sp|Q9LT72|PUS4_ARATH ----> RNA pseudouridine synthase 4, mitochondrial

Intron 1 GTGTGATTTT ... TTTTTTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.47	40	3	18
A2	31.56	25.7	2	11
A3	37.35	32.7	1	19
A4	25.91	17.7	0	6
A5	33.55	12	0	6
A6	31.14	166.7	0	74
A7	28.23	244.3	0	93
A8	30.76	273	0	117
A9	27.73	203.3	0	74
A10	30.53	167.3	0	72

>TRINITY_DN40003_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GCAAAACAAGCTTTTTGTACCCTATTGCCAAAACAAACTACATTGATAGGTGCCAAGGCATGTCCTTCACCCCGCTTCTCTCTACATATTGGTAGCTCCTCTAACAGGGACGAAGTAATTTTCAGCTAGAGTTCTGTTTAGACACTGCGTTCTCTCGTCTCTGTGTAGTACAGACATGGCCCAACGCTTACTTTCTTCCT
CGTCAAGAAGTGTATTAAGATTGTGTTCAGTCTTTAGAAGAGGCAGGGCAAATGCAAATGCATATGCATGGGACCGTACAAGGAAGGAGCAGATTGTTTCATACTCTAACAGCAGTAGCAATTGCGATGGGGATATGGAAAACAACATTAAGGCCTCCAATAAACCTGAATGGCTGACGCTTCCGCCATTTGTTCCGAAT
GTGGATGTTGGGGTACTTGGGAAGCAATTAATGGCCGCTTCTTCCTCTTCTTCTCAGGAACAGAGCCGTACGCCGATGCCAACGACCGCTCTCAAGTGGGTGTCTCGTTGCTGCCCGGACATACCTCACAGTCTCATTCAGAAGCTTTTTCGACTGCGACAGATTCGAATGGAATGCTTGAAGCACACAGACTCATCTTC
TCAGTTCCAGCAGGATATGCAGAAGCTACAGTTAAAACGGGTATCGGCAGCAGAAATAATGAAACCAGGGACAAAACTATACTTGCCAGGGACTGTATGTAAGACTAAAGCTCCTAAGAAGGATAGTCCTGTGCGAGTAGAAACCTTCAGCCCAAATGCAAACGAAATAGAGTACTTACGGAGTCTTGAAATATACAAGG
ATCCAGCAATTATTGTCTTAAATAAGCCTCCAGGTTTACCAGTTCAGGGTGGCCCTGGTATCAGAAAAAGCATGGATGTATTGGCAGCAGCAGCATTGAGATATGATTATAAAGAGGGTCCTAGATTGGTACATAGACTTGACATGGAATGTAGCGGTGTTTTGGTTATGGCAAGGACACGTGAAAGTGCTGCTCTTCTT
CATTCTGTGTTCCGCGAAAAAACTGCCATGGTATCCAATTCTGAGGATCTTGCTCTGTGTGGAAGAAAGCTAAAGAGAAGATACTGGGCATTAGTTATTGGCATCCCAAAACAGAAGCAGGGTCGAATTGATGCTCCTCTTACAAAGGTTGCACATGGCTAGAGCTGTGTACATTTACAGGGAGAAAACATCAGGTTCGA

GTTCATTGTGCTGAAGCCTTGGGGACACCAATTGTGGGGGATTATAAATATGGATGGTCTGTTCATAGAAGCTGGAGACCGATATCCCAAATGGATGCTGATCAGGAGGCTGAGAAACAATACAACACACCTCATGAGGTCAGTGTGGAAAATGGCAGTGTGGTATCGAAAGAACCTTTGCTACATCTTCACTGTAGGCA
AATAACATTGCCTAATGTCACCGAGGCACTGGAACAATCTGATATTGTAGATCAGGAACAGCCAAAACCCAACGTGCTTAAATTTGTTGCACCATTGCCTTCTCATATGCAAGCAAGTTGGGATTTTATGTCTTCACGTATAGTTTCACAGCAGAAATAACAGTTTATTTATTTAATATTTAGAAATGGTTTGTTCTGTT
TGCATCTACATCTGCTTTAAGTTATTTGGCAAAGAAGAGGTAAAGATGTTATTGGCTTCATCTATTAATGCTAAATAGTGTAAGTTGTCTGTTCAGTCTTCCATTGCAAGACATCTGTCCACCATTCTGTTAAATTCCATGTACCTTTCTATCATGGTAGGAATGCTGCTTGGAATTGCAAGTCATATTGATTGTAAATT
TTTATTGTGAAGTGAAACTCTAATCCTATTTACACTAGTAAGTTTAACAACTAAGATTATGTAGAGAAGTTTACCATCCATGTTTCCGCGTAGACCATTTAACTAATCCTTTTGGCCCGAGGAGCCTCTGCTGAGGAGAATCTTATCTGTCAAAACCGCTTGTAAATTGCATATGGCCCTTGTCAACCTACTGGGATGAA
TGGGAATTTTGTAGGCATAGCAGACAACAGCTGGCCTGGTTTTGACTGTTATTTCTATAGTGCACAGGGTAAGAACTCGATCGCAGTATTTAAGAAATAGATAAATTAATTTTTTGTAACTATATTCCATGAAATCGTGGCAGACAACAGCTGGCCTGGTTTTGACTGTTATTTCTATAGTGCACAGGGTAAGAACTCGG
TCGCAATATTTAAGAAATAGATAAATTCATTTATTGTAATTATATTCCATGAAATCTATTATACTAGTTCTTGCAGTCATACTAAAGATCCCGTGATATAATTTTCTAGCAATTAAAAA

>TRINITY_DN40003_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTTACAGGGAGAAAACATCAGgtgtgattttcttgagatcacttgttttcgttttcttttagatcagaaacaaaactttatctttagtggcaaaaagcaggaaacaaatttggtttgcacaattggtgagagacaggtgtagacaggaaaataagagaagagattgagcatcatttcatacctgactgaacatgataagg
ggaaacttctgtattaaaaactaagcatgttactgatggtgactggcctctcaaaaaccaaaatatggtttacctgcctgctcaaatgaaatcgtttagcctttctgttgctgctttctatgatctacactgcctgttgaacatctcaatctgcactttacttatcatagctagatttggttctattttatatcagtgcc
tttgtgcattcttctagtccccttcttttatatcatctttatgttggcaagaagtggcccagattatacatattgcaggaaaagagtggatgatgtgtaaatacatctgcttgcagcacaagacattttcccgcttttattttgtattatatgtttttttcagttgatatttgccccttctattgcatagcctttatgat
aatctactctaacacgctaggtcttgtcttttttctagGTTCGAGTTCATTGTGCTGAAGCCTTGGGGACACCAATTGTGGGGGATTATAAATATGGATGGTCTGTTCATAGAAGCTGGAGACCGATATCCCAAATGGATGCTGATCAGGAGGCTGAGAAACAATACAACACACCTCATGAGGTCAGTGTGGAAAATGGC
AGTGTGGTATCGAAAGAACCTTTGCTACATCTTCACTGTAGGCAAATAACATTGCCTAATGTCACCGAGGCACTGGAACAATCTGATATTGTAGATCAGGAACAGCCAAAACCCAACGTGCTTAAATTTGTTGCACCATTGCCTTCTCATATGCAAGCAAGTTGGGATTTTATGTCTTCACGTATAGTTTCACAGCAGAA
ATAACAGTTTATTTATTTAATATTTAGAAATGGTTTGTTCTGTTTGCATCTACATCTGCTTTAAGTTATTTGGCAAAGAAGAGGTAAAGATGTTATTGGCTTCATCTATTAATGCTAAATAGTGTAAGTTGTCTGTTCAGTCTTCCATTGCAAGACATCTGTCCACCATTCTGTTAAATTCCATGTACCTTTCTATCATG
GTAGGAATGCTGCTTGGAATTGCAAGTCATATTGATTGTAAATTTTTATTGTGAAGTGAAACTCTAATCCTATTTACACTAGTAAGTTTAACAACTAAGATTATGTAGAGAAGTTTACCATCCATGTTTCCGCGTAGACCATTTAACTAATCCTTTTGGCCCGAGGAGCCTCTGCTGAGGAGAATCTTATCTGTCAAAAC
CGCTTGTAAATTGCATATGGCCCTTGTCAACCTACTGGGATGAATGGGAATTTTGTAGGCATAGCAGACAACAGCTGGCCTGGTTTTGACTGTTATTTCTATAGTGCACAGGGTAAGAACTCGATCGCAGTATTTAAGAAATAGATAAATTAATTTTTTGTAACTATATTCCATGAAATCGTGGCAGACAACAGCTGGCC
TGGTTTTGACTGTTATTTCTATAGTGCACAGGGTAAGAACTCGGTCGCAATATTTAAGAAATAGATAAATTCATTTATTGTAATTATATTCCATGAAATCTATTATACTAGTTCTTGCAGTCATACTAAAGATCCCGTGATATAATTTTCTAGCAATTAAAAA

Intron 2 GTATGTAGAA ... AGCTATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.89	92.4	29	4
A2	23.11	83.2	25	1
A3	17.42	80.6	17	6
A4	26.86	43.6	16	2
A5	12.66	34.6	5	5
A6	18.74	151.8	35	4
A7	16.96	244.8	50	2
A8	19.26	264.2	63	9
A9	18.6	232.2	53	4
A10	21.21	193.2	52	3

>TRINITY_DN98324_c0_g1_i9 from sample A4 / Example spliced isoform

TGGTAGCTCCTCTAACAGGGACGAAGTAATTTTCAGCTAGAGTTCTGTTTAGACACTGCGTTCTCTCGTCTCTGTGTAGTACAGACATGGCCCAACGCTTACTTTCTTCCTCGTCAAGAAGTGTATTAAGATTGTGTTCAGTCTTTAGAAGAGGCAGGGCAAATGCAAATGCATATGCATGGGACCGTACAAGGAAGGAG
CAGATTGTTTCATACTCTAACAGCAGTAGCAATTGCGATGGGGATATGGAAAACAACATTAAGGCCTCCAATAAACCTGAATGGCTGACGCTTCCGCCATTTGTTCCGAATGTGGATGTTGGGGTACTTGGGAAGCAATTAATGGCCGCTTCTTCCTCTTCTTCTCAGGAACAGAGCCGTACGCCGATGCCAACGACCGC
TCTCAAGTGGGTGTCTCGTTGCTGCCCGGACATACCTCACAGTCTCATTCAGAAGCTTTTTCGACTGCGACAGATTCGAATGGAATGCTTGAAGCACACAGACTCATCTTCTCAGTTCCAGCAGGATATGCAGAAGCTACAGTTAAAACGGGTATCGGCAGCAGAAATAATGAAACCAGGGACAAAACTATACTTGCCAG
GGACTGTATGTAAGACTAAAGCTCCTAAGAAGGATAGTCCTGTGCGAGTAGAAACCTTCAGCCCAAATGCAAACGAAATAGAGTACTTACGGAGTCTTGAAATATACAAGGATCCAGCAATTATTGTCTTAAATAAGCCTCCAGGTTTACCAGTTCAGGGTGGCCCTGGTATCAGAAAAAGCATGGATGTATTGGCAGCA
GCAGCATTGAGATATGATTATAAAGAGGGTCCTAGATTGGTACATAGACTTGACATGGAATGTAGCGGTGTTTTGGTTATGGCAAGGACACGTGAAAGTGCTGCTCTTCTTCATTCTGTGTTCCGCGAAAAAACTGCCATGGTATCCAATTCTGAGGATCTTGCTCTGTGTGGAAGAAAGCTAAAGAGAAGATACTGGGC
ATTAGTTATTGGCATCCCAAAACAGAAGCAGGGTCGAATTGATGCTCCTCTTACAAAGGTGTATTTCTTATCCTTCTGATCACTTGTTTTAGTCTTCTGTGAACATTAATGTAGCATCTTTTTTTTCTTTTCCTGTACATGTACTTGTTTCAAACTCTTAATGTAGTCTGGCCATCTTTGGTAAGTTCTAAATAAAAAAG
TTCTGCTTGTACTCACATTACTCTCTAGCTCTTCATTCATGCTGCAGCCTGCTACCCTAAAATTATAGTTTATCTGCTTTTATCATAAATGCAAAATTCCTTGAAAAGAATCGGTTGTTTATACAATTTCAACAATAACATCTATTATGCACAGCGG

>TRINITY_DN98324_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TGGTAGCTCCTCTAACAGGGACGAAGTAATTTTCAGCTAGAGTTCTGTTTAGACACTGCGTTCTCTCGTCTCTGTGTAGTACAGACATGGCCCAACGCTTACTTTCTTCCTCGTCAAGAAGTGTATTAAGATTGTGTTCAGTCTTTAGAAGAGGCAGGGCAAATGCAAATGCATATGCATGGGACCGTACAAGGAAGGAG
CAGATTGTTTCATACTCTAACAGCAGTAGCAATTGCGATGGGGATATGGAAAACAACATTAAGGCCTCCAATAAACCTGAATGGCTGACGCTTCCGCCATTTGTTCCGAATGTGGATGTTGGGGTACTTGGGAAGCAATTAATGGCCGCTTCTTCCTCTTCTTCTCAGGAACAGAGCCGTACGCCGATGCCAACGACCGC
TCTCAAGTGGGTGTCTCGTTGCTGCCCGGACATACCTCACAGTCTCATTCAGAAGCTTTTTCGACTGCGACAGATTCGAATGGAATGCTTGAAGCACACAGACTCATCTTCTCAGTTCCAGCAGGATATGCAGAAGCTACAGTTAAAACGGGTATCGGCAGCAGAAATAATGAAACCAGGGACAAAACTATACTTGCCAG
GGACTGTATGTAAGACTAAAGCTCCTAAGAAGGATAGTCCTGTGCGAGTAGAAACCTTCAGCCCAAATGCAAACGAAATAGAGTACTTACGGAGTCTTGAAATATACAAGGATCCAGCAATTATTGTCTTAAATAAGCCTCCAGGTTTACCAGTTCAGGGTGGCCCTGGTATCAGAAAAAGCATGGATGTATTGGCAGCA
GCAGCATTGAGATATGATTATAAAGAGGGTCCTAGATTGGTACATAGACTTGACATGGAATGTAGCGGTGTTTTGGTTATGGCAAGGACACGTGAAAGTGCTGCTCTTCTTCATTCTGTGTTCCGCGAAAAAACTGCCATGGTATCCAATTCTGAGgtatgtagaacttagaagcattacttatgcatgctttaattggt
tttgattaaatatttttgtagagaatttcttcttcggggttcttttttcttttaagcttgaaacacaacttctatggaatttttttagctgtcttgttcacgtactaattgtttcagctatatagGATCTTGCTCTGTGTGGAAGAAAGCTAAAGAGAAGATACTGGGCATTAGTTATTGGCATCCCAAAACAGAAGCAG
GGTCGAATTGATGCTCCTCTTACAAAGGTGTATTTCTTATCCTTCTGATCACTTGTTTTAGTCTTCTGTGAACATTAATGTAGCATCTTTTTTTTCTTTTCCTGTACATGTACTTGTTTCAAACTCTTAATGTAGTCTGGCCATCTTTGGTAAGTTCTAAATAAAAAAGTTCTGCTTGTACTCACATTACTCTCTAGCTC
TTCATTCATGCTGCAGCCTGCTACCCTAAAATTATAGTTTATCTGCTTTTATCATAAATGCAAAATTCCTTGAAAAGAATCGGTTGTTTATACAATTTCAACAATAACATCTATTATGCACAGCGG

Intron 3 GTCTGCTTTA ... TTAATGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.03	54	3	19
A2	27.59	21	0	8
A3	20	56	2	14
A4	15.91	37	6	7
A5	37.04	17	2	10
A6	21.43	44	0	12
A7	22.89	128	0	38
A8	20.29	110	0	28
A9	22.84	152	0	45
A10	17.82	143	0	31

>TRINITY_DN106287_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

GCATGTCCTTCACCCCGCTTCTCTCTACATATTGGTAGCTCCTCTAACAGGGACGAAGTAATTTTCAGCTAGAGTTCTGTTTAGACACTGCGTTCTCTCGTCTCTGTGTAGTACAGACATGGCCCAACGCTTACTTTCTTCCTCGTCAAGAAGTGTATTAAGATTGTGTTCAGTCTTTAGAAGAGGCAGGGCAAATGCAA
ATGCATATGCATGGGACCGTACAAGGAAGGAGCAGATTGTTTCATACTCTAACAGCAGTAGCAATTGCGATGGGGATATGGAAAACAACATTAAGGCCTCCAATAAACCTGAATGGCTGACGCTTCCGCCATTTGTTCCGAATGTGGATGTTGGGGTACTTGGGAAGCAATTAATGGCCGCTTCTTCCTCTTCTTCTCAG
GAACAGAGCCGTACGCCGATGCCAACGACCGCTCTCAAGTGGGTGTCTCGTTGCTGCCCGGACATACCTCACAGTCTCATTCAGAAGCTTTTTCGACTGCGACAGATTCGAATGGAATGCTTGAAGCACACAGACTCATCTTCTCAGTTCCAGCAGGATATGCAGAAGCTACAGTTAAAACGGGTATCGGCAGCAGAAAT
AATGAAACCAGGGACAAAACTATACTTGCCAGGGACTGTATGTAAGACTAAAGCTCCTAAGAAGGATAGTCCTGTGCGAGTAGAAACCTTCAGCCCAAATGCAAACGAAATAGAGTACTTACGGAGTCTTGAAATATACAAGGATCCAGCAATTATTGTCTTAAATAAGCCTCCAGGTTTACCAGTTCAGGGTGGCCCTG
GTATCAGAAAAAGCATGGATGTATTGGCAGCAGCAGCATTGAGATATGATTATAAAGAGGGTCCTAGATTGGTACATAGACTTGACATGGAATGTAGCGGTGTTTTGGTTATGGCAAGGACACGTGAAAGTGCTGCTCTTCTTCATTCTGTGTTCCGCGAAAAAACTGCCATGGTATCCAATTCTGAGGATCTTGCTCTG
TGTGGAAGAAAGCTAAAGAGAAGATACTGGGCATTAGTTATTGGCATCCCAAAACAGAAGCAGGGTCGAATTGATGCTCCTCTTACAAAGGTTGCACATGGCTAGAGCTGTGTACATTTACAGGGAGAAAACATCAGGTTCGAGTTCATTGTGCTGAAGCCTTGGGGACACCAATTGTGGGGGATTATAAATATGGATGG
TCTGTTCATAGAAGCTGGAGACCGATATCCCAAATGGATGCTGATCAGGAGGCTGAGAAACAATACAACACACCTCATGAGGTCAGTGTGGAAAATGGCAGTGTGGTATCGAAAGAACCTTTGCTACATCTTCACTGTAGGCAAATAACATTGCCTAATGTCACCGAGGCACTGGAACAATCTGATATTGTAGATCAGGA
ACAGCCAAAACCCAACGTGCTTAAATTTGTTGCACCATTGCCTTCTCATATGCAAGCAAGTTGGGATTTTATGTCTTCACGTATAGTTTCACAGCAGAAATAACAGTTTATTTATTTAATATTTAGAAATGGTTTGTTCTGTTTGCATCTACATCTGCTTTAAGTTATTTGGCAAAGAAGAGGTAAAGATGTTATTGGCT
TCATCTATTAATGCTAAATAGTGTAAGTTGTCTGTTCAGTCTTCCATTGCAAGACATCTGTCCACCATTCTGTTAAATTCCATGTACCTTTCTATCATGGTAGGAATGCTGCTTGGAATTGCAAGTCATATTGATTGTAAATTTTTATTGTGAAGTGAAACTCTAATCCTATTTAC

>TRINITY_DN106287_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTTACTTCTAGGTTATATTGGCACTTGAAAAGCAATTTTATATGATTTTGGATGTACCATCTTGTACAAATGTAATGGATCTCAATCCCATTTATCCGATGATTTTAAAGAACTCAATTATTTTCTTAACTTTATGCTTCTCCCTCTTTTCATTTCTTTTTGTTTGTTTCACAAGGACAATTGAATTATGATTTGTCATT
TCTGAGTAGTTTAATGTGATTCAGTGACTGGACGAGTGTCTATAAATTCATTGTTTCTATATCACTTTGATCACATAATTCACAACAGTCGAGAAAAAACACAAATTCACTTTGGGCATCTCCCTTGTTTTAGTTCTTTTAATTGTTTCAAAAGGATAAGTTAATTGTTATCTATCATTTATGAGTAGTTTAAAACTTTA
ATGATTTGGTCAATTTGCAGATTCGAATGGAATGCTTGAAGCACACAGACTCATCTTCTCAGTTCCAGCAGGATATGCAGAAGCTACAGTTAAAACGGgtctgctttaacttgtactgccagtccacatgttattatcatttttcttttattctgtagctaagatactttaccccttttttgcaatgtcttctctgtatt
cacatattgtttaatggtagGTATCGGCAGCAGAAATAATGAAACCAGGGACAAAACTATACTTGCCAGGGACTGTATGTAAGACTAAAGCTCCTAAGAAGGATAGTCCTGTGCGAGTAGAAACCTTCAGCCCAAATGCAAACGAAATAGAGTACTTACGGAGTCTTGAAATATACAAGGATCCAGCAATTATTGTCTTA
AATAAGCCTCCAGGTTTACCAGTTCAGGGTGGCCCTGGTATCAGAAAAAGCATGGATGTATTGGCAGCAGCAGCATTGAGATATGATTATAAAGAGGGTCCTAGATTGGTACATAGACTTGACATGGAATGTAGCGGTGTTTTGGTTATGGCAAGGACACGTGAAAGTGCTGCTCTTCTTCATTCTGTGTTCCGCGAAAA
AACTGCCATGGTATCCAATTCTGAGGATCTTGCTCTGTGTGGAAGAAAGCTAAAGAGAAGATACTGGGCATTAGTTATTGGCATCCCAAAACAGAAGCAGGGTCGAATTGATGCTCCTCTTACAAAGGTGATTTCGGATGATGGAAAATCAGAGAGGATTCTTATTGCTGATTACTCTAGAGAGCAGTTGGCACAAAATG
CAATAACAGACTATCGAGTAATAGGACCTTCAGTTCATGGTTGCACATGGCTAGAGCTGTGTACATTTACAGGGAGAAAACATCAGGTTCGAGTTCATTGTGCTGAAGCCTTGGGGACACCAATTGTGGGGGATTATAAATATGGATGGTCTGTTCATAGAAGCTGGAGACCGATATCCCAAATGGATGCTGATCAGGAG
GCTGAGAAACAATACAACACACCTCATGAGGTCAGTGTGGAAAATGGCAGTGTGGTATCGAAAGAACCTTTGCTACATCTTCACTGTAGGCAAATAACATTGCCTAATGTCACCGAGGCACTGGAACAATCTGATATTGTAGATCAGGAACAGCCAAAACCCAACGTGCTTAAATTTGTTGCACCATTGCCTTCTCATAT
GCAAGCAAGTTGGGATTTTATGTCTTCACGTATAGTTTCACAGCAGAAATAACAGTTTATTTATTTAATATTTAGAAATGGTTTGTTCTGTTTGCATCTACATCTGCTTTAAGTTATTTGGCAAAGAAGAGGTAAAGATGTTATTGGCTTCATCTATTAATGCTAAATAGTGTAAGTTGTCTGTTCAGTCTTCCATTGCA
AGACATCTGTCCACCATTCTGTTAAATTCCATGTACCTTTCTATCATGGTAGGAATGCTGCTTGGAATTGCAAGTCATATTGATTGTAAATTTTTATTGTGAAGTGAAACTCTAATCCTATTTAC