sp|Q588V7|TEB_ARATH ----> Helicase and polymerase-containing protein TEBICHI

Intron 1 GTACCGTTCA ... GTCATTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.73	37	3	18
A2	26.92	19	1	7
A3	30	42	0	18
A4	10.34	26	1	3
A5	0	17	0	0
A6	16.67	35	0	7
A7	16.39	51	0	10
A8	22.03	46	0	13
A9	26.32	56	0	20
A10	27.45	37	0	14

>TRINITY_DN40697_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GGAACCGTTTTTAATGCGCATGGCACATGGGGCTCCAGTTATGCAATTGCGTGATAAATCCTCTAGAAATGGAAAAAGTCCTCGTGATAAAAGTTCTCGATCATTTGGAAATTCACGAAGCAGGAATACTGCTATTCCAACAGAGCAGACACTTCGTGTGTGCCGACGCTTCTATGTTGCACTCATGTTGGGACGTCTAG
TAGAGGAAGTACCTCTGACAGATGTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGATCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAG
CTTACTTCAATTCCATTTGTAAAGGGTGCAAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAA
GAATGGTGCACGGCATATTGTACTTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGC
AGATTTCGAATGATAAAGTGTTCAAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAA
AGACATGATACACCTGCTGTTGTTGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAG
GCAAAATCTGAATGAAATGGAGAATTCTCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGG
AAAATTCTCCAGTGTACTATCTTAAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATT
ACATGGAACTTGAAGAGTCAATTACAAGTCCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGA
AGAGAGTACATACACCCCAACACTAGAGCAGGAAGTAAAAAAAAAGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTC
AGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTG
TATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACGTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGA
GCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATT
GGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATT
TTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGG
GAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTC
AGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTT
ACTGGAGTATGTATTTCTTCCAACCTATTAGACAAATATTATATTCAGTTCTCTGTTATTCTGCACTAACAATGACGGGGATACTCGATGAAAAATTGCCTTGATGCTTGGAAGTCGATTTTAGTTTAGATTCCATTGCCTGCATGCATTTATACATCCTTACGCTTCGTAACTATTTTTCAGCTGCATTTGCAGTTGAA
ATCTGTTATCAAACCTCATCTAAGAAAACGATAGTACGTGCATTAGAGAAAACCTTAAGGTTTTGTCTTGTAAATACATTGTACAATGTTTGCACTTAATTAACCAGTCAATATTTATTTTACAAATATAGATTACTTTTGAGATTGGCAAAATGGGTCTGATGTGATATATAGCTTGCGCACTTGTGTTTCAGCTCTCA
CATTATTTTGTGTTAAACTTTAGATTGTCTTTTGTGTAACCTGCAAATCTTTCTAGTGGGTATTTCTGTTTCTGAAGCTTACTTGAAACTGAGAATGAAACCACTTTTTGGGCGTTTTCCCATTCAGCTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGA
GGATCTTTTGAACTTATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTG
CAATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCT
GACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTATTAGGCTTCATTTTTTTATCTCACGCTCTGCCGTTTTCTTTCCATCTTTCGCTGGTGTGCTCTCATTATCATGTGAATCTGGTGTTGGGACTTTGTTTAT
AAA

>TRINITY_DN40697_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGCTGTCAATTCTATCTGTCAGgtaccgttcagcttattattttgaatgggttgttaggaaatactaaatagtcaacatattgaacattagaactattgaaatgtgtcattccagGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAAC
CTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGT
TCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGA

Intron 2 GTTAGTGAAT ... ACTAGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.6	14	27	70
A2	85.45	4	20	27
A3	74.6	8	27	20
A4	86.96	6	25	55
A5	84.21	3	11	21
A6	100	0	5	4
A7	82.76	5	22	26
A8	82.61	4	7	31
A9	100	0	19	13
A10	64.91	10	18	19

>TRINITY_DN40697_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GGAACCGTTTTTAATGCGCATGGCACATGGGGCTCCAGTTATGCAATTGCGTGATAAATCCTCTAGAAATGGAAAAAGTCCTCGTGATAAAAGTTCTCGATCATTTGGAAATTCACGAAGCAGGAATACTGCTATTCCAACAGAGCAGACACTTCGTGTGTGCCGACGCTTCTATGTTGCACTCATGTTGGGACGTCTAG
TAGAGGAAGTACCTCTGACAGATGTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGATCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAG
CTTACTTCAATTCCATTTGTAAAGGGTGCAAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAA
GAATGGTGCACGGCATATTGTACTTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGC
AGATTTCGAATGATAAAGTGTTCAAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAA
AGACATGATACACCTGCTGTTGTTGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAG
GCAAAATCTGAATGAAATGGAGAATTCTCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGAAGTAAAAAAAAAGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCT
GCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAG
CTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACGTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACA
TCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAG
TTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCA
AGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGT
TGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAG
AAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTC
GGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGAGTATGTATTTCTTCCAACCTATTAGACAAATATTATATTCAGTTCTCTGTTATTCTGCACTAACAATGACGGGGATACTCGATGAAAAATTGCCTTGATGCTTGGAAGTCGATTTTAGT
TTAGATTCCATTGCCTGCATGCATTTATACATCCTTACGCTTCGTAACTATTTTTCAGCTGCATTTGCAGTTGAAATCTGTTATCAAACCTCATCTAAGAAAACGATAGTACGTGCATTAGAGAAAACCTTAAGGTTTTGTCTTGTAAATACATTGTACAATGTTTGCACTTAATTAACCAGTCAATATTTATTTTACAA
ATATAGATTACTTTTGAGATTGGCAAAATGGGTCTGATGTGATATATAGCTTGCGCACTTGTGTTTCAGCTCTCACATTATTTTGTGTTAAACTTTAGATTGTCTTTTGTGTAACCTGCAAATCTTTCTAGTGGGTATTTCTGTTTCTGAAGCTTACTTGAAACTGAGAATGAAACCACTTTTTGGGCGTTTTCCCATTC
AGCTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGAC
GTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTA
GCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTATTAGGCTTCATTTTTTTATCTCACG
CTCTGCCGTTTTCTTTCCATCTTTCGCTGGTGTGCTCTCATTATCATGTGAATCTGGTGTTGGGACTTTGTTTATAAA

>TRINITY_DN40697_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGAACCGTTTTTAATGCGCATGGCACATGGGGCTCCAGTTATGCAATTGCGTGATAAATCCTCTAGAAATGGAAAAAGTCCTCGTGATAAAAGTTCTCGATCATTTGGAAATTCACGAAGCAGGAATACTGCTATTCCAACAGAGCAGACACTTCGTGTGTGCCGACGCTTCTATGTTGCACTCATGTTGGGACGTCTAG
TAGAGGAAGTACCTCTGACAGATGTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGATCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAG
CTTACTTCAATTCCATTTGTAAAGGGTGCAAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAA
GAATGGTGCACGGCATATTGTACTTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGC
AGATTTCGAATGATAAAGTGTTCAAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAA
AGACATGATACACCTGCTGTTGTTGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAG
GCAAAATCTGAATGAAATGGAGAATTCTCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGgttagtgaattttgttttgatctgcatttcagtaatgtaagtgagggggattcatcaccaatgtttgaagttcaaggcttggctgtttgctggg
aaaattctccagtgtactatcttaagttttctaaaagtttttttaatatggaaaatggatgtgctacttttcataatgatgagagaactgctacaaacagcaaccaacaaagaaattatctgaatggaaggtttgacatatgtaaagagagatggcagagggtagcaaaagtcatgggtcagaagggtgtcaataaaatt
acatggaacttgaagagtcaattacaagtcctcaagaagcccggtacttttgtgcctaaagtgagccaaaataaaggtgaagtatctcaagcgaagagtggggaaacattgactggaatgtctttgatgttgctgccttcaattgatattgaagaagctatagatatttgtattgtagcatggcttctttggccagatga
agagagtacatacaccccaacactagagcagGAAGTAAAAAAAAAGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTC
AGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTG
TATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACGTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGA
GCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGGTCTTCATACAGTGAGATGATTATTTTAAGTAGTATACTTGCTGTGAAAATAATTGACTTCATTGCTAGTGGGTTTATAATTGCTACTGGGTCAACTCTGTACTTCATGGGTTCATGTCTG
ACAGCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAA
TCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAA
CGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTAT
TAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTA
TGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGAGTATGTATTTCTTCCAACCTATTAGACAAATATTATATTCAGTTCTCTGTTATTCTGCACTAACAATGA
CGGGGATACTCGATGAAAAATTGCCTTGATGCTTGGAAGTCGATTTTAGTTTAGATTCCATTGCCTGCATGCATTTATACATCCTTACGCTTCGTAACTATTTTTCAGCTGCATTTGCAGTTGAAATCTGTTATCAAACCTCATCTAAGAAAACGATAGTACGTGCATTAGAGAAAACCTTAAGGTTTTGTCTTGTAAAT
ACATTGTACAATGTTTGCACTTAATTAACCAGTCAATATTTATTTTACAAATATAGATTACTTTTGAGATTGGCAAAATGGGTCTGATGTGATATATAGCTTGCGCACTTGTGTTTCAGCTCTCACATTATTTTGTGTTAAACTTTAGATTGTCTTTTGTGTAACCTGCAAATCTTTCTAGTGGGTATTTCTGTTTCTGA
AGCTTACTTGAAACTGAGAATGAAACCACTTTTTGGGCGTTTTCCCATTCAGCTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTC
TTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTG
TCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGT
TCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTATTAGGCTTCATTTTTTTATCTCACGCTCTGCCGTTTTCTTTCCATCTTTCGCTGGTGTGCTCTCATTATCATGTGAATCTGGTGTTGGGACTTTGTTTATAAA

Intron 3 GTTGGGTACT ... TGAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.45	53	36	15
A2	44.64	31	25	1
A3	41.56	45	32	6
A4	46.67	24	21	9
A5	40	12	8	0
A6	50	5	5	0
A7	40	9	6	1
A8	-1	0	0	0
A9	33.33	2	1	0
A10	42.86	12	9	0

>TRINITY_DN114071_c2_g1_i13 from sample A3 / Example spliced isoform

ATCCTTCATTTCAAATTCCTGTCTCCTCTTTGCAGGAGAAAAGAGGTCCCGCGAGTAAATTATGCAGGCGATCCAAATCGGGCAGAGATAGCAAACAAGACGTCGAGAGATCGAGTCTCGCAGAATGAGTTCCAGTCAGCGAAATACAAAGCTGGACCAGTTTTTCCCTTCAAAAAAGATAAAGTGTCTATCCCCATCTG
GTAAGATAGTCAAGACCAATAAGGATGTAAAATCTCCTAATACGAAAGGTAGCTTGGATGGCTACCTAGTAAAGTCTATTGATGGACTTCCTTCACCGGATAATACATCATCAGCTCAATATGGCTTAAAGAGAGGAGATGCAGCGAAGCAAAATTTGACTTTTGAGGTTAAACAACCTTCAACCACTCTGAATAAGGCG
CTGCCAGAGAATGCTTTTATATTTCAACAAGGCTCAAGTGTTTCTCAGTTAGCCTCCTCATCTCCTGTGAAGGGTCACAAAAATGAACAAGTAAAAAAATCAGAACAAGGAAAAGAGGTGTACCATGGTTCACTCTTGGTGGAAGAAAATACAAAGGTGTCTGATGAGAAACATGGTTCACTCTTGGTGGAAGAAAATAC
AAAGGTGTCTGATGAGAAACATGGTTCTACTGCAGTATTTTTTTCGGAGGCTGAGGATTCATCTACCTACCTTTGTGTGAAAGATCAGATTTCTAGCTCCAATGGTAATAGCAAAGAACTTAGCCAGTTTGCAAATAGCTTTCTCGCAATGTGTTGCAGTGGACTTGTGTCAAAAGAGACCCCTTTATTGGAGGAGTCTT
TATCATCACCAAAGTTGAATAAAAACAAGAGGTCTGGATGCCCATCTCCTCTGTCTGCAAATAATGCTATTCTGAAGAAAAAGCAGTGTGGTGTAGTTGGTAATAAGTTGATTGAGATATCAATGGAAGGCCCTAAGATTTCTCAAAAGGGGTCTGAAGATGTGAGTAATACTGACAATGGTGCATTTACAATGCGTTTA
CCTGAGTTAGAAGGTTTGCCAGTAGGTGGGTTGGTAGGTGCATGTAAAGAAATTGAGAATAGGCAAACTGATGGCAATGGACAGCTTGTTGCTCAACCCATGAGCGTGGATTGTAGGGATTCACTGGATGTTAATGCTGAATGTTCAGTATCTCAGCCAATGCAAAATTCTGAGAATATGTCTGAAGTCGATGGTCAAAC
CAAGATGCCTGTTTTTTCCACAATTGGAACTCCACAATTTCTGAGAAAATGTTGCCTAACACCTGAAATTAGGAGAGAGCGGACATCTCTATGTACTCCTAAAATTGTTTCTATTAAGGGTTCTGCCATTAAAACTCCAGGATGGGTGTACCGTAGCTCATTCTCTCCGGGAGATGAATTCTGGAATGAAGCGATACAGG
TAGCAGATGGCTTAGTTGCCGTTAAAACTGATGATCCTGTGGAAGATCATTGTAAAGTTTCTATATGTACACCTGGGCCGGATGAACAAGGAAACCTGCAATCTGATAAGGGAGCTTACTTTAAGAGTCACGACTTGAAGATCCAGAATGACAATGGGAGTTTTTCCTCGAAAATGATTGAACAACCACATTTATATAGA
AACAATGCTGAACAGACAGAGTTAGAAACTCTTCACCAAATTGTTGCATCTTCTAAAGTGCTTGTGTCTGGAGAATGCATAGTAAACAAGGACAGGATGAATGCTGGTAGGGTGGGTTTGTCTAAAACATTTAACACAGGAAGTTCACCATTGCCTGTCAGGCATTTTGACTTCCAATGTGAGGATCATATCATTATTGA
TAATACTGGAGATACTCAGAAGGGTAAACATTCAAAGGATGATACAAATATGCCAGATTCAGAGACTCGAGGAGATATAGAGAACTCTATGTTTGCAATTGGTAATGTTAAAGTCTCTGAGGAAATTATAGGACATGTGGATCTACATGCTAACACTAGCAAAGCACTCAAAGAAAGTGTGACAGAAGTCGGCGATGCCT
CTACTAGTAAGCATAACAATGTTGGTACACCATCAAGTTATTCTACTTCGAAAGACTTTCTAGAGCTGAGCTATTGGCTTCCTCAAAAGTTATGTGATGTTTATGCAAAGAAGGGCATTACCAAGCTTTATCCCTGGCAGGTTGAATGCTTGCAATTGGATGGTGTGCTTGAAAGAAAGAATCTTGTTTATTGTGCATCT
ACAAGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTATCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGA
CACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGTGATAGATGAACTCCACATGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTA
TCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGACACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGT
GATAGATGAACTCCACATGGTTGGAGATCAAAGTAGAGGATATCTGTTGGAGCTTATGTTGACAAAGTTGCTCTATGCAGCAGGGGAAGGTGGTTCAGGGAGCTCTAATGGTGATAGCCCAGGCAATAGCAGTGGGAAAACTGACCCTAGCATTGGAATGCAAATAGTTGGTATGAGTGCTACAATGCCAAATGTAGCCG
CTGTTGCTAATTGGCTTCAGTGTGTGATTTGATATTCTTGGACATTCAAATATATTCATGCAGGCTGCCTTATATGAGACTGAATTTAGGCCAATTCCTTTGTCGGAGTACATAAAGGTTGGTAATATAGTTTACAGCAAATCTATGGAAGTGGTGCGTACGATTCGCAAGGGTGCTGATCTTGGAGGAAAAGATCCAGA
CCATGTTGTTGAGTTGTGCAATGAGGTTGTTCAAGGTGGGCATTCTGTTCTTGTATTTTGCTCAAGCCGTAAGGCATGCGAGGCAACTGCAAGGCATATTGCAAAGTTCATTAAAGAATTTGCTTCTCAAAATGGACAGTCCAGCTTGCAATGGAATGATGCATTGTCTGTTGTTGAAGAATTACGAAAGTCTCCAGCAG
GGTTGGACCCTACCTTGGCTGAGACTCTACCATCTCGTGTGGCTTTTCATCATGCAGGCCTTACGGTTGAAGAGCGGGAGATAGTTGAGACCTGTTATAGGCAAGGAAATGTGAGGGTCTTAACAGCTACATCTACTTTAGCTGCTGGTGTCAATTTACCGGCCAGAAGGGTGATCTTTCGGCAGCCTAGGATTGGACGA
GATTTCATAGATGGAACAAGATACAAGCAGATGGCTGGACGGGCAGGGCGGGCTGGAATAGATACAAAAGGAGAAAGTATAATAATTTGCAAACCTGAAGAAGTCAAAAGAATAACAACACTGGTAAATGAAAGCTGTCCCCCCCTTCATTCTTGTCTCGCAGAAGATAAAAATGGAATGAAACGTGCTATTTTAGAAGT
TGTGGCGGGTGGCATTGTGCAAACAGCAAATGATATTCATCGCTATGTGAGGTGCACACTATTGAACTCAACGCAGCCATTTGAAGATGTGGTAAAATCAGCACAAGATTCGCTTTACTGGCTATGCCATGCAAAATTTCTGGAATGGGATCAACAAACTCAAATCTATTCTACAACACCTTTAGGGCGCGCAGCATTTG
GGAGTTCTCTAAGTCCAGAAGAATCAATGATTGTGCTTGAAGATCTTGCTAGAGCAAGAGAAGGCATTGTGCTTGCCTCAGATCTTCATTTACTGTATGAGGTGACACCTATCAATGTTGATATAGAACCAGATTGGGAACTATACTATCAGAGATTTATGGAATTGTCCTCTCTTGATCAGGAAGTACCTCTGACAGAT
GTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGCTCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAGCTTACTTCAATTCCATTTGTAAA
GGGTGCAAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGGTGCACGGCATATTGTAC
TTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTTCGAATGATAAAGTGTTC
AAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACATGATACACCTGCTGTTGT
TGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAGGCAAAATCTGAATGAAATGGAGA
ATTCTCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTT
AAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATT
ACAAGTCCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAGTACATACACCCCAACAC
TAGAGCAGGAAGTAAAAAAAAGGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATG
CCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGT
TCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACCTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACT
GGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTAT
TCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACAC
ATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAG
CTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTG
GAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGACTGATCAAGCCGATCCT
TATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGG
ATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAAC
AAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTATTAGGCTTCATTTTTTTATCTCACGCTCTGCCGTTTTCTTTCCA
TCTTTCGCTGGTGTGCTCTCATTATCATGTGAATCTGGTGTTGGGAC

>TRINITY_DN114071_c2_g1_i17 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CAAAAGATAAGGTTGTGGAAATTCTATATAGTATATATATGCTCTTCTTTGTTTTCTATTATTTAGCTTGCCTTTTAGTGTGATAATGGTACTGTGTAGGAACCTGAGCAATATTATTAGTTGGAGTTTGTTTTCCTGTATCATATTTCTCATTTATTATTTTCTTTGTTGCAACGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTA
TATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTATCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGACACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGA
TTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGTGATAGATGAACTCCACATGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTATCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAA
ACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGACACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGTGATAGATGAACTCCACATGGTTGGAGATCAAAGTAGAGGATATCTGTTGGAG
CTTATGTTGACAAAGTTGCTCTATGCAGCAGGGGAAGGTGGTTCAGGGAGCTCTAATGGTGATAGCCCAGGCAATAGCAGTGGGAAAACTGACCCTAGCATTGGAATGCAAATAGTTGGTATGAGTGCTACAATGCCAAATGTAGCCGCTGTTGCTAATTGGCTTCAGgttgggtactgcttttgtttgatgaatgcttg
catatccgtgagaaaatatggagttcaaattagtattatataaaattaatgaagatatatagtttgtttctatcatatggtggtatttatctatgtgctgaatgggtagtaggaaaaggttatgtggtctatgaggtgtaagttatatttagtaatgtttgttttgtatgttgaaatgcagTGTGTGATTTGATATTCTT
GGACATTCAAATATATTCATGCAGGCTGCCTTATATGAGACTGAATTTAGGCCAATTCCTTTGTCGGAGTACATAAAGGTTGGTAATATAGTTTACAGCAAATCTATGGAAGTGGTGCGTACGATTCGCAAGGGTGCTGATCTTGGAGGAAAAGATCCAGACCATGTTGTTGAGTTGTGCAATGAGGTGAAACAGTATTT
TTGTGGATTTCATTCTGACTGTTTCTTAGAGTAAGACAGTGCATCTATTTTTTATGAATAATTATTGCATCTTGTCTTAAATATATGGCG

Intron 4 GTAGTAATCA ... TGCAATCCAG

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>TRINITY_DN114071_c2_g1_i13 from sample A3 / Example spliced isoform

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GTAAGATAGTCAAGACCAATAAGGATGTAAAATCTCCTAATACGAAAGGTAGCTTGGATGGCTACCTAGTAAAGTCTATTGATGGACTTCCTTCACCGGATAATACATCATCAGCTCAATATGGCTTAAAGAGAGGAGATGCAGCGAAGCAAAATTTGACTTTTGAGGTTAAACAACCTTCAACCACTCTGAATAAGGCG
CTGCCAGAGAATGCTTTTATATTTCAACAAGGCTCAAGTGTTTCTCAGTTAGCCTCCTCATCTCCTGTGAAGGGTCACAAAAATGAACAAGTAAAAAAATCAGAACAAGGAAAAGAGGTGTACCATGGTTCACTCTTGGTGGAAGAAAATACAAAGGTGTCTGATGAGAAACATGGTTCACTCTTGGTGGAAGAAAATAC
AAAGGTGTCTGATGAGAAACATGGTTCTACTGCAGTATTTTTTTCGGAGGCTGAGGATTCATCTACCTACCTTTGTGTGAAAGATCAGATTTCTAGCTCCAATGGTAATAGCAAAGAACTTAGCCAGTTTGCAAATAGCTTTCTCGCAATGTGTTGCAGTGGACTTGTGTCAAAAGAGACCCCTTTATTGGAGGAGTCTT
TATCATCACCAAAGTTGAATAAAAACAAGAGGTCTGGATGCCCATCTCCTCTGTCTGCAAATAATGCTATTCTGAAGAAAAAGCAGTGTGGTGTAGTTGGTAATAAGTTGATTGAGATATCAATGGAAGGCCCTAAGATTTCTCAAAAGGGGTCTGAAGATGTGAGTAATACTGACAATGGTGCATTTACAATGCGTTTA
CCTGAGTTAGAAGGTTTGCCAGTAGGTGGGTTGGTAGGTGCATGTAAAGAAATTGAGAATAGGCAAACTGATGGCAATGGACAGCTTGTTGCTCAACCCATGAGCGTGGATTGTAGGGATTCACTGGATGTTAATGCTGAATGTTCAGTATCTCAGCCAATGCAAAATTCTGAGAATATGTCTGAAGTCGATGGTCAAAC
CAAGATGCCTGTTTTTTCCACAATTGGAACTCCACAATTTCTGAGAAAATGTTGCCTAACACCTGAAATTAGGAGAGAGCGGACATCTCTATGTACTCCTAAAATTGTTTCTATTAAGGGTTCTGCCATTAAAACTCCAGGATGGGTGTACCGTAGCTCATTCTCTCCGGGAGATGAATTCTGGAATGAAGCGATACAGG
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AACAATGCTGAACAGACAGAGTTAGAAACTCTTCACCAAATTGTTGCATCTTCTAAAGTGCTTGTGTCTGGAGAATGCATAGTAAACAAGGACAGGATGAATGCTGGTAGGGTGGGTTTGTCTAAAACATTTAACACAGGAAGTTCACCATTGCCTGTCAGGCATTTTGACTTCCAATGTGAGGATCATATCATTATTGA
TAATACTGGAGATACTCAGAAGGGTAAACATTCAAAGGATGATACAAATATGCCAGATTCAGAGACTCGAGGAGATATAGAGAACTCTATGTTTGCAATTGGTAATGTTAAAGTCTCTGAGGAAATTATAGGACATGTGGATCTACATGCTAACACTAGCAAAGCACTCAAAGAAAGTGTGACAGAAGTCGGCGATGCCT
CTACTAGTAAGCATAACAATGTTGGTACACCATCAAGTTATTCTACTTCGAAAGACTTTCTAGAGCTGAGCTATTGGCTTCCTCAAAAGTTATGTGATGTTTATGCAAAGAAGGGCATTACCAAGCTTTATCCCTGGCAGGTTGAATGCTTGCAATTGGATGGTGTGCTTGAAAGAAAGAATCTTGTTTATTGTGCATCT
ACAAGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTATCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGA
CACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGTGATAGATGAACTCCACATGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTA
TCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGACACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGT
GATAGATGAACTCCACATGGTTGGAGATCAAAGTAGAGGATATCTGTTGGAGCTTATGTTGACAAAGTTGCTCTATGCAGCAGGGGAAGGTGGTTCAGGGAGCTCTAATGGTGATAGCCCAGGCAATAGCAGTGGGAAAACTGACCCTAGCATTGGAATGCAAATAGTTGGTATGAGTGCTACAATGCCAAATGTAGCCG
CTGTTGCTAATTGGCTTCAGTGTGTGATTTGATATTCTTGGACATTCAAATATATTCATGCAGGCTGCCTTATATGAGACTGAATTTAGGCCAATTCCTTTGTCGGAGTACATAAAGGTTGGTAATATAGTTTACAGCAAATCTATGGAAGTGGTGCGTACGATTCGCAAGGGTGCTGATCTTGGAGGAAAAGATCCAGA
CCATGTTGTTGAGTTGTGCAATGAGGTTGTTCAAGGTGGGCATTCTGTTCTTGTATTTTGCTCAAGCCGTAAGGCATGCGAGGCAACTGCAAGGCATATTGCAAAGTTCATTAAAGAATTTGCTTCTCAAAATGGACAGTCCAGCTTGCAATGGAATGATGCATTGTCTGTTGTTGAAGAATTACGAAAGTCTCCAGCAG
GGTTGGACCCTACCTTGGCTGAGACTCTACCATCTCGTGTGGCTTTTCATCATGCAGGCCTTACGGTTGAAGAGCGGGAGATAGTTGAGACCTGTTATAGGCAAGGAAATGTGAGGGTCTTAACAGCTACATCTACTTTAGCTGCTGGTGTCAATTTACCGGCCAGAAGGGTGATCTTTCGGCAGCCTAGGATTGGACGA
GATTTCATAGATGGAACAAGATACAAGCAGATGGCTGGACGGGCAGGGCGGGCTGGAATAGATACAAAAGGAGAAAGTATAATAATTTGCAAACCTGAAGAAGTCAAAAGAATAACAACACTGGTAAATGAAAGCTGTCCCCCCCTTCATTCTTGTCTCGCAGAAGATAAAAATGGAATGAAACGTGCTATTTTAGAAGT
TGTGGCGGGTGGCATTGTGCAAACAGCAAATGATATTCATCGCTATGTGAGGTGCACACTATTGAACTCAACGCAGCCATTTGAAGATGTGGTAAAATCAGCACAAGATTCGCTTTACTGGCTATGCCATGCAAAATTTCTGGAATGGGATCAACAAACTCAAATCTATTCTACAACACCTTTAGGGCGCGCAGCATTTG
GGAGTTCTCTAAGTCCAGAAGAATCAATGATTGTGCTTGAAGATCTTGCTAGAGCAAGAGAAGGCATTGTGCTTGCCTCAGATCTTCATTTACTGTATGAGGTGACACCTATCAATGTTGATATAGAACCAGATTGGGAACTATACTATCAGAGATTTATGGAATTGTCCTCTCTTGATCAGGAAGTACCTCTGACAGAT
GTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGCTCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAGCTTACTTCAATTCCATTTGTAAA
GGGTGCAAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGGTGCACGGCATATTGTAC
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AAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACATGATACACCTGCTGTTGT
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AAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATT
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TCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACCTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACT
GGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTAT
TCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACAC
ATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAG
CTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTG
GAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGACTGATCAAGCCGATCCT
TATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGG
ATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAAC
AAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTATTAGGCTTCATTTTTTTATCTCACGCTCTGCCGTTTTCTTTCCA
TCTTTCGCTGGTGTGCTCTCATTATCATGTGAATCTGGTGTTGGGAC

>TRINITY_DN114071_c2_g1_i31 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATCCTTCATTTCAAATTCCTGTCTCCTCTTTGCAGGAGAAAAGAGGTCCCGCGAGTAAATTATGCAGGCGATCCAAATCGGGCAGAGATAGCAAACAAGACGTCGAGAGATCGAGTCTCGCAGAATGAGTTCCAGTCAGCGAAATACAAAGCTGGACCAGTTTTTCCCTTCAAAAAAGATAAAGTGTCTATCCCCATCTG
GTAAGATAGTCAAGACCAATAAGGATGTAAAATCTCCTAATACGAAAGGTAGCTTGGATGGCTACCTAGTAAAGTCTATTGATGGACTTCCTTCACCGGATAATACATCATCAGCTCAATATGGCTTAAAGAGAGGAGATGCAGCGAAGCAAAATTTGACTTTTGAGGTTAAACAACCTTCAACCACTCTGAATAAGGCG
CTGCCAGAGAATGCTTTTATATTTCAACAAGGCTCAAGTGTTTCTCAGTTAGCCTCCTCATCTCCTGTGAAGGGTCACAAAAATGAACAAGTAAAAAAATCAGAACAAGGAAAAGAGGTGTACCATGGTTCACTCTTGGTGGAAGAAAATACAAAGGTGTCTGATGAGAAACATGGTTCACTCTTGGTGGAAGAAAATAC
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CTACTAGTAAGCATAACAATGTTGGTACACCATCAAGTTATTCTACTTCGAAAGACTTTCTAGAGCTGAGCTATTGGCTTCCTCAAAAGTTATGTGATGTTTATGCAAAGAAGGGCATTACCAAGCTTTATCCCTGGCAGGTTGAATGCTTGCAATTGGATGGTGTGCTTGAAAGAAAGAATCTTGTTTATTGTGCATCT
ACAAGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTATCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGA
CACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGTGATAGATGAACTCCACATGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTA
TCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGACACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGT
GATAGATGAACTCCACATGGTTGGAGATCAAAGTAGAGGATATCTGTTGGAGCTTATGTTGACAAAGTTGCTCTATGCAGCAGGGGAAGGTGGTTCAGGGAGCTCTAATGGTGATAGCCCAGGCAATAGCAGTGGGAAAACTGACCCTAGCATTGGAATGCAAATAGTTGGTATGAGTGCTACAATGCCAAATGTAGCCG
CTGTTGCTAATTGGCTTCAGTGTGTGATTTGATATTCTTGGACATTCAAATATATTCATGCAGGCTGCCTTATATGAGACTGAATTTAGGCCAATTCCTTTGTCGGAGTACATAAAGGTTGGTAATATAGTTTACAGCAAATCTATGGAAGTGGTGCGTACGATTCGCAAGGGTGCTGATCTTGGAGGAAAAGATCCAGA
CCATGTTGTTGAGTTGTGCAATGAGGTTGTTCAAGGTGGGCATTCTGTTCTTGTATTTTGCTCAAGCCGTAAGGCATGCGAGGCAACTGCAAGGCATATTGCAAAGTTCATTAAAGAATTTGCTTCTCAAAATGGACAGTCCAGCTTGCAATGGAATGATGCATTGTCTGTTGTTGAAGAATTACGAAAGTCTCCAGCAG
GGTTGGACCCTACCTTGGCTGAGACTCTACCATCTCGTGTGGCTTTTCATCATGCAGGCCTTACGGTTGAAGAGCGGGAGATAGTTGAGACCTGTTATAGGCAAGGAAATGTGAGGGTCTTAACAGCTACATCTACTTTAGCTGCTGGTGTCAATTTACCGGCCAGAAGGGTGATCTTTCGGCAGCCTAGGATTGGACGA
GATTTCATAGATGGAACAAGATACAAGCAGATGGCTGGACGGGCAGGGCGGGCTGGAATAGATACAAAAGGAGAAAGTATAATAATTTGCAAACCTGAAGAAGTCAAAAGAATAACAACACTGGTAAATGAAAGCTGTCCCCCCCTTCATTCTTGTCTCGCAGAAGATAAAAATGGAATGAAACGTGCTATTTTAGAAGT
TGTGGCGGGTGGCATTGTGCAAACAGCAAATGATATTCATCGCTATGTGAGGTGCACACTATTGAACTCAACGCAGCCATTTGAAGATGTGGTAAAATCAGCACAAGATTCGCTTTACTGGCTATGCCATGCAAAATTTCTGGAATGGGATCAACAAACTCAAATCTATTCTACAACACCTTTAGGGCGCGCAGCATTTG
GGAGTTCTCTAAGTCCAGAAGAATCAATGgtagtaatcagatatatatttctactttaacatgttgcctagtcgatatattaatgtattgctttcagaattcttcttccaatttagaaaaaaggaaaaaaatcattgcaccttgacagatatgtgtctgtttttgcaatccagATTGTGCTTGAAGATCTTGCTAGAGCA
AGAGAAGGCATTGTGCTTGCCTCAGATCTTCATTTACTGTATGAGGTGACACCTATCAATGTTGATATAGAACCAGATTGGGAACTATACTATCAGAGATTTATGGAATTGTCCTCTCTTGATCAGGCTGTTGGCAATAGAGTTGGGGTAATGGAACCGTTTTTAATGCGCATGGCACATGGGGCTCCAGTTATGCAATT
GCGTGATAAATCCTCTAGAAATGGAAAAAGTCCTCGTGATAAAAGTTCTCGATCATTTGGAAATTCACGAAGCAGGAATACTGCTATTCCAACAGAGCAGACACTTCGTGTGTGCCGACGCTTCTATGTTGCACTCATGTTGGGACGTCTAGTAGAGGAAGTACCTCTGACAGATGTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGA
GGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGCTCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAGCTTACTTCAATTCCATTTGTAAAGGGTGCAAGGGCTAGAGCACTTTAT
AAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGGTGCACGGCATATTGTACTTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAAT
GGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTTCGAATGATAAAGTGTTCAAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGG
ACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACATGATACACCTGCTGTTGTTGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAG
GTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAGGCAAAATCTGAATGAAATGGAGAATTCTCATATTTCAAATAATGGACC
TGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTTAAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATA
TGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATTACAAGTCCTCAAGAAGCCCGGTACT
TTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAGTACATACACCCCAACACTAGAGCAGGAAGTAAAAAAAAGGTT
GTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATA
TGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAA
CAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACCTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACATCTACTGCCACGGG
CAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGG
CTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGT
GTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTAT
CTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGG
AAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGACTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGA
AATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAAC
ACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAG
TTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTATTAGGCTTCATTTTTTTATCTCACGCTCTGCCGTTTTCTTTCCATCTTTCGCTGGTGTGCTCTCATTAT
CATGTGAATCTGGTGTTGGGAC

Intron 5 GTATGTATTT ... TCCCATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A5	20	10	4	1
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A8	29.59	69	31	27
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A10	30	28	12	12

>TRINITY_DN46543_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

AGGGTATTGGTTCAGCTTGCCATATCATATAATTCCTGTTCTTAGCATGCTGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAG
TGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTA
AAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGACTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTA
TTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAAT
GTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAG
AAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTGC

>TRINITY_DN46543_c0_g1_i11 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGTGATAGATGAACTCCACATGGTTGGAGATCAAAGTAGAGGATATCTGTTGGAGCTTATGTTGACAAAGTTGCTCTATGCAGCAGGGGAAGGTGGTTCAGGGAGCTCTAATGGTGATAGCCCAGGCAATAGCAGTGGGAAAACTGACCCTAGCATTGGAATGC
AAATAGTTGGTATGAGTGCTACAATGCCAAATGTAGCCGCTGTTGCTAATTGGCTTCAGGCTGCCTTATATGAGACTGAATTTAGGCCAATTCCTTTGTCGGAGTACATAAAGGTTGGTAATATAGTTTACAGCAAATCTATGGAAGTGGTGCGTACGATTCGCAAGGGTGCTGATCTTGGAGGAAAAGATCCAGACCAT
GTTGTTGAGTTGTGCAATGAGGTTGTTCAAGGTGGGCATTCTGTTCTTGTATTTTGCTCAAGCCGTAAGGCATGCGAGGCAACTGCAAGGCATATTGCAAAGTTCATTAAAGAATTTGCTTCTCAAAATGGACAGTCCAGCTTGCAATGGAATGATGCATTGTCTGTTGTTGAAGAATTACGAAAGTCTCCAGCAGGGTT
GGACCCTACCTTGGCTGAGACTCTACCATCTCGTGTGGCTTTTCATCATGCAGGCCTTACGGTTGAAGAGCGGGAGATAGTTGAGACCTGTTATAGGCAAGGAAATGTGAGGGTCTTAACAGCTACATCTACTTTAGCTGCTGGTGTCAATTTACCGGCCAGAAGGGTGATCTTTCGGCAGCCTAGGATTGGACGAGATT
TCATAGATGGAACAAGATACAAGCAGATGGCTGGACGGGCAGGGCGGGCTGGAATAGATACAAAAGGAGAAAGTATAATAATTTGCAAACCTGAAGAAGTCAAAAGAATAACAACACTGGTAAATGAAAGCTGTCCCCCCCTTCATTCTTGTCTCGCAGAAGATAAAAATGGAATGAAACGTGCTATTTTAGAAGTTGTG
GCGGGTGGCATTGTGCAAACAGCAAATGATATTCATCGCTATGTGAGGTGCACACTATTGAACTCAACGCAGCCATTTGAAGATGTGGTAAAATCAGCACAAGATTCGCTTTACTGGCTATGCCATGCAAAATTTCTGGAATGGGATCAACAAACTCAAATCTATTCTACAACACCTTTAGGGCGCGCAGCATTTGGGAG
TTCTCTAAGTCCAGAAGAATCAATGATTGTGCTTGAAGATCTTGCTAGAGCAAGAGAAGGCATTGTGCTTGCCTCAGATCTTCATTTACTGTATGAGGTGACACCTATCAATGTTGATATAGAACCAGATTGGGAACTATACTATCAGAGATTTATGGAATTGTCCTCTCTTGATCAGGAAGTACCTCTGACAGATGTTT
GTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGATCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAGCTTACTTCAATTCCATTTGTAAAGGGT
GCAAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGGTGCACGGCATATTGTACTTGA
TCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTTCGAATGATAAAGTGTTCAAGG
ATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACATGATACACCTGCTGTTGTTGGA
GGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAGGCAAAATCTGAATGAAATGGAGAATTC
TCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTTAAGT
TTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATTACAA
GTCCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAGTACATACACCCCAACACTAGA
GCAGGAAGTAAAAAAAAAGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTC
TGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCA
GAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACCTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCT
TCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTC
AAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTG
GCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGA
GAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAG
TCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGAgtatgtatttcttccaaccta
ttagacaaatattatattcagttctctgttattctgcactaacaatgacggggatactcgatgaaaaattgccttgatgcttggaagtcgattttagtttagattccattgcctgcatgcatttatacatccttacgcttcgtaactatttttcagctgcatttgcagttgaaatctgttatcaaacctcatctaagaaa
acgatagtacgtgcattagagaaaaccttaaggttttgtcttgtaaatacattgtacaatgtttgcacttaattaaccagtcaatatttattttacaaatatagattacttttgagattggcaaaatgggtctgatatgatatatagcttgcgcacttgtgtttcagctctcacattattttgtgttaaactttagattg
tcttttgtgtaacctgcaaatctttctagtgggtatttctgtttctgaagcttacttgaaactgagaatgaaaccactttttgggcgttttcccattcagCTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTATTAACACTTTT
AAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATAAT
ATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACT
ATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTGC

Intron 6 GCTGTTGGCA ... TCTAGTAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.71	12	29	17
A2	61.9	8	17	9
A3	51.35	18	24	14
A4	61.36	17	22	32
A5	62.5	3	9	1
A6	-1	0	0	0
A7	56.52	5	5	8
A8	20	2	0	1
A9	50	2	3	1
A10	33.33	4	2	2

>TRINITY_DN114071_c2_g1_i13 from sample A3 / Example spliced isoform

ATCCTTCATTTCAAATTCCTGTCTCCTCTTTGCAGGAGAAAAGAGGTCCCGCGAGTAAATTATGCAGGCGATCCAAATCGGGCAGAGATAGCAAACAAGACGTCGAGAGATCGAGTCTCGCAGAATGAGTTCCAGTCAGCGAAATACAAAGCTGGACCAGTTTTTCCCTTCAAAAAAGATAAAGTGTCTATCCCCATCTG
GTAAGATAGTCAAGACCAATAAGGATGTAAAATCTCCTAATACGAAAGGTAGCTTGGATGGCTACCTAGTAAAGTCTATTGATGGACTTCCTTCACCGGATAATACATCATCAGCTCAATATGGCTTAAAGAGAGGAGATGCAGCGAAGCAAAATTTGACTTTTGAGGTTAAACAACCTTCAACCACTCTGAATAAGGCG
CTGCCAGAGAATGCTTTTATATTTCAACAAGGCTCAAGTGTTTCTCAGTTAGCCTCCTCATCTCCTGTGAAGGGTCACAAAAATGAACAAGTAAAAAAATCAGAACAAGGAAAAGAGGTGTACCATGGTTCACTCTTGGTGGAAGAAAATACAAAGGTGTCTGATGAGAAACATGGTTCACTCTTGGTGGAAGAAAATAC
AAAGGTGTCTGATGAGAAACATGGTTCTACTGCAGTATTTTTTTCGGAGGCTGAGGATTCATCTACCTACCTTTGTGTGAAAGATCAGATTTCTAGCTCCAATGGTAATAGCAAAGAACTTAGCCAGTTTGCAAATAGCTTTCTCGCAATGTGTTGCAGTGGACTTGTGTCAAAAGAGACCCCTTTATTGGAGGAGTCTT
TATCATCACCAAAGTTGAATAAAAACAAGAGGTCTGGATGCCCATCTCCTCTGTCTGCAAATAATGCTATTCTGAAGAAAAAGCAGTGTGGTGTAGTTGGTAATAAGTTGATTGAGATATCAATGGAAGGCCCTAAGATTTCTCAAAAGGGGTCTGAAGATGTGAGTAATACTGACAATGGTGCATTTACAATGCGTTTA
CCTGAGTTAGAAGGTTTGCCAGTAGGTGGGTTGGTAGGTGCATGTAAAGAAATTGAGAATAGGCAAACTGATGGCAATGGACAGCTTGTTGCTCAACCCATGAGCGTGGATTGTAGGGATTCACTGGATGTTAATGCTGAATGTTCAGTATCTCAGCCAATGCAAAATTCTGAGAATATGTCTGAAGTCGATGGTCAAAC
CAAGATGCCTGTTTTTTCCACAATTGGAACTCCACAATTTCTGAGAAAATGTTGCCTAACACCTGAAATTAGGAGAGAGCGGACATCTCTATGTACTCCTAAAATTGTTTCTATTAAGGGTTCTGCCATTAAAACTCCAGGATGGGTGTACCGTAGCTCATTCTCTCCGGGAGATGAATTCTGGAATGAAGCGATACAGG
TAGCAGATGGCTTAGTTGCCGTTAAAACTGATGATCCTGTGGAAGATCATTGTAAAGTTTCTATATGTACACCTGGGCCGGATGAACAAGGAAACCTGCAATCTGATAAGGGAGCTTACTTTAAGAGTCACGACTTGAAGATCCAGAATGACAATGGGAGTTTTTCCTCGAAAATGATTGAACAACCACATTTATATAGA
AACAATGCTGAACAGACAGAGTTAGAAACTCTTCACCAAATTGTTGCATCTTCTAAAGTGCTTGTGTCTGGAGAATGCATAGTAAACAAGGACAGGATGAATGCTGGTAGGGTGGGTTTGTCTAAAACATTTAACACAGGAAGTTCACCATTGCCTGTCAGGCATTTTGACTTCCAATGTGAGGATCATATCATTATTGA
TAATACTGGAGATACTCAGAAGGGTAAACATTCAAAGGATGATACAAATATGCCAGATTCAGAGACTCGAGGAGATATAGAGAACTCTATGTTTGCAATTGGTAATGTTAAAGTCTCTGAGGAAATTATAGGACATGTGGATCTACATGCTAACACTAGCAAAGCACTCAAAGAAAGTGTGACAGAAGTCGGCGATGCCT
CTACTAGTAAGCATAACAATGTTGGTACACCATCAAGTTATTCTACTTCGAAAGACTTTCTAGAGCTGAGCTATTGGCTTCCTCAAAAGTTATGTGATGTTTATGCAAAGAAGGGCATTACCAAGCTTTATCCCTGGCAGGTTGAATGCTTGCAATTGGATGGTGTGCTTGAAAGAAAGAATCTTGTTTATTGTGCATCT
ACAAGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTATCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGA
CACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGTGATAGATGAACTCCACATGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTA
TCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGACACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGT
GATAGATGAACTCCACATGGTTGGAGATCAAAGTAGAGGATATCTGTTGGAGCTTATGTTGACAAAGTTGCTCTATGCAGCAGGGGAAGGTGGTTCAGGGAGCTCTAATGGTGATAGCCCAGGCAATAGCAGTGGGAAAACTGACCCTAGCATTGGAATGCAAATAGTTGGTATGAGTGCTACAATGCCAAATGTAGCCG
CTGTTGCTAATTGGCTTCAGTGTGTGATTTGATATTCTTGGACATTCAAATATATTCATGCAGGCTGCCTTATATGAGACTGAATTTAGGCCAATTCCTTTGTCGGAGTACATAAAGGTTGGTAATATAGTTTACAGCAAATCTATGGAAGTGGTGCGTACGATTCGCAAGGGTGCTGATCTTGGAGGAAAAGATCCAGA
CCATGTTGTTGAGTTGTGCAATGAGGTTGTTCAAGGTGGGCATTCTGTTCTTGTATTTTGCTCAAGCCGTAAGGCATGCGAGGCAACTGCAAGGCATATTGCAAAGTTCATTAAAGAATTTGCTTCTCAAAATGGACAGTCCAGCTTGCAATGGAATGATGCATTGTCTGTTGTTGAAGAATTACGAAAGTCTCCAGCAG
GGTTGGACCCTACCTTGGCTGAGACTCTACCATCTCGTGTGGCTTTTCATCATGCAGGCCTTACGGTTGAAGAGCGGGAGATAGTTGAGACCTGTTATAGGCAAGGAAATGTGAGGGTCTTAACAGCTACATCTACTTTAGCTGCTGGTGTCAATTTACCGGCCAGAAGGGTGATCTTTCGGCAGCCTAGGATTGGACGA
GATTTCATAGATGGAACAAGATACAAGCAGATGGCTGGACGGGCAGGGCGGGCTGGAATAGATACAAAAGGAGAAAGTATAATAATTTGCAAACCTGAAGAAGTCAAAAGAATAACAACACTGGTAAATGAAAGCTGTCCCCCCCTTCATTCTTGTCTCGCAGAAGATAAAAATGGAATGAAACGTGCTATTTTAGAAGT
TGTGGCGGGTGGCATTGTGCAAACAGCAAATGATATTCATCGCTATGTGAGGTGCACACTATTGAACTCAACGCAGCCATTTGAAGATGTGGTAAAATCAGCACAAGATTCGCTTTACTGGCTATGCCATGCAAAATTTCTGGAATGGGATCAACAAACTCAAATCTATTCTACAACACCTTTAGGGCGCGCAGCATTTG
GGAGTTCTCTAAGTCCAGAAGAATCAATGATTGTGCTTGAAGATCTTGCTAGAGCAAGAGAAGGCATTGTGCTTGCCTCAGATCTTCATTTACTGTATGAGGTGACACCTATCAATGTTGATATAGAACCAGATTGGGAACTATACTATCAGAGATTTATGGAATTGTCCTCTCTTGATCAGGAAGTACCTCTGACAGAT
GTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGCTCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAGCTTACTTCAATTCCATTTGTAAA
GGGTGCAAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGGTGCACGGCATATTGTAC
TTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTTCGAATGATAAAGTGTTC
AAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACATGATACACCTGCTGTTGT
TGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAGGCAAAATCTGAATGAAATGGAGA
ATTCTCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTT
AAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATT
ACAAGTCCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAGTACATACACCCCAACAC
TAGAGCAGGAAGTAAAAAAAAGGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATG
CCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGT
TCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACCTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACT
GGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTAT
TCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACAC
ATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAG
CTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTG
GAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGACTGATCAAGCCGATCCT
TATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGG
ATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAAC
AAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTATTAGGCTTCATTTTTTTATCTCACGCTCTGCCGTTTTCTTTCCA
TCTTTCGCTGGTGTGCTCTCATTATCATGTGAATCTGGTGTTGGGAC

>TRINITY_DN114071_c2_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATCCTTCATTTCAAATTCCTGTCTCCTCTTTGCAGGAGAAAAGAGGTCCCGCGAGTAAATTATGCAGGCGATCCAAATCGGGCAGAGATAGCAAACAAGACGTCGAGAGATCGAGTCTCGCAGAATGAGTTCCAGTCAGCGAAATACAAAGCTGGACCAGTTTTTCCCTTCAAAAAAGATAAAGTGTCTATCCCCATCTG
GTAAGATAGTCAAGACCAATAAGGATGTAAAATCTCCTAATACGAAAGGTAGCTTGGATGGCTACCTAGTAAAGTCTATTGATGGACTTCCTTCACCGGATAATACATCATCAGCTCAATATGGCTTAAAGAGAGGAGATGCAGCGAAGCAAAATTTGACTTTTGAGGTTAAACAACCTTCAACCACTCTGAATAAGGCG
CTGCCAGAGAATGCTTTTATATTTCAACAAGGCTCAAGTGTTTCTCAGTTAGCCTCCTCATCTCCTGTGAAGGGTCACAAAAATGAACAAGTAAAAAAATCAGAACAAGGAAAAGAGGTGTACCATGGTTCACTCTTGGTGGAAGAAAATACAAAGGTGTCTGATGAGAAACATGGTTCACTCTTGGTGGAAGAAAATAC
AAAGGTGTCTGATGAGAAACATGGTTCTACTGCAGTATTTTTTTCGGAGGCTGAGGATTCATCTACCTACCTTTGTGTGAAAGATCAGATTTCTAGCTCCAATGGTAATAGCAAAGAACTTAGCCAGTTTGCAAATAGCTTTCTCGCAATGTGTTGCAGTGGACTTGTGTCAAAAGAGACCCCTTTATTGGAGGAGTCTT
TATCATCACCAAAGTTGAATAAAAACAAGAGGTCTGGATGCCCATCTCCTCTGTCTGCAAATAATGCTATTCTGAAGAAAAAGCAGTGTGGTGTAGTTGGTAATAAGTTGATTGAGATATCAATGGAAGGCCCTAAGATTTCTCAAAAGGGGTCTGAAGATGTGAGTAATACTGACAATGGTGCATTTACAATGCGTTTA
CCTGAGTTAGAAGGTTTGCCAGTAGGTGGGTTGGTAGGTGCATGTAAAGAAATTGAGAATAGGCAAACTGATGGCAATGGACAGCTTGTTGCTCAACCCATGAGCGTGGATTGTAGGGATTCACTGGATGTTAATGCTGAATGTTCAGTATCTCAGCCAATGCAAAATTCTGAGAATATGTCTGAAGTCGATGGTCAAAC
CAAGATGCCTGTTTTTTCCACAATTGGAACTCCACAATTTCTGAGAAAATGTTGCCTAACACCTGAAATTAGGAGAGAGCGGACATCTCTATGTACTCCTAAAATTGTTTCTATTAAGGGTTCTGCCATTAAAACTCCAGGATGGGTGTACCGTAGCTCATTCTCTCCGGGAGATGAATTCTGGAATGAAGCGATACAGG
TAGCAGATGGCTTAGTTGCCGTTAAAACTGATGATCCTGTGGAAGATCATTGTAAAGTTTCTATATGTACACCTGGGCCGGATGAACAAGGAAACCTGCAATCTGATAAGGGAGCTTACTTTAAGAGTCACGACTTGAAGATCCAGAATGACAATGGGAGTTTTTCCTCGAAAATGATTGAACAACCACATTTATATAGA
AACAATGCTGAACAGACAGAGTTAGAAACTCTTCACCAAATTGTTGCATCTTCTAAAGTGCTTGTGTCTGGAGAATGCATAGTAAACAAGGACAGGATGAATGCTGGTAGGGTGGGTTTGTCTAAAACATTTAACACAGGAAGTTCACCATTGCCTGTCAGGCATTTTGACTTCCAATGTGAGGATCATATCATTATTGA
TAATACTGGAGATACTCAGAAGGGTAAACATTCAAAGGATGATACAAATATGCCAGATTCAGAGACTCGAGGAGATATAGAGAACTCTATGTTTGCAATTGGTAATGTTAAAGTCTCTGAGGAAATTATAGGACATGTGGATCTACATGCTAACACTAGCAAAGCACTCAAAGAAAGTGTGACAGAAGTCGGCGATGCCT
CTACTAGTAAGCATAACAATGTTGGTACACCATCAAGTTATTCTACTTCGAAAGACTTTCTAGAGCTGAGCTATTGGCTTCCTCAAAAGTTATGTGATGTTTATGCAAAGAAGGGCATTACCAAGCTTTATCCCTGGCAGGTTGAATGCTTGCAATTGGATGGTGTGCTTGAAAGAAAGAATCTTGTTTATTGTGCATCT
ACAAGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTATCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGA
CACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGTGATAGATGAACTCCACATGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTA
TCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGACACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGT
GATAGATGAACTCCACATGGTTGGAGATCAAAGTAGAGGATATCTGTTGGAGCTTATGTTGACAAAGTTGCTCTATGCAGCAGGGGAAGGTGGTTCAGGGAGCTCTAATGGTGATAGCCCAGGCAATAGCAGTGGGAAAACTGACCCTAGCATTGGAATGCAAATAGTTGGTATGAGTGCTACAATGCCAAATGTAGCCG
CTGTTGCTAATTGGCTTCAGGCTGCCTTATATGAGACTGAATTTAGGCCAATTCCTTTGTCGGAGTACATAAAGGTTGGTAATATAGTTTACAGCAAATCTATGGAAGTGGTGCGTACGATTCGCAAGGGTGCTGATCTTGGAGGAAAAGATCCAGACCATGTTGTTGAGTTGTGCAATGAGGTTGTTCAAGGTGGGCAT
TCTGTTCTTGTATTTTGCTCAAGCCGTAAGGCATGCGAGGCAACTGCAAGGCATATTGCAAAGTTCATTAAAGAATTTGCTTCTCAAAATGGACAGTCCAGCTTGCAATGGAATGATGCATTGTCTGTTGTTGAAGAATTACGAAAGTCTCCAGCAGGGTTGGACCCTACCTTGGCTGAGACTCTACCATCTCGTGTGGC
TTTTCATCATGCAGGCCTTACGGTTGAAGAGCGGGAGATAGTTGAGACCTGTTATAGGCAAGGAAATGTGAGGGTCTTAACAGCTACATCTACTTTAGCTGCTGGTGTCAATTTACCGGCCAGAAGGGTGATCTTTCGGCAGCCTAGGATTGGACGAGATTTCATAGATGGAACAAGATACAAGCAGATGGCTGGACGGG
CAGGGCGGGCTGGAATAGATACAAAAGGAGAAAGTATAATAATTTGCAAACCTGAAGAAGTCAAAAGAATAACAACACTGGTAAATGAAAGCTGTCCCCCCCTTCATTCTTGTCTCGCAGAAGATAAAAATGGAATGAAACGTGCTATTTTAGAAGTTGTGGCGGGTGGCATTGTGCAAACAGCAAATGATATTCATCGC
TATGTGAGGTGCACACTATTGAACTCAACGCAGCCATTTGAAGATGTGGTAAAATCAGCACAAGATTCGCTTTACTGGCTATGCCATGCAAAATTTCTGGAATGGGATCAACAAACTCAAATCTATTCTACAACACCTTTAGGGCGCGCAGCATTTGGGAGTTCTCTAAGTCCAGAAGAATCAATGATTGTGCTTGAAGA
TCTTGCTAGAGCAAGAGAAGGCATTGTGCTTGCCTCAGATCTTCATTTACTGTATGAGGTGACACCTATCAATGTTGATATAGAACCAGATTGGGAACTATACTATCAGAGATTTATGGAATTGTCCTCTCTTGATCAGgctgttggcaatagagttggggtaatggaaccgtttttaatgcgcatggcacatggggctc
cagttatgcaattgcgtgataaatcctctagaaatggaaaaagtcctcgtgataaaagttctcgatcatttggaaattcacgaagcaggaatactgctattccaacagagcagacacttcgtgtgtgccgacgcttctatgttgcactcatgttgggacgtctagtagagGAAGTACCTCTGACAGATGTTTGTGAAGCT
TTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGCTCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAGCTTACTTCAATTCCATTTGTAAAGGGTGCAAGGGC
TAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGGTGCACGGCATATTGTACTTGATCGAGCAG
AAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTTCGAATGATAAAGTGTTCAAGGATCCTAGT
TCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACATGATACACCTGCTGTTGTTGGAGGTGCTGC
TGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAGGCAAAATCTGAATGAAATGGAGAATTCTCATATTT
CAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTTAAGTTTTCTAAA
AGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATTACAAGTCCTCAA
GAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAGTACATACACCCCAACACTAGAGCAGGAAG
TAAAAAAAAGGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGA
GTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATG
CAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACCTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACAT
CTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAA
CTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCA
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CTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCT
ATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGACTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCC
GGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTT
TCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATT
TCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTATTAGGCTTCATTTTTTTATCTCACGCTCTGCCGTTTTCTTTCCATCTTTCGCTGGT
GTGCTCTCATTATCATGTGAATCTGGTGTTGGGAC

Intron 7 GTACTGCTTG ... TTTTGGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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>TRINITY_DN116199_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

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AAGAATAACAACACTGGTAAATGAAAGCTGTCCCCCCCTTCATTCTTGTCTCGCAGAAGATAAAAATGGAATGAAACGTGCTATTTTAGAAGTTGTGGCGGGTGGCATTGTGCAAACAGCAAATGATATTCATCGCTATGTGAGGTGCACACTATTGAACTCAACGCAGCCATTTGAAGATGTGGTAAAATCAGCACAAG
ATTCGCTTTACTGGCTATGCCATGCAAAATTTCTGGAATGGGATCAACAAACTCAAATCTATTCTACAACACCTTTAGGGCGCGCAGCATTTGGGAGTTCTCTAAGTCCAGAAGAATCAATGATTGTGCTTGAAGATCTTGCTAGAGCAAGAGAAGGCATTGTGCTTGCCTCAGATCTTCATTTACTGTATGAGGTGACA
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ATCATTTGGAAATTCACGAAGCAGGAATACTGCTATTCCAACAGAGCAGACACTTCGTGTGTGCCGACGCTTCTATGTTGCACTCATGTTGGGACGTCTAGTAGAGGAAGTACCTCTGACAGATGTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGG
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CTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGGTGCACGGCATATTGTACTTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCT
TTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTTCGAATGATAAAGTGTTCAAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAG
AAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACATGATACACCTGCTGTTGTTGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAAATAAT
TTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAGGCAAAATCTGAATGAAATGGAGAATTCTCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTG
GGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTTAAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACA
GCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATTACAAGTCCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGAAGAGT
GGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAGTACATACACCCCAACACTAGAGCAGGAAGTAAAAAAAAAGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCA
GATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGAC
ATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACCTTCTGAGACATCATCAT
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CTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAG
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CACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTT
CGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAAT
GTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCAT

>TRINITY_DN116199_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AGTACCTCTGACAGATGTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGCTCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAGCTTACTT
CAATTCCATTTGTAAAGgtactgcttgaatgctgcatctctttgtttgctttatagaaggaaataaatttaacttgttctttatagatgatgtgagactgccaaagactttcagagttcaatatactagtcatttgtgtgggttagaatcgctttggacaaataagagtagcttctttgtttgggttttgggcagGGTGC
AAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGGTGCACGGCATATTGTACTTGATC
GAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTTCGAATGATAAAGTGTTCAAGGAT
CCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACATGATACACCTGCTGTTGTTGGAGG
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ATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTTAAGTTT
TCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATTACAAGT
CCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAGTACATACACCCCAACACTAGAGC
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GTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGA
GGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACCTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCTTC
AAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGGTCTTCATACAGTGAGATGATTATTTTAAGTAGTATACTTGCTGTGAAAATAATTGACTTCATTGCTAGTGGGTTTATAATTGCTACTGGGTCAACTCTGTACTTCATGGGTTCATGTCTGACAGCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGA
CAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGAT
GTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTC
ATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTG
CTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCC
CTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGACTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTATTAACACTT
TTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATA
ATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTA
CTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCAT

Intron 8 GTGAGATGAT ... TGTCTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.89	22	2	14
A2	40	15	6	10
A3	34.21	25	0	13
A4	31.82	15	1	7
A5	36.36	14	2	8
A6	60	4	0	6
A7	35	13	9	7
A8	31.58	13	4	6
A9	41.18	10	1	7
A10	33.33	12	0	6

>TRINITY_DN111746_c5_g1_i5 from sample A5 / Example spliced isoform

AAGTACCTCTGACAGATGTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGATCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAGCTTACT
TCAATTCCATTTGTAAAGGGTGCAAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGG
TGCACGGCATATTGTACTTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTT
CGAATGATAAAGTGTTCAAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACAT
GATACACCTGCTGTTGTTGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAGGCAAAA
TCTGAATGAAATGGAGAATTCTCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATT
CTCCAGTGTACTATCTTAAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGG
AACTTGAAGAGTCAATTACAAGTCCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAG
TACATACACCCCAACACTAGAGCAGGAAGTAAAAAAAAAGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCC
TTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGC
CATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACGTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCA
CTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGGTCTTCATACACGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGA
AAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATG
GAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAAC
TTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACT
TCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATC
TGCTTACTGGACTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTG
GAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTG
GCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTATTAGGCTTCATTTTTT
TATCTCACGCTCTGCCGTTTTCTTTCC

>TRINITY_DN111746_c5_g1_i20 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AAGTACCTCTGACAGATGTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGATCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAGCTTACT
TCAATTCCATTTGTAAAGGGTGCAAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGG
TGCACGGCATATTGTACTTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTT
CGAATGATAAAGTGTTCAAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACAT
GATACACCTGCTGTTGTTGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAGGCAAAA
TCTGAATGAAATGGAGAATTCTCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATT
CTCCAGTGTACTATCTTAAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGG
AACTTGAAGAGTCAATTACAAGTCCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAG
TACATACACCCCAACACTAGAGCAGGAAGTAAAAAAAAAGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCC
TTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGC
CATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACGTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCA
CTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGGTCTTCATACAgtgagatgattattttaagtagtatacttgctgtgaaaataattgacttcattgctagtgggtttataattgctactgggtcaactctgtacttcatgggttcatgtctgacagCG
CGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTC
TTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTT
AAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAAT
GGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAG
GTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGACTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGG
ATCTTTTGAACTTATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCA
ATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGA
CCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTATTAGGCTTCATTTTTTTATCTCACGCTCTGCCGTTTTCTTTCC

Intron 9 GTCTTCATAC ... TGTCTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.54	25	5	14
A2	34.48	19	10	10
A3	20.93	27	2	12.3
A4	22.73	17	3	7
A5	30.23	11.6	2	8
A6	42.86	4	0	6
A7	42.11	11	9	7
A8	30	14	6	6
A9	30	14	5	7
A10	25.29	14.8	4	6

>TRINITY_DN126910_c4_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TTCAATTCGTCATTATATTGGCCCTTTCTTTATTTGTTACAGGAAGTAAAAAAAAAGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGA
GGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCG
CAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACCTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATAT
GGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACCAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTTGGCTA
CACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTA
GTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAA
AATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTC
GACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTA
TTTTATCTGCTTACTGGA

>TRINITY_DN126910_c4_g2_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTAATTCCCATATTGTTGGGCTCAAGTTTGAAGTTGTCCGATGTCCACAATAATATGCTTGGATGTGGCGACAAAGATTTTGGTTACTTATGAATGATTTACAACTTTTTCATTGAGTGAGATCTGCATAATTTTTTTCCTAATGTTTTCATATAATGTTTTGACAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATT
CAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGGTGCACGGCATATTGTACTTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGC
AATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTTCGAATGATAAAGTGTTCAAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAA
ATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACATGATACACCTGCTGTTGTTGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAG
GCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAGGCAAAATCTGAATGAAATGGAGAATTCTCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGA
AGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTTAAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCA
TGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATTACAAGTCCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATT
GTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAGTACATACACCCCAACACTAGAGCAGGAAGTAAAAAAAAAGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAA
ATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGA
CACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACCTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCA
CGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGgtcttcatacagtgagatgattattttaagtagtatacttgctgtgaaaataattgacttcattgctagtgggtttataattgctactgggtcaa
ctctgtacttcatgggttcatgtctgacagCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACCAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGC
TCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTG
TAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATC
TGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGA
AGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGACTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAA
ATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACA
CGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGT
TTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTATTAGGCTTCATTTTTTTATCTCACGCTCTGCCGTTTTCTTTCCATCTTTCGCTGGTGTGCTCTCATTATC
ATGTGAATCTGGTG

Intron 10 GTTGGGTACT ... ATTCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	59	36	23
A2	26.83	45	25	8
A3	28.06	50	32	7
A4	29.09	39	21	11
A5	22.45	19	8	3
A6	23.81	8	5	0
A7	30.43	8	6	1
A8	0	1	0	0
A9	17.65	7	1	2
A10	27.27	12	9	0

>TRINITY_DN114071_c2_g1_i28 from sample A3 / Example spliced isoform

CAAAAGATAAGGTTGTGGAAATTCTATATAGTATATATATGCTCTTCTTTGTTTTCTATTATTTAGCTTGCCTTTTAGTGTGATAATGGTACTGTGTAGGAACCTGAGCAATATTATTAGTTGGAGTTTGTTTTCCTGTATCATATTTCTCATTTATTATTTTCTTTGTTGCAACGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTA
TATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTATCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGACACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGA
TTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGTGATAGATGAACTCCACATGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTATCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAA
ACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGACACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGTGATAGATGAACTCCACATGGTTGGAGATCAAAGTAGAGGATATCTGTTGGAG
CTTATGTTGACAAAGTTGCTCTATGCAGCAGGGGAAGGTGGTTCAGGGAGCTCTAATGGTGATAGCCCAGGCAATAGCAGTGGGAAAACTGACCCTAGCATTGGAATGCAAATAGTTGGTATGAGTGCTACAATGCCAAATGTAGCCGCTGTTGCTAATTGGCTTCAGGCTGCCTTATATGAGACTGAATTTAGGCCAAT
TCCTTTGTCGGAGTACATAAAGGTTGGTAATATAGTTTACAGCAAATCTATGGAAGTGGTGCGTACGATTCGCAAGGGTGCTGATCTTGGAGGAAAAGATCCAGACCATGTTGTTGAGTTGTGCAATGAGGTGAAACAGTATTTTTGTGGATTTCATTCTGACTGTTTCTTAGAGTAAGACAGTGCATCTATTTTTTATG
AATAATTATTGCATCTTGTCTTAAATATATGGCG

>TRINITY_DN114071_c2_g1_i17 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CAAAAGATAAGGTTGTGGAAATTCTATATAGTATATATATGCTCTTCTTTGTTTTCTATTATTTAGCTTGCCTTTTAGTGTGATAATGGTACTGTGTAGGAACCTGAGCAATATTATTAGTTGGAGTTTGTTTTCCTGTATCATATTTCTCATTTATTATTTTCTTTGTTGCAACGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTA
TATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTATCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAAACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGACACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGA
TTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGTGATAGATGAACTCCACATGCGCTGGGAAGAGTCTTGTTGCTGAGGTGGTGTTGTTGAGAAGGGTTATATCAAGCGGGAAGAAGGCATTGCTTGTATTGCCTTATGTATCTCTTTGTGCTGAGAAGACTGAACATCTTGAAACACTTTTGGAGCCATTAA
ACAAGCGTGTTCGTAGCTTTTATGGAGTCCAAGGCAGTGGAACACTACCTAAGGACACTTCTGTTGCTGTTTGTACGATAGAGAAGGCAAATTCACTTGTAAATAGATTATTGGAGGAGGGTCGTCTTGCTGAAGTTGGAGTTATGGTGATAGATGAACTCCACATGGTTGGAGATCAAAGTAGAGGATATCTGTTGGAG
CTTATGTTGACAAAGTTGCTCTATGCAGCAGGGGAAGGTGGTTCAGGGAGCTCTAATGGTGATAGCCCAGGCAATAGCAGTGGGAAAACTGACCCTAGCATTGGAATGCAAATAGTTGGTATGAGTGCTACAATGCCAAATGTAGCCGCTGTTGCTAATTGGCTTCAGgttgggtactgcttttgtttgatgaatgcttg
catatccgtgagaaaatatggagttcaaattagtattatataaaattaatgaagatatatagtttgtttctatcatatggtggtatttatctatgtgctgaatgggtagtaggaaaaggttatgtggtctatgaggtgtaagttatatttagtaatgtttgttttgtatgttgaaatgcagtgtgtgatttgatattctt
ggacattcaaatatattcatgcagGCTGCCTTATATGAGACTGAATTTAGGCCAATTCCTTTGTCGGAGTACATAAAGGTTGGTAATATAGTTTACAGCAAATCTATGGAAGTGGTGCGTACGATTCGCAAGGGTGCTGATCTTGGAGGAAAAGATCCAGACCATGTTGTTGAGTTGTGCAATGAGGTGAAACAGTATTT
TTGTGGATTTCATTCTGACTGTTTCTTAGAGTAAGACAGTGCATCTATTTTTTATGAATAATTATTGCATCTTGTCTTAAATATATGGCG

Intron 11 GTATAGTTCT ... GTGTATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.05	39	11	0
A2	23.04	23.4	7	1
A3	21.91	21.4	6	0
A4	22.07	14.2	4	0
A5	12.5	7	1	0
A6	17.54	47	10	0
A7	12.5	49	7	0
A8	14.34	53.8	9	0
A9	10.56	42.4	5	0
A10	6.23	30.4	2	0

>TRINITY_DN40204_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

TGAGATGGAGAGTTGTTACAAATTTTTATATTTTTGGAAAAGTTGGTTTGGTTAGTTGCCTTTCAGTGAGGATGAGTAGATTGATTCAGGAAGATGTGAATTTGTAGGCCTTGGATTTTCTGGTCACTTGTGTTCCAAATCATAAGAAACTATAATAAGAGAAGTCTGTGACTCTGTATGAAACATATCTACATATCATA
ACGTGGGAGCATAATTTCTTCTTCCTGAAGTTTTGTTCCATTGTTAAAGTTCTTATCCTCATTGGTATTCTTGTAAGCGATTCTTTTACTGGTTATGTATGGGAGCTGCAGGAAGTACCTCTGACAGATGTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGCTGGAAGATTTGCATC
TATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGATCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAGCTTACTTCAATTCCATTTGTAAAGGGTGCAAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTGCTGAAGCTTCTCTTC
CGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGGTGCACGGCATATTGTACTTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGGTTGAATGTGCCTGTT
GCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTTCGAATGATAAAGTGTTCAAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGCCTTCACGAACGGCAG
TGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACATGATACACCTGCTGTTGTTGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATGTCATCAGCAAAGAAA
ATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAGGCAAAATCTGAATGAAATGGAGAATTCTCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTTGATTCTTTCTTGAAT
AAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTTAAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTAC
AAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATTACAAGTCCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGA
AGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAGTACATACACCCCAACACTAGAGCAGGAAGTAAAAAAAAGGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCA
AATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGC
AAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACGTTCTGAGACATC
ATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGCGCGTGGAGCGTGGA
GTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACC
GGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTC
CTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAA
GTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCT
AAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGACTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTT
ATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAA
TGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGA
GAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTATTAGGCTTCATTTTTTTATCTCACGCTCTGCCGTTT

>TRINITY_DN40204_c0_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TATCACAATTACTCCCAGAATACCATTTAAATGACATTTCTTTGGTCACCACGATGCATTTCAGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATG
GCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGG
TGCTGCTTGTCTAAAAGgtatagttctatttccgttcattggggacttagtgtcttttattgatgctgactatctattaagagaaatttcatttcatattaattaaccgcaaatatctgtttttgtgtatgtagTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGC

Intron 12 GTATGTATTT ... CTGTACCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.75	15	18	23
A2	43.33	17	16	10
A3	47.62	22	17	23
A4	45.1	14	10	13
A5	36.84	6	4	3
A6	44.44	35	15	41
A7	49.69	41	26	55
A8	48.24	66	31	92
A9	45.03	47	22	55
A10	54.9	23	12	44

>TRINITY_DN46543_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

TATCTAGAGGACGTCCTACCTTAGCTCCCTACTCCACCGGCACAATTCTTGCATGCCGGGATTATCTTCATCTACATCATCCGATCTATCTACTGGCTGTTGGCAATAGAGTTGGGGTAATGGAACCGTTTTTAATGCGCATGGCACATGGGGCTCCAGTTATGCAATTGCGTGATAAATCCTCTAGAAATGGAAAAAGT
CCTCGTGATAAAAGTTCTCGATCATTTGGAAATTCACGAAGCAGGAATACTGCTATTCCAACAGAGCAGACACTTCGTGTGTGCCGACGCTTCTATGTTGCACTCATGTTGGGACGTCTAGTAGAGGAAGTACCTCTGACAGATGTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGC
TGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGATCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAGCTTACTTCAATTCCATTTGTAAAGGGTGCAAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTG
CTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGGTGCACGGCATATTGTACTTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGG
TTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTTCGAATGATAAAGTGTTCAAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGC
CTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACATGATACACCTGCTGTTGTTGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATG
TCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAGGCAAAATCTGAATGAAATGGAGAATTCTCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTT
GATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTTAAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGA
TGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATTACAAGTCCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTG
AAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAGTACATACACCCCAACACTAGAGCAGGAAGTAAAAAAAAAGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGG
GCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGA
GGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTG
ACCTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAG
CGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAG
TCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTT
TTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAA
ATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGA
AGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGAGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTG
GAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCCTTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTG
GCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAGCTTCCGGCATTTCGCATCTTGC

>TRINITY_DN46543_c0_g1_i12 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TATCTAGAGGACGTCCTACCTTAGCTCCCTACTCCACCGGCACAATTCTTGCATGCCGGGATTATCTTCATCTACATCATCCGATCTATCTACTGGCTGTTGGCAATAGAGTTGGGGTAATGGAACCGTTTTTAATGCGCATGGCACATGGGGCTCCAGTTATGCAATTGCGTGATAAATCCTCTAGAAATGGAAAAAGT
CCTCGTGATAAAAGTTCTCGATCATTTGGAAATTCACGAAGCAGGAATACTGCTATTCCAACAGAGCAGACACTTCGTGTGTGCCGACGCTTCTATGTTGCACTCATGTTGGGACGTCTAGTAGAGGAAGTACCTCTGACAGATGTTTGTGAAGCTTTCAAAGTACCGAGGGGCATGGTCCAGGCTCTGCAAGAAAATGC
TGGAAGATTTGCATCTATGGTTTCTGCTTTTTGTGAGAGACTTGGCTGGCATGATCTAGAAGGATTGGTTTCAAAATTTCAAAATCGTGTTTCCTTTGGTGTAAGGGCAGAGATCGCCGAGCTTACTTCAATTCCATTTGTAAAGGGTGCAAGGGCTAGAGCACTTTATAAGTCTGGCTTACGTACTCCTCAAGCAGTTG
CTGAAGCTTCTCTTCCGGAACTTGTAAAGGCTCTTTTTGAGGCATCTTCATGGGCAGCTGAAGATGGTTCGCGAAGTGATGTACAGTATCGAATTCAAATGGGAGTAGCAAAGAAAATAAAGAATGGTGCACGGCATATTGTACTTGATCGAGCAGAAGAAGCTAGAATGGCTGCCTTTTCGGCATTTAAATCTCTTGGG
TTGAATGTGCCTGTTGCTCTTTCACAACCTGTTGAAGCCAGTTCTTTTGGAGTTCCCCGGAATGAGGGAGACAGTGTGGTTTTGTCTAGTGAAGCAATTGTGGAGAATAAACTTGACGTGCAGATTTCGAATGATAAAGTGTTCAAGGATCCTAGTTCTGGGTTATTGGACATGCCCATTCATACTGCTACTGTAGGAGC
CTTCACGAACGGCAGTGAAGAAAATGGGAAAGGTGAGGGCGGCGCCATTTTCATTGAAGGTGGAGCTGTCCAGGATACTGTAGAAACAAAAGAAAATGATACAAACTACTTGAGCAATGAAAGACATGATACACCTGCTGTTGTTGGAGGTGCTGCTGCTGGCCTCAAGGTTGAGTTAATGAGCATGGAAACTGGAAATG
TCATCAGCAAAGAAAATAATTTGATTTCAAAGGATGAGGAGAAAAGGGATGTAAGAAATGCAGGTGAAGCCGCTTCACTGTTTGCTGGCTTTAAGGCTGTTCTGGAAACTAACCACGCCAGGCAAAATCTGAATGAAATGGAGAATTCTCATATTTCAAATAATGGACCTGTTGATGTCAATACAATGAGTGGTGGATTT
GATTCTTTCTTGAATAAGTGGGAGCAGGTTAGTGAATTTTGTTTTGATCTGCATTTCAGTAATGTAAGTGAGGGGGATTCATCACCAATGTTTGAAGTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTGGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTTAAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGA
TGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCATGGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATTACAAGTCCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTG
AAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTGTAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAGTACATACACCCCAACACTAGAGCAGGAAGTAAAAAAAAAGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGG
GCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAATTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGA
GGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGACACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTG
ACCTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCACGTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAG
CGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACTAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGACTTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAG
TCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCATACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTT
TTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAACGTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAA
ATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTTAAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGA
AGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTTTTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGAgtatgtatttcttccaacctattagacaaatattatattcagttctctgttattctgcactaacaatgacggg
gatactcgatgaaaaattgccttgatgcttggaagtcgattttagtttagattccattgcctgcatgcatttatacatccttacgcttcgtaactatttttcagctgcatttgcagttgaaatctgttatcaaacctcatctaagaaaacgatagtacgtgcattagagaaaaccttaaggttttgtcttgtaaatacat
tgtacaatgtttgcacttaattaaccagtcaatatttattttacaaatatagattacttttgagattggcaaaatgggtctgatatgatatatagcttgcgcacttgtgtttcagctctcacattattttgtgttaaactttagattgtcttttgtgtaacctgcaaatctttctagtgggtatttctgtttctgaagct
tacttgaaactgagaatgaaaccactttttgggcgttttcccattcagctgatcaagccgatccttatggagctgccggcttcagctggaaattgcatctttcttggaagcttgaatatgaggatcttttgaacttattaacacttttaagtttctgtaccaagGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTAC
AGAAGATTGTAATTCTCATGGGAGTTGTCTTCAGCTGGAAAGGGACGTCTTTTTCGCAAGCTTGGATGAGGACATTTTCAACATAATAACACGTCTAATAAGTTCATGTGCCGGGGTTCTGCAATTTACAAATGAATGTTTCGATAATATACAATCTTTTAAGTTAAATTTTTATTTTTATTTAATGTTTATGTTGTCCC
TTCCATGTCATGTGACAAAACGAAGGGCCACCTACTGGCTACCCTAGCTTTCTATTGTAAATAACAAATTGTATATTTCAAATATCAAAGTTTGACTTTGTCAAGTGGTCACCGTCCGGCTGACCACAGTTTTGGAGAAATGTTTACTATGTATATTAAGCCTATTTAAAGGCACCTAATGAAGAGTGAAAAATGTTCAG
CTTCCGGCATTTCGCATCTTGC

Intron 13 GTCCTTTTTA ... TACTATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.26	33	10	2
A2	18.52	22	5	2
A3	23.4	36	11	3.2
A4	43.9	23	18	3.6
A5	40	3	2	0
A6	27.87	44	17	5.2
A7	19.23	42	10	6
A8	23.33	46	14	5.2
A9	22.64	41	12	3.2
A10	32.43	25	12	2.8

>TRINITY_DN109314_c2_g1_i13 from sample A4 / Example spliced isoform

GTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTTGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTTAAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCAT
GGGTCAGAAGGGTGTCAATAAAATTACATGGAACTTGAAGAGTCAATTACAAGTCCTCAAGAAGCCCGGTACTTTTGTGCCTAAAGTGAGCCAAAATAAAGGTGAAGTATCTCAAGCGAAGAGTGGGGAAACATTGACTGGAATGTCTTTGATGTTGCTGCCTTCAATTGATATTGAAGAAGCTATAGATATTTGTATTG
TAGCATGGCTTCTTTGGCCAGATGAAGAGAGTACATACACCCCAACACTAGAGCAGGAAGTAAAAAAAAAGTTGTCAGGAGAAGTTGCAGCTGCAGCCAATAGGGCTGGTAGGTGGTCAAATCAGATGGGAAGAGTAGCACACAATGGCTGCTGTCGTCGTGCTGCTCAGGTTCGCGCTCTCCATTCTATTCTCTGGAAA
TTAATCATATCAGAGGGCCTTGTTCAGGTCCTTAGATCCCTCGAAATGCCTCTGGTTAGAGTTCTTACAGATATGGAAAAATGGGGCATTGGTGTAAATATGGAGGCGTGCTGGCATGCAAGACATGTTTTGCAACAAAAGTTAAAGGAGCTTGAAGAAAAAGCTCAGACACTTTCTGGTGTAAAGTTTTCTCTATCGAC
ACCTGCAGATGTCGCAAATGTGTTGTATGGCCATTTGAAGTTGCCTGTTCCAGAGGGATGCAATAAAGGAAAACAACATCCTAGCACAGACAAGCATGCACTTGACGTTCTGAGACATCATCATCCTGTTGTTGGGGTCATTAAAGAACATCGAACACTTGCAAAGCTTCTATACTGTACAATTGCTTCAGTATTGTCAC
GTGCTAGGCTATATGGAGGTTCTGAGCTTCACTCCATCCATGGGCACTGGCTTCAAACATCTACTGCCACGGGCAGGCTTTCAATGGAAGAGCCGAATCTCCAGCGCGTGGAGCGTGGAGTTGATTTGACAATAGTGCCCACCAATGGAGTTGACATAGATGCTGTTAATCTTGGCCAATACCAAATCAATGCACGTGAC
TTTTTTTTGGCTACACAGGAAAATTGGTTGTTAATCTCAGCAGACTATTCTCAAATAGAACTCCGCCTTATGGCTCATTTTTCTGAAGATGCTTCTTTAATCAGTCTTCTGAGGAAACCGGATGGTGATGTCTTTATCATGATGGCAGCAAGATGGACAGGGAAAAATGAATCTGAAATAACTGAGAAGCAGAGAGATCA
TACCAAAAAGCTAGTTTATGGAATTTTGTATGGCATGGGTGTTAACACATTGGCTGAGCAACTAGAATGCAGTGTAGGTGAAGCTGGAGAAAGATATGAACGTTTTAAGAGTGCGTTTCCTGGGGTCTCATCGTGGCTTCAGCAGGCAGTTGATTTTTGCCGCCAGAAAGGGTACATAACAACTCTAAGTGGGCGGAAAC
GTTTCTTGGGGAAAATCAACTTTGGGAACAGAGGGGAGCAAGCTAAAGCTGAGAGGCAGGCTGTCAATTCTATCTGTCAGGGTTCTGCGGCAGACATTATTAAAATGGCCATGCTTAAAGTGCACTCTGCTATTGCCAGTGGCACCTCAGAAGAGATTTCAGAACCTTCTGCGAAATCTGAGTGCCTGGTTTCGGGGCTT
AAAGGCCACTGTCGACTACTTCTTCAGATACATGATGAGCTGCTATTGGAAGTCAATCCTATGATGGTAAGGGAAGCTGCTGCTTTGGTTCGTTCTAGTATGGAAGGTGCTGCTTGTCTAAAAGTTCCCCTGCGAGTCAAGTTGCAGGTCGGAAAAACATGGGGTTCTCTAAAGCCTTTCAGTGAAATTGGATGAACCTT
TTCCGCTGATGTATTTTATCTGCTTACTGGACTGATCAAGCCGATCCTTATGGAGCTGCCGGCTTCAGCTGGAAATTGCATCTTTCTTGGAAGCTTGAATATGAGGATCTTTTGAACTTATTAACACTTTTAAGTTTCTGTACCAAGGTTCTGCAATACGCAATCTCGCAAGAGGATTCTTACAGAAGATTGTAATTCTC
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CTTATTAGGCTTCATTTTTTTATC

>TRINITY_DN109314_c2_g1_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTTCAAGGCTTGGCTGTTTGCTTGGAAAATTCTCCAGTGTACTATCTTAAGTTTTCTAAAAGTTTTTTTAATATGGAAAATGGATGTGCTACTTTTCATAATGATGAGAGAACTGCTACAAACAGCAACCAACAAAGAAATTATCTGAATGGAAGGTTTGACATATGTAAAGAGAGATGGCAGAGGGTAGCAAAAGTCAT
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