAGCAGAAATCAACACAGACGAGCTCAAC
TAAGAGAATTGGCAAAAATTAAAGGCAAAGTCAGAATTCCTAAACTTTGTCGATCATGTGGGCAGCAAGGTCATTTGCAATTCACTTGTCCAGTGATGCAGATAGCCTATGGTGATGAACATTCAACTATTAATAGTCCAACGAAGGTATCGTTGCAGGGTGCAAAAGTGGATGCTACTAACCACCATGATTTATGCTTT
GAACTTGGAACAGGGAGATCAGCAGTATCTATGGAAAAGAATGGATCTGGGACTCCAAGACAGTGCATTCAACCACTGGGTCCTATAGACAATAATATGTCATGGTTAGCTCAAGCTGGAGGCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGG
GCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGT
TAGCTGGAGCCTTGAAACATTCAGAAAATGGAAATGCTGGAATAGTACCTGGGAAGGTGTCTATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCAGGACAGTCCACTCAACCACTGGGTCTTACAGACACTTATATCTCAGGGTTAGCTGGAGGCATGGAACACGCAAAAAATGTAAATGCTGGAATAGGATCGGAGATAAGGAGG
GTATCTATTGAAAAGAGTGGGTCTGGGCTTCCAAGACAGTCCACTCAACCACTGGTTCTTAGAGACAGTTATATGTCATGGTTAGCTGGAGGCTTGCAACATCCAGAAAGTGGGAAAGATGGAATAGGACCCAAGATAAGTAAGGGTGGTGGATTTGGGACCTCTTCCATACAAGGTTCTTGTCCATACGGATACAGCTC
CTACTCTTCACATGTCTGTGTGAAATCTAGTTTTGACAGTCCTTCTTTTTCCCCTATGGGTTTGGGAACTCCTTTTGAACAGAGTCATGGTAAAGAAATTGATCACTCAAATGTATATGTGGGATATCTGCCTCCTACCATGGAAGAGGAACAACTGATTAAGCTGTTCTCTTCTTTTGGTAGAATAGTTGAAGCCAAAG
TCATCAGGGACCGTGTGAATGGTTCAAGCAAAGGTTATGGTTTTGTAAAATTTGATGACATCCATTGTGCGGCTCAAGCTACTGCACATATGAATGGCTACATGTTGGAAGGCAAGACTTTAGCTGTAAGGGTGATAGGACGGCCTCCTCCTGGCTCTGGGGTGGGACTTGCAGAAGGTTTTTACTCTTTCAATAAGCAA
CAACCACAAAAATTGCCTGTCCGTTCTGGTAATTATGTACAGCCATCATGGAGTGCTCCAACTAGGCCTGTATCATCATCACCTTATAGTCTTTATTCTGATAACAATGGTTCTGGTATGACATCCCTTACTATCAGTCCTTTGCAAGGAGGTACTTTCAACAGCTTGCCAGCTACTTCATATTGCACATATGGTCTATT
AGATGCCACTGCATTCCGCAGAAACATCTAGTGGCATGCAATTGCCACCTAAATCTCAGCAAGTGCTAGGCAATGTGCATTATTCCTTGATGTCAAAGTTCTAAATGTCCATTCAGCTGATGCTATGAACCATTTTTCTCCCAACCAAGCCATGATTACTACATATCAGCACTATGCACATCCATCAATTCCATCAGACA
GTGGATATTCTGAGTCACCATCACAAGGTTCATTGATGGGAGGTTTGGTTGCTCCTCTGTGGTCTTATAGACTTTTTATTTTCTGGATATGAGAAGAAAGCTGTGGAATTGGAATACGGAATATTTTTAGCTGAAATGGGGCTGTGACATGAGAATATTTCAGGGCTAGATAATATTTCATTCTATGACTAAATGTTGAG
CATCTAAATCATACAGAAGTAATTAATCTCTGATTGACTGTGTACAACTGTACAATGTAAATTGCCTTCACTGTCTACTTCTGAATTTTTGTGAGCAAAATATTGATAAAAAAGCTGTGATTTAGTTCGACCAGGATACACACTTGTGTACAATTGGAAACTTAGCGACATCTCTGAGGTACTAGAGAAAATGACATCTA
AGGTTGTTGATGAAGGCCACCTACTTCACAGTGTGATGAAAGATGCCTCCAATTACATTCAATACATCTTGGAACTGCACTACTCACTAACAAAATTGTTCTGATGCTTCTGCAGTTACAGTACATGTACAGAGTTGCTTTGGATGGTGTGAATTTGTGTTTCTGGAACTACACCATTGAGAGTCTTGTTTTCTTTGGGC
ACTTTGCTGTCCATTGCCGTTTTATTCCCTCTATTTTTTCTCTTCTTGTACATAAGTATCCATGCTACTTGTGACTGATATGTTGATTCTGTTTTGTAACCTGAGATAATTGGTCATTTCCTTGAAAAGCACAGGTGTTTACAATGGGGATCTCATCACCTTTTTGAGAGTCCAAACTTAAGTTGCACTGATTATGGTAA
TGGATGTAACTAGTTGTCTTGACAACAGTATCGGTAGCATCTACACATTGGTTGCCTCGTTGATAGACGGATAATTATTGAGTTTTGACTCCCAATGTGGATCTAACATTTTGTTATGGGTCAGTATTAGCTTTTCTGTCCTAGTTATTGATTGTCTTTTTATGTGAGTGTATTCTATAATTGCAGGAATTATTGGATAT
TTGTTGTGGGC
>TRINITY_DN111522_c2_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATGCTGTTAATGTTCGAATGATTTACAGGATTCAAATCAGAATCATAACAATTGTTGTTTCTATTTCAATAATAGCCGAATTTCCGCAAGCTACTTTTCTATTTCCGCAAAATAGTTTCATTTCAATTGTGCTGAAATTTAACTAGGACCGTGCATAGCACATCTCCAAACAATTCTTCTAAAACAACGTTAATTTTT
TAAACGGTAAAGATTTTCAAACTGATATCACCCATTTTCAAACTGATATCACCCATTTGCATTGAATACATGCACTGTCAAGCTCTGAGAACGCAAAGAGCACGGGAATACTACAGGAAATAATTTCTCAGCCTTTCACTCACAGgctgtcctgggcaaagagcacgcgaatagcacaggaaacaatttctcagccttag
acgcacagCACGACAATTCCAAAAGCTATGACTGAAATGGACCAGCATGGAGAAATGAGTCCTTCCCATTTGGATGATGGTTCCGAAGAACAGCAACAGAGCTATCATTTCGAGAGTGAAGGCATAGCTAGTCTGCAGGACAAATGCCCATCCTTCAGTCAAACTGCATCTCATGCATTGGAAACACCCACAAGTAAAGC
AGAGACACAGAATGTTTCAGAAAATATCAATAATGGAAAAGGAGGTTTAGAGGGTGCAGATGCTTTAGAATTGTCTGATGAAGCAGCAAACCAGCAAAATTGTGCACAGGCAACTCAGAGACATGAAAGTGGTGGAAGCTCTGGCAAAAGAAGGCACAGCACTTGTGATTCCATGCCTGAGGAGGGAGGAGAAGCAAATG
AAGGTGAATGTAGTGGTAAGAAGAAGAGATCAAGATGGACTGCAGAAGAACCAAAAATTTCAATGCTAGGGCAAATAAAACTTCCAGATTTTATGAAGGAGTTAACTGATGTAGATCCTGAAGTGCAGGAACTAAGTATTAAGCTCTTTATTATCAACCAGAAACTTCAGACTGGAAATGTTATTGTTGCATCAGGGGAT
GGGCAAAGATCTCTGTCACCAGAGCCTCAATATAACAACTCGCGGATTAGAATAAATACAAGGGAGGTTAGAGCCAGAGAAAAGTTCATGCAGGAAAGACAAATGACAATTGCAAGTTTGATTAAAAAAAACCCTGCTTTCAGGCCACCTGCAGACCCCAAACCTGCTAAGCACCACAAGAAACTTTACATACCTGTTAA
GGAATACCCTGGATACAACTTCATTGGGCTTATCATTGGGCCTCGTGGCAATACACAGAGAAAGATGGAGCAAGAAACTGGGGCTAAGATATTCATAAGAGGGAGAGGGAGTCGACTACAGAAGCTAGAGCCAGTAGACAATGAAGACTTGCATGTTTTGGTAGAAGCAGATAATGAGAATTCTCTAGAAAAGGCGTGCA
GGATTGTTGAAAAGTTGCTTGTGCCTGTAGAGGAAAGCAGAAATCAACACAGACGAGCTCAACTAAGAGAATTGGCAAAAATTAAAGGCAAAGTCAGAATTCCTAAACTTTGTCGATCATGTGGGCAGCAAGGTCATTTGCAATTCACTTGTCCAGTGATGCAGATAGCCTATGGTGATGAACATTCAACTATTAATAGT
CCAACGAAGGTATCGTTGCAGGGTGCAAAAGTGGATGCTACTAACCACCATGATTTATGCTTTGAACTTGGAACAGGGAGATCAGCAGTATCTATGGAAAAGAATGGATCTGGGACTCCAAGACAGTGCATTCAACCACTGGGTCCTATAGACAATAATATGTCATGGTTAGCTCAAGCTGGAGGCTTGAAACACCCACA
AAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGG
GGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACATTCAGAAAATGGAAATGCTGGAATAGTACCTGGGAAGGTGTCTATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCAGGACAGTCCACTCAACCACTGGGTCTTACAGACACTTATATCTCAGGG
TTAGCTGGAGGCATGGAACACGCAAAAAATGTAAATGCTGGAATAGGATCGGAGATAAGGAGGGTATCTATTGAAAAGAGTGGGTCTGGGCTTCCAAGACAGTCCACTCAACCACTGGTTCTTAGAGACAGTTATATGTCATGGTTAGCTGGAGGCTTGCAACATCCAGAAAGTGGGAAAGATGGAATAGGACCCAAGAT
AAGTAAGGGTGGTGGATTTGGGACCTCTTCCATACAAGGTTCTTGTCCATACGGATACAGCTCCTACTCTTCACATGTCTGTGTGAAATCTAGTTTTGACAGTCCTTCTTTTTCCCCTATGGGTTTGGGAACTCCTTTTGAACAGAGTCATGGTAAAGAAATTGATCACTCAAATGTATATGTGGGATATCTGCCTCCTA
CCATGGAAGAGGAACAACTGATTAAGCTGTTCTCTTCTTTTGGTAGAATAGTTGAAGCCAAAGTCATCAGGGACCGTGTGAATGGTTCAAGCAAAGGTTATGGTTTTGTAAAATTTGATGACATCCATTGTGCGGCTCAAGCTACTGCACATATGAATGGCTACATGTTGGAAGGCAAGACTTTAGCTGTAAGGGTGATA
GGACGGCCTCCTCCTGGCTCTGGGGTGGGACTTGCAGAAGGTTTTTACTCTTTCAATAAGCAACAACCACAAAAATTGCCTGTCCGTTCTGGTAATTATGTACAGCCATCATGGAGTGCTCCAACTAGGCCTGTATCATCATCACCTTATAGTCTTTATTCTGATAACAATGGTTCTGGTATGACATCCCTTACTATCAG
TCCTTTGCAAGGAGGTACTTTCAACAGCTTGCCAGCTACTTCATATTGCACATATGGTCTATTAGATGCCACTGCATTCCGCAGAAACATCTAGTGGCATGCAATTGCCACCTAAATCTCAGCAAGTGCTAGGCAATGTGCATTATTCCTTGATGTCAAAGTTCTAAATGTCCATTCAGCTGATGCTATGAACCATTTTT
CTCCCAACCAAGCCATGATTACTACATATCAGCACTATGCACATCCATCAATTCCATCAGACAGTGGATATTCTGAGTCACCATCACAAGGTTCATTGATGGGAGGTTTGGTTGCTCCTCTGTGGTCTTATAGACTTTTTATTTTCTGGATATGAGAAGAAAGCTGTGGAATTGGAATACGGAATATTTTTAGCTGAAAT
GGGGCTGTGACATGAGAATATTTCAGGGCTAGATAATATTTCATTCTATGACTAAATGTTGAGCATCTAAATCATACAGAAGTAATTAATCTCTGATTGACTGTGTACAACTGTACAATGTAAATTGCCTTCACTGTCTACTTCTGAATTTTTGTGAGCAAAATATTGATAAAAAAGCTGTGATTTAGTTCGACCAGGAT
ACACACTTGTGTACAATTGGAAACTTAGCGACATCTCTGAGGTACTAGAGAAAATGACATCTAAGGTTGTTGATGAAGGCCACCTACTTCACAGTGTGATGAAAGATGCCTCCAATTACATTCAATACATCTTGGAACTGCACTACTCACTAACAAAATTGTTCTGATGCTTCTGCAGTTACAGTACATGTACAGAGTTG
CTTTGGATGGTGTGAATTTGTGTTTCTGGAACTACACCATTGAGAGTCTTGTTTTCTTTGGGCACTTTGCTGTCCATTGCCGTTTTATTCCCTCTATTTTTTCTCTTCTTGTACATAAGTATCCATGCTACTTGTGACTGATATGTTGATTCTGTTTTGTAACCTGAGATAATTGGTCATTTCCTTGAAAAGCACAGGTG
TTTACAATGGGGATCTCATCACCTTTTTGAGAGTCCAAACTTAAGTTGCACTGATTATGGTAATGGATGTAACTAGTTGTCTTGACAACAGTATCGGTAGCATCTACACATTGGTTGCCTCGTTGATAGACGGATAATTATTGAGTTTTGACTCCCAATGTGGATCTAACATTTTGTTATGGGTCAGTATTAGCTTTTCT
GTCCTAGTTATTGATTGTCTTTTTATGTGAGTGTATTCTATAATTGCAGGAATTATTGGATATTTGTTGTGGGC
Intron 4 GTACCCATTA ... CACATTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.09 | 233 | 17 | 91 |
| A2 | 28.71 | 288 | 8 | 116 |
| A3 | 23.06 | 277 | 15 | 83 |
| A4 | 26.22 | 197 | 16 | 70 |
| A5 | 31.53 | 76 | 8 | 35 |
| A6 | 22.73 | 17 | 0 | 5 |
| A7 | 26.92 | 152 | 14 | 56 |
| A8 | 24 | 38 | 1 | 12 |
| A9 | 22.7 | 143 | 3 | 42 |
| A10 | 21.31 | 192 | 15 | 52 |
>TRINITY_DN111522_c2_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoformGGATGCTGTTAATGTTCGAATGATTTACAGGATTCAAATCAGAATCATAACAATTGTTGTTTCTATTTCAATAATAGCCGAATTTCCGCAAGCTACTTTTCTATTTCCGCAAAATAGTTTCATTTCAATTGTGCTGAAATTTAACTAGGACCGTGCATAGCACATCTCCAAACAATTCTTCTAAAACAACGTTAATTTTT
TAAACGGTAAAGATTTTCAAACTGATATCACCCATTTTCAAACTGATATCACCCATTTGCATTGAATACATGCACTGTCAAGCTCTGAGAACGCAAAGAGCACGGGAATACTACAGGAAATAATTTCTCAGCCTTTCACTCACAGGCTGTCCTGGGCAAAGAGCACGCGAATAGCACAGGAAACAATTTCTCAGCCTTAG
ACGCACAGCACGACAATTCCAAAAGCTATGACTGAAATGGACCAGCATGGAGAAATGAGTCCTTCCCATTTGGATGATGGTTCCGAAGAACAGCAACAGAGCTATCATTTCGAGAGTGAAGGCATAGCTAGTCTGCAGGACAAATGCCCATCCTTCAGTCAAACTGCATCTCATGCATTGGAAACACCCACAAGTAAAGC
AGAGACACAGAATGTTTCAGAAAATATCAATAATGGAAAAGGAGGTTTAGAGGGTGCAGATGCTTTAGAATTGTCTGATGAAGCAGCAAACCAGCAAAATTGTGCACAGGCAACTCAGAGACATGAAAGTGGTGGAAGCTCTGGCAAAAGAAGGCACAGCACTTGTGATTCCATGCCTGAGGAGGGAGGAGAAGCAAATG
AAGGTGAATGTAGTGGTAAGAAGAAGAGATCAAGATGGACTGCAGAAGAACCAAAAATTTCAATGCTAGGGCAAATAAAACTTCCAGATTTTATGAAGGAGTTAACTGATGTAGATCCTGAAGTGCAGGAACTAAGTATTAAGCTCTTTATTATCAACCAGAAACTTCAGACTGGAAATGTTATTGTTGCATCAGGGGAT
GGGCAAAGATCTCTGTCACCAGAGCCTCAATATAACAACTCGCGGATTAGAATAAATACAAGGGAGGTTAGAGCCAGAGAAAAGTTCATGCAGGAAAGACAAATGACAATTGCAAGTTTGATTAAAAAAAACCCTGCTTTCAGGCCACCTGCAGACCCCAAACCTGCTAAGCACCACAAGAAACTTTACATACCTGTTAA
GGAATACCCTGGATACAACTTCATTGGGCTTATCATTGGGCCTCGTGGCAATACACAGAGAAAGATGGAGCAAGAAACTGGGGCTAAGATATTCATAAGAGGGAGAGGGAGTCGACTACAGAAGCTAGAGCCAGTAGACAATGAAGACTTGCATGTTTTGGTAGAAGCAGATAATGAGAATTCTCTAGAAAAGGCGTGCA
GGATTGTTGAAAAGTTGCTTGTGCCTGTAGAGGAAAGCAGAAATCAACACAGACGAGCTCAACTAAGAGAATTGGCAAAAATTAAAGGCAAAGTCAGAATTCCTAAACTTTGTCGATCATGTGGGCAGCAAGGTCATTTGCAATTCACTTGTCCAGTGATGCAGATAGCCTATGGTGATGAACATTCAACTATTAATAGT
CCAACGAAGGTATCGTTGCAGGGTGCAAAAGTGGATGCTACTAACCACCATGATTTATGCTTTGAACTTGGAACAGGGAGATCAGCAGTATCTATGGAAAAGAATGGATCTGGGACTCCAAGACAGTGCATTCAACCACTGGGTCCTATAGACAATAATATGTCATGGTTAGCTCAAGCTGGAGGCTTGAAACACCCACA
AAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGG
GGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACATTCAGAAAATGGAAATGCTGGAATAGTACCTGGGAAGGTGTCTATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCAGGACAGTCCACTCAACCACTGGGTCTTACAGACACTTATATCTCAGGG
TTAGCTGGAGGCATGGAACACGCAAAAAATGTAAATGCTGGAATAGGATCGGAGATAAGGAGGGTATCTATTGAAAAGAGTGGGTCTGGGCTTCCAAGACAGTCCACTCAACCACTGGTTCTTAGAGACAGTTATATGTCATGGTTAGCTGGAGGCTTGCAACATCCAGAAAGTGGGAAAGATGGAATAGGACCCAAGAT
AAGTAAGGGTGGTGGATTTGGGACCTCTTCCATACAAGGTTCTTGTCCATACGGATACAGCTCCTACTCTTCACATGTCTGTGTGAAATCTAGTTTTGACAGTCCTTCTTTTTCCCCTATGGGTTTGGGAACTCCTTTTGAACAGAGTCATGGTAAAGAAATTGATCACTCAAATGTATATGTGGGATATCTGCCTCCTA
CCATGGAAGAGGAACAACTGATTAAGCTGTTCTCTTCTTTTGGTAGAATAGTTGAAGCCAAAGTCATCAGGGACCGTGTGAATGGTTCAAGCAAAGGTTATGGTTTTGTAAAATTTGATGACATCCATTGTGCGGCTCAAGCTACTGCACATATGAATGGCTACATGTTGGAAGGCAAGACTTTAGCTGTAAGGGTGATA
GGACGGCCTCCTCCTGGCTCTGGGGTGGGACTTGCAGAAGGTTTTTACTCTTTCAATAAGCAACAACCACAAAAATTGCCTGTCCGTTCTGGTAATTATGTACAGCCATCATGGAGTGCTCCAACTAGGCCTGTATCATCATCACCTTATAGTCTTTATTCTGATAACAATGGTTCTGGTATGACATCCCTTACTATCAG
TCCTTTGCAAGGAGGTACTTTCAACAGCTTGCCAGCTACTTCATATTGCACATATGGTCTATTAGATGCCACTGCATTCCGCAGAAACATCTAGTGGCATGCAATTGCCACCTAAATCTCAGCAAGTGCTAGGCAATGTGCATTATTCCTTGATGTCAAAGTTCTAAATGTCCATTCAGCTGATGCTATGAACCATTTTT
CTCCCAACCAAGCCATGATTACTACATATCAGCACTATGCACATCCATCAATTCCATCAGACAGTGGATATTCTGAGTCACCATCACAAGGTTCATTGATGGGAGGTTTGGTTGCTCCTCTGTGGTCTTATAGACTTTTTATTTTCTGGATATGAGAAGAAAGCTGTGGAATTGGAATACGGAATATTTTTAGCTGAAAT
GGGGCTGTGACATGAGAATATTTCAGGGCTAGATAATATTTCATTCTATGACTAAATGTTGAGCATCTAAATCATACAGAAGTAATTAATCTCTGATTGACTGTGTACAACTGTACAATGTAAATTGCCTTCACTGTCTACTTCTGAATTTTTGTGAGCAAAATATTGATAAAAAAGCTGTGATTTAGTTCGACCAGGAT
ACACACTTGTGTACAATTGGAAACTTAGCGACATCTCTGAGGTACTAGAGAAAATGACATCTAAGGTTGTTGATGAAGGCCACCTACTTCACAGTGTGATGAAAGATGCCTCCAATTACATTCAATACATCTTGGAACTGCACTACTCACTAACAAAATTGTTCTGATGCTTCTGCAGTTACAGTACATGTACAGAGTTG
CTTTGGATGGTGTGAATTTGTGTTTCTGGAACTACACCATTGAGAGTCTTGTTTTCTTTGGGCACTTTGCTGTCCATTGCCGTTTTATTCCCTCTATTTTTTCTCTTCTTGTACATAAGTATCCATGCTACTTGTGACTGATATGTTGATTCTGTTTTGTAACCTGAGATAATTGGTCATTTCCTTGAAAAGCACAGGTG
TTTACAATGGGGATCTCATCACCTTTTTGAGAGTCCAAACTTAAGTTGCACTGATTATGGTAATGGATGTAACTAGTTGTCTTGACAACAGTATCGGTAGCATCTACACATTGGTTGCCTCGTTGATAGACGGATAATTATTGAGTTTTGACTCCCAATGTGGATCTAACATTTTGTTATGGGTCAGTATTAGCTTTTCT
GTCCTAGTTATTGATTGTCTTTTTATGTGAGTGTATTCTATAATTGCAGGAATTATTGGATATTTGTTGTGGGC
>TRINITY_DN111522_c2_g1_i13 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATGCTGTTAATGTTCGAATGATTTACAGGATTCAAATCAGAATCATAACAATTGTTGTTTCTATTTCAATAATAGCCGAATTTCCGCAAGCTACTTTTCTATTTCCGCAAAATAGTTTCATTTCAATTGTGCTGAAATTTAACTAGGACCGTGCATAGCACATCTCCAAACAATTCTTCTAAAACAACGTTAATTTTT
TAAACGGTAAAGATTTTCAAACTGATATCACCCATTTTCAAACTGATATCACCCATTTGCATTGAATACATGCACTGTCAAGCTCTGAGAACGCAAAGAGCACGGGAATACTACAGGAAATAATTTCTCAGCCTTTCACTCACAGgtacccattactctatctgttctctttggccctggatatgttttgattttgtaca
atgttggtacaaggtcaagattgctgttaatttcagcagaaatcttctatgattattggtctatcagtatcagatacaataataatgatggccatgggatcgattctcattccggtaaacaaacacattataggtcctgttgctaatgaaaaagggcgcgctcttgcttcttttcatgtttaatgggttattattgctca
cgaatgcattattgtgtagcccttttgtccaggggtgttgtggatttcgttaaattaattgttcagcccttttgtacatgcccttttttcattttcgtagagcgtttgaatctaaacatattcttattaggctgtcctgggcaaagagcacgcgaatagcacaggaaacaatttctcagccttagacgcacaggtaccca
ttcctctatctagtctgttctctttggccctggatatgttttgattttgtacaatgttggtacaaggtcaagattgctgttaatttcagcagaaatcttctatgattattggtctatcagtatcagatacaataataatgatggccatgggatcgattctcattccagtaaacaaacacattatagGCTGTCCTGGGCAA
AGAGCACGCGAATAGCACAGGAAACAATTTCTCAGCCTTAGACGCACAGCACGACAGTTCCAAAAGCTATGACTGAAATGGACCAGCATGGAGAAATGAGTCCTTCCCATTTGGATGATGGTTCCGAAGAACAGCAACAGAGCTATCATTTCGAGAGTGAAGGCATAGCTAGTCTGCAGGACAAATGCCCATCCTTCAGT
CAAACTGCATCTCATGCATTGGAAACACCCACAAGTAAAGCAGAGACACAGAATGTTTCAGAAAATATCAATAATGGAAAAGGAGGTTTAGAGGGTGCAGATGCTTTAGAATTGTCTGATGAAGCAGCAAACCAGCAAAATTGTGCACAGGCAACTCAGAGACATGAAAGTGGTGGAAGCTCTGGCAAAAGAAGGCACAG
CACTTGTGATTCCATGCCTGAGGAGGGAGGAGAAGCAAATGAAGGTGAATGTAGTGGTAAGAAGAAGAGATCAAGATGGACTGCAGAAGAACCAAAAATTTCAATGCTAGGGCAAATAAAACTTCCAGATTTTATGAAGGAGTTAACTGATGTAGATCCTGAAGTGCAGGAACTAAGTATTAAGCTCTTTATTATCAACC
AGAAACTTCAGACTGGAAATGTTATTGTTGCATCAGGGGATGGGCAAAGATCTCTGTCACCAGAGCCTCAATATAACAACTCGCGGATTAGAATAAATACAAGGGAGGTTAGAGCCAGAGAAAAGTTCATGCAGGAAAGACAAATGACAATTGCAAGTTTGATTAAAAAAAACCCTGCTTTCAGGCCACCTGCAGACCCC
AAACCTGCTAAGCACCACAAGAAACTTTACATACCTGTTAAGGAATACCCTGGATACAACTTCATTGGGCTTATCATTGGGCCTCGTGGCAATACACAGAGAAAGATGGAGCAAGAAACTGGGGCTAAGATATTCATAAGAGGGAGAGGGAGTCGACTACAGAAGCTAGAGCCAGTAGACAATGAAGACTTGCATGTTTT
GGTAGAAGCAGATAATGAGAATTCTCTAGAAAAGGCGTGCAGGATTGTTGAAAAGTTGCTTGTGCCTGTAGAGGAAAGCAGAAATCAACACAGACGAGCTCAACTAAGAGAATTGGCAAAAATTAAAGGCAAAGTCAGAATTCCTAAACTTTGTCGATCATGTGGGCAGCAAGGTCATTTGCAATTCACTTGTCCAGTGA
TGCAGATAGCCTATGGTGATGAACATTCAACTATTAATAGTCCAACGAAGGTATCGTTGCAGGGTGCAAAAGTGGATGCTACTAACCACCATGATTTATGCTTTGAACTTGGAACAGGGAGATCAGCAGTATCTATGGAAAAGAATGGATCTGGGACTCCAAGACAGTGCATTCAACCACTGGGTCCTATAGACAATAAT
ATGTCATGGTTAGCTCAAGCTGGAGGCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGG
AATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACATTCAGAAAATGGAAATGCTGGAATAGTACCTGGGAAGGTGTCTATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCAGGACAGT
CCACTCAACCACTGGGTCTTACAGACACTTATATCTCAGGGTTAGCTGGAGGCATGGAACACGCAAAAAATGTAAATGCTGGAATAGGATCGGAGATAAGGAGGGTATCTATTGAAAAGAGTGGGTCTGGGCTTCCAAGACAGTCCACTCAACCACTGGTTCTTAGAGACAGTTATATGTCATGGTTAGCTGGAGGCTTG
CAACATCCAGAAAGTGGGAAAGATGGAATAGGACCCAAGATAAGTAAGGGTGGTGGATTTGGGACCTCTTCCATACAAGGTTCTTGTCCATACGGATACAGCTCCTACTCTTCACATGTCTGTGTGAAATCTAGTTTTGACAGTCCTTCTTTTTCCCCTATGGGTTTGGGAACTCCTTTTGAACAGAGTCATGGTAAAGA
AATTGATCACTCAAATGTATATGTGGGATATCTGCCTCCTACCATGGAAGAGGAACAACTGATTAAGCTGTTCTCTTCTTTTGGTAGAATAGTTGAAGCCAAAGTCATCAGGGACCGTGTGAATGGTTCAAGCAAAGGTTATGGTTTTGTAAAATTTGATGACATCCATTGTGCGGCTCAAGCTACTGCACATATGAATG
GCTACATGTTGGAAGGCAAGACTTTAGCTGTAAGGGTGATAGGACGGCCTCCTCCTGGCTCTGGGGTGGGACTTGCAGAAGGTTTTTACTCTTTCAATAAGCAACAACCACAAAAATTGCCTGTCCGTTCTGGTAATTATGTACAGCCATCATGGAGTGCTCCAACTAGGCCTGTATCATCATCACCTTATAGTCTTTAT
TCTGATAACAATGGTTCTGGTATGACATCCCTTACTATCAGTCCTTTGCAAGGAGGTACTTTCAACAGCTTGCCAGCTACTTCATATTGCACATATGGTCTATTAGATGCCACTGCATTCCGCAGAAACATCTAGTGGCATGCAATTGCCACCTAAATCTCAGCAAGTGCTAGGCAATGTGCATTATTCCTTGATGTCAA
AGTTCTAAATGTCCATTCAGCTGATGCTATGAACCATTTTTCTCCCAACCAAGCCATGATTACTACATATCAGCACTATGCACATCCATCAATTCCATCAGACAGTGGATATTCTGAGTCACCATCACAAGGTTCATTGATGGGAGGTTTGGTTGCTCCTCTGTGGTCTTATAGACTTTTTATTTTCTGGATATGAGAAG
AAAGCTGTGGAATTGGAATACGGAATATTTTTAGCTGAAATGGGGCTGTGACATGAGAATATTTCAGGGCTAGATAATATTTCATTCTATGACTAAATGTTGAGCATCTAAATCATACAGAAGTAATTAATCTCTGATTGACTGTGTACAACTGTACAATGTAAATTGCCTTCACTGTCTACTTCTGAATTTTTGTGAGC
AAAATATTGATAAAAAAGCTGTGATTTAGTTCGACCAGGATACACACTTGTGTACAATTGGAAACTTAGCGACATCTCTGAGGTACTAGAGAAAATGACATCTAAGGTTGTTGATGAAGGCCACCTACTTCACAGTGTGATGAAAGATGCCTCCAATTACATTCAATACATCTTGGAACTGCACTACTCACTAACAAAAT
TGTTCTGATGCTTCTGCAGTTACAGTACATGTACAGAGTTGCTTTGGATGGTGTGAATTTGTGTTTCTGGAACTACACCATTGAGAGTCTTGTTTTCTTTGGGCACTTTGCTGTCCATTGCCGTTTTATTCCCTCTATTTTTTCTCTTCTTGTACATAAGTATCCATGCTACTTGTGACTGATATGTTGATTCTGTTTTG
TAACCTGAGATAATTGGTCATTTCCTTGAAAAGCACAGGTGTTTACAATGGGGATCTCATCACCTTTTTGAGAGTCCAAACTTAAGTTGCACTGATTATGGTAATGGATGTAACTAGTTGTCTTGACAACAGTATCGGTAGCATCTACACATTGGTTGCCTCGTTGATAGACGGATAATTATTGAGTTTTGACTCCCAAT
GTGGATCTAACATTTTGTTATGGGTCAGTATTAGCTTTTCTGTCCTAGTTATTGATTGTCTTTTTATGTGAGTGTATTCTATAATTGCAGGAATTATTGGATATTTGTTGTGGGC
Intron 5 GTACCCATTA ... AGACGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.73 | 248 | 17 | 288 |
| A2 | 55.66 | 239 | 8 | 300 |
| A3 | 53.71 | 262 | 15 | 304 |
| A4 | 53.47 | 188 | 16 | 216 |
| A5 | 55.07 | 93 | 8 | 114 |
| A6 | 45.16 | 34 | 0 | 28 |
| A7 | 53.32 | 225 | 14 | 257 |
| A8 | 49.47 | 48 | 1 | 47 |
| A9 | 53.38 | 186 | 3 | 213 |
| A10 | 50.08 | 326 | 15 | 327 |
>TRINITY_DN111522_c2_g1_i10 from sample A4 / Example spliced isoformGGATGCTGTTAATGTTCGAATGATTTACAGGATTCAAATCAGAATCATAACAATTGTTGTTTCTATTTCAATAATAGCCGAATTTCCGCAAGCTACTTTTCTATTTCCGCAAAATAGTTTCATTTCAATTGTGCTGAAATTTAACTAGGACCGTGCATAGCACATCTCCAAACAATTCTTCTAAAACAACGTTAATTTTT
TAAACGGTAAAGATTTTCAAACTGATATCACCCATTTTCAAACTGATATCACCCATTTGCATTGAATACATGCACTGTCAAGCTCTGAGAACGCAAAGAGCACGGGAATACTACAGGAAATAATTTCTCAGCCTTTCACTCACAGCACGACAGTTCCAAAAGCTATGACTGAAATGGACCAGCATGGAGAAATGAGTCCT
TCCCATTTGGATGATGGTTCCGAAGAACAGCAACAGAGCTATCATTTCGAGAGTGAAGGCATAGCTAGTCTGCAGGACAAATGCCCATCCTTCAGTCAAACTGCATCTCATGCATTGGAAACACCCACAAGTAAAGCAGAGACACAGAATGTTTCAGAAAATATCAATAATGGAAAAGGAGGTTTAGAGGGTGCAGATGC
TTTAGAATTGTCTGATGAAGCAGCAAACCAGCAAAATTGTGCACAGGCAACTCAGAGACATGAAAGTGGTGGAAGCTCTGGCAAAAGAAGGCACAGCACTTGTGATTCCATGCCTGAGGAGGGAGGAGAAGCAAATGAAGGTGAATGTAGTGGTAAGAAGAAGAGATCAAGATGGACTGCAGAAGAACCAAAAATTTCAA
TGCTAGGGCAAATAAAACTTCCAGATTTTATGAAGGAGTTAACTGATGTAGATCCTGAAGTGCAGGAACTAAGTATTAAGCTCTTTATTATCAACCAGAAACTTCAGACTGGAAATGTTATTGTTGCATCAGGGGATGGGCAAAGATCTCTGTCACCAGAGCCTCAATATAACAACTCGCGGATTAGAATAAATACAAGG
GAGGTTAGAGCCAGAGAAAAGTTCATGCAGGAAAGACAAATGACAATTGCAAGTTTGATTAAAAAAAACCCTGCTTTCAGGCCACCTGCAGACCCCAAACCTGCTAAGCACCACAAGAAACTTTACATACCTGTTAAGGAATACCCTGGATACAACTTCATTGGGCTTATCATTGGGCCTCGTGGCAATACACAGAGAAA
GATGGAGCAAGAAACTGGGGCTAAGATATTCATAAGAGGGAGAGGGAGTCGACTACAGAAGCTAGAGCCAGTAGACAATGAAGACTTGCATGTTTTGGTAGAAGCAGATAATGAGAATTCTCTAGAAAAGGCGTGCAGGATTGTTGAAAAGTTGCTTGTGCCTGTAGAGGAAAGCAGAAATCAACACAGACGAGCTCAAC
TAAGAGAATTGGCAAAAATTAAAGGCAAAGTCAGAATTCCTAAACTTTGTCGATCATGTGGGCAGCAAGGTCATTTGCAATTCACTTGTCCAGTGATGCAGATAGCCTATGGTGATGAACATTCAACTATTAATAGTCCAACGAAGGTATCGTTGCAGGGTGCAAAAGTGGATGCTACTAACCACCATGATTTATGCTTT
GAACTTGGAACAGGGAGATCAGCAGTATCTATGGAAAAGAATGGATCTGGGACTCCAAGACAGTGCATTCAACCACTGGGTCCTATAGACAATAATATGTCATGGTTAGCTCAAGCTGGAGGCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGG
GCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGT
TAGCTGGAGCCTTGAAACATTCAGAAAATGGAAATGCTGGAATAGTACCTGGGAAGGTGTCTATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCAGGACAGTCCACTCAACCACTGGGTCTTACAGACACTTATATCTCAGGGTTAGCTGGAGGCATGGAACACGCAAAAAATGTAAATGCTGGAATAGGATCGGAGATAAGGAGG
GTATCTATTGAAAAGAGTGGGTCTGGGCTTCCAAGACAGTCCACTCAACCACTGGTTCTTAGAGACAGTTATATGTCATGGTTAGCTGGAGGCTTGCAACATCCAGAAAGTGGGAAAGATGGAATAGGACCCAAGATAAGTAAGGGTGGTGGATTTGGGACCTCTTCCATACAAGGTTCTTGTCCATACGGATACAGCTC
CTACTCTTCACATGTCTGTGTGAAATCTAGTTTTGACAGTCCTTCTTTTTCCCCTATGGGTTTGGGAACTCCTTTTGAACAGAGTCATGGTAAAGAAATTGATCACTCAAATGTATATGTGGGATATCTGCCTCCTACCATGGAAGAGGAACAACTGATTAAGCTGTTCTCTTCTTTTGGTAGAATAGTTGAAGCCAAAG
TCATCAGGGACCGTGTGAATGGTTCAAGCAAAGGTTATGGTTTTGTAAAATTTGATGACATCCATTGTGCGGCTCAAGCTACTGCACATATGAATGGCTACATGTTGGAAGGCAAGACTTTAGCTGTAAGGGTGATAGGACGGCCTCCTCCTGGCTCTGGGGTGGGACTTGCAGAAGGTTTTTACTCTTTCAATAAGCAA
CAACCACAAAAATTGCCTGTCCGTTCTGGTAATTATGTACAGCCATCATGGAGTGCTCCAACTAGGCCTGTATCATCATCACCTTATAGTCTTTATTCTGATAACAATGGTTCTGGTATGACATCCCTTACTATCAGTCCTTTGCAAGGAGGTACTTTCAACAGCTTGCCAGCTACTTCATATTGCACATATGGTCTATT
AGATGCCACTGCATTCCGCAGAAACATCTAGTGGCATGCAATTGCCACCTAAATCTCAGCAAGTGCTAGGCAATGTGCATTATTCCTTGATGTCAAAGTTCTAAATGTCCATTCAGCTGATGCTATGAACCATTTTTCTCCCAACCAAGCCATGATTACTACATATCAGCACTATGCACATCCATCAATTCCATCAGACA
GTGGATATTCTGAGTCACCATCACAAGGTTCATTGATGGGAGGTTTGGTTGCTCCTCTGTGGTCTTATAGACTTTTTATTTTCTGGATATGAGAAGAAAGCTGTGGAATTGGAATACGGAATATTTTTAGCTGAAATGGGGCTGTGACATGAGAATATTTCAGGGCTAGATAATATTTCATTCTATGACTAAATGTTGAG
CATCTAAATCATACAGAAGTAATTAATCTCTGATTGACTGTGTACAACTGTACAATGTAAATTGCCTTCACTGTCTACTTCTGAATTTTTGTGAGCAAAATATTGATAAAAAAGCTGTGATTTAGTTCGACCAGGATACACACTTGTGTACAATTGGAAACTTAGCGACATCTCTGAGGTACTAGAGAAAATGACATCTA
AGGTTGTTGATGAAGGCCACCTACTTCACAGTGTGATGAAAGATGCCTCCAATTACATTCAATACATCTTGGAACTGCACTACTCACTAACAAAATTGTTCTGATGCTTCTGCAGTTACAGTACATGTACAGAGTTGCTTTGGATGGTGTGAATTTGTGTTTCTGGAACTACACCATTGAGAGTCTTGTTTTCTTTGGGC
ACTTTGCTGTCCATTGCCGTTTTATTCCCTCTATTTTTTCTCTTCTTGTACATAAGTATCCATGCTACTTGTGACTGATATGTTGATTCTGTTTTGTAACCTGAGATAATTGGTCATTTCCTTGAAAAGCACAGGTGTTTACAATGGGGATCTCATCACCTTTTTGAGAGTCCAAACTTAAGTTGCACTGATTATGGTAA
TGGATGTAACTAGTTGTCTTGACAACAGTATCGGTAGCATCTACACATTGGTTGCCTCGTTGATAGACGGATAATTATTGAGTTTTGACTCCCAATGTGGATCTAACATTTTGTTATGGGTCAGTATTAGCTTTTCTGTCCTAGTTATTGATTGTCTTTTTATGTGAGTGTATTCTATAATTGCAGGAATTATTGGATAT
TTGTTGTGGGC
>TRINITY_DN111522_c2_g1_i13 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATGCTGTTAATGTTCGAATGATTTACAGGATTCAAATCAGAATCATAACAATTGTTGTTTCTATTTCAATAATAGCCGAATTTCCGCAAGCTACTTTTCTATTTCCGCAAAATAGTTTCATTTCAATTGTGCTGAAATTTAACTAGGACCGTGCATAGCACATCTCCAAACAATTCTTCTAAAACAACGTTAATTTTT
TAAACGGTAAAGATTTTCAAACTGATATCACCCATTTTCAAACTGATATCACCCATTTGCATTGAATACATGCACTGTCAAGCTCTGAGAACGCAAAGAGCACGGGAATACTACAGGAAATAATTTCTCAGCCTTTCACTCACAGgtacccattactctatctgttctctttggccctggatatgttttgattttgtaca
atgttggtacaaggtcaagattgctgttaatttcagcagaaatcttctatgattattggtctatcagtatcagatacaataataatgatggccatgggatcgattctcattccggtaaacaaacacattataggtcctgttgctaatgaaaaagggcgcgctcttgcttcttttcatgtttaatgggttattattgctca
cgaatgcattattgtgtagcccttttgtccaggggtgttgtggatttcgttaaattaattgttcagcccttttgtacatgcccttttttcattttcgtagagcgtttgaatctaaacatattcttattaggctgtcctgggcaaagagcacgcgaatagcacaggaaacaatttctcagccttagacgcacaggtaccca
ttcctctatctagtctgttctctttggccctggatatgttttgattttgtacaatgttggtacaaggtcaagattgctgttaatttcagcagaaatcttctatgattattggtctatcagtatcagatacaataataatgatggccatgggatcgattctcattccagtaaacaaacacattataggctgtcctgggcaa
agagcacgcgaatagcacaggaaacaatttctcagccttagacgcacagCACGACAGTTCCAAAAGCTATGACTGAAATGGACCAGCATGGAGAAATGAGTCCTTCCCATTTGGATGATGGTTCCGAAGAACAGCAACAGAGCTATCATTTCGAGAGTGAAGGCATAGCTAGTCTGCAGGACAAATGCCCATCCTTCAGT
CAAACTGCATCTCATGCATTGGAAACACCCACAAGTAAAGCAGAGACACAGAATGTTTCAGAAAATATCAATAATGGAAAAGGAGGTTTAGAGGGTGCAGATGCTTTAGAATTGTCTGATGAAGCAGCAAACCAGCAAAATTGTGCACAGGCAACTCAGAGACATGAAAGTGGTGGAAGCTCTGGCAAAAGAAGGCACAG
CACTTGTGATTCCATGCCTGAGGAGGGAGGAGAAGCAAATGAAGGTGAATGTAGTGGTAAGAAGAAGAGATCAAGATGGACTGCAGAAGAACCAAAAATTTCAATGCTAGGGCAAATAAAACTTCCAGATTTTATGAAGGAGTTAACTGATGTAGATCCTGAAGTGCAGGAACTAAGTATTAAGCTCTTTATTATCAACC
AGAAACTTCAGACTGGAAATGTTATTGTTGCATCAGGGGATGGGCAAAGATCTCTGTCACCAGAGCCTCAATATAACAACTCGCGGATTAGAATAAATACAAGGGAGGTTAGAGCCAGAGAAAAGTTCATGCAGGAAAGACAAATGACAATTGCAAGTTTGATTAAAAAAAACCCTGCTTTCAGGCCACCTGCAGACCCC
AAACCTGCTAAGCACCACAAGAAACTTTACATACCTGTTAAGGAATACCCTGGATACAACTTCATTGGGCTTATCATTGGGCCTCGTGGCAATACACAGAGAAAGATGGAGCAAGAAACTGGGGCTAAGATATTCATAAGAGGGAGAGGGAGTCGACTACAGAAGCTAGAGCCAGTAGACAATGAAGACTTGCATGTTTT
GGTAGAAGCAGATAATGAGAATTCTCTAGAAAAGGCGTGCAGGATTGTTGAAAAGTTGCTTGTGCCTGTAGAGGAAAGCAGAAATCAACACAGACGAGCTCAACTAAGAGAATTGGCAAAAATTAAAGGCAAAGTCAGAATTCCTAAACTTTGTCGATCATGTGGGCAGCAAGGTCATTTGCAATTCACTTGTCCAGTGA
TGCAGATAGCCTATGGTGATGAACATTCAACTATTAATAGTCCAACGAAGGTATCGTTGCAGGGTGCAAAAGTGGATGCTACTAACCACCATGATTTATGCTTTGAACTTGGAACAGGGAGATCAGCAGTATCTATGGAAAAGAATGGATCTGGGACTCCAAGACAGTGCATTCAACCACTGGGTCCTATAGACAATAAT
ATGTCATGGTTAGCTCAAGCTGGAGGCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGG
AATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACATTCAGAAAATGGAAATGCTGGAATAGTACCTGGGAAGGTGTCTATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCAGGACAGT
CCACTCAACCACTGGGTCTTACAGACACTTATATCTCAGGGTTAGCTGGAGGCATGGAACACGCAAAAAATGTAAATGCTGGAATAGGATCGGAGATAAGGAGGGTATCTATTGAAAAGAGTGGGTCTGGGCTTCCAAGACAGTCCACTCAACCACTGGTTCTTAGAGACAGTTATATGTCATGGTTAGCTGGAGGCTTG
CAACATCCAGAAAGTGGGAAAGATGGAATAGGACCCAAGATAAGTAAGGGTGGTGGATTTGGGACCTCTTCCATACAAGGTTCTTGTCCATACGGATACAGCTCCTACTCTTCACATGTCTGTGTGAAATCTAGTTTTGACAGTCCTTCTTTTTCCCCTATGGGTTTGGGAACTCCTTTTGAACAGAGTCATGGTAAAGA
AATTGATCACTCAAATGTATATGTGGGATATCTGCCTCCTACCATGGAAGAGGAACAACTGATTAAGCTGTTCTCTTCTTTTGGTAGAATAGTTGAAGCCAAAGTCATCAGGGACCGTGTGAATGGTTCAAGCAAAGGTTATGGTTTTGTAAAATTTGATGACATCCATTGTGCGGCTCAAGCTACTGCACATATGAATG
GCTACATGTTGGAAGGCAAGACTTTAGCTGTAAGGGTGATAGGACGGCCTCCTCCTGGCTCTGGGGTGGGACTTGCAGAAGGTTTTTACTCTTTCAATAAGCAACAACCACAAAAATTGCCTGTCCGTTCTGGTAATTATGTACAGCCATCATGGAGTGCTCCAACTAGGCCTGTATCATCATCACCTTATAGTCTTTAT
TCTGATAACAATGGTTCTGGTATGACATCCCTTACTATCAGTCCTTTGCAAGGAGGTACTTTCAACAGCTTGCCAGCTACTTCATATTGCACATATGGTCTATTAGATGCCACTGCATTCCGCAGAAACATCTAGTGGCATGCAATTGCCACCTAAATCTCAGCAAGTGCTAGGCAATGTGCATTATTCCTTGATGTCAA
AGTTCTAAATGTCCATTCAGCTGATGCTATGAACCATTTTTCTCCCAACCAAGCCATGATTACTACATATCAGCACTATGCACATCCATCAATTCCATCAGACAGTGGATATTCTGAGTCACCATCACAAGGTTCATTGATGGGAGGTTTGGTTGCTCCTCTGTGGTCTTATAGACTTTTTATTTTCTGGATATGAGAAG
AAAGCTGTGGAATTGGAATACGGAATATTTTTAGCTGAAATGGGGCTGTGACATGAGAATATTTCAGGGCTAGATAATATTTCATTCTATGACTAAATGTTGAGCATCTAAATCATACAGAAGTAATTAATCTCTGATTGACTGTGTACAACTGTACAATGTAAATTGCCTTCACTGTCTACTTCTGAATTTTTGTGAGC
AAAATATTGATAAAAAAGCTGTGATTTAGTTCGACCAGGATACACACTTGTGTACAATTGGAAACTTAGCGACATCTCTGAGGTACTAGAGAAAATGACATCTAAGGTTGTTGATGAAGGCCACCTACTTCACAGTGTGATGAAAGATGCCTCCAATTACATTCAATACATCTTGGAACTGCACTACTCACTAACAAAAT
TGTTCTGATGCTTCTGCAGTTACAGTACATGTACAGAGTTGCTTTGGATGGTGTGAATTTGTGTTTCTGGAACTACACCATTGAGAGTCTTGTTTTCTTTGGGCACTTTGCTGTCCATTGCCGTTTTATTCCCTCTATTTTTTCTCTTCTTGTACATAAGTATCCATGCTACTTGTGACTGATATGTTGATTCTGTTTTG
TAACCTGAGATAATTGGTCATTTCCTTGAAAAGCACAGGTGTTTACAATGGGGATCTCATCACCTTTTTGAGAGTCCAAACTTAAGTTGCACTGATTATGGTAATGGATGTAACTAGTTGTCTTGACAACAGTATCGGTAGCATCTACACATTGGTTGCCTCGTTGATAGACGGATAATTATTGAGTTTTGACTCCCAAT
GTGGATCTAACATTTTGTTATGGGTCAGTATTAGCTTTTCTGTCCTAGTTATTGATTGTCTTTTTATGTGAGTGTATTCTATAATTGCAGGAATTATTGGATATTTGTTGTGGGC
Intron 6 GTACCCATTC ... AGACGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.31 | 400 | 18 | 0 |
| A2 | 0.91 | 437 | 4 | 0 |
| A3 | 1.7 | 463 | 8 | 0 |
| A4 | 3.36 | 316 | 11 | 0 |
| A5 | 3.33 | 145 | 5 | 0 |
| A6 | 0 | 41 | 0 | 0 |
| A7 | 0.6 | 329 | 2 | 0 |
| A8 | 0 | 70 | 0 | 0 |
| A9 | 1.34 | 295 | 4 | 0 |
| A10 | 0 | 426 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN111522_c2_g1_i8 from sample A4 / Example spliced isoformGGATGCTGTTAATGTTCGAATGATTTACAGGATTCAAATCAGAATCATAACAATTGTTGTTTCTATTTCAATAATAGCCGAATTTCCGCAAGCTACTTTTCTATTTCCGCAAAATAGTTTCATTTCAATTGTGCTGAAATTTAACTAGGACCGTGCATAGCACATCTCCAAACAATTCTTCTAAAACAACGTTAATTTTT
TAAACGGTAAAGATTTTCAAACTGATATCACCCATTTTCAAACTGATATCACCCATTTGCATTGAATACATGCACTGTCAAGCTCTGAGAACGCAAAGAGCACGGGAATACTACAGGAAATAATTTCTCAGCCTTTCACTCACAGGCTGTCCTGGGCAAAGAGCACGCGAATAGCACAGGAAACAATTTCTCAGCCTTAG
ACGCACAGCACGACAATTCCAAAAGCTATGACTGAAATGGACCAGCATGGAGAAATGAGTCCTTCCCATTTGGATGATGGTTCCGAAGAACAGCAACAGAGCTATCATTTCGAGAGTGAAGGCATAGCTAGTCTGCAGGACAAATGCCCATCCTTCAGTCAAACTGCATCTCATGCATTGGAAACACCCACAAGTAAAGC
AGAGACACAGAATGTTTCAGAAAATATCAATAATGGAAAAGGAGGTTTAGAGGGTGCAGATGCTTTAGAATTGTCTGATGAAGCAGCAAACCAGCAAAATTGTGCACAGGCAACTCAGAGACATGAAAGTGGTGGAAGCTCTGGCAAAAGAAGGCACAGCACTTGTGATTCCATGCCTGAGGAGGGAGGAGAAGCAAATG
AAGGTGAATGTAGTGGTAAGAAGAAGAGATCAAGATGGACTGCAGAAGAACCAAAAATTTCAATGCTAGGGCAAATAAAACTTCCAGATTTTATGAAGGAGTTAACTGATGTAGATCCTGAAGTGCAGGAACTAAGTATTAAGCTCTTTATTATCAACCAGAAACTTCAGACTGGAAATGTTATTGTTGCATCAGGGGAT
GGGCAAAGATCTCTGTCACCAGAGCCTCAATATAACAACTCGCGGATTAGAATAAATACAAGGGAGGTTAGAGCCAGAGAAAAGTTCATGCAGGAAAGACAAATGACAATTGCAAGTTTGATTAAAAAAAACCCTGCTTTCAGGCCACCTGCAGACCCCAAACCTGCTAAGCACCACAAGAAACTTTACATACCTGTTAA
GGAATACCCTGGATACAACTTCATTGGGCTTATCATTGGGCCTCGTGGCAATACACAGAGAAAGATGGAGCAAGAAACTGGGGCTAAGATATTCATAAGAGGGAGAGGGAGTCGACTACAGAAGCTAGAGCCAGTAGACAATGAAGACTTGCATGTTTTGGTAGAAGCAGATAATGAGAATTCTCTAGAAAAGGCGTGCA
GGATTGTTGAAAAGTTGCTTGTGCCTGTAGAGGAAAGCAGAAATCAACACAGACGAGCTCAACTAAGAGAATTGGCAAAAATTAAAGGCAAAGTCAGAATTCCTAAACTTTGTCGATCATGTGGGCAGCAAGGTCATTTGCAATTCACTTGTCCAGTGATGCAGATAGCCTATGGTGATGAACATTCAACTATTAATAGT
CCAACGAAGGTATCGTTGCAGGGTGCAAAAGTGGATGCTACTAACCACCATGATTTATGCTTTGAACTTGGAACAGGGAGATCAGCAGTATCTATGGAAAAGAATGGATCTGGGACTCCAAGACAGTGCATTCAACCACTGGGTCCTATAGACAATAATATGTCATGGTTAGCTCAAGCTGGAGGCTTGAAACACCCACA
AAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACACCCACAAAATAGAAATGCTGGAATAGGACCTGATCTAATGAGGGTATTGATGGAAAAGAGGG
GGTCTGGGCTTCCTATACAATCCTCTCAACCACTGGCTTTTACAGACAATTATATGTCATGGTTAGCTGGAGCCTTGAAACATTCAGAAAATGGAAATGCTGGAATAGTACCTGGGAAGGTGTCTATGGAAAAGAGGGGGTCTGGGCTTCCAGGACAGTCCACTCAACCACTGGGTCTTACAGACACTTATATCTCAGGG
TTAGCTGGAGGCATGGAACACGCAAAAAATGTAAATGCTGGAATAGGATCGGAGATAAGGAGGGTATCTATTGAAAAGAGTGGGTCTGGGCTTCCAAGACAGTCCACTCAACCACTGGTTCTTAGAGACAGTTATATGTCATGGTTAGCTGGAGGCTTGCAACATCCAGAAAGTGGGAAAGATGGAATAGGACCCAAGAT
AAGTAAGGGTGGTGGATTTGGGACCTCTTCCATACAAGGTTCTTGTCCATACGGATACAGCTCCTACTCTTCACATGTCTGTGTGAAATCTAGTTTTGACAGTCCTTCTTTTTCCCCTATGGGTTTGGGAACTCCTTTTGAACAGAGTCATGGTAAAGAAATTGATCACTCAAATGTATATGTGGGATATCTGCCTCCTA
CCATGGAAGAGGAACAACTGATTAAGCTGTTCTCTTCTTTTGGTAGAATAGTTGAAGCCAAAGTCATCAGGGACCGTGTGAATGGTTCAAGCAAAGGTTATGGTTTTGTAAAATTTGATGACATCCATTGTGCGGCTCAAGCTACTGCACATATGAATGGCTACATGTTGGAAGGCAAGACTTTAGCTGTAAGGGTGATA
GGACGGCCTCCTCCTGGCTCTGGGGTGGGACTTGCAGAAGGTTTTTACTCTTTCAATAAGCAACAACCACAAAAATTGCCTGTCCGTTCTGGTAATTATGTACAGCCATCATGGAGTGCTCCAACTAGGCCTGTATCATCATCACCTTATAGTCTTTATTCTGATAACAATGGTTCTGGTATGACATCCCTTACTATCAG
TCCTTTGCAAGGAGGTACTTTCAACAGCTTGCCAGCTACTTCATATTGCACATATGGTCTATTAGATGCCACTGCATTCCGCAGAAACATCTAGTGGCATGCAATTGCCACCTAAATCTCAGCAAGTGCTAGGCAATGTGCATTATTCCTTGATGTCAAAGTTCTAAATGTCCATTCAGCTGATGCTATGAACCATTTTT
CTCCCAACCAAGCCATGATTACTACATATCAGCACTATGCACATCCATCAATTCCATCAGACAGTGGATATTCTGAGTCACCATCACAAGGTTCATTGATGGGAGGTTTGGTTGCTCCTCTGTGGTCTTATAGACTTTTTATTTTCTGGATATGAGAAGAAAGCTGTGGAATTGGAATACGGAATATTTTTAGCTGAAAT
GGGGCTGTGACATGAGAATATTTCAGGGCTAGATAATATTTCATTCTATGACTAAATGTTGAGCATCTAAATCATACAGAAGTAATTAATCTCTGATTGACTGTGTACAACTGTACAATGTAAATTGCCTTCACTGTCTACTTCTGAATTTTTGTGAGCAAAATATTGATAAAAAAGCTGTGATTTAGTTCGACCAGGAT
ACACACTTGTGTACAATTGGAAACTTAGCGACATCTCTGAGGTACTAGAGAAAATGACATCTAAGGTTGTTGATGAAGGCCACCTACTTCACAGTGTGATGAAAGATGCCTCCAATTACATTCAATACATCTTGGAACTGCACTACTCACTAACAAAATTGTTCTGATGCTTCTGCAGTTACAGTACATGTACAGAGTTG
CTTTGGATGGTGTGAATTTGTGTTTCTGGAACTACACCATTGAGAGTCTTGTTTTCTTTGGGCACTTTGCTGTCCATTGCCGTTTTATTCCCTCTATTTTTTCTCTTCTTGTACATAAGTATCCATGCTACTTGTGACTGATATGTTGATTCTGTTTTGTAACCTGAGATAATTGGTCATTTCCTTGAAAAGCACAGGTG
TTTACAATGGGGATCTCATCACCTTTTTGAGAGTCCAAACTTAAGTTGCACTGATTATGGTAATGGATGTAACTAGTTGTCTTGACAACAGTATCGGTAGCATCTACACATTGGTTGCCTCGTTGATAGACGGATAATTATTGAGTTTTGACTCCCAATGTGGATCTAACATTTTGTTATGGGTCAGTATTAGCTTTTCT
GTCCTAGTTATTGATTGTCTTTTTATGTGAGTGTATTCTATAATTGCAGGAATTATTGGATATTTGTTGTGGGC
>TRINITY_DN111522_c2_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATGCTGTTAATGTTCGAATGATTTACAGGATTCAAATCAGAATCATAACAATTGTTGTTTCTATTTCAATAATAGCCGAATTTCCGCAAGCTACTTTTCTATTTCCGCAAAATAGTTTCATTTCAATTGTGCTGAAATTTAACTAGGACCGTGCATAGCACATCTCCAAACAATTCTTCTAAAACAACGTTAATTTTT
TAAACGGTAAAGATTTTCAAACTGATATCACCCATTTTCAAACTGATATCACCCATTTGCATTGAATACATGCACTGTCAAGCTCTGAGAACGCAAAGAGCACGGGAATACTACAGGAAATAATTTCTCAGCCTTTCACTCACAGGTACCCATTACTCTATCTGTTCTCTTTGGCCCTGGATATGTTTTGATTTTGTACA
ATGTTGGTACAAGGTCAAGATTGCTGTTAATTTCAGCAGAAATCTTCTATGATTATTGGTCTATCAGTATCAGATACAATAATAATGATGGCCATGGGATCGATTCTCATTCCGGTAAACAAACACATTATAGGTCCTGTTGCTAATGAAAAAGGGCGCGCTCTTGCTTCTTTTCATGTTTAATGGGTTATTATTGCTCA
CGAATGCATTATTGTGTAGCCCTTTTGTCCAGGGGTGTTGTGGATTTCGTTAAATTAATTGTTCAGCCCTTTTGTACATGCCCTTTTTTCATTTTCGTAGAGCGTTTGAATCTAAACATATTCTTATTAGGCTGTCCTGGGCAAAGAGCACGCGAATAGCACAGGAAACAATTTCTCAGCCTTAGACGCACAGgtaccca
ttcctctatctagtctgttctctttggccctggatatgttttgattttgtacaatgttggtacaaggtcaagattgctgttaatttcagcagaaatcttctatgattattggtctatcagtatcagatacaataataatgatggccatgggatcgattctcattccagtaaacaaacacattataggctgtcctgggcaa
agagcacgcgaatagcacaggaatcctgttgctaatgaaaaagggcgcgctcttgcttcttttcatgtttaatgggttattattgctcacgaatgcattattgtgtagcccttttgtccaggggtgttacaatttctcagccttagacgcacagCACGACA