sp|Q7XI75|CARM1_ORYSJ ----> Probable histone-arginine methyltransferase CARM1

Intron 1 GTATGGCCAT ... CATTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.29	110	18	38
A2	15.69	86	11	21
A3	25.93	70	23	26
A4	16.67	55	10	12
A5	15.46	41	5	10
A6	15.66	342	58	69
A7	14.77	329	48	66
A8	14.78	398	56	82
A9	15.93	314	53	66
A10	16.89	246	45	55

>TRINITY_DN115483_c2_g2_i11 from sample A3 / Example spliced isoform

CTAAATATAAAAATATCCCACACACTGATTCTAGCAACAAAAATACACATTTTCACTAATTTAATCCATTCCAATTTATCGTTGAAATAGGAGTTGCAGAGATAGGGGAAAGAAGCGAGTGGTTAGTATAAGAGGCAGAGAGGATCAGCGGCAACAAGGCTTTTGCGGTCCCTTCACCATCCTCTTCTTTGAGTTTGTTG
CTGTGGATGCAAATCACAAAACCCTAATTTCCATTGAAACCTGTAAAACCCTGGTTACGCTAACTGCTGCTATTGCAAGGAAGAAGAGTGTTATGGCTCAAAATCATTCCCAGGCTCATACTCAGCCGCCGGTGTTCTCAGAGCTGTCGATCGTGGAGGTGCCGTCGAATAAATGGGTCCCGGCTGTGGCTCTCTTTGGC
TGTGACGCGTCTGGCCGATTTATAGAATTCAAGTCCTCCGCCGATTCAACCGAGTCTTTCAATATCAAAACCTATATCCATCATTCTCAGCTTTTTAGAATGGGGCCCACTTTGTCAATGTGGGTAGCAAATGATAATTCATCAAGCTATGGAGCAGAGAGAATCTGTCGAGCCATTACAATTCAATTCCCAACAGAAGC
AGCGGTCTTTTCATTTTGTTTGACTGTTCAGGAGTGGAATACGGATACATCAGCTGCAGGAGCTGGGGAGAAGTTGGCCAATGGTTCAAGTGATCCATCTTGGAAACTTAACAAGTTTGATAAGAAGATCGAGGCATCCTCTGCAAAAATGTATTTCCACTATTATGGGCAGCTTCTTCACCAGCAGAACATGTTGCAAG
ATTACGTGAGGACAGGGTCCTATTATGCCGCTGTCATAGAAAACCGTATAGATTTCAATGGCCGCATTGTGGTTGATGTGGGGGCTGGAAGTGGAATTCTCTCACTGTTTGCAGCACAGGCTGGTGCAAAGCATGTCTATGCTGTGGAGGCATCAGAAATGGTAGATTATGCACGCAGACTTGTTGCTGGAAATCCGTCT
TTGGGTCAGCATATAACAGTGATTAAAGGGAAAATTGAGGAGGTTGAGTTGCCAGAGAAAGCAGATATTCTAATATCAGAGCCCATGGGAACATTATTACTTAATGAAAGGATGTTGGAATCGTATGTAATTGCGAGGGACAGGTTCCTTAGTCCTACGGGAAAAATGTTTCCTACAATTGGCAGGATACATATGGCTCC
TTTTAGTGATGAGTATCTATATGTTGAAATTGCAAACAAGGCTTTGTTTTGGCAACAACAAAATTACTATGGTGTTGACTTGACACCATTGCATGGCTCTGCGTTTCAGTGCTATTTCTCCCAGCCCGTTGTAGATGCTTTTGACCCAAGATTGCTTGTGGCCCCTCCCATCTCTCACACGATTGACTTTACAAAGGTCA
AGGAAGAAGAGTTGTATGAAATGGACATTCCCTTGAACTTTACTGCATCTGTGGGTACTCGAGTCCATGGTCTAGCATGTTGGTTTGATGTTTTATTCAATGGAAGTGCTGTCCAACGATGGCTGACTACTGCACCTGGAGCTCCTACTACACACTGGTATCAACTTCGTTGTGTCTTGTCTCAACCTATTTATGTAATG
GCTGGACAGGTTATTACAGGTCGGCTCCACATGGTTGCTCATAGTGCACAGAGCTATACTATGTATCTCACTATGTCAGCAAAAATGTGGGGTGCTGGTGCTGATCAAGGTGGTATACTGCAAACTTCTTCAAGCAAGCTTGATCTAAAGGAACCATATTATAGGATGTCTCAGCCTCAAGTTTACGCTTGGTCTCAGGA
CCAAGCTACCCAGCAAATAGTGCAGCAGCAGGCAAATGGACTTCCATCACAGCAAGTTGATAGCACAATCCTTGTTCAGCAGCCCATACAAGCGTCGGTGATTTTGCAACAGCAACAGCACCAGCAACAGTCATCTCAGAATTTCCCACAGCAATCTCTGTTTCTCCAATCACAATAGGAAATAACACCATGAGGAAGTT
TGTGTTTATTCTGTTTTCAGGATCAAGCATGTATCAGTATCTAAATTTTTTCGTAGTGCTGGTCAATTCTCGTGTATTCTTATAAAAATGATGTTCAAGATCCCCACCATTGGGAGTATATCCGAAGGTAATTACAATGGCAAGGTTTAGGTTCTATTTTAGGTTAGCCTTTTGAAATAGAAGCTATGTGATAGTATGAT
GTAATGGAAAGGTTGGGCAAATTTATCTAGGTATTTGAGAATATTTCACTTTGTATTTGAAGATTGAAAGTGTATTCAGTTCTCAGTGGCATCTGCAATCAGAGTTAGAAACTTTATAATTAATTACTATTTAGGGCCTTTTGGAACATATTGACATGAAGATACAGAGTACGGTATTTCTTTTAGTAGTCCGAGGTTCA
GGAAACCAATATATCATCTCCTTGCTGTCTCATCTCAAACTATATTTTGGAATTTTAAATAATTAATCTTAGCGTCCAAGTAGGTTCCATCTCTTTTGGGCTGATAAAATTTACAGGAAAATAGATCGACTCCTTTGAGGAATGTACATCTGAGGCTACTTGGTTTGATCCTGTCACAGTTGTTTTAGGGTCTTTTGTTT
CTTCTCTGAGTTTTAGTTATTGTGAAAAAATTATTCATAGGTTCACAAAGCCAGTTGGTAATGGGGTTGAATATGACATTGTGTTTTGACATTATCATTTTTCAAAATTTTGATCGACGATAGGCACTTTCTAT

>TRINITY_DN115483_c2_g2_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTAAATATAAAAATATCCCACACACTGATTCTAGCAACAAAAATACACATTTTCACTAATTTAATCCATTCCAATTTATCGTTGAAATAGGAGTTGCAGAGATAGGGGAAAGAAGCGAGTGGTTAGTATAAGAGGCAGAGAGGATCAGCGGCAACAAGGCTTTTGCGGTCCCTTCACCATCCTCTTCTTTGAGTTTGTTG
CTGTGGATGCAAATCACAAAACCCTAATTTCCATTGAAACCTGTAAAACCCTGGTTACGCTAACTGCTGCTATTGCAAGGAAGAAGAGTGTTATGGCTCAAAATCATTCCCAGGCTCATACTCAGCCGCCGGTGTTCTCAGAGCTGTCGATCGTGGAGGTGCCGTCGAATAAATGGGTCCCGGCTGTGGCTCTCTTTGGC
TGTGACGCGTCTGGCCGATTTATAGAATTCAAGTCCTCCGCCGATTCAACCGAGTCTTTCAATATCAAAACCTATATCCATCATTCTCAGCTTTTTAGAATGGGGCCCACTTTGTCAATGTGGGTAGCAAATGATAATTCATCAAGCTATGGAGCAGAGAGAATCTGTCGAGCCATTACAATTCAATTCCCAACAGAAGC
AGCGGTCTTTTCATTTTGTTTGACTGTTCAGGAGTGGAATACGGATACATCAGCTGCAGGAGCTGGGGAGAAGTTGGCCAATGGTTCAAGTGATCCATCTTGGAAACTTAACAAGTTTGATAAGAAGATCGAGGCATCCTCTGCAAAAATGTATTTCCACTATTATGGGCAGCTTCTTCACCAGCAGAACATGTTGCAAG
ATTACGTGAGGACAGGGTCCTATTATGCCGCTGTCATAGAAAACCGTATAGATTTCAATGGCCGCATTGTGGTTGATGTGGGGGCTGGAAGTGGAATTCTCTCACTGTTTGCAGCACAGGCTGGTGCAAAGCATGTCTATGCTGTGGAGGCATCAGAAATGGTAGATTATGCACGCAGACTTGTTGCTGGAAATCCGTCT
TTGGGTCAGCATATAACAGTGATTAAAGGGAAAATTGAGGAGGTTGAGTTGCCAGAGAAAGCAGATATTCTAATATCAGAGCCCATGGGAACATTATTACTTAATGAAAGGATGTTGGAATCGTATGTAATTGCGAGGGACAGGTTCCTTAGTCCTACGGGAAAAATGTTTCCTACAATTGGCAGGATACATATGGCTCC
TTTTAGTGATGAGTATCTATATGTTGAAATTGCAAACAAGGCTTTGTTTTGGCAACAACAAAATTACTATGGTGTTGACTTGACACCATTGCATGGCTCTGCGTTTCAGTGCTATTTCTCCCAGCCCGTTGTAGATGCTTTTGACCCAAGATTGCTTGTGGCCCCTCCCATCTCTCACACGATTGACTTTACAAAGGTCA
AGGAAGAAGAGTTGTATGAAATGGACATTCCCTTGAACTTTACTGCATCTGTGGGTACTCGAGTCCATGGTCTAGCATGTTGGTTTGATGTTTTATTCAATGGAAGTGCTGTCCAACGATGGCTGACTACTGCACCTGGAGCTCCTACTACACACTGGTATCAACTTCGTTGTGTCTTGTCTCAACCTATTTATGTAATG
GCTGGACAGGTTATTACAGGTCGGCTCCACATGGTTGCTCATAGTGCACAGAGCTATACTATGTATCTCACTATGTCAGgtatggccattatattaaaatctcaatttgaaacagaaattgaatgtcggatgtattatagtgaatgaagcttacattctgcagCAAAAATGTGGGGTGCTGGTGCTGATCAAGGTGGTAT
ACTGCAAACTTCTTCAAGCAAGCTTGATCTAAAGGAACCATATTATAGGATGTCTCAGCCTCAAGTTTACGCTTGGTCTCAGGACCAAGCTACCCAGCAAATAGTGCAGCAGCAGGCAAATGGACTTCCATCACAGCAAGTTGATAGCACAATCCTTGTTCAGCAGCCCATACAAGCGTCGGTGATTTTGCAACAGCAAC
AGCACCAGCAACAGTCATCTCAGAATTTCCCACAGCAATCTCTGTTTCTCCAATCACAATAGGAAATAACACCATGAGGAAGTTTGTGTTTATTCTGTTTTCAGGATCAAGCATGTATCAGTATCTAAATTTTTTCGTAGTGCTGGTCAATTCTCGTGTATTCTTATAAAAATGATGTTCAAGATCCCCACCATTGGGAG
TATATCCGAAGGTAATTACAATGGCAAGGTTTAGGTTCTATTTTAGGTTAGCCTTTTGAAATAGAAGCTATGTGATAGTATGATGTAATGGAAAGGTTGGGCAAATTTATCTAGGTATTTGAGAATATTTCACTTTGTATTTGAAGATTGAAAGTGTATTCAGTTCTCAGTGGCATCTGCAATCAGAGTTAGAAACTTTA
TAATTAATTACTATTTAGGGCCTTTTGGAACATATTGACATGAAGATACAGAGTACGGTATTTCTTTTAGTAGTCCGAGGTTCAGGAAACCAATATATCATCTCCTTGCTGTCTCATCTCAAACTATATTTTGGAATTTTAAATAATTAATCTTAGCGTCCAAGTAGGTTCCATCTCTTTTGGGCTGATAAAATTTACAG
GAAAATAGATCGACTCCTTTGAGGAATGTACATCTGAGGCTACTTGGTTTGATCCTGTCACAGTTGTTTTAGGGTCTTTTGTTTCTTCTCTGAGTTTTAGTTATTGTGAAAAAATTATTCATAGGTTCACAAAGCCAGTTGGTAATGGGGTTGAATATGACATTGTGTTTTGACATTATCATTTTTCAAAATTTTGATCG
ACGATAGGCACTTTCTAT

Intron 2 GTATGTTTTT ... ATTCTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.5	241	96	69
A2	22.05	198	66	46
A3	25.88	199	91	48
A4	25.42	154	62	43
A5	25.53	105	53	19
A6	26.96	344	141	113
A7	24.66	446	186	106
A8	25.91	330.3	137	94
A9	24.93	358.3	145	93
A10	25.42	352	132	108

>TRINITY_DN115483_c2_g2_i11 from sample A3 / Example spliced isoform

CTAAATATAAAAATATCCCACACACTGATTCTAGCAACAAAAATACACATTTTCACTAATTTAATCCATTCCAATTTATCGTTGAAATAGGAGTTGCAGAGATAGGGGAAAGAAGCGAGTGGTTAGTATAAGAGGCAGAGAGGATCAGCGGCAACAAGGCTTTTGCGGTCCCTTCACCATCCTCTTCTTTGAGTTTGTTG
CTGTGGATGCAAATCACAAAACCCTAATTTCCATTGAAACCTGTAAAACCCTGGTTACGCTAACTGCTGCTATTGCAAGGAAGAAGAGTGTTATGGCTCAAAATCATTCCCAGGCTCATACTCAGCCGCCGGTGTTCTCAGAGCTGTCGATCGTGGAGGTGCCGTCGAATAAATGGGTCCCGGCTGTGGCTCTCTTTGGC
TGTGACGCGTCTGGCCGATTTATAGAATTCAAGTCCTCCGCCGATTCAACCGAGTCTTTCAATATCAAAACCTATATCCATCATTCTCAGCTTTTTAGAATGGGGCCCACTTTGTCAATGTGGGTAGCAAATGATAATTCATCAAGCTATGGAGCAGAGAGAATCTGTCGAGCCATTACAATTCAATTCCCAACAGAAGC
AGCGGTCTTTTCATTTTGTTTGACTGTTCAGGAGTGGAATACGGATACATCAGCTGCAGGAGCTGGGGAGAAGTTGGCCAATGGTTCAAGTGATCCATCTTGGAAACTTAACAAGTTTGATAAGAAGATCGAGGCATCCTCTGCAAAAATGTATTTCCACTATTATGGGCAGCTTCTTCACCAGCAGAACATGTTGCAAG
ATTACGTGAGGACAGGGTCCTATTATGCCGCTGTCATAGAAAACCGTATAGATTTCAATGGCCGCATTGTGGTTGATGTGGGGGCTGGAAGTGGAATTCTCTCACTGTTTGCAGCACAGGCTGGTGCAAAGCATGTCTATGCTGTGGAGGCATCAGAAATGGTAGATTATGCACGCAGACTTGTTGCTGGAAATCCGTCT
TTGGGTCAGCATATAACAGTGATTAAAGGGAAAATTGAGGAGGTTGAGTTGCCAGAGAAAGCAGATATTCTAATATCAGAGCCCATGGGAACATTATTACTTAATGAAAGGATGTTGGAATCGTATGTAATTGCGAGGGACAGGTTCCTTAGTCCTACGGGAAAAATGTTTCCTACAATTGGCAGGATACATATGGCTCC
TTTTAGTGATGAGTATCTATATGTTGAAATTGCAAACAAGGCTTTGTTTTGGCAACAACAAAATTACTATGGTGTTGACTTGACACCATTGCATGGCTCTGCGTTTCAGTGCTATTTCTCCCAGCCCGTTGTAGATGCTTTTGACCCAAGATTGCTTGTGGCCCCTCCCATCTCTCACACGATTGACTTTACAAAGGTCA
AGGAAGAAGAGTTGTATGAAATGGACATTCCCTTGAACTTTACTGCATCTGTGGGTACTCGAGTCCATGGTCTAGCATGTTGGTTTGATGTTTTATTCAATGGAAGTGCTGTCCAACGATGGCTGACTACTGCACCTGGAGCTCCTACTACACACTGGTATCAACTTCGTTGTGTCTTGTCTCAACCTATTTATGTAATG
GCTGGACAGGTTATTACAGGTCGGCTCCACATGGTTGCTCATAGTGCACAGAGCTATACTATGTATCTCACTATGTCAGCAAAAATGTGGGGTGCTGGTGCTGATCAAGGTGGTATACTGCAAACTTCTTCAAGCAAGCTTGATCTAAAGGAACCATATTATAGGATGTCTCAGCCTCAAGTTTACGCTTGGTCTCAGGA
CCAAGCTACCCAGCAAATAGTGCAGCAGCAGGCAAATGGACTTCCATCACAGCAAGTTGATAGCACAATCCTTGTTCAGCAGCCCATACAAGCGTCGGTGATTTTGCAACAGCAACAGCACCAGCAACAGTCATCTCAGAATTTCCCACAGCAATCTCTGTTTCTCCAATCACAATAGGAAATAACACCATGAGGAAGTT
TGTGTTTATTCTGTTTTCAGGATCAAGCATGTATCAGTATCTAAATTTTTTCGTAGTGCTGGTCAATTCTCGTGTATTCTTATAAAAATGATGTTCAAGATCCCCACCATTGGGAGTATATCCGAAGGTAATTACAATGGCAAGGTTTAGGTTCTATTTTAGGTTAGCCTTTTGAAATAGAAGCTATGTGATAGTATGAT
GTAATGGAAAGGTTGGGCAAATTTATCTAGGTATTTGAGAATATTTCACTTTGTATTTGAAGATTGAAAGTGTATTCAGTTCTCAGTGGCATCTGCAATCAGAGTTAGAAACTTTATAATTAATTACTATTTAGGGCCTTTTGGAACATATTGACATGAAGATACAGAGTACGGTATTTCTTTTAGTAGTCCGAGGTTCA
GGAAACCAATATATCATCTCCTTGCTGTCTCATCTCAAACTATATTTTGGAATTTTAAATAATTAATCTTAGCGTCCAAGTAGGTTCCATCTCTTTTGGGCTGATAAAATTTACAGGAAAATAGATCGACTCCTTTGAGGAATGTACATCTGAGGCTACTTGGTTTGATCCTGTCACAGTTGTTTTAGGGTCTTTTGTTT
CTTCTCTGAGTTTTAGTTATTGTGAAAAAATTATTCATAGGTTCACAAAGCCAGTTGGTAATGGGGTTGAATATGACATTGTGTTTTGACATTATCATTTTTCAAAATTTTGATCGACGATAGGCACTTTCTAT

>TRINITY_DN115483_c2_g2_i16 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTATATATATATGCCGTATCCTTTCTGTATCGTACCCATATTTTTTGAAAATTTGCCGTATCTGTGTCCCTCCCCGTATCCGTTTCCGTTTCCGTATCTGTATCAGTGCAACTTAGCAATAAAGTCAAGGTTCTTATTTCCAAGATTTGGTGCTGTGTACTTCCATTGTGTATCAAACAAAGATTAGGCAACATGTATA
GCTGCTTGCTTGCTGTAACAGGCTTTTTCTATTTTTGCCATCTCTTTCTTAATGCTTTTCCTTTTAGAATATTGGCCTATTAGACTCTGTCGATTGATAGATAGTGCTTTATTTTTCCATTTATTTTGTAAGCAAGTTTTCAGGTTCTCATAGTTCATTTCAAGAACCCATCCACCCATGTTTTTATTGTATCTCATTTA
TTGTCACCATTTTCACTGTCCGTTTTTAAATTTATTCACATATTCGATCTTTTTAGGATTATGGTTCCAGCGTTCTAACAAGGATAAACTGTAAAGGATCATGGAAAATCCTACAGATTCCTCCTTGATGAGTTGTATTTCTTCCAAGCAGGATTAAGATTTGCAAGGGTCAACATAGTTTTGTTGTTATATTTATTGTG
ATTTAACAGTTTGTAGTGAATTTTCTATTATGTTTCTGCACCAGAGAATCTGTCGAGCCATTACAATTCAATTCCCAACAGAAGCAGCGGTCTTTTCATTTTGTTTGACTGTTCAGGAGTGGAATACGGATACATCAGCTGCAGGAGCTGGGGAGAAGTTGGCCAATGGTTCAAGTGATCCATCTTGGAAACTTAACAAG
TTTGATAAGAAGATCGAGGCATCCTCTGCAAAAATGTATTTCCACTATTATGGGCAGCTTCTTCACCAGCAGAACATGTTGCAAGATTACGTGAGGACAGGGTCCTATTATGCCGCTGTCATAGAAAACCGTATAGATTTCAATGGCCGCATTGTGGTTGATGTGGGGGCTGGAAGTGGAATTCTCTCACTGTTTGCAGC
ACAGGCTGGTGCAAAGCATGTCTATGCTGTGGAGGCATCAGAAATGGTAGATTATGCACGCAGACTTGTTGCTGGAAATCCGTCTTTGGGTCAGCATATAACAgtatgtttttgattatttcctttggcaccaaacatatactgggttatttcccttattttttatttgggtggtacacagtgaccttggcaatggatat
atttaagttccatgatctattctgacagGTGATTAAAGGGAAAATTGAGGAGGTTGAGTTGCCAGAGAAAGCAGATATTCTAATATCAGAGCCCATGGGAACATTATTACTTAATGAAAGGATGTTGGAATCGTATGTAATTGCGAGGGACAGGTTCCTTAGTCCTACGGGAAAAATGTTTCCTACAATTGGCAGGATAC
ATATGGCTCCTTTTAGTGATGAGTATCTATATGTTGAAATTGCAAACAAGGCTTTGTTTTGGCAACAACAAAATTACTATGGTGTTGACTTGACACCATTGCATGGCTCTGCGTTTCAGTGCTATTTCTCCCAGCCCGTTGTAGATGCTTTTGACCCAAGATTGCTTGTGGCCCCTCCCATCTCTCACACGATTGACTTT
ACAAAGGTCAAGGAAGAAGAGTTGTATGAAATGGACATTCCCTTGAACTTTACTGCATCTGTGGGTACTCGAGTCCATGGTCTAGCATGTTGGTTTGATGTTTTATTCAATGGAAGTGCTGTCCAACGATGGCTGACTACTGCACCTGGAGCTCCTACTACACACTGGTATCAACTTCGTTGTGTCTTGTCTCAACCTAT
TTATGTAATGGCTGGACAGGTTATTACAGGTCGGCTCCACATGGTTGCTCATAGTGCACAGAGCTATACTATGTATCTCACTATGTCAGCAAAAATGTGGGGTGCTGGTGCTGATCAAGGTGGTATACTGCAAACTTCTTCAAGCAAGCTTGATCTAAAGGAACCATATTATAGGATGTCTCAGCCTCAAGTTTACGCTT
GGTCTCAGGACCAAGCTACCCAGCAAATAGTGCAGCAGCAGGCAAATGGACTTCCATCACAGCAAGTTGATAGCACAATCCTTGTTCAGCAGCCCATACAAGCGTCGGTGATTTTGCAACAGCAACAGCACCAGCAACAGTCATCTCAGAATTTCCCACAGCAATCTCTGTTTCTCCAATCACAATAGGAAATAACACCA
TGAGGAAGTTTGTGTTTATTCTGTTTTCAGGATCAAGCATGTATCAGTATCTAAATTTTTTCGTAGTGCTGGTCAATTCTCGTGTATTCTTATAAAAATGATGTTCAAGATCCCCACCATTGGGAGTATATCCGAAGGTAATTACAATGGCAAGGTTTAGGTTCTATTTTAGGTTAGCCTTTTGAAATAGAAGCTATGTG
ATAGTATGATGTAATGGAAAGGTTGGGCAAATTTATCTAGGTATTTGAGAATATTTCACTTTGTATTTGAAGATTGAAAGTGTATTCAGTTCTCAGTGGCATCTGCAATCAGAGTTAGAAACTTTATAATTAATTACTATTTAGGGCCTTTTGGAACATATTGACATGAAGATACAGAGTACGGTATTTCTTTTAGTAGT
CCGAGGTTCAGGAAACCAATATATCATCTCCTTGCTGTCTCATCTCAAACTATATTTTGGAATTTTAAATAATTAATCTTAGCGTCCAAGTAGGTTCCATCTCTTTTGGGCTGATAAAATTTACAGGAAAATAGATCGACTCCTTTGAGGAATGTACATCTGAGGCTACTTGGTTTGATCCTGTCACAGTTGTTTTAGGG
TCTTTTGTTTCTTCTCTGAGTTTTAGTTATTGTGAAAAAATTATTCATAGGTTCACAAAGCCAGTTGGTAATGGGGTTGAATATGACATTGTGTTTTGACATTATCATTTTTCAAAATTTTGATCGACGATAGGCACTTTCTAT

Intron 3 GTAACTTTTT ... ACTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.11	78	3	14
A2	12.16	66.8	0.5	10
A3	13.87	100.9	0.5	18.5
A4	19.35	47.6	3	12
A5	23.74	36.4	1.5	12
A6	14.82	199.5	0	42
A7	12.1	264	0	41.5
A8	10.68	218.7	1	29
A9	12.39	209.8	0	34
A10	13.55	167.8	0	30.5

>TRINITY_DN115483_c2_g2_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

CTAAATATAAAAATATCCCACACACTGATTCTAGCAACAAAAATACACATTTTCACTAATTTAATCCATTCCAATTTATCGTTGAAATAGGAGTTGCAGAGATAGGGGAAAGAAGCGAGTGGTTAGTATAAGAGGCAGAGAGGATCAGCGGCAACAAGGCTTTTGCGGTCCCTTCACCATCCTCTTCTTTGAGTTTGTTG
CTGTGGATGCAAATCACAAAACCCTAATTTCCATTGAAACCTGTAAAACCCTGGTTACGCTAACTGCTGCTATTGCAAGGAAGAAGAGTGTTATGGCTCAAAATCATTCCCAGGCTCATACTCAGCCGCCGGTGTTCTCAGAGCTGTCGATCGTGGAGGTGCCGTCGAATAAATGGGTCCCGGCTGTGGCTCTCTTTGGC
TGTGACGCGTCTGGCCGATTTATAGAATTCAAGTCCTCCGCCGATTCAACCGAGTCTTTCAATATCAAAACCTATATCCATCATTCTCAGCTTTTTAGAATGGGGCCCACTTTGTCAATGTGGGTAGCAAATGATAATTCATCAAGCTATGGAGCAGAGCCCGTTGTAGATGCTTTTGACCCAAGATTGCTTGTGGCCCC
TCCCATCTCTCACACGATTGACTTTACAAAGGTCAAGGAAGAAGAGTTGTATGAAATGGACATTCCCTTGAACTTTACTGCATCTGTGGGTACTCGAGTCCATGGTCTAGCATGTTGGTTTGATGTTTTATTCAATGGAAGTGCTGTCCAACGATGGCTGACTACTGCACCTGGAGCTCCTACTACACACTGGTATCAAC
TTCGTTGTGTCTTGTCTCAACCTATTTATGTAATGGCTGGACAGGTTATTACAGGTCGGCTCCACATGGTTGCTCATAGTGCACAGAGCTATACTATGTATCTCACTATGTCAG

>TRINITY_DN115483_c2_g2_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GATTGACTTTACAAAGGTCAAGgtaacttttttgacaactcaaacaaagagaaatgaggatggagcactaaagagaatttgtctgaagtgaaatcgaattcaaggaatttgttactattttctattgtctgaagaaatctatatatttatgattttatgctagctagtgttttggggttatcatttttctattgtttgag
tatataccacttgtgcagGAAGAAGAGTTGTATGAAATGGACATTCCCTTGAACTTTACTGCATCTGTGGGTACTCGAGTCCATGGTCTAGCATGTTGGTTTGATGTTTTATTCAATGGAAGTGCTGTCCAACGATGGCTGACTACTGCACCTGGAGCTCCTACTACACACTGGTATCAACTTCGTTGTGTCTTGTCTCA
ACCTATTTATGTAATGGCTGGACAGGTTATTACAGGTCGGCTCCACATGGTTGCTCATAGTGCACAGAGCTATACTATGTATCTCACTATGTCAG

Intron 4 GCTTTGTTTT ... TTTCTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.7	52	125	93
A2	66.27	43	99	70
A3	67.96	58	141	105
A4	77.88	24	89	80
A5	69.07	15	42	25
A6	72.84	74	211	186
A7	67.09	142	329	250
A8	69.97	110	273.6	239
A9	65.73	122	251	217
A10	73.19	87	277	198

>TRINITY_DN107301_c3_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoform

TAGTTTTAATTTGAAATTTAAATTATGAATGTTAAATTTTACTATTTTAGTTAGATTATATATATATGCCGTTTCCTTTCTGTATCGTACCCATATTTTTTGAAAATTTGCCGTATCTGTGTCCCTCCCCGTATCCGTTTCCGTTTCCGTATCTGTATCAGTGCAACTTAGCAATAAAGTCAAGGTTCTTATTTCCAAGA
TTTGGTGCTGTGTACTTCCATTGTGTATCAAACAAAGATTAGGCAACATGTATAGCTGCTTGCTTGCTGTAACAGGCTTTTTCTATTTTTGCCATCTCTTTCTTAATGCTTTTCCTTTTAGAATATTGGCCTATTAGACTCTGTCGATTGATAGATAGTGCTTTATTTTTCCATTTATTTTGTAAGCAAGTTTTCAGGTT
CTCATAGTTCATTTCAAGAACCCATCCACCCATGTTTTTATTGTATCTCATTTATTGTCACCATTTTCACTGTCCGTTTTTAAATTTATTCACATATTCGATCTTTTTAGGATTATGGTTCCAGCGTTCTAACAAGGATAAACTGTAAAGGATCATGGAAAATCCTACAGATTCCTCCTTGATGAGTTGTATATCTTCCA
AGCAGGATTAAGATTTGCAAGGGTCAACATAGTTTTGTTGTTAGATTTATTGTGATTTAACAGTTTGTAGTGAATTTTCTATTATGTTTCTGCACCAGAGAATCTGTCGAGCCATTACAATTCAATTCCCAACAGAAGCAGCGGTCTTTTCATTTTGTTTGACTGTTCAGGAGTGGAATACGGATACATCAGCTGCAGGA
GCTGGGGAGAAGTTGGCCAATGGTTCAAGTGATCCATCTTGGAAACTTAACAAGTTTGATAAGAAGATCGAGGCATCCTCTGCAAAAATGTATTTCCACTATTATGGGCAGCTTCTTCACCAGCAGAACATGTTGCAAGATTACGTGAGGACAGGGTCCTATTATGCCGCTGTCATAGAAAACCGTATAGATTTCAATGG
CCGCATTGTGGTTGATGTGGGGGCTGGAAGTGGAATTCTCTCACTGTTTGCAGCACAGGCTGGTGCAAAGCATGTCTATGCTGTGGAGGCATCAGAAATGGTAGATTATGCACGCAGACTTGTTGCTGGAAATCCGTCTTTGGGTCAGCATATAACAGTGATTAAAGGGAAAATTGAGGAGGTTGAGTTGCCAGAGAAAG
CAGATATTCTAATATCAGAGCCCATGGGAACATTATTACTTAATGAAAGGATGTTGGAATCGTATGTAATTGCGAGGGACAGGTTCCTTAGTCCTACGGGAAAAATGTTTCCTACAATTGGCAGGATACATATGGCTCCTTTTAGTGATGAGTATCTATATGTTGAAATTGCAAACAAGCCCGTTGTAGATGCTTTTGAC
CCAAGATTGCTTGTGGCCCCTCCCATCTCTCACACGATTGACTTTACAAAGGTCAAGGAAGAAGAGTTGTATGAAATGGACATTCCCTTGAACTTTACTGCATCTGTGGGTACTCGAGTCCATGGTCTAGCATGTTGGTTTGATGTTTTATTCAATGGAAGTGCTGTCCAACGATGGCTGACTACTGCACCTGGAGCTCC
TACTACACACTGGTATCAACTTCGTTGTGTCTTGTCTCAACCTATTTATGTAATGGCTGGACAGGTTATTACAGGTCGGCTCCACATGGTTGCTCATAGTGCACAGAGCTATACTATGTATCTCACTATGTCAGCAAAAATGTGGGGTGCTGGTGCTGATCAAGGTGGTATACTGCAAACTTCTTCAAGCAAGCTTGATC
TAAAGGAACCATATTATAGGATGTCTCAGCCTCAAGTTTACGCTTGGTCTCAGGACCAAGCTACCCAGCAAATAGTGCAGCAGCAGGCAAATGGACTTCCATCACAGCAAGTTGATAGCACAATCCTTGTTCAGCAGCCCATACAAGCGTCGGTGATTTTGCAACAGCAACAGCACCAGCAACAGTCATCTCAGAATTTC
CCACAGCAATCTCTGTTTCTCCAATCACAATAGGAAATAACACCATGAGGAAGTTTGTGTTTATTCTGTTTTCAGGATCAAGCATGTATCAGTATCTAAATTTTTTCGTAGTGCTGGTCAATTCTCGTGTATTCTTATAAAAATGATGTTCAAGATCCCCACCATTGGGAGTATATCCGAAGGTAATTACAATGGCAAGG
TTTAGGTTCTATTTTAGGTTAGCCTTTTGAAATAGAAGCTATGTGATAGTATGATGTAATGGAAAGGTTGGGCAAATTTATCTAGGTATTTGAGAATATTTCACTTTGTATTTGAAGATTGAAAGTGTATTCAGTTCTCAGTGGCATCTGCAATCAGAGTTAGAAACTTTATAATTAATTACTATTTAGGGCCTTTTGGA
ACATATTGACATGAAGATACAGAGTACGGTATTTCTTTTAGTAGTCCGAGGTTCAGGAAACCAATATATCATCTCCTTGCTGTCTCATCTCAAACTATATTTTGGAATTTTAAATAATTAATCTTAGCGTCCAAGTAGGTTCCATCTCTTTTGGGCTGATAAAATTTACAGGAAAATAGATCGACTCCTTTGAGGAATGT
ACATCTGAGGCTACTTGGTTTGATCCTGTCACAGTTGTTTTAGGGTCTTTTGTTTCTTCTCTGAGTTTTAGTTATTGTGAAAAAATTATTCATAGGTTC

>TRINITY_DN107301_c3_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GATTCTAGCAACAAAAATACACATTTTCACTAATTTAATCCATTCCAATTTATCGTTGAAATAGGAGTTGCAGAGATAGGGGAAAGAAGCGAGTGGTTAGTATAAGAGGCAGAGAGGATCAGCGGCAACAAGGCTTTTGCGGTCCCTTCACCATCCTCTTCTTTGAGTTTGTTGCTGTGGATGCAAATCACAAAACCCTA
ATTTCCATTGAAACCTGTAAAACCCTGGTTACGCTAACTGCTGCTATTGCAAGGAAGAAGAGTGTTATGGCTCAAAATCATTCCCAGGCTCATACTCAGCCGCCGGTGTTCTCAGAGCTGTCGATCGTGGAGGTGCCGTCGAATAAATGGGTCCCGGCTGTGGCTCTCTTTGGCTGTGACGCGTCTGGCCGATTTATAGA
ATTCAAGTCCTCCGCCGATTCAACCGAGTCTTTCAATATCAAAACCTATATCCATCATTCTCAGCTTTTTAGAATGGGGCCCACTTTGTCAATGTGGGTAGCAAATGATAATTCATCAAGCTATGGAGCAGAGAGAATCTGTCGAGCCATTACAATTCAATTCCCAACAGAAGCAGCGGTCTTTTCATTTTGTTTGACTG
TTCAGGAGTGGAATACGGATACATCAGCTGCAGGAGCTGGGGAGAAGTTGGCCAATGGTTCAAGTGATCCATCTTGGAAACTTAACAAGTTTGATAAGAAGATCGAGGCATCCTCTGCAAAAATGTATTTCCACTATTATGGGCAGCTTCTTCACCAGCAGAACATGTTGCAAGATTACGTGAGGACAGGGTCCTATTAT
GCCGCTGTCATAGAAAACCGTATAGATTTCAATGGCCGCATTGTGGTTGATGTGGGGGCTGGAAGTGGAATTCTCTCACTGTTTGCAGCACAGGCTGGTGCAAAGCATGTCTATGCTGTGGAGGCATCAGAAATGGTAGATTATGCACGCAGACTTGTTGCTGGAAATCCGTCTTTGGGTCAGCATATAACAGTGATTAA
AGGGAAAATTGAGGAGGTTGAGTTGCCAGAGAAAGCAGATATTCTAATATCAGAGCCCATGGGAACATTATTACTTAATGAAAGGATGTTGGAATCGTATGTAATTGCGAGGGACAGGTTCCTTAGTCCTACGGGAAAAATGTTTCCTACAATTGGCAGGATACATATGGCTCCTTTTAGTGATGAGTATCTATATGTTG
AAATTGCAAACAAGgctttgttttggcaacaacaaaattactatggtgttgacttgacaccattgcatggctctgcgtttcagtgctatttctcccagCCCGTTGTAGATGCTTTTGACCCAAGATTGCTTGTGGCCCCTCCCATCTCTCACACGATTGACTTTACAAAGGTCAAGGAAGAAGAGTTGTATGAAATGGAC
ATTCCCTTGAACTTTACTGCATCTGTGGGTACTCGAGTCCATGGTCTAGCATGTTGGTTTGATGTTTTATTCAATGGAAGTGCTGTCCAACGATGGCTGACTACTGCACCTGGAGCTCCTACTACACACTGGTATCAACTTCGTTGTGTCTTGTCTCAACCTATTTATGTAATGGCTGGACAGGTTATTACAGGTCGGCT
CCACATGGTTGCTCATAGTGCACAGAGCTATACTATGTATCTCACTATGTCAGCAAAAATGTGGGGTGCTGGTGCTGATCAAGGTGGTATACTGCAAACTTCTTCAAGCAAGCTTGATCTAAAGGAACCATATTATAGGATGTCTCAGCCTCAAGTTTACGCTTGGTCTCAGGACCAAGCTACCCAGCAAATAGTGCAGC
AGCAGGCAAATGGACTTCCATCACAGCAAGTTGATAGCACAATCCTTGTTCAGCAGCCCATACAAGCGTCGGTGATTTTGCAACAGCAACAGCACCAGCAACAGTCATCTCAGAATTTCCCACAGCAATCTCTGTTTCTCCAATCACAATAGGAAATAACACCATGAGGAAGTTTGTGTTTATTCTGTTTTCAGGATCAA
GCATGTATCAGTATCTAAATTTTTTCGTAGTGCTGGTCAATTCTCGTGTATTCTTATAAAAATGATGTTCAAGATCCCCACCATTGGGAGTATATCCGAAGGTAATTACAATGGCAAGGTTTAGGTTCTATTTTAGGTTAGCCTTTTGAAATAGAAGCTATGTGATAGTATGATGTAATGGAAAGGTTGGGCAAATTTAT
CTAGGTATTTGAGAATATTTCACTTTGTATTTGAAGATTGAAAGTGTATTCAGTTCTCAGTGGCATCTGCAATCAGAGTTAGAAACTTTATAATTAATTACTATTTAGGGCCTTTTGGAACATATTGACATGAAGATACAGAGTACGGTATTTCTTTTAGTAGTCCGAGGTTCAGGAAACCAATATATCATCTCCTTGCT
GTCTCATCTCAAACTATATTTTGGAATTTTAAATAATTAATCTTAGCGTCCAAGTAGGTTCCATCTCTTTTGGGCTGATAAAATTTACAGGAAAATAGATCGACTCCTTTGAGGAATGTACATCTGAGGCTACTTGGTTTGATCCTGTCACAGTTGTTTTAGGGTCTTTTGTTTCTTCTCTGAGTTTTAGTTATTGTGAA
AAAATTATTCATAGGTTC

Intron 5 GTTGTATGAC ... ATTGTGACAG

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A10	17.32	222	66	27

>TRINITY_DN116376_c2_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

CAAAAATACACATTTTCACTAATTTAATCCATTCCAATTTATCGTTGAAATAGGAGTTGCAGAGATAGGGGAAAGAAGCGAGTGGTTAGTATAAGAGGCAGAGAGGATCAGCGGCAACAAGGCTTTTGCGGTCCCTTCACCATCCTCTTCTTTGAGTTTGTTGCTGTGGATGCAAATCACAAAACCCTAATTTCCATTGA
AACCTGTAAAACCCTGGTTACGCTAACTGCTGCTATTGCAAGGAAGAAGAGTGTTATGGCTCAAAATCATTCCCAGGCTCATACTCAGCCGCCGGTGTTCTCAGAGCTGTCGATCGTGGAGGTGCCGTCGAATAAATGGGTCCCGGCTGTGGCTCTCTTTGGCTGTGACGCGTCTGGCCGATTTATAGAATTCAAGTCCT
CCGCCGATTCAACCGAGTCTTTCAATATCAAAACCTATATCCATCATTCTCAGCTTTTTAGAATGGGGCCCACTTTGTCAATGTGGGTAGCAAATGATAATTCATCAAGCTATGGAGCAGAGAGAATCTGTCGAGCCATTACAATTCAATTCCCAACAGAAGCAGCGGTCTTTTCATTTTGTTTGACTGTTCAGGAGTGG
AATACGGATACATCAGCTGCAGGAGCTGGGGAGAAGTTGGCCAATGGTTCAAGTGATCCATCTTGGAAACTTAACAAGTTTGATAAGAAGATCGAGGCATCCTCTGCAAAAATGTATTTCCACTATTATGGGCAGCTTCTTCACCAGCAGAACATGTTGCAAGATTACGTGAGGACAGGGTCCTATTATGCCGCTGTCAT
AGAAAACCGTATAGATTTCAATGGCCGCATTGTGGTTGATGTGGGGGCTGGAAGTGGAATTCTCTCACTGTTTGCAGCACAGGCTGGTGCAAAGCATGTCTATGCTGTGGAGGCATCAGAAATGGTAGATTATGCACGCAGACTTGTTGCTGGAAATCCGTCTTTGGGTCAGCATATAACAGTGATTAAAGGGAAAATTG
AGGAGGTTGAGTTGCCAGAGAAAGCAGATATTCTAATATCAGAGCCCATGGGAACATTATTACTTAATGAAAGGATGTTGGAATCGTATGTAATTGCGAGGGACAGGTTCCTTAGTCCTACGGGAAAAATGTTTCCTACAATTGGCAGGATACATATGGCTCCTTTTAGTGATGAGTATCTATATGTTGAAATTGCAAAC
AAGGCTTTGTTTTGGCAACAACAAAATTACTATGGTGTTGACTTGACACCATTGCATGGCTCTGCGTTTCAGTGCTATTTCTCCCAGCCCGTTGTAGATGCTTTTGACCCAAGATTGCTTGTGGCCCCTCCCATCTCTCACACGATTGACTTTACAAAGGTCAAGGAAGAAGAGTTGTATGAAATGGACATTCCCTTGAA
CTTTACTGCATCTGTGGGTACTCGAGTCCATGGTCTAGCATGTTGGTTTGATGTTTTATTCAATGGAAGTGCTGTCCAACGATGGCTGACTACTGCACCTGGAGCTCCTACTACACACTGGTATCAACTTCGTTGTGTCTTGTCTCAACCTATTTATGTAATGGCTGGACAGGTTATTACAGGTCGGCTCCACATGGTTG
CTCATAGTGCACAGAGCTATACTATGTATCTCACTATGTCAGGTATGGCCATTATATTAAAATCTCAATTTGAAACAGAAATTGAATGTCGGATGTATTATAGTGAATGAAGCTTACAT

>TRINITY_DN116376_c2_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAAAAATACACATTTTCACTAATTTAATCCATTCCAATTTATCGTTGAAATAGGAGTTGCAGAGATAGGGGAAAGAAGCGAGTGGTTAGTATAAGAGGCAGAGAGGATCAGCGGCAACAAGGCTTTTGCGGTCCCTTCACCATCCTCTTCTTTGAGTTTGTTGCTGTGGATGCAAATCACAAAACCCTAATTTCCATTGA
AACCTGTAAAACCCTGGTTACGCTAACTGCTGCTATTGCAAGGAAGAAGAGTGTTATGGCTCAAAATCATTCCCAGGCTCATACTCAGCCGCCGGTGTTCTCAGAGCTGTCGATCGTGGAGGTGCCGTCGAATAAATGGGTCCCGGCTGTGGCTCTCTTTGGCTGTGACGCGTCTGGCCGATTTATAGAATTCAAGTCCT
CCGCCGATTCAACCGAGTCTTTCAATATCAAAACCTATATCCATCATTCTCAGCTTTTTAGAATGGGGCCCACTTTGTCAATGTGGGTAGCAAATGATAATTCATCAAGCTATGGAGCAGAGAGAATCTGTCGAGCCATTACAATTCAATTCCCAACAGAAGCAGCGGTCTTTTCATTTTGTTTGACTGTTCAGGAGTGG
AATACGGATACATCAGCTGCAGGAGCTGGGGAGAAGTTGGCCAATGGTTCAAGTGATCCATCTTGGAAACTTAACAAGTTTGATAAGAAGATCGAGGCATCCTCTGCAAAAATGTATTTCCACTATTATGGGCAGCTTCTTCACCAGCAGAACATGTTGCAAGATTACGTGAGGACAGgttgtatgacaaactatattgc
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CAGTGATTAAAGGGAAAATTGAGGAGGTTGAGTTGCCAGAGAAAGCAGATATTCTAATATCAGAGCCCATGGGAACATTATTACTTAATGAAAGGATGTTGGAATCGTATGTAATTGCGAGGGACAGGTTCCTTAGTCCTACGGGAAAAATGTTTCCTACAATTGGCAGGATACATATGGCTCCTTTTAGTGATGAGTAT
CTATATGTTGAAATTGCAAACAAGGCTTTGTTTTGGCAACAACAAAATTACTATGGTGTTGACTTGACACCATTGCATGGCTCTGCGTTTCAGTGCTATTTCTCCCAGCCCGTTGTAGATGCTTTTGACCCAAGATTGCTTGTGGCCCCTCCCATCTCTCACACGATTGACTTTACAAAGGTCAAGGAAGAAGAGTTGTA
TGAAATGGACATTCCCTTGAACTTTACTGCATCTGTGGGTACTCGAGTCCATGGTCTAGCATGTTGGTTTGATGTTTTATTCAATGGAAGTGCTGTCCAACGATGGCTGACTACTGCACCTGGAGCTCCTACTACACACTGGTATCAACTTCGTTGTGTCTTGTCTCAACCTATTTATGTAATGGCTGGACAGGTTATTA
CAGGTCGGCTCCACATGGTTGCTCATAGTGCACAGAGCTATACTATGTATCTCACTATGTCAGGTATGGCCATTATATTAAAATCTCAATTTGAAACAGAAATTGAATGTCGGATGTATTATAGTGAATGAAGCTTACAT